PWGHF/vertexingHF/RunAnalysisAODVertexingHF.C

   1 class AliAnalysisGrid;
   2 class AliAnalysisAlien;
   3
   4 void RunAnalysisAODVertexingHF()
   5 {
   6   //
   7   // Test macro for AliAnalysisTaskSE's for heavy-flavour candidates
   8   // It has the structure of a Analysis Train:
   9   // - in this macro, change things related to running mode
  10   //   and input preparation
  11   // - add your task using a AddTaskXXX macro
  12   //
  13   // A.Dainese, andrea.dainese@lnl.infn.it
  14   // "grid" mode added by R.Bala, bala@to.infn.it
  15   //
  16
  17
  18   gSystem->SetIncludePath("-I. -I$ROOTSYS/include -I$ALICE_ROOT -I$ALICE_ROOT/include -I$ALICE_ROOT/ITS -I$ALICE_ROOT/TPC -I$ALICE_ROOT/CONTAINERS -I$ALICE_ROOT/STEER/STEER -I$ALICE_ROOT/STEER/STEERBase -I$ALICE_ROOT/STEER/ESD -I$ALICE_ROOT/STEER/AOD -I$ALICE_ROOT/TRD -I$ALICE_ROOT/macros -I$ALICE_ROOT/ANALYSIS  -I$ALICE_ROOT/OADB -I$ALICE_ROOT/PWGHF -I$ALICE_ROOT/PWGHF/base -I$ALICE_ROOT/PWGHF/vertexingHF -I$ALICE_ROOT/PWG/FLOW/Base -I$ALICE_ROOT/PWG/FLOW/Tasks -g");
  19   //
  20   TString trainName = "D2H";
  21   TString analysisMode = "grid"; // "local", "grid", or "proof"
  22   TString inputMode    = "list"; // "list", "xml", or "dataset"
  23   Long64_t nentries=123567890,firstentry=0;
  24   Bool_t useParFiles=kFALSE;
  25   Bool_t useAlienPlugin=kTRUE;
  26   TString pluginmode="full";
  27   Bool_t saveProofToAlien=kFALSE;
  28   TString proofOutdir = "";
  29   TString loadMacroPath="$ALICE_ROOT/PWGHF/vertexingHF/macros/";
  30   //TString loadMacroPath="./"; // this is normally needed for CAF
  31   //
  32
  33   if(analysisMode=="grid") {
  34     // Connect to AliEn
  35     TGrid::Connect("alien://");
  36   } else if(analysisMode=="proof") {
  37     // Connect to the PROOF cluster
  38     if(inputMode!="dataset") {printf("Input mode must be dataset, for proof analysis\n"); return;}
  39     gEnv->SetValue("XSec.GSI.DelegProxy","2");
  40     TProof::Open("alicecaf");
  41     //TProof::Reset("alicecaf");
  42     if(saveProofToAlien) {
  43       TGrid::Connect("alien://");
  44       if(gGrid) {
  45         TString homedir = gGrid->GetHomeDirectory();
  46         TString workdir = homedir + trainName;
  47         if(!gGrid->Cd(workdir)) {
  48           gGrid->Cd(homedir);
  49           if(gGrid->Mkdir(workdir)) {
  50             gGrid->Cd(trainName);
  51             ::Info("VertexingTrain::Connect()", "Directory %s created", gGrid->Pwd());
  52           }
  53         }
  54         gGrid->Mkdir("proof_output");
  55         gGrid->Cd("proof_output");
  56         proofOutdir = Form("alien://%s", gGrid->Pwd());
  57       }
  58     }
  59   }
  60
  61
  62   // AliRoot libraries
  63   if(analysisMode=="local" || analysisMode=="grid") {
  64     TString loadLibraries="LoadLibraries.C"; loadLibraries.Prepend(loadMacroPath.Data());
  65     gROOT->LoadMacro(loadLibraries.Data());
  66     LoadLibraries(useParFiles);
  67   } else if (analysisMode=="proof") {
  68     gSystem->Load("libTree.so");
  69     gSystem->Load("libGeom.so");
  70     gSystem->Load("libPhysics.so");
  71     gSystem->Load("libVMC.so");
  72     gSystem->Load("libMinuit.so");
  73     // Enable the needed packages
  74     //gProof->ClearPackages();
  75     TString parDir="/afs/cern.ch/user/d/dainesea/code/";
  76     TString parFile;
  77     if(!useParFiles) {
  78       gProof->UploadPackage("AF-v4-17");
  79       gProof->EnablePackage("AF-v4-17");
  80       // --- Enable the PWGHFvertexingHF Package
  81       parFile="PWGHFvertexingHF.par"; parFile.Prepend(parDir.Data());
  82       gProof->UploadPackage(parFile.Data());
