Removed 1 short run from LHC10b GoodRuns
[u/mrichter/AliRoot.git] / PWG3 / vertexingHF / RunAnalysisAODVertexingHF.C
1 class AliAnalysisGrid;
2 class AliAnalysisAlien;
3
4 void RunAnalysisAODVertexingHF()
5 {
6   //
7   // Test macro for AliAnalysisTaskSE's for heavy-flavour candidates
8   // It has the structure of a Analysis Train:
9   // - in this macro, change things related to running mode
10   //   and input preparation 
11   // - add your task using a AddTaskXXX macro 
12   //
13   // A.Dainese, andrea.dainese@lnl.infn.it
14   // "grid" mode added by R.Bala, bala@to.infn.it
15   //
16
17
18   gSystem->SetIncludePath("-I. -I$ROOTSYS/include -I$ALICE_ROOT -I$ALICE_ROOT/include -I$ALICE_ROOT/ITS -I$ALICE_ROOT/TPC -I$ALICE_ROOT/CONTAINERS -I$ALICE_ROOT/STEER -I$ALICE_ROOT/TRD -I$ALICE_ROOT/macros -I$ALICE_ROOT/ANALYSIS -I$ALICE_ROOT/PWG3 -I$ALICE_ROOT/PWG3/vertexingHF -g"); 
19   //
20   TString trainName = "D2H";
21   TString analysisMode = "grid"; // "local", "grid", or "proof"
22   TString inputMode    = "list"; // "list", "xml", or "dataset"
23   Long64_t nentries=123567890,firstentry=0;
24   Bool_t useParFiles=kFALSE;
25   Bool_t useAlienPlugin=kTRUE;
26   TString pluginmode="full";
27   Bool_t saveProofToAlien=kFALSE;
28   TString proofOutdir = "";
29   TString loadMacroPath="$ALICE_ROOT/PWG3/vertexingHF/macros/";
30   //TString loadMacroPath="./"; // this is normally needed for CAF
31   //
32
33   if(analysisMode=="grid") {
34     // Connect to AliEn
35     TGrid::Connect("alien://");
36   } else if(analysisMode=="proof") {
37     // Connect to the PROOF cluster
38     if(inputMode!="dataset") {printf("Input mode must be dataset, for proof analysis\n"); return;}
39     gEnv->SetValue("XSec.GSI.DelegProxy","2");
40     TProof::Open("alicecaf");
41     //TProof::Reset("alicecaf");
42     if(saveProofToAlien) {
43       TGrid::Connect("alien://");
44       if(gGrid) {
45         TString homedir = gGrid->GetHomeDirectory();
46         TString workdir = homedir + trainName;
47         if(!gGrid->Cd(workdir)) {
48           gGrid->Cd(homedir);
49           if(gGrid->Mkdir(workdir)) {
50             gGrid->Cd(trainName);
51             ::Info("VertexingTrain::Connect()", "Directory %s created", gGrid->Pwd());
52           }
53         }          
54         gGrid->Mkdir("proof_output");
55         gGrid->Cd("proof_output");
56         proofOutdir = Form("alien://%s", gGrid->Pwd());
57       } 
58     }
59   }
60
61
62   // AliRoot libraries
63   if(analysisMode=="local" || analysisMode=="grid") {
64     TString loadLibraries="LoadLibraries.C"; loadLibraries.Prepend(loadMacroPath.Data());
65     gROOT->LoadMacro(loadLibraries.Data());
66     LoadLibraries(useParFiles);
67   } else if (analysisMode=="proof") {
68     gSystem->Load("libTree.so");
69     gSystem->Load("libGeom.so");
70     gSystem->Load("libPhysics.so");
71     gSystem->Load("libVMC.so");    
72     gSystem->Load("libMinuit.so");    
73     // Enable the needed packages
74     //gProof->ClearPackages();
75     TString parDir="/afs/cern.ch/user/d/dainesea/code/";
76     TString parFile;
77     if(!useParFiles) {
78       gProof->UploadPackage("AF-v4-17");
79       gProof->EnablePackage("AF-v4-17");
80       // --- Enable the PWG3vertexingHF Package
81       parFile="PWG3vertexingHF.par"; parFile.Prepend(parDir.Data());
82       gProof->UploadPackage(parFile.Data());
83       gProof->EnablePackage("PWG3vertexingHF");
84     } else {
85       // --- Enable the STEERBase Package
