change library dependencies and paths to the new places of the analysis under PWGGA...
[u/mrichter/AliRoot.git] / PWGGA / EMCALTasks / macros / emcalReclusterize.C
1 /* $Id:  $ */
2 //--------------------------------------------------
3 // Example macro to do Calorimeters filtering
4 // copy ESDs into AODs
5 //
6 // Pay attention to the options and definitions
7 // set in the lines below
8 //
9 //  Author : Gustavo Conesa Balbastre (INFN-LNF)
10 //
11 //-------------------------------------------------
12 enum anaModes {mLocal, mLocalCAF,mPROOF,mGRID};
13 //mLocal: Analyze locally files in your computer
14 //mLocalCAF: Analyze locally CAF files
15 //mPROOF: Analyze CAF files with PROOF
16
17 //---------------------------------------------------------------------------
18 //Settings to read locally several files, only for "mLocal" mode
19 //The different values are default, they can be set with environmental 
20 //variables: INDIR, PATTERN, NFILES, respectivelly
21 char * kInDir = "/Users/Gustavo/Work/data/134908/pass1"; 
22 //char * kInDir = "/Users/Gustavo/Work/data/137366/";
23 char * kPattern = ""; // Data are in files kInDir/kPattern+i 
24 Int_t kFile = 1; // Number of files
25 //---------------------------------------------------------------------------
26 //Collection file for grid analysis
27 char * kXML = "collection.xml";
28 //---------------------------------------------------------------------------
29
30 TString kInputData = "AOD"; //ESD, AOD, MC
31 TString kTreeName = "esdTree";
32 Bool_t kUsePhysSel = kFALSE;
33 Bool_t kEmbed = kTRUE;
34
35 void emcalReclusterize(Int_t mode=mLocal)
36 {
37   // Main
38   //char cmd[200] ; 
39   //sprintf(cmd, ".! rm -rf outputAOD.root") ; 
40   //gROOT->ProcessLine(cmd) ; 
41   //--------------------------------------------------------------------
42   // Load analysis libraries
43   // Look at the method below, 
44   // change whatever you need for your analysis case
45   // ------------------------------------------------------------------
46   LoadLibraries(mode) ;
47   
48   //-------------------------------------------------------------------------------------------------
49   //Create chain from ESD and from cross sections files, look below for options.
50   //-------------------------------------------------------------------------------------------------
51   if(kInputData == "ESD")      kTreeName = "esdTree" ;
52   else if(kInputData == "AOD") kTreeName = "aodTree" ;
53   else {
54     cout<<"Wrong  data type "<<kInputData<<endl;
55     break;
56   }
57   
58   TChain *chain       = new TChain(kTreeName) ;
59   CreateChain(mode, chain);  
60   
61   if(chain){
62     AliLog::SetGlobalLogLevel(AliLog::kError);//Minimum prints on screen
63     
64     //--------------------------------------
65     // Make the analysis manager
66     //-------------------------------------
67     AliAnalysisManager *mgr  = new AliAnalysisManager("Manager", "Manager");
68     
69     // AOD output handler
70     AliAODHandler* aodoutHandler   = new AliAODHandler();
71     aodoutHandler->SetOutputFileName("outputAOD.root");
72     if(kEmbed){
73       aodoutHandler->SetCreateNonStandardAOD();
74       kInputData = "AOD";
75     }
76     mgr->SetOutputEventHandler(aodoutHandler);
77     
78
79     //input
80     if(kInputData == "ESD")
81     {
82       // ESD handler
83       AliESDInputHandler *esdHandler = new AliESDInputHandler();
84       mgr->SetInputEventHandler(esdHandler);
85       esdHandler->SetReadFriends(kFALSE);
86       cout<<"ESD handler "<<mgr->GetInputEventHandler()<<endl;
87     }
88     if(kInputData == "AOD")
89     {
90       // AOD handler
91       AliAODInputHandler *aodHandler = new AliAODInputHandler();
92       mgr->SetInputEventHandler(aodHandler);
93       if(kEmbed){
94         aodHandler->SetMergeEvents(kTRUE);
95         aodHandler->AddFriend("AliAOD.root");
96       }
97       
98       cout<<"AOD handler "<<mgr->GetInputEventHandler()<<endl;
99       
100     }
101     
102     //mgr->SetDebugLevel(1);
103     
104     //-------------------------------------------------------------------------
105     //Define task, put here any other task that you want to use.
