e6516f82a00aa46134dbef9a5320a1a8dfac85b4
[u/mrichter/AliRoot.git] / PWG3 / vertexingHF / RunAnalysisAODVertexingHF.C
1 class AliAnalysisGrid;
2 class AliAnalysisAlien;
3
4 void RunAnalysisAODVertexingHF()
5 {
6   //
7   // Test macro for AliAnalysisTaskSE's for heavy-flavour candidates
8   // It has the structure of a Analysis Train:
9   // - in this macro, change things related to running mode
10   //   and input preparation 
11   // - add your task using a AddTaskXXX macro 
12   //
13   // A.Dainese, andrea.dainese@lnl.infn.it
14   // "grid" mode added by R.Bala, bala@to.infn.it
15   //
16
17
18   gSystem->SetIncludePath("-I. -I$ROOTSYS/include -I$ALICE_ROOT -I$ALICE_ROOT/include -I$ALICE_ROOT/ITS -I$ALICE_ROOT/TPC -I$ALICE_ROOT/CONTAINERS -I$ALICE_ROOT/STEER -I$ALICE_ROOT/TRD -I$ALICE_ROOT/macros -I$ALICE_ROOT/ANALYSIS -I$ALICE_ROOT/PWG3 -I$ALICE_ROOT/PWG3/vertexingHF -g"); 
19   //
20   TString trainName = "D2H";
21   TString analysisMode = "grid"; // "local", "grid", or "proof"
22   TString inputMode    = "list"; // "list", "xml", or "dataset"
23   Long64_t nentries=123567890,firstentry=0;
24   Bool_t useParFiles=kFALSE;
25   Bool_t useAlienPlugin=kTRUE;
26   TString pluginmode="test";
27   Bool_t saveProofToAlien=kFALSE;
28   TString proofOutdir = "";
29   TString loadMacroPath="$ALICE_ROOT/PWG3/vertexingHF/macros/";
30   //TString loadMacroPath="./"; // this is normally needed for CAF
31   //
32
33   if(analysisMode=="grid") {
34     // Connect to AliEn
35     TGrid::Connect("alien://");
36   } else if(analysisMode=="proof") {
37     // Connect to the PROOF cluster
38     if(inputMode!="dataset") {printf("Input mode must be dataset, for proof analysis\n"); return;}
39     gEnv->SetValue("XSec.GSI.DelegProxy","2");
40     TProof::Open("alicecaf");
41     //TProof::Reset("alicecaf");
42     if(saveProofToAlien) {
43       TGrid::Connect("alien://");
44       if(gGrid) {
45         TString homedir = gGrid->GetHomeDirectory();
46         TString workdir = homedir + trainName;
47         if(!gGrid->Cd(workdir)) {
48           gGrid->Cd(homedir);
49           if(gGrid->Mkdir(workdir)) {
50             gGrid->Cd(trainName);
51             ::Info("VertexingTrain::Connect()", "Directory %s created", gGrid->Pwd());
52           }
53         }          
54         gGrid->Mkdir("proof_output");
55         gGrid->Cd("proof_output");
56         proofOutdir = Form("alien://%s", gGrid->Pwd());
57       } 
58     }
59   }
60
61
62   // AliRoot libraries
63   if(analysisMode=="local" || analysisMode=="grid") {
64     TString loadLibraries="LoadLibraries.C"; loadLibraries.Prepend(loadMacroPath.Data());
65     gROOT->LoadMacro(loadLibraries.Data());
66     LoadLibraries(useParFiles);
67   } else if (analysisMode=="proof") {
68     gSystem->Load("libTree.so");
69     gSystem->Load("libGeom.so");
70     gSystem->Load("libPhysics.so");
71     gSystem->Load("libVMC.so");    
72     gSystem->Load("libMinuit.so");    
73     // Enable the needed packages
74     //gProof->ClearPackages();
75     TString parDir="/afs/cern.ch/user/d/dainesea/code/";
76     TString parFile;
77     if(!useParFiles) {
78       gProof->UploadPackage("AF-v4-17");
79       gProof->EnablePackage("AF-v4-17");
80       // --- Enable the PWG3vertexingHF Package
81       parFile="PWG3vertexingHF.par"; parFile.Prepend(parDir.Data());
82       gProof->UploadPackage(parFile.Data());
83       gProof->EnablePackage("PWG3vertexingHF");
84     } else {
85       // --- Enable the STEERBase Package
86       parFile="STEERBase.par"; parFile.Prepend(parDir.Data());
87       gProof->UploadPackage(parFile.Data());
88       gProof->EnablePackage("STEERBase");
89       // --- Enable the ESD Package
90       parFile="ESD.par"; parFile.Prepend(parDir.Data());
91       gProof->UploadPackage(parFile.Data());
92       gProof->EnablePackage("ESD");
93       // --- Enable the AOD Package
94       parFile="AOD.par"; parFile.Prepend(parDir.Data());
