PWG4/CaloCalib/AliAnalysisTaskEMCALClusterize.cxx

   1 /**************************************************************************
   2  * Copyright(c) 1998-1999, ALICE Experiment at CERN, All rights reserved. *
   3  *                                                                        *
   4  * Author: The ALICE Off-line Project.                                    *
   5  * Contributors are mentioned in the code where appropriate.              *
   6  *                                                                        *
   7  * Permission to use, copy, modify and distribute this software and its   *
   8  * documentation strictly for non-commercial purposes is hereby granted   *
   9  * without fee, provided that the above copyright notice appears in all   *
  10  * copies and that both the copyright notice and this permission notice   *
  11  * appear in the supporting documentation. The authors make no claims     *
  12  * about the suitability of this software for any purpose. It is          *
  13  * provided "as is" without express or implied warranty.                  *
  14  **************************************************************************/
  15 /* $Id: $ */
  16
  17 //_________________________________________________________________________
  18 // This analysis provides a new list of clusters to be used in other analysis
  19 //
  20 // Author: Gustavo Conesa Balbastre,
  21 //         Adapted from analysis class from Deepa Thomas
  22 //
  23 //
  24 //_________________________________________________________________________
  25
  26 // --- Root ---
  27 #include "TString.h"
  28 #include "TRefArray.h"
  29 #include "TClonesArray.h"
  30 #include "TTree.h"
  31 #include "TGeoManager.h"
  32 #include "TROOT.h"
  33 #include "TInterpreter.h"
  34 #include "TFile.h"
  35 //#include "string.h"
  36
  37 // --- AliRoot Analysis Steering
  38 #include "AliAnalysisTask.h"
  39 #include "AliAnalysisManager.h"
  40 #include "AliESDEvent.h"
  41 #include "AliGeomManager.h"
  42 #include "AliVCaloCells.h"
  43 #include "AliAODCaloCluster.h"
  44 #include "AliCDBManager.h"
  45 #include "AliCDBStorage.h"
  46 #include "AliCDBEntry.h"
  47 #include "AliLog.h"
  48 #include "AliVEventHandler.h"
  49 #include "AliAODInputHandler.h"
  50
  51 // --- EMCAL
  52 #include "AliEMCALRecParam.h"
  53 #include "AliEMCALAfterBurnerUF.h"
  54 #include "AliEMCALGeometry.h"
  55 #include "AliEMCALClusterizerNxN.h"
  56 #include "AliEMCALClusterizerv1.h"
  57 #include "AliEMCALClusterizerv2.h"
  58 #include "AliEMCALRecPoint.h"
  59 #include "AliEMCALDigit.h"
  60 #include "AliCaloCalibPedestal.h"
  61 #include "AliEMCALCalibData.h"
  62 #include "AliEMCALRecoUtils.h"
  63
  64 #include "AliAnalysisTaskEMCALClusterize.h"
  65
  66 ClassImp(AliAnalysisTaskEMCALClusterize)
  67
  68 //________________________________________________________________________
  69 AliAnalysisTaskEMCALClusterize::AliAnalysisTaskEMCALClusterize(const char *name)
  70   : AliAnalysisTaskSE(name)
  71   , fGeom(0), fGeomName("EMCAL_FIRSTYEARV1"),  fGeomMatrixSet(kFALSE), fLoadGeomMatrices(kFALSE)
  72   , fCalibData(0),       fPedestalData(0),     fOCDBpath("raw://"),    fAccessOCDB(kFALSE)
  73   , fDigitsArr(0),       fClusterArr(0),       fCaloClusterArr(0)
  74   , fRecParam(0),        fClusterizer(0),      fUnfolder(0),           fJustUnfold(kFALSE)
  75   , fOutputAODBranch(0), fOutputAODBranchName("newEMCALClusters")
  76   , fFillAODFile(kTRUE), fFillAODHeader(0),    fFillAODCaloCells(0)
  77   , fRun(-1),            fRecoUtils(0),        fConfigName("")
  78   , fCellLabels(),       fCellSecondLabels(),  fMaxEvent(1000000000),  fDoTrackMatching(kFALSE)
  79
  80   {
  81   //ctor
  82   for(Int_t i = 0; i < 10;    i++)  fGeomMatrix[i] =  0;
  83     for(Int_t j = 0; j < 24*48*11; j++)  {
  84       fCellLabels[j]       = -1;
  85       fCellSecondLabels[j] = -1;
  86     }
  87   fDigitsArr       = new TClonesArray("AliEMCALDigit",200);
  88   fClusterArr      = new TObjArray(100);
  89   fCaloClusterArr  = new TObjArray(100);
  90   fRecParam        = new AliEMCALRecParam;
  91   fBranchNames     = "ESD:AliESDHeader.,EMCALCells.";
  92   fRecoUtils       = new AliEMCALRecoUtils();
  93 }
  94
  95 //________________________________________________________________________
  96 AliAnalysisTaskEMCALClusterize::AliAnalysisTaskEMCALClusterize()
  97   : AliAnalysisTaskSE("DefaultAnalysis_AliAnalysisTaskEMCALClusterize")
  98   , fGeom(0), fGeomName("EMCAL_FIRSTYEARV1"),   fGeomMatrixSet(kFALSE), fLoadGeomMatrices(kFALSE)
