Corrected analysis configuration and execution files after changes in PartCorr frame...
[u/mrichter/AliRoot.git] / PWG4 / macros / anaPartCorrJetAn.C
1 /* $Id:  $ */
2
3 //--------------------------------------------------
4 // Example macro to do analysis with the 
5 // analysis classes in PWG4PartCorr
6 // and JETAN at the same time
7 // Can be executed with Root and AliRoot
8 //
9 // Pay attention to the options and definitions
10 // set in the lines below
11 //
12 //  Author : Gustavo Conesa Balbastre (INFN-LNF)
13 //
14 //-------------------------------------------------
15 enum anaModes {mLocal, mLocalCAF,mPROOF,mGRID};
16 //mLocal: Analyze locally files in your computer
17 //mLocalCAF: Analyze locally CAF files
18 //mPROOF: Analyze CAF files with PROOF
19
20 //---------------------------------------------------------------------------
21 //Settings to read locally several files, only for "mLocal" mode
22 //The different values are default, they can be set with environmental 
23 //variables: INDIR, PATTERN, NEVENT, respectivelly
24 char * kInDir = "/user/data/files"; 
25 char * kPattern = ""; // Data are in files kInDir/kPattern+i
26 Int_t kEvent = 1; // Number of files
27 //---------------------------------------------------------------------------
28 //Collection file for grid analysis
29 char * kXML = "collection.xml";
30 //---------------------------------------------------------------------------
31 //Scale histograms from file. Change to kTRUE when xsection file exists
32 //Put name of file containing xsection 
33 //Put number of events per ESD file
34 //This is an specific case for normalization of Pythia files.
35 const Bool_t kGetXSectionFromFileAndScale = kFALSE ;
36 const char * kXSFileName = "pyxsec.root";
37 const Int_t kNumberOfEventsPerFile = 100; 
38 //---------------------------------------------------------------------------
39
40 const Bool_t kMC = kTRUE; //With real data kMC = kFALSE
41 const TString kInputData = "ESD";
42 void anaPartCorrJetAn(Int_t mode=mLocal, TString configName = "ConfigAnalysisGammaJetFinderCorrelation")
43 {
44   // Main
45
46   //--------------------------------------------------------------------
47   // Load analysis libraries
48   // Look at the method below, 
49   // change whatever you need for your analysis case
50   // ------------------------------------------------------------------
51   LoadLibraries(mode) ;
52   
53   //-------------------------------------------------------------------------------------------------
54   //Create chain from ESD and from cross sections files, look below for options.
55   //------------------------------------------------------------------------------------------------- 
56   TChain *chain   = new TChain("esdTree") ;
57   TChain * chainxs = new TChain("Xsection") ;
58   CreateChain(mode, chain, chainxs);  
59
60   if(chain){
61     AliLog::SetGlobalLogLevel(AliLog::kError);//Minimum prints on screen
62     
63     //--------------------------------------
64     // Make the analysis manager
65     //-------------------------------------
66     AliAnalysisManager *mgr  = new AliAnalysisManager("Manager", "Manager");
67     // MC handler
68     if(kMC){
69       AliMCEventHandler* mcHandler = new AliMCEventHandler();
70       mcHandler->SetReadTR(kFALSE);//Do not search TrackRef file
71       mgr->SetMCtruthEventHandler(mcHandler);
72     }
73
74     // AOD output handler
75     AliAODHandler* aodoutHandler   = new AliAODHandler();
76     aodoutHandler->SetOutputFileName("aod.root");
77     //aodoutHandler->SetCreateNonStandardAOD();
78     mgr->SetOutputEventHandler(aodoutHandler);
79     
80     //input
81     if(kInputData == "ESD"){
82       // ESD handler
83       AliESDInputHandler *esdHandler = new AliESDInputHandler();
84       mgr->SetInputEventHandler(esdHandler);
85     }
86     if(kInputData == "AOD"){
87       // AOD handler
88       AliAODInputHandler *aodHandler = new AliAODInputHandler();
89       mgr->SetInputEventHandler(aodHandler);
90     }
91
92    //mgr->SetDebugLevel(-1); // For debugging, uncomment for lots of messages
93
94     //-------------------------------------------------------------------------
95     //Define task, put here any other task that you want to use.
