Loading libMinuit
[u/mrichter/AliRoot.git] / PWG3 / vertexingHF / RunAnalysisAODVertexingHF.C
1 class AliAnalysisGrid;\r
2 TString mySE="ALICE::CNAF::SE";\r
3 \r
4 void RunAnalysisAODVertexingHF()\r
5 {\r
6   //\r
7   // Test macro for AliAnalysisTaskSE's for heavy-flavour candidates\r
8   // It has the structure of a Analysis Train:\r
9   // - in this macro, change things related to running mode\r
10   //   and input preparation \r
11   // - add your task using a AddTaskXXX macro \r
12   //\r
13   // A.Dainese, andrea.dainese@lnl.infn.it\r
14   // "grid" mode added by R.Bala, bala@to.infn.it\r
15   //\r
16 \r
17   gSystem->Setenv("alien_CLOSE_SE",mySE.Data());\r
18 \r
19   gSystem->SetIncludePath("-I. -I$ROOTSYS/include -I$ALICE_ROOT -I$ALICE_ROOT/include -I$ALICE_ROOT/ITS -I$ALICE_ROOT/TPC -I$ALICE_ROOT/CONTAINERS -I$ALICE_ROOT/STEER -I$ALICE_ROOT/TRD -I$ALICE_ROOT/macros -I$ALICE_ROOT/ANALYSIS -I$ALICE_ROOT/PWG3 -I$ALICE_ROOT/PWG3/vertexingHF -g"); \r
20   //\r
21   TString trainName = "D2H";\r
22   TString analysisMode = "grid"; // "local", "grid", or "proof"\r
23   TString inputMode    = "list"; // "list", "xml", or "dataset"\r
24   Long64_t nentries=1000,firstentry=0;\r
25   Bool_t useParFiles=kFALSE;\r
26   Bool_t useAlienPlugin=kTRUE;\r
27   TString pluginmode="test";\r
28   Bool_t saveProofToAlien=kFALSE;\r
29   TString proofOutdir = "";\r
30   TString loadMacroPath="$ALICE_ROOT/PWG3/vertexingHF/";\r
31   //TString loadMacroPath="./"; // this is normally needed for CAF\r
32   //\r
33 \r
34   if(analysisMode=="grid") {\r
35     // Connect to AliEn\r
36     TGrid::Connect("alien://");\r
37   } else if(analysisMode=="proof") {\r
38     // Connect to the PROOF cluster\r
39     if(inputMode!="dataset") {printf("Input mode must be dataset, for proof analysis\n"); return;}\r
40     gEnv->SetValue("XSec.GSI.DelegProxy","2");\r
41     TProof::Open("alicecaf");\r
42     //TProof::Reset("alicecaf");\r
43     if(saveProofToAlien) {\r
44       TGrid::Connect("alien://");\r
45       if(gGrid) {\r
46         TString homedir = gGrid->GetHomeDirectory();\r
47         TString workdir = homedir + trainName;\r
48         if(!gGrid->Cd(workdir)) {\r
49           gGrid->Cd(homedir);\r
50           if(gGrid->Mkdir(workdir)) {\r
51             gGrid->Cd(trainName);\r
52             ::Info("VertexingTrain::Connect()", "Directory %s created", gGrid->Pwd());\r
53           }\r
54         }          \r
55         gGrid->Mkdir("proof_output");\r
56         gGrid->Cd("proof_output");\r
57         proofOutdir = Form("alien://%s", gGrid->Pwd());\r
58       } \r
59     }\r
60   }\r
61 \r
62 \r
63   // AliRoot libraries\r
64   if(analysisMode=="local" || analysisMode=="grid") {\r
65     TString loadLibraries="LoadLibraries.C"; loadLibraries.Prepend(loadMacroPath.Data());\r
66     gROOT->LoadMacro(loadLibraries.Data());\r
67     LoadLibraries(useParFiles);\r
68   } else if (analysisMode=="proof") {\r
69     gSystem->Load("libTree.so");\r
70     gSystem->Load("libGeom.so");\r
71     gSystem->Load("libPhysics.so");\r
72     gSystem->Load("libVMC.so");    \r
73     gSystem->Load("libMinuit.so");    \r
74     // Enable the needed packages\r
75     //gProof->ClearPackages();\r
76     TString parDir="/afs/cern.ch/user/d/dainesea/code/";\r
77     TString parFile;\r
78     if(!useParFiles) {\r
79       gProof->UploadPackage("AF-v4-17");\r
80       gProof->EnablePackage("AF-v4-17");\r
81       // --- Enable the PWG3vertexingHF Package\r
82       parFile="PWG3vertexingHF.par"; parFile.Prepend(parDir.Data());\r
83       gProof->UploadPackage(parFile.Data());\r
