Fixes for bug #52499: Field polarities inconsistiency
[u/mrichter/AliRoot.git] / STEER / AliReconstruction.cxx
1 /**************************************************************************
2  * Copyright(c) 1998-1999, ALICE Experiment at CERN, All rights reserved. *
3  *                                                                        *
4  * Author: The ALICE Off-line Project.                                    *
5  * Contributors are mentioned in the code where appropriate.              *
6  *                                                                        *
7  * Permission to use, copy, modify and distribute this software and its   *
8  * documentation strictly for non-commercial purposes is hereby granted   *
9  * without fee, provided that the above copyright notice appears in all   *
10  * copies and that both the copyright notice and this permission notice   *
11  * appear in the supporting documentation. The authors make no claims     *
12  * about the suitability of this software for any purpose. It is          *
13  * provided "as is" without express or implied warranty.                  *
14  **************************************************************************/
15
16 /* $Id$ */
17
18 ///////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
19 //                                                                           //
20 // class for running the reconstruction                                      //
21 //                                                                           //
22 // Clusters and tracks are created for all detectors and all events by       //
23 // typing:                                                                   //
24 //                                                                           //
25 //   AliReconstruction rec;                                                  //
26 //   rec.Run();                                                              //
27 //                                                                           //
28 // The Run method returns kTRUE in case of successful execution.             //
29 //                                                                           //
30 // If the input to the reconstruction are not simulated digits but raw data, //
31 // this can be specified by an argument of the Run method or by the method   //
32 //                                                                           //
33 //   rec.SetInput("...");                                                    //
34 //                                                                           //
35 // The input formats and the corresponding argument are:                     //
36 // - DDL raw data files: directory name, ends with "/"                       //
37 // - raw data root file: root file name, extension ".root"                   //
38 // - raw data DATE file: DATE file name, any other non-empty string          //
39 // - MC root files     : empty string, default                               //
40 //                                                                           //
41 // By default all events are reconstructed. The reconstruction can be        //
42 // limited to a range of events by giving the index of the first and the     //
43 // last event as an argument to the Run method or by calling                 //
44 //                                                                           //
45 //   rec.SetEventRange(..., ...);                                            //
46 //                                                                           //
47 // The index -1 (default) can be used for the last event to indicate no      //
48 // upper limit of the event range.                                           //
49 //                                                                           //
50 // In case of raw-data reconstruction the user can modify the default        //
51 // number of events per digits/clusters/tracks file. In case the option      //
52 // is not used the number is set 1. In case the user provides 0, than        //
53 // the number of events is equal to the number of events inside the          //
54 // raw-data file (i.e. one digits/clusters/tracks file):                     //
55 //                                                                           //
56 //   rec.SetNumberOfEventsPerFile(...);                                      //
57 //                                                                           //
58 //                                                                           //
59 // The name of the galice file can be changed from the default               //
60 // "galice.root" by passing it as argument to the AliReconstruction          //
61 // constructor or by                                                         //
62 //                                                                           //
63 //   rec.SetGAliceFile("...");                                               //
64 //                                                                           //
65 // The local reconstruction can be switched on or off for individual         //
66 // detectors by                                                              //
67 //                                                                           //
68 //   rec.SetRunLocalReconstruction("...");                                   //
69 //                                                                           //
70 // The argument is a (case sensitive) string with the names of the           //
71 // detectors separated by a space. The special string "ALL" selects all      //
72 // available detectors. This is the default.                                 //
73 //                                                                           //
74 // The reconstruction of the primary vertex position can be switched off by  //
75 //                                                                           //
76 //   rec.SetRunVertexFinder(kFALSE);                                         //
77 //                                                                           //
78 // The tracking and the creation of ESD tracks can be switched on for        //
79 // selected detectors by                                                     //
80 //                                                                           //
81 //   rec.SetRunTracking("...");                                              //
82 //                                                                           //
83 // Uniform/nonuniform field tracking switches (default: uniform field)       //
84 //                                                                           //
85 //   rec.SetUniformFieldTracking(); ( rec.SetUniformFieldTracking(kFALSE); ) //
86 //                                                                           //
87 // The filling of additional ESD information can be steered by               //
88 //                                                                           //
89 //   rec.SetFillESD("...");                                                  //
90 //                                                                           //
91 // Again, for both methods the string specifies the list of detectors.       //
92 // The default is "ALL".                                                     //
93 //                                                                           //
94 // The call of the shortcut method                                           //
95 //                                                                           //
96 //   rec.SetRunReconstruction("...");                                        //
97 //                                                                           //
98 // is equivalent to calling SetRunLocalReconstruction, SetRunTracking and    //
99 // SetFillESD with the same detector selecting string as argument.           //
100 //                                                                           //
101 // The reconstruction requires digits or raw data as input. For the creation //
102 // of digits and raw data have a look at the class AliSimulation.            //
103 //                                                                           //
104 // The input data of a detector can be replaced by the corresponding HLT     //
105 // data by calling (usual detector string)                                   //
106 // SetUseHLTData("...");                                                     //
107 //                                                                           //
108 //                                                                           //
109 ///////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
110
111 #include <TArrayD.h>
112 #include <TArrayF.h>
113 #include <TArrayS.h>
114 #include <TChain.h>
115 #include <TFile.h>
116 #include <TGeoGlobalMagField.h>
117 #include <TGeoManager.h>
118 #include <TList.h>
119 #include <TLorentzVector.h>
120 #include <TMap.h>
121 #include <TObjArray.h>
122 #include <TPRegexp.h>
123 #include <TParameter.h>
124 #include <TPluginManager.h>
125 #include <TProof.h>
126 #include <TProofOutputFile.h>
127 #include <TROOT.h>
128 #include <TSystem.h>
129 #include <THashTable.h>
130
131 #include "AliAlignObj.h"
132 #include "AliCDBEntry.h"
133 #include "AliCDBManager.h"
134 #include "AliCDBStorage.h"
135 #include "AliCTPRawStream.h"
136 #include "AliCascadeVertexer.h"
137 #include "AliCentralTrigger.h"
138 #include "AliCodeTimer.h"
139 #include "AliDAQ.h"
140 #include "AliDetectorRecoParam.h"
141 #include "AliESDCaloCells.h"
142 #include "AliESDCaloCluster.h"
143 #include "AliESDEvent.h"
144 #include "AliESDMuonTrack.h"
145 #include "AliESDPmdTrack.h"
146 #include "AliESDTagCreator.h"
147 #include "AliESDVertex.h"
148 #include "AliESDcascade.h"
149 #include "AliESDfriend.h"
150 #include "AliESDkink.h"
151 #include "AliESDpid.h"
152 #include "AliESDtrack.h"
153 #include "AliESDtrack.h"
154 #include "AliEventInfo.h"
155 #include "AliGRPObject.h"
156 #include "AliGRPRecoParam.h"
157 #include "AliGenEventHeader.h"
158 #include "AliGeomManager.h"
159 #include "AliGlobalQADataMaker.h" 
160 #include "AliHeader.h"
161 #include "AliLog.h"
162 #include "AliMagF.h"
163 #include "AliMultiplicity.h"
164 #include "AliPID.h"
165 #include "AliPlaneEff.h"
166 #include "AliQAv1.h"
167 #include "AliQADataMakerRec.h" 
168 #include "AliQAManager.h"
169 #include "AliRawVEvent.h"
170 #include "AliRawEventHeaderBase.h"
171 #include "AliRawHLTManager.h"
172 #include "AliRawReaderDate.h"
173 #include "AliRawReaderFile.h"
174 #include "AliRawReaderRoot.h"
175 #include "AliReconstruction.h"
176 #include "AliReconstructor.h"
177 #include "AliRun.h"
178 #include "AliRunInfo.h"
179 #include "AliRunLoader.h"
180 #include "AliSysInfo.h" // memory snapshots
181 #include "AliTrackPointArray.h"
182 #include "AliTracker.h"
183 #include "AliTriggerClass.h"
184 #include "AliTriggerCluster.h"
185 #include "AliTriggerIR.h"
186 #include "AliTriggerConfiguration.h"
187 #include "AliV0vertexer.h"
188 #include "AliVertexer.h"
189 #include "AliVertexerTracks.h"
190
191 ClassImp(AliReconstruction)
192
193 //_____________________________________________________________________________
194 const char* AliReconstruction::fgkDetectorName[AliReconstruction::kNDetectors] = {"ITS", "TPC", "TRD", "TOF", "PHOS", "HMPID", "EMCAL", "MUON", "FMD", "ZDC", "PMD", "T0", "VZERO", "ACORDE", "HLT"};
195
196 //_____________________________________________________________________________
197 AliReconstruction::AliReconstruction(const char* gAliceFilename) :
198   TSelector(),
199   fRunVertexFinder(kTRUE),
200   fRunVertexFinderTracks(kTRUE),
201   fRunHLTTracking(kFALSE),
202   fRunMuonTracking(kFALSE),
203   fRunV0Finder(kTRUE),
204   fRunCascadeFinder(kTRUE),
205   fStopOnError(kFALSE),
206   fWriteAlignmentData(kFALSE),
207   fWriteESDfriend(kFALSE),
208   fFillTriggerESD(kTRUE),
209
210   fCleanESD(kTRUE),
211   fV0DCAmax(3.),
212   fV0CsPmin(0.),
213   fDmax(50.),
214   fZmax(50.),
215
216   fRunLocalReconstruction("ALL"),
217   fRunTracking("ALL"),
218   fFillESD("ALL"),
219   fLoadCDB(""),
220   fUseTrackingErrorsForAlignment(""),
221   fGAliceFileName(gAliceFilename),
222   fRawInput(""),
223   fESDOutput(""),
224   fEquipIdMap(""),
225   fFirstEvent(0),
226   fLastEvent(-1),
227   fNumberOfEventsPerFile((UInt_t)-1),
228   fOptions(),
229   fLoadAlignFromCDB(kTRUE),
230   fLoadAlignData("ALL"),
231   fUseHLTData(),
232   fRunInfo(NULL),
233   fEventInfo(),
234   fRunScalers(NULL),
235
236   fRunLoader(NULL),
237   fRawReader(NULL),
238   fParentRawReader(NULL),
239
240   fRecoParam(),
241
242   fSPDTrackleter(NULL),
243
244   fDiamondProfileSPD(NULL),
245   fDiamondProfile(NULL),
246   fDiamondProfileTPC(NULL),
247   fListOfCosmicTriggers(NULL),
248   
249   fGRPData(NULL),
250
251   fAlignObjArray(NULL),
252   fCDBUri(),
253   fQARefUri(),
254   fSpecCDBUri(), 
255   fInitCDBCalled(kFALSE),
256   fSetRunNumberFromDataCalled(kFALSE),
257   fQADetectors("ALL"), 
258   fQATasks("ALL"), 
259   fRunQA(kTRUE),  
260   fRunGlobalQA(kTRUE),
261   fSameQACycle(kFALSE),
262   fInitQACalled(kFALSE), 
263   fWriteQAExpertData(kTRUE), 
264   fRunPlaneEff(kFALSE),
265
266   fesd(NULL),
267   fhltesd(NULL),
268   fesdf(NULL),
269   ffile(NULL),
270   ftree(NULL),
271   fhlttree(NULL),
272   ftVertexer(NULL),
273   fIsNewRunLoader(kFALSE),
274   fRunAliEVE(kFALSE),
275   fChain(NULL)
276 {
277 // create reconstruction object with default parameters
278   gGeoManager = NULL;
279   
280   for (Int_t iDet = 0; iDet < kNDetectors; iDet++) {
281     fReconstructor[iDet] = NULL;
282     fLoader[iDet] = NULL;
283     fTracker[iDet] = NULL;
284   }
285   for (Int_t iDet = 0; iDet < AliQAv1::kNDET; iDet++) {
286     fQACycles[iDet] = 999999 ;
287     fQAWriteExpert[iDet] = kFALSE ; 
288   }
289     
290   AliPID pid;
291 }
292
293 //_____________________________________________________________________________
294 AliReconstruction::AliReconstruction(const AliReconstruction& rec) :
295   TSelector(),
296   fRunVertexFinder(rec.fRunVertexFinder),
297   fRunVertexFinderTracks(rec.fRunVertexFinderTracks),
298   fRunHLTTracking(rec.fRunHLTTracking),
299   fRunMuonTracking(rec.fRunMuonTracking),
300   fRunV0Finder(rec.fRunV0Finder),
301   fRunCascadeFinder(rec.fRunCascadeFinder),
302   fStopOnError(rec.fStopOnError),
303   fWriteAlignmentData(rec.fWriteAlignmentData),
304   fWriteESDfriend(rec.fWriteESDfriend),
305   fFillTriggerESD(rec.fFillTriggerESD),
306
307   fCleanESD(rec.fCleanESD),
308   fV0DCAmax(rec.fV0DCAmax),
309   fV0CsPmin(rec.fV0CsPmin),
310   fDmax(rec.fDmax),
311   fZmax(rec.fZmax),
312
313   fRunLocalReconstruction(rec.fRunLocalReconstruction),
314   fRunTracking(rec.fRunTracking),
315   fFillESD(rec.fFillESD),
316   fLoadCDB(rec.fLoadCDB),
317   fUseTrackingErrorsForAlignment(rec.fUseTrackingErrorsForAlignment),
318   fGAliceFileName(rec.fGAliceFileName),
319   fRawInput(rec.fRawInput),
320   fESDOutput(rec.fESDOutput),
321   fEquipIdMap(rec.fEquipIdMap),
322   fFirstEvent(rec.fFirstEvent),
323   fLastEvent(rec.fLastEvent),
324   fNumberOfEventsPerFile(rec.fNumberOfEventsPerFile),
325   fOptions(),
326   fLoadAlignFromCDB(rec.fLoadAlignFromCDB),
327   fLoadAlignData(rec.fLoadAlignData),
328   fUseHLTData(rec.fUseHLTData),
329   fRunInfo(NULL),
330   fEventInfo(),
331   fRunScalers(NULL),
332
333   fRunLoader(NULL),
334   fRawReader(NULL),
335   fParentRawReader(NULL),
336
337   fRecoParam(rec.fRecoParam),
338
339   fSPDTrackleter(NULL),
340
341   fDiamondProfileSPD(rec.fDiamondProfileSPD),
342   fDiamondProfile(rec.fDiamondProfile),
343   fDiamondProfileTPC(rec.fDiamondProfileTPC),
344   fListOfCosmicTriggers(NULL),
345   
346   fGRPData(NULL),
347
348   fAlignObjArray(rec.fAlignObjArray),
349   fCDBUri(rec.fCDBUri),
350   fQARefUri(rec.fQARefUri),
351   fSpecCDBUri(), 
352   fInitCDBCalled(rec.fInitCDBCalled),
353   fSetRunNumberFromDataCalled(rec.fSetRunNumberFromDataCalled),
354   fQADetectors(rec.fQADetectors), 
355   fQATasks(rec.fQATasks), 
356   fRunQA(rec.fRunQA),  
357   fRunGlobalQA(rec.fRunGlobalQA),
358   fSameQACycle(rec.fSameQACycle),
359   fInitQACalled(rec.fInitQACalled),
360   fWriteQAExpertData(rec.fWriteQAExpertData), 
361   fRunPlaneEff(rec.fRunPlaneEff),
362
363   fesd(NULL),
364   fhltesd(NULL),
365   fesdf(NULL),
366   ffile(NULL),
367   ftree(NULL),
368   fhlttree(NULL),
369   ftVertexer(NULL),
370   fIsNewRunLoader(rec.fIsNewRunLoader),
371   fRunAliEVE(kFALSE),
372   fChain(NULL)
373 {
374 // copy constructor
375
376   for (Int_t i = 0; i < rec.fOptions.GetEntriesFast(); i++) {
377     if (rec.fOptions[i]) fOptions.Add(rec.fOptions[i]->Clone());
378   }
379   for (Int_t iDet = 0; iDet < kNDetectors; iDet++) {
380     fReconstructor[iDet] = NULL;
381     fLoader[iDet] = NULL;
382     fTracker[iDet] = NULL;
383   }  
384   
385   for (Int_t iDet = 0; iDet < AliQAv1::kNDET; iDet++) {
386     fQACycles[iDet] = rec.fQACycles[iDet];
387     fQAWriteExpert[iDet] = rec.fQAWriteExpert[iDet] ; 
388   }
389
390   for (Int_t i = 0; i < rec.fSpecCDBUri.GetEntriesFast(); i++) {
391     if (rec.fSpecCDBUri[i]) fSpecCDBUri.Add(rec.fSpecCDBUri[i]->Clone());
392   }
393 }
394
395 //_____________________________________________________________________________
396 AliReconstruction& AliReconstruction::operator = (const AliReconstruction& rec)
397 {
398 // assignment operator
399 // Used in PROOF mode
400 // Be very careful while modifing it!
