Applying the new standard cuts in the QA Task, run the same task twice with different...
[u/mrichter/AliRoot.git] / PWG4 / macros / AnalysisTrainPWG4Jets.C
1 //===================== ANALYSIS TRAIN =========================================
2 // To use: copy this macro to your work directory, modify the global part to match
3 // your needs, then run root.
4 //    root[0] .L AnalysisTrain.C
5 // Grid full mode as below (other modes: test, offline, submit, terminate)
6 //    root[1] AnalysisTrainPWG-244Jets("grid", "full")
7 // CAF mode (requires root v5-23-02 + aliroot v4-16-Rev08)
8 //    root[2] AnalysisTrainPWG4Jets("proof")
9 // Local mode requires AliESds.root or AliAOD.root in ./data directory
10 //    root[3] AnalysisTrainPWG4Jets("local")
11 // In proof and grid modes, a token is needed and sourcing the produced environment file.
12 //
13 // If 'saveTrain' flag is set, the train will generate a directory name and run
14 // in this directory. A configuration file 'ConfigTrain.C' will be generated. 
15 // One can replay at any time the train via:
16 //    root[1] AnalysisTrainPWG4Jets(ana_mode, plugin_mode, "train_default_<date>/ConfigTrain.C")
17
18 // For Usage with fastjet run in "offline" first and then "submit"
19 // jdl and analysismacro are automatically patched after "offline" mode
20
21 // =============================================================================
22 // ### General Steering variables
23 // =============================================================================
24 //== general setup variables
25 TString     kTrainName         = "testAnalysis"; // *CHANGE ME* (no blancs or special characters)
26 TString     kJobTag            = "PWG4 Jet Tasks analysis train configured"; // *CHANGE ME*
27
28 // Usage of par files ONLY in grid mode and ONLY if the code is not available
29 // in the deployed AliRoot versions. Par file search path: local dir, if not there $ALICE_ROOT.
30 // To refresh par files, remove the ones in the workdir, then do "make <target.par>" in 
31 // AliRoot.
32 Bool_t      kUsePAR             = kFALSE;  // use par files for extra libs
33 Bool_t      kUseCPAR            = kFALSE;  // use par files for common libs
34 Bool_t      kFillAOD = kFALSE;  // switch of AOD filling for on the fly analysis
35
36 //== general input and output variables
37
38 Int_t       iAODanalysis       = 1;      // Analysis on input AOD's
39 Int_t       iAODhandler        = 1;      // Analysis produces an AOD or dAOD's
40 Int_t       iESDfilter         = 0;      // ESD to AOD filter (barrel + muon tracks)
41 Int_t       iPhysicsSelection  = 1;      // ESD to AOD filter (barrel + muon tracks)
42 Bool_t      kUseKinefilter     = kFALSE; // use Kinematics filter
43 Bool_t      kUseMuonfilter     = kFALSE; // use Kinematics filter
44 TString     kCommonOutputFileName = "PWG4_JetTasksOutput.root";
45
46
47 //== general process variables
48
49 // ### Other flags to steer the analysis
50 //==============================================================================
51 Bool_t      kSkipTerminate      = kTRUE; // Do not call Teminate
52 Bool_t      kUseDate            = kFALSE; // use date in train name
53 Bool_t      kUseDebug           = kTRUE; // activate debugging
54 Int_t       kUseSysInfo         = 0; // activate debugging
55 Bool_t      kUseMC              = kTRUE;  // use MC info
56 Bool_t      kIsMC               = kTRUE;  // is MC info, if false it overwrites Use(AOD)MC
57 Bool_t      kUseAODMC           = kTRUE;  // use MC infA
58 Bool_t      kUseESDTags         = kFALSE; // use ESD tags for selection
59 Bool_t      kUseTR              = kFALSE;  // use track references
60 Bool_t      kUseAODTags         = kFALSE;  // use AOD tags
61 Bool_t      kSaveTrain          = kFALSE;  // save train configuration as: 
62
63
64 // ### Analysis modules to be included. Some may not be yet fully implemented.
65 //==============================================================================
66 Int_t       iJETAN             = 1;      // Jet analysis (PWG4) // 1 write standard 2 write non-standard jets, 3 wrtie both
67 Int_t       iDIJETAN           = 1;
68 Int_t       iJETANLib          = 1;
69 Int_t       iPWG1QASym         = 0;      // Eva's QA task compiled on the fly...
70 Int_t       iPWG4JetTasks      = 0;      // all jet tasks flag for lib laoding
71 Int_t       iPWG4JetServices   = 0;      // jet spectrum analysis
72 Int_t       iPWG4JetSpectrum   = 0;      // jet spectrum analysis
73 Int_t       iPWG4UE            = 0;      // Underlying Event analysis
74 Int_t       iPWG4TmpSourceSara = 0;      // Underlying Event analysis not in svn
75 Int_t       iPWG4TmpSourceFrag = 0;      // Bastian's Fragmentation function not in svn
76 Int_t       iPWG4JetChem       = 0;      // Jet chemistry 
77 Int_t       iPWG4PtQAMC        = 0;      // Marta's QA tasks 
78 Int_t       iPWG4PtSpectra     = 0;      // Marta's QA tasks 
79 Int_t       iPWG4PtQATPC       = 0;      // Marta's QA tasks 
80 Int_t       iPWG4ThreeJets     = 0;      // Sona's thrust task
81 Int_t       iPWG4KMeans        = 0;      // Andreas' KMeans task 
82 Int_t       iPWG4Cluster       = 0;      // CKB cluster task 
83 Int_t       iPWG4PartCorrLibs  = 0;      // Gustavo's part corr analysis
84 Int_t       iPWG4PartCorr      = 0;      // Gustavo's part corr analysis
85 Int_t       iPWG4CaloQA        = 0;      // Gustavo's part corr analysis
86 Int_t       iPWG4JetCorr       = 0;     // Paul's jet corr analysis
87 Int_t       iPWG4Tagged        = 0;      // Gustavo's part corr analysis
88 Int_t       iPWG4omega3pi      = 0;      // Omega to 3 pi analysis (PWG4) 
89 Int_t       iPWG4GammaConv     = 0;      // Gamma Conversio
90 Int_t       kHighPtFilterMask  = 16;     // change depending on the used AOD Filter
91 TString     kDeltaAODJetName   = "AliAOD.Jets.root";     
92 TString     kDeltaAODPartCorrName   = "deltaAODPartCorr.root";     
93
94
95 //==============================================================================
96 // ### PROOF Steering varibales
97 //==============================================================================
98 //== proof setup variables
99 TString     kProofCluster      = "alicecaf.cern.ch";
100 Bool_t      kProofUseAFPAR     = kFALSE;  // use AF special par file
101 TString     kProofAFversion          = "AF-v4-17";
102 //== proof input and output variables
103 TString     kProofDataSet      = "/COMMON/COMMON/LHC09a4_run8100X#/esdTree";
104 Bool_t      kProofSaveToAlien   = kFALSE; // save proof outputs in AliEn train_[trainName]_ddMonthyyyy_time.C
105 TString     kProofOutdir       = "";
106 Bool_t      kProofClearPackages = kFALSE;
107 Int_t       kProofEvents = 10000;
108 Int_t       kProofOffset = 0;
109 //== proof process variables
110
111
112 //==============================================================================
113 // ### Grid plugin Steering varibiables
114 //==============================================================================
115 //== grid plugin setup variables
116 Bool_t      kPluginUse         = kTRUE;   // do not change
117 Bool_t      kPluginUseProductionMode  = kFALSE;   // use the plugin in production mode
118 TString     kPluginRootVersion       = "v5-26-00b-4";  // *CHANGE ME IF MORE RECENT IN GRID*
119 TString     kPluginAliRootVersion    = "v4-19-04-AN";  // *CHANGE ME IF MORE RECENT IN GRID*                                          
120 Bool_t      kPluginMergeViaJDL       = kTRUE;  // merge via JDL
121 Bool_t      kPluginFastReadOption   = kFALSE;  // use xrootd tweaks
122 Bool_t      kPluginOverwriteMode    = kTRUE;  // overwrite existing collections
123 Int_t       kPluginOutputToRunNumber = 1;     // write the output to subdirs named after run number
124 // TString kPluginExecutableCommand = "root -b -q";
125 TString     kPluginExecutableCommand = "source /Users/kleinb/setup_32bit_aliroot_trunk_clean_root_trunk.sh; alienroot -b -q ";
126
127 // == grid plugin input and output variables
128 TString     kGridDatadir      = "/alice/sim/PDC_08b/LHC09a1/AOD/";
129 TString     kGridLocalRunList = "";
130 TString     kGridOutdir       = ""; // AliEn output directory. If blank will become output_<kTrainName>
131 TString     kGridDataSet      = ""; // sub working directory not to confuse different run xmls 
132 Int_t       kGridRunRange[2]       =  {0, -1}; // Set the run range
133 TString     kGridRunPattern        = "%03d"; // important for leading zeroes!!
134 TString     kGridPassPattern       = "";
135 TString     kGridExtraFiles        = ""; // files that will be added to the input list in the JDL...
136 Int_t       kGridMaxMergeFiles      = 50; // Number of files merged in a chunkgridrunragn
137 TString     kGridMergeExclude       = "AliAOD.root"; // Files that should not be merged
138 TString     kGridOutputStorages      = "disk=2"; // Make replicas on the storages
139 // == grid process variables
140 Int_t       kGridRunsPerMaster     = 100; // Number of runs per master job
141 Int_t       kGridFilesPerJob       = 100; // Maximum number of files per job (gives size of AOD)
142
143 //==============================================================================
144 // ### Local Steering variables
145 //==============================================================================
146 //== local setup variables
147 //== local input and output variables
148 TString     kLocalXMLDataset   = ""; // Change local xml dataset for local interactive analysis
149 TString     kLocalDataList   = "local_deltaaod.txt"; // Change local xml dataset for local interactive analysis
150 // == local process variables
151
152
153
154 // Temporaries.
155 TString anaPars = "";
156 TString anaLibs = "";
157 TString anaLibsExtra = "";
158 TString anaSources = "";
159 // Function signatures
160 class AliAnalysisAlien;
161
162 //______________________________________________________________________________
163 void AnalysisTrainPWG4Jets(const char *analysis_mode="local", 
164                            const char *plugin_mode="",
165                            const char *config_file="",Int_t iOffset = 0)
166 {
167 // Main analysis train macro. If a configuration file is provided, all parameters
168 // are taken from there but may be altered by CheckModuleFlags.
