New more general analysis implemention for particle identification and correlation...
[u/mrichter/AliRoot.git] / PWG4 / macros / anaExampleTask.C
1 /* $Id: anaGammaAnalysis.C 25095 2008-04-11 12:54:47Z schutz $ */
2 /* $Log$
3 /* Revision 1.2  2007/12/13 09:45:45  gustavo
4 /* Scaling option and more comentaries added
5 /*
6 /* Revision 1.1  2007/12/07 14:13:02  gustavo
7 /* Example macros for execution and configuration of the analysis
8 /* */
9
10 //---------------------------------------------------
11 // Example macro to do analysis with the 
12 // AliAnalysisTaksSE
13 // Can be executed with Root and AliRoot
14 //
15 // Pay attention to the options and definitions
16 // set in the lines below
17 //
18 //  Author : Gustavo Conesa Balbastre (INFN-LNF)
19 //
20 //-------------------------------------------------
21 enum anaModes {mLocal, mLocalCAF,mPROOF,mGRID};
22 //mLocal: Analyze locally files in your computer
23 //mLocalCAF: Analyze locally CAF files
24 //mPROOF: Analyze CAF files with PROOF
25
26 //---------------------------------------------------------------------------
27 //Settings to read locally several files, only for "mLocal" mode
28 //The different values are default, they can be set with environmental 
29 //variables: INDIR, PATTERN, NEVENT, respectivelly
30 char * kInDir = "/user/data"; 
31 char * kPattern = ""; // Data are in diles /data/Run0, 
32 // /Data/Run1 ...
33 Int_t kEvent = 1; // Number of files
34 //---------------------------------------------------------------------------
35 //Collection file for grid analysis
36 char * kXML = "collection.xml";
37 //---------------------------------------------------------------------------
38 //Scale histograms from file. Change to kTRUE when xsection file exists
39 //Put name of file containing xsection 
40 //Put number of events per ESD file
41 //This is an specific case for normalization of Pythia files.
42 const Bool_t kGetXSectionFromFileAndScale = kFALSE ;
43 const char * kXSFileName = "pyxsec.root";
44 const Int_t kNumberOfEventsPerFile = 100; 
45 //---------------------------------------------------------------------------
46
47 const Bool_t kMC = kTRUE; //With real data kMC = kFALSE
48 const TString kInputData = "ESD";
49
50 void anaExampleTask(Int_t mode=mLocal)
51 {
52   // Main
53
54   //--------------------------------------------------------------------
55   // Load analysis libraries
56   // Look at the method below, 
57   // change whatever you need for your analysis case
58   // ------------------------------------------------------------------
59   LoadLibraries(mode) ;
60   
61   //-------------------------------------------------------------------------------------------------
62   //Create chain from ESD and from cross sections files, look below for options.
63   //------------------------------------------------------------------------------------------------- 
64   TChain *chain   = new TChain("esdTree") ;
65   TChain * chainxs = new TChain("Xsection") ;
66   CreateChain(mode, chain, chainxs);  
67
68   if(chain){
69     AliLog::SetGlobalLogLevel(AliLog::kError);//Minimum prints on screen
70     
71     //--------------------------------------
72     // Make the analysis manager
73     //-------------------------------------
74     AliAnalysisManager *mgr  = new AliAnalysisManager("Manager", "Manager");
75     // MC handler
76     if(kMC){
77       AliMCEventHandler* mcHandler = new AliMCEventHandler();
78       mgr->SetMCtruthEventHandler(mcHandler);
79     }
80
81     // AOD output handler
82     AliAODHandler* aodoutHandler   = new AliAODHandler();
83     aodoutHandler->SetOutputFileName("aod.root");
84     //aodoutHandler->SetCreateNonStandardAOD();
85     mgr->SetOutputEventHandler(aodoutHandler);
86     
87     //input
88     if(kInputData == "ESD"){
89       // ESD handler
90       AliESDInputHandler *esdHandler = new AliESDInputHandler();
91       mgr->SetInputEventHandler(esdHandler);
92     }
93     if(kInputData == "AOD"){
94       // AOD handler
95       AliAODInputHandler *aodHandler = new AliAODInputHandler();
96       mgr->SetInputEventHandler(aodHandler);
97     }
98
99     //mgr->SetDebugLevel(10); // For debugging
100
101     //-------------------------------------------------------------------------
102     //Define task, put here any other task that you want to use.
