Changes for #94138: Port update in Ali*CaloCells to trunk and release
[u/mrichter/AliRoot.git] / PWGGA / EMCALTasks / AliAnalysisTaskEMCALClusterize.cxx
1 /**************************************************************************
2  * Copyright(c) 1998-1999, ALICE Experiment at CERN, All rights reserved. *
3  *                                                                        *
4  * Author: The ALICE Off-line Project.                                    *
5  * Contributors are mentioned in the code where appropriate.              *
6  *                                                                        *
7  * Permission to use, copy, modify and distribute this software and its   *
8  * documentation strictly for non-commercial purposes is hereby granted   *
9  * without fee, provided that the above copyright notice appears in all   *
10  * copies and that both the copyright notice and this permission notice   *
11  * appear in the supporting documentation. The authors make no claims     *
12  * about the suitability of this software for any purpose. It is          *
13  * provided "as is" without express or implied warranty.                  *
14  **************************************************************************/
15
16 //_________________________________________________________________________
17 // This analysis provides a new list of clusters to be used in other analysis
18 //
19 // Author: Gustavo Conesa Balbastre,
20 //         Adapted from analysis class from Deepa Thomas
21 //
22 //
23 //_________________________________________________________________________
24
25 // --- Root ---
26 #include <TString.h>
27 #include <TRefArray.h>
28 #include <TClonesArray.h>
29 #include <TTree.h>
30 #include <TGeoManager.h>
31 #include <TROOT.h>
32 #include <TInterpreter.h>
33 #include <TFile.h>
34
35 // --- AliRoot Analysis Steering
36 #include "AliAnalysisTask.h"
37 #include "AliAnalysisManager.h"
38 #include "AliESDEvent.h"
39 #include "AliGeomManager.h"
40 #include "AliVCaloCells.h"
41 #include "AliAODCaloCluster.h"
42 #include "AliCDBManager.h"
43 #include "AliCDBStorage.h"
44 #include "AliCDBEntry.h"
45 #include "AliLog.h"
46 #include "AliVEventHandler.h"
47 #include "AliAODInputHandler.h"
48 #include "AliOADBContainer.h"
49
50 // --- EMCAL
51 #include "AliEMCALAfterBurnerUF.h"
52 #include "AliEMCALGeometry.h"
53 #include "AliEMCALClusterizerNxN.h"
54 #include "AliEMCALClusterizerv1.h"
55 #include "AliEMCALClusterizerv2.h"
56 #include "AliEMCALRecPoint.h"
57 #include "AliEMCALDigit.h"
58 #include "AliCaloCalibPedestal.h"
59 #include "AliEMCALCalibData.h"
60
61 #include "AliAnalysisTaskEMCALClusterize.h"
62
63 ClassImp(AliAnalysisTaskEMCALClusterize)
64
65 //______________________________________________________________________________
66 AliAnalysisTaskEMCALClusterize::AliAnalysisTaskEMCALClusterize(const char *name) 
67 : AliAnalysisTaskSE(name)
68 , fEvent(0)
69 , fGeom(0),               fGeomName("") 
70 , fGeomMatrixSet(kFALSE), fLoadGeomMatrices(kFALSE)
71 , fCalibData(0),          fPedestalData(0)
72 , fOCDBpath(""),          fAccessOCDB(kFALSE)
73 , fDigitsArr(0),          fClusterArr(0),             fCaloClusterArr(0)
74 , fRecParam(0),           fClusterizer(0)
75 , fUnfolder(0),           fJustUnfold(kFALSE) 
76 , fOutputAODBranch(0),    fOutputAODBranchName("")
77 , fFillAODFile(kTRUE),    fFillAODHeader(0)
78 , fFillAODCaloCells(0),   fRun(-1)
79 , fRecoUtils(0),          fConfigName("")
80 , fCellLabels(),          fCellSecondLabels(),        fCellTime()
81 , fCellMatchdEta(),       fCellMatchdPhi()
82 , fMaxEvent(0),           fDoTrackMatching(kFALSE)
83 , fSelectCell(kFALSE),    fSelectCellMinE(0),         fSelectCellMinFrac(0)
84 , fRemoveLEDEvents(kTRUE), fRemoveExoticEvents(kFALSE)
85 , fImportGeometryFromFile(kFALSE), fImportGeometryFilePath("") 
86 , fOADBSet(kFALSE),       fAccessOADB(kTRUE),         fOADBFilePath("")           
87 {
88   // Constructor
89   
90   for(Int_t i = 0; i < 12;    i++)  fGeomMatrix[i] =  0;
91   for(Int_t j = 0; j < 24*48*11; j++)  
92   {
93     fCellLabels[j]       = -1;
94     fCellSecondLabels[j] = -1;
95     fCellTime[j]         =  0.;    
96     fCellMatchdEta[j]    = -999;
97     fCellMatchdPhi[j]    = -999;
98   }  
99   
100   
101 }
102
103 //______________________________________________________________
104 AliAnalysisTaskEMCALClusterize::AliAnalysisTaskEMCALClusterize() 
105 : AliAnalysisTaskSE("DefaultAnalysis_AliAnalysisTaskEMCALClusterize")
106 , fEvent(0)
107 , fGeom(0),                 fGeomName("") 
108 , fGeomMatrixSet(kFALSE),   fLoadGeomMatrices(kFALSE)
109 , fCalibData(0),            fPedestalData(0)
110 , fOCDBpath(""),            fAccessOCDB(kFALSE)
111 , fDigitsArr(0),            fClusterArr(0),             fCaloClusterArr(0)
112 , fRecParam(0),             fClusterizer(0)
113 , fUnfolder(0),             fJustUnfold(kFALSE) 
114 , fOutputAODBranch(0),      fOutputAODBranchName("")
115 , fFillAODFile(kTRUE),      fFillAODHeader(0)
116 , fFillAODCaloCells(0),     fRun(-1)
117 , fRecoUtils(0),            fConfigName("")
118 , fCellLabels(),            fCellSecondLabels(),        fCellTime()
119 , fCellMatchdEta(),         fCellMatchdPhi()
120 , fMaxEvent(0),             fDoTrackMatching(kFALSE)
121 , fSelectCell(kFALSE),      fSelectCellMinE(0),         fSelectCellMinFrac(0)
122 , fRemoveLEDEvents(kTRUE), fRemoveExoticEvents(kFALSE)
123 , fImportGeometryFromFile(kFALSE), fImportGeometryFilePath("")
124 , fOADBSet(kFALSE),         fAccessOADB(kTRUE),        fOADBFilePath("")           
125
126 {
127   // Constructor
128   
129   for(Int_t i = 0; i < 12;    i++)  fGeomMatrix[i] =  0;
130   for(Int_t j = 0; j < 24*48*11; j++)  
131   {
132     fCellLabels[j]       = -1;
133     fCellSecondLabels[j] = -1;
134     fCellTime[j]         =  0.; 
135     fCellMatchdEta[j]    = -999;
136     fCellMatchdPhi[j]    = -999;
137   }
138   
139 }
140
141
142 //_______________________________________________________________
143 AliAnalysisTaskEMCALClusterize::~AliAnalysisTaskEMCALClusterize()
144 {
145   //dtor 
146   
147   if (fDigitsArr)
148   {
149     fDigitsArr->Clear("C");
150     delete fDigitsArr; 
151   }
152   
153   if (fClusterArr)
154   {
155     fClusterArr->Delete();
156     delete fClusterArr;
157   }
158   
159   if (fCaloClusterArr)
160   {
161     fCaloClusterArr->Delete();
162     delete fCaloClusterArr; 
163   }
164   
165   if(fClusterizer) delete fClusterizer;
166   if(fUnfolder)    delete fUnfolder;   
167   if(fRecoUtils)   delete fRecoUtils;
168   
169 }
170
171 //_______________________________________________
172 void AliAnalysisTaskEMCALClusterize::AccessOADB()
173 {
174   // Set the AODB calibration, bad channels etc. parameters at least once
175   // alignment matrices from OADB done in SetGeometryMatrices
