STEER/AliMillePede2.cxx

   1 /**********************************************************************************************/
   2 /* General class for alignment with large number of degrees of freedom                        */
   3 /* Based on the original milliped2 by Volker Blobel                                           */
   4 /* http://www.desy.de/~blobel/mptalks.html                                                    */
   5 /*                                                                                            */
   6 /* Author: ruben.shahoyan@cern.ch                                                             */
   7 /*                                                                                            */
   8 /**********************************************************************************************/
   9
  10 #include "AliMillePede2.h"
  11 #include "AliLog.h"
  12 #include <TStopwatch.h>
  13 #include <TFile.h>
  14 #include <TChain.h>
  15 #include <TMath.h>
  16 #include <TVectorD.h>
  17 #include <TArrayL.h>
  18 #include <TSystem.h>
  19 #include "AliMatrixSq.h"
  20 #include "AliSymMatrix.h"
  21 #include "AliRectMatrix.h"
  22 #include "AliMatrixSparse.h"
  23 #include <stdio.h>
  24 #include <stdlib.h>
  25 #include <unistd.h>
  26 #include <sys/types.h>
  27 #include <sys/stat.h>
  28 #include <fcntl.h>
  29 #include <fstream>
  30
  31 using namespace std;
  32
  33
  34 ClassImp(AliMillePede2)
  35
  36 Bool_t   AliMillePede2::fgInvChol        = kTRUE;     // Invert global matrix with Cholesky solver
  37 Bool_t   AliMillePede2::fgWeightSigma    = kTRUE;     // weight local constraint by module statistics
  38 Bool_t   AliMillePede2::fgIsMatGloSparse = kFALSE;    // use faster dense matrix by default
  39 Int_t    AliMillePede2::fgMinResCondType = 1;         // Jacoby preconditioner by default
  40 Double_t AliMillePede2::fgMinResTol      = 1.e-11;    // default tolerance
  41 Int_t    AliMillePede2::fgMinResMaxIter  = 10000;     // default max number of iterations
  42 Int_t    AliMillePede2::fgIterSol        = AliMinResSolve::kSolMinRes; // default iterative solver
  43 Int_t    AliMillePede2::fgNKrylovV       = 240;        // default number of Krylov vectors to keep
  44
  45 //_____________________________________________________________________________________________
  46 AliMillePede2::AliMillePede2()
  47 : fNLocPar(0),
  48   fNGloPar(0),
  49   fNGloSize(0),
  50 //
  51   fNLocEquations(0),
  52   fIter(0),
  53   fMaxIter(10),
  54   fNStdDev(3),
  55   fNGloConstraints(0),
  56   fNLagrangeConstraints(0),
  57   fNLocFits(0),
  58   fNLocFitsRejected(0),
  59   fNGloFix(0),
  60   fGloSolveStatus(gkFailed),
  61 //
  62   fChi2CutFactor(1.),
  63   fChi2CutRef(1.),
  64   fResCutInit(100.),
  65   fResCut(100.),
  66   fMinPntValid(1),
  67 //
  68   fNGroupsSet(0),
  69   fParamGrID(0),
  70   fProcPnt(0),
  71   fVecBLoc(0),
  72   fDiagCGlo(0),
  73   fVecBGlo(0),
  74   fInitPar(0),
  75   fDeltaPar(0),
  76   fSigmaPar(0),
  77   fIsLinear(0),
  78   fConstrUsed(0),
  79 //
  80   fGlo2CGlo(0),
  81   fCGlo2Glo(0),
  82 //
  83   fMatCLoc(0),
  84   fMatCGlo(0),
  85   fMatCGloLoc(0),
  86   //
  87   fFillIndex(0),
  88   fFillValue(0),
  89   //
  90   fDataRecFName("/tmp/mp2_data_records.root"),
  91   fRecord(0),
  92   fDataRecFile(0),
  93   fTreeData(0),
  94   fRecFileStatus(0),
  95   //
  96   fConstrRecFName("/tmp/mp2_constraints_records.root"),
  97   fTreeConstr(0),
  98   fConsRecFile(0),
  99   fCurrRecDataID(0),
 100   fCurrRecConstrID(0),
 101   fLocFitAdd(kTRUE),
 102   fSelFirst(1),
 103   fSelLast(-1),
 104   fRejRunList(0),
 105   fAccRunList(0)
 106 {}
 107
 108 //_____________________________________________________________________________________________
 109 AliMillePede2::AliMillePede2(const AliMillePede2& src) :
 110   TObject(src),fNLocPar(0),fNGloPar(0),fNGloSize(0),fNLocEquations(0),fIter(0),
 111   fMaxIter(10),fNStdDev(3),fNGloConstraints(0),fNLagrangeConstraints(0),
 112   fNLocFits(0),fNLocFitsRejected(0),
 113   fNGloFix(0),fGloSolveStatus(0),fChi2CutFactor(0),fChi2CutRef(0),fResCutInit(0),
 114   fResCut(0),fMinPntValid(1),fNGroupsSet(0),fParamGrID(0),fProcPnt(0),fVecBLoc(0),fDiagCGlo(0),fVecBGlo(0),
 115   fInitPar(0),fDeltaPar(0),fSigmaPar(0),fIsLinear(0),fConstrUsed(0),fGlo2CGlo(0),fCGlo2Glo(0),
 116   fMatCLoc(0),fMatCGlo(0),fMatCGloLoc(0),fFillIndex(0),fFillValue(0),
 117   fDataRecFName(0),fRecord(0),fDataRecFile(0),
 118   fTreeData(0),fRecFileStatus(0),fConstrRecFName(0),fTreeConstr(0),fConsRecFile(0),fCurrRecDataID(0),
 119   fCurrRecConstrID(0),fLocFitAdd(kTRUE),
 120   fSelFirst(1),
 121   fSelLast(-1),
 122   fRejRunList(0),
 123   fAccRunList(0)
 124 {printf("Dummy\n");}
 125
 126 //_____________________________________________________________________________________________
 127 AliMillePede2::~AliMillePede2()
 128 {
 129   CloseDataRecStorage();
 130   CloseConsRecStorage();
 131   //
 132   delete[] fParamGrID;
 133   delete[] fProcPnt;
 134   delete[] fVecBLoc;
 135   delete[] fDiagCGlo;
 136   delete[] fVecBGlo;
 137   delete[] fInitPar;
 138   delete[] fDeltaPar;
 139   delete[] fSigmaPar;
 140   delete[] fGlo2CGlo;
 141   delete[] fCGlo2Glo;
 142   delete[] fIsLinear;
 143   delete[] fConstrUsed;
 144   delete[] fFillIndex;
 145   delete[] fFillValue;
 146   //
 147   delete fRecord;
 148   delete fMatCLoc;
 149   delete fMatCGlo;
 150   delete fMatCGloLoc;
 151   delete fRejRunList;
 152   delete fAccRunList;
 153 }
 154
 155 //_____________________________________________________________________________________________
 156 Int_t AliMillePede2::InitMille(int nGlo, int nLoc, int lNStdDev,double lResCut, double lResCutInit)
 157 {
 158   //
 159   if (nLoc>0)        fNLocPar = nLoc;
 160   if (nGlo>0)        fNGloPar = nGlo;
 161   if (lResCutInit>0) fResCutInit = lResCutInit;
 162   if (lResCut>0)     fResCut     = lResCut;
 163   if (lNStdDev>0)    fNStdDev    = lNStdDev;
 164   //
 165   fNGloSize = fNGloPar;
 166   //
 167   try {
 168     //
 169     if (fgIsMatGloSparse) {fMatCGlo = new AliMatrixSparse(fNGloPar); fMatCGlo->SetSymmetric(kTRUE);}
 170     else                   fMatCGlo = new AliSymMatrix(fNGloPar);
 171     //
 172     fFillIndex    = new Int_t[fNGloPar];
 173     fFillValue    = new Double_t[fNGloPar];
 174     //
 175     fMatCLoc      = new AliSymMatrix(fNLocPar);
 176     fMatCGloLoc   = new AliRectMatrix(fNGloPar,fNLocPar);
 177     //
 178     fParamGrID    = new Int_t[fNGloPar];
 179     fProcPnt      = new Int_t[fNGloPar];
 180     fVecBLoc      = new Double_t[fNLocPar];