103     //-------------------------------------------------------------------------
104     AliAnalysisTaskPHOSExample * taskex = new AliAnalysisTaskPHOSExample ("Gamma");
105     mgr->AddTask(taskex);
106     
107     // Create containers for input/output
108     AliAnalysisDataContainer *cinput1 = mgr->CreateContainer("cchain",TChain::Class(), 
109                                                              AliAnalysisManager::kInputContainer);
110     AliAnalysisDataContainer *coutput1 = mgr->CreateContainer("tree", TTree::Class(),
111                                                               AliAnalysisManager::kOutputContainer, "default");
112     AliAnalysisDataContainer *coutput2 = mgr->CreateContainer("histos", TList::Class(),
113                                                               AliAnalysisManager::kOutputContainer, "histos.root");
114     
115     mgr->ConnectInput  (taskex,     0, cinput1);
116     mgr->ConnectOutput (taskex,     0, coutput1 );
117     mgr->ConnectOutput (taskex,     1, coutput2 );
118   
119     //------------------------  
120     //Scaling task
121     //-----------------------
122     Int_t nfiles = chainxs->GetEntries();
123     if(kGetXSectionFromFileAndScale && nfiles > 0){
124       //Get the cross section
125       Double_t xsection=0; 
126       Float_t ntrials = 0;
127       GetAverageXsection(chainxs, xsection, ntrials);
128       
129       AliAnaScale * scale = new AliAnaScale("scale") ;
130       scale->Set(xsection/ntrials/kNumberOfEventsPerFile/nfiles) ;
131       mgr->AddTask(scale);
132       
133       AliAnalysisDataContainer *coutput3 = mgr->CreateContainer("histosscaled", TList::Class(),
134                                                                 AliAnalysisManager::kOutputContainer, "gammahistosscaled.root");
135       mgr->ConnectInput  (scale,     0, coutput2);
136       mgr->ConnectOutput (scale,     0, coutput3 );
137     }
138     
139     //-----------------------
140     // Run the analysis
141     //-----------------------    
142     TString smode = "";
143     if (mode==mLocal || mode == mLocalCAF) 
144       smode = "local";
145     else if (mode==mPROOF) 
146       smode = "proof";
147     else if (mode==mGRID) 
148       smode = "grid";
149     
150     mgr->InitAnalysis();
151     mgr->PrintStatus();
152     mgr->StartAnalysis(smode.Data(),chain);
153   }
154   else cout << "Chain was not produced ! "<<endl;
155   
156 }
157
158 void  LoadLibraries(const anaModes mode) {
159   
160   //--------------------------------------
161   // Load the needed libraries most of them already loaded by aliroot
162   //--------------------------------------
163   gSystem->Load("libTree.so");
164   gSystem->Load("libGeom.so");
165   gSystem->Load("libVMC.so");
166   gSystem->Load("libXMLIO.so");
167   
168   //----------------------------------------------------------
169   // >>>>>>>>>>> Local mode <<<<<<<<<<<<<< 
170   //----------------------------------------------------------
171   if (mode==mLocal || mode == mLocalCAF || mode == mGRID) {
172     //--------------------------------------------------------
173     // If you want to use already compiled libraries 
174     // in the aliroot distribution
175     //--------------------------------------------------------
176     //gSystem->Load("libSTEERBase");
177     //gSystem->Load("libESD");
178     //gSystem->Load("libAOD");
179     //gSystem->Load("libANALYSIS");
180     //gSystem->Load("libANALYSISalice");
181     //gSystem->Load("libPWG4PartCorr");
182     
183     //--------------------------------------------------------
184     //If you want to use root and par files from aliroot
185     //--------------------------------------------------------  
186     SetupPar("STEERBase");
187     SetupPar("ESD");
188     SetupPar("AOD");
189     SetupPar("ANALYSIS");
190     SetupPar("ANALYSISalice");
191     SetupPar("PWG4PartCorr");
192     
193   }
194
195   //---------------------------------------------------------
196   // <<<<<<<<<< PROOF mode >>>>>>>>>>>>
197   //---------------------------------------------------------
198   else if (mode==mPROOF) {
199     //
200     // Connect to proof
201     // Put appropriate username here
202     // TProof::Reset("proof://mgheata@lxb6046.cern.ch"); 
203     TProof::Open("proof://mgheata@lxb6046.cern.ch");
204     
205     //    gProof->ClearPackages();
206     //    gProof->ClearPackage("ESD");
207     //    gProof->ClearPackage("AOD");
208     //    gProof->ClearPackage("ANALYSIS");   
209     //    gProof->ClearPackage("PWG4Gamma");
210     
211     // Enable the STEERBase Package
212     gProof->UploadPackage("STEERBase.par");
213     gProof->EnablePackage("STEERBase");
214     // Enable the ESD Package
215     gProof->UploadPackage("ESD.par");
216     gProof->EnablePackage("ESD");
217     // Enable the AOD Package
218     gProof->UploadPackage("AOD.par");
219     gProof->EnablePackage("AOD");
220     // Enable the Analysis Package
221     gProof->UploadPackage("ANALYSIS.par");
222     gProof->EnablePackage("ANALYSIS");
223     // Enable gamma jet analysis
224     gProof->UploadPackage("PWG4Gamma.par");
225     gProof->EnablePackage("PWG4Gamma");
226     //
227     gProof->ShowEnabledPackages();
228   }  
229   
230 }
231
232 void SetupPar(char* pararchivename)
233 {
234   //Load par files, create analysis libraries
235   //For testing, if par file already decompressed and modified
236   //classes then do not decompress.
