PWGJE/EMCALJetTasks/macros/runEMCalJetAnalysis.C

   1 // runEMCalJetAnalysis.C
   2 // =====================
   3 // This macro can be used to run a jet analysis within the EMCal Jet Framework.
   4 //
   5 // Examples:
   6 // -> Analyze ESDs from the pA pilot run on the AliEn grid with your task in AnaClass.cxx/.h
   7 //     dataType = "ESD", useGrid = kTRUE, pattern = "*ESDs/pass2/*ESDs.root", addCXXs = "AnaClass.cxx",
   8 //     addHs = "AnaClass.h", gridDir = "/alice/data/2012/LHC12g", gridMode = "full", runNumbers = "188359 188362"
   9 //
  10 // -> Analyze AODs (up to 96 files) locally given in files_aod.txt
  11 //     dataType = "AOD", useGrid = kFALSE, numLocalFiles = 96
  12 //
  13 // MERGING ON ALIEN
  14 // ++++++++++++++++
  15 // If you run on the grid, you can monitor the jobs with alimonitor.cern.ch. When enough of them are in DONE state,
  16 // you have to merge the output. This can be done automatically, if you just change the gridMode to "terminate" and
  17 // give the EXACT name of the task whose output should be merged in uniqueName.
  18 //
  19 //
  20 // Authors: R. Haake, S. Aiola
  21
  22 #include <ctime>
  23 #include "TGrid.h"
  24
  25 AliAnalysisGrid* CreateAlienHandler(const char* uniqueName, const char* gridDir, const char* gridMode, const char* runNumbers,
  26                                      const char* pattern, TString additionalCode, TString additionalHeaders, Int_t maxFilesPerWorker,
  27                                      Int_t workerTTL, Bool_t isMC);
  28
  29 //______________________________________________________________________________
  30 void runEMCalJetAnalysis(
  31          Bool_t         useGrid             = kTRUE,                      // local or grid
  32          const char*    gridMode            = "test",                      // set the grid run mode (can be "full", "test", "offline", "submit" or "terminate")
  33          const char*    dataType            = "AOD",                       // set the analysis type, AOD, ESD or sESD
  34          const char*    pattern             = "*ESDs/pass2/AOD145/*AOD.root",    // file pattern (here one can specify subdirs like passX etc.) (used on grid)
  35          const char*    gridDir             = "/alice/data/2011/LHC11h_2",   // dir on alien, where the files live (used on grid)
  36          const char*    runNumbers          = "167903 167915",             // considered run numbers (used on grid)
  37          UInt_t         numLocalFiles       = 50,                          // number of files analyzed locally
  38          const char*    runPeriod           = "LHC11h",                    // set the run period (used on grid)
  39          const char*    uniqueName          = "EMCalJF_LEGOTrainTest",     // sets base string for the name of the train on the grid
  40          UInt_t         pSel                = AliVEvent::kAny,             // used event selection for every task
  41          Bool_t         useTender           = kTRUE,                       // trigger, if tender, track and cluster selection should be used (always)
  42          Bool_t         isMC                = kFALSE,                      // trigger, if MC handler should be used
  43          Bool_t         doBkg               = kTRUE,
  44          // Here you have to specify additional code files you want to use but that are not in aliroot
  45          const char*    addCXXs             = "",
  46          const char*    addHs               = "",
  47
  48          // These two settings depend on the dataset and your quotas on the AliEN services
  49          Int_t          maxFilesPerWorker   = 4,
  50          Int_t          workerTTL           = 7200
  51
  52          )
  53 {
  54
  55   // Some pre-settings and constants
  56   enum AlgoType {kKT, kANTIKT};
  57   enum JetType  {kFULLJETS, kCHARGEDJETS, kNEUTRALJETS};
  58   gSystem->SetFPEMask();
  59   gSystem->Setenv("ETRAIN_ROOT", ".");