169
170    if (strlen(config_file) && !LoadConfig(config_file)) return;
171
172    if(iOffset)kProofOffset = iOffset;
173    TString smode(analysis_mode);
174    smode.ToUpper();
175    if (kSaveTrain)WriteConfig();
176    // Check compatibility of selected modules
177    CheckModuleFlags(smode);
178    //   gROOT->ProcessLine(".trace");
179
180    printf("==================================================================\n");
181    printf("===========    RUNNING ANALYSIS TRAIN %s IN %s MODE   ==========\n", kTrainName.Data(),smode.Data());
182    printf("==================================================================\n");
183    printf("=  Configuring analysis train for:                               =\n");
184    if (iAODanalysis) printf("=  AOD analysis                                                  =\n");
185    else              printf("=  ESD analysis                                                  =\n");
186    if (iPhysicsSelection)   printf("=  Physics selection                                                    =\n");
187    if (iESDfilter)   printf("=  ESD filter                                                    =\n");
188    if (iJETAN)       printf("=  Jet analysis                                                  =\n");
189    printf("==================================================================\n");
190    printf(":: use Fill AOD      %d\n", (UInt_t)kFillAOD);
191    printf(":: use MC truth      %d\n", (UInt_t)kUseMC);
192    printf(":: use KINE filter   %d\n", (UInt_t)kUseKinefilter);
193    printf(":: use track refs    %d\n", (UInt_t)kUseTR);
194    printf(":: use tags          %d\n", (UInt_t)kUseESDTags);
195    printf(":: use AOD tags      %d\n", (UInt_t)kUseAODTags);
196    printf(":: use debugging     %d\n", (UInt_t)kUseDebug);
197    printf(":: use PAR files     %d\n", (UInt_t)kUsePAR);
198    printf(":: use AliEn plugin  %d\n", (UInt_t)kPluginUse);
199    printf(":: use PWG1 QA sym       %d\n", iPWG1QASym);
200    printf(":: use PWG4 Source Sara  %d\n",iPWG4TmpSourceSara);
201    printf(":: use PWG4 Source BB    %d\n",iPWG4TmpSourceFrag);
202    printf(":: use PWG4 Jet Chem     %d\n",iPWG4JetChem);
203    printf(":: use PWG4 Jet tasks    %d\n",iPWG4JetTasks);
204    printf(":: use PWG4 Jet Services %d\n",iPWG4JetServices);     
205    printf(":: use PWG4 Jet Spectrum %d\n",iPWG4JetSpectrum);
206    printf(":: use PWG4 UE           %d \n",iPWG4UE); 
207    printf(":: use PWG4 Pt QA MC     %d\n",iPWG4PtQAMC);
208    printf(":: use PWG4 Pt Spectra   %d\n",iPWG4PtSpectra);
209    printf(":: use PWG4 Pt QA TPC    %d\n",iPWG4PtQATPC);     
210    printf(":: use PWG4 Three Jets   %d\n",iPWG4ThreeJets);
211    printf(":: use PWG4 KMeans       %d\n",iPWG4KMeans);
212    printf(":: use PWG4 Cluster       %d\n",iPWG4Cluster);
213    printf(":: use PWG4 Part Corr    %d\n",iPWG4PartCorr);
214    printf(":: use PWG4 Calo QA    %d\n",iPWG4CaloQA);
215    printf(":: use PWG4 Jet Corr    %d\n",iPWG4JetCorr);
216    printf(":: use PWG4 Tagged       %d\n",iPWG4Tagged);
217    printf(":: use PWG4 omega to 3 pions %d\n",iPWG4omega3pi);
218
219    printf(":: use PWG4 Gamma Conv   %d\n",iPWG4GammaConv);
220    printf(":: use HighPt FilterMask %d\n",kHighPtFilterMask);    
221    
222    //==========================================================================
223    // Connect to back-end system
224    if (!Connect(smode)) {
225       ::Error("AnalysisTrain", "Could not connect to %s back-end", analysis_mode);
226       return;
227    }   
228
229    // Load common libraries and set include path
230    if (!LoadCommonLibraries(smode)) {
231       ::Error("AnalysisTrain", "Could not load common libraries");
232       return;
233    }
234
235
236     
237    // Make the analysis manager and connect event handlers
238    AliAnalysisManager *mgr  = new AliAnalysisManager("PWG4Train", "pwg4 mini train");
239    if (kCommonOutputFileName.Length()>0)mgr->SetCommonFileName(kCommonOutputFileName.Data());
240    if (kProofSaveToAlien) mgr->SetSpecialOutputLocation(kProofOutdir);
241    mgr->SetNSysInfo(0);
242    if (!strcmp(plugin_mode, "test")) mgr->SetNSysInfo(1);
243    if (kUseSysInfo)mgr->SetNSysInfo(kUseSysInfo);
244    mgr->SetSkipTerminate(kSkipTerminate);
245
246    // Load analysis specific libraries
247    if (!LoadAnalysisLibraries(smode)) {
248       ::Error("AnalysisTrain", "Could not load analysis libraries");
249      return;
250    }   
251
252    // Create input handler (input container created automatically)
253    if (iAODanalysis) {
254    // AOD input handler
255       AliAODInputHandler *aodH = new AliAODInputHandler();
256       mgr->SetInputEventHandler(aodH);
257       if (iPWG4JetTasks) aodH->AddFriend(Form("deltas/%s",kDeltaAODJetName.Data()));
258       if (iPWG4PartCorr) aodH->AddFriend(Form("deltas/%s"kDeltaAODJetName.Data()));
259    } else {   
260    // ESD input handler
261       AliESDInputHandler *esdHandler = new AliESDInputHandler();
262       if (kUseESDTags) esdHandler->SetReadTags();
263       esdHandler->SetReadFriends(kFALSE);
264       mgr->SetInputEventHandler(esdHandler);       
265       //      if(iPWG4PtQATPC&& !kTrainName.Contains("pass5"))esdHandler->SetActiveBranches("ESDfriend");
266
267    }
268
269    // Monte Carlo handler
270    if (kUseMC && !iAODanalysis) {
271       AliMCEventHandler* mcHandler = new AliMCEventHandler();
272       mgr->SetMCtruthEventHandler(mcHandler);
273       mcHandler->SetReadTR(kUseTR); 
274    }   
275    // AOD output container, created automatically when setting an AOD handler
276    if (iAODhandler) {
277       // AOD output handler
278       AliAODHandler* aodHandler   = new AliAODHandler();
279       aodHandler->SetOutputFileName("AliAOD.root");
280       aodHandler->SetFillAODforRun(kFillAOD);
281       
282       mgr->SetOutputEventHandler(aodHandler);
283       //
284       if (iAODanalysis) {
285
286         //         aodHandler->SetCreateNonStandardAOD();
287         //      if (iJETAN)aodHandler->SetOutputFileName(kDeltaAODJetName.Data());
288       } 
289       AliAnalysisDataContainer * cout_aod = mgr->GetCommonOutputContainer();
290       cout_aod->SetSpecialOutput();
291    }
292    // Debugging if needed
293
294    if (kUseDebug){
295      mgr->SetDebugLevel(3);
296    }
297    else{
298      AliLog::SetGlobalLogLevel(AliLog::kError);
299    }
300    //==========================================================================
301    // Create the chain. In this example it is created only from ALIEN files but
302    // can be done to work in batch or grid mode as well.
303    TChain *chain = CreateChain(smode, plugin_mode);
304         
305    //==========================================================================
306    // Load the tasks configuration macros for all wagons. These files are supposed now to be
307    // in the current workdir, but in AliEn they will be in the file catalog, 
308    // mapped from AliRoot and pecified in the jdl input list.
309     
310    // For now connection to top input container and common AOD output container
311    // is done in this macro, but in future these containers will be connected
312    // from each task configuration macro.
313    if(iPhysicsSelection && !iAODanalysis){
314      gROOT->LoadMacro("$ALICE_ROOT/ANALYSIS/macros/AddTaskPhysicsSelection.C");
315      AliPhysicsSelectionTask* physSelTask = AddTaskPhysicsSelection(kIsMC,kTRUE,kTRUE); // last flag also adds information on  
316    }
317
318    if (iESDfilter && !iAODanalysis) {
319       //  ESD filter task configuration.
320       gROOT->LoadMacro("$ALICE_ROOT/ANALYSIS/macros/AddTaskESDFilter.C");
321       AliAnalysisTaskESDfilter *taskesdfilter = AddTaskESDFilter(kUseKinefilter,kUseMuonfilter);
322    }   
323
324    // AOD tags
325    if (kUseAODTags) {
326       AliAnalysisTaskTagCreator* tagTask = new AliAnalysisTaskTagCreator("AOD Tag Creator");
327       mgr->AddTask(tagTask);
328       AliAnalysisDataContainer *coutTags = mgr->CreateContainer("cTag",  TTree::Class(), 
329                                            AliAnalysisManager::kOutputContainer, "AOD.tag.root");
330       mgr->ConnectInput (tagTask, 0, mgr->GetCommonInputContainer());
331       mgr->ConnectOutput(tagTask, 1, coutTags);
332    }   
333     
334     // Jet analysis
335    if (iJETAN) {
336       gROOT->LoadMacro("$ALICE_ROOT/PWG4/macros/AddTaskJets.C");
337       AliAnalysisTaskJets *taskjets = 0;
338       if(iJETAN&1)taskjets = AddTaskJets(kHighPtFilterMask); 
339       if(iJETAN&2){
340         UInt_t selection = 0;
341         if(!kFillAOD) selection = 0xffffff; //&~(1<<13);
342         else selection = 1<<0|1<<1|1<<2|1<<3|1<<4|1<<5|1<<6|1<<7|1<<8|1<<9;
343         AddTaskJetsDelta(kDeltaAODJetName.Data(),kHighPtFilterMask,kUseAODMC,selection); 
344       }
345       if (!taskjets) ::Warning("AnalysisTrainPWG4Jets", "AliAnalysisTaskJets cannot run for this train conditions - EXCLUDED");
346    }
347
348    if (iDIJETAN) {
349       gROOT->LoadMacro("$ALICE_ROOT/PWG4/macros/AddTaskDiJets.C");
