STEER/AliRun.cxx

   1 /**************************************************************************
   2  * Copyright(c) 1998-1999, ALICE Experiment at CERN, All rights reserved. *
   3  *                                                                        *
   4  * Author: The ALICE Off-line Project.                                    *
   5  * Contributors are mentioned in the code where appropriate.              *
   6  *                                                                        *
   7  * Permission to use, copy, modify and distribute this software and its   *
   8  * documentation strictly for non-commercial purposes is hereby granted   *
   9  * without fee, provided that the above copyright notice appears in all   *
  10  * copies and that both the copyright notice and this permission notice   *
  11  * appear in the supporting documentation. The authors make no claims     *
  12  * about the suitability of this software for any purpose. It is          *
  13  * provided "as is" without express or implied warranty.                  *
  14  **************************************************************************/
  15
  16 /*
  17 $Log$
  18 Revision 1.69  2001/06/28 16:27:50  morsch
  19 AliReco() with user control of event range.
  20
  21 Revision 1.68  2001/06/11 13:14:40  morsch
  22 SetAliGenEventHeader() method added.
  23
  24 Revision 1.67  2001/06/07 18:24:50  buncic
  25 Removed compilation warning in AliConfig initialisation.
  26
  27 Revision 1.66  2001/05/22 14:32:40  hristov
  28 Weird inline removed
  29
  30 Revision 1.65  2001/05/21 17:22:51  buncic
  31 Fixed problem with missing AliConfig while reading galice.root
  32
  33 Revision 1.64  2001/05/16 14:57:22  alibrary
  34 New files for folders and Stack
  35
  36 Revision 1.62  2001/04/06 11:12:33  morsch
  37 Clear fParticles after each event. (Ivana Hrivnacova)
  38
  39 Revision 1.61  2001/03/30 07:04:10  morsch
  40 Call fGenerator->FinishRun() for final print-outs, cross-section and weight calculations.
  41
  42 Revision 1.60  2001/03/21 18:22:30  hristov
  43 fParticleFileMap fix (I.Hrivnacova)
  44
  45 Revision 1.59  2001/03/12 17:47:03  hristov
  46 Changes needed on Sun with CC 5.0
  47
  48 Revision 1.58  2001/03/09 14:27:26  morsch
  49 Fix for multiple events per file: inhibit decrease of size of  fParticleFileMap.
  50
  51 Revision 1.57  2001/02/23 17:40:23  buncic
  52 All trees needed for simulation created in RunMC(). TreeR and its branches
  53 are now created in new RunReco() method.
  54
  55 Revision 1.56  2001/02/14 15:45:20  hristov
  56 Algorithmic way of getting entry index in fParticleMap. Protection of fParticleFileMap (I.Hrivnacova)
  57
  58 Revision 1.55  2001/02/12 15:52:54  buncic
  59 Removed OpenBaseFile().
  60
  61 Revision 1.54  2001/02/07 10:39:05  hristov
  62 Remove default value for argument
  63
  64 Revision 1.53  2001/02/06 11:02:26  hristov
  65 New SetTrack interface added, added check for unfilled particles in FinishEvent (I.Hrivnacova)
  66
  67 Revision 1.52  2001/02/05 16:22:25  buncic
  68 Added TreeS to GetEvent().
  69
  70 Revision 1.51  2001/02/02 15:16:20  morsch
  71 SetHighWaterMark method added to mark last particle in event.
  72
  73 Revision 1.50  2001/01/27 10:32:00  hristov
  74 Leave the loop when primaries are filled (I.Hrivnacova)
  75
  76 Revision 1.49  2001/01/26 19:58:48  hristov
  77 Major upgrade of AliRoot code
  78
  79 Revision 1.48  2001/01/17 10:50:50  hristov
  80 Corrections to destructors
  81
  82 Revision 1.47  2000/12/18 10:44:01  morsch
  83 Possibility to set field map by passing pointer to objet of type AliMagF via
  84 SetField().
  85 Example:
  86 gAlice->SetField(new AliMagFCM("Map2", "$(ALICE_ROOT)/data/field01.dat",2,1.,10.));
