Changes suggested by Effective C++ (F.Carminati)
[u/mrichter/AliRoot.git] / STEER / AliMC.cxx
1 /**************************************************************************
2  * Copyright(c) 1998-1999, ALICE Experiment at CERN, All rights reserved. *
3  *                                                                        *
4  * Author: The ALICE Off-line Project.                                    *
5  * Contributors are mentioned in the code where appropriate.              *
6  *                                                                        *
7  * Permission to use, copy, modify and distribute this software and its   *
8  * documentation strictly for non-commercial purposes is hereby granted   *
9  * without fee, provided that the above copyright notice appears in all   *
10  * copies and that both the copyright notice and this permission notice   *
11  * appear in the supporting documentation. The authors make no claims     *
12  * about the suitability of this software for any purpose. It is          *
13  * provided "as is" without express or implied warranty.                  *
14  **************************************************************************/
15
16 /* $Id$ */
17
18 // This class is extracted from the AliRun class
19 // and contains all the MC-related functionality
20 // The number of dependencies has to be reduced...
21 // Author: F.Carminati
22 //         Federico.Carminati@cern.ch
23
24 #include <RVersion.h>
25 #include <TBrowser.h>
26 #include <TStopwatch.h>
27 #include <TSystem.h>
28 #include <TVirtualMC.h>
29 #include "TGeant3.h"
30
31  
32 #include "AliLog.h"
33 #include "AliDetector.h"
34 #include "AliGenerator.h"
35 #include "AliHeader.h"
36 #include "AliLego.h"
37 #include "AliMC.h"
38 #include "AliMCQA.h"
39 #include "AliRun.h"
40 #include "AliStack.h"
41 #include "AliMagF.h"
42 #include "AliTrackReference.h"
43
44
45 ClassImp(AliMC)
46
47 //_______________________________________________________________________
48 AliMC::AliMC() :
49   fGenerator(0),
50   fEventEnergy(0),
51   fSummEnergy(0),
52   fSum2Energy(0),
53   fTrRmax(1.e10),
54   fTrZmax(1.e10),
55   fRDecayMax(1.e10),
56   fRDecayMin(0),
57   fDecayPdg(0),
58   fImedia(0),
59   fTransParName("\0"),
60   fMCQA(0),
61   fHitLists(0),
62   fTrackReferences(0)
63
64 {
65   //default constructor
66   DecayLimits();
67 }
68
69 //_______________________________________________________________________
70 AliMC::AliMC(const char *name, const char *title) :
71   TVirtualMCApplication(name, title),
72   fGenerator(0),
73   fEventEnergy(0),
74   fSummEnergy(0),
75   fSum2Energy(0),
76   fTrRmax(1.e10),
77   fTrZmax(1.e10),
78   fRDecayMax(1.e10),
79   fRDecayMin(0),
80   fDecayPdg(0),
81   fImedia(new TArrayI(1000)),
82   fTransParName("\0"),
83   fMCQA(0),
84   fHitLists(new TList()),
85   fTrackReferences(new TClonesArray("AliTrackReference", 100))
86 {
87   //constructor
88   // Set transport parameters
89   SetTransPar();
90   DecayLimits();
91   // Prepare the tracking medium lists
92   for(Int_t i=0;i<1000;i++) (*fImedia)[i]=-99;
93 }
94
95 //_______________________________________________________________________
96 AliMC::AliMC(const AliMC &mc) :
97   TVirtualMCApplication(mc),
98   fGenerator(0),
99   fEventEnergy(0),
100   fSummEnergy(0),
101   fSum2Energy(0),
102   fTrRmax(1.e10),
103   fTrZmax(1.e10),
104   fRDecayMax(1.e10),
105   fRDecayMin(0),
106   fDecayPdg(0),
107   fImedia(0),
108   fTransParName("\0"),
109   fMCQA(0),
110   fHitLists(0),
111   fTrackReferences(0)
112 {
113   //
114   // Copy constructor for AliMC
115   //
116   mc.Copy(*this);
117 }
118
119 //_______________________________________________________________________
120 AliMC::~AliMC()
121 {
122   //destructor
123   delete fGenerator;
124   delete fImedia;
125   delete fMCQA;
126   delete fHitLists;
127   // Delete track references
128   if (fTrackReferences) {
129     fTrackReferences->Delete();
130     delete fTrackReferences;
131     fTrackReferences     = 0;
132   }
133
134 }
135
136 //_______________________________________________________________________
137 void AliMC::Copy(TObject &) const
138 {
139   //dummy Copy function