350       AliAnalysisTaskDiJets *taskdijets = 0;
351       taskdijets = AddTaskDiJets(); 
352       if (!taskdijets) ::Warning("AnalysisTrainPWG4Jets", "AliAnalysisTaskJets cannot run for this train conditions - EXCLUDED");
353    }
354
355    if(iPWG1QASym){
356      gROOT->LoadMacro("$ALICE_ROOT/PWG1/PWG1macros/AddTaskQAsym.C");
357      AliAnalysisTaskQASym *taskQASym = AddTaskQAsym(-1);
358      if (!taskQASym) ::Warning("AnalysisTrainPWG4Jets", "AliAnalysisTaskQASym cannot run for this train conditions - EXCLUDED");
359    }
360
361
362
363    if(iPWG4TmpSourceSara){
364      gROOT->LoadMacro("$ALICE_ROOT/PWG4/macros/AddTaskEta.C");
365      AliAnalysisTaskEta *taskEta = AddTaskEta();
366      if (!taskEta) ::Warning("AnalysisTrainPWG4Jets", "AliAnalysisTaskEta cannot run for this train conditions - EXCLUDED");
367    }
368
369    if(iPWG4TmpSourceFrag){
370      gROOT->LoadMacro("$ALICE_ROOT/PWG4/macros/AddTaskFragFunc.C");
371      UInt_t selection = 1<<2;
372      AliAnalysisTaskFragFunc *taskFrag = AddTaskFragFunc(kHighPtFilterMask, kUseAODMC,iPhysicsSelection, selection);
373      if (!taskFrag) ::Warning("AnalysisTrainPWG4Jets", "AliAnalysisTaskFragFunc cannot run for this train conditions - EXCLUDED");
374    }
375
376
377    if(iPWG4JetChem){
378      gROOT->LoadMacro("$ALICE_ROOT/PWG4/macros/AddTaskJetChem.C");
379      AliAnalysisTask *taskChem = AddTaskJetChem();
380      if (!taskChem) ::Warning("AnalysisTrainPWG4Jets", "AliAnalysisTaskJetChem cannot run for this train conditions - EXCLUDED");
381    }
382
383
384    if(iPWG4JetServices){
385      gROOT->LoadMacro("$ALICE_ROOT/PWG4/macros/AddTaskJetServices.C");
386      AliAnalysisTaskJetServices *taskjetServ = 0;
387      taskjetServ = AddTaskJetServices();
388      if (!taskjetServ) ::Warning("AnalysisTrainPWG4Jets", "AliAnalysisTaskJetServices cannot run for this train conditions - EXCLUDED");
389      if(kGridRunRange[0]>0)taskjetServ->SetRunRange(kGridRunRange[0],kGridRunRange[1]);
390      else taskjetServ->SetRunRange(104000,125000);
391      if(!kIsMC) taskjetServ->SetRealData(kTRUE);
392      taskjetServ->SetUsePhysicsSelection((Bool_t)iPhysicsSelection);
393      taskjetServ->SetDebugLevel(0);
394    }
395
396    if(iPWG4JetSpectrum){
397      gROOT->LoadMacro("$ALICE_ROOT/PWG4/macros/AddTaskJetSpectrum2.C");
398      AliAnalysisTaskJetSpectrum2 *taskjetSpectrum = 0;
399      if(iPWG4JetSpectrum&1){
400        taskjetSpectrum = AddTaskJetSpectrum2("jets","",kHighPtFilterMask,iPhysicsSelection);      
401        if(!iAODanalysis){
402          taskjetSpectrum = AddTaskJetSpectrum2("jets","tracks32",32,iPhysicsSelection);       // tmp hack to give it a different name
403          taskjetSpectrum = AddTaskJetSpectrum2("jets","tracks64",64,iPhysicsSelection);      
404        }
405        if (!taskjetSpectrum) ::Warning("AnalysisTrainPWG4Jets", "AliAnalysisTaskJetSpectrum2 cannot run for this train conditions - EXCLUDED");
406        taskjetSpectrum->SetDebugLevel(1);
407      }
408
409      if(iPWG4JetSpectrum&2){
410        UInt_t selection = 0;
411        if(!iAODanalysis) selection = 0xffffff;
412        else selection = 1<<0|1<<1|1<<2|1<<3|1<<4|1<<5|1<<7|1<<8|1<<9;
413        AddTaskJetSpectrum2Delta(kHighPtFilterMask,kUseAODMC,iPhysicsSelection,selection);
414      }
415      if(iJETAN==3&&!kFillAOD&!iAODanalysis){
416        AddTaskJetSpectrum2("jetsAOD_FASTKT00","",kHighPtFilterMask,iPhysicsSelection);
417        AddTaskJetSpectrum2("jetsAOD_FASTKT01","",kHighPtFilterMask,iPhysicsSelection);
418        AddTaskJetSpectrum2("jetsAOD_FASTKT02","",kHighPtFilterMask,iPhysicsSelection);
419        AddTaskJetSpectrum2("jetsAOD_FASTKT06","",kHighPtFilterMask,iPhysicsSelection);
420        AddTaskJetSpectrum2("jetsAOD_FASTKT08","",kHighPtFilterMask,iPhysicsSelection);
421        if(kIsMC){
422          AddTaskJetSpectrum2("jetsAODMC2b_FASTKT00","",kHighPtFilterMask,iPhysicsSelection);
423          AddTaskJetSpectrum2("jetsAODMC2b_FASTKT01","",kHighPtFilterMask,iPhysicsSelection);
424          AddTaskJetSpectrum2("jetsAODMC2b_FASTKT02","",kHighPtFilterMask,iPhysicsSelection);
425          AddTaskJetSpectrum2("jetsAODMC2b_FASTKT06","",kHighPtFilterMask,iPhysicsSelection);
426          AddTaskJetSpectrum2("jetsAODMC2b_FASTKT08","",kHighPtFilterMask,iPhysicsSelection);
427        }
428      }
429    }
430    if(iPWG4UE){
431      gROOT->LoadMacro("$ALICE_ROOT/PWG4/macros/AddTaskUE.C");
432      AliAnalysisTaskUE *taskUE = 0;
433      if(iPWG4UE&1)taskUE = AddTaskUE(); 
434      if(iPWG4UE&2){
435        taskUE = AddTaskUE("jetsAOD_CDF07","CDF","LJ","TRANSV","MSP"); 
436        taskUE = AddTaskUE("jetsAOD_CDF07","CDF","LJCC","TRANSV","MSP"); 
437        taskUE = AddTaskUE("jetsAOD_CDF07","CDF","LJ","TRANSV","MAP"); 
438        taskUE = AddTaskUE("jetsAOD_ICDF","CDF","LJ","TRANSV","MSP"); 
439        taskUE = AddTaskUE("jetsAOD_ICDF","CDF","LJCC","TRANSV","MSP"); 
440        taskUE = AddTaskUE("jetsAOD_ICDF","CDF","LJCC","TRANSV","MAP"); 
441        taskUE = AddTaskUE("jetsAOD_NONE","CDF","MP","TRANSV","MSP"); 
442        taskUE = AddTaskUE("jetsAOD_NONE","CDF","MP","TRANSV","MAP");
443        taskUE = AddTaskUE("jetsAOD_FASTKT04","CDF","LJ","TRANSV","MSP"); 
444        taskUE = AddTaskUE("jetsAOD_FASTKT04","CDF","LJ","TRANSV","MAP");
445      }
446
447      if (!taskUE) ::Warning("AnalysisTrainPWG4Jets", "AliAnalysisTaskUE cannot run for this train conditions - EXCLUDED");
448    }
449
450    if(iPWG4ThreeJets){
451      gROOT->LoadMacro("$ALICE_ROOT/PWG4/macros/AddTaskThreeJets.C");
452      AliAnalysisTaskThreeJets *taskThree = AddTaskThreeJets();
453      if(!taskThree)::Warning("AnalysisTrainPWG4Jets", "AliAnalysisTaskThreets cannot run for this train conditions - EXCLUDED");
454    }
455    if(iPWG4PtQAMC){
456      gROOT->LoadMacro("$ALICE_ROOT/PWG4/macros/AddTaskPWG4HighPtQAMC.C");
457      AliPWG4HighPtQAMC *taskQAMC = AddTaskPWG4HighPtQAMC();
458      if (!taskQAMC) ::Warning("AnalysisTrainPWG4Jets", "AliAnalysisTaskQAMC cannot run for this train conditions - EXCLUDED");
459    }
460
461    if(iPWG4PtQATPC){
462      gROOT->LoadMacro("$ALICE_ROOT/PWG4/macros/AddTaskPWG4HighPtQATPConly.C");
463      AliPWG4HighPtQATPConly *taskQATPC = 0;
464      if(iPWG4PtQATPC&1)taskQATPC = AddTaskPWG4HighPtQATPConly(1);
465      if(iPWG4PtQATPC&2)taskQATPC = AddTaskPWG4HighPtQATPConly(2);
466
467  if (!taskQATPC) ::Warning("AnalysisTrainPWG4Jets", "AliAnalysisTaskQATPC cannot run for this train conditions - EXCLUDED");
468    }
469
470    if(iPWG4PtSpectra){
471      gROOT->LoadMacro("$ALICE_ROOT/PWG4/macros/AddTaskPWG4HighPtSpectra.C");
472      AliPWG4HighPtSpectra *taskPtSpectra = AddTaskPWG4HighPtSpectra();
473      if (!taskPtSpectra) ::Warning("AnalysisTrainPWG4Jets", "AliAnalysisTaskPtSpectra cannot run for this train conditions - EXCLUDED");
474    }
475    if(iPWG4KMeans){
476      gROOT->LoadMacro("$ALICE_ROOT/PWG4/macros/AddTaskKMeans.C");
477      AliAnalysisTaskKMeans *taskKMeans = AddTaskKMeans();
478      if (!taskKMeans) ::Warning("AnalysisTrainPWG4Jets", "AliAnalysisTaskKMenans cannot run for this train conditions - EXCLUDED");
479    }
480
481    if(iPWG4Cluster){
482      gROOT->LoadMacro("$ALICE_ROOT/PWG4/macros/AddTaskJetCluster.C");
483      AliAnalysisTaskJetCluster *taskCl = 0;
484      if(iPWG4Cluster&1){
485        taskCl = AddTaskJetCluster("AOD","",kHighPtFilterMask,iPhysicsSelection,"KT");
486      }
487      if(iPWG4Cluster&2){
488        UInt_t selection = 0;
489        if(!iAODanalysis) selection = 0xffffff;
490        else selection = 1<<0|1<<1|1<<2|1<<3|1<<4|1<<5|1<<7|1<<8|1<<9;
491        AddTaskJetClusterDelta(kHighPtFilterMask,kUseAODMC,iPhysicsSelection,"KT",selection);
492      }
493      if(iPWG4Cluster&4){
494        UInt_t selection = 0;
495        if(!iAODanalysis) selection = 0xffffff;
496        else selection = 1<<0|1<<1|1<<2|1<<3|1<<4|1<<5|1<<7|1<<8|1<<9;
497        taskCl = AddTaskJetCluster("AOD","",kHighPtFilterMask,iPhysicsSelection,"CA");
498        AddTaskJetClusterDelta(kHighPtFilterMask,kUseAODMC,iPhysicsSelection,"CA",selection);
499      }
500
501
502      if (!taskCl) ::Warning("AnalysisTrainPWG4Jets", "AliAnalysisTaskCluster cannot run for this train conditions - EXCLUDED");
503
504    }
505    if(iPWG4PartCorr){
506      gROOT->LoadMacro("$ALICE_ROOT/PWG4/macros/AddTaskPartCorr.C");
507      AliAnalysisTaskParticleCorrelation *taskpartcorrPHOS = AddTaskPartCorr("AOD", "PHOS",kFALSE,kIsMC);
508      if (!taskpartcorrPHOS) ::Warning("AnalysisTrainNew", "AliAnalysisTaskParticleCorrelation PHOS cannot run for this train conditions - EXCLUDED");
509      AliAnalysisTaskParticleCorrelation *taskpartcorrEMCAL = AddTaskPartCorr("AOD", "EMCAL",kFALSE,kIsMC);
510      if (!taskpartcorrEMCAL) ::Warning("AnalysisTrainNew", "AliAnalysisTaskParticleCorrelation EMCAL cannot run for this train conditions - EXCLUDED");
511      if(kDeltaAODPartCorrName.Length()>0)mgr->RegisterExtraFile(kDeltaAODPartCorrName.Data()); // hmm this is written anyway.... but at least we do not register it...