96     //-------------------------------------------------------------------------
97         
98     AliAnalysisTaskJets *jetana = new AliAnalysisTaskJets("JetAnalysis");
99     //jetana->SetDebugLevel(-1);
100     mgr->AddTask(jetana);
101         
102     AliAnalysisTaskParticleCorrelation * taskpwg4 = new AliAnalysisTaskParticleCorrelation ("Particle");
103     taskpwg4->SetConfigFileName(configName); //Default name is ConfigAnalysis
104         
105     mgr->AddTask(taskpwg4);
106     
107     // Create containers for input/output
108     AliAnalysisDataContainer *cinput1 = mgr->CreateContainer("cchain",TChain::Class(), 
109                                                              AliAnalysisManager::kInputContainer);
110     AliAnalysisDataContainer *coutput1 = mgr->CreateContainer("tree", TTree::Class(),
111                                                               AliAnalysisManager::kOutputContainer, "default");
112     AliAnalysisDataContainer *coutput2 = mgr->CreateContainer("corrhistos", TList::Class(),
113                                                               AliAnalysisManager::kOutputContainer, "histos.root");
114     
115     AliAnalysisDataContainer *coutput3 = mgr->CreateContainer("jethistos", TList::Class(),
116                                                               AliAnalysisManager::kOutputContainer, "histos.root");
117         
118     mgr->ConnectInput  (taskpwg4,     0, cinput1);
119     mgr->ConnectOutput (taskpwg4,     0, coutput1 );
120     mgr->ConnectOutput (taskpwg4,     1, coutput2 );
121         
122     mgr->ConnectInput  (jetana,     0, cinput1);
123     mgr->ConnectOutput (jetana,     0, coutput1 );
124     mgr->ConnectOutput (jetana,     1, coutput3 );
125
126     //------------------------  
127     //Scaling task
128     //-----------------------
129     Int_t nfiles = chainxs->GetEntries();
130     //cout<<"Get? "<<kGetXSectionFromFileAndScale<<" nfiles "<<nfiles<<endl;
131     if(kGetXSectionFromFileAndScale && nfiles > 0){
132       //cout<<"Init AnaScale"<<endl;
133       //Get the cross section
134       Double_t xsection=0; 
135       Float_t ntrials = 0;
136       GetAverageXsection(chainxs, xsection, ntrials);
137       
138       AliAnaScale * scale = new AliAnaScale("scale") ;
139       scale->Set(xsection/ntrials/kNumberOfEventsPerFile/nfiles) ;
140       scale->MakeSumw2(kFALSE);
141       scale->SetDebugLevel(2);
142       mgr->AddTask(scale);
143       
144       AliAnalysisDataContainer *coutput4 = mgr->CreateContainer("corrhistosscaled", TList::Class(),
145                                                                 AliAnalysisManager::kOutputContainer, "histosscaled.root");
146       mgr->ConnectInput  (scale,     0, coutput2);
147       mgr->ConnectOutput (scale,     0, coutput4 );
148           
149       AliAnaScale * scalejet = new AliAnaScale("scalejet") ;
150       scalejet->Set(xsection/ntrials/kNumberOfEventsPerFile/nfiles) ;
151       scalejet->MakeSumw2(kFALSE);
152       //scalejet->SetDebugLevel(2);
153       mgr->AddTask(scalejet);
154       
155       AliAnalysisDataContainer *coutput5 = mgr->CreateContainer("jethistosscaled", TList::Class(),
156                                                                 AliAnalysisManager::kOutputContainer, "histosscaled.root");
157       mgr->ConnectInput  (scalejet,     0, coutput3);
158       mgr->ConnectOutput (scalejet,     0, coutput5 );    
159     }
160     
161     //-----------------------
162     // Run the analysis
163     //-----------------------    
164     TString smode = "";
165     if (mode==mLocal || mode == mLocalCAF) 
166       smode = "local";
167     else if (mode==mPROOF) 
168       smode = "proof";
169     else if (mode==mGRID) 
170       smode = "grid";
171     
172     mgr->InitAnalysis();
173     mgr->PrintStatus();
174     mgr->StartAnalysis(smode.Data(),chain);
175
176 cout <<" Analysis ended sucessfully "<< endl ;
177
178   }
