PWG4/CaloCalib/AliAnalysisTaskEMCALClusterize.cxx

   1 /**************************************************************************
   2  * Copyright(c) 1998-1999, ALICE Experiment at CERN, All rights reserved. *
   3  *                                                                        *
   4  * Author: The ALICE Off-line Project.                                    *
   5  * Contributors are mentioned in the code where appropriate.              *
   6  *                                                                        *
   7  * Permission to use, copy, modify and distribute this software and its   *
   8  * documentation strictly for non-commercial purposes is hereby granted   *
   9  * without fee, provided that the above copyright notice appears in all   *
  10  * copies and that both the copyright notice and this permission notice   *
  11  * appear in the supporting documentation. The authors make no claims     *
  12  * about the suitability of this software for any purpose. It is          *
  13  * provided "as is" without express or implied warranty.                  *
  14  **************************************************************************/
  15 /* $Id: $ */
  16
  17 //_________________________________________________________________________
  18 // This analysis provides a new list of clusters to be used in other analysis
  19 //
  20 // Author: Gustavo Conesa Balbastre,
  21 //         Adapted from analysis class from Deepa Thomas
  22 //
  23 //
  24 //_________________________________________________________________________
  25
  26 // --- Root ---
  27 #include "TString.h"
  28 #include "TRefArray.h"
  29 #include "TClonesArray.h"
  30 #include "TTree.h"
  31 #include "TGeoManager.h"
  32 #include "TROOT.h"
  33 #include "TInterpreter.h"
  34 #include "TFile.h"
  35 //#include "string.h"
  36
  37 // --- AliRoot Analysis Steering
  38 #include "AliAnalysisTask.h"
  39 #include "AliAnalysisManager.h"
  40 #include "AliESDEvent.h"
  41 #include "AliGeomManager.h"
  42 #include "AliVCaloCells.h"
  43 #include "AliAODCaloCluster.h"
  44 #include "AliCDBManager.h"
  45 #include "AliCDBStorage.h"
  46 #include "AliCDBEntry.h"
  47 #include "AliLog.h"
  48 #include "AliVEventHandler.h"
  49 #include "AliAODInputHandler.h"
  50
  51 // --- EMCAL
  52 #include "AliEMCALRecParam.h"
  53 #include "AliEMCALAfterBurnerUF.h"
  54 #include "AliEMCALGeometry.h"
  55 #include "AliEMCALClusterizerNxN.h"
  56 #include "AliEMCALClusterizerv1.h"
  57 #include "AliEMCALClusterizerv2.h"
  58 #include "AliEMCALRecPoint.h"
  59 #include "AliEMCALDigit.h"
  60 #include "AliCaloCalibPedestal.h"
  61 #include "AliEMCALCalibData.h"
  62 #include "AliEMCALRecoUtils.h"
  63
  64 #include "AliAnalysisTaskEMCALClusterize.h"
  65
  66 ClassImp(AliAnalysisTaskEMCALClusterize)
  67
  68 //________________________________________________________________________
  69 AliAnalysisTaskEMCALClusterize::AliAnalysisTaskEMCALClusterize(const char *name)
  70   : AliAnalysisTaskSE(name)
  71   , fGeom(0), fGeomName("EMCAL_FIRSTYEARV1"),  fGeomMatrixSet(kFALSE), fLoadGeomMatrices(kFALSE)
  72   , fCalibData(0),       fPedestalData(0),     fOCDBpath("raw://"),    fAccessOCDB(kFALSE)
  73   , fDigitsArr(0),       fClusterArr(0),       fCaloClusterArr(0)
  74   , fRecParam(0),        fClusterizer(0),      fUnfolder(0),           fJustUnfold(kFALSE)
  75   , fOutputAODBranch(0), fOutputAODBranchName("newEMCALClusters")
  76   , fFillAODFile(kTRUE), fFillAODHeader(0),    fFillAODCaloCells(0)
  77   , fRun(-1),            fRecoUtils(0),        fConfigName("")
  78   , fCellLabels(),       fCellSecondLabels(),  fMaxEvent(1000000000),  fDoTrackMatching(kFALSE)
  79
  80   {
  81   //ctor
  82   for(Int_t i = 0; i < 10;    i++)  fGeomMatrix[i] =  0;
  83     for(Int_t j = 0; j < 24*48*11; j++)  {
  84       fCellLabels[j]       = -1;
  85       fCellSecondLabels[j] = -1;
  86     }
  87   fDigitsArr       = new TClonesArray("AliEMCALDigit",200);
  88   fClusterArr      = new TObjArray(100);
  89   fCaloClusterArr  = new TObjArray(100);
  90   fRecParam        = new AliEMCALRecParam;
  91   fBranchNames     = "ESD:AliESDHeader.,EMCALCells.";
  92   fRecoUtils       = new AliEMCALRecoUtils();
  93 }
  94
  95 //________________________________________________________________________
  96 AliAnalysisTaskEMCALClusterize::AliAnalysisTaskEMCALClusterize()
  97   : AliAnalysisTaskSE("DefaultAnalysis_AliAnalysisTaskEMCALClusterize")