140   AliFatal("Not implemented!");
141 }
142
143 //_______________________________________________________________________
144 void  AliMC::ConstructGeometry() 
145 {
146   //
147   // Create modules, materials, geometry
148   //
149
150     TStopwatch stw;
151     TIter next(gAlice->Modules());
152     AliModule *detector;
153     AliDebug(1, "Geometry creation:");
154     while((detector = dynamic_cast<AliModule*>(next()))) {
155       stw.Start();
156       // Initialise detector materials and geometry
157       detector->CreateMaterials();
158       detector->CreateGeometry();
159       AliInfo(Form("%10s R:%.2fs C:%.2fs",
160                    detector->GetName(),stw.RealTime(),stw.CpuTime()));
161     }
162 }
163
164 //_______________________________________________________________________
165 void  AliMC::InitGeometry()
166
167   //
168   // Initialize detectors and display geometry
169   //
170
171    AliInfo("Initialisation:");
172     TStopwatch stw;
173     TIter next(gAlice->Modules());
174     AliModule *detector;
175     while((detector = dynamic_cast<AliModule*>(next()))) {
176       stw.Start();
177       // Initialise detector and display geometry
178       detector->Init();
179       detector->BuildGeometry();
180       AliInfo(Form("%10s R:%.2fs C:%.2fs",
181                    detector->GetName(),stw.RealTime(),stw.CpuTime()));
182     }
183  
184 }
185
186 //_______________________________________________________________________
187 void  AliMC::GeneratePrimaries() 
188
189   //
190   // Generate primary particles and fill them in the stack.
191   //
192
193   Generator()->Generate();
194 }
195
196 //_______________________________________________________________________
197 void AliMC::SetGenerator(AliGenerator *generator)
198 {
199   //
200   // Load the event generator
201   //
202   if(!fGenerator) fGenerator = generator;
203 }
204
205 //_______________________________________________________________________
206 void AliMC::ResetGenerator(AliGenerator *generator)
207 {
208   //
209   // Load the event generator
210   //
211   if(fGenerator)
212     if(generator)
213       AliWarning(Form("Replacing generator %s with %s",
214                       fGenerator->GetName(),generator->GetName()))
215     else
216       AliWarning(Form("Replacing generator %s with NULL",
217                       fGenerator->GetName()));
218   fGenerator = generator;
219 }
220
221 //_______________________________________________________________________
222 void AliMC::FinishRun()
223 {
224   // Clean generator information
225   AliDebug(1, "fGenerator->FinishRun()");
226   fGenerator->FinishRun();
227
228   //Output energy summary tables
229   AliDebug(1, "EnergySummary()");
230   ToAliDebug(1, EnergySummary());
231 }
232
233 //_______________________________________________________________________
234 void AliMC::BeginPrimary()
235 {
236   //
237   // Called  at the beginning of each primary track
238   //
239   
240   // Reset Hits info
241   ResetHits();
242   ResetTrackReferences();
243
244 }
245
246 //_______________________________________________________________________
247 void AliMC::PreTrack()
248 {
249   // Actions before the track's transport
250      TObjArray &dets = *gAlice->Modules();
251      AliModule *module;
252
253      for(Int_t i=0; i<=gAlice->GetNdets(); i++)
254        if((module = dynamic_cast<AliModule*>(dets[i])))
255          module->PreTrack();
256
257      fMCQA->PreTrack();
258 }
259
260 //_______________________________________________________________________
261 void AliMC::Stepping() 
262 {
263   //
264   // Called at every step during transport
265   //
266     
267   Int_t id = DetFromMate(gMC->GetMedium());
268   if (id < 0) return;
269
270
271   if ( gMC->IsNewTrack()            && 
272        gMC->TrackTime() == 0.       &&
273        fRDecayMin > 0.              &&  
274        fRDecayMax > fRDecayMin      &&
275        gMC->TrackPid() == fDecayPdg ) 
276   {
277       FixParticleDecaytime();
278   } 
279     
280
281   
282   //
283   // --- If lego option, do it and leave 
284   if (gAlice->Lego())
285     gAlice->Lego()->StepManager();
286   else {
287     Int_t copy;