  99   , fCalibData(0),        fPedestalData(0),     fOCDBpath("raw://"),    fAccessOCDB(kFALSE)
 100   , fDigitsArr(0),        fClusterArr(0),       fCaloClusterArr(0)
 101   , fRecParam(0),         fClusterizer(0),      fUnfolder(0),           fJustUnfold(kFALSE)
 102   , fOutputAODBranch(0),  fOutputAODBranchName("newEMCALClusters")
 103   , fFillAODFile(kFALSE), fFillAODHeader(0),    fFillAODCaloCells(0)
 104   , fRun(-1),             fRecoUtils(0),        fConfigName("")
 105   , fCellLabels(),        fCellSecondLabels(),  fMaxEvent(1000000000),  fDoTrackMatching(kFALSE)
 106 {
 107   // Constructor
 108   for(Int_t i = 0; i < 10;    i++)  fGeomMatrix[i] =  0;
 109   for(Int_t j = 0; j < 24*48*11; j++)  {
 110     fCellLabels[j]       = -1;
 111     fCellSecondLabels[j] = -1;
 112   }
 113   fDigitsArr       = new TClonesArray("AliEMCALDigit",200);
 114   fClusterArr      = new TObjArray(100);
 115   fCaloClusterArr  = new TObjArray(100);
 116   fRecParam        = new AliEMCALRecParam;
 117   fBranchNames     = "ESD:AliESDHeader.,EMCALCells.";
 118   fRecoUtils       = new AliEMCALRecoUtils();
 119 }
 120
 121
 122 //________________________________________________________________________
 123 AliAnalysisTaskEMCALClusterize::~AliAnalysisTaskEMCALClusterize()
 124 {
 125   //dtor
 126
 127   if (fDigitsArr){
 128     fDigitsArr->Clear("C");
 129     delete fDigitsArr;
 130   }
 131
 132   if (fClusterArr){
 133     fClusterArr->Delete();
 134     delete fClusterArr;
 135   }
 136
 137   if (fCaloClusterArr){
 138     fCaloClusterArr->Delete();
 139     delete fCaloClusterArr;
 140   }
 141
 142   if(fClusterizer) delete fClusterizer;
 143   if(fUnfolder)    delete fUnfolder;
 144   if(fRecoUtils)   delete fRecoUtils;
 145
 146 }
 147
 148 //-------------------------------------------------------------------
 149 void AliAnalysisTaskEMCALClusterize::Init()
 150 {
 151   //Init analysis with configuration macro if available
 152
 153   if(gROOT->LoadMacro(fConfigName) >=0){
 154     printf("Configure analysis with %s\n",fConfigName.Data());
 155     AliAnalysisTaskEMCALClusterize *clus = (AliAnalysisTaskEMCALClusterize*)gInterpreter->ProcessLine("ConfigEMCALClusterize()");
 156     fGeomName         = clus->fGeomName;
 157     fLoadGeomMatrices = clus->fLoadGeomMatrices;
 158     fOCDBpath         = clus->fOCDBpath;
 159     fAccessOCDB       = clus->fAccessOCDB;
 160     fRecParam         = clus->fRecParam;
 161     fJustUnfold       = clus->fJustUnfold;
 162     fFillAODFile      = clus->fFillAODFile;
 163     fRecoUtils        = clus->fRecoUtils;
 164     fConfigName       = clus->fConfigName;
 165     fMaxEvent         = clus->fMaxEvent;
 166     fDoTrackMatching  = clus->fDoTrackMatching;
 167     fOutputAODBranchName = clus->fOutputAODBranchName;
 168     for(Int_t i = 0; i < 10; i++) fGeomMatrix[i] = clus->fGeomMatrix[i] ;
 169
 170   }
 171
 172 }
 173
 174 //-------------------------------------------------------------------
 175 void AliAnalysisTaskEMCALClusterize::UserCreateOutputObjects()
 176 {
 177   // Init geometry, create list of output clusters
 178
 179   fGeom =  AliEMCALGeometry::GetInstance(fGeomName) ;
 180   if(fOutputAODBranchName.Length()!=0){
 181     fOutputAODBranch = new TClonesArray("AliAODCaloCluster", 0);
 182     fOutputAODBranch->SetName(fOutputAODBranchName);
 183     AddAODBranch("TClonesArray", &fOutputAODBranch);
 184   }
 185   else {
 186     AliFatal("fOutputAODBranchName not set\n");
 187   }
 188 }
 189
 190 //________________________________________________________________________
 191 void AliAnalysisTaskEMCALClusterize::FillAODCaloCells() {
 192   // Put calo cells in standard branch
 193   AliVEvent * event = InputEvent();
 194   AliVCaloCells &eventEMcells = *(event->GetEMCALCells());
 195   Int_t nEMcell = eventEMcells.GetNumberOfCells() ;
 196
 197   AliAODCaloCells &aodEMcells = *(AODEvent()->GetEMCALCells());
 198   aodEMcells.CreateContainer(nEMcell);
 199   aodEMcells.SetType(AliVCaloCells::kEMCALCell);
 200   Double_t calibFactor = 1.;
 201   for (Int_t iCell = 0; iCell < nEMcell; iCell++) {
 202     Int_t imod = -1, iphi =-1, ieta=-1,iTower = -1, iIphi = -1, iIeta = -1;
 203     fGeom->GetCellIndex(eventEMcells.GetCellNumber(iCell),imod,iTower,iIphi,iIeta);
 204     fGeom->GetCellPhiEtaIndexInSModule(imod,iTower,iIphi, iIeta,iphi,ieta);
 205
 206     if(fRecoUtils->IsRecalibrationOn()){
 207       calibFactor = fRecoUtils->GetEMCALChannelRecalibrationFactor(imod,ieta,iphi);
 208     }
 209