106     //-------------------------------------------------------------------------
107     AliAnalysisDataContainer *cinput1  = mgr->GetCommonInputContainer();
108     AliAnalysisDataContainer *coutput1 = mgr->GetCommonOutputContainer();
109     
110     // ESD physics selection task
111     if(kInputData == "ESD" && kUsePhysSel){
112       gROOT->LoadMacro("AddTaskPhysicsSelection.C");
113       AliPhysicsSelectionTask* physSelTask = AddTaskPhysicsSelection();
114     }
115     
116     gROOT->LoadMacro("AddTaskEMCALClusterize.C");
117     AliAnalysisTaskEMCALClusterize * clusterize = AddTaskEMCALClusterize();    
118     
119 //    AliAnalysisTaskEMCALClusterize * clusterize = new AliAnalysisTaskEMCALClusterize();
120 //    clusterize->SetConfigFileName("ConfigEMCALClusterize.C");
121 //    clusterize->SetOCDBPath("local://$ALICE_ROOT/OCDB");
122 //    mgr->AddTask(clusterize);
123 //    
124 //    // Create containers for input/output
125 //    AliAnalysisDataContainer *cinput1  = mgr->GetCommonInputContainer()  ;
126 //    AliAnalysisDataContainer *coutput1 = mgr->GetCommonOutputContainer() ;
127 //    
128 //    mgr->ConnectInput  (clusterize, 0,  cinput1 );
129 //    mgr->ConnectOutput (clusterize, 0, coutput1 );
130     
131     //-----------------------
132     // Run the analysis
133     //-----------------------    
134     TString smode = "";
135     if (mode==mLocal || mode == mLocalCAF) 
136       smode = "local";
137     else if (mode==mPROOF) 
138       smode = "proof";
139     else if (mode==mGRID) 
140       smode = "local";
141     
142     mgr->InitAnalysis();
143     mgr->PrintStatus();
144     mgr->StartAnalysis(smode.Data(),chain);
145     
146     cout <<" Analysis ended sucessfully "<< endl ;
147     
148   }
149   else cout << "Chain was not produced ! "<<endl;
150   
151 }
152
153 void  LoadLibraries(const anaModes mode) {
154   
155   //--------------------------------------
156   // Load the needed libraries most of them already loaded by aliroot
157   //--------------------------------------
158   gSystem->Load("libTree.so");
159   gSystem->Load("libGeom.so");
160   gSystem->Load("libVMC.so");
161   gSystem->Load("libXMLIO.so");
162   gSystem->Load("libMatrix.so");
163   gSystem->Load("libPhysics.so");  
164
165   //----------------------------------------------------------
166   // >>>>>>>>>>> Local mode <<<<<<<<<<<<<< 
167   //----------------------------------------------------------
168   if (mode==mLocal || mode == mLocalCAF || mode == mGRID) {
169     //--------------------------------------------------------
170     // If you want to use already compiled libraries 
171     // in the aliroot distribution
172     //--------------------------------------------------------
173
174     gSystem->Load("libSTEERBase.so");
175     gSystem->Load("libESD.so");
176     gSystem->Load("libAOD.so");
177     gSystem->Load("libANALYSIS.so");
178     gSystem->Load("libANALYSISalice.so");
179     gSystem->Load("libANALYSISalice.so");
180     gSystem->Load("libEMCALUtils.so");  
181
182     //SetupPar("EMCALUtils"); 
183     //SetupPar("PWGGAEMCALTasks"); 
184     
185     //TGeoManager::Import("geometry.root") ; //need file "geometry.root" in local dir!!!!
186     gSystem->Load("libPWGGAEMCALTasks.so");
187    
188     /*
189       //     gSystem->Load("libCORRFW.so");
190       //     gSystem->Load("libPWGHFbase.so");
191       //     gSystem->Load("libPWGmuon.so");