95       gProof->UploadPackage(parFile.Data());
96       gProof->EnablePackage("AOD");
97       // --- Enable the ANALYSIS Package
98       parFile="ANALYSIS.par"; parFile.Prepend(parDir.Data());
99       gProof->UploadPackage(parFile.Data());
100       gProof->EnablePackage("ANALYSIS");
101       // --- Enable the ANALYSISalice Package
102       parFile="ANALYSISalice.par"; parFile.Prepend(parDir.Data());
103       gProof->UploadPackage(parFile.Data());
104       gProof->EnablePackage("ANALYSISalice");
105       // --- Enable the CORRFW Package
106       parFile="CORRFW.par"; parFile.Prepend(parDir.Data());
107       gProof->UploadPackage(parFile.Data());
108       gProof->EnablePackage("CORRFW");
109       // --- Enable the PWG3base Package
110       parFile="PWG3base.par"; parFile.Prepend(parDir.Data());
111       gProof->UploadPackage(parFile.Data());
112       gProof->EnablePackage("PWG3base");
113       // --- Enable the PWG3vertexingHF Package
114       parFile="PWG3vertexingHF.par"; parFile.Prepend(parDir.Data());
115       gProof->UploadPackage(parFile.Data());
116       gProof->EnablePackage("PWG3vertexingHF");
117       // --- Enable the PWG3muon Package
118       parFile="PWG3muon.par"; parFile.Prepend(parDir.Data());
119       gProof->UploadPackage(parFile.Data());
120       gProof->EnablePackage("PWG3muon");
121     }
122     gProof->ShowEnabledPackages(); // show a list of enabled packages
123   }
124
125
126   // Create Alien plugin, if requested
127   if(useAlienPlugin) {  
128     if(analysisMode!="grid") {printf("Analysis mode must be grid, to use alien plugin\n"); return;}
129     AliAnalysisGrid *alienHandler = CreateAlienHandler(pluginmode,useParFiles);  
130     if(!alienHandler) return;
131   }
132
133
134   //-------------------------------------------------------------------
135   // Prepare input
136   TChain *chainAOD = 0;
137   TString dataset; // for proof
138
139   if(!useAlienPlugin) {
140     TString makeAODInputChain="MakeAODInputChain.C"; makeAODInputChain.Prepend(loadMacroPath.Data());
141     if(inputMode=="list") {
142       // Local files
143       gROOT->LoadMacro(makeAODInputChain.Data());
144       chainAOD = MakeAODInputChain();// with this it reads ./AliAOD.root and ./AliAOD.VertexingHF.root
145       //chainAOD = MakeAODInputChain("alien:///alice/cern.ch/user/r/rbala/newtrain/out_lhc08x/180100/",1,1);
146       printf("ENTRIES %d\n",chainAOD->GetEntries());
147     } else if(inputMode=="xml") {
148       // xml
149       gROOT->LoadMacro(makeAODInputChain.Data());
150       chainAOD = MakeAODInputChain("collection_aod.xml","collection_aodHF.xml");
151     } else if(inputMode=="dataset") {
152       // CAF dataset
153       //gProof->ShowDataSets();
154       dataset="/ITS/dainesea/AODVertexingHF_LHC08x_180100";
155     }
156   }
157
158   // Create the analysis manager
159   AliAnalysisManager *mgr  = new AliAnalysisManager("My Manager","My Manager");
160   mgr->SetDebugLevel(10);
161   // Connect plug-in to the analysis manager
162   if(useAlienPlugin) mgr->SetGridHandler(alienHandler);
163
164   // Input
165   AliAODInputHandler *inputHandler = new AliAODInputHandler();
166   if(analysisMode=="proof" ) {
167     inputHandler->AddFriend("./AliAOD.VertexingHF.root");
168     //inputHandler->AddFriend("deltas/AliAOD.VertexingHF.root");
169     if(saveProofToAlien) mgr->SetSpecialOutputLocation(proofOutdir);
170   }
171   mgr->SetInputEventHandler(inputHandler);
172   //-------------------------------------------------------------------
173
174   
175   //-------------------------------------------------------------------
176   // Analysis tasks (wagons of the train)   
177   //
178   TString taskName;
179   
180   ////// ADD THE FULL D2H TRAIN
181   /*taskName="AddD2HTrain.C"; taskName.Prepend(loadMacroPath.Data());
182   gROOT->LoadMacro(taskName.Data());
183   Bool_t readMC=kFALSE;
