ana.C: Included possibility to read MC data directly from galice.root
[u/mrichter/AliRoot.git] / PWG4 / macros / ana.C
1 /* $Id:  $ */
2 //--------------------------------------------------
3 // Example macro to do analysis with the 
4 // analysis classes in PWG4PartCorr
5 // Can be executed with Root and AliRoot
6 //
7 // Pay attention to the options and definitions
8 // set in the lines below
9 //
10 //  Author : Gustavo Conesa Balbastre (INFN-LNF)
11 //
12 //-------------------------------------------------
13 enum anaModes {mLocal, mLocalCAF,mPROOF,mGRID};
14 //mLocal: Analyze locally files in your computer
15 //mLocalCAF: Analyze locally CAF files
16 //mPROOF: Analyze CAF files with PROOF
17
18 //---------------------------------------------------------------------------
19 //Settings to read locally several files, only for "mLocal" mode
20 //The different values are default, they can be set with environmental 
21 //variables: INDIR, PATTERN, NEVENT, respectivelly
22 char * kInDir = "/user/data/files/"; 
23 char * kPattern = ""; // Data are in files kInDir/kPattern+i 
24 Int_t kEvent = 1; // Number of files
25 //---------------------------------------------------------------------------
26 //Collection file for grid analysis
27 char * kXML = "collection.xml";
28 //---------------------------------------------------------------------------
29 //Scale histograms from file. Change to kTRUE when xsection file exists
30 //Put name of file containing xsection 
31 //Put number of events per ESD file
32 //This is an specific case for normalization of Pythia files.
33 const Bool_t kGetXSectionFromFileAndScale = kFALSE ;
34 const char * kXSFileName = "pyxsec.root";
35 const Int_t kNumberOfEventsPerFile = 100; 
36 //---------------------------------------------------------------------------
37
38 const Bool_t kMC = kTRUE; //With real data kMC = kFALSE
39 const TString kInputData = "ESD";//ESD, AOD, MC
40 TString kTreeName = "esdTree";
41
42 void ana(Int_t mode=mLocal, TString configName = "ConfigAnalysisPhoton")
43 {
44   // Main
45
46   //--------------------------------------------------------------------
47   // Load analysis libraries
48   // Look at the method below, 
49   // change whatever you need for your analysis case
50   // ------------------------------------------------------------------
51   LoadLibraries(mode) ;
52   
53   //-------------------------------------------------------------------------------------------------
54   //Create chain from ESD and from cross sections files, look below for options.
55   //------------------------------------------------------------------------------------------------- 
56   if(kInputData == "ESD") kTreeName = "esdTree" ;
57   else if(kInputData == "AOD") kTreeName = "aodTree" ;
58   else if (kInputData == "MC") kTreeName = "TE" ;
59   else {
60     cout<<"Wrong  data type "<<kInputData<<endl;
61     break;
62   }
63
64   TChain *chain   = new TChain(kTreeName) ;
65   TChain * chainxs = new TChain("Xsection") ;
66   CreateChain(mode, chain, chainxs);  
67
68   if(chain){
69     AliLog::SetGlobalLogLevel(AliLog::kError);//Minimum prints on screen
70     
71     //--------------------------------------
72     // Make the analysis manager
73     //-------------------------------------
74     AliAnalysisManager *mgr  = new AliAnalysisManager("Manager", "Manager");
75     // MC handler
76     if(kMC || kInputData == "MC"){
77       AliMCEventHandler* mcHandler = new AliMCEventHandler();
78       mcHandler->SetReadTR(kFALSE);//Do not search TrackRef file
79       mgr->SetMCtruthEventHandler(mcHandler);
80     }
81
82     // AOD output handler
83     AliAODHandler* aodoutHandler   = new AliAODHandler();
84     aodoutHandler->SetOutputFileName("aod.root");
85     //aodoutHandler->SetCreateNonStandardAOD();
86     mgr->SetOutputEventHandler(aodoutHandler);
87     
88     //input
89     if(kInputData == "ESD"){
90       // ESD handler
91       AliESDInputHandler *esdHandler = new AliESDInputHandler();
92       mgr->SetInputEventHandler(esdHandler);
93     }
94     if(kInputData == "AOD"){
95       // AOD handler
96       AliAODInputHandler *aodHandler = new AliAODInputHandler();
97       mgr->SetInputEventHandler(aodHandler);
98     }
99
100     //mgr->SetDebugLevel(-1); // For debugging, do not uncomment if you want no messages.