 181     fDiagCGlo     = new Double_t[fNGloPar];
 182     //
 183     fInitPar      = new Double_t[fNGloPar];
 184     fDeltaPar     = new Double_t[fNGloPar];
 185     fSigmaPar     = new Double_t[fNGloPar];
 186     fIsLinear     = new Bool_t[fNGloPar];
 187     //
 188     fGlo2CGlo     = new Int_t[fNGloPar];
 189     fCGlo2Glo     = new Int_t[fNGloPar];
 190   }
 191   catch(bad_alloc&) {
 192     AliInfo(Form("Failed to allocate the memory for %d global and %d local parameters",fNGloPar,fNLocPar));
 193     return 0;
 194   }
 195   //
 196   memset(fVecBLoc   ,0,fNLocPar*sizeof(Double_t));
 197   memset(fDiagCGlo  ,0,fNGloPar*sizeof(Double_t));
 198   memset(fInitPar   ,0,fNGloPar*sizeof(Double_t));
 199   memset(fDeltaPar  ,0,fNGloPar*sizeof(Double_t));
 200   memset(fSigmaPar  ,0,fNGloPar*sizeof(Double_t));
 201   memset(fProcPnt   ,0,fNGloPar*sizeof(Int_t));
 202   //
 203   for (int i=fNGloPar;i--;) {
 204     fGlo2CGlo[i] = fCGlo2Glo[i] = -1;
 205     fIsLinear[i] = kTRUE;
 206     fParamGrID[i] = -1;
 207   }
 208   //
 209   return 1;
 210 }
 211
 212 //_____________________________________________________________________________________________
 213 Bool_t AliMillePede2::ImposeDataRecFile(const char* fname)
 214 {
 215   CloseDataRecStorage();
 216   SetDataRecFName(fname);
 217   return InitDataRecStorage(kTRUE); // open in read mode
 218 }
 219
 220 //_____________________________________________________________________________________________
 221 Bool_t AliMillePede2::ImposeConsRecFile(const char* fname)
 222 {
 223   CloseConsRecStorage();
 224   SetConsRecFName(fname);
 225   return InitConsRecStorage(kTRUE); // open in read mode
 226 }
 227
 228 //_____________________________________________________________________________________________
 229 Bool_t AliMillePede2::InitDataRecStorage(Bool_t read)
 230 {
 231   // initialize the buffer for processed measurements records
 232   //
 233   if (fTreeData) {AliInfo("Data Records File is already initialized"); return kFALSE;}
 234   //
 235   if (!fRecord) fRecord = new AliMillePedeRecord();
 236   //
 237   if (!read) { // write mode: cannot use chain
 238     fDataRecFile = TFile::Open(GetDataRecFName(),"recreate");
 239     if (!fDataRecFile) {AliFatal(Form("Failed to initialize data records file %s",GetDataRecFName())); return kFALSE;}
 240     AliInfo(Form("File %s used for derivatives records",GetDataRecFName()));
 241     fTreeData = new TTree("AliMillePedeRecords_Data","Data Records for AliMillePede2");
 242     fTreeData->Branch("Record_Data","AliMillePedeRecord",&fRecord,32000,99);
 243   }
 244   else { // use chain
 245     TChain* ch = new TChain("AliMillePedeRecords_Data");
 246     //
 247     if (fDataRecFName.EndsWith(".root")) ch->AddFile(fDataRecFName);
 248     else { // assume text file with list of filenames
 249       //
 250       ifstream inpf(fDataRecFName.Data());
 251       if (!inpf.good()) {AliInfo(Form("Failed on input records list %s\n",fDataRecFName.Data())); return kFALSE;}
 252       //
 253       TString recfName;
 254       while ( !(recfName.ReadLine(inpf)).eof() ) {
 255         recfName = recfName.Strip(TString::kBoth,' ');
 256         if (recfName.BeginsWith("//") || recfName.BeginsWith("#") || !recfName.EndsWith(".root")) {  // comment
 257           AliInfo(Form("Skip %s\n",recfName.Data()));
 258           continue;
 259         }
 260         //
 261         recfName = recfName.Strip(TString::kBoth,',');
 262         recfName = recfName.Strip(TString::kBoth,'"');
 263         gSystem->ExpandPathName(recfName);
 264         printf("Adding %s\n",recfName.Data());
 265         ch->AddFile(recfName.Data());
 266       }
 267     }
 268     //
 269     Long64_t nent = ch->GetEntries();
 270     if (nent<1) { AliInfo("Obtained chain is empty"); return kFALSE;}
 271     fTreeData = ch;
 272     fTreeData->SetBranchAddress("Record_Data",&fRecord);
 273     AliInfo(Form("Found %lld derivatives records",nent));
 274   }
 275   fCurrRecDataID = -1;
 276   fRecFileStatus = read ? 1:2;
 277   //
 278   return kTRUE;
 279 }
 280
 281 //_____________________________________________________________________________________________
 282 Bool_t AliMillePede2::InitConsRecStorage(Bool_t read)
 283 {
 284   // initialize the buffer for processed measurements records
 285   //
 286   if (fConsRecFile) {AliInfo("Constraints Records File is already initialized"); return kFALSE;}
 287   //
 288   if (!fRecord) fRecord = new AliMillePedeRecord();
 289   //
 290   fConsRecFile = TFile::Open(GetConsRecFName(),read ? "":"recreate");
 291   if (!fConsRecFile) {AliInfo(Form("Failed to initialize constraints records file %s",GetConsRecFName())); return kFALSE;}
 292   //
 293   AliInfo(Form("File %s used for constraints records",GetConsRecFName()));
 294   if (read) {
 295     fTreeConstr = (TTree*)fConsRecFile->Get("AliMillePedeRecords_Constraints");
 296     if (!fTreeConstr) {AliInfo(Form("Did not find constraints records tree in %s",GetConsRecFName())); return kFALSE;}
 297     fTreeConstr->SetBranchAddress("Record_Constraints",&fRecord);
 298     AliInfo(Form("Found %lld constraints records",fTreeConstr->GetEntries()));
 299     //
 300   }
 301   else {
 302     //
 303     fTreeConstr = new TTree("AliMillePedeRecords_Constraints","Constraints Records for AliMillePede2");
 304     fTreeConstr->Branch("Record_Constraints","AliMillePedeRecord",&fRecord,32000,99);
 305   }
 306   fCurrRecConstrID = -1;
 307   //
 308   return kTRUE;
 309 }
 310
 311 //_____________________________________________________________________________________________
 312 void AliMillePede2::CloseDataRecStorage()
 313 {
 314   if (fTreeData) {
 315     if (fDataRecFile && fDataRecFile->IsWritable()) {
 316       fDataRecFile->cd();
 317       fTreeData->Write();
 318     }
 319     delete fTreeData;
 320     fTreeData = 0;
 321     if (fDataRecFile) {
 322       fDataRecFile->Close();
 323       delete fDataRecFile;
 324       fDataRecFile = 0;
 325     }
 326   }
 327   fRecFileStatus = 0;
 328   //
 329 }
 330
 331 //_____________________________________________________________________________________________
 332 void AliMillePede2::CloseConsRecStorage()
 333 {
 334   if (fTreeConstr) {
 335     if (fConsRecFile->IsWritable()) {
 336       fConsRecFile->cd();
 337       fTreeConstr->Write();
 338     }
 339     delete fTreeConstr;
 340     fTreeConstr = 0;
 341     fConsRecFile->Close();
 342     delete fConsRecFile;
 343     fConsRecFile = 0;
 344   }
 345   //
 346 }
 347
 348 //_____________________________________________________________________________________________
