STEER/AliMC.cxx

   1 /**************************************************************************
   2  * Copyright(c) 1998-1999, ALICE Experiment at CERN, All rights reserved. *
   3  *                                                                        *
   4  * Author: The ALICE Off-line Project.                                    *
   5  * Contributors are mentioned in the code where appropriate.              *
   6  *                                                                        *
   7  * Permission to use, copy, modify and distribute this software and its   *
   8  * documentation strictly for non-commercial purposes is hereby granted   *
   9  * without fee, provided that the above copyright notice appears in all   *
  10  * copies and that both the copyright notice and this permission notice   *
  11  * appear in the supporting documentation. The authors make no claims     *
  12  * about the suitability of this software for any purpose. It is          *
  13  * provided "as is" without express or implied warranty.                  *
  14  **************************************************************************/
  15
  16 /* $Id$ */
  17
  18 // This class is extracted from the AliRun class
  19 // and contains all the MC-related functionality
  20 // The number of dependencies has to be reduced...
  21 // Author: F.Carminati
  22 //         Federico.Carminati@cern.ch
  23
  24 #include <RVersion.h>
  25 #include <TBrowser.h>
  26 #include <TClonesArray.h>
  27 #include <TGeoManager.h>
  28 #include <TStopwatch.h>
  29 #include <TSystem.h>
  30 #include <TVirtualMC.h>
  31 #include <TParticle.h>
  32 #include <TROOT.h>
  33 #include <TFile.h>
  34
  35 #include "AliLog.h"
  36 #include "AliDetector.h"
  37 #include "AliGenerator.h"
  38 #include "AliHeader.h"
  39 #include "AliLego.h"
  40 #include "AliMC.h"
  41 #include "AliMCQA.h"
  42 #include "AliRun.h"
  43 #include "AliHit.h"
  44 #include "AliStack.h"
  45 #include "AliMagF.h"
  46 #include "AliTrackReference.h"
  47 #include "AliSimulation.h"
  48 #include "AliGeomManager.h"
  49 #include "AliCDBManager.h"
  50 #include "AliCDBStorage.h"
  51 #include "AliCDBEntry.h"
  52
  53
  54 ClassImp(AliMC)
  55
  56 //_______________________________________________________________________
  57 AliMC::AliMC() :
  58   fGenerator(0),
  59   fEventEnergy(0),
  60   fSummEnergy(0),
  61   fSum2Energy(0),
  62   fTrRmax(1.e10),
  63   fTrZmax(1.e10),
  64   fRDecayMax(1.e10),
  65   fRDecayMin(-1.),
  66   fDecayPdg(0),
  67   fImedia(0),
  68   fTransParName("\0"),
  69   fMCQA(0),
  70   fHitLists(0),
  71   fTmpTreeTR(0),
  72   fTmpFileTR(0),
  73   fTrackReferences(0),
  74   fTmpTrackReferences(0)
  75
  76 {
  77   //default constructor
  78   DecayLimits();
  79 }
  80
  81 //_______________________________________________________________________
  82 AliMC::AliMC(const char *name, const char *title) :
  83   TVirtualMCApplication(name, title),
  84   fGenerator(0),
  85   fEventEnergy(0),
  86   fSummEnergy(0),
  87   fSum2Energy(0),
  88   fTrRmax(1.e10),
  89   fTrZmax(1.e10),
  90   fRDecayMax(1.e10),
  91   fRDecayMin(-1.),
  92   fDecayPdg(0),
  93   fImedia(new TArrayI(1000)),
  94   fTransParName("\0"),
  95   fMCQA(0),
  96   fHitLists(new TList()),
  97   fTmpTreeTR(0),
  98   fTmpFileTR(0),
  99   fTrackReferences(new TClonesArray("AliTrackReference", 100)),
 100   fTmpTrackReferences(new TClonesArray("AliTrackReference", 100))
 101 {
 102   //constructor
 103   // Set transport parameters
 104   SetTransPar();
 105   DecayLimits();
 106   // Prepare the tracking medium lists
 107   for(Int_t i=0;i<1000;i++) (*fImedia)[i]=-99;
 108 }
 109
 110 //_______________________________________________________________________
 111 AliMC::AliMC(const AliMC &mc) :
 112   TVirtualMCApplication(mc),
 113   fGenerator(0),
 114   fEventEnergy(0),
 115   fSummEnergy(0),
 116   fSum2Energy(0),
 117   fTrRmax(1.e10),
 118   fTrZmax(1.e10),
 119   fRDecayMax(1.e10),
 120   fRDecayMin(-1.),
 121   fDecayPdg(0),
 122   fImedia(0),
 123   fTransParName("\0"),
 124   fMCQA(0),
 125   fHitLists(0),
 126   fTmpTreeTR(0),
 127   fTmpFileTR(0),
 128   fTrackReferences(0),
 129   fTmpTrackReferences(0)
 130 {
 131   //
 132   // Copy constructor for AliMC
 133   //
 134   mc.Copy(*this);
 135 }
 136
 137 //_______________________________________________________________________
 138 AliMC::~AliMC()
 139 {
 140   //destructor
 141   delete fGenerator;
 142   delete fImedia;
 143   delete fMCQA;
 144   delete fHitLists;
 145   // Delete track references
 146   if (fTrackReferences) {
 147     fTrackReferences->Delete();
 148     delete fTrackReferences;
 149     fTrackReferences     = 0;
 150   }
 151
 152 if (fTmpTrackReferences) {
 153     fTmpTrackReferences->Delete();
 154     delete fTmpTrackReferences;
 155     fTmpTrackReferences     = 0;
 156   }
 157
 158 }
 159
 160 //_______________________________________________________________________
 161 void AliMC::Copy(TObject &) const
 162 {
 163   //dummy Copy function
 164   AliFatal("Not implemented!");
 165 }
 166
 167 //_______________________________________________________________________
 168 void  AliMC::ConstructGeometry()
 169 {
 170   //
 171   // Either load geometry from file or create it through usual
 172   // loop on detectors. In the first case the method
 173   // AliModule::CreateMaterials() only builds fIdtmed and is postponed
 174   // at InitGeometry().
