PWGHF/vertexingHF/RunAnalysisAODVertexingHF.C

   1 class AliAnalysisGrid;
   2 class AliAnalysisAlien;
   3
   4 void RunAnalysisAODVertexingHF()
   5 {
   6   //
   7   // Test macro for AliAnalysisTaskSE's for heavy-flavour candidates
   8   // It has the structure of a Analysis Train:
   9   // - in this macro, change things related to running mode
  10   //   and input preparation
  11   // - add your task using a AddTaskXXX macro
  12   //
  13   // A.Dainese, andrea.dainese@lnl.infn.it
  14   // "grid" mode added by R.Bala, bala@to.infn.it
  15   //
  16
  17
  18   gSystem->SetIncludePath("-I. -I$ROOTSYS/include -I$ALICE_ROOT -I$ALICE_ROOT/include -I$ALICE_ROOT/ITS -I$ALICE_ROOT/TPC -I$ALICE_ROOT/CONTAINERS -I$ALICE_ROOT/STEER/STEER -I$ALICE_ROOT/STEER/STEERBase -I$ALICE_ROOT/STEER/ESD -I$ALICE_ROOT/STEER/AOD -I$ALICE_ROOT/TRD -I$ALICE_ROOT/macros -I$ALICE_ROOT/ANALYSIS  -I$ALICE_ROOT/OADB -I$ALICE_ROOT/PWGHF -I$ALICE_ROOT/PWGHF/base -I$ALICE_ROOT/PWGHF/vertexingHF -I$ALICE_ROOT/PWG/FLOW/Base -I$ALICE_ROOT/PWG/FLOW/Tasks -g");
  19   //
  20   TString trainName = "D2H";
  21   TString analysisMode = "grid"; // "local", "grid", or "proof"
  22   TString inputMode    = "list"; // "list", "xml", or "dataset"
  23   Long64_t nentries=123567890,firstentry=0;
  24   Bool_t useParFiles=kFALSE;
  25   Bool_t useAlienPlugin=kTRUE;
  26   TString pluginmode="full";
  27   TString testfileslistWithPlugin="";
  28   Bool_t saveProofToAlien=kFALSE;
  29   TString proofOutdir = "";
  30   TString loadMacroPath="$ALICE_ROOT/PWGHF/vertexingHF/macros/";
  31   //TString loadMacroPath="./"; // this is normally needed for CAF
  32   //
  33
  34   if(analysisMode=="grid") {
  35     // Connect to AliEn
  36     TGrid::Connect("alien://");
  37   } else if(analysisMode=="proof") {
  38     // Connect to the PROOF cluster
  39     if(inputMode!="dataset") {printf("Input mode must be dataset, for proof analysis\n"); return;}
  40     gEnv->SetValue("XSec.GSI.DelegProxy","2");
  41     TProof::Open("alicecaf");
  42     //TProof::Reset("alicecaf");
  43     if(saveProofToAlien) {
  44       TGrid::Connect("alien://");
  45       if(gGrid) {
  46         TString homedir = gGrid->GetHomeDirectory();
  47         TString workdir = homedir + trainName;
  48         if(!gGrid->Cd(workdir)) {
  49           gGrid->Cd(homedir);
  50           if(gGrid->Mkdir(workdir)) {
  51             gGrid->Cd(trainName);
  52             ::Info("VertexingTrain::Connect()", "Directory %s created", gGrid->Pwd());
  53           }
  54         }
  55         gGrid->Mkdir("proof_output");
  56         gGrid->Cd("proof_output");
  57         proofOutdir = Form("alien://%s", gGrid->Pwd());
  58       }
  59     }
  60   }
  61
  62
  63   // AliRoot libraries
  64   if(analysisMode=="local" || analysisMode=="grid") {
  65     TString loadLibraries="LoadLibraries.C"; loadLibraries.Prepend(loadMacroPath.Data());
  66     gROOT->LoadMacro(loadLibraries.Data());
  67     LoadLibraries(useParFiles);
  68   } else if (analysisMode=="proof") {
  69     gSystem->Load("libTree.so");
  70     gSystem->Load("libGeom.so");
  71     gSystem->Load("libPhysics.so");
  72     gSystem->Load("libVMC.so");
  73     gSystem->Load("libMinuit.so");
  74     // Enable the needed packages
  75     //gProof->ClearPackages();
  76     TString parDir="/afs/cern.ch/user/d/dainesea/code/";
  77     TString parFile;
  78     if(!useParFiles) {
  79       gProof->UploadPackage("AF-v4-17");
  80       gProof->EnablePackage("AF-v4-17");
  81       // --- Enable the PWGHFvertexingHF Package
  82       parFile="PWGHFvertexingHF.par"; parFile.Prepend(parDir.Data());
  83       gProof->UploadPackage(parFile.Data());
  84       gProof->EnablePackage("PWGHFvertexingHF");
  85     } else {