176   
177   //Set it only once
178   if(fOADBSet) return ; 
179   
180   Int_t   runnumber = InputEvent()->GetRunNumber() ;
181   TString pass      = GetPass();
182   
183   printf("AliAnalysisTaskEMCALClusterize::SetOADBParameters() - Get AODB parameters from EMCAL in %s for run %d, and <%s> \n",fOADBFilePath.Data(),runnumber,pass.Data());
184   
185   Int_t nSM = fGeom->GetNumberOfSuperModules();
186   
187   // Bad map
188   if(fRecoUtils->IsBadChannelsRemovalSwitchedOn())
189   {
190     AliOADBContainer *contBC=new AliOADBContainer("");
191     contBC->InitFromFile(Form("%s/EMCALBadChannels.root",fOADBFilePath.Data()),"AliEMCALBadChannels"); 
192     
193     TObjArray *arrayBC=(TObjArray*)contBC->GetObject(runnumber);
194     
195     if(arrayBC)
196     {
197       TObjArray * arrayBCpass = 0x0; 
198       if(pass!="")arrayBCpass = (TObjArray*)arrayBC->FindObject(pass);
199       // There are no passes for simulation, in order to get the bad map put pass1
200       else        arrayBCpass = (TObjArray*)arrayBC->FindObject("pass1");
201       
202       if(arrayBCpass)
203       {
204         fRecoUtils->SwitchOnDistToBadChannelRecalculation();
205         printf("AliAnalysisTaskEMCALClusterize::SetOADBParameters() - Remove EMCAL bad cells \n");
206         
207         for (Int_t i=0; i<nSM; ++i) 
208         {
209           TH2I *hbm = fRecoUtils->GetEMCALChannelStatusMap(i);
210           
211           if (hbm)
212             delete hbm;
213           
214           hbm=(TH2I*)arrayBCpass->FindObject(Form("EMCALBadChannelMap_Mod%d",i));
215           
216           if (!hbm) 
217           {
218             AliError(Form("Can not get EMCALBadChannelMap_Mod%d",i));
219             continue;
220           }
221           
222           hbm->SetDirectory(0);
223           fRecoUtils->SetEMCALChannelStatusMap(i,hbm);
224           
225         } // loop
226       } else printf("AliAnalysisTaskEMCALClusterize::SetOADBParameters() - Do NOT remove EMCAL bad channels 1\n"); // pass array
227     } else printf("AliAnalysisTaskEMCALClusterize::SetOADBParameters() - Do NOT remove EMCAL bad channels 2\n"); // run array
228   }  // Remove bad
229   
230   // Energy Recalibration
231   if(fRecoUtils->IsRecalibrationOn())
232   {
233     AliOADBContainer *contRF=new AliOADBContainer("");
234     
235     contRF->InitFromFile(Form("%s/EMCALRecalib.root",fOADBFilePath.Data()),"AliEMCALRecalib");
236     
237     TObjArray *recal=(TObjArray*)contRF->GetObject(runnumber); 
238     
239     if(recal)
240     {
241       TObjArray *recalpass=(TObjArray*)recal->FindObject(pass);
242       
243       if(recalpass)
244       {
245         TObjArray *recalib=(TObjArray*)recalpass->FindObject("Recalib");
246         
247         if(recalib)
248         {
249           printf("AliAnalysisTaskEMCALClusterize::SetOADBParameters() - Recalibrate EMCAL \n");
250           for (Int_t i=0; i<nSM; ++i) 
251           {
252             TH2F *h = fRecoUtils->GetEMCALChannelRecalibrationFactors(i);
253             
254             if (h)
255               delete h;
256             
257             h = (TH2F*)recalib->FindObject(Form("EMCALRecalFactors_SM%d",i));
258             
259             if (!h) 
260             {
261               AliError(Form("Could not load EMCALRecalFactors_SM%d",i));
262               continue;
263             }
264             
265             h->SetDirectory(0);
266             
267             fRecoUtils->SetEMCALChannelRecalibrationFactors(i,h);
268           } // SM loop
269         }else printf("AliAnalysisTaskEMCALClusterize::SetOADBParameters() - Do NOT recalibrate EMCAL 1\n"); // array ok
270       }else printf("AliAnalysisTaskEMCALClusterize::SetOADBParameters() - Do NOT recalibrate EMCAL 2\n"); // array pass ok
271     }else printf("AliAnalysisTaskEMCALClusterize::SetOADBParameters() - Do NOT recalibrate EMCAL 3\n");  // run number array ok
272     
273     // once set, apply run dependent corrections if requested
274     fRecoUtils->SetRunDependentCorrections(runnumber);
275     
276   } // Recalibration on
277   
278   
279   // Time Recalibration
280   if(fRecoUtils->IsTimeRecalibrationOn())
281   {
282     AliOADBContainer *contTRF=new AliOADBContainer("");
283     
284     contTRF->InitFromFile(Form("%s/EMCALTimeCalib.root",fOADBFilePath.Data()),"AliEMCALTimeCalib");
285     
286     TObjArray *trecal=(TObjArray*)contTRF->GetObject(runnumber); 
287     
288     if(trecal)
289     {
290       TObjArray *trecalpass=(TObjArray*)trecal->FindObject(pass);
291       
292       if(trecalpass)
293       {
294         printf("AliAnalysisTaskEMCALClusterize::SetOADBParameters() - Time Recalibrate EMCAL \n");
295         for (Int_t ibc = 0; ibc < 4; ++ibc) 
296         {
297           TH1F *h = fRecoUtils->GetEMCALChannelTimeRecalibrationFactors(ibc);
298           
299           if (h)
300             delete h;
301           
302           h = (TH1F*)trecalpass->FindObject(Form("hAllTimeAvBC%d",ibc));
303           
304           if (!h) 
305           {
306             AliError(Form("Could not load hAllTimeAvBC%d",ibc));
307             continue;
308           }
309           
310           h->SetDirectory(0);
311           
312           fRecoUtils->SetEMCALChannelTimeRecalibrationFactors(ibc,h);
313         } // bunch crossing loop
314       }else printf("AliAnalysisTaskEMCALClusterize::SetOADBParameters() - Do NOT recalibrate time EMCAL 1\n"); // array pass ok
315     }else printf("AliAnalysisTaskEMCALClusterize::SetOADBParameters() - Do NOT recalibrate time EMCAL 2\n");  // run number array ok
316     
317   } // Time recalibration on    
318   
319   // Parameters already set once, so do not it again
320   fOADBSet = kTRUE;
321   
322 }  
323
324 //_________________________________________________
325 Bool_t AliAnalysisTaskEMCALClusterize::AccessOCDB()
326 {
327   //Access to OCDB stuff
328   
329   fEvent = InputEvent();
330   if (!fEvent)
331   {
332     Warning("AccessOCDB","Event not available!!!");
333     return kFALSE;
334   }
335   
336   if (fEvent->GetRunNumber()==fRun)
337     return kTRUE;
338   fRun = fEvent->GetRunNumber();
339   
340   if(DebugLevel() > 1 )
341     printf("AliAnalysisTaksEMCALClusterize::AccessODCD() - Begin");
342   
343   AliCDBManager *cdb = AliCDBManager::Instance();
344   
345   
346   if (fOCDBpath.Length())
347   {
348     cdb->SetDefaultStorage(fOCDBpath.Data());
349     printf("AliAnalysisTaksEMCALClusterize::AccessOCDB() - Default storage %s",fOCDBpath.Data());
350   }
351   
352   cdb->SetRun(fEvent->GetRunNumber());
353   
354   //
355   // EMCAL from RAW OCDB
356   if (fOCDBpath.Contains("alien:"))
357   {
358     cdb->SetSpecificStorage("EMCAL/Calib/Data","alien://Folder=/alice/data/2010/OCDB");