237  
238   TString cdir(Form("%s", gSystem->WorkingDirectory() )) ; 
239   TString parpar(Form("%s.par", pararchivename)) ; 
240   if ( gSystem->AccessPathName(parpar.Data()) ) {
241     gSystem->ChangeDirectory(gSystem->Getenv("ALICE_ROOT")) ;
242     TString processline(Form(".! make %s", parpar.Data())) ; 
243     gROOT->ProcessLine(processline.Data()) ;
244     gSystem->ChangeDirectory(cdir) ; 
245     processline = Form(".! mv /tmp/%s .", parpar.Data()) ;
246     gROOT->ProcessLine(processline.Data()) ;
247   } 
248   if ( gSystem->AccessPathName(pararchivename) ) {  
249     TString processline = Form(".! tar xvzf %s",parpar.Data()) ;
250     gROOT->ProcessLine(processline.Data());
251   }
252   
253   TString ocwd = gSystem->WorkingDirectory();
254   gSystem->ChangeDirectory(pararchivename);
255   
256   // check for BUILD.sh and execute
257   if (!gSystem->AccessPathName("PROOF-INF/BUILD.sh")) {
258     printf("*******************************\n");
259     printf("*** Building PAR archive    ***\n");
260     cout<<pararchivename<<endl;
261     printf("*******************************\n");
262     
263     if (gSystem->Exec("PROOF-INF/BUILD.sh")) {
264       Error("runProcess","Cannot Build the PAR Archive! - Abort!");
265       return -1;
266     }
267   }
268   // check for SETUP.C and execute
269   if (!gSystem->AccessPathName("PROOF-INF/SETUP.C")) {
270     printf("*******************************\n");
271     printf("*** Setup PAR archive       ***\n");
272     cout<<pararchivename<<endl;
273     printf("*******************************\n");
274     gROOT->Macro("PROOF-INF/SETUP.C");
275   }
276   
277   gSystem->ChangeDirectory(ocwd.Data());
278   printf("Current dir: %s\n", ocwd.Data());
279 }
280
281
282
283 void CreateChain(const anaModes mode, TChain * chain, TChain * chainxs){
284   //Fills chain with data
285   TString ocwd = gSystem->WorkingDirectory();
286   
287   //-----------------------------------------------------------
288   //Analysis of CAF data locally and with PROOF
289   //-----------------------------------------------------------
290   if(mode ==mPROOF || mode ==mLocalCAF){
291     // Chain from CAF
292     gROOT->LoadMacro("$ALICE_ROOT/PWG0/CreateESDChain.C");
293     // The second parameter is the number of input files in the chain
294     chain = CreateESDChain("ESD12001.txt", 5);  
295   }
296   
297   //---------------------------------------
298   //Local files analysis
299   //---------------------------------------
300   else if(mode == mLocal){    
301     //If you want to add several ESD files sitting in a common directory INDIR
302     //Specify as environmental variables the directory (INDIR), the number of files 
303     //to analyze (NEVENT) and the pattern name of the directories with files (PATTERN)
304
305     if(gSystem->Getenv("INDIR"))  
306       kInDir = gSystem->Getenv("INDIR") ; 
307     else cout<<"INDIR not set, use default: "<<kInDir<<endl;    
308     
309     if(gSystem->Getenv("PATTERN"))   
310       kPattern = gSystem->Getenv("PATTERN") ; 
311     else  cout<<"PATTERN not set, use default: "<<kPattern<<endl;
312     
313     if(gSystem->Getenv("NEVENT"))
314       kEvent = atoi(gSystem->Getenv("NEVENT")) ;
315     else cout<<"NEVENT not set, use default: "<<kEvent<<endl;
316     
317     //Check if env variables are set and are correct
318     if ( kInDir  && kEvent) {
319       printf("Get %d files from directory %s\n",kEvent,kInDir);
320       if ( ! gSystem->cd(kInDir) ) {//check if ESDs directory exist
321         printf("%s does not exist\n", kInDir) ;
322         return ;
323       }
324       cout<<"INDIR : "<<kInDir<<endl;
325       cout<<"NEVENT : "<<kEvent<<endl;
326       cout<<"PATTERN: " <<kPattern<<endl;
327       
328       //Loop on ESD files, add them to chain
329       Int_t event =0;
330       Int_t skipped=0 ; 
331       char file[120] ;
332       char filexs[120] ;
333       
334       for (event = 0 ; event < kEvent ; event++) {
335         sprintf(file, "%s/%s%d/AliESDs.root", kInDir,kPattern,event) ; 
336         sprintf(filexs, "%s/%s%d/%s", kInDir,kPattern,event,kXSFileName) ; 