179   else cout << "Chain was not produced ! "<<endl;
180   
181 }
182
183 void  LoadLibraries(const anaModes mode) {
184   
185   //--------------------------------------
186   // Load the needed libraries most of them already loaded by aliroot
187   //--------------------------------------
188   gSystem->Load("libTree.so");
189   gSystem->Load("libGeom.so");
190   gSystem->Load("libVMC.so");
191   gSystem->Load("libXMLIO.so");
192   
193   //----------------------------------------------------------
194   // >>>>>>>>>>> Local mode <<<<<<<<<<<<<< 
195   //----------------------------------------------------------
196   if (mode==mLocal || mode == mLocalCAF || mode == mGRID) {
197     //--------------------------------------------------------
198     // If you want to use already compiled libraries 
199     // in the aliroot distribution
200     //--------------------------------------------------------
201     //gSystem->Load("libSTEERBase");
202     //gSystem->Load("libESD");
203     //gSystem->Load("libAOD");
204     //gSystem->Load("libANALYSIS");
205     //gSystem->Load("libANALYSISalice");
206     //gSystem->Load("libJETAN");
207     //gSystem->Load("libPHOSUtils");
208     //gSystem->Load("libPWG4PartCorrBase");
209     //gSystem->Load("libPWG4PartCorrDep");
210         
211     //--------------------------------------------------------
212     //If you want to use root and par files from aliroot
213     //--------------------------------------------------------  
214     SetupPar("STEERBase");
215     SetupPar("ESD");
216     SetupPar("AOD");
217     SetupPar("ANALYSIS");
218     SetupPar("ANALYSISalice");
219     SetupPar("JETAN");
220     //If your analysis needs PHOS geometry uncomment following lines
221 //      SetupPar("PHOSUtils");
222 //      //Create Geometry
223 //    TGeoManager::Import("geometry.root") ; //need file "geometry.root" in local dir!!!!
224     SetupPar("PWG4PartCorrBase");
225     SetupPar("PWG4PartCorrDep");
226     
227   }
228
229   //---------------------------------------------------------
230   // <<<<<<<<<< PROOF mode >>>>>>>>>>>>
231   //---------------------------------------------------------
232   else if (mode==mPROOF) {
233     //
234     // Connect to proof
235     // Put appropriate username here
236     // TProof::Reset("proof://mgheata@lxb6046.cern.ch"); 
237     TProof::Open("proof://mgheata@lxb6046.cern.ch");
238     
239     //    gProof->ClearPackages();
240     //    gProof->ClearPackage("ESD");
241     //    gProof->ClearPackage("AOD");
242     //    gProof->ClearPackage("ANALYSIS"); 
243     //    gProof->ClearPackage("JETAN");  
244     //    gProof->ClearPackage("PWG4PartCorrDep");
245     //    gProof->ClearPackage("PWG4PartCorrBase");
246     
247     // Enable the STEERBase Package
248     gProof->UploadPackage("STEERBase.par");
249     gProof->EnablePackage("STEERBase");
250     // Enable the ESD Package
251     gProof->UploadPackage("ESD.par");
252     gProof->EnablePackage("ESD");
253     // Enable the AOD Package
254     gProof->UploadPackage("AOD.par");
255     gProof->EnablePackage("AOD");
256     // Enable the Analysis Package
257     gProof->UploadPackage("ANALYSIS.par");
258     gProof->EnablePackage("ANALYSIS");
259     // Enable JETAN
260     gProof->UploadPackage("JETAN.par");
261     gProof->EnablePackage("JETAN");
262     // Enable PHOSUtils
263     //gProof->UploadPackage("PHOSUtils.par");
264     //gProof->EnablePackage("PHOSUtils");
265     // Enable PartCorr analysis
266     gProof->UploadPackage("PWG4PartCorrBase.par");
267     gProof->EnablePackage("PWG4PartCorrBase");
268     gProof->UploadPackage("PWG4PartCorrDep.par");
269     gProof->EnablePackage("PWG4PartCorrDep");
270     //
271     gProof->ShowEnabledPackages();
272   }  
273   
274 }
275
276 void SetupPar(char* pararchivename)
277 {
278   //Load par files, create analysis libraries
279   //For testing, if par file already decompressed and modified
280   //classes then do not decompress.