  60   gSystem->Setenv("ETRAIN_PERIOD", runPeriod);
  61   // change this objects to strings
  62   TString usedData(dataType);
  63   TString additionalCXXs(addCXXs);
  64   TString additionalHs(addHs);
  65   cout << dataType << " analysis chosen" << endl;
  66   if (useGrid)
  67   {
  68     cout << "-- using AliEn grid.\n";
  69     if (usedData == "sESD")
  70     {
  71       cout << "Skimmed ESD analysis not available on the grid!" << endl;
  72       return;
  73     }
  74   }
  75   else
  76     cout << "-- using local analysis.\n";
  77
  78
  79   // Load necessary libraries
  80   LoadLibs();
  81
  82   // Create analysis manager
  83   AliAnalysisManager* mgr = new AliAnalysisManager(uniqueName);
  84
  85   // Check type of input and create handler for it
  86   TString localFiles("-1");
  87   if(usedData == "AOD")
  88   {
  89     localFiles = "files_aod.txt";
  90     gROOT->LoadMacro("$ALICE_ROOT/ANALYSIS/macros/train/AddAODHandler.C");
  91     AliAODInputHandler* aodH = AddAODHandler();
  92   }
  93   else if((usedData == "ESD") || (usedData == "sESD"))
  94   {
  95     if (usedData == "ESD")
  96       localFiles = "files_esd.txt";
  97     else
  98       localFiles = "files_sesd.txt";
  99
 100     gROOT->LoadMacro("$ALICE_ROOT/ANALYSIS/macros/train/AddESDHandler.C");
 101     AliESDInputHandler* esdH = AddESDHandler();
 102   }
 103   else
 104   {
 105     cout << "Data type not recognized! You have to specify ESD, AOD, or sESD!\n";
 106   }
 107
 108   if(!useGrid)
 109     cout << "Using " << localFiles.Data() << " as input file list.\n";
 110
 111   // Create MC handler, if MC is demanded
 112   if (isMC && (usedData != "AOD"))
 113   {
 114     AliMCEventHandler* mcH = new AliMCEventHandler();
 115     mcH->SetPreReadMode(AliMCEventHandler::kLmPreRead);
 116     mcH->SetReadTR(kTRUE);
 117     mgr->SetMCtruthEventHandler(mcH);
 118   }
 119
 120   // ################# Now: Add some basic tasks
 121
 122   // Physics selection task
 123   if(!isMC) {
 124     gROOT->LoadMacro("$ALICE_ROOT/PWG/EMCAL/macros/AddTaskEmcalPhysicsSelection.C");
 125     AliPhysicsSelectionTask *physSelTask = AddTaskEmcalPhysicsSelection(kTRUE, kTRUE, pSel, 5, 5, 10, kTRUE, -1, -1, -1, -1);
 126     if (!physSelTask) {
 127       cout << "no physSelTask but running on data" << endl;
 128       return;
 129     }
 130   }
 131
 132   // Centrality task
 133   if (usedData == "ESD") {
 134     gROOT->LoadMacro("$ALICE_ROOT/OADB/macros/AddTaskCentrality.C");
 135     AliCentralitySelectionTask *centralityTask = AddTaskCentrality(kTRUE);
 136   }
 137
 138   // Compatibility task, only needed for skimmed ESD
 139   if (usedData == "sESD") {
 140     gROOT->LoadMacro("$ALICE_ROOT/PWG/EMCAL/macros/AddTaskEmcalCompat.C");
 141     AliEmcalCompatTask *comptask = AddTaskEmcalCompat();
 142   }
 143
 144   // Setup task
 145   gROOT->LoadMacro("$ALICE_ROOT/PWG/EMCAL/macros/AddTaskEmcalSetup.C");
 146   AliEmcalSetupTask *setupTask = AddTaskEmcalSetup();
 147   setupTask->SetGeoPath("$ALICE_ROOT/OADB/EMCAL");
 148
 149   // Tender Supplies
 150   if (useTender) {
 151     gROOT->LoadMacro("$ALICE_ROOT/PWG/EMCAL/macros/AddTaskEmcalPreparation.C");
 152     //adjust pass when running locally. On grid give empty string, will be picked up automatically from path to ESD/AOD file
 153     AliAnalysisTaskSE *clusm = AddTaskEmcalPreparation(runPeriod,"pass1");
 154   }
 155
 156   // Names of the different objects passed around; these are the default names; added here mostly for documentation purposes
 157   // rhoName is only set if the background calculation is switched on (doBkg)
 158   TString tracksName = "PicoTracks";
 159   TString clustersName = "EmcCaloClusters";
 160   TString clustersCorrName = "CaloClustersCorr";
 161   TString rhoName = "";
 162
 163   // ################# Now: Call jet preparation macro (picotracks, hadronic corrected caloclusters, ...)