 175   //
 176
 177   if(gAlice->IsRootGeometry()){ //load geometry either from CDB or from file
 178     if(gAlice->IsGeomFromCDB()){
 179       AliInfo("Loading geometry from CDB default storage");
 180       AliCDBPath path("GRP","Geometry","Data");
 181       AliCDBEntry *entry=AliCDBManager::Instance()->Get(path.GetPath());
 182       if(!entry) AliFatal("Unable to load geometry from CDB!");
 183       entry->SetOwner(0);
 184       gGeoManager = (TGeoManager*) entry->GetObject();
 185       if (!gGeoManager) AliFatal("TGeoManager object not found in the specified CDB entry!");
 186     }else{
 187       // Load geometry
 188       const char *geomfilename = gAlice->GetGeometryFileName();
 189       if(gSystem->ExpandPathName(geomfilename)){
 190         AliInfo(Form("Loading geometry from file:\n %40s",geomfilename));
 191         TGeoManager::Import(geomfilename);
 192       }else{
 193         AliInfo(Form("Geometry file %40s not found!\n",geomfilename));
 194         return;
 195       }
 196     }
 197   }else{
 198     // Create modules, materials, geometry
 199     TStopwatch stw;
 200     TIter next(gAlice->Modules());
 201     AliModule *detector;
 202     AliDebug(1, "Geometry creation:");
 203     while((detector = dynamic_cast<AliModule*>(next()))) {
 204       stw.Start();
 205       // Initialise detector materials and geometry
 206       detector->CreateMaterials();
 207       detector->CreateGeometry();
 208       AliInfo(Form("%10s R:%.2fs C:%.2fs",
 209                    detector->GetName(),stw.RealTime(),stw.CpuTime()));
 210     }
 211   }
 212
 213 }
 214
 215 //_______________________________________________________________________
 216 Bool_t  AliMC::MisalignGeometry()
 217 {
 218 // Call misalignment code if AliSimulation object was defined.
 219
 220    if(!gAlice->IsRootGeometry()){
 221      //Set alignable volumes for the whole geometry
 222      SetAllAlignableVolumes();
 223    }
 224    // Misalign geometry via AliSimulation instance
 225    if (!AliSimulation::GetInstance()) return kFALSE;
 226    AliGeomManager::SetGeometry(gGeoManager);
 227    return AliSimulation::GetInstance()->MisalignGeometry(gAlice->GetRunLoader());
 228 }
 229
 230 //_______________________________________________________________________
 231 void  AliMC::ConstructOpGeometry()
 232 {
 233   //
 234   // Loop all detector modules and call DefineOpticalProperties() method
 235   //
 236
 237   TIter next(gAlice->Modules());
 238   AliModule *detector;
 239   AliInfo("Optical properties definition");
 240   while((detector = dynamic_cast<AliModule*>(next()))) {
 241     // Initialise detector optical properties
 242     detector->DefineOpticalProperties();
 243   }
 244 }
 245
 246 //_______________________________________________________________________
 247 void  AliMC::InitGeometry()
 248 {
 249   //
 250   // Initialize detectors
 251   //
 252
 253   AliInfo("Initialisation:");
 254   TStopwatch stw;
 255   TIter next(gAlice->Modules());
 256   AliModule *detector;
 257   while((detector = dynamic_cast<AliModule*>(next()))) {
 258     stw.Start();
 259     // Initialise detector geometry
 260     if(gAlice->IsRootGeometry()) detector->CreateMaterials();
 261     detector->Init();
 262     AliInfo(Form("%10s R:%.2fs C:%.2fs",
 263                  detector->GetName(),stw.RealTime(),stw.CpuTime()));
 264   }
 265 }
 266
 267 //_______________________________________________________________________
 268 void  AliMC::SetAllAlignableVolumes()
 269 {
 270   //
 271   // Add alignable volumes (TGeoPNEntries) looping on all
 272   // active modules
 273   //
 274
 275   AliInfo(Form("Setting entries for all alignable volumes of active detectors"));
 276   AliModule *detector;
 277   TIter next(gAlice->Modules());
 278   while((detector = dynamic_cast<AliModule*>(next()))) {
 279     detector->AddAlignableVolumes();
 280   }
 281 }
 282
 283 //_______________________________________________________________________
 284 void  AliMC::GeneratePrimaries()
 285 {
 286   //
 287   // Generate primary particles and fill them in the stack.
 288   //
 289
 290   Generator()->Generate();
 291 }
 292
 293 //_______________________________________________________________________
 294 void AliMC::SetGenerator(AliGenerator *generator)
 295 {
 296   //
 297   // Load the event generator
 298   //
 299   if(!fGenerator) fGenerator = generator;
 300 }
 301
 302 //_______________________________________________________________________
 303 void AliMC::ResetGenerator(AliGenerator *generator)
 304 {
 305   //
 306   // Load the event generator
 307   //
 308   if(fGenerator) {
 309     if(generator) {
 310       AliWarning(Form("Replacing generator %s with %s",
 311                       fGenerator->GetName(),generator->GetName()));
 312     }
 313     else {
 314       AliWarning(Form("Replacing generator %s with NULL",
 315                       fGenerator->GetName()));
 316     }
 317   }
 318   fGenerator = generator;
 319 }
 320
 321 //_______________________________________________________________________
 322 void AliMC::FinishRun()
 323 {
 324   // Clean generator information
 325   AliDebug(1, "fGenerator->FinishRun()");
 326   fGenerator->FinishRun();
 327
 328   //Output energy summary tables
 329   AliDebug(1, "EnergySummary()");