 210     if(!fRecoUtils->GetEMCALChannelStatus(imod, ieta, iphi)){ //Channel is not declared as bad
 211       aodEMcells.SetCell(iCell,eventEMcells.GetCellNumber(iCell),eventEMcells.GetAmplitude(iCell)*calibFactor);
 212       //printf("GOOD channel\n");
 213     }
 214     else {
 215       aodEMcells.SetCell(iCell,eventEMcells.GetCellNumber(iCell),0);
 216       //printf("BAD channel\n");
 217     }
 218   }
 219   aodEMcells.Sort();
 220
 221 }
 222
 223 //________________________________________________________________________
 224 void AliAnalysisTaskEMCALClusterize::FillAODHeader() {
 225   //Put event header information in standard AOD branch
 226
 227   AliVEvent* event      = InputEvent();
 228   AliESDEvent* esdevent = dynamic_cast<AliESDEvent*> (event);
 229   AliAODEvent* aodevent = dynamic_cast<AliAODEvent*> (event);
 230
 231   Double_t pos[3]   ;
 232   Double_t covVtx[6];
 233   for (Int_t i = 0; i < 6; i++)  covVtx[i] = 0.;
 234
 235   AliAODHeader* header = AODEvent()->GetHeader();
 236   header->SetRunNumber(event->GetRunNumber());
 237
 238   if(esdevent){
 239     TTree* tree = fInputHandler->GetTree();
 240     if (tree) {
 241       TFile* file = tree->GetCurrentFile();
 242       if (file) header->SetESDFileName(file->GetName());
 243     }
 244   }
 245   else if (aodevent) header->SetESDFileName(aodevent->GetHeader()->GetESDFileName());
 246
 247   header->SetBunchCrossNumber(event->GetBunchCrossNumber());
 248   header->SetOrbitNumber(event->GetOrbitNumber());
 249   header->SetPeriodNumber(event->GetPeriodNumber());
 250   header->SetEventType(event->GetEventType());
 251
 252   //Centrality
 253   if(event->GetCentrality()){
 254     header->SetCentrality(new AliCentrality(*(event->GetCentrality())));
 255   }
 256   else{
 257     header->SetCentrality(0);
 258   }
 259
 260   //Trigger
 261   header->SetOfflineTrigger(fInputHandler->IsEventSelected()); // propagate the decision of the physics selection
 262   if      (esdevent) header->SetFiredTriggerClasses(esdevent->GetFiredTriggerClasses());
 263   else if (aodevent) header->SetFiredTriggerClasses(aodevent->GetFiredTriggerClasses());
 264   header->SetTriggerMask(event->GetTriggerMask());
 265   header->SetTriggerCluster(event->GetTriggerCluster());
 266   if(esdevent){
 267     header->SetL0TriggerInputs(esdevent->GetHeader()->GetL0TriggerInputs());
 268     header->SetL1TriggerInputs(esdevent->GetHeader()->GetL1TriggerInputs());
 269     header->SetL2TriggerInputs(esdevent->GetHeader()->GetL2TriggerInputs());
 270   }
 271   else if (aodevent){
 272     header->SetL0TriggerInputs(aodevent->GetHeader()->GetL0TriggerInputs());
 273     header->SetL1TriggerInputs(aodevent->GetHeader()->GetL1TriggerInputs());
 274     header->SetL2TriggerInputs(aodevent->GetHeader()->GetL2TriggerInputs());
 275   }
 276
 277   header->SetMagneticField(event->GetMagneticField());
 278   //header->SetMuonMagFieldScale(esdevent->GetCurrentDip()/6000.);
 279
 280   header->SetZDCN1Energy(event->GetZDCN1Energy());
 281   header->SetZDCP1Energy(event->GetZDCP1Energy());
 282   header->SetZDCN2Energy(event->GetZDCN2Energy());
 283   header->SetZDCP2Energy(event->GetZDCP2Energy());
 284   header->SetZDCEMEnergy(event->GetZDCEMEnergy(0),event->GetZDCEMEnergy(1));
 285
 286   Float_t diamxy[2]={event->GetDiamondX(),event->GetDiamondY()};
 287   Float_t diamcov[3];
 288   event->GetDiamondCovXY(diamcov);
 289   header->SetDiamond(diamxy,diamcov);
 290   if      (esdevent) header->SetDiamondZ(esdevent->GetDiamondZ(),esdevent->GetSigma2DiamondZ());
 291   else if (aodevent) header->SetDiamondZ(aodevent->GetDiamondZ(),aodevent->GetSigma2DiamondZ());
 292
 293   //
 294   //
 295   Int_t nVertices = 1 ;/* = prim. vtx*/;
 296   Int_t nCaloClus = event->GetNumberOfCaloClusters();
 297
 298   AODEvent()->ResetStd(0, nVertices, 0, 0, 0, nCaloClus, 0, 0);
 299
 300   // Access to the AOD container of vertices
 301   TClonesArray &vertices = *(AODEvent()->GetVertices());
 302   Int_t jVertices=0;
 303
 304   // Add primary vertex. The primary tracks will be defined
 305   // after the loops on the composite objects (V0, cascades, kinks)
 306   event->GetPrimaryVertex()->GetXYZ(pos);
 307   Float_t chi = 0;
 308   if      (esdevent){
 309     esdevent->GetPrimaryVertex()->GetCovMatrix(covVtx);
 310     chi = esdevent->GetPrimaryVertex()->GetChi2toNDF();
 311   }
 312   else if (aodevent){
 313     aodevent->GetPrimaryVertex()->GetCovMatrix(covVtx);
 314     chi = aodevent->GetPrimaryVertex()->GetChi2perNDF();//Different from ESD?