359     cdb->SetSpecificStorage("EMCAL/Calib/Pedestals","alien://Folder=/alice/data/2010/OCDB");
360   }
361   
362   TString path = cdb->GetDefaultStorage()->GetBaseFolder();
363   
364   // init parameters:
365   
366   //Get calibration parameters  
367   if(!fCalibData)
368   {
369     AliCDBEntry *entry = (AliCDBEntry*) 
370     AliCDBManager::Instance()->Get("EMCAL/Calib/Data");
371     
372     if (entry) fCalibData =  (AliEMCALCalibData*) entry->GetObject();
373   }
374   
375   if(!fCalibData)
376     AliFatal("Calibration parameters not found in CDB!");
377   
378   //Get calibration parameters  
379   if(!fPedestalData)
380   {
381     AliCDBEntry *entry = (AliCDBEntry*) 
382     AliCDBManager::Instance()->Get("EMCAL/Calib/Pedestals");
383     
384     if (entry) fPedestalData =  (AliCaloCalibPedestal*) entry->GetObject();
385   }
386   
387   if(!fPedestalData)
388     AliFatal("Dead map not found in CDB!");
389   
390   return kTRUE;
391 }
392
393 //_____________________________________________________
394 void AliAnalysisTaskEMCALClusterize::CheckAndGetEvent()
395 {
396   // Get the input event, it can depend in embedded events what you want to get
397   // Also check if the quality of the event is good if not reject it
398   
399   fEvent = 0x0;
400   
401   AliAODInputHandler* aodIH = dynamic_cast<AliAODInputHandler*>((AliAnalysisManager::GetAnalysisManager())->GetInputEventHandler());
402   Int_t eventN = Entry();
403   if(aodIH) eventN = aodIH->GetReadEntry(); 
404   
405   if (eventN > fMaxEvent) 
406     return ;
407   
408   //printf("Clusterizer --- Event %d-- \n",eventN);
409   
410   //Check if input event are embedded events
411   //If so, take output event
412   if (aodIH && aodIH->GetMergeEvents()) 
413   {
414     fEvent  = AODEvent();
415     
416     if(!aodIH->GetMergeEMCALCells()) 
417       AliFatal("Events merged but not EMCAL cells, check analysis settings!");
418     
419     if(DebugLevel() > 1)
420     {
421       printf("AliAnalysisTaksEMCALClusterize::UserExec() - Use embedded events\n");
422       
423       printf("\t InputEvent  N Clusters %d, N Cells %d\n",InputEvent()->GetNumberOfCaloClusters(),
424              InputEvent()->GetEMCALCells()->GetNumberOfCells());
425       
426       printf("\t MergedEvent  N Clusters %d, N Cells %d\n",aodIH->GetEventToMerge()->GetNumberOfCaloClusters(),
427              aodIH->GetEventToMerge()->GetEMCALCells()->GetNumberOfCells());
428       
429       for (Int_t icl=0; icl < aodIH->GetEventToMerge()->GetNumberOfCaloClusters(); icl++) 
430       {
431         AliAODCaloCluster *sigCluster = aodIH->GetEventToMerge()->GetCaloCluster(icl);
432         if(sigCluster->IsEMCAL()) printf("\t \t Signal cluster: i %d, E  %f\n",icl,sigCluster->E());
433       }
434       
435       printf("\t OutputEvent N Clusters %d, N Cells %d\n", AODEvent()->GetNumberOfCaloClusters(),
436              AODEvent()->GetEMCALCells()->GetNumberOfCells());
437     }
438   }
439   else 
440   {
441     fEvent =  InputEvent();
442     if(fFillAODCaloCells) FillAODCaloCells();   
443     if(fFillAODHeader)    FillAODHeader();
444   }
445   
446   if (!fEvent) 
447   {
448     Error("UserExec","Event not available");
449     return ;
450   }
451   
452   //-------------------------------------------------------------------------------------
453   // Reject events if LED was firing, use only for LHC11a data 
454   // Reject event if triggered by exotic cell and remove exotic cells if not triggered
455   //-------------------------------------------------------------------------------------
456   
457   if( IsLEDEvent( InputEvent()->GetRunNumber() ) ) { fEvent = 0x0 ; return ; }
458   
459   if( IsExoticEvent() )                            { fEvent = 0x0 ; return ; }
460   
461   //Magic line to write events to AOD filem put after event rejection
462   AliAnalysisManager::GetAnalysisManager()->GetOutputEventHandler()->SetFillAOD(fFillAODFile);
463   
464 }
465
466 //____________________________________________________
467 void AliAnalysisTaskEMCALClusterize::ClusterizeCells()
468
469   // Recluster calocells, transform them into digits, 
470   // feed the clusterizer with them and get new list of clusters
471   
472   //In case of MC, first loop on the clusters and fill MC label to array  
473   Int_t nClusters     = fEvent->GetNumberOfCaloClusters();
474   Int_t nClustersOrg  = 0;
475   
476   AliAODInputHandler* aodIH = dynamic_cast<AliAODInputHandler*>((AliAnalysisManager::GetAnalysisManager())->GetInputEventHandler());
477   if(aodIH && aodIH->GetEventToMerge())  //Embedding
478     nClusters = aodIH->GetEventToMerge()->GetNumberOfCaloClusters(); //Get clusters directly from embedded signal
479   
480   for (Int_t i = 0; i < nClusters; i++)
481   {
482     AliVCluster *clus = 0;
483     if(aodIH && aodIH->GetEventToMerge()) //Embedding
484       clus = aodIH->GetEventToMerge()->GetCaloCluster(i); //Get clusters directly from embedded signal
485     else      
486       clus = fEvent->GetCaloCluster(i);
487     
488     if(!clus) return;
489     
490     if(clus->IsEMCAL())
491     {   
492       Int_t label = clus->GetLabel();
493       Int_t label2 = -1 ;
494       //printf("Org cluster E %f, Time  %e, Id = ", clus->E(), clus->GetTOF() );
495       if (clus->GetNLabels()>=2) label2 = clus->GetLabelAt(1) ;
496       UShort_t * index    = clus->GetCellsAbsId() ;
497       for(Int_t icell=0; icell < clus->GetNCells(); icell++ )
498       {
499         fCellLabels[index[icell]]       = label;
500         fCellSecondLabels[index[icell]] = label2;
501         fCellTime[index[icell]]         = clus->GetTOF();    
502         fCellMatchdEta[index[icell]]    = clus->GetTrackDz();
503         fCellMatchdPhi[index[icell]]    = clus->GetTrackDx();
504         //printf(" %d,", index[icell] );
505       }
506       nClustersOrg++;
507     }
508     // printf("\n");
509   } 
510   
511   // Transform CaloCells into Digits
512   
513   Int_t    idigit =  0;
514   Int_t    id     = -1;
515   Float_t  amp    = -1; 
516   Double_t time   = -1; 
517   
518   AliVCaloCells *cells   = fEvent->GetEMCALCells();
519   
520   Int_t bc = InputEvent()->GetBunchCrossNumber();
521   for (Int_t icell = 0; icell < cells->GetNumberOfCells(); icell++)
522   {
523     // Get cell values, recalibrate and not include bad channels found in analysis, nor cells with too low energy, nor exotic cell
524     id = cells->GetCellNumber(icell);
525     Bool_t accept = fRecoUtils->AcceptCalibrateCell(id,bc,amp,time,cells);
526     
527     // Do not include cells with too low energy, nor exotic cell
528     if(amp < fRecParam->GetMinECut() ) accept = kFALSE;
529     
530     // In case of AOD analysis cell time is 0, approximate replacing by time of the cluster the digit belongs.
531     if (time*1e9 < 1.) 