 349 Bool_t AliMillePede2::ReadNextRecordData()
 350 {
 351   // read next data record (if any)
 352   if (!fTreeData || ++fCurrRecDataID >= fTreeData->GetEntries()) { fCurrRecDataID--; return kFALSE;}
 353   fTreeData->GetEntry(fCurrRecDataID);
 354   return kTRUE;
 355 }
 356
 357 //_____________________________________________________________________________________________
 358 Bool_t AliMillePede2::ReadNextRecordConstraint()
 359 {
 360   // read next constraint record (if any)
 361   if (!fTreeConstr || ++fCurrRecConstrID >= fTreeConstr->GetEntries()) { fCurrRecConstrID--; return kFALSE;}
 362   fTreeConstr->GetEntry(fCurrRecConstrID);
 363   return kTRUE;
 364 }
 365
 366 //_____________________________________________________________________________________________
 367 void AliMillePede2::SetRecordWeight(double wgh)
 368 {
 369   if (fRecFileStatus<2) InitDataRecStorage(); // create a buffer to store the data
 370   fRecord->SetWeight(wgh);
 371 }
 372
 373 //_____________________________________________________________________________________________
 374 void AliMillePede2::SetRecordRun(Int_t run)
 375 {
 376   if (fRecFileStatus<2) InitDataRecStorage(); // create a buffer to store the data
 377   fRecord->SetRunID(run);
 378 }
 379
 380 //_____________________________________________________________________________________________
 381 void AliMillePede2::SetLocalEquation(double *dergb, double *derlc, double lMeas, double lSigma)
 382 {
 383   if (fRecFileStatus<2) InitDataRecStorage(); // create a buffer to store the data
 384   //
 385   // write data of single measurement
 386   if (lSigma<=0.0) { // If parameter is fixed, then no equation
 387     for (int i=fNLocPar; i--;) derlc[i] = 0.0;
 388     for (int i=fNGloPar; i--;) dergb[i] = 0.0;
 389     return;
 390   }
 391   //
 392   fRecord->AddResidual(lMeas);
 393   //
 394   // Retrieve local param interesting indices
 395   for (int i=0;i<fNLocPar;i++) if (!IsZero(derlc[i])) {fRecord->AddIndexValue(i,derlc[i]); derlc[i] = 0.0;}
 396   //
 397   fRecord->AddWeight( 1.0/lSigma/lSigma );
 398   //
 399   // Idem for global parameters
 400   for (int i=0;i<fNGloPar;i++) if (!IsZero(dergb[i])) {
 401     fRecord->AddIndexValue(i,dergb[i]); dergb[i] = 0.0;
 402     fRecord->MarkGroup(fParamGrID[i]);
 403   }
 404   //
 405 }
 406
 407 //_____________________________________________________________________________________________
 408 void AliMillePede2::SetLocalEquation(int *indgb, double *dergb, int ngb, int *indlc,
 409                                      double *derlc,int nlc,double lMeas,double lSigma)
 410 {
 411   // write data of single measurement
 412   if (lSigma<=0.0) { // If parameter is fixed, then no equation
 413     for (int i=nlc;i--;)  derlc[i] = 0.0;
 414     for (int i=ngb;i--;)  dergb[i] = 0.0;
 415     return;
 416   }
 417   //
 418   if (fRecFileStatus<2) InitDataRecStorage(); // create a buffer to store the data
 419   //
 420   fRecord->AddResidual(lMeas);
 421   //
 422   // Retrieve local param interesting indices
 423   for (int i=0;i<nlc;i++) if (!IsZero(derlc[i])) {fRecord->AddIndexValue(indlc[i],derlc[i]); derlc[i]=0.; indlc[i]=0;}
 424   //
 425   fRecord->AddWeight( 1./lSigma/lSigma );
 426   //
 427   // Idem for global parameters
 428   for (int i=0;i<ngb;i++) if (!IsZero(dergb[i])) {fRecord->AddIndexValue(indgb[i],dergb[i]); dergb[i]=0.; indgb[i]=0;}
 429   //
 430 }
 431
 432
 433 //_____________________________________________________________________________________________
 434 void AliMillePede2::SetGlobalConstraint(double *dergb, double val, double sigma)
 435 {
 436   // Define a constraint equation.
 437   if (!fConsRecFile || !fConsRecFile->IsWritable()) InitConsRecStorage(); // create a buffer to store the data
 438   //
 439   fRecord->Reset();
 440   fRecord->AddResidual(val);
 441   fRecord->AddWeight(sigma);
 442   for (int i=0; i<fNGloPar; i++) if (!IsZero(dergb[i]))  fRecord->AddIndexValue(i,dergb[i]);
 443   fNGloConstraints++;
 444   if (IsZero(sigma)) fNLagrangeConstraints++;
 445   //  printf("NewConstraint:\n"); fRecord->Print(); //RRR
 446   SaveRecordConstraint();
 447   //
 448 }
 449
 450 //_____________________________________________________________________________________________
 451 void AliMillePede2::SetGlobalConstraint(const int *indgb, double *dergb, int ngb, double val,double sigma)
 452 {
 453   // Define a constraint equation.
 454   if (!fConsRecFile || !fConsRecFile->IsWritable()) InitConsRecStorage(); // create a buffer to store the data
 455   fRecord->Reset();
 456   fRecord->AddResidual(val);
 457   fRecord->AddWeight(sigma);   // dummy
 458   for (int i=0; i<ngb; i++) if (!IsZero(dergb[i]))  fRecord->AddIndexValue(indgb[i],dergb[i]);
 459   fNGloConstraints++;
 460   if (IsZero(sigma)) fNLagrangeConstraints++;
 461   SaveRecordConstraint();
 462   //
 463 }
 464
 465 //_____________________________________________________________________________________________
 466 Int_t AliMillePede2::LocalFit(double *localParams)
 467 {
 468   /*
 469     Perform local parameters fit once all the local equations have been set
 470     -----------------------------------------------------------
 471     localParams = (if !=0) will contain the fitted track parameters and
 472     related errors
 473   */
 474   static int     nrefSize = 0;
 475   //  static TArrayI refLoc,refGlo,nrefLoc,nrefGlo;
 476   static Int_t  *refLoc=0,*refGlo=0,*nrefLoc=0,*nrefGlo=0;
 477   int nPoints = 0;
 478   //
 479   AliSymMatrix    &matCLoc    = *fMatCLoc;
 480   AliMatrixSq     &matCGlo    = *fMatCGlo;
 481   AliRectMatrix   &matCGloLoc = *fMatCGloLoc;
 482   //
 483   memset(fVecBLoc,0,fNLocPar*sizeof(double));
 484   matCLoc.Reset();
 485   //
 486   int cnt=0;
 487   int recSz = fRecord->GetSize();
 488   //
 489   while(cnt<recSz) {  // Transfer the measurement records to matrices
 490     //
 491     // extract addresses of residual, weight and pointers on local and global derivatives for each point
 492     if (nrefSize<=nPoints) {
 493       int *tmpA = 0;
 494       nrefSize = 2*(nPoints+1);
 495       tmpA = refLoc;  refLoc  = new Int_t[nrefSize]; if (tmpA) memcpy(refLoc,tmpA,nPoints*sizeof(int));
 496       tmpA = refGlo;  refGlo  = new Int_t[nrefSize]; if (tmpA) memcpy(refGlo,tmpA,nPoints*sizeof(int));
 497       tmpA = nrefLoc; nrefLoc = new Int_t[nrefSize]; if (tmpA) memcpy(nrefLoc,tmpA,nPoints*sizeof(int));
 498       tmpA = nrefGlo; nrefGlo = new Int_t[nrefSize]; if (tmpA) memcpy(nrefGlo,tmpA,nPoints*sizeof(int));
 499     }
 500     //
 501     refLoc[nPoints]  = ++cnt;
 502     int nLoc = 0;