 315   }
 316
 317   AliAODVertex * primary = new(vertices[jVertices++])
 318   AliAODVertex(pos, covVtx, chi, NULL, -1, AliAODVertex::kPrimary);
 319   primary->SetName(event->GetPrimaryVertex()->GetName());
 320   primary->SetTitle(event->GetPrimaryVertex()->GetTitle());
 321
 322 }
 323
 324 //________________________________________________________________________
 325 void AliAnalysisTaskEMCALClusterize::UserExec(Option_t *)
 326 {
 327   // Main loop
 328   // Called for each event
 329
 330   AliAODInputHandler* aodIH = dynamic_cast<AliAODInputHandler*>((AliAnalysisManager::GetAnalysisManager())->GetInputEventHandler());
 331   Int_t eventN = Entry();
 332   if(aodIH) eventN = aodIH->GetReadEntry();
 333
 334   if (eventN > fMaxEvent) return;
 335   //printf("Clusterizer --- Event %d-- \n",eventN);
 336
 337   //Remove the contents of output list set in the previous event
 338   fOutputAODBranch->Clear("C");
 339
 340 //  if(fOutputAODBranchName.Length()!=0){
 341 //    //Remove the contents of output list set in the previous event
 342 //    fOutputAODBranch->Clear("C");
 343 //  }
 344 //  else{
 345 //    //Reset and put new clusters in standard branch, also cells
 346 //    AODEvent()->ResetStd(0, 1, 0, 0, 0, AODEvent()->GetNumberOfCaloClusters(), 0, 0);
 347 //    fOutputAODBranch = AODEvent()->GetCaloClusters();// Put new clusters in standard branch
 348 //  }
 349
 350   //Magic line to write events to AOD file
 351   AliAnalysisManager::GetAnalysisManager()->GetOutputEventHandler()->SetFillAOD(fFillAODFile);
 352   LoadBranches();
 353
 354
 355   //Init pointers, clusterizer, ocdb
 356   if(fAccessOCDB) AccessOCDB();
 357   InitClusterization();
 358
 359   //Get the event
 360   AliVEvent   * event    = 0;
 361   AliESDEvent * esdevent = 0;
 362
 363   //Fill output event with headerø
 364
 365   //Check if input event are embedded events
 366   //If so, take output event
 367   if (aodIH && aodIH->GetMergeEvents()) {
 368     //printf("AliAnalysisTaskEMCALClusterize::UserExec() - Use embedded events\n");
 369     event  = AODEvent();
 370
 371     if(!aodIH->GetMergeEMCALCells())
 372       AliFatal("Events merged but not EMCAL cells, check analysis settings!");
 373
 374 //    printf("InputEvent  N Clusters %d, N Cells %d\n",InputEvent()->GetNumberOfCaloClusters(),
 375 //           InputEvent()->GetEMCALCells()->GetNumberOfCells());
 376 //    printf("MergedEvent  N Clusters %d, N Cells %d\n",aodIH->GetEventToMerge()->GetNumberOfCaloClusters(),
 377 //           aodIH->GetEventToMerge()->GetEMCALCells()->GetNumberOfCells());
 378 //    for (Int_t icl=0; icl < aodIH->GetEventToMerge()->GetNumberOfCaloClusters(); icl++) {
 379 //        AliAODCaloCluster *sigCluster = aodIH->GetEventToMerge()->GetCaloCluster(icl);
 380 //        if(sigCluster->IsEMCAL()) printf("Signal cluster: i %d, E  %f\n",icl,sigCluster->E());
 381 //    }
 382 //    printf("OutputEvent N Clusters %d, N Cells %d\n", AODEvent()->GetNumberOfCaloClusters(),
 383 //           AODEvent()->GetEMCALCells()->GetNumberOfCells());
 384
 385   }
 386   else {
 387     event =  InputEvent();
 388     esdevent = dynamic_cast<AliESDEvent*>(InputEvent());
 389     if(fFillAODCaloCells) FillAODCaloCells();
 390     if(fFillAODHeader)    FillAODHeader();
 391   }
 392
 393   if (!event) {
 394     Error("UserExec","Event not available");
 395     return;
 396   }
 397
 398   //-------------------------------------------------------------------------------------
 399   //Set the geometry matrix, for the first event, skip the rest
 400   //-------------------------------------------------------------------------------------
 401   if(!fGeomMatrixSet){
 402     if(fLoadGeomMatrices){
 403       for(Int_t mod=0; mod < (fGeom->GetEMCGeometry())->GetNumberOfSuperModules(); mod++){
 404         if(fGeomMatrix[mod]){
 405           if(DebugLevel() > 1)
 406             fGeomMatrix[mod]->Print();
 407           fGeom->SetMisalMatrix(fGeomMatrix[mod],mod) ;
 408         }
 409         fGeomMatrixSet=kTRUE;
 410       }//SM loop
 411     }//Load matrices
 412     else if(!gGeoManager){
 413       Info("UserExec","Get geo matrices from data");
 414       //Still not implemented in AOD, just a workaround to be able to work at least with ESDs
 415       if(!strcmp(event->GetName(),"AliAODEvent")) {
 416         if(DebugLevel() > 1)
 417           Warning("UserExec","Use ideal geometry, values geometry matrix not kept in AODs.");
 418       }//AOD
 419       else {
 420         if(DebugLevel() > 1)
 421           Info("UserExec","AliAnalysisTaskEMCALClusterize Load Misaligned matrices.");
 422         AliESDEvent* esd = dynamic_cast<AliESDEvent*>(event) ;
 423         if(!esd) {
 424           Error("UserExec","This event does not contain ESDs?");
 425           return;
 426         }
 427         for(Int_t mod=0; mod < (fGeom->GetEMCGeometry())->GetNumberOfSuperModules(); mod++){
 428           if(DebugLevel() > 1)
 429             esd->GetEMCALMatrix(mod)->Print();
 430           if(esd->GetEMCALMatrix(mod)) fGeom->SetMisalMatrix(esd->GetEMCALMatrix(mod),mod) ;
 431         }
 432         fGeomMatrixSet=kTRUE;
 433       }//ESD
 434     }//Load matrices from Data
 435
 436     //Recover time dependent corrections, put then in recalibration histograms. Do it once
 437     fRecoUtils->SetTimeDependentCorrections(InputEvent()->GetRunNumber());
 438
 439   }//first event
 440
 441   //Get the list of cells needed for unfolding and reclustering
 442   AliVCaloCells *cells= event->GetEMCALCells();
 443   Int_t nClustersOrg = 0;