  87
  88 Revision 1.46  2000/12/14 19:29:27  fca
  89 galice.cuts was not read any more
  90
  91 Revision 1.45  2000/11/30 07:12:49  alibrary
  92 Introducing new Rndm and QA classes
  93
  94 Revision 1.44  2000/10/26 13:58:59  morsch
  95 Add possibility to choose the lego generator (of type AliGeneratorLego or derived) when running
  96 RunLego(). Default is the base class AliGeneratorLego.
  97
  98 Revision 1.43  2000/10/09 09:43:17  fca
  99 Special remapping of hits for TPC and TRD. End-of-primary action introduced
 100
 101 Revision 1.42  2000/10/02 21:28:14  fca
 102 Removal of useless dependecies via forward declarations
 103
 104 Revision 1.41  2000/07/13 16:19:09  fca
 105 Mainly coding conventions + some small bug fixes
 106
 107 Revision 1.40  2000/07/12 08:56:25  fca
 108 Coding convention correction and warning removal
 109
 110 Revision 1.39  2000/07/11 18:24:59  fca
 111 Coding convention corrections + few minor bug fixes
 112
 113 Revision 1.38  2000/06/20 13:05:45  fca
 114 Writing down the TREE headers before job starts
 115
 116 Revision 1.37  2000/06/09 20:05:11  morsch
 117 Introduce possibility to chose magnetic field version 3: AliMagFDM + field02.dat
 118
 119 Revision 1.36  2000/06/08 14:03:58  hristov
 120 Only one initializer for a default argument
 121
 122 Revision 1.35  2000/06/07 10:13:14  hristov
 123 Delete only existent objects.
 124
 125 Revision 1.34  2000/05/18 10:45:38  fca
 126 Delete Particle Factory properly
 127
 128 Revision 1.33  2000/05/16 13:10:40  fca
 129 New method IsNewTrack and fix for a problem in Father-Daughter relations
 130
 131 Revision 1.32  2000/04/27 10:38:21  fca
 132 Correct termination of Lego Run and introduce Lego getter in AliRun
 133
 134 Revision 1.31  2000/04/26 10:17:32  fca
 135 Changes in Lego for G4 compatibility
 136
 137 Revision 1.30  2000/04/18 19:11:40  fca
 138 Introduce variable Config.C function signature
 139
 140 Revision 1.29  2000/04/07 11:12:34  fca
 141 G4 compatibility changes
 142
 143 Revision 1.28  2000/04/05 06:51:06  fca
 144 Workaround for an HP compiler problem
 145
 146 Revision 1.27  2000/03/22 18:08:07  fca
 147 Rationalisation of the virtual MC interfaces
 148
 149 Revision 1.26  2000/03/22 13:42:26  fca
 150 SetGenerator does not replace an existing generator, ResetGenerator does
 151
 152 Revision 1.25  2000/02/23 16:25:22  fca
 153 AliVMC and AliGeant3 classes introduced
 154 ReadEuclid moved from AliRun to AliModule
 155
 156 Revision 1.24  2000/01/19 17:17:20  fca
 157 Introducing a list of lists of hits -- more hits allowed for detector now
 158
 159 Revision 1.23  1999/12/03 11:14:31  fca
 160 Fixing previous wrong checking
 161
 162 Revision 1.21  1999/11/25 10:40:08  fca
 163 Fixing daughters information also in primary tracks
 164
 165 Revision 1.20  1999/10/04 18:08:49  fca
 166 Adding protection against inconsistent Euclid files
 167
 168 Revision 1.19  1999/09/29 07:50:40  fca
 169 Introduction of the Copyright and cvs Log
 170
 171 */
 172
 173 ///////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
 174 //                                                                           //
 175 //  Control class for Alice C++                                              //
 176 //  Only one single instance of this class exists.                           //
 177 //  The object is created in main program aliroot                            //
 178 //  and is pointed by the global gAlice.                                     //
 179 //                                                                           //
 180 //   -Supports the list of all Alice Detectors (fModules).                 //
 181 //   -Supports the list of particles (fParticles).                           //
 182 //   -Supports the Trees.                                                    //
 183 //   -Supports the geometry.                                                 //
 184 //   -Supports the event display.                                            //
 185 //Begin_Html
 186 /*
 187 <img src="picts/AliRunClass.gif">
 188 */
 189 //End_Html
 190 //Begin_Html
 191 /*
 192 <img src="picts/alirun.gif">
 193 */
 194 //End_Html
 195 //                                                                           //
 196 ///////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
 197
 198 #include <stdlib.h>
 199 #include <stdio.h>
 200 #include <string.h>
 201 #include <iostream.h>
 202
 203 #include <TFile.h>
 204 #include <TRandom.h>
 205 #include <TBRIK.h>
 206 #include <TCint.h>
 207 #include <TSystem.h>
 208 #include <TObjectTable.h>
 209 #include <TTree.h>
 210 #include <TGeometry.h>
 211 #include <TROOT.h>
 212 #include <TBrowser.h>
 213 #include <TFolder.h>
 214 #include <TNode.h>
 215
 216 #include "TParticle.h"
 217 #include "AliRun.h"
 218 #include "AliDisplay.h"
 219 #include "AliMC.h"
 220 #include "AliLego.h"
 221 #include "AliMagFC.h"
 222 #include "AliMagFCM.h"
 223 #include "AliMagFDM.h"
 224 #include "AliHit.h"
 225 #include "TRandom3.h"
 226 #include "AliMCQA.h"
 227 #include "AliGenerator.h"
 228 #include "AliLegoGenerator.h"
 229 #include "AliConfig.h"
 230 #include "AliStack.h"
 231 #include "AliGenEventHeader.h"
 232 #include "AliHeader.h"
 233
 234 #include "AliDetector.h"
 235
 236 AliRun *gAlice;
 237
 238 ClassImp(AliRun)
 239
 240 //_____________________________________________________________________________
 241 AliRun::AliRun()
 242 {
 243   //
 244   // Default constructor for AliRun
 245   //
 246   fHeader    = 0;
 247   fRun       = 0;
 248   fEvent     = 0;
 249   fStack     = 0;
 250   fModules   = 0;
 251   fGenerator = 0;
 252   fTreeD     = 0;
 253   fTreeH     = 0;
 254   fTreeE     = 0;
 255   fTreeR     = 0;
 256   fTreeS     = 0;
 257   fGeometry  = 0;
 258   fDisplay   = 0;
 259   fField     = 0;
 260   fMC        = 0;
 261   fNdets     = 0;
 262   fImedia    = 0;
 263   fTrRmax    = 1.e10;
 264   fTrZmax    = 1.e10;
 265   fInitDone  = kFALSE;
 266   fLego      = 0;
 267   fPDGDB     = 0;        //Particle factory object!
 268   fHitLists  = 0;
 269   fConfigFunction    = "\0";
 270   fRandom = 0;
 271   fMCQA = 0;
 272   fTransParName = "\0";
 273   fBaseFileName = ".\0";
 274   fDebug        = 0;
 275 }
 276
 277 //_____________________________________________________________________________
 278 AliRun::AliRun(const char *name, const char *title)
 279   : TNamed(name,title)
 280 {
 281   //
 282   //  Constructor for the main processor.
 283   //  Creates the geometry
 284   //  Creates the list of Detectors.
 285   //  Creates the list of particles.
 286   //
 287   Int_t i;
 288
 289   gAlice     = this;
 290   fTreeD     = 0;
 291   fTreeH     = 0;
 292   fTreeE     = 0;
 293   fTreeR     = 0;
 294   fTreeS     = 0;
 295   fTrRmax    = 1.e10;
 296   fTrZmax    = 1.e10;
 297   fGenerator = 0;
 298   fInitDone  = kFALSE;
 299   fLego      = 0;
 300   fField     = 0;
 301   fConfigFunction    = "Config();";
 302
 303   // Set random number generator
 304   gRandom = fRandom = new TRandom3();
 305
 306   if (gSystem->Getenv("CONFIG_SEED")) {
 307      gRandom->SetSeed((UInt_t)atoi(gSystem->Getenv("CONFIG_SEED")));
 308   }
 309
 310   gROOT->GetListOfBrowsables()->Add(this,name);
 311   //
 312   // Particle stack
 313   fStack = new AliStack(10000);
 314   // create the support list for the various Detectors
 315   fModules = new TObjArray(77);
 316   //
 317   // Create the TNode geometry for the event display
 318
 319   BuildSimpleGeometry();
 320
 321   fHeader    = new AliHeader();
 322   fRun       = 0;
 323   fEvent     = 0;
 324   //
 325   fDisplay = 0;
 326   //
 327   // Create default mag field
 328   SetField();
 329   //
 330   fMC      = gMC;
 331   //
 332   // Prepare the tracking medium lists
 333   fImedia = new TArrayI(1000);
 334   for(i=0;i<1000;i++) (*fImedia)[i]=-99;
 335   //
 336   // Make particles
 337   fPDGDB     = TDatabasePDG::Instance();        //Particle factory object!
 338
 339   AliConfig::Instance()->Add(fPDGDB);
 340   //
 341   // Create HitLists list
 342   fHitLists  = new TList();
 343   //
 344   SetTransPar();
 345   fBaseFileName = ".\0";
 346   //
 347   fDebug        = 0;
 348 }
 349
 350
 351 //_____________________________________________________________________________
 352 AliRun::~AliRun()
 353 {
 354   //
 355   // Default AliRun destructor
 356   //
 357   delete fImedia;
 358   delete fField;
 359   delete fMC;
 360   delete fGeometry;
 361   delete fDisplay;
 362   delete fGenerator;
 363   delete fLego;
 364   delete fTreeD;
 365   delete fTreeH;
 366   delete fTreeE;
 367   delete fTreeR;
 368   delete fTreeS;
 369   if (fModules) {
 370     fModules->Delete();
 371     delete fModules;
 372   }
 373   delete fStack;
 374   delete fHitLists;
 375   delete fPDGDB;
 376   delete fMCQA;
 377   delete fHeader;
 378 }
 379
 380 //_____________________________________________________________________________
 381 void AliRun::AddHit(Int_t id, Int_t track, Int_t *vol, Float_t *hits) const
 382 {
 383   //
 384   //  Add a hit to detector id
 385   //
 386   TObjArray &dets = *fModules;
 387   if(dets[id]) ((AliModule*) dets[id])->AddHit(track,vol,hits);
 388 }
 389
 390 //_____________________________________________________________________________
 391 void AliRun::AddDigit(Int_t id, Int_t *tracks, Int_t *digits) const
 392 {
 393   //
 394   // Add digit to detector id
 395   //
 396   TObjArray &dets = *fModules;
 397   if(dets[id]) ((AliModule*) dets[id])->AddDigit(tracks,digits);
 398 }
 399
 400 //_____________________________________________________________________________
 401 void AliRun::Browse(TBrowser *b)
 402 {
 403   //
 404   // Called when the item "Run" is clicked on the left pane
 405   // of the Root browser.