401 // Simple rules to follow:
402 // for persistent data members - use their assignment operators
403 // for non-persistent ones - do nothing or take the default values from constructor
404 // TSelector members should not be touched
405   if(&rec == this) return *this;
406
407   fRunVertexFinder       = rec.fRunVertexFinder;
408   fRunVertexFinderTracks = rec.fRunVertexFinderTracks;
409   fRunHLTTracking        = rec.fRunHLTTracking;
410   fRunMuonTracking       = rec.fRunMuonTracking;
411   fRunV0Finder           = rec.fRunV0Finder;
412   fRunCascadeFinder      = rec.fRunCascadeFinder;
413   fStopOnError           = rec.fStopOnError;
414   fWriteAlignmentData    = rec.fWriteAlignmentData;
415   fWriteESDfriend        = rec.fWriteESDfriend;
416   fFillTriggerESD        = rec.fFillTriggerESD;
417
418   fCleanESD  = rec.fCleanESD;
419   fV0DCAmax  = rec.fV0DCAmax;
420   fV0CsPmin  = rec.fV0CsPmin;
421   fDmax      = rec.fDmax;
422   fZmax      = rec.fZmax;
423
424   fRunLocalReconstruction        = rec.fRunLocalReconstruction;
425   fRunTracking                   = rec.fRunTracking;
426   fFillESD                       = rec.fFillESD;
427   fLoadCDB                       = rec.fLoadCDB;
428   fUseTrackingErrorsForAlignment = rec.fUseTrackingErrorsForAlignment;
429   fGAliceFileName                = rec.fGAliceFileName;
430   fRawInput                      = rec.fRawInput;
431   fESDOutput                     = rec.fESDOutput;
432   fEquipIdMap                    = rec.fEquipIdMap;
433   fFirstEvent                    = rec.fFirstEvent;
434   fLastEvent                     = rec.fLastEvent;
435   fNumberOfEventsPerFile         = rec.fNumberOfEventsPerFile;
436
437   for (Int_t i = 0; i < rec.fOptions.GetEntriesFast(); i++) {
438     if (rec.fOptions[i]) fOptions.Add(rec.fOptions[i]->Clone());
439   }
440
441   fLoadAlignFromCDB              = rec.fLoadAlignFromCDB;
442   fLoadAlignData                 = rec.fLoadAlignData;
443   fUseHLTData                    = rec.fUseHLTData;
444
445   delete fRunInfo; fRunInfo = NULL;
446   if (rec.fRunInfo) fRunInfo = new AliRunInfo(*rec.fRunInfo);
447
448   fEventInfo                     = rec.fEventInfo;
449
450   delete fRunScalers; fRunScalers = NULL;
451   if (rec.fRunScalers) fRunScalers = new AliTriggerRunScalers(*rec.fRunScalers); 
452
453   
454   fRunLoader       = NULL;
455   fRawReader       = NULL;
456   fParentRawReader = NULL;
457
458   fRecoParam = rec.fRecoParam;
459
460   for (Int_t iDet = 0; iDet < kNDetectors; iDet++) {
461     delete fReconstructor[iDet]; fReconstructor[iDet] = NULL;
462     delete fLoader[iDet]; fLoader[iDet] = NULL;
463     delete fTracker[iDet]; fTracker[iDet] = NULL;
464   }
465   
466   for (Int_t iDet = 0; iDet < AliQAv1::kNDET; iDet++) {
467     fQACycles[iDet] = rec.fQACycles[iDet];
468     fQAWriteExpert[iDet] = rec.fQAWriteExpert[iDet] ;
469   } 
470
471   delete fSPDTrackleter; fSPDTrackleter = NULL;
472     
473   delete fDiamondProfileSPD; fDiamondProfileSPD = NULL;
474   if (rec.fDiamondProfileSPD) fDiamondProfileSPD = new AliESDVertex(*rec.fDiamondProfileSPD);
475   delete fDiamondProfile; fDiamondProfile = NULL;
476   if (rec.fDiamondProfile) fDiamondProfile = new AliESDVertex(*rec.fDiamondProfile);
477   delete fDiamondProfileTPC; fDiamondProfileTPC = NULL;
478   if (rec.fDiamondProfileTPC) fDiamondProfileTPC = new AliESDVertex(*rec.fDiamondProfileTPC);
479
480   delete fListOfCosmicTriggers; fListOfCosmicTriggers = NULL;
481   if (rec.fListOfCosmicTriggers) fListOfCosmicTriggers = (THashTable*)((rec.fListOfCosmicTriggers)->Clone());
482
483   delete fGRPData; fGRPData = NULL;
484   //  if (rec.fGRPData) fGRPData = (TMap*)((rec.fGRPData)->Clone());
485   if (rec.fGRPData) fGRPData = (AliGRPObject*)((rec.fGRPData)->Clone());
486
487   delete fAlignObjArray; fAlignObjArray = NULL;
488
489   fCDBUri        = "";
490   fQARefUri      = rec.fQARefUri;
491   fSpecCDBUri.Delete();
492   fInitCDBCalled               = rec.fInitCDBCalled;
493   fSetRunNumberFromDataCalled  = rec.fSetRunNumberFromDataCalled;
494   fQADetectors                 = rec.fQADetectors;
495   fQATasks                     = rec.fQATasks; 
496   fRunQA                       = rec.fRunQA;  
497   fRunGlobalQA                 = rec.fRunGlobalQA;
498   fSameQACycle                 = rec.fSameQACycle;
499   fInitQACalled                = rec.fInitQACalled;
500   fWriteQAExpertData           = rec.fWriteQAExpertData;
501   fRunPlaneEff                 = rec.fRunPlaneEff;
502
503   fesd     = NULL;
504   fhltesd  = NULL;
505   fesdf    = NULL;
506   ffile    = NULL;
507   ftree    = NULL;
508   fhlttree = NULL;
509   ftVertexer = NULL;
510   fIsNewRunLoader = rec.fIsNewRunLoader;
511   fRunAliEVE = kFALSE;
512   fChain = NULL;
513
514   return *this;
515 }
516
517 //_____________________________________________________________________________
518 AliReconstruction::~AliReconstruction()
519 {
520 // clean up
521
522   CleanUp();
523   if (fListOfCosmicTriggers) {
524     fListOfCosmicTriggers->Delete();
525     delete fListOfCosmicTriggers;
526   }
527   delete fGRPData;
528   delete fRunScalers;
529   fOptions.Delete();
530   if (fAlignObjArray) {
531     fAlignObjArray->Delete();
532     delete fAlignObjArray;
533   }
534   fSpecCDBUri.Delete();
535
536   AliCodeTimer::Instance()->Print();
537 }
538
539 //_____________________________________________________________________________
540 void AliReconstruction::InitQA()
541 {
542   //Initialize the QA and start of cycle 
543   AliCodeTimerAuto("");
544   
545   if (fInitQACalled) return;
546   fInitQACalled = kTRUE;
547   
548   AliQAManager * qam = AliQAManager::QAManager(AliQAv1::kRECMODE) ; 
549   if (fWriteQAExpertData)
550     qam->SetWriteExpert() ; 
551  
552   if (qam->IsDefaultStorageSet()) {
553     AliWarning("!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!");
554     AliWarning("Default QA reference storage has been already set !");
555     AliWarning(Form("Ignoring the default storage declared in AliReconstruction: %s",fQARefUri.Data()));
556     AliWarning("!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!");
557     fQARefUri = qam->GetDefaultStorage()->GetURI();
558   } else {
559     if (fQARefUri.Length() > 0) {
560         AliDebug(2,"!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!");
561         AliDebug(2, Form("Default QA reference storage is set to: %s", fQARefUri.Data()));
562         AliDebug(2, "!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!");
563       } else {
564         fQARefUri="local://$ALICE_ROOT/QAref";
565         AliWarning("!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!");
566         AliWarning("Default QA refeference storage not yet set !!!!");
567         AliWarning(Form("Setting it now to: %s", fQARefUri.Data()));
568         AliWarning("!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!");
569                 
570       }
571     qam->SetDefaultStorage(fQARefUri);
572   }
573   
574   if (fRunQA) {
575   qam->SetActiveDetectors(fQADetectors) ; 
576   for (Int_t det = 0 ; det < AliQAv1::kNDET ; det++) {
577     qam->SetCycleLength(AliQAv1::DETECTORINDEX_t(det), fQACycles[det]) ;  
578     qam->SetWriteExpert(AliQAv1::DETECTORINDEX_t(det)) ;
579   }
580   if (!fRawReader && !fInput && fQATasks.Contains(AliQAv1::kRAWS))
581     fQATasks.ReplaceAll(Form("%d",AliQAv1::kRAWS), "") ;
582   qam->SetTasks(fQATasks) ; 
583   qam->InitQADataMaker(AliCDBManager::Instance()->GetRun()) ; 
584   }
585   if (fRunGlobalQA) {
586     Bool_t sameCycle = kFALSE ;
587     AliQADataMaker *qadm = qam->GetQADataMaker(AliQAv1::kGLOBAL);
588     AliInfo(Form("Initializing the global QA data maker"));
589     if (fQATasks.Contains(Form("%d", AliQAv1::kRECPOINTS))) {
590       qadm->StartOfCycle(AliQAv1::kRECPOINTS, AliCDBManager::Instance()->GetRun(), sameCycle) ; 
591       TObjArray **arr=qadm->Init(AliQAv1::kRECPOINTS);
592       AliTracker::SetResidualsArray(arr);
593       sameCycle = kTRUE ; 
594     }
595     if (fQATasks.Contains(Form("%d", AliQAv1::kESDS))) {
596       qadm->StartOfCycle(AliQAv1::kESDS, AliCDBManager::Instance()->GetRun(), sameCycle) ; 
597       qadm->Init(AliQAv1::kESDS);
598     }
599   }
600     AliSysInfo::AddStamp("InitQA") ; 
601 }
602
603 //_____________________________________________________________________________
604 void AliReconstruction::MergeQA(const char *fileName)
605 {
606   //Initialize the QA and start of cycle 
607   AliCodeTimerAuto("") ;
608   AliQAManager::QAManager()->Merge(AliCDBManager::Instance()->GetRun(),fileName) ; 
609   AliSysInfo::AddStamp("MergeQA") ; 
610 }
611   
612 //_____________________________________________________________________________
613 void AliReconstruction::InitCDB()
614 {
615 // activate a default CDB storage
616 // First check if we have any CDB storage set, because it is used 
617 // to retrieve the calibration and alignment constants
618   AliCodeTimerAuto("");
619
620   if (fInitCDBCalled) return;
621   fInitCDBCalled = kTRUE;
622
623   AliCDBManager* man = AliCDBManager::Instance();
624   if (man->IsDefaultStorageSet())
625   {
626     AliWarning("!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!");
627     AliWarning("Default CDB storage has been already set !");
628     AliWarning(Form("Ignoring the default storage declared in AliReconstruction: %s",fCDBUri.Data()));
629     AliWarning("!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!");
630     fCDBUri = man->GetDefaultStorage()->GetURI();
631   }
632   else {
633     if (fCDBUri.Length() > 0) 
634     {
635         AliDebug(2,"!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!");
636         AliDebug(2, Form("Default CDB storage is set to: %s", fCDBUri.Data()));
637         AliDebug(2, "!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!");
638     } else {
639         fCDBUri="local://$ALICE_ROOT/OCDB";
640         AliWarning("!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!");
641         AliWarning("Default CDB storage not yet set !!!!");
642         AliWarning(Form("Setting it now to: %s", fCDBUri.Data()));
643         AliWarning("!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!");
644                 
645     }
646     man->SetDefaultStorage(fCDBUri);
647   }
648
649   // Now activate the detector specific CDB storage locations
650   for (Int_t i = 0; i < fSpecCDBUri.GetEntriesFast(); i++) {
651     TObject* obj = fSpecCDBUri[i];
652     if (!obj) continue;
653     AliDebug(2, "!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!");
654     AliDebug(2, Form("Specific CDB storage for %s is set to: %s",obj->GetName(),obj->GetTitle()));
655     AliDebug(2, "!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!");
656     man->SetSpecificStorage(obj->GetName(), obj->GetTitle());
657   }
658   AliSysInfo::AddStamp("InitCDB");
659 }
660
661 //_____________________________________________________________________________
662 void AliReconstruction::SetDefaultStorage(const char* uri) {
663 // Store the desired default CDB storage location
664 // Activate it later within the Run() method
665
666   fCDBUri = uri;
667
668 }
669
670 //_____________________________________________________________________________
671 void AliReconstruction::SetQARefDefaultStorage(const char* uri) {
672   // Store the desired default CDB storage location
673   // Activate it later within the Run() method
674   
675   fQARefUri = uri;
676   AliQAv1::SetQARefStorage(fQARefUri.Data()) ;
677   
678 }
679 //_____________________________________________________________________________
680 void AliReconstruction::SetSpecificStorage(const char* calibType, const char* uri) {
681 // Store a detector-specific CDB storage location
682 // Activate it later within the Run() method
683
684   AliCDBPath aPath(calibType);
685   if(!aPath.IsValid()){
686         // if calibType is not wildcard but it is a valid detector, add "/*" to make it a valid path
687         for (Int_t iDet = 0; iDet < kNDetectors; iDet++) {
688                 if(!strcmp(calibType, fgkDetectorName[iDet])) {
689                         aPath.SetPath(Form("%s/*", calibType));
690                         AliInfo(Form("Path for specific storage set to %s", aPath.GetPath().Data()));
691                         break;
692                 }
693         }
694         if(!aPath.IsValid()){
695                 AliError(Form("Not a valid path or detector: %s", calibType));
696                 return;
697         }
698   }
699
700 //  // check that calibType refers to a "valid" detector name
701 //  Bool_t isDetector = kFALSE;
702 //  for (Int_t iDet = 0; iDet < kNDetectors; iDet++) {
703 //    TString detName = fgkDetectorName[iDet];
704 //    if(aPath.GetLevel0() == detName) {
705 //      isDetector = kTRUE;
706 //      break;
707 //    }
708 //  }
709 //
710 //  if(!isDetector) {
711 //      AliError(Form("Not a valid detector: %s", aPath.GetLevel0().Data()));
712 //      return;
713 //  }
714
715   TObject* obj = fSpecCDBUri.FindObject(aPath.GetPath().Data());
716   if (obj) fSpecCDBUri.Remove(obj);
717   fSpecCDBUri.Add(new TNamed(aPath.GetPath().Data(), uri));
718
719 }
720
721 //_____________________________________________________________________________
722 Bool_t AliReconstruction::SetRunNumberFromData()
723 {
724   // The method is called in Run() in order
725   // to set a correct run number.
726   // In case of raw data reconstruction the
727   // run number is taken from the raw data header
728
729   if (fSetRunNumberFromDataCalled) return kTRUE;
730   fSetRunNumberFromDataCalled = kTRUE;
731   
732   AliCDBManager* man = AliCDBManager::Instance();
733  
734   if(fRawReader) {
735     if(fRawReader->NextEvent()) {
736       if(man->GetRun() > 0) {
737         AliWarning("Run number is taken from raw-event header! Ignoring settings in AliCDBManager!");
738       } 
739       man->SetRun(fRawReader->GetRunNumber());
740       fRawReader->RewindEvents();
741     }
742     else {
743       if(man->GetRun() > 0) {
744         AliWarning("No raw-data events are found ! Using settings in AliCDBManager !");
745       }
746       else {
747         AliWarning("Neither raw events nor settings in AliCDBManager are found !");
748         return kFALSE;
749       }
750     }
751   }
752   else {
753     AliRunLoader *rl = AliRunLoader::Open(fGAliceFileName.Data());
754     if (!rl) {
755       AliError(Form("No run loader found in file %s", fGAliceFileName.Data()));
756       return kFALSE;
757     }
758     else {
759       rl->LoadHeader();
760       // read run number from gAlice
761       if(rl->GetHeader()) {
762         man->SetRun(rl->GetHeader()->GetRun());
763         rl->UnloadHeader();
764         delete rl;
765       }
766       else {
767         AliError("Neither run-loader header nor RawReader objects are found !");
768         delete rl;
769         return kFALSE;
770       }
771     }
772   }
773
774   man->Print();  
775   
776   return kTRUE;
777 }
778
779 //_____________________________________________________________________________
780 void AliReconstruction::SetCDBLock() {
781   // Set CDB lock: from now on it is forbidden to reset the run number
782   // or the default storage or to activate any further storage!
783   
784   AliCDBManager::Instance()->SetLock(1);
785 }
786
787 //_____________________________________________________________________________
788 Bool_t AliReconstruction::MisalignGeometry(const TString& detectors)
789 {
790   // Read the alignment objects from CDB.
791   // Each detector is supposed to have the
792   // alignment objects in DET/Align/Data CDB path.
793   // All the detector objects are then collected,
794   // sorted by geometry level (starting from ALIC) and
795   // then applied to the TGeo geometry.
796   // Finally an overlaps check is performed.
797
798   // Load alignment data from CDB and fill fAlignObjArray 
799   if(fLoadAlignFromCDB){
800         
801     TString detStr = detectors;
802     TString loadAlObjsListOfDets = "";
803     
804     for (Int_t iDet = 0; iDet < kNDetectors; iDet++) {
805       if(!IsSelected(fgkDetectorName[iDet], detStr)) continue;
806       if(!strcmp(fgkDetectorName[iDet],"HLT")) continue;
807       
808       if(AliGeomManager::GetNalignable(fgkDetectorName[iDet]) != 0)
809       {
810         loadAlObjsListOfDets += fgkDetectorName[iDet];
811         loadAlObjsListOfDets += " ";
812       }
813     } // end loop over detectors
814     
815     if(AliGeomManager::GetNalignable("GRP") != 0)
816       loadAlObjsListOfDets.Prepend("GRP "); //add alignment objects for non-sensitive modules
817     AliGeomManager::ApplyAlignObjsFromCDB(loadAlObjsListOfDets.Data());
818     AliCDBManager::Instance()->UnloadFromCache("*/Align/*");
819   }else{
820     // Check if the array with alignment objects was
821     // provided by the user. If yes, apply the objects
822     // to the present TGeo geometry
823     if (fAlignObjArray) {
824       if (gGeoManager && gGeoManager->IsClosed()) {
825         if (AliGeomManager::ApplyAlignObjsToGeom(*fAlignObjArray) == kFALSE) {
826           AliError("The misalignment of one or more volumes failed!"
827                    "Compare the list of simulated detectors and the list of detector alignment data!");
828           return kFALSE;
829         }
830       }
831       else {
832         AliError("Can't apply the misalignment! gGeoManager doesn't exist or it is still opened!");
833         return kFALSE;
834       }
835     }
836   }
837   
838   if (fAlignObjArray) {
839     fAlignObjArray->Delete();
840     delete fAlignObjArray; fAlignObjArray=NULL;
841   }
842
843   return kTRUE;
844 }
845
846 //_____________________________________________________________________________
847 void AliReconstruction::SetGAliceFile(const char* fileName)
848 {
849 // set the name of the galice file
850
851   fGAliceFileName = fileName;
852 }
853
854 //_____________________________________________________________________________
855 void AliReconstruction::SetInput(const char* input) 
856 {
857   // In case the input string starts with 'mem://', we run in an online mode
858   // and AliRawReaderDateOnline object is created. In all other cases a raw-data
859   // file is assumed. One can give as an input:
860   // mem://: - events taken from DAQ monitoring libs online
861   //  or
862   // mem://<filename> - emulation of the above mode (via DATE monitoring libs)
863   if (input) fRawInput = input;
864 }
865
866 //_____________________________________________________________________________
867 void AliReconstruction::SetOutput(const char* output) 
868 {
869   // Set the output ESD filename
870   // 'output' is a normalt ROOT url
871   // The method is used in case of raw-data reco with PROOF
872   if (output) fESDOutput.SetUrl(output);
873 }
874
875 //_____________________________________________________________________________
876 void AliReconstruction::SetOption(const char* detector, const char* option)
877 {
878 // set options for the reconstruction of a detector
879
880   TObject* obj = fOptions.FindObject(detector);
881   if (obj) fOptions.Remove(obj);
882   fOptions.Add(new TNamed(detector, option));
883 }
884
885 //_____________________________________________________________________________
886 void AliReconstruction::SetRecoParam(const char* detector, AliDetectorRecoParam *par)
887 {
888   // Set custom reconstruction parameters for a given detector
889   // Single set of parameters for all the events
890
891   // First check if the reco-params are global
892   if(!strcmp(detector, "GRP")) {
893     par->SetAsDefault();
894     fRecoParam.AddDetRecoParam(kNDetectors,par);
895     return;
896   }
897
898   for (Int_t iDet = 0; iDet < kNDetectors; iDet++) {
899     if(!strcmp(detector, fgkDetectorName[iDet])) {
900       par->SetAsDefault();
901       fRecoParam.AddDetRecoParam(iDet,par);
902       break;
903     }
904   }
905
906 }
907
908 //_____________________________________________________________________________
909 Bool_t AliReconstruction::SetFieldMap(Float_t l3Cur, Float_t diCur, Float_t l3Pol, 
910                                   Float_t diPol, Int_t convention, Bool_t uniform,
911                                   Float_t beamenergy, const Char_t *beamtype, const Char_t *path) 
912 {
913   //------------------------------------------------
914   // The magnetic field map, defined externally...