 444   //-------------------------------------------
 445   //---------Unfolding clusters----------------
 446   //-------------------------------------------
 447   if (fJustUnfold) {
 448
 449     //Fill the array with the EMCAL clusters, copy them
 450     for (Int_t i = 0; i < event->GetNumberOfCaloClusters(); i++)
 451     {
 452       AliVCluster *clus = event->GetCaloCluster(i);
 453       if(clus->IsEMCAL()){
 454         //printf("Org Cluster %d, E %f\n",i, clus->E());
 455
 456         //recalibrate/remove bad channels/etc if requested
 457         if(fRecoUtils->ClusterContainsBadChannel(fGeom,clus->GetCellsAbsId(), clus->GetNCells())){
 458           //printf("Remove cluster\n");
 459           continue;
 460         }
 461
 462         if(fRecoUtils->IsRecalibrationOn()){
 463           //printf("Energy before %f ",clus->E());
 464           fRecoUtils->RecalibrateClusterEnergy(fGeom, clus, cells);
 465           //printf("; after %f\n",clus->E());
 466         }
 467         //Cast to ESD or AOD, needed to create the cluster array
 468         AliESDCaloCluster * esdCluster = dynamic_cast<AliESDCaloCluster*> (clus);
 469         AliAODCaloCluster * aodCluster = dynamic_cast<AliAODCaloCluster*> (clus);
 470         if     (esdCluster){
 471           fCaloClusterArr->Add( new AliESDCaloCluster(*esdCluster) );
 472         }//ESD
 473         else if(aodCluster){
 474           fCaloClusterArr->Add( new AliAODCaloCluster(*aodCluster) );
 475         }//AOD
 476         else
 477           Warning("UserExec()"," - Wrong CaloCluster type?");
 478         nClustersOrg++;
 479       }
 480     }
 481
 482     //Do the unfolding
 483     fUnfolder->UnfoldClusters(fCaloClusterArr, cells);
 484
 485     //CLEAN-UP
 486     fUnfolder->Clear();
 487
 488
 489     //printf("nClustersOrg %d\n",nClustersOrg);
 490   }
 491   //-------------------------------------------
 492   //---------- Recluster cells ----------------
 493   //-------------------------------------------
 494
 495   else{
 496     //-------------------------------------------------------------------------------------
 497     //Transform CaloCells into Digits
 498     //-------------------------------------------------------------------------------------
 499
 500     //In case of MC, first loop on the clusters and fill MC label to array
 501     //.....................................................................
 502
 503 //    for(Int_t j = 0; j < 24*48*11; j++)  {
 504 //      if(fCellLabels[j]      !=-1) printf("Not well initialized cell %d, label1 %d\n",j,fCellLabels[j]      ) ;
 505 //      if(fCellSecondLabels[j]!=-1) printf("Not well initialized cell %d, label2 %d\n",j,fCellSecondLabels[j]) ;
 506 //    }
 507
 508     Int_t nClusters = event->GetNumberOfCaloClusters();
 509     if(aodIH && aodIH->GetEventToMerge())  //Embedding
 510       nClusters = aodIH->GetEventToMerge()->GetNumberOfCaloClusters(); //Get clusters directly from embedded signal
 511     for (Int_t i = 0; i < nClusters; i++)
 512     {
 513       AliVCluster *clus = 0;
 514       if(aodIH && aodIH->GetEventToMerge()) //Embedding
 515         clus = aodIH->GetEventToMerge()->GetCaloCluster(i); //Get clusters directly from embedded signal
 516       else
 517         clus = event->GetCaloCluster(i);
 518
 519       if(!clus) {
 520         printf("AliEMCALReclusterize::UserExec() - No Clusters\n");
 521         return;
 522       }
 523
 524       if(clus->IsEMCAL()){
 525         //printf("Cluster Signal %d, energy %f\n",clus->GetID(),clus->E());
 526         Int_t label = clus->GetLabel();
 527         Int_t label2 = -1 ;
 528         if (clus->GetNLabels()>=2) label2 = clus->GetLabelAt(1) ;
 529         UShort_t * index    = clus->GetCellsAbsId() ;
 530         for(Int_t icell=0; icell < clus->GetNCells(); icell++ ){
 531           fCellLabels[index[icell]]      =label;
 532           fCellSecondLabels[index[icell]]=label2;
 533           //printf("1) absID %d, label[0] %d label[1] %d\n",index[icell], fCellLabels[index[icell]],fCellSecondLabels[index[icell]]);
 534         }
 535         nClustersOrg++;
 536       }
 537     }
 538
 539     // Create digits
 540     //.................
 541     Int_t idigit =  0;
 542     Int_t id     = -1;
 543     Float_t amp  = -1;
 544     Float_t time = -1;
 545
 546     Double_t cellAmplitude = 0;
 547     Double_t cellTime      = 0;
 548     Short_t  cellNumber    = 0;
 549
 550     TTree *digitsTree = new TTree("digitstree","digitstree");
 551     digitsTree->Branch("EMCAL","TClonesArray", &fDigitsArr, 32000);
 552
 553
 554     for (Int_t icell = 0; icell < cells->GetNumberOfCells(); icell++)
 555     {
 556       if (cells->GetCell(icell, cellNumber, cellAmplitude, cellTime) != kTRUE)
 557         break;
 558
 559       time = cellTime;
 560       amp  = cellAmplitude;
 561       id   = cellNumber;
 562
 563       Int_t imod = -1, iphi =-1, ieta=-1,iTower = -1, iIphi = -1, iIeta = -1;
 564       fGeom->GetCellIndex(id,imod,iTower,iIphi,iIeta);
 565       fGeom->GetCellPhiEtaIndexInSModule(imod,iTower,iIphi, iIeta,iphi,ieta);
 566
 567       //Do not include bad channels found in analysis?
 568       if( fRecoUtils->IsBadChannelsRemovalSwitchedOn() &&
 569           fRecoUtils->GetEMCALChannelStatus(imod, ieta, iphi)){
 570           fCellLabels[id]      =-1; //reset the entry in the array for next event
 571           fCellSecondLabels[id]=-1; //reset the entry in the array for next event
 572         //printf("Remove channel %d\n",id);
 573         continue;
 574       }
 575
 576       //Recalibrate?