  98   , fGeom(0), fGeomName("EMCAL_FIRSTYEARV1"),   fGeomMatrixSet(kFALSE), fLoadGeomMatrices(kFALSE)
  99   , fCalibData(0),        fPedestalData(0),     fOCDBpath("raw://"),    fAccessOCDB(kFALSE)
 100   , fDigitsArr(0),        fClusterArr(0),       fCaloClusterArr(0)
 101   , fRecParam(0),         fClusterizer(0),      fUnfolder(0),           fJustUnfold(kFALSE)
 102   , fOutputAODBranch(0),  fOutputAODBranchName("newEMCALClusters")
 103   , fFillAODFile(kFALSE), fFillAODHeader(0),    fFillAODCaloCells(0)
 104   , fRun(-1),             fRecoUtils(0),        fConfigName("")
 105   , fCellLabels(),        fCellSecondLabels(),  fMaxEvent(1000000000),  fDoTrackMatching(kFALSE)
 106 {
 107   // Constructor
 108   for(Int_t i = 0; i < 10;    i++)  fGeomMatrix[i] =  0;
 109   for(Int_t j = 0; j < 24*48*11; j++)  {
 110     fCellLabels[j]       = -1;
 111     fCellSecondLabels[j] = -1;
 112   }
 113   fDigitsArr       = new TClonesArray("AliEMCALDigit",200);
 114   fClusterArr      = new TObjArray(100);
 115   fCaloClusterArr  = new TObjArray(100);
 116   fRecParam        = new AliEMCALRecParam;
 117   fBranchNames     = "ESD:AliESDHeader.,EMCALCells.";
 118   fRecoUtils       = new AliEMCALRecoUtils();
 119 }
 120
 121
 122 //________________________________________________________________________
 123 AliAnalysisTaskEMCALClusterize::~AliAnalysisTaskEMCALClusterize()
 124 {
 125   //dtor
 126
 127   if (fDigitsArr){
 128     fDigitsArr->Clear("C");
 129     delete fDigitsArr;
 130   }
 131
 132   if (fClusterArr){
 133     fClusterArr->Delete();
 134     delete fClusterArr;
 135   }
 136
 137   if (fCaloClusterArr){
 138     fCaloClusterArr->Delete();
 139     delete fCaloClusterArr;
 140   }
 141
 142   if(fClusterizer) delete fClusterizer;
 143   if(fUnfolder)    delete fUnfolder;
 144   if(fRecoUtils)   delete fRecoUtils;
 145
 146 }
 147
 148 //-------------------------------------------------------------------
 149 void AliAnalysisTaskEMCALClusterize::Init()
 150 {
 151   //Init analysis with configuration macro if available
 152
 153   if(gROOT->LoadMacro(fConfigName) >=0){
 154     printf("Configure analysis with %s\n",fConfigName.Data());
 155     AliAnalysisTaskEMCALClusterize *clus = (AliAnalysisTaskEMCALClusterize*)gInterpreter->ProcessLine("ConfigEMCALClusterize()");
 156     fGeomName         = clus->fGeomName;
 157     fLoadGeomMatrices = clus->fLoadGeomMatrices;
 158     fOCDBpath         = clus->fOCDBpath;
 159     fRecParam         = clus->fRecParam;
 160     fJustUnfold       = clus->fJustUnfold;
 161     fFillAODFile      = clus->fFillAODFile;
 162     fRecoUtils        = clus->fRecoUtils;
 163     fConfigName       = clus->fConfigName;
 164     fOutputAODBranchName = clus->fOutputAODBranchName;
 165     for(Int_t i = 0; i < 10; i++) fGeomMatrix[i] = clus->fGeomMatrix[i] ;
 166
 167   }
 168
 169 }
 170
 171 //-------------------------------------------------------------------
 172 void AliAnalysisTaskEMCALClusterize::UserCreateOutputObjects()
 173 {
 174   // Init geometry, create list of output clusters
 175
 176   fGeom =  AliEMCALGeometry::GetInstance(fGeomName) ;
 177   if(fOutputAODBranchName.Length()!=0){
 178     fOutputAODBranch = new TClonesArray("AliAODCaloCluster", 0);
 179     fOutputAODBranch->SetName(fOutputAODBranchName);
 180     AddAODBranch("TClonesArray", &fOutputAODBranch);
 181   }
 182   else {
 183     AliFatal("fOutputAODBranchName not set\n");
 184   }
 185 }
 186
 187 //________________________________________________________________________
 188 void AliAnalysisTaskEMCALClusterize::FillAODCaloCells() {
 189   // Put calo cells in standard branch
 190   AliVEvent * event = InputEvent();
 191   AliVCaloCells &eventEMcells = *(event->GetEMCALCells());
 192   Int_t nEMcell = eventEMcells.GetNumberOfCells() ;
 193
 194   AliAODCaloCells &aodEMcells = *(AODEvent()->GetEMCALCells());
 195   aodEMcells.CreateContainer(nEMcell);
 196   aodEMcells.SetType(AliVCaloCells::kEMCALCell);
 197   Double_t calibFactor = 1.;
 198   for (Int_t iCell = 0; iCell < nEMcell; iCell++) {
 199     Int_t imod = -1, iphi =-1, ieta=-1,iTower = -1, iIphi = -1, iIeta = -1;
 200     fGeom->GetCellIndex(eventEMcells.GetCellNumber(iCell),imod,iTower,iIphi,iIeta);
 201     fGeom->GetCellPhiEtaIndexInSModule(imod,iTower,iIphi, iIeta,iphi,ieta);
 202
 203     if(fRecoUtils->IsRecalibrationOn()){
 204       calibFactor = fRecoUtils->GetEMCALChannelRecalibrationFactor(imod,ieta,iphi);
 205     }
 206