  86       // --- Enable the STEERBase Package
  87       parFile="STEERBase.par"; parFile.Prepend(parDir.Data());
  88       gProof->UploadPackage(parFile.Data());
  89       gProof->EnablePackage("STEERBase");
  90       // --- Enable the ESD Package
  91       parFile="ESD.par"; parFile.Prepend(parDir.Data());
  92       gProof->UploadPackage(parFile.Data());
  93       gProof->EnablePackage("ESD");
  94       // --- Enable the AOD Package
  95       parFile="AOD.par"; parFile.Prepend(parDir.Data());
  96       gProof->UploadPackage(parFile.Data());
  97       gProof->EnablePackage("AOD");
  98       // --- Enable the ANALYSIS Package
  99       parFile="ANALYSIS.par"; parFile.Prepend(parDir.Data());
 100       gProof->UploadPackage(parFile.Data());
 101       gProof->EnablePackage("ANALYSIS");
 102       // --- Enable the ANALYSISalice Package
 103       parFile="ANALYSISalice.par"; parFile.Prepend(parDir.Data());
 104       gProof->UploadPackage(parFile.Data());
 105       gProof->EnablePackage("ANALYSISalice");
 106       // --- Enable the CORRFW Package
 107       parFile="CORRFW.par"; parFile.Prepend(parDir.Data());
 108       gProof->UploadPackage(parFile.Data());
 109       gProof->EnablePackage("CORRFW");
 110       // --- Enable the PWGHFbase Package
 111       parFile="PWGHFbase.par"; parFile.Prepend(parDir.Data());
 112       gProof->UploadPackage(parFile.Data());
 113       gProof->EnablePackage("PWGHFbase");
 114       // --- Enable the PWGHFvertexingHF Package
 115       parFile="PWGHFvertexingHF.par"; parFile.Prepend(parDir.Data());
 116       gProof->UploadPackage(parFile.Data());
 117       gProof->EnablePackage("PWGHFvertexingHF");
 118     }
 119     gProof->ShowEnabledPackages(); // show a list of enabled packages
 120   }
 121
 122
 123   // Create Alien plugin, if requested
 124   if(useAlienPlugin) {
 125     //    if(analysisMode!="grid") {printf("Analysis mode must be grid, to use alien plugin\n"); return;}
 126     AliAnalysisGrid *alienHandler = CreateAlienHandler(pluginmode,useParFiles,testfileslistWithPlugin);
 127     if(!alienHandler) return;
 128   }
 129
 130
 131   //-------------------------------------------------------------------
 132   // Prepare input
 133   TChain *chainAOD = 0;
 134   TString dataset; // for proof
 135
 136   if(!useAlienPlugin) {
 137     TString makeAODInputChain="../MakeAODInputChain.C"; makeAODInputChain.Prepend(loadMacroPath.Data());
 138     if(inputMode=="list") {
 139       // Local files
 140       gROOT->LoadMacro(makeAODInputChain.Data());
 141       chainAOD = MakeAODInputChain();// with this it reads ./AliAOD.root and ./AliAOD.VertexingHF.root
 142       //chainAOD = MakeAODInputChain("alien:///alice/cern.ch/user/r/rbala/newtrain/out_lhc08x/180100/",1,1);
 143       printf("ENTRIES %d\n",chainAOD->GetEntries());
 144     } else if(inputMode=="xml") {
 145       // xml
 146       gROOT->LoadMacro(makeAODInputChain.Data());
 147       chainAOD = MakeAODInputChain("collection_aod.xml","collection_aodHF.xml");
 148     } else if(inputMode=="dataset") {
 149       // CAF dataset
 150       //gProof->ShowDataSets();
 151       dataset="/ITS/dainesea/AODVertexingHF_LHC08x_180100";
 152     }
 153   }
 154
 155   // Create the analysis manager
 156   AliAnalysisManager *mgr  = new AliAnalysisManager("My Manager","My Manager");
 157   mgr->SetDebugLevel(10);
 158   // Connect plug-in to the analysis manager
 159   if(useAlienPlugin) mgr->SetGridHandler(alienHandler);
 160
 161   // Input
 162   AliAODInputHandler *inputHandler = new AliAODInputHandler("handler","handler for D2H");
 163   if(analysisMode=="proof" ) {
 164     inputHandler->AddFriend("./AliAOD.VertexingHF.root");
 165     //inputHandler->AddFriend("deltas/AliAOD.VertexingHF.root");
