435fd164e3f7ead5fa4b1b1a045d44e10b0c340e
[u/mrichter/AliRoot.git] / PWG4 / macros / AnalysisTrainPWG4Jets.C
1 //===================== ANALYSIS TRAIN =========================================
2 // To use: copy this macro to your work directory, modify the global part to match
3 // your needs, then run root.
4 //    root[0] .L AnalysisTrain.C
5 // Grid full mode as below (other modes: test, offline, submit, terminate)
6 //    root[1] AnalysisTrainPWG4Jets("grid", "full")
7 // CAF mode (requires root v5-23-02 + aliroot v4-16-Rev08)
8 //    root[2] AnalysisTrainPWG4Jets("proof")
9 // Local mode requires AliESds.root or AliAOD.root in ./data directory
10 //    root[3] AnalysisTrainPWG4Jets("local")
11 // In proof and grid modes, a token is needed and sourcing the produced environment file.
12 //
13 // If 'saveTrain' flag is set, the train will generate a directory name and run
14 // in this directory. A configuration file 'ConfigTrain.C' will be generated. 
15 // One can replay at any time the train via:
16 //    root[1] AnalysisTrainPWG4Jets(ana_mode, plugin_mode, "train_default_<date>/ConfigTrain.C")
17
18 // For Usage with fastjet run in "offline" first and then "submit"
19 // jdl and analysismacro are automatically patched after "offline" mode
20
21 // =============================================================================
22 // ### General Steering variables
23 // =============================================================================
24 //== general setup variables
25 TString     kTrainName         = "testAnalysis"; // *CHANGE ME* (no blancs or special characters)
26 TString     kJobTag            = "PWG4 Jet Tasks analysis train configured"; // *CHANGE ME*
27
28 // Usage of par files ONLY in grid mode and ONLY if the code is not available
29 // in the deployed AliRoot versions. Par file search path: local dir, if not there $ALICE_ROOT.
30 // To refresh par files, remove the ones in the workdir, then do "make <target.par>" in 
31 // AliRoot.
32 Bool_t      kUsePAR             = kFALSE;  // use par files for extra libs
33 Bool_t      kUseCPAR            = kFALSE;  // use par files for common libs
34 Bool_t      kFillAOD = kFALSE;  // switch of AOD filling for on the fly analysis
35
36 //== general input and output variables
37 Int_t       iAODanalysis       = 1;      // Analysis on input AOD's
38 Int_t       iAODhandler        = 1;      // Analysis produces an AOD or dAOD's
39 Int_t       iESDfilter         = 0;      // ESD to AOD filter (barrel + muon tracks)
40 Bool_t      kUseKinefilter     = kFALSE; // use Kinematics filter
41 Bool_t      kUseMuonfilter     = kFALSE; // use Kinematics filter
42 TString     kCommonOutputFileName = "PWG4_JetTasksOutput.root";
43
44
45 //== general process variables
46
47 // ### Other flags to steer the analysis
48 //==============================================================================
49 Bool_t      kUseDate            = kFALSE; // use date in train name
50 Bool_t      kUseDebug           = kTRUE; // activate debugging
51 Bool_t      kUseSysInfo         = kTRUE; // activate debugging
52 Bool_t      kUseMC              = kTRUE;  // use MC info
53 Bool_t      kIsMC               = kTRUE;  // is MC info, if false it overwrites Use(AOD)MC
54 Bool_t      kUseAODMC           = kTRUE;  // use MC infA
55 Bool_t      kUseESDTags         = kFALSE; // use ESD tags for selection
56 Bool_t      kUseTR              = kFALSE;  // use track references
57 Bool_t      kUseAODTags         = kFALSE;  // use AOD tags
58 Bool_t      kSaveTrain          = kFALSE;  // save train configuration as: 
59
60 // ### Analysis modules to be included. Some may not be yet fully implemented.
61 //==============================================================================
62 Int_t       iJETAN             = 1;      // Jet analysis (PWG4) // 1 write standard 2 write non-standard jets, 3 wrtie both
63 Int_t       iDIJETAN           = 1;
64 Int_t       iPWG1QASym         = 0;      // Eva's QA task compiled on the fly...
65 Int_t       iPWG4JetTasks      = 0;      // all jet tasks flag for lib laoding
66 Int_t       iPWG4JetServices   = 0;      // jet spectrum analysis
67 Int_t       iPWG4JetSpectrum   = 0;      // jet spectrum analysis
68 Int_t       iPWG4UE            = 0;      // Underlying Event analysis
69 Int_t       iPWG4PtQAMC        = 0;      // Marta's QA tasks 
70 Int_t       iPWG4PtSpectra     = 0;      // Marta's QA tasks 
71 Int_t       iPWG4PtQATPC       = 0;      // Marta's QA tasks 
72 Int_t       iPWG4ThreeJets     = 0;      // Sona's thrust task
73 Int_t       iPWG4PartCorr      = 0;      // Gustavo's part corr analysis
74 Int_t       iPWG4GammaConv     = 0;      // Gamma Conversio
75 Int_t       kHighPtFilterMask  = 16;     // change depending on the used AOD Filter
76 TString     kDeltaAODJetName   = "AliAOD.Jet.root";     
77 TString     kDeltaAODPartCorrName   = "deltaAODPartCorr.root";     
78
79
80 //==============================================================================
81 // ### PROOF Steering varibales
82 //==============================================================================
83 //== proof setup variables
84 TString     kProofCluster      = "alicecaf.cern.ch";
85 Bool_t      kProofUseAFPAR     = kFALSE;  // use AF special par file
86 TString     kProofAFversion          = "AF-v4-17";
87 //== proof input and output variables
88 TString     kProofDataSet      = "/COMMON/COMMON/LHC09a4_run8100X#/esdTree";
89 Bool_t      kProofSaveToAlien   = kFALSE; // save proof outputs in AliEn train_[trainName]_ddMonthyyyy_time.C
90 TString     kProofOutdir       = "";
91 Bool_t      kProofClearPackages = kFALSE;
92 Int_t       kProofEvents = 10000;
93 Int_t       kProofOffset = 0;
94 //== proof process variables
95
96
97 //==============================================================================
98 // ### Grid plugin Steering varibiables
99 //==============================================================================
100 //== grid plugin setup variables
101 Bool_t      kPluginUse         = kTRUE;   // do not change
102 Bool_t      kPluginUseProductionMode  = kFALSE;   // use the plugin in production mode
103 TString     kPluginRootVersion       = "v20091109";  // *CHANGE ME IF MORE RECENT IN GRID*
104 TString     kPluginAliRootVersion    = "v4-18-13-AN";  // *CHANGE ME IF MORE RECENT IN GRID*                                          
105 // TString kPluginExecutableCommand = "root -b -q";
106 TString     kPluginExecutableCommand = "source /Users/kleinb/setup_32bit_aliroot_trunk_clean_root_trunk.sh; alienroot -b -q ";
107 // == grid plugin input and output variables
108 TString     kGridDatadir      = "/alice/sim/PDC_08b/LHC09a1/AOD/";
109 TString     kGridLocalRunList = "";
110 TString     kGridOutdir       = ""; // AliEn output directory. If blank will become output_<kTrainName>
111 Int_t       kGridRunRange[2]       =  {0, -1}; // Set the run range
112 TString     kGridRunPattern        = "%03d"; // important for leading zeroes!!
113 TString     kGridPassPattern       = "";
114 TString     kGridExtraFiles        = ""; // files that will be added to the input list in the JDL...
115 Int_t       kGridMaxMergeFiles      = 50; // Number of files merged in a chunkgridrunragn
116 TString     kGridMergeExclude       = "AliAOD.root"; // Files that should not be merged
117 TString     kGridOutputStorages      = "ALICE::NIHAM::File,ALICE::CNAF::SE,ALICE::FZK::SE,ALICE::GSI::SE,ALICE::Legnaro::SE"; // Make replicas on the storages
118 // == grid process variables
119 Int_t       kGridRunsPerMaster     = 10; // Number of runs per master job
120 Int_t       kGridFilesPerJob       = 200; // Maximum number of files per job (gives size of AOD)
121
122 //==============================================================================
123 // ### Local Steering variables
124 //==============================================================================
125 //== local setup variables
126 //== local input and output variables
127 TString     kLocalXMLDataset   = ""; // Change local xml dataset for local interactive analysis
128 TString     kLocalDataList   = "local_deltaaod.txt"; // Change local xml dataset for local interactive analysis
129 // == local process variables
130
131
132
133 // Temporaries.
134 TString anaPars = "";
135 TString anaLibs = "";
136 TString anaSources = "";
137 // Function signatures
138 class AliAnalysisAlien;
139
140 //______________________________________________________________________________
141 void AnalysisTrainPWG4Jets(const char *analysis_mode="local", 
142                            const char *plugin_mode="",
143                            const char *config_file="",Int_t iOffset = 0)
144 {
145 // Main analysis train macro. If a configuration file is provided, all parameters
146 // are taken from there but may be altered by CheckModuleFlags.