 207     if(!fRecoUtils->GetEMCALChannelStatus(imod, ieta, iphi)){ //Channel is not declared as bad
 208       aodEMcells.SetCell(iCell,eventEMcells.GetCellNumber(iCell),eventEMcells.GetAmplitude(iCell)*calibFactor);
 209       //printf("GOOD channel\n");
 210     }
 211     else {
 212       aodEMcells.SetCell(iCell,eventEMcells.GetCellNumber(iCell),0);
 213       //printf("BAD channel\n");
 214     }
 215   }
 216   aodEMcells.Sort();
 217
 218 }
 219
 220 //________________________________________________________________________
 221 void AliAnalysisTaskEMCALClusterize::FillAODHeader() {
 222   //Put event header information in standard AOD branch
 223
 224   AliVEvent* event      = InputEvent();
 225   AliESDEvent* esdevent = dynamic_cast<AliESDEvent*> (event);
 226   AliAODEvent* aodevent = dynamic_cast<AliAODEvent*> (event);
 227
 228   Double_t pos[3]   ;
 229   Double_t covVtx[6];
 230   for (Int_t i = 0; i < 6; i++)  covVtx[i] = 0.;
 231
 232   AliAODHeader* header = AODEvent()->GetHeader();
 233   header->SetRunNumber(event->GetRunNumber());
 234
 235   if(esdevent){
 236     TTree* tree = fInputHandler->GetTree();
 237     if (tree) {
 238       TFile* file = tree->GetCurrentFile();
 239       if (file) header->SetESDFileName(file->GetName());
 240     }
 241   }
 242   else if (aodevent) header->SetESDFileName(aodevent->GetHeader()->GetESDFileName());
 243
 244   header->SetBunchCrossNumber(event->GetBunchCrossNumber());
 245   header->SetOrbitNumber(event->GetOrbitNumber());
 246   header->SetPeriodNumber(event->GetPeriodNumber());
 247   header->SetEventType(event->GetEventType());
 248
 249   //Centrality
 250   if(event->GetCentrality()){
 251     header->SetCentrality(new AliCentrality(*(event->GetCentrality())));
 252   }
 253   else{
 254     header->SetCentrality(0);
 255   }
 256
 257   //Trigger
 258   header->SetOfflineTrigger(fInputHandler->IsEventSelected()); // propagate the decision of the physics selection
 259   if      (esdevent) header->SetFiredTriggerClasses(esdevent->GetFiredTriggerClasses());
 260   else if (aodevent) header->SetFiredTriggerClasses(aodevent->GetFiredTriggerClasses());
 261   header->SetTriggerMask(event->GetTriggerMask());
 262   header->SetTriggerCluster(event->GetTriggerCluster());
 263   if(esdevent){
 264     header->SetL0TriggerInputs(esdevent->GetHeader()->GetL0TriggerInputs());
 265     header->SetL1TriggerInputs(esdevent->GetHeader()->GetL1TriggerInputs());
 266     header->SetL2TriggerInputs(esdevent->GetHeader()->GetL2TriggerInputs());
 267   }
 268   else if (aodevent){
 269     header->SetL0TriggerInputs(aodevent->GetHeader()->GetL0TriggerInputs());
 270     header->SetL1TriggerInputs(aodevent->GetHeader()->GetL1TriggerInputs());
 271     header->SetL2TriggerInputs(aodevent->GetHeader()->GetL2TriggerInputs());
 272   }
 273
 274   header->SetMagneticField(event->GetMagneticField());
 275   //header->SetMuonMagFieldScale(esdevent->GetCurrentDip()/6000.);
 276
 277   header->SetZDCN1Energy(event->GetZDCN1Energy());
 278   header->SetZDCP1Energy(event->GetZDCP1Energy());
 279   header->SetZDCN2Energy(event->GetZDCN2Energy());
 280   header->SetZDCP2Energy(event->GetZDCP2Energy());
 281   header->SetZDCEMEnergy(event->GetZDCEMEnergy(0),event->GetZDCEMEnergy(1));
 282
 283   Float_t diamxy[2]={event->GetDiamondX(),event->GetDiamondY()};
 284   Float_t diamcov[3];
 285   event->GetDiamondCovXY(diamcov);
 286   header->SetDiamond(diamxy,diamcov);
 287   if      (esdevent) header->SetDiamondZ(esdevent->GetDiamondZ(),esdevent->GetSigma2DiamondZ());
 288   else if (aodevent) header->SetDiamondZ(aodevent->GetDiamondZ(),aodevent->GetSigma2DiamondZ());
 289
 290   //
 291   //
 292   Int_t nVertices = 1 ;/* = prim. vtx*/;
 293   Int_t nCaloClus = event->GetNumberOfCaloClusters();
 294
 295   AODEvent()->ResetStd(0, nVertices, 0, 0, 0, nCaloClus, 0, 0);
 296
 297   // Access to the AOD container of vertices
 298   TClonesArray &vertices = *(AODEvent()->GetVertices());
 299   Int_t jVertices=0;
 300
 301   // Add primary vertex. The primary tracks will be defined
 302   // after the loops on the composite objects (V0, cascades, kinks)
 303   event->GetPrimaryVertex()->GetXYZ(pos);
 304   Float_t chi = 0;
 305   if      (esdevent){
 306     esdevent->GetPrimaryVertex()->GetCovMatrix(covVtx);
 307     chi = esdevent->GetPrimaryVertex()->GetChi2toNDF();
 308   }
 309   else if (aodevent){
 310     aodevent->GetPrimaryVertex()->GetCovMatrix(covVtx);
 311     chi = aodevent->GetPrimaryVertex()->GetChi2perNDF();//Different from ESD?
