8bbab2b40198069c44872fe1b03d203d1b713c87
[u/mrichter/AliRoot.git] / STEER / AliReconstruction.cxx
1 /**************************************************************************
2  * Copyright(c) 1998-1999, ALICE Experiment at CERN, All rights reserved. *
3  *                                                                        *
4  * Author: The ALICE Off-line Project.                                    *
5  * Contributors are mentioned in the code where appropriate.              *
6  *                                                                        *
7  * Permission to use, copy, modify and distribute this software and its   *
8  * documentation strictly for non-commercial purposes is hereby granted   *
9  * without fee, provided that the above copyright notice appears in all   *
10  * copies and that both the copyright notice and this permission notice   *
11  * appear in the supporting documentation. The authors make no claims     *
12  * about the suitability of this software for any purpose. It is          *
13  * provided "as is" without express or implied warranty.                  *
14  **************************************************************************/
15
16 /* $Id$ */
17
18 ///////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
19 //                                                                           //
20 // class for running the reconstruction                                      //
21 //                                                                           //
22 // Clusters and tracks are created for all detectors and all events by       //
23 // typing:                                                                   //
24 //                                                                           //
25 //   AliReconstruction rec;                                                  //
26 //   rec.Run();                                                              //
27 //                                                                           //
28 // The Run method returns kTRUE in case of successful execution.             //
29 //                                                                           //
30 // If the input to the reconstruction are not simulated digits but raw data, //
31 // this can be specified by an argument of the Run method or by the method   //
32 //                                                                           //
33 //   rec.SetInput("...");                                                    //
34 //                                                                           //
35 // The input formats and the corresponding argument are:                     //
36 // - DDL raw data files: directory name, ends with "/"                       //
37 // - raw data root file: root file name, extension ".root"                   //
38 // - raw data DATE file: DATE file name, any other non-empty string          //
39 // - MC root files     : empty string, default                               //
40 //                                                                           //
41 // By default all events are reconstructed. The reconstruction can be        //
42 // limited to a range of events by giving the index of the first and the     //
43 // last event as an argument to the Run method or by calling                 //
44 //                                                                           //
45 //   rec.SetEventRange(..., ...);                                            //
46 //                                                                           //
47 // The index -1 (default) can be used for the last event to indicate no      //
48 // upper limit of the event range.                                           //
49 //                                                                           //
50 // In case of raw-data reconstruction the user can modify the default        //
51 // number of events per digits/clusters/tracks file. In case the option      //
52 // is not used the number is set 1. In case the user provides 0, than        //
53 // the number of events is equal to the number of events inside the          //
54 // raw-data file (i.e. one digits/clusters/tracks file):                     //
55 //                                                                           //
56 //   rec.SetNumberOfEventsPerFile(...);                                      //
57 //                                                                           //
58 //                                                                           //
59 // The name of the galice file can be changed from the default               //
60 // "galice.root" by passing it as argument to the AliReconstruction          //
61 // constructor or by                                                         //
62 //                                                                           //
63 //   rec.SetGAliceFile("...");                                               //
64 //                                                                           //
65 // The local reconstruction can be switched on or off for individual         //
66 // detectors by                                                              //
67 //                                                                           //
68 //   rec.SetRunLocalReconstruction("...");                                   //
69 //                                                                           //
70 // The argument is a (case sensitive) string with the names of the           //
71 // detectors separated by a space. The special string "ALL" selects all      //
72 // available detectors. This is the default.                                 //
73 //                                                                           //
74 // The reconstruction of the primary vertex position can be switched off by  //
75 //                                                                           //
76 //   rec.SetRunVertexFinder(kFALSE);                                         //
77 //                                                                           //
78 // The tracking and the creation of ESD tracks can be switched on for        //
79 // selected detectors by                                                     //
80 //                                                                           //
81 //   rec.SetRunTracking("...");                                              //
82 //                                                                           //
83 // Uniform/nonuniform field tracking switches (default: uniform field)       //
84 //                                                                           //
85 //   rec.SetUniformFieldTracking(); ( rec.SetUniformFieldTracking(kFALSE); ) //
86 //                                                                           //
87 // The filling of additional ESD information can be steered by               //
88 //                                                                           //
89 //   rec.SetFillESD("...");                                                  //
90 //                                                                           //
91 // Again, for both methods the string specifies the list of detectors.       //
92 // The default is "ALL".                                                     //
93 //                                                                           //
94 // The call of the shortcut method                                           //
95 //                                                                           //
96 //   rec.SetRunReconstruction("...");                                        //
97 //                                                                           //
98 // is equivalent to calling SetRunLocalReconstruction, SetRunTracking and    //
99 // SetFillESD with the same detector selecting string as argument.           //
100 //                                                                           //
101 // The reconstruction requires digits or raw data as input. For the creation //
102 // of digits and raw data have a look at the class AliSimulation.            //
103 //                                                                           //
104 // The input data of a detector can be replaced by the corresponding HLT     //
105 // data by calling (usual detector string)                                   //
106 // SetUseHLTData("...");                                                     //
107 //                                                                           //
108 // For debug purposes the method SetCheckPointLevel can be used. If the      //
109 // argument is greater than 0, files with ESD events will be written after   //
110 // selected steps of the reconstruction for each event:                      //
111 //   level 1: after tracking and after filling of ESD (final)                //
112 //   level 2: in addition after each tracking step                           //
113 //   level 3: in addition after the filling of ESD for each detector         //
114 // If a final check point file exists for an event, this event will be       //
115 // skipped in the reconstruction. The tracking and the filling of ESD for    //
116 // a detector will be skipped as well, if the corresponding check point      //
117 // file exists. The ESD event will then be loaded from the file instead.     //
118 //                                                                           //
119 ///////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
120
121 #include <TArrayF.h>
122 #include <TFile.h>
123 #include <TList.h>
124 #include <TSystem.h>
125 #include <TROOT.h>
126 #include <TPluginManager.h>
127 #include <TGeoManager.h>
128 #include <TLorentzVector.h>
129 #include <TArrayS.h>
130 #include <TArrayD.h>
131 #include <TObjArray.h>
132 #include <TMap.h>
133
134 #include "AliReconstruction.h"
135 #include "AliCodeTimer.h"
136 #include "AliReconstructor.h"
137 #include "AliLog.h"
138 #include "AliRunLoader.h"
139 #include "AliRun.h"
140 #include "AliRawReaderFile.h"
141 #include "AliRawReaderDate.h"
142 #include "AliRawReaderRoot.h"
143 #include "AliRawEventHeaderBase.h"
144 #include "AliESDEvent.h"
145 #include "AliESDMuonTrack.h"
146 #include "AliESDfriend.h"
147 #include "AliESDVertex.h"
148 #include "AliESDcascade.h"
149 #include "AliESDkink.h"
150 #include "AliESDtrack.h"
151 #include "AliESDCaloCluster.h"
152 #include "AliESDCaloCells.h"
153 #include "AliMultiplicity.h"
154 #include "AliTracker.h"
155 #include "AliVertexer.h"
156 #include "AliVertexerTracks.h"
157 #include "AliV0vertexer.h"
158 #include "AliCascadeVertexer.h"
159 #include "AliHeader.h"
160 #include "AliGenEventHeader.h"
161 #include "AliPID.h"
162 #include "AliESDpid.h"
163 #include "AliESDtrack.h"
164 #include "AliESDPmdTrack.h"
165
166 #include "AliESDTagCreator.h"
167 #include "AliAODTagCreator.h"
168
169 #include "AliGeomManager.h"
170 #include "AliTrackPointArray.h"
171 #include "AliCDBManager.h"
172 #include "AliCDBStorage.h"
173 #include "AliCDBEntry.h"
174 #include "AliAlignObj.h"
175
176 #include "AliCentralTrigger.h"
177 #include "AliTriggerConfiguration.h"
178 #include "AliTriggerClass.h"
179 #include "AliCTPRawStream.h"
180
181 #include "AliQADataMakerRec.h" 
182 #include "AliGlobalQADataMaker.h" 
183 #include "AliQA.h"
184 #include "AliQADataMakerSteer.h"
185
186 #include "AliPlaneEff.h"
187
188 #include "AliSysInfo.h" // memory snapshots
189 #include "AliRawHLTManager.h"
190
191 #include "AliMagWrapCheb.h"
192
193 ClassImp(AliReconstruction)
194
195
196 //_____________________________________________________________________________
197 const char* AliReconstruction::fgkDetectorName[AliReconstruction::fgkNDetectors] = {"ITS", "TPC", "TRD", "TOF", "PHOS", "HMPID", "EMCAL", "MUON", "FMD", "ZDC", "PMD", "T0", "VZERO", "ACORDE", "HLT"};
198
199 //_____________________________________________________________________________
200 AliReconstruction::AliReconstruction(const char* gAliceFilename,
201                                      const char* name, const char* title) :
202   TNamed(name, title),
203
204   fUniformField(kFALSE),
205   fForcedFieldMap(0x0),
206   fRunVertexFinder(kTRUE),
207   fRunVertexFinderTracks(kTRUE),
208   fRunHLTTracking(kFALSE),
209   fRunMuonTracking(kFALSE),
210   fRunV0Finder(kTRUE),
211   fRunCascadeFinder(kTRUE),
212   fStopOnError(kFALSE),
213   fWriteAlignmentData(kFALSE),
214   fWriteESDfriend(kFALSE),
215   fWriteAOD(kFALSE),
216   fFillTriggerESD(kTRUE),
217
218   fCleanESD(kTRUE),
219   fV0DCAmax(3.),
220   fV0CsPmin(0.),
221   fDmax(50.),
222   fZmax(50.),
223
224   fRunLocalReconstruction("ALL"),
225   fRunTracking("ALL"),
226   fFillESD("ALL"),
227   fUseTrackingErrorsForAlignment(""),
228   fGAliceFileName(gAliceFilename),
229   fInput(""),
230   fEquipIdMap(""),
231   fFirstEvent(0),
232   fLastEvent(-1),
233   fNumberOfEventsPerFile(1),
234   fCheckPointLevel(0),
235   fOptions(),
236   fLoadAlignFromCDB(kTRUE),
237   fLoadAlignData("ALL"),
238   fESDPar(""),
239   fUseHLTData(),
240
241   fRunLoader(NULL),
242   fRawReader(NULL),
243   fParentRawReader(NULL),
244
245   fVertexer(NULL),
246   fDiamondProfile(NULL),
247   fDiamondProfileTPC(NULL),
248   fMeanVertexConstraint(kTRUE),
249
250   fGRPData(NULL),
251
252   fAlignObjArray(NULL),
253   fCDBUri(),
254   fSpecCDBUri(), 
255   fInitCDBCalled(kFALSE),
256   fSetRunNumberFromDataCalled(kFALSE),
257   fQADetectors("ALL"), 
258   fQATasks("ALL"), 
259   fRunQA(kTRUE),  
260   fRunGlobalQA(kTRUE),
261   fInLoopQA(kFALSE),
262   fSameQACycle(kFALSE),
263
264   fRunPlaneEff(kFALSE),
265
266   fesd(NULL),
267   fhltesd(NULL),
268   fesdf(NULL),
269   ffile(NULL),
270   ftree(NULL),
271   fhlttree(NULL),
272   ffileOld(NULL),
273   ftreeOld(NULL),
274   fhlttreeOld(NULL),
275   ftVertexer(NULL),
276   fIsNewRunLoader(kFALSE),
277   fRunAliEVE(kFALSE)
278 {
279 // create reconstruction object with default parameters
280   
281   for (Int_t iDet = 0; iDet < fgkNDetectors; iDet++) {
282     fReconstructor[iDet] = NULL;
283     fLoader[iDet] = NULL;
284     fTracker[iDet] = NULL;
285     fQADataMaker[iDet] = NULL;
286         fQACycles[iDet] = 999999;       
287   }
288   fQADataMaker[fgkNDetectors]=NULL;  //Global QA
289   AliPID pid;
290 }
291
292 //_____________________________________________________________________________
293 AliReconstruction::AliReconstruction(const AliReconstruction& rec) :
294   TNamed(rec),
295
296   fUniformField(rec.fUniformField),
297   fForcedFieldMap(0x0),
298   fRunVertexFinder(rec.fRunVertexFinder),
299   fRunVertexFinderTracks(rec.fRunVertexFinderTracks),
300   fRunHLTTracking(rec.fRunHLTTracking),
301   fRunMuonTracking(rec.fRunMuonTracking),
302   fRunV0Finder(rec.fRunV0Finder),
303   fRunCascadeFinder(rec.fRunCascadeFinder),
304   fStopOnError(rec.fStopOnError),
305   fWriteAlignmentData(rec.fWriteAlignmentData),
306   fWriteESDfriend(rec.fWriteESDfriend),
307   fWriteAOD(rec.fWriteAOD),
308   fFillTriggerESD(rec.fFillTriggerESD),
309
310   fCleanESD(rec.fCleanESD),
311   fV0DCAmax(rec.fV0DCAmax),