915   // L3 current 30000 A  -> 0.5 T
916   // L3 current 12000 A  -> 0.2 T
917   // dipole current 6000 A
918   // The polarities must match the convention (LHC or DCS2008) 
919   // unless the special uniform map was used for MC
920   //------------------------------------------------
921   const Float_t l3NominalCurrent1=30000.; // (A)
922   const Float_t l3NominalCurrent2=12000.; // (A)
923   const Float_t diNominalCurrent =6000. ; // (A)
924
925   const Float_t tolerance=0.03; // relative current tolerance
926   const Float_t zero=77.;       // "zero" current (A)
927   //
928   AliMagF::BMap_t map;
929   double sclL3,sclDip;
930   //
931   l3Cur = TMath::Abs(l3Cur);
932   diCur = TMath::Abs(diCur);
933   //
934   if (TMath::Abs((sclDip=diCur/diNominalCurrent)-1.) > tolerance && !uniform) {
935     if (diCur <= zero) sclDip = 0.; // some small current.. -> Dipole OFF
936     else {
937       AliError(Form("Wrong dipole current (%f A)!",diCur));
938       return kFALSE;
939     }
940   }
941   //
942   if (uniform) { 
943     // special treatment of special MC with uniform mag field (normalized to 0.5 T)
944     // no check for scaling/polarities are done
945     map   = AliMagF::k5kGUniform;
946     sclL3 = l3Cur/l3NominalCurrent1; 
947   }
948   else {
949     if      (TMath::Abs((sclL3=l3Cur/l3NominalCurrent1)-1.) < tolerance) map  = AliMagF::k5kG;
950     else if (TMath::Abs((sclL3=l3Cur/l3NominalCurrent2)-1.) < tolerance) map  = AliMagF::k2kG;
951     else if (l3Cur <= zero)                                { sclL3 = 0;  map  = AliMagF::k5kGUniform;}
952     else {
953       AliError(Form("Wrong L3 current (%f A)!",l3Cur));
954       return kFALSE;
955     }
956   }
957   //
958   if (sclDip!=0 && (map==AliMagF::k5kG || map==AliMagF::k2kG) &&
959       ((convention==AliMagF::kConvLHC     && l3Pol!=diPol) ||
960        (convention==AliMagF::kConvDCS2008 && l3Pol==diPol)) ) { 
961     AliError(Form("Wrong combination for L3/Dipole polarities (%c/%c) for convention %d",
962                   l3Pol>0?'+':'-',diPol>0?'+':'-',AliMagF::GetPolarityConvention()));
963     return kFALSE;
964   }
965   //
966   if (l3Pol<0) sclL3  = -sclL3;
967   if (diPol<0) sclDip = -sclDip;
968   //
969   AliMagF::BeamType_t btype = AliMagF::kNoBeamField;
970   TString btypestr = beamtype;
971   btypestr.ToLower();
972   TPRegexp protonBeam("(proton|p)\\s*-?\\s*\\1");
973   TPRegexp ionBeam("(lead|pb|ion|a)\\s*-?\\s*\\1");
974   if (btypestr.Contains(ionBeam)) btype = AliMagF::kBeamTypeAA;
975   else if (btypestr.Contains(protonBeam)) btype = AliMagF::kBeamTypepp;
976   else {
977     AliInfo(Form("Cannot determine the beam type from %s, assume no LHC magnet field",beamtype));
978   }
979   char ttl[50];
980   sprintf(ttl,"L3: %+5d Dip: %+4d kA; %s",(int)TMath::Sign(l3Cur,float(sclL3)),
981           (int)TMath::Sign(diCur,float(sclDip)),uniform ? " Constant":"");
982   AliMagF* fld = new AliMagF("MagneticFieldMap", ttl, 2, sclL3, sclDip, 10., map, path, 
983                              btype,beamenergy);
984   TGeoGlobalMagField::Instance()->SetField( fld );
985   TGeoGlobalMagField::Instance()->Lock();
986   //
987   return kTRUE;
988 }
989
990 Bool_t AliReconstruction::InitGRP() {
991   //------------------------------------
992   // Initialization of the GRP entry 
993   //------------------------------------
994   AliCDBEntry* entry = AliCDBManager::Instance()->Get("GRP/GRP/Data");
995
996   if (entry) {
997
998     TMap* m = dynamic_cast<TMap*>(entry->GetObject());  // old GRP entry
999
1000     if (m) {
1001        AliInfo("Found a TMap in GRP/GRP/Data, converting it into an AliGRPObject");
1002        m->Print();
1003        fGRPData = new AliGRPObject();
1004        fGRPData->ReadValuesFromMap(m);
1005     }
1006
1007     else {
1008        AliInfo("Found an AliGRPObject in GRP/GRP/Data, reading it");
1009        fGRPData = dynamic_cast<AliGRPObject*>(entry->GetObject());  // new GRP entry
1010        entry->SetOwner(0);
1011     }
1012
1013     //    FIX ME: The unloading of GRP entry is temporarily disabled
1014     //    because ZDC and VZERO are using it in order to initialize
1015     //    their reconstructor objects. In the future one has to think
1016     //    of propagating AliRunInfo to the reconstructors.
1017     //    AliCDBManager::Instance()->UnloadFromCache("GRP/GRP/Data");
1018   }
1019
1020   if (!fGRPData) {
1021      AliError("No GRP entry found in OCDB!");
1022      return kFALSE;
1023   }
1024
1025   TString lhcState = fGRPData->GetLHCState();
1026   if (lhcState==AliGRPObject::GetInvalidString()) {
1027     AliError("GRP/GRP/Data entry:  missing value for the LHC state ! Using UNKNOWN");
1028     lhcState = "UNKNOWN";
1029   }
1030
1031   TString beamType = fGRPData->GetBeamType();
1032   if (beamType==AliGRPObject::GetInvalidString()) {
1033     AliError("GRP/GRP/Data entry:  missing value for the beam type ! Using UNKNOWN");
1034     beamType = "UNKNOWN";
1035   }
1036
1037   Float_t beamEnergy = fGRPData->GetBeamEnergy();
1038   if (beamEnergy==AliGRPObject::GetInvalidFloat()) {
1039     AliError("GRP/GRP/Data entry:  missing value for the beam energy ! Using 0");
1040     beamEnergy = 0;
1041   }
1042   // energy is provided in MeV*120
1043   beamEnergy /= 120E3;
1044
1045   TString runType = fGRPData->GetRunType();
1046   if (runType==AliGRPObject::GetInvalidString()) {
1047     AliError("GRP/GRP/Data entry:  missing value for the run type ! Using UNKNOWN");
1048     runType = "UNKNOWN";
1049   }
1050
1051   Int_t activeDetectors = fGRPData->GetDetectorMask();
1052   if (activeDetectors==AliGRPObject::GetInvalidUInt()) {
1053     AliError("GRP/GRP/Data entry:  missing value for the detector mask ! Using 1074790399");
1054     activeDetectors = 1074790399;
1055   }
1056
1057   fRunInfo = new AliRunInfo(lhcState, beamType, beamEnergy, runType, activeDetectors);
1058   fRunInfo->Dump();
1059
1060
1061   // Process the list of active detectors
1062   if (activeDetectors) {
1063     UInt_t detMask = activeDetectors;
1064     fRunLocalReconstruction = MatchDetectorList(fRunLocalReconstruction,detMask);
1065     fRunTracking = MatchDetectorList(fRunTracking,detMask);
1066     fFillESD = MatchDetectorList(fFillESD,detMask);
1067     fQADetectors = MatchDetectorList(fQADetectors,detMask);
1068     fLoadCDB.Form("%s %s %s %s",
1069                   fRunLocalReconstruction.Data(),
1070                   fRunTracking.Data(),
1071                   fFillESD.Data(),
1072                   fQADetectors.Data());
1073     fLoadCDB = MatchDetectorList(fLoadCDB,detMask);
1074     if (!((detMask >> AliDAQ::DetectorID("ITSSPD")) & 0x1)) {
1075       // switch off the vertexer
1076       AliInfo("SPD is not in the list of active detectors. Vertexer switched off.");
1077       fRunVertexFinder = kFALSE;
1078     }
1079     if (!((detMask >> AliDAQ::DetectorID("TRG")) & 0x1)) {
1080       // switch off the reading of CTP raw-data payload
1081       if (fFillTriggerESD) {
1082         AliInfo("CTP is not in the list of active detectors. CTP data reading switched off.");
1083         fFillTriggerESD = kFALSE;
1084       }
1085     }
1086   }
1087
1088   AliInfo("===================================================================================");
1089   AliInfo(Form("Running local reconstruction for detectors: %s",fRunLocalReconstruction.Data()));
1090   AliInfo(Form("Running tracking for detectors: %s",fRunTracking.Data()));
1091   AliInfo(Form("Filling ESD for detectors: %s",fFillESD.Data()));
1092   AliInfo(Form("Quality assurance is active for detectors: %s",fQADetectors.Data()));
1093   AliInfo(Form("CDB and reconstruction parameters are loaded for detectors: %s",fLoadCDB.Data()));
1094   AliInfo("===================================================================================");
1095
1096   //*** Dealing with the magnetic field map
1097   if ( TGeoGlobalMagField::Instance()->IsLocked() ) {AliInfo("Running with the externally locked B field !");}
1098   else {
1099     // Construct the field map out of the information retrieved from GRP.
1100     Bool_t ok = kTRUE;
1101     // L3
1102     Float_t l3Current = fGRPData->GetL3Current((AliGRPObject::Stats)0);
1103     if (l3Current == AliGRPObject::GetInvalidFloat()) {
1104       AliError("GRP/GRP/Data entry:  missing value for the L3 current !");
1105       ok = kFALSE;
1106     }
1107     
1108     Char_t l3Polarity = fGRPData->GetL3Polarity();
1109     if (l3Polarity == AliGRPObject::GetInvalidChar()) {
1110       AliError("GRP/GRP/Data entry:  missing value for the L3 polarity !");
1111       ok = kFALSE;
1112     }
1113
1114     // Dipole
1115     Float_t diCurrent = fGRPData->GetDipoleCurrent((AliGRPObject::Stats)0);
1116     if (diCurrent == AliGRPObject::GetInvalidFloat()) {
1117       AliError("GRP/GRP/Data entry:  missing value for the dipole current !");
1118       ok = kFALSE;
1119     }
1120
1121     Char_t diPolarity = fGRPData->GetDipolePolarity();
1122     if (diPolarity == AliGRPObject::GetInvalidChar()) {
1123       AliError("GRP/GRP/Data entry:  missing value for the dipole polarity !");
1124       ok = kFALSE;
1125     }
1126
1127     // read special bits for the polarity convention and map type
1128     Int_t  polConvention = fGRPData->IsPolarityConventionLHC() ? AliMagF::kConvLHC : AliMagF::kConvDCS2008;
1129     Bool_t uniformB = fGRPData->IsUniformBMap();
1130
1131     if (ok) { 
1132       if ( !SetFieldMap(l3Current, diCurrent, l3Polarity ? -1:1, diPolarity ? -1:1, 
1133                         polConvention,uniformB,beamEnergy, beamType.Data()))
1134         AliFatal("Failed to creat a B field map ! Exiting...");
1135       AliInfo("Running with the B field constructed out of GRP !");
1136     }
1137     else AliFatal("B field is neither set nor constructed from GRP ! Exitig...");
1138   }
1139   
1140   //*** Get the diamond profiles from OCDB
1141   entry = AliCDBManager::Instance()->Get("GRP/Calib/MeanVertexSPD");
1142   if (entry) {
1143     fDiamondProfileSPD = dynamic_cast<AliESDVertex*> (entry->GetObject());  
1144   } else {
1145      AliError("No SPD diamond profile found in OCDB!");
1146   }
1147
1148   entry = AliCDBManager::Instance()->Get("GRP/Calib/MeanVertex");
1149   if (entry) {
1150     fDiamondProfile = dynamic_cast<AliESDVertex*> (entry->GetObject());  
1151   } else {
1152      AliError("No diamond profile found in OCDB!");
1153   }
1154
1155   entry = AliCDBManager::Instance()->Get("GRP/Calib/MeanVertexTPC");
1156   if (entry) {
1157     fDiamondProfileTPC = dynamic_cast<AliESDVertex*> (entry->GetObject());  
1158   } else {
1159      AliError("No TPC diamond profile found in OCDB!");
1160   }
1161
1162   entry = AliCDBManager::Instance()->Get("GRP/Calib/CosmicTriggers");
1163   if (entry) {
1164     fListOfCosmicTriggers = dynamic_cast<THashTable*>(entry->GetObject());
1165     entry->SetOwner(0);
1166     AliCDBManager::Instance()->UnloadFromCache("GRP/Calib/CosmicTriggers");
1167   }
1168
1169   if (!fListOfCosmicTriggers) {
1170     AliWarning("Can not get list of cosmic triggers from OCDB! Cosmic event specie will be effectively disabled!");
1171   }
1172
1173   return kTRUE;
1174
1175
1176 //_____________________________________________________________________________
1177 Bool_t AliReconstruction::LoadCDB()
1178 {
1179   AliCodeTimerAuto("");
1180
1181   AliCDBManager::Instance()->Get("GRP/CTP/Config");
1182
1183   TString detStr = fLoadCDB;
1184   for (Int_t iDet = 0; iDet < kNDetectors; iDet++) {
1185     if (!IsSelected(fgkDetectorName[iDet], detStr)) continue;
1186     AliCDBManager::Instance()->GetAll(Form("%s/Calib/*",fgkDetectorName[iDet]));
1187   }
1188   return kTRUE;
1189 }
1190 //_____________________________________________________________________________
1191 Bool_t AliReconstruction::LoadTriggerScalersCDB()
1192 {
1193   AliCodeTimerAuto("");
1194
1195   AliCDBEntry* entry = AliCDBManager::Instance()->Get("GRP/CTP/Scalers");
1196
1197   if (entry) { 
1198    
1199        AliInfo("Found an AliTriggerRunScalers in GRP/CTP/Scalers, reading it");
1200        fRunScalers = dynamic_cast<AliTriggerRunScalers*> (entry->GetObject());
1201        entry->SetOwner(0);
1202        if (fRunScalers->CorrectScalersOverflow() == 0) AliInfo("32bit Trigger counters corrected for overflow");
1203
1204   }
1205   return kTRUE;
1206 }
1207 //_____________________________________________________________________________
1208 Bool_t AliReconstruction::Run(const char* input)
1209 {
1210   // Run Run Run
1211   AliCodeTimerAuto("");
1212
1213   InitRun(input);
1214   if (GetAbort() != TSelector::kContinue) return kFALSE;
1215
1216   TChain *chain = NULL;
1217   if (fRawReader && (chain = fRawReader->GetChain())) {
1218     // Proof mode
1219     if (gProof) {
1220       gProof->AddInput(this);
1221       if (!fESDOutput.IsValid()) {
1222         fESDOutput.SetProtocol("root",kTRUE);
1223         fESDOutput.SetHost(gSystem->HostName());
1224         fESDOutput.SetFile(Form("%s/AliESDs.root",gSystem->pwd()));
1225       }
1226       AliInfo(Form("Output file with ESDs is %s",fESDOutput.GetUrl()));
1227       gProof->AddInput(new TNamed("PROOF_OUTPUTFILE",fESDOutput.GetUrl()));
1228       gProof->SetParameter("PROOF_MaxSlavesPerNode", 9999);
1229       chain->SetProof();
1230       chain->Process("AliReconstruction");
1231     }
1232     else {
1233       chain->Process(this);
1234     }
1235   }
1236   else {
1237     Begin(NULL);
1238     if (GetAbort() != TSelector::kContinue) return kFALSE;
1239     SlaveBegin(NULL);
1240     if (GetAbort() != TSelector::kContinue) return kFALSE;
1241     //******* The loop over events
1242     AliInfo("Starting looping over events");
1243     Int_t iEvent = 0;
1244     while ((iEvent < fRunLoader->GetNumberOfEvents()) ||
1245            (fRawReader && fRawReader->NextEvent())) {
1246       if (!ProcessEvent(iEvent)) {
1247         Abort("ProcessEvent",TSelector::kAbortFile);
1248         return kFALSE;
1249       }
1250       iEvent++;
1251     }
1252     SlaveTerminate();
1253     if (GetAbort() != TSelector::kContinue) return kFALSE;
1254     Terminate();
1255     if (GetAbort() != TSelector::kContinue) return kFALSE;
1256   }
1257
1258   return kTRUE;
1259 }
1260
1261 //_____________________________________________________________________________
1262 void AliReconstruction::InitRawReader(const char* input)
1263 {
1264   AliCodeTimerAuto("");
1265
1266   // Init raw-reader and
1267   // set the input in case of raw data
1268   if (input) fRawInput = input;
1269   fRawReader = AliRawReader::Create(fRawInput.Data());
1270   if (!fRawReader)
1271     AliInfo("Reconstruction will run over digits");
1272
1273   if (!fEquipIdMap.IsNull() && fRawReader)
1274     fRawReader->LoadEquipmentIdsMap(fEquipIdMap);
1275
1276   if (!fUseHLTData.IsNull()) {
1277     // create the RawReaderHLT which performs redirection of HLT input data for
1278     // the specified detectors
1279     AliRawReader* pRawReader=AliRawHLTManager::CreateRawReaderHLT(fRawReader, fUseHLTData.Data());
1280     if (pRawReader) {
1281       fParentRawReader=fRawReader;
1282       fRawReader=pRawReader;
1283     } else {
1284       AliError(Form("can not create Raw Reader for HLT input %s", fUseHLTData.Data()));
1285     }
1286   }
1287   AliSysInfo::AddStamp("CreateRawReader");
1288 }
1289
1290 //_____________________________________________________________________________
1291 void AliReconstruction::InitRun(const char* input)
1292 {
1293   // Initialization of raw-reader,
1294   // run number, CDB etc.
1295   AliCodeTimerAuto("");
1296   AliSysInfo::AddStamp("Start");
1297
1298   // Initialize raw-reader if any
1299   InitRawReader(input);
1300
1301   // Initialize the CDB storage
1302   InitCDB();
1303
1304   // Set run number in CDBManager (if it is not already set by the user)
1305   if (!SetRunNumberFromData()) {
1306     Abort("SetRunNumberFromData", TSelector::kAbortProcess);
1307     return;
1308   }
1309
1310   // Set CDB lock: from now on it is forbidden to reset the run number
1311   // or the default storage or to activate any further storage!