 330   ToAliDebug(1, EnergySummary());
 331 }
 332
 333 //_______________________________________________________________________
 334 void AliMC::BeginPrimary()
 335 {
 336   //
 337   // Called  at the beginning of each primary track
 338   //
 339
 340   // Reset Hits info
 341   ResetHits();
 342   ResetTrackReferences();
 343 }
 344
 345 //_______________________________________________________________________
 346 void AliMC::PreTrack()
 347 {
 348   // Actions before the track's transport
 349      TObjArray &dets = *gAlice->Modules();
 350      AliModule *module;
 351
 352      for(Int_t i=0; i<=gAlice->GetNdets(); i++)
 353        if((module = dynamic_cast<AliModule*>(dets[i])))
 354          module->PreTrack();
 355
 356      fMCQA->PreTrack();
 357 }
 358
 359 //_______________________________________________________________________
 360 void AliMC::Stepping()
 361 {
 362   //
 363   // Called at every step during transport
 364   //
 365
 366   Int_t id = DetFromMate(gMC->CurrentMedium());
 367   if (id < 0) return;
 368
 369
 370   if ( gMC->IsNewTrack()            &&
 371        gMC->TrackTime() == 0.       &&
 372        fRDecayMin >= 0.             &&
 373        fRDecayMax > fRDecayMin      &&
 374        gMC->TrackPid() == fDecayPdg )
 375   {
 376       FixParticleDecaytime();
 377   }
 378
 379
 380
 381   //
 382   // --- If lego option, do it and leave
 383   if (gAlice->Lego())
 384     gAlice->Lego()->StepManager();
 385   else {
 386     Int_t copy;
 387     //Update energy deposition tables
 388     AddEnergyDeposit(gMC->CurrentVolID(copy),gMC->Edep());
 389     //
 390     // write tracke reference for track which is dissapearing - MI
 391
 392     if (gMC->IsTrackDisappeared() && !(gMC->IsTrackAlive())) {
 393         if (gMC->Etot() > 0.05) AddTrackReference(GetCurrentTrackNumber(),
 394                                                 AliTrackReference::kDisappeared);
 395
 396
 397     }
 398
 399     //Call the appropriate stepping routine;
 400     AliModule *det = dynamic_cast<AliModule*>(gAlice->Modules()->At(id));
 401     if(det && det->StepManagerIsEnabled()) {
 402       if(AliLog::GetGlobalDebugLevel()>0) fMCQA->StepManager(id);
 403       det->StepManager();
 404     }
 405   }
 406 }
 407
 408 //_______________________________________________________________________
 409 void AliMC::EnergySummary()
 410 {
 411   //e
 412   // Print summary of deposited energy
 413   //
 414
 415   Int_t ndep=0;
 416   Float_t edtot=0;
 417   Float_t ed, ed2;
 418   Int_t kn, i, left, j, id;
 419   const Float_t kzero=0;
 420   Int_t ievent=gAlice->GetRunLoader()->GetHeader()->GetEvent()+1;
 421   //
 422   // Energy loss information
 423   if(ievent) {
 424     printf("***************** Energy Loss Information per event (GEV) *****************\n");
 425     for(kn=1;kn<fEventEnergy.GetSize();kn++) {
 426       ed=fSummEnergy[kn];
 427       if(ed>0) {
 428         fEventEnergy[ndep]=kn;
 429         if(ievent>1) {
 430           ed=ed/ievent;
 431           ed2=fSum2Energy[kn];
 432           ed2=ed2/ievent;
 433           ed2=100*TMath::Sqrt(TMath::Max(ed2-ed*ed,kzero))/ed;
 434         } else
 435           ed2=99;
 436         fSummEnergy[ndep]=ed;
 437         fSum2Energy[ndep]=TMath::Min(static_cast<Float_t>(99.),TMath::Max(ed2,kzero));
 438         edtot+=ed;
 439         ndep++;
 440       }
 441     }
 442     for(kn=0;kn<(ndep-1)/3+1;kn++) {
 443       left=ndep-kn*3;
 444       for(i=0;i<(3<left?3:left);i++) {
 445         j=kn*3+i;
 446         id=Int_t (fEventEnergy[j]+0.1);
 447         printf(" %s %10.3f +- %10.3f%%;",gMC->VolName(id),fSummEnergy[j],fSum2Energy[j]);
 448       }
 449       printf("\n");
 450     }
 451     //
 452     // Relative energy loss in different detectors
 453     printf("******************** Relative Energy Loss per event ********************\n");
 454     printf("Total energy loss per event %10.3f GeV\n",edtot);
 455     for(kn=0;kn<(ndep-1)/5+1;kn++) {
 456       left=ndep-kn*5;
 457       for(i=0;i<(5<left?5:left);i++) {
 458         j=kn*5+i;
 459         id=Int_t (fEventEnergy[j]+0.1);
 460         printf(" %s %10.3f%%;",gMC->VolName(id),100*fSummEnergy[j]/edtot);
 461       }
 462       printf("\n");
 463     }
 464     for(kn=0;kn<75;kn++) printf("*");
 465     printf("\n");
 466   }
 467   //
 468   // Reset the TArray's
 469   //  fEventEnergy.Set(0);
 470   //  fSummEnergy.Set(0);
 471   //  fSum2Energy.Set(0);
 472 }
 473
 474 //_____________________________________________________________________________
 475 void AliMC::BeginEvent()
 476 {
 477   //
 478   // Clean-up previous event
 479   // Energy scores
 480   AliDebug(1, ">>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>");
 481   AliDebug(1, ">>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>");
 482   AliDebug(1, ">>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>");
 483   AliDebug(1, "          BEGINNING EVENT               ");
 484   AliDebug(1, ">>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>");
 485   AliDebug(1, ">>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>");
 486   AliDebug(1, ">>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>");
 487
 488   AliRunLoader *runloader=gAlice->GetRunLoader();
 489
 490   /*******************************/
 491   /*   Clean after eventual      */