 503     while(!fRecord->IsWeight(cnt)) {nLoc++; cnt++;}
 504     nrefLoc[nPoints] = nLoc;
 505     //
 506     refGlo[nPoints]  = ++cnt;
 507     int nGlo = 0;
 508     while(!fRecord->IsResidual(cnt) && cnt<recSz) {nGlo++; cnt++;}
 509     nrefGlo[nPoints] = nGlo;
 510     //
 511     nPoints++;
 512   }
 513   double vl;
 514   //
 515   double gloWgh = fRecord->GetWeight(); // global weight for this set
 516   Int_t maxLocUsed = 0;
 517   //
 518   for (int ip=nPoints;ip--;) {  // Transfer the measurement records to matrices
 519     double  resid  = fRecord->GetValue( refLoc[ip]-1 );
 520     double  weight = fRecord->GetValue( refGlo[ip]-1 )*gloWgh;
 521     double *derLoc = fRecord->GetValue()+refLoc[ip];
 522     double *derGlo = fRecord->GetValue()+refGlo[ip];
 523     int    *indLoc = fRecord->GetIndex()+refLoc[ip];
 524     int    *indGlo = fRecord->GetIndex()+refGlo[ip];
 525     //
 526     for (int i=nrefGlo[ip];i--;) {      // suppress the global part (only relevant with iterations)
 527       int iID = indGlo[i];              // Global param indice
 528       if (fSigmaPar[iID]<=0.) continue;                                    // fixed parameter RRRCheck
 529       if (fIsLinear[iID]) resid -= derGlo[i]*(fInitPar[iID]+fDeltaPar[iID]);  // linear parameter
 530       else                resid -= derGlo[i]*fDeltaPar[iID];                  // nonlinear parameter
 531     }
 532     //
 533     // Symmetric matrix, don't bother j>i coeffs
 534     for (int i=nrefLoc[ip];i--;) {         // Fill local matrix and vector
 535       fVecBLoc[ indLoc[i] ] += weight*resid*derLoc[i];
 536       if (indLoc[i]>maxLocUsed) maxLocUsed = indLoc[i];
 537       for (int j=i+1;j--;) matCLoc(indLoc[i] ,indLoc[j]) += weight*derLoc[i]*derLoc[j];
 538     }
 539     //
 540   } // end of the transfer of the measurement record to matrices
 541   //
 542   matCLoc.SetSizeUsed(++maxLocUsed);   // data with B=0 may use less than declared nLocals
 543   //
 544   /* //RRR
 545   fRecord->Print("l");
 546   printf("\nBefore\nLocalMatrix: "); matCLoc.Print("l");
 547   printf("RHSLoc: "); for (int i=0;i<fNLocPar;i++) printf("%+e |",fVecBLoc[i]); printf("\n");
 548   */
 549   // first try to solve by faster Cholesky decomposition, then by Gaussian elimination
 550   if (!matCLoc.SolveChol(fVecBLoc,kTRUE)) {
 551     AliInfo("Failed to solve locals by Cholesky, trying Gaussian Elimination");
 552     if (!matCLoc.SolveSpmInv(fVecBLoc,kTRUE)) {
 553       AliInfo("Failed to solve locals by Gaussian Elimination, skip...");
 554       matCLoc.Print("d");
 555       return 0; // failed to solve
 556     }
 557   }
 558   //
 559   // If requested, store the track params and errors
 560   //RRR  printf("locfit: "); for (int i=0;i<fNLocPar;i++) printf("%+e |",fVecBLoc[i]); printf("\n");
 561
 562   if (localParams) for (int i=maxLocUsed; i--;) {
 563       localParams[2*i]   = fVecBLoc[i];
 564       localParams[2*i+1] = TMath::Sqrt(TMath::Abs(matCLoc.QueryDiag(i)));
 565     }
 566   //
 567   float lChi2 = 0;
 568   int   nEq   = 0;
 569   //
 570   for (int ip=nPoints;ip--;) {  // Calculate residuals
 571     double  resid  = fRecord->GetValue( refLoc[ip]-1 );
 572     double  weight = fRecord->GetValue( refGlo[ip]-1 )*gloWgh;
 573     double *derLoc = fRecord->GetValue()+refLoc[ip];
 574     double *derGlo = fRecord->GetValue()+refGlo[ip];
 575     int    *indLoc = fRecord->GetIndex()+refLoc[ip];
 576     int    *indGlo = fRecord->GetIndex()+refGlo[ip];
 577     //
 578     // Suppress local and global contribution in residuals;
 579     for (int i=nrefLoc[ip];i--;) resid -= derLoc[i]*fVecBLoc[ indLoc[i] ];     // local part
 580     //
 581     for (int i=nrefGlo[ip];i--;) {                                             // global part
 582       int iID = indGlo[i];
 583       if ( fSigmaPar[iID] <= 0.) continue;                                     // fixed parameter RRRCheck
 584       if (fIsLinear[iID]) resid -= derGlo[i]*(fInitPar[iID]+fDeltaPar[iID]);   // linear parameter
 585       else                resid -= derGlo[i]*fDeltaPar[iID];                   // nonlinear parameter
 586     }
 587     //
 588     // reject the track if the residual is too large (outlier)
 589     double absres = TMath::Abs(resid);
 590     if ( (absres >= fResCutInit && fIter ==1 ) ||
 591          (absres >= fResCut     && fIter > 1)) {
 592       if (fLocFitAdd) fNLocFitsRejected++;
 593       //      printf("reject res %5ld %+e\n",fCurrRecDataID,resid);
 594       return 0;
 595     }
 596     //
 597     lChi2 += weight*resid*resid ; // total chi^2
 598     nEq++;                        // number of equations
 599   } // end of Calculate residuals
 600   //
 601   lChi2 /= gloWgh;
 602   int nDoF = nEq-maxLocUsed;
 603   lChi2 = (nDoF>0) ? lChi2/nDoF : 0;  // Chi^2/dof
 604   //
 605   if (fNStdDev != 0 && nDoF>0 && lChi2 > Chi2DoFLim(fNStdDev,nDoF)*fChi2CutFactor) { // check final chi2
 606     if (fLocFitAdd) fNLocFitsRejected++;
 607     //    printf("reject chi2 %5ld: %+e\n",fCurrRecDataID, lChi2);
 608     return 0;
 609   }
 610   //
 611   if (fLocFitAdd) {
 612     fNLocFits++;
 613     fNLocEquations += nEq;
 614   }
 615   else {
 616     fNLocFits--;
 617     fNLocEquations -= nEq;
 618   }
 619   //
 620   //  local operations are finished, track is accepted
 621   //  We now update the global parameters (other matrices)
 622   //
 623   int nGloInFit = 0;
 624   //
 625   for (int ip=nPoints;ip--;) {  // Update matrices
 626     double  resid  = fRecord->GetValue( refLoc[ip]-1 );
 627     double  weight = fRecord->GetValue( refGlo[ip]-1 )*gloWgh;
 628     double *derLoc = fRecord->GetValue()+refLoc[ip];
 629     double *derGlo = fRecord->GetValue()+refGlo[ip];
 630     int    *indLoc = fRecord->GetIndex()+refLoc[ip];
 631     int    *indGlo = fRecord->GetIndex()+refGlo[ip];
 632     //
 633     for (int i=nrefGlo[ip];i--;) {    // suppress the global part
 634       int iID = indGlo[i];           // Global param indice
 635       if ( fSigmaPar[iID] <= 0.) continue;                                         // fixed parameter RRRCheck
 636       if (fIsLinear[iID])  resid -= derGlo[i]*(fInitPar[iID]+fDeltaPar[iID]);      // linear parameter
 637       else                 resid -= derGlo[i]*fDeltaPar[iID];                      // nonlinear parameter
 638     }
 639     //
 640     for (int ig=nrefGlo[ip];ig--;) {
 641       int iIDg = indGlo[ig];   // Global param indice (the matrix line)
 642       if ( fSigmaPar[iIDg] <= 0.) continue;                                    // fixed parameter RRRCheck
 643       if (fLocFitAdd) fVecBGlo[ iIDg ] += weight*resid*derGlo[ig]; //!!!