1312   SetCDBLock();
1313   
1314 }
1315
1316 //_____________________________________________________________________________
1317 void AliReconstruction::Begin(TTree *)
1318 {
1319   // Initialize AlReconstruction before
1320   // going into the event loop
1321   // Should follow the TSelector convention
1322   // i.e. initialize only the object on the client side
1323   AliCodeTimerAuto("");
1324
1325   AliReconstruction *reco = NULL;
1326   if (fInput) {
1327     if ((reco = (AliReconstruction*)fInput->FindObject("AliReconstruction"))) {
1328       *this = *reco;
1329     }
1330     AliSysInfo::AddStamp("ReadInputInBegin");
1331   }
1332
1333   // Import ideal TGeo geometry and apply misalignment
1334   if (!gGeoManager) {
1335     TString geom(gSystem->DirName(fGAliceFileName));
1336     geom += "/geometry.root";
1337     AliGeomManager::LoadGeometry(geom.Data());
1338     if (!gGeoManager) {
1339       Abort("LoadGeometry", TSelector::kAbortProcess);
1340       return;
1341     }
1342     AliSysInfo::AddStamp("LoadGeom");
1343     TString detsToCheck=fRunLocalReconstruction;
1344     if(!AliGeomManager::CheckSymNamesLUT(detsToCheck.Data())) {
1345       Abort("CheckSymNamesLUT", TSelector::kAbortProcess);
1346       return;
1347     }
1348     AliSysInfo::AddStamp("CheckGeom");
1349   }
1350
1351   if (!MisalignGeometry(fLoadAlignData)) {
1352     Abort("MisalignGeometry", TSelector::kAbortProcess);
1353     return;
1354   }
1355   AliCDBManager::Instance()->UnloadFromCache("GRP/Geometry/Data");
1356   AliSysInfo::AddStamp("MisalignGeom");
1357
1358   if (!InitGRP()) {
1359     Abort("InitGRP", TSelector::kAbortProcess);
1360     return;
1361   }
1362   AliSysInfo::AddStamp("InitGRP");
1363
1364   if (!LoadCDB()) {
1365     Abort("LoadCDB", TSelector::kAbortProcess);
1366     return;
1367   }
1368   AliSysInfo::AddStamp("LoadCDB");
1369
1370   if (!LoadTriggerScalersCDB()) {
1371     Abort("LoadTriggerScalersCDB", TSelector::kAbortProcess);
1372     return;
1373   }
1374   AliSysInfo::AddStamp("LoadTriggerScalersCDB");
1375
1376
1377   // Read the reconstruction parameters from OCDB
1378   if (!InitRecoParams()) {
1379     AliWarning("Not all detectors have correct RecoParam objects initialized");
1380   }
1381   AliSysInfo::AddStamp("InitRecoParams");
1382
1383   if (fInput && gProof) {
1384     if (reco) *reco = *this;
1385
1386     gProof->AddInputData(gGeoManager,kTRUE);
1387     gGeoManager = NULL;
1388     gProof->AddInputData(const_cast<TMap*>(AliCDBManager::Instance()->GetEntryCache()),kTRUE);
1389     fInput->Add(new TParameter<Int_t>("RunNumber",AliCDBManager::Instance()->GetRun()));
1390     AliMagF *magFieldMap = (AliMagF*)TGeoGlobalMagField::Instance()->GetField();
1391     magFieldMap->SetName("MagneticFieldMap");
1392     gProof->AddInputData(magFieldMap,kTRUE);
1393   }
1394
1395 }
1396
1397 //_____________________________________________________________________________
1398 void AliReconstruction::SlaveBegin(TTree*)
1399 {
1400   // Initialization related to run-loader,
1401   // vertexer, trackers, recontructors
1402   // In proof mode it is executed on the slave
1403   AliCodeTimerAuto("");
1404
1405   TProofOutputFile *outProofFile = NULL;
1406   if (fInput) { 
1407     if (AliReconstruction *reco = (AliReconstruction*)fInput->FindObject("AliReconstruction")) {
1408       *this = *reco;
1409     }
1410     if (TGeoManager *tgeo = (TGeoManager*)fInput->FindObject("Geometry")) {
1411       gGeoManager = tgeo;
1412       AliGeomManager::SetGeometry(tgeo);
1413     }
1414     if (TMap *entryCache = (TMap*)fInput->FindObject("CDBEntryCache")) {
1415       Int_t runNumber = -1;
1416       if (TProof::GetParameter(fInput,"RunNumber",runNumber) == 0) {
1417         AliCDBManager *man = AliCDBManager::Instance(entryCache,runNumber);
1418         man->SetCacheFlag(kTRUE);
1419         man->SetLock(kTRUE);
1420         man->Print();
1421       }
1422     }
1423     if (AliMagF *map = (AliMagF*)fInput->FindObject("MagneticFieldMap")) {
1424       TGeoGlobalMagField::Instance()->SetField(map);
1425     }
1426     if (TNamed *outputFileName = (TNamed *) fInput->FindObject("PROOF_OUTPUTFILE")) {
1427       outProofFile = new TProofOutputFile(gSystem->BaseName(TUrl(outputFileName->GetTitle()).GetFile()));
1428       outProofFile->SetOutputFileName(outputFileName->GetTitle());
1429       fOutput->Add(outProofFile);
1430     }
1431     AliSysInfo::AddStamp("ReadInputInSlaveBegin");
1432   }
1433
1434   // get the run loader
1435   if (!InitRunLoader()) {
1436     Abort("InitRunLoader", TSelector::kAbortProcess);
1437     return;
1438   }
1439   AliSysInfo::AddStamp("LoadLoader");
1440  
1441   ftVertexer = new AliVertexerTracks(AliTracker::GetBz());
1442
1443   // get trackers
1444   if (!fRunTracking.IsNull() && !CreateTrackers(fRunTracking)) {
1445     Abort("CreateTrackers", TSelector::kAbortProcess);
1446     return;
1447   }      
1448   AliSysInfo::AddStamp("CreateTrackers");
1449
1450   // create the ESD output file and tree
1451   if (!outProofFile) {
1452     ffile = TFile::Open("AliESDs.root", "RECREATE");
1453     ffile->SetCompressionLevel(2);
1454     if (!ffile->IsOpen()) {
1455       Abort("OpenESDFile", TSelector::kAbortProcess);
1456       return;
1457     }
1458   }
1459   else {
1460     if (!(ffile = outProofFile->OpenFile("RECREATE"))) {
1461       Abort(Form("Problems opening output PROOF file: %s/%s",
1462                  outProofFile->GetDir(), outProofFile->GetFileName()),
1463             TSelector::kAbortProcess);
1464       return;
1465     }
1466   }
1467
1468   ftree = new TTree("esdTree", "Tree with ESD objects");
1469   fesd = new AliESDEvent();
1470   fesd->CreateStdContent();
1471
1472   fesd->WriteToTree(ftree);
1473   if (fWriteESDfriend) {
1474     // careful:
1475     // Since we add the branch manually we must 
1476     // book and add it after WriteToTree
1477     // otherwise it is created twice,
1478     // once via writetotree and once here.
1479     // The case for AliESDfriend is now 
1480     // caught also in AlIESDEvent::WriteToTree but 
1481     // be careful when changing the name (AliESDfriend is not 
1482     // a TNamed so we had to hardwire it)
1483     fesdf = new AliESDfriend();
1484     TBranch *br=ftree->Branch("ESDfriend.","AliESDfriend", &fesdf);
1485     br->SetFile("AliESDfriends.root");
1486     fesd->AddObject(fesdf);
1487   }
1488   ftree->GetUserInfo()->Add(fesd);
1489
1490   fhlttree = new TTree("HLTesdTree", "Tree with HLT ESD objects");
1491   fhltesd = new AliESDEvent();
1492   fhltesd->CreateStdContent();
1493
1494   // read the ESD template from CDB
1495   // HLT is allowed to put non-std content to its ESD, the non-std
1496   // objects need to be created before invocation of WriteToTree in
1497   // order to create all branches. Initialization is done from an
1498   // ESD layout template in CDB
1499   AliCDBManager* man = AliCDBManager::Instance();
1500   AliCDBPath hltESDConfigPath("HLT/ConfigHLT/esdLayout");
1501   AliCDBEntry* hltESDConfig=NULL;
1502   if (man->GetId(hltESDConfigPath)!=NULL &&
1503       (hltESDConfig=man->Get(hltESDConfigPath))!=NULL) {
1504     AliESDEvent* pESDLayout=dynamic_cast<AliESDEvent*>(hltESDConfig->GetObject());
1505     if (pESDLayout) {
1506       // init all internal variables from the list of objects
1507       pESDLayout->GetStdContent();
1508
1509       // copy content and create non-std objects
1510       *fhltesd=*pESDLayout;
1511       fhltesd->Reset();
1512     } else {
1513       AliError(Form("error setting hltEsd layout from %s: invalid object type",
1514                     hltESDConfigPath.GetPath().Data()));
1515     }
1516   }
1517
1518   fhltesd->WriteToTree(fhlttree);
1519   fhlttree->GetUserInfo()->Add(fhltesd);
1520
1521   ProcInfo_t procInfo;
1522   gSystem->GetProcInfo(&procInfo);
1523   AliInfo(Form("Current memory usage %d %d", procInfo.fMemResident, procInfo.fMemVirtual));
1524   
1525   //QA
1526   //Initialize the QA and start of cycle 
1527   if (fRunQA || fRunGlobalQA) 
1528     InitQA() ; 
1529
1530   //Initialize the Plane Efficiency framework
1531   if (fRunPlaneEff && !InitPlaneEff()) {
1532     Abort("InitPlaneEff", TSelector::kAbortProcess);
1533     return;
1534   }
1535
1536   if (strcmp(gProgName,"alieve") == 0)
1537     fRunAliEVE = InitAliEVE();
1538
1539   return;
1540 }
1541
1542 //_____________________________________________________________________________
1543 Bool_t AliReconstruction::Process(Long64_t entry)
1544 {
1545   // run the reconstruction over a single entry
1546   // from the chain with raw data
1547   AliCodeTimerAuto("");
1548
1549   TTree *currTree = fChain->GetTree();
1550   AliRawVEvent *event = NULL;
1551   currTree->SetBranchAddress("rawevent",&event);
1552   currTree->GetEntry(entry);
1553   fRawReader = new AliRawReaderRoot(event);
1554   fStatus = ProcessEvent(fRunLoader->GetNumberOfEvents());  
1555   delete fRawReader;
1556   fRawReader = NULL;
1557   delete event;
1558
1559   return fStatus;
1560 }
1561
1562 //_____________________________________________________________________________
1563 void AliReconstruction::Init(TTree *tree)
1564 {
1565   if (tree == 0) {
1566     AliError("The input tree is not found!");
1567     return;
1568   }
1569   fChain = tree;
1570 }
1571
1572 //_____________________________________________________________________________
1573 Bool_t AliReconstruction::ProcessEvent(Int_t iEvent)
1574 {
1575   // run the reconstruction over a single event
1576   // The event loop is steered in Run method
1577
1578   AliCodeTimerAuto("");
1579
1580   if (iEvent >= fRunLoader->GetNumberOfEvents()) {
1581     fRunLoader->SetEventNumber(iEvent);
1582     fRunLoader->GetHeader()->Reset(fRawReader->GetRunNumber(), 
1583                                    iEvent, iEvent);
1584     fRunLoader->TreeE()->Fill();
1585     if (fRawReader && fRawReader->UseAutoSaveESD())
1586       fRunLoader->TreeE()->AutoSave("SaveSelf");
1587   }
1588
1589   if ((iEvent < fFirstEvent) || ((fLastEvent >= 0) && (iEvent > fLastEvent))) {
1590     return kTRUE;
1591   }
1592
1593   AliInfo(Form("processing event %d", iEvent));
1594
1595   fRunLoader->GetEvent(iEvent);
1596
1597   // Fill Event-info object
1598   GetEventInfo();
1599   fRecoParam.SetEventSpecie(fRunInfo,fEventInfo,fListOfCosmicTriggers);
1600   AliInfo(Form("Current event specie: %s",fRecoParam.PrintEventSpecie()));
1601
1602   // Set the reco-params
1603   {
1604     TString detStr = fLoadCDB;
1605     for (Int_t iDet = 0; iDet < kNDetectors; iDet++) {
1606       if (!IsSelected(fgkDetectorName[iDet], detStr)) continue;
1607       AliReconstructor *reconstructor = GetReconstructor(iDet);
1608       if (reconstructor && fRecoParam.GetDetRecoParamArray(iDet)) {
1609         const AliDetectorRecoParam *par = fRecoParam.GetDetRecoParam(iDet);
1610         reconstructor->SetRecoParam(par);
1611         reconstructor->SetEventInfo(&fEventInfo);
1612         if (fRunQA) {
1613           AliQAManager::QAManager()->SetRecoParam(iDet, par) ; 
1614           AliQAManager::QAManager()->SetEventSpecie(AliRecoParam::Convert(par->GetEventSpecie())) ;
1615         }
1616       }
1617     }
1618   }
1619
1620     // QA on single raw 
1621   if (fRunQA) {
1622     AliQAManager::QAManager()->SetEventSpecie(fRecoParam.GetEventSpecie()) ;
1623     AliQAManager::QAManager()->RunOneEvent(fRawReader) ;  
1624   }
1625     // local single event reconstruction
1626     if (!fRunLocalReconstruction.IsNull()) {
1627       TString detectors=fRunLocalReconstruction;
1628       // run HLT event reconstruction first
1629       // ;-( IsSelected changes the string
1630       if (IsSelected("HLT", detectors) &&
1631           !RunLocalEventReconstruction("HLT")) {
1632         if (fStopOnError) {CleanUp(); return kFALSE;}
1633       }
1634       detectors=fRunLocalReconstruction;
1635       detectors.ReplaceAll("HLT", "");
1636       if (!RunLocalEventReconstruction(detectors)) {
1637         if (fStopOnError) {CleanUp(); return kFALSE;}
1638       }
1639     }
1640
1641     fesd->SetRunNumber(fRunLoader->GetHeader()->GetRun());
1642     fhltesd->SetRunNumber(fRunLoader->GetHeader()->GetRun());
1643     fesd->SetEventNumberInFile(fRunLoader->GetHeader()->GetEventNrInRun());
1644     fhltesd->SetEventNumberInFile(fRunLoader->GetHeader()->GetEventNrInRun());
1645     
1646     // Set magnetic field from the tracker
1647     fesd->SetMagneticField(AliTracker::GetBz());
1648     fhltesd->SetMagneticField(AliTracker::GetBz());
1649
1650     // Set most probable pt, for B=0 tracking
1651     // Get the global reco-params. They are atposition 16 inside the array of detectors in fRecoParam
1652     const AliGRPRecoParam *grpRecoParam = dynamic_cast<const AliGRPRecoParam*>(fRecoParam.GetDetRecoParam(kNDetectors));
1653     if (grpRecoParam) AliExternalTrackParam::SetMostProbablePt(grpRecoParam->GetMostProbablePt());
1654     
1655     // Fill raw-data error log into the ESD
1656     if (fRawReader) FillRawDataErrorLog(iEvent,fesd);
1657
1658     // vertex finder
1659     if (fRunVertexFinder) {
1660       if (!RunVertexFinder(fesd)) {
1661         if (fStopOnError) {CleanUp(); return kFALSE;}
1662       }
1663     }
1664
1665     // For Plane Efficiency: run the SPD trackleter
1666     if (fRunPlaneEff && fSPDTrackleter) {
1667       if (!RunSPDTrackleting(fesd)) {
1668         if (fStopOnError) {CleanUp(); return kFALSE;}
1669       }
1670     }
1671
1672     // Muon tracking
1673     if (!fRunTracking.IsNull()) {
1674       if (fRunMuonTracking) {
1675         if (!RunMuonTracking(fesd)) {
1676           if (fStopOnError) {CleanUp(); return kFALSE;}
1677         }
1678       }
1679     }
1680
1681     // barrel tracking
1682     if (!fRunTracking.IsNull()) {
1683       if (!RunTracking(fesd)) {
1684         if (fStopOnError) {CleanUp(); return kFALSE;}
1685       }
1686     }
1687
1688     // fill ESD
1689     if (!fFillESD.IsNull()) {
1690       TString detectors=fFillESD;
1691       // run HLT first and on hltesd
1692       // ;-( IsSelected changes the string
1693       if (IsSelected("HLT", detectors) &&
1694           !FillESD(fhltesd, "HLT")) {
1695         if (fStopOnError) {CleanUp(); return kFALSE;}
1696       }
1697       detectors=fFillESD;
1698       // Temporary fix to avoid problems with HLT that overwrites the offline ESDs
1699       if (detectors.Contains("ALL")) {
1700         detectors="";
1701         for (Int_t idet=0; idet<kNDetectors; ++idet){
1702           detectors += fgkDetectorName[idet];
1703           detectors += " ";
1704         }
1705       }
1706       detectors.ReplaceAll("HLT", "");
1707       if (!FillESD(fesd, detectors)) {
1708         if (fStopOnError) {CleanUp(); return kFALSE;}
1709       }
1710     }
1711   
1712     // fill Event header information from the RawEventHeader
1713     if (fRawReader){FillRawEventHeaderESD(fesd);}
1714     if (fRawReader){FillRawEventHeaderESD(fhltesd);}
1715
1716     // combined PID
1717     AliESDpid::MakePID(fesd);
1718
1719     if (fFillTriggerESD) {
1720       if (!FillTriggerESD(fesd)) {
1721         if (fStopOnError) {CleanUp(); return kFALSE;}
1722       }
1723     }
1724
1725     ffile->cd();
1726
1727     //
1728     // Propagate track to the beam pipe  (if not already done by ITS)
1729     //
1730     const Int_t ntracks = fesd->GetNumberOfTracks();
1731     const Double_t kBz = fesd->GetMagneticField();
1732     const Double_t kRadius  = 2.8; //something less than the beam pipe radius
1733
1734     TObjArray trkArray;
1735     UShort_t *selectedIdx=new UShort_t[ntracks];
1736
1737     for (Int_t itrack=0; itrack<ntracks; itrack++){
1738       const Double_t kMaxStep = 1;   //max step over the material
1739       Bool_t ok;
1740
1741       AliESDtrack *track = fesd->GetTrack(itrack);
1742       if (!track) continue;
1743
1744       AliExternalTrackParam *tpcTrack =
1745            (AliExternalTrackParam *)track->GetTPCInnerParam();
1746       ok = kFALSE;
1747       if (tpcTrack)
1748         ok = AliTracker::
1749           PropagateTrackTo(tpcTrack,kRadius,track->GetMass(),kMaxStep,kFALSE);
1750
1751       if (ok) {
1752         Int_t n=trkArray.GetEntriesFast();
1753         selectedIdx[n]=track->GetID();
1754         trkArray.AddLast(tpcTrack);
1755       }
1756
1757       //Tracks refitted by ITS should already be at the SPD vertex
1758       if (track->IsOn(AliESDtrack::kITSrefit)) continue;
1759
1760       AliTracker::
1761          PropagateTrackTo(track,kRadius,track->GetMass(),kMaxStep,kFALSE);
1762       track->RelateToVertex(fesd->GetPrimaryVertexSPD(), kBz, kVeryBig);
1763
1764     }
1765
1766     //
1767     // Improve the reconstructed primary vertex position using the tracks
1768     //
1769     Bool_t runVertexFinderTracks = fRunVertexFinderTracks;
1770     if(fesd->GetPrimaryVertexSPD()) {
1771       TString vtitle = fesd->GetPrimaryVertexSPD()->GetTitle();
1772       if(vtitle.Contains("cosmics")) {
1773         runVertexFinderTracks=kFALSE;
1774       }
1775     }
1776
1777     if (runVertexFinderTracks) {
1778        // TPC + ITS primary vertex
1779        ftVertexer->SetITSMode();
1780        ftVertexer->SetConstraintOff();
1781        // get cuts for vertexer from AliGRPRecoParam
1782        if (grpRecoParam) {
1783          Int_t nCutsVertexer = grpRecoParam->GetVertexerTracksNCuts();
1784          Double_t *cutsVertexer = new Double_t[nCutsVertexer];
1785          grpRecoParam->GetVertexerTracksCutsITS(cutsVertexer);
1786          ftVertexer->SetCuts(cutsVertexer);
1787          delete [] cutsVertexer; cutsVertexer = NULL; 
1788          if(fDiamondProfile && grpRecoParam->GetVertexerTracksConstraintITS())
1789            ftVertexer->SetVtxStart(fDiamondProfile);
1790        }
1791        AliESDVertex *pvtx=ftVertexer->FindPrimaryVertex(fesd);
1792        if (pvtx) {
1793           if (pvtx->GetStatus()) {
1794              fesd->SetPrimaryVertexTracks(pvtx);
1795              for (Int_t i=0; i<ntracks; i++) {
1796                  AliESDtrack *t = fesd->GetTrack(i);
1797                  t->RelateToVertex(pvtx, kBz, kVeryBig);
1798              } 
1799           }
1800        }
1801
1802        // TPC-only primary vertex
1803        ftVertexer->SetTPCMode();
1804        ftVertexer->SetConstraintOff();
1805        // get cuts for vertexer from AliGRPRecoParam
1806        if (grpRecoParam) {
1807          Int_t nCutsVertexer = grpRecoParam->GetVertexerTracksNCuts();
1808          Double_t *cutsVertexer = new Double_t[nCutsVertexer];
1809          grpRecoParam->GetVertexerTracksCutsTPC(cutsVertexer);
1810          ftVertexer->SetCuts(cutsVertexer);
1811          delete [] cutsVertexer; cutsVertexer = NULL; 
1812          if(fDiamondProfileTPC && grpRecoParam->GetVertexerTracksConstraintTPC())
1813            ftVertexer->SetVtxStart(fDiamondProfileTPC);
1814        }
1815        pvtx=ftVertexer->FindPrimaryVertex(&trkArray,selectedIdx);
1816        if (pvtx) {
1817           if (pvtx->GetStatus()) {
1818              fesd->SetPrimaryVertexTPC(pvtx);
1819              for (Int_t i=0; i<ntracks; i++) {
1820                  AliESDtrack *t = fesd->GetTrack(i);
1821                  t->RelateToVertexTPC(pvtx, kBz, kVeryBig);
1822              } 
1823           }
1824        }
1825
1826     }
1827     delete[] selectedIdx;
1828
1829     if(fDiamondProfile) fesd->SetDiamond(fDiamondProfile);
1830     
1831
1832     if (fRunV0Finder) {
1833        // V0 finding
1834        AliV0vertexer vtxer;
1835        vtxer.Tracks2V0vertices(fesd);
1836
1837        if (fRunCascadeFinder) {
1838           // Cascade finding
1839           AliCascadeVertexer cvtxer;
1840           cvtxer.V0sTracks2CascadeVertices(fesd);
1841        }
1842     }
1843  
1844     // write ESD
1845     if (fCleanESD) CleanESD(fesd);
1846
1847   if (fRunQA) {
1848     AliQAManager::QAManager()->SetEventSpecie(fRecoParam.GetEventSpecie()) ;
1849     AliQAManager::QAManager()->RunOneEvent(fesd) ; 
1850   }
1851   if (fRunGlobalQA) {
1852     AliQADataMaker *qadm = AliQAManager::QAManager()->GetQADataMaker(AliQAv1::kGLOBAL);
1853       qadm->SetEventSpecie(fRecoParam.GetEventSpecie()) ;
1854     if (qadm && fQATasks.Contains(Form("%d", AliQAv1::kESDS)))
1855       qadm->Exec(AliQAv1::kESDS, fesd);
1856   }
1857
1858     if (fWriteESDfriend) {
1859       //      fesdf->~AliESDfriend();
1860       //  new (fesdf) AliESDfriend(); // Reset...