 312   }
 313
 314   AliAODVertex * primary = new(vertices[jVertices++])
 315   AliAODVertex(pos, covVtx, chi, NULL, -1, AliAODVertex::kPrimary);
 316   primary->SetName(event->GetPrimaryVertex()->GetName());
 317   primary->SetTitle(event->GetPrimaryVertex()->GetTitle());
 318
 319 }
 320
 321 //________________________________________________________________________
 322 void AliAnalysisTaskEMCALClusterize::UserExec(Option_t *)
 323 {
 324   // Main loop
 325   // Called for each event
 326
 327   AliAODInputHandler* aodIH = dynamic_cast<AliAODInputHandler*>((AliAnalysisManager::GetAnalysisManager())->GetInputEventHandler());
 328   Int_t eventN = Entry();
 329   if(aodIH) eventN = aodIH->GetReadEntry();
 330
 331   if (eventN > fMaxEvent) return;
 332   //printf("Clusterizer --- Event %d-- \n",eventN);
 333
 334   //Remove the contents of output list set in the previous event
 335   fOutputAODBranch->Clear("C");
 336
 337 //  if(fOutputAODBranchName.Length()!=0){
 338 //    //Remove the contents of output list set in the previous event
 339 //    fOutputAODBranch->Clear("C");
 340 //  }
 341 //  else{
 342 //    //Reset and put new clusters in standard branch, also cells
 343 //    AODEvent()->ResetStd(0, 1, 0, 0, 0, AODEvent()->GetNumberOfCaloClusters(), 0, 0);
 344 //    fOutputAODBranch = AODEvent()->GetCaloClusters();// Put new clusters in standard branch
 345 //  }
 346
 347   //Magic line to write events to AOD file
 348   AliAnalysisManager::GetAnalysisManager()->GetOutputEventHandler()->SetFillAOD(fFillAODFile);
 349   LoadBranches();
 350
 351
 352   //Init pointers, clusterizer, ocdb
 353   if(fAccessOCDB) AccessOCDB();
 354   InitClusterization();
 355
 356   //Get the event
 357   AliVEvent   * event    = 0;
 358   AliESDEvent * esdevent = 0;
 359
 360   //Fill output event with headerø
 361
 362   //Check if input event are embedded events
 363   //If so, take output event
 364   if (aodIH && aodIH->GetMergeEvents()) {
 365     //printf("AliAnalysisTaskEMCALClusterize::UserExec() - Use embedded events\n");
 366     event  = AODEvent();
 367
 368     if(!aodIH->GetMergeEMCALCells())
 369       AliFatal("Events merged but not EMCAL cells, check analysis settings!");
 370
 371 //    printf("InputEvent  N Clusters %d, N Cells %d\n",InputEvent()->GetNumberOfCaloClusters(),
 372 //           InputEvent()->GetEMCALCells()->GetNumberOfCells());
 373 //    printf("MergedEvent  N Clusters %d, N Cells %d\n",aodIH->GetEventToMerge()->GetNumberOfCaloClusters(),
 374 //           aodIH->GetEventToMerge()->GetEMCALCells()->GetNumberOfCells());
 375 //    for (Int_t icl=0; icl < aodIH->GetEventToMerge()->GetNumberOfCaloClusters(); icl++) {
 376 //        AliAODCaloCluster *sigCluster = aodIH->GetEventToMerge()->GetCaloCluster(icl);
 377 //        if(sigCluster->IsEMCAL()) printf("Signal cluster: i %d, E  %f\n",icl,sigCluster->E());
 378 //    }
 379 //    printf("OutputEvent N Clusters %d, N Cells %d\n", AODEvent()->GetNumberOfCaloClusters(),
 380 //           AODEvent()->GetEMCALCells()->GetNumberOfCells());
 381
 382   }
 383   else {
 384     event =  InputEvent();
 385     esdevent = dynamic_cast<AliESDEvent*>(InputEvent());
 386     if(fFillAODCaloCells) FillAODCaloCells();
 387     if(fFillAODHeader)    FillAODHeader();
 388   }
 389
 390   if (!event) {
 391     Error("UserExec","Event not available");
 392     return;
 393   }
 394
 395   //-------------------------------------------------------------------------------------
 396   //Set the geometry matrix, for the first event, skip the rest
 397   //-------------------------------------------------------------------------------------
 398   if(!fGeomMatrixSet){
 399     if(fLoadGeomMatrices){
 400       for(Int_t mod=0; mod < (fGeom->GetEMCGeometry())->GetNumberOfSuperModules(); mod++){
 401         if(fGeomMatrix[mod]){
 402           if(DebugLevel() > 1)
 403             fGeomMatrix[mod]->Print();
 404           fGeom->SetMisalMatrix(fGeomMatrix[mod],mod) ;
 405         }
 406         fGeomMatrixSet=kTRUE;
 407       }//SM loop
 408     }//Load matrices
 409     else if(!gGeoManager){
 410       Info("UserExec","Get geo matrices from data");
 411       //Still not implemented in AOD, just a workaround to be able to work at least with ESDs
 412       if(!strcmp(event->GetName(),"AliAODEvent")) {
 413         if(DebugLevel() > 1)
 414           Warning("UserExec","Use ideal geometry, values geometry matrix not kept in AODs.");
 415       }//AOD
 416       else {
 417         if(DebugLevel() > 1)
 418           Info("UserExec","AliAnalysisTaskEMCALClusterize Load Misaligned matrices.");
 419         AliESDEvent* esd = dynamic_cast<AliESDEvent*>(event) ;
 420         if(!esd) {
 421           Error("UserExec","This event does not contain ESDs?");
 422           return;
 423         }
 424         for(Int_t mod=0; mod < (fGeom->GetEMCGeometry())->GetNumberOfSuperModules(); mod++){
 425           if(DebugLevel() > 1)
 426             esd->GetEMCALMatrix(mod)->Print();
 427           if(esd->GetEMCALMatrix(mod)) fGeom->SetMisalMatrix(esd->GetEMCALMatrix(mod),mod) ;
 428         }
 429         fGeomMatrixSet=kTRUE;
 430       }//ESD
 431     }//Load matrices from Data
 432
 433     //Recover time dependent corrections, put then in recalibration histograms. Do it once
 434     fRecoUtils->SetTimeDependentCorrections(InputEvent()->GetRunNumber());
 435
 436   }//first event
 437
 438   //Get the list of cells needed for unfolding and reclustering
 439   AliVCaloCells *cells= event->GetEMCALCells();
 440   Int_t nClustersOrg = 0;