147    if (strlen(config_file) && !LoadConfig(config_file)) return;
148    if(iOffset)kProofOffset = iOffset;
149    TString smode(analysis_mode);
150    smode.ToUpper();
151    if (kSaveTrain)WriteConfig();
152    // Check compatibility of selected modules
153    CheckModuleFlags(smode);
154
155    printf("==================================================================\n");
156    printf("===========    RUNNING ANALYSIS TRAIN %s IN %s MODE   ==========\n", kTrainName.Data(),smode.Data());
157    printf("==================================================================\n");
158    printf("=  Configuring analysis train for:                               =\n");
159    if (iAODanalysis) printf("=  AOD analysis                                                  =\n");
160    else              printf("=  ESD analysis                                                  =\n");
161    if (iESDfilter)   printf("=  ESD filter                                                    =\n");
162    if (iJETAN)       printf("=  Jet analysis                                                  =\n");
163    printf("==================================================================\n");
164    printf(":: use MC truth      %d\n", (UInt_t)kUseMC);
165    printf(":: use KINE filter   %d\n", (UInt_t)kUseKinefilter);
166    printf(":: use track refs    %d\n", (UInt_t)kUseTR);
167    printf(":: use tags          %d\n", (UInt_t)kUseESDTags);
168    printf(":: use AOD tags      %d\n", (UInt_t)kUseAODTags);
169    printf(":: use debugging     %d\n", (UInt_t)kUseDebug);
170    printf(":: use PAR files     %d\n", (UInt_t)kUsePAR);
171    printf(":: use AliEn plugin  %d\n", (UInt_t)kPluginUse);
172    printf(":: use PWG1 QA sym       %d\n", iPWG1QASym);
173    printf(":: use PWG4 Jet tasks    %d\n",iPWG4JetTasks);
174    printf(":: use PWG4 Jet Services %d\n",iPWG4JetServices);     
175    printf(":: use PWG4 Jet Spectrum %d\n",iPWG4JetSpectrum);
176    printf(":: use PWG4 UE           %d \n",iPWG4UE); 
177    printf(":: use PWG4 Pt QA MC     %d\n",iPWG4PtQAMC);
178    printf(":: use PWG4 Pt Spectra   %d\n",iPWG4PtSpectra);
179    printf(":: use PWG4 Pt QA TPC    %d\n",iPWG4PtQATPC);     
180    printf(":: use PWG4 Three Jets   %d\n",iPWG4ThreeJets);
181    printf(":: use PWG4 Part Corr    %d\n",iPWG4PartCorr);
182    printf(":: use PWG4 Gamma Conv   %d\n",iPWG4GammaConv);
183    printf(":: use HighPt FilterMask %d\n",kHighPtFilterMask);    
184
185
186    //==========================================================================
187    // Connect to back-end system
188    if (!Connect(smode)) {
189       ::Error("AnalysisTrain", "Could not connect to %s back-end", analysis_mode);
190       return;
191    }   
192
193    // Load common libraries and set include path
194    if (!LoadCommonLibraries(smode)) {
195       ::Error("AnalysisTrain", "Could not load common libraries");
196       return;
197    }
198     
199    // Make the analysis manager and connect event handlers
200    AliAnalysisManager *mgr  = new AliAnalysisManager("Analysis Train", "Production train");
201    if (kCommonOutputFileName.Length()>0)mgr->SetCommonFileName(kCommonOutputFileName.Data());
202    if (kProofSaveToAlien) mgr->SetSpecialOutputLocation(kProofOutdir);
203    if (!strcmp(plugin_mode, "test")) mgr->SetNSysInfo(1);
204    if (kUseSysInfo)mgr->SetNSysInfo(kUseSysInfo);
205    // Load analysis specific libraries
206    if (!LoadAnalysisLibraries(smode)) {
207       ::Error("AnalysisTrain", "Could not load analysis libraries");
208      return;
209    }   
210
211    // Create input handler (input container created automatically)
212    if (iAODanalysis) {
213    // AOD input handler
214       AliAODInputHandler *aodH = new AliAODInputHandler();
215       mgr->SetInputEventHandler(aodH);
216    } else {   
217    // ESD input handler
218       AliESDInputHandler *esdHandler = new AliESDInputHandler();
219       if (kUseESDTags) esdHandler->SetReadTags();
220       mgr->SetInputEventHandler(esdHandler);       
221    }
222    // Monte Carlo handler
223    if (kUseMC && !iAODanalysis) {
224       AliMCEventHandler* mcHandler = new AliMCEventHandler();
225       mgr->SetMCtruthEventHandler(mcHandler);
226       mcHandler->SetReadTR(kUseTR); 
227    }   
228    // AOD output container, created automatically when setting an AOD handler
229    if (iAODhandler) {
230       // AOD output handler
231       AliAODHandler* aodHandler   = new AliAODHandler();
232       aodHandler->SetOutputFileName("AliAOD.root");
233       aodHandler->SetFillAOD(kFillAOD);
234       
235       mgr->SetOutputEventHandler(aodHandler);
236
237       if (iAODanalysis) {
238
239         //         aodHandler->SetCreateNonStandardAOD();
240         //      if (iJETAN)aodHandler->SetOutputFileName(kDeltaAODJetName.Data());
241       } 
242       AliAnalysisDataContainer * cout_aod = mgr->GetCommonOutputContainer();
243       cout_aod->SetSpecialOutput();
244    }
245    // Debugging if needed
246    if (kUseDebug) mgr->SetDebugLevel(3);
247
248    //==========================================================================
249    // Create the chain. In this example it is created only from ALIEN files but
250    // can be done to work in batch or grid mode as well.
251    TChain *chain = CreateChain(smode, plugin_mode);
252         
253    //==========================================================================
254    // Load the tasks configuration macros for all wagons. These files are supposed now to be
255    // in the current workdir, but in AliEn they will be in the file catalog, 
256    // mapped from AliRoot and pecified in the jdl input list.
257     
258    // For now connection to top input container and common AOD output container
259    // is done in this macro, but in future these containers will be connected
260    // from each task configuration macro.
261
262    if (iESDfilter && !iAODanalysis) {
263       //  ESD filter task configuration.