532     { 
533       time = fCellTime[id];
534       //printf("cell %d time org %f - ",id, time*1.e9);
535       fRecoUtils->RecalibrateCellTime(id,bc,time);
536       //printf("recal %f\n",time*1.e9);
537     }
538     
539     if(  accept && fRecoUtils->IsExoticCell(id,cells,bc))
540     {
541       accept = kFALSE;
542     }
543     
544     if( !accept )
545     {
546       fCellLabels[id]      =-1; //reset the entry in the array for next event
547       fCellSecondLabels[id]=-1; //reset the entry in the array for next event
548       fCellTime[id]        = 0.; 
549       fCellMatchdEta[id]   =-999;
550       fCellMatchdPhi[id]   =-999;
551       if( DebugLevel() > 2 )
552         printf("AliAnalysisTaksEMCALClusterize::ClusterizeCells() - Remove channel absId %d, index %d of %d, amp %f, time %f\n",
553                id,icell, cells->GetNumberOfCells(), amp, time*1.e9);
554       continue;
555     }
556     
557     //Create the digit, put a fake primary deposited energy to trick the clusterizer when checking the most likely primary
558     new((*fDigitsArr)[idigit]) AliEMCALDigit( fCellLabels[id], fCellLabels[id],id, amp, time,AliEMCALDigit::kHG,idigit, 0, 0, 1); 
559     
560     fCellLabels[id] =-1; //reset the entry in the array for next event
561     
562     idigit++;
563   }
564   
565   fDigitsArr->Sort();
566   
567   //-------------------------------------------------------------------------------------
568   //Do the clusterization
569   //-------------------------------------------------------------------------------------        
570   
571   fClusterizer->Digits2Clusters("");
572   
573   //-------------------------------------------------------------------------------------
574   //Transform the recpoints into AliVClusters
575   //-------------------------------------------------------------------------------------
576   
577   RecPoints2Clusters();
578   
579   if(!fCaloClusterArr)
580   { 
581     printf("AliAnalysisTaksEMCALClusterize::UserExec() - No array with CaloClusters, input RecPoints entries %d\n",fClusterArr->GetEntriesFast());
582     return;    
583   }
584   
585   if( DebugLevel() > 0 )
586   {
587     printf("AliAnalysisTaksEMCALClusterize::ClusterizeCells() - N clusters: before recluster %d, after recluster %d\n",nClustersOrg, fCaloClusterArr->GetEntriesFast());
588     
589     if(fCaloClusterArr->GetEntriesFast() != fClusterArr->GetEntriesFast())
590     {
591       printf("\t Some RecRoints not transformed into CaloClusters (clusterizer %d, unfold %d): Input entries %d - Output entries %d - %d (not fast)\n",
592              fRecParam->GetClusterizerFlag(),fRecParam->GetUnfold(),
593              fClusterArr->GetEntriesFast(), fCaloClusterArr->GetEntriesFast(), fCaloClusterArr->GetEntries());
594     }
595   }
596   
597   //Reset the array with second labels for this event
598   memset(fCellSecondLabels, -1, sizeof(fCellSecondLabels));
599   
600 }
601
602 //_____________________________________________________
603 void AliAnalysisTaskEMCALClusterize::ClusterUnfolding()
604 {
605   // Take the event clusters and unfold them
606   
607   AliVCaloCells *cells   = fEvent->GetEMCALCells();
608   Double_t cellAmplitude = 0;
609   Double_t cellTime      = 0;
610   Short_t  cellNumber    = 0;
611   Short_t  cellMCLabel   = 0;
612   Double_t cellEFrac     = 0;
613   Int_t    nClustersOrg  = 0;
614   
615   // Fill the array with the EMCAL clusters, copy them
616   for (Int_t i = 0; i < fEvent->GetNumberOfCaloClusters(); i++)
617   {
618     AliVCluster *clus = fEvent->GetCaloCluster(i);
619     if(clus->IsEMCAL())
620     {        
621       //recalibrate/remove bad channels/etc if requested
622       if(fRecoUtils->ClusterContainsBadChannel(fGeom,clus->GetCellsAbsId(), clus->GetNCells()))
623       {
624         continue;
625       } 
626       
627       if(fRecoUtils->IsRecalibrationOn())
628       {
629         //Calibrate cluster
630         fRecoUtils->RecalibrateClusterEnergy(fGeom, clus, cells);
631         
632         //CalibrateCells
633         for (Int_t icell = 0; icell < cells->GetNumberOfCells(); icell++)
634         {
635           if (cells->GetCell(icell, cellNumber, cellAmplitude, cellTime, cellMCLabel, cellEFrac) != kTRUE)
636             break;
637           
638           Int_t imod = -1, iphi =-1, ieta=-1,iTower = -1, iIphi = -1, iIeta = -1; 
639           fGeom->GetCellIndex(cellNumber,imod,iTower,iIphi,iIeta); 
640           fGeom->GetCellPhiEtaIndexInSModule(imod,iTower,iIphi, iIeta,iphi,ieta);       
641           
642           //Do not include bad channels found in analysis?
643           if( fRecoUtils->IsBadChannelsRemovalSwitchedOn() && 
644              fRecoUtils->GetEMCALChannelStatus(imod, ieta, iphi))
645           {
646             fCellLabels[cellNumber]      =-1; //reset the entry in the array for next event
647             fCellSecondLabels[cellNumber]=-1; //reset the entry in the array for next event
648             fCellTime[cellNumber]        = 0.;   
649             fCellMatchdEta[cellNumber]   =-999;
650             fCellMatchdPhi[cellNumber]   =-999;
651             continue;
652           }
653           
654           cells->SetCell(icell, cellNumber, cellAmplitude*fRecoUtils->GetEMCALChannelRecalibrationFactor(imod,ieta,iphi),cellTime);
655           
656         }// cells loop            
657       }// recalibrate
658       
659       //Cast to ESD or AOD, needed to create the cluster array
660       AliESDCaloCluster * esdCluster = dynamic_cast<AliESDCaloCluster*> (clus);
661       AliAODCaloCluster * aodCluster = dynamic_cast<AliAODCaloCluster*> (clus);
662       
663       if     (esdCluster)
664       {
665         fCaloClusterArr->Add( new AliESDCaloCluster(*esdCluster) );   
666       }//ESD
667       else if(aodCluster)
668       {
669         fCaloClusterArr->Add( new AliAODCaloCluster(*aodCluster) );   
670       }//AOD
671       else 
672         Warning("UserExec()"," - Wrong CaloCluster type?");
673       
674       nClustersOrg++;
675     }
676   }
677   
678   //Do the unfolding
679   fUnfolder->UnfoldClusters(fCaloClusterArr, cells);
680   
681   //CLEAN-UP
682   fUnfolder->Clear();
683   
684 }
685
686 //_____________________________________________________
687 void AliAnalysisTaskEMCALClusterize::FillAODCaloCells() 
688 {
689   // Put calo cells in standard branch  
690   AliVCaloCells &eventEMcells = *(fEvent->GetEMCALCells());
691   Int_t nEMcell = eventEMcells.GetNumberOfCells() ;
692   
693   AliAODCaloCells &aodEMcells = *(AODEvent()->GetEMCALCells());
694   aodEMcells.CreateContainer(nEMcell);
695   aodEMcells.SetType(AliVCaloCells::kEMCALCell);
696   Double_t calibFactor = 1.;   
697   for (Int_t iCell = 0; iCell < nEMcell; iCell++) 
698   { 
699     Int_t imod = -1, iphi =-1, ieta=-1,iTower = -1, iIphi = -1, iIeta = -1; 
700     fGeom->GetCellIndex(eventEMcells.GetCellNumber(iCell),imod,iTower,iIphi,iIeta); 
701     fGeom->GetCellPhiEtaIndexInSModule(imod,iTower,iIphi, iIeta,iphi,ieta);     
702     
703     if(fRecoUtils->IsRecalibrationOn())
704     { 
705       calibFactor = fRecoUtils->GetEMCALChannelRecalibrationFactor(imod,ieta,iphi);
706     }
707     
708     if(!fRecoUtils->GetEMCALChannelStatus(imod, ieta, iphi))
709     { //Channel is not declared as bad
710       aodEMcells.SetCell(iCell,eventEMcells.GetCellNumber(iCell),eventEMcells.GetAmplitude(iCell)*calibFactor,
711                          eventEMcells.GetTime(iCell),eventEMcells.GetMCLabel(iCell),eventEMcells.GetEFraction(iCell));
712     }
713     else 
714     {
715       aodEMcells.SetCell(iCell,eventEMcells.GetCellNumber(iCell),0,-1,-1,0);
716     }
717   }
718   aodEMcells.Sort();
719   
720 }
721
722 //__________________________________________________
723 void AliAnalysisTaskEMCALClusterize::FillAODHeader() 
724 {
725   //Put event header information in standard AOD branch
726   
727   AliESDEvent* esdevent = dynamic_cast<AliESDEvent*> (fEvent);
728   AliAODEvent* aodevent = dynamic_cast<AliAODEvent*> (fEvent);
729   
730   Double_t pos[3]   ;
731   Double_t covVtx[6];
732   for (Int_t i = 0; i < 6; i++)  covVtx[i] = 0.;
733   
734   AliAODHeader* header = AODEvent()->GetHeader();
735   header->SetRunNumber(fEvent->GetRunNumber());
736   
737   if(esdevent)
738   {
739     TTree* tree = fInputHandler->GetTree();
740     if (tree) 
741     {
742       TFile* file = tree->GetCurrentFile();
743       if (file) header->SetESDFileName(file->GetName());
744     }
745   }
746   else if (aodevent) header->SetESDFileName(aodevent->GetHeader()->GetESDFileName());
747   
748   header->SetBunchCrossNumber(fEvent->GetBunchCrossNumber());
749   header->SetOrbitNumber(fEvent->GetOrbitNumber());
750   header->SetPeriodNumber(fEvent->GetPeriodNumber());
751   header->SetEventType(fEvent->GetEventType());
752   
753   //Centrality
754   if(fEvent->GetCentrality())