101
102     //-------------------------------------------------------------------------
103     //Define task, put here any other task that you want to use.
104     //-------------------------------------------------------------------------
105     AliAnalysisTaskParticleCorrelation * taskpwg4 = new AliAnalysisTaskParticleCorrelation ("Particle");
106     taskpwg4->SetConfigFileName(configName); //Default name is ConfigAnalysis
107                 
108     mgr->AddTask(taskpwg4);
109     
110     // Create containers for input/output
111     AliAnalysisDataContainer *cinput1 = mgr->CreateContainer("cchain",TChain::Class(), 
112                                                              AliAnalysisManager::kInputContainer);
113     AliAnalysisDataContainer *coutput1 = mgr->CreateContainer("tree", TTree::Class(),
114                                                               AliAnalysisManager::kOutputContainer, "default");
115     AliAnalysisDataContainer *coutput2 = mgr->CreateContainer("histos", TList::Class(),
116                                                               AliAnalysisManager::kOutputContainer, "histos.root");
117     
118     mgr->ConnectInput  (taskpwg4,     0, cinput1);
119     mgr->ConnectOutput (taskpwg4,     0, coutput1 );
120     mgr->ConnectOutput (taskpwg4,     1, coutput2 );
121   
122     //------------------------  
123     //Scaling task
124     //-----------------------
125     Int_t nfiles = chainxs->GetEntries();
126     //cout<<"Get? "<<kGetXSectionFromFileAndScale<<" nfiles "<<nfiles<<endl;
127     if(kGetXSectionFromFileAndScale && nfiles > 0){
128       //cout<<"Init AnaScale"<<endl;
129       //Get the cross section
130       Double_t xsection=0; 
131       Float_t ntrials = 0;
132       GetAverageXsection(chainxs, xsection, ntrials);
133       
134       AliAnaScale * scale = new AliAnaScale("scale") ;
135       scale->Set(xsection/ntrials/kNumberOfEventsPerFile/nfiles) ;
136       scale->MakeSumw2(kFALSE);//If you want histograms with error bars set to kTRUE
137       //scale->SetDebugLevel(2);
138       mgr->AddTask(scale);
139       
140       AliAnalysisDataContainer *coutput3 = mgr->CreateContainer("histosscaled", TList::Class(),
141                                                                 AliAnalysisManager::kOutputContainer, "histosscaled.root");
142       mgr->ConnectInput  (scale,     0, coutput2);
143       mgr->ConnectOutput (scale,     0, coutput3 );
144     }
145     
146     //-----------------------
147     // Run the analysis
148     //-----------------------    
149     TString smode = "";
150     if (mode==mLocal || mode == mLocalCAF) 
151       smode = "local";
152     else if (mode==mPROOF) 
153       smode = "proof";
154     else if (mode==mGRID) 
155       smode = "grid";
156     
157     mgr->InitAnalysis();
158     mgr->PrintStatus();
159     mgr->StartAnalysis(smode.Data(),chain);
160
161 cout <<" Analysis ended sucessfully "<< endl ;
162
163   }
164   else cout << "Chain was not produced ! "<<endl;
165   
166 }
167
168 void  LoadLibraries(const anaModes mode) {
169   
170   //--------------------------------------
171   // Load the needed libraries most of them already loaded by aliroot
172   //--------------------------------------
173   gSystem->Load("libTree.so");
174   gSystem->Load("libGeom.so");
175   gSystem->Load("libVMC.so");
176   gSystem->Load("libXMLIO.so");
177   
178   //----------------------------------------------------------
179   // >>>>>>>>>>> Local mode <<<<<<<<<<<<<< 
180   //----------------------------------------------------------
181   if (mode==mLocal || mode == mLocalCAF || mode == mGRID) {
182     //--------------------------------------------------------
183     // If you want to use already compiled libraries 
184     // in the aliroot distribution
185     //--------------------------------------------------------
186     //gSystem->Load("libSTEERBase");
187     //gSystem->Load("libESD");
188     //gSystem->Load("libAOD");
189     //gSystem->Load("libANALYSIS");
190     //gSystem->Load("libANALYSISalice");
191     //gSystem->Load("libPHOSUtils");
192     //gSystem->Load("libPWG4PartCorrBase");
193     //gSystem->Load("libPWG4PartCorrDep");
194         
195     //--------------------------------------------------------
196     //If you want to use root and par files from aliroot
197     //--------------------------------------------------------  
198     SetupPar("STEERBase");
199     SetupPar("ESD");
200     SetupPar("AOD");
201     SetupPar("ANALYSIS");
202     SetupPar("ANALYSISalice");
203 //If your analysis needs PHOS geometry uncomment following lines
204 //      SetupPar("PHOSUtils");
205 //      //Create Geometry
206 //    TGeoManager::Import("geometry.root") ; //need file "geometry.root" in local dir!!!!
