TENDER becomes Tender
[u/mrichter/AliRoot.git] / PWGJE / EMCALJetTasks / macros / runEMCalJetAnalysis.C
1 // runEMCalJetAnalysis.C
2 // =====================
3 // This macro can be used to run a jet analysis within the EMCal Jet Framework.
4 //
5 // Examples:
6 // -> Analyze ESDs from the pA pilot run on the AliEn grid with your task in AnaClass.cxx/.h
7 //     dataType = "ESD", useGrid = kTRUE, pattern = "*ESDs/pass2/*ESDs.root", addCXXs = "AnaClass.cxx", 
8 //     addHs = "AnaClass.h", gridDir = "/alice/data/2012/LHC12g", gridMode = "full", runNumbers = "188359 188362"
9 //     
10 // -> Analyze AODs (up to 96 files) locally given in files_aod.txt
11 //     dataType = "AOD", useGrid = kFALSE, numLocalFiles = 96
12 //
13 // MERGING ON ALIEN
14 // ++++++++++++++++
15 // If you run on the grid, you can monitor the jobs with alimonitor.cern.ch. When enough of them are in DONE state,
16 // you have to merge the output. This can be done automatically, if you just change the gridMode to "terminate" and
17 // give the EXACT name of the task whose output should be merged in uniqueName.
18 // 
19 //
20 // Authors: R. Haake, S. Aiola
21
22 #include <ctime>
23 #include "TGrid.h"
24
25 AliAnalysisGrid* CreateAlienHandler(const char* uniqueName, const char* gridDir, const char* gridMode, const char* runNumbers, 
26                                      const char* pattern, TString additionalCode, TString additionalHeaders, Int_t maxFilesPerWorker, 
27                                      Int_t workerTTL, Bool_t isMC);
28                                     
29 //______________________________________________________________________________
30 void runEMCalJetAnalysis(
31          Bool_t         useGrid             = kTRUE,                      // local or grid
32          const char*    gridMode            = "test",                      // set the grid run mode (can be "full", "test", "offline", "submit" or "terminate")
33          const char*    dataType            = "AOD",                       // set the analysis type, AOD, ESD or sESD
34          const char*    pattern             = "*ESDs/pass2/AOD145/*AOD.root",    // file pattern (here one can specify subdirs like passX etc.) (used on grid)
35          const char*    gridDir             = "/alice/data/2011/LHC11h_2",   // dir on alien, where the files live (used on grid)
36          const char*    runNumbers          = "167903 167915",             // considered run numbers (used on grid)
37          UInt_t         numLocalFiles       = 50,                          // number of files analyzed locally  
38          const char*    runPeriod           = "LHC11h",                    // set the run period (used on grid)
39          const char*    uniqueName          = "EMCalJF_LEGOTrainTest",     // sets base string for the name of the train on the grid
40          UInt_t         pSel                = AliVEvent::kAny,             // used event selection for every task
41          Bool_t         useTender           = kTRUE,                       // trigger, if tender, track and cluster selection should be used (always)
42          Bool_t         isMC                = kFALSE,                      // trigger, if MC handler should be used
43          Bool_t         doBkg               = kTRUE,
44          // Here you have to specify additional code files you want to use but that are not in aliroot
45          const char*    addCXXs             = "",
46          const char*    addHs               = "",
47
48          // These two settings depend on the dataset and your quotas on the AliEN services
49          Int_t          maxFilesPerWorker   = 4,
50          Int_t          workerTTL           = 7200
51
52          )
53 {
54
55   // Some pre-settings and constants
56   enum AlgoType {kKT, kANTIKT};
57   enum JetType  {kFULLJETS, kCHARGEDJETS, kNEUTRALJETS};