755     header->SetCentrality(new AliCentrality(*(fEvent->GetCentrality())));
756   else
757     header->SetCentrality(0);
758   
759   //Trigger  
760   header->SetOfflineTrigger(fInputHandler->IsEventSelected()); // propagate the decision of the physics selection
761   if      (esdevent) header->SetFiredTriggerClasses(esdevent->GetFiredTriggerClasses());
762   else if (aodevent) header->SetFiredTriggerClasses(aodevent->GetFiredTriggerClasses());
763   
764   header->SetTriggerMask(fEvent->GetTriggerMask()); 
765   header->SetTriggerCluster(fEvent->GetTriggerCluster());
766   
767   if      (esdevent)
768   {
769     header->SetL0TriggerInputs(esdevent->GetHeader()->GetL0TriggerInputs());    
770     header->SetL1TriggerInputs(esdevent->GetHeader()->GetL1TriggerInputs());    
771     header->SetL2TriggerInputs(esdevent->GetHeader()->GetL2TriggerInputs());    
772   }
773   else if (aodevent)
774   {
775     header->SetL0TriggerInputs(aodevent->GetHeader()->GetL0TriggerInputs());    
776     header->SetL1TriggerInputs(aodevent->GetHeader()->GetL1TriggerInputs());    
777     header->SetL2TriggerInputs(aodevent->GetHeader()->GetL2TriggerInputs());    
778   }
779   
780   header->SetMagneticField(fEvent->GetMagneticField());
781   //header->SetMuonMagFieldScale(esdevent->GetCurrentDip()/6000.); 
782   
783   header->SetZDCN1Energy(fEvent->GetZDCN1Energy());
784   header->SetZDCP1Energy(fEvent->GetZDCP1Energy());
785   header->SetZDCN2Energy(fEvent->GetZDCN2Energy());
786   header->SetZDCP2Energy(fEvent->GetZDCP2Energy());
787   header->SetZDCEMEnergy(fEvent->GetZDCEMEnergy(0),fEvent->GetZDCEMEnergy(1));
788   
789   Float_t diamxy[2]={fEvent->GetDiamondX(),fEvent->GetDiamondY()};
790   Float_t diamcov[3];
791   fEvent->GetDiamondCovXY(diamcov);
792   header->SetDiamond(diamxy,diamcov);
793   if      (esdevent) header->SetDiamondZ(esdevent->GetDiamondZ(),esdevent->GetSigma2DiamondZ());
794   else if (aodevent) header->SetDiamondZ(aodevent->GetDiamondZ(),aodevent->GetSigma2DiamondZ());
795   
796   //
797   Int_t nVertices = 1 ;/* = prim. vtx*/;
798   Int_t nCaloClus = fEvent->GetNumberOfCaloClusters();
799   
800   AODEvent()->ResetStd(0, nVertices, 0, 0, 0, nCaloClus, 0, 0);
801   
802   // Access to the AOD container of vertices
803   TClonesArray &vertices = *(AODEvent()->GetVertices());
804   Int_t jVertices=0;
805   
806   // Add primary vertex. The primary tracks will be defined
807   // after the loops on the composite objects (V0, cascades, kinks)
808   fEvent->GetPrimaryVertex()->GetXYZ(pos);
809   Float_t chi = 0;
810   if      (esdevent)
811   {
812     esdevent->GetPrimaryVertex()->GetCovMatrix(covVtx);
813     chi = esdevent->GetPrimaryVertex()->GetChi2toNDF();
814   }
815   else if (aodevent)
816   {
817     aodevent->GetPrimaryVertex()->GetCovMatrix(covVtx);
818     chi = aodevent->GetPrimaryVertex()->GetChi2perNDF();//Different from ESD?
819   }
820   
821   AliAODVertex * primary = new(vertices[jVertices++])
822   AliAODVertex(pos, covVtx, chi, NULL, -1, AliAODVertex::kPrimary);
823   primary->SetName(fEvent->GetPrimaryVertex()->GetName());
824   primary->SetTitle(fEvent->GetPrimaryVertex()->GetTitle());
825   
826 }
827
828 //_________________________________________________________
829 void AliAnalysisTaskEMCALClusterize::FillCaloClusterInAOD()
830 {
831   // Get the CaloClusters array, do some final calculations 
832   // and put the clusters in the AOD branch
833   
834   //First recalculate track-matching for the new clusters
835   if(fDoTrackMatching) 
836   {
837     fRecoUtils->FindMatches(fEvent,fCaloClusterArr,fGeom);
838   }
839   //Put the new clusters in the AOD list
840   
841   Int_t kNumberOfCaloClusters   = fCaloClusterArr->GetEntriesFast();
842   for(Int_t i = 0; i < kNumberOfCaloClusters; i++)
843   {
844     AliAODCaloCluster *newCluster = (AliAODCaloCluster *) fCaloClusterArr->At(i);
845     
846     newCluster->SetID(i);
847     
848     //Add matched track
849     if(fDoTrackMatching)
850     {
851       Int_t trackIndex = fRecoUtils->GetMatchedTrackIndex(i);
852       if(trackIndex >= 0)
853       {
854         newCluster->AddTrackMatched(fEvent->GetTrack(trackIndex));
855         if(DebugLevel() > 1) 
856           printf("AliAnalysisTaksEMCALClusterize::UserExec() - Matched Track index %d to new cluster %d \n",trackIndex,i);
857       }
858       
859       Float_t dR = 999., dZ = 999.;
860       fRecoUtils->GetMatchedResiduals(newCluster->GetID(),dR,dZ);
861       newCluster->SetTrackDistance(dR,dZ);
862       
863     }
864     else 
865     {// Assign previously assigned matched track in reco, very very rough
866       Int_t absId0 = newCluster->GetCellsAbsId()[0]; // Assign match of first cell in cluster
867       newCluster->SetTrackDistance(fCellMatchdPhi[absId0],fCellMatchdEta[absId0]);
868     }
869     
870     //printf("New cluster E %f, Time  %e, Id = ", newCluster->E(), newCluster->GetTOF() );
871     //for(Int_t icell=0; icell < newCluster->GetNCells(); icell++ ) printf(" %d,", newCluster->GetCellsAbsId() [icell] );
872     //printf("\n");
873     
874     // Calculate distance to bad channel for new cluster. Make sure you give the list of bad channels.
875     fRecoUtils->RecalculateClusterDistanceToBadChannel(fGeom, fEvent->GetEMCALCells(), newCluster);
876     
877     new((*fOutputAODBranch)[i])  AliAODCaloCluster(*newCluster);
878     
879     if(DebugLevel() > 1 )    
880       printf("AliAnalysisTaksEMCALClusterize::UserExec() - New cluster %d of %d, energy %f\n",newCluster->GetID(), kNumberOfCaloClusters, newCluster->E());
881     
882   } // cluster loop
883   
884   fOutputAODBranch->Expand(kNumberOfCaloClusters); // resize TObjArray to 'remove' slots
885   
886   // Clean up
887   fCaloClusterArr->Delete(); // Do not Clear(), it leaks, why?
888   
889 }
890
891 //_______________________________________________
892 TString AliAnalysisTaskEMCALClusterize::GetPass()
893 {
894   // Get passx from filename.
895   
896   if (!AliAnalysisManager::GetAnalysisManager()->GetTree()) 
897   {
898     AliError("AliAnalysisTaskEMCALClusterize::GetPass() - Pointer to tree = 0, returning null\n");
899     return TString("");
900   }
901   
902   if (!AliAnalysisManager::GetAnalysisManager()->GetTree()->GetCurrentFile()) 
903   {
904     AliError("AliAnalysisTaskEMCALClusterize::GetPass() - Null pointer input file, returning null\n");
905     return TString("");
906   }
907   
908   TString pass(AliAnalysisManager::GetAnalysisManager()->GetTree()->GetCurrentFile()->GetName());
909   if      (pass.Contains("ass1")) return TString("pass1");
910   else if (pass.Contains("ass2")) return TString("pass2");
911   else if (pass.Contains("ass3")) return TString("pass3");
912   
913   // No condition fullfilled, give a default value
914   printf("AliAnalysisTaskEMCALClusterize::GetPass() - Pass number string not found \n");
915   return TString("");            
916   
917 }
918
919 //_________________________________________
920 void AliAnalysisTaskEMCALClusterize::Init()
921 {
922   //Init analysis with configuration macro if available
923   
924   fOADBSet           = kFALSE;
925   if(fOADBFilePath == "") fOADBFilePath = "$ALICE_ROOT/OADB/EMCAL" ;          
926   
927   fCaloClusterArr    = new TObjArray(10000);
928   fBranchNames       = "ESD:AliESDHeader.,EMCALCells.";
929   
930   if(!fRecParam)     fRecParam  = new AliEMCALRecParam;
931   if(!fRecoUtils)    fRecoUtils = new AliEMCALRecoUtils();  
932   
933   if(fMaxEvent          <= 0) fMaxEvent          = 1000000000;
934   if(fSelectCellMinE    <= 0) fSelectCellMinE    = 0.005;     
935   if(fSelectCellMinFrac <= 0) fSelectCellMinFrac = 0.001;
936   
937   if (fOCDBpath            == "") fOCDBpath            = "raw://" ;
938   if (fOutputAODBranchName == "") fOutputAODBranchName = "newEMCALClusters" ;
939   
940   if(gROOT->LoadMacro(fConfigName) >=0)
941   {
942     printf("AliAnalysisTaksEMCALClusterize::Init() - Configure analysis with %s\n",fConfigName.Data());
943     AliAnalysisTaskEMCALClusterize *clus = (AliAnalysisTaskEMCALClusterize*)gInterpreter->ProcessLine("ConfigEMCALClusterize()");
944     fGeomName         = clus->fGeomName; 
945     fLoadGeomMatrices = clus->fLoadGeomMatrices;
946     fOCDBpath         = clus->fOCDBpath;   
947     fAccessOCDB       = clus->fAccessOCDB;
948     fRecParam         = clus->fRecParam;
949     fJustUnfold       = clus->fJustUnfold;
950     fFillAODFile      = clus->fFillAODFile;
951     fRecoUtils        = clus->fRecoUtils; 
952     fConfigName       = clus->fConfigName;
953     fMaxEvent         = clus->fMaxEvent;
954     fDoTrackMatching  = clus->fDoTrackMatching;
955     fOutputAODBranchName = clus->fOutputAODBranchName;
956     for(Int_t i = 0; i < 12; i++) fGeomMatrix[i] = clus->fGeomMatrix[i] ;
957   }
958   
959   // Init geometry, I do not like much to do it like this ...