84       gProof->EnablePackage("PWG3vertexingHF");\r
85     } else {\r
86       // --- Enable the STEERBase Package\r
87       parFile="STEERBase.par"; parFile.Prepend(parDir.Data());\r
88       gProof->UploadPackage(parFile.Data());\r
89       gProof->EnablePackage("STEERBase");\r
90       // --- Enable the ESD Package\r
91       parFile="ESD.par"; parFile.Prepend(parDir.Data());\r
92       gProof->UploadPackage(parFile.Data());\r
93       gProof->EnablePackage("ESD");\r
94       // --- Enable the AOD Package\r
95       parFile="AOD.par"; parFile.Prepend(parDir.Data());\r
96       gProof->UploadPackage(parFile.Data());\r
97       gProof->EnablePackage("AOD");\r
98       // --- Enable the ANALYSIS Package\r
99       parFile="ANALYSIS.par"; parFile.Prepend(parDir.Data());\r
100       gProof->UploadPackage(parFile.Data());\r
101       gProof->EnablePackage("ANALYSIS");\r
102       // --- Enable the ANALYSISalice Package\r
103       parFile="ANALYSISalice.par"; parFile.Prepend(parDir.Data());\r
104       gProof->UploadPackage(parFile.Data());\r
105       gProof->EnablePackage("ANALYSISalice");\r
106       // --- Enable the CORRFW Package\r
107       parFile="CORRFW.par"; parFile.Prepend(parDir.Data());\r
108       gProof->UploadPackage(parFile.Data());\r
109       gProof->EnablePackage("CORRFW");\r
110       // --- Enable the PWG3base Package\r
111       parFile="PWG3base.par"; parFile.Prepend(parDir.Data());\r
112       gProof->UploadPackage(parFile.Data());\r
113       gProof->EnablePackage("PWG3base");\r
114       // --- Enable the PWG3vertexingHF Package\r
115       parFile="PWG3vertexingHF.par"; parFile.Prepend(parDir.Data());\r
116       gProof->UploadPackage(parFile.Data());\r
117       gProof->EnablePackage("PWG3vertexingHF");\r
118       // --- Enable the JETAN Package\r
119       parFile="JETAN.par"; parFile.Prepend(parDir.Data());\r
120       gProof->UploadPackage(parFile.Data());\r
121       gProof->EnablePackage("JETAN");\r
122       // --- Enable the PWG3muon Package\r
123       parFile="PWG3muon.par"; parFile.Prepend(parDir.Data());\r
124       gProof->UploadPackage(parFile.Data());\r
125       gProof->EnablePackage("PWG3muon");\r
126       // --- Enable the PWG4PartCorrBase Package\r
127       parFile="PWG4PartCorrBase.par"; parFile.Prepend(parDir.Data());\r
128       gProof->UploadPackage(parFile.Data());\r
129       gProof->EnablePackage("PWG4PartCorrBase");\r
130       // --- Enable the PWG4PartCorrDep Package\r
131       parFile="PWG4PartCorrDep.par"; parFile.Prepend(parDir.Data());\r
132       gProof->UploadPackage(parFile.Data());\r
133       gProof->EnablePackage("PWG4PartCorrDep");\r
134     }\r
135     gProof->ShowEnabledPackages(); // show a list of enabled packages\r
136   }\r
137 \r
138 \r
139   // Create Alien plugin, if requested\r
140   if(useAlienPlugin) {  \r
141     if(analysisMode!="grid") {printf("Analysis mode must be grid, to use alien plugin\n"); return;}\r
142     AliAnalysisGrid *alienHandler = CreateAlienHandler(pluginmode,useParFiles);  \r
143     if(!alienHandler) return;\r
144   }\r
145 \r
146 \r
147   //-------------------------------------------------------------------\r
148   // Prepare input\r
149   TChain *chainAOD = 0;\r
150   TString dataset; // for proof\r
151 \r
152   if(!useAlienPlugin) {\r
153     TString makeAODInputChain="MakeAODInputChain.C"; makeAODInputChain.Prepend(loadMacroPath.Data());\r
154     if(inputMode=="list") {\r
155       // Local files\r
156       gROOT->LoadMacro(makeAODInputChain.Data());\r