288     //Update energy deposition tables
289     AddEnergyDeposit(gMC->CurrentVolID(copy),gMC->Edep());
290     //
291     // write tracke reference for track which is dissapearing - MI
292     if (gMC->IsTrackDisappeared()) {      
293         if (gMC->Etot()>0.05) AddTrackReference(GetCurrentTrackNumber());
294     }
295   
296     //Call the appropriate stepping routine;
297     AliModule *det = dynamic_cast<AliModule*>(gAlice->Modules()->At(id));
298     if(det && det->StepManagerIsEnabled()) {
299       fMCQA->StepManager(id);
300       det->StepManager();
301     }
302   }
303 }
304
305 //_______________________________________________________________________
306 void AliMC::EnergySummary()
307 {
308   //
309   // Print summary of deposited energy
310   //
311
312   Int_t ndep=0;
313   Float_t edtot=0;
314   Float_t ed, ed2;
315   Int_t kn, i, left, j, id;
316   const Float_t kzero=0;
317   Int_t ievent=gAlice->GetRunLoader()->GetHeader()->GetEvent()+1;
318   //
319   // Energy loss information
320   if(ievent) {
321     printf("***************** Energy Loss Information per event (GEV) *****************\n");
322     for(kn=1;kn<fEventEnergy.GetSize();kn++) {
323       ed=fSummEnergy[kn];
324       if(ed>0) {
325         fEventEnergy[ndep]=kn;
326         if(ievent>1) {
327           ed=ed/ievent;
328           ed2=fSum2Energy[kn];
329           ed2=ed2/ievent;
330           ed2=100*TMath::Sqrt(TMath::Max(ed2-ed*ed,kzero))/ed;
331         } else 
332           ed2=99;
333         fSummEnergy[ndep]=ed;
334         fSum2Energy[ndep]=TMath::Min(static_cast<Float_t>(99.),TMath::Max(ed2,kzero));
335         edtot+=ed;
336         ndep++;
337       }
338     }
339     for(kn=0;kn<(ndep-1)/3+1;kn++) {
340       left=ndep-kn*3;
341       for(i=0;i<(3<left?3:left);i++) {
342         j=kn*3+i;
343         id=Int_t (fEventEnergy[j]+0.1);
344         printf(" %s %10.3f +- %10.3f%%;",gMC->VolName(id),fSummEnergy[j],fSum2Energy[j]);
345       }
346       printf("\n");
347     }
348     //
349     // Relative energy loss in different detectors
350     printf("******************** Relative Energy Loss per event ********************\n");
351     printf("Total energy loss per event %10.3f GeV\n",edtot);
352     for(kn=0;kn<(ndep-1)/5+1;kn++) {
353       left=ndep-kn*5;
354       for(i=0;i<(5<left?5:left);i++) {
355         j=kn*5+i;
356         id=Int_t (fEventEnergy[j]+0.1);
357         printf(" %s %10.3f%%;",gMC->VolName(id),100*fSummEnergy[j]/edtot);
358       }
359       printf("\n");
360     }
361     for(kn=0;kn<75;kn++) printf("*"); 
362     printf("\n");
363   }
364   //
365   // Reset the TArray's
366   //  fEventEnergy.Set(0);
367   //  fSummEnergy.Set(0);
368   //  fSum2Energy.Set(0);
369 }
370
371 //_____________________________________________________________________________
372 void AliMC::BeginEvent()
373 {
374   //
375   // Clean-up previous event
376   // Energy scores
377   AliDebug(1, ">>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>");
378   AliDebug(1, ">>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>");
379   AliDebug(1, ">>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>");
380   AliDebug(1, "          BEGINNING EVENT               ");
381   AliDebug(1, ">>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>");
382   AliDebug(1, ">>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>");
383   AliDebug(1, ">>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>");
384     
385     AliRunLoader *runloader=gAlice->GetRunLoader();
386
387   /*******************************/    
388   /*   Clean after eventual      */
389   /*   previous event            */
390   /*******************************/    
391
392   
393   //Set the next event in Run Loader -> Cleans trees (TreeK and all trees in detectors),
394   gAlice->SetEventNrInRun(gAlice->GetEventNrInRun()+1);
395   runloader->SetEventNumber(gAlice->GetEventNrInRun());// sets new files, cleans the previous event stuff, if necessary, etc.,  
396   AliDebug(1, Form("EventNr is %d",gAlice->GetEventNrInRun()));
397      
398   fEventEnergy.Reset();  
399     // Clean detector information
400   
401   if (runloader->Stack())