 164   gROOT->LoadMacro("$ALICE_ROOT/PWGJE/EMCALJetTasks/macros/AddTaskJetPreparation.C");
 165   TString particlesMCName = "";
 166   if(isMC) particlesMCName = "MCParticlesSelected";
 167   AddTaskJetPreparation(runPeriod, tracksName, particlesMCName.Data(), clustersName, clustersCorrName);
 168
 169   // ################# Now: Add jet finders+analyzers
 170   gROOT->LoadMacro("$ALICE_ROOT/PWGJE/EMCALJetTasks/macros/AddTaskEmcalJet.C");
 171   AliEmcalJetTask* jetFinderTask = AddTaskEmcalJet(tracksName, clustersCorrName, kANTIKT, 0.2, kCHARGEDJETS, 0.150, 0.300);
 172
 173   if (doBkg) {
 174     rhoName = "Rho";
 175     AliEmcalJetTask* jetFinderTaskKT = AddTaskEmcalJet(tracksName, clustersCorrName, kKT, 0.2, kCHARGEDJETS, 0.150, 0.300);
 176
 177     TString kTpcKtJetsName = jetFinderTaskKT->GetName();
 178     gROOT->LoadMacro("$ALICE_ROOT/PWGJE/EMCALJetTasks/macros/AddTaskRho.C");
 179     rhotask = (AliAnalysisTaskRho*) AddTaskRho(kTpcKtJetsName, tracksName, clustersCorrName, rhoName, 0.2, "TPC", 0.01, 0, 0, 2, kTRUE);
 180     //rhotask__->SetScaleFunction(sfunc);
 181     //rhotask->SelectCollisionCandidates(kPhysSel);
 182     rhotask->SetHistoBins(100,0,250);
 183   }
 184   // Here you can put in your AddTaskMacro for your task
 185   gROOT->LoadMacro("$ALICE_ROOT/PWGJE/EMCALJetTasks/macros/AddTaskEmcalJetSample.C");
 186   AliAnalysisTaskEmcalJetSample* anaTask = 0;
 187   AddTaskEmcalJetSample(tracksName, clustersCorrName, jetFinderTask->GetName(), rhoName, 4);
 188
 189   // Set the physics selection for all given tasks
 190   TObjArray *toptasks = mgr->GetTasks();
 191   for (Int_t i=0; i<toptasks->GetEntries(); ++i)
 192   {
 193     AliAnalysisTaskSE *task = dynamic_cast<AliAnalysisTaskSE*>(toptasks->At(i));
 194     if (!task)
 195       continue;
 196     if (task->InheritsFrom("AliPhysicsSelectionTask"))
 197       continue;
 198     ::Info("setPSel", "Set physics selection for %s (%s)", task->GetName(), task->ClassName());
 199     task->SelectCollisionCandidates(pSel);
 200   }
 201
 202   mgr->SetUseProgressBar(1, 25);
 203
 204   if (!mgr->InitAnalysis())
 205     return;
 206   mgr->PrintStatus();
 207
 208   if (useGrid)
 209   {  // GRID CALCULATION
 210
 211     AliAnalysisGrid *plugin = CreateAlienHandler(uniqueName, gridDir, gridMode, runNumbers, pattern, additionalCXXs, additionalHs, maxFilesPerWorker, workerTTL, isMC);
 212     mgr->SetGridHandler(plugin);
 213
 214     // start analysis
 215     cout << "Starting GRID Analysis...";
 216     mgr->SetDebugLevel(0);
 217     mgr->StartAnalysis("grid");
 218   }
 219   else
 220   {  // LOCAL CALCULATION
 221
 222     TChain* chain = 0;
 223     if (usedData == "AOD")
 224     {
 225       gROOT->LoadMacro("$ALICE_ROOT/PWG/EMCAL/macros/CreateAODChain.C");
 226       chain = CreateAODChain(localFiles.Data(), numLocalFiles);
 227     }
 228     else
 229     {  // ESD or skimmed ESD
 230       gROOT->LoadMacro("$ALICE_ROOT/PWG/EMCAL/macros/CreateESDChain.C");
 231       chain = CreateESDChain(localFiles.Data(), numLocalFiles);
 232     }
 233
 234     // start analysis
 235     cout << "Starting LOCAL Analysis...";
 236     mgr->SetDebugLevel(2);
 237     mgr->StartAnalysis("local", chain);
 238   }
 239 }
 240
 241 //______________________________________________________________________________