157       chainAOD = MakeAODInputChain();// with this it reads ./AliAOD.root and ./AliAOD.VertexingHF.root\r
158       //chainAOD = MakeAODInputChain("alien:///alice/cern.ch/user/r/rbala/newtrain/out_lhc08x/180100/",1,1);\r
159       printf("ENTRIES %d\n",chainAOD->GetEntries());\r
160     } else if(inputMode=="xml") {\r
161       // xml\r
162       gROOT->LoadMacro(makeAODInputChain.Data());\r
163       chainAOD = MakeAODInputChain("collection_aod.xml","collection_aodHF.xml");\r
164     } else if(inputMode=="dataset") {\r
165       // CAF dataset\r
166       //gProof->ShowDataSets();\r
167       dataset="/ITS/dainesea/AODVertexingHF_LHC08x_180100";\r
168     }\r
169   }\r
170 \r
171   // Create the analysis manager\r
172   AliAnalysisManager *mgr  = new AliAnalysisManager("My Manager","My Manager");\r
173   mgr->SetDebugLevel(10);\r
174   // Connect plug-in to the analysis manager\r
175   if(useAlienPlugin) mgr->SetGridHandler(alienHandler);\r
176 \r
177   // Input\r
178   AliAODInputHandler *inputHandler = new AliAODInputHandler();\r
179   if(analysisMode=="proof") {\r
180     inputHandler->AddFriend("AliAOD.VertexingHF.root");\r
181     if(saveProofToAlien) mgr->SetSpecialOutputLocation(proofOutdir);\r
182   }\r
183   mgr->SetInputEventHandler(inputHandler);\r
184   //-------------------------------------------------------------------\r
185 \r
186   \r
187   //-------------------------------------------------------------------\r
188   // Analysis tasks (wagons of the train)   \r
189   //\r
190   TString taskName;\r
191   \r
192   //taskName="AddTaskCompareHF.C"; taskName.Prepend(loadMacroPath.Data());\r
193   //gROOT->LoadMacro(taskName.Data());\r
194   //AliAnalysisTaskSECompareHF *cmpTask = AddTaskCompareHF();\r
195   \r
196   taskName="AddTaskD0Mass.C"; taskName.Prepend(loadMacroPath.Data());\r
197   gROOT->LoadMacro(taskName.Data());\r
198   AliAnalysisTaskSED0Mass *d0massTask = AddTaskD0Mass();\r
199   AliAnalysisTaskSED0Mass *d0massLikeSignTask = AddTaskD0Mass(1); \r
200   \r
201   taskName="AddTaskDplus.C"; taskName.Prepend(loadMacroPath.Data());\r
202   gROOT->LoadMacro(taskName.Data());\r
203   AliAnalysisTaskSEDplus *dplusTask = AddTaskDplus();\r
204   \r
205   //taskName="AddTaskSelectHF.C"; taskName.Prepend(loadMacroPath.Data());\r
206   //gROOT->LoadMacro(taskName.Data());\r
207   //AliAnalysisTaskSESelectHF *seleTask = AddTaskSelectHF();\r
208   \r
209   taskName="AddTaskBkgLikeSignD0.C"; taskName.Prepend(loadMacroPath.Data());\r
210   gROOT->LoadMacro(taskName.Data());\r
211   AliAnalysisTaskSEBkgLikeSignD0 *lsD0Task = AddTaskBkgLikeSignD0();\r
212 \r
213   taskName="AddTaskBkgLikeSignJPSI.C"; taskName.Prepend(loadMacroPath.Data());\r
214   gROOT->LoadMacro(taskName.Data());\r
215   AliAnalysisTaskSEBkgLikeSignJPSI *lsJPSITask = AddTaskBkgLikeSignJPSI();\r
216 \r
217   //taskName="AddTaskBtoJPSItoEle.C"; taskName.Prepend(loadMacroPath.Data());\r
218   //gROOT->LoadMacro(taskName.Data());\r
219   //AliAnalysisTaskSEBtoJPSItoEle *jpsiTask = AddTaskBtoJPSItoEle();\r
220 \r
221   taskName="AddTaskCFMultiVarMultiStep.C"; taskName.Prepend(loadMacroPath.Data());\r
222   gROOT->LoadMacro(taskName.Data());\r
223   AliCFHeavyFlavourTaskMultiVarMultiStep *cfmvmsTask = AddTaskCFMultiVarMultiStep();\r
224 \r
225   taskName="AddTaskCharmFraction.C"; taskName.Prepend(loadMacroPath.Data());\r
226   gROOT->LoadMacro(taskName.Data());\r
227   Int_t switchMC[5]={1,1,1,1,1};\r
228   AliAnalysisTaskSECharmFraction *cFractTask = AddTaskCharmFraction("d0D0.root",switchMC);\r
229   \r
230   // attach a private task (not committed)\r