192  */
193     //--------------------------------------------------------
194     //If you want to use root and par files from aliroot
195     //--------------------------------------------------------  
196     /*     
197            SetupPar("STEERBase");
198            SetupPar("ESD");
199            SetupPar("AOD");
200            SetupPar("ANALYSIS");
201            SetupPar("ANALYSISalice");  
202            SetupPar("PHOSUtils");
203            SetupPar("EMCALUtils");
204            //Create Geometry
205            TGeoManager::Import("geometry.root") ; //need file "geometry.root" in local dir!!!!
206            SetupPar("PWGGAEMCALTasks");
207 */
208   }
209
210   //---------------------------------------------------------
211   // <<<<<<<<<< PROOF mode >>>>>>>>>>>>
212   //---------------------------------------------------------
213   else if (mode==mPROOF) {
214     //
215     // Connect to proof
216     // Put appropriate username here
217     // TProof::Reset("proof://mgheata@lxb6046.cern.ch"); 
218     TProof::Open("proof://mgheata@lxb6046.cern.ch");
219     
220     //    gProof->ClearPackages();
221     //    gProof->ClearPackage("ESD");
222     //    gProof->ClearPackage("AOD");
223     //    gProof->ClearPackage("ANALYSIS");   
224     
225     // Enable the STEERBase Package
226     gProof->UploadPackage("STEERBase.par");
227     gProof->EnablePackage("STEERBase");
228     // Enable the ESD Package
229     gProof->UploadPackage("ESD.par");
230     gProof->EnablePackage("ESD");
231     // Enable the AOD Package
232     gProof->UploadPackage("AOD.par");
233     gProof->EnablePackage("AOD");
234     // Enable the Analysis Package
235     gProof->UploadPackage("ANALYSIS.par");
236     gProof->EnablePackage("ANALYSIS");
237     // Enable the PHOS geometry Package
238     //gProof->UploadPackage("PHOSUtils.par");
239     //gProof->EnablePackage("PHOSUtils");
240     gProof->ShowEnabledPackages();
241   }  
242   
243 }
244
245 void SetupPar(char* pararchivename)
246 {
247   //Load par files, create analysis libraries
248   //For testing, if par file already decompressed and modified
249   //classes then do not decompress.
250  
251   TString cdir(Form("%s", gSystem->WorkingDirectory() )) ; 
252   TString parpar(Form("%s.par", pararchivename)) ; 
253   if ( gSystem->AccessPathName(parpar.Data()) ) {
254     gSystem->ChangeDirectory(gSystem->Getenv("ALICE_ROOT")) ;
255     TString processline(Form(".! make %s", parpar.Data())) ; 
256     gROOT->ProcessLine(processline.Data()) ;
257     gSystem->ChangeDirectory(cdir) ; 
258     processline = Form(".! mv $ALICE_ROOT/%s .", parpar.Data()) ;
259     gROOT->ProcessLine(processline.Data()) ;
260   } 
261   if ( gSystem->AccessPathName(pararchivename) ) {  
262     TString processline = Form(".! tar xvzf %s",parpar.Data()) ;
263     gROOT->ProcessLine(processline.Data());
264   }
265   
266   TString ocwd = gSystem->WorkingDirectory();
267   gSystem->ChangeDirectory(pararchivename);
268   
269   // check for BUILD.sh and execute
270   if (!gSystem->AccessPathName("PROOF-INF/BUILD.sh")) {
271     printf("*******************************\n");
272     printf("*** Building PAR archive    ***\n");
273     cout<<pararchivename<<endl;
274     printf("*******************************\n");
275     
276     if (gSystem->Exec("PROOF-INF/BUILD.sh")) {
277       Error("runProcess","Cannot Build the PAR Archive! - Abort!");
278       return -1;
279     }
280   }
281   // check for SETUP.C and execute
282   if (!gSystem->AccessPathName("PROOF-INF/SETUP.C")) {
283     printf("*******************************\n");
284     printf("*** Setup PAR archive       ***\n");
285     cout<<pararchivename<<endl;
286     printf("*******************************\n");
287     gROOT->Macro("PROOF-INF/SETUP.C");
288   }
289   
290   gSystem->ChangeDirectory(ocwd.Data());
291   printf("Current dir: %s\n", ocwd.Data());
292 }
293
294
295
296 void CreateChain(const anaModes mode, TChain * chain){
297   //Fills chain with data
298   TString ocwd = gSystem->WorkingDirectory();
299   
300   //-----------------------------------------------------------
301   //Analysis of CAF data locally and with PROOF
302   //-----------------------------------------------------------
303   if(mode ==mPROOF || mode ==mLocalCAF){
304     // Chain from CAF
305     gROOT->LoadMacro("$ALICE_ROOT/PWG0/CreateESDChain.C");