 242 void LoadLibs()
 243 {
 244   // Load common libraries (better too many than too few)
 245   gSystem->Load("libTree");
 246   gSystem->Load("libVMC");
 247   gSystem->Load("libGeom");
 248   gSystem->Load("libGui");
 249   gSystem->Load("libXMLParser");
 250   gSystem->Load("libMinuit");
 251   gSystem->Load("libMinuit2");
 252   gSystem->Load("libProof");
 253   gSystem->Load("libPhysics");
 254   gSystem->Load("libSTEERBase");
 255   gSystem->Load("libESD");
 256   gSystem->Load("libAOD");
 257   gSystem->Load("libOADB");
 258   gSystem->Load("libANALYSIS");
 259   gSystem->Load("libCDB");
 260   gSystem->Load("libRAWDatabase");
 261   gSystem->Load("libSTEER");
 262   gSystem->Load("libEVGEN");
 263   gSystem->Load("libANALYSISalice");
 264   gSystem->Load("libCORRFW");
 265   gSystem->Load("libTOFbase");
 266   //gSystem->Load("libTOFrec");
 267   gSystem->Load("libRAWDatabase");
 268   gSystem->Load("libRAWDatarec");
 269   gSystem->Load("libTPCbase");
 270   gSystem->Load("libTPCrec");
 271   gSystem->Load("libITSbase");
 272   gSystem->Load("libITSrec");
 273   gSystem->Load("libTRDbase");
 274   gSystem->Load("libTender");
 275   gSystem->Load("libSTAT");
 276   gSystem->Load("libTRDrec");
 277   gSystem->Load("libHMPIDbase");
 278   gSystem->Load("libPWGPP");
 279   gSystem->Load("libPWGHFbase");
 280   gSystem->Load("libPWGDQdielectron");
 281   gSystem->Load("libPWGHFhfe");
 282   gSystem->Load("libEMCALUtils");
 283   gSystem->Load("libPHOSUtils");
 284   gSystem->Load("libPWGCaloTrackCorrBase");
 285   gSystem->Load("libEMCALraw");
 286   gSystem->Load("libEMCALbase");
 287   gSystem->Load("libEMCALrec");
 288   gSystem->Load("libTRDbase");
 289   gSystem->Load("libVZERObase");
 290   gSystem->Load("libVZEROrec");
 291   gSystem->Load("libTender");
 292   gSystem->Load("libTenderSupplies");
 293   gSystem->Load("libPWGTools");
 294   gSystem->Load("libPWGEMCAL");
 295   gSystem->Load("libESDfilter");
 296   gSystem->Load("libPWGGAEMCALTasks");
 297   gSystem->Load("libPWGCFCorrelationsBase");
 298   gSystem->Load("libPWGCFCorrelationsDPhi");
 299
 300   //load CGAL, Fastjet and SISCone
 301   gSystem->Load("libCGAL");
 302   gSystem->Load("libfastjet");
 303     //For FastJet 3.x use siscon*,fastjetplugins for 2.x use SISConePlugin
 304   //  gSystem->Load("libSISConePlugin");
 305   // gSystem->Load("libCDFConesPlugin");
 306   gSystem->Load("libsiscone");
 307   gSystem->Load("libsiscone_spherical");
 308   gSystem->Load("libfastjetplugins");
 309   gSystem->Load("libfastjettools");
 310   gSystem->Load("libfastjetcontribfragile");
 311   //
 312   gSystem->Load("libJETAN");
 313 //  gSystem->Load("libFASTJETAN");
 314   gSystem->Load("libPWGJEEMCALJetTasks");
 315
 316
 317   // include paths
 318   gSystem->AddIncludePath("-Wno-deprecated");
 319   gSystem->AddIncludePath("-I$ALICE_ROOT -I$ALICE_ROOT/include -I$ALICE_ROOT/EMCAL");
 320   gSystem->AddIncludePath("-I$ALICE_ROOT/PWGDQ/dielectron -I$ALICE_ROOT/PWGHF/hfe");
 321   gSystem->AddIncludePath("-I$ALICE_ROOT/JETAN -I$ALICE_ROOT/JETAN/fastjet");
 322 }
 323
 324 AliAnalysisGrid* CreateAlienHandler(const char* uniqueName, const char* gridDir, const char* gridMode, const char* runNumbers,
 325                                      const char* pattern, TString additionalCode, TString additionalHeaders, Int_t maxFilesPerWorker,