 644       else            fVecBGlo[ iIDg ] -= weight*resid*derGlo[ig]; //!!!
 645       //
 646       // First of all, the global/global terms (exactly like local matrix)
 647       int nfill = 0;
 648       for (int jg=ig+1;jg--;) { // matCGlo is symmetric by construction
 649         int jIDg = indGlo[jg];
 650         if ( fSigmaPar[jIDg] <= 0.) continue;                                    // fixed parameter RRRCheck
 651         if ( !IsZero(vl = weight*derGlo[ig]*derGlo[jg]) ) {
 652           fFillIndex[nfill]   = jIDg;
 653           fFillValue[nfill++] = fLocFitAdd ? vl:-vl;
 654         }
 655       }
 656       if (nfill) matCGlo.AddToRow(iIDg,fFillValue,fFillIndex,nfill);
 657       //
 658       // Now we have also rectangular matrices containing global/local terms.
 659       int iCIDg = fGlo2CGlo[iIDg];  // compressed Index of index
 660       if (iCIDg == -1) {
 661         Double_t *rowGL = matCGloLoc(nGloInFit);
 662         for (int k=maxLocUsed;k--;) rowGL[k] = 0.0;  // reset the row
 663         iCIDg = fGlo2CGlo[iIDg] = nGloInFit;
 664         fCGlo2Glo[nGloInFit++] = iIDg;
 665       }
 666       //
 667       Double_t *rowGLIDg = matCGloLoc(iCIDg);
 668       for (int il=nrefLoc[ip];il--;) rowGLIDg[ indLoc[il] ] += weight*derGlo[ig]*derLoc[il];
 669       fProcPnt[iIDg] += fLocFitAdd ? 1:-1;       // update counter
 670       //
 671     }
 672   } // end of Update matrices
 673   //
 674   /*//RRR
 675   printf("After GLO\n");
 676   printf("MatCLoc: "); fMatCLoc->Print("l");
 677   printf("MatCGlo: "); fMatCGlo->Print("l");
 678   printf("MatCGlLc:"); fMatCGloLoc->Print("l");
 679   printf("BGlo: "); for (int i=0; i<fNGloPar; i++) printf("%+e |",fVecBGlo[i]); printf("\n");
 680   */
 681   // calculate fMatCGlo -= fMatCGloLoc * fMatCLoc * fMatCGloLoc^T
 682   // and       fVecBGlo -= fMatCGloLoc * fVecBLoc
 683   //
 684   //-------------------------------------------------------------- >>>
 685   double vll;
 686   for (int iCIDg=0; iCIDg<nGloInFit; iCIDg++) {
 687     int iIDg = fCGlo2Glo[iCIDg];
 688     //
 689     vl = 0;
 690     Double_t *rowGLIDg =  matCGloLoc(iCIDg);
 691     for (int kl=0;kl<maxLocUsed;kl++) if (rowGLIDg[kl]) vl += rowGLIDg[kl]*fVecBLoc[kl];
 692     if  (!IsZero(vl)) fVecBGlo[iIDg] -= fLocFitAdd ? vl : -vl;
 693     //
 694     int nfill = 0;
 695     for (int jCIDg=0;jCIDg<=iCIDg; jCIDg++) {
 696       int jIDg = fCGlo2Glo[jCIDg];
 697       //
 698       vl = 0;
 699       Double_t *rowGLJDg =  matCGloLoc(jCIDg);
 700       for (int kl=0;kl<maxLocUsed;kl++) {
 701         // diag terms
 702         if ( (!IsZero(vll=rowGLIDg[kl]*rowGLJDg[kl])) ) vl += matCLoc.QueryDiag(kl)*vll;
 703         //
 704         // off-diag terms
 705         for (int ll=0;ll<kl;ll++) {
 706           if ( !IsZero(vll=rowGLIDg[kl]*rowGLJDg[ll]) ) vl += matCLoc(kl,ll)*vll;
 707           if ( !IsZero(vll=rowGLIDg[ll]*rowGLJDg[kl]) ) vl += matCLoc(kl,ll)*vll;
 708         }
 709       }
 710       if (!IsZero(vl)) {
 711         fFillIndex[nfill]   = jIDg;
 712         fFillValue[nfill++] = fLocFitAdd ? -vl : vl;
 713       }
 714     }
 715     if (nfill)  matCGlo.AddToRow(iIDg,fFillValue,fFillIndex,nfill);
 716   }
 717   //
 718   // reset compressed index array
 719   //
 720   /*//RRR
 721   printf("After GLOLoc\n");
 722   printf("MatCGlo: "); fMatCGlo->Print("");
 723   printf("BGlo: "); for (int i=0; i<fNGloPar; i++) printf("%+e |",fVecBGlo[i]); printf("\n");
 724   */
 725   for (int i=nGloInFit;i--;) {
 726     fGlo2CGlo[ fCGlo2Glo[i] ] = -1;
 727     fCGlo2Glo[i] = -1;
 728   }
 729   //
 730   //---------------------------------------------------- <<<
 731   return 1;
 732 }
 733
 734 //_____________________________________________________________________________________________
 735 Int_t AliMillePede2::GlobalFit(Double_t *par, Double_t *error, Double_t *pull)
 736 {
 737   // performs a requested number of global iterations
 738   fIter = 1;
 739   //
 740   TStopwatch sw; sw.Start();
 741   //
 742   int res = 0;
 743   AliInfo("Starting Global fit.");
 744   while (fIter<=fMaxIter) {
 745     //
 746     res = GlobalFitIteration();
 747     if (!res) break;
 748     //
 749     if (!IsZero(fChi2CutFactor-fChi2CutRef)) {
 750       fChi2CutFactor = TMath::Sqrt(fChi2CutFactor);
 751       if (fChi2CutFactor < 1.2*fChi2CutRef) {
 752         fChi2CutFactor = fChi2CutRef;
 753         //RRR   fIter = fMaxIter - 1;     // Last iteration
 754       }
 755     }
 756     fIter++;
 757   }
 758   //
 759   sw.Stop();
 760   AliInfo(Form("Global fit %s, CPU time: %.1f",res ? "Converged":"Failed",sw.CpuTime()));
 761   if (!res) return 0;
 762   //
 763   if (par) for (int i=fNGloPar;i--;) par[i] = fInitPar[i]+fDeltaPar[i];
 764   //
 765   if (fGloSolveStatus==gkInvert) { // errors on params are available
 766     if (error) for (int i=fNGloPar;i--;) error[i] = fProcPnt[i]>0 ? TMath::Sqrt(TMath::Abs(fMatCGlo->QueryDiag(i))) : 0.;
 767     if (pull)  for (int i=fNGloPar;i--;) pull[i]  = fProcPnt[i]>0 && (fSigmaPar[i]*fSigmaPar[i]-fMatCGlo->QueryDiag(i))>0. && fSigmaPar[i]>0
 768                                            ? fDeltaPar[i]/TMath::Sqrt(fSigmaPar[i]*fSigmaPar[i]-fMatCGlo->QueryDiag(i)) : 0;
 769   }
 770   //
 771   return 1;
 772 }
 773
 774 //_____________________________________________________________________________________________
 775 Int_t AliMillePede2::GlobalFitIteration()
 776 {
 777   // perform global parameters fit once all the local equations have been fitted
 778   //
 779   AliInfo(Form("Global Fit Iteration#%2d (Local Fit Chi^2 cut factor: %.2f)",fIter,fChi2CutFactor));
 780   //
 781   if (!fNGloPar || !fTreeData) {
 782     AliInfo("No data was stored, aborting iteration");
 783     return 0;
 784   }
 785   TStopwatch sw,sws;
 786   sw.Start();
 787   sws.Stop();
 788   //
 789   if (!fConstrUsed) {
 790     fConstrUsed = new Bool_t[fNGloConstraints];
 791     memset(fConstrUsed,0,fNGloConstraints*sizeof(Bool_t));
 792   }
 793   // Reset all info specific for this step
 794   AliMatrixSq& matCGlo = *fMatCGlo;
 795   matCGlo.Reset();
 796   memset(fProcPnt,0,fNGloPar*sizeof(Int_t));
 797   //
 798   fNGloConstraints = fTreeConstr ? fTreeConstr->GetEntries() : 0;
 799   //
 800   // count number of Lagrange constraints: they need new row/cols to be added
 801   fNLagrangeConstraints = 0;
 802   for (int i=0; i<fNGloConstraints; i++) {
 803     ReadRecordConstraint(i);
 804     if ( IsZero(fRecord->GetValue(1)) ) fNLagrangeConstraints++; // exact constraint (no error) -> Lagrange multiplier
 805   }
 806   //
