PWGPP/macros/runAnalysisTaskITSTPCalignment.C

   1 void runAnalysisTaskITSTPCalignment()
   2 {
   3   TStopwatch timer;
   4   timer.Start();
   5
   6   //runProof("/ITS/dainesea/run104070#esdTree");
   7   //runProof("/ITS/dainesea/run104070_newTPCalign#esdTree");
   8   //runProof("/ALIREC/aliprod/run104671#esdTree");
   9   //runProof("/ITS/dainesea/run104070_newTPCcalib#esdTree");
  10   //runProof("/COMMON/COMMON/LHC09d9a_0.9TeV_0.5T#esdTree");
  11   //runLocal("find /data/alice3/mikolaj/runs_pp/pass1/ -name AliESDs.root","tree");
  12   //runLocal("find /data/alice3/mikolaj/ITSmisal -path */0.001/* -name AliESDs.root","tree");
  13   //runLocal("find /data/alice3/mikolaj/TPCfullmisalignmentB0 -name AliESDs.root","tree");
  14   //runLocal("find /data/alice3/mikolaj/TPCfullmisalignmentB5/ -name AliESDs.root -path \"*187824*\" ","tree");
  15   //runLocal("find /data/alice3/mikolaj/TPCfullmisalignmentB5/ -name AliESDs.root","tree");
  16   runLocal("fileList");
  17   //runAlienPlugin("terminate");
  18
  19   timer.Stop();
  20   timer.Print();
  21 }
  22
  23 //______________________________________________________________________________
  24 void runLocal(TString inputFile = "fileList", TString options="")
  25 {
  26
  27   TString outputFilename = "outputITSTPCalignment.root";
  28
  29   gSystem->Load("libCore");
  30   gSystem->Load("libTree");
  31   gSystem->Load("libGeom");
  32   gSystem->Load("libVMC");
  33   gSystem->Load("libXMLIO");
  34   gSystem->Load("libPhysics");
  35   gSystem->Load("libXMLParser");
  36   gSystem->Load("libProof");
  37   gSystem->Load("libMinuit");
  38   gSystem->Load("libSTEERBase");
  39   gSystem->Load("libCDB");
  40   gSystem->Load("libRAWDatabase");
  41   gSystem->Load("libRAWDatarec");
  42   gSystem->Load("libESD");
  43   gSystem->Load("libAOD");
  44   gSystem->Load("libSTEER");
  45   gSystem->Load("libANALYSIS");
  46   gSystem->Load("libANALYSISalice");
  47   gSystem->Load("libSTAT");
  48   gSystem->Load("libTPCbase");
  49   gSystem->Load("libTPCrec");
  50   gSystem->Load("libITSbase");
  51   gSystem->Load("libITSrec");
  52   gSystem->Load("libTRDbase");
  53   gSystem->Load("libTRDrec");
  54   gSystem->Load("libVZERObase");
  55   gSystem->Load("libVZEROrec");
  56   gSystem->Load("libHMPIDbase");
  57   gSystem->Load("libTENDER");
  58   gSystem->Load("libTENDERSupplies");
  59   gSystem->Load("libPWGPP");
  60
  61   gSystem->AddIncludePath("-I$ALICE_ROOT/include");
  62   //gROOT->LoadMacro("AliRelAlignerKalman.cxx++");
  63   //gROOT->LoadMacro("AliRelAlignerKalmanArray.cxx++g");
  64   //gROOT->LoadMacro("AliAnalysisTaskITSTPCalignment.cxx++g");
  65   gROOT->LoadMacro("AddTaskITSTPCalignment.C");
  66
  67   gROOT->LoadMacro("$ALICE_ROOT/PWG0/CreateESDChain.C");
  68   TChain* chain = CreateESDChain(inputFile,100000);
  69
  70   // analysis manager
  71   AliAnalysisManager *mgr = new AliAnalysisManager("ITSTPCalignmentAnalysisManager");
  72
  73   // input handlers
  74   AliESDInputHandler* esdH = new AliESDInputHandler();
  75   esdH->SetReadFriends(kTRUE);
  76   esdH->SetInactiveBranches("Calo FMD");
  77   mgr->SetInputEventHandler(esdH);
  78
  79   //AliMCEventHandler* MCH = new AliMCEventHandler();
  80   //mgr->SetMCtruthEventHandler(MCH);
  81
  82   //add the task
  83   AliAnalysisTaskITSTPCalignment *task = AddTaskITSTPCalignment();
  84
  85   //start analysis
  86   if (!mgr->InitAnalysis()) return;
  87   mgr->PrintStatus();
  88
  89   mgr->StartAnalysis("local",chain);
  90 }
  91
  92 //______________________________________________________________________________
  93 void runProof(const char* dataset, TString options="" )
  94 {
  95
