PWG4/macros/ana.C

   1 /* $Id:  $ */
   2 //--------------------------------------------------
   3 // Example macro to do analysis with the
   4 // analysis classes in PWG4PartCorr
   5 // Can be executed with Root and AliRoot
   6 //
   7 // Pay attention to the options and definitions
   8 // set in the lines below
   9 //
  10 //  Author : Gustavo Conesa Balbastre (INFN-LNF)
  11 //
  12 //-------------------------------------------------
  13 enum anaModes {mLocal, mLocalCAF,mPROOF,mGRID};
  14 //mLocal: Analyze locally files in your computer
  15 //mLocalCAF: Analyze locally CAF files
  16 //mPROOF: Analyze CAF files with PROOF
  17
  18 //---------------------------------------------------------------------------
  19 //Settings to read locally several files, only for "mLocal" mode
  20 //The different values are default, they can be set with environmental
  21 //variables: INDIR, PATTERN, NEVENT, respectivelly
  22 char * kInDir = "/user/data/files/";
  23 char * kPattern = ""; // Data are in files kInDir/kPattern+i
  24 Int_t kEvent = 1; // Number of files
  25 //---------------------------------------------------------------------------
  26 //Collection file for grid analysis
  27 char * kXML = "collection.xml";
  28 //---------------------------------------------------------------------------
  29 //Scale histograms from file. Change to kTRUE when xsection file exists
  30 //Put name of file containing xsection
  31 //Put number of events per ESD file
  32 //This is an specific case for normalization of Pythia files.
  33 const Bool_t kGetXSectionFromFileAndScale = kFALSE ;
  34 const char * kXSFileName = "pyxsec.root";
  35 const Int_t kNumberOfEventsPerFile = 100;
  36 //---------------------------------------------------------------------------
  37
  38 const Bool_t kMC = kTRUE; //With real data kMC = kFALSE
  39 const TString kInputData = "ESD";//ESD, AOD, MC
  40 TString kTreeName = "esdTree";
  41
  42 void ana(Int_t mode=mLocal, TString configName = "ConfigAnalysisPhoton")
  43 {
  44   // Main
  45
  46   //--------------------------------------------------------------------
  47   // Load analysis libraries
  48   // Look at the method below,
  49   // change whatever you need for your analysis case
  50   // ------------------------------------------------------------------
  51   LoadLibraries(mode) ;
  52
  53   //-------------------------------------------------------------------------------------------------
  54   //Create chain from ESD and from cross sections files, look below for options.
  55   //-------------------------------------------------------------------------------------------------
  56   if(kInputData == "ESD") kTreeName = "esdTree" ;
  57   else if(kInputData == "AOD") kTreeName = "aodTree" ;
  58   else if (kInputData == "MC") kTreeName = "TE" ;
  59   else {
  60     cout<<"Wrong  data type "<<kInputData<<endl;
  61     break;
  62   }
  63
  64   TChain *chain   = new TChain(kTreeName) ;
  65   TChain * chainxs = new TChain("Xsection") ;
  66   CreateChain(mode, chain, chainxs);
  67
  68   if(chain){
  69     AliLog::SetGlobalLogLevel(AliLog::kError);//Minimum prints on screen
  70
  71     //--------------------------------------
  72     // Make the analysis manager
  73     //-------------------------------------
  74     AliAnalysisManager *mgr  = new AliAnalysisManager("Manager", "Manager");
  75     // MC handler
  76     if(kMC || kInputData == "MC"){
  77       AliMCEventHandler* mcHandler = new AliMCEventHandler();
  78       mcHandler->SetReadTR(kFALSE);//Do not search TrackRef file
  79       mgr->SetMCtruthEventHandler(mcHandler);
  80     }
  81
  82     // AOD output handler
  83     AliAODHandler* aodoutHandler   = new AliAODHandler();
  84     aodoutHandler->SetOutputFileName("aod.root");
  85     //aodoutHandler->SetCreateNonStandardAOD();
  86     mgr->SetOutputEventHandler(aodoutHandler);
  87
  88     //input
  89     if(kInputData == "ESD"){
  90       // ESD handler
  91       AliESDInputHandler *esdHandler = new AliESDInputHandler();
  92       mgr->SetInputEventHandler(esdHandler);
  93     }
  94     if(kInputData == "AOD"){
  95       // AOD handler
  96       AliAODInputHandler *aodHandler = new AliAODInputHandler();
  97       mgr->SetInputEventHandler(aodHandler);
  98     }
  99
 100     //mgr->SetDebugLevel(-1); // For debugging, do not uncomment if you want no messages.