 807   // if needed, readjust the size of the global vector (for matrices this is done automatically)
 808   if (!fVecBGlo || fNGloSize!=fNGloPar+fNLagrangeConstraints) {
 809     delete[] fVecBGlo;   // in case some constraint was added between the two manual iterations
 810     fNGloSize = fNGloPar+fNLagrangeConstraints;
 811     fVecBGlo = new Double_t[fNGloSize];
 812   }
 813   memset(fVecBGlo,0,fNGloSize*sizeof(double));
 814   //
 815   fNLocFits         = 0;
 816   fNLocFitsRejected = 0;
 817   fNLocEquations    = 0;
 818   //
 819   //  Process data records and build the matrices
 820   Long_t ndr = fTreeData->GetEntries();
 821   Long_t first = fSelFirst>0  ? fSelFirst : 0;
 822   Long_t last  = fSelLast<1   ? ndr : (fSelLast>=ndr ? ndr : fSelLast+Long_t(1));
 823   ndr = last - first;
 824   //
 825   AliInfo(Form("Building the Global matrix from data records %ld : %ld",first,last));
 826   if (ndr<1) return 0;
 827   //
 828   TStopwatch swt; swt.Start();
 829   fLocFitAdd = kTRUE;  // add contributions of matching tracks
 830   for (Long_t i=0;i<ndr;i++) {
 831     Long_t iev = i+first;
 832     ReadRecordData(iev);
 833     if (!IsRecordAcceptable()) continue;
 834     LocalFit();
 835     if ( (i%int(0.2*ndr)) == 0) printf("%.1f%% of local fits done\n", double(100.*i)/ndr);
 836   }
 837   swt.Stop();
 838   printf("%ld local fits done: ", ndr);
 839   /*
 840   printf("MatCGlo: "); fMatCGlo->Print("l");
 841   printf("BGlo: "); for (int i=0; i<fNGloPar; i++) printf("%+e |",fVecBGlo[i]); printf("\n");
 842   swt.Print();
 843   */
 844   sw.Start(kFALSE);
 845   //
 846   //
 847   // ---------------------- Reject parameters with low statistics ------------>>
 848   fNGloFix = 0;
 849   if (fMinPntValid>1 && fNGroupsSet) {
 850     //
 851     printf("Checking parameters with statistics < %d\n",fMinPntValid);
 852     TStopwatch swsup;
 853     swsup.Start();
 854     // 1) build the list of parameters to fix
 855     Int_t fixArrSize = 10;
 856     Int_t nFixedGroups = 0;
 857     TArrayI fixGroups(fixArrSize);
 858     //
 859     int grIDold = -2;
 860     int oldStart = -1;
 861     double oldMin = 1.e20;
 862     double oldMax =-1.e20;
 863     //
 864     for (int i=fNGloPar;i--;) { // // Reset row and column of fixed params and add 1/sig^2 to free ones
 865       int grID = fParamGrID[i];
 866       if (grID<0) continue; // not in the group
 867       //
 868       if (grID!=grIDold) { // starting new group
 869         if (grIDold>=0) { // decide if the group has enough statistics
 870           if (oldMin<fMinPntValid && oldMax<2*fMinPntValid) { // suppress group
 871             for (int iold=oldStart;iold>i;iold--) fProcPnt[iold] = 0;
 872             Bool_t fnd = kFALSE;    // check if the group is already accounted
 873             for (int j=nFixedGroups;j--;) if (fixGroups[j]==grIDold) {fnd=kTRUE; break;}
 874             if (!fnd) {
 875               if (nFixedGroups>=fixArrSize) {fixArrSize*=2; fixGroups.Set(fixArrSize);}
 876               fixGroups[nFixedGroups++] = grIDold; // add group to fix
 877             }
 878           }
 879         }
 880         grIDold = grID; // mark the start of the new group
 881         oldStart = i;
 882         oldMin =  1.e20;
 883         oldMax = -1.e20;
 884       }
 885       if (oldMin>fProcPnt[i]) oldMin = fProcPnt[i];
 886       if (oldMax<fProcPnt[i]) oldMax = fProcPnt[i];
 887       //
 888     }
 889     // extra check for the last group
 890     if (grIDold>=0 && oldMin<fMinPntValid && oldMax<2*fMinPntValid) { // suppress group
 891       for (int iold=oldStart;iold--;) fProcPnt[iold] = 0;
 892       Bool_t fnd = kFALSE;    // check if the group is already accounted
 893       for (int j=nFixedGroups;j--;) if (fixGroups[j]==grIDold) {fnd=kTRUE; break;}
 894       if (!fnd) {
 895         if (nFixedGroups>=fixArrSize) {fixArrSize*=2; fixGroups.Set(fixArrSize);}
 896         fixGroups[nFixedGroups++] = grIDold; // add group to fix
 897       }
 898     }
 899     //
 900     // 2) loop over records and add contributions of fixed groups with negative sign
 901     fLocFitAdd = kFALSE;
 902     //
 903     for (Long_t i=0;i<ndr;i++) {
 904       Long_t iev = i+first;
 905       ReadRecordData(iev);
 906       if (!IsRecordAcceptable()) continue;
 907       Bool_t suppr = kFALSE;
 908       for (int ifx=nFixedGroups;ifx--;)if (fRecord->IsGroupPresent(fixGroups[ifx])) suppr = kTRUE;
 909       if (suppr) LocalFit();
 910     }
 911     fLocFitAdd = kTRUE;
 912     //
 913     if (nFixedGroups) {
 914       printf("Suppressed contributions of groups with NPoints<%d :\n",fMinPntValid);
 915       for (int i=0;i<nFixedGroups;i++) printf("%d ",fixGroups[i]); printf("\n");
 916     }
 917     swsup.Stop();
 918     swsup.Print();
 919   }
 920   // ---------------------- Reject parameters with low statistics ------------<<
 921   //
 922   // add large number to diagonal of fixed params
 923   //
 924   for (int i=fNGloPar;i--;) { // // Reset row and column of fixed params and add 1/sig^2 to free ones
 925     //    printf("#%3d : Nproc : %5d   grp: %d\n",i,fProcPnt[i],fParamGrID[i]);
 926     if (fProcPnt[i]<1) {
 927       fNGloFix++;
 928       fVecBGlo[i] = 0.;
 929       matCGlo.DiagElem(i) = 1.;//float(fNLocEquations*fNLocEquations);
 930       //      matCGlo.DiagElem(i) = float(fNLocEquations*fNLocEquations);
 931     }
 932     else matCGlo.DiagElem(i) += (fgWeightSigma ? fProcPnt[i] : 1.)/(fSigmaPar[i]*fSigmaPar[i]);
 933   }
 934   //
 935   for (int i=fNGloPar;i--;) fDiagCGlo[i] = matCGlo.QueryDiag(i); // save the diagonal elements
 936   //
 937   // add constraint equations
 938   int nVar = fNGloPar;                    // Current size of global matrix
 939   for (int i=0; i<fNGloConstraints; i++) {
 940     ReadRecordConstraint(i);
 941     double val   = fRecord->GetValue(0);
 942     double sig   = fRecord->GetValue(1);
 943     int    *indV = fRecord->GetIndex()+2;
 944     double *der  = fRecord->GetValue()+2;
 945     int    csize = fRecord->GetSize()-2;
 946     //
 947     // check if after suppression of fixed variables there are non-0 derivatives
 948     // and determine the max statistics of involved params
 949     int nSuppressed = 0;
 950     int maxStat = 1;
 951     for (int j=csize;j--;) {
 952       if (fProcPnt[indV[j]]<1) nSuppressed++;
 953       else {
 954         maxStat = TMath::Max(maxStat,fProcPnt[indV[j]]);
 955       }
 956     }
 957     //
 958     if (nSuppressed==csize) {
 959       //      AliInfo(Form("Neglecting constraint %d of %d derivatives since no free parameters left",i,csize));
 960       //
 961       // was this constraint ever created ?