  96   TString outputFilename = "outputITSTPCalignment.root";
  97
  98   printf("****** Connect to PROOF *******\n");
  99   gEnv->SetValue("XSec.GSI.DelegProxy","2");
 100   TProof::Open("mkrzewic@alicecaf.cern.ch");
 101   //gProof->SetParallel();
 102   gProof->ClearPackages();
 103
 104   // Enable the Analysis Package
 105   gProof->UploadPackage("STEERBase.par");
 106   gProof->EnablePackage("STEERBase");
 107   gProof->UploadPackage("ESD.par");
 108   gProof->EnablePackage("ESD");
 109   gProof->UploadPackage("AOD.par");
 110   gProof->EnablePackage("AOD");
 111   gProof->UploadPackage("ANALYSIS.par");
 112   gProof->EnablePackage("ANALYSIS");
 113   gProof->UploadPackage("ANALYSISalice.par");
 114   gProof->EnablePackage("ANALYSISalice");
 115   gProof->UploadPackage("CORRFW.par");
 116   gProof->EnablePackage("CORRFW");
 117
 118   //gProof->UploadPackage("/afs/cern.ch/alice/caf/sw/ALICE/PARs/v4-18-12-AN/AF-v4-18-12-AN");
 119   //gProof->EnablePackage("/afs/cern.ch/alice/caf/sw/ALICE/PARs/v4-18-12-AN/AF-v4-18-12-AN");
 120
 121   gProof->Load("AliRelAlignerKalman.cxx++g");
 122   gProof->Load("AliRelAlignerKalmanArray.cxx++g");
 123   gProof->Load("AliAnalysisTaskITSTPCalignment.cxx++g");
 124   gProof->Load("AddTaskITSTPCalignment.C");
 125
 126   // analysis manager
 127   AliAnalysisManager *mgr = new AliAnalysisManager("ITSTPCalignmentAnalysisManager");
 128
 129   // input handlers
 130   AliVEventHandler* esdH = new AliESDInputHandler();
 131   ((AliESDInputHandler*)esdH)->SetReadFriends(kTRUE);
 132   mgr->SetInputEventHandler(esdH);
 133
 134   //add the task
 135   AliAnalysisTaskITSTPCalignment *task = AddTaskITSTPCalignment();
 136
 137   //start analysis
 138   if (!mgr->InitAnalysis()) return;
 139   mgr->PrintStatus();
 140
 141   mgr->StartAnalysis("proof",dataset,10000,0);
 142 }
 143
 144 //______________________________________________________________________________
 145 void runAlienPlugin(const char* pluginmode="full")
 146 {
 147   //must be configured in CreateAlienHandler.C file
 148
 149   TString outputFilename = "outputITSTPCalignment.root";
 150
 151   // Load common libraries
 152   gSystem->Load("libCore");
 153   gSystem->Load("libTree");
 154   gSystem->Load("libGeom");
 155   gSystem->Load("libVMC");
 156   gSystem->Load("libXMLIO");
 157   gSystem->Load("libPhysics");
 158   gSystem->Load("libXMLParser");
 159   gSystem->Load("libProof");
 160   gSystem->Load("libMinuit");
 161   gSystem->Load("libSTEERBase");
 162   gSystem->Load("libCDB");
 163   gSystem->Load("libRAWDatabase");
 164   gSystem->Load("libRAWDatarec");
 165   gSystem->Load("libESD");
 166   gSystem->Load("libAOD");
 167   gSystem->Load("libSTEER");
 168   gSystem->Load("libANALYSIS");
 169   gSystem->Load("libANALYSISalice");
 170   gSystem->Load("libSTAT");
 171   gSystem->Load("libTPCbase");
 172   gSystem->Load("libTPCrec");
 173   gSystem->Load("libITSbase");
 174   gSystem->Load("libITSrec");
 175   gSystem->Load("libTRDbase");
 176   gSystem->Load("libTRDrec");
 177   gSystem->Load("libVZERObase");
 178   gSystem->Load("libVZEROrec");
 179   gSystem->Load("libHMPIDbase");
 180   gSystem->Load("libTENDER");
 181   gSystem->Load("libTENDERSupplies");
 182   gSystem->Load("libPWGPP");
 183
 184   // Use AliRoot includes to compile our task
 185   gSystem->AddIncludePath("-I$ALICE_ROOT/include");
 186
 187   /////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
 188   /////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
 189   /////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
 190   // Create and configure the alien handler plugin
 191   // Check if user has a valid token, otherwise make one. This has limitations.