402     runloader->Stack()->Reset();//clean stack -> tree is unloaded
403   else
404     runloader->MakeStack();//or make a new one
405   
406   if(gAlice->Lego() == 0x0)
407    { 
408      AliDebug(1, "fRunLoader->MakeTree(K)");
409      runloader->MakeTree("K");
410    }
411    
412   AliDebug(1, "gMC->SetStack(fRunLoader->Stack())");
413   gMC->SetStack(gAlice->GetRunLoader()->Stack());//Was in InitMC - but was moved here 
414                                      //because we don't have guarantee that 
415                                      //stack pointer is not going to change from event to event
416                          //since it bellobgs to header and is obtained via RunLoader
417   //
418   //  Reset all Detectors & kinematics & make/reset trees
419   //
420     
421   runloader->GetHeader()->Reset(gAlice->GetRunNumber(),gAlice->GetEvNumber(),
422     gAlice->GetEventNrInRun());
423 //  fRunLoader->WriteKinematics("OVERWRITE");  is there any reason to rewrite here since MakeTree does so
424
425   if(gAlice->Lego()) 
426    {
427     gAlice->Lego()->BeginEvent();
428     return;
429    }
430   
431
432   AliDebug(1, "ResetHits()");
433   ResetHits();
434   
435   AliDebug(1, "fRunLoader->MakeTree(H)");
436   runloader->MakeTree("H");
437   
438   AliDebug(1, "fRunLoader->MakeTrackRefsContainer()");
439   runloader->MakeTrackRefsContainer();//for insurance
440
441
442   //create new branches and SetAdresses
443   TIter next(gAlice->Modules());
444   AliModule *detector;
445   while((detector = (AliModule*)next()))
446    {
447     AliDebug(2, Form("%s->MakeBranch(H)",detector->GetName()));
448     detector->MakeBranch("H"); 
449     AliDebug(2, Form("%s->MakeBranchTR()",detector->GetName()));
450     detector->MakeBranchTR();
451     AliDebug(2, Form("%s->SetTreeAddress()",detector->GetName()));
452     detector->SetTreeAddress();
453    }
454   // make branch for AliRun track References
455   TTree * treeTR = runloader->TreeTR();
456   if (treeTR){
457     // make branch for central track references
458     if (!fTrackReferences) fTrackReferences = new TClonesArray("AliTrackReference",0);
459     TBranch *branch;
460     branch = treeTR->Branch("AliRun",&fTrackReferences);
461     branch->SetAddress(&fTrackReferences);
462   }
463   //
464 }
465
466 //_______________________________________________________________________
467 void AliMC::ResetHits()
468 {
469   //
470   //  Reset all Detectors hits
471   //
472   TIter next(gAlice->Modules());
473   AliModule *detector;
474   while((detector = dynamic_cast<AliModule*>(next()))) {
475      detector->ResetHits();
476   }
477 }
478
479 //_______________________________________________________________________
480 void AliMC::PostTrack()
481 {
482   // Posts tracks for each module
483      TObjArray &dets = *gAlice->Modules();
484      AliModule *module;
485
486      for(Int_t i=0; i<=gAlice->GetNdets(); i++)
487        if((module = dynamic_cast<AliModule*>(dets[i])))
488          module->PostTrack();
489 }
490
491 //_______________________________________________________________________
492 void AliMC::FinishPrimary()
493 {
494   //
495   // Called  at the end of each primary track
496   //
497   AliRunLoader *runloader=gAlice->GetRunLoader();
498   //  static Int_t count=0;
499   //  const Int_t times=10;
500   // This primary is finished, purify stack
501 #if ROOT_VERSION_CODE > 262152
502   if (!(gMC->SecondariesAreOrdered()))
503        runloader->Stack()->ReorderKine();
504 #endif
505   runloader->Stack()->PurifyKine();
506   
507   TIter next(gAlice->Modules());
508   AliModule *detector;
509   while((detector = dynamic_cast<AliModule*>(next()))) {
510     detector->FinishPrimary();
511     AliLoader* loader = detector->GetLoader();
512     if(loader)
513      {
514        TTree* treeH = loader->TreeH();
515        if (treeH) treeH->Fill(); //can be Lego run and treeH can not exist
516      }
517   }
518
519   // Write out track references if any
520   if (runloader->TreeTR()) runloader->TreeTR()->Fill();
521 }
522
523 //_______________________________________________________________________
524 void AliMC::FinishEvent()
525 {
526   //
527   // Called at the end of the event.