264       gROOT->LoadMacro("$ALICE_ROOT/ANALYSIS/macros/AddTaskESDFilter.C");
265       AliAnalysisTaskESDfilter *taskesdfilter = AddTaskESDFilter(kUseKinefilter,kUseMuonfilter);
266    }   
267
268    // AOD tags
269    if (kUseAODTags) {
270       AliAnalysisTaskTagCreator* tagTask = new AliAnalysisTaskTagCreator("AOD Tag Creator");
271       mgr->AddTask(tagTask);
272       AliAnalysisDataContainer *coutTags = mgr->CreateContainer("cTag",  TTree::Class(), 
273                                            AliAnalysisManager::kOutputContainer, "AOD.tag.root");
274       mgr->ConnectInput (tagTask, 0, mgr->GetCommonInputContainer());
275       mgr->ConnectOutput(tagTask, 1, coutTags);
276    }   
277     
278     // Jet analysis
279    if (iJETAN) {
280       gROOT->LoadMacro("$ALICE_ROOT/PWG4/macros/AddTaskJets.C");
281       AliAnalysisTaskJets *taskjets = 0;
282       if(iJETAN&1)taskjets = AddTaskJets(kHighPtFilterMask); 
283       if(iJETAN&2)AddTaskJetsDelta(kDeltaAODJetName.Data(),kHighPtFilterMask,kUseAODMC); 
284       if (!taskjets) ::Warning("AnalysisTrainPWG4Jets", "AliAnalysisTaskJets cannot run for this train conditions - EXCLUDED");
285    }
286
287    if (iDIJETAN) {
288       gROOT->LoadMacro("$ALICE_ROOT/PWG4/macros/AddTaskDiJets.C");
289       AliAnalysisTaskDiJets *taskdijets = 0;
290       taskdijets = AddTaskDiJets(); 
291       if (!taskdijets) ::Warning("AnalysisTrainPWG4Jets", "AliAnalysisTaskJets cannot run for this train conditions - EXCLUDED");
292    }
293
294        
295    if(iPWG1QASym){
296      gROOT->LoadMacro("$ALICE_ROOT/prod/acrcaf/qa_pp/AddTaskQAsym.C");
297      AliAnalysisTaskQASym *taskQASym = AddTaskQAsym(-1);
298      if (!taskQASym) ::Warning("AnalysisTrainPWG4Jets", "AliAnalysisTaskQASym cannot run for this train conditions - EXCLUDED");
299
300    }
301
302    if(iPWG4JetServices){
303      gROOT->LoadMacro("$ALICE_ROOT/PWG4/macros/AddTaskJetServices.C");
304      AliAnalysisTaskJetServices *taskjetServ = 0;
305      taskjetServ = AddTaskJetServices();
306      if (!taskjetServ) ::Warning("AnalysisTrainPWG4Jets", "AliAnalysisTaskJetServices cannot run for this train conditions - EXCLUDED");
307      if(kGridRunRange[0]>0)taskjetServ->SetRunRange(kGridRunRange[0],kGridRunRange[1]);
308      else taskjetServ->SetRunRange(104000,105000);
309    }
310
311
312    if(iPWG4JetSpectrum){
313      gROOT->LoadMacro("$ALICE_ROOT/PWG4/macros/AddTaskJetSpectrum2.C");
314      AliAnalysisTaskJetSpectrum2 *taskjetSpectrum = 0;
315      if(iPWG4JetSpectrum&1)taskjetSpectrum = AddTaskJetSpectrum2("jets","",kHighPtFilterMask);      
316      if (!taskjetSpectrum) ::Warning("AnalysisTrainPWG4Jets", "AliAnalysisTaskJetSpectrum2 cannot run for this train conditions - EXCLUDED");
317      if(iPWG4JetSpectrum&2)AddTaskJetSpectrum2Delta(kHighPtFilterMask,kUseAODMC);
318      if(kUseMC)taskjetSpectrum->SetAnalysisType( AliAnalysisTaskJetSpectrum2::kAnaMCESD);
319      taskjetSpectrum->SetDebugLevel(1);
320    }
321
322    if(iPWG4UE){
323      gROOT->LoadMacro("$ALICE_ROOT/PWG4/macros/AddTaskUE.C");
324      AliAnalysisTaskUE *taskUE = 0;
325      if(iPWG4UE&1)taskUE = AddTaskUE(); 
326      if(iPWG4UE&2){
327        taskUE = AddTaskUE("jetsAOD_CDF07"); 
328        taskUE = AddTaskUE("jetsAOD_UA1LO07"); 
329      }
330      if (!taskUE) ::Warning("AnalysisTrainPWG4Jets", "AliAnalysisTaskUE cannot run for this train conditions - EXCLUDED");
331    }
332
333    if(iPWG4ThreeJets){
334      gROOT->LoadMacro("$ALICE_ROOT/PWG4/macros/AddTaskThreeJets.C");
335      AliAnalysisTaskThreeJets *taskThree = AddTaskThreeJets();
336      if(!taskThree)::Warning("AnalysisTrainPWG4Jets", "AliAnalysisTaskThreets cannot run for this train conditions - EXCLUDED");
337    }
338
339    if(iPWG4PtQAMC){
340      gROOT->LoadMacro("$ALICE_ROOT/PWG4/macros/AddTaskPWG4HighPtQAMC.C");
341      AliPWG4HighPtQAMC *taskQAMC = AddTaskPWG4HighPtQAMC();
342      if (!taskQAMC) ::Warning("AnalysisTrainPWG4Jets", "AliAnalysisTaskQAMC cannot run for this train conditions - EXCLUDED");
343    }
344
345    if(iPWG4PtQATPC){
346      gROOT->LoadMacro("$ALICE_ROOT/PWG4/macros/AddTaskPWG4HighPtQATPConly.C");
347      AliPWG4HighPtQATPConly *taskQATPC = AddTaskPWG4HighPtQATPConly();
348      if (!taskQATPC) ::Warning("AnalysisTrainPWG4Jets", "AliAnalysisTaskQATPC cannot run for this train conditions - EXCLUDED");
349    }
350    
351    if(iPWG4PtSpectra){
352      gROOT->LoadMacro("$ALICE_ROOT/PWG4/macros/AddTaskPWG4HighPtSpectra.C");
353      AliPWG4HighPtSpectra *taskPtSpectra = AddTaskPWG4HighPtSpectra();
354      if (!taskPtSpectra) ::Warning("AnalysisTrainPWG4Jets", "AliAnalysisTaskPtSpectra cannot run for this train conditions - EXCLUDED");
355    }
356
357    if(iPWG4PartCorr){
358      gROOT->LoadMacro("$ALICE_ROOT/PWG4/macros/AddTaskPartCorr.C");
359      AliAnalysisTaskParticleCorrelation *taskpartcorrPHOS = AddTaskPartCorr("AOD", "PHOS",kUseMC,kFALSE,kIsMC);
360      if (!taskpartcorrPHOS) ::Warning("AnalysisTrainNew", "AliAnalysisTaskParticleCorrelation PHOS cannot run for this train conditions - EXCLUDED");
361      AliAnalysisTaskParticleCorrelation *taskpartcorrEMCAL = AddTaskPartCorr("AOD", "EMCAL",kUseMC,kFALSE,kIsMC);
362      if (!taskpartcorrEMCAL) ::Warning("AnalysisTrainNew", "AliAnalysisTaskParticleCorrelation EMCAL cannot run for this train conditions - EXCLUDED");
363      if(kDeltaAODPartCorrName.Length()>0)mgr->RegisterExtraFile(kDeltaAODPartCorrName.Data()); // hmm this is written anyway.... but at least we do not register it...
364    }   
365
366    // PWG4 gamma conversion analysis
367    if (iPWG4GammaConv) {
368       gROOT->LoadMacro("$ALICE_ROOT/PWG4/macros/AddTaskGammaConversion.C");
369       TString cdir = gSystem->WorkingDirectory();
370       gSystem->ChangeDirectory(gSystem->ExpandPathName("$ALICE_ROOT/PWG4/macros/"));
371       //      TString gcArguments = "-run-on-train -run-jet -run-chic -run-neutralmeson -run-cf";
372       TString gcArguments = "-run-on-train -run-jet -run-neutralmeson -run-cf";
373       if(!kIsMC)gcArguments += " -mc-off";
374       AliAnalysisTaskGammaConversion * taskGammaConversion = AddTaskGammaConversion(gcArguments,mgr->GetCommonInputContainer());
375       gSystem->ChangeDirectory(cdir);
376       if (!taskGammaConversion) ::Warning("AnalysisTrainNew", "AliAnalysisTaskGammaConversion cannot run for these train conditions - EXCLUDED");
377    }   
378
379    //==========================================================================
380    // FOR THE REST OF THE TASKS THE MACRO AddTaskXXX() is not yet implemented/
381    // Run the analysis
382    //    
383    if (kPluginUse) {
384       AliAnalysisGrid *alienHandler = CreateAlienHandler(plugin_mode);
385       AliAnalysisManager::GetAnalysisManager()->SetGridHandler(alienHandler);
386    }
387    
388    if (mgr->InitAnalysis()) {
389      mgr->PrintStatus();
390      // if (kSaveTrain || strlen(config_file)) gSystem->ChangeDirectory(kTrainName);
391      if (!strcmp(plugin_mode, "submit")&&smode=="GRID"){
392        TString alien_workdir = gGrid->GetHomeDirectory();
393        if (iAODanalysis) alien_workdir += "analysisAOD";
394        else              alien_workdir += "analysisESD";
395        AliAnalysisAlien *gridhandler = (AliAnalysisAlien*)mgr->GetGridHandler();
396        printf("=== Registering jdl in the work directory alien://%s/%s, should be done by the manager! ===\n",
397               alien_workdir.Data(),gridhandler->GetGridOutputDir());
398        TFile::Cp(Form("file:%s.jdl",kTrainName.Data()), Form("alien://%s/%s/%s.jdl",alien_workdir.Data(),
399                                                              gridhandler->GetGridOutputDir(),kTrainName.Data()));
400      }
401     
402      StartAnalysis(smode, chain);
403      if (!strcmp(plugin_mode, "offline")&&smode=="GRID"){
404      // Offline mode path files
405      // PatchJDL();
406      PatchAnalysisMacro();
407       }
408
409       if (kSaveTrain && smode=="GRID") {
410          AliAnalysisAlien *gridhandler = (AliAnalysisAlien*)mgr->GetGridHandler();
411          TString alien_workdir = gGrid->GetHomeDirectory();
412          if (iAODanalysis) alien_workdir += "analysisAOD";
413          else              alien_workdir += "analysisESD";
414          //     kGridOutdir = gridhandler->GetGridOutputDir();
415          printf("=== Registering ConfigTrain.C in the work directory <%s> ===\n",
416                 alien_workdir.Data());
417          if (AliAnalysisAlien::FileExists(Form("%s/%sConfig.C", alien_workdir.Data(), kTrainName.Data())))
418             gGrid->Rm(Form("%s/%sConfig.C", alien_workdir.Data(), kTrainName.Data()));
419          if (strcmp(plugin_mode, "test"))
420             TFile::Cp(Form("file:%sConfig.C",kTrainName.Data()), Form("alien://%s/%sConfig.C", alien_workdir.Data(), kTrainName.Data()));
421       }
422 }
423 }
424
425 //______________________________________________________________________________
426 void StartAnalysis(const char *mode, TChain *chain) {
427 // Start analysis.