312   fV0CsPmin(rec.fV0CsPmin),
313   fDmax(rec.fDmax),
314   fZmax(rec.fZmax),
315
316   fRunLocalReconstruction(rec.fRunLocalReconstruction),
317   fRunTracking(rec.fRunTracking),
318   fFillESD(rec.fFillESD),
319   fUseTrackingErrorsForAlignment(rec.fUseTrackingErrorsForAlignment),
320   fGAliceFileName(rec.fGAliceFileName),
321   fInput(rec.fInput),
322   fEquipIdMap(rec.fEquipIdMap),
323   fFirstEvent(rec.fFirstEvent),
324   fLastEvent(rec.fLastEvent),
325   fNumberOfEventsPerFile(rec.fNumberOfEventsPerFile),
326   fCheckPointLevel(0),
327   fOptions(),
328   fLoadAlignFromCDB(rec.fLoadAlignFromCDB),
329   fLoadAlignData(rec.fLoadAlignData),
330   fESDPar(rec.fESDPar),
331   fUseHLTData(rec.fUseHLTData),
332
333   fRunLoader(NULL),
334   fRawReader(NULL),
335   fParentRawReader(NULL),
336
337   fVertexer(NULL),
338   fDiamondProfile(NULL),
339   fDiamondProfileTPC(NULL),
340   fMeanVertexConstraint(rec.fMeanVertexConstraint),
341
342   fGRPData(NULL),
343
344   fAlignObjArray(rec.fAlignObjArray),
345   fCDBUri(rec.fCDBUri),
346   fSpecCDBUri(), 
347   fInitCDBCalled(rec.fInitCDBCalled),
348   fSetRunNumberFromDataCalled(rec.fSetRunNumberFromDataCalled),
349   fQADetectors(rec.fQADetectors), 
350   fQATasks(rec.fQATasks), 
351   fRunQA(rec.fRunQA),  
352   fRunGlobalQA(rec.fRunGlobalQA),
353   fInLoopQA(rec.fInLoopQA),
354   fSameQACycle(rec.fSameQACycle),
355   fRunPlaneEff(rec.fRunPlaneEff),
356
357   fesd(NULL),
358   fhltesd(NULL),
359   fesdf(NULL),
360   ffile(NULL),
361   ftree(NULL),
362   fhlttree(NULL),
363   ffileOld(NULL),
364   ftreeOld(NULL),
365   fhlttreeOld(NULL),
366   ftVertexer(NULL),
367   fIsNewRunLoader(rec.fIsNewRunLoader),
368   fRunAliEVE(kFALSE)
369 {
370 // copy constructor
371
372   for (Int_t i = 0; i < rec.fOptions.GetEntriesFast(); i++) {
373     if (rec.fOptions[i]) fOptions.Add(rec.fOptions[i]->Clone());
374   }
375   for (Int_t iDet = 0; iDet < fgkNDetectors; iDet++) {
376     fReconstructor[iDet] = NULL;
377     fLoader[iDet] = NULL;
378     fTracker[iDet] = NULL;
379     fQADataMaker[iDet] = NULL;
380         fQACycles[iDet] = rec.fQACycles[iDet];  
381   }
382   fQADataMaker[fgkNDetectors]=NULL;  //Global QA
383   for (Int_t i = 0; i < rec.fSpecCDBUri.GetEntriesFast(); i++) {
384     if (rec.fSpecCDBUri[i]) fSpecCDBUri.Add(rec.fSpecCDBUri[i]->Clone());
385   }
386
387   fForcedFieldMap=new AliMagWrapCheb(*((AliMagWrapCheb*)rec.fForcedFieldMap));
388 }
389
390 //_____________________________________________________________________________
391 AliReconstruction& AliReconstruction::operator = (const AliReconstruction& rec)
392 {
393 // assignment operator
394
395   this->~AliReconstruction();
396   new(this) AliReconstruction(rec);
397   return *this;
398 }
399
400 //_____________________________________________________________________________
401 AliReconstruction::~AliReconstruction()
402 {
403 // clean up
404
405   CleanUp();
406   fOptions.Delete();
407   fSpecCDBUri.Delete();
408   delete fForcedFieldMap;
409
410   AliCodeTimer::Instance()->Print();
411 }
412
413 //_____________________________________________________________________________
414 void AliReconstruction::InitCDB()
415 {
416 // activate a default CDB storage
417 // First check if we have any CDB storage set, because it is used 
418 // to retrieve the calibration and alignment constants
419
420   if (fInitCDBCalled) return;
421   fInitCDBCalled = kTRUE;
422
423   AliCDBManager* man = AliCDBManager::Instance();
424   if (man->IsDefaultStorageSet())
425   {
426     AliWarning("!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!");
427     AliWarning("Default CDB storage has been already set !");
428     AliWarning(Form("Ignoring the default storage declared in AliReconstruction: %s",fCDBUri.Data()));
429     AliWarning("!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!");
430     fCDBUri = man->GetDefaultStorage()->GetURI();
431   }
432   else {
433     if (fCDBUri.Length() > 0) 
434     {
435         AliDebug(2,"!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!");
436         AliDebug(2, Form("Default CDB storage is set to: %s", fCDBUri.Data()));
437         AliDebug(2, "!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!");
438     } else {
439         fCDBUri="local://$ALICE_ROOT";
440         AliWarning("!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!");
441         AliWarning("Default CDB storage not yet set !!!!");
442         AliWarning(Form("Setting it now to: %s", fCDBUri.Data()));
443         AliWarning("!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!");
444                 
445     }
446     man->SetDefaultStorage(fCDBUri);
447   }
448
449   // Now activate the detector specific CDB storage locations
450   for (Int_t i = 0; i < fSpecCDBUri.GetEntriesFast(); i++) {
451     TObject* obj = fSpecCDBUri[i];
452     if (!obj) continue;
453     AliDebug(2, "!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!");
454     AliDebug(2, Form("Specific CDB storage for %s is set to: %s",obj->GetName(),obj->GetTitle()));
455     AliDebug(2, "!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!");
456     man->SetSpecificStorage(obj->GetName(), obj->GetTitle());
457   }
458   
459 }
460
461 //_____________________________________________________________________________
462 void AliReconstruction::SetDefaultStorage(const char* uri) {
463 // Store the desired default CDB storage location
464 // Activate it later within the Run() method
465
466   fCDBUri = uri;
467
468 }
469
470 //_____________________________________________________________________________
471 void AliReconstruction::SetSpecificStorage(const char* calibType, const char* uri) {
472 // Store a detector-specific CDB storage location
473 // Activate it later within the Run() method
474
475   AliCDBPath aPath(calibType);
476   if(!aPath.IsValid()){
477         // if calibType is not wildcard but it is a valid detector, add "/*" to make it a valid path
478         for (Int_t iDet = 0; iDet < fgkNDetectors; iDet++) {
479                 if(!strcmp(calibType, fgkDetectorName[iDet])) {
480                         aPath.SetPath(Form("%s/*", calibType));
481                         AliInfo(Form("Path for specific storage set to %s", aPath.GetPath().Data()));
482                         break;
483                 }
484         }
485         if(!aPath.IsValid()){
486                 AliError(Form("Not a valid path or detector: %s", calibType));
487                 return;
488         }
489   }
490
491 //  // check that calibType refers to a "valid" detector name
492 //  Bool_t isDetector = kFALSE;
493 //  for (Int_t iDet = 0; iDet < fgkNDetectors; iDet++) {
494 //    TString detName = fgkDetectorName[iDet];
495 //    if(aPath.GetLevel0() == detName) {
496 //      isDetector = kTRUE;
497 //      break;
498 //    }
499 //  }
500 //
501 //  if(!isDetector) {
502 //      AliError(Form("Not a valid detector: %s", aPath.GetLevel0().Data()));
503 //      return;
504 //  }
505
506   TObject* obj = fSpecCDBUri.FindObject(aPath.GetPath().Data());
507   if (obj) fSpecCDBUri.Remove(obj);
508   fSpecCDBUri.Add(new TNamed(aPath.GetPath().Data(), uri));
509
510 }
511
512 //_____________________________________________________________________________
513 Bool_t AliReconstruction::SetRunNumberFromData()
514 {
515   // The method is called in Run() in order
516   // to set a correct run number.
517   // In case of raw data reconstruction the
518   // run number is taken from the raw data header
519
520   if (fSetRunNumberFromDataCalled) return kTRUE;
521   fSetRunNumberFromDataCalled = kTRUE;
522   
523   AliCDBManager* man = AliCDBManager::Instance();
524   
525   if(man->GetRun() > 0) {
526         AliWarning("Run number is taken from raw-event header! Ignoring settings in AliCDBManager!");
527   } 
528   
529   if (!fRunLoader) {
530       AliError("No run loader is found !"); 
531       return kFALSE;
532     }
533     // read run number from gAlice
534     if(fRunLoader->GetAliRun())
535       AliCDBManager::Instance()->SetRun(fRunLoader->GetHeader()->GetRun());
536     else {
537       if(fRawReader) {
538         if(fRawReader->NextEvent()) {
539           AliCDBManager::Instance()->SetRun(fRawReader->GetRunNumber());
540           fRawReader->RewindEvents();
541         }
542         else {
543           if(man->GetRun() > 0) {
544             AliWarning("No raw events is found ! Using settings in AliCDBManager !");
545             man->Print();  
546             return kTRUE;
547           }
548           else {
549             AliWarning("Neither raw events nor settings in AliCDBManager are found !");
550             return kFALSE;
551           }
552         }
553       }
554       else {
555         AliError("Neither gAlice nor RawReader objects are found !");
556         return kFALSE;
557       }
558   }
559
560   man->Print();  
561   
562   return kTRUE;
563 }
564
565 //_____________________________________________________________________________
566 void AliReconstruction::SetCDBLock() {
567   // Set CDB lock: from now on it is forbidden to reset the run number
568   // or the default storage or to activate any further storage!
569   
570   AliCDBManager::Instance()->SetLock(1);
571 }
572
573 //_____________________________________________________________________________
574 Bool_t AliReconstruction::MisalignGeometry(const TString& detectors)
575 {
576   // Read the alignment objects from CDB.
577   // Each detector is supposed to have the
578   // alignment objects in DET/Align/Data CDB path.
579   // All the detector objects are then collected,
580   // sorted by geometry level (starting from ALIC) and
581   // then applied to the TGeo geometry.
582   // Finally an overlaps check is performed.
583
584   // Load alignment data from CDB and fill fAlignObjArray 
585   if(fLoadAlignFromCDB){
586         
587     TString detStr = detectors;
588     TString loadAlObjsListOfDets = "";
589     
590     for (Int_t iDet = 0; iDet < fgkNDetectors; iDet++) {
591       if (!IsSelected(fgkDetectorName[iDet], detStr)) continue;
592       loadAlObjsListOfDets += fgkDetectorName[iDet];
593       loadAlObjsListOfDets += " ";
594     } // end loop over detectors
595     loadAlObjsListOfDets.Prepend("GRP "); //add alignment objects for non-sensitive modules
596     AliGeomManager::ApplyAlignObjsFromCDB(loadAlObjsListOfDets.Data());
597   }else{
598     // Check if the array with alignment objects was
599     // provided by the user. If yes, apply the objects
600     // to the present TGeo geometry
601     if (fAlignObjArray) {
602       if (gGeoManager && gGeoManager->IsClosed()) {
603         if (AliGeomManager::ApplyAlignObjsToGeom(*fAlignObjArray) == kFALSE) {
604           AliError("The misalignment of one or more volumes failed!"
605                    "Compare the list of simulated detectors and the list of detector alignment data!");
606           return kFALSE;
607         }
608       }
609       else {
610         AliError("Can't apply the misalignment! gGeoManager doesn't exist or it is still opened!");
611         return kFALSE;
612       }
613     }
614   }
615   
616   delete fAlignObjArray; fAlignObjArray=0;
617
618   return kTRUE;
619 }
620
621 //_____________________________________________________________________________
622 void AliReconstruction::SetGAliceFile(const char* fileName)
623 {
624 // set the name of the galice file
625
626   fGAliceFileName = fileName;
627 }
628
629 //_____________________________________________________________________________
630 void AliReconstruction::SetInput(const char* input) 
631 {
632   // In case the input string starts with 'mem://', we run in an online mode
633   // and AliRawReaderDateOnline object is created. In all other cases a raw-data
634   // file is assumed. One can give as an input:
635   // mem://: - events taken from DAQ monitoring libs online
636   //  or
637   // mem://<filename> - emulation of the above mode (via DATE monitoring libs)
638   fInput = input;
639 }
640
641 //_____________________________________________________________________________
642 void AliReconstruction::SetOption(const char* detector, const char* option)
643 {
644 // set options for the reconstruction of a detector
645
646   TObject* obj = fOptions.FindObject(detector);
647   if (obj) fOptions.Remove(obj);
648   fOptions.Add(new TNamed(detector, option));
649 }
650
651 //_____________________________________________________________________________
652 Bool_t AliReconstruction::SetFieldMap(Float_t l3Current, Float_t diCurrent, Float_t factor, const char *path) {
653   //------------------------------------------------
654   // The magnetic field map, defined externally...
655   // L3 current 30000 A  -> 0.5 T
656   // L3 current 12000 A  -> 0.2 T
657   // dipole current 6000 A
658   // The polarities must be the same
659   //------------------------------------------------
660   const Float_t l3NominalCurrent1=30000.; // (A)
661   const Float_t l3NominalCurrent2=12000.; // (A)
662   const Float_t diNominalCurrent =6000. ; // (A)
663
664   const Float_t tolerance=0.03; // relative current tolerance
665   const Float_t zero=77.;       // "zero" current (A)
666
667   Int_t map=0;
668   Bool_t dipoleON=kFALSE;
669
670   TString s=(factor < 0) ? "L3: -" : "L3: +";
671
672   if (TMath::Abs(l3Current-l3NominalCurrent1)/l3NominalCurrent1 < tolerance) {
673     map=AliMagWrapCheb::k5kG;
674     s+="0.5 T;  ";
675   } else
676   if (TMath::Abs(l3Current-l3NominalCurrent2)/l3NominalCurrent2 < tolerance) {
677     map=AliMagWrapCheb::k2kG;
678     s+="0.2 T;  ";
679   } else
680   if (TMath::Abs(l3Current) < zero) {
681     map=AliMagWrapCheb::k2kG;
682     s+="0.0 T;  ";
683     factor=0.;                  // in fact, this is a global factor...
684   } else {
685     AliError("Wrong L3 current !");
686     return kFALSE;
687   }
688
689   if (TMath::Abs(diCurrent-diNominalCurrent)/diNominalCurrent < tolerance) {
690     // 3% current tolerance...
691     dipoleON=kTRUE;
692     s+="Dipole ON";
693   } else
694   if (TMath::Abs(diCurrent) < zero) { // some small current..
695     dipoleON=kFALSE;
696     s+="Dipole OFF";
697   } else {
698     AliError("Wrong dipole current !");
699     return kFALSE;
700   }
701
702   delete fForcedFieldMap;
703   fForcedFieldMap=
704     new AliMagWrapCheb("B field map  ",s,2,factor,10.,map,dipoleON,path);
705
706   fForcedFieldMap->Print();
707
708   AliTracker::SetFieldMap(fForcedFieldMap,fUniformField);    
709
710   return kTRUE;
711 }
712
713
714 Bool_t AliReconstruction::InitGRP() {
715   //------------------------------------
716   // Initialization of the GRP entry 
717   //------------------------------------
718   AliCDBEntry* entry = AliCDBManager::Instance()->Get("GRP/GRP/Data");
719
720   if (entry) fGRPData = dynamic_cast<TMap*>(entry->GetObject());  
721
722   if (!fGRPData) {
723      AliError("No GRP entry found in OCDB!");
724      return kFALSE;
725   }
726
727
728   //*** Dealing with the magnetic field map
729   if (AliTracker::GetFieldMap()) {
730     AliInfo("Running with the externally set B field !");
731   } else {
732     // Construct the field map out of the information retrieved from GRP.