 101
 102     //-------------------------------------------------------------------------
 103     //Define task, put here any other task that you want to use.
 104     //-------------------------------------------------------------------------
 105     AliAnalysisTaskParticleCorrelation * taskpwg4 = new AliAnalysisTaskParticleCorrelation ("Particle");
 106     taskpwg4->SetConfigFileName(configName); //Default name is ConfigAnalysis
 107
 108     mgr->AddTask(taskpwg4);
 109
 110     // Create containers for input/output
 111     AliAnalysisDataContainer *cinput1 = mgr->CreateContainer("cchain",TChain::Class(),
 112                                                              AliAnalysisManager::kInputContainer);
 113     AliAnalysisDataContainer *coutput1 = mgr->CreateContainer("tree", TTree::Class(),
 114                                                               AliAnalysisManager::kOutputContainer, "default");
 115     AliAnalysisDataContainer *coutput2 = mgr->CreateContainer("histos", TList::Class(),
 116                                                               AliAnalysisManager::kOutputContainer, "histos.root");
 117
 118     mgr->ConnectInput  (taskpwg4,     0, cinput1);
 119     mgr->ConnectOutput (taskpwg4,     0, coutput1 );
 120     mgr->ConnectOutput (taskpwg4,     1, coutput2 );
 121
 122     //------------------------
 123     //Scaling task
 124     //-----------------------
 125     Int_t nfiles = chainxs->GetEntries();
 126     //cout<<"Get? "<<kGetXSectionFromFileAndScale<<" nfiles "<<nfiles<<endl;
 127     if(kGetXSectionFromFileAndScale && nfiles > 0){
 128       //cout<<"Init AnaScale"<<endl;
 129       //Get the cross section
 130       Double_t xsection=0;
 131       Float_t ntrials = 0;
 132       GetAverageXsection(chainxs, xsection, ntrials);
 133
 134       AliAnaScale * scale = new AliAnaScale("scale") ;
 135       scale->Set(xsection/ntrials/kNumberOfEventsPerFile/nfiles) ;
 136       scale->MakeSumw2(kFALSE);//If you want histograms with error bars set to kTRUE
 137       //scale->SetDebugLevel(2);
 138       mgr->AddTask(scale);
 139
 140       AliAnalysisDataContainer *coutput3 = mgr->CreateContainer("histosscaled", TList::Class(),
 141                                                                 AliAnalysisManager::kOutputContainer, "histosscaled.root");
 142       mgr->ConnectInput  (scale,     0, coutput2);
 143       mgr->ConnectOutput (scale,     0, coutput3 );
 144     }
 145
 146     //-----------------------
 147     // Run the analysis
 148     //-----------------------
 149     TString smode = "";
 150     if (mode==mLocal || mode == mLocalCAF)
 151       smode = "local";
 152     else if (mode==mPROOF)
 153       smode = "proof";
 154     else if (mode==mGRID)
 155       smode = "grid";
 156
 157     mgr->InitAnalysis();
 158     mgr->PrintStatus();
 159     mgr->StartAnalysis(smode.Data(),chain);
 160
 161 cout <<" Analysis ended sucessfully "<< endl ;
 162
 163   }
 164   else cout << "Chain was not produced ! "<<endl;
 165
 166 }
 167
 168 void  LoadLibraries(const anaModes mode) {
 169
 170   //--------------------------------------
 171   // Load the needed libraries most of them already loaded by aliroot
 172   //--------------------------------------
 173   gSystem->Load("libTree.so");
 174   gSystem->Load("libGeom.so");
 175   gSystem->Load("libVMC.so");
 176   gSystem->Load("libXMLIO.so");
 177
 178   //----------------------------------------------------------
 179   // >>>>>>>>>>> Local mode <<<<<<<<<<<<<<
 180   //----------------------------------------------------------
 181   if (mode==mLocal || mode == mLocalCAF || mode == mGRID) {
 182     //--------------------------------------------------------
 183     // If you want to use already compiled libraries
 184     // in the aliroot distribution
 185     //--------------------------------------------------------
 186     //gSystem->Load("libSTEERBase");
 187     //gSystem->Load("libESD");
 188     //gSystem->Load("libAOD");
 189     //gSystem->Load("libANALYSIS");
 190     //gSystem->Load("libANALYSISalice");
 191     //gSystem->Load("libPHOSUtils");
 192     //gSystem->Load("libPWG4PartCorrBase");
 193     //gSystem->Load("libPWG4PartCorrDep");
 194
 195     //--------------------------------------------------------
 196     //If you want to use root and par files from aliroot
 197     //--------------------------------------------------------
 198     SetupPar("STEERBase");
 199     SetupPar("ESD");
 200     SetupPar("AOD");
 201     SetupPar("ANALYSIS");
 202     SetupPar("ANALYSISalice");
 203 //If your analysis needs PHOS geometry uncomment following lines
 204 //      SetupPar("PHOSUtils");
 205 //      //Create Geometry
 206 //    TGeoManager::Import("geometry.root") ; //need file "geometry.root" in local dir!!!!