512    } 
513
514    if(iPWG4CaloQA){
515      gROOT->LoadMacro("$ALICE_ROOT/PWG4/macros/QA/AddTaskCalorimeterQA.C");
516      AliAnalysisTaskParticleCorrelation *taskcaloQA =  AddTaskCalorimeterQA("ESD",kFALSE,kIsMC);
517      if(!taskcaloQA)::Warning("AnalysisTrainNew", "AliAnalysisTaskParticleCorrelation QA cannot run - EXCLUDED");
518    } 
519
520    if(iPWG4JetCorr){
521      //     using namespace JetCorrelHD;
522
523      gROOT->LoadMacro("$ALICE_ROOT/PWG4/macros/AddTaskJetCorrel.C");
524      AliAnalysisTaskJetCorrel *taskjetcorr = AddTaskJetCorrel();
525      if (!taskjetcorr) ::Warning("AnalysisTrainNew", "AliAnalysisTaskJetCorrel  cannot run for this train conditions - EXCLUDED");
526    } 
527
528    if(iPWG4Tagged){
529      gROOT->LoadMacro("$ALICE_ROOT/PWG4/macros/AddTaskTaggedPhotons.C");
530      AliAnalysisTaskTaggedPhotons * taskTagged = AddTaskTaggedPhotons(kFALSE); // EMCAL
531      //     taskTagged = AddTaskTaggedPhotons(kTRUE); // PHOS 
532      if (!taskTagged) ::Warning("AnalysisTrainNew", "AliAnalysisTaskTaggedPhotons  cannot run for this train conditions - EXCLUDED");     
533    }
534    if (iPWG4omega3pi) {
535      gROOT->LoadMacro("$ALICE_ROOT/PWG4/macros/AddTaskomega3pi.C");
536      AliAnalysisTaskOmegaPi0PiPi *taskomega3pi = AddTaskomega3pi();
537      if (!taskomega3pi) ::Warning("AnalysisTrainNew", "AliAnalysisTaskomega3pi cannot run\
538  for these train conditions - EXCLUDED");
539    }
540
541    // PWG4 gamma conversion analysis
542    if (iPWG4GammaConv) {
543       gROOT->LoadMacro("$ALICE_ROOT/PWG4/macros/AddTaskGammaConversion.C");
544       TString cdir = gSystem->WorkingDirectory();
545       gSystem->ChangeDirectory(gSystem->ExpandPathName("$ALICE_ROOT/PWG4/macros/"));
546       //      TString gcArguments = "-run-on-train -run-jet -run-chic -run-neutralmeson -run-cf";
547       TString gcArguments = "-run-on-train -run-jet -run-neutralmeson -run-cf -use-own-xyz";
548       if(!kIsMC)gcArguments += " -mc-off";
549       AliAnalysisTaskGammaConversion * taskGammaConversion = AddTaskGammaConversion(gcArguments,mgr->GetCommonInputContainer());
550       gSystem->ChangeDirectory(cdir);
551       taskGammaConversion->SelectCollisionCandidates();
552       if (!taskGammaConversion) ::Warning("AnalysisTrainNew", "AliAnalysisTaskGammaConversion cannot run for these train conditions - EXCLUDED");
553    }   
554
555
556    //==========================================================================
557    // FOR THE REST OF THE TASKS THE MACRO AddTaskXXX() is not yet implemented/
558    // Run the analysis
559    //    
560    if (kPluginUse) {
561       AliAnalysisGrid *alienHandler = CreateAlienHandler(plugin_mode);
562       AliAnalysisManager::GetAnalysisManager()->SetGridHandler(alienHandler);
563    }
564    
565    if (mgr->InitAnalysis()) {
566      mgr->PrintStatus();
567      // if (kSaveTrain || strlen(config_file)) gSystem->ChangeDirectory(kTrainName);
568      if (!strcmp(plugin_mode,"submit")&&smode=="GRID"){
569        TString alien_workdir = gGrid->GetHomeDirectory();
570        if (iAODanalysis) alien_workdir += "analysisAOD";
571        else              alien_workdir += "analysisESD";
572        if(kGridDataSet.Length()>0)alien_workdir += Form("/%s",kGridDataSet.Data());
573        AliAnalysisAlien *gridhandler = (AliAnalysisAlien*)mgr->GetGridHandler();
574        printf("=== AnalysisTrainPWG4Jets:: Registering jdl in the work directory alien://%s/%s, should be done by the manager! ===\n",
575               alien_workdir.Data(),gridhandler->GetGridOutputDir());
576        TFile::Cp(Form("file:%s.jdl",kTrainName.Data()), Form("alien://%s/%s/%s.jdl",alien_workdir.Data(),
577                                                              gridhandler->GetGridOutputDir(),kTrainName.Data()));
578      }
579      AliLog::SetGlobalLogLevel(AliLog::kError);
580      if((kUseSysInfo>0&&smode=="LOCAL")||!strcmp(plugin_mode, "test")){
581        TFile * fM = TFile::Open("manager_local.root","RECREATE");
582        mgr->Write();
583        fM->Close();
584      }
585
586      StartAnalysis(smode, chain);
587        
588      if((kUseSysInfo>0&&smode=="LOCAL")||!strcmp(plugin_mode, "test")){
589        for(int i = 0;i < mgr->GetTopTasks()->GetEntries();i++){
590          mgr->ProfileTask(i);
591        }
592      }
593      if (!strcmp(plugin_mode, "offline")&&smode=="GRID"){
594        // Offline mode path files
595        //       PatchJDL();
596        PatchAnalysisMacro();
597      }
598
599      if (kSaveTrain && smode=="GRID") {
600        AliAnalysisAlien *gridhandler = (AliAnalysisAlien*)mgr->GetGridHandler();
601        TString alien_workdir = gGrid->GetHomeDirectory();
602        if (iAODanalysis) alien_workdir += "analysisAOD";
603        else              alien_workdir += "analysisESD";
604        if(kGridDataSet.Length()>0)alien_workdir += Form("/%s",kGridDataSet.Data());
605        //     kGridOutdir = gridhandler->GetGridOutputDir();
606        printf("=== Registering ConfigTrain.C in the work directory <%s> ===\n",
607                 alien_workdir.Data());
608        if (AliAnalysisAlien::FileExists(Form("%s/%sConfig.C", alien_workdir.Data(), kTrainName.Data())))
609          gGrid->Rm(Form("%s/%sConfig.C", alien_workdir.Data(), kTrainName.Data()));
610        if (strcmp(plugin_mode, "test"))
611          TFile::Cp(Form("file:%sConfig.C",kTrainName.Data()), Form("alien://%s/%sConfig.C", alien_workdir.Data(), kTrainName.Data()));
612      }
613    }
614 }
615
616 //______________________________________________________________________________
617 void StartAnalysis(const char *mode, TChain *chain) {
618 // Start analysis.
619    Int_t imode = -1;
620    AliAnalysisManager *mgr = AliAnalysisManager::GetAnalysisManager();
621    if (!strcmp(mode, "LOCAL")) imode = 0;
622    if (!strcmp(mode, "PROOF")) imode = 1;
623    if (!strcmp(mode, "GRID"))  imode = 2;
624    switch (imode) {
625       case 0:
626          if (!chain) {
627             ::Error("AnalysisTrainPWG4Jets.C::StartAnalysis", "Cannot create the chain");
628             return;
629          }   
630          mgr->StartAnalysis(mode, chain);
631          return;
632       case 1:
633          if (!kProofDataSet.Length()) {
634             ::Error("AnalysisTrainPWG4Jets.C::StartAnalysis", "kProofDataSet is empty");
635             return;
636          }   
637          mgr->StartAnalysis(mode, kProofDataSet, kProofEvents,kProofOffset);
638          return;
639       case 2:
640          if (kPluginUse) {
641             if (!mgr->GetGridHandler()) {
642                ::Error("AnalysisTrainPWG4Jets.C::StartAnalysis", "Grid plugin not initialized");
643                return;
644             }   
645             mgr->StartAnalysis("grid");
646          } else {
647             if (!chain) {
648                ::Error("AnalysisTrainPWG4Jets.C::StartAnalysis", "Cannot create the chain");
649                return;
650             }   
651             mgr->StartAnalysis(mode, chain);
652          }   
653          return;
654    }      
655 }          
656     
657 //______________________________________________________________________________
658 void CheckModuleFlags(const char *mode) {
659 // Checks selected modules and insure compatibility
660    Int_t imode = -1;
661    if (!strcmp(mode, "LOCAL")) imode = 0;
662    if (!strcmp(mode, "PROOF")) imode = 1;
663    if (!strcmp(mode, "GRID"))  imode = 2;
664
665
666    if (kUseCPAR) {
667      kPluginAliRootVersion    = ""; // NO aliroot if we use CPAR
668    }
669
670    if (imode==1) {
671       if (!kUsePAR) {
672          ::Info("AnalysisTrainPWG4Jets.C::CheckModuleFlags", "PAR files enabled due to PROOF analysis");
673          kUsePAR = kTRUE;
674       }   
675    }  
676    if (imode != 2) {
677       ::Info("AnalysisTrainPWG4Jets.C::CheckModuleFlags", "AliEn plugin disabled since not in GRID mode");
678       kPluginUse = kFALSE; 
679    }   
680
681
682    if(!kIsMC){
683      // switch off anthin related to MC
684      kUseMC = 0;
685      kUseAODMC = 0;
686      kUseTR = kFALSE;
687    }
688
689    if (iAODanalysis) {
690    // AOD analysis
691       if (kUseMC)
692          ::Info("AnalysisTrainPWG4Jets.C::CheckModuleFlags", "MC usage disabled in analysis on AOD's");
693       if (kUseAODTags)
694          ::Info("AnalysisTrainPWG4Jets.C::CheckModuleFlags", "AOD tags usage disabled in analysis on AOD's");
695       kUseMC = kFALSE;
696       kUseTR = kFALSE;
697       kUseAODTags = kFALSE;
698       if (iESDfilter)
699          ::Info("AnalysisTrainPWG4Jets.C::CheckModuleFlags", "ESD filter disabled in analysis on AOD's");
700       iESDfilter   = 0;
701       if (iPhysicsSelection)
702          ::Info("AnalysisTrainPWG4Jets.C::CheckModuleFlags", "Physics Selection disabled in analysis on AOD's");
703       iPhysicsSelection   = 0;
704       if (!iAODhandler) {
705          if (iJETAN) 
706             ::Info("AnalysisTrainPWG4Jets.C::CheckModuleFlags", "JETAN disabled in analysis on AOD's without AOD handler");
707          iJETAN = 0;
708          iDIJETAN = 0;
709       }
710       // Disable tasks that do not work yet on AOD data
711       if( iPWG4PtQAMC)::Info("AnalysisTrainPWG4Jets.C::CheckModuleFlags", "PWG4 PtQAMC disabled in analysis on AOD's");
712       iPWG4PtQAMC        = 0;
713       if( iPWG4PtQATPC)::Info("AnalysisTrainPWG4Jets.C::CheckModuleFlags", "PWG4 PtTPC disabled in analysis on AOD's");
714       iPWG4PtQATPC        = 0;
715       if( iPWG4PtSpectra)::Info("AnalysisTrainPWG4Jets.C::CheckModuleFlags", "PWG4 PtQAMC disabled in analysis on AOD's");
716       iPWG4PtSpectra     = 0;
717       if(iPWG4KMeans)::Info("AnalysisTrainPWG4Jets.C::CheckModuleFlags", "PWG4KMeans disabled on AOD's");
718       iPWG4KMeans       = 0;
719       if (iPWG4JetCorr)::Info("AnalysisTrainPWG4Jets.C::CheckModuleFlags", "PWG4Jetcorr disabled on AOD's");
720       iPWG4JetCorr = 0;
721       if (iPWG4PartCorr)::Info("AnalysisTrainPWG4Jets.C::CheckModuleFlags", "PWG4partcorr disabled on AOD's");
722       iPWG4PartCorr = 0;
723       if (iPWG4CaloQA)::Info("AnalysisTrainPWG4Jets.C::CheckModuleFlags", "PWG4CaloQA disabled on AOD's");
724       iPWG4CaloQA = 0;
725       if (iPWG4Tagged)::Info("AnalysisTrainPWG4Jets.C::CheckModuleFlags", "PWG4tagged disabled on AOD's");
726       iPWG4Tagged = 0;
727       if (iPWG4omega3pi)
728         ::Info("AnalysisTrainNew.C::CheckModuleFlags", "PWG4omega3pi disabled on AOD's");
729       iPWG4omega3pi = 0;
730       if(iPWG1QASym)::Info("AnalysisTrainPWG4Jets.C::CheckModuleFlags", "PWG1 QA Sym disabled in analysis on AOD's");
731       if (iPWG4GammaConv)::Info("AnalysisPWG4Jets.C::CheckModuleFlags", "PWG4gammaconv disabled on AOD's");
732       iPWG4GammaConv = 0;   
733       iPWG1QASym     = 0;
734    } else {   
735    // ESD analysis
736      if (!kUseMC){
737        kUseTR = kFALSE;
738        
739        if(kUseKinefilter)::Info("AnalysisTrainPWG4Jets.C::CheckModuleFlags", "PWG4 Kine Filter disabled in analysis without MC");
740        kUseKinefilter = kFALSE;
741        if( iPWG4PtQAMC)::Info("AnalysisTrainPWG4Jets.C::CheckModuleFlags", "PWG4 PtQAMC disabled in analysis without MC");
742        iPWG4PtQAMC        = 0;
743
744      }
745      if (!kUseTR) {
746        if(iPWG4PtQAMC)::Info("AnalysisTrainPWG4Jets.C::CheckModuleFlags", "iPWG4QATPCMC disabled if not reading track references");
747        iPWG4PtQAMC        = 0;
748      }   
749      if (iJETAN){
750        iESDfilter=1;
751      }
752       if (!iESDfilter){
753         kUseKinefilter = kFALSE;
754         kUseMuonfilter = kFALSE;
755       }
756       if(!iJETAN){
757         iPWG4JetSpectrum = iPWG4UE = iPWG4ThreeJets = iDIJETAN = 0;
758       }
759    }
760    iPWG4JetTasks = iPWG4JetServices||iPWG4JetSpectrum||iPWG4UE||iPWG4PtQAMC||iPWG4PtSpectra||iPWG4PtQATPC||iPWG4ThreeJets||iPWG4JetChem;
761    iPWG4PartCorrLibs = iPWG4PartCorr||iPWG4Tagged||iPWG4CaloQA;
762    iJETANLib = iPWG4JetTasks||iJETAN||iDIJETAN;
763    if (iESDfilter) {iAODhandler=1;}
764    if (kUseKinefilter && !kUseMC) kUseKinefilter = kFALSE;
765    if (kUseAODTags && !iAODhandler) kUseAODTags = kFALSE;
766
767
768    
769 }
770
771 //______________________________________________________________________________
772 Bool_t Connect(const char *mode) {
773 // Connect <username> to the back-end system.