733
734     Bool_t ok = kTRUE;
735
736     // L3
737     TObjString *l3Current=
738        dynamic_cast<TObjString*>(fGRPData->GetValue("fL3Current"));
739     if (!l3Current) {
740       AliError("GRP/GRP/Data entry:  missing value for the L3 current !");
741       ok = kFALSE;
742     }
743     TObjString *l3Polarity=
744        dynamic_cast<TObjString*>(fGRPData->GetValue("fL3Polarity"));
745     if (!l3Polarity) {
746       AliError("GRP/GRP/Data entry:  missing value for the L3 polarity !");
747       ok = kFALSE;
748     }
749
750     // Dipole
751     TObjString *diCurrent=
752        dynamic_cast<TObjString*>(fGRPData->GetValue("fDipoleCurrent"));
753     if (!diCurrent) {
754       AliError("GRP/GRP/Data entry:  missing value for the dipole current !");
755       ok = kFALSE;
756     }
757     TObjString *diPolarity=
758        dynamic_cast<TObjString*>(fGRPData->GetValue("fDipolePolarity"));
759     if (!diPolarity) {
760       AliError("GRP/GRP/Data entry:  missing value for the dipole polarity !");
761       ok = kFALSE;
762     }
763
764     if (ok) { 
765        Float_t l3Cur=TMath::Abs(atof(l3Current->GetName()));
766        Float_t diCur=TMath::Abs(atof(diCurrent->GetName()));
767        Float_t l3Pol=atof(l3Polarity->GetName());
768        Float_t factor=1.;
769        if (l3Pol != 0.) factor=-1.;
770     
771
772       if (!SetFieldMap(l3Cur, diCur, factor)) {
773          AliFatal("Failed to creat a B field map ! Exiting...");
774       }
775       AliInfo("Running with the B field constructed out of GRP !");
776     }
777     else {
778       AliFatal("B field is neither set nor constructed from GRP ! Exitig...");
779     }
780
781   }
782
783
784   //*** Get the diamond profile from OCDB
785   entry = AliCDBManager::Instance()->Get("GRP/Calib/MeanVertex");
786   if (entry) {
787      fDiamondProfile = dynamic_cast<AliESDVertex*> (entry->GetObject());  
788   } else {
789      AliError("No diamond profile found in OCDB!");
790   }
791
792   entry = AliCDBManager::Instance()->Get("GRP/Calib/MeanVertexTPC");
793   if (entry) {
794      fDiamondProfileTPC = dynamic_cast<AliESDVertex*> (entry->GetObject());  
795   } else {
796      AliError("No diamond profile found in OCDB!");
797   }
798
799   return kTRUE;
800
801
802 //_____________________________________________________________________________
803 Bool_t AliReconstruction::Run(const char* input)
804 {
805   // Run Run Run
806   AliCodeTimerAuto("");
807
808   if (!InitRun(input)) return kFALSE;
809   //******* The loop over events
810   Int_t iEvent = 0;
811   while ((iEvent < fRunLoader->GetNumberOfEvents()) ||
812          (fRawReader && fRawReader->NextEvent())) {
813     if (!RunEvent(iEvent)) return kFALSE;
814     iEvent++;
815   }
816
817   if (!FinishRun()) return kFALSE;
818
819   return kTRUE;
820 }
821
822 //_____________________________________________________________________________
823 Bool_t AliReconstruction::InitRun(const char* input)
824 {
825   // Initialize all the stuff before
826   // going into the event loop
827   // If the second argument is given, the first one is ignored and
828   // the reconstruction works in an online mode
829   AliCodeTimerAuto("");
830
831   // Overwrite the previous setting
832   if (input) fInput = input;
833
834   // set the input in case of raw data
835   fRawReader = AliRawReader::Create(fInput.Data());
836   if (!fRawReader)
837     AliInfo("Reconstruction will run over digits");
838
839   if (!fEquipIdMap.IsNull() && fRawReader)
840     fRawReader->LoadEquipmentIdsMap(fEquipIdMap);
841
842   if (!fUseHLTData.IsNull()) {
843     // create the RawReaderHLT which performs redirection of HLT input data for
844     // the specified detectors
845     AliRawReader* pRawReader=AliRawHLTManager::CreateRawReaderHLT(fRawReader, fUseHLTData.Data());
846     if (pRawReader) {
847       fParentRawReader=fRawReader;
848       fRawReader=pRawReader;
849     } else {
850       AliError(Form("can not create Raw Reader for HLT input %s", fUseHLTData.Data()));
851     }
852   }
853
854    AliSysInfo::AddStamp("Start");
855   // get the run loader
856   if (!InitRunLoader()) return kFALSE;
857    AliSysInfo::AddStamp("LoadLoader");
858
859   // Initialize the CDB storage
860   InitCDB();
861   
862   AliSysInfo::AddStamp("LoadCDB");
863
864   // Set run number in CDBManager (if it is not already set by the user)
865   if (!SetRunNumberFromData()) if (fStopOnError) return kFALSE;
866   
867   // Set CDB lock: from now on it is forbidden to reset the run number
868   // or the default storage or to activate any further storage!
869   SetCDBLock();
870   
871   // Import ideal TGeo geometry and apply misalignment
872   if (!gGeoManager) {
873     TString geom(gSystem->DirName(fGAliceFileName));
874     geom += "/geometry.root";
875     AliGeomManager::LoadGeometry(geom.Data());
876
877     TString detsToCheck=fRunLocalReconstruction;
878     if(!AliGeomManager::CheckSymNamesLUT(detsToCheck.Data()))
879           AliFatalClass("Current loaded geometry differs in the definition of symbolic names!");
880     if (!gGeoManager) if (fStopOnError) return kFALSE;
881   }
882
883   if (!MisalignGeometry(fLoadAlignData)) if (fStopOnError) return kFALSE;
884    AliSysInfo::AddStamp("LoadGeom");
885
886
887   if (!InitGRP()) return kFALSE;
888
889
890   ftVertexer = new AliVertexerTracks(AliTracker::GetBz());
891   if(fDiamondProfile && fMeanVertexConstraint) ftVertexer->SetVtxStart(fDiamondProfile);
892
893   // get vertexer
894   if (fRunVertexFinder && !CreateVertexer()) {
895     if (fStopOnError) {
896       CleanUp(); 
897       return kFALSE;
898     }
899   }
900    AliSysInfo::AddStamp("Vertexer");
901
902   // get trackers
903   if (!fRunTracking.IsNull() && !CreateTrackers(fRunTracking)) {
904     if (fStopOnError) {
905       CleanUp(); 
906       return kFALSE;
907     }      
908   }
909    AliSysInfo::AddStamp("LoadTrackers");
910
911   // get the possibly already existing ESD file and tree
912   fesd = new AliESDEvent(); fhltesd = new AliESDEvent();
913   if (!gSystem->AccessPathName("AliESDs.root")){
914     gSystem->CopyFile("AliESDs.root", "AliESDs.old.root", kTRUE);
915     ffileOld = TFile::Open("AliESDs.old.root");
916     if (ffileOld && ffileOld->IsOpen()) {
917       ftreeOld = (TTree*) ffileOld->Get("esdTree");
918       if (ftreeOld)fesd->ReadFromTree(ftreeOld);
919       fhlttreeOld = (TTree*) ffileOld->Get("HLTesdTree");
920       if (fhlttreeOld)  fhltesd->ReadFromTree(fhlttreeOld);
921     }
922   }
923
924   // create the ESD output file and tree
925   ffile = TFile::Open("AliESDs.root", "RECREATE");
926   ffile->SetCompressionLevel(2);
927   if (!ffile->IsOpen()) {
928     AliError("opening AliESDs.root failed");
929     if (fStopOnError) {CleanUp(ffile, ffileOld); return kFALSE;}    
930   }
931
932   ftree = new TTree("esdTree", "Tree with ESD objects");
933   fesd = new AliESDEvent();
934   fesd->CreateStdContent();
935   fesd->WriteToTree(ftree);
936
937   fhlttree = new TTree("HLTesdTree", "Tree with HLT ESD objects");
938   fhltesd = new AliESDEvent();
939   fhltesd->CreateStdContent();
940   fhltesd->WriteToTree(fhlttree);
941
942
943   if (fWriteESDfriend) {
944     fesdf = new AliESDfriend();
945     TBranch *br=ftree->Branch("ESDfriend.","AliESDfriend", &fesdf);
946     br->SetFile("AliESDfriends.root");
947     fesd->AddObject(fesdf);
948   }
949
950
951
952   if (fRawReader) fRawReader->RewindEvents();
953
954   ProcInfo_t ProcInfo;
955   gSystem->GetProcInfo(&ProcInfo);
956   AliInfo(Form("Current memory usage %d %d", ProcInfo.fMemResident, ProcInfo.fMemVirtual));
957   
958   //QA
959   if (fRunQA && fRawReader && fQATasks.Contains(Form("%d", AliQA::kRAWS))) { 
960                 AliQADataMakerSteer qas ; 
961                 qas.Run(fRunLocalReconstruction, fRawReader) ; 
962                 fSameQACycle = kTRUE ; 
963   }
964   //Initialize the QA and start of cycle for out-of-cycle QA
965   if (fRunQA) {
966           TString detStr(fQADetectors) ; 
967       for (Int_t iDet = 0; iDet < fgkNDetectors; iDet++) {
968          if (!IsSelected(fgkDetectorName[iDet], detStr)) 
969                          continue;
970          AliQADataMakerRec *qadm = GetQADataMaker(iDet);  
971          if (!qadm) 
972                          continue;
973          AliInfo(Form("Initializing the QA data maker for %s", 
974                 fgkDetectorName[iDet]));
975                  if (fQATasks.Contains(Form("%d", AliQA::kRECPOINTS))) 
976                          qadm->Init(AliQA::kRECPOINTS, AliCDBManager::Instance()->GetRun());
977                  if (fQATasks.Contains(Form("%d", AliQA::kESDS)))  
978                          qadm->Init(AliQA::kESDS, AliCDBManager::Instance()->GetRun());
979          if (!fInLoopQA) {
980                          if (fQATasks.Contains(Form("%d", AliQA::kRECPOINTS))) {
981                                  qadm->StartOfCycle(AliQA::kRECPOINTS, fSameQACycle);
982                                  fSameQACycle = kTRUE;
983                          }
984                          if (fQATasks.Contains(Form("%d", AliQA::kESDS))) {  
985                                  qadm->StartOfCycle(AliQA::kESDS, fSameQACycle);
986                                  fSameQACycle = kTRUE;
987                          }
988                  }
989       }
990           if (fRunGlobalQA) {
991                   AliQADataMakerRec *qadm = GetQADataMaker(AliQA::kGLOBAL);
992                   AliInfo(Form("Initializing the global QA data maker"));
993                   if (fQATasks.Contains(Form("%d", AliQA::kRECPOINTS))) {
994                           TObjArray *arr=
995                                 qadm->Init(AliQA::kRECPOINTS, AliCDBManager::Instance()->GetRun());
996                           AliTracker::SetResidualsArray(arr);
997                   }
998                   if (fQATasks.Contains(Form("%d", AliQA::kESDS))) {
999                           qadm->Init(AliQA::kESDS, AliCDBManager::Instance()->GetRun());
1000                   }
1001                   if (!fInLoopQA) {
1002                           fSameQACycle = kFALSE;
1003                           if (fQATasks.Contains(Form("%d", AliQA::kRECPOINTS))) {                                 
1004                                   qadm->StartOfCycle(AliQA::kRECPOINTS, fSameQACycle);
1005                                   fSameQACycle = kTRUE;
1006                           }
1007                           if (fQATasks.Contains(Form("%d", AliQA::kESDS))) { 
1008                                   qadm->StartOfCycle(AliQA::kESDS, fSameQACycle);
1009                                   fSameQACycle = kTRUE; 
1010                           }
1011                   }
1012           }
1013   }
1014
1015   //Initialize the Plane Efficiency framework
1016   if (fRunPlaneEff && !InitPlaneEff()) {
1017     if(fStopOnError) {CleanUp(ffile, ffileOld); return kFALSE;}
1018   }
1019
1020   if (strcmp(gProgName,"alieve") == 0)
1021     fRunAliEVE = InitAliEVE();
1022
1023   return kTRUE;
1024 }
1025
1026 //_____________________________________________________________________________
1027 Bool_t AliReconstruction::RunEvent(Int_t iEvent)
1028 {
1029   // run the reconstruction over a single event
1030   // The event loop is steered in Run method
1031
1032   AliCodeTimerAuto("");
1033
1034   if (iEvent >= fRunLoader->GetNumberOfEvents()) {
1035     fRunLoader->SetEventNumber(iEvent);
1036     fRunLoader->GetHeader()->Reset(fRawReader->GetRunNumber(), 
1037                                    iEvent, iEvent);
1038     //??      fRunLoader->MakeTree("H");
1039     fRunLoader->TreeE()->Fill();
1040   }
1041
1042   if ((iEvent < fFirstEvent) || ((fLastEvent >= 0) && (iEvent > fLastEvent))) {
1043     // copy old ESD to the new one
1044     if (ftreeOld) {
1045       fesd->ReadFromTree(ftreeOld);
1046       ftreeOld->GetEntry(iEvent);
1047       ftree->Fill();
1048     }
1049     if (fhlttreeOld) {
1050       fhltesd->ReadFromTree(fhlttreeOld);
1051       fhlttreeOld->GetEntry(iEvent);
1052       fhlttree->Fill();
1053     }
1054     return kTRUE;
1055   }
1056
1057   AliInfo(Form("processing event %d", iEvent));
1058
1059     //Start of cycle for the in-loop QA
1060     if (fInLoopQA) {
1061        if (fRunQA) {
1062                   fSameQACycle = kFALSE ;
1063           TString detStr(fQADetectors); 
1064           for (Int_t iDet = 0; iDet < fgkNDetectors; iDet++) {
1065              if (!IsSelected(fgkDetectorName[iDet], detStr)) 
1066                                  continue;
1067              AliQADataMakerRec *qadm = GetQADataMaker(iDet);  
1068              if (!qadm) 
1069                                  continue;
1070                           if (fQATasks.Contains(Form("%d", AliQA::kRECPOINTS))) {
1071                                   qadm->StartOfCycle(AliQA::kRECPOINTS, fSameQACycle);
1072                                   fSameQACycle = kTRUE;
1073                           }
1074                           if (fQATasks.Contains(Form("%d", AliQA::kESDS))) {
1075                                   qadm->StartOfCycle(AliQA::kESDS, fSameQACycle) ;
1076                                   fSameQACycle = kTRUE;
1077                           }
1078           }
1079                    if (fRunGlobalQA) {
1080                            fSameQACycle = kFALSE;
1081                            AliQADataMakerRec *qadm = GetQADataMaker(AliQA::kGLOBAL);
1082                            if (fQATasks.Contains(Form("%d", AliQA::kRECPOINTS))) {
1083                                    qadm->StartOfCycle(AliQA::kRECPOINTS, fSameQACycle);
1084                                    fSameQACycle = kTRUE;
1085                            }
1086                            if (fQATasks.Contains(Form("%d", AliQA::kESDS))) {
1087                                    qadm->StartOfCycle(AliQA::kESDS, fSameQACycle);
1088                                    fSameQACycle = kTRUE;
1089                            }
1090                    }               
1091            }
1092     }
1093
1094     fRunLoader->GetEvent(iEvent);
1095
1096     char aFileName[256];
1097     sprintf(aFileName, "ESD_%d.%d_final.root", 
1098             fRunLoader->GetHeader()->GetRun(), 
1099             fRunLoader->GetHeader()->GetEventNrInRun());
1100     if (!gSystem->AccessPathName(aFileName)) return kTRUE;
1101
1102     // local single event reconstruction