 492   /*   previous event            */
 493   /*******************************/
 494
 495
 496   //Set the next event in Run Loader -> Cleans trees (TreeK and all trees in detectors),
 497   gAlice->SetEventNrInRun(gAlice->GetEventNrInRun()+1);
 498   runloader->SetEventNumber(gAlice->GetEventNrInRun());// sets new files, cleans the previous event stuff, if necessary, etc.,
 499   AliDebug(1, Form("EventNr is %d",gAlice->GetEventNrInRun()));
 500
 501   fEventEnergy.Reset();
 502     // Clean detector information
 503
 504   if (runloader->Stack())
 505       runloader->Stack()->Reset();//clean stack -> tree is unloaded
 506   else
 507       runloader->MakeStack();//or make a new one
 508
 509
 510   if(gAlice->Lego() == 0x0)
 511   {
 512       AliDebug(1, "fRunLoader->MakeTree(K)");
 513       runloader->MakeTree("K");
 514   }
 515
 516   AliDebug(1, "gMC->SetStack(fRunLoader->Stack())");
 517   gMC->SetStack(gAlice->GetRunLoader()->Stack());//Was in InitMC - but was moved here
 518                                      //because we don't have guarantee that
 519                                      //stack pointer is not going to change from event to event
 520                          //since it bellobgs to header and is obtained via RunLoader
 521   //
 522   //  Reset all Detectors & kinematics & make/reset trees
 523   //
 524
 525   runloader->GetHeader()->Reset(gAlice->GetRunNumber(),gAlice->GetEvNumber(),
 526                                 gAlice->GetEventNrInRun());
 527 //  fRunLoader->WriteKinematics("OVERWRITE");  is there any reason to rewrite here since MakeTree does so
 528
 529   if(gAlice->Lego())
 530   {
 531       gAlice->Lego()->BeginEvent();
 532       return;
 533   }
 534
 535
 536   AliDebug(1, "ResetHits()");
 537   ResetHits();
 538
 539   AliDebug(1, "fRunLoader->MakeTree(H)");
 540   runloader->MakeTree("H");
 541
 542
 543
 544   MakeTmpTrackRefsTree();
 545   //create new branches and SetAdresses
 546   TIter next(gAlice->Modules());
 547   AliModule *detector;
 548   while((detector = (AliModule*)next()))
 549    {
 550        AliDebug(2, Form("%s->MakeBranch(H)",detector->GetName()));
 551        detector->MakeBranch("H");
 552    }
 553 }
 554
 555 //_______________________________________________________________________
 556 void AliMC::ResetHits()
 557 {
 558   //
 559   //  Reset all Detectors hits
 560   //
 561   TIter next(gAlice->Modules());
 562   AliModule *detector;
 563   while((detector = dynamic_cast<AliModule*>(next()))) {
 564      detector->ResetHits();
 565   }
 566 }
 567
 568 //_______________________________________________________________________
 569 void AliMC::PostTrack()
 570 {
 571   // Posts tracks for each module
 572   TObjArray &dets = *gAlice->Modules();
 573   AliModule *module;
 574
 575   for(Int_t i=0; i<=gAlice->GetNdets(); i++)
 576     if((module = dynamic_cast<AliModule*>(dets[i])))
 577       module->PostTrack();
 578 }
 579
 580 //_______________________________________________________________________
 581 void AliMC::FinishPrimary()
 582 {
 583   //
 584   // Called  at the end of each primary track
 585   //
 586   AliRunLoader *runloader=gAlice->GetRunLoader();
 587   //  static Int_t count=0;
 588   //  const Int_t times=10;
 589   // This primary is finished, purify stack
 590 #if ROOT_VERSION_CODE > 262152
 591   if (!(gMC->SecondariesAreOrdered())) {
 592       if (runloader->Stack()->ReorderKine()) RemapHits();
 593   }
 594 #endif
 595   if (runloader->Stack()->PurifyKine()) RemapHits();
 596
 597   TIter next(gAlice->Modules());
 598   AliModule *detector;
 599   while((detector = dynamic_cast<AliModule*>(next()))) {
 600     detector->FinishPrimary();
 601     AliLoader* loader = detector->GetLoader();
 602     if(loader)
 603      {
 604        TTree* treeH = loader->TreeH();
 605        if (treeH) treeH->Fill(); //can be Lego run and treeH can not exist
 606      }
 607   }
 608
 609   // Write out track references if any
 610   if (fTmpTreeTR) fTmpTreeTR->Fill();
 611 }
 612
 613 void AliMC::RemapHits()
 614 {
 615 //
 616 // Remaps the track labels of the hits
 617     AliRunLoader *runloader=gAlice->GetRunLoader();
 618     AliStack* stack = runloader->Stack();
 619     TList* hitLists = GetHitLists();
 620     TIter next(hitLists);
 621     TCollection *hitList;
 622
 623     while((hitList = dynamic_cast<TCollection*>(next()))) {
 624         TIter nexthit(hitList);
 625         AliHit *hit;
 626         while((hit = dynamic_cast<AliHit*>(nexthit()))) {
 627             hit->SetTrack(stack->TrackLabel(hit->GetTrack()));
 628         }
 629     }
 630
 631     //
 632     // This for detectors which have a special mapping mechanism
 633     // for hits, such as TPC and TRD
 634     //
 635
 636
 637     TObjArray* modules = gAlice->Modules();
 638     TIter nextmod(modules);
 639     AliModule *module;
 640     while((module = (AliModule*) nextmod())) {
 641         AliDetector* det = dynamic_cast<AliDetector*> (module);
 642         if (det) det->RemapTrackHitIDs(stack->TrackLabelMap());
 643     }
 644     //
 645     RemapTrackReferencesIDs(stack->TrackLabelMap());
 646 }
 647
 648 //_______________________________________________________________________
 649 void AliMC::FinishEvent()
 650 {
 651   //
 652   // Called at the end of the event.