  83       gProof->EnablePackage("PWGHFvertexingHF");
  84     } else {
  85       // --- Enable the STEERBase Package
  86       parFile="STEERBase.par"; parFile.Prepend(parDir.Data());
  87       gProof->UploadPackage(parFile.Data());
  88       gProof->EnablePackage("STEERBase");
  89       // --- Enable the ESD Package
  90       parFile="ESD.par"; parFile.Prepend(parDir.Data());
  91       gProof->UploadPackage(parFile.Data());
  92       gProof->EnablePackage("ESD");
  93       // --- Enable the AOD Package
  94       parFile="AOD.par"; parFile.Prepend(parDir.Data());
  95       gProof->UploadPackage(parFile.Data());
  96       gProof->EnablePackage("AOD");
  97       // --- Enable the ANALYSIS Package
  98       parFile="ANALYSIS.par"; parFile.Prepend(parDir.Data());
  99       gProof->UploadPackage(parFile.Data());
 100       gProof->EnablePackage("ANALYSIS");
 101       // --- Enable the ANALYSISalice Package
 102       parFile="ANALYSISalice.par"; parFile.Prepend(parDir.Data());
 103       gProof->UploadPackage(parFile.Data());
 104       gProof->EnablePackage("ANALYSISalice");
 105       // --- Enable the CORRFW Package
 106       parFile="CORRFW.par"; parFile.Prepend(parDir.Data());
 107       gProof->UploadPackage(parFile.Data());
 108       gProof->EnablePackage("CORRFW");
 109       // --- Enable the PWGHFbase Package
 110       parFile="PWGHFbase.par"; parFile.Prepend(parDir.Data());
 111       gProof->UploadPackage(parFile.Data());
 112       gProof->EnablePackage("PWGHFbase");
 113       // --- Enable the PWGHFvertexingHF Package
 114       parFile="PWGHFvertexingHF.par"; parFile.Prepend(parDir.Data());
 115       gProof->UploadPackage(parFile.Data());
 116       gProof->EnablePackage("PWGHFvertexingHF");
 117     }
 118     gProof->ShowEnabledPackages(); // show a list of enabled packages
 119   }
 120
 121
 122   // Create Alien plugin, if requested
 123   if(useAlienPlugin) {
 124     if(analysisMode!="grid") {printf("Analysis mode must be grid, to use alien plugin\n"); return;}
 125     AliAnalysisGrid *alienHandler = CreateAlienHandler(pluginmode,useParFiles);
 126     if(!alienHandler) return;
 127   }
 128
 129
 130   //-------------------------------------------------------------------
 131   // Prepare input
 132   TChain *chainAOD = 0;
 133   TString dataset; // for proof
 134
 135   if(!useAlienPlugin) {
 136     TString makeAODInputChain="../MakeAODInputChain.C"; makeAODInputChain.Prepend(loadMacroPath.Data());
 137     if(inputMode=="list") {
 138       // Local files
 139       gROOT->LoadMacro(makeAODInputChain.Data());
 140       chainAOD = MakeAODInputChain();// with this it reads ./AliAOD.root and ./AliAOD.VertexingHF.root
 141       //chainAOD = MakeAODInputChain("alien:///alice/cern.ch/user/r/rbala/newtrain/out_lhc08x/180100/",1,1);
 142       printf("ENTRIES %d\n",chainAOD->GetEntries());
 143     } else if(inputMode=="xml") {
 144       // xml
 145       gROOT->LoadMacro(makeAODInputChain.Data());
 146       chainAOD = MakeAODInputChain("collection_aod.xml","collection_aodHF.xml");
 147     } else if(inputMode=="dataset") {
 148       // CAF dataset
 149       //gProof->ShowDataSets();
 150       dataset="/ITS/dainesea/AODVertexingHF_LHC08x_180100";
 151     }
 152   }
 153
 154   // Create the analysis manager
 155   AliAnalysisManager *mgr  = new AliAnalysisManager("My Manager","My Manager");
 156   mgr->SetDebugLevel(10);
 157   // Connect plug-in to the analysis manager
 158   if(useAlienPlugin) mgr->SetGridHandler(alienHandler);
 159
 160   // Input
 161   AliAODInputHandler *inputHandler = new AliAODInputHandler("handler","handler for D2H");