774    Int_t imode = -1;
775    if (!strcmp(mode, "LOCAL")) imode = 0;
776    if (!strcmp(mode, "PROOF")) imode = 1;
777    if (!strcmp(mode, "GRID"))  imode = 2;
778    TString username = gSystem->Getenv("alien_API_USER");
779    switch (imode) {
780       case 0:
781          break;
782       case 1:
783          if  (!username.Length()) {
784             ::Error(Form("AnalysisTrainPWG4Jets.C::Connect <%s>", mode), "Make sure you:\n \
785                            1. Have called: alien-token-init <username>\n \
786                            2. Have called: >source /tmp/gclient_env_$UID");
787             return kFALSE;
788          }
789          ::Info("AnalysisTrainPWG4Jets.C::Connect", "Connecting user <%s> to PROOF cluster <%s>", 
790                 username.Data(), kProofCluster.Data());
791          gEnv->SetValue("XSec.GSI.DelegProxy", "2");
792 //         TProof::Open(Form("%s@%s:31093", username.Data(), kProofCluster.Data()));       
793          TProof::Open(Form("%s@%s", username.Data(), kProofCluster.Data()));       
794          if (!gProof) {
795             if (strcmp(gSystem->Getenv("XrdSecGSISRVNAMES"), "lxfsrd0506.cern.ch"))
796                ::Error(Form("AnalysisTrainPWG4Jets.C::Connect <%s>", mode), "Environment XrdSecGSISRVNAMES different from lxfsrd0506.cern.ch");
797             return kFALSE;
798          }
799          if(kProofClearPackages)gProof->ClearPackages();
800
801          if(kProofSaveToAlien){
802            TGrid::Connect("alien://");
803            if (gGrid) {
804              TString homedir = gGrid->GetHomeDirectory();
805              TString workdir = homedir + kTrainName;
806              if (!gGrid->Cd(workdir)) {
807                gGrid->Cd(homedir);
808                if (gGrid->Mkdir(workdir)) {
809                  gGrid->Cd(kTrainName);
810                  ::Info("AnalysisTrainPWG4Jets::Connect()", "Directory %s created", gGrid->Pwd());
811                }
812              }
813              gGrid->Mkdir("proof_output");
814              gGrid->Cd("proof_output");
815              kProofOutdir = Form("alien://%s", gGrid->Pwd());
816            }   
817          }
818          break;
819       case 2:      
820          if  (!username.Length()) {
821             ::Error(Form("AnalysisTrainPWG4Jets.C::Connect <%s>", mode), "Make sure you:\n \
822                            1. Have called: alien-token-init <username>\n \
823                            2. Have called: >source /tmp/gclient_env_$UID");
824             return kFALSE;
825          }
826          if (kPluginUse && !gSystem->Getenv("alien_CLOSE_SE")) {
827             ::Error(Form("AnalysisTrainPWG4Jets.C::Connect <%s>", mode), 
828                            "When using the AliEn plugin it is preferable to define the \
829                            variable alien_CLOSE_SE in your environment.");
830             return kFALSE;
831          }
832          ::Info("AnalysisTrainPWG4Jets.C::Connect", "Connecting user <%s> to AliEn ...", 
833                 username.Data());
834          TGrid::Connect("alien://");
835          if (!gGrid || !gGrid->IsConnected()) return kFALSE;
836          break;
837       default:
838          ::Error("AnalysisTrainPWG4Jets.C::Connect", "Unknown run mode: %s", mode);
839          return kFALSE;
840    }
841    ::Info("AnalysisTrainPWG4Jets.C::Connect","Connected in %s mode", mode);
842    return kTRUE;
843 }
844
845 //______________________________________________________________________________
846 Bool_t LoadCommonLibraries(const char *mode)
847 {
848 // Load common analysis libraries.
849    Int_t imode = -1;
850    if (!strcmp(mode, "LOCAL")) imode = 0;
851    if (!strcmp(mode, "PROOF")) imode = 1;
852    if (!strcmp(mode, "GRID"))  imode = 2;
853    if (!gSystem->Getenv("ALICE_ROOT")) {
854       ::Error("AnalysisTrainPWG4Jets.C::LoadCommonLibraries", "Analysis train requires that analysis libraries are compiled with a local AliRoot"); 
855       return kFALSE;
856    }   
857    Bool_t success = kTRUE;
858    // ROOT libraries
859    gSystem->Load("libTree.so");
860    gSystem->Load("libGeom.so");
861    gSystem->Load("libVMC.so");
862    gSystem->Load("libPhysics.so");
863    
864    // Load framework classes. Par option ignored here.
865    switch (imode) {
866       case 0:
867       case 2:
868          if (kUseCPAR) {
869             success &= LoadLibrary("STEERBase", mode, kTRUE);
870             success &= LoadLibrary("ESD", mode, kTRUE);
871             success &= LoadLibrary("AOD", mode, kTRUE);
872             success &= LoadLibrary("ANALYSIS", mode, kTRUE);
873             success &= LoadLibrary("ANALYSISalice", mode, kTRUE);
874             success &= LoadLibrary("CORRFW", mode, kTRUE);
875          } else {   
876             success &= LoadLibrary("libSTEERBase.so", mode);
877             success &= LoadLibrary("libESD.so", mode);
878             success &= LoadLibrary("libAOD.so", mode);
879             success &= LoadLibrary("libANALYSIS.so", mode);
880             success &= LoadLibrary("libANALYSISalice.so", mode);
881             success &= LoadLibrary("libCORRFW.so", mode);
882             gROOT->ProcessLine(".include $ALICE_ROOT/include");
883          }   
884          break;
885       case 1:
886          Int_t ires = -1;
887          if (kProofUseAFPAR && !gSystem->AccessPathName(kProofAFversion)) ires = gProof->UploadPackage(kProofAFversion);
888          if (ires < 0) {
889             success &= LoadLibrary("STEERBase", mode);
890             success &= LoadLibrary("ESD", mode);
891             success &= LoadLibrary("AOD", mode);
892             success &= LoadLibrary("ANALYSIS", mode);
893             success &= LoadLibrary("ANALYSISalice", mode);
894             success &= LoadLibrary("CORRFW", mode);
895          } else { 
896             ires = gProof->EnablePackage(kProofAFversion);
897             if (ires<0) success = kFALSE;
898             success &= LoadLibrary("CORRFW", mode);
899          }
900          break;         
901       default:
902          ::Error("AnalysisTrainPWG4Jets.C::LoadCommonLibraries", "Unknown run mode: %s", mode);
903          return kFALSE;
904    }
905    if (success) {
906       ::Info("AnalysisTrainPWG4Jets.C::LoadCommodLibraries", "Load common libraries:    SUCCESS");
907       ::Info("AnalysisTrainPWG4Jets.C::LoadCommodLibraries", "Include path for Aclic compilation:\n%s",
908               gSystem->GetIncludePath());
909    } else {           
910       ::Info("AnalysisTrainPWG4Jets.C::LoadCommodLibraries", "Load common libraries:    FAILED");
911    }   
912       
913    return success;
914 }
915
916 //______________________________________________________________________________
917 Bool_t LoadAnalysisLibraries(const char *mode)
918 {
919 // Load common analysis libraries.
920    Bool_t success = kTRUE;
921    if (iESDfilter) {
922       if (!LoadLibrary("PWG3base", mode, kTRUE) ||
923           !LoadLibrary("PWG3muon", mode, kTRUE)) return kFALSE;
924    }   
925    // JETAN
926    if (iJETANLib) {
927      // this part needs some rework in case we do not need the fastjed finders for processing
928      if (!LoadLibrary("JETAN", mode, kTRUE)) return kFALSE;
929      if (!strcmp(mode, "PROOF")){
930        gProof->Exec("gSystem->Load\(\"/afs/cern.ch/user/d/dperrino/public/libCGAL.so\"\)", kTRUE); 
931        gProof->Exec("gSystem->Load\(\"/afs/cern.ch/user/d/dperrino/public/libfastjet.so\"\)", kTRUE); 
932        // problem when loading siscone copiled with different gcc version??