1861       fesd->GetESDfriend(fesdf);
1862     }
1863     ftree->Fill();
1864
1865     // Auto-save the ESD tree in case of prompt reco @P2
1866     if (fRawReader && fRawReader->UseAutoSaveESD()) {
1867       ftree->AutoSave("SaveSelf");
1868       TFile *friendfile = (TFile *)(gROOT->GetListOfFiles()->FindObject("AliESDfriends.root"));
1869       if (friendfile) friendfile->Save();
1870     }
1871
1872     // write HLT ESD
1873     fhlttree->Fill();
1874
1875     // call AliEVE
1876     if (fRunAliEVE) RunAliEVE();
1877
1878     fesd->Reset();
1879     fhltesd->Reset();
1880     if (fWriteESDfriend) {
1881       fesdf->~AliESDfriend();
1882       new (fesdf) AliESDfriend(); // Reset...
1883     }
1884  
1885     ProcInfo_t procInfo;
1886     gSystem->GetProcInfo(&procInfo);
1887     AliInfo(Form("Event %d -> Current memory usage %d %d",iEvent, procInfo.fMemResident, procInfo.fMemVirtual));
1888   
1889     fEventInfo.Reset();
1890     for (Int_t iDet = 0; iDet < kNDetectors; iDet++) {
1891       if (fReconstructor[iDet]) {
1892         fReconstructor[iDet]->SetRecoParam(NULL);
1893         fReconstructor[iDet]->SetEventInfo(NULL);
1894       }
1895       if (fTracker[iDet]) fTracker[iDet]->SetEventInfo(NULL);
1896     }
1897         
1898   if (fRunQA || fRunGlobalQA) 
1899     AliQAManager::QAManager()->Increment() ; 
1900   
1901     return kTRUE;
1902 }
1903
1904 //_____________________________________________________________________________
1905 void AliReconstruction::SlaveTerminate()
1906 {
1907   // Finalize the run on the slave side
1908   // Called after the exit
1909   // from the event loop
1910   AliCodeTimerAuto("");
1911
1912   if (fIsNewRunLoader) { // galice.root didn't exist
1913     fRunLoader->WriteHeader("OVERWRITE");
1914     fRunLoader->CdGAFile();
1915     fRunLoader->Write(0, TObject::kOverwrite);
1916   }
1917
1918   const TMap *cdbMap = AliCDBManager::Instance()->GetStorageMap();       
1919   const TList *cdbList = AliCDBManager::Instance()->GetRetrievedIds();   
1920                  
1921    TMap *cdbMapCopy = new TMap(cdbMap->GetEntries());    
1922    cdbMapCopy->SetOwner(1);      
1923    cdbMapCopy->SetName("cdbMap");        
1924    TIter iter(cdbMap->GetTable());       
1925          
1926    TPair* pair = 0;      
1927    while((pair = dynamic_cast<TPair*> (iter.Next()))){   
1928          TObjString* keyStr = dynamic_cast<TObjString*> (pair->Key());   
1929          TObjString* valStr = dynamic_cast<TObjString*> (pair->Value());         
1930          cdbMapCopy->Add(new TObjString(keyStr->GetName()), new TObjString(valStr->GetName()));  
1931    }     
1932          
1933    TList *cdbListCopy = new TList();     
1934    cdbListCopy->SetOwner(1);     
1935    cdbListCopy->SetName("cdbList");      
1936          
1937    TIter iter2(cdbList);         
1938          
1939         AliCDBId* id=0;
1940         while((id = dynamic_cast<AliCDBId*> (iter2.Next()))){    
1941          cdbListCopy->Add(new TObjString(id->ToString().Data()));        
1942    }     
1943          
1944    ftree->GetUserInfo()->Add(cdbMapCopy);        
1945    ftree->GetUserInfo()->Add(cdbListCopy);
1946
1947
1948   ffile->cd();
1949
1950   if (fWriteESDfriend)
1951     ftree->SetBranchStatus("ESDfriend*",0);
1952   // we want to have only one tree version number
1953   ftree->Write(ftree->GetName(),TObject::kOverwrite);
1954   fhlttree->Write(fhlttree->GetName(),TObject::kOverwrite);
1955
1956 // Finish with Plane Efficiency evaluation: before of CleanUp !!!
1957   if (fRunPlaneEff && !FinishPlaneEff()) {
1958    AliWarning("Finish PlaneEff evaluation failed");
1959   }
1960
1961   // End of cycle for the in-loop  
1962   if (fRunQA) 
1963     AliQAManager::QAManager()->EndOfCycle() ;
1964   
1965   if (fRunGlobalQA) {
1966     AliQADataMaker *qadm = AliQAManager::QAManager()->GetQADataMaker(AliQAv1::kGLOBAL);
1967     if (qadm) {
1968       if (fQATasks.Contains(Form("%d", AliQAv1::kRECPOINTS))) 
1969         qadm->EndOfCycle(AliQAv1::kRECPOINTS);
1970       if (fQATasks.Contains(Form("%d", AliQAv1::kESDS))) 
1971         qadm->EndOfCycle(AliQAv1::kESDS);
1972       qadm->Finish();
1973     }
1974   }
1975
1976   if (fRunQA || fRunGlobalQA) {
1977     if (fInput) { 
1978       if (TNamed *outputFileName = (TNamed *) fInput->FindObject("PROOF_OUTPUTFILE")) {
1979         TString qaOutputFile = outputFileName->GetTitle();
1980         qaOutputFile.ReplaceAll(gSystem->BaseName(TUrl(outputFileName->GetTitle()).GetFile()),
1981                                 Form("Merged.%s.Data.root",AliQAv1::GetQADataFileName()));
1982         TProofOutputFile *qaProofFile = new TProofOutputFile(Form("Merged.%s.Data.root",AliQAv1::GetQADataFileName()));
1983         qaProofFile->SetOutputFileName(qaOutputFile.Data());
1984         fOutput->Add(qaProofFile);
1985         MergeQA(qaProofFile->GetFileName());
1986       }
1987     }
1988     else {
1989       MergeQA();
1990     }
1991   }
1992
1993   gROOT->cd();
1994   CleanUp();
1995 }
1996     
1997 //_____________________________________________________________________________
1998 void AliReconstruction::Terminate()
1999 {
2000   // Create tags for the events in the ESD tree (the ESD tree is always present)
2001   // In case of empty events the tags will contain dummy values
2002   AliCodeTimerAuto("");
2003
2004   // Do not call the ESD tag creator in case of PROOF-based reconstruction
2005   if (!fInput) {
2006     AliESDTagCreator *esdtagCreator = new AliESDTagCreator();
2007     esdtagCreator->CreateESDTags(fFirstEvent,fLastEvent,fGRPData, AliQAv1::Instance()->GetQA(), AliQAv1::Instance()->GetEventSpecies(), AliQAv1::kNDET, AliRecoParam::kNSpecies);
2008   }
2009
2010   // Cleanup of CDB manager: cache and active storages!
2011   AliCDBManager::Instance()->ClearCache();
2012 }
2013
2014 //_____________________________________________________________________________
2015 Bool_t AliReconstruction::RunLocalEventReconstruction(const TString& detectors)
2016 {
2017 // run the local reconstruction
2018
2019   static Int_t eventNr=0;
2020   AliCodeTimerAuto("")
2021
2022   TString detStr = detectors;
2023   for (Int_t iDet = 0; iDet < kNDetectors; iDet++) {
2024     if (!IsSelected(fgkDetectorName[iDet], detStr)) continue;
2025     AliReconstructor* reconstructor = GetReconstructor(iDet);
2026     if (!reconstructor) continue;
2027     AliLoader* loader = fLoader[iDet];
2028     // Matthias April 2008: temporary fix to run HLT reconstruction
2029     // although the HLT loader is missing
2030     if (strcmp(fgkDetectorName[iDet], "HLT")==0) {
2031       if (fRawReader) {
2032         reconstructor->Reconstruct(fRawReader, NULL);
2033       } else {
2034         TTree* dummy=NULL;
2035         reconstructor->Reconstruct(dummy, NULL);
2036       }
2037       continue;
2038     }
2039     if (!loader) {
2040       AliWarning(Form("No loader is defined for %s!",fgkDetectorName[iDet]));
2041       continue;
2042     }
2043     // conversion of digits
2044     if (fRawReader && reconstructor->HasDigitConversion()) {
2045       AliInfo(Form("converting raw data digits into root objects for %s", 
2046                    fgkDetectorName[iDet]));
2047 //      AliCodeTimerAuto(Form("converting raw data digits into root objects for %s", 
2048 //                            fgkDetectorName[iDet]));
2049       loader->LoadDigits("update");
2050       loader->CleanDigits();
2051       loader->MakeDigitsContainer();
2052       TTree* digitsTree = loader->TreeD();
2053       reconstructor->ConvertDigits(fRawReader, digitsTree);
2054       loader->WriteDigits("OVERWRITE");
2055       loader->UnloadDigits();
2056     }
2057     // local reconstruction
2058     AliInfo(Form("running reconstruction for %s", fgkDetectorName[iDet]));
2059     //AliCodeTimerAuto(Form("running reconstruction for %s", fgkDetectorName[iDet]));
2060     loader->LoadRecPoints("update");
2061     loader->CleanRecPoints();
2062     loader->MakeRecPointsContainer();
2063     TTree* clustersTree = loader->TreeR();
2064     if (fRawReader && !reconstructor->HasDigitConversion()) {
2065       reconstructor->Reconstruct(fRawReader, clustersTree);
2066     } else {
2067       loader->LoadDigits("read");
2068       TTree* digitsTree = loader->TreeD();
2069       if (!digitsTree) {
2070         AliError(Form("Can't get the %s digits tree", fgkDetectorName[iDet]));
2071         if (fStopOnError) return kFALSE;
2072       } else {
2073         reconstructor->Reconstruct(digitsTree, clustersTree);
2074         if (fRunQA) {
2075           AliQAManager::QAManager()->SetEventSpecie(fRecoParam.GetEventSpecie()) ;
2076           AliQAManager::QAManager()->RunOneEventInOneDetector(iDet, digitsTree) ; 
2077         }
2078       }
2079       loader->UnloadDigits();
2080     }
2081                 if (fRunQA) {
2082       AliQAManager::QAManager()->SetEventSpecie(fRecoParam.GetEventSpecie()) ;
2083                         AliQAManager::QAManager()->RunOneEventInOneDetector(iDet, clustersTree) ; 
2084     }
2085     loader->WriteRecPoints("OVERWRITE");
2086     loader->UnloadRecPoints();
2087     AliSysInfo::AddStamp(Form("LRec%s_%d",fgkDetectorName[iDet],eventNr), iDet,1,eventNr);
2088   }
2089   if ((detStr.CompareTo("ALL") != 0) && !detStr.IsNull()) {
2090     AliError(Form("the following detectors were not found: %s",
2091                   detStr.Data()));
2092     if (fStopOnError) return kFALSE;
2093   }
2094   eventNr++;
2095   return kTRUE;
2096 }
2097 //_____________________________________________________________________________
2098 Bool_t AliReconstruction::RunSPDTrackleting(AliESDEvent*& esd)
2099 {
2100 // run the SPD trackleting (for SPD efficiency purpouses)
2101
2102   AliCodeTimerAuto("")
2103
2104   Double_t vtxPos[3] = {0, 0, 0};
2105   Double_t vtxErr[3] = {0.0, 0.0, 0.0};
2106 /*
2107   TArrayF mcVertex(3);
2108   // if(MC)
2109   if (fRunLoader->GetHeader() && fRunLoader->GetHeader()->GenEventHeader()) {
2110     fRunLoader->GetHeader()->GenEventHeader()->PrimaryVertex(mcVertex);
2111     for (Int_t i = 0; i < 3; i++) vtxPos[i] = mcVertex[i];
2112   }
2113 */
2114   const AliESDVertex *vertex = esd->GetVertex();
2115   if(!vertex){
2116     AliWarning("Vertex not found");
2117     return kFALSE;
2118   }
2119   vertex->GetXYZ(vtxPos);
2120   vertex->GetSigmaXYZ(vtxErr);
2121   if (fSPDTrackleter) {
2122     AliInfo("running the SPD Trackleter for Plane Efficiency Evaluation");
2123
2124     // load clusters
2125     fLoader[0]->LoadRecPoints("read");
2126     TTree* tree = fLoader[0]->TreeR();
2127     if (!tree) {
2128       AliError("Can't get the ITS cluster tree");
2129       return kFALSE;
2130     }
2131     fSPDTrackleter->LoadClusters(tree);
2132     fSPDTrackleter->SetVertex(vtxPos, vtxErr);
2133     // run trackleting
2134     if (fSPDTrackleter->Clusters2Tracks(esd) != 0) {
2135       AliError("AliITSTrackleterSPDEff Clusters2Tracks failed");
2136      // fLoader[0]->UnloadRecPoints();
2137       return kFALSE;
2138     }
2139 //fSPDTrackleter->UnloadRecPoints();
2140   } else {
2141     AliWarning("SPDTrackleter not available");
2142     return kFALSE;
2143   }
2144   return kTRUE;
2145 }
2146
2147 //_____________________________________________________________________________
2148 Bool_t AliReconstruction::RunVertexFinder(AliESDEvent*& esd)
2149 {
2150 // run the barrel tracking
2151
2152   AliCodeTimerAuto("")
2153
2154   AliVertexer *vertexer = CreateVertexer();
2155   if (!vertexer) return kFALSE;
2156
2157   AliInfo("running the ITS vertex finder");
2158   AliESDVertex* vertex = NULL;
2159   if (fLoader[0]) {
2160     fLoader[0]->LoadRecPoints();
2161     TTree* cltree = fLoader[0]->TreeR();
2162     if (cltree) {
2163       if(fDiamondProfileSPD) vertexer->SetVtxStart(fDiamondProfileSPD);
2164       vertex = vertexer->FindVertexForCurrentEvent(cltree);
2165     }
2166     else {
2167       AliError("Can't get the ITS cluster tree");
2168     }
2169     fLoader[0]->UnloadRecPoints();
2170   }
2171   else {
2172     AliError("Can't get the ITS loader");
2173   }
2174   if(!vertex){
2175     AliWarning("Vertex not found");
2176     vertex = new AliESDVertex();
2177     vertex->SetName("default");
2178   }
2179   else {
2180     vertex->SetName("reconstructed");
2181   }
2182
2183   Double_t vtxPos[3];
2184   Double_t vtxErr[3];
2185   vertex->GetXYZ(vtxPos);
2186   vertex->GetSigmaXYZ(vtxErr);
2187
2188   esd->SetPrimaryVertexSPD(vertex);
2189   AliESDVertex *vpileup = NULL;
2190   Int_t novertices = 0;
2191   vpileup = vertexer->GetAllVertices(novertices);
2192   if(novertices>1){
2193     for (Int_t kk=1; kk<novertices; kk++)esd->AddPileupVertexSPD(&vpileup[kk]);
2194   }
2195   // if SPD multiplicity has been determined, it is stored in the ESD
2196   AliMultiplicity *mult = vertexer->GetMultiplicity();
2197   if(mult)esd->SetMultiplicity(mult);
2198
2199   for (Int_t iDet = 0; iDet < kNDetectors; iDet++) {
2200     if (fTracker[iDet]) fTracker[iDet]->SetVertex(vtxPos, vtxErr);
2201   }  
2202   delete vertex;
2203
2204   delete vertexer;
2205
2206   return kTRUE;
2207 }
2208
2209 //_____________________________________________________________________________
2210 Bool_t AliReconstruction::RunHLTTracking(AliESDEvent*& esd)
2211 {
2212 // run the HLT barrel tracking
2213
2214   AliCodeTimerAuto("")
2215
2216   if (!fRunLoader) {
2217     AliError("Missing runLoader!");
2218     return kFALSE;
2219   }
2220
2221   AliInfo("running HLT tracking");
2222
2223   // Get a pointer to the HLT reconstructor
2224   AliReconstructor *reconstructor = GetReconstructor(kNDetectors-1);
2225   if (!reconstructor) return kFALSE;
2226
2227   // TPC + ITS
2228   for (Int_t iDet = 1; iDet >= 0; iDet--) {
2229     TString detName = fgkDetectorName[iDet];
2230     AliDebug(1, Form("%s HLT tracking", detName.Data()));
2231     reconstructor->SetOption(detName.Data());
2232     AliTracker *tracker = reconstructor->CreateTracker();
2233     if (!tracker) {
2234       AliWarning(Form("couldn't create a HLT tracker for %s", detName.Data()));
2235       if (fStopOnError) return kFALSE;
2236       continue;
2237     }
2238     Double_t vtxPos[3];
2239     Double_t vtxErr[3]={0.005,0.005,0.010};
2240     const AliESDVertex *vertex = esd->GetVertex();
2241     vertex->GetXYZ(vtxPos);
2242     tracker->SetVertex(vtxPos,vtxErr);
2243     if(iDet != 1) {
2244       fLoader[iDet]->LoadRecPoints("read");
2245       TTree* tree = fLoader[iDet]->TreeR();
2246       if (!tree) {
2247         AliError(Form("Can't get the %s cluster tree", detName.Data()));
2248         return kFALSE;
2249       }
2250       tracker->LoadClusters(tree);
2251     }
2252     if (tracker->Clusters2Tracks(esd) != 0) {
2253       AliError(Form("HLT %s Clusters2Tracks failed", fgkDetectorName[iDet]));
2254       return kFALSE;
2255     }
2256     if(iDet != 1) {
2257       tracker->UnloadClusters();
2258     }
2259     delete tracker;
2260   }
2261
2262   return kTRUE;
2263 }
2264
2265 //_____________________________________________________________________________
2266 Bool_t AliReconstruction::RunMuonTracking(AliESDEvent*& esd)
2267 {
2268 // run the muon spectrometer tracking
2269
2270   AliCodeTimerAuto("")
2271
2272   if (!fRunLoader) {
2273     AliError("Missing runLoader!");
2274     return kFALSE;
2275   }
2276   Int_t iDet = 7; // for MUON
2277
2278   AliInfo("is running...");
2279
2280   // Get a pointer to the MUON reconstructor
2281   AliReconstructor *reconstructor = GetReconstructor(iDet);
2282   if (!reconstructor) return kFALSE;
2283
2284   
2285   TString detName = fgkDetectorName[iDet];
2286   AliDebug(1, Form("%s tracking", detName.Data()));
2287   AliTracker *tracker =  reconstructor->CreateTracker();
2288   if (!tracker) {
2289     AliWarning(Form("couldn't create a tracker for %s", detName.Data()));
2290     return kFALSE;
2291   }
2292      
2293   // read RecPoints
2294   fLoader[iDet]->LoadRecPoints("read");  
2295
2296   tracker->LoadClusters(fLoader[iDet]->TreeR());
2297   
2298   Int_t rv = tracker->Clusters2Tracks(esd);
2299   
2300   if ( rv )
2301   {
2302     AliError(Form("%s Clusters2Tracks failed", fgkDetectorName[iDet]));
2303     return kFALSE;
2304   }
2305   
2306   fLoader[iDet]->UnloadRecPoints();
2307
2308   tracker->UnloadClusters();
2309   
2310   delete tracker;
2311   
2312   return kTRUE;
2313 }
2314
2315
2316 //_____________________________________________________________________________
2317 Bool_t AliReconstruction::RunTracking(AliESDEvent*& esd)
2318 {
2319 // run the barrel tracking
2320   static Int_t eventNr=0;
2321   AliCodeTimerAuto("")
2322
2323   AliInfo("running tracking");
2324
2325   // Set the event info which is used
2326   // by the trackers in order to obtain
2327   // information about read-out detectors,
2328   // trigger etc.