 326                                      Int_t workerTTL, Bool_t isMC)
 327 {
 328   TDatime currentTime;
 329   TString tmpName(uniqueName);
 330
 331   // Only add current date and time when not in terminate mode! In this case the exact name has to be supplied by the user
 332   if(strcmp(gridMode, "terminate"))
 333   {
 334     tmpName += "_";
 335     tmpName += currentTime.GetDate();
 336     tmpName += "_";
 337     tmpName += currentTime.GetTime();
 338   }
 339
 340   TString tmpAdditionalLibs("");
 341   tmpAdditionalLibs = Form("libTree.so libVMC.so libGeom.so libGui.so libXMLParser.so libMinuit.so libMinuit2.so libProof.so libPhysics.so libSTEERBase.so libESD.so libAOD.so libOADB.so libANALYSIS.so libCDB.so libRAWDatabase.so libSTEER.so libANALYSISalice.so libCORRFW.so libTOFbase.so libRAWDatabase.so libRAWDatarec.so libTPCbase.so libTPCrec.so libITSbase.so libITSrec.so libTRDbase.so libTender.so libSTAT.so libTRDrec.so libHMPIDbase.so libPWGPP.so libPWGHFbase.so libPWGDQdielectron.so libPWGHFhfe.so libEMCALUtils.so libPHOSUtils.so libPWGCaloTrackCorrBase.so libEMCALraw.so libEMCALbase.so libEMCALrec.so libTRDbase.so libVZERObase.so libVZEROrec.so libTender.so libTenderSupplies.so libESDfilter.so libPWGTools.so libPWGEMCAL.so libPWGGAEMCALTasks.so libPWGCFCorrelationsBase.so libPWGCFCorrelationsDPhi.so  libCGAL.so libJETAN.so libfastjet.so libsiscone.so libsiscone_spherical.so libfastjetplugins.so libfastjettools.so libfastjetcontribfragile.so libPWGJE.so libPWGmuon.so libPWGJEEMCALJetTasks.so %s %s",additionalCode.Data(),additionalHeaders.Data());
 342
 343
 344   TString macroName("");
 345   TString execName("");
 346   TString jdlName("");
 347   macroName = Form("%s.C", tmpName.Data());
 348   execName = Form("%s.sh", tmpName.Data());
 349   jdlName = Form("%s.jdl", tmpName.Data());
 350
 351   AliAnalysisAlien *plugin = new AliAnalysisAlien();
 352   plugin->SetOverwriteMode();
 353   plugin->SetRunMode(gridMode);
 354
 355   // Here you can set the (Ali)ROOT version you want to use
 356   plugin->SetAPIVersion("V1.1x");
 357   plugin->SetROOTVersion("v5-34-08-6");
 358   plugin->SetAliROOTVersion("vAN-20140525");
 359
 360   plugin->SetGridDataDir(gridDir); // e.g. "/alice/sim/LHC10a6"
 361   plugin->SetDataPattern(pattern); //dir structure in run directory
 362   if (!isMC)
 363    plugin->SetRunPrefix("000");
 364
 365   plugin->AddRunList(runNumbers);
 366
 367   plugin->SetGridWorkingDir(Form("work/%s",tmpName.Data()));
 368   plugin->SetGridOutputDir("output"); // In this case will be $HOME/work/output
 369
 370   plugin->SetAnalysisSource(additionalCode.Data());
 371   plugin->SetAdditionalLibs(tmpAdditionalLibs.Data());
 372   plugin->AddExternalPackage("boost::v1_43_0");
 373   plugin->AddExternalPackage("cgal::v3.6");
 374   plugin->AddExternalPackage("fastjet::v2.4.2");
 375
 376   plugin->SetDefaultOutputs(kTRUE);
 377   //plugin->SetMergeExcludes("");
 378   plugin->SetAnalysisMacro(macroName.Data());
 379   plugin->SetSplitMaxInputFileNumber(maxFilesPerWorker);
 380   plugin->SetExecutable(execName.Data());
 381   plugin->SetTTL(workerTTL);
 382   plugin->SetInputFormat("xml-single");
 383   plugin->SetJDLName(jdlName.Data());
 384   plugin->SetPrice(1);
 385   plugin->SetSplitMode("se");
 386
 387   return plugin;
 388 }