 441   //-------------------------------------------
 442   //---------Unfolding clusters----------------
 443   //-------------------------------------------
 444   if (fJustUnfold) {
 445
 446     //Fill the array with the EMCAL clusters, copy them
 447     for (Int_t i = 0; i < event->GetNumberOfCaloClusters(); i++)
 448     {
 449       AliVCluster *clus = event->GetCaloCluster(i);
 450       if(clus->IsEMCAL()){
 451         //printf("Org Cluster %d, E %f\n",i, clus->E());
 452
 453         //recalibrate/remove bad channels/etc if requested
 454         if(fRecoUtils->ClusterContainsBadChannel(fGeom,clus->GetCellsAbsId(), clus->GetNCells())){
 455           //printf("Remove cluster\n");
 456           continue;
 457         }
 458
 459         if(fRecoUtils->IsRecalibrationOn()){
 460           //printf("Energy before %f ",clus->E());
 461           fRecoUtils->RecalibrateClusterEnergy(fGeom, clus, cells);
 462           //printf("; after %f\n",clus->E());
 463         }
 464         //Cast to ESD or AOD, needed to create the cluster array
 465         AliESDCaloCluster * esdCluster = dynamic_cast<AliESDCaloCluster*> (clus);
 466         AliAODCaloCluster * aodCluster = dynamic_cast<AliAODCaloCluster*> (clus);
 467         if     (esdCluster){
 468           fCaloClusterArr->Add( new AliESDCaloCluster(*esdCluster) );
 469         }//ESD
 470         else if(aodCluster){
 471           fCaloClusterArr->Add( new AliAODCaloCluster(*aodCluster) );
 472         }//AOD
 473         else
 474           Warning("UserExec()"," - Wrong CaloCluster type?");
 475         nClustersOrg++;
 476       }
 477     }
 478
 479     //Do the unfolding
 480     fUnfolder->UnfoldClusters(fCaloClusterArr, cells);
 481
 482     //CLEAN-UP
 483     fUnfolder->Clear();
 484
 485
 486     //printf("nClustersOrg %d\n",nClustersOrg);
 487   }
 488   //-------------------------------------------
 489   //---------- Recluster cells ----------------
 490   //-------------------------------------------
 491
 492   else{
 493     //-------------------------------------------------------------------------------------
 494     //Transform CaloCells into Digits
 495     //-------------------------------------------------------------------------------------
 496
 497     //In case of MC, first loop on the clusters and fill MC label to array
 498     //.....................................................................
 499
 500 //    for(Int_t j = 0; j < 24*48*11; j++)  {
 501 //      if(fCellLabels[j]      !=-1) printf("Not well initialized cell %d, label1 %d\n",j,fCellLabels[j]      ) ;
 502 //      if(fCellSecondLabels[j]!=-1) printf("Not well initialized cell %d, label2 %d\n",j,fCellSecondLabels[j]) ;
 503 //    }
 504
 505     Int_t nClusters = event->GetNumberOfCaloClusters();
 506     if(aodIH && aodIH->GetEventToMerge())  //Embedding
 507       nClusters = aodIH->GetEventToMerge()->GetNumberOfCaloClusters(); //Get clusters directly from embedded signal
 508     for (Int_t i = 0; i < nClusters; i++)
 509     {
 510       AliVCluster *clus = 0;
 511       if(aodIH && aodIH->GetEventToMerge()) //Embedding
 512         clus = aodIH->GetEventToMerge()->GetCaloCluster(i); //Get clusters directly from embedded signal
 513       else
 514         clus = event->GetCaloCluster(i);
 515
 516       if(!clus) {
 517         printf("AliEMCALReclusterize::UserExec() - No Clusters\n");
 518         return;
 519       }
 520
 521       if(clus->IsEMCAL()){
 522         //printf("Cluster Signal %d, energy %f\n",clus->GetID(),clus->E());
 523         Int_t label = clus->GetLabel();
 524         Int_t label2 = -1 ;
 525         if (clus->GetNLabels()>=2) label2 = clus->GetLabelAt(1) ;
 526         UShort_t * index    = clus->GetCellsAbsId() ;
 527         for(Int_t icell=0; icell < clus->GetNCells(); icell++ ){
 528           fCellLabels[index[icell]]      =label;
 529           fCellSecondLabels[index[icell]]=label2;
 530           //printf("1) absID %d, label[0] %d label[1] %d\n",index[icell], fCellLabels[index[icell]],fCellSecondLabels[index[icell]]);
 531         }
 532         nClustersOrg++;
 533       }
 534     }
 535
 536     // Create digits
 537     //.................
 538     Int_t idigit =  0;
 539     Int_t id     = -1;
 540     Float_t amp  = -1;
 541     Float_t time = -1;
 542
 543     Double_t cellAmplitude = 0;
 544     Double_t cellTime      = 0;
 545     Short_t  cellNumber    = 0;
 546
 547     TTree *digitsTree = new TTree("digitstree","digitstree");
 548     digitsTree->Branch("EMCAL","TClonesArray", &fDigitsArr, 32000);
 549
 550
 551     for (Int_t icell = 0; icell < cells->GetNumberOfCells(); icell++)
 552     {
 553       if (cells->GetCell(icell, cellNumber, cellAmplitude, cellTime) != kTRUE)
 554         break;
 555
 556       time = cellTime;
 557       amp  = cellAmplitude;
 558       id   = cellNumber;
 559
 560       Int_t imod = -1, iphi =-1, ieta=-1,iTower = -1, iIphi = -1, iIeta = -1;
 561       fGeom->GetCellIndex(id,imod,iTower,iIphi,iIeta);
 562       fGeom->GetCellPhiEtaIndexInSModule(imod,iTower,iIphi, iIeta,iphi,ieta);
 563
 564       //Do not include bad channels found in analysis?
 565       if( fRecoUtils->IsBadChannelsRemovalSwitchedOn() &&
 566           fRecoUtils->GetEMCALChannelStatus(imod, ieta, iphi)){
 567           fCellLabels[id]      =-1; //reset the entry in the array for next event
 568           fCellSecondLabels[id]=-1; //reset the entry in the array for next event
 569         //printf("Remove channel %d\n",id);
 570         continue;
 571       }
 572
 573       //Recalibrate?