 406   // It displays the Root Trees and all detectors.
 407   //
 408   if(!fStack) fStack=fHeader->Stack();
 409   TTree*  pTreeK = fStack->TreeK();
 410
 411   if (pTreeK) b->Add(pTreeK,pTreeK->GetName());
 412   if (fTreeH) b->Add(fTreeH,fTreeH->GetName());
 413   if (fTreeD) b->Add(fTreeD,fTreeD->GetName());
 414   if (fTreeE) b->Add(fTreeE,fTreeE->GetName());
 415   if (fTreeR) b->Add(fTreeR,fTreeR->GetName());
 416   if (fTreeS) b->Add(fTreeS,fTreeS->GetName());
 417
 418   TIter next(fModules);
 419   AliModule *detector;
 420   while((detector = (AliModule*)next())) {
 421     b->Add(detector,detector->GetName());
 422   }
 423   b->Add(fMCQA,"AliMCQA");
 424 }
 425
 426 //_____________________________________________________________________________
 427 void AliRun::Build()
 428 {
 429   //
 430   // Initialize Alice geometry
 431   // Dummy routine
 432   //
 433 }
 434
 435 //_____________________________________________________________________________
 436 void AliRun::BuildSimpleGeometry()
 437 {
 438   //
 439   // Create a simple TNode geometry used by Root display engine
 440   //
 441   // Initialise geometry
 442   //
 443   fGeometry = new TGeometry("AliceGeom","Galice Geometry for Hits");
 444   new TMaterial("void","Vacuum",0,0,0);  //Everything is void
 445   TBRIK *brik = new TBRIK("S_alice","alice volume","void",2000,2000,3000);
 446   brik->SetVisibility(0);
 447   new TNode("alice","alice","S_alice");
 448 }
 449
 450 //_____________________________________________________________________________
 451 void AliRun::CleanDetectors()
 452 {
 453   //
 454   // Clean Detectors at the end of event
 455   //
 456   TIter next(fModules);
 457   AliModule *detector;
 458   while((detector = (AliModule*)next())) {
 459     detector->FinishEvent();
 460   }
 461 }
 462
 463 //_____________________________________________________________________________
 464 Int_t AliRun::DistancetoPrimitive(Int_t, Int_t)
 465 {
 466   //
 467   // Return the distance from the mouse to the AliRun object
 468   // Dummy routine
 469   //
 470   return 9999;
 471 }
 472
 473 //_____________________________________________________________________________
 474 void AliRun::DumpPart (Int_t i) const
 475 {
 476   //
 477   // Dumps particle i in the stack
 478   //
 479     fStack->DumpPart(i);
 480 }
 481
 482 //_____________________________________________________________________________
 483 void AliRun::DumpPStack () const
 484 {
 485   //
 486   // Dumps the particle stack
 487   //
 488     fStack->DumpPStack();
 489 }
 490
 491 //_____________________________________________________________________________
 492 void  AliRun::SetField(AliMagF* magField)
 493 {
 494     // Set Magnetic Field Map
 495     fField = magField;
 496     fField->ReadField();
 497 }
 498
 499 //_____________________________________________________________________________
 500 void AliRun::SetField(Int_t type, Int_t version, Float_t scale,
 501                       Float_t maxField, char* filename)
 502 {
 503   //
 504   //  Set magnetic field parameters
 505   //  type      Magnetic field transport flag 0=no field, 2=helix, 3=Runge Kutta
 506   //  version   Magnetic field map version (only 1 active now)
 507   //  scale     Scale factor for the magnetic field
 508   //  maxField  Maximum value for the magnetic field
 509
 510   //
 511   // --- Sanity check on mag field flags
 512   if(fField) delete fField;
 513   if(version==1) {
 514     fField = new AliMagFC("Map1"," ",type,scale,maxField);
 515   } else if(version<=2) {
 516     fField = new AliMagFCM("Map2-3",filename,type,scale,maxField);
 517     fField->ReadField();
 518   } else if(version==3) {
 519     fField = new AliMagFDM("Map4",filename,type,scale,maxField);
 520     fField->ReadField();
 521   } else {
 522     Warning("SetField","Invalid map %d\n",version);
 523   }
 524 }
 525
 526 //_____________________________________________________________________________
 527 void AliRun::PreTrack()
 528 {
 529      TObjArray &dets = *fModules;
 530      AliModule *module;
 531
 532      for(Int_t i=0; i<=fNdets; i++)
 533        if((module = (AliModule*)dets[i]))
 534          module->PreTrack();
 535
 536      fMCQA->PreTrack();
 537 }
 538
 539 //_____________________________________________________________________________
 540 void AliRun::PostTrack()
 541 {
 542      TObjArray &dets = *fModules;
 543      AliModule *module;
 544
 545      for(Int_t i=0; i<=fNdets; i++)
 546        if((module = (AliModule*)dets[i]))
 547          module->PostTrack();
 548 }
 549
 550 //_____________________________________________________________________________
 551 void AliRun::FinishPrimary()
 552 {
 553   //
 554   // Called  at the end of each primary track
 555   //
 556
 557   //  static Int_t count=0;
 558   //  const Int_t times=10;
 559   // This primary is finished, purify stack
 560   fStack->PurifyKine();
 561
 562   TIter next(fModules);
 563   AliModule *detector;
 564   while((detector = (AliModule*)next())) {
 565     detector->FinishPrimary();
 566   }
 567
 568   // Write out hits if any
 569   if (gAlice->TreeH()) {
 570     gAlice->TreeH()->Fill();
 571   }
 572
 573   //
 574   //  if(++count%times==1) gObjectTable->Print();
 575 }
 576
 577 //_____________________________________________________________________________
 578 void AliRun::BeginPrimary()
 579 {
 580   //
 581   // Called  at the beginning of each primary track
 582   //
 583
 584   // Reset Hits info
 585   gAlice->ResetHits();
 586
 587 }
 588
 589 //_____________________________________________________________________________
 590 void AliRun::FinishEvent()
 591 {
 592   //
 593   // Called at the end of the event.