1103     if (!fRunLocalReconstruction.IsNull()) {
1104       TString detectors=fRunLocalReconstruction;
1105       // run HLT event reconstruction first
1106       // ;-( IsSelected changes the string
1107       if (IsSelected("HLT", detectors) &&
1108           !RunLocalEventReconstruction("HLT")) {
1109         if (fStopOnError) {CleanUp(ffile, ffileOld); return kFALSE;}
1110       }
1111       detectors=fRunLocalReconstruction;
1112       detectors.ReplaceAll("HLT", "");
1113       if (!RunLocalEventReconstruction(detectors)) {
1114         if (fStopOnError) {CleanUp(ffile, ffileOld); return kFALSE;}
1115       }
1116     }
1117
1118     fesd->SetRunNumber(fRunLoader->GetHeader()->GetRun());
1119     fhltesd->SetRunNumber(fRunLoader->GetHeader()->GetRun());
1120     fesd->SetEventNumberInFile(fRunLoader->GetHeader()->GetEventNrInRun());
1121     fhltesd->SetEventNumberInFile(fRunLoader->GetHeader()->GetEventNrInRun());
1122     
1123     // Set magnetic field from the tracker
1124     fesd->SetMagneticField(AliTracker::GetBz());
1125     fhltesd->SetMagneticField(AliTracker::GetBz());
1126
1127     
1128     
1129     // Fill raw-data error log into the ESD
1130     if (fRawReader) FillRawDataErrorLog(iEvent,fesd);
1131
1132     // vertex finder
1133     if (fRunVertexFinder) {
1134       if (!ReadESD(fesd, "vertex")) {
1135         if (!RunVertexFinder(fesd)) {
1136           if (fStopOnError) {CleanUp(ffile, ffileOld); return kFALSE;}
1137         }
1138         if (fCheckPointLevel > 0) WriteESD(fesd, "vertex");
1139       }
1140     }
1141
1142     // Muon tracking
1143     if (!fRunTracking.IsNull()) {
1144       if (fRunMuonTracking) {
1145         if (!RunMuonTracking(fesd)) {
1146           if (fStopOnError) {CleanUp(ffile, ffileOld); return kFALSE;}
1147         }
1148       }
1149     }
1150
1151     // barrel tracking
1152     if (!fRunTracking.IsNull()) {
1153       if (!ReadESD(fesd, "tracking")) {
1154         if (!RunTracking(fesd)) {
1155           if (fStopOnError) {CleanUp(ffile, ffileOld); return kFALSE;}
1156         }
1157         if (fCheckPointLevel > 0) WriteESD(fesd, "tracking");
1158       }
1159     }
1160
1161     // fill ESD
1162     if (!fFillESD.IsNull()) {
1163       TString detectors=fFillESD;
1164       // run HLT first and on hltesd
1165       // ;-( IsSelected changes the string
1166       if (IsSelected("HLT", detectors) &&
1167           !FillESD(fhltesd, "HLT")) {
1168         if (fStopOnError) {CleanUp(ffile, ffileOld); return kFALSE;}
1169       }
1170       detectors=fFillESD;
1171       // Temporary fix to avoid problems with HLT that overwrites the offline ESDs
1172       if (detectors.Contains("ALL")) {
1173         detectors="";
1174         for (Int_t idet=0; idet<fgkNDetectors; ++idet){
1175           detectors += fgkDetectorName[idet];
1176           detectors += " ";
1177         }
1178       }
1179       detectors.ReplaceAll("HLT", "");
1180       if (!FillESD(fesd, detectors)) {
1181         if (fStopOnError) {CleanUp(ffile, ffileOld); return kFALSE;}
1182       }
1183     }
1184   
1185     // fill Event header information from the RawEventHeader
1186     if (fRawReader){FillRawEventHeaderESD(fesd);}
1187
1188     // combined PID
1189     AliESDpid::MakePID(fesd);
1190     if (fCheckPointLevel > 1) WriteESD(fesd, "PID");
1191
1192     if (fFillTriggerESD) {
1193       if (!ReadESD(fesd, "trigger")) {
1194         if (!FillTriggerESD(fesd)) {
1195           if (fStopOnError) {CleanUp(ffile, ffileOld); return kFALSE;}
1196         }
1197         if (fCheckPointLevel > 1) WriteESD(fesd, "trigger");
1198       }
1199     }
1200
1201     ffile->cd();
1202
1203     //
1204     // Propagate track to the beam pipe  (if not already done by ITS)
1205     //
1206     const Int_t ntracks = fesd->GetNumberOfTracks();
1207     const Double_t kBz = fesd->GetMagneticField();
1208     const Double_t kRadius  = 2.8; //something less than the beam pipe radius
1209
1210     TObjArray trkArray;
1211     UShort_t *selectedIdx=new UShort_t[ntracks];
1212
1213     for (Int_t itrack=0; itrack<ntracks; itrack++){
1214       const Double_t kMaxStep = 5;   //max step over the material
1215       Bool_t ok;
1216
1217       AliESDtrack *track = fesd->GetTrack(itrack);
1218       if (!track) continue;
1219
1220       AliExternalTrackParam *tpcTrack =
1221            (AliExternalTrackParam *)track->GetTPCInnerParam();
1222       ok = kFALSE;
1223       if (tpcTrack)
1224         ok = AliTracker::
1225           PropagateTrackTo(tpcTrack,kRadius,track->GetMass(),kMaxStep,kTRUE);
1226
1227       if (ok) {
1228         Int_t n=trkArray.GetEntriesFast();
1229         selectedIdx[n]=track->GetID();
1230         trkArray.AddLast(tpcTrack);
1231       }
1232
1233       //Tracks refitted by ITS should already be at the SPD vertex
1234       if (track->IsOn(AliESDtrack::kITSrefit)) continue;
1235
1236       AliTracker::
1237          PropagateTrackTo(track,kRadius,track->GetMass(),kMaxStep,kTRUE);
1238       track->RelateToVertex(fesd->GetPrimaryVertexSPD(), kBz, kVeryBig);
1239
1240     }
1241
1242     //
1243     // Improve the reconstructed primary vertex position using the tracks
1244     //
1245     TObject *obj = fOptions.FindObject("ITS");
1246     if (obj) {
1247       TString optITS = obj->GetTitle();
1248       if (optITS.Contains("cosmics") || optITS.Contains("COSMICS")) 
1249         fRunVertexFinderTracks=kFALSE;
1250     }
1251     if (fRunVertexFinderTracks) {
1252        // TPC + ITS primary vertex
1253        ftVertexer->SetITSrefitRequired();
1254        if(fDiamondProfile && fMeanVertexConstraint) {
1255          ftVertexer->SetVtxStart(fDiamondProfile);
1256        } else {
1257          ftVertexer->SetConstraintOff();
1258        }
1259        AliESDVertex *pvtx=ftVertexer->FindPrimaryVertex(fesd);
1260        if (pvtx) {
1261           if (pvtx->GetStatus()) {
1262              fesd->SetPrimaryVertex(pvtx);
1263              for (Int_t i=0; i<ntracks; i++) {
1264                  AliESDtrack *t = fesd->GetTrack(i);
1265                  t->RelateToVertex(pvtx, kBz, kVeryBig);
1266              } 
1267           }
1268        }
1269
1270        // TPC-only primary vertex
1271        ftVertexer->SetITSrefitNotRequired();
1272        if(fDiamondProfileTPC && fMeanVertexConstraint) {
1273          ftVertexer->SetVtxStart(fDiamondProfileTPC);
1274        } else {
1275          ftVertexer->SetConstraintOff();
1276        }
1277        pvtx=ftVertexer->FindPrimaryVertex(&trkArray,selectedIdx);
1278        if (pvtx) {
1279           if (pvtx->GetStatus()) {
1280              fesd->SetPrimaryVertexTPC(pvtx);
1281              for (Int_t i=0; i<ntracks; i++) {
1282                  AliESDtrack *t = fesd->GetTrack(i);
1283                  t->RelateToVertexTPC(pvtx, kBz, kVeryBig);
1284              } 
1285           }
1286        }
1287
1288     }
1289     delete[] selectedIdx;
1290
1291     if(fDiamondProfile) fesd->SetDiamond(fDiamondProfile);
1292     
1293
1294     if (fRunV0Finder) {
1295        // V0 finding
1296        AliV0vertexer vtxer;
1297        vtxer.Tracks2V0vertices(fesd);
1298
1299        if (fRunCascadeFinder) {
1300           // Cascade finding
1301           AliCascadeVertexer cvtxer;
1302           cvtxer.V0sTracks2CascadeVertices(fesd);
1303        }
1304     }
1305  
1306     // write ESD
1307     if (fCleanESD) CleanESD(fesd);
1308
1309         if (fRunQA) {
1310                 if (fRunGlobalQA) {
1311                         AliQADataMakerRec *qadm = GetQADataMaker(AliQA::kGLOBAL);
1312                         if (qadm && fQATasks.Contains(Form("%d", AliQA::kESDS)))
1313                                 qadm->Exec(AliQA::kESDS, fesd);
1314                 }
1315         }
1316
1317     if (fWriteESDfriend) {
1318       fesdf->~AliESDfriend();
1319       new (fesdf) AliESDfriend(); // Reset...
1320       fesd->GetESDfriend(fesdf);
1321     }
1322     ftree->Fill();
1323
1324     // write HLT ESD
1325     fhlttree->Fill();
1326
1327     // call AliEVE
1328     if (fRunAliEVE) RunAliEVE();
1329
1330     if (fCheckPointLevel > 0)  WriteESD(fesd, "final"); 
1331     fesd->Reset();
1332     fhltesd->Reset();
1333     if (fWriteESDfriend) {
1334       fesdf->~AliESDfriend();
1335       new (fesdf) AliESDfriend(); // Reset...
1336     }
1337  
1338     ProcInfo_t ProcInfo;
1339     gSystem->GetProcInfo(&ProcInfo);
1340     AliInfo(Form("Event %d -> Current memory usage %d %d",iEvent, ProcInfo.fMemResident, ProcInfo.fMemVirtual));
1341   
1342
1343   // End of cycle for the in-loop  
1344      if (fInLoopQA) {
1345         if (fRunQA) {
1346            RunQA(fesd);
1347            for (Int_t iDet = 0; iDet < fgkNDetectors; iDet++) {
1348                            if (!IsSelected(fgkDetectorName[iDet], fQADetectors)) 
1349                                    continue;
1350                            AliQADataMakerRec * qadm = GetQADataMaker(iDet);
1351                            if (!qadm)
1352                                    continue;
1353                            if (fQATasks.Contains(Form("%d", AliQA::kRECPOINTS))) 
1354                                    qadm->EndOfCycle(AliQA::kRECPOINTS);
1355                            if (fQATasks.Contains(Form("%d", AliQA::kESDS))) 
1356                                    qadm->EndOfCycle(AliQA::kESDS);
1357                            qadm->Finish();
1358                    }
1359         }
1360         if (fRunGlobalQA) {
1361            AliQADataMakerRec *qadm = GetQADataMaker(AliQA::kGLOBAL);
1362            if (qadm) {
1363                            if (fQATasks.Contains(Form("%d", AliQA::kRECPOINTS))) 
1364                                    qadm->EndOfCycle(AliQA::kRECPOINTS);
1365                            if (fQATasks.Contains(Form("%d", AliQA::kESDS))) 
1366                                    qadm->EndOfCycle(AliQA::kESDS);
1367                            qadm->Finish();
1368                    }
1369         }
1370      }
1371
1372      return kTRUE;
1373 }
1374
1375 //_____________________________________________________________________________
1376 Bool_t AliReconstruction::FinishRun()
1377 {
1378   // Finalize the run
1379   // Called after the exit
1380   // from the event loop
1381   AliCodeTimerAuto("");
1382
1383   if (fIsNewRunLoader) { // galice.root didn't exist
1384     fRunLoader->WriteHeader("OVERWRITE");
1385     fRunLoader->CdGAFile();
1386     fRunLoader->Write(0, TObject::kOverwrite);
1387   }
1388
1389   ftree->GetUserInfo()->Add(fesd);
1390   fhlttree->GetUserInfo()->Add(fhltesd);
1391   
1392   const TMap *cdbMap = AliCDBManager::Instance()->GetStorageMap();       
1393   const TList *cdbList = AliCDBManager::Instance()->GetRetrievedIds();   
1394                  
1395    TMap *cdbMapCopy = new TMap(cdbMap->GetEntries());    
1396    cdbMapCopy->SetOwner(1);      
1397    cdbMapCopy->SetName("cdbMap");        
1398    TIter iter(cdbMap->GetTable());       
1399          
1400    TPair* pair = 0;      
1401    while((pair = dynamic_cast<TPair*> (iter.Next()))){   
1402          TObjString* keyStr = dynamic_cast<TObjString*> (pair->Key());   
1403          TObjString* valStr = dynamic_cast<TObjString*> (pair->Value());         
1404          cdbMapCopy->Add(new TObjString(keyStr->GetName()), new TObjString(valStr->GetName()));  
1405    }     
1406          
1407    TList *cdbListCopy = new TList();     
1408    cdbListCopy->SetOwner(1);     
1409    cdbListCopy->SetName("cdbList");      
1410          
1411    TIter iter2(cdbList);         
1412          
1413    AliCDBId* id=0;       
1414    while((id = dynamic_cast<AliCDBId*> (iter2.Next()))){         
1415          cdbListCopy->Add(new TObjString(id->ToString().Data()));        
1416    }     
1417          
1418    ftree->GetUserInfo()->Add(cdbMapCopy);        
1419    ftree->GetUserInfo()->Add(cdbListCopy);
1420
1421
1422   if(fESDPar.Contains("ESD.par")){
1423     AliInfo("Attaching ESD.par to Tree");
1424     TNamed *fn = CopyFileToTNamed(fESDPar.Data(),"ESD.par");
1425     ftree->GetUserInfo()->Add(fn);
1426   }
1427
1428
1429   ffile->cd();
1430
1431   if (fWriteESDfriend)
1432     ftree->SetBranchStatus("ESDfriend*",0);
1433   // we want to have only one tree version number
1434   ftree->Write(ftree->GetName(),TObject::kOverwrite);
1435   fhlttree->Write();
1436
1437 // Finish with Plane Efficiency evaluation: before of CleanUp !!!
1438   if (fRunPlaneEff && !FinishPlaneEff()) {
1439    AliWarning("Finish PlaneEff evaluation failed");
1440   }
1441
1442   gROOT->cd();
1443   CleanUp(ffile, ffileOld);
1444     
1445   if (fWriteAOD) {
1446     AliWarning("AOD creation not supported anymore during reconstruction. See ANALYSIS/AliAnalysisTaskESDfilter.cxx instead.");
1447   }
1448
1449   // Create tags for the events in the ESD tree (the ESD tree is always present)
1450   // In case of empty events the tags will contain dummy values
1451   AliESDTagCreator *esdtagCreator = new AliESDTagCreator();
1452   esdtagCreator->CreateESDTags(fFirstEvent,fLastEvent,fGRPData);
1453   if (fWriteAOD) {
1454     AliWarning("AOD tag creation not supported anymore during reconstruction.");
1455   }
1456
1457   //Finish QA and end of cycle for out-of-loop QA
1458   if (!fInLoopQA) {
1459           if (fRunQA) {
1460                   AliQADataMakerSteer qas;
1461                   if (fQATasks.Contains(Form("%d", AliQA::kRECPOINTS))) 
1462                           qas.Run(fRunLocalReconstruction.Data(), AliQA::kRECPOINTS, fSameQACycle);
1463                   //qas.Reset() ;
1464                   if (fQATasks.Contains(Form("%d", AliQA::kESDS))) 
1465                           qas.Run(fRunLocalReconstruction.Data(), AliQA::kESDS, fSameQACycle);
1466                   if (fRunGlobalQA) {
1467                          AliQADataMakerRec *qadm = GetQADataMaker(AliQA::kGLOBAL);
1468                           if (qadm) {
1469                                   if (fQATasks.Contains(Form("%d", AliQA::kRECPOINTS))) 
1470                                           qadm->EndOfCycle(AliQA::kRECPOINTS);
1471                                   if (fQATasks.Contains(Form("%d", AliQA::kESDS))) 
1472                                           qadm->EndOfCycle(AliQA::kESDS);
1473                                   qadm->Finish();
1474                           }
1475                   }
1476           }
1477   }
1478   
1479   // Cleanup of CDB manager: cache and active storages!