933        // gProof->Exec("gSystem->Load\(\"/afs/cern.ch/user/d/dperrino/public/libsiscone.so\"\)", kTRUE); 
934        gProof->Exec("gSystem->Load\(\"/afs/cern.ch/user/d/dperrino/public/libSISConePlugin.so\"\)", kTRUE);      
935      }
936      if(!kUsePAR){ 
937        if (!LoadLibrary("CGAL", mode, kTRUE)) return kFALSE;
938        if (!LoadLibrary("fastjet", mode, kTRUE)) return kFALSE;
939        if (!LoadLibrary("siscone", mode, kTRUE)) return kFALSE;
940        if (!LoadLibrary("SISConePlugin", mode, kTRUE)) return kFALSE;
941      }
942      else{
943        // par files plus FASTJET needs some extra work... need to change
944        // the loading sequence in the auto generated .C file
945        if (!LoadLibrary("libCGAL.so", mode, kTRUE)) return kFALSE;
946        if (!LoadLibrary("libfastjet.so", mode, kTRUE)) return kFALSE;
947        if (!LoadLibrary("libsiscone.so", mode, kTRUE)) return kFALSE;
948        if (!LoadLibrary("libSISConePlugin.so", mode, kTRUE)) return kFALSE;
949      }
950      if (!LoadLibrary("FASTJETAN", mode, kTRUE)) return kFALSE;
951    }
952    if(iPWG4JetTasks){
953      // PWG4 particle correlations
954      if (!LoadLibrary("PWG4JetTasks", mode, kTRUE)) return kFALSE;
955    }
956    if(iPWG1QASym){
957      if (!LoadSource(Form("%s/PWG1/AliAnalysisTaskQASym.cxx",gSystem->ExpandPathName("$ALICE_ROOT")), mode, kTRUE))return kFALSE;
958    }
959    if(iPWG4TmpSourceSara){
960      if(!kUsePAR)gSystem->AddIncludePath("-I$ALICE_ROOT/include/JetTasks"); // ugly hack!!
961      if(!LoadSource(Form("%s/PWG4/JetTasks/AliAnalysisTaskEta.cxx",gSystem->ExpandPathName("$ALICE_ROOT")), mode, kTRUE))return kFALSE;
962    }
963    if(iPWG4TmpSourceFrag){
964      if(!kUsePAR)gSystem->AddIncludePath("-I$ALICE_ROOT/include/JetTasks"); // ugly hack!!
965      if(!LoadSource(Form("%s/PWG4/JetTasks/AliAnalysisTaskFragFunc.cxx",gSystem->ExpandPathName("$ALICE_ROOT")), mode, kTRUE))return kFALSE;
966    }
967
968    /*
969    if(iPWG4JetChem){
970      if(!kUsePAR)gSystem->AddIncludePath("-I$ALICE_ROOT/include/JetTasks"); // ugly hack!!
971      if(!LoadSource(Form("%s/PWG4/JetTasks/AliAnalysisTaskJetChem.cxx",gSystem->ExpandPathName("$ALICE_ROOT")), mode, kTRUE))return kFALSE;
972    }
973    */
974
975    if (iPWG4PartCorrLibs) {   
976       if (!LoadLibrary("EMCALUtils", mode, kTRUE) ||
977           !LoadLibrary("PHOSUtils", mode, kTRUE) ||
978           !LoadLibrary("PWG4PartCorrBase", mode, kTRUE) ||
979           !LoadLibrary("PWG4PartCorrDep", mode, kTRUE)) return kFALSE;
980    }
981    if (iPWG4JetCorr) { 
982      if (!LoadLibrary("PWG4JetCorrel", mode, kTRUE)) return kFALSE;
983    }  
984    if (iPWG4omega3pi) {
985      if (!LoadLibrary("PWG4omega3pi", mode, kTRUE)) return kFALSE;
986    }
987    if (iPWG4GammaConv) {
988       if (!LoadLibrary("PWG4GammaConv", mode, kTRUE)) return kFALSE;
989    }      
990
991    ::Info("AnalysisTrainPWG4Jets.C::LoadAnalysisLibraries", "Load other libraries:   SUCCESS");
992    return kTRUE;
993 }
994
995 //______________________________________________________________________________
996 Bool_t LoadLibrary(const char *module, const char *mode, Bool_t rec=kFALSE)
997 {
998 // Load a module library in a given mode. Reports success.
999    Int_t imode = -1;
1000    Int_t result;
1001    TString smodule(module);
1002    if (!strcmp(mode, "LOCAL")) imode = 0;
1003    if (!strcmp(mode, "PROOF")) imode = 1;
1004    if (!strcmp(mode, "GRID"))  imode = 2;
1005    TString mod(module);
1006    if (!mod.Length()) {
1007       ::Error("AnalysisTrainPWG4Jets.C::LoadLibrary", "Empty module name");
1008       return kFALSE;
1009    }   
1010    // If a library is specified, just load it
1011    if (smodule.EndsWith(".so")) {
1012       mod.Remove(mod.Index(".so"));
1013       result = gSystem->Load(mod);
1014       if (result < 0) {
1015          ::Error("AnalysisTrainPWG4Jets.C::LoadLibrary", "Could not load library %s", module);
1016          return kFALSE;
1017       }
1018       if (rec) anaLibs += Form("%s.so ",mod.Data()); 
1019       if (rec) anaLibsExtra += Form("%s.so ",mod.Data()); 
1020       return kTRUE;
1021    } 
1022    // Check if the library is already loaded
1023    if (strlen(gSystem->GetLibraries(Form("%s.so", module), "", kFALSE)) > 0)
1024       return kTRUE;    
1025    switch (imode) {
1026       case 0:
1027       case 2:
1028          if (kUsePAR) {
1029             result = SetupPar(module);
1030             if (rec) anaPars += Form("%s.par ", module);
1031          } else {
1032             result = gSystem->Load(Form("lib%s.so", module));
1033             if (rec) anaLibs += Form("lib%s.so ", module);
1034          }   
1035          break;
1036       case 1:
1037         if(!gSystem->AccessPathName(module)){
1038           ::Info("AnalysisTrainPWG4Jets.C::LoadLibrary", "Removing directory %s",module);
1039           gSystem->Exec(Form("rm -rf %s",module));
1040         }
1041          result = gProof->UploadPackage(module);
1042          if (result<0) {
1043             result = gProof->UploadPackage(gSystem->ExpandPathName(Form("$ALICE_ROOT/%s.par", module)));
1044             if (result<0) {
1045                ::Error("AnalysisTrainPWG4Jets.C::LoadLibrary", "Could not find module %s.par in current directory nor in $ALICE_ROOT", module);
1046                return kFALSE;
1047             }
1048          }   
1049          result = gProof->EnablePackage(module);
1050          break;
1051       default:
1052          return kFALSE;
1053    }         
1054    if (result < 0) {
1055       ::Error("AnalysisTrainPWG4Jets.C::LoadLibrary", "Could not load module %s", module);
1056       return kFALSE;
1057    }
1058    return kTRUE;
1059 }           
1060
1061
1062
1063 //______________________________________________________________________________
1064 Bool_t LoadSource(const char *source, const char *mode, Bool_t rec=kFALSE)
1065 {
1066 // Load a module library in a given mode. Reports success.
1067    Int_t imode = -1;
1068    Int_t result = -1;
1069    if (!strcmp(mode, "LOCAL")) imode = 0;
1070    if (!strcmp(mode, "PROOF")) imode = 1;
1071    if (!strcmp(mode, "GRID"))  imode = 2;
1072    TString ssource(source);
1073    TString basename = gSystem->BaseName(ssource.Data());
1074    if (!ssource.Length()) {
1075       ::Error("AnalysisTrainPWG4Jets.C::LoadSource", "Empty task name");
1076       return kFALSE;
1077    }   
1078     // we have a source code so compile it
1079    if (ssource.EndsWith(".cxx")) {
1080      // need to copy it here other wise the path is also used on grid...
1081      ssource.Remove(ssource.Index(".cxx"));
1082      basename.Remove(basename.Index(".cxx"));
1083      Printf("LoadSources:: Copying...  path %s{cxx,h}",ssource.Data());
1084      gSystem->Exec(Form("cp %s.cxx . ",ssource.Data()));
1085      gSystem->Exec(Form("cp %s.h . ",ssource.Data()));
1086      // Path to code
1087      // only needed for local compilation, in grid and proof mode 
1088      // the task headers are uploaded 
1089      //     path.Remove(path.Index(gSystem->BaseName(path.Data())));
1090      // Printf("LoadSources:: Including path %s",path.Data());
1091      //  if(path.Length()>0)gROOT->ProcessLine(Form(".include %s",path.Data()));
1092      Printf("LoadSources:: Loading...  path %s",basename.Data());
1093      switch (imode) {
1094      case 0:
1095        result = gROOT->LoadMacro(Form("%s.cxx++g",basename.Data()));
1096        break;
1097      case 1:
1098        result = gProof->LoadMacro(Form("%s.cxx++g",basename.Data()));
1099        break;
1100      case 2:
1101        result = gROOT->LoadMacro(Form("%s.cxx++g",basename.Data()));
1102        if (rec){
1103          // what we want to compile
1104          anaSources += Form("%s.cxx ",basename.Data()); 
1105          // what we need as input...