2329   AliDebug(1, "Setting event info");
2330   for (Int_t iDet = 0; iDet < kNDetectors; iDet++) {
2331     if (!fTracker[iDet]) continue;
2332     fTracker[iDet]->SetEventInfo(&fEventInfo);
2333   }
2334
2335   //Fill the ESD with the T0 info (will be used by the TOF) 
2336   if (fReconstructor[11] && fLoader[11]) {
2337     fLoader[11]->LoadRecPoints("READ");
2338     TTree *treeR = fLoader[11]->TreeR();
2339     if (treeR) {
2340       GetReconstructor(11)->FillESD((TTree *)NULL,treeR,esd);
2341     }
2342   }
2343
2344   // pass 1: TPC + ITS inwards
2345   for (Int_t iDet = 1; iDet >= 0; iDet--) {
2346     if (!fTracker[iDet]) continue;
2347     AliDebug(1, Form("%s tracking", fgkDetectorName[iDet]));
2348
2349     // load clusters
2350     fLoader[iDet]->LoadRecPoints("read");
2351     AliSysInfo::AddStamp(Form("RLoadCluster%s_%d",fgkDetectorName[iDet],eventNr),iDet,1, eventNr);
2352     TTree* tree = fLoader[iDet]->TreeR();
2353     if (!tree) {
2354       AliError(Form("Can't get the %s cluster tree", fgkDetectorName[iDet]));
2355       return kFALSE;
2356     }
2357     fTracker[iDet]->LoadClusters(tree);
2358     AliSysInfo::AddStamp(Form("TLoadCluster%s_%d",fgkDetectorName[iDet],eventNr), iDet,2, eventNr);
2359     // run tracking
2360     if (fTracker[iDet]->Clusters2Tracks(esd) != 0) {
2361       AliError(Form("%s Clusters2Tracks failed", fgkDetectorName[iDet]));
2362       return kFALSE;
2363     }
2364     // preliminary PID in TPC needed by the ITS tracker
2365     if (iDet == 1) {
2366       GetReconstructor(1)->FillESD((TTree*)NULL, (TTree*)NULL, esd);
2367       AliESDpid::MakePID(esd);
2368     } 
2369     AliSysInfo::AddStamp(Form("Tracking0%s_%d",fgkDetectorName[iDet],eventNr), iDet,3,eventNr);
2370   }
2371
2372   // pass 2: ALL backwards
2373
2374   for (Int_t iDet = 0; iDet < kNDetectors; iDet++) {
2375     if (!fTracker[iDet]) continue;
2376     AliDebug(1, Form("%s back propagation", fgkDetectorName[iDet]));
2377
2378     // load clusters
2379     if (iDet > 1) {     // all except ITS, TPC
2380       TTree* tree = NULL;
2381       fLoader[iDet]->LoadRecPoints("read");
2382       AliSysInfo::AddStamp(Form("RLoadCluster0%s_%d",fgkDetectorName[iDet],eventNr), iDet,1, eventNr);
2383       tree = fLoader[iDet]->TreeR();
2384       if (!tree) {
2385         AliError(Form("Can't get the %s cluster tree", fgkDetectorName[iDet]));
2386         return kFALSE;
2387       }
2388       fTracker[iDet]->LoadClusters(tree); 
2389       AliSysInfo::AddStamp(Form("TLoadCluster0%s_%d",fgkDetectorName[iDet],eventNr), iDet,2, eventNr);
2390     }
2391
2392     // run tracking
2393     if (iDet>1) // start filling residuals for the "outer" detectors
2394       if (fRunGlobalQA) {
2395         AliTracker::SetFillResiduals(fRecoParam.GetEventSpecie(), kTRUE);     
2396         TObjArray ** arr = AliTracker::GetResidualsArray() ; 
2397         if (arr) {
2398           AliRecoParam::EventSpecie_t es=fRecoParam.GetEventSpecie();
2399           TObjArray * elem = arr[AliRecoParam::AConvert(es)];
2400           if ( elem && (! elem->At(0)) ) {
2401             AliQADataMaker *qadm = AliQAManager::QAManager()->GetQADataMaker(AliQAv1::kGLOBAL);
2402             if (qadm) qadm->InitRecPointsForTracker() ; 
2403           }
2404         }
2405       }
2406     if (fTracker[iDet]->PropagateBack(esd) != 0) {
2407       AliError(Form("%s backward propagation failed", fgkDetectorName[iDet]));
2408       //      return kFALSE;
2409     }
2410
2411     // unload clusters
2412     if (iDet > 3) {     // all except ITS, TPC, TRD and TOF
2413       fTracker[iDet]->UnloadClusters();
2414       fLoader[iDet]->UnloadRecPoints();
2415     }
2416     // updated PID in TPC needed by the ITS tracker -MI
2417     if (iDet == 1) {
2418       GetReconstructor(1)->FillESD((TTree*)NULL, (TTree*)NULL, esd);
2419       AliESDpid::MakePID(esd);
2420     }
2421     AliSysInfo::AddStamp(Form("Tracking1%s_%d",fgkDetectorName[iDet],eventNr), iDet,3, eventNr);
2422   }
2423   //stop filling residuals for the "outer" detectors
2424   if (fRunGlobalQA) AliTracker::SetFillResiduals(fRecoParam.GetEventSpecie(), kFALSE);     
2425
2426   // pass 3: TRD + TPC + ITS refit inwards
2427
2428   for (Int_t iDet = 2; iDet >= 0; iDet--) {
2429     if (!fTracker[iDet]) continue;
2430     AliDebug(1, Form("%s inward refit", fgkDetectorName[iDet]));
2431
2432     // run tracking
2433     if (iDet<2) // start filling residuals for TPC and ITS
2434       if (fRunGlobalQA) {
2435         AliTracker::SetFillResiduals(fRecoParam.GetEventSpecie(), kTRUE);     
2436         TObjArray ** arr = AliTracker::GetResidualsArray() ; 
2437         if (arr) {
2438           AliRecoParam::EventSpecie_t es=fRecoParam.GetEventSpecie();
2439           TObjArray * elem = arr[AliRecoParam::AConvert(es)];
2440           if ( elem && (! elem->At(0)) ) {
2441             AliQADataMaker *qadm = AliQAManager::QAManager()->GetQADataMaker(AliQAv1::kGLOBAL);
2442             if (qadm) qadm->InitRecPointsForTracker() ; 
2443           }
2444         }
2445       }
2446     
2447     if (fTracker[iDet]->RefitInward(esd) != 0) {
2448       AliError(Form("%s inward refit failed", fgkDetectorName[iDet]));
2449       //      return kFALSE;
2450     }
2451     // run postprocessing
2452     if (fTracker[iDet]->PostProcess(esd) != 0) {
2453       AliError(Form("%s postprocessing failed", fgkDetectorName[iDet]));
2454       //      return kFALSE;
2455     }
2456     AliSysInfo::AddStamp(Form("Tracking2%s_%d",fgkDetectorName[iDet],eventNr), iDet,3, eventNr);
2457   }
2458
2459   // write space-points to the ESD in case alignment data output
2460   // is switched on
2461   if (fWriteAlignmentData)
2462     WriteAlignmentData(esd);
2463
2464   for (Int_t iDet = 3; iDet >= 0; iDet--) {
2465     if (!fTracker[iDet]) continue;
2466     // unload clusters
2467     fTracker[iDet]->UnloadClusters();
2468     AliSysInfo::AddStamp(Form("TUnloadCluster%s_%d",fgkDetectorName[iDet],eventNr), iDet,4, eventNr);
2469     fLoader[iDet]->UnloadRecPoints();
2470     AliSysInfo::AddStamp(Form("RUnloadCluster%s_%d",fgkDetectorName[iDet],eventNr), iDet,5, eventNr);
2471   }
2472   // stop filling residuals for TPC and ITS
2473   if (fRunGlobalQA) AliTracker::SetFillResiduals(fRecoParam.GetEventSpecie(), kFALSE);     
2474
2475   eventNr++;
2476   return kTRUE;
2477 }
2478
2479 //_____________________________________________________________________________
2480 Bool_t AliReconstruction::CleanESD(AliESDEvent *esd){
2481   //
2482   // Remove the data which are not needed for the physics analysis.
2483   //
2484
2485   Int_t nTracks=esd->GetNumberOfTracks();
2486   Int_t nV0s=esd->GetNumberOfV0s();
2487   AliInfo
2488   (Form("Number of ESD tracks and V0s before cleaning: %d %d",nTracks,nV0s));
2489
2490   Float_t cleanPars[]={fV0DCAmax,fV0CsPmin,fDmax,fZmax};
2491   Bool_t rc=esd->Clean(cleanPars);
2492
2493   nTracks=esd->GetNumberOfTracks();
2494   nV0s=esd->GetNumberOfV0s();
2495   AliInfo
2496   (Form("Number of ESD tracks and V0s after cleaning %d %d",nTracks,nV0s));
2497
2498   return rc;
2499 }
2500
2501 //_____________________________________________________________________________
2502 Bool_t AliReconstruction::FillESD(AliESDEvent*& esd, const TString& detectors)
2503 {
2504 // fill the event summary data
2505
2506   AliCodeTimerAuto("")
2507     static Int_t eventNr=0; 
2508   TString detStr = detectors;
2509   
2510   for (Int_t iDet = 0; iDet < kNDetectors; iDet++) {
2511   if (!IsSelected(fgkDetectorName[iDet], detStr)) continue;
2512     AliReconstructor* reconstructor = GetReconstructor(iDet);
2513     if (!reconstructor) continue;
2514     AliDebug(1, Form("filling ESD for %s", fgkDetectorName[iDet]));
2515     TTree* clustersTree = NULL;
2516     if (fLoader[iDet]) {
2517       fLoader[iDet]->LoadRecPoints("read");
2518       clustersTree = fLoader[iDet]->TreeR();
2519       if (!clustersTree) {
2520         AliError(Form("Can't get the %s clusters tree", 
2521                       fgkDetectorName[iDet]));
2522         if (fStopOnError) return kFALSE;
2523       }
2524     }
2525     if (fRawReader && !reconstructor->HasDigitConversion()) {
2526       reconstructor->FillESD(fRawReader, clustersTree, esd);
2527     } else {
2528       TTree* digitsTree = NULL;
2529       if (fLoader[iDet]) {
2530         fLoader[iDet]->LoadDigits("read");
2531         digitsTree = fLoader[iDet]->TreeD();
2532         if (!digitsTree) {
2533           AliError(Form("Can't get the %s digits tree", 
2534                         fgkDetectorName[iDet]));
2535           if (fStopOnError) return kFALSE;
2536         }
2537       }
2538       reconstructor->FillESD(digitsTree, clustersTree, esd);
2539       if (fLoader[iDet]) fLoader[iDet]->UnloadDigits();
2540     }
2541     if (fLoader[iDet]) {
2542       fLoader[iDet]->UnloadRecPoints();
2543     }
2544   }
2545
2546   if ((detStr.CompareTo("ALL") != 0) && !detStr.IsNull()) {
2547     AliError(Form("the following detectors were not found: %s", 
2548                   detStr.Data()));
2549     if (fStopOnError) return kFALSE;
2550   }
2551   AliSysInfo::AddStamp(Form("FillESD%d",eventNr), 0,1, eventNr);
2552   eventNr++;
2553   return kTRUE;
2554 }
2555
2556 //_____________________________________________________________________________
2557 Bool_t AliReconstruction::FillTriggerESD(AliESDEvent*& esd)
2558 {
2559   // Reads the trigger decision which is
2560   // stored in Trigger.root file and fills
2561   // the corresponding esd entries
2562
2563   AliCodeTimerAuto("")
2564   
2565   AliInfo("Filling trigger information into the ESD");
2566
2567   if (fRawReader) {
2568     AliCTPRawStream input(fRawReader);
2569     if (!input.Next()) {
2570       AliWarning("No valid CTP (trigger) DDL raw data is found ! The trigger info is taken from the event header!");
2571     }
2572     else {
2573       if (esd->GetTriggerMask() != input.GetClassMask())
2574         AliError(Form("Invalid trigger pattern found in CTP raw-data: %llx %llx",
2575                       input.GetClassMask(),esd->GetTriggerMask()));
2576       if (esd->GetOrbitNumber() != input.GetOrbitID())
2577         AliError(Form("Invalid orbit id found in CTP raw-data: %x %x",
2578                       input.GetOrbitID(),esd->GetOrbitNumber()));
2579       if (esd->GetBunchCrossNumber() != input.GetBCID())
2580         AliError(Form("Invalid bunch-crossing id found in CTP raw-data: %x %x",
2581                       input.GetBCID(),esd->GetBunchCrossNumber()));
2582       AliESDHeader* esdheader = esd->GetHeader();
2583       esdheader->SetL0TriggerInputs(input.GetL0Inputs());
2584       esdheader->SetL1TriggerInputs(input.GetL1Inputs());
2585       esdheader->SetL2TriggerInputs(input.GetL2Inputs());
2586       // IR
2587       UInt_t orbit=input.GetOrbitID();
2588        for(Int_t i=0 ; i<input.GetNIRs() ; i++ )
2589           if(TMath::Abs(Int_t(orbit-(input.GetIR(i))->GetOrbit()))<=1){
2590              esdheader->AddTriggerIR(input.GetIR(i));
2591           }
2592     }
2593   }
2594   //Scalers
2595   //fRunScalers->Print();
2596   if(fRunScalers && fRunScalers->CheckRunScalers()){
2597      AliTimeStamp* timestamp = new AliTimeStamp(esd->GetOrbitNumber(), esd->GetPeriodNumber(), esd->GetBunchCrossNumber());
2598      //AliTimeStamp* timestamp = new AliTimeStamp(10308000, 0, (ULong64_t)486238);
2599      AliESDHeader* esdheader = fesd->GetHeader();
2600      for(Int_t i=0;i<50;i++){
2601           if((1<<i) & esd->GetTriggerMask()){
2602           AliTriggerScalersESD* scalesd = fRunScalers->GetScalersForEventClass( timestamp, i+1);
2603           if(scalesd)esdheader->SetTriggerScalersRecord(scalesd);
2604         }
2605      }
2606   }
2607   return kTRUE;
2608 }
2609 //_____________________________________________________________________________
2610 Bool_t AliReconstruction::FillRawEventHeaderESD(AliESDEvent*& esd)
2611 {
2612   // 
2613   // Filling information from RawReader Header
2614   // 
2615
2616   if (!fRawReader) return kFALSE;
2617
2618   AliInfo("Filling information from RawReader Header");
2619
2620   esd->SetBunchCrossNumber(fRawReader->GetBCID());
2621   esd->SetOrbitNumber(fRawReader->GetOrbitID());
2622   esd->SetPeriodNumber(fRawReader->GetPeriod());
2623
2624   esd->SetTimeStamp(fRawReader->GetTimestamp());  
2625   esd->SetEventType(fRawReader->GetType());
2626
2627   return kTRUE;
2628 }
2629
2630
2631 //_____________________________________________________________________________
2632 Bool_t AliReconstruction::IsSelected(TString detName, TString& detectors) const
2633 {
2634 // check whether detName is contained in detectors
2635 // if yes, it is removed from detectors
2636
2637   // check if all detectors are selected
2638   if ((detectors.CompareTo("ALL") == 0) ||
2639       detectors.BeginsWith("ALL ") ||
2640       detectors.EndsWith(" ALL") ||
2641       detectors.Contains(" ALL ")) {
2642     detectors = "ALL";
2643     return kTRUE;
2644   }
2645
2646   // search for the given detector
2647   Bool_t result = kFALSE;
2648   if ((detectors.CompareTo(detName) == 0) ||
2649       detectors.BeginsWith(detName+" ") ||
2650       detectors.EndsWith(" "+detName) ||
2651       detectors.Contains(" "+detName+" ")) {
2652     detectors.ReplaceAll(detName, "");
2653     result = kTRUE;
2654   }
2655
2656   // clean up the detectors string
2657   while (detectors.Contains("  ")) detectors.ReplaceAll("  ", " ");
2658   while (detectors.BeginsWith(" ")) detectors.Remove(0, 1);
2659   while (detectors.EndsWith(" ")) detectors.Remove(detectors.Length()-1, 1);
2660
2661   return result;
2662 }
2663
2664 //_____________________________________________________________________________
2665 Bool_t AliReconstruction::InitRunLoader()
2666 {
2667 // get or create the run loader
2668
2669   if (gAlice) delete gAlice;
2670   gAlice = NULL;
2671
2672   if (!gSystem->AccessPathName(fGAliceFileName.Data())) { // galice.root exists
2673     // load all base libraries to get the loader classes
2674     TString libs = gSystem->GetLibraries();
2675     for (Int_t iDet = 0; iDet < kNDetectors; iDet++) {
2676       TString detName = fgkDetectorName[iDet];
2677       if (detName == "HLT") continue;
2678       if (libs.Contains("lib" + detName + "base.so")) continue;
2679       gSystem->Load("lib" + detName + "base.so");
2680     }
2681     fRunLoader = AliRunLoader::Open(fGAliceFileName.Data());
2682     if (!fRunLoader) {
2683       AliError(Form("no run loader found in file %s", fGAliceFileName.Data()));
2684       CleanUp();
2685       return kFALSE;
2686     }
2687
2688     fRunLoader->CdGAFile();
2689     fRunLoader->LoadgAlice();
2690
2691     //PH This is a temporary fix to give access to the kinematics