 594   //
 595
 596   //
 597   if(fLego) fLego->FinishEvent();
 598
 599   //Update the energy deposit tables
 600   Int_t i;
 601   for(i=0;i<fEventEnergy.GetSize();i++) {
 602     fSummEnergy[i]+=fEventEnergy[i];
 603     fSum2Energy[i]+=fEventEnergy[i]*fEventEnergy[i];
 604   }
 605
 606
 607
 608   // Update Header information
 609
 610   fHeader->SetNprimary(fStack->GetNprimary());
 611   fHeader->SetNtrack(fStack->GetNtrack());
 612
 613
 614   // Write out the kinematics
 615   fStack->FinishEvent();
 616
 617   // Write out the event Header information
 618   if (fTreeE) {
 619       fHeader->SetStack(fStack);
 620       fTreeE->Fill();
 621   }
 622
 623
 624   // Write Tree headers
 625   TTree* pTreeK = fStack->TreeK();
 626   if (pTreeK) pTreeK->Write(0,TObject::kOverwrite);
 627   if (fTreeH) fTreeH->Write(0,TObject::kOverwrite);
 628
 629   ++fEvent;
 630 }
 631
 632 //_____________________________________________________________________________
 633 void AliRun::FinishRun()
 634 {
 635   //
 636   // Called at the end of the run.
 637   //
 638
 639   //
 640   if(fLego) fLego->FinishRun();
 641
 642   // Clean detector information
 643   TIter next(fModules);
 644   AliModule *detector;
 645   while((detector = (AliModule*)next())) {
 646     detector->FinishRun();
 647   }
 648
 649   //Output energy summary tables
 650   EnergySummary();
 651
 652   TFile *file = fTreeE->GetCurrentFile();
 653
 654   file->cd();
 655
 656   fTreeE->Write(0,TObject::kOverwrite);
 657
 658   // Write AliRun info and all detectors parameters
 659   Write(0,TObject::kOverwrite);
 660
 661   // Clean tree information
 662
 663   fStack->FinishRun();
 664
 665   if (fTreeH) {
 666     delete fTreeH; fTreeH = 0;
 667   }
 668   if (fTreeD) {
 669     delete fTreeD; fTreeD = 0;
 670   }
 671   if (fTreeR) {
 672     delete fTreeR; fTreeR = 0;
 673   }
 674   if (fTreeE) {
 675     delete fTreeE; fTreeE = 0;
 676   }
 677   if (fTreeS) {
 678     delete fTreeS; fTreeS = 0;
 679   }
 680
 681   // Close output file
 682   file->Write();
 683 }
 684
 685 //_____________________________________________________________________________
 686 void AliRun::FlagTrack(Int_t track)
 687 {
 688   // Delegate to stack
 689   //
 690     fStack->FlagTrack(track);
 691 }
 692
 693 //_____________________________________________________________________________
 694 void AliRun::EnergySummary()
 695 {
 696   //
 697   // Print summary of deposited energy
 698   //
 699
 700   Int_t ndep=0;
 701   Float_t edtot=0;
 702   Float_t ed, ed2;
 703   Int_t kn, i, left, j, id;
 704   const Float_t kzero=0;
 705   Int_t ievent=fHeader->GetEvent()+1;
 706   //
 707   // Energy loss information
 708   if(ievent) {
 709     printf("***************** Energy Loss Information per event (GEV) *****************\n");
 710     for(kn=1;kn<fEventEnergy.GetSize();kn++) {
 711       ed=fSummEnergy[kn];
 712       if(ed>0) {
 713         fEventEnergy[ndep]=kn;
 714         if(ievent>1) {
 715           ed=ed/ievent;
 716           ed2=fSum2Energy[kn];
 717           ed2=ed2/ievent;
 718           ed2=100*TMath::Sqrt(TMath::Max(ed2-ed*ed,kzero))/ed;
 719         } else
 720           ed2=99;
 721         fSummEnergy[ndep]=ed;
 722         fSum2Energy[ndep]=TMath::Min((Float_t) 99.,TMath::Max(ed2,kzero));
 723         edtot+=ed;
 724         ndep++;
 725       }
 726     }
 727     for(kn=0;kn<(ndep-1)/3+1;kn++) {
 728       left=ndep-kn*3;
 729       for(i=0;i<(3<left?3:left);i++) {
 730         j=kn*3+i;
 731         id=Int_t (fEventEnergy[j]+0.1);
 732         printf(" %s %10.3f +- %10.3f%%;",gMC->VolName(id),fSummEnergy[j],fSum2Energy[j]);
 733       }
 734       printf("\n");
 735     }
 736     //
 737     // Relative energy loss in different detectors
 738     printf("******************** Relative Energy Loss per event ********************\n");
 739     printf("Total energy loss per event %10.3f GeV\n",edtot);
 740     for(kn=0;kn<(ndep-1)/5+1;kn++) {
 741       left=ndep-kn*5;
 742       for(i=0;i<(5<left?5:left);i++) {
 743         j=kn*5+i;
 744         id=Int_t (fEventEnergy[j]+0.1);
 745         printf(" %s %10.3f%%;",gMC->VolName(id),100*fSummEnergy[j]/edtot);
 746       }
 747       printf("\n");
 748     }
 749     for(kn=0;kn<75;kn++) printf("*");
 750     printf("\n");
 751   }
 752   //
 753   // Reset the TArray's
 754   //  fEventEnergy.Set(0);
 755   //  fSummEnergy.Set(0);
 756   //  fSum2Energy.Set(0);
 757 }
 758
 759 //_____________________________________________________________________________
 760 AliModule *AliRun::GetModule(const char *name) const
 761 {
 762   //
 763   // Return pointer to detector from name
 764   //
 765   return (AliModule*)fModules->FindObject(name);
 766 }
 767
 768 //_____________________________________________________________________________
 769 AliDetector *AliRun::GetDetector(const char *name) const
 770 {
 771   //
 772   // Return pointer to detector from name
 773   //
 774   return (AliDetector*)fModules->FindObject(name);
 775 }
 776
 777 //_____________________________________________________________________________
 778 Int_t AliRun::GetModuleID(const char *name) const
 779 {
 780   //
 781   // Return galice internal detector identifier from name
 782   //
 783   Int_t i=-1;
 784   TObject *mod=fModules->FindObject(name);
 785   if(mod) i=fModules->IndexOf(mod);
 786   return i;
 787 }
 788
 789 //_____________________________________________________________________________
 790 Int_t AliRun::GetEvent(Int_t event)
 791 {
 792   //
 793   // Connect the Trees Kinematics and Hits for event # event