 162   if(analysisMode=="proof" ) {
 163     inputHandler->AddFriend("./AliAOD.VertexingHF.root");
 164     //inputHandler->AddFriend("deltas/AliAOD.VertexingHF.root");
 165     if(saveProofToAlien) mgr->SetSpecialOutputLocation(proofOutdir);
 166   }
 167   mgr->SetInputEventHandler(inputHandler);
 168   //-------------------------------------------------------------------
 169
 170
 171   //-------------------------------------------------------------------
 172   // Analysis tasks (wagons of the train)
 173   //
 174   // First add the task for the PID response setting
 175   gROOT->LoadMacro("$ALICE_ROOT/ANALYSIS/macros/AddTaskPIDResponse.C");
 176   AliAnalysisTaskSE *setupTask = AddTaskPIDResponse(kFALSE,kTRUE);
 177
 178   TString taskName;
 179
 180   ////// ADD THE FULL D2H TRAIN
 181   /*taskName="../AddD2HTrain.C"; taskName.Prepend(loadMacroPath.Data());
 182   gROOT->LoadMacro(taskName.Data());
 183   Bool_t readMC=kFALSE;
 184   AddD2HTrain(readMC);//,1,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0);*/
 185
 186   ////// OR ADD INDIVIDUAL TASKS
 187
 188
 189   /*  taskName="AddTaskCompareHF.C"; taskName.Prepend(loadMacroPath.Data());
 190     gROOT->LoadMacro(taskName.Data());
 191     AliAnalysisTaskSECompareHF *cmpTask = AddTaskCompareHF();
 192     */
 193     taskName="AddTaskD0Mass.C"; taskName.Prepend(loadMacroPath.Data());
 194     gROOT->LoadMacro(taskName.Data());
 195     AliAnalysisTaskSED0Mass *d0massTask = AddTaskD0Mass();
 196     AliAnalysisTaskSED0Mass *d0massLikeSignTask = AddTaskD0Mass(1);
 197     /*
 198     taskName="AddTaskDplus.C"; taskName.Prepend(loadMacroPath.Data());
 199     gROOT->LoadMacro(taskName.Data());
 200     AliAnalysisTaskSEDplus *dplusTask = AddTaskDplus();
 201
 202     taskName="AddTaskDs.C"; taskName.Prepend(loadMacroPath.Data());
 203     gROOT->LoadMacro(taskName.Data());
 204     AliAnalysisTaskSEDs *dsTask = AddTaskDs();
 205
 206     //taskName="AddTaskSelectHF.C"; taskName.Prepend(loadMacroPath.Data());
 207     //gROOT->LoadMacro(taskName.Data());
 208     //AliAnalysisTaskSESelectHF *seleTask = AddTaskSelectHF();
 209
 210     taskName="AddTaskBkgLikeSignD0.C"; taskName.Prepend(loadMacroPath.Data());
 211     gROOT->LoadMacro(taskName.Data());
 212     AliAnalysisTaskSEBkgLikeSignD0 *lsD0Task = AddTaskBkgLikeSignD0();
 213
 214     taskName="AddTaskCFMultiVarMultiStep.C"; taskName.Prepend(loadMacroPath.Data());
 215     gROOT->LoadMacro(taskName.Data());
 216     AliCFHeavyFlavourTaskMultiVarMultiStep *cfmvmsTask = AddTaskCFMultiVarMultiStep();
 217
 218
 219     taskName="AddTaskSECharmFraction.C";
 220     taskName.Prepend(loadMacroPath.Data());
 221     gROOT->LoadMacro(taskName.Data());
 222     Int_t switchMC[5]={0,0,0,0,0};
 223     Int_t ppPbPb=1;// 0 for pp, 1 for PbPb, used to siwtch on/off the removal of daughters from the primary vertex
 224     AliAnalysisTaskSECharmFraction *cFractTask = AddTaskSECharmFraction("standard",switchMC,readMC,kTRUE,kFALSE,"D0toKpiCharmFractCuts.root","c",ppPbPb);
 225     // arguments: filename,switchMC,readmc,usepid,likesign,cutfilename,containerprefix
 226
 227
 228     // attach a private task (not committed)
 229     // (the files MyTask.h MyTask.cxx AddMyTask.C have to be declared in plugin
 230     // configuration, see below)
 231
 232     if(analysisMode.Data()=="proof") {
 233     gProof->LoadMacro("MyTask.cxx++g");
 234     } else {
 235     gROOT->LoadMacro("MyTask.cxx++g");
 236     }
 237     gROOT->LoadMacro("AddMyTask.C");
 238     MyTask *myTask = AddMyTask();
 239
 240
 241     if(analysisMode.Data()=="proof") {
 242     gProof->LoadMacro("AliDStarJets.cxx++g");
 243     } else {