960   if(fImportGeometryFromFile && !gGeoManager) 
961   {
962     if (fImportGeometryFilePath == "") fImportGeometryFilePath = "$ALICE_ROOT/PWGGA/EMCALTasks/macros/geometry.root" ; // "$ALICE_ROOT/EVE/alice-data/default_geo.root"
963     printf("AliAnalysisTaskEMCALClusterize::Init() - Import %s\n",fImportGeometryFilePath.Data());
964     TGeoManager::Import(fImportGeometryFilePath) ; 
965   }
966   
967 }  
968
969 //_______________________________________________________
970 void AliAnalysisTaskEMCALClusterize::InitClusterization()
971 {
972   //Select clusterization/unfolding algorithm and set all the needed parameters
973   
974   if (fJustUnfold)
975   {
976     // init the unfolding afterburner 
977     delete fUnfolder;
978     fUnfolder =  new AliEMCALAfterBurnerUF(fRecParam->GetW0(),fRecParam->GetLocMaxCut(),fRecParam->GetMinECut());
979     return;
980   }
981   
982   //First init the clusterizer
983   delete fClusterizer;
984   if     (fRecParam->GetClusterizerFlag() == AliEMCALRecParam::kClusterizerv1)
985     fClusterizer = new AliEMCALClusterizerv1 (fGeom, fCalibData, fPedestalData);
986   else if(fRecParam->GetClusterizerFlag() == AliEMCALRecParam::kClusterizerv2) 
987     fClusterizer = new AliEMCALClusterizerv2(fGeom, fCalibData, fPedestalData);
988   else if(fRecParam->GetClusterizerFlag() == AliEMCALRecParam::kClusterizerNxN)
989   { 
990     fClusterizer = new AliEMCALClusterizerNxN(fGeom, fCalibData, fPedestalData);
991     fClusterizer->SetNRowDiff(fRecParam->GetNRowDiff());
992     fClusterizer->SetNColDiff(fRecParam->GetNColDiff());
993   } 
994   else 
995   {
996     AliFatal(Form("Clusterizer < %d > not available", fRecParam->GetClusterizerFlag()));
997   }
998   
999   //Now set the parameters
1000   fClusterizer->SetECAClusteringThreshold( fRecParam->GetClusteringThreshold() );
1001   fClusterizer->SetECALogWeight          ( fRecParam->GetW0()                  );
1002   fClusterizer->SetMinECut               ( fRecParam->GetMinECut()             );    
1003   fClusterizer->SetUnfolding             ( fRecParam->GetUnfold()              );
1004   fClusterizer->SetECALocalMaxCut        ( fRecParam->GetLocMaxCut()           );
1005   fClusterizer->SetTimeCut               ( fRecParam->GetTimeCut()             );
1006   fClusterizer->SetTimeMin               ( fRecParam->GetTimeMin()             );
1007   fClusterizer->SetTimeMax               ( fRecParam->GetTimeMax()             );
1008   fClusterizer->SetInputCalibrated       ( kTRUE                               );
1009   fClusterizer->SetJustClusters          ( kTRUE                               );  
1010   
1011   // Initialize the cluster rec points and digits arrays and get them.
1012   fClusterizer->SetOutput(0);
1013   fClusterArr = const_cast<TObjArray *>(fClusterizer->GetRecPoints());
1014   fDigitsArr  = fClusterizer->GetDigits();
1015   
1016   //In case of unfolding after clusterization is requested, set the corresponding parameters
1017   if(fRecParam->GetUnfold())
1018   {
1019     Int_t i=0;
1020     for (i = 0; i < 8; i++) 
1021     {
1022       fClusterizer->SetSSPars(i, fRecParam->GetSSPars(i));
1023     }//end of loop over parameters
1024     
1025     for (i = 0; i < 3; i++) 
1026     {
1027       fClusterizer->SetPar5  (i, fRecParam->GetPar5(i));
1028       fClusterizer->SetPar6  (i, fRecParam->GetPar6(i));
1029     }//end of loop over parameters
1030     
1031     fClusterizer->InitClusterUnfolding();
1032     
1033   }// to unfold
1034 }
1035
1036 //_________________________________________________
1037 void AliAnalysisTaskEMCALClusterize::InitGeometry()
1038 {
1039   // Init geometry and set the geometry matrix, for the first event, skip the rest
1040   // Also set once the run dependent calibrations
1041   
1042   if(fGeomMatrixSet) return;
1043   
1044   Int_t runnumber = InputEvent()->GetRunNumber() ;
1045   if (!fGeom)
1046   {
1047     if(fGeomName=="")
1048     {
1049       if     (runnumber < 140000) fGeomName = "EMCAL_FIRSTYEARV1";
1050       else if(runnumber < 171000) fGeomName = "EMCAL_COMPLETEV1";
1051       else                        fGeomName = "EMCAL_COMPLETE12SMV1";  
1052       printf("AliAnalysisTaskEMCALClusterize::InitGeometry() - Set EMCAL geometry name to <%s> for run %d\n",fGeomName.Data(),runnumber);
1053     }
1054     
1055                 fGeom = AliEMCALGeometry::GetInstance(fGeomName);
1056     
1057                 if(fDebug > 0)
1058     {
1059                         printf("AliAnalysisTaskEMCALClusterize::InitGeometry(run=%d)",runnumber);
1060                         if (!gGeoManager) printf(" - Careful!, gGeoManager not loaded, load misalign matrices");
1061                         printf("\n");
1062                 }
1063         } // geometry pointer did not exist before
1064   
1065   if(fLoadGeomMatrices)
1066   {
1067     printf("AliAnalysisTaskEMCALClusterize::InitGeometry() - Load user defined EMCAL geometry matrices\n");
1068     
1069     // OADB if available
1070     AliOADBContainer emcGeoMat("AliEMCALgeo");
1071     emcGeoMat.InitFromFile(Form("%s/EMCALlocal2master.root",fOADBFilePath.Data()),"AliEMCALgeo");
1072     TObjArray *matEMCAL=(TObjArray*)emcGeoMat.GetObject(runnumber,"EmcalMatrices");
1073     
1074     
1075     for(Int_t mod=0; mod < (fGeom->GetEMCGeometry())->GetNumberOfSuperModules(); mod++)
1076     {
1077       
1078       if (!fGeomMatrix[mod]) // Get it from OADB
1079       {
1080         if(fDebug > 1 ) 
1081           printf("AliAnalysisTaskEMCALClusterize::InitGeometry() - EMCAL matrices SM %d, %p\n",
1082                  mod,((TGeoHMatrix*) matEMCAL->At(mod)));
1083         //((TGeoHMatrix*) matEMCAL->At(mod))->Print();
1084         
1085         fGeomMatrix[mod] = (TGeoHMatrix*) matEMCAL->At(mod) ;
1086       }        
1087       
1088       if(fGeomMatrix[mod])
1089       {
1090         if(DebugLevel() > 1) 
1091           fGeomMatrix[mod]->Print();
1092         
1093         fGeom->SetMisalMatrix(fGeomMatrix[mod],mod) ;  
1094       }
1095       
1096       fGeomMatrixSet=kTRUE;
1097       
1098     }//SM loop
1099   }//Load matrices
1100   else if(!gGeoManager)
1101   {
1102     printf("AliAnalysisTaksEMCALClusterize::InitGeometry() - Get geo matrices from data");
1103     //Still not implemented in AOD, just a workaround to be able to work at least with ESDs     
1104     if(!strcmp(fEvent->GetName(),"AliAODEvent")) 
1105     {
1106       if(DebugLevel() > 1) 
1107         Warning("UserExec","Use ideal geometry, values geometry matrix not kept in AODs.");
1108     }//AOD
1109     else 
1110     {   
1111       if(DebugLevel() > 1) 
1112         printf("AliAnalysisTaksEMCALClusterize::InitGeometry() - AliAnalysisTaskEMCALClusterize Load Misaligned matrices.");
1113       
1114       AliESDEvent* esd = dynamic_cast<AliESDEvent*>(fEvent) ;
1115       
1116       if(!esd)
1117       {
1118         Error("InitGeometry"," - This event does not contain ESDs?");