 192   // One can always follow the standard procedure of calling alien-token-init then
 193   //   source /tmp/gclient_env_$UID in the current shell.
 194   if (!AliAnalysisGrid::CreateToken()) return NULL;
 195   AliAnalysisAlien *plugin = new AliAnalysisAlien();
 196   // Set the run mode (can be "full", "test", "offline", "submit" or "terminate")
 197   plugin->SetRunMode(pluginmode);
 198   // Set versions of used packages
 199   plugin->SetAPIVersion("V1.1x");
 200   plugin->SetROOTVersion("v5-26-00b-4");
 201   plugin->SetAliROOTVersion("v4-19-11-AN");
 202   // Declare input data to be processed.
 203   // Method 1: Create automatically XML collections using alien 'find' command.
 204   // Define production directory LFN
 205   plugin->SetGridDataDir("/alice/data/2010/LHC10b");
 206   // Set data search pattern
 207   plugin->SetDataPattern("*/pass1/*AliESDs.root");
 208   // ...then add run numbers to be considered
 209   plugin->SetRunPrefix("000");
 210   plugin->AddRunNumber(117222);
 211   plugin->AddRunNumber(117220);
 212   plugin->AddRunNumber(117112);
 213   plugin->AddRunNumber(117099);
 214   plugin->AddRunNumber(117048);
 215   plugin->AddRunNumber(117048);
 216   plugin->AddRunNumber(116288);
 217   plugin->AddRunNumber(115322);
 218   plugin->AddRunNumber(114931);
 219   //plugin->AddRunNumber(117051);
 220   //plugin->SetRunRange(117029,117121);
 221   // Method 2: Declare existing data files (raw collections, xml collections, root file)
 222   // If no path mentioned data is supposed to be in the work directory (see SetGridWorkingDir())
 223   // XML collections added via this method can be combined with the first method if
 224   // the content is compatible (using or not tags)
 225   //   plugin->AddDataFile("/alice/cern.ch/user/m/mkrzewic/pp2009pass2.xml");
 226   //   plugin->AddDataFile("/alice/data/2008/LHC08c/000057657/raw/Run57657.Merged.RAW.tag.root");
 227   // Define alien work directory where all files will be copied. Relative to alien $HOME.
 228   plugin->SetGridWorkingDir("analysisGridLHC10bPass1_3runs");
 229   // Declare alien output directory. Relative to working directory.
 230   plugin->SetGridOutputDir("output"); // In this case will be $HOME/work/output
 231   // Declare the analysis source files names separated by blancs. To be compiled runtime
 232   // using ACLiC on the worker nodes.
 233   plugin->SetAnalysisSource("AliRelAlignerKalman.cxx AliRelAlignerKalmanArray.cxx AliAnalysisTaskITSTPCalignment.cxx");
 234   // Declare all libraries (other than the default ones for the framework. These will be
 235   // loaded by the generated analysis macro. Add all extra files (task .cxx/.h) here.
 236   plugin->SetAdditionalLibs("AliRelAlignerKalman.h AliRelAlignerKalman.cxx AliRelAlignerKalmanArray.h AliRelAlignerKalmanArray.cxx AliAnalysisTaskITSTPCalignment.h AliAnalysisTaskITSTPCalignment.cxx");// AddTaskITSTPCalignment.C");
 237   // Declare the output file names separated by blancs.