528   //
529   
530   //
531   if(gAlice->Lego()) gAlice->Lego()->FinishEvent();
532
533   TIter next(gAlice->Modules());
534   AliModule *detector;
535   while((detector = dynamic_cast<AliModule*>(next()))) {
536     detector->FinishEvent();
537   }
538
539   //Update the energy deposit tables
540   Int_t i;
541   for(i=0;i<fEventEnergy.GetSize();i++) 
542    {
543     fSummEnergy[i]+=fEventEnergy[i];
544     fSum2Energy[i]+=fEventEnergy[i]*fEventEnergy[i];
545    }
546
547   AliRunLoader *runloader=gAlice->GetRunLoader();
548
549   AliHeader* header = runloader->GetHeader();
550   AliStack* stack = runloader->Stack();
551   if ( (header == 0x0) || (stack == 0x0) )
552    {//check if we got header and stack. If not cry and exit aliroot
553     AliFatal("Can not get the stack or header from LOADER");
554     return;//never reached
555    }  
556   // Update Header information 
557   header->SetNprimary(stack->GetNprimary());
558   header->SetNtrack(stack->GetNtrack());  
559
560   
561   // Write out the kinematics
562   stack->FinishEvent();
563    
564   // Write out the event Header information
565   TTree* treeE = runloader->TreeE();
566   if (treeE) 
567    {
568       header->SetStack(stack);
569       treeE->Fill();
570    }
571   else
572    {
573     AliError("Can not get TreeE from RL");
574    }
575   
576   if(gAlice->Lego() == 0x0)
577    {
578      runloader->WriteKinematics("OVERWRITE");
579      runloader->WriteTrackRefs("OVERWRITE");
580      runloader->WriteHits("OVERWRITE");
581    }
582    
583   AliDebug(1, "<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<");
584   AliDebug(1, "<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<");
585   AliDebug(1, "<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<");
586   AliDebug(1, "          FINISHING EVENT               ");
587   AliDebug(1, "<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<");
588   AliDebug(1, "<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<");
589   AliDebug(1, "<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<");
590 }
591
592 //_______________________________________________________________________
593 void AliMC::Field(const Double_t* x, Double_t* b) const
594 {
595   // Calculates field "b" at point "x"
596     gAlice->Field(x,b);
597 }
598     
599 //_______________________________________________________________________
600 void AliMC::Init()
601 {
602   // MC initialization
603
604    //=================Create Materials and geometry
605    gMC->Init();
606    //Read the cuts for all materials
607    ReadTransPar();
608    //Build the special IMEDIA table
609    MediaTable();
610
611    //Compute cross-sections
612    gMC->BuildPhysics();
613    
614    //Write Geometry object to current file.
615    gAlice->GetRunLoader()->WriteGeometry();
616
617    //Initialise geometry deposition table
618    fEventEnergy.Set(gMC->NofVolumes()+1);
619    fSummEnergy.Set(gMC->NofVolumes()+1);
620    fSum2Energy.Set(gMC->NofVolumes()+1);
621
622    //
623    fMCQA = new AliMCQA(gAlice->GetNdets());
624
625    // Register MC in configuration 
626    AliConfig::Instance()->Add(gMC);
627
628 }
629
630 //_______________________________________________________________________
631 void AliMC::MediaTable()
632 {
633   //
634   // Built media table to get from the media number to
635   // the detector id
636   //
637
638   Int_t kz, nz, idt, lz, i, k, ind;
639   //  Int_t ibeg;
640   TObjArray &dets = *gAlice->Detectors();
641   AliModule *det;
642   Int_t ndets=gAlice->GetNdets();
643   //
644   // For all detectors
645   for (kz=0;kz<ndets;kz++) {
646     // If detector is defined
647     if((det=dynamic_cast<AliModule*>(dets[kz]))) {
648         TArrayI &idtmed = *(det->GetIdtmed()); 
649         for(nz=0;nz<100;nz++) {
650             
651         // Find max and min material number
652         if((idt=idtmed[nz])) {
653           det->LoMedium() = det->LoMedium() < idt ? det->LoMedium() : idt;
654           det->HiMedium() = det->HiMedium() > idt ? det->HiMedium() : idt;
655         }
656       }
657       if(det->LoMedium() > det->HiMedium()) {
658         det->LoMedium() = 0;
659         det->HiMedium() = 0;
660       } else {
661         if(det->HiMedium() > fImedia->GetSize()) {
662           AliError(Form("Increase fImedia from %d to %d",
663                         fImedia->GetSize(),det->HiMedium()));
664           return;
665         }
666         // Tag all materials in rage as belonging to detector kz
667         for(lz=det->LoMedium(); lz<= det->HiMedium(); lz++) {
668           (*fImedia)[lz]=kz;
669         }
670       }
671     }