1480   AliCDBManager::Instance()->ClearCache();
1481   
1482   return kTRUE;
1483 }
1484
1485
1486 //_____________________________________________________________________________
1487 Bool_t AliReconstruction::RunLocalReconstruction(const TString& /*detectors*/)
1488 {
1489 // run the local reconstruction
1490   static Int_t eventNr=0;
1491   AliCodeTimerAuto("")
1492
1493  //  AliCDBManager* man = AliCDBManager::Instance();
1494 //   Bool_t origCache = man->GetCacheFlag();
1495
1496 //   TString detStr = detectors;
1497 //   for (Int_t iDet = 0; iDet < fgkNDetectors; iDet++) {
1498 //     if (!IsSelected(fgkDetectorName[iDet], detStr)) continue;
1499 //     AliReconstructor* reconstructor = GetReconstructor(iDet);
1500 //     if (!reconstructor) continue;
1501 //     if (reconstructor->HasLocalReconstruction()) continue;
1502
1503 //     AliCodeTimerStart(Form("running reconstruction for %s", fgkDetectorName[iDet]));
1504 //     AliInfo(Form("running reconstruction for %s", fgkDetectorName[iDet]));
1505     
1506 //     AliCodeTimerStart(Form("Loading calibration data from OCDB for %s", fgkDetectorName[iDet]));                          
1507 //     AliInfo(Form("Loading calibration data from OCDB for %s", fgkDetectorName[iDet]));
1508
1509 //     man->SetCacheFlag(kTRUE);
1510 //     TString calibPath = Form("%s/Calib/*", fgkDetectorName[iDet]);
1511 //     man->GetAll(calibPath); // entries are cached!
1512
1513 //     AliCodeTimerStop(Form("Loading calibration data from OCDB for %s", fgkDetectorName[iDet]));
1514      
1515 //     if (fRawReader) {
1516 //       fRawReader->RewindEvents();
1517 //       reconstructor->Reconstruct(fRunLoader, fRawReader);
1518 //     } else {
1519 //       reconstructor->Reconstruct(fRunLoader);
1520 //     }
1521      
1522 //      AliCodeTimerStop(Form("running reconstruction for %s", fgkDetectorName[iDet]));
1523     // AliSysInfo::AddStamp(Form("LRec%s_%d",fgkDetectorName[iDet],eventNr));
1524
1525 //     // unload calibration data
1526 //     man->UnloadFromCache(calibPath);
1527 //     //man->ClearCache();
1528 //   }
1529
1530 //   man->SetCacheFlag(origCache);
1531
1532 //   if ((detStr.CompareTo("ALL") != 0) && !detStr.IsNull()) {
1533 //     AliError(Form("the following detectors were not found: %s",
1534 //                   detStr.Data()));
1535 //     if (fStopOnError) return kFALSE;
1536 //   }
1537
1538           eventNr++;
1539   return kTRUE;
1540 }
1541
1542 //_____________________________________________________________________________
1543 Bool_t AliReconstruction::RunLocalEventReconstruction(const TString& detectors)
1544 {
1545 // run the local reconstruction
1546
1547   static Int_t eventNr=0;
1548   AliCodeTimerAuto("")
1549
1550   TString detStr = detectors;
1551   for (Int_t iDet = 0; iDet < fgkNDetectors; iDet++) {
1552     if (!IsSelected(fgkDetectorName[iDet], detStr)) continue;
1553     AliReconstructor* reconstructor = GetReconstructor(iDet);
1554     if (!reconstructor) continue;
1555     AliLoader* loader = fLoader[iDet];
1556     // Matthias April 2008: temporary fix to run HLT reconstruction
1557     // although the HLT loader is missing
1558     if (strcmp(fgkDetectorName[iDet], "HLT")==0) {
1559       if (fRawReader) {
1560         reconstructor->Reconstruct(fRawReader, NULL);
1561       } else {
1562         TTree* dummy=NULL;
1563         reconstructor->Reconstruct(dummy, NULL);
1564       }
1565       continue;
1566     }
1567     if (!loader) {
1568       AliWarning(Form("No loader is defined for %s!",fgkDetectorName[iDet]));
1569       continue;
1570     }
1571     // conversion of digits
1572     if (fRawReader && reconstructor->HasDigitConversion()) {
1573       AliInfo(Form("converting raw data digits into root objects for %s", 
1574                    fgkDetectorName[iDet]));
1575       AliCodeTimerAuto(Form("converting raw data digits into root objects for %s", 
1576                             fgkDetectorName[iDet]));
1577       loader->LoadDigits("update");
1578       loader->CleanDigits();
1579       loader->MakeDigitsContainer();
1580       TTree* digitsTree = loader->TreeD();
1581       reconstructor->ConvertDigits(fRawReader, digitsTree);
1582       loader->WriteDigits("OVERWRITE");
1583       loader->UnloadDigits();
1584     }
1585     // local reconstruction
1586     AliInfo(Form("running reconstruction for %s", fgkDetectorName[iDet]));
1587     AliCodeTimerAuto(Form("running reconstruction for %s", fgkDetectorName[iDet]));
1588     loader->LoadRecPoints("update");
1589     loader->CleanRecPoints();
1590     loader->MakeRecPointsContainer();
1591     TTree* clustersTree = loader->TreeR();
1592     if (fRawReader && !reconstructor->HasDigitConversion()) {
1593       reconstructor->Reconstruct(fRawReader, clustersTree);
1594     } else {
1595       loader->LoadDigits("read");
1596       TTree* digitsTree = loader->TreeD();
1597       if (!digitsTree) {
1598         AliError(Form("Can't get the %s digits tree", fgkDetectorName[iDet]));
1599         if (fStopOnError) return kFALSE;
1600       } else {
1601         reconstructor->Reconstruct(digitsTree, clustersTree);
1602       }
1603       loader->UnloadDigits();
1604     }
1605
1606     // In-loop QA for local reconstrucion 
1607     if (fRunQA && fInLoopQA) {
1608        AliQADataMakerRec * qadm = GetQADataMaker(iDet);
1609        if (qadm) {
1610           //AliCodeTimerStart
1611           //(Form("Running QA data maker for %s", fgkDetectorName[iDet]));
1612           //AliInfo
1613           //(Form("Running QA data maker for %s", fgkDetectorName[iDet]));
1614
1615                    if (fQATasks.Contains(Form("%d", AliQA::kRECPOINTS))) 
1616                            qadm->Exec(AliQA::kRECPOINTS, clustersTree) ;
1617           //AliCodeTimerStop
1618           //(Form("Running QA data maker for %s", fgkDetectorName[iDet]));
1619        }
1620     }
1621
1622     loader->WriteRecPoints("OVERWRITE");
1623     loader->UnloadRecPoints();
1624     AliSysInfo::AddStamp(Form("LRec%s_%d",fgkDetectorName[iDet],eventNr), iDet,1,eventNr);
1625   }
1626
1627   if ((detStr.CompareTo("ALL") != 0) && !detStr.IsNull()) {
1628     AliError(Form("the following detectors were not found: %s",
1629                   detStr.Data()));
1630     if (fStopOnError) return kFALSE;
1631   }
1632   eventNr++;
1633   return kTRUE;
1634 }
1635
1636 //_____________________________________________________________________________
1637 Bool_t AliReconstruction::RunVertexFinder(AliESDEvent*& esd)
1638 {
1639 // run the barrel tracking
1640
1641   AliCodeTimerAuto("")
1642
1643   AliESDVertex* vertex = NULL;
1644   Double_t vtxPos[3] = {0, 0, 0};
1645   Double_t vtxErr[3] = {0.07, 0.07, 0.1};
1646   TArrayF mcVertex(3); 
1647   if (fRunLoader->GetHeader() && fRunLoader->GetHeader()->GenEventHeader()) {
1648     fRunLoader->GetHeader()->GenEventHeader()->PrimaryVertex(mcVertex);
1649     for (Int_t i = 0; i < 3; i++) vtxPos[i] = mcVertex[i];
1650   }
1651
1652   if (fVertexer) {
1653     AliInfo("running the ITS vertex finder");
1654     if (fLoader[0]) {
1655       fLoader[0]->LoadRecPoints();
1656       TTree* cltree = fLoader[0]->TreeR();
1657       if (cltree) {
1658         if(fDiamondProfile) fVertexer->SetVtxStart(fDiamondProfile);
1659         vertex = fVertexer->FindVertexForCurrentEvent(cltree);
1660       }
1661       else {
1662         AliError("Can't get the ITS cluster tree");
1663       }
1664       fLoader[0]->UnloadRecPoints();
1665     }
1666     else {
1667       AliError("Can't get the ITS loader");
1668     }
1669     if(!vertex){
1670       AliWarning("Vertex not found");
1671       vertex = new AliESDVertex();
1672       vertex->SetName("default");
1673     }
1674     else {
1675       vertex->SetName("reconstructed");
1676     }
1677
1678   } else {
1679     AliInfo("getting the primary vertex from MC");
1680     vertex = new AliESDVertex(vtxPos, vtxErr);
1681   }
1682
1683   if (vertex) {
1684     vertex->GetXYZ(vtxPos);
1685     vertex->GetSigmaXYZ(vtxErr);
1686   } else {
1687     AliWarning("no vertex reconstructed");
1688     vertex = new AliESDVertex(vtxPos, vtxErr);
1689   }
1690   esd->SetPrimaryVertexSPD(vertex);
1691   // if SPD multiplicity has been determined, it is stored in the ESD
1692   AliMultiplicity *mult = fVertexer->GetMultiplicity();
1693   if(mult)esd->SetMultiplicity(mult);
1694
1695   for (Int_t iDet = 0; iDet < fgkNDetectors; iDet++) {
1696     if (fTracker[iDet]) fTracker[iDet]->SetVertex(vtxPos, vtxErr);
1697   }  
1698   delete vertex;
1699
1700   return kTRUE;
1701 }
1702
1703 //_____________________________________________________________________________
1704 Bool_t AliReconstruction::RunHLTTracking(AliESDEvent*& esd)
1705 {
1706 // run the HLT barrel tracking
1707
1708   AliCodeTimerAuto("")
1709
1710   if (!fRunLoader) {
1711     AliError("Missing runLoader!");
1712     return kFALSE;
1713   }
1714
1715   AliInfo("running HLT tracking");
1716
1717   // Get a pointer to the HLT reconstructor
1718   AliReconstructor *reconstructor = GetReconstructor(fgkNDetectors-1);
1719   if (!reconstructor) return kFALSE;
1720
1721   // TPC + ITS
1722   for (Int_t iDet = 1; iDet >= 0; iDet--) {
1723     TString detName = fgkDetectorName[iDet];
1724     AliDebug(1, Form("%s HLT tracking", detName.Data()));
1725     reconstructor->SetOption(detName.Data());
1726     AliTracker *tracker = reconstructor->CreateTracker();
1727     if (!tracker) {
1728       AliWarning(Form("couldn't create a HLT tracker for %s", detName.Data()));
1729       if (fStopOnError) return kFALSE;
1730       continue;
1731     }
1732     Double_t vtxPos[3];
1733     Double_t vtxErr[3]={0.005,0.005,0.010};
1734     const AliESDVertex *vertex = esd->GetVertex();
1735     vertex->GetXYZ(vtxPos);
1736     tracker->SetVertex(vtxPos,vtxErr);
1737     if(iDet != 1) {
1738       fLoader[iDet]->LoadRecPoints("read");
1739       TTree* tree = fLoader[iDet]->TreeR();
1740       if (!tree) {
1741         AliError(Form("Can't get the %s cluster tree", detName.Data()));
1742         return kFALSE;
1743       }
1744       tracker->LoadClusters(tree);
1745     }
1746     if (tracker->Clusters2Tracks(esd) != 0) {
1747       AliError(Form("HLT %s Clusters2Tracks failed", fgkDetectorName[iDet]));
1748       return kFALSE;
1749     }
1750     if(iDet != 1) {
1751       tracker->UnloadClusters();
1752     }
1753     delete tracker;
1754   }
1755
1756   return kTRUE;
1757 }
1758
1759 //_____________________________________________________________________________
1760 Bool_t AliReconstruction::RunMuonTracking(AliESDEvent*& esd)
1761 {
1762 // run the muon spectrometer tracking
1763
1764   AliCodeTimerAuto("")
1765
1766   if (!fRunLoader) {
1767     AliError("Missing runLoader!");
1768     return kFALSE;
1769   }
1770   Int_t iDet = 7; // for MUON
1771
1772   AliInfo("is running...");
1773
1774   // Get a pointer to the MUON reconstructor
1775   AliReconstructor *reconstructor = GetReconstructor(iDet);
1776   if (!reconstructor) return kFALSE;
1777
1778   
1779   TString detName = fgkDetectorName[iDet];
1780   AliDebug(1, Form("%s tracking", detName.Data()));
1781   AliTracker *tracker =  reconstructor->CreateTracker();
1782   if (!tracker) {
1783     AliWarning(Form("couldn't create a tracker for %s", detName.Data()));
1784     return kFALSE;
1785   }
1786      
1787   // read RecPoints
1788   fLoader[iDet]->LoadRecPoints("read");  
1789
1790   tracker->LoadClusters(fLoader[iDet]->TreeR());
1791   
1792   Int_t rv = tracker->Clusters2Tracks(esd);
1793   
1794   if ( rv )
1795   {
1796     AliError(Form("%s Clusters2Tracks failed", fgkDetectorName[iDet]));
1797     return kFALSE;
1798   }
1799   
1800   fLoader[iDet]->UnloadRecPoints();
1801
1802   tracker->UnloadClusters();
1803   
1804   delete tracker;
1805   
1806   return kTRUE;
1807 }
1808
1809
1810 //_____________________________________________________________________________
1811 Bool_t AliReconstruction::RunTracking(AliESDEvent*& esd)
1812 {
1813 // run the barrel tracking
1814   static Int_t eventNr=0;
1815   AliCodeTimerAuto("")
1816
1817   AliInfo("running tracking");
1818
1819   //Fill the ESD with the T0 info (will be used by the TOF) 
1820   if (fReconstructor[11] && fLoader[11]) {
1821     fLoader[11]->LoadRecPoints("READ");
1822     TTree *treeR = fLoader[11]->TreeR();
1823     GetReconstructor(11)->FillESD((TTree *)NULL,treeR,esd);
1824   }
1825
1826   // pass 1: TPC + ITS inwards
1827   for (Int_t iDet = 1; iDet >= 0; iDet--) {
1828     if (!fTracker[iDet]) continue;
1829     AliDebug(1, Form("%s tracking", fgkDetectorName[iDet]));
1830
1831     // load clusters
1832     fLoader[iDet]->LoadRecPoints("read");
1833     AliSysInfo::AddStamp(Form("RLoadCluster%s_%d",fgkDetectorName[iDet],eventNr),iDet,1, eventNr);
1834     TTree* tree = fLoader[iDet]->TreeR();
1835     if (!tree) {
1836       AliError(Form("Can't get the %s cluster tree", fgkDetectorName[iDet]));
1837       return kFALSE;
1838     }
1839     fTracker[iDet]->LoadClusters(tree);