428    Int_t imode = -1;
429    AliAnalysisManager *mgr = AliAnalysisManager::GetAnalysisManager();
430    if (!strcmp(mode, "LOCAL")) imode = 0;
431    if (!strcmp(mode, "PROOF")) imode = 1;
432    if (!strcmp(mode, "GRID"))  imode = 2;
433    switch (imode) {
434       case 0:
435          if (!chain) {
436             ::Error("AnalysisTrainPWG4Jets.C::StartAnalysis", "Cannot create the chain");
437             return;
438          }   
439          mgr->StartAnalysis(mode, chain);
440          return;
441       case 1:
442          if (!kProofDataSet.Length()) {
443             ::Error("AnalysisTrainPWG4Jets.C::StartAnalysis", "kProofDataSet is empty");
444             return;
445          }   
446          mgr->StartAnalysis(mode, kProofDataSet, kProofEvents,kProofOffset);
447          return;
448       case 2:
449          if (kPluginUse) {
450             if (!mgr->GetGridHandler()) {
451                ::Error("AnalysisTrainPWG4Jets.C::StartAnalysis", "Grid plugin not initialized");
452                return;
453             }   
454             mgr->StartAnalysis("grid");
455          } else {
456             if (!chain) {
457                ::Error("AnalysisTrainPWG4Jets.C::StartAnalysis", "Cannot create the chain");
458                return;
459             }   
460             mgr->StartAnalysis(mode, chain);
461          }   
462          return;
463    }      
464 }          
465     
466 //______________________________________________________________________________
467 void CheckModuleFlags(const char *mode) {
468 // Checks selected modules and insure compatibility
469    Int_t imode = -1;
470    if (!strcmp(mode, "LOCAL")) imode = 0;
471    if (!strcmp(mode, "PROOF")) imode = 1;
472    if (!strcmp(mode, "GRID"))  imode = 2;
473
474
475
476
477    if (imode==1) {
478       if (!kUsePAR) {
479          ::Info("AnalysisTrainPWG4Jets.C::CheckModuleFlags", "PAR files enabled due to PROOF analysis");
480          kUsePAR = kTRUE;
481       }   
482    }  
483    if (imode != 2) {
484       ::Info("AnalysisTrainPWG4Jets.C::CheckModuleFlags", "AliEn plugin disabled since not in GRID mode");
485       kPluginUse = kFALSE; 
486    }   
487
488
489    if(!kIsMC){
490      // switch off anthin related to MC
491      kUseMC = 0;
492      kUseAODMC = 0;
493      kUseTR = kFALSE;
494    }
495
496    if (iAODanalysis) {
497    // AOD analysis
498       if (kUseMC)
499          ::Info("AnalysisTrainPWG4Jets.C::CheckModuleFlags", "MC usage disabled in analysis on AOD's");
500       if (kUseAODTags)
501          ::Info("AnalysisTrainPWG4Jets.C::CheckModuleFlags", "AOD tags usage disabled in analysis on AOD's");
502       kUseMC = kFALSE;
503       kUseTR = kFALSE;
504       kUseAODTags = kFALSE;
505       if (iESDfilter)
506          ::Info("AnalysisTrainPWG4Jets.C::CheckModuleFlags", "ESD filter disabled in analysis on AOD's");
507       iESDfilter   = 0;
508       if (!iAODhandler) {
509          if (iJETAN) 
510             ::Info("AnalysisTrainPWG4Jets.C::CheckModuleFlags", "JETAN disabled in analysis on AOD's without AOD handler");
511          iJETAN = 0;
512          iDIJETAN = 0;
513       }
514       // Disable tasks that do not work yet on AOD data
515       if( iPWG4PtQAMC)::Info("AnalysisTrainPWG4Jets.C::CheckModuleFlags", "PWG4 PtQAMC disabled in analysis on AOD's");
516       iPWG4PtQAMC        = 0;
517       if( iPWG4PtQATPC)::Info("AnalysisTrainPWG4Jets.C::CheckModuleFlags", "PWG4 PtTPC disabled in analysis on AOD's");
518       iPWG4PtQATPC        = 0;
519       if( iPWG4PtSpectra)::Info("AnalysisTrainPWG4Jets.C::CheckModuleFlags", "PWG4 PtQAMC disabled in analysis on AOD's");
520       iPWG4PtSpectra     = 0;
521       if (iPWG4PartCorr)::Info("AnalysisTrainPWG4Jets.C::CheckModuleFlags", "PWG4partcorr disabled on AOD's");
522       iPWG4PartCorr = 0;
523       if(iPWG1QASym)::Info("AnalysisTrainPWG4Jets.C::CheckModuleFlags", "PWG1 QA Sym disabled in analysis on AOD's");
524       if (iPWG4GammaConv)::Info("AnalysisPWG4Jets.C::CheckModuleFlags", "PWG4gammaconv disabled on AOD's");
525       iPWG4GammaConv = 0;   
526
527       iPWG1QASym     = 0;
528    } else {   
529    // ESD analysis
530      if (!kUseMC){
531        kUseTR = kFALSE;
532        
533        if(kUseKinefilter)::Info("AnalysisTrainPWG4Jets.C::CheckModuleFlags", "PWG4 Kine Filter disabled in analysis without MC");
534        kUseKinefilter = kFALSE;
535        if( iPWG4PtQAMC)::Info("AnalysisTrainPWG4Jets.C::CheckModuleFlags", "PWG4 PtQAMC disabled in analysis without MC");
536        iPWG4PtQAMC        = 0;
537
538      }
539      if (!kUseTR) {
540        //         ::Info("AnalysisTrainPWG4Jets.C::CheckModuleFlags", "iPWG2evchar disabled if not reading track references");
541      }   
542       if (iJETAN) iESDfilter=1;
543       if (!iESDfilter){
544         kUseKinefilter = kFALSE;
545         kUseMuonfilter = kFALSE;
546       }
547       if(!iJETAN){
548         iPWG4JetSpectrum = iPWG4UE = iPWG4ThreeJets = iDIJETAN = 0;
549       }
550    }
551    iPWG4JetTasks = iPWG4JetServices||iPWG4JetSpectrum||iPWG4UE||iPWG4PtQAMC||iPWG4PtSpectra||iPWG4PtQATPC||iPWG4ThreeJets;
552
553    if (iESDfilter) {iAODhandler=1;}
554    if (kUseKinefilter && !kUseMC) kUseKinefilter = kFALSE;
555    if (kUseAODTags && !iAODhandler) kUseAODTags = kFALSE;
556
557
558    
559 }
560
561 //______________________________________________________________________________
562 Bool_t Connect(const char *mode) {
563 // Connect <username> to the back-end system.
564    Int_t imode = -1;
565    if (!strcmp(mode, "LOCAL")) imode = 0;
566    if (!strcmp(mode, "PROOF")) imode = 1;
567    if (!strcmp(mode, "GRID"))  imode = 2;
568    TString username = gSystem->Getenv("alien_API_USER");
569    switch (imode) {
570       case 0:
571          break;
572       case 1:
573          if  (!username.Length()) {
574             ::Error(Form("AnalysisTrainPWG4Jets.C::Connect <%s>", mode), "Make sure you:\n \
575                            1. Have called: alien-token-init <username>\n \
576                            2. Have called: >source /tmp/gclient_env_$UID");
577             return kFALSE;
578          }
579          ::Info("AnalysisTrainPWG4Jets.C::Connect", "Connecting user <%s> to PROOF cluster <%s>", 
580                 username.Data(), kProofCluster.Data());
581          gEnv->SetValue("XSec.GSI.DelegProxy", "2");
582 //         TProof::Open(Form("%s@%s:31093", username.Data(), kProofCluster.Data()));       
583          TProof::Open(Form("%s@%s", username.Data(), kProofCluster.Data()));       
584          if (!gProof) {
585             if (strcmp(gSystem->Getenv("XrdSecGSISRVNAMES"), "lxfsrd0506.cern.ch"))
586                ::Error(Form("AnalysisTrainPWG4Jets.C::Connect <%s>", mode), "Environment XrdSecGSISRVNAMES different from lxfsrd0506.cern.ch");
587             return kFALSE;
588          }
589          if(kProofClearPackages)gProof->ClearPackages();
590
591          if(kProofSaveToAlien){
592            TGrid::Connect("alien://");
593            if (gGrid) {
594              TString homedir = gGrid->GetHomeDirectory();
595              TString workdir = homedir + kTrainName;
596              if (!gGrid->Cd(workdir)) {
597                gGrid->Cd(homedir);
598                if (gGrid->Mkdir(workdir)) {
599                  gGrid->Cd(kTrainName);
600                  ::Info("AnalysisTrainPWG4Jets::Connect()", "Directory %s created", gGrid->Pwd());
601                }
602              }
603              gGrid->Mkdir("proof_output");
604              gGrid->Cd("proof_output");
605              kProofOutdir = Form("alien://%s", gGrid->Pwd());
606            }   
607          }
608          break;
609       case 2:      
610          if  (!username.Length()) {
611             ::Error(Form("AnalysisTrainPWG4Jets.C::Connect <%s>", mode), "Make sure you:\n \
612                            1. Have called: alien-token-init <username>\n \
613                            2. Have called: >source /tmp/gclient_env_$UID");
614             return kFALSE;
615          }
616          if (kPluginUse && !gSystem->Getenv("alien_CLOSE_SE")) {
617             ::Error(Form("AnalysisTrainPWG4Jets.C::Connect <%s>", mode), 
618                            "When using the AliEn plugin it is preferable to define the \
619                            variable alien_CLOSE_SE in your environment.");
620             return kFALSE;
621          }
622          ::Info("AnalysisTrainPWG4Jets.C::Connect", "Connecting user <%s> to AliEn ...", 
623                 username.Data());
624          TGrid::Connect("alien://");
625          if (!gGrid || !gGrid->IsConnected()) return kFALSE;
626          break;
627       default:
628          ::Error("AnalysisTrainPWG4Jets.C::Connect", "Unknown run mode: %s", mode);
629          return kFALSE;
630    }
631    ::Info("AnalysisTrainPWG4Jets.C::Connect","Connected in %s mode", mode);
632    return kTRUE;
633 }
634
635 //______________________________________________________________________________
636 Bool_t LoadCommonLibraries(const char *mode)
637 {
638 // Load common analysis libraries.