58   gSystem->SetFPEMask();
59   gSystem->Setenv("ETRAIN_ROOT", ".");
60   gSystem->Setenv("ETRAIN_PERIOD", runPeriod);
61   // change this objects to strings
62   TString usedData(dataType);
63   TString additionalCXXs(addCXXs);
64   TString additionalHs(addHs);
65   cout << dataType << " analysis chosen" << endl;
66   if (useGrid)  
67   {
68     cout << "-- using AliEn grid.\n";
69     if (usedData == "sESD") 
70     {
71       cout << "Skimmed ESD analysis not available on the grid!" << endl;
72       return;
73     }
74   }
75   else
76     cout << "-- using local analysis.\n";
77   
78
79   // Load necessary libraries
80   LoadLibs();
81
82   // Create analysis manager
83   AliAnalysisManager* mgr = new AliAnalysisManager(uniqueName);
84
85   // Check type of input and create handler for it
86   TString localFiles("-1");
87   if(usedData == "AOD")
88   {
89     localFiles = "files_aod.txt";
90     gROOT->LoadMacro("$ALICE_ROOT/ANALYSIS/macros/train/AddAODHandler.C");
91     AliAODInputHandler* aodH = AddAODHandler();
92   }
93   else if((usedData == "ESD") || (usedData == "sESD"))
94   {
95     if (usedData == "ESD")
96       localFiles = "files_esd.txt";
97     else
98       localFiles = "files_sesd.txt";
99     
100     gROOT->LoadMacro("$ALICE_ROOT/ANALYSIS/macros/train/AddESDHandler.C");
101     AliESDInputHandler* esdH = AddESDHandler();
102   }
103   else
104   {
105     cout << "Data type not recognized! You have to specify ESD, AOD, or sESD!\n";
106   }
107
108   if(!useGrid)
109     cout << "Using " << localFiles.Data() << " as input file list.\n";
110
111   // Create MC handler, if MC is demanded
112   if (isMC && (usedData != "AOD"))
113   {
114     AliMCEventHandler* mcH = new AliMCEventHandler();
115     mcH->SetPreReadMode(AliMCEventHandler::kLmPreRead);
116     mcH->SetReadTR(kTRUE);
117     mgr->SetMCtruthEventHandler(mcH); 
118   }
119   
120   // ################# Now: Add some basic tasks
121
122   // Physics selection task
123   if(!isMC) {
124     gROOT->LoadMacro("$ALICE_ROOT/PWG/EMCAL/macros/AddTaskEmcalPhysicsSelection.C");
125     AliPhysicsSelectionTask *physSelTask = AddTaskEmcalPhysicsSelection(kTRUE, kTRUE, pSel, 5, 5, 10, kTRUE, -1, -1, -1, -1);
126     if (!physSelTask) {
127       cout << "no physSelTask but running on data" << endl; 
128       return; 
129     }
130   }
131
132   // Centrality task
133   if (usedData == "ESD") {
134     gROOT->LoadMacro("$ALICE_ROOT/ANALYSIS/macros/AddTaskCentrality.C");
135     AliCentralitySelectionTask *centralityTask = AddTaskCentrality(kTRUE);
136   }
137
138   // Compatibility task, only needed for skimmed ESD
139   if (usedData == "sESD") {
140     gROOT->LoadMacro("$ALICE_ROOT/PWG/EMCAL/macros/AddTaskEmcalCompat.C");
141     AliEmcalCompatTask *comptask = AddTaskEmcalCompat();
142   }
143
144   // Setup task
145   gROOT->LoadMacro("$ALICE_ROOT/PWG/EMCAL/macros/AddTaskEmcalSetup.C");
146   AliEmcalSetupTask *setupTask = AddTaskEmcalSetup();
147   setupTask->SetGeoPath("$ALICE_ROOT/OADB/EMCAL");
148   
149   // Tender Supplies
150   if (useTender) {
151     gROOT->LoadMacro("$ALICE_ROOT/PWG/EMCAL/macros/AddTaskEmcalPreparation.C");
152     //adjust pass when running locally. On grid give empty string, will be picked up automatically from path to ESD/AOD file
153     AliAnalysisTaskSE *clusm = AddTaskEmcalPreparation(runPeriod,"pass1"); 
154   }
155
156   // Names of the different objects passed around; these are the default names; added here mostly for documentation purposes
157   // rhoName is only set if the background calculation is switched on (doBkg)
158   TString tracksName = "PicoTracks";
159   TString clustersName = "EmcCaloClusters";
160   TString clustersCorrName = "CaloClustersCorr";
161   TString rhoName = "";
162
163   // ################# Now: Call jet preparation macro (picotracks, hadronic corrected caloclusters, ...) 