1106          anaLibs += Form("%s.cxx %s.h ",basename.Data(),basename.Data()); 
1107        }
1108        break;
1109      default:
1110        return kFALSE;
1111      }
1112    } 
1113    if (result < 0) {
1114       ::Error("AnalysisTrainPWG4Jets.C::LoadSources", "Could not load source %s", source);
1115       return kFALSE;
1116    }
1117    return kTRUE;
1118 }           
1119
1120
1121 //______________________________________________________________________________
1122 TChain *CreateChain(const char *mode, const char *plugin_mode)
1123 {
1124 // Create the input chain
1125    Int_t imode = -1;
1126    if (!strcmp(mode, "LOCAL")) imode = 0;
1127    if (!strcmp(mode, "PROOF")) imode = 1;
1128    if (!strcmp(mode, "GRID"))  imode = 2;
1129    TChain *chain = NULL;
1130    // Local chain
1131    switch (imode) {
1132       case 0:
1133          if (iAODanalysis) {
1134             if (!kLocalXMLDataset.Length()) {
1135                // Local AOD
1136                chain = new TChain("aodTree");
1137                TString line;
1138                ifstream in;
1139                in.open(kLocalDataList.Data());
1140                while (in.good()) {
1141                  in >> line;
1142                  if (line.Length() == 0) continue;
1143                  // cout << " line = " << line << endl;
1144                  chain->Add(line.Data());
1145                }       
1146             } else {
1147                // Interactive AOD
1148                chain = CreateChainSingle(kLocalXMLDataset, "aodTree");
1149             }
1150          } else {      
1151            if (!kLocalXMLDataset.Length()) {
1152              // Local ESD
1153              chain = new TChain("esdTree");
1154              TString line;
1155              ifstream in;
1156              in.open(kLocalDataList.Data());
1157              while (in.good()) {
1158                in >> line;
1159                if (line.Length() == 0) continue;
1160                cout << " line = " << line << endl;
1161                chain->Add(line.Data());
1162              }       
1163            } else {
1164              // Interactive ESD
1165                chain = CreateChainSingle(kLocalXMLDataset, "esdTree");
1166            }   
1167          }
1168          break;
1169       case 1:
1170          break;
1171       case 2:
1172          if (kPluginUse) {
1173 //            AliAnalysisGrid *alienHandler = CreateAlienHandler(plugin_mode);
1174 //            AliAnalysisManager::GetAnalysisManager()->SetGridHandler(alienHandler);
1175          } else {
1176             TString           treeName = "esdTree";
1177             if (iAODanalysis) treeName = "aodTree";
1178             chain = CreateChainSingle("wn.xml", treeName);
1179          }
1180          break;      
1181       default:   
1182    }
1183    if (chain && chain->GetNtrees()) return chain;
1184    return NULL;
1185 }   
1186
1187 //______________________________________________________________________________
1188 TChain* CreateChainSingle(const char* xmlfile, const char *treeName)
1189 {
1190    printf("*******************************\n");
1191    printf("*** Getting the ESD Chain   ***\n");
1192    printf("*******************************\n");
1193    TAlienCollection * myCollection  = TAlienCollection::Open(xmlfile);
1194
1195    if (!myCollection) {
1196       ::Error("AnalysisTrainPWG4Jets.C::CreateChainSingle", "Cannot create an AliEn collection from %s", xmlfile) ;
1197       return NULL ;
1198    }
1199
1200    TChain* chain = new TChain(treeName);
1201    myCollection->Reset() ;
1202    while ( myCollection->Next() ) chain->Add(myCollection->GetTURL("")) ;
1203    chain->ls();
1204    return chain;
1205 }
1206
1207 //______________________________________________________________________________
1208 Int_t SetupPar(char* pararchivename)
1209 {
1210    if (!pararchivename || !strlen(pararchivename)) return -1;
1211    char processline[1024];
1212    if (gSystem->AccessPathName(Form("%s.par", pararchivename))) {
1213       if (!gSystem->AccessPathName(Form("%s/%s.par", gSystem->Getenv("ALICE_ROOT"),pararchivename))) {
1214          ::Info("AnalysisTrainPWG4Jets.C::SetupPar", "Getting %s.par from $ALICE_ROOT", pararchivename);
1215          TFile::Cp(gSystem->ExpandPathName(Form("$ALICE_ROOT/%s.par", pararchivename)), 
1216                    Form("%s.par",pararchivename));
1217       } else {
1218          ::Error("AnalysisTrainPWG4Jets.C::SetupPar", "Cannot find %s.par", pararchivename);
1219          return -1;
1220       }   
1221    }
1222    if (kPluginUse && kSaveTrain) gSystem->Exec(Form("ln -s ../%s.par %s",pararchivename, kTrainName.Data()));
1223    gSystem->Exec(Form("tar xvzf %s.par", pararchivename));
1224
1225    TString ocwd = gSystem->WorkingDirectory();
1226    if (!gSystem->ChangeDirectory(pararchivename)) return -1;
1227         
1228    // check for BUILD.sh and execute
1229    if (!gSystem->AccessPathName("PROOF-INF/BUILD.sh")) {
1230       printf("*******************************\n");
1231       printf("*** Building PAR archive    ***\n");
1232       printf("*******************************\n");          
1233       if (gSystem->Exec("PROOF-INF/BUILD.sh")) {
1234          Error("runProcess","Cannot Build the PAR Archive! - Abort!");
1235          return -1;
1236       }
1237    }
1238
1239         // check for SETUP.C and execute
1240         if (!gSystem->AccessPathName("PROOF-INF/SETUP.C")) {
1241             printf("*******************************\n");
1242             printf("*** Setup PAR archive       ***\n");
1243             printf("*******************************\n");
1244             gROOT->Macro("PROOF-INF/SETUP.C");
1245         }       
1246         if (!gSystem->ChangeDirectory(ocwd.Data())) return -1;
1247    return 0;
1248 }
1249
1250 //______________________________________________________________________________
1251 AliAnalysisAlien* CreateAlienHandler(const char *plugin_mode)
1252 {
1253 // Check if user has a valid token, otherwise make one. This has limitations.
1254 // One can always follow the standard procedure of calling alien-token-init then
1255 //   source /tmp/gclient_env_$UID in the current shell.
1256    if (!AliAnalysisGrid::CreateToken()) return NULL;
1257    AliAnalysisAlien *plugin = new AliAnalysisAlien();
1258 // Set the run mode (can be "full", "test", "offline", "submit" or "terminate")
1259    plugin->SetRunMode(plugin_mode);
1260    if (kPluginUseProductionMode) plugin->SetProductionMode();
1261    plugin->SetJobTag(kJobTag);
1262    plugin->SetNtestFiles(2);
1263 //   plugin->SetPreferedSE("ALICE::NIHAM::File");
1264 // Set versions of used packages
1265    plugin->SetAPIVersion("V1.1x");
1266    //   plugin->SetAPIVersion("V1.0x");
1267 //   plugin->SetAPIVersion("V2.4");
1268    plugin->SetROOTVersion(kPluginRootVersion);
1269    plugin->SetAliROOTVersion(kPluginAliRootVersion);
1270 // Declare input data to be processed.
1271 // Method 1: Create automatically XML collections using alien 'find' command.
1272 // Define production directory LFN
1273    plugin->SetGridDataDir(kGridDatadir.Data());
1274 // Set data search pattern
1275    if (iAODanalysis) plugin->SetDataPattern(" *AliAOD.root");
1276    else              plugin->SetDataPattern(Form(" %s/*/*ESD.tag.root",kGridPassPattern.Data()));
1277 // ...then add run numbers to be considered
1278 //   plugin->SetRunRange(kGridRunRange[0], kGridRunRange[1]);
1279    for (Int_t i=kGridRunRange[0]; i<=kGridRunRange[1]; i++) {
1280      Printf("AnalysisTrainPWG4Jets Adding run number %s", Form(kGridRunPattern.Data(),i));
1281      plugin->AddRunNumber(Form(kGridRunPattern.Data(),i));
1282    }   
1283
1284    if(kGridLocalRunList.Length()>0){
1285      ifstream in1;
1286      in1.open(kGridLocalRunList.Data());
1287      int iRun;
1288
1289      /*
1290      char c;
1291      char cLine[250];
1292      while(!in1.eof()){
1293        c = in1.get();
1294        if ( (c >= '0') && (c <= '9') )
1295          {
1296            in1.putback (c);
1297            in1>>iRun;
1298            Printf("AnalysisTrainPWG4Jets Adding run number from File %s", Form(kGridRunPattern.Data(),iRun));
1299            plugin->AddRunNumber(Form(kGridRunPattern.Data(),iRun));
1300        }
1301      else
1302        {
1303          in1.putback (c);
1304          in1.getline(cLine,250);
1305
1306        }
1307      }
1308      */
1309
1310      // just use run numbers, negatives will be excluded
1311      while(in1>>iRun){
1312        if(iRun>0){
1313            Printf("AnalysisTrainPWG4Jets Adding run number from File %s", Form(kGridRunPattern.Data(),iRun));
1314            plugin->AddRunNumber(Form(kGridRunPattern.Data(),iRun));
1315        }
1316        else{
1317          Printf("AnalysisTrainPWG4Jets Skipping run number from File %d", iRun);
1318        }
1319      }
1320    }
1321
1322 // Method 2: Declare existing data files (raw collections, xml collections, root file)
1323 // If no path mentioned data is supposed to be in the work directory (see SetGridWorkingDir())
1324 // XML collections added via this method can be combined with the first method if
1325 // the content is compatible (using or not tags)
1326 //   plugin->AddDataFile("tag.xml");
1327 //   plugin->AddDataFile("/alice/data/2008/LHC08c/000057657/raw/Run57657.Merged.RAW.tag.root");
1328 // Define alien work directory where all files will be copied. Relative to alien $HOME.
1329    TString alien_workdir = "";
1330    
1331    if (iAODanalysis)  alien_workdir += "analysisAOD";
1332    else               alien_workdir += "analysisESD";    
1333    if(kGridDataSet.Length()>0)alien_workdir += Form("/%s",kGridDataSet.Data());
1334    plugin->SetGridWorkingDir(alien_workdir.Data());
1335
1336    // Declare alien output directory. Relative to working directory.
1337    if (!kGridOutdir.Length()) kGridOutdir = Form("output_%s",kTrainName.Data());
1338    plugin->SetGridOutputDir(kGridOutdir);
1339
1340    // Add external packages
1341    if (iJETAN||iDIJETAN) {
1342       plugin->AddExternalPackage("boost::v1_38_0");
1343       plugin->AddExternalPackage("cgal::v3.3.1");
1344       plugin->AddExternalPackage("fastjet::v2.4.0");
1345    }   
1346
1347
1348    // set extra libs before par file compilation
1349    anaLibs += kGridExtraFiles;
1350    anaLibs     = anaLibs.Strip();   
1351    Printf("anaLibs %s",anaLibs.Data());
1352    Printf("anaLibsExtra %s",anaLibsExtra.Data());
1353
1354    if (anaLibs.Length())          plugin->SetAdditionalLibs(anaLibs.Data());
1355    if (anaLibsExtra.Length())     plugin->SetAdditionalRootLibs(anaLibsExtra.Data());
1356
1357    TString ana_sources = "";
1358    TString ana_add = "";
1359    if (kUsePAR && anaPars.Length()) {
1360       printf("%s\n", anaPars.Data());
1361       TObjArray *arr;
1362       TObjString *objstr;
1363       arr = anaPars.Tokenize(" ");
1364       TIter next(arr);
1365       while ((objstr=(TObjString*)next())) plugin->EnablePackage(objstr->GetString());
1366       delete arr;
1367    } 
1368    
1369 // Declare the analysis source files names separated by blancs. To be compiled runtime
1370 // using ACLiC on the worker nodes.
1371    ana_sources = anaSources.Strip();
1372 // Declare all libraries (other than the default ones for the framework. These will be
1373 // loaded by the generated analysis macro. Add all extra files (task .cxx/.h) here.
1374
1375    if (ana_sources.Length()) plugin->SetAnalysisSource(ana_sources);
1376    plugin->SetExecutableCommand(kPluginExecutableCommand.Data());  
1377 // Declare the output file names separated by blancs.
1378 // (can be like: file.root or file.root@ALICE::Niham::File)
1379    plugin->SetDefaultOutputs();
1380    plugin->SetMergeExcludes(kGridMergeExclude);
1381    plugin->SetMaxMergeFiles(kGridMaxMergeFiles);
1382    plugin->SetNrunsPerMaster(kGridRunsPerMaster);
1383    plugin->SetMergeViaJDL(kPluginMergeViaJDL);
1384 // Use fastread option
1385    plugin->SetFastReadOption(kPluginFastReadOption);
1386 // UseOverwrite mode
1387    plugin->SetOverwriteMode(kPluginOverwriteMode); 
1388 // Optionally define the files to be archived.