639    Int_t imode = -1;
640    if (!strcmp(mode, "LOCAL")) imode = 0;
641    if (!strcmp(mode, "PROOF")) imode = 1;
642    if (!strcmp(mode, "GRID"))  imode = 2;
643    if (!gSystem->Getenv("ALICE_ROOT")) {
644       ::Error("AnalysisTrainPWG4Jets.C::LoadCommonLibraries", "Analysis train requires that analysis libraries are compiled with a local AliRoot"); 
645       return kFALSE;
646    }   
647    Bool_t success = kTRUE;
648    // ROOT libraries
649    gSystem->Load("libTree.so");
650    gSystem->Load("libGeom.so");
651    gSystem->Load("libVMC.so");
652    gSystem->Load("libPhysics.so");
653    
654    // Load framework classes. Par option ignored here.
655    switch (imode) {
656       case 0:
657       case 2:
658          if (kUseCPAR) {
659             success &= LoadLibrary("STEERBase", mode, kTRUE);
660             success &= LoadLibrary("ESD", mode, kTRUE);
661             success &= LoadLibrary("AOD", mode, kTRUE);
662             success &= LoadLibrary("ANALYSIS", mode, kTRUE);
663             success &= LoadLibrary("ANALYSISalice", mode, kTRUE);
664             success &= LoadLibrary("CORRFW", mode, kTRUE);
665          } else {   
666             success &= LoadLibrary("libSTEERBase.so", mode);
667             success &= LoadLibrary("libESD.so", mode);
668             success &= LoadLibrary("libAOD.so", mode);
669             success &= LoadLibrary("libANALYSIS.so", mode);
670             success &= LoadLibrary("libANALYSISalice.so", mode);
671             success &= LoadLibrary("libCORRFW.so", mode);
672             gROOT->ProcessLine(".include $ALICE_ROOT/include");
673          }   
674          break;
675       case 1:
676          Int_t ires = -1;
677          if (kProofUseAFPAR && !gSystem->AccessPathName(kProofAFversion)) ires = gProof->UploadPackage(kProofAFversion);
678          if (ires < 0) {
679             success &= LoadLibrary("STEERBase", mode);
680             success &= LoadLibrary("ESD", mode);
681             success &= LoadLibrary("AOD", mode);
682             success &= LoadLibrary("ANALYSIS", mode);
683             success &= LoadLibrary("ANALYSISalice", mode);
684             success &= LoadLibrary("CORRFW", mode);
685          } else { 
686             ires = gProof->EnablePackage(kProofAFversion);
687             if (ires<0) success = kFALSE;
688             success &= LoadLibrary("CORRFW", mode);
689          }
690          break;         
691       default:
692          ::Error("AnalysisTrainPWG4Jets.C::LoadCommonLibraries", "Unknown run mode: %s", mode);
693          return kFALSE;
694    }
695    if (success) {
696       ::Info("AnalysisTrainPWG4Jets.C::LoadCommodLibraries", "Load common libraries:    SUCCESS");
697       ::Info("AnalysisTrainPWG4Jets.C::LoadCommodLibraries", "Include path for Aclic compilation:\n%s",
698               gSystem->GetIncludePath());
699    } else {           
700       ::Info("AnalysisTrainPWG4Jets.C::LoadCommodLibraries", "Load common libraries:    FAILED");
701    }   
702       
703    return success;
704 }
705
706 //______________________________________________________________________________
707 Bool_t LoadAnalysisLibraries(const char *mode)
708 {
709 // Load common analysis libraries.
710    Bool_t success = kTRUE;
711    if (iESDfilter) {
712       if (!LoadLibrary("PWG3base", mode, kTRUE) ||
713           !LoadLibrary("PWG3muon", mode, kTRUE)) return kFALSE;
714    }   
715    // JETAN
716    if (iJETAN||iDIJETAN) {
717      if (!strcmp(mode, "PROOF")){
718        gProof->Exec("gSystem->Load\(\"/afs/cern.ch/user/d/dperrino/public/libCGAL.so\"\)", kTRUE); 
719        gProof->Exec("gSystem->Load\(\"/afs/cern.ch/user/d/dperrino/public/libfastjet.so\"\)", kTRUE); 
720        // problem when loading siscone copiled with different gcc version??
721        // gProof->Exec("gSystem->Load\(\"/afs/cern.ch/user/d/dperrino/public/libsiscone.so\"\)", kTRUE); 
722        gProof->Exec("gSystem->Load\(\"/afs/cern.ch/user/d/dperrino/public/libSISConePlugin.so\"\)", kTRUE);      
723      }
724      if (!LoadLibrary("libCGAL.so", mode, kTRUE)) return kFALSE;
725      if (!LoadLibrary("libfastjet.so", mode, kTRUE)) return kFALSE;
726      if (!LoadLibrary("libsiscone.so", mode, kTRUE)) return kFALSE;
727      if (!LoadLibrary("libSISConePlugin.so", mode, kTRUE)) return kFALSE;
728      if (!LoadLibrary("JETAN", mode, kTRUE)) return kFALSE;
729      if (!LoadLibrary("FASTJETAN", mode, kTRUE)) return kFALSE;
730    }
731    if(iPWG4JetTasks){
732      // PWG4 particle correlations
733      if (!LoadLibrary("PWG4JetTasks", mode, kTRUE)) return kFALSE;
734    }
735    if(iPWG1QASym){
736      if (!LoadSource(Form("%s/PWG1/AliAnalysisTaskQASym.cxx",gSystem->ExpandPathName("$ALICE_ROOT")), mode, kTRUE))return kFALSE;
737    }
738    if (iPWG4PartCorr) {   
739       if (!LoadLibrary("EMCALUtils", mode, kTRUE) ||
740           !LoadLibrary("PHOSUtils", mode, kTRUE) ||
741           !LoadLibrary("PWG4PartCorrBase", mode, kTRUE) ||
742           !LoadLibrary("PWG4PartCorrDep", mode, kTRUE)) return kFALSE;
743    }
744    if (iPWG4GammaConv) {
745       if (!LoadLibrary("PWG4GammaConv", mode, kTRUE)) return kFALSE;
746    }      
747
748    ::Info("AnalysisTrainPWG4Jets.C::LoadAnalysisLibraries", "Load other libraries:   SUCCESS");
749    return kTRUE;
750 }
751
752 //______________________________________________________________________________
753 Bool_t LoadLibrary(const char *module, const char *mode, Bool_t rec=kFALSE)
754 {
755 // Load a module library in a given mode. Reports success.