281  
282   TString cdir(Form("%s", gSystem->WorkingDirectory() )) ; 
283   TString parpar(Form("%s.par", pararchivename)) ; 
284   if ( gSystem->AccessPathName(parpar.Data()) ) {
285     gSystem->ChangeDirectory(gSystem->Getenv("ALICE_ROOT")) ;
286     TString processline(Form(".! make %s", parpar.Data())) ; 
287     gROOT->ProcessLine(processline.Data()) ;
288     gSystem->ChangeDirectory(cdir) ; 
289     processline = Form(".! mv $ALICE_ROOT/%s .", parpar.Data()) ;
290     gROOT->ProcessLine(processline.Data()) ;
291   } 
292   if ( gSystem->AccessPathName(pararchivename) ) {  
293     TString processline = Form(".! tar xvzf %s",parpar.Data()) ;
294     gROOT->ProcessLine(processline.Data());
295   }
296   
297   TString ocwd = gSystem->WorkingDirectory();
298   gSystem->ChangeDirectory(pararchivename);
299   
300   // check for BUILD.sh and execute
301   if (!gSystem->AccessPathName("PROOF-INF/BUILD.sh")) {
302     printf("*******************************\n");
303     printf("*** Building PAR archive    ***\n");
304     cout<<pararchivename<<endl;
305     printf("*******************************\n");
306     
307     if (gSystem->Exec("PROOF-INF/BUILD.sh")) {
308       Error("runProcess","Cannot Build the PAR Archive! - Abort!");
309       return -1;
310     }
311   }
312   // check for SETUP.C and execute
313   if (!gSystem->AccessPathName("PROOF-INF/SETUP.C")) {
314     printf("*******************************\n");
315     printf("*** Setup PAR archive       ***\n");
316     cout<<pararchivename<<endl;
317     printf("*******************************\n");
318     gROOT->Macro("PROOF-INF/SETUP.C");
319   }
320   
321   gSystem->ChangeDirectory(ocwd.Data());
322   printf("Current dir: %s\n", ocwd.Data());
323 }
324
325
326
327 void CreateChain(const anaModes mode, TChain * chain, TChain * chainxs){
328   //Fills chain with data
329   TString ocwd = gSystem->WorkingDirectory();
330   
331   //-----------------------------------------------------------
332   //Analysis of CAF data locally and with PROOF
333   //-----------------------------------------------------------
334   if(mode ==mPROOF || mode ==mLocalCAF){
335     // Chain from CAF
336     gROOT->LoadMacro("$ALICE_ROOT/PWG0/CreateESDChain.C");
337     // The second parameter is the number of input files in the chain
338     chain = CreateESDChain("ESD12001.txt", 5);  
339   }
340   
341   //---------------------------------------
342   //Local files analysis
343   //---------------------------------------
344   else if(mode == mLocal){    
345     //If you want to add several ESD files sitting in a common directory INDIR
346     //Specify as environmental variables the directory (INDIR), the number of files 
347     //to analyze (NEVENT) and the pattern name of the directories with files (PATTERN)
348
349     if(gSystem->Getenv("INDIR"))  
350       kInDir = gSystem->Getenv("INDIR") ; 
351     else cout<<"INDIR not set, use default: "<<kInDir<<endl;    
352     
353     if(gSystem->Getenv("PATTERN"))   
354       kPattern = gSystem->Getenv("PATTERN") ; 
355     else  cout<<"PATTERN not set, use default: "<<kPattern<<endl;
356     
357     if(gSystem->Getenv("NEVENT"))
358       kEvent = atoi(gSystem->Getenv("NEVENT")) ;
359     else cout<<"NEVENT not set, use default: "<<kEvent<<endl;
360     
361     //Check if env variables are set and are correct
362     if ( kInDir  && kEvent) {
363       printf("Get %d files from directory %s\n",kEvent,kInDir);
364       if ( ! gSystem->cd(kInDir) ) {//check if ESDs directory exist
365         printf("%s does not exist\n", kInDir) ;
366         return ;
367       }
368       cout<<"INDIR : "<<kInDir<<endl;
369       cout<<"NEVENT : "<<kEvent<<endl;
370       cout<<"PATTERN: " <<kPattern<<endl;
371       
372       //Loop on ESD files, add them to chain
373       Int_t event =0;
374       Int_t skipped=0 ; 
375       char file[120] ;
376       char filexs[120] ;
377       
378       for (event = 0 ; event < kEvent ; event++) {
379         sprintf(file, "%s/%s%d/AliESDs.root", kInDir,kPattern,event) ; 
380         sprintf(filexs, "%s/%s%d/%s", kInDir,kPattern,event,kXSFileName) ; 