306     // The second parameter is the number of input files in the chain
307     chain = CreateESDChain("ESD12001.txt", 5);  
308   }
309   
310   //---------------------------------------
311   //Local files analysis
312   //---------------------------------------
313   else if(mode == mLocal){    
314     //If you want to add several ESD files sitting in a common directory INDIR
315     //Specify as environmental variables the directory (INDIR), the number of files 
316     //to analyze (NFILES) and the pattern name of the directories with files (PATTERN)
317
318     if(gSystem->Getenv("INDIR"))  
319       kInDir = gSystem->Getenv("INDIR") ; 
320     else cout<<"INDIR not set, use default: "<<kInDir<<endl;    
321     
322     if(gSystem->Getenv("PATTERN"))   
323       kPattern = gSystem->Getenv("PATTERN") ; 
324     else  cout<<"PATTERN not set, use default: "<<kPattern<<endl;
325     
326     if(gSystem->Getenv("NFILES"))
327       kFile = atoi(gSystem->Getenv("NFILES")) ;
328     else cout<<"NFILES not set, use default: "<<kFile<<endl;
329     
330     //Check if env variables are set and are correct
331     if ( kInDir  && kFile) {
332       printf("Get %d files from directory %s\n",kFile,kInDir);
333       if ( ! gSystem->cd(kInDir) ) {//check if ESDs directory exist
334         printf("%s does not exist\n", kInDir) ;
335         return ;
336       }
337
338   
339       cout<<"INDIR   : "<<kInDir<<endl;
340       cout<<"NFILES  : "<<kFile<<endl;
341       cout<<"PATTERN : " <<kPattern<<endl;
342
343       TString datafile="";
344       if(kInputData == "ESD") datafile = "AliESDs.root" ;
345       else if(kInputData == "AOD") datafile = "AliAODs.root" ;
346       else if(kInputData == "MC")  datafile = "galice.root" ;
347       
348       //Loop on ESD files, add them to chain
349       Int_t event =0;
350       Int_t skipped=0 ; 
351       char file[120] ;
352       
353       for (event = 0 ; event < kFile ; event++) {
354         sprintf(file, "%s/%s%d/%s", kInDir,kPattern,event,datafile.Data()) ; 
355         TFile * fESD = 0 ; 
356         //Check if file exists and add it, if not skip it
357         if ( fESD = TFile::Open(file)) {
358           if ( fESD->Get(kTreeName) ) { 
359             printf("++++ Adding %s\n", file) ;
360             chain->AddFile(file);
361           }
362         }
363         else { 
364           printf("---- Skipping %s\n", file) ;
365           skipped++ ;
366         }
367       }
368       printf("number of entries # %lld, skipped %d\n", chain->GetEntries(), skipped*100) ;      
369     }
370     else {
371       TString input = "AliESDs.root" ;
372       cout<<">>>>>> No list added, take a single file <<<<<<<<< "<<input<<endl;
373       chain->AddFile(input);
374     }
375     
376   }// local files analysis
377   
378   //------------------------------
379   //GRID xml files
380   //-----------------------------
381   else if(mode == mGRID){
382     //Get colection file. It is specified by the environmental
383     //variable XML
384
385     if(gSystem->Getenv("XML") )
386       kXML = gSystem->Getenv("XML");
387     else
388       sprintf(kXML, "collection.xml") ; 
389     
390     if (!TFile::Open(kXML)) {
391       printf("No collection file with name -- %s -- was found\n",kXML);
392       return ;
393     }
394     else cout<<"XML file "<<kXML<<endl;
395
396     //Load necessary libraries and connect to the GRID
397     gSystem->Load("libNetx.so") ; 
398     gSystem->Load("libRAliEn.so"); 
399     TGrid::Connect("alien://") ;
400
401     //Feed Grid with collection file
402     //TGridCollection * collection =  (TGridCollection*)gROOT->ProcessLine(Form("TAlienCollection::Open(\"%s\", 0)", kXML));
403     TGridCollection * collection = (TGridCollection*) TAlienCollection::Open(kXML);
404     if (! collection) {
405       AliError(Form("%s not found", kXML)) ; 
406       return kFALSE ; 
407     }
408     TGridResult* result = collection->GetGridResult("",0 ,0);
409    
410     // Makes the ESD chain 
411     printf("*** Getting the Chain       ***\n");
412     for (Int_t index = 0; index < result->GetEntries(); index++) {
413       TString alienURL = result->GetKey(index, "turl") ; 
414       cout << "================== " << alienURL << endl ; 
415       chain->Add(alienURL) ; 
416     }
417   }// xml analysis
418   
419   gSystem->ChangeDirectory(ocwd.Data());
420 }
421