184   AddD2HTrain(readMC);//,1,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0);*/
185   
186   ////// OR ADD INDIVIDUAL TASKS
187   
188   
189   /*  taskName="AddTaskCompareHF.C"; taskName.Prepend(loadMacroPath.Data());
190     gROOT->LoadMacro(taskName.Data());
191     AliAnalysisTaskSECompareHF *cmpTask = AddTaskCompareHF();
192   */ 
193     taskName="AddTaskD0Mass.C"; taskName.Prepend(loadMacroPath.Data());
194     gROOT->LoadMacro(taskName.Data());
195     AliAnalysisTaskSED0Mass *d0massTask = AddTaskD0Mass();
196     AliAnalysisTaskSED0Mass *d0massLikeSignTask = AddTaskD0Mass(1); 
197     /*
198     taskName="AddTaskDplus.C"; taskName.Prepend(loadMacroPath.Data());
199     gROOT->LoadMacro(taskName.Data());
200     AliAnalysisTaskSEDplus *dplusTask = AddTaskDplus();
201   
202     taskName="AddTaskDs.C"; taskName.Prepend(loadMacroPath.Data());
203     gROOT->LoadMacro(taskName.Data());
204     AliAnalysisTaskSEDs *dsTask = AddTaskDs();
205     
206     //taskName="AddTaskSelectHF.C"; taskName.Prepend(loadMacroPath.Data());
207     //gROOT->LoadMacro(taskName.Data());
208     //AliAnalysisTaskSESelectHF *seleTask = AddTaskSelectHF();
209     
210     taskName="AddTaskBkgLikeSignD0.C"; taskName.Prepend(loadMacroPath.Data());
211     gROOT->LoadMacro(taskName.Data());
212     AliAnalysisTaskSEBkgLikeSignD0 *lsD0Task = AddTaskBkgLikeSignD0();
213     
214     taskName="AddTaskBkgLikeSignJPSI.C"; taskName.Prepend(loadMacroPath.Data());
215     gROOT->LoadMacro(taskName.Data());
216     AliAnalysisTaskSEBkgLikeSignJPSI *lsJPSITask = AddTaskBkgLikeSignJPSI();
217     
218     //taskName="AddTaskBtoJPSItoEle.C"; taskName.Prepend(loadMacroPath.Data());
219     //gROOT->LoadMacro(taskName.Data());
220     //AliAnalysisTaskSEBtoJPSItoEle *jpsiTask = AddTaskBtoJPSItoEle();
221     
222     taskName="AddTaskCFMultiVarMultiStep.C"; taskName.Prepend(loadMacroPath.Data());
223     gROOT->LoadMacro(taskName.Data());
224     AliCFHeavyFlavourTaskMultiVarMultiStep *cfmvmsTask = AddTaskCFMultiVarMultiStep();
225     
226     taskName="AddTaskCharmFraction.C"; taskName.Prepend(loadMacroPath.Data());
227     gROOT->LoadMacro(taskName.Data());
228     Int_t switchMC[5]={1,1,1,1,1};
229     AliAnalysisTaskSECharmFraction *cFractTask = AddTaskCharmFraction("d0D0",switchMC);
230     
231     // attach a private task (not committed)
232     // (the files MyTask.h MyTask.cxx AddMyTask.C have to be declared in plugin
233     // configuration, see below)
234     
235     if(analysisMode.Data()=="proof") {
236     gProof->LoadMacro("MyTask.cxx++g");
237     } else {
238     gROOT->LoadMacro("MyTask.cxx++g");
239     }
240     gROOT->LoadMacro("AddMyTask.C");
241     MyTask *myTask = AddMyTask();
242     
243     
244     if(analysisMode.Data()=="proof") {
245     gProof->LoadMacro("AliDStarJets.cxx++g");
246     } else {
247     gROOT->LoadMacro("AliDStarJets.cxx++g");
248     }
249     gROOT->LoadMacro("AddTaskDStarJets.C");
250     AliDStarJets *myTask = AddTaskDStarJets();
251   */
252   //-------------------------------------------------------------------
253   
254   //
255   // Run the analysis
256   //    
257   if(chainAOD) printf("CHAIN HAS %d ENTRIES\n",(Int_t)chainAOD->GetEntries());
258   
259   if(!mgr->InitAnalysis()) return;
260   mgr->PrintStatus();
261   if(analysisMode=="grid" && !useAlienPlugin) analysisMode="local";
262   if(analysisMode!="proof") {
263     mgr->StartAnalysis(analysisMode.Data(),chainAOD,nentries,firstentry);
264   } else {
265     // proof
266     mgr->StartAnalysis(analysisMode.Data(),dataset.Data(),nentries,firstentry);
267   }
268   
269   return;
270 }
271 //_____________________________________________________________________________
272 //
273 AliAnalysisGrid* CreateAlienHandler(TString pluginmode="test",Bool_t useParFiles=kFALSE)
274 {
275   // Check if user has a valid token, otherwise make one. This has limitations.