 794   // Set branch addresses
 795   //
 796
 797   // Reset existing structures
 798   ResetHits();
 799   ResetDigits();
 800   ResetSDigits();
 801
 802   // Delete Trees already connected
 803   if (fTreeH) delete fTreeH;
 804   if (fTreeD) delete fTreeD;
 805   if (fTreeR) delete fTreeR;
 806   if (fTreeS) delete fTreeS;
 807
 808  // Create the particle stack
 809   if (fHeader) delete fHeader;
 810   fHeader = 0;
 811
 812   // Get header from file
 813   if(fTreeE) {
 814       fTreeE->SetBranchAddress("Header", &fHeader);
 815       fTreeE->GetEntry(event);
 816   }
 817   else
 818       Error("GetEvent","Cannot find Header Tree (TE)\n");
 819
 820   // Get the stack from the header
 821   if (fStack) delete fStack;
 822   fStack = fHeader->Stack();
 823   fStack->GetEvent(event);
 824   //
 825   TFile *file = fTreeE->GetCurrentFile();
 826   char treeName[20];
 827   file->cd();
 828
 829   // Get Hits Tree header from file
 830   sprintf(treeName,"TreeH%d",event);
 831   fTreeH = (TTree*)gDirectory->Get(treeName);
 832   if (!fTreeH) {
 833     Error("GetEvent","cannot find Hits Tree for event:%d\n",event);
 834   }
 835
 836   // Get Digits Tree header from file
 837   sprintf(treeName,"TreeD%d",event);
 838   fTreeD = (TTree*)gDirectory->Get(treeName);
 839   if (!fTreeD) {
 840     // Warning("GetEvent","cannot find Digits Tree for event:%d\n",event);
 841   }
 842
 843   file->cd();
 844
 845   // Get SDigits Tree header from file
 846   sprintf(treeName,"TreeS%d",event);
 847   fTreeS = (TTree*)gDirectory->Get(treeName);
 848   if (!fTreeS) {
 849     // Warning("GetEvent","cannot find SDigits Tree for event:%d\n",event);
 850   }
 851
 852   file->cd();
 853
 854   // Get Reconstruct Tree header from file
 855   sprintf(treeName,"TreeR%d",event);
 856   fTreeR = (TTree*)gDirectory->Get(treeName);
 857   if (!fTreeR) {
 858     //    printf("WARNING: cannot find Reconstructed Tree for event:%d\n",event);
 859   }
 860
 861   file->cd();
 862
 863   // Set Trees branch addresses
 864   TIter next(fModules);
 865   AliModule *detector;
 866   while((detector = (AliModule*)next())) {
 867     detector->SetTreeAddress();
 868   }
 869
 870   return fStack->GetNtrack();
 871 }
 872
 873 //_____________________________________________________________________________
 874 TGeometry *AliRun::GetGeometry()
 875 {
 876   //
 877   // Import Alice geometry from current file
 878   // Return pointer to geometry object
 879   //
 880   if (!fGeometry) fGeometry = (TGeometry*)gDirectory->Get("AliceGeom");
 881   //
 882   // Unlink and relink nodes in detectors
 883   // This is bad and there must be a better way...
 884   //
 885
 886   TIter next(fModules);
 887   AliModule *detector;
 888   while((detector = (AliModule*)next())) {
 889     TList *dnodes=detector->Nodes();
 890     Int_t j;
 891     TNode *node, *node1;
 892     for ( j=0; j<dnodes->GetSize(); j++) {
 893       node = (TNode*) dnodes->At(j);
 894       node1 = fGeometry->GetNode(node->GetName());
 895       dnodes->Remove(node);
 896       dnodes->AddAt(node1,j);
 897     }
 898   }
 899   return fGeometry;
 900 }
 901
 902 //_____________________________________________________________________________
 903 void AliRun::GetNextTrack(Int_t &mtrack, Int_t &ipart, Float_t *pmom,
 904                           Float_t &e, Float_t *vpos, Float_t *polar,
 905                           Float_t &tof)
 906 {
 907   // Delegate to stack
 908   //
 909     fStack->GetNextTrack(mtrack, ipart, pmom, e, vpos, polar, tof);
 910 }
 911
 912 //_____________________________________________________________________________
 913 Int_t AliRun::GetPrimary(Int_t track) const
 914 {
 915   //
 916   // return number of primary that has generated track
 917   //
 918     return fStack->GetPrimary(track);
 919 }
 920
 921 //_____________________________________________________________________________
 922 void AliRun::InitMC(const char *setup)
 923 {
 924   //
 925   // Initialize the Alice setup
 926   //
 927
 928   if(fInitDone) {
 929     Warning("Init","Cannot initialise AliRun twice!\n");
 930     return;
 931   }
 932
 933   gROOT->LoadMacro(setup);
 934   gInterpreter->ProcessLine(fConfigFunction.Data());
 935
 936
 937   gMC->DefineParticles();  //Create standard MC particles
 938
 939   TObject *objfirst, *objlast;
 940
 941   fNdets = fModules->GetLast()+1;
 942
 943   //
 944   //=================Create Materials and geometry
 945   gMC->Init();
 946
 947   // Added also after in case of interactive initialisation of modules
 948   fNdets = fModules->GetLast()+1;
 949
 950    TIter next(fModules);
 951    AliModule *detector;
 952    while((detector = (AliModule*)next())) {
 953       detector->SetTreeAddress();
 954       objlast = gDirectory->GetList()->Last();
 955
 956       // Add Detector histograms in Detector list of histograms
 957       if (objlast) objfirst = gDirectory->GetList()->After(objlast);
 958       else         objfirst = gDirectory->GetList()->First();
 959       while (objfirst) {
 960         detector->Histograms()->Add(objfirst);
 961         objfirst = gDirectory->GetList()->After(objfirst);
 962       }
 963    }
 964    ReadTransPar(); //Read the cuts for all materials
 965
 966    MediaTable(); //Build the special IMEDIA table
 967
 968    //Initialise geometry deposition table
 969    fEventEnergy.Set(gMC->NofVolumes()+1);
 970    fSummEnergy.Set(gMC->NofVolumes()+1);
 971    fSum2Energy.Set(gMC->NofVolumes()+1);
 972
 973    //Compute cross-sections
 974    gMC->BuildPhysics();
 975
 976    //Write Geometry object to current file.