756    Int_t imode = -1;
757    Int_t result;
758    TString smodule(module);
759    if (!strcmp(mode, "LOCAL")) imode = 0;
760    if (!strcmp(mode, "PROOF")) imode = 1;
761    if (!strcmp(mode, "GRID"))  imode = 2;
762    TString mod(module);
763    if (!mod.Length()) {
764       ::Error("AnalysisTrainPWG4Jets.C::LoadLibrary", "Empty module name");
765       return kFALSE;
766    }   
767    // If a library is specified, just load it
768    if (smodule.EndsWith(".so")) {
769       mod.Remove(mod.Index(".so"));
770       result = gSystem->Load(mod);
771       if (result < 0) {
772          ::Error("AnalysisTrainPWG4Jets.C::LoadLibrary", "Could not load library %s", module);
773          return kFALSE;
774       }
775       if (rec) anaLibs += Form("%s.so ",mod.Data()); 
776       return kTRUE;
777    } 
778    // Check if the library is already loaded
779    if (strlen(gSystem->GetLibraries(Form("%s.so", module), "", kFALSE)) > 0)
780       return kTRUE;    
781    switch (imode) {
782       case 0:
783       case 2:
784          if (kUsePAR) {
785             result = SetupPar(module);
786             if (rec) anaPars += Form("%s.par ", module);
787          } else {
788             result = gSystem->Load(Form("lib%s.so", module));
789             if (rec) anaLibs += Form("lib%s.so ", module);
790          }   
791          break;
792       case 1:
793         if(!gSystem->AccessPathName(module)){
794           ::Info("AnalysisTrainPWG4Jets.C::LoadLibrary", "Removing directory %s",module);
795           gSystem->Exec(Form("rm -rf %s",module));
796         }
797          result = gProof->UploadPackage(module);
798          if (result<0) {
799             result = gProof->UploadPackage(gSystem->ExpandPathName(Form("$ALICE_ROOT/%s.par", module)));
800             if (result<0) {
801                ::Error("AnalysisTrainPWG4Jets.C::LoadLibrary", "Could not find module %s.par in current directory nor in $ALICE_ROOT", module);
802                return kFALSE;
803             }
804          }   
805          result = gProof->EnablePackage(module);
806          break;
807       default:
808          return kFALSE;
809    }         
810    if (result < 0) {
811       ::Error("AnalysisTrainPWG4Jets.C::LoadLibrary", "Could not load module %s", module);
812       return kFALSE;
813    }
814    return kTRUE;
815 }           
816
817
818
819 //______________________________________________________________________________
820 Bool_t LoadSource(const char *source, const char *mode, Bool_t rec=kFALSE)
821 {
822 // Load a module library in a given mode. Reports success.
823    Int_t imode = -1;
824    Int_t result = -1;
825    if (!strcmp(mode, "LOCAL")) imode = 0;
826    if (!strcmp(mode, "PROOF")) imode = 1;
827    if (!strcmp(mode, "GRID"))  imode = 2;
828    TString ssource(source);
829    TString basename = gSystem->BaseName(ssource.Data());
830    if (!ssource.Length()) {
831       ::Error("AnalysisTrainPWG4Jets.C::LoadSource", "Empty task name");
832       return kFALSE;
833    }   
834     // we have a source code so compile it
835    if (ssource.EndsWith(".cxx")) {
836      // need to copy it here other wise the path is also used on grid...
837      ssource.Remove(ssource.Index(".cxx"));
838      basename.Remove(basename.Index(".cxx"));
839      Printf("LoadSources:: Copying...  path %s{cxx,h}",ssource.Data());
840      gSystem->Exec(Form("cp %s.cxx . ",ssource.Data()));
841      gSystem->Exec(Form("cp %s.h . ",ssource.Data()));
842      // Path to code
843      // only needed for local compilation, in grid and proof mode 
844      // the task headers are uploaded 
845      //     path.Remove(path.Index(gSystem->BaseName(path.Data())));
846      // Printf("LoadSources:: Including path %s",path.Data());
847      //  if(path.Length()>0)gROOT->ProcessLine(Form(".include %s",path.Data()));
848      Printf("LoadSources:: Loading...  path %s",basename.Data());
849      switch (imode) {
850      case 0:
851        result = gROOT->LoadMacro(Form("%s.cxx+g",basename.Data()));
852        break;
853      case 1:
854        result = gProof->LoadMacro(Form("%s.cxx+g",basename.Data()));
855        break;
856      case 2:
857        result = gROOT->LoadMacro(Form("%s.cxx+g",basename.Data()));
858        if (rec){
859          // what we want to compile
860          anaSources += Form("%s.cxx ",basename.Data()); 
861          // what we need as input...
862          anaLibs += Form("%s.cxx %s.h ",basename.Data(),basename.Data()); 
863        }
864        break;
865      default:
866        return kFALSE;
867      }
868    } 
869    if (result < 0) {
870       ::Error("AnalysisTrainPWG4Jets.C::LoadSources", "Could not load source %s", source);
871       return kFALSE;
872    }
873    return kTRUE;
874 }           
875
876
877 //______________________________________________________________________________
878 TChain *CreateChain(const char *mode, const char *plugin_mode)
879 {
880 // Create the input chain
881    Int_t imode = -1;
882    if (!strcmp(mode, "LOCAL")) imode = 0;
883    if (!strcmp(mode, "PROOF")) imode = 1;
884    if (!strcmp(mode, "GRID"))  imode = 2;
885    TChain *chain = NULL;
886    // Local chain
887    switch (imode) {
888       case 0:
889          if (iAODanalysis) {
890             if (!kLocalXMLDataset.Length()) {
891                // Local AOD
892                chain = new TChain("aodTree");
893                TString line;
894                ifstream in;
895                in.open(kLocalDataList.Data());
896                while (in.good()) {
897                  in >> line;
898                  if (line.Length() == 0) continue;
899                  // cout << " line = " << line << endl;
900                  chain->Add(line.Data());
901                }       
902             } else {
903                // Interactive AOD
904                chain = CreateChainSingle(kLocalXMLDataset, "aodTree");
905             }
906          } else {      
907            if (!kLocalXMLDataset.Length()) {
908              // Local ESD
909              chain = new TChain("esdTree");
910              TString line;
911              ifstream in;
912              in.open(kLocalDataList.Data());
913              while (in.good()) {
914                in >> line;
915                if (line.Length() == 0) continue;
916                cout << " line = " << line << endl;
917                chain->Add(line.Data());
918              }       
919            } else {
920              // Interactive ESD
921                chain = CreateChainSingle(kLocalXMLDataset, "esdTree");
922            }   
923          }
924          break;
925       case 1:
926          break;
927       case 2:
928          if (kPluginUse) {
929 //            AliAnalysisGrid *alienHandler = CreateAlienHandler(plugin_mode);
930 //            AliAnalysisManager::GetAnalysisManager()->SetGridHandler(alienHandler);
931          } else {
932             TString           treeName = "esdTree";
933             if (iAODanalysis) treeName = "aodTree";
934             chain = CreateChainSingle("wn.xml", treeName);
935          }
936          break;      
937       default:   
938    }
939    if (chain && chain->GetNtrees()) return chain;
940    return NULL;
941 }   
942
943 //______________________________________________________________________________
944 TChain* CreateChainSingle(const char* xmlfile, const char *treeName)
945 {
946    printf("*******************************\n");
947    printf("*** Getting the ESD Chain   ***\n");
948    printf("*******************************\n");
949    TAlienCollection * myCollection  = TAlienCollection::Open(xmlfile);
950
951    if (!myCollection) {
952       ::Error("AnalysisTrainPWG4Jets.C::CreateChainSingle", "Cannot create an AliEn collection from %s", xmlfile) ;
953       return NULL ;
954    }
955
956    TChain* chain = new TChain(treeName);
957    myCollection->Reset() ;
958    while ( myCollection->Next() ) chain->Add(myCollection->GetTURL("")) ;
959    chain->ls();
960    return chain;
961 }
962
963 //______________________________________________________________________________
964 Int_t SetupPar(char* pararchivename)
965 {
966    if (!pararchivename || !strlen(pararchivename)) return -1;
967    char processline[1024];
968    if (gSystem->AccessPathName(Form("%s.par", pararchivename))) {
969       if (!gSystem->AccessPathName(Form("%s/%s.par", gSystem->Getenv("ALICE_ROOT"),pararchivename))) {
970          ::Info("AnalysisTrainPWG4Jets.C::SetupPar", "Getting %s.par from $ALICE_ROOT", pararchivename);
971          TFile::Cp(gSystem->ExpandPathName(Form("$ALICE_ROOT/%s.par", pararchivename)), 
972                    Form("%s.par",pararchivename));
973       } else {
974          ::Error("AnalysisTrainPWG4Jets.C::SetupPar", "Cannot find %s.par", pararchivename);
975          return -1;
976       }   
977    }
978    if (kPluginUse && kSaveTrain) gSystem->Exec(Form("ln -s ../%s.par %s",pararchivename, kTrainName.Data()));
979    gSystem->Exec(Form("tar xvzf %s.par", pararchivename));
980
981    TString ocwd = gSystem->WorkingDirectory();
982    if (!gSystem->ChangeDirectory(pararchivename)) return -1;
983         
984    // check for BUILD.sh and execute
985    if (!gSystem->AccessPathName("PROOF-INF/BUILD.sh")) {
986       printf("*******************************\n");
987       printf("*** Building PAR archive    ***\n");
988       printf("*******************************\n");          
989       if (gSystem->Exec("PROOF-INF/BUILD.sh")) {
990          Error("runProcess","Cannot Build the PAR Archive! - Abort!");
991          return -1;
992       }
993    }
994
995         // check for SETUP.C and execute
996         if (!gSystem->AccessPathName("PROOF-INF/SETUP.C")) {
997             printf("*******************************\n");
998             printf("*** Setup PAR archive       ***\n");
999             printf("*******************************\n");
1000             gROOT->Macro("PROOF-INF/SETUP.C");
1001         }       
1002         if (!gSystem->ChangeDirectory(ocwd.Data())) return -1;
1003    return 0;
1004 }
1005
1006 //______________________________________________________________________________
1007 AliAnalysisAlien* CreateAlienHandler(const char *plugin_mode)
1008 {
1009 // Check if user has a valid token, otherwise make one. This has limitations.