 653   //
 654
 655   //
 656
 657   if(gAlice->Lego()) gAlice->Lego()->FinishEvent();
 658
 659   TIter next(gAlice->Modules());
 660   AliModule *detector;
 661   while((detector = dynamic_cast<AliModule*>(next()))) {
 662     detector->FinishEvent();
 663   }
 664
 665   //Update the energy deposit tables
 666   Int_t i;
 667   for(i=0;i<fEventEnergy.GetSize();i++)
 668    {
 669     fSummEnergy[i]+=fEventEnergy[i];
 670     fSum2Energy[i]+=fEventEnergy[i]*fEventEnergy[i];
 671    }
 672
 673   AliRunLoader *runloader=gAlice->GetRunLoader();
 674
 675   AliHeader* header = runloader->GetHeader();
 676   AliStack* stack = runloader->Stack();
 677   if ( (header == 0x0) || (stack == 0x0) )
 678    {//check if we got header and stack. If not cry and exit aliroot
 679     AliFatal("Can not get the stack or header from LOADER");
 680     return;//never reached
 681    }
 682   // Update Header information
 683   header->SetNprimary(stack->GetNprimary());
 684   header->SetNtrack(stack->GetNtrack());
 685
 686   // Write out the kinematics
 687   if (!gAlice->Lego()) stack->FinishEvent();
 688
 689   // Synchronize the TreeTR with TreeK
 690   if (fTmpTreeTR) ReorderAndExpandTreeTR();
 691
 692   // Write out the event Header information
 693   TTree* treeE = runloader->TreeE();
 694   if (treeE)
 695    {
 696       header->SetStack(stack);
 697       treeE->Fill();
 698    }
 699   else
 700    {
 701     AliError("Can not get TreeE from RL");
 702    }
 703
 704   if(gAlice->Lego() == 0x0)
 705    {
 706      runloader->WriteKinematics("OVERWRITE");
 707      runloader->WriteTrackRefs("OVERWRITE");
 708      runloader->WriteHits("OVERWRITE");
 709    }
 710
 711   AliDebug(1, "<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<");
 712   AliDebug(1, "<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<");
 713   AliDebug(1, "<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<");
 714   AliDebug(1, "          FINISHING EVENT               ");
 715   AliDebug(1, "<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<");
 716   AliDebug(1, "<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<");
 717   AliDebug(1, "<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<");
 718 }
 719
 720 //_______________________________________________________________________
 721 void AliMC::Field(const Double_t* x, Double_t* b) const
 722 {
 723   // Calculates field "b" at point "x"
 724     gAlice->Field(x,b);
 725 }
 726
 727 //_______________________________________________________________________
 728 void AliMC::Init()
 729 {
 730   // MC initialization
 731
 732    //=================Create Materials and geometry
 733    gMC->Init();
 734   // Set alignable volumes for the whole geometry (with old root)
 735 #if ROOT_VERSION_CODE < 331527
 736   SetAllAlignableVolumes();
 737 #endif
 738    //Read the cuts for all materials
 739    ReadTransPar();
 740    //Build the special IMEDIA table
 741    MediaTable();
 742
 743    //Compute cross-sections
 744    gMC->BuildPhysics();
 745
 746    //Initialise geometry deposition table
 747    fEventEnergy.Set(gMC->NofVolumes()+1);
 748    fSummEnergy.Set(gMC->NofVolumes()+1);
 749    fSum2Energy.Set(gMC->NofVolumes()+1);
 750
 751    //
 752    fMCQA = new AliMCQA(gAlice->GetNdets());
 753
 754    // Register MC in configuration
 755    AliConfig::Instance()->Add(gMC);
 756
 757 }
 758
 759 //_______________________________________________________________________
 760 void AliMC::MediaTable()
 761 {
 762   //
 763   // Built media table to get from the media number to
 764   // the detector id
 765   //
 766
 767   Int_t kz, nz, idt, lz, i, k, ind;
 768   //  Int_t ibeg;
 769   TObjArray &dets = *gAlice->Detectors();
 770   AliModule *det;
 771   Int_t ndets=gAlice->GetNdets();
 772   //
 773   // For all detectors
 774   for (kz=0;kz<ndets;kz++) {
 775     // If detector is defined
 776     if((det=dynamic_cast<AliModule*>(dets[kz]))) {
 777         TArrayI &idtmed = *(det->GetIdtmed());
 778         for(nz=0;nz<100;nz++) {
 779
 780         // Find max and min material number
 781         if((idt=idtmed[nz])) {
 782           det->LoMedium() = det->LoMedium() < idt ? det->LoMedium() : idt;
 783           det->HiMedium() = det->HiMedium() > idt ? det->HiMedium() : idt;
 784         }
 785       }
 786       if(det->LoMedium() > det->HiMedium()) {
 787         det->LoMedium() = 0;
 788         det->HiMedium() = 0;
 789       } else {
 790         if(det->HiMedium() > fImedia->GetSize()) {
 791           AliError(Form("Increase fImedia from %d to %d",
 792                         fImedia->GetSize(),det->HiMedium()));
 793           return;
 794         }
 795         // Tag all materials in rage as belonging to detector kz
 796         for(lz=det->LoMedium(); lz<= det->HiMedium(); lz++) {
 797           (*fImedia)[lz]=kz;
 798         }
 799       }
 800     }
 801   }
 802   //
 803   // Print summary table
 804   AliInfo("Tracking media ranges:");
 805   ToAliInfo(
 806   for(i=0;i<(ndets-1)/6+1;i++) {
 807     for(k=0;k< (6<ndets-i*6?6:ndets-i*6);k++) {
 808       ind=i*6+k;
 809       det=dynamic_cast<AliModule*>(dets[ind]);
 810       if(det)
 811         printf(" %6s: %3d -> %3d;",det->GetName(),det->LoMedium(),
 812                det->HiMedium());
 813       else
 814         printf(" %6s: %3d -> %3d;","NULL",0,0);
 815     }
 816     printf("\n");
 817   }
 818   )
 819 }
 820
 821 //_______________________________________________________________________
 822 void AliMC::ReadTransPar()
 823 {
 824   //
 825   // Read filename to set the transport parameters
 826   //
 827
 828
 829   const Int_t kncuts=10;
 830   const Int_t knflags=11;
 831   const Int_t knpars=kncuts+knflags;
 832   const char kpars[knpars][7] = {"CUTGAM" ,"CUTELE","CUTNEU","CUTHAD","CUTMUO",
 833                                "BCUTE","BCUTM","DCUTE","DCUTM","PPCUTM","ANNI",
 834                                "BREM","COMP","DCAY","DRAY","HADR","LOSS",
 835                                "MULS","PAIR","PHOT","RAYL"};
 836   char line[256];
 837   char detName[7];
 838   char* filtmp;
 839   Float_t cut[kncuts];
 840   Int_t flag[knflags];