 166     if(saveProofToAlien) mgr->SetSpecialOutputLocation(proofOutdir);
 167   }
 168   mgr->SetInputEventHandler(inputHandler);
 169   //-------------------------------------------------------------------
 170
 171
 172   //-------------------------------------------------------------------
 173   // Analysis tasks (wagons of the train)
 174   //
 175   // First add the task for the PID response setting
 176   gROOT->LoadMacro("$ALICE_ROOT/ANALYSIS/macros/AddTaskPIDResponse.C");
 177   AliAnalysisTaskSE *setupTask = AddTaskPIDResponse(kFALSE,kTRUE);
 178
 179   gROOT->LoadMacro("$ALICE_ROOT/ANALYSIS/macros/AddTaskPIDqa..C");
 180   AliAnalysisTaskPIDqa *pidQA = AddTaskPIDqa();
 181
 182
 183   TString taskName;
 184
 185   ////// ADD THE FULL D2H TRAIN
 186   /*taskName="../AddD2HTrain.C"; taskName.Prepend(loadMacroPath.Data());
 187   gROOT->LoadMacro(taskName.Data());
 188   Bool_t readMC=kFALSE;
 189   AddD2HTrain(readMC);//,1,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0);*/
 190
 191   ////// OR ADD INDIVIDUAL TASKS
 192
 193
 194   /*  taskName="AddTaskCompareHF.C"; taskName.Prepend(loadMacroPath.Data());
 195     gROOT->LoadMacro(taskName.Data());
 196     AliAnalysisTaskSECompareHF *cmpTask = AddTaskCompareHF();
 197     */
 198     taskName="AddTaskD0Mass.C"; taskName.Prepend(loadMacroPath.Data());
 199     gROOT->LoadMacro(taskName.Data());
 200     AliAnalysisTaskSED0Mass *d0massTask = AddTaskD0Mass();
 201     AliAnalysisTaskSED0Mass *d0massLikeSignTask = AddTaskD0Mass(1);
 202     /*
 203     taskName="AddTaskDplus.C"; taskName.Prepend(loadMacroPath.Data());
 204     gROOT->LoadMacro(taskName.Data());
 205     AliAnalysisTaskSEDplus *dplusTask = AddTaskDplus();
 206
 207     taskName="AddTaskDs.C"; taskName.Prepend(loadMacroPath.Data());
 208     gROOT->LoadMacro(taskName.Data());
 209     AliAnalysisTaskSEDs *dsTask = AddTaskDs();
 210
 211     //taskName="AddTaskSelectHF.C"; taskName.Prepend(loadMacroPath.Data());
 212     //gROOT->LoadMacro(taskName.Data());
 213     //AliAnalysisTaskSESelectHF *seleTask = AddTaskSelectHF();
 214
 215     taskName="AddTaskBkgLikeSignD0.C"; taskName.Prepend(loadMacroPath.Data());
 216     gROOT->LoadMacro(taskName.Data());
 217     AliAnalysisTaskSEBkgLikeSignD0 *lsD0Task = AddTaskBkgLikeSignD0();
 218
 219     taskName="AddTaskCFMultiVarMultiStep.C"; taskName.Prepend(loadMacroPath.Data());
 220     gROOT->LoadMacro(taskName.Data());
 221     AliCFHeavyFlavourTaskMultiVarMultiStep *cfmvmsTask = AddTaskCFMultiVarMultiStep();
 222
 223
 224     taskName="AddTaskSECharmFraction.C";
 225     taskName.Prepend(loadMacroPath.Data());
 226     gROOT->LoadMacro(taskName.Data());
 227     Int_t switchMC[5]={0,0,0,0,0};
 228     Int_t ppPbPb=1;// 0 for pp, 1 for PbPb, used to siwtch on/off the removal of daughters from the primary vertex
 229     AliAnalysisTaskSECharmFraction *cFractTask = AddTaskSECharmFraction("standard",switchMC,readMC,kTRUE,kFALSE,"D0toKpiCharmFractCuts.root","c",ppPbPb);
 230     // arguments: filename,switchMC,readmc,usepid,likesign,cutfilename,containerprefix
 231
 232
 233     // attach a private task (not committed)
 234     // (the files MyTask.h MyTask.cxx AddMyTask.C have to be declared in plugin
 235     // configuration, see below)
 236
 237     if(analysisMode.Data()=="proof") {
 238     gProof->LoadMacro("MyTask.cxx++g");
 239     } else {
 240     gROOT->LoadMacro("MyTask.cxx++g");
 241     }
 242     gROOT->LoadMacro("AddMyTask.C");
 243     MyTask *myTask = AddMyTask();
 244
 245
 246     if(analysisMode.Data()=="proof") {
 247     gProof->LoadMacro("AliDStarJets.cxx++g");
 248     } else {
 249     gROOT->LoadMacro("AliDStarJets.cxx++g");
 250     }
 251     gROOT->LoadMacro("AddTaskDStarJets.C");
 252     AliDStarJets *myTask = AddTaskDStarJets();