231   // (the files MyTask.h MyTask.cxx AddMyTask.C have to be declared in plugin\r
232   // configuration, see below)\r
233   /*\r
234   if(analysisMode.Data()=="proof") {\r
235     gProof->LoadMacro("MyTask.cxx++g");\r
236   } else {\r
237     gROOT->LoadMacro("MyTask.cxx++g");\r
238   }\r
239   gROOT->LoadMacro("AddMyTask.C");\r
240   MyTask *myTask = AddMyTask();\r
241   */\r
242   /*\r
243   if(analysisMode.Data()=="proof") {\r
244     gProof->LoadMacro("AliDStarJets.cxx++g");\r
245   } else {\r
246     gROOT->LoadMacro("AliDStarJets.cxx++g");\r
247   }\r
248   gROOT->LoadMacro("AddTaskDStarJets.C");\r
249   AliDStarJets *myTask = AddTaskDStarJets();\r
250   */\r
251   //-------------------------------------------------------------------\r
252 \r
253   //\r
254   // Run the analysis\r
255   //    \r
256   if(chainAOD) printf("CHAIN HAS %d ENTRIES\n",(Int_t)chainAOD->GetEntries());\r
257 \r
258   if(!mgr->InitAnalysis()) return;\r
259   mgr->PrintStatus();\r
260   if(analysisMode=="grid" && !useAlienPlugin) analysisMode="local";\r
261   if(analysisMode!="proof") {\r
262     mgr->StartAnalysis(analysisMode.Data(),chainAOD,nentries,firstentry);\r
263   } else {\r
264     // proof\r
265     mgr->StartAnalysis(analysisMode.Data(),dataset.Data(),nentries,firstentry);\r
266   }\r
267 \r
268   return;\r
269 }\r
270 //_____________________________________________________________________________\r
271 //\r
272 AliAnalysisGrid* CreateAlienHandler(TString pluginmode="test",Bool_t useParFiles=kFALSE)\r
273 {\r
274   // Check if user has a valid token, otherwise make one. This has limitations.\r
275   // One can always follow the standard procedure of calling alien-token-init then\r
276   //   source /tmp/gclient_env_$UID in the current shell.\r
277    if (!AliAnalysisGrid::CreateToken()) return NULL;\r
278    AliAnalysisAlien *plugin = new AliAnalysisAlien();\r
279    // Set the run mode (can be "full", "test", "offline", "submit" or "terminate")\r
280    plugin->SetRunMode(pluginmode.Data());\r
281    plugin->SetUser("dainesea");\r
282    plugin->SetNtestFiles(2);\r
283    // Set versions of used packages\r
284    plugin->SetAPIVersion("V2.4");\r
285    plugin->SetROOTVersion("v5-24-00");\r
286    plugin->SetAliROOTVersion("v4-18-07-AN");\r
287    // Declare input data to be processed.\r
288    // Method 1: Create automatically XML collections using alien 'find' command.\r
289    // Define production directory LFN\r
290    //plugin->SetGridDataDir("/alice/cern.ch/user/r/rbala/newtrain/out_lhc08x/");\r
291    //plugin->SetGridDataDir("/alice/cern.ch/user/m/mgheata/analysisESD/output_train_default_28May2009_09h33/");\r
292    plugin->SetGridDataDir("/alice/sim/PDC_09/LHC09a5/AOD1/");\r
293    // Set data search pattern\r
294    plugin->SetDataPattern("AliAOD.root");\r
295    plugin->SetFriendChainName("AliAOD.VertexingHF.root");\r
296    // ...then add run numbers to be considered\r
297    //plugin->AddRunNumber(529007);\r
298    //  or\r
299    //plugin->SetRunRange(529000,529007);\r
300    // Method 2: Declare existing data files (raw collections, xml collections, root file)\r
301    // If no path mentioned data is supposed to be in the work directory (see SetGridWorkingDir())\r
302    // XML collections added via this method can be combined with the first method if\r
303    // the content is compatible (using or not tags)\r
304    //plugin->AddDataFile("/alice/cern.ch/user/r/rbala/newtrain/collection/collection_aod_lhc08w.xml");\r
305    //   plugin->AddDataFile("/alice/data/2008/LHC08c/000057657/raw/Run57657.Merged.RAW.tag.root");\r