207      SetupPar("PWG4PartCorrBase");
208      SetupPar("PWG4PartCorrDep");
209   }
210
211   //---------------------------------------------------------
212   // <<<<<<<<<< PROOF mode >>>>>>>>>>>>
213   //---------------------------------------------------------
214   else if (mode==mPROOF) {
215     //
216     // Connect to proof
217     // Put appropriate username here
218     // TProof::Reset("proof://mgheata@lxb6046.cern.ch"); 
219     TProof::Open("proof://mgheata@lxb6046.cern.ch");
220     
221     //    gProof->ClearPackages();
222     //    gProof->ClearPackage("ESD");
223     //    gProof->ClearPackage("AOD");
224     //    gProof->ClearPackage("ANALYSIS");   
225     //    gProof->ClearPackage("PWG4PartCorrBase");
226     //    gProof->ClearPackage("PWG4PartCorrDep");
227     
228     // Enable the STEERBase Package
229     gProof->UploadPackage("STEERBase.par");
230     gProof->EnablePackage("STEERBase");
231     // Enable the ESD Package
232     gProof->UploadPackage("ESD.par");
233     gProof->EnablePackage("ESD");
234     // Enable the AOD Package
235     gProof->UploadPackage("AOD.par");
236     gProof->EnablePackage("AOD");
237     // Enable the Analysis Package
238     gProof->UploadPackage("ANALYSIS.par");
239     gProof->EnablePackage("ANALYSIS");
240         // Enable the PHOS geometry Package
241     //gProof->UploadPackage("PHOSUtils.par");
242     //gProof->EnablePackage("PHOSUtils");
243     // Enable PartCorr analysis
244     gProof->UploadPackage("PWG4PartCorrBase.par");
245     gProof->EnablePackage("PWG4PartCorrBase");
246         gProof->UploadPackage("PWG4PartCorrDep.par");
247     gProof->EnablePackage("PWG4PartCorrDep");    
248     gProof->ShowEnabledPackages();
249   }  
250   
251 }
252
253 void SetupPar(char* pararchivename)
254 {
255   //Load par files, create analysis libraries
256   //For testing, if par file already decompressed and modified
257   //classes then do not decompress.