672   }
673   //
674   // Print summary table
675   AliInfo("Tracking media ranges:");
676   ToAliInfo(
677   for(i=0;i<(ndets-1)/6+1;i++) {
678     for(k=0;k< (6<ndets-i*6?6:ndets-i*6);k++) {
679       ind=i*6+k;
680       det=dynamic_cast<AliModule*>(dets[ind]);
681       if(det)
682         printf(" %6s: %3d -> %3d;",det->GetName(),det->LoMedium(),
683                det->HiMedium());
684       else
685         printf(" %6s: %3d -> %3d;","NULL",0,0);
686     }
687     printf("\n");
688   }
689   )
690 }
691
692 //_______________________________________________________________________
693 void AliMC::ReadTransPar()
694 {
695   //
696   // Read filename to set the transport parameters
697   //
698
699
700   const Int_t kncuts=10;
701   const Int_t knflags=11;
702   const Int_t knpars=kncuts+knflags;
703   const char kpars[knpars][7] = {"CUTGAM" ,"CUTELE","CUTNEU","CUTHAD","CUTMUO",
704                                "BCUTE","BCUTM","DCUTE","DCUTM","PPCUTM","ANNI",
705                                "BREM","COMP","DCAY","DRAY","HADR","LOSS",
706                                "MULS","PAIR","PHOT","RAYL"};
707   char line[256];
708   char detName[7];
709   char* filtmp;
710   Float_t cut[kncuts];
711   Int_t flag[knflags];
712   Int_t i, itmed, iret, ktmed, kz;
713   FILE *lun;
714   //
715   // See whether the file is there
716   filtmp=gSystem->ExpandPathName(fTransParName.Data());
717   lun=fopen(filtmp,"r");
718   delete [] filtmp;
719   if(!lun) {
720     AliWarning(Form("File %s does not exist!",fTransParName.Data()));
721     return;
722   }
723   //
724   while(1) {
725     // Initialise cuts and flags
726     for(i=0;i<kncuts;i++) cut[i]=-99;
727     for(i=0;i<knflags;i++) flag[i]=-99;
728     itmed=0;
729     for(i=0;i<256;i++) line[i]='\0';
730     // Read up to the end of line excluded
731     iret=fscanf(lun,"%[^\n]",line);
732     if(iret<0) {
733       //End of file
734       fclose(lun);
735       return;
736     }
737     // Read the end of line
738     fscanf(lun,"%*c");
739     if(!iret) continue;
740     if(line[0]=='*') continue;
741     // Read the numbers
742     iret=sscanf(line,"%s %d %f %f %f %f %f %f %f %f %f %f %d %d %d %d %d %d %d %d %d %d %d",
743                 detName,&itmed,&cut[0],&cut[1],&cut[2],&cut[3],&cut[4],&cut[5],&cut[6],&cut[7],&cut[8],
744                 &cut[9],&flag[0],&flag[1],&flag[2],&flag[3],&flag[4],&flag[5],&flag[6],&flag[7],
745                 &flag[8],&flag[9],&flag[10]);
746     if(!iret) continue;
747     if(iret<0) {
748       //reading error
749       AliWarning(Form("Error reading file %s",fTransParName.Data()));
750       continue;
751     }
752     // Check that the module exist
753     AliModule *mod = gAlice->GetModule(detName);
754     if(mod) {
755       // Get the array of media numbers
756       TArrayI &idtmed = *mod->GetIdtmed();
757       // Check that the tracking medium code is valid
758       if(0<=itmed && itmed < 100) {
759         ktmed=idtmed[itmed];
760         if(!ktmed) {
761           AliWarning(Form("Invalid tracking medium code %d for %s",itmed,mod->GetName()));
762           continue;
763         }
764         // Set energy thresholds
765         for(kz=0;kz<kncuts;kz++) {
766           if(cut[kz]>=0) {
767             AliDebug(2, Form("%-6s set to %10.3E for tracking medium code %4d for %s",
768                              kpars[kz],cut[kz],itmed,mod->GetName()));
769             gMC->Gstpar(ktmed,kpars[kz],cut[kz]);
770           }
771         }
772         // Set transport mechanisms
773         for(kz=0;kz<knflags;kz++) {
774           if(flag[kz]>=0) {
775             AliDebug(2, Form("%-6s set to %10d for tracking medium code %4d for %s",
776                              kpars[kncuts+kz],flag[kz],itmed,mod->GetName()));
777             gMC->Gstpar(ktmed,kpars[kncuts+kz],Float_t(flag[kz]));
778           }
779         }
780       } else {
781         AliWarning(Form("Invalid medium code %d",itmed));
782         continue;
783       }
784     } else {
785       AliDebug(1, Form("%s not present",detName));
786       continue;
787     }
788   }
789 }
790
791 //_______________________________________________________________________
792 void AliMC::SetTransPar(const char *filename)
793 {
794   //
795   // Sets the file name for transport parameters
796   //
797   fTransParName = filename;
798 }
799
800 //_______________________________________________________________________
801 void AliMC::Browse(TBrowser *b)
802 {
803   //
804   // Called when the item "Run" is clicked on the left pane
805   // of the Root browser.
806   // It displays the Root Trees and all detectors.