 977    fGeometry->Write();
 978
 979    fInitDone = kTRUE;
 980
 981    fMCQA = new AliMCQA(fNdets);
 982
 983    AliConfig::Instance();
 984    //
 985    // Save stuff at the beginning of the file to avoid file corruption
 986    Write();
 987 }
 988
 989 //_____________________________________________________________________________
 990 void AliRun::MediaTable()
 991 {
 992   //
 993   // Built media table to get from the media number to
 994   // the detector id
 995   //
 996   Int_t kz, nz, idt, lz, i, k, ind;
 997   //  Int_t ibeg;
 998   TObjArray &dets = *gAlice->Detectors();
 999   AliModule *det;
1000   //
1001   // For all detectors
1002   for (kz=0;kz<fNdets;kz++) {
1003     // If detector is defined
1004     if((det=(AliModule*) dets[kz])) {
1005         TArrayI &idtmed = *(det->GetIdtmed());
1006         for(nz=0;nz<100;nz++) {
1007         // Find max and min material number
1008         if((idt=idtmed[nz])) {
1009           det->LoMedium() = det->LoMedium() < idt ? det->LoMedium() : idt;
1010           det->HiMedium() = det->HiMedium() > idt ? det->HiMedium() : idt;
1011         }
1012       }
1013       if(det->LoMedium() > det->HiMedium()) {
1014         det->LoMedium() = 0;
1015         det->HiMedium() = 0;
1016       } else {
1017         if(det->HiMedium() > fImedia->GetSize()) {
1018           Error("MediaTable","Increase fImedia from %d to %d",
1019                 fImedia->GetSize(),det->HiMedium());
1020           return;
1021         }
1022         // Tag all materials in rage as belonging to detector kz
1023         for(lz=det->LoMedium(); lz<= det->HiMedium(); lz++) {
1024           (*fImedia)[lz]=kz;
1025         }
1026       }
1027     }
1028   }
1029   //
1030   // Print summary table
1031   printf(" Traking media ranges:\n");
1032   for(i=0;i<(fNdets-1)/6+1;i++) {
1033     for(k=0;k< (6<fNdets-i*6?6:fNdets-i*6);k++) {
1034       ind=i*6+k;
1035       det=(AliModule*)dets[ind];
1036       if(det)
1037         printf(" %6s: %3d -> %3d;",det->GetName(),det->LoMedium(),
1038                det->HiMedium());
1039       else
1040         printf(" %6s: %3d -> %3d;","NULL",0,0);
1041     }
1042     printf("\n");
1043   }
1044 }
1045
1046 //____________________________________________________________________________
1047 void AliRun::SetGenerator(AliGenerator *generator)
1048 {
1049   //
1050   // Load the event generator
1051   //
1052   if(!fGenerator) fGenerator = generator;
1053 }
1054
1055 //____________________________________________________________________________
1056 void AliRun::ResetGenerator(AliGenerator *generator)
1057 {
1058   //
1059   // Load the event generator
1060   //
1061   if(fGenerator)
1062     if(generator)
1063       Warning("ResetGenerator","Replacing generator %s with %s\n",
1064               fGenerator->GetName(),generator->GetName());
1065     else
1066       Warning("ResetGenerator","Replacing generator %s with NULL\n",
1067               fGenerator->GetName());
1068   fGenerator = generator;
1069 }
1070
1071 //____________________________________________________________________________
1072 void AliRun::SetTransPar(char *filename)
1073 {
1074   fTransParName = filename;
1075 }
1076
1077 //____________________________________________________________________________
1078 void AliRun::SetBaseFile(char *filename)
1079 {
1080   fBaseFileName = filename;
1081 }
1082
1083 //____________________________________________________________________________
1084 void AliRun::ReadTransPar()
1085 {
1086   //
1087   // Read filename to set the transport parameters
1088   //
1089
1090
1091   const Int_t kncuts=10;
1092   const Int_t knflags=11;
1093   const Int_t knpars=kncuts+knflags;
1094   const char kpars[knpars][7] = {"CUTGAM" ,"CUTELE","CUTNEU","CUTHAD","CUTMUO",
1095                                "BCUTE","BCUTM","DCUTE","DCUTM","PPCUTM","ANNI",
1096                                "BREM","COMP","DCAY","DRAY","HADR","LOSS",
1097                                "MULS","PAIR","PHOT","RAYL"};
1098   char line[256];
1099   char detName[7];
1100   char* filtmp;
1101   Float_t cut[kncuts];
1102   Int_t flag[knflags];
1103   Int_t i, itmed, iret, ktmed, kz;
1104   FILE *lun;
1105   //
1106   // See whether the file is there
1107   filtmp=gSystem->ExpandPathName(fTransParName.Data());
1108   lun=fopen(filtmp,"r");
1109   delete [] filtmp;
1110   if(!lun) {
1111     Warning("ReadTransPar","File %s does not exist!\n",fTransParName.Data());
1112     return;
1113   }
1114   //
1115   if(fDebug) {
1116     printf(" "); for(i=0;i<60;i++) printf("*"); printf("\n");
1117     printf(" *%59s\n","*");
1118     printf(" *       Please check carefully what you are doing!%10s\n","*");
1119     printf(" *%59s\n","*");
1120   }
1121   //
1122   while(1) {
1123     // Initialise cuts and flags
1124     for(i=0;i<kncuts;i++) cut[i]=-99;
1125     for(i=0;i<knflags;i++) flag[i]=-99;
1126     itmed=0;
1127     for(i=0;i<256;i++) line[i]='\0';
1128     // Read up to the end of line excluded
1129     iret=fscanf(lun,"%[^\n]",line);
1130     if(iret<0) {
1131       //End of file
1132       fclose(lun);
1133       if(fDebug){
1134         printf(" *%59s\n","*");
1135         printf(" "); for(i=0;i<60;i++) printf("*"); printf("\n");
1136       }
1137       return;
1138     }
1139     // Read the end of line
1140     fscanf(lun,"%*c");
1141     if(!iret) continue;
1142     if(line[0]=='*') continue;
1143     // Read the numbers
1144     iret=sscanf(line,"%s %d %f %f %f %f %f %f %f %f %f %f %d %d %d %d %d %d %d %d %d %d %d",
1145                 detName,&itmed,&cut[0],&cut[1],&cut[2],&cut[3],&cut[4],&cut[5],&cut[6],&cut[7],&cut[8],
1146                 &cut[9],&flag[0],&flag[1],&flag[2],&flag[3],&flag[4],&flag[5],&flag[6],&flag[7],
1147                 &flag[8],&flag[9],&flag[10]);
1148     if(!iret) continue;
1149     if(iret<0) {
1150       //reading error
1151       Warning("ReadTransPar","Error reading file %s\n",fTransParName.Data());
1152       continue;
1153     }
1154     // Check that the module exist
1155     AliModule *mod = GetModule(detName);
1156     if(mod) {
1157       // Get the array of media numbers
1158       TArrayI &idtmed = *mod->GetIdtmed();
1159       // Check that the tracking medium code is valid
1160       if(0<=itmed && itmed < 100) {
1161         ktmed=idtmed[itmed];
1162         if(!ktmed) {
1163           Warning("ReadTransPar","Invalid tracking medium code %d for %s\n",itmed,mod->GetName());
1164           continue;
1165         }
1166         // Set energy thresholds
1167         for(kz=0;kz<kncuts;kz++) {
1168           if(cut[kz]>=0) {
1169             if(fDebug) printf(" *  %-6s set to %10.3E for tracking medium code %4d for %s\n",
1170                    kpars[kz],cut[kz],itmed,mod->GetName());
1171             gMC->Gstpar(ktmed,kpars[kz],cut[kz]);
1172           }