258  
259   TString cdir(Form("%s", gSystem->WorkingDirectory() )) ; 
260   TString parpar(Form("%s.par", pararchivename)) ; 
261   if ( gSystem->AccessPathName(parpar.Data()) ) {
262     gSystem->ChangeDirectory(gSystem->Getenv("ALICE_ROOT")) ;
263     TString processline(Form(".! make %s", parpar.Data())) ; 
264     gROOT->ProcessLine(processline.Data()) ;
265     gSystem->ChangeDirectory(cdir) ; 
266     processline = Form(".! mv $ALICE_ROOT/%s .", parpar.Data()) ;
267     gROOT->ProcessLine(processline.Data()) ;
268   } 
269   if ( gSystem->AccessPathName(pararchivename) ) {  
270     TString processline = Form(".! tar xvzf %s",parpar.Data()) ;
271     gROOT->ProcessLine(processline.Data());
272   }
273   
274   TString ocwd = gSystem->WorkingDirectory();
275   gSystem->ChangeDirectory(pararchivename);
276   
277   // check for BUILD.sh and execute
278   if (!gSystem->AccessPathName("PROOF-INF/BUILD.sh")) {
279     printf("*******************************\n");
280     printf("*** Building PAR archive    ***\n");
281     cout<<pararchivename<<endl;
282     printf("*******************************\n");
283     
284     if (gSystem->Exec("PROOF-INF/BUILD.sh")) {
285       Error("runProcess","Cannot Build the PAR Archive! - Abort!");
286       return -1;
287     }
288   }
289   // check for SETUP.C and execute
290   if (!gSystem->AccessPathName("PROOF-INF/SETUP.C")) {
291     printf("*******************************\n");
292     printf("*** Setup PAR archive       ***\n");
293     cout<<pararchivename<<endl;
294     printf("*******************************\n");
295     gROOT->Macro("PROOF-INF/SETUP.C");
296   }
297   
298   gSystem->ChangeDirectory(ocwd.Data());
299   printf("Current dir: %s\n", ocwd.Data());
300 }
301
302
303
304 void CreateChain(const anaModes mode, TChain * chain, TChain * chainxs){
305   //Fills chain with data
306   TString ocwd = gSystem->WorkingDirectory();
307   
308   //-----------------------------------------------------------
309   //Analysis of CAF data locally and with PROOF
310   //-----------------------------------------------------------
311   if(mode ==mPROOF || mode ==mLocalCAF){
312     // Chain from CAF
313     gROOT->LoadMacro("$ALICE_ROOT/PWG0/CreateESDChain.C");
314     // The second parameter is the number of input files in the chain
315     chain = CreateESDChain("ESD12001.txt", 5);  
316   }
317   
318   //---------------------------------------
319   //Local files analysis
320   //---------------------------------------
321   else if(mode == mLocal){    
322     //If you want to add several ESD files sitting in a common directory INDIR
323     //Specify as environmental variables the directory (INDIR), the number of files 
324     //to analyze (NEVENT) and the pattern name of the directories with files (PATTERN)
325
326     if(gSystem->Getenv("INDIR"))  
327       kInDir = gSystem->Getenv("INDIR") ; 
328     else cout<<"INDIR not set, use default: "<<kInDir<<endl;    
329     
330     if(gSystem->Getenv("PATTERN"))   
331       kPattern = gSystem->Getenv("PATTERN") ; 
332     else  cout<<"PATTERN not set, use default: "<<kPattern<<endl;
333     
334     if(gSystem->Getenv("NEVENT"))
335       kEvent = atoi(gSystem->Getenv("NEVENT")) ;
336     else cout<<"NEVENT not set, use default: "<<kEvent<<endl;
337     
338     //Check if env variables are set and are correct
339     if ( kInDir  && kEvent) {
340       printf("Get %d files from directory %s\n",kEvent,kInDir);
341       if ( ! gSystem->cd(kInDir) ) {//check if ESDs directory exist
342         printf("%s does not exist\n", kInDir) ;
343         return ;
344       }
345       cout<<"INDIR : "<<kInDir<<endl;
346       cout<<"NEVENT : "<<kEvent<<endl;
347       cout<<"PATTERN: " <<kPattern<<endl;
348       
349       TString datafile="";
350       if(kInputData == "ESD") datafile = "AliESDs.root" ;
351       else if(kInputData == "AOD") datafile = "aod.root" ;
352       else if(kInputData == "MC")  datafile = "galice.root" ;
353       
354       //Loop on ESD files, add them to chain
355       Int_t event =0;
356       Int_t skipped=0 ; 
357       char file[120] ;
358       char filexs[120] ;
359       
360       for (event = 0 ; event < kEvent ; event++) {