 962       if ( sig==0 && fConstrUsed[i] ) { // this is needed only for constraints with Lagrange multiplier
 963         // to avoid empty row impose dummy constraint on "Lagrange multiplier"
 964         matCGlo.DiagElem(nVar) = 1.;
 965         fVecBGlo[nVar++] = 0;
 966       }
 967       continue;
 968     }
 969     //
 970     // account for already accumulated corrections
 971     for (int j=csize; j--;) val -= der[j]*(fInitPar[ indV[j] ]+fDeltaPar[ indV[j] ]);
 972     //
 973     if (sig > 0) {  // this is a gaussian constriant: no Lagrange multipliers are added
 974       //
 975       double sig2i = (fgWeightSigma ? TMath::Sqrt(maxStat) : 1.)/sig/sig;
 976       for (int ir=0;ir<csize;ir++) {
 977         int iID = indV[ir];
 978         for (int ic=0;ic<=ir;ic++) { // matrix is symmetric
 979           int jID = indV[ic];
 980           double vl = der[ir]*der[ic]*sig2i;
 981           if (!IsZero(vl)) matCGlo(iID,jID) += vl;
 982         }
 983         fVecBGlo[iID] += val*der[ir]*sig2i;
 984       }
 985     }
 986     else {   // this is exact constriant:  Lagrange multipliers must be added
 987       for (int j=csize; j--;) {
 988         int jID = indV[j];
 989         if (fProcPnt[jID]<1) continue;                      // this parameter was fixed, don't put it into constraint
 990         matCGlo(nVar,jID) = float(fNLocEquations)*der[j];   // fMatCGlo is symmetric, only lower triangle is filled
 991       }
 992       //
 993       if (matCGlo.QueryDiag(nVar)) matCGlo.DiagElem(nVar) = 0.0;
 994       fVecBGlo[nVar++] = float(fNLocEquations)*val; //RS ? should we use here fNLocFits ?
 995       fConstrUsed[i] = kTRUE;
 996     }
 997   }
 998   //
 999   AliInfo(Form("Obtained %-7ld equations from %-7ld records (%-7ld rejected). Fixed %-4d globals",
1000                fNLocEquations,fNLocFits,fNLocFitsRejected,fNGloFix));
1001
1002   //
1003   sws.Start();
1004
1005   /*
1006   printf("Solving:\n");
1007   matCGlo.Print();
1008   for (int i=0;i<fNGloSize;i++) printf("b%2d : %+e\n",i,fVecBGlo[i]);
1009   */
1010   fGloSolveStatus = SolveGlobalMatEq();                     // obtain solution for this step
1011   sws.Stop();
1012   printf("Solve %d |",fIter); sws.Print();
1013   //
1014   sw.Stop();
1015   AliInfo(Form("Iteration#%2d %s. CPU time: %.1f",fIter,fGloSolveStatus==gkFailed ? "Failed":"Converged",sw.CpuTime()));
1016   if (fGloSolveStatus==gkFailed) return 0;
1017   //
1018   for (int i=fNGloPar;i--;) fDeltaPar[i] += fVecBGlo[i];    // Update global parameters values (for iterations)
1019   //
1020   //  PrintGlobalParameters();
1021   return 1;
1022 }
1023
1024 //_____________________________________________________________________________________________
1025 Int_t AliMillePede2::SolveGlobalMatEq()
1026 {
1027   //
1028   // solve global matrix equation MatCGlob*X=VecBGlo and store the result in the VecBGlo
1029   //
1030   /*
1031   printf("GlobalMatrix\n");
1032   fMatCGlo->Print();
1033   printf("RHS\n");
1034   for (int i=0;i<fNGloPar;i++) printf("%d %+e\n",i,fVecBGlo[i]);
1035   */
1036   //
1037   if (!fgIsMatGloSparse) {
1038     //
1039     if (fNLagrangeConstraints==0) { // pos-def systems are faster to solve by Cholesky
1040       if ( ((AliSymMatrix*)fMatCGlo)->SolveChol(fVecBGlo, fgInvChol) ) return fgInvChol ? gkInvert:gkNoInversion;
1041       else AliInfo("Solution of Global Dense System by Cholesky failed, trying Gaussian Elimiation");
1042     }
1043     //
1044     if (((AliSymMatrix*)fMatCGlo)->SolveSpmInv(fVecBGlo, kTRUE)) return gkInvert;
1045     else AliInfo("Solution of Global Dense System by Gaussian Elimination failed, trying iterative methods");
1046   }
1047   // try to solve by minres
1048   TVectorD sol(fNGloSize);
1049   //
1050   AliMinResSolve *slv = new AliMinResSolve(fMatCGlo,fVecBGlo);
1051   if (!slv) return gkFailed;
1052   //
1053   Bool_t res = kFALSE;
1054   if      (fgIterSol == AliMinResSolve::kSolMinRes)
1055     res =  slv->SolveMinRes(sol,fgMinResCondType,fgMinResMaxIter,fgMinResTol);
1056   else if (fgIterSol == AliMinResSolve::kSolFGMRes)
1057     res =  slv->SolveFGMRES(sol,fgMinResCondType,fgMinResMaxIter,fgMinResTol,fgNKrylovV);
1058   else
1059     AliInfo(Form("Undefined Iteritive Solver ID=%d, only %d are defined",fgIterSol,AliMinResSolve::kNSolvers));
1060   //
1061   if (!res) {
1062     const char* faildump = "fgmr_failed.dat";
1063     int defout = dup(1);
1064     if (defout<0) {
1065       AliInfo("Failed on dup");
1066       return gkFailed;
1067     }
1068     int slvDump = open(faildump, O_RDWR|O_CREAT, 0666);
1069     if (slvDump>=0) {
1070       dup2(slvDump,1);
1071       //
1072       printf("#Failed to solve using solver %d with PreCond: %d MaxIter: %d Tol: %e NKrylov: %d\n",
1073              fgIterSol,fgMinResCondType,fgMinResMaxIter,fgMinResTol,fgNKrylovV);
1074       printf("#Dump of matrix:\n");
1075       fMatCGlo->Print("10");
1076       printf("#Dump of RHS:\n");
1077       for (int i=0;i<fNGloSize;i++) printf("%d %+.10f\n",i,fVecBGlo[i]);
1078       //
1079       dup2(defout,1);
1080       close(slvDump);
1081       close(defout);
1082       printf("#Dumped failed matrix and RHS to %s\n",faildump);
1083     }
1084     else AliInfo("Failed on file open for matrix dumping");
1085     return gkFailed;
1086   }
1087   for (int i=fNGloSize;i--;) fVecBGlo[i] = sol[i];
1088   return gkNoInversion;
1089   //
1090 }
1091
1092 //_____________________________________________________________________________________________
1093 Float_t AliMillePede2::Chi2DoFLim(int nSig, int nDoF) const
1094 {
1095   /// return the limit in chi^2/nd for n sigmas stdev authorized
1096   // Only n=1, 2, and 3 are expected in input
1097   int lNSig;