 841   Int_t i, itmed, iret, ktmed, kz;
 842   FILE *lun;
 843   //
 844   // See whether the file is there
 845   filtmp=gSystem->ExpandPathName(fTransParName.Data());
 846   lun=fopen(filtmp,"r");
 847   delete [] filtmp;
 848   if(!lun) {
 849     AliWarning(Form("File %s does not exist!",fTransParName.Data()));
 850     return;
 851   }
 852   //
 853   while(1) {
 854     // Initialise cuts and flags
 855     for(i=0;i<kncuts;i++) cut[i]=-99;
 856     for(i=0;i<knflags;i++) flag[i]=-99;
 857     itmed=0;
 858     for(i=0;i<256;i++) line[i]='\0';
 859     // Read up to the end of line excluded
 860     iret=fscanf(lun,"%[^\n]",line);
 861     if(iret<0) {
 862       //End of file
 863       fclose(lun);
 864       return;
 865     }
 866     // Read the end of line
 867     fscanf(lun,"%*c");
 868     if(!iret) continue;
 869     if(line[0]=='*') continue;
 870     // Read the numbers
 871     iret=sscanf(line,"%s %d %f %f %f %f %f %f %f %f %f %f %d %d %d %d %d %d %d %d %d %d %d",
 872                 detName,&itmed,&cut[0],&cut[1],&cut[2],&cut[3],&cut[4],&cut[5],&cut[6],&cut[7],&cut[8],
 873                 &cut[9],&flag[0],&flag[1],&flag[2],&flag[3],&flag[4],&flag[5],&flag[6],&flag[7],
 874                 &flag[8],&flag[9],&flag[10]);
 875     if(!iret) continue;
 876     if(iret<0) {
 877       //reading error
 878       AliWarning(Form("Error reading file %s",fTransParName.Data()));
 879       continue;
 880     }
 881     // Check that the module exist
 882     AliModule *mod = gAlice->GetModule(detName);
 883     if(mod) {
 884       // Get the array of media numbers
 885       TArrayI &idtmed = *mod->GetIdtmed();
 886       // Check that the tracking medium code is valid
 887       if(0<=itmed && itmed < 100) {
 888         ktmed=idtmed[itmed];
 889         if(!ktmed) {
 890           AliWarning(Form("Invalid tracking medium code %d for %s",itmed,mod->GetName()));
 891           continue;
 892         }
 893         // Set energy thresholds
 894         for(kz=0;kz<kncuts;kz++) {
 895           if(cut[kz]>=0) {
 896             AliDebug(2, Form("%-6s set to %10.3E for tracking medium code %4d for %s",
 897                              kpars[kz],cut[kz],itmed,mod->GetName()));
 898             gMC->Gstpar(ktmed,kpars[kz],cut[kz]);
 899           }
 900         }
 901         // Set transport mechanisms
 902         for(kz=0;kz<knflags;kz++) {
 903           if(flag[kz]>=0) {
 904             AliDebug(2, Form("%-6s set to %10d for tracking medium code %4d for %s",
 905                              kpars[kncuts+kz],flag[kz],itmed,mod->GetName()));
 906             gMC->Gstpar(ktmed,kpars[kncuts+kz],Float_t(flag[kz]));
 907           }
 908         }
 909       } else {
 910         AliWarning(Form("Invalid medium code %d",itmed));
 911         continue;
 912       }
 913     } else {
 914       AliDebug(1, Form("%s not present",detName));
 915       continue;
 916     }
 917   }
 918 }
 919
 920 //_______________________________________________________________________
 921 void AliMC::SetTransPar(const char *filename)
 922 {
 923   //
 924   // Sets the file name for transport parameters
 925   //
 926   fTransParName = filename;
 927 }
 928
 929 //_______________________________________________________________________
 930 void AliMC::Browse(TBrowser *b)
 931 {
 932   //
 933   // Called when the item "Run" is clicked on the left pane
 934   // of the Root browser.
 935   // It displays the Root Trees and all detectors.
 936   //
 937   //detectors are in folders anyway
 938   b->Add(fMCQA,"AliMCQA");
 939 }
 940
 941 //_______________________________________________________________________
 942 void AliMC::AddHit(Int_t id, Int_t track, Int_t *vol, Float_t *hits) const
 943 {
 944   //
 945   //  Add a hit to detector id
 946   //
 947   TObjArray &dets = *gAlice->Modules();
 948   if(dets[id]) dynamic_cast<AliModule*>(dets[id])->AddHit(track,vol,hits);
 949 }
 950
 951 //_______________________________________________________________________
 952 void AliMC::AddDigit(Int_t id, Int_t *tracks, Int_t *digits) const
 953 {
 954   //
 955   // Add digit to detector id
 956   //
 957   TObjArray &dets = *gAlice->Modules();
 958   if(dets[id]) dynamic_cast<AliModule*>(dets[id])->AddDigit(tracks,digits);
 959 }
 960
 961 //_______________________________________________________________________
 962 Int_t AliMC::GetCurrentTrackNumber() const {
 963   //
 964   // Returns current track
 965   //
 966   return gAlice->GetRunLoader()->Stack()->GetCurrentTrackNumber();
 967 }
 968
 969 //_______________________________________________________________________
 970 void AliMC::DumpPart (Int_t i) const
 971 {
 972   //
 973   // Dumps particle i in the stack
 974   //
 975   AliRunLoader * runloader = gAlice->GetRunLoader();
 976    if (runloader->Stack())
 977     runloader->Stack()->DumpPart(i);
 978 }
 979
 980 //_______________________________________________________________________
 981 void AliMC::DumpPStack () const
 982 {
 983   //
 984   // Dumps the particle stack
 985   //
 986   AliRunLoader * runloader = gAlice->GetRunLoader();
 987    if (runloader->Stack())
 988     runloader->Stack()->DumpPStack();
 989 }
 990
 991 //_______________________________________________________________________
 992 Int_t AliMC::GetNtrack() const {
 993   //
 994   // Returns number of tracks in stack
 995   //
 996   Int_t ntracks = -1;
 997   AliRunLoader * runloader = gAlice->GetRunLoader();
 998    if (runloader->Stack())
 999      ntracks = runloader->Stack()->GetNtrack();
1000    return ntracks;
1001 }
1002
1003 //_______________________________________________________________________
1004 Int_t AliMC::GetPrimary(Int_t track) const
1005 {
1006   //
1007   // return number of primary that has generated track
1008   //
1009   Int_t nprimary = -999;
1010   AliRunLoader * runloader = gAlice->GetRunLoader();
1011   if (runloader->Stack())
1012     nprimary = runloader->Stack()->GetPrimary(track);
1013   return nprimary;
1014 }
1015
1016 //_______________________________________________________________________
1017 TParticle* AliMC::Particle(Int_t i) const
1018 {
1019   // Returns the i-th particle from the stack taking into account