 577       if(fRecoUtils->IsRecalibrationOn()){
 578         //printf("CalibFactor %f times %f for id %d\n",fRecoUtils->GetEMCALChannelRecalibrationFactor(imod,ieta,iphi),amp,id);
 579         amp *=fRecoUtils->GetEMCALChannelRecalibrationFactor(imod,ieta,iphi);
 580       }
 581
 582       //Create the digit, put a fake primary deposited energy to trick the clusterizer when checking the most likely primary
 583       new((*fDigitsArr)[idigit]) AliEMCALDigit( fCellLabels[id], fCellLabels[id],id, amp, time,AliEMCALDigit::kHG,idigit, 0, 0, 1);
 584       //if(fCellLabels[id]>=0)printf("2) Digit cell %d, label %d\n",id,fCellLabels[id]) ;
 585       //else                  printf("2) Digit cell %d, no label, amp %f \n",id,amp) ;
 586       fCellLabels[id]      =-1; //reset the entry in the array for next event
 587
 588       //AliEMCALDigit *digit = (AliEMCALDigit*) fDigitsArr->New(idigit);
 589       //digit->SetId(id);
 590       //digit->SetAmplitude(amp);
 591       //digit->SetTime(time);
 592       //digit->SetTimeR(time);
 593       //digit->SetIndexInList(idigit);
 594       //digit->SetType(AliEMCALDigit::kHG);
 595
 596       //printf("Digit: Id %d, amp %f, time %e, index %d\n",id, amp,time,idigit);
 597       idigit++;
 598     }
 599
 600     //Fill the tree with digits
 601     digitsTree->Fill();
 602
 603     //-------------------------------------------------------------------------------------
 604     //Do the clusterization
 605     //-------------------------------------------------------------------------------------
 606     TTree *clustersTree = new TTree("clustertree","clustertree");
 607
 608     fClusterizer->SetInput(digitsTree);
 609     fClusterizer->SetOutput(clustersTree);
 610     fClusterizer->Digits2Clusters("");
 611
 612     //-------------------------------------------------------------------------------------
 613     //Transform the recpoints into AliVClusters
 614     //-------------------------------------------------------------------------------------
 615
 616     clustersTree->SetBranchStatus("*",0); //disable all branches
 617     clustersTree->SetBranchStatus("EMCALECARP",1); //Enable only the branch we need
 618
 619     TBranch *branch = clustersTree->GetBranch("EMCALECARP");
 620     branch->SetAddress(&fClusterArr);
 621     branch->GetEntry(0);
 622
 623     RecPoints2Clusters(fDigitsArr, fClusterArr, fCaloClusterArr);
 624
 625     //Reset the array with second labels for this event
 626     memset(fCellSecondLabels, -1, sizeof(fCellSecondLabels));
 627
 628     //---CLEAN UP-----
 629     fClusterizer->Clear();
 630     fDigitsArr  ->Clear("C");
 631     fClusterArr ->Delete(); // Do not Clear(), it leaks, why?
 632
 633     clustersTree->Delete("all");
 634     digitsTree  ->Delete("all");
 635   }
 636
 637   //Recalculate track-matching for the new clusters, only with ESDs
 638   if(fDoTrackMatching) fRecoUtils->FindMatches(event,fCaloClusterArr,fGeom);
 639
 640
 641   //-------------------------------------------------------------------------------------
 642   //Put the new clusters in the AOD list
 643   //-------------------------------------------------------------------------------------
 644
 645   Int_t kNumberOfCaloClusters   = fCaloClusterArr->GetEntries();
 646   //printf("New clusters %d, Org clusters %d\n",kNumberOfCaloClusters, nClustersOrg);
 647   for(Int_t i = 0; i < kNumberOfCaloClusters; i++){
 648     AliAODCaloCluster *newCluster = (AliAODCaloCluster *) fCaloClusterArr->At(i);
 649     //if(Entry()==0) Info("UserExec","newCluster E %f\n", newCluster->E());
 650
 651     //Add matched track, if any, only with ESDs
 652     if(esdevent && fDoTrackMatching){
 653       Int_t trackIndex = fRecoUtils->GetMatchedTrackIndex(i);
 654       if(trackIndex >= 0){
 655         newCluster->AddTrackMatched(event->GetTrack(trackIndex));
 656         if(DebugLevel() > 1)
 657           Info("UserExec","Matched Track index %d to new cluster %d \n",trackIndex,i);
 658       }
 659     }
 660
 661     //In case of new bad channels, recalculate distance to bad channels
 662     if(fRecoUtils->IsBadChannelsRemovalSwitchedOn()){
 663       //printf("DistToBad before %f ",newCluster->GetDistanceToBadChannel());
 664       fRecoUtils->RecalculateClusterDistanceToBadChannel(fGeom, event->GetEMCALCells(), newCluster);
 665       //printf("; after %f \n",newCluster->GetDistanceToBadChannel());
 666     }
 667
 668 //    if(newCluster->GetNLabels()>0){
 669 //      printf("3) MC: N labels %d, label %d ; ", newCluster->GetNLabels(), newCluster->GetLabel() );
 670 //      UShort_t * newindex    = newCluster->GetCellsAbsId() ;
 671 //      for(Int_t icell=0; icell < newCluster->GetNCells(); icell++ ){
 672 //       printf("\t absID %d\n",newindex[icell]);
 673 //     }
 674 //    }
 675
 676 //    printf("Cluster %d, energy %f\n",newCluster->GetID(),newCluster->E());
 677 //    printf("labels: ");
 678 //    for(UInt_t ilab = 0; ilab < newCluster->GetNLabels(); ilab++)
 679 //      printf("Label[%d]: %d ",ilab, newCluster->GetLabelAt(ilab));
 680 //     printf("\n ");
 681
 682     newCluster->SetID(i);
 683     new((*fOutputAODBranch)[i])  AliAODCaloCluster(*newCluster);
 684   }
 685
 686   //if(fOutputAODBranchName.Length()!=0)
 687   fOutputAODBranch->Expand(kNumberOfCaloClusters); // resize TObjArray to 'remove' slots
 688
 689   //---CLEAN UP-----
 690   fCaloClusterArr->Delete(); // Do not Clear(), it leaks, why?