276   // One can always follow the standard procedure of calling alien-token-init then
277   //   source /tmp/gclient_env_$UID in the current shell.
278    if (!AliAnalysisGrid::CreateToken()) return NULL;
279    AliAnalysisAlien *plugin = new AliAnalysisAlien();
280    // Set the run mode (can be "full", "test", "offline", "submit" or "terminate")
281    plugin->SetRunMode(pluginmode.Data());
282    plugin->SetUser("dainesea");
283    plugin->SetNtestFiles(1);
284    // Set versions of used packages
285    plugin->SetAPIVersion("V1.1x");
286    plugin->SetROOTVersion("v5-26-00b-6");
287    plugin->SetAliROOTVersion("v4-19-18-AN");
288    // Declare input data to be processed.
289    // Method 1: Create automatically XML collections using alien 'find' command.
290    // Define production directory LFN
291    //  plugin->SetGridDataDir("/alice/cern.ch/user/r/rbala/data_pass4_good_runCINT1B_8thfeb/");
292    //plugin->SetGridDataDir("/alice/sim/PDC_09/LHC09a4/AOD3/");
293    // Set data search pattern
294    plugin->SetGridDataDir("/alice/data/2010/LHC10b");
295    plugin->SetDataPattern("pass2/AOD001/*AliAOD.root");
296    plugin->SetFriendChainName("./AliAOD.VertexingHF.root");
297    //plugin->SetFriendChainName("deltas/AliAOD.VertexingHF.root");
298    // Adds only the good runs from the Monalisa Run Condition Table
299    AddGoodRuns(plugin,"LHC10b");
300    // ...then add run numbers to be considered
301    // plugin->SetMaxMergeFiles(100);
302    plugin->SetNrunsPerMaster(100);
303    //plugin->SetNumberOfReplicas(2);
304    //  or
305    //plugin->SetRunRange(529000,529007);
306    // Method 2: Declare existing data files (raw collections, xml collections, root file)
307    // If no path mentioned data is supposed to be in the work directory (see SetGridWorkingDir())
308    // XML collections added via this method can be combined with the first method if
309    // the content is compatible (using or not tags)
310    //plugin->AddDataFile("/alice/cern.ch/user/r/rbala/newtrain/collection/collection_aod_lhc08w.xml");
311    //   plugin->AddDataFile("/alice/data/2008/LHC08c/000057657/raw/Run57657.Merged.RAW.tag.root");
312    // Define alien work directory where all files will be copied. Relative to alien $HOME.
313    plugin->SetGridWorkingDir("myHFanalysis");
314    // Declare alien output directory. Relative to working directory.
315    plugin->SetGridOutputDir("output"); // In this case will be $HOME/work/output
316    // Declare the analysis source files names separated by blancs. To be compiled runtime
317    // using ACLiC on the worker nodes.
318    //plugin->SetAnalysisSource("AliDStarJets.cxx");
319    // Declare all libraries (other than the default ones for the framework. These will be
320    // loaded by the generated analysis macro. Add all extra files (task .cxx/.h) here.