1119         AliAnalysisManager::GetAnalysisManager()->GetOutputEventHandler()->SetFillAOD(kFALSE);
1120         return;
1121       }
1122       
1123       for(Int_t mod=0; mod < (fGeom->GetEMCGeometry())->GetNumberOfSuperModules(); mod++)
1124       {
1125         if(DebugLevel() > 1) 
1126           esd->GetEMCALMatrix(mod)->Print();
1127         
1128         if(esd->GetEMCALMatrix(mod)) fGeom->SetMisalMatrix(esd->GetEMCALMatrix(mod),mod) ;
1129         
1130       } 
1131       
1132       fGeomMatrixSet=kTRUE;
1133       
1134     }//ESD
1135   }//Load matrices from Data 
1136   
1137 }
1138
1139 //____________________________________________________
1140 Bool_t AliAnalysisTaskEMCALClusterize::IsExoticEvent()
1141 {
1142   
1143   // Check if event is exotic, get an exotic cell and compare with triggered patch
1144   // If there is a match remove event ... to be completed, filled with something provisional
1145   
1146   if(!fRemoveExoticEvents) return kFALSE;
1147   
1148   // Loop on cells
1149   AliVCaloCells * cells = fEvent->GetEMCALCells();
1150   Float_t totCellE = 0;
1151   Int_t bc = InputEvent()->GetBunchCrossNumber();
1152   for(Int_t icell = 0; icell < cells->GetNumberOfCells(); icell++)
1153   {
1154     
1155     Float_t  ecell = 0 ;
1156     Double_t tcell = 0 ;
1157     
1158     Int_t absID   = cells->GetCellNumber(icell);
1159     Bool_t accept = fRecoUtils->AcceptCalibrateCell(absID,bc,ecell,tcell,cells);
1160     if(accept && !fRecoUtils->IsExoticCell(absID,cells,bc)) totCellE += ecell;
1161   }
1162   
1163   //  TString triggerclasses = "";
1164   //  if(esdevent) triggerclasses = esdevent             ->GetFiredTriggerClasses();
1165   //  else         triggerclasses = ((AliAODEvent*)event)->GetFiredTriggerClasses();
1166   //    //  
1167   //    printf("AliAnalysisTaskEMCALClusterize - reject event %d with cluster  - reject event with ncells in SM3 %d and SM4 %d\n",(Int_t)Entry(),ncellsSM3, ncellsSM4);
1168   //    AliAnalysisManager::GetAnalysisManager()->GetOutputEventHandler()->SetFillAOD(kFALSE);
1169   //    return;
1170   //  
1171   
1172   //printf("TotE cell %f\n",totCellE);
1173   if(totCellE < 1) return kTRUE;
1174   
1175   return kFALSE;
1176   
1177
1178
1179 //________________________________________________________________
1180 Bool_t AliAnalysisTaskEMCALClusterize::IsLEDEvent(const Int_t run)
1181 {
1182   //Check if event is LED
1183   
1184   if(!fRemoveLEDEvents) return kFALSE;
1185   
1186   //check events of LHC11a period
1187   if(run < 140000  || run > 146860) return kFALSE ;
1188   
1189   // Count number of cells with energy larger than 0.1 in SM3, cut on this number
1190   Int_t ncellsSM3 = 0;
1191   Int_t ncellsSM4 = 0;
1192   AliVCaloCells * cells = fEvent->GetEMCALCells();
1193   for(Int_t icell = 0; icell < cells->GetNumberOfCells(); icell++)
1194   {
1195     if(cells->GetAmplitude(icell) > 0.1 && cells->GetCellNumber(icell)/(24*48)==3) ncellsSM3++;
1196     if(cells->GetAmplitude(icell) > 0.1 && cells->GetCellNumber(icell)/(24*48)==4) ncellsSM4++;      
1197   }
1198   
1199   TString triggerclasses = "";
1200   
1201   AliESDEvent *esdevent = dynamic_cast<AliESDEvent*>(fEvent);
1202   if(esdevent) triggerclasses = esdevent              ->GetFiredTriggerClasses();
1203   else         triggerclasses = ((AliAODEvent*)fEvent)->GetFiredTriggerClasses();
1204   
1205   Int_t ncellcut = 21;
1206   if(triggerclasses.Contains("EMC")) ncellcut = 35;
1207   
1208   if( ncellsSM3 >= ncellcut || ncellsSM4 >= 100 )
1209   {
1210     printf("AliAnalysisTaksEMCALClusterize::IsLEDEvent() - reject event %d with ncells in SM3 %d and SM4 %d\n",(Int_t)Entry(),ncellsSM3, ncellsSM4);
1211     AliAnalysisManager::GetAnalysisManager()->GetOutputEventHandler()->SetFillAOD(kFALSE);
1212     return kTRUE;
1213   }
1214   
1215   return kFALSE;
1216   
1217
1218
1219 //_______________________________________________________
1220 void AliAnalysisTaskEMCALClusterize::RecPoints2Clusters()
1221 {
1222   // Restore clusters from recPoints
1223   // Cluster energy, global position, cells and their amplitude 
1224   // fractions are restored
1225   
1226   Int_t j = 0;
1227   for(Int_t i = 0; i < fClusterArr->GetEntriesFast(); i++)
1228   {
1229     AliEMCALRecPoint *recPoint = (AliEMCALRecPoint*) fClusterArr->At(i);
1230     
1231     const Int_t ncells = recPoint->GetMultiplicity();
1232     Int_t ncellsTrue = 0;
1233     
1234     if(recPoint->GetEnergy() < fRecParam->GetClusteringThreshold()) continue;
1235     
1236     // cells and their amplitude fractions
1237     UShort_t   absIds[ncells];  
1238     Double32_t ratios[ncells];
1239     
1240     //For later check embedding
1241     AliAODInputHandler* aodIH = dynamic_cast<AliAODInputHandler*>((AliAnalysisManager::GetAnalysisManager())->GetInputEventHandler());
1242     
1243     Float_t clusterE = 0; 
1244     for (Int_t c = 0; c < ncells; c++) 
1245     {
1246       AliEMCALDigit *digit = (AliEMCALDigit*) fDigitsArr->At(recPoint->GetDigitsList()[c]);
1247       
1248       absIds[ncellsTrue] = digit->GetId();
1249       ratios[ncellsTrue] = recPoint->GetEnergiesList()[c]/digit->GetAmplitude();
1250       
1251       // In case of unfolding, remove digits with unfolded energy too low      
1252       if(fSelectCell)
1253       {
1254         if     (recPoint->GetEnergiesList()[c] < fSelectCellMinE || ratios[ncellsTrue] < fSelectCellMinFrac)  
1255         {
1256           if(DebugLevel() > 1)  
1257           {
1258             printf("AliAnalysisTaksEMCALClusterize::RecPoints2Clusters() - Too small energy in cell of cluster: cluster cell %f, digit %f\n",
1259                    recPoint->GetEnergiesList()[c],digit->GetAmplitude());
1260           }
1261           
1262           continue;
1263           
1264         } // if cuts
1265       }// Select cells
1266       
1267       //Recalculate cluster energy and number of cluster cells in case any of the cells was rejected
1268       ncellsTrue++;
1269       clusterE  +=recPoint->GetEnergiesList()[c];
1270       
1271       // In case of embedding, fill ratio with amount of signal, 
1272       if (aodIH && aodIH->GetMergeEvents()) 
1273       {
1274         //AliVCaloCells* inEMCALCells = InputEvent()->GetEMCALCells();
1275         AliVCaloCells* meEMCALCells = aodIH->GetEventToMerge()->GetEMCALCells();
1276         AliVCaloCells* ouEMCALCells = AODEvent()->GetEMCALCells();
1277         
1278         Float_t sigAmplitude = meEMCALCells->GetCellAmplitude(absIds[ncellsTrue]);
1279         //Float_t bkgAmplitude = inEMCALCells->GetCellAmplitude(absIds[ncellsTrue]);
1280         Float_t sumAmplitude = ouEMCALCells->GetCellAmplitude(absIds[ncellsTrue]);
1281         //printf("\t AbsID %d, amplitude : bkg %f, sigAmplitude %f, summed %f - %f\n",absIds[ncellsTrue], bkgAmplitude, sigAmplitude, sumAmplitude, digit->GetAmplitude());
1282         
1283         if(sumAmplitude > 0) ratios[ncellsTrue] = sigAmplitude/sumAmplitude;
1284         //printf("\t \t ratio %f\n",ratios[ncellsTrue]);