 691 }
 692
 693 //_____________________________________________________________________
 694 Bool_t AliAnalysisTaskEMCALClusterize::AccessOCDB()
 695 {
 696   //Access to OCDB stuff
 697
 698   AliVEvent * event = InputEvent();
 699   if (!event)
 700   {
 701     Warning("AccessOCDB","Event not available!!!");
 702     return kFALSE;
 703   }
 704
 705   if (event->GetRunNumber()==fRun)
 706     return kTRUE;
 707   fRun = event->GetRunNumber();
 708
 709   if(DebugLevel() > 1 )
 710     Info("AccessODCD()"," Begin");
 711
 712   //fGeom = AliEMCALGeometry::GetInstance(fGeomName);
 713
 714   AliCDBManager *cdb = AliCDBManager::Instance();
 715
 716
 717   if (fOCDBpath.Length()){
 718     cdb->SetDefaultStorage(fOCDBpath.Data());
 719     Info("AccessOCDB","Default storage %s",fOCDBpath.Data());
 720   }
 721
 722   cdb->SetRun(event->GetRunNumber());
 723
 724   //
 725   // EMCAL from RAW OCDB
 726   if (fOCDBpath.Contains("alien:"))
 727   {
 728     cdb->SetSpecificStorage("EMCAL/Calib/Data","alien://Folder=/alice/data/2010/OCDB");
 729     cdb->SetSpecificStorage("EMCAL/Calib/Pedestals","alien://Folder=/alice/data/2010/OCDB");
 730   }
 731
 732   TString path = cdb->GetDefaultStorage()->GetBaseFolder();
 733
 734   // init parameters:
 735
 736   //Get calibration parameters
 737   if(!fCalibData)
 738   {
 739     AliCDBEntry *entry = (AliCDBEntry*)
 740     AliCDBManager::Instance()->Get("EMCAL/Calib/Data");
 741
 742     if (entry) fCalibData =  (AliEMCALCalibData*) entry->GetObject();
 743   }
 744
 745   if(!fCalibData)
 746     AliFatal("Calibration parameters not found in CDB!");
 747
 748   //Get calibration parameters
 749   if(!fPedestalData)
 750   {
 751     AliCDBEntry *entry = (AliCDBEntry*)
 752     AliCDBManager::Instance()->Get("EMCAL/Calib/Pedestals");
 753
 754     if (entry) fPedestalData =  (AliCaloCalibPedestal*) entry->GetObject();
 755   }
 756
 757   if(!fPedestalData)
 758     AliFatal("Dead map not found in CDB!");
 759
 760   return kTRUE;
 761 }
 762
 763 //________________________________________________________________________________________
 764 void AliAnalysisTaskEMCALClusterize::InitClusterization()
 765 {
 766   //Select clusterization/unfolding algorithm and set all the needed parameters
 767
 768   if (fJustUnfold){
 769     // init the unfolding afterburner
 770     delete fUnfolder;
 771     fUnfolder =  new AliEMCALAfterBurnerUF(fRecParam->GetW0(),fRecParam->GetLocMaxCut());
 772     return;
 773  }
 774
 775   //First init the clusterizer
 776   delete fClusterizer;
 777   if     (fRecParam->GetClusterizerFlag() == AliEMCALRecParam::kClusterizerv1)
 778     fClusterizer = new AliEMCALClusterizerv1 (fGeom, fCalibData, fPedestalData);
 779   else if(fRecParam->GetClusterizerFlag() == AliEMCALRecParam::kClusterizerv2)
 780     fClusterizer = new AliEMCALClusterizerv2(fGeom, fCalibData, fPedestalData);
 781   else if(fRecParam->GetClusterizerFlag() == AliEMCALRecParam::kClusterizerNxN)
 782     fClusterizer = new AliEMCALClusterizerNxN(fGeom, fCalibData, fPedestalData);
 783   else if(fRecParam->GetClusterizerFlag() > AliEMCALRecParam::kClusterizerv2) { //FIX this other way.