1173         }
1174         // Set transport mechanisms
1175         for(kz=0;kz<knflags;kz++) {
1176           if(flag[kz]>=0) {
1177             if(fDebug) printf(" *  %-6s set to %10d for tracking medium code %4d for %s\n",
1178                    kpars[kncuts+kz],flag[kz],itmed,mod->GetName());
1179             gMC->Gstpar(ktmed,kpars[kncuts+kz],Float_t(flag[kz]));
1180           }
1181         }
1182       } else {
1183         Warning("ReadTransPar","Invalid medium code %d *\n",itmed);
1184         continue;
1185       }
1186     } else {
1187       if(fDebug) printf("%s::ReadTransParModule: %s not present\n",ClassName(),detName);
1188       continue;
1189     }
1190   }
1191 }
1192
1193
1194 //_____________________________________________________________________________
1195 void AliRun::MakeTree(Option_t *option, const char *file)
1196 {
1197   //
1198   //  Create the ROOT trees
1199   //  Loop on all detectors to create the Root branch (if any)
1200   //
1201
1202   char hname[30];
1203   //
1204   // Analyse options
1205   const char *oK = strstr(option,"K");
1206   const char *oH = strstr(option,"H");
1207   const char *oE = strstr(option,"E");
1208   const char *oD = strstr(option,"D");
1209   const char *oR = strstr(option,"R");
1210   const char *oS = strstr(option,"S");
1211   //
1212
1213   TDirectory *cwd = gDirectory;
1214
1215   TBranch *branch = 0;
1216
1217   if (oK) fStack->MakeTree(fEvent, file);
1218
1219   if (oE && !fTreeE) {
1220     fTreeE = new TTree("TE","Header");
1221     branch = fTreeE->Branch("Header", "AliHeader", &fHeader, 4000, 0);
1222     branch->SetAutoDelete(kFALSE);
1223     TFolder *folder = (TFolder *)gROOT->FindObjectAny("/Folders/RunMC/Event/Header");
1224     if (folder) folder->Add(fHeader);
1225 //    branch = fTreeE->Branch("Stack","AliStack", &fStack, 4000, 0);
1226 //    branch->SetAutoDelete(kFALSE);
1227 //    if (folder) folder->Add(fStack);
1228     fTreeE->Write(0,TObject::kOverwrite);
1229   }
1230
1231   if (file && branch) {
1232     char * outFile = new char[strlen(gAlice->GetBaseFile())+strlen(file)+2];
1233     sprintf(outFile,"%s/%s",GetBaseFile(),file);
1234     branch->SetFile(outFile);
1235     TIter next( branch->GetListOfBranches());
1236     while ((branch=(TBranch*)next())) {
1237        branch->SetFile(outFile);
1238     }
1239     if (GetDebug()>1)
1240         printf("* MakeBranch * Diverting Branch %s to file %s\n", branch->GetName(),file);
1241     cwd->cd();
1242     delete outFile;
1243   }
1244
1245   if (oH && !fTreeH) {
1246     sprintf(hname,"TreeH%d",fEvent);
1247     fTreeH = new TTree(hname,"Hits");
1248     fTreeH->SetAutoSave(1000000000); //no autosave
1249     fTreeH->Write(0,TObject::kOverwrite);
1250   }
1251   if (oD && !fTreeD) {
1252     sprintf(hname,"TreeD%d",fEvent);
1253     fTreeD = new TTree(hname,"Digits");
1254     fTreeD->Write(0,TObject::kOverwrite);
1255   }
1256   if (oS && !fTreeS) {
1257     sprintf(hname,"TreeS%d",fEvent);
1258     fTreeS = new TTree(hname,"SDigits");
1259     fTreeS->Write(0,TObject::kOverwrite);
1260   }
1261   if (oR && !fTreeR) {
1262     sprintf(hname,"TreeR%d",fEvent);
1263     fTreeR = new TTree(hname,"Reconstruction");
1264     fTreeR->Write(0,TObject::kOverwrite);
1265   }
1266
1267   //
1268   // Create a branch for hits/digits for each detector
1269   // Each branch is a TClonesArray. Each data member of the Hits classes
1270   // will be in turn a subbranch of the detector master branch
1271   TIter next(fModules);
1272   AliModule *detector;
1273   while((detector = (AliModule*)next())) {
1274      if (oH) detector->MakeBranch(option,file);
1275   }
1276 }
1277
1278 //_____________________________________________________________________________
1279 TParticle* AliRun::Particle(Int_t i)
1280 {
1281     return fStack->Particle(i);
1282 }
1283
1284 //_____________________________________________________________________________
1285 void AliRun::BeginEvent()
1286 {
1287     // Clean-up previous event
1288     // Energy scores
1289     fEventEnergy.Reset();
1290     // Clean detector information
1291     CleanDetectors();
1292     // Reset stack info
1293     fStack->Reset();
1294
1295
1296   //
1297   //  Reset all Detectors & kinematics & trees
1298   //
1299   char hname[30];
1300   //
1301   // Initialise event header
1302   fHeader->Reset(fRun,fEvent);
1303   //
1304   fStack->BeginEvent(fEvent);
1305
1306   //
1307   if(fLego) {
1308     fLego->BeginEvent();
1309     return;
1310   }
1311
1312   //
1313
1314   ResetHits();
1315   ResetDigits();
1316   ResetSDigits();
1317
1318
1319   if(fTreeH) {
1320     fTreeH->Reset();
1321     sprintf(hname,"TreeH%d",fEvent);
1322     fTreeH->SetName(hname);
1323   }
1324   if(fTreeD) {
1325     fTreeD->Reset();
1326     sprintf(hname,"TreeD%d",fEvent);
1327     fTreeD->SetName(hname);
1328     fTreeD->Write(0,TObject::kOverwrite);
1329   }
1330   if(fTreeS) {
1331     fTreeS->Reset();
1332     sprintf(hname,"TreeS%d",fEvent);
1333     fTreeS->SetName(hname);
1334     fTreeS->Write(0,TObject::kOverwrite);
1335   }
1336   if(fTreeR) {
1337     fTreeR->Reset();
1338     sprintf(hname,"TreeR%d",fEvent);
1339     fTreeR->SetName(hname);
1340     fTreeR->Write(0,TObject::kOverwrite);
1341   }
1342 }
1343 //_____________________________________________________________________________
1344 void AliRun::ResetDigits()
1345 {
1346   //
1347   //  Reset all Detectors digits
1348   //
1349   TIter next(fModules);
1350   AliModule *detector;
1351   while((detector = (AliModule*)next())) {
1352      detector->ResetDigits();
1353   }
1354 }
1355
1356 //_____________________________________________________________________________
1357 void AliRun::ResetSDigits()
1358 {
1359   //
1360   //  Reset all Detectors digits
1361   //
1362   TIter next(fModules);
1363   AliModule *detector;
1364   while((detector = (AliModule*)next())) {
1365      detector->ResetSDigits();
1366   }
1367 }
1368
1369 //_____________________________________________________________________________
1370 void AliRun::ResetHits()
1371 {
1372   //
1373   //  Reset all Detectors hits
1374   //
1375   TIter next(fModules);
1376   AliModule *detector;
1377   while((detector = (AliModule*)next())) {
1378      detector->ResetHits();
1379   }
1380 }
1381
1382 //_____________________________________________________________________________
1383 void AliRun::ResetPoints()
1384 {
1385   //
1386   // Reset all Detectors points
1387   //
1388   TIter next(fModules);
1389   AliModule *detector;
1390   while((detector = (AliModule*)next())) {
1391      detector->ResetPoints();
1392   }
1393 }
1394
1395 //_____________________________________________________________________________
1396 void AliRun::RunMC(Int_t nevent, const char *setup)
1397 {
1398   //
1399   // Main function to be called to process a galice run