807   //
808   //detectors are in folders anyway
809   b->Add(fMCQA,"AliMCQA");
810 }
811
812 //PH
813 //_______________________________________________________________________
814 void AliMC::AddHit(Int_t id, Int_t track, Int_t *vol, Float_t *hits) const
815 {
816   //
817   //  Add a hit to detector id
818   //
819   TObjArray &dets = *gAlice->Modules();
820   if(dets[id]) dynamic_cast<AliModule*>(dets[id])->AddHit(track,vol,hits);
821 }
822
823 //_______________________________________________________________________
824 void AliMC::AddDigit(Int_t id, Int_t *tracks, Int_t *digits) const
825 {
826   //
827   // Add digit to detector id
828   //
829   TObjArray &dets = *gAlice->Modules();
830   if(dets[id]) dynamic_cast<AliModule*>(dets[id])->AddDigit(tracks,digits);
831 }
832
833 //_______________________________________________________________________
834 Int_t AliMC::GetCurrentTrackNumber() const {
835   //
836   // Returns current track
837   //
838   return gAlice->GetRunLoader()->Stack()->GetCurrentTrackNumber();
839 }
840
841 //_______________________________________________________________________
842 void AliMC::DumpPart (Int_t i) const
843 {
844   //
845   // Dumps particle i in the stack
846   //
847   AliRunLoader * runloader = gAlice->GetRunLoader();
848    if (runloader->Stack())
849     runloader->Stack()->DumpPart(i);
850 }
851
852 //_______________________________________________________________________
853 void AliMC::DumpPStack () const
854 {
855   //
856   // Dumps the particle stack
857   //
858   AliRunLoader * runloader = gAlice->GetRunLoader();
859    if (runloader->Stack())
860     runloader->Stack()->DumpPStack();
861 }
862
863 //_______________________________________________________________________
864 Int_t AliMC::GetNtrack() const {
865   //
866   // Returns number of tracks in stack
867   //
868   Int_t ntracks = -1;
869   AliRunLoader * runloader = gAlice->GetRunLoader();
870    if (runloader->Stack())
871      ntracks = runloader->Stack()->GetNtrack();
872    return ntracks;
873 }
874
875 //_______________________________________________________________________
876 Int_t AliMC::GetPrimary(Int_t track) const
877 {
878   //
879   // return number of primary that has generated track
880   //
881   Int_t nprimary = -999;
882   AliRunLoader * runloader = gAlice->GetRunLoader();
883   if (runloader->Stack())
884     nprimary = runloader->Stack()->GetPrimary(track);
885   return nprimary;
886 }
887  
888 //_______________________________________________________________________
889 TParticle* AliMC::Particle(Int_t i) const
890 {
891   // Returns the i-th particle from the stack taking into account
892   // the remaping done by PurifyKine
893   AliRunLoader * runloader = gAlice->GetRunLoader();
894   if (runloader)
895    if (runloader->Stack())
896     return runloader->Stack()->Particle(i);
897   return 0x0;   
898 }
899
900 //_______________________________________________________________________
901 TObjArray* AliMC::Particles() const {
902   //
903   // Returns pointer to Particles array
904   //
905   AliRunLoader * runloader = gAlice->GetRunLoader();
906   if (runloader)
907    if (runloader->Stack())
908     return runloader->Stack()->Particles();
909   return 0x0;
910 }
911
912 //_______________________________________________________________________
913 void AliMC::PushTrack(Int_t done, Int_t parent, Int_t pdg, Float_t *pmom,
914                       Float_t *vpos, Float_t *polar, Float_t tof,
915                       TMCProcess mech, Int_t &ntr, Float_t weight, Int_t is) const
916
917 // Delegate to stack
918 //
919   AliRunLoader * runloader = gAlice->GetRunLoader();
920   if (runloader)
921     if (runloader->Stack())
922       runloader->Stack()->PushTrack(done, parent, pdg, pmom, vpos, polar, tof,
923                                     mech, ntr, weight, is);
924 }
925
926 //_______________________________________________________________________
927 void AliMC::PushTrack(Int_t done, Int_t parent, Int_t pdg,
928                       Double_t px, Double_t py, Double_t pz, Double_t e,
929                       Double_t vx, Double_t vy, Double_t vz, Double_t tof,
930                       Double_t polx, Double_t poly, Double_t polz,
931                       TMCProcess mech, Int_t &ntr, Float_t weight, Int_t is) const
932
933   // Delegate to stack
934   //
935   AliRunLoader * runloader = gAlice->GetRunLoader();
936   if (runloader)
937     if (runloader->Stack())
938       runloader->Stack()->PushTrack(done, parent, pdg, px, py, pz, e, vx, vy, vz, tof,
939                                     polx, poly, polz, mech, ntr, weight, is);