 207      SetupPar("PWG4PartCorrBase");
 208      SetupPar("PWG4PartCorrDep");
 209   }
 210
 211   //---------------------------------------------------------
 212   // <<<<<<<<<< PROOF mode >>>>>>>>>>>>
 213   //---------------------------------------------------------
 214   else if (mode==mPROOF) {
 215     //
 216     // Connect to proof
 217     // Put appropriate username here
 218     // TProof::Reset("proof://mgheata@lxb6046.cern.ch");
 219     TProof::Open("proof://mgheata@lxb6046.cern.ch");
 220
 221     //    gProof->ClearPackages();
 222     //    gProof->ClearPackage("ESD");
 223     //    gProof->ClearPackage("AOD");
 224     //    gProof->ClearPackage("ANALYSIS");
 225     //    gProof->ClearPackage("PWG4PartCorrBase");
 226     //    gProof->ClearPackage("PWG4PartCorrDep");
 227
 228     // Enable the STEERBase Package
 229     gProof->UploadPackage("STEERBase.par");
 230     gProof->EnablePackage("STEERBase");
 231     // Enable the ESD Package
 232     gProof->UploadPackage("ESD.par");
 233     gProof->EnablePackage("ESD");
 234     // Enable the AOD Package
 235     gProof->UploadPackage("AOD.par");
 236     gProof->EnablePackage("AOD");
 237     // Enable the Analysis Package
 238     gProof->UploadPackage("ANALYSIS.par");
 239     gProof->EnablePackage("ANALYSIS");
 240         // Enable the PHOS geometry Package
 241     //gProof->UploadPackage("PHOSUtils.par");
 242     //gProof->EnablePackage("PHOSUtils");
 243     // Enable PartCorr analysis
 244     gProof->UploadPackage("PWG4PartCorrBase.par");
 245     gProof->EnablePackage("PWG4PartCorrBase");
 246         gProof->UploadPackage("PWG4PartCorrDep.par");
 247     gProof->EnablePackage("PWG4PartCorrDep");
 248     gProof->ShowEnabledPackages();
 249   }
 250
 251 }
 252
 253 void SetupPar(char* pararchivename)
 254 {
 255   //Load par files, create analysis libraries
 256   //For testing, if par file already decompressed and modified
 257   //classes then do not decompress.