1389 //   plugin->SetOutputArchive("log_archive.zip:stdout,stderr@ALICE::NIHAM::File root_archive.zip:AliAOD.root,AOD.tag.root@ALICE::NIHAM::File");
1390    plugin->SetOutputToRunNo(kPluginOutputToRunNumber);     // write the output to subdirs named after run number
1391    
1392    // Put default output files to archive
1393    TString listhists = "";
1394    TString listaods  = "";
1395    AliAnalysisManager *mgr = AliAnalysisManager::GetAnalysisManager();
1396    TIter next(mgr->GetOutputs());
1397    AliAnalysisDataContainer *output;
1398    while ((output=(AliAnalysisDataContainer*)next())) {
1399       const char *filename = output->GetFileName();
1400       if (!(strcmp(filename, "default"))) {
1401         if (!mgr->GetOutputEventHandler()) continue;
1402          filename = mgr->GetOutputEventHandler()->GetOutputFileName();
1403          if (listaods.Length()) listaods += " ";
1404          listaods += filename;
1405       } else {
1406         if(!listhists.Contains(filename)){
1407           if (listhists.Length()) listhists += " ";
1408           listhists += filename;
1409         }
1410       }
1411    }
1412
1413    if(kUseSysInfo>0){
1414      if (listhists.Length()) listhists += " ";
1415      listhists += "syswatch.root";
1416    }
1417
1418    if(kIsMC){
1419      if (listaods.Length()) listaods += " ";
1420      listaods += "pyxsec_hists.root";
1421    }
1422
1423
1424    if (mgr->GetExtraFiles().Length()) {
1425      if (listaods.Length()) listaods += " ";
1426      listaods += mgr->GetExtraFiles();
1427    }
1428
1429    // if we do not fill the aod we do not need to store it
1430    kGridMergeExclude = listaods;
1431    
1432    if(!kFillAOD){
1433      listaods="";
1434      plugin->SetDefaultOutputs(kFALSE);
1435      plugin->SetOutputFiles(listhists.Data());
1436    }
1437
1438
1439    listaods.ReplaceAll(" ", ",");
1440    listhists.ReplaceAll(" ", ",");
1441    if (listhists.Length()) listhists = Form("hist_archive.zip:%s@%s", listhists.Data(), kGridOutputStorages.Data());;
1442    if (listaods.Length())  listaods  = Form("aod_archive.zip:%s@%s", listaods.Data(), kGridOutputStorages.Data());;
1443
1444    if (!listhists.Length() && !listaods.Length()) {
1445       ::Fatal("AnalysisTrainPWG4Jets", "No task output !");
1446    }
1447
1448
1449
1450    TString outputArchive = "log_archive.zip:stdout,stderr@ALICE::FZK::SE,ALICE::GSI::SE";
1451    if(kUseSysInfo>0)outputArchive = "log_archive.zip:stdout,stderr,syswatch.log@ALICE::FZK::SE,ALICE::GSI::SE";
1452    if (listaods.Length()) {
1453       outputArchive += " ";
1454       outputArchive += listaods;
1455    }   
1456    if (listhists.Length()) {
1457       outputArchive += " ";
1458       outputArchive += listhists;
1459    }   
1460    plugin->SetOutputArchive(outputArchive);
1461 // Optionally set a name for the generated analysis macro (default MyAnalysis.C)
1462    plugin->SetAnalysisMacro(Form("%s.C", kTrainName.Data()));
1463 // Optionally set maximum number of input files/subjob (default 100, put 0 to ignore)
1464    plugin->SetSplitMaxInputFileNumber(kGridFilesPerJob);
1465 // Optionally set number of failed jobs that will trigger killing waiting sub-jobs.
1466 //   plugin->SetMaxInitFailed(5);
1467 // Optionally resubmit threshold.
1468 //   plugin->SetMasterResubmitThreshold(90);
1469 // Optionally set time to live (default 30000 sec)
1470    plugin->SetTTL(30000);
1471 // Optionally set input format (default xml-single)
1472    plugin->SetInputFormat("xml-single");
1473 // Optionally modify the name of the generated JDL (default analysis.jdl)
1474    plugin->SetJDLName(Form("%s.jdl", kTrainName.Data()));
1475 // Optionally modify the executable name (default analysis.sh)
1476    plugin->SetExecutable(Form("%s.sh", kTrainName.Data()));
1477 // Optionally modify job price (default 1)
1478    plugin->SetPrice(1);      
1479 // Optionally modify split mode (default 'se')    
1480    plugin->SetSplitMode("se");
1481    return plugin;
1482 }
1483
1484 //______________________________________________________________________________
1485 void WriteConfig()
1486 {
1487 // Write train configuration in a file. The file name has the format:
1488 // train_[trainName]_ddMonthyyyy_time.C
1489    if (kUseDate) {
1490       gSystem->Exec("date +%d%b%Y_%Hh%M > date.tmp");
1491       ifstream fdate("date.tmp");
1492       if (!fdate.is_open()) {
1493          ::Error("AnalysisTrainPWG4Jets.C::Export","Could not generate file name");
1494          return;
1495       }
1496       const char date[64];
1497       fdate.getline(date,64);
1498       fdate.close();
1499       gSystem->Exec("rm date.tmp");
1500       kTrainName = Form("train_%s_%s", kTrainName.Data(), date);
1501    } else {
1502       kTrainName = Form("train_%s", kTrainName.Data());
1503    }   
1504    TString cdir = gSystem->WorkingDirectory();
1505    gSystem->MakeDirectory(kTrainName);
1506    gSystem->ChangeDirectory(kTrainName);
1507    ofstream out;
1508    out.open(Form("%sConfig.C",kTrainName.Data()), ios::out); 
1509    if (out.bad()) {
1510       ::Error("AnalysisTrainPWG4Jets.C::Export", "Cannot open ConfigTrain.C for writing");
1511       return;
1512    }
1513    out << "{" << endl;
1514    out << "   kTrainName      = " << "\"" << kTrainName.Data() << "\";" << endl;
1515    out << "   kProofCluster   = " << "\"" << kProofCluster.Data() << "\";" << endl;
1516    out << "   kProofUseAFPAR        = " << kProofUseAFPAR << ";" << endl;
1517    if (kProofUseAFPAR) 
1518       out << "   kProofAFversion       = " << kProofAFversion.Data() << ";" << endl;
1519    out << "   kProofDataSet   = " << "\"" << kProofDataSet.Data() << "\";" << endl;
1520    out << "   kPluginUse       = " << kPluginUse << ";" << endl;
1521    out << "   kUsePAR          = " << kUsePAR << ";" << endl;
1522    out << "   kUseCPAR         = " << kUseCPAR << ";" << endl;
1523    out << "   kPluginRootVersion    = " << "\"" << kPluginRootVersion.Data() << "\";" << endl;
1524    out << "   kPluginAliRootVersion = " << "\"" << kPluginAliRootVersion.Data() << "\";" << endl;
1525    out << "   kGridDatadir   = " << "\"" << kGridDatadir.Data() << "\";" << endl;
1526    if (!kGridOutdir.Length()) kGridOutdir = Form("output_%s",kTrainName.Data());
1527    out << "   kGridOutdir    = " << "\"" << kGridOutdir.Data() << "\";" << endl;
1528    out << "   kGridMaxMergeFiles   = " << kGridMaxMergeFiles << ";" << endl;
1529    out << "   kGridMergeExclude    = " << "\"" << kGridMergeExclude.Data() << "\";" << endl;
1530    out << "   kGridRunsPerMaster  = " << kGridRunsPerMaster << ";" << endl;
1531    out << "   kGridFilesPerJob    = " << kGridFilesPerJob << ";" << endl;
1532    out << "   kGridRunRange[0]    = " << kGridRunRange[0] << ";" << endl;
1533    out << "   kGridRunRange[1]    = " << kGridRunRange[1] << ";" << endl;
1534    out << "   kUseDebug          = " << kUseDebug << ";" << endl;
1535    out << "   kUseMC           = " << kUseMC << ";" << endl;
1536    out << "   kUseESDTags         = " << kUseESDTags << ";" << endl;
1537    out << "   kUseKinefilter      = " << kUseKinefilter << ";" << endl;
1538    out << "   kUseTR           = " << kUseTR << ";" << endl;
1539    out << "   kUseAODTags      = " << kUseAODTags << ";" << endl;
1540    out << "   kSaveTrain       = " << "kFALSE;" << endl << endl;
1541    out << "   // Analysis modules" << endl;
1542    out << "   iAODanalysis    = " << iAODanalysis << ";" << endl;
1543    out << "   iAODhandler     = " << iAODhandler << ";" << endl;
1544    out << "   iESDfilter      = " << iESDfilter << ";" << endl;
1545    out << "   iJETAN          = " << iJETAN << ";" << endl;
1546    out << "// Configuration fot the wagons" << endl;
1547    out << "}" << endl;
1548    ::Info("AnalysisTrainPWG4Jets.C::WriteConfig", "Train configuration wrote to file %s", Form("config_%s.C", kTrainName.Data()));
1549    gSystem->ChangeDirectory(cdir);
1550 }   
1551
1552 //______________________________________________________________________________
1553 Bool_t LoadConfig(const char *filename)
1554 {
1555 // Read train configuration from file
1556    if (gSystem->AccessPathName(filename)) {
1557       ::Error("AnalysisTrainPWG4Jets.C::LoadConfig", "Config file name not found");
1558       return kFALSE;
1559    }   
1560    gROOT->ProcessLine(Form(".x %s", filename));
1561    ::Info("AnalysisTrainPWG4Jets.C::LoadConfig", "Train configuration loaded from file %s", filename);
1562    return kTRUE;
1563 }
1564
1565 Bool_t PatchJDL(){
1566   Printf(">>> Patching JDL");
1567   AliAnalysisManager *mgr = AliAnalysisManager::GetAnalysisManager();
1568   AliAnalysisAlien*    gridHandler = (AliAnalysisAlien*)mgr->GetGridHandler();
1569   TGridJDL *jdl = gridHandler->GetGridJDL();
1570   if(iJETAN)jdl->AddToPackages("fastjet","v2.4.0");
1571   gridHandler->WriteJDL(kFALSE);
1572   Printf("<<<  Patching JDL");
1573   return kTRUE;
1574 }
1575
1576 Bool_t PatchAnalysisMacro(){
1577     Printf(">>> Patching AnalysisMacro");
1578     gSystem->Exec(Form("mv %s.C %s.C_tmp",kTrainName.Data(),kTrainName.Data()));
1579
1580   ifstream in1; 
1581   in1.open(Form("%s.C_tmp", kTrainName.Data()));
1582   char cLine[250];
1583   TString st;
1584   while(in1.getline(cLine,250)){
1585     st += cLine;
1586     st += "\n";
1587   }
1588   Int_t index;
1589   index = st.Index("gSystem->Load(\"libPhysics\");");
1590   index += strlen("gSystem->Load(\"libPhysics\");");
1591   if(iJETAN&&kUsePAR){
1592     TObjArray *arr;
1593     TObjString *objstr;
1594     arr = anaLibs.Tokenize(" ");
1595     TIter next(arr);
1596     TString add = "";
1597     add += "\n\n // added by CKB \n";
1598     while ((objstr=(TObjString*)next())){
1599       if(objstr->GetString().Contains("PWG3"))continue;
1600       if(objstr->GetString().EndsWith(".so"))add += Form("gSystem->Load(\"%s\");\n",objstr->GetString().Data());
1601     }
1602     delete arr; 
1603     //    add += Form("AliLog::SetGlobalLogLevel(%d);\n",AliLog::GetGlobalLogLevel());
1604     add += "// BKC \n\n";
1605     st.Insert(index,add.Data());
1606   }
1607
1608   if(kUseDebug){
1609     st.Insert(index,"\n gROOT->ProcessLine(\".trace\"); // CKB \n");
1610   }
1611
1612   index = st.Index("gSystem->AddIncludePath");
1613   st.Insert(index,"// CKB ");
1614
1615   ofstream out;
1616   out.open(Form("%s.C", kTrainName.Data()));
1617   if (out.bad()) {
1618     return kFALSE;
1619   }
1620   out << st << endl;
1621   Printf("<<< Patching AnalysisMacro");
1622   return kTRUE;
1623
1624 }