164   gROOT->LoadMacro("$ALICE_ROOT/PWGJE/EMCALJetTasks/macros/AddTaskJetPreparation.C");
165   TString particlesMCName = "";
166   if(isMC) particlesMCName = "MCParticlesSelected";
167   AddTaskJetPreparation(runPeriod, tracksName, particlesMCName.Data(), clustersName, clustersCorrName);
168
169   // ################# Now: Add jet finders+analyzers
170   gROOT->LoadMacro("$ALICE_ROOT/PWGJE/EMCALJetTasks/macros/AddTaskEmcalJet.C");
171   AliEmcalJetTask* jetFinderTask = AddTaskEmcalJet(tracksName, clustersCorrName, kANTIKT, 0.2, kCHARGEDJETS, 0.150, 0.300);
172
173   if (doBkg) {
174     rhoName = "Rho";
175     AliEmcalJetTask* jetFinderTaskKT = AddTaskEmcalJet(tracksName, clustersCorrName, kKT, 0.2, kCHARGEDJETS, 0.150, 0.300);
176
177     TString kTpcKtJetsName = jetFinderTaskKT->GetName();
178     gROOT->LoadMacro("$ALICE_ROOT/PWGJE/EMCALJetTasks/macros/AddTaskRho.C");
179     rhotask = (AliAnalysisTaskRho*) AddTaskRho(kTpcKtJetsName, tracksName, clustersCorrName, rhoName, 0.2, "TPC", 0.01, 0, 0, 2, kTRUE);
180     //rhotask__->SetScaleFunction(sfunc);
181     //rhotask->SelectCollisionCandidates(kPhysSel);
182     rhotask->SetHistoBins(100,0,250);
183   }
184   // Here you can put in your AddTaskMacro for your task
185   gROOT->LoadMacro("$ALICE_ROOT/PWGJE/EMCALJetTasks/macros/AddTaskEmcalJetSample.C");
186   AliAnalysisTaskEmcalJetSample* anaTask = 0;
187   AddTaskEmcalJetSample(tracksName, clustersCorrName, jetFinderTask->GetName(), rhoName, 4);
188
189   // Set the physics selection for all given tasks
190   TObjArray *toptasks = mgr->GetTasks();
191   for (Int_t i=0; i<toptasks->GetEntries(); ++i) 
192   {
193     AliAnalysisTaskSE *task = dynamic_cast<AliAnalysisTaskSE*>(toptasks->At(i));
194     if (!task)
195       continue;
196     if (task->InheritsFrom("AliPhysicsSelectionTask"))
197       continue;
198     ::Info("setPSel", "Set physics selection for %s (%s)", task->GetName(), task->ClassName());
199     task->SelectCollisionCandidates(pSel);
200   }
201
202   mgr->SetUseProgressBar(1, 25);
203         
204   if (!mgr->InitAnalysis()) 
205     return;
206   mgr->PrintStatus();
207
208   if (useGrid) 
209   {  // GRID CALCULATION
210
211     AliAnalysisGrid *plugin = CreateAlienHandler(uniqueName, gridDir, gridMode, runNumbers, pattern, additionalCXXs, additionalHs, maxFilesPerWorker, workerTTL, isMC);
212     mgr->SetGridHandler(plugin);
213
214     // start analysis
215     cout << "Starting GRID Analysis...";
216     mgr->SetDebugLevel(0);
217     mgr->StartAnalysis("grid");
218   }
219   else
220   {  // LOCAL CALCULATION
221
222     TChain* chain = 0;
223     if (usedData == "AOD") 
224     {
225       gROOT->LoadMacro("$ALICE_ROOT/PWG/EMCAL/macros/CreateAODChain.C");
226       chain = CreateAODChain(localFiles.Data(), numLocalFiles);
227     }
228     else
229     {  // ESD or skimmed ESD
230       gROOT->LoadMacro("$ALICE_ROOT/PWG/EMCAL/macros/CreateESDChain.C");
231       chain = CreateESDChain(localFiles.Data(), numLocalFiles);
232     }
233     
234     // start analysis
235     cout << "Starting LOCAL Analysis...";
236     mgr->SetDebugLevel(2);
237     mgr->StartAnalysis("local", chain);
238   }
239 }
240
241 //______________________________________________________________________________