 258
 259   TString cdir(Form("%s", gSystem->WorkingDirectory() )) ;
 260   TString parpar(Form("%s.par", pararchivename)) ;
 261   if ( gSystem->AccessPathName(parpar.Data()) ) {
 262     gSystem->ChangeDirectory(gSystem->Getenv("ALICE_ROOT")) ;
 263     TString processline(Form(".! make %s", parpar.Data())) ;
 264     gROOT->ProcessLine(processline.Data()) ;
 265     gSystem->ChangeDirectory(cdir) ;
 266     processline = Form(".! mv $ALICE_ROOT/%s .", parpar.Data()) ;
 267     gROOT->ProcessLine(processline.Data()) ;
 268   }
 269   if ( gSystem->AccessPathName(pararchivename) ) {
 270     TString processline = Form(".! tar xvzf %s",parpar.Data()) ;
 271     gROOT->ProcessLine(processline.Data());
 272   }
 273
 274   TString ocwd = gSystem->WorkingDirectory();
 275   gSystem->ChangeDirectory(pararchivename);
 276
 277   // check for BUILD.sh and execute
 278   if (!gSystem->AccessPathName("PROOF-INF/BUILD.sh")) {
 279     printf("*******************************\n");
 280     printf("*** Building PAR archive    ***\n");
 281     cout<<pararchivename<<endl;
 282     printf("*******************************\n");
 283
 284     if (gSystem->Exec("PROOF-INF/BUILD.sh")) {
 285       Error("runProcess","Cannot Build the PAR Archive! - Abort!");
 286       return -1;
 287     }
 288   }
 289   // check for SETUP.C and execute
 290   if (!gSystem->AccessPathName("PROOF-INF/SETUP.C")) {
 291     printf("*******************************\n");
 292     printf("*** Setup PAR archive       ***\n");
 293     cout<<pararchivename<<endl;
 294     printf("*******************************\n");
 295     gROOT->Macro("PROOF-INF/SETUP.C");
 296   }
 297
 298   gSystem->ChangeDirectory(ocwd.Data());
 299   printf("Current dir: %s\n", ocwd.Data());
 300 }
 301
 302
 303
 304 void CreateChain(const anaModes mode, TChain * chain, TChain * chainxs){
 305   //Fills chain with data
 306   TString ocwd = gSystem->WorkingDirectory();
 307
 308   //-----------------------------------------------------------
 309   //Analysis of CAF data locally and with PROOF
 310   //-----------------------------------------------------------
 311   if(mode ==mPROOF || mode ==mLocalCAF){
 312     // Chain from CAF
 313     gROOT->LoadMacro("$ALICE_ROOT/PWG0/CreateESDChain.C");
 314     // The second parameter is the number of input files in the chain
 315     chain = CreateESDChain("ESD12001.txt", 5);
 316   }
 317
 318   //---------------------------------------
 319   //Local files analysis
 320   //---------------------------------------
 321   else if(mode == mLocal){
 322     //If you want to add several ESD files sitting in a common directory INDIR
 323     //Specify as environmental variables the directory (INDIR), the number of files
 324     //to analyze (NEVENT) and the pattern name of the directories with files (PATTERN)
 325
 326     if(gSystem->Getenv("INDIR"))
 327       kInDir = gSystem->Getenv("INDIR") ;
 328     else cout<<"INDIR not set, use default: "<<kInDir<<endl;
 329
 330     if(gSystem->Getenv("PATTERN"))
 331       kPattern = gSystem->Getenv("PATTERN") ;
 332     else  cout<<"PATTERN not set, use default: "<<kPattern<<endl;
 333
 334     if(gSystem->Getenv("NEVENT"))
 335       kEvent = atoi(gSystem->Getenv("NEVENT")) ;
 336     else cout<<"NEVENT not set, use default: "<<kEvent<<endl;
 337
 338     //Check if env variables are set and are correct
 339     if ( kInDir  && kEvent) {
 340       printf("Get %d files from directory %s\n",kEvent,kInDir);
 341       if ( ! gSystem->cd(kInDir) ) {//check if ESDs directory exist
 342         printf("%s does not exist\n", kInDir) ;
 343         return ;
 344       }
 345       cout<<"INDIR : "<<kInDir<<endl;
 346       cout<<"NEVENT : "<<kEvent<<endl;
 347       cout<<"PATTERN: " <<kPattern<<endl;
 348
 349       TString datafile="";
 350       if(kInputData == "ESD") datafile = "AliESDs.root" ;
 351       else if(kInputData == "AOD") datafile = "aod.root" ;
 352       else if(kInputData == "MC")  datafile = "galice.root" ;
 353
 354       //Loop on ESD files, add them to chain
 355       Int_t event =0;
 356       Int_t skipped=0 ;
 357       char file[120] ;
 358       char filexs[120] ;
 359
 360       for (event = 0 ; event < kEvent ; event++) {
 361         sprintf(file, "%s/%s%d/%s", kInDir,kPattern,event,datafile.Data()) ;