86       parFile="STEERBase.par"; parFile.Prepend(parDir.Data());
87       gProof->UploadPackage(parFile.Data());
88       gProof->EnablePackage("STEERBase");
89       // --- Enable the ESD Package
90       parFile="ESD.par"; parFile.Prepend(parDir.Data());
91       gProof->UploadPackage(parFile.Data());
92       gProof->EnablePackage("ESD");
93       // --- Enable the AOD Package
94       parFile="AOD.par"; parFile.Prepend(parDir.Data());
95       gProof->UploadPackage(parFile.Data());
96       gProof->EnablePackage("AOD");
97       // --- Enable the ANALYSIS Package
98       parFile="ANALYSIS.par"; parFile.Prepend(parDir.Data());
99       gProof->UploadPackage(parFile.Data());
100       gProof->EnablePackage("ANALYSIS");
101       // --- Enable the ANALYSISalice Package
102       parFile="ANALYSISalice.par"; parFile.Prepend(parDir.Data());
103       gProof->UploadPackage(parFile.Data());
104       gProof->EnablePackage("ANALYSISalice");
105       // --- Enable the CORRFW Package
106       parFile="CORRFW.par"; parFile.Prepend(parDir.Data());
107       gProof->UploadPackage(parFile.Data());
108       gProof->EnablePackage("CORRFW");
109       // --- Enable the PWG3base Package
110       parFile="PWG3base.par"; parFile.Prepend(parDir.Data());
111       gProof->UploadPackage(parFile.Data());
112       gProof->EnablePackage("PWG3base");
113       // --- Enable the PWG3vertexingHF Package
114       parFile="PWG3vertexingHF.par"; parFile.Prepend(parDir.Data());
115       gProof->UploadPackage(parFile.Data());
116       gProof->EnablePackage("PWG3vertexingHF");
117       // --- Enable the PWG3muon Package
118       parFile="PWG3muon.par"; parFile.Prepend(parDir.Data());
119       gProof->UploadPackage(parFile.Data());
120       gProof->EnablePackage("PWG3muon");
121     }
122     gProof->ShowEnabledPackages(); // show a list of enabled packages
123   }
124
125
126   // Create Alien plugin, if requested
127   if(useAlienPlugin) {  
128     if(analysisMode!="grid") {printf("Analysis mode must be grid, to use alien plugin\n"); return;}
129     AliAnalysisGrid *alienHandler = CreateAlienHandler(pluginmode,useParFiles);  
130     if(!alienHandler) return;
131   }
132
133
134   //-------------------------------------------------------------------
135   // Prepare input
136   TChain *chainAOD = 0;
137   TString dataset; // for proof
138
139   if(!useAlienPlugin) {
140     TString makeAODInputChain="MakeAODInputChain.C"; makeAODInputChain.Prepend(loadMacroPath.Data());
141     if(inputMode=="list") {
142       // Local files
143       gROOT->LoadMacro(makeAODInputChain.Data());
144       chainAOD = MakeAODInputChain();// with this it reads ./AliAOD.root and ./AliAOD.VertexingHF.root
145       //chainAOD = MakeAODInputChain("alien:///alice/cern.ch/user/r/rbala/newtrain/out_lhc08x/180100/",1,1);
146       printf("ENTRIES %d\n",chainAOD->GetEntries());
147     } else if(inputMode=="xml") {
148       // xml
149       gROOT->LoadMacro(makeAODInputChain.Data());
150       chainAOD = MakeAODInputChain("collection_aod.xml","collection_aodHF.xml");
151     } else if(inputMode=="dataset") {
152       // CAF dataset
153       //gProof->ShowDataSets();
154       dataset="/ITS/dainesea/AODVertexingHF_LHC08x_180100";
155     }
156   }
157
158   // Create the analysis manager
159   AliAnalysisManager *mgr  = new AliAnalysisManager("My Manager","My Manager");
160   mgr->SetDebugLevel(10);
161   // Connect plug-in to the analysis manager