 574       if(fRecoUtils->IsRecalibrationOn()){
 575         //printf("CalibFactor %f times %f for id %d\n",fRecoUtils->GetEMCALChannelRecalibrationFactor(imod,ieta,iphi),amp,id);
 576         amp *=fRecoUtils->GetEMCALChannelRecalibrationFactor(imod,ieta,iphi);
 577       }
 578
 579       //Create the digit, put a fake primary deposited energy to trick the clusterizer when checking the most likely primary
 580       new((*fDigitsArr)[idigit]) AliEMCALDigit( fCellLabels[id], fCellLabels[id],id, amp, time,AliEMCALDigit::kHG,idigit, 0, 0, 1);
 581       //if(fCellLabels[id]>=0)printf("2) Digit cell %d, label %d\n",id,fCellLabels[id]) ;
 582       //else                  printf("2) Digit cell %d, no label, amp %f \n",id,amp) ;
 583       fCellLabels[id]      =-1; //reset the entry in the array for next event
 584
 585       //AliEMCALDigit *digit = (AliEMCALDigit*) fDigitsArr->New(idigit);
 586       //digit->SetId(id);
 587       //digit->SetAmplitude(amp);
 588       //digit->SetTime(time);
 589       //digit->SetTimeR(time);
 590       //digit->SetIndexInList(idigit);
 591       //digit->SetType(AliEMCALDigit::kHG);
 592
 593       //printf("Digit: Id %d, amp %f, time %e, index %d\n",id, amp,time,idigit);
 594       idigit++;
 595     }
 596
 597     //Fill the tree with digits
 598     digitsTree->Fill();
 599
 600     //-------------------------------------------------------------------------------------
 601     //Do the clusterization
 602     //-------------------------------------------------------------------------------------
 603     TTree *clustersTree = new TTree("clustertree","clustertree");
 604
 605     fClusterizer->SetInput(digitsTree);
 606     fClusterizer->SetOutput(clustersTree);
 607     fClusterizer->Digits2Clusters("");
 608
 609     //-------------------------------------------------------------------------------------
 610     //Transform the recpoints into AliVClusters
 611     //-------------------------------------------------------------------------------------
 612
 613     clustersTree->SetBranchStatus("*",0); //disable all branches
 614     clustersTree->SetBranchStatus("EMCALECARP",1); //Enable only the branch we need
 615
 616     TBranch *branch = clustersTree->GetBranch("EMCALECARP");
 617     branch->SetAddress(&fClusterArr);
 618     branch->GetEntry(0);
 619
 620     RecPoints2Clusters(fDigitsArr, fClusterArr, fCaloClusterArr);
 621
 622     //Reset the array with second labels for this event
 623     memset(fCellSecondLabels, -1, sizeof(fCellSecondLabels));
 624
 625     //---CLEAN UP-----
 626     fClusterizer->Clear();
 627     fDigitsArr  ->Clear("C");
 628     fClusterArr ->Delete(); // Do not Clear(), it leaks, why?
 629
 630     clustersTree->Delete("all");
 631     digitsTree  ->Delete("all");
 632   }
 633
 634   //Recalculate track-matching for the new clusters, only with ESDs
 635   if(fDoTrackMatching) fRecoUtils->FindMatches(event,fCaloClusterArr,fGeom);
 636
 637
 638   //-------------------------------------------------------------------------------------
 639   //Put the new clusters in the AOD list
 640   //-------------------------------------------------------------------------------------
 641
 642   Int_t kNumberOfCaloClusters   = fCaloClusterArr->GetEntries();
 643   //printf("New clusters %d, Org clusters %d\n",kNumberOfCaloClusters, nClustersOrg);
 644   for(Int_t i = 0; i < kNumberOfCaloClusters; i++){
 645     AliAODCaloCluster *newCluster = (AliAODCaloCluster *) fCaloClusterArr->At(i);
 646     //if(Entry()==0) Info("UserExec","newCluster E %f\n", newCluster->E());
 647
 648     //Add matched track, if any, only with ESDs
 649     if(esdevent && fDoTrackMatching){
 650       Int_t trackIndex = fRecoUtils->GetMatchedTrackIndex(i);
 651       if(trackIndex >= 0){
 652         newCluster->AddTrackMatched(event->GetTrack(trackIndex));
 653         if(DebugLevel() > 1)
 654           Info("UserExec","Matched Track index %d to new cluster %d \n",trackIndex,i);
 655       }
 656     }
 657
 658     //In case of new bad channels, recalculate distance to bad channels
 659     if(fRecoUtils->IsBadChannelsRemovalSwitchedOn()){
 660       //printf("DistToBad before %f ",newCluster->GetDistanceToBadChannel());
 661       fRecoUtils->RecalculateClusterDistanceToBadChannel(fGeom, event->GetEMCALCells(), newCluster);
 662       //printf("; after %f \n",newCluster->GetDistanceToBadChannel());
 663     }
 664
 665 //    if(newCluster->GetNLabels()>0){
 666 //      printf("3) MC: N labels %d, label %d ; ", newCluster->GetNLabels(), newCluster->GetLabel() );
 667 //      UShort_t * newindex    = newCluster->GetCellsAbsId() ;
 668 //      for(Int_t icell=0; icell < newCluster->GetNCells(); icell++ ){
 669 //       printf("\t absID %d\n",newindex[icell]);
 670 //     }
 671 //    }
 672
 673 //    printf("Cluster %d, energy %f\n",newCluster->GetID(),newCluster->E());
 674 //    printf("labels: ");
 675 //    for(UInt_t ilab = 0; ilab < newCluster->GetNLabels(); ilab++)
 676 //      printf("Label[%d]: %d ",ilab, newCluster->GetLabelAt(ilab));
 677 //     printf("\n ");
 678
 679     newCluster->SetID(i);
 680     new((*fOutputAODBranch)[i])  AliAODCaloCluster(*newCluster);
 681   }
 682
 683   //if(fOutputAODBranchName.Length()!=0)
 684   fOutputAODBranch->Expand(kNumberOfCaloClusters); // resize TObjArray to 'remove' slots
 685
 686   //---CLEAN UP-----
 687   fCaloClusterArr->Delete(); // Do not Clear(), it leaks, why?