1020   // the remaping done by PurifyKine
1021   AliRunLoader * runloader = gAlice->GetRunLoader();
1022   if (runloader)
1023    if (runloader->Stack())
1024     return runloader->Stack()->Particle(i);
1025   return 0x0;
1026 }
1027
1028 //_______________________________________________________________________
1029 TObjArray* AliMC::Particles() const {
1030   //
1031   // Returns pointer to Particles array
1032   //
1033   AliRunLoader * runloader = gAlice->GetRunLoader();
1034   if (runloader)
1035    if (runloader->Stack())
1036     return runloader->Stack()->Particles();
1037   return 0x0;
1038 }
1039
1040 //_______________________________________________________________________
1041 void AliMC::PushTrack(Int_t done, Int_t parent, Int_t pdg, Float_t *pmom,
1042                       Float_t *vpos, Float_t *polar, Float_t tof,
1043                       TMCProcess mech, Int_t &ntr, Float_t weight, Int_t is) const
1044 {
1045 // Delegate to stack
1046 //
1047   AliRunLoader * runloader = gAlice->GetRunLoader();
1048   if (runloader)
1049     if (runloader->Stack())
1050       runloader->Stack()->PushTrack(done, parent, pdg, pmom, vpos, polar, tof,
1051                                     mech, ntr, weight, is);
1052 }
1053
1054 //_______________________________________________________________________
1055 void AliMC::PushTrack(Int_t done, Int_t parent, Int_t pdg,
1056                       Double_t px, Double_t py, Double_t pz, Double_t e,
1057                       Double_t vx, Double_t vy, Double_t vz, Double_t tof,
1058                       Double_t polx, Double_t poly, Double_t polz,
1059                       TMCProcess mech, Int_t &ntr, Float_t weight, Int_t is) const
1060 {
1061   // Delegate to stack
1062   //
1063   AliRunLoader * runloader = gAlice->GetRunLoader();
1064   if (runloader)
1065     if (runloader->Stack())
1066       runloader->Stack()->PushTrack(done, parent, pdg, px, py, pz, e, vx, vy, vz, tof,
1067                                     polx, poly, polz, mech, ntr, weight, is);
1068 }
1069
1070 //_______________________________________________________________________
1071 void AliMC::SetHighWaterMark(Int_t nt) const
1072 {
1073     //
1074     // Set high water mark for last track in event
1075   AliRunLoader * runloader = gAlice->GetRunLoader();
1076   if (runloader)
1077     if (runloader->Stack())
1078       runloader->Stack()->SetHighWaterMark(nt);
1079 }
1080
1081 //_______________________________________________________________________
1082 void AliMC::KeepTrack(Int_t track) const
1083 {
1084   //
1085   // Delegate to stack
1086   //
1087   AliRunLoader * runloader = gAlice->GetRunLoader();
1088   if (runloader)
1089     if (runloader->Stack())
1090       runloader->Stack()->KeepTrack(track);
1091 }
1092
1093 //_______________________________________________________________________
1094 void AliMC::FlagTrack(Int_t track) const
1095 {
1096   // Delegate to stack
1097   //
1098   AliRunLoader * runloader = gAlice->GetRunLoader();
1099   if (runloader)
1100     if (runloader->Stack())
1101       runloader->Stack()->FlagTrack(track);
1102 }
1103
1104 //_______________________________________________________________________
1105 void AliMC::SetCurrentTrack(Int_t track) const
1106 {
1107   //
1108   // Set current track number
1109   //
1110   AliRunLoader * runloader = gAlice->GetRunLoader();
1111   if (runloader)
1112     if (runloader->Stack())
1113       runloader->Stack()->SetCurrentTrack(track);
1114 }
1115
1116 //_______________________________________________________________________
1117 AliTrackReference*  AliMC::AddTrackReference(Int_t label, Int_t id)
1118 {
1119   //
1120   // add a trackrefernce to the list
1121   if (!fTrackReferences) {
1122     AliError("Container trackrefernce not active");
1123     return NULL;
1124   }
1125   Int_t primary = GetPrimary(label);
1126   Particle(primary)->SetBit(kKeepBit);
1127
1128   Int_t nref = fTmpTrackReferences->GetEntriesFast();
1129   TClonesArray &lref = *fTmpTrackReferences;
1130   return new(lref[nref]) AliTrackReference(label, id);
1131 }
1132
1133
1134
1135 //_______________________________________________________________________
1136 void AliMC::ResetTrackReferences()
1137 {
1138   //
1139   //  Reset all  references
1140   //
1141   if (fTmpTrackReferences)   fTmpTrackReferences->Clear();
1142 }
1143
1144 void AliMC::RemapTrackReferencesIDs(Int_t *map)
1145 {
1146   //
1147   // Remapping track reference
1148   // Called at finish primary
1149   //
1150   if (!fTmpTrackReferences) return;
1151   Int_t nEntries = fTmpTrackReferences->GetEntries();
1152   for (Int_t i=0; i < nEntries; i++){
1153       AliTrackReference * ref = dynamic_cast<AliTrackReference*>(fTmpTrackReferences->UncheckedAt(i));
1154       if (ref) {
1155           Int_t newID = map[ref->GetTrack()];
1156           if (newID>=0) ref->SetTrack(newID);
1157           else {
1158               ref->SetBit(kNotDeleted,kFALSE);
1159               fTmpTrackReferences->RemoveAt(i);
1160           }
1161       } // if ref
1162   }
1163   fTmpTrackReferences->Compress();
1164 }
1165
1166 void AliMC::FixParticleDecaytime()
1167 {
1168     //
1169     // Fix the particle decay time according to rmin and rmax for decays
1170     //
1171
1172     TLorentzVector p;
1173     gMC->TrackMomentum(p);
1174     Double_t tmin, tmax;
1175     Double_t b;
1176
1177     // Transverse velocity
1178     Double_t vt    = p.Pt() / p.E();
1179
1180     if ((b = gAlice->Field()->SolenoidField()) > 0.) {     // [kG]
1181
1182         // Radius of helix
1183
1184         Double_t rho   = p.Pt() / 0.0003 / b; // [cm]
1185
1186         // Revolution frequency
1187
1188         Double_t omega = vt / rho;
1189
1190         // Maximum and minimum decay time
1191         //
1192         // Check for curlers first
1193         if (fRDecayMax * fRDecayMax / rho / rho / 2. > 1.) return;
1194
1195         //
1196
1197         tmax  = TMath::ACos(1. - fRDecayMax * fRDecayMax / rho / rho / 2.) / omega;   // [ct]
1198         tmin  = TMath::ACos(1. - fRDecayMin * fRDecayMin / rho / rho / 2.) / omega;   // [ct]
1199     } else {