162   if(useAlienPlugin) mgr->SetGridHandler(alienHandler);
163
164   // Input
165   AliAODInputHandler *inputHandler = new AliAODInputHandler();
166   if(analysisMode=="proof" ) {
167     inputHandler->AddFriend("./AliAOD.VertexingHF.root");
168     //inputHandler->AddFriend("deltas/AliAOD.VertexingHF.root");
169     if(saveProofToAlien) mgr->SetSpecialOutputLocation(proofOutdir);
170   }
171   mgr->SetInputEventHandler(inputHandler);
172   //-------------------------------------------------------------------
173
174   
175   //-------------------------------------------------------------------
176   // Analysis tasks (wagons of the train)   
177   //
178   TString taskName;
179   
180   ////// ADD THE FULL D2H TRAIN
181   /*taskName="AddD2HTrain.C"; taskName.Prepend(loadMacroPath.Data());
182   gROOT->LoadMacro(taskName.Data());
183   Bool_t readMC=kFALSE;
184   AddD2HTrain(readMC);//,1,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0);*/
185   
186   ////// OR ADD INDIVIDUAL TASKS
187   
188   
189   /*  taskName="AddTaskCompareHF.C"; taskName.Prepend(loadMacroPath.Data());
190     gROOT->LoadMacro(taskName.Data());
191     AliAnalysisTaskSECompareHF *cmpTask = AddTaskCompareHF();
192   */ 
193     taskName="AddTaskD0Mass.C"; taskName.Prepend(loadMacroPath.Data());
194     gROOT->LoadMacro(taskName.Data());
195     AliAnalysisTaskSED0Mass *d0massTask = AddTaskD0Mass();
196     AliAnalysisTaskSED0Mass *d0massLikeSignTask = AddTaskD0Mass(1); 
197     /*
198     taskName="AddTaskDplus.C"; taskName.Prepend(loadMacroPath.Data());
199     gROOT->LoadMacro(taskName.Data());
200     AliAnalysisTaskSEDplus *dplusTask = AddTaskDplus();
201   
202     taskName="AddTaskDs.C"; taskName.Prepend(loadMacroPath.Data());
203     gROOT->LoadMacro(taskName.Data());
204     AliAnalysisTaskSEDs *dsTask = AddTaskDs();
205     
206     //taskName="AddTaskSelectHF.C"; taskName.Prepend(loadMacroPath.Data());
207     //gROOT->LoadMacro(taskName.Data());
208     //AliAnalysisTaskSESelectHF *seleTask = AddTaskSelectHF();
209     
210     taskName="AddTaskBkgLikeSignD0.C"; taskName.Prepend(loadMacroPath.Data());
211     gROOT->LoadMacro(taskName.Data());
212     AliAnalysisTaskSEBkgLikeSignD0 *lsD0Task = AddTaskBkgLikeSignD0();
213     
214     taskName="AddTaskBkgLikeSignJPSI.C"; taskName.Prepend(loadMacroPath.Data());
215     gROOT->LoadMacro(taskName.Data());
216     AliAnalysisTaskSEBkgLikeSignJPSI *lsJPSITask = AddTaskBkgLikeSignJPSI();
217     
218     //taskName="AddTaskBtoJPSItoEle.C"; taskName.Prepend(loadMacroPath.Data());
219     //gROOT->LoadMacro(taskName.Data());
220     //AliAnalysisTaskSEBtoJPSItoEle *jpsiTask = AddTaskBtoJPSItoEle();
221     
222     taskName="AddTaskCFMultiVarMultiStep.C"; taskName.Prepend(loadMacroPath.Data());
223     gROOT->LoadMacro(taskName.Data());
224     AliCFHeavyFlavourTaskMultiVarMultiStep *cfmvmsTask = AddTaskCFMultiVarMultiStep();
225     
226
227     taskName="AddTaskSECharmFraction.C"; 
228     taskName.Prepend(loadMacroPath.Data());
229     gROOT->LoadMacro(taskName.Data());
230     Int_t switchMC[5]={0,0,0,0,0};
231     // arguments: filename,switchMC,readmc,usepid,likesign,cutfilename,containerprefix
232     AliAnalysisTaskSECharmFraction *cFractTask = AddTaskSECharmFraction("standard",switchMC);
233     
234     // attach a private task (not committed)
235     // (the files MyTask.h MyTask.cxx AddMyTask.C have to be declared in plugin
236     // configuration, see below)
237     
238     if(analysisMode.Data()=="proof") {