 688 }
 689
 690 //_____________________________________________________________________
 691 Bool_t AliAnalysisTaskEMCALClusterize::AccessOCDB()
 692 {
 693   //Access to OCDB stuff
 694
 695   AliVEvent * event = InputEvent();
 696   if (!event)
 697   {
 698     Warning("AccessOCDB","Event not available!!!");
 699     return kFALSE;
 700   }
 701
 702   if (event->GetRunNumber()==fRun)
 703     return kTRUE;
 704   fRun = event->GetRunNumber();
 705
 706   if(DebugLevel() > 1 )
 707     Info("AccessODCD()"," Begin");
 708
 709   //fGeom = AliEMCALGeometry::GetInstance(fGeomName);
 710
 711   AliCDBManager *cdb = AliCDBManager::Instance();
 712
 713
 714   if (fOCDBpath.Length()){
 715     cdb->SetDefaultStorage(fOCDBpath.Data());
 716     Info("AccessOCDB","Default storage %s",fOCDBpath.Data());
 717   }
 718
 719   cdb->SetRun(event->GetRunNumber());
 720
 721   //
 722   // EMCAL from RAW OCDB
 723   if (fOCDBpath.Contains("alien:"))
 724   {
 725     cdb->SetSpecificStorage("EMCAL/Calib/Data","alien://Folder=/alice/data/2010/OCDB");
 726     cdb->SetSpecificStorage("EMCAL/Calib/Pedestals","alien://Folder=/alice/data/2010/OCDB");
 727   }
 728
 729   TString path = cdb->GetDefaultStorage()->GetBaseFolder();
 730
 731   // init parameters:
 732
 733   //Get calibration parameters
 734   if(!fCalibData)
 735   {
 736     AliCDBEntry *entry = (AliCDBEntry*)
 737     AliCDBManager::Instance()->Get("EMCAL/Calib/Data");
 738
 739     if (entry) fCalibData =  (AliEMCALCalibData*) entry->GetObject();
 740   }
 741
 742   if(!fCalibData)
 743     AliFatal("Calibration parameters not found in CDB!");
 744
 745   //Get calibration parameters
 746   if(!fPedestalData)
 747   {
 748     AliCDBEntry *entry = (AliCDBEntry*)
 749     AliCDBManager::Instance()->Get("EMCAL/Calib/Pedestals");
 750
 751     if (entry) fPedestalData =  (AliCaloCalibPedestal*) entry->GetObject();
 752   }
 753
 754   if(!fPedestalData)
 755     AliFatal("Dead map not found in CDB!");
 756
 757   return kTRUE;
 758 }
 759
 760 //________________________________________________________________________________________
 761 void AliAnalysisTaskEMCALClusterize::InitClusterization()
 762 {
 763   //Select clusterization/unfolding algorithm and set all the needed parameters
 764
 765   if (fJustUnfold){
 766     // init the unfolding afterburner
 767     delete fUnfolder;
 768     fUnfolder =  new AliEMCALAfterBurnerUF(fRecParam->GetW0(),fRecParam->GetLocMaxCut());
 769     return;
 770  }
 771
 772   //First init the clusterizer
 773   delete fClusterizer;
 774   if     (fRecParam->GetClusterizerFlag() == AliEMCALRecParam::kClusterizerv1)
 775     fClusterizer = new AliEMCALClusterizerv1 (fGeom, fCalibData, fPedestalData);
 776   else if(fRecParam->GetClusterizerFlag() == AliEMCALRecParam::kClusterizerv2)
 777     fClusterizer = new AliEMCALClusterizerv2(fGeom, fCalibData, fPedestalData);
 778   else if(fRecParam->GetClusterizerFlag() == AliEMCALRecParam::kClusterizerNxN)
 779     fClusterizer = new AliEMCALClusterizerNxN(fGeom, fCalibData, fPedestalData);
 780   else if(fRecParam->GetClusterizerFlag() > AliEMCALRecParam::kClusterizerv2) { //FIX this other way.