 253   */
 254   //-------------------------------------------------------------------
 255
 256   //
 257   // Run the analysis
 258   //
 259   if(chainAOD) printf("CHAIN HAS %d ENTRIES\n",(Int_t)chainAOD->GetEntries());
 260
 261   if(!mgr->InitAnalysis()) return;
 262   mgr->PrintStatus();
 263   if(analysisMode=="grid" && !useAlienPlugin) analysisMode="local";
 264   if(analysisMode!="proof") {
 265     mgr->StartAnalysis(analysisMode.Data(),chainAOD,nentries,firstentry);
 266   } else {
 267     // proof
 268     mgr->StartAnalysis(analysisMode.Data(),dataset.Data(),nentries,firstentry);
 269   }
 270
 271   return;
 272 }
 273 //_____________________________________________________________________________
 274 //
 275 AliAnalysisGrid* CreateAlienHandler(TString pluginmode="test",Bool_t useParFiles=kFALSE, TString testfileslistWithPlugin="")
 276 {
 277   // Check if user has a valid token, otherwise make one. This has limitations.
 278   // One can always follow the standard procedure of calling alien-token-init then
 279   //   source /tmp/gclient_env_$UID in the current shell.
 280    AliAnalysisAlien *plugin = new AliAnalysisAlien();
 281    // Set the run mode (can be "full", "test", "offline", "submit" or "terminate")
 282    plugin->SetRunMode(pluginmode.Data());
 283    plugin->SetUser();
 284    // Set versions of used packages
 285    plugin->SetAPIVersion("V1.1x");
 286    plugin->SetROOTVersion();
 287    plugin->SetAliROOTVersion();
 288    plugin->SetNtestFiles(1);
 289    gROOT->LoadMacro("$ALICE_ROOT/PWGHF/vertexingHF/AddGoodRuns.C");
 290
 291    // Declare input data to be processed.
 292    //************************************************
 293    // Set data file list to test on local mode
 294    //************************************************
 295    plugin->SetFileForTestMode(testfileslistWithPlugin.Data());
 296
 297    //************************************************
 298    // Set data search pattern for DATA
 299    //************************************************
 300    //Method 1: To create automatically xml through plugin
 301    plugin->SetGridDataDir("/alice/data/2010/LHC10d"); // specify LHC period
 302    plugin->SetDataPattern("pass2/AOD018/*AliAOD.root"); // specify reco pass and AOD set
 303    plugin->SetFriendChainName("./AliAOD.VertexingHF.root");
 304    // OR plugin->SetFriendChainName("deltas/AliAOD.VertexingHF.root");
 305    // Adds only the good runs from the Monalisa Run Condition Table
 306    // More than one period can be added but the period name has to be removed from GridDataDir (to be tested)
 307    Int_t totruns=0;
 308    //totruns += AddGoodRuns(plugin,"LHC10b"); // specify LHC period
 309    //totruns += AddGoodRuns(plugin,"LHC10c"); // specify LHC period
 310    totruns += AddGoodRuns(plugin,"LHC10d"); // specify LHC period
 311    plugin->SetNrunsPerMaster(totruns);
 312
 313    // Method 2: Declare existing data files (e.g xml collections)
 314
 315    //plugin->AddDataFile("/alice/cern.ch/user/r/rbala/000168068_000170593.xml");
 316    //  plugin->SetDataPattern("*AliAOD.root");
 317    //  plugin->SetFriendChainName("./AliAOD.VertexingHF.root");
 318
 319    //************************************************
 320    // Set data search pattern for MONTECARLO
 321    //************************************************
 322    /*
 323    plugin->SetGridDataDir("/alice/sim/LHC10d3"); // specify MC sample
 324    plugin->SetDataPattern("AOD005/*AliAOD.root"); // specify AOD set
 325    plugin->SetFriendChainName("./AliAOD.VertexingHF.root");
 326    // OR plugin->SetFriendChainName("deltas/AliAOD.VertexingHF.root");
 327    // Adds only the good runs from the Monalisa Run Condition Table
 328    // More than one period can be added!