239     gProof->LoadMacro("MyTask.cxx++g");
240     } else {
241     gROOT->LoadMacro("MyTask.cxx++g");
242     }
243     gROOT->LoadMacro("AddMyTask.C");
244     MyTask *myTask = AddMyTask();
245     
246     
247     if(analysisMode.Data()=="proof") {
248     gProof->LoadMacro("AliDStarJets.cxx++g");
249     } else {
250     gROOT->LoadMacro("AliDStarJets.cxx++g");
251     }
252     gROOT->LoadMacro("AddTaskDStarJets.C");
253     AliDStarJets *myTask = AddTaskDStarJets();
254   */
255   //-------------------------------------------------------------------
256   
257   //
258   // Run the analysis
259   //    
260   if(chainAOD) printf("CHAIN HAS %d ENTRIES\n",(Int_t)chainAOD->GetEntries());
261   
262   if(!mgr->InitAnalysis()) return;
263   mgr->PrintStatus();
264   if(analysisMode=="grid" && !useAlienPlugin) analysisMode="local";
265   if(analysisMode!="proof") {
266     mgr->StartAnalysis(analysisMode.Data(),chainAOD,nentries,firstentry);
267   } else {
268     // proof
269     mgr->StartAnalysis(analysisMode.Data(),dataset.Data(),nentries,firstentry);
270   }
271   
272   return;
273 }
274 //_____________________________________________________________________________
275 //
276 AliAnalysisGrid* CreateAlienHandler(TString pluginmode="test",Bool_t useParFiles=kFALSE)
277 {
278   // Check if user has a valid token, otherwise make one. This has limitations.
279   // One can always follow the standard procedure of calling alien-token-init then
280   //   source /tmp/gclient_env_$UID in the current shell.
281    AliAnalysisAlien *plugin = new AliAnalysisAlien();
282    // Set the run mode (can be "full", "test", "offline", "submit" or "terminate")
283    plugin->SetRunMode(pluginmode.Data());
284    plugin->SetUser("dainesea");
285    plugin->SetNtestFiles(3);
286    // Set versions of used packages
287    plugin->SetAPIVersion("V1.1x");
288    plugin->SetROOTVersion("v5-27-05-build3");
289    plugin->SetAliROOTVersion("v4-20-10-AN");
290    // Declare input data to be processed.
291    //************************************************
292    // Set data search pattern for DATA
293    //************************************************
294    /*
295    plugin->SetGridDataDir("/alice/data/2010/LHC10b"); // specify LHC period
296    plugin->SetDataPattern("pass2/AOD006/*AliAOD.root"); // specify reco pass and AOD set
297    plugin->SetFriendChainName("./AliAOD.VertexingHF.root");
298    // OR plugin->SetFriendChainName("deltas/AliAOD.VertexingHF.root");
299    // Adds only the good runs from the Monalisa Run Condition Table
300    // More than one period can be added but the period name has to be removed from GridDataDir (to be tested)
301    Int_t totruns=0;
302    totruns += AddGoodRuns(plugin,"LHC10b"); // specify LHC period
303    //totruns += AddGoodRuns(plugin,"LHC10c"); // specify LHC period
304    plugin->SetNrunsPerMaster(totruns);
305    */
306    //************************************************
307    // Set data search pattern for MONTECARLO
308    //************************************************
309    
310    plugin->SetGridDataDir("/alice/sim/LHC10d3"); // specify MC sample
311    plugin->SetDataPattern("AOD005/*AliAOD.root"); // specify AOD set
312    plugin->SetFriendChainName("./AliAOD.VertexingHF.root");
313    // OR plugin->SetFriendChainName("deltas/AliAOD.VertexingHF.root");
314    // Adds only the good runs from the Monalisa Run Condition Table 
315    // More than one period can be added!