306    // Define alien work directory where all files will be copied. Relative to alien $HOME.\r
307    plugin->SetGridWorkingDir("lhc09a5_231009");\r
308    // Declare alien output directory. Relative to working directory.\r
309    plugin->SetGridOutputDir("output"); // In this case will be $HOME/work/output\r
310    // Declare the analysis source files names separated by blancs. To be compiled runtime\r
311    // using ACLiC on the worker nodes.\r
312    //plugin->SetAnalysisSource("AliDStarJets.cxx");\r
313    // Declare all libraries (other than the default ones for the framework. These will be\r
314    // loaded by the generated analysis macro. Add all extra files (task .cxx/.h) here.\r
315    plugin->SetAdditionalLibs("libPWG3vertexingHF.so libPWG3base.so libPWG3muon.so libPWG4PartCorrBase.so libPWG4PartCorrDep.so MakeAODInputChain.C"/* AliDStarJets.cxx AliDStarJets.h"*/);\r
316    // use par files\r
317    if(useParFiles) {\r
318      plugin->EnablePackage("STEERBase.par");\r
319      plugin->EnablePackage("ESD.par");\r
320      plugin->EnablePackage("AOD.par");\r
321      plugin->EnablePackage("ANALYSIS.par");\r
322      plugin->EnablePackage("ANALYSISalice.par");\r
323      plugin->EnablePackage("CORRFW.par");\r
324      plugin->EnablePackage("PWG3base.par");\r
325      plugin->EnablePackage("PWG3vertexingHF.par");\r
326      plugin->EnablePackage("PWG3muon.par");\r
327      plugin->EnablePackage("PWG4PartCorrBase.par");\r
328      plugin->EnablePackage("PWG4PartCorrDep.par");\r
329    }\r
330    plugin->AddIncludePath("-I. -I$ROOTSYS/include -I$ALICE_ROOT -I$ALICE_ROOT/include -I$ALICE_ROOT/ITS -I$ALICE_ROOT/TPC -I$ALICE_ROOT/CONTAINERS -I$ALICE_ROOT/STEER -I$ALICE_ROOT/TRD -I$ALICE_ROOT/macros -I$ALICE_ROOT/ANALYSIS -I$ALICE_ROOT/PWG3 -I$ALICE_ROOT/PWG3/vertexingHF -g");\r
331    // Declare the output file names separated by blancs.\r
332    // (can be like: file.root or file.root@ALICE::Niham::File)\r
333    plugin->SetDefaultOutputs(kTRUE);\r
334    //plugin->SetOutputFiles("output.root CmpHF.root CmpHFnt.root D0InvMass.root InvMassDplus.root InvMassDplus_nt1.root InvMassDplus_nt2.root");\r
335    // Optionally define the files to be archived.\r
336    //   plugin->SetOutputArchive("log_archive.zip:stdout,stderr@ALICE::NIHAM::File root_archive.zip:*.root@ALICE::NIHAM::File");\r
337    plugin->SetOutputArchive("log_archive.zip:stdout,stderr");\r
338    // Optionally set a name for the generated analysis macro (default MyAnalysis.C)\r
339    plugin->SetAnalysisMacro("AnalysisHF.C");\r
340    // Optionally set maximum number of input files/subjob (default 100, put 0 to ignore)\r
341    plugin->SetSplitMaxInputFileNumber(5);\r
342    // Optionally set number of failed jobs that will trigger killing waiting sub-jobs.\r
343    //plugin->SetMaxInitFailed(5);\r
344    // Optionally resubmit threshold.\r
345    //plugin->SetMasterResubmitThreshold(90);\r
346    // Optionally set time to live (default 30000 sec)\r
347    //plugin->SetTTL(20000);\r
348    // Optionally set input format (default xml-single)\r
349    plugin->SetInputFormat("xml-single");\r
350    // Optionally modify the name of the generated JDL (default analysis.jdl)\r
351    plugin->SetJDLName("TaskHF.jdl");\r
352    // Optionally modify job price (default 1)\r
353    //plugin->SetPrice(1);      \r
354    // Optionally modify split mode (default 'se')    \r
355    plugin->SetSplitMode("se");\r
356    // Optionally set the preferred SE    \r
357    plugin->SetPreferedSE(mySE.Data());\r
358    \r
359    return plugin;\r
360 }\r