 781    AliEMCALClusterizerNxN *clusterizer = new AliEMCALClusterizerNxN(fGeom, fCalibData, fPedestalData);
 782    clusterizer->SetNRowDiff(2);
 783    clusterizer->SetNColDiff(2);
 784    fClusterizer = clusterizer;
 785   } else{
 786     AliFatal(Form("Clusterizer < %d > not available", fRecParam->GetClusterizerFlag()));
 787   }
 788
 789   //Now set the parameters
 790   fClusterizer->SetECAClusteringThreshold( fRecParam->GetClusteringThreshold() );
 791   fClusterizer->SetECALogWeight          ( fRecParam->GetW0()                  );
 792   fClusterizer->SetMinECut               ( fRecParam->GetMinECut()             );
 793   fClusterizer->SetUnfolding             ( fRecParam->GetUnfold()              );
 794   fClusterizer->SetECALocalMaxCut        ( fRecParam->GetLocMaxCut()           );
 795   fClusterizer->SetTimeCut               ( fRecParam->GetTimeCut()             );
 796   fClusterizer->SetTimeMin               ( fRecParam->GetTimeMin()             );
 797   fClusterizer->SetTimeMax               ( fRecParam->GetTimeMax()             );
 798   fClusterizer->SetInputCalibrated       ( kTRUE                               );
 799   fClusterizer->SetJustClusters          ( kTRUE                               );
 800   //In case of unfolding after clusterization is requested, set the corresponding parameters
 801   if(fRecParam->GetUnfold()){
 802     Int_t i=0;
 803     for (i = 0; i < 8; i++) {
 804       fClusterizer->SetSSPars(i, fRecParam->GetSSPars(i));
 805     }//end of loop over parameters
 806     for (i = 0; i < 3; i++) {
 807       fClusterizer->SetPar5  (i, fRecParam->GetPar5(i));
 808       fClusterizer->SetPar6  (i, fRecParam->GetPar6(i));
 809     }//end of loop over parameters
 810
 811     fClusterizer->InitClusterUnfolding();
 812   }// to unfold
 813 }
 814
 815 //________________________________________________________________________________________
 816 void AliAnalysisTaskEMCALClusterize::RecPoints2Clusters(TClonesArray *digitsArr, TObjArray *recPoints, TObjArray *clusArray)
 817 {
 818   // Restore clusters from recPoints
 819   // Cluster energy, global position, cells and their amplitude fractions are restored
 820
 821   for(Int_t i = 0; i < recPoints->GetEntriesFast(); i++)
 822   {
 823     AliEMCALRecPoint *recPoint = (AliEMCALRecPoint*) recPoints->At(i);
 824
 825     const Int_t ncells = recPoint->GetMultiplicity();
 826     Int_t ncells_true = 0;
 827
 828     // cells and their amplitude fractions
 829     UShort_t   absIds[ncells];
 830     Double32_t ratios[ncells];
 831
 832     for (Int_t c = 0; c < ncells; c++) {
 833       AliEMCALDigit *digit = (AliEMCALDigit*) digitsArr->At(recPoint->GetDigitsList()[c]);
 834
 835       absIds[ncells_true] = digit->GetId();
 836       ratios[ncells_true] = recPoint->GetEnergiesList()[c]/digit->GetAmplitude();
 837
 838       if (ratios[ncells_true] > 0.001) ncells_true++;
 839     }
 840
 841     if (ncells_true < 1) {
 842       Warning("AliAnalysisTaskEMCALClusterize::RecPoints2Clusters", "skipping cluster with no cells");
 843       continue;
 844     }
 845
 846     TVector3 gpos;
 847     Float_t g[3];
 848
 849     // calculate new cluster position
 850     recPoint->EvalGlobalPosition(fRecParam->GetW0(), digitsArr);
 851     recPoint->GetGlobalPosition(gpos);
 852     gpos.GetXYZ(g);
 853
 854     // create a new cluster
 855     AliAODCaloCluster *clus = new AliAODCaloCluster();
 856     clus->SetType(AliVCluster::kEMCALClusterv1);
 857     clus->SetE(recPoint->GetEnergy());
 858     clus->SetPosition(g);
 859     clus->SetNCells(ncells_true);
 860     clus->SetCellsAbsId(absIds);
 861     clus->SetCellsAmplitudeFraction(ratios);
 862     clus->SetDispersion(recPoint->GetDispersion());
 863     clus->SetChi2(-1); //not yet implemented
 864     clus->SetTOF(recPoint->GetTime()) ; //time-of-flight
 865     clus->SetNExMax(recPoint->GetNExMax()); //number of local maxima
 866     Float_t elipAxis[2];
 867     recPoint->GetElipsAxis(elipAxis);
 868     clus->SetM02(elipAxis[0]*elipAxis[0]) ;
 869     clus->SetM20(elipAxis[1]*elipAxis[1]) ;
 870     clus->SetDistanceToBadChannel(recPoint->GetDistanceToBadTower());
 871
 872     //MC
 873     Int_t  parentMult  = 0;
 874     Int_t *parentList = recPoint->GetParents(parentMult);
 875     clus->SetLabel(parentList, parentMult);
 876
 877 //    if(parentMult)printf("RecToESD: Labels %d",parentMult);
 878 //    for (Int_t iii = 0; iii < parentMult; iii++) {
 879 //      printf("\t label %d\n",parentList[iii]);
 880 //    }
 881     //Write the second major contributor to each MC cluster.
 882     Int_t iNewLabel ;
 883     for ( Int_t iLoopCell = 0 ; iLoopCell < clus->GetNCells() ; iLoopCell++ ){
 884
 885       Int_t idCell = clus->GetCellAbsId(iLoopCell) ;
 886       if(idCell>=0){
 887         iNewLabel = 1 ; //iNewLabel makes sure we  don't write twice the same label.
 888         for ( UInt_t iLoopLabels = 0 ; iLoopLabels < clus->GetNLabels() ; iLoopLabels++ )
 889         {
 890           if ( fCellSecondLabels[idCell] == -1 )  iNewLabel = 0;  // -1 is never a good second label.
 891           if ( fCellSecondLabels[idCell] == clus->GetLabelAt(iLoopLabels) )  iNewLabel = 0;
 892         }
 893         if (iNewLabel == 1)
 894         {
 895           Int_t * newLabelArray = (Int_t*)malloc((clus->GetNLabels()+1)*sizeof(Int_t)) ;
 896           for ( UInt_t iLoopNewLabels = 0 ; iLoopNewLabels < clus->GetNLabels() ; iLoopNewLabels++ ){
 897             newLabelArray[iLoopNewLabels] = clus->GetLabelAt(iLoopNewLabels) ;
 898           }
 899
 900           newLabelArray[clus->GetNLabels()] = fCellSecondLabels[idCell] ;
 901           //if(fCellSecondLabels[idCell]>-1)printf("\t new label %d\n",fCellSecondLabels[idCell]);
 902           clus->SetLabel(newLabelArray,clus->GetNLabels()+1) ;
 903           delete [] newLabelArray;
 904         }
 905       }//positive cell number
 906     }
 907
 908     clusArray->Add(clus);
 909   } // recPoints loop
 910 }