242 void LoadLibs()
243 {
244   // Load common libraries (better too many than too few)
245   gSystem->Load("libTree");
246   gSystem->Load("libVMC");
247   gSystem->Load("libGeom");
248   gSystem->Load("libGui");
249   gSystem->Load("libXMLParser");
250   gSystem->Load("libMinuit");
251   gSystem->Load("libMinuit2");
252   gSystem->Load("libProof");
253   gSystem->Load("libPhysics");
254   gSystem->Load("libSTEERBase");
255   gSystem->Load("libESD");
256   gSystem->Load("libAOD");
257   gSystem->Load("libOADB");
258   gSystem->Load("libANALYSIS");
259   gSystem->Load("libCDB");
260   gSystem->Load("libRAWDatabase");
261   gSystem->Load("libSTEER");
262   gSystem->Load("libEVGEN");
263   gSystem->Load("libANALYSISalice");
264   gSystem->Load("libCORRFW");
265   gSystem->Load("libTOFbase");
266   //gSystem->Load("libTOFrec");
267   gSystem->Load("libRAWDatabase.so");
268   gSystem->Load("libRAWDatarec.so");
269   gSystem->Load("libTPCbase.so");
270   gSystem->Load("libTPCrec.so");
271   gSystem->Load("libITSbase.so");
272   gSystem->Load("libITSrec.so");
273   gSystem->Load("libTRDbase.so");
274   gSystem->Load("libTender.so");
275   gSystem->Load("libSTAT.so");
276   gSystem->Load("libTRDrec.so");
277   gSystem->Load("libHMPIDbase.so");
278   gSystem->Load("libPWGPP.so");
279   gSystem->Load("libPWGHFbase");
280   gSystem->Load("libPWGDQdielectron");
281   gSystem->Load("libPWGHFhfe");
282   gSystem->Load("libEMCALUtils");
283   gSystem->Load("libPHOSUtils");
284   gSystem->Load("libPWGCaloTrackCorrBase");
285   gSystem->Load("libEMCALraw");
286   gSystem->Load("libEMCALbase");
287   gSystem->Load("libEMCALrec");
288   gSystem->Load("libTRDbase");
289   gSystem->Load("libVZERObase");
290   gSystem->Load("libVZEROrec");
291   gSystem->Load("libTender");
292   gSystem->Load("libTenderSupplies");
293   gSystem->Load("libPWGTools");
294   gSystem->Load("libPWGEMCAL");
295   gSystem->Load("libESDfilter");
296   gSystem->Load("libPWGGAEMCALTasks");
297   gSystem->Load("libPWGCFCorrelationsBase");
298   gSystem->Load("libPWGCFCorrelationsDPhi");
299
300   //load CGAL, Fastjet and SISCone
301   gSystem->Load("libCGAL");
302   gSystem->Load("libfastjet");
303     //For FastJet 3.x use siscon*,fastjetplugins for 2.x use SISConePlugin
304   //  gSystem->Load("libSISConePlugin");
305   // gSystem->Load("libCDFConesPlugin");
306   gSystem->Load("libsiscone");
307   gSystem->Load("libsiscone_spherical");
308   gSystem->Load("libfastjetplugins");
309   gSystem->Load("libfastjettools");
310   gSystem->Load("libfastjetcontribfragile");
311   //
312   gSystem->Load("libJETAN");
313 //  gSystem->Load("libFASTJETAN");
314   gSystem->Load("libPWGJEEMCALJetTasks");
315
316
317   // include paths
318   gSystem->AddIncludePath("-Wno-deprecated");
319   gSystem->AddIncludePath("-I$ALICE_ROOT -I$ALICE_ROOT/include -I$ALICE_ROOT/EMCAL");
320   gSystem->AddIncludePath("-I$ALICE_ROOT/PWGDQ/dielectron -I$ALICE_ROOT/PWGHF/hfe");
321   gSystem->AddIncludePath("-I$ALICE_ROOT/JETAN -I$ALICE_ROOT/JETAN/fastjet");
322 }
323
324 AliAnalysisGrid* CreateAlienHandler(const char* uniqueName, const char* gridDir, const char* gridMode, const char* runNumbers, 
325                                      const char* pattern, TString additionalCode, TString additionalHeaders, Int_t maxFilesPerWorker, 