337         TFile * fESD = 0 ; 
338         //Check if file exists and add it, if not skip it
339         if ( fESD = TFile::Open(file)) {
340           if ( fESD->Get("esdTree") ) { 
341             printf("++++ Adding %s\n", file) ;
342             chain->AddFile(file);
343             chainxs->Add(filexs) ; 
344           }
345         }
346         else { 
347           printf("---- Skipping %s\n", file) ;
348           skipped++ ;
349         }
350       }
351       printf("number of entries # %lld, skipped %d\n", chain->GetEntries(), skipped*100) ;      
352     }
353     else {
354       TString input = "AliESDs.root" ;
355       cout<<">>>>>> No list added, take a single file <<<<<<<<< "<<input<<endl;
356       chain->AddFile(input);
357     }
358     
359   }// local files analysis
360   
361   //------------------------------
362   //GRID xml files
363   //-----------------------------
364   else if(mode == mGRID){
365     //Get colection file. It is specified by the environmental
366     //variable XML
367
368     if(gSystem->Getenv("XML") )
369       kXML = gSystem->Getenv("XML");
370     else
371       sprintf(kXML, "collection.xml") ; 
372     
373     if (!TFile::Open(kXML)) {
374       printf("No collection file with name -- %s -- was found\n",kXML);
375       return ;
376     }
377     else cout<<"XML file "<<kXML<<endl;
378
379     //Load necessary libraries and connect to the GRID
380     gSystem->Load("libNetx.so") ; 
381     gSystem->Load("libRAliEn.so"); 
382     TGrid::Connect("alien://") ;
383
384     //Feed Grid with collection file
385     //TGridCollection * collection =  (TGridCollection*)gROOT->ProcessLine(Form("TAlienCollection::Open(\"%s\", 0)", kXML));
386     TGridCollection * collection = (TGridCollection*) TAlienCollection::Open(kXML);
387     if (! collection) {
388       AliError(Form("%s not found", kXML)) ; 
389       return kFALSE ; 
390     }
391     TGridResult* result = collection->GetGridResult("",0 ,0);
392    
393     // Makes the ESD chain 
394     printf("*** Getting the Chain       ***\n");
395     for (Int_t index = 0; index < result->GetEntries(); index++) {
396       TString alienURL = result->GetKey(index, "turl") ; 
397       cout << "================== " << alienURL << endl ; 
398       chain->Add(alienURL) ; 
399       alienURL.ReplaceAll("AliESDs.root",kXSFileName);
400       chainxs->Add(alienURL) ; 
401     }
402   }// xml analysis
403   
404   gSystem->ChangeDirectory(ocwd.Data());
405 }
406
407 //________________________________________________
408 void GetAverageXsection(TTree * tree, Double_t & xs, Float_t & ntr)
409 {
410   // Read the PYTHIA statistics from the file pyxsec.root created by
411   // the function WriteXsection():
412   // integrated cross section (xsection) and
413   // the  number of Pyevent() calls (ntrials)
414   // and calculate the weight per one event xsection/ntrials
415   // The spectrum calculated by a user should be
416   // multiplied by this weight, something like this:
417   // TH1F *userSpectrum ... // book and fill the spectrum
418   // userSpectrum->Scale(weight)
419   //
420   // Yuri Kharlov 19 June 2007
421   // Gustavo Conesa 15 April 2008
422   Double_t xsection = 0;
423   UInt_t    ntrials = 0;
424   xs = 0;
425   ntr = 0;
426   
427   Int_t nfiles =  tree->GetEntries()  ;
428   if (tree && nfiles > 0) {
429     tree->SetBranchAddress("xsection",&xsection);
430     tree->SetBranchAddress("ntrials",&ntrials);
431     for(Int_t i = 0; i < nfiles; i++){
432       tree->GetEntry(i);
433       xs += xsection ;
434       ntr += ntrials ;
435       cout << "xsection " <<xsection<<" ntrials "<<ntrials<<endl; 
436     }
437     
438     xs =   xs /  nfiles;
439     ntr =  ntr / nfiles;
440     cout << "-----------------------------------------------------------------"<<endl;
441     cout << "Average of "<< nfiles<<" files: xsection " <<xs<<" ntrials "<<ntr<<endl; 
442     cout << "-----------------------------------------------------------------"<<endl;
443   } 
444   else cout << " >>>> Empty tree !!!! <<<<< "<<endl;
445   
446 }
447
448
449