2692     //PH that is needed for the labels of ITS clusters
2693     fRunLoader->LoadHeader();
2694     fRunLoader->LoadKinematics();
2695
2696   } else {               // galice.root does not exist
2697     if (!fRawReader) {
2698       AliError(Form("the file %s does not exist", fGAliceFileName.Data()));
2699     }
2700     fRunLoader = AliRunLoader::Open(fGAliceFileName.Data(),
2701                                     AliConfig::GetDefaultEventFolderName(),
2702                                     "recreate");
2703     if (!fRunLoader) {
2704       AliError(Form("could not create run loader in file %s", 
2705                     fGAliceFileName.Data()));
2706       CleanUp();
2707       return kFALSE;
2708     }
2709     fIsNewRunLoader = kTRUE;
2710     fRunLoader->MakeTree("E");
2711
2712     if (fNumberOfEventsPerFile > 0)
2713       fRunLoader->SetNumberOfEventsPerFile(fNumberOfEventsPerFile);
2714     else
2715       fRunLoader->SetNumberOfEventsPerFile((UInt_t)-1);
2716   }
2717
2718   return kTRUE;
2719 }
2720
2721 //_____________________________________________________________________________
2722 AliReconstructor* AliReconstruction::GetReconstructor(Int_t iDet)
2723 {
2724 // get the reconstructor object and the loader for a detector
2725
2726   if (fReconstructor[iDet]) {
2727     if (fRecoParam.GetDetRecoParamArray(iDet) && !AliReconstructor::GetRecoParam(iDet)) {
2728       const AliDetectorRecoParam *par = fRecoParam.GetDetRecoParam(iDet);
2729       fReconstructor[iDet]->SetRecoParam(par);
2730       fReconstructor[iDet]->SetRunInfo(fRunInfo);
2731     }
2732     return fReconstructor[iDet];
2733   }
2734
2735   // load the reconstructor object
2736   TPluginManager* pluginManager = gROOT->GetPluginManager();
2737   TString detName = fgkDetectorName[iDet];
2738   TString recName = "Ali" + detName + "Reconstructor";
2739
2740   if (!fIsNewRunLoader && !fRunLoader->GetLoader(detName+"Loader") && (detName != "HLT")) return NULL;
2741
2742   AliReconstructor* reconstructor = NULL;
2743   // first check if a plugin is defined for the reconstructor
2744   TPluginHandler* pluginHandler = 
2745     pluginManager->FindHandler("AliReconstructor", detName);
2746   // if not, add a plugin for it
2747   if (!pluginHandler) {
2748     AliDebug(1, Form("defining plugin for %s", recName.Data()));
2749     TString libs = gSystem->GetLibraries();
2750     if (libs.Contains("lib" + detName + "base.so") ||
2751         (gSystem->Load("lib" + detName + "base.so") >= 0)) {
2752       pluginManager->AddHandler("AliReconstructor", detName, 
2753                                 recName, detName + "rec", recName + "()");
2754     } else {
2755       pluginManager->AddHandler("AliReconstructor", detName, 
2756                                 recName, detName, recName + "()");
2757     }
2758     pluginHandler = pluginManager->FindHandler("AliReconstructor", detName);
2759   }
2760   if (pluginHandler && (pluginHandler->LoadPlugin() == 0)) {
2761     reconstructor = (AliReconstructor*) pluginHandler->ExecPlugin(0);
2762   }
2763   if (reconstructor) {
2764     TObject* obj = fOptions.FindObject(detName.Data());
2765     if (obj) reconstructor->SetOption(obj->GetTitle());
2766     reconstructor->Init();
2767     fReconstructor[iDet] = reconstructor;
2768   }
2769
2770   // get or create the loader
2771   if (detName != "HLT") {
2772     fLoader[iDet] = fRunLoader->GetLoader(detName + "Loader");
2773     if (!fLoader[iDet]) {
2774       AliConfig::Instance()
2775         ->CreateDetectorFolders(fRunLoader->GetEventFolder(), 
2776                                 detName, detName);
2777       // first check if a plugin is defined for the loader
2778       pluginHandler = 
2779         pluginManager->FindHandler("AliLoader", detName);
2780       // if not, add a plugin for it
2781       if (!pluginHandler) {
2782         TString loaderName = "Ali" + detName + "Loader";
2783         AliDebug(1, Form("defining plugin for %s", loaderName.Data()));
2784         pluginManager->AddHandler("AliLoader", detName, 
2785                                   loaderName, detName + "base", 
2786                                   loaderName + "(const char*, TFolder*)");
2787         pluginHandler = pluginManager->FindHandler("AliLoader", detName);
2788       }
2789       if (pluginHandler && (pluginHandler->LoadPlugin() == 0)) {
2790         fLoader[iDet] = 
2791           (AliLoader*) pluginHandler->ExecPlugin(2, detName.Data(), 
2792                                                  fRunLoader->GetEventFolder());
2793       }
2794       if (!fLoader[iDet]) {   // use default loader
2795         fLoader[iDet] = new AliLoader(detName, fRunLoader->GetEventFolder());
2796       }
2797       if (!fLoader[iDet]) {
2798         AliWarning(Form("couldn't get loader for %s", detName.Data()));
2799         if (fStopOnError) return NULL;
2800       } else {
2801         fRunLoader->AddLoader(fLoader[iDet]);
2802         fRunLoader->CdGAFile();
2803         if (gFile && !gFile->IsWritable()) gFile->ReOpen("UPDATE");
2804         fRunLoader->Write(0, TObject::kOverwrite);
2805       }
2806     }
2807   }
2808       
2809   if (fRecoParam.GetDetRecoParamArray(iDet) && !AliReconstructor::GetRecoParam(iDet)) {
2810     const AliDetectorRecoParam *par = fRecoParam.GetDetRecoParam(iDet);
2811     reconstructor->SetRecoParam(par);
2812     reconstructor->SetRunInfo(fRunInfo);
2813   }
2814   return reconstructor;
2815 }
2816
2817 //_____________________________________________________________________________
2818 AliVertexer* AliReconstruction::CreateVertexer()
2819 {
2820 // create the vertexer
2821 // Please note that the caller is the owner of the
2822 // vertexer
2823
2824   AliVertexer* vertexer = NULL;
2825   AliReconstructor* itsReconstructor = GetReconstructor(0);
2826   if (itsReconstructor && ((fRunLocalReconstruction.Contains("ITS")) || fRunTracking.Contains("ITS"))) {
2827     vertexer = itsReconstructor->CreateVertexer();
2828   }
2829   if (!vertexer) {
2830     AliWarning("couldn't create a vertexer for ITS");
2831   }
2832
2833   return vertexer;
2834 }
2835
2836 //_____________________________________________________________________________
2837 Bool_t AliReconstruction::CreateTrackers(const TString& detectors)
2838 {
2839 // create the trackers
2840         AliInfo("Creating trackers");
2841
2842   TString detStr = detectors;
2843   for (Int_t iDet = 0; iDet < kNDetectors; iDet++) {
2844     if (!IsSelected(fgkDetectorName[iDet], detStr)) continue;
2845     AliReconstructor* reconstructor = GetReconstructor(iDet);
2846     if (!reconstructor) continue;
2847     TString detName = fgkDetectorName[iDet];
2848     if (detName == "HLT") {
2849       fRunHLTTracking = kTRUE;
2850       continue;
2851     }
2852     if (detName == "MUON") {
2853       fRunMuonTracking = kTRUE;
2854       continue;
2855     }
2856
2857
2858     fTracker[iDet] = reconstructor->CreateTracker();
2859     if (!fTracker[iDet] && (iDet < 7)) {
2860       AliWarning(Form("couldn't create a tracker for %s", detName.Data()));
2861       if (fStopOnError) return kFALSE;
2862     }
2863     AliSysInfo::AddStamp(Form("LTracker%s",fgkDetectorName[iDet]), iDet,0);
2864   }
2865
2866   return kTRUE;
2867 }
2868
2869 //_____________________________________________________________________________
2870 void AliReconstruction::CleanUp()
2871 {
2872 // delete trackers and the run loader and close and delete the file
2873
2874   for (Int_t iDet = 0; iDet < kNDetectors; iDet++) {
2875     delete fReconstructor[iDet];
2876     fReconstructor[iDet] = NULL;
2877     fLoader[iDet] = NULL;
2878     delete fTracker[iDet];
2879     fTracker[iDet] = NULL;
2880   }
2881   delete fRunInfo;
2882   fRunInfo = NULL;
2883
2884   delete fSPDTrackleter;
2885   fSPDTrackleter = NULL;
2886
2887   delete ftVertexer;
2888   ftVertexer = NULL;
2889   
2890   delete fRunLoader;
2891   fRunLoader = NULL;
2892   delete fRawReader;
2893   fRawReader = NULL;
2894   delete fParentRawReader;
2895   fParentRawReader=NULL;
2896
2897   if (ffile) {
2898     ffile->Close();
2899     delete ffile;
2900     ffile = NULL;
2901   }
2902
2903   if (AliQAManager::QAManager())
2904     AliQAManager::QAManager()->ShowQA() ; 
2905   AliQAManager::Destroy() ; 
2906   
2907   TGeoGlobalMagField::Instance()->SetField(NULL);
2908 }
2909
2910 void AliReconstruction::WriteAlignmentData(AliESDEvent* esd)
2911 {
2912   // Write space-points which are then used in the alignment procedures
2913   // For the moment only ITS, TPC, TRD and TOF
2914
2915   Int_t ntracks = esd->GetNumberOfTracks();
2916   for (Int_t itrack = 0; itrack < ntracks; itrack++)
2917     {
2918       AliESDtrack *track = esd->GetTrack(itrack);
2919       Int_t nsp = 0;
2920       Int_t idx[200];
2921       for (Int_t i=0; i<200; ++i) idx[i] = -1; //PH avoid uninitialized values
2922       for (Int_t iDet = 5; iDet >= 0; iDet--) {// TOF, TRD, TPC, ITS clusters
2923           nsp += track->GetNcls(iDet);
2924
2925           if (iDet==0) { // ITS "extra" clusters
2926              track->GetClusters(iDet,idx);
2927              for (Int_t i=6; i<12; i++) if(idx[i] >= 0) nsp++;
2928           }  
2929       }
2930
2931       if (nsp) {
2932         AliTrackPointArray *sp = new AliTrackPointArray(nsp);
2933         track->SetTrackPointArray(sp);
2934         Int_t isptrack = 0;
2935         for (Int_t iDet = 5; iDet >= 0; iDet--) {
2936           AliTracker *tracker = fTracker[iDet];
2937           if (!tracker) continue;
2938           Int_t nspdet = track->GetClusters(iDet,idx);
2939
2940           if (iDet==0) // ITS "extra" clusters             
2941              for (Int_t i=6; i<12; i++) if(idx[i] >= 0) nspdet++;
2942
2943           if (nspdet <= 0) continue;
2944           AliTrackPoint p;
2945           Int_t isp = 0;
2946           Int_t isp2 = 0;
2947           while (isp2 < nspdet) {
2948             Bool_t isvalid=kTRUE;
2949
2950             Int_t index=idx[isp++];
2951             if (index < 0) continue;
2952
2953             TString dets = fgkDetectorName[iDet];
2954             if ((fUseTrackingErrorsForAlignment.CompareTo(dets) == 0) ||
2955             fUseTrackingErrorsForAlignment.BeginsWith(dets+" ") ||
2956             fUseTrackingErrorsForAlignment.EndsWith(" "+dets) ||
2957             fUseTrackingErrorsForAlignment.Contains(" "+dets+" ")) {
2958               isvalid = tracker->GetTrackPointTrackingError(index,p,track);
2959             } else {
2960               isvalid = tracker->GetTrackPoint(index,p); 
2961             } 
2962             isp2++;
2963             if (!isvalid) continue;
2964             if (iDet==0 && (isp-1)>=6) p.SetExtra();
2965             sp->AddPoint(isptrack,&p); isptrack++;
2966           }
2967         }       
2968       }
2969     }
2970 }
2971
2972 //_____________________________________________________________________________
2973 void AliReconstruction::FillRawDataErrorLog(Int_t iEvent, AliESDEvent* esd)
2974 {
2975   // The method reads the raw-data error log
2976   // accumulated within the rawReader.
2977   // It extracts the raw-data errors related to
2978   // the current event and stores them into
2979   // a TClonesArray inside the esd object.
2980
2981   if (!fRawReader) return;
2982
2983   for(Int_t i = 0; i < fRawReader->GetNumberOfErrorLogs(); i++) {
2984
2985     AliRawDataErrorLog *log = fRawReader->GetErrorLog(i);
2986     if (!log) continue;
2987     if (iEvent != log->GetEventNumber()) continue;
2988
2989     esd->AddRawDataErrorLog(log);
2990   }
2991
2992 }
2993
2994 //_____________________________________________________________________________
2995 void AliReconstruction::CheckQA()
2996 {
2997 // check the QA of SIM for this run and remove the detectors 
2998 // with status Fatal
2999   
3000 //      TString newRunLocalReconstruction ; 
3001 //      TString newRunTracking ;
3002 //      TString newFillESD ;
3003 //       
3004 //      for (Int_t iDet = 0; iDet < AliQAv1::kNDET; iDet++) {
3005 //              TString detName(AliQAv1::GetDetName(iDet)) ;
3006 //              AliQAv1 * qa = AliQAv1::Instance(AliQAv1::DETECTORINDEX_t(iDet)) ;       
3007 //      if ( qa->IsSet(AliQAv1::DETECTORINDEX_t(iDet), AliQAv1::kSIM, specie, AliQAv1::kFATAL)) {
3008 //        AliInfo(Form("QA status for %s %s in Hits and/or SDIGITS  and/or Digits was Fatal; No reconstruction performed", 
3009 //                   detName.Data(), AliRecoParam::GetEventSpecieName(es))) ;
3010 //                      } else {
3011 //                      if ( fRunLocalReconstruction.Contains(AliQAv1::GetDetName(iDet)) || 
3012 //                                      fRunLocalReconstruction.Contains("ALL") )  {
3013 //                              newRunLocalReconstruction += detName ; 
3014 //                              newRunLocalReconstruction += " " ;                      
3015 //                      }
3016 //                      if ( fRunTracking.Contains(AliQAv1::GetDetName(iDet)) || 
3017 //                                      fRunTracking.Contains("ALL") )  {
3018 //                              newRunTracking += detName ; 
3019 //                              newRunTracking += " " ;                         
3020 //                      }
3021 //                      if ( fFillESD.Contains(AliQAv1::GetDetName(iDet)) || 
3022 //                                      fFillESD.Contains("ALL") )  {
3023 //                              newFillESD += detName ; 
3024 //                              newFillESD += " " ;                     
3025 //                      }
3026 //              }
3027 //      }
3028 //      fRunLocalReconstruction = newRunLocalReconstruction ; 
3029 //      fRunTracking            = newRunTracking ; 
3030 //      fFillESD                = newFillESD ; 
3031 }
3032
3033 //_____________________________________________________________________________
3034 Int_t AliReconstruction::GetDetIndex(const char* detector)
3035 {
3036   // return the detector index corresponding to detector
3037   Int_t index = -1 ; 
3038   for (index = 0; index < kNDetectors ; index++) {
3039     if ( strcmp(detector, fgkDetectorName[index]) == 0 )
3040         break ; 
3041   }     
3042   return index ; 
3043 }
3044 //_____________________________________________________________________________
3045 Bool_t AliReconstruction::FinishPlaneEff() {
3046  //
3047  // Here execute all the necessary operationis, at the end of the tracking phase,
3048  // in case that evaluation of PlaneEfficiencies was required for some detector.
3049  // E.g., write into a DataBase file the PlaneEfficiency which have been evaluated.
3050  //
3051  // This Preliminary version works only FOR ITS !!!!!