1840     AliSysInfo::AddStamp(Form("TLoadCluster%s_%d",fgkDetectorName[iDet],eventNr), iDet,2, eventNr);
1841     // run tracking
1842     if (fTracker[iDet]->Clusters2Tracks(esd) != 0) {
1843       AliError(Form("%s Clusters2Tracks failed", fgkDetectorName[iDet]));
1844       return kFALSE;
1845     }
1846     if (fCheckPointLevel > 1) {
1847       WriteESD(esd, Form("%s.tracking", fgkDetectorName[iDet]));
1848     }
1849     // preliminary PID in TPC needed by the ITS tracker
1850     if (iDet == 1) {
1851       GetReconstructor(1)->FillESD((TTree*)NULL, (TTree*)NULL, esd);
1852       AliESDpid::MakePID(esd);
1853     } 
1854     AliSysInfo::AddStamp(Form("Tracking0%s_%d",fgkDetectorName[iDet],eventNr), iDet,3,eventNr);
1855   }
1856
1857   // pass 2: ALL backwards
1858
1859   for (Int_t iDet = 0; iDet < fgkNDetectors; iDet++) {
1860     if (!fTracker[iDet]) continue;
1861     AliDebug(1, Form("%s back propagation", fgkDetectorName[iDet]));
1862
1863     // load clusters
1864     if (iDet > 1) {     // all except ITS, TPC
1865       TTree* tree = NULL;
1866       fLoader[iDet]->LoadRecPoints("read");
1867       AliSysInfo::AddStamp(Form("RLoadCluster0%s_%d",fgkDetectorName[iDet],eventNr), iDet,1, eventNr);
1868       tree = fLoader[iDet]->TreeR();
1869       if (!tree) {
1870         AliError(Form("Can't get the %s cluster tree", fgkDetectorName[iDet]));
1871         return kFALSE;
1872       }
1873       fTracker[iDet]->LoadClusters(tree); 
1874       AliSysInfo::AddStamp(Form("TLoadCluster0%s_%d",fgkDetectorName[iDet],eventNr), iDet,2, eventNr);
1875     }
1876
1877     // run tracking
1878     if (iDet>1) // start filling residuals for the "outer" detectors
1879     if (fRunGlobalQA) AliTracker::SetFillResiduals(kTRUE);     
1880
1881     if (fTracker[iDet]->PropagateBack(esd) != 0) {
1882       AliError(Form("%s backward propagation failed", fgkDetectorName[iDet]));
1883       //      return kFALSE;
1884     }
1885     if (fCheckPointLevel > 1) {
1886       WriteESD(esd, Form("%s.back", fgkDetectorName[iDet]));
1887     }
1888
1889     // unload clusters
1890     if (iDet > 2) {     // all except ITS, TPC, TRD
1891       fTracker[iDet]->UnloadClusters();
1892       fLoader[iDet]->UnloadRecPoints();
1893     }
1894     // updated PID in TPC needed by the ITS tracker -MI
1895     if (iDet == 1) {
1896       GetReconstructor(1)->FillESD((TTree*)NULL, (TTree*)NULL, esd);
1897       AliESDpid::MakePID(esd);
1898     }
1899     AliSysInfo::AddStamp(Form("Tracking1%s_%d",fgkDetectorName[iDet],eventNr), iDet,3, eventNr);
1900   }
1901   //stop filling residuals for the "outer" detectors
1902   if (fRunGlobalQA) AliTracker::SetFillResiduals(kFALSE);     
1903
1904   // write space-points to the ESD in case alignment data output
1905   // is switched on
1906   if (fWriteAlignmentData)
1907     WriteAlignmentData(esd);
1908
1909   // pass 3: TRD + TPC + ITS refit inwards
1910
1911   for (Int_t iDet = 2; iDet >= 0; iDet--) {
1912     if (!fTracker[iDet]) continue;
1913     AliDebug(1, Form("%s inward refit", fgkDetectorName[iDet]));
1914
1915     // run tracking
1916     if (iDet<2) // start filling residuals for TPC and ITS
1917     if (fRunGlobalQA) AliTracker::SetFillResiduals(kTRUE);     
1918
1919     if (fTracker[iDet]->RefitInward(esd) != 0) {
1920       AliError(Form("%s inward refit failed", fgkDetectorName[iDet]));
1921       //      return kFALSE;
1922     }
1923     // run postprocessing
1924     if (fTracker[iDet]->PostProcess(esd) != 0) {
1925       AliError(Form("%s postprocessing failed", fgkDetectorName[iDet]));
1926       //      return kFALSE;
1927     }
1928     if (fCheckPointLevel > 1) {
1929       WriteESD(esd, Form("%s.refit", fgkDetectorName[iDet]));
1930     }
1931     AliSysInfo::AddStamp(Form("Tracking2%s_%d",fgkDetectorName[iDet],eventNr), iDet,3, eventNr);
1932     // unload clusters
1933     fTracker[iDet]->UnloadClusters();
1934     AliSysInfo::AddStamp(Form("TUnloadCluster%s_%d",fgkDetectorName[iDet],eventNr), iDet,4, eventNr);
1935     fLoader[iDet]->UnloadRecPoints();
1936     AliSysInfo::AddStamp(Form("RUnloadCluster%s_%d",fgkDetectorName[iDet],eventNr), iDet,5, eventNr);
1937   }
1938   // stop filling residuals for TPC and ITS
1939   if (fRunGlobalQA) AliTracker::SetFillResiduals(kFALSE);     
1940
1941   eventNr++;
1942   return kTRUE;
1943 }
1944
1945 //_____________________________________________________________________________
1946 Bool_t AliReconstruction::CleanESD(AliESDEvent *esd){
1947   //
1948   // Remove the data which are not needed for the physics analysis.
1949   //
1950
1951   Int_t nTracks=esd->GetNumberOfTracks();
1952   Int_t nV0s=esd->GetNumberOfV0s();
1953   AliInfo
1954   (Form("Number of ESD tracks and V0s before cleaning: %d %d",nTracks,nV0s));
1955
1956   Float_t cleanPars[]={fV0DCAmax,fV0CsPmin,fDmax,fZmax};
1957   Bool_t rc=esd->Clean(cleanPars);
1958
1959   nTracks=esd->GetNumberOfTracks();
1960   nV0s=esd->GetNumberOfV0s();
1961   AliInfo
1962   (Form("Number of ESD tracks and V0s after cleaning %d %d",nTracks,nV0s));
1963
1964   return rc;
1965 }
1966
1967 //_____________________________________________________________________________
1968 Bool_t AliReconstruction::FillESD(AliESDEvent*& esd, const TString& detectors)
1969 {
1970 // fill the event summary data
1971
1972   AliCodeTimerAuto("")
1973     static Int_t eventNr=0; 
1974   TString detStr = detectors;
1975   
1976   for (Int_t iDet = 0; iDet < fgkNDetectors; iDet++) {
1977   if (!IsSelected(fgkDetectorName[iDet], detStr)) continue;
1978     AliReconstructor* reconstructor = GetReconstructor(iDet);
1979     if (!reconstructor) continue;
1980     if (!ReadESD(esd, fgkDetectorName[iDet])) {
1981       AliDebug(1, Form("filling ESD for %s", fgkDetectorName[iDet]));
1982       TTree* clustersTree = NULL;
1983       if (fLoader[iDet]) {
1984         fLoader[iDet]->LoadRecPoints("read");
1985         clustersTree = fLoader[iDet]->TreeR();
1986         if (!clustersTree) {
1987           AliError(Form("Can't get the %s clusters tree", 
1988                         fgkDetectorName[iDet]));
1989           if (fStopOnError) return kFALSE;
1990         }
1991       }
1992       if (fRawReader && !reconstructor->HasDigitConversion()) {
1993         reconstructor->FillESD(fRawReader, clustersTree, esd);
1994       } else {
1995         TTree* digitsTree = NULL;
1996         if (fLoader[iDet]) {
1997           fLoader[iDet]->LoadDigits("read");
1998           digitsTree = fLoader[iDet]->TreeD();
1999           if (!digitsTree) {
2000             AliError(Form("Can't get the %s digits tree", 
2001                           fgkDetectorName[iDet]));
2002             if (fStopOnError) return kFALSE;
2003           }
2004         }
2005         reconstructor->FillESD(digitsTree, clustersTree, esd);
2006         if (fLoader[iDet]) fLoader[iDet]->UnloadDigits();
2007       }
2008       if (fLoader[iDet]) {
2009         fLoader[iDet]->UnloadRecPoints();
2010       }
2011
2012       if (fCheckPointLevel > 2) WriteESD(esd, fgkDetectorName[iDet]);
2013     }
2014   }
2015
2016   if ((detStr.CompareTo("ALL") != 0) && !detStr.IsNull()) {
2017     AliError(Form("the following detectors were not found: %s", 
2018                   detStr.Data()));
2019     if (fStopOnError) return kFALSE;
2020   }
2021   AliSysInfo::AddStamp(Form("FillESD%d",eventNr), 0,1, eventNr);
2022   eventNr++;
2023   return kTRUE;
2024 }
2025
2026 //_____________________________________________________________________________
2027 Bool_t AliReconstruction::FillTriggerESD(AliESDEvent*& esd)
2028 {
2029   // Reads the trigger decision which is
2030   // stored in Trigger.root file and fills
2031   // the corresponding esd entries
2032
2033   AliCodeTimerAuto("")
2034   
2035   AliInfo("Filling trigger information into the ESD");
2036
2037   AliCentralTrigger *aCTP = NULL;
2038
2039   if (fRawReader) {
2040     AliCTPRawStream input(fRawReader);
2041     if (!input.Next()) {
2042       AliWarning("No valid CTP (trigger) DDL raw data is found ! The trigger mask will be taken from the event header, trigger cluster mask will be empty !");
2043       ULong64_t mask = (((ULong64_t)fRawReader->GetTriggerPattern()[1]) << 32) +
2044         fRawReader->GetTriggerPattern()[0];
2045       esd->SetTriggerMask(mask);
2046       esd->SetTriggerCluster(0);
2047     }
2048     else {
2049       esd->SetTriggerMask(input.GetClassMask());
2050       esd->SetTriggerCluster(input.GetClusterMask());
2051     }
2052
2053     aCTP = new AliCentralTrigger();
2054     TString configstr("");
2055     if (!aCTP->LoadConfiguration(configstr)) { // Load CTP config from OCDB
2056       AliError("No trigger configuration found in OCDB! The trigger classes information will no be stored in ESD!");
2057       delete aCTP;
2058       return kFALSE;
2059     }
2060   }
2061   else {
2062     AliRunLoader *runloader = AliRunLoader::GetRunLoader();
2063     if (runloader) {
2064       if (!runloader->LoadTrigger()) {
2065         aCTP = runloader->GetTrigger();
2066         esd->SetTriggerMask(aCTP->GetClassMask());
2067         esd->SetTriggerCluster(aCTP->GetClusterMask());
2068       }
2069       else {
2070         AliWarning("No trigger can be loaded! The trigger information is not stored in the ESD !");
2071         return kFALSE;
2072       }
2073     }
2074     else {
2075       AliError("No run loader is available! The trigger information is not stored in the ESD !");
2076       return kFALSE;
2077     }
2078   }
2079
2080   // Now fill the trigger class names into AliESDRun object
2081   AliTriggerConfiguration *config = aCTP->GetConfiguration();
2082   if (!config) {
2083     AliError("No trigger configuration has been found! The trigger classes information will not be stored in ESD!");
2084     if (fRawReader) delete aCTP;
2085     return kFALSE;
2086   }
2087
2088   const TObjArray& classesArray = config->GetClasses();
2089   Int_t nclasses = classesArray.GetEntriesFast();
2090   for( Int_t j=0; j<nclasses; j++ ) {
2091     AliTriggerClass* trclass = (AliTriggerClass*)classesArray.At( j );
2092     Int_t trindex = (Int_t)TMath::Log2(trclass->GetMask());
2093     esd->SetTriggerClass(trclass->GetName(),trindex);
2094   }
2095
2096   if (fRawReader) delete aCTP;
2097   return kTRUE;
2098 }
2099
2100
2101
2102
2103
2104 //_____________________________________________________________________________
2105 Bool_t AliReconstruction::FillRawEventHeaderESD(AliESDEvent*& esd)
2106 {
2107   // 
2108   // Filling information from RawReader Header
2109   // 
2110
2111   AliInfo("Filling information from RawReader Header");
2112   esd->SetBunchCrossNumber(0);
2113   esd->SetOrbitNumber(0);
2114   esd->SetPeriodNumber(0);
2115   esd->SetTimeStamp(0);
2116   esd->SetEventType(0);
2117   const AliRawEventHeaderBase * eventHeader = fRawReader->GetEventHeader();
2118   if (eventHeader){
2119
2120     const UInt_t *id = eventHeader->GetP("Id");
2121     esd->SetBunchCrossNumber((id)[1]&0x00000fff);
2122     esd->SetOrbitNumber((((id)[0]<<20)&0xf00000)|(((id)[1]>>12)&0xfffff));
2123     esd->SetPeriodNumber(((id)[0]>>4)&0x0fffffff);
2124
2125     esd->SetTimeStamp((eventHeader->Get("Timestamp")));  
2126     esd->SetEventType((eventHeader->Get("Type")));
2127   }
2128
2129   return kTRUE;
2130 }
2131
2132
2133 //_____________________________________________________________________________
2134 Bool_t AliReconstruction::IsSelected(TString detName, TString& detectors) const
2135 {
2136 // check whether detName is contained in detectors
2137 // if yes, it is removed from detectors
2138
2139   // check if all detectors are selected
2140   if ((detectors.CompareTo("ALL") == 0) ||
2141       detectors.BeginsWith("ALL ") ||
2142       detectors.EndsWith(" ALL") ||
2143       detectors.Contains(" ALL ")) {
2144     detectors = "ALL";
2145     return kTRUE;
2146   }
2147
2148   // search for the given detector
2149   Bool_t result = kFALSE;
2150   if ((detectors.CompareTo(detName) == 0) ||
2151       detectors.BeginsWith(detName+" ") ||
2152       detectors.EndsWith(" "+detName) ||
2153       detectors.Contains(" "+detName+" ")) {
2154     detectors.ReplaceAll(detName, "");
2155     result = kTRUE;
2156   }
2157
2158   // clean up the detectors string
2159   while (detectors.Contains("  ")) detectors.ReplaceAll("  ", " ");
2160   while (detectors.BeginsWith(" ")) detectors.Remove(0, 1);
2161   while (detectors.EndsWith(" ")) detectors.Remove(detectors.Length()-1, 1);
2162
2163   return result;
2164 }
2165
2166 //_____________________________________________________________________________
2167 Bool_t AliReconstruction::InitRunLoader()
2168 {
2169 // get or create the run loader
2170
2171   if (gAlice) delete gAlice;
2172   gAlice = NULL;
2173
2174   if (!gSystem->AccessPathName(fGAliceFileName.Data())) { // galice.root exists
2175     // load all base libraries to get the loader classes
2176     TString libs = gSystem->GetLibraries();
2177     for (Int_t iDet = 0; iDet < fgkNDetectors; iDet++) {
2178       TString detName = fgkDetectorName[iDet];