321    plugin->SetAdditionalLibs("libPWG3vertexingHF.so libPWG3base.so libPWG3muon.so");
322    // use par files
323    if(useParFiles) {
324      plugin->EnablePackage("STEERBase.par");
325      plugin->EnablePackage("ESD.par");
326      plugin->EnablePackage("AOD.par");
327      plugin->EnablePackage("ANALYSIS.par");
328      plugin->EnablePackage("ANALYSISalice.par");
329      plugin->EnablePackage("CORRFW.par");
330      plugin->EnablePackage("PWG3base.par");
331      plugin->EnablePackage("PWG3vertexingHF.par");
332      plugin->EnablePackage("PWG3muon.par");
333    }
334    plugin->AddIncludePath("-I. -I$ROOTSYS/include -I$ALICE_ROOT -I$ALICE_ROOT/include -I$ALICE_ROOT/ITS -I$ALICE_ROOT/TPC -I$ALICE_ROOT/CONTAINERS -I$ALICE_ROOT/STEER -I$ALICE_ROOT/TRD -I$ALICE_ROOT/macros -I$ALICE_ROOT/ANALYSIS -I$ALICE_ROOT/PWG3 -I$ALICE_ROOT/PWG3/vertexingHF -g");
335    // Declare the output file names separated by blancs.
336    // (can be like: file.root or file.root@ALICE::Niham::File)
337    plugin->SetDefaultOutputs(kTRUE);
338    //plugin->SetOutputFiles("output.root CmpHF.root CmpHFnt.root D0InvMass.root InvMassDplus.root InvMassDplus_nt1.root InvMassDplus_nt2.root");
339    // Optionally define the files to be archived.
340    //   plugin->SetOutputArchive("log_archive.zip:stdout,stderr@ALICE::NIHAM::File root_archive.zip:*.root@ALICE::NIHAM::File");
341    //   plugin->SetOutputArchive("log_archive.zip:stdout,stderr");
342    // Optionally set a name for the generated analysis macro (default MyAnalysis.C)
343    plugin->SetAnalysisMacro("AnalysisHF.C");
344    // Optionally set maximum number of input files/subjob (default 100, put 0 to ignore)
345    plugin->SetSplitMaxInputFileNumber(10);
346    // Optionally set number of failed jobs that will trigger killing waiting sub-jobs.
347    //plugin->SetMaxInitFailed(5);
348    // Optionally resubmit threshold.
349    //plugin->SetMasterResubmitThreshold(90);
350    // Optionally set time to live (default 30000 sec)
351    //plugin->SetTTL(20000);
352    // Optionally set input format (default xml-single)
353    plugin->SetInputFormat("xml-single");
354    // Optionally modify the name of the generated JDL (default analysis.jdl)
355    plugin->SetJDLName("TaskHF.jdl");
356    // Optionally modify job price (default 1)
357    //plugin->SetPrice(1);      
358    // Optionally modify split mode (default 'se')    
359    plugin->SetSplitMode("se");
360
361
362    return plugin;
363 }
364 //----------------------------------------------------------------------------
365 void AddGoodRuns(AliAnalysisAlien* plugin,TString lhcPeriod) {
366   //
367   // Adds good runs from the Monalisa Run Condition Table
368   //
369   plugin->SetRunPrefix("000");
370
371   if(lhcPeriod=="LHC10b") {
372     Int_t nruns=47;
373     Int_t runlist[47]={117222, 117220, 117120, 117118, 117116, 117112, 117109, 117099, 117092, 117086, 117082, 117077, 117063, 117060, 117059, 117054, 117053, 117052, 117050, 117048, 116643, 116611, 116609, 116574, 116571, 116562, 116561, 116559, 116403, 116402, 116401, 116288, 116102, 115514, 115414, 115401, 115393, 115345, 115335, 115328, 115325, 115322, 115318, 115310, 115193, 115186, 114931};
374    
375     for(Int_t k=0;k<nruns;k++){
376       plugin->AddRunNumber(runlist[k]);
377     }
378     plugin->SetNrunsPerMaster(nruns);
379   }
380
381   if(lhcPeriod=="LHC10c") { 
382     Int_t nruns=36;
383     Int_t runlist[36]={120829, 120825, 120824, 120823, 120822, 120821, 120820, 120758, 120750, 120741, 120671, 120617, 120616, 120505, 120504, 120503, 120244, 120079, 120076, 120073, 120072, 120069, 120067, 119862, 119859, 119856, 119853, 119849, 119846, 119845, 119844, 119842, 119841, 119163, 119161, 119159};
384    
385     for(Int_t k=0;k<nruns;k++){
386       plugin->AddRunNumber(runlist[k]);
387     }
388     plugin->SetNrunsPerMaster(nruns);
389   }
390
391   return;
392 }