 244     gROOT->LoadMacro("AliDStarJets.cxx++g");
 245     }
 246     gROOT->LoadMacro("AddTaskDStarJets.C");
 247     AliDStarJets *myTask = AddTaskDStarJets();
 248   */
 249   //-------------------------------------------------------------------
 250
 251   //
 252   // Run the analysis
 253   //
 254   if(chainAOD) printf("CHAIN HAS %d ENTRIES\n",(Int_t)chainAOD->GetEntries());
 255
 256   if(!mgr->InitAnalysis()) return;
 257   mgr->PrintStatus();
 258   if(analysisMode=="grid" && !useAlienPlugin) analysisMode="local";
 259   if(analysisMode!="proof") {
 260     mgr->StartAnalysis(analysisMode.Data(),chainAOD,nentries,firstentry);
 261   } else {
 262     // proof
 263     mgr->StartAnalysis(analysisMode.Data(),dataset.Data(),nentries,firstentry);
 264   }
 265
 266   return;
 267 }
 268 //_____________________________________________________________________________
 269 //
 270 AliAnalysisGrid* CreateAlienHandler(TString pluginmode="test",Bool_t useParFiles=kFALSE)
 271 {
 272   // Check if user has a valid token, otherwise make one. This has limitations.
 273   // One can always follow the standard procedure of calling alien-token-init then
 274   //   source /tmp/gclient_env_$UID in the current shell.
 275    AliAnalysisAlien *plugin = new AliAnalysisAlien();
 276    // Set the run mode (can be "full", "test", "offline", "submit" or "terminate")
 277    plugin->SetRunMode(pluginmode.Data());
 278    plugin->SetUser();
 279    // Set versions of used packages
 280    plugin->SetAPIVersion("V1.1x");
 281    plugin->SetROOTVersion();
 282    plugin->SetAliROOTVersion();
 283    plugin->SetNtestFiles(1);
 284    gROOT->LoadMacro("$ALICE_ROOT/PWGHF/vertexingHF/AddGoodRuns.C");
 285
 286    // Declare input data to be processed.
 287    //************************************************
 288    // Set data search pattern for DATA
 289    //************************************************
 290    //Method 1: To create automatically xml through plugin
 291    plugin->SetGridDataDir("/alice/data/2010/LHC10d"); // specify LHC period
 292    plugin->SetDataPattern("pass2/AOD018/*AliAOD.root"); // specify reco pass and AOD set
 293    plugin->SetFriendChainName("./AliAOD.VertexingHF.root");
 294    // OR plugin->SetFriendChainName("deltas/AliAOD.VertexingHF.root");
 295    // Adds only the good runs from the Monalisa Run Condition Table
 296    // More than one period can be added but the period name has to be removed from GridDataDir (to be tested)
 297    Int_t totruns=0;
 298    //totruns += AddGoodRuns(plugin,"LHC10b"); // specify LHC period
 299    //totruns += AddGoodRuns(plugin,"LHC10c"); // specify LHC period
 300    totruns += AddGoodRuns(plugin,"LHC10d"); // specify LHC period
 301    plugin->SetNrunsPerMaster(totruns);
 302
 303    // Method 2: Declare existing data files (e.g xml collections)
 304
 305    //plugin->AddDataFile("/alice/cern.ch/user/r/rbala/000168068_000170593.xml");
 306    //  plugin->SetDataPattern("*AliAOD.root");
 307    //  plugin->SetFriendChainName("./AliAOD.VertexingHF.root");
 308
 309    //************************************************
 310    // Set data search pattern for MONTECARLO
 311    //************************************************
 312    /*
 313    plugin->SetGridDataDir("/alice/sim/LHC10d3"); // specify MC sample
 314    plugin->SetDataPattern("AOD005/*AliAOD.root"); // specify AOD set
 315    plugin->SetFriendChainName("./AliAOD.VertexingHF.root");
 316    // OR plugin->SetFriendChainName("deltas/AliAOD.VertexingHF.root");
 317    // Adds only the good runs from the Monalisa Run Condition Table
 318    // More than one period can be added!