361         sprintf(file, "%s/%s%d/%s", kInDir,kPattern,event,datafile.Data()) ; 
362         sprintf(filexs, "%s/%s%d/%s", kInDir,kPattern,event,kXSFileName) ; 
363         TFile * fESD = 0 ; 
364         //Check if file exists and add it, if not skip it
365         if ( fESD = TFile::Open(file)) {
366           if ( fESD->Get(kTreeName) ) { 
367             printf("++++ Adding %s\n", file) ;
368             chain->AddFile(file);
369             chainxs->Add(filexs) ; 
370           }
371         }
372         else { 
373           printf("---- Skipping %s\n", file) ;
374           skipped++ ;
375         }
376       }
377       printf("number of entries # %lld, skipped %d\n", chain->GetEntries(), skipped*100) ;      
378     }
379     else {
380       TString input = "AliESDs.root" ;
381       cout<<">>>>>> No list added, take a single file <<<<<<<<< "<<input<<endl;
382       chain->AddFile(input);
383     }
384     
385   }// local files analysis
386   
387   //------------------------------
388   //GRID xml files
389   //-----------------------------
390   else if(mode == mGRID){
391     //Get colection file. It is specified by the environmental
392     //variable XML
393
394     if(gSystem->Getenv("XML") )
395       kXML = gSystem->Getenv("XML");
396     else
397       sprintf(kXML, "collection.xml") ; 
398     
399     if (!TFile::Open(kXML)) {
400       printf("No collection file with name -- %s -- was found\n",kXML);
401       return ;
402     }
403     else cout<<"XML file "<<kXML<<endl;
404
405     //Load necessary libraries and connect to the GRID
406     gSystem->Load("libNetx.so") ; 
407     gSystem->Load("libRAliEn.so"); 
408     TGrid::Connect("alien://") ;
409
410     //Feed Grid with collection file
411     //TGridCollection * collection =  (TGridCollection*)gROOT->ProcessLine(Form("TAlienCollection::Open(\"%s\", 0)", kXML));
412     TGridCollection * collection = (TGridCollection*) TAlienCollection::Open(kXML);
413     if (! collection) {
414       AliError(Form("%s not found", kXML)) ; 
415       return kFALSE ; 
416     }
417     TGridResult* result = collection->GetGridResult("",0 ,0);
418    
419     // Makes the ESD chain 
420     printf("*** Getting the Chain       ***\n");
421     for (Int_t index = 0; index < result->GetEntries(); index++) {
422       TString alienURL = result->GetKey(index, "turl") ; 
423       cout << "================== " << alienURL << endl ; 
424       chain->Add(alienURL) ; 
425       alienURL.ReplaceAll("AliESDs.root",kXSFileName);
426       chainxs->Add(alienURL) ; 
427     }
428   }// xml analysis
429   
430   gSystem->ChangeDirectory(ocwd.Data());
431 }
432
433 //________________________________________________
434 void GetAverageXsection(TTree * tree, Double_t & xs, Float_t & ntr)
435 {
436   // Read the PYTHIA statistics from the file pyxsec.root created by
437   // the function WriteXsection():
438   // integrated cross section (xsection) and
439   // the  number of Pyevent() calls (ntrials)
440   // and calculate the weight per one event xsection/ntrials
441   // The spectrum calculated by a user should be
442   // multiplied by this weight, something like this:
443   // TH1F *userSpectrum ... // book and fill the spectrum
444   // userSpectrum->Scale(weight)
445   //
446   // Yuri Kharlov 19 June 2007
447   // Gustavo Conesa 15 April 2008
448   Double_t xsection = 0;
449   UInt_t    ntrials = 0;
450   xs = 0;
451   ntr = 0;
452   
453   Int_t nfiles =  tree->GetEntries()  ;
454   if (tree && nfiles > 0) {
455     tree->SetBranchAddress("xsection",&xsection);
456     tree->SetBranchAddress("ntrials",&ntrials);
457     for(Int_t i = 0; i < nfiles; i++){
458       tree->GetEntry(i);
459       xs += xsection ;
460       ntr += ntrials ;
461       cout << "xsection " <<xsection<<" ntrials "<<ntrials<<endl; 
462     }
463     
464     xs =   xs /  nfiles;
465     ntr =  ntr / nfiles;
466     cout << "-----------------------------------------------------------------"<<endl;
467     cout << "Average of "<< nfiles<<" files: xsection " <<xs<<" ntrials "<<ntr<<endl; 
468     cout << "-----------------------------------------------------------------"<<endl;
469   } 
470   else cout << " >>>> Empty tree !!!! <<<<< "<<endl;
471   
472 }
473
474
475