1010 // One can always follow the standard procedure of calling alien-token-init then
1011 //   source /tmp/gclient_env_$UID in the current shell.
1012    if (!AliAnalysisGrid::CreateToken()) return NULL;
1013    AliAnalysisAlien *plugin = new AliAnalysisAlien();
1014 // Set the run mode (can be "full", "test", "offline", "submit" or "terminate")
1015    plugin->SetRunMode(plugin_mode);
1016    if (kPluginUseProductionMode) plugin->SetProductionMode();
1017    plugin->SetJobTag(kJobTag);
1018    plugin->SetNtestFiles(2);
1019 //   plugin->SetPreferedSE("ALICE::NIHAM::File");
1020 // Set versions of used packages
1021    plugin->SetAPIVersion("V2.4");
1022    plugin->SetROOTVersion(kPluginRootVersion);
1023    plugin->SetAliROOTVersion(kPluginAliRootVersion);
1024 // Declare input data to be processed.
1025 // Method 1: Create automatically XML collections using alien 'find' command.
1026 // Define production directory LFN
1027    plugin->SetGridDataDir(kGridDatadir.Data());
1028 // Set data search pattern
1029    if (iAODanalysis) plugin->SetDataPattern(" *AliAOD.root");
1030    else              plugin->SetDataPattern(Form(" %s/*/*ESD.tag.root",kGridPassPattern.Data()));
1031 // ...then add run numbers to be considered
1032 //   plugin->SetRunRange(kGridRunRange[0], kGridRunRange[1]);
1033    for (Int_t i=kGridRunRange[0]; i<=kGridRunRange[1]; i++) {
1034      Printf("AnalysisTrainPWG4Jets Adding run number %s", Form(kGridRunPattern.Data(),i));
1035      plugin->AddRunNumber(Form(kGridRunPattern.Data(),i));
1036    }   
1037
1038    if(kGridLocalRunList.Length()>0){
1039      ifstream in1;
1040      in1.open(kGridLocalRunList.Data());
1041      int iRun;
1042      while(in1>>iRun){
1043        Printf("AnalysisTrainPWG4Jets Adding run number from File %s", Form(kGridRunPattern.Data(),iRun));
1044        plugin->AddRunNumber(Form(kGridRunPattern.Data(),iRun));
1045      }
1046    }
1047
1048 // Method 2: Declare existing data files (raw collections, xml collections, root file)
1049 // If no path mentioned data is supposed to be in the work directory (see SetGridWorkingDir())
1050 // XML collections added via this method can be combined with the first method if
1051 // the content is compatible (using or not tags)
1052 //   plugin->AddDataFile("tag.xml");
1053 //   plugin->AddDataFile("/alice/data/2008/LHC08c/000057657/raw/Run57657.Merged.RAW.tag.root");
1054 // Define alien work directory where all files will be copied. Relative to alien $HOME.
1055    if (iAODanalysis) plugin->SetGridWorkingDir("analysisAOD");
1056    else              plugin->SetGridWorkingDir("analysisESD");
1057    // Declare alien output directory. Relative to working directory.
1058    if (!kGridOutdir.Length()) kGridOutdir = Form("output_%s",kTrainName.Data());
1059    plugin->SetGridOutputDir(kGridOutdir);
1060
1061    // Add external packages
1062    if (iJETAN||iDIJETAN) {
1063       plugin->AddExternalPackage("boost::v1_38_0");
1064       plugin->AddExternalPackage("cgal::v3.3.1");
1065       plugin->AddExternalPackage("fastjet::v2.4.0");
1066    }   
1067
1068
1069    // set extra libs before par file compilation
1070    anaLibs += kGridExtraFiles;
1071    anaLibs     = anaLibs.Strip();   
1072    Printf("%s",anaLibs.Data());
1073    if (anaLibs.Length())     plugin->SetAdditionalLibs(anaLibs.Data());
1074
1075    TString ana_sources = "";
1076    TString ana_add = "";
1077    if (kUsePAR && anaPars.Length()) {
1078       printf("%s\n", anaPars.Data());
1079       TObjArray *arr;
1080       TObjString *objstr;
1081       arr = anaPars.Tokenize(" ");
1082       TIter next(arr);
1083       while ((objstr=(TObjString*)next())) plugin->EnablePackage(objstr->GetString());
1084       delete arr;
1085    } 
1086    
1087 // Declare the analysis source files names separated by blancs. To be compiled runtime
1088 // using ACLiC on the worker nodes.
1089    ana_sources = anaSources.Strip();
1090 // Declare all libraries (other than the default ones for the framework. These will be
1091 // loaded by the generated analysis macro. Add all extra files (task .cxx/.h) here.
1092
1093    if (ana_sources.Length()) plugin->SetAnalysisSource(ana_sources);
1094    plugin->SetExecutableCommand(kPluginExecutableCommand.Data());  
1095 // Declare the output file names separated by blancs.
1096 // (can be like: file.root or file.root@ALICE::Niham::File)
1097    plugin->SetDefaultOutputs();
1098    plugin->SetMergeExcludes(kGridMergeExclude);
1099    plugin->SetMaxMergeFiles(kGridMaxMergeFiles);
1100    plugin->SetNrunsPerMaster(kGridRunsPerMaster);
1101 // Optionally define the files to be archived.
1102 //   plugin->SetOutputArchive("log_archive.zip:stdout,stderr@ALICE::NIHAM::File root_archive.zip:AliAOD.root,AOD.tag.root@ALICE::NIHAM::File");
1103    
1104    
1105    // Put default output files to archive
1106    TString listhists = "";
1107    TString listaods  = "";
1108    AliAnalysisManager *mgr = AliAnalysisManager::GetAnalysisManager();
1109    TIter next(mgr->GetOutputs());
1110    AliAnalysisDataContainer *output;
1111    while ((output=(AliAnalysisDataContainer*)next())) {
1112       const char *filename = output->GetFileName();
1113       if (!(strcmp(filename, "default"))) {
1114         if (!mgr->GetOutputEventHandler()) continue;
1115          filename = mgr->GetOutputEventHandler()->GetOutputFileName();
1116          if (listaods.Length()) listaods += ",";
1117          listaods += filename;
1118          if(kIsMC){
1119            listaods += ",";
1120            listaods += "pyxsec_hists.root";
1121          }
1122       } else {
1123         if(!listhists->Contains(filename)){
1124           if (listhists.Length()) listhists += ",";
1125           listhists += filename;
1126         }
1127       }
1128    }
1129
1130    if(kUseSysInfo){
1131      if (listhists.Length()) listhists += ",";
1132      listhists += syswatch.root;
1133    }
1134
1135    if (mgr->GetExtraFiles().Length()) {
1136      if (listaods.Length()) listaods += ",";
1137      listaods += mgr->GetExtraFiles();
1138      listaods.ReplaceAll(" ", ",");
1139    }
1140
1141    // if we do not fill the aod we do not need to store it
1142    if(!kFillAOD)listaods="";
1143
1144    if (listhists.Length()) listhists = Form("hist_archive.zip:%s@%s", listhists.Data(), kGridOutputStorages.Data());;
1145    if (listaods.Length())  listaods  = Form("aod_archive.zip:%s@%s", listaods.Data(), kGridOutputStorages.Data());;
1146
1147    if (!listhists.Length() && !listaods.Length()) {
1148       ::Fatal("AnalysisTrainPWG4Jets", "No task output !");
1149    }
1150
1151    kGridMergeExclude = listaods;
1152
1153    TString outputArchive = "log_archive.zip:stdout,stderr@ALICE::CERN::SE";
1154    if(kUseSysInfo)outputArchive = "log_archive.zip:stdout,stderr,syswatch.log@ALICE::CERN::SE";
1155    if (listaods.Length()) {
1156       outputArchive += " ";
1157       outputArchive += listaods;
1158    }   
1159    if (listhists.Length()) {
1160       outputArchive += " ";
1161       outputArchive += listhists;
1162    }   
1163    plugin->SetOutputArchive(outputArchive);
1164 // Optionally set a name for the generated analysis macro (default MyAnalysis.C)
1165    plugin->SetAnalysisMacro(Form("%s.C", kTrainName.Data()));
1166 // Optionally set maximum number of input files/subjob (default 100, put 0 to ignore)
1167    plugin->SetSplitMaxInputFileNumber(kGridFilesPerJob);
1168 // Optionally set number of failed jobs that will trigger killing waiting sub-jobs.