 784    AliEMCALClusterizerNxN *clusterizer = new AliEMCALClusterizerNxN(fGeom, fCalibData, fPedestalData);
 785    clusterizer->SetNRowDiff(2);
 786    clusterizer->SetNColDiff(2);
 787    fClusterizer = clusterizer;
 788   } else{
 789     AliFatal(Form("Clusterizer < %d > not available", fRecParam->GetClusterizerFlag()));
 790   }
 791
 792   //Now set the parameters
 793   fClusterizer->SetECAClusteringThreshold( fRecParam->GetClusteringThreshold() );
 794   fClusterizer->SetECALogWeight          ( fRecParam->GetW0()                  );
 795   fClusterizer->SetMinECut               ( fRecParam->GetMinECut()             );
 796   fClusterizer->SetUnfolding             ( fRecParam->GetUnfold()              );
 797   fClusterizer->SetECALocalMaxCut        ( fRecParam->GetLocMaxCut()           );
 798   fClusterizer->SetTimeCut               ( fRecParam->GetTimeCut()             );
 799   fClusterizer->SetTimeMin               ( fRecParam->GetTimeMin()             );
 800   fClusterizer->SetTimeMax               ( fRecParam->GetTimeMax()             );
 801   fClusterizer->SetInputCalibrated       ( kTRUE                               );
 802   fClusterizer->SetJustClusters          ( kTRUE                               );
 803   //In case of unfolding after clusterization is requested, set the corresponding parameters
 804   if(fRecParam->GetUnfold()){
 805     Int_t i=0;
 806     for (i = 0; i < 8; i++) {
 807       fClusterizer->SetSSPars(i, fRecParam->GetSSPars(i));
 808     }//end of loop over parameters
 809     for (i = 0; i < 3; i++) {
 810       fClusterizer->SetPar5  (i, fRecParam->GetPar5(i));
 811       fClusterizer->SetPar6  (i, fRecParam->GetPar6(i));
 812     }//end of loop over parameters
 813
 814     fClusterizer->InitClusterUnfolding();
 815   }// to unfold
 816 }
 817
 818 //________________________________________________________________________________________
 819 void AliAnalysisTaskEMCALClusterize::RecPoints2Clusters(TClonesArray *digitsArr, TObjArray *recPoints, TObjArray *clusArray)
 820 {
 821   // Restore clusters from recPoints
 822   // Cluster energy, global position, cells and their amplitude fractions are restored
 823
 824   for(Int_t i = 0; i < recPoints->GetEntriesFast(); i++)
 825   {
 826     AliEMCALRecPoint *recPoint = (AliEMCALRecPoint*) recPoints->At(i);
 827
 828     const Int_t ncells = recPoint->GetMultiplicity();
 829     Int_t ncells_true = 0;
 830
 831     // cells and their amplitude fractions
 832     UShort_t   absIds[ncells];
 833     Double32_t ratios[ncells];
 834
 835     for (Int_t c = 0; c < ncells; c++) {
 836       AliEMCALDigit *digit = (AliEMCALDigit*) digitsArr->At(recPoint->GetDigitsList()[c]);
 837
 838       absIds[ncells_true] = digit->GetId();
 839       ratios[ncells_true] = recPoint->GetEnergiesList()[c]/digit->GetAmplitude();
 840
 841       if (ratios[ncells_true] > 0.001) ncells_true++;
 842     }
 843
 844     if (ncells_true < 1) {
 845       Warning("AliAnalysisTaskEMCALClusterize::RecPoints2Clusters", "skipping cluster with no cells");
 846       continue;
 847     }
 848
 849     TVector3 gpos;
 850     Float_t g[3];
 851
 852     // calculate new cluster position
 853     recPoint->EvalGlobalPosition(fRecParam->GetW0(), digitsArr);
 854     recPoint->GetGlobalPosition(gpos);
 855     gpos.GetXYZ(g);
 856
 857     // create a new cluster
 858     AliAODCaloCluster *clus = new AliAODCaloCluster();
 859     clus->SetType(AliVCluster::kEMCALClusterv1);
 860     clus->SetE(recPoint->GetEnergy());
 861     clus->SetPosition(g);
 862     clus->SetNCells(ncells_true);
 863     clus->SetCellsAbsId(absIds);
 864     clus->SetCellsAmplitudeFraction(ratios);
 865     clus->SetDispersion(recPoint->GetDispersion());
 866     clus->SetChi2(-1); //not yet implemented
 867     clus->SetTOF(recPoint->GetTime()) ; //time-of-flight
 868     clus->SetNExMax(recPoint->GetNExMax()); //number of local maxima
 869     Float_t elipAxis[2];
 870     recPoint->GetElipsAxis(elipAxis);
 871     clus->SetM02(elipAxis[0]*elipAxis[0]) ;
 872     clus->SetM20(elipAxis[1]*elipAxis[1]) ;
 873     clus->SetDistanceToBadChannel(recPoint->GetDistanceToBadTower());
 874
 875     //MC
 876     Int_t  parentMult  = 0;
 877     Int_t *parentList = recPoint->GetParents(parentMult);
 878     clus->SetLabel(parentList, parentMult);
 879
 880 //    if(parentMult)printf("RecToESD: Labels %d",parentMult);
 881 //    for (Int_t iii = 0; iii < parentMult; iii++) {
 882 //      printf("\t label %d\n",parentList[iii]);
 883 //    }
 884     //Write the second major contributor to each MC cluster.
 885     Int_t iNewLabel ;
 886     for ( Int_t iLoopCell = 0 ; iLoopCell < clus->GetNCells() ; iLoopCell++ ){
 887
 888       Int_t idCell = clus->GetCellAbsId(iLoopCell) ;
 889       if(idCell>=0){
 890         iNewLabel = 1 ; //iNewLabel makes sure we  don't write twice the same label.
 891         for ( UInt_t iLoopLabels = 0 ; iLoopLabels < clus->GetNLabels() ; iLoopLabels++ )
 892         {
 893           if ( fCellSecondLabels[idCell] == -1 )  iNewLabel = 0;  // -1 is never a good second label.
 894           if ( fCellSecondLabels[idCell] == clus->GetLabelAt(iLoopLabels) )  iNewLabel = 0;
 895         }
 896         if (iNewLabel == 1)
 897         {
 898           Int_t * newLabelArray = (Int_t*)malloc((clus->GetNLabels()+1)*sizeof(Int_t)) ;
 899           for ( UInt_t iLoopNewLabels = 0 ; iLoopNewLabels < clus->GetNLabels() ; iLoopNewLabels++ ){
 900             newLabelArray[iLoopNewLabels] = clus->GetLabelAt(iLoopNewLabels) ;
 901           }
 902
 903           newLabelArray[clus->GetNLabels()] = fCellSecondLabels[idCell] ;
 904           //if(fCellSecondLabels[idCell]>-1)printf("\t new label %d\n",fCellSecondLabels[idCell]);
 905           clus->SetLabel(newLabelArray,clus->GetNLabels()+1) ;
 906           delete [] newLabelArray;
 907         }
 908       }//positive cell number
 909     }
 910
 911     clusArray->Add(clus);
 912   } // recPoints loop
 913 }