381         TFile * fESD = 0 ; 
382         //Check if file exists and add it, if not skip it
383         if ( fESD = TFile::Open(file)) {
384           if ( fESD->Get("esdTree") ) { 
385             printf("++++ Adding %s\n", file) ;
386             chain->AddFile(file);
387             chainxs->Add(filexs) ; 
388           }
389         }
390         else { 
391           printf("---- Skipping %s\n", file) ;
392           skipped++ ;
393         }
394       }
395       printf("number of entries # %lld, skipped %d\n", chain->GetEntries(), skipped*100) ;      
396     }
397     else {
398       TString input = "AliESDs.root" ;
399       cout<<">>>>>> No list added, take a single file <<<<<<<<< "<<input<<endl;
400       chain->AddFile(input);
401     }
402     
403   }// local files analysis
404   
405   //------------------------------
406   //GRID xml files
407   //-----------------------------
408   else if(mode == mGRID){
409     //Get colection file. It is specified by the environmental
410     //variable XML
411
412     if(gSystem->Getenv("XML") )
413       kXML = gSystem->Getenv("XML");
414     else
415       sprintf(kXML, "collection.xml") ; 
416     
417     if (!TFile::Open(kXML)) {
418       printf("No collection file with name -- %s -- was found\n",kXML);
419       return ;
420     }
421     else cout<<"XML file "<<kXML<<endl;
422
423     //Load necessary libraries and connect to the GRID
424     gSystem->Load("libNetx.so") ; 
425     gSystem->Load("libRAliEn.so"); 
426     TGrid::Connect("alien://") ;
427
428     //Feed Grid with collection file
429     //TGridCollection * collection =  (TGridCollection*)gROOT->ProcessLine(Form("TAlienCollection::Open(\"%s\", 0)", kXML));
430     TGridCollection * collection = (TGridCollection*) TAlienCollection::Open(kXML);
431     if (! collection) {
432       AliError(Form("%s not found", kXML)) ; 
433       return kFALSE ; 
434     }
435     TGridResult* result = collection->GetGridResult("",0 ,0);
436    
437     // Makes the ESD chain 
438     printf("*** Getting the Chain       ***\n");
439     for (Int_t index = 0; index < result->GetEntries(); index++) {
440       TString alienURL = result->GetKey(index, "turl") ; 
441       cout << "================== " << alienURL << endl ; 
442       chain->Add(alienURL) ; 
443       alienURL.ReplaceAll("AliESDs.root",kXSFileName);
444       chainxs->Add(alienURL) ; 
445     }
446   }// xml analysis
447   
448   gSystem->ChangeDirectory(ocwd.Data());
449 }
450
451 //________________________________________________
452 void GetAverageXsection(TTree * tree, Double_t & xs, Float_t & ntr)
453 {
454   // Read the PYTHIA statistics from the file pyxsec.root created by
455   // the function WriteXsection():
456   // integrated cross section (xsection) and
457   // the  number of Pyevent() calls (ntrials)
458   // and calculate the weight per one event xsection/ntrials
459   // The spectrum calculated by a user should be
460   // multiplied by this weight, something like this:
461   // TH1F *userSpectrum ... // book and fill the spectrum
462   // userSpectrum->Scale(weight)
463   //
464   // Yuri Kharlov 19 June 2007
465   // Gustavo Conesa 15 April 2008
466   Double_t xsection = 0;
467   UInt_t    ntrials = 0;
468   xs = 0;
469   ntr = 0;
470   
471   Int_t nfiles =  tree->GetEntries()  ;
472   if (tree && nfiles > 0) {
473     tree->SetBranchAddress("xsection",&xsection);
474     tree->SetBranchAddress("ntrials",&ntrials);
475     for(Int_t i = 0; i < nfiles; i++){
476       tree->GetEntry(i);
477       xs += xsection ;
478       ntr += ntrials ;
479       cout << "xsection " <<xsection<<" ntrials "<<ntrials<<endl; 
480     }
481     
482     xs =   xs /  nfiles;
483     ntr =  ntr / nfiles;
484     cout << "-----------------------------------------------------------------"<<endl;
485     cout << "Average of "<< nfiles<<" files: xsection " <<xs<<" ntrials "<<ntr<<endl; 
486     cout << "-----------------------------------------------------------------"<<endl;
487   } 
488   else cout << " >>>> Empty tree !!!! <<<<< "<<endl;
489   
490 }
491
492
493