3052  // other detectors (TOF,TRD, etc. have to develop their specific codes)
3053  //
3054  //  Input: none
3055  //  Return: kTRUE if all operations have been done properly, kFALSE otherwise
3056  //
3057  Bool_t ret=kFALSE;
3058  //for (Int_t iDet = 0; iDet < fgkNDetectors; iDet++) {
3059  for (Int_t iDet = 0; iDet < 1; iDet++) { // for the time being only ITS
3060    //if (!IsSelected(fgkDetectorName[iDet], detStr)) continue;
3061    if(fTracker[iDet] && fTracker[iDet]->GetPlaneEff()) {
3062       AliPlaneEff *planeeff=fTracker[iDet]->GetPlaneEff();
3063       TString name=planeeff->GetName();
3064       name+=".root";
3065       TFile* pefile = TFile::Open(name, "RECREATE");
3066       ret=(Bool_t)planeeff->Write();
3067       pefile->Close();
3068       if(planeeff->GetCreateHistos()) {
3069         TString hname=planeeff->GetName();
3070         hname+="Histo.root";
3071         ret*=planeeff->WriteHistosToFile(hname,"RECREATE");
3072       }
3073    }
3074    if(fSPDTrackleter) {
3075      AliPlaneEff *planeeff=fSPDTrackleter->GetPlaneEff();
3076       TString name="AliITSPlaneEffSPDtracklet.root";
3077       TFile* pefile = TFile::Open(name, "RECREATE");
3078       ret=(Bool_t)planeeff->Write();
3079       pefile->Close();
3080       AliESDEvent *dummy=NULL;
3081       ret=(Bool_t)fSPDTrackleter->PostProcess(dummy); // take care of writing other files
3082    }
3083  }
3084  return ret;
3085 }
3086 //_____________________________________________________________________________
3087 Bool_t AliReconstruction::InitPlaneEff() {
3088 //
3089  // Here execute all the necessary operations, before of the tracking phase,
3090  // for the evaluation of PlaneEfficiencies, in case required for some detectors.
3091  // E.g., read from a DataBase file a first evaluation of the PlaneEfficiency
3092  // which should be updated/recalculated.
3093  //
3094  // This Preliminary version will work only FOR ITS !!!!!
3095  // other detectors (TOF,TRD, etc. have to develop their specific codes)
3096  //
3097  //  Input: none
3098  //  Return: kTRUE if all operations have been done properly, kFALSE otherwise
3099  //
3100  AliWarning(Form("Implementation of this method not yet completed !! Method return kTRUE"));
3101
3102   fSPDTrackleter = NULL;
3103   AliReconstructor* itsReconstructor = GetReconstructor(0);
3104   if (itsReconstructor) {
3105     fSPDTrackleter = itsReconstructor->CreateTrackleter(); // this is NULL unless required in RecoParam
3106   }
3107   if (fSPDTrackleter) { 
3108     AliInfo("Trackleter for SPD has been created");
3109   }
3110
3111  return kTRUE;
3112 }
3113
3114 //_____________________________________________________________________________
3115 Bool_t AliReconstruction::InitAliEVE()
3116 {
3117   // This method should be called only in case 
3118   // AliReconstruction is run
3119   // within the alieve environment.
3120   // It will initialize AliEVE in a way
3121   // so that it can visualize event processed
3122   // by AliReconstruction.
3123   // The return flag shows whenever the
3124   // AliEVE initialization was successful or not.
3125
3126   TString macroStr;
3127   macroStr.Form("%s/EVE/macros/alieve_online.C",gSystem->ExpandPathName("$ALICE_ROOT"));
3128   AliInfo(Form("Loading AliEVE macro: %s",macroStr.Data()));
3129   if (gROOT->LoadMacro(macroStr.Data()) != 0) return kFALSE;
3130
3131   gROOT->ProcessLine("if (!AliEveEventManager::GetMaster()){new AliEveEventManager();AliEveEventManager::GetMaster()->AddNewEventCommand(\"alieve_online_on_new_event()\");gEve->AddEvent(AliEveEventManager::GetMaster());};");
3132   gROOT->ProcessLine("alieve_online_init()");
3133
3134   return kTRUE;
3135 }
3136   
3137 //_____________________________________________________________________________
3138 void AliReconstruction::RunAliEVE()
3139 {
3140   // Runs AliEVE visualisation of
3141   // the current event.
3142   // Should be executed only after
3143   // successful initialization of AliEVE.
3144
3145   AliInfo("Running AliEVE...");
3146   gROOT->ProcessLine(Form("AliEveEventManager::GetMaster()->SetEvent((AliRunLoader*)0x%lx,(AliRawReader*)0x%lx,(AliESDEvent*)0x%lx,(AliESDfriend*)0x%lx);",fRunLoader,fRawReader,fesd,fesdf));
3147   gSystem->Run();
3148 }
3149
3150 //_____________________________________________________________________________
3151 Bool_t AliReconstruction::SetRunQA(TString detAndAction) 
3152 {
3153         // Allows to run QA for a selected set of detectors
3154         // and a selected set of tasks among RAWS, DIGITSR, RECPOINTS and ESDS
3155         // all selected detectors run the same selected tasks
3156         
3157         if (!detAndAction.Contains(":")) {
3158                 AliError( Form("%s is a wrong syntax, use \"DetectorList:ActionList\" \n", detAndAction.Data()) ) ;
3159                 fRunQA = kFALSE ;
3160                 return kFALSE ;                 
3161         }
3162         Int_t colon = detAndAction.Index(":") ; 
3163         fQADetectors = detAndAction(0, colon) ; 
3164         if (fQADetectors.Contains("ALL") )
3165                 fQADetectors = fFillESD ; 
3166                 fQATasks   = detAndAction(colon+1, detAndAction.Sizeof() ) ; 
3167         if (fQATasks.Contains("ALL") ) {
3168                 fQATasks = Form("%d %d %d %d", AliQAv1::kRAWS, AliQAv1::kDIGITSR, AliQAv1::kRECPOINTS, AliQAv1::kESDS) ; 
3169         } else {
3170                 fQATasks.ToUpper() ; 
3171                 TString tempo("") ; 
3172                 if ( fQATasks.Contains("RAW") ) 
3173                         tempo = Form("%d ", AliQAv1::kRAWS) ; 
3174                 if ( fQATasks.Contains("DIGIT") ) 
3175                         tempo += Form("%d ", AliQAv1::kDIGITSR) ; 
3176                 if ( fQATasks.Contains("RECPOINT") ) 
3177                         tempo += Form("%d ", AliQAv1::kRECPOINTS) ; 
3178                 if ( fQATasks.Contains("ESD") ) 
3179                         tempo += Form("%d ", AliQAv1::kESDS) ; 
3180                 fQATasks = tempo ; 
3181                 if (fQATasks.IsNull()) {
3182                         AliInfo("No QA requested\n")  ;
3183                         fRunQA = kFALSE ;
3184                         return kTRUE ; 
3185                 }
3186         }       
3187         TString tempo(fQATasks) ; 
3188         tempo.ReplaceAll(Form("%d", AliQAv1::kRAWS), AliQAv1::GetTaskName(AliQAv1::kRAWS))      ;
3189         tempo.ReplaceAll(Form("%d", AliQAv1::kDIGITSR), AliQAv1::GetTaskName(AliQAv1::kDIGITSR)) ;      
3190         tempo.ReplaceAll(Form("%d", AliQAv1::kRECPOINTS), AliQAv1::GetTaskName(AliQAv1::kRECPOINTS)) ;  
3191         tempo.ReplaceAll(Form("%d", AliQAv1::kESDS), AliQAv1::GetTaskName(AliQAv1::kESDS)) ;    
3192         AliInfo( Form("QA will be done on \"%s\" for \"%s\"\n", fQADetectors.Data(), tempo.Data()) ) ;  
3193         fRunQA = kTRUE ;
3194         return kTRUE; 
3195
3196
3197 //_____________________________________________________________________________
3198 Bool_t AliReconstruction::InitRecoParams() 
3199 {
3200   // The method accesses OCDB and retrieves all
3201   // the available reco-param objects from there.
3202
3203   Bool_t isOK = kTRUE;
3204
3205   if (fRecoParam.GetDetRecoParamArray(kNDetectors)) {
3206     AliInfo("Using custom GRP reconstruction parameters");
3207   }
3208   else {
3209     AliInfo("Loading GRP reconstruction parameter objects");
3210
3211     AliCDBPath path("GRP","Calib","RecoParam");
3212     AliCDBEntry *entry=AliCDBManager::Instance()->Get(path.GetPath());
3213     if(!entry){ 
3214       AliWarning("Couldn't find GRP RecoParam entry in OCDB");
3215       isOK = kFALSE;
3216     }
3217     else {
3218       TObject *recoParamObj = entry->GetObject();
3219       if (dynamic_cast<TObjArray*>(recoParamObj)) {
3220         // GRP has a normal TobjArray of AliDetectorRecoParam objects
3221         // Registering them in AliRecoParam
3222         fRecoParam.AddDetRecoParamArray(kNDetectors,dynamic_cast<TObjArray*>(recoParamObj));
3223       }
3224       else if (dynamic_cast<AliDetectorRecoParam*>(recoParamObj)) {
3225         // GRP has only onse set of reco parameters
3226         // Registering it in AliRecoParam
3227         AliInfo("Single set of GRP reconstruction parameters found");
3228         dynamic_cast<AliDetectorRecoParam*>(recoParamObj)->SetAsDefault();
3229         fRecoParam.AddDetRecoParam(kNDetectors,dynamic_cast<AliDetectorRecoParam*>(recoParamObj));
3230       }
3231       else {
3232         AliError("No valid GRP RecoParam object found in the OCDB");
3233         isOK = kFALSE;
3234       }
3235       entry->SetOwner(0);
3236     }
3237   }
3238
3239   TString detStr = fLoadCDB;
3240   for (Int_t iDet = 0; iDet < kNDetectors; iDet++) {
3241
3242     if (!IsSelected(fgkDetectorName[iDet], detStr)) continue;
3243
3244     if (fRecoParam.GetDetRecoParamArray(iDet)) {
3245       AliInfo(Form("Using custom reconstruction parameters for detector %s",fgkDetectorName[iDet]));
3246       continue;
3247     }
3248
3249     AliInfo(Form("Loading reconstruction parameter objects for detector %s",fgkDetectorName[iDet]));
3250   
3251     AliCDBPath path(fgkDetectorName[iDet],"Calib","RecoParam");
3252     AliCDBEntry *entry=AliCDBManager::Instance()->Get(path.GetPath());
3253     if(!entry){ 
3254       AliWarning(Form("Couldn't find RecoParam entry in OCDB for detector %s",fgkDetectorName[iDet]));
3255       isOK = kFALSE;
3256     }
3257     else {
3258       TObject *recoParamObj = entry->GetObject();
3259       if (dynamic_cast<TObjArray*>(recoParamObj)) {
3260         // The detector has a normal TobjArray of AliDetectorRecoParam objects
3261         // Registering them in AliRecoParam
3262         fRecoParam.AddDetRecoParamArray(iDet,dynamic_cast<TObjArray*>(recoParamObj));
3263       }
3264       else if (dynamic_cast<AliDetectorRecoParam*>(recoParamObj)) {
3265         // The detector has only onse set of reco parameters
3266         // Registering it in AliRecoParam
3267         AliInfo(Form("Single set of reconstruction parameters found for detector %s",fgkDetectorName[iDet]));
3268         dynamic_cast<AliDetectorRecoParam*>(recoParamObj)->SetAsDefault();
3269         fRecoParam.AddDetRecoParam(iDet,dynamic_cast<AliDetectorRecoParam*>(recoParamObj));
3270       }
3271       else {
3272         AliError(Form("No valid RecoParam object found in the OCDB for detector %s",fgkDetectorName[iDet]));
3273         isOK = kFALSE;
3274       }
3275       entry->SetOwner(0);
3276       //      FIX ME: We have to disable the unloading of reco-param CDB
3277       //      entries because QA framework is using them. Has to be fix in
3278       //      a way that the QA takes the objects already constructed in
3279       //      this method.
3280       //      AliCDBManager::Instance()->UnloadFromCache(path.GetPath());
3281     }
3282   }
3283
3284   if (AliDebugLevel() > 0) fRecoParam.Print();
3285
3286   return isOK;
3287 }
3288
3289 //_____________________________________________________________________________
3290 Bool_t AliReconstruction::GetEventInfo() 
3291 {
3292   // Fill the event info object
3293   // ...
3294   AliCodeTimerAuto("")
3295
3296   AliCentralTrigger *aCTP = NULL;
3297   if (fRawReader) {
3298     fEventInfo.SetEventType(fRawReader->GetType());
3299
3300     ULong64_t mask = fRawReader->GetClassMask();
3301     fEventInfo.SetTriggerMask(mask);
3302     UInt_t clmask = fRawReader->GetDetectorPattern()[0];
3303     fEventInfo.SetTriggerCluster(AliDAQ::ListOfTriggeredDetectors(clmask));
3304
3305     aCTP = new AliCentralTrigger();
3306     TString configstr("");
3307     if (!aCTP->LoadConfiguration(configstr)) { // Load CTP config from OCDB
3308       AliError("No trigger configuration found in OCDB! The trigger configuration information will not be used!");
3309       delete aCTP;
3310       return kFALSE;
3311     }
3312     aCTP->SetClassMask(mask);
3313     aCTP->SetClusterMask(clmask);
3314   }
3315   else {
3316     fEventInfo.SetEventType(AliRawEventHeaderBase::kPhysicsEvent);
3317
3318     if (fRunLoader && (!fRunLoader->LoadTrigger())) {
3319       aCTP = fRunLoader->GetTrigger();
3320       fEventInfo.SetTriggerMask(aCTP->GetClassMask());
3321       // get inputs from actp - just get
3322       AliESDHeader* esdheader = fesd->GetHeader();
3323       esdheader->SetL0TriggerInputs(aCTP->GetL0TriggerInputs());
3324       esdheader->SetL1TriggerInputs(aCTP->GetL1TriggerInputs());
3325       esdheader->SetL2TriggerInputs(aCTP->GetL2TriggerInputs());
3326       fEventInfo.SetTriggerCluster(AliDAQ::ListOfTriggeredDetectors(aCTP->GetClusterMask()));
3327     }
3328     else {
3329       AliWarning("No trigger can be loaded! The trigger information will not be used!");
3330       return kFALSE;
3331     }
3332   }
3333
3334   AliTriggerConfiguration *config = aCTP->GetConfiguration();
3335   if (!config) {
3336     AliError("No trigger configuration has been found! The trigger configuration information will not be used!");
3337     if (fRawReader) delete aCTP;
3338     return kFALSE;
3339   }
3340
3341   UChar_t clustmask = 0;
3342   TString trclasses;
3343   ULong64_t trmask = fEventInfo.GetTriggerMask();
3344   const TObjArray& classesArray = config->GetClasses();
3345   Int_t nclasses = classesArray.GetEntriesFast();
3346   for( Int_t iclass=0; iclass < nclasses; iclass++ ) {
3347     AliTriggerClass* trclass = (AliTriggerClass*)classesArray.At(iclass);
3348     if (trclass) {
3349       Int_t trindex = TMath::Nint(TMath::Log2(trclass->GetMask()));
3350       fesd->SetTriggerClass(trclass->GetName(),trindex);
3351       if (fRawReader) fRawReader->LoadTriggerClass(trclass->GetName(),trindex);
3352       if (trmask & (1ull << trindex)) {
3353         trclasses += " ";
3354         trclasses += trclass->GetName();
3355         trclasses += " ";
3356         clustmask |= trclass->GetCluster()->GetClusterMask();
3357       }
3358     }
3359   }
3360   fEventInfo.SetTriggerClasses(trclasses);
3361
3362   // Set the information in ESD
3363   fesd->SetTriggerMask(trmask);
3364   fesd->SetTriggerCluster(clustmask);
3365
3366   if (!aCTP->CheckTriggeredDetectors()) {
3367     if (fRawReader) delete aCTP;
3368     return kFALSE;
3369   }    
3370
3371   if (fRawReader) delete aCTP;
3372
3373   // We have to fill also the HLT decision here!!
3374   // ...
3375
3376   return kTRUE;
3377 }
3378
3379 const char *AliReconstruction::MatchDetectorList(const char *detectorList, UInt_t detectorMask)
3380 {
3381   // Match the detector list found in the rec.C or the default 'ALL'
3382   // to the list found in the GRP (stored there by the shuttle PP which
3383   // gets the information from ECS)
3384   static TString resultList;
3385   TString detList = detectorList;
3386
3387   resultList = "";
3388
3389   for(Int_t iDet = 0; iDet < (AliDAQ::kNDetectors-1); iDet++) {
3390     if ((detectorMask >> iDet) & 0x1) {
3391       TString det = AliDAQ::OfflineModuleName(iDet);
3392       if ((detList.CompareTo("ALL") == 0) ||
3393           ((detList.BeginsWith("ALL ") ||
3394             detList.EndsWith(" ALL") ||
3395             detList.Contains(" ALL ")) &&
3396            !(detList.BeginsWith("-"+det+" ") ||
3397              detList.EndsWith(" -"+det) ||
3398              detList.Contains(" -"+det+" "))) ||
3399           (detList.CompareTo(det) == 0) ||
3400           detList.BeginsWith(det+" ") ||
3401           detList.EndsWith(" "+det) ||
3402           detList.Contains( " "+det+" " )) {
3403         if (!resultList.EndsWith(det + " ")) {
3404           resultList += det;
3405           resultList += " ";
3406         }
3407       }        
3408     }
3409   }
3410
3411   // HLT
3412   if ((detectorMask >> AliDAQ::kHLTId) & 0x1) {
3413     TString hltDet = AliDAQ::OfflineModuleName(AliDAQ::kNDetectors-1);
3414     if ((detList.CompareTo("ALL") == 0) ||
3415         ((detList.BeginsWith("ALL ") ||
3416           detList.EndsWith(" ALL") ||
3417           detList.Contains(" ALL ")) &&
3418          !(detList.BeginsWith("-"+hltDet+" ") ||
3419            detList.EndsWith(" -"+hltDet) ||
3420            detList.Contains(" -"+hltDet+" "))) ||
3421         (detList.CompareTo(hltDet) == 0) ||
3422         detList.BeginsWith(hltDet+" ") ||
3423         detList.EndsWith(" "+hltDet) ||
3424         detList.Contains( " "+hltDet+" " )) {
3425       resultList += hltDet;
3426     }
3427   }
3428
3429   return resultList.Data();
3430
3431 }
3432
3433 //______________________________________________________________________________
3434 void AliReconstruction::Abort(const char *method, EAbort what)
3435 {
3436   // Abort processing. If what = kAbortProcess, the Process() loop will be
3437   // aborted. If what = kAbortFile, the current file in a chain will be
3438   // aborted and the processing will continue with the next file, if there
3439   // is no next file then Process() will be aborted. Abort() can also  be
3440   // called from Begin(), SlaveBegin(), Init() and Notify(). After abort
3441   // the SlaveTerminate() and Terminate() are always called. The abort flag
3442   // can be checked in these methods using GetAbort().
3443   //
3444   // The method is overwritten in AliReconstruction for better handling of
3445   // reco specific errors 
3446