1200         tmax =  fRDecayMax / vt;                                                      // [ct]
1201         tmin =  fRDecayMin / vt;                                                      // [ct]
1202     }
1203
1204     //
1205     // Dial t using the two limits
1206     Double_t t = tmin + (tmax - tmin) * gRandom->Rndm();                              // [ct]
1207     //
1208     //
1209     // Force decay time in transport code
1210     //
1211     gMC->ForceDecayTime(t / 2.99792458e10);
1212 }
1213
1214 void AliMC::MakeTmpTrackRefsTree()
1215 {
1216     // Make the temporary track reference tree
1217     fTmpFileTR = new TFile("TrackRefsTmp.root", "recreate");
1218     fTmpTreeTR = new TTree("TreeTR", "Track References");
1219     if (!fTmpTrackReferences)  fTmpTrackReferences = new TClonesArray("AliTrackReference", 100);
1220     fTmpTreeTR->Branch("TrackReferences", "TClonesArray", &fTmpTrackReferences, 4000);
1221 }
1222
1223 void AliMC::ReorderAndExpandTreeTR()
1224 {
1225 //
1226 //  Reorder and expand the temporary track reference tree in order to match the kinematics tree
1227 //
1228
1229     AliRunLoader *rl = gAlice->GetRunLoader();
1230 //
1231 //  TreeTR
1232     AliDebug(1, "fRunLoader->MakeTrackRefsContainer()");
1233     rl->MakeTrackRefsContainer();
1234     TTree * treeTR = rl->TreeTR();
1235     if (treeTR){
1236         // make branch for central track references
1237         if (!fTrackReferences) fTrackReferences = new TClonesArray("AliTrackReference",0);
1238         TBranch *branch;
1239         branch = treeTR->Branch("TrackReferences",&fTrackReferences);
1240         branch->SetAddress(&fTrackReferences);
1241     }
1242
1243     AliStack* stack  = rl->Stack();
1244     Int_t np = stack->GetNprimary();
1245     Int_t nt = fTmpTreeTR->GetEntries();
1246     //
1247     // Loop over tracks and find the secondaries with the help of the kine tree
1248     Int_t ifills = 0;
1249     Int_t it = 0;
1250     for (Int_t ip = np - 1; ip > -1; ip--) {
1251         TParticle *part = stack->Particle(ip);
1252 //      printf("Particle %5d %5d %5d %5d %5d \n", ip, part->GetPdgCode(), part->GetFirstMother(), part->GetFirstDaughter(), part->GetLastDaughter());
1253
1254         // Skip primaries that have not been transported
1255         Int_t dau1  = part->GetFirstDaughter();
1256         Int_t dau2  = -1;
1257         // if ((dau1 > -1 && dau1 < np) || part->GetStatusCode() > 1) continue;
1258         if (!part->TestBit(kTransportBit)) continue;
1259         //
1260         fTmpTreeTR->GetEntry(it++);
1261         Int_t nh = fTmpTrackReferences->GetEntries();
1262         // Determine range of secondaries produced by this primary
1263         if (dau1 > -1) {
1264             Int_t inext = ip - 1;
1265             while (dau2 < 0) {
1266                 if (inext >= 0) {
1267                     part = stack->Particle(inext);
1268                     dau2 =  part->GetFirstDaughter();
1269                     if (dau2 == -1 || dau2 < np) {
1270                         dau2 = -1;
1271                     } else {
1272                         dau2--;
1273                     }
1274                 } else {
1275                     dau2 = stack->GetNtrack() - 1;
1276                 }
1277                 inext--;
1278             } // find upper bound
1279         }  // dau2 < 0
1280 //      printf("Check (1) %5d %5d %5d %5d %5d \n", ip, np, it, dau1, dau2);
1281
1282         //
1283         // Loop over reference hits and find secondary label
1284         for (Int_t id = dau1; (id <= dau2) && (dau1 > -1); id++) {
1285             for (Int_t ih = 0; ih < nh; ih++) {
1286                 AliTrackReference* tr = (AliTrackReference*) fTmpTrackReferences->At(ih);
1287                 Int_t label = tr->Label();
1288                 // Skip primaries
1289                 if (label == ip) continue;
1290                 if (label > dau2 || label < dau1)
1291                     AliWarning(Form("Track Reference Label out of range !: %5d %5d %5d \n", label, dau1, dau2));
1292                 if (label == id) {
1293                     // secondary found
1294                     Int_t nref =  fTrackReferences->GetEntriesFast();
1295                     TClonesArray &lref = *fTrackReferences;
1296                     new(lref[nref]) AliTrackReference(*tr);
1297                 }
1298             } // hits
1299             treeTR->Fill();
1300             fTrackReferences->Clear();
1301             ifills++;
1302         } // daughters
1303     } // tracks
1304     //
1305     // Now loop again and write the primaries
1306     it = nt - 1;
1307     for (Int_t ip = 0; ip < np; ip++) {
1308         TParticle* part = stack->Particle(ip);
1309 //      if ((part->GetFirstDaughter() == -1 && part->GetStatusCode() <= 1) || part->GetFirstDaughter() >= np)
1310         if (part->TestBit(kTransportBit))
1311         {
1312             // Skip particles that have not been transported
1313             fTmpTreeTR->GetEntry(it--);
1314             Int_t nh = fTmpTrackReferences->GetEntries();
1315             //
1316             // Loop over reference hits and find primary labels
1317             for (Int_t ih = 0; ih < nh; ih++) {
1318                 AliTrackReference* tr = (AliTrackReference*)  fTmpTrackReferences->At(ih);
1319                 Int_t label = tr->Label();
1320                 if (label == ip) {
1321                     Int_t nref = fTrackReferences->GetEntriesFast();
1322                     TClonesArray &lref = *fTrackReferences;
1323                     new(lref[nref]) AliTrackReference(*tr);
1324                 }
1325             }
1326         }
1327         treeTR->Fill();
1328         fTrackReferences->Clear();
1329         ifills++;
1330     } // tracks
1331     // Check
1332     if (ifills != stack->GetNtrack())
1333         AliWarning(Form("Number of entries in TreeTR (%5d) unequal to TreeK (%5d) \n", ifills, stack->GetNtrack()));
1334 //
1335 //  Clean-up
1336     delete fTmpTreeTR;
1337     fTmpFileTR->Close();
1338     delete fTmpFileTR;
1339     delete fTmpTrackReferences;
1340     fTmpTrackReferences = 0;
1341     gSystem->Exec("rm -rf TrackRefsTmp.root");
1342 }
1343