2179       if (detName == "HLT") continue;
2180       if (libs.Contains("lib" + detName + "base.so")) continue;
2181       gSystem->Load("lib" + detName + "base.so");
2182     }
2183     fRunLoader = AliRunLoader::Open(fGAliceFileName.Data());
2184     if (!fRunLoader) {
2185       AliError(Form("no run loader found in file %s", fGAliceFileName.Data()));
2186       CleanUp();
2187       return kFALSE;
2188     }
2189
2190     fRunLoader->CdGAFile();
2191     fRunLoader->LoadgAlice();
2192
2193     //PH This is a temporary fix to give access to the kinematics
2194     //PH that is needed for the labels of ITS clusters
2195     fRunLoader->LoadHeader();
2196     fRunLoader->LoadKinematics();
2197
2198   } else {               // galice.root does not exist
2199     if (!fRawReader) {
2200       AliError(Form("the file %s does not exist", fGAliceFileName.Data()));
2201       CleanUp();
2202       return kFALSE;
2203     }
2204     fRunLoader = AliRunLoader::Open(fGAliceFileName.Data(),
2205                                     AliConfig::GetDefaultEventFolderName(),
2206                                     "recreate");
2207     if (!fRunLoader) {
2208       AliError(Form("could not create run loader in file %s", 
2209                     fGAliceFileName.Data()));
2210       CleanUp();
2211       return kFALSE;
2212     }
2213     fIsNewRunLoader = kTRUE;
2214     fRunLoader->MakeTree("E");
2215
2216     if (fNumberOfEventsPerFile > 0)
2217       fRunLoader->SetNumberOfEventsPerFile(fNumberOfEventsPerFile);
2218     else
2219       fRunLoader->SetNumberOfEventsPerFile((UInt_t)-1);
2220   }
2221
2222   return kTRUE;
2223 }
2224
2225 //_____________________________________________________________________________
2226 AliReconstructor* AliReconstruction::GetReconstructor(Int_t iDet)
2227 {
2228 // get the reconstructor object and the loader for a detector
2229
2230   if (fReconstructor[iDet]) return fReconstructor[iDet];
2231
2232   // load the reconstructor object
2233   TPluginManager* pluginManager = gROOT->GetPluginManager();
2234   TString detName = fgkDetectorName[iDet];
2235   TString recName = "Ali" + detName + "Reconstructor";
2236
2237   if (!fIsNewRunLoader && !fRunLoader->GetLoader(detName+"Loader") && (detName != "HLT")) return NULL;
2238
2239   AliReconstructor* reconstructor = NULL;
2240   // first check if a plugin is defined for the reconstructor
2241   TPluginHandler* pluginHandler = 
2242     pluginManager->FindHandler("AliReconstructor", detName);
2243   // if not, add a plugin for it
2244   if (!pluginHandler) {
2245     AliDebug(1, Form("defining plugin for %s", recName.Data()));
2246     TString libs = gSystem->GetLibraries();
2247     if (libs.Contains("lib" + detName + "base.so") ||
2248         (gSystem->Load("lib" + detName + "base.so") >= 0)) {
2249       pluginManager->AddHandler("AliReconstructor", detName, 
2250                                 recName, detName + "rec", recName + "()");
2251     } else {
2252       pluginManager->AddHandler("AliReconstructor", detName, 
2253                                 recName, detName, recName + "()");
2254     }
2255     pluginHandler = pluginManager->FindHandler("AliReconstructor", detName);
2256   }
2257   if (pluginHandler && (pluginHandler->LoadPlugin() == 0)) {
2258     reconstructor = (AliReconstructor*) pluginHandler->ExecPlugin(0);
2259   }
2260   if (reconstructor) {
2261     TObject* obj = fOptions.FindObject(detName.Data());
2262     if (obj) reconstructor->SetOption(obj->GetTitle());
2263     reconstructor->Init();
2264     fReconstructor[iDet] = reconstructor;
2265   }
2266
2267   // get or create the loader
2268   if (detName != "HLT") {
2269     fLoader[iDet] = fRunLoader->GetLoader(detName + "Loader");
2270     if (!fLoader[iDet]) {
2271       AliConfig::Instance()
2272         ->CreateDetectorFolders(fRunLoader->GetEventFolder(), 
2273                                 detName, detName);
2274       // first check if a plugin is defined for the loader
2275       pluginHandler = 
2276         pluginManager->FindHandler("AliLoader", detName);
2277       // if not, add a plugin for it
2278       if (!pluginHandler) {
2279         TString loaderName = "Ali" + detName + "Loader";
2280         AliDebug(1, Form("defining plugin for %s", loaderName.Data()));
2281         pluginManager->AddHandler("AliLoader", detName, 
2282                                   loaderName, detName + "base", 
2283                                   loaderName + "(const char*, TFolder*)");
2284         pluginHandler = pluginManager->FindHandler("AliLoader", detName);
2285       }
2286       if (pluginHandler && (pluginHandler->LoadPlugin() == 0)) {
2287         fLoader[iDet] = 
2288           (AliLoader*) pluginHandler->ExecPlugin(2, detName.Data(), 
2289                                                  fRunLoader->GetEventFolder());
2290       }
2291       if (!fLoader[iDet]) {   // use default loader
2292         fLoader[iDet] = new AliLoader(detName, fRunLoader->GetEventFolder());
2293       }
2294       if (!fLoader[iDet]) {
2295         AliWarning(Form("couldn't get loader for %s", detName.Data()));
2296         if (fStopOnError) return NULL;
2297       } else {
2298         fRunLoader->AddLoader(fLoader[iDet]);
2299         fRunLoader->CdGAFile();
2300         if (gFile && !gFile->IsWritable()) gFile->ReOpen("UPDATE");
2301         fRunLoader->Write(0, TObject::kOverwrite);
2302       }
2303     }
2304   }
2305       
2306   return reconstructor;
2307 }
2308
2309 //_____________________________________________________________________________
2310 Bool_t AliReconstruction::CreateVertexer()
2311 {
2312 // create the vertexer
2313
2314   fVertexer = NULL;
2315   AliReconstructor* itsReconstructor = GetReconstructor(0);
2316   if (itsReconstructor) {
2317     fVertexer = itsReconstructor->CreateVertexer();
2318   }
2319   if (!fVertexer) {
2320     AliWarning("couldn't create a vertexer for ITS");
2321     if (fStopOnError) return kFALSE;
2322   }
2323
2324   return kTRUE;
2325 }
2326
2327 //_____________________________________________________________________________
2328 Bool_t AliReconstruction::CreateTrackers(const TString& detectors)
2329 {
2330 // create the trackers
2331
2332   TString detStr = detectors;
2333   for (Int_t iDet = 0; iDet < fgkNDetectors; iDet++) {
2334     if (!IsSelected(fgkDetectorName[iDet], detStr)) continue;
2335     AliReconstructor* reconstructor = GetReconstructor(iDet);
2336     if (!reconstructor) continue;
2337     TString detName = fgkDetectorName[iDet];
2338     if (detName == "HLT") {
2339       fRunHLTTracking = kTRUE;
2340       continue;
2341     }
2342     if (detName == "MUON") {
2343       fRunMuonTracking = kTRUE;
2344       continue;
2345     }
2346
2347
2348     fTracker[iDet] = reconstructor->CreateTracker();
2349     if (!fTracker[iDet] && (iDet < 7)) {
2350       AliWarning(Form("couldn't create a tracker for %s", detName.Data()));
2351       if (fStopOnError) return kFALSE;
2352     }
2353     AliSysInfo::AddStamp(Form("LTracker%s",fgkDetectorName[iDet]), iDet,0);
2354   }
2355
2356   return kTRUE;
2357 }
2358
2359 //_____________________________________________________________________________
2360 void AliReconstruction::CleanUp(TFile* file, TFile* fileOld)
2361 {
2362 // delete trackers and the run loader and close and delete the file
2363
2364   for (Int_t iDet = 0; iDet < fgkNDetectors; iDet++) {
2365     delete fReconstructor[iDet];
2366     fReconstructor[iDet] = NULL;
2367     fLoader[iDet] = NULL;
2368     delete fTracker[iDet];
2369     fTracker[iDet] = NULL;
2370 //    delete fQADataMaker[iDet];
2371 //    fQADataMaker[iDet] = NULL;
2372   }
2373   delete fVertexer;
2374   fVertexer = NULL;
2375
2376   if (ftVertexer) delete ftVertexer;
2377   ftVertexer = NULL;
2378   
2379   if(!(AliCDBManager::Instance()->GetCacheFlag())) {
2380         delete fDiamondProfile;
2381         fDiamondProfile = NULL;
2382         delete fDiamondProfileTPC;
2383         fDiamondProfileTPC = NULL;
2384         delete fGRPData;
2385         fGRPData = NULL;
2386   }
2387
2388
2389   delete fRunLoader;
2390   fRunLoader = NULL;
2391   delete fRawReader;
2392   fRawReader = NULL;
2393   if (fParentRawReader) delete fParentRawReader;
2394   fParentRawReader=NULL;
2395
2396   if (file) {
2397     file->Close();
2398     delete file;
2399   }
2400
2401   if (fileOld) {
2402     fileOld->Close();
2403     delete fileOld;
2404     gSystem->Unlink("AliESDs.old.root");
2405   }
2406
2407 }
2408
2409 //_____________________________________________________________________________
2410
2411 Bool_t AliReconstruction::ReadESD(AliESDEvent*& esd, const char* recStep) const
2412 {
2413 // read the ESD event from a file
2414
2415   if (!esd) return kFALSE;
2416   char fileName[256];
2417   sprintf(fileName, "ESD_%d.%d_%s.root", 
2418           esd->GetRunNumber(), esd->GetEventNumberInFile(), recStep);
2419   if (gSystem->AccessPathName(fileName)) return kFALSE;
2420
2421   AliInfo(Form("reading ESD from file %s", fileName));
2422   AliDebug(1, Form("reading ESD from file %s", fileName));
2423   TFile* file = TFile::Open(fileName);
2424   if (!file || !file->IsOpen()) {
2425     AliError(Form("opening %s failed", fileName));
2426     delete file;
2427     return kFALSE;
2428   }
2429
2430   gROOT->cd();
2431   delete esd;
2432   esd = (AliESDEvent*) file->Get("ESD");
2433   file->Close();
2434   delete file;
2435   return kTRUE;
2436
2437 }
2438
2439
2440
2441 //_____________________________________________________________________________
2442 void AliReconstruction::WriteESD(AliESDEvent* esd, const char* recStep) const
2443 {
2444 // write the ESD event to a file
2445
2446   if (!esd) return;
2447   char fileName[256];
2448   sprintf(fileName, "ESD_%d.%d_%s.root", 
2449           esd->GetRunNumber(), esd->GetEventNumberInFile(), recStep);
2450
2451   AliDebug(1, Form("writing ESD to file %s", fileName));
2452   TFile* file = TFile::Open(fileName, "recreate");
2453   if (!file || !file->IsOpen()) {
2454     AliError(Form("opening %s failed", fileName));
2455   } else {
2456     esd->Write("ESD");
2457     file->Close();
2458   }
2459   delete file;
2460 }
2461
2462
2463 void AliReconstruction::WriteAlignmentData(AliESDEvent* esd)
2464 {
2465   // Write space-points which are then used in the alignment procedures
2466   // For the moment only ITS, TRD and TPC
2467
2468   // Load TOF clusters
2469   if (fTracker[3]){
2470     fLoader[3]->LoadRecPoints("read");
2471     TTree* tree = fLoader[3]->TreeR();
2472     if (!tree) {
2473       AliError(Form("Can't get the %s cluster tree", fgkDetectorName[3]));
2474       return;
2475     }
2476     fTracker[3]->LoadClusters(tree);
2477   }
2478   Int_t ntracks = esd->GetNumberOfTracks();
2479   for (Int_t itrack = 0; itrack < ntracks; itrack++)
2480     {
2481       AliESDtrack *track = esd->GetTrack(itrack);
2482       Int_t nsp = 0;
2483       Int_t idx[200];
2484       for (Int_t iDet = 3; iDet >= 0; iDet--)
2485         nsp += track->GetNcls(iDet);
2486       if (nsp) {
2487         AliTrackPointArray *sp = new AliTrackPointArray(nsp);
2488         track->SetTrackPointArray(sp);
2489         Int_t isptrack = 0;
2490         for (Int_t iDet = 3; iDet >= 0; iDet--) {
2491           AliTracker *tracker = fTracker[iDet];
2492           if (!tracker) continue;
2493           Int_t nspdet = track->GetNcls(iDet);
2494           if (nspdet <= 0) continue;
2495           track->GetClusters(iDet,idx);
2496           AliTrackPoint p;
2497           Int_t isp = 0;
2498           Int_t isp2 = 0;
2499           while (isp2 < nspdet) {
2500             Bool_t isvalid;
2501             TString dets = fgkDetectorName[iDet];
2502             if ((fUseTrackingErrorsForAlignment.CompareTo(dets) == 0) ||
2503             fUseTrackingErrorsForAlignment.BeginsWith(dets+" ") ||
2504             fUseTrackingErrorsForAlignment.EndsWith(" "+dets) ||
2505             fUseTrackingErrorsForAlignment.Contains(" "+dets+" ")) {
2506               isvalid = tracker->GetTrackPointTrackingError(idx[isp2],p,track);
2507             } else {
2508               isvalid = tracker->GetTrackPoint(idx[isp2],p); 
2509             } 
2510             isp2++;
2511             const Int_t kNTPCmax = 159;
2512             if (iDet==1 && isp2>kNTPCmax) break;   // to be fixed
2513             if (!isvalid) continue;
2514             sp->AddPoint(isptrack,&p); isptrack++; isp++;
2515           }
2516         }       
2517       }
2518     }
2519   if (fTracker[3]){
2520     fTracker[3]->UnloadClusters();
2521     fLoader[3]->UnloadRecPoints();
2522   }
2523 }
2524
2525 //_____________________________________________________________________________
2526 void AliReconstruction::FillRawDataErrorLog(Int_t iEvent, AliESDEvent* esd)
2527 {
2528   // The method reads the raw-data error log
2529   // accumulated within the rawReader.
2530   // It extracts the raw-data errors related to
2531   // the current event and stores them into
2532   // a TClonesArray inside the esd object.