326                                      Int_t workerTTL, Bool_t isMC)
327 {
328   TDatime currentTime;
329   TString tmpName(uniqueName);
330
331   // Only add current date and time when not in terminate mode! In this case the exact name has to be supplied by the user
332   if(strcmp(gridMode, "terminate"))
333   {
334     tmpName += "_";
335     tmpName += currentTime.GetDate();
336     tmpName += "_";
337     tmpName += currentTime.GetTime();
338   }
339
340   TString tmpAdditionalLibs("");
341   tmpAdditionalLibs = Form("libTree.so libVMC.so libGeom.so libGui.so libXMLParser.so libMinuit.so libMinuit2.so libProof.so libPhysics.so libSTEERBase.so libESD.so libAOD.so libOADB.so libANALYSIS.so libCDB.so libRAWDatabase.so libSTEER.so libANALYSISalice.so libCORRFW.so libTOFbase.so libRAWDatabase.so libRAWDatarec.so libTPCbase.so libTPCrec.so libITSbase.so libITSrec.so libTRDbase.so libTender.so libSTAT.so libTRDrec.so libHMPIDbase.so libPWGPP.so libPWGHFbase.so libPWGDQdielectron.so libPWGHFhfe.so libEMCALUtils.so libPHOSUtils.so libPWGCaloTrackCorrBase.so libEMCALraw.so libEMCALbase.so libEMCALrec.so libTRDbase.so libVZERObase.so libVZEROrec.so libTender.so libTenderSupplies.so libESDfilter.so libPWGTools.so libPWGEMCAL.so libPWGGAEMCALTasks.so libPWGCFCorrelationsBase.so libPWGCFCorrelationsDPhi.so  libCGAL.so libJETAN.so libfastjet.so libsiscone.so libsiscone_spherical.so libfastjetplugins.so libfastjettools.so libfastjetcontribfragile.so libPWGJE.so libPWGmuon.so libPWGJEEMCALJetTasks.so %s %s",additionalCode.Data(),additionalHeaders.Data());
342
343
344   TString macroName("");
345   TString execName("");
346   TString jdlName("");
347   macroName = Form("%s.C", tmpName.Data());
348   execName = Form("%s.sh", tmpName.Data());
349   jdlName = Form("%s.jdl", tmpName.Data());
350
351   AliAnalysisAlien *plugin = new AliAnalysisAlien();
352   plugin->SetOverwriteMode();
353   plugin->SetRunMode(gridMode);
354      
355   // Here you can set the (Ali)ROOT version you want to use
356   plugin->SetAPIVersion("V1.1x");
357   plugin->SetROOTVersion("v5-34-08-6");
358   plugin->SetAliROOTVersion("vAN-20140525");
359
360   plugin->SetGridDataDir(gridDir); // e.g. "/alice/sim/LHC10a6"
361   plugin->SetDataPattern(pattern); //dir structure in run directory
362   if (!isMC)
363    plugin->SetRunPrefix("000");
364
365   plugin->AddRunList(runNumbers);
366
367   plugin->SetGridWorkingDir(Form("work/%s",tmpName.Data()));
368   plugin->SetGridOutputDir("output"); // In this case will be $HOME/work/output
369
370   plugin->SetAnalysisSource(additionalCode.Data());
371   plugin->SetAdditionalLibs(tmpAdditionalLibs.Data());
372   plugin->AddExternalPackage("boost::v1_43_0");
373   plugin->AddExternalPackage("cgal::v3.6");
374   plugin->AddExternalPackage("fastjet::v2.4.2");
375
376   plugin->SetDefaultOutputs(kTRUE);
377   //plugin->SetMergeExcludes("");
378   plugin->SetAnalysisMacro(macroName.Data());
379   plugin->SetSplitMaxInputFileNumber(maxFilesPerWorker);
380   plugin->SetExecutable(execName.Data());
381   plugin->SetTTL(workerTTL);
382   plugin->SetInputFormat("xml-single");
383   plugin->SetJDLName(jdlName.Data());
384   plugin->SetPrice(1);      
385   plugin->SetSplitMode("se");
386
387   return plugin;
388 }