316    Int_t totruns=0;
317    totruns += AddGoodRuns(plugin,"LHC10b","LHC10d3"); // specify LHC period for anchor runs; and the name of the MC production
318    //totruns += AddGoodRuns(plugin,"LHC10c","LHC10f7"); // specify LHC period for anchor runs;  and the name of the MC production
319    //totruns += AddGoodRuns(plugin,"LHC10d","LHC10f7"); // specify LHC period for anchor runs;  and the name of the MC production
320    plugin->SetNrunsPerMaster(totruns);
321    
322    //
323    // plugin->SetMaxMergeFiles(100);
324    // Define alien work directory where all files will be copied. Relative to alien $HOME.
325    plugin->SetGridWorkingDir("myHFanalysis");
326    // Declare alien output directory. Relative to working directory.
327    plugin->SetGridOutputDir("output"); // In this case will be $HOME/work/output
328    // Declare the analysis source files names separated by blancs. To be compiled runtime
329    // using ACLiC on the worker nodes.
330    //plugin->SetAnalysisSource("AliDStarJets.cxx");
331    // Declare all libraries (other than the default ones for the framework. These will be
332    // loaded by the generated analysis macro. Add all extra files (task .cxx/.h) here.
333    plugin->SetAdditionalLibs("libPWG3vertexingHF.so libPWG3base.so libPWG3muon.so");
334    // use par files
335    if(useParFiles) {
336      plugin->EnablePackage("STEERBase.par");
337      plugin->EnablePackage("ESD.par");
338      plugin->EnablePackage("AOD.par");
339      plugin->EnablePackage("ANALYSIS.par");
340      plugin->EnablePackage("ANALYSISalice.par");
341      plugin->EnablePackage("CORRFW.par");
342      plugin->EnablePackage("PWG3base.par");
343      plugin->EnablePackage("PWG3vertexingHF.par");
344      plugin->EnablePackage("PWG3muon.par");
345    }
346    plugin->AddIncludePath("-I. -I$ROOTSYS/include -I$ALICE_ROOT -I$ALICE_ROOT/include -I$ALICE_ROOT/ITS -I$ALICE_ROOT/TPC -I$ALICE_ROOT/CONTAINERS -I$ALICE_ROOT/STEER -I$ALICE_ROOT/TRD -I$ALICE_ROOT/macros -I$ALICE_ROOT/ANALYSIS -I$ALICE_ROOT/PWG3 -I$ALICE_ROOT/PWG3/vertexingHF -g");
347    // Declare the output file names separated by blancs.
348    // (can be like: file.root or file.root@ALICE::Niham::File)
349    plugin->SetDefaultOutputs(kTRUE);
350    //plugin->SetOutputFiles("output.root CmpHF.root CmpHFnt.root D0InvMass.root InvMassDplus.root InvMassDplus_nt1.root InvMassDplus_nt2.root");
351    // Optionally define the files to be archived.
352    //   plugin->SetOutputArchive("log_archive.zip:stdout,stderr@ALICE::NIHAM::File root_archive.zip:*.root@ALICE::NIHAM::File");
353    //   plugin->SetOutputArchive("log_archive.zip:stdout,stderr");
354    // Optionally set a name for the generated analysis macro (default MyAnalysis.C)
355    plugin->SetAnalysisMacro("AnalysisHF.C");
356    // Optionally set maximum number of input files/subjob (default 100, put 0 to ignore)
357    plugin->SetSplitMaxInputFileNumber(10);
358    // Optionally set number of failed jobs that will trigger killing waiting sub-jobs.
359    //plugin->SetMaxInitFailed(5);
360    // Optionally resubmit threshold.