1285         
1286       }//Embedding
1287       
1288     }// cluster cell loop
1289     
1290     if (ncellsTrue < 1) 
1291     {
1292       if (DebugLevel() > 1) 
1293         printf("AliAnalysisTaskEMCALClusterize::RecPoints2Clusters() - Skipping cluster with no cells avobe threshold E = %f, ncells %d\n",
1294                recPoint->GetEnergy(), ncells);
1295       continue;
1296     }
1297     
1298     //if(ncellsTrue != ncells) printf("Old E %f, ncells %d; New E %f, ncells %d\n",recPoint->GetEnergy(),ncells,clusterE,ncellsTrue);
1299     
1300     if(clusterE <  fRecParam->GetClusteringThreshold()) 
1301     {
1302       if (DebugLevel()>1)
1303         printf("AliAnalysisTaskEMCALClusterize::RecPoints2Clusters() - Remove cluster with energy below seed threshold %f\n",clusterE);
1304       continue;
1305     }
1306     
1307     TVector3 gpos;
1308     Float_t g[3];
1309     
1310     // calculate new cluster position
1311     recPoint->EvalGlobalPosition(fRecParam->GetW0(), fDigitsArr);
1312     recPoint->GetGlobalPosition(gpos);
1313     gpos.GetXYZ(g);
1314     
1315     // create a new cluster
1316     (*fCaloClusterArr)[j] = new AliAODCaloCluster() ;
1317     AliAODCaloCluster *clus = dynamic_cast<AliAODCaloCluster *>( fCaloClusterArr->At(j) ) ;
1318     j++;
1319     clus->SetType(AliVCluster::kEMCALClusterv1);
1320     clus->SetE(clusterE);
1321     clus->SetPosition(g);
1322     clus->SetNCells(ncellsTrue);
1323     clus->SetCellsAbsId(absIds);
1324     clus->SetCellsAmplitudeFraction(ratios);
1325     clus->SetChi2(-1); //not yet implemented
1326     clus->SetTOF(recPoint->GetTime()) ; //time-of-flight
1327     clus->SetNExMax(recPoint->GetNExMax()); //number of local maxima
1328     clus->SetDistanceToBadChannel(recPoint->GetDistanceToBadTower()); 
1329     
1330     if(ncells == ncellsTrue)
1331     {
1332       Float_t elipAxis[2];
1333       recPoint->GetElipsAxis(elipAxis);
1334       clus->SetM02(elipAxis[0]*elipAxis[0]) ;
1335       clus->SetM20(elipAxis[1]*elipAxis[1]) ;
1336       clus->SetDispersion(recPoint->GetDispersion());
1337     }
1338     else if(fSelectCell)
1339     {
1340       // In case some cells rejected, in unfolding case, recalculate
1341       // shower shape parameters and position
1342       if(DebugLevel() > 1) 
1343         printf("AliAnalysisTaskEMCALClusterize::RecPoints2Clusters() - Cells removed from cluster (ncells %d, ncellsTrue %d), recalculate Shower Shape\n",ncells,ncellsTrue);
1344       
1345       AliVCaloCells* cells = 0x0; 
1346       if (aodIH && aodIH->GetMergeEvents()) cells = AODEvent()  ->GetEMCALCells();
1347       else                                  cells = InputEvent()->GetEMCALCells();
1348       
1349       fRecoUtils->RecalculateClusterShowerShapeParameters(fGeom,cells,clus);
1350       fRecoUtils->RecalculateClusterPID(clus);
1351       fRecoUtils->RecalculateClusterPosition(fGeom,cells,clus); 
1352       
1353     }
1354     
1355     //MC
1356     Int_t  parentMult = 0;
1357     Int_t *parentList = recPoint->GetParents(parentMult);
1358     clus->SetLabel(parentList, parentMult); 
1359     
1360     //Write the second major contributor to each MC cluster.
1361     Int_t iNewLabel ;
1362     for ( Int_t iLoopCell = 0 ; iLoopCell < clus->GetNCells() ; iLoopCell++ )
1363     {
1364       
1365       Int_t idCell = clus->GetCellAbsId(iLoopCell) ;
1366       if(idCell>=0)
1367       {
1368         iNewLabel = 1 ; //iNewLabel makes sure we  don't write twice the same label.
1369         for ( UInt_t iLoopLabels = 0 ; iLoopLabels < clus->GetNLabels() ; iLoopLabels++ )
1370         {
1371           if ( fCellSecondLabels[idCell] == -1 )  iNewLabel = 0;  // -1 is never a good second label.
1372           if ( fCellSecondLabels[idCell] == clus->GetLabelAt(iLoopLabels) )  iNewLabel = 0;
1373         }
1374         if (iNewLabel == 1) 
1375         {
1376           Int_t * newLabelArray = new Int_t[clus->GetNLabels()+1] ;
1377           for ( UInt_t iLoopNewLabels = 0 ; iLoopNewLabels < clus->GetNLabels() ; iLoopNewLabels++ )
1378           {
1379             newLabelArray[iLoopNewLabels] = clus->GetLabelAt(iLoopNewLabels) ;
1380           }
1381           
1382           newLabelArray[clus->GetNLabels()] = fCellSecondLabels[idCell] ;
1383           clus->SetLabel(newLabelArray,clus->GetNLabels()+1) ;
1384           delete [] newLabelArray;
1385         }
1386       }//positive cell number
1387     }
1388     
1389   } // recPoints loop
1390   
1391 }
1392
1393
1394 //____________________________________________________________
1395 void AliAnalysisTaskEMCALClusterize::UserCreateOutputObjects()
1396 {
1397   // Init geometry, create list of output clusters
1398   
1399   if(fOutputAODBranchName.Length()!=0)
1400   {
1401     fOutputAODBranch = new TClonesArray("AliAODCaloCluster", 0);
1402     fOutputAODBranch->SetName(fOutputAODBranchName);
1403     //fOutputAODBranch->SetOwner(kFALSE);
1404     AddAODBranch("TClonesArray", &fOutputAODBranch);
1405   }
1406   else
1407   {
1408     AliFatal("fOutputAODBranchName not set\n");
1409   }
1410   
1411 }
1412
1413 //_______________________________________________________
1414 void AliAnalysisTaskEMCALClusterize::UserExec(Option_t *) 
1415 {
1416   // Do clusterization event by event, execute different steps
1417   // 1) Do some checks on the kind of events (ESD, AOD) or if some filtering is needed and initializations
1418   // 2) Clusterize a) just unfolding existing clusters (fJustUnfold)
1419   //               b) recluster cells
1420   //                   +  convert cells into digits (calibrating them)
1421   //                   +  recluster digits into recPoints with the chosen clusterizer (V1, V1+Unfold,V2, NxN) 
1422   //                      with methods in AliEMCALClusterizer
1423   //                   +  transform recPoints into CaloClusters
1424   // 3) Do some final calculations in the found clusters (track-matching) and put them in an AOD branch
1425   
1426   // Step 1
1427   
1428   //Remove the contents of AOD branch output list set in the previous event 
1429   fOutputAODBranch->Clear("C");
1430   
1431   LoadBranches();
1432   
1433   //Get the event, do some checks and settings
1434   CheckAndGetEvent() ;
1435   
1436   if (!fEvent) 
1437   {
1438     if(DebugLevel() > 0 ) printf("AliAnalysisTaksEMCALClusterize::UserExec() - Skip Event %d", (Int_t) Entry());
1439     return ;
1440   }
1441   
1442   //Init pointers, geometry, clusterizer, ocdb, aodb
1443   
1444   InitGeometry(); // only once, must be done before OADB, geo OADB accessed here
1445   
1446   if(fAccessOCDB) AccessOCDB();
1447   if(fAccessOADB) AccessOADB(); // only once
1448   
1449   InitClusterization();
1450   
1451   // Step 2
1452   
1453   // Make clusters
1454   if (fJustUnfold) ClusterUnfolding();
1455   else             ClusterizeCells() ;
1456   
1457   // Step 3
1458   
1459   FillCaloClusterInAOD();
1460   
1461 }      
1462