 362         sprintf(filexs, "%s/%s%d/%s", kInDir,kPattern,event,kXSFileName) ;
 363         TFile * fESD = 0 ;
 364         //Check if file exists and add it, if not skip it
 365         if ( fESD = TFile::Open(file)) {
 366           if ( fESD->Get(kTreeName) ) {
 367             printf("++++ Adding %s\n", file) ;
 368             chain->AddFile(file);
 369             chainxs->Add(filexs) ;
 370           }
 371         }
 372         else {
 373           printf("---- Skipping %s\n", file) ;
 374           skipped++ ;
 375         }
 376       }
 377       printf("number of entries # %lld, skipped %d\n", chain->GetEntries(), skipped*100) ;
 378     }
 379     else {
 380       TString input = "AliESDs.root" ;
 381       cout<<">>>>>> No list added, take a single file <<<<<<<<< "<<input<<endl;
 382       chain->AddFile(input);
 383     }
 384
 385   }// local files analysis
 386
 387   //------------------------------
 388   //GRID xml files
 389   //-----------------------------
 390   else if(mode == mGRID){
 391     //Get colection file. It is specified by the environmental
 392     //variable XML
 393
 394     if(gSystem->Getenv("XML") )
 395       kXML = gSystem->Getenv("XML");
 396     else
 397       sprintf(kXML, "collection.xml") ;
 398
 399     if (!TFile::Open(kXML)) {
 400       printf("No collection file with name -- %s -- was found\n",kXML);
 401       return ;
 402     }
 403     else cout<<"XML file "<<kXML<<endl;
 404
 405     //Load necessary libraries and connect to the GRID
 406     gSystem->Load("libNetx.so") ;
 407     gSystem->Load("libRAliEn.so");
 408     TGrid::Connect("alien://") ;
 409
 410     //Feed Grid with collection file
 411     //TGridCollection * collection =  (TGridCollection*)gROOT->ProcessLine(Form("TAlienCollection::Open(\"%s\", 0)", kXML));
 412     TGridCollection * collection = (TGridCollection*) TAlienCollection::Open(kXML);
 413     if (! collection) {
 414       AliError(Form("%s not found", kXML)) ;
 415       return kFALSE ;
 416     }
 417     TGridResult* result = collection->GetGridResult("",0 ,0);
 418
 419     // Makes the ESD chain
 420     printf("*** Getting the Chain       ***\n");
 421     for (Int_t index = 0; index < result->GetEntries(); index++) {
 422       TString alienURL = result->GetKey(index, "turl") ;
 423       cout << "================== " << alienURL << endl ;
 424       chain->Add(alienURL) ;
 425       alienURL.ReplaceAll("AliESDs.root",kXSFileName);
 426       chainxs->Add(alienURL) ;
 427     }
 428   }// xml analysis
 429
 430   gSystem->ChangeDirectory(ocwd.Data());
 431 }
 432
 433 //________________________________________________
 434 void GetAverageXsection(TTree * tree, Double_t & xs, Float_t & ntr)
 435 {
 436   // Read the PYTHIA statistics from the file pyxsec.root created by
 437   // the function WriteXsection():
 438   // integrated cross section (xsection) and
 439   // the  number of Pyevent() calls (ntrials)
 440   // and calculate the weight per one event xsection/ntrials
 441   // The spectrum calculated by a user should be
 442   // multiplied by this weight, something like this:
 443   // TH1F *userSpectrum ... // book and fill the spectrum
 444   // userSpectrum->Scale(weight)
 445   //
 446   // Yuri Kharlov 19 June 2007
 447   // Gustavo Conesa 15 April 2008
 448   Double_t xsection = 0;
 449   UInt_t    ntrials = 0;
 450   xs = 0;
 451   ntr = 0;
 452
 453   Int_t nfiles =  tree->GetEntries()  ;
 454   if (tree && nfiles > 0) {
 455     tree->SetBranchAddress("xsection",&xsection);
 456     tree->SetBranchAddress("ntrials",&ntrials);
 457     for(Int_t i = 0; i < nfiles; i++){
 458       tree->GetEntry(i);
 459       xs += xsection ;
 460       ntr += ntrials ;
 461       cout << "xsection " <<xsection<<" ntrials "<<ntrials<<endl;
 462     }
 463
 464     xs =   xs /  nfiles;
 465     ntr =  ntr / nfiles;
 466     cout << "-----------------------------------------------------------------"<<endl;
 467     cout << "Average of "<< nfiles<<" files: xsection " <<xs<<" ntrials "<<ntr<<endl;
 468     cout << "-----------------------------------------------------------------"<<endl;
 469   }
 470   else cout << " >>>> Empty tree !!!! <<<<< "<<endl;
 471
 472 }
 473
 474
 475