2533
2534   if (!fRawReader) return;
2535
2536   for(Int_t i = 0; i < fRawReader->GetNumberOfErrorLogs(); i++) {
2537
2538     AliRawDataErrorLog *log = fRawReader->GetErrorLog(i);
2539     if (!log) continue;
2540     if (iEvent != log->GetEventNumber()) continue;
2541
2542     esd->AddRawDataErrorLog(log);
2543   }
2544
2545 }
2546
2547 TNamed* AliReconstruction::CopyFileToTNamed(TString fPath,TString pName){
2548   // Dump a file content into a char in TNamed
2549   ifstream in;
2550   in.open(fPath.Data(),ios::in | ios::binary|ios::ate);
2551   Int_t kBytes = (Int_t)in.tellg();
2552   printf("Size: %d \n",kBytes);
2553   TNamed *fn = 0;
2554   if(in.good()){
2555     char* memblock = new char [kBytes];
2556     in.seekg (0, ios::beg);
2557     in.read (memblock, kBytes);
2558     in.close();
2559     TString fData(memblock,kBytes);
2560     fn = new TNamed(pName,fData);
2561     printf("fData Size: %d \n",fData.Sizeof());
2562     printf("pName Size: %d \n",pName.Sizeof());
2563     printf("fn    Size: %d \n",fn->Sizeof());
2564     delete[] memblock;
2565   }
2566   else{
2567     AliInfo(Form("Could not Open %s\n",fPath.Data()));
2568   }
2569
2570   return fn;
2571 }
2572
2573 void AliReconstruction::TNamedToFile(TTree* fTree, TString pName){
2574   // This is not really needed in AliReconstruction at the moment
2575   // but can serve as a template
2576
2577   TList *fList = fTree->GetUserInfo();
2578   TNamed *fn = (TNamed*)fList->FindObject(pName.Data());
2579   printf("fn Size: %d \n",fn->Sizeof());
2580
2581   TString fTmp(fn->GetName()); // to be 100% sure in principle pName also works
2582   const char* cdata = fn->GetTitle();
2583   printf("fTmp Size %d\n",fTmp.Sizeof());
2584
2585   int size = fn->Sizeof()-fTmp.Sizeof()-sizeof(UChar_t)-sizeof(Int_t); // see dfinition of TString::SizeOf()...
2586   printf("calculated size %d\n",size);
2587   ofstream out(pName.Data(),ios::out | ios::binary);
2588   out.write(cdata,size);
2589   out.close();
2590
2591 }
2592   
2593 //_____________________________________________________________________________
2594 AliQADataMakerRec * AliReconstruction::GetQADataMaker(Int_t iDet)
2595 {
2596  // get the quality assurance data maker object and the loader for a detector
2597
2598   if (fQADataMaker[iDet]) 
2599     return fQADataMaker[iDet];
2600
2601   AliQADataMakerRec * qadm = NULL;
2602   if (iDet == fgkNDetectors) { //Global QA
2603      qadm = new AliGlobalQADataMaker();
2604      fQADataMaker[iDet] = qadm;
2605      return qadm;
2606   }
2607
2608   // load the QA data maker object
2609   TPluginManager* pluginManager = gROOT->GetPluginManager();
2610   TString detName = fgkDetectorName[iDet];
2611   TString qadmName = "Ali" + detName + "QADataMakerRec";
2612   if (!fIsNewRunLoader && !fRunLoader->GetLoader(detName+"Loader") && (detName != "HLT")) 
2613     return NULL;
2614
2615   // first check if a plugin is defined for the quality assurance data maker
2616   TPluginHandler* pluginHandler = pluginManager->FindHandler("AliQADataMakerRec", detName);
2617   // if not, add a plugin for it
2618   if (!pluginHandler) {
2619     AliDebug(1, Form("defining plugin for %s", qadmName.Data()));
2620     TString libs = gSystem->GetLibraries();
2621     if (libs.Contains("lib" + detName + "base.so") ||
2622         (gSystem->Load("lib" + detName + "base.so") >= 0)) {
2623       pluginManager->AddHandler("AliQADataMakerRec", detName, 
2624                                 qadmName, detName + "qadm", qadmName + "()");
2625     } else {
2626       pluginManager->AddHandler("AliQADataMakerRec", detName, 
2627                                 qadmName, detName, qadmName + "()");
2628     }
2629     pluginHandler = pluginManager->FindHandler("AliQADataMakerRec", detName);
2630   }
2631   if (pluginHandler && (pluginHandler->LoadPlugin() == 0)) {
2632     qadm = (AliQADataMakerRec *) pluginHandler->ExecPlugin(0);
2633   }
2634
2635   fQADataMaker[iDet] = qadm;
2636
2637   return qadm;
2638 }
2639
2640 //_____________________________________________________________________________
2641 Bool_t AliReconstruction::RunQA(AliESDEvent *& esd)
2642 {
2643   // run the Quality Assurance data producer
2644
2645   AliCodeTimerAuto("")
2646   TString detStr = fQADetectors ;
2647   for (Int_t iDet = 0; iDet < fgkNDetectors; iDet++) {
2648    if (!IsSelected(fgkDetectorName[iDet], detStr)) 
2649      continue;
2650    AliQADataMakerRec * qadm = GetQADataMaker(iDet);
2651    if (!qadm) 
2652      continue;
2653    AliCodeTimerStart(Form("running quality assurance data maker for %s", fgkDetectorName[iDet]));
2654    AliInfo(Form("running quality assurance data maker for %s", fgkDetectorName[iDet]));
2655     
2656    if (fQATasks.Contains(Form("%d", AliQA::kESDS))) {
2657            qadm->Exec(AliQA::kESDS, esd) ; 
2658            qadm->Increment() ; 
2659    }
2660    AliCodeTimerStop(Form("running quality assurance data maker for %s", fgkDetectorName[iDet]));
2661  }
2662  if ((detStr.CompareTo("ALL") != 0) && !detStr.IsNull()) {
2663    AliError(Form("the following detectors were not found: %s",
2664                  detStr.Data()));
2665    if (fStopOnError) 
2666      return kFALSE;
2667  }
2668  
2669  return kTRUE;
2670   
2671 }
2672
2673 //_____________________________________________________________________________
2674 void AliReconstruction::CheckQA()
2675 {
2676 // check the QA of SIM for this run and remove the detectors 
2677 // with status Fatal
2678   
2679         TString newRunLocalReconstruction ; 
2680         TString newRunTracking ;
2681         TString newFillESD ;
2682          
2683         for (Int_t iDet = 0; iDet < AliQA::kNDET; iDet++) {
2684                 TString detName(AliQA::GetDetName(iDet)) ;
2685                 AliQA * qa = AliQA::Instance(AliQA::DETECTORINDEX_t(iDet)) ; 
2686                 if ( qa->IsSet(AliQA::DETECTORINDEX_t(iDet), AliQA::kSIM, AliQA::kFATAL)) {
2687                                 AliInfo(Form("QA status for %s in Hits and/or SDIGITS  and/or Digits was Fatal; No reconstruction performed", detName.Data())) ;
2688                 } else {
2689                         if ( fRunLocalReconstruction.Contains(AliQA::GetDetName(iDet)) || 
2690                                         fRunLocalReconstruction.Contains("ALL") )  {
2691                                 newRunLocalReconstruction += detName ; 
2692                                 newRunLocalReconstruction += " " ;                      
2693                         }
2694                         if ( fRunTracking.Contains(AliQA::GetDetName(iDet)) || 
2695                                         fRunTracking.Contains("ALL") )  {
2696                                 newRunTracking += detName ; 
2697                                 newRunTracking += " " ;                         
2698                         }
2699                         if ( fFillESD.Contains(AliQA::GetDetName(iDet)) || 
2700                                         fFillESD.Contains("ALL") )  {
2701                                 newFillESD += detName ; 
2702                                 newFillESD += " " ;                     
2703                         }
2704                 }
2705         }
2706         fRunLocalReconstruction = newRunLocalReconstruction ; 
2707         fRunTracking            = newRunTracking ; 
2708         fFillESD                = newFillESD ; 
2709 }
2710
2711 //_____________________________________________________________________________
2712 Int_t AliReconstruction::GetDetIndex(const char* detector)
2713 {
2714   // return the detector index corresponding to detector
2715   Int_t index = -1 ; 
2716   for (index = 0; index < fgkNDetectors ; index++) {
2717     if ( strcmp(detector, fgkDetectorName[index]) == 0 )
2718         break ; 
2719   }     
2720   return index ; 
2721 }
2722 //_____________________________________________________________________________
2723 Bool_t AliReconstruction::FinishPlaneEff() {
2724  //
2725  // Here execute all the necessary operationis, at the end of the tracking phase,
2726  // in case that evaluation of PlaneEfficiencies was required for some detector. 
2727  // E.g., write into a DataBase file the PlaneEfficiency which have been evaluated. 
2728  //
2729  // This Preliminary version works only FOR ITS !!!!!
2730  // other detectors (TOF,TRD, etc. have to develop their specific codes)
2731  //
2732  //  Input: none
2733  //  Return: kTRUE if all operations have been done properly, kFALSE otherwise 
2734  //
2735  Bool_t ret=kFALSE;
2736  //for (Int_t iDet = 0; iDet < fgkNDetectors; iDet++) {
2737  for (Int_t iDet = 0; iDet < 1; iDet++) { // for the time being only ITS  
2738    //if (!IsSelected(fgkDetectorName[iDet], detStr)) continue;
2739    if(fTracker[iDet]) {
2740       AliPlaneEff *planeeff=fTracker[iDet]->GetPlaneEff(); 
2741       ret=planeeff->WriteIntoCDB();
2742       if(planeeff->GetCreateHistos()) {
2743         TString name="PlaneEffHisto";
2744         name+=fgkDetectorName[iDet];
2745         name+=".root";
2746         ret*=planeeff->WriteHistosToFile(name,"RECREATE");
2747       }
2748    }
2749  }
2750  return ret;
2751 }
2752 //_____________________________________________________________________________
2753 Bool_t AliReconstruction::InitPlaneEff() {
2754 //
2755  // Here execute all the necessary operations, before of the tracking phase,
2756  // for the evaluation of PlaneEfficiencies, in case required for some detectors.
2757  // E.g., read from a DataBase file a first evaluation of the PlaneEfficiency 
2758  // which should be updated/recalculated.
2759  //
2760  // This Preliminary version will work only FOR ITS !!!!!
2761  // other detectors (TOF,TRD, etc. have to develop their specific codes)
2762  //
2763  //  Input: none
2764  //  Return: kTRUE if all operations have been done properly, kFALSE otherwise
2765  //
2766  AliWarning(Form("Implementation of this method not yet done !! Method return kTRUE"));
2767  return kTRUE;
2768 }
2769
2770 //_____________________________________________________________________________
2771 Bool_t AliReconstruction::InitAliEVE()
2772 {
2773   // This method should be called only in case 
2774   // AliReconstruction is run
2775   // within the alieve environment.
2776   // It will initialize AliEVE in a way
2777   // so that it can visualize event processed
2778   // by AliReconstruction.
2779   // The return flag shows whenever the
2780   // AliEVE initialization was successful or not.
2781
2782   TString macroStr;
2783   macroStr.Form("%s/EVE/macros/alieve_online.C",gSystem->ExpandPathName("$ALICE_ROOT"));
2784   AliInfo(Form("Loading AliEVE macro: %s",macroStr.Data()));
2785   if (gROOT->LoadMacro(macroStr.Data()) != 0) return kFALSE;
2786
2787   gROOT->ProcessLine("if (!gAliEveEvent) {gAliEveEvent = new AliEveEventManager();gAliEveEvent->SetAutoLoad(kTRUE);gAliEveEvent->AddNewEventCommand(\"alieve_online_on_new_event()\");gEve->AddEvent(gAliEveEvent);};");
2788   gROOT->ProcessLine("alieve_online_init()");
2789
2790   return kTRUE;
2791 }
2792   
2793 //_____________________________________________________________________________
2794 void AliReconstruction::RunAliEVE()
2795 {
2796   // Runs AliEVE visualisation of
2797   // the current event.
2798   // Should be executed only after
2799   // successful initialization of AliEVE.
2800
2801   AliInfo("Running AliEVE...");
2802   gROOT->ProcessLine(Form("gAliEveEvent->SetEvent((AliRunLoader*)%p,(AliRawReader*)%p,(AliESDEvent*)%p);",fRunLoader,fRawReader,fesd));
2803   gROOT->ProcessLine("gAliEveEvent->StartStopAutoLoadTimer();");
2804   gSystem->Run();
2805 }
2806
2807 //_____________________________________________________________________________
2808 Bool_t AliReconstruction::SetRunQA(TString detAndAction) 
2809 {
2810         // Allows to run QA for a selected set of detectors
2811         // and a selected set of tasks among RAWS, RECPOINTS and ESDS
2812         // all selected detectors run the same selected tasks
2813         
2814         if (!detAndAction.Contains(":")) {
2815                 AliError( Form("%s is a wrong syntax, use \"DetectorList:ActionList\" \n", detAndAction.Data()) ) ;
2816                 fRunQA = kFALSE ;
2817                 return kFALSE ;                 
2818         }
2819         Int_t colon = detAndAction.Index(":") ; 
2820         fQADetectors = detAndAction(0, colon) ; 
2821         if (fQADetectors.Contains("ALL") )
2822                 fQADetectors = fFillESD ; 
2823         fQATasks   = detAndAction(colon+1, detAndAction.Sizeof() ) ; 
2824         if (fQATasks.Contains("ALL") ) {
2825                 fQATasks = Form("%d %d %d", AliQA::kRAWS, AliQA::kRECPOINTS, AliQA::kESDS) ; 
2826         } else {
2827                 fQATasks.ToUpper() ; 
2828                 TString tempo("") ; 
2829                 if ( fQATasks.Contains("RAW") ) 
2830                         tempo = Form("%d ", AliQA::kRAWS) ; 
2831                 if ( fQATasks.Contains("RECPOINT") ) 
2832                         tempo += Form("%d ", AliQA::kRECPOINTS) ; 
2833                 if ( fQATasks.Contains("ESD") ) 
2834                         tempo += Form("%d ", AliQA::kESDS) ; 
2835                 fQATasks = tempo ; 
2836                 if (fQATasks.IsNull()) {
2837                         AliInfo("No QA requested\n")  ;
2838                         fRunQA = kFALSE ;
2839                         return kTRUE ; 
2840                 }
2841         }       
2842         TString tempo(fQATasks) ; 
2843     tempo.ReplaceAll(Form("%d", AliQA::kRAWS), AliQA::GetTaskName(AliQA::kRAWS))        ;
2844     tempo.ReplaceAll(Form("%d", AliQA::kRECPOINTS), AliQA::GetTaskName(AliQA::kRECPOINTS)) ;    
2845     tempo.ReplaceAll(Form("%d", AliQA::kESDS), AliQA::GetTaskName(AliQA::kESDS)) ;      
2846         AliInfo( Form("QA will be done on \"%s\" for \"%s\"\n", fQADetectors.Data(), tempo.Data()) ) ;  
2847         fRunQA = kTRUE ;
2848         return kTRUE; 
2849
2850
2851