1098   float sn[3]        =  {0.47523, 1.690140, 2.782170};
1099   float table[3][30] = {{1.0000, 1.1479, 1.1753, 1.1798, 1.1775, 1.1730, 1.1680, 1.1630,
1100                          1.1581, 1.1536, 1.1493, 1.1454, 1.1417, 1.1383, 1.1351, 1.1321,
1101                          1.1293, 1.1266, 1.1242, 1.1218, 1.1196, 1.1175, 1.1155, 1.1136,
1102                          1.1119, 1.1101, 1.1085, 1.1070, 1.1055, 1.1040},
1103                         {4.0000, 3.0900, 2.6750, 2.4290, 2.2628, 2.1415, 2.0481, 1.9736,
1104                          1.9124, 1.8610, 1.8171, 1.7791, 1.7457, 1.7161, 1.6897, 1.6658,
1105                          1.6442, 1.6246, 1.6065, 1.5899, 1.5745, 1.5603, 1.5470, 1.5346,
1106                          1.5230, 1.5120, 1.5017, 1.4920, 1.4829, 1.4742},
1107                         {9.0000, 5.9146, 4.7184, 4.0628, 3.6410, 3.3436, 3.1209, 2.9468,
1108                          2.8063, 2.6902, 2.5922, 2.5082, 2.4352, 2.3711, 2.3143, 2.2635,
1109                          2.2178, 2.1764, 2.1386, 2.1040, 2.0722, 2.0428, 2.0155, 1.9901,
1110                          1.9665, 1.9443, 1.9235, 1.9040, 1.8855, 1.8681}};
1111
1112   if (nDoF < 1) {
1113     return 0.0;
1114   }
1115   else {
1116     lNSig = TMath::Max(1,TMath::Min(nSig,3));
1117
1118     if (nDoF <= 30) {
1119       return table[lNSig-1][nDoF-1];
1120     }
1121     else { // approximation
1122       return ((sn[lNSig-1]+TMath::Sqrt(float(2*nDoF-3)))*
1123               (sn[lNSig-1]+TMath::Sqrt(float(2*nDoF-3))))/float(2*nDoF-2);
1124     }
1125   }
1126 }
1127
1128 //_____________________________________________________________________________________________
1129 Int_t AliMillePede2::SetIterations(double lChi2CutFac)
1130 {
1131   // Number of iterations is calculated from lChi2CutFac
1132   fChi2CutFactor = TMath::Max(1.0, lChi2CutFac);
1133   //
1134   AliInfo(Form("Initial cut factor is %f",fChi2CutFactor));
1135   fIter = 1; // Initializes the iteration process
1136   return 1;
1137 }
1138
1139 //_____________________________________________________________________________________________
1140 Double_t AliMillePede2::GetParError(int iPar) const
1141 {
1142   // return error for parameter iPar
1143   if (fGloSolveStatus==gkInvert) {
1144     double res = fMatCGlo->QueryDiag(iPar);
1145     if (res>=0) return TMath::Sqrt(res);
1146   }
1147   return -1.;
1148 }
1149
1150
1151 //_____________________________________________________________________________________________
1152 Int_t AliMillePede2::PrintGlobalParameters() const
1153 {
1154   ///  Print the final results into the logfile
1155   double lError = 0.;
1156   double lGlobalCor =0.;
1157
1158   AliInfo("");
1159   AliInfo("   Result of fit for global parameters");
1160   AliInfo("   ===================================");
1161   AliInfo("    I       initial       final       differ        lastcor        error       gcor       Npnt");
1162   AliInfo("----------------------------------------------------------------------------------------------");
1163   //
1164   for (int i=0; i<fNGloPar; i++) {
1165     lError = GetParError(i);
1166     lGlobalCor = 0.0;
1167     //
1168     double dg;
1169     if (fGloSolveStatus==gkInvert && TMath::Abs( (dg=fMatCGlo->QueryDiag(i)) *fDiagCGlo[i]) > 0) {
1170       lGlobalCor = TMath::Sqrt(TMath::Abs(1.0-1.0/(dg*fDiagCGlo[i])));
1171       AliInfo(Form("%d\t %.6f\t %.6f\t %.6f\t %.6f\t %.6f\t %.6f\t %6d",
1172                    i,fInitPar[i],fInitPar[i]+fDeltaPar[i],fDeltaPar[i],fVecBGlo[i],lError,lGlobalCor,fProcPnt[i]));
1173     }
1174     else {
1175       AliInfo(Form("%d\t %.6f\t %.6f\t %.6f\t %.6f\t OFF\t OFF\t %6d",i,fInitPar[i],fInitPar[i]+fDeltaPar[i],
1176                    fDeltaPar[i],fVecBGlo[i],fProcPnt[i]));
1177     }
1178   }
1179   return 1;
1180 }
1181
1182 //_____________________________________________________________________________________________
1183 Bool_t AliMillePede2::IsRecordAcceptable() const
1184 {
1185   // validate record according run lists set by the user
1186   static Long_t prevRunID = kMaxInt;
1187   static Bool_t prevAns   = kTRUE;
1188   Long_t runID = fRecord->GetRunID();
1189   if (runID!=prevRunID) {
1190     int n = 0;
1191     prevRunID = runID;
1192     // is run to be rejected?
1193     if (fRejRunList && (n=fRejRunList->GetSize())) {
1194       prevAns = kTRUE;
1195       for (int i=n;i--;) if (runID == (*fRejRunList)[i]) {
1196           prevAns = kFALSE;
1197           printf("New Run to reject: %ld -> %d\n",runID,prevAns);
1198           break;
1199         }
1200     }
1201     else if (fAccRunList && (n=fAccRunList->GetSize())) {     // is run specifically selected
1202       prevAns = kFALSE;
1203       for (int i=n;i--;) if (runID == (*fAccRunList)[i]) {prevAns = kTRUE; break;}
1204     }
1205   }
1206   //
1207   return prevAns;
1208   //
1209 }
1210
1211 //_____________________________________________________________________________________________
1212 void AliMillePede2::SetRejRunList(const UInt_t *runs, Int_t nruns)
1213 {
1214   // set the list of runs to be rejected
1215   if (fRejRunList) delete fRejRunList;
1216   fRejRunList = 0;
1217   if (nruns<1 || !runs) return;
1218   fRejRunList = new TArrayL(nruns);
1219   for (int i=0;i<nruns;i++) (*fRejRunList)[i] = runs[i];
1220 }
1221
1222 //_____________________________________________________________________________________________
1223 void AliMillePede2::SetAccRunList(const UInt_t *runs, Int_t nruns)
1224 {
1225   // set the list of runs to be selected
1226   if (fAccRunList) delete fAccRunList;
1227   fAccRunList = 0;
1228   if (nruns<1 || !runs) return;
1229   fAccRunList = new TArrayL(nruns);
1230   for (int i=0;i<nruns;i++) (*fAccRunList)[i] = runs[i];
1231 }