 329    Int_t totruns=0;
 330    totruns += AddGoodRuns(plugin,"LHC10b","LHC10d3"); // specify LHC period for anchor runs; and the name of the MC production
 331    //totruns += AddGoodRuns(plugin,"LHC10c","LHC10f7"); // specify LHC period for anchor runs;  and the name of the MC production
 332    //totruns += AddGoodRuns(plugin,"LHC10d","LHC10f7"); // specify LHC period for anchor runs;  and the name of the MC production
 333    plugin->SetNrunsPerMaster(totruns);
 334    */
 335    //
 336    // Define alien work directory where all files will be copied. Relative to alien $HOME.
 337    plugin->SetGridWorkingDir("myHFanalysis");
 338    // Name of executable
 339    plugin->SetExecutable("myHFanalysis.sh");
 340    // Declare alien output directory. Relative to working directory.
 341    plugin->SetGridOutputDir("output"); // In this case will be $HOME/work/output
 342    // Declare the analysis source files names separated by blancs. To be compiled runtime
 343    // using ACLiC on the worker nodes.
 344    //plugin->SetAnalysisSource("AliDStarJets.cxx");
 345    // Declare all libraries (other than the default ones for the framework. These will be
 346    // loaded by the generated analysis macro. Add all extra files (task .cxx/.h) here.
 347    plugin->SetAdditionalLibs("libPWGflowBase.so libPWGflowTasks.so libPWGHFbase.so libPWGHFvertexingHF.so");
 348    // use par files
 349    if(useParFiles) {
 350      plugin->EnablePackage("STEERBase.par");
 351      plugin->EnablePackage("ESD.par");
 352      plugin->EnablePackage("AOD.par");
 353      plugin->EnablePackage("ANALYSIS.par");
 354      plugin->EnablePackage("OADB.par");
 355      plugin->EnablePackage("ANALYSISalice.par");
 356      plugin->EnablePackage("CORRFW.par");
 357      plugin->EnablePackage("PWGHFbase.par");
 358      plugin->EnablePackage("PWGHFvertexingHF.par");
 359    }
 360    plugin->AddIncludePath("-I. -I$ROOTSYS/include -I$ALICE_ROOT -I$ALICE_ROOT/include -I$ALICE_ROOT/ITS -I$ALICE_ROOT/TPC -I$ALICE_ROOT/CONTAINERS -I$ALICE_ROOT/STEER/STEER -I$ALICE_ROOT/STEER/STEERBase -I$ALICE_ROOT/STEER/ESD -I$ALICE_ROOT/STEER/AOD -I$ALICE_ROOT/TRD -I$ALICE_ROOT/macros -I$ALICE_ROOT/ANALYSIS  -I$ALICE_ROOT/OADB -I$ALICE_ROOT/PWGHF -I$ALICE_ROOT/PWGHF/base -I$ALICE_ROOT/PWGHF/vertexingHF -I$ALICE_ROOT/PWG/FLOW/Base -I$ALICE_ROOT/PWG/FLOW/Tasks -g");
 361
 362    plugin->SetDefaultOutputs(kTRUE);
 363    // merging via jdl
 364    plugin->SetMergeViaJDL(kTRUE);
 365    plugin->SetOneStageMerging(kFALSE);
 366    plugin->SetMaxMergeStages(2);
 367
 368    // Optionally set a name for the generated analysis macro (default MyAnalysis.C)
 369    plugin->SetAnalysisMacro("AnalysisHF.C");
 370    // Optionally set maximum number of input files/subjob (default 100, put 0 to ignore)
 371    // Optionally modify the name of the generated JDL (default analysis.jdl)
 372    plugin->SetJDLName("TaskHF.jdl");
 373
 374    return plugin;
 375 }