 238   // (can be like: file.root or file.root@ALICE::Niham::File)
 239   plugin->SetOutputFiles("outputITSTPCalignment.root");
 240   // Optionally define the files to be archived.
 241   //   plugin->SetOutputArchive("log_archive.zip:stdout,stderr@ALICE::NIHAM::File root_archive.zip:*.root@ALICE::NIHAM::File");
 242   plugin->SetOutputArchive("log_archive.zip:stdout,stderr");
 243   // Optionally set a name for the generated analysis macro (default MyAnalysis.C)
 244   plugin->SetAnalysisMacro("AnalysisITSTPCalignmentGenerated.C");
 245   // Optionally set maximum number of input files/subjob (default 100, put 0 to ignore)
 246   plugin->SetSplitMaxInputFileNumber(20);
 247   // Optionally set number of failed jobs that will trigger killing waiting sub-jobs.
 248   plugin->SetMaxInitFailed(5);
 249   // Optionally resubmit threshold.
 250   plugin->SetMasterResubmitThreshold(90);
 251   // Optionally set time to live (default 30000 sec)
 252   plugin->SetTTL(100000);
 253   // Optionally set input format (default xml-single)
 254   plugin->SetInputFormat("xml-single");
 255   // Optionally modify the name of the generated JDL (default analysis.jdl)
 256   plugin->SetJDLName("taskITSTPCalignment.jdl");
 257   // Optionally modify job price (default 1)
 258   plugin->SetPrice(1);
 259   // Optionally modify split mode (default 'se')
 260   plugin->SetSplitMode("se");
 261   /////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
 262   /////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
 263   /////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
 264
 265   // analysis manager
 266   AliAnalysisManager *mgr = new AliAnalysisManager("ITSTPCalignmentAnalysisManager");
 267
 268   // input handlers
 269   mgr->SetGridHandler(plugin);
 270
 271   //input handler
 272   AliESDInputHandler* esdH = new AliESDInputHandler();
 273   esdH->SetInactiveBranches("Calo FMD");
 274   esdH->SetReadFriends(kTRUE);
 275   mgr->SetInputEventHandler(esdH);
 276
 277   gROOT->LoadMacro("AddTaskITSTPCalignment.C");
 278
 279   //add the task
 280   AliAnalysisTaskITSTPCalignment *task = AddTaskITSTPCalignment();
 281
 282   //mgr->SetDebugLevel(2);
 283
 284   if (!mgr->InitAnalysis()) return;
 285   mgr->PrintStatus();
 286   mgr->StartAnalysis("grid");
 287 }
 288
 289 //______________________________________________________________________________
 290 Int_t setupPar(const char* pararchivename)
 291 {
 292   ///////////////////
 293   // Setup PAR File//
 294   ///////////////////
 295   if (pararchivename)
 296   {
 297     char processline[1024];
 298     sprintf(processline,".! tar xvzf %s.par",pararchivename);
 299     gROOT->ProcessLine(processline);
 300     const char* ocwd = gSystem->WorkingDirectory();
 301     gSystem->ChangeDirectory(pararchivename);
 302
 303     // check for BUILD.sh and execute
 304     if (!gSystem->AccessPathName("PROOF-INF/BUILD.sh"))
 305     {
 306       printf("*******************************\n");
 307       printf("*** Building PAR archive    ***\n");
 308       printf("*******************************\n");
 309
 310       if (gSystem->Exec("PROOF-INF/BUILD.sh"))
 311       {
 312         Error("runAnalysis","Cannot Build the PAR Archive! - Abort!");
 313         return -1;
 314       }
 315     }
 316     // check for SETUP.C and execute
 317     if (!gSystem->AccessPathName("PROOF-INF/SETUP.C"))
 318     {
 319       printf("*******************************\n");
 320       printf("*** Setup PAR archive       ***\n");
 321       printf("*******************************\n");
 322       gROOT->Macro("PROOF-INF/SETUP.C");
 323     }
 324
 325     gSystem->ChangeDirectory("../");
 326   }
 327   return 1;
 328 }
 329
 330