940 }
941
942 //_______________________________________________________________________
943 void AliMC::SetHighWaterMark(Int_t nt) const
944 {
945     //
946     // Set high water mark for last track in event
947   AliRunLoader * runloader = gAlice->GetRunLoader();
948   if (runloader)
949     if (runloader->Stack())
950       runloader->Stack()->SetHighWaterMark(nt);
951 }
952
953 //_______________________________________________________________________
954 void AliMC::KeepTrack(Int_t track) const
955
956   //
957   // Delegate to stack
958   //
959   AliRunLoader * runloader = gAlice->GetRunLoader();
960   if (runloader)
961     if (runloader->Stack())
962       runloader->Stack()->KeepTrack(track);
963 }
964  
965 //_______________________________________________________________________
966 void AliMC::FlagTrack(Int_t track) const
967 {
968   // Delegate to stack
969   //
970   AliRunLoader * runloader = gAlice->GetRunLoader();
971   if (runloader)
972     if (runloader->Stack())
973       runloader->Stack()->FlagTrack(track);
974 }
975
976 //_______________________________________________________________________
977 void AliMC::SetCurrentTrack(Int_t track) const
978
979   //
980   // Set current track number
981   //
982   AliRunLoader * runloader = gAlice->GetRunLoader();
983   if (runloader)
984     if (runloader->Stack())
985       runloader->Stack()->SetCurrentTrack(track); 
986 }
987
988 //_______________________________________________________________________
989 void  AliMC::AddTrackReference(Int_t label){
990   //
991   // add a trackrefernce to the list
992   if (!fTrackReferences) {
993     AliError("Container trackrefernce not active");
994     return;
995   }
996   Int_t nref = fTrackReferences->GetEntriesFast();
997   TClonesArray &lref = *fTrackReferences;
998   new(lref[nref]) AliTrackReference(label);
999 }
1000
1001
1002
1003 //_______________________________________________________________________
1004 void AliMC::ResetTrackReferences()
1005 {
1006   //
1007   //  Reset all  references
1008   //
1009   if (fTrackReferences)   fTrackReferences->Clear();
1010
1011   TIter next(gAlice->Modules());
1012   AliModule *detector;
1013   while((detector = dynamic_cast<AliModule*>(next()))) {
1014      detector->ResetTrackReferences();
1015   }
1016 }
1017
1018 void AliMC::RemapTrackReferencesIDs(Int_t *map)
1019 {
1020   // 
1021   // Remapping track reference
1022   // Called at finish primary
1023   //
1024   if (!fTrackReferences) return;
1025   for (Int_t i=0;i<fTrackReferences->GetEntries();i++){
1026     AliTrackReference * ref = dynamic_cast<AliTrackReference*>(fTrackReferences->UncheckedAt(i));
1027     if (ref) {
1028       Int_t newID = map[ref->GetTrack()];
1029       if (newID>=0) ref->SetTrack(newID);
1030       else {
1031         //ref->SetTrack(-1);
1032         ref->SetBit(kNotDeleted,kFALSE);
1033         fTrackReferences->RemoveAt(i);  
1034       }      
1035     }
1036   }
1037   fTrackReferences->Compress();
1038 }
1039
1040 void AliMC::FixParticleDecaytime()
1041 {
1042     //
1043     // Fix the particle decay time according to rmin and rmax for decays
1044     //
1045
1046     TLorentzVector p;
1047     gMC->TrackMomentum(p);
1048     Double_t tmin, tmax;
1049     Double_t b;
1050
1051     // Transverse velocity 
1052     Double_t vt    = p.Pt() / p.E();
1053     
1054     if ((b = gAlice->Field()->SolenoidField()) > 0.) {     // [kG]
1055
1056         // Radius of helix
1057         
1058         Double_t rho   = p.Pt() / 0.0003 / b; // [cm]
1059         
1060         // Revolution frequency
1061         
1062         Double_t omega = vt / rho;
1063         
1064         // Maximum and minimum decay time
1065         //
1066         // Check for curlers first
1067         if (fRDecayMax * fRDecayMax / rho / rho / 2. > 1.) return;
1068         
1069         //
1070  
1071         tmax  = TMath::ACos(1. - fRDecayMax * fRDecayMax / rho / rho / 2.) / omega;   // [ct]
1072         tmin  = TMath::ACos(1. - fRDecayMin * fRDecayMin / rho / rho / 2.) / omega;   // [ct]
1073     } else {
1074         tmax =  fRDecayMax / vt;                                                      // [ct] 
1075         tmin =  fRDecayMin / vt;                                                      // [ct]
1076     }
1077     
1078     //
1079     // Dial t using the two limits
1080     Double_t t = tmin + (tmax - tmin) * gRandom->Rndm();                              // [ct]
1081     //
1082     //
1083     // Force decay time in transport code
1084     //
1085     TGeant3 * geant = (TGeant3*) gMC;
1086     geant->Gcphys()->sumlif = t / p.Beta() / p.Gamma();
1087 }