 319    Int_t totruns=0;
 320    totruns += AddGoodRuns(plugin,"LHC10b","LHC10d3"); // specify LHC period for anchor runs; and the name of the MC production
 321    //totruns += AddGoodRuns(plugin,"LHC10c","LHC10f7"); // specify LHC period for anchor runs;  and the name of the MC production
 322    //totruns += AddGoodRuns(plugin,"LHC10d","LHC10f7"); // specify LHC period for anchor runs;  and the name of the MC production
 323    plugin->SetNrunsPerMaster(totruns);
 324    */
 325    //
 326    // Define alien work directory where all files will be copied. Relative to alien $HOME.
 327    plugin->SetGridWorkingDir("myHFanalysis");
 328    // Name of executable
 329    plugin->SetExecutable("myHFanalysis.sh");
 330    // Declare alien output directory. Relative to working directory.
 331    plugin->SetGridOutputDir("output"); // In this case will be $HOME/work/output
 332    // Declare the analysis source files names separated by blancs. To be compiled runtime
 333    // using ACLiC on the worker nodes.
 334    //plugin->SetAnalysisSource("AliDStarJets.cxx");
 335    // Declare all libraries (other than the default ones for the framework. These will be
 336    // loaded by the generated analysis macro. Add all extra files (task .cxx/.h) here.
 337    plugin->SetAdditionalLibs("libPWGflowBase.so libPWGflowTasks.so libPWGHFbase.so libPWGHFvertexingHF.so");
 338    // use par files
 339    if(useParFiles) {
 340      plugin->EnablePackage("STEERBase.par");
 341      plugin->EnablePackage("ESD.par");
 342      plugin->EnablePackage("AOD.par");
 343      plugin->EnablePackage("ANALYSIS.par");
 344      plugin->EnablePackage("OADB.par");
 345      plugin->EnablePackage("ANALYSISalice.par");
 346      plugin->EnablePackage("CORRFW.par");
 347      plugin->EnablePackage("PWGHFbase.par");
 348      plugin->EnablePackage("PWGHFvertexingHF.par");
 349    }
 350    plugin->AddIncludePath("-I. -I$ROOTSYS/include -I$ALICE_ROOT -I$ALICE_ROOT/include -I$ALICE_ROOT/ITS -I$ALICE_ROOT/TPC -I$ALICE_ROOT/CONTAINERS -I$ALICE_ROOT/STEER/STEER -I$ALICE_ROOT/STEER/STEERBase -I$ALICE_ROOT/STEER/ESD -I$ALICE_ROOT/STEER/AOD -I$ALICE_ROOT/TRD -I$ALICE_ROOT/macros -I$ALICE_ROOT/ANALYSIS  -I$ALICE_ROOT/OADB -I$ALICE_ROOT/PWGHF -I$ALICE_ROOT/PWGHF/base -I$ALICE_ROOT/PWGHF/vertexingHF -I$ALICE_ROOT/PWG/FLOW/Base -I$ALICE_ROOT/PWG/FLOW/Tasks -g");
 351
 352    plugin->SetDefaultOutputs(kTRUE);
 353    // merging via jdl
 354    plugin->SetMergeViaJDL(kTRUE);
 355    plugin->SetOneStageMerging(kFALSE);
 356    plugin->SetMaxMergeStages(2);
 357
 358    // Optionally set a name for the generated analysis macro (default MyAnalysis.C)
 359    plugin->SetAnalysisMacro("AnalysisHF.C");
 360    // Optionally set maximum number of input files/subjob (default 100, put 0 to ignore)
 361    // Optionally modify the name of the generated JDL (default analysis.jdl)
 362    plugin->SetJDLName("TaskHF.jdl");
 363
 364    return plugin;
 365 }