361    //plugin->SetMasterResubmitThreshold(90);
362    // Optionally set time to live (default 30000 sec)
363    //plugin->SetTTL(20000);
364    // Optionally set input format (default xml-single)
365    plugin->SetInputFormat("xml-single");
366    // Optionally modify the name of the generated JDL (default analysis.jdl)
367    plugin->SetJDLName("TaskHF.jdl");
368    // Optionally modify job price (default 1)
369    //plugin->SetPrice(1);      
370    // Optionally modify split mode (default 'se')    
371    plugin->SetSplitMode("se");
372
373
374    return plugin;
375 }
376 //----------------------------------------------------------------------------
377 Int_t AddGoodRuns(AliAnalysisAlien* plugin,TString lhcPeriod,TString mcprod="") {
378   //
379   // Adds good runs from the Monalisa Run Condition Table
380   //
381   if(mcprod=="") plugin->SetRunPrefix("000"); // DATA
382
383   Int_t firstrun=0,lastrun=9999999;
384   Int_t nruns=0,ngoodruns=0;
385
386   if(mcprod=="LHC10d3") {firstrun=117054;lastrun=117222;}
387   if(mcprod=="LHC10d5") {firstrun=117086;lastrun=117222;}
388
389   if(lhcPeriod=="LHC10b") {
390     nruns=32;
391     Int_t runlist[32]={117222, 117220, 117116, 117112, 117109, 117099, 117092, 117086, 117077, 117065, 117063, 117060, 117059, 117054, 117053, 117052, 117050, 117048, 116645, 116643, 116574, 116571, 116562, 116403, 116288, 116102, 115414, 115401, 115393, 115193, 115186, 114931};
392    
393     for(Int_t k=0;k<nruns;k++){
394       if(runlist[k]<firstrun || runlist[k]>lastrun) continue;
395       plugin->AddRunNumber(runlist[k]);
396       ngoodruns++;
397     }
398     plugin->SetNrunsPerMaster(ngoodruns);
399   }
400
401   if(lhcPeriod=="LHC10c") { 
402     nruns=36;
403     Int_t runlist[36]={120829, 120825, 120824, 120823, 120822, 120821, 120820, 120758, 120750, 120741, 120671, 120617, 120616, 120505, 120504, 120503, 120244, 120079, 120076, 120073, 120072, 120069, 120067, 119862, 119859, 119856, 119853, 119849, 119846, 119845, 119844, 119842, 119841, 119163, 119161, 119159};
404    
405     for(Int_t k=0;k<nruns;k++){
406       if(runlist[k]<firstrun || runlist[k]>lastrun) continue;
407       plugin->AddRunNumber(runlist[k]);
408       ngoodruns++;
409     }
410     plugin->SetNrunsPerMaster(ngoodruns);
411   }
412
413   if(lhcPeriod=="LHC10dhighmu") { // only runs with high mu
414     nruns=19;
415     Int_t runlist[19]={124750, 124746, 124702, 124608, 124607, 124606, 124605, 124604, 124381, 124380, 124378, 124367, 124362, 124358, 124355, 124191, 124187, 122375, 122374};
416    
417     for(Int_t k=0;k<nruns;k++){
418       if(runlist[k]<firstrun || runlist[k]>lastrun) continue;
419       plugin->AddRunNumber(runlist[k]);
420       ngoodruns++;
421     }
422     plugin->SetNrunsPerMaster(ngoodruns);
423   }
424
425   if(lhcPeriod=="LHC10d") { // runs with high mu excluded
426     nruns=59;
427     Int_t runlist[59]={126437, 126432, 126425, 126424, 126422, 126409, 126408, 126407, 126406, 126405, 126404, 126403, 126359, 126352, 126351, 126350, 126285, 126284, 126283, 126168, 126167, 126160, 126158, 126097, 126090, 126088, 126082, 126081, 126078, 126073, 126008, 126007, 126004, 125855, 125851, 125850, 125849, 125848, 125847, 125844, 125843, 125842, 125633, 125632, 125630, 125628, 125296, 125186, 125156, 125140, 125139, 125134, 125133, 125101, 125100, 125097, 125085, 125023, 124751};
428    
429     for(Int_t k=0;k<nruns;k++){
430       if(runlist[k]<firstrun || runlist[k]>lastrun) continue;
431       plugin->AddRunNumber(runlist[k]);
432       ngoodruns++;
433     }
434     plugin->SetNrunsPerMaster(ngoodruns);
435   }
436
437
438   return ngoodruns;
439 }