1169 //   plugin->SetMaxInitFailed(5);
1170 // Optionally resubmit threshold.
1171 //   plugin->SetMasterResubmitThreshold(90);
1172 // Optionally set time to live (default 30000 sec)
1173    plugin->SetTTL(30000);
1174 // Optionally set input format (default xml-single)
1175    plugin->SetInputFormat("xml-single");
1176 // Optionally modify the name of the generated JDL (default analysis.jdl)
1177    plugin->SetJDLName(Form("%s.jdl", kTrainName.Data()));
1178 // Optionally modify the executable name (default analysis.sh)
1179    plugin->SetExecutable(Form("%s.sh", kTrainName.Data()));
1180 // Optionally modify job price (default 1)
1181    plugin->SetPrice(1);      
1182 // Optionally modify split mode (default 'se')    
1183    plugin->SetSplitMode("se");
1184    return plugin;
1185 }
1186
1187 //______________________________________________________________________________
1188 void WriteConfig()
1189 {
1190 // Write train configuration in a file. The file name has the format:
1191 // train_[trainName]_ddMonthyyyy_time.C
1192    if (kUseDate) {
1193       gSystem->Exec("date +%d%b%Y_%Hh%M > date.tmp");
1194       ifstream fdate("date.tmp");
1195       if (!fdate.is_open()) {
1196          ::Error("AnalysisTrainPWG4Jets.C::Export","Could not generate file name");
1197          return;
1198       }
1199       const char date[64];
1200       fdate.getline(date,64);
1201       fdate.close();
1202       gSystem->Exec("rm date.tmp");
1203       kTrainName = Form("train_%s_%s", kTrainName.Data(), date);
1204    } else {
1205       kTrainName = Form("train_%s", kTrainName.Data());
1206    }   
1207    TString cdir = gSystem->WorkingDirectory();
1208    gSystem->MakeDirectory(kTrainName);
1209    gSystem->ChangeDirectory(kTrainName);
1210    ofstream out;
1211    out.open(Form("%sConfig.C",kTrainName.Data()), ios::out); 
1212    if (out.bad()) {
1213       ::Error("AnalysisTrainPWG4Jets.C::Export", "Cannot open ConfigTrain.C for writing");
1214       return;
1215    }
1216    out << "{" << endl;
1217    out << "   kTrainName      = " << "\"" << kTrainName.Data() << "\";" << endl;
1218    out << "   kProofCluster   = " << "\"" << kProofCluster.Data() << "\";" << endl;
1219    out << "   kProofUseAFPAR        = " << kProofUseAFPAR << ";" << endl;
1220    if (kProofUseAFPAR) 
1221       out << "   kProofAFversion       = " << kProofAFversion.Data() << ";" << endl;
1222    out << "   kProofDataSet   = " << "\"" << kProofDataSet.Data() << "\";" << endl;
1223    out << "   kPluginUse       = " << kPluginUse << ";" << endl;
1224    out << "   kUsePAR          = " << kUsePAR << ";" << endl;
1225    out << "   kUseCPAR         = " << kUseCPAR << ";" << endl;
1226    out << "   kPluginRootVersion    = " << "\"" << kPluginRootVersion.Data() << "\";" << endl;
1227    out << "   kPluginAliRootVersion = " << "\"" << kPluginAliRootVersion.Data() << "\";" << endl;
1228    out << "   kGridDatadir   = " << "\"" << kGridDatadir.Data() << "\";" << endl;
1229    if (!kGridOutdir.Length()) kGridOutdir = Form("output_%s",kTrainName.Data());
1230    out << "   kGridOutdir    = " << "\"" << kGridOutdir.Data() << "\";" << endl;
1231    out << "   kGridMaxMergeFiles   = " << kGridMaxMergeFiles << ";" << endl;
1232    out << "   kGridMergeExclude    = " << "\"" << kGridMergeExclude.Data() << "\";" << endl;
1233    out << "   kGridRunsPerMaster  = " << kGridRunsPerMaster << ";" << endl;
1234    out << "   kGridFilesPerJob    = " << kGridFilesPerJob << ";" << endl;
1235    out << "   kGridRunRange[0]    = " << kGridRunRange[0] << ";" << endl;
1236    out << "   kGridRunRange[1]    = " << kGridRunRange[1] << ";" << endl;
1237    out << "   kUseDebug          = " << kUseDebug << ";" << endl;
1238    out << "   kUseMC           = " << kUseMC << ";" << endl;
1239    out << "   kUseESDTags         = " << kUseESDTags << ";" << endl;
1240    out << "   kUseKinefilter      = " << kUseKinefilter << ";" << endl;
1241    out << "   kUseTR           = " << kUseTR << ";" << endl;
1242    out << "   kUseAODTags      = " << kUseAODTags << ";" << endl;
1243    out << "   kSaveTrain       = " << "kFALSE;" << endl << endl;
1244    out << "   // Analysis modules" << endl;
1245    out << "   iAODanalysis    = " << iAODanalysis << ";" << endl;
1246    out << "   iAODhandler     = " << iAODhandler << ";" << endl;
1247    out << "   iESDfilter      = " << iESDfilter << ";" << endl;
1248    out << "   iJETAN          = " << iJETAN << ";" << endl;
1249    out << "// Configuration fot the wagons" << endl;
1250    out << "}" << endl;
1251    ::Info("AnalysisTrainPWG4Jets.C::WriteConfig", "Train configuration wrote to file %s", Form("config_%s.C", kTrainName.Data()));
1252    gSystem->ChangeDirectory(cdir);
1253 }   
1254
1255 //______________________________________________________________________________
1256 Bool_t LoadConfig(const char *filename)
1257 {
1258 // Read train configuration from file
1259    if (gSystem->AccessPathName(filename)) {
1260       ::Error("AnalysisTrainPWG4Jets.C::LoadConfig", "Config file name not found");
1261       return kFALSE;
1262    }   
1263    gROOT->ProcessLine(Form(".x %s", filename));
1264    ::Info("AnalysisTrainPWG4Jets.C::LoadConfig", "Train configuration loaded from file %s", filename);
1265    return kTRUE;
1266 }
1267
1268 Bool_t PatchJDL(){
1269   Printf(">>> Patching JDL");
1270   AliAnalysisManager *mgr = AliAnalysisManager::GetAnalysisManager();
1271   AliAnalysisAlien*    gridHandler = (AliAnalysisAlien*)mgr->GetGridHandler();
1272   TGridJDL *jdl = gridHandler->GetGridJDL();
1273   if(iJETAN)jdl->AddToPackages("fastjet","v2.4.0");
1274   gridHandler->WriteJDL(kFALSE);
1275   Printf("<<< Patching JDL");
1276   return kTRUE;
1277 }
1278
1279 Bool_t PatchAnalysisMacro(){
1280     Printf(">>> Patching AnalysisMacro");
1281     gSystem->Exec(Form("mv %s.C %s.C_tmp",kTrainName.Data(),kTrainName.Data()));
1282
1283   ifstream in1; 
1284   in1.open(Form("%s.C_tmp", kTrainName.Data()));
1285   char cLine[250];
1286   TString st;
1287   while(in1.getline(cLine,250)){
1288     st += cLine;
1289     st += "\n";
1290   }
1291   Int_t index;
1292   index = st.Index("gSystem->Load(\"libPhysics\");");
1293   index += strlen("gSystem->Load(\"libPhysics\");");
1294   if(iJETAN){
1295     TObjArray *arr;
1296     TObjString *objstr;
1297     arr = anaLibs.Tokenize(" ");
1298     TIter next(arr);
1299     TString add = "";
1300     add += "\n\n // added by CKB \n";
1301     while ((objstr=(TObjString*)next())){
1302       if(objstr->GetString().EndsWith(".so"))add += Form("gSystem->Load(\"%s\");\n",objstr->GetString().Data());
1303     }
1304     delete arr; 
1305     add += "// BKC \n\n";
1306     st.Insert(index,add.Data());
1307   }
1308   ofstream out;
1309   out.open(Form("%s.C", kTrainName.Data()));
1310   if (out.bad()) {
1311     return kFALSE;
1312   }
1313   out << st << endl;
1314   Printf("<<< Patching AnalysisMacro");
1315   return kTRUE;
1316
1317 }