1400   // example
1401   //    Root > gAlice.Run();
1402   // a positive number of events will cause the finish routine
1403   // to be called
1404   //
1405
1406   // check if initialisation has been done
1407   if (!fInitDone) InitMC(setup);
1408
1409   // Create the Root Tree with one branch per detector
1410
1411    MakeTree("ESDR");
1412
1413   if (gSystem->Getenv("CONFIG_SPLIT_FILE")) {
1414      MakeTree("K","Kine.root");
1415      MakeTree("H","Hits.root");
1416   } else {
1417      MakeTree("KH");
1418   }
1419
1420   gMC->ProcessRun(nevent);
1421
1422   // End of this run, close files
1423   if(nevent>0) FinishRun();
1424 }
1425
1426 //_____________________________________________________________________________
1427 void AliRun::RunReco(const char *selected, Int_t first, Int_t last)
1428 {
1429   //
1430   // Main function to be called to reconstruct Alice event
1431   //
1432    cout << "Found "<< gAlice->TreeE()->GetEntries() << "events" << endl;
1433    Int_t nFirst = first;
1434    Int_t nLast  = (last < 0)? (Int_t) gAlice->TreeE()->GetEntries() : last;
1435
1436    for (Int_t nevent = nFirst; nevent <= nLast; nevent++) {
1437      cout << "Processing event "<< nevent << endl;
1438      GetEvent(nevent);
1439      // MakeTree("R");
1440      Digits2Reco(selected);
1441    }
1442 }
1443
1444 //_____________________________________________________________________________
1445
1446 void AliRun::Hits2Digits(const char *selected)
1447 {
1448
1449    // Convert Hits to sumable digits
1450    //
1451    for (Int_t nevent=0; nevent<gAlice->TreeE()->GetEntries(); nevent++) {
1452      GetEvent(nevent);
1453     // MakeTree("D");
1454      Hits2SDigits(selected);
1455      SDigits2Digits(selected);
1456    }
1457 }
1458
1459
1460 //_____________________________________________________________________________
1461
1462 void AliRun::Tree2Tree(Option_t *option, const char *selected)
1463 {
1464   //
1465   // Function to transform the content of
1466   //
1467   // - TreeH to TreeS (option "S")
1468   // - TreeS to TreeD (option "D")
1469   // - TreeD to TreeR (option "R")
1470   //
1471   // If multiple options are specified ("SDR"), transformation will be done in sequence for
1472   // selected detector and for all detectors if none is selected (detector string
1473   // can contain blank separated list of detector names).
1474
1475
1476    const char *oS = strstr(option,"S");
1477    const char *oD = strstr(option,"D");
1478    const char *oR = strstr(option,"R");
1479
1480    TObjArray *detectors = Detectors();
1481
1482    TIter next(detectors);
1483
1484    AliDetector *detector = 0;
1485
1486    TDirectory *cwd = gDirectory;
1487
1488    char outFile[32];
1489
1490    while((detector = (AliDetector*)next())) {
1491      if (selected)
1492        if (strcmp(detector->GetName(),selected)) continue;
1493      if (detector->IsActive()){
1494        if (gSystem->Getenv("CONFIG_SPLIT_FILE")) {
1495           if (oS) {
1496             sprintf(outFile,"SDigits.%s.root",detector->GetName());
1497             detector->MakeBranch("S",outFile);
1498           }
1499           if (oD) {
1500             sprintf(outFile,"Digits.%s.root",detector->GetName());
1501             detector->MakeBranch("D",outFile);
1502           }
1503           if (oR) {
1504             sprintf(outFile,"Reco.%s.root",detector->GetName());
1505             detector->MakeBranch("R",outFile);
1506           }
1507        } else {
1508           detector->MakeBranch(option);
1509        }
1510
1511        cwd->cd();
1512
1513        if (oS) {
1514           cout << "Hits2SDigits: Processing " << detector->GetName() << "..." << endl;
1515           detector->Hits2SDigits();
1516        }
1517        if (oD) {
1518           cout << "SDigits2Digits: Processing " << detector->GetName() << "..." << endl;
1519           detector->SDigits2Digits();
1520        }
1521        if (oR) {
1522           cout << "Digits2Reco: Processing " << detector->GetName() << "..." << endl;
1523           detector->Digits2Reco();
1524        }
1525
1526        cwd->cd();
1527      }
1528    }
1529 }
1530
1531
1532 //_____________________________________________________________________________
1533 void AliRun::RunLego(const char *setup, Int_t nc1, Float_t c1min,
1534                      Float_t c1max,Int_t nc2,Float_t c2min,Float_t c2max,
1535                      Float_t rmin,Float_t rmax,Float_t zmax, AliLegoGenerator* gener)
1536 {
1537   //
1538   // Generates lego plots of:
1539   //    - radiation length map phi vs theta
1540   //    - radiation length map phi vs eta
1541   //    - interaction length map
1542   //    - g/cm2 length map
1543   //
1544   //  ntheta    bins in theta, eta
1545   //  themin    minimum angle in theta (degrees)
1546   //  themax    maximum angle in theta (degrees)
1547   //  nphi      bins in phi
1548   //  phimin    minimum angle in phi (degrees)
1549   //  phimax    maximum angle in phi (degrees)
1550   //  rmin      minimum radius
1551   //  rmax      maximum radius
1552   //
1553   //
1554   //  The number of events generated = ntheta*nphi
1555   //  run input parameters in macro setup (default="Config.C")
1556   //
1557   //  Use macro "lego.C" to visualize the 3 lego plots in spherical coordinates
1558   //Begin_Html
1559   /*
1560     <img src="picts/AliRunLego1.gif">
1561   */
1562   //End_Html
1563   //Begin_Html
1564   /*
1565     <img src="picts/AliRunLego2.gif">
1566   */
1567   //End_Html
1568   //Begin_Html
1569   /*
1570     <img src="picts/AliRunLego3.gif">
1571   */
1572   //End_Html
1573   //
1574
1575   // check if initialisation has been done
1576   if (!fInitDone) InitMC(setup);
1577   //Save current generator
1578   AliGenerator *gen=Generator();
1579
1580   // Set new generator
1581   if (!gener) gener  = new AliLegoGenerator();
1582   ResetGenerator(gener);
1583   //
1584   // Configure Generator
1585   gener->SetRadiusRange(rmin, rmax);
1586   gener->SetZMax(zmax);
1587   gener->SetCoor1Range(nc1, c1min, c1max);
1588   gener->SetCoor2Range(nc2, c2min, c2max);
1589
1590
1591   //Create Lego object
1592   fLego = new AliLego("lego",gener);
1593
1594   //Prepare MC for Lego Run
1595   gMC->InitLego();
1596
1597   //Run Lego Object
1598
1599   gMC->ProcessRun(nc1*nc2+1);
1600
1601   // Create only the Root event Tree
1602   MakeTree("E");
1603
1604   // End of this run, close files
1605   FinishRun();
1606   // Restore current generator
1607   ResetGenerator(gen);
1608   // Delete Lego Object
1609   delete fLego; fLego=0;
1610 }
1611
1612 //_____________________________________________________________________________
1613 void AliRun::SetConfigFunction(const char * config)
1614 {
1615   //
1616   // Set the signature of the function contained in Config.C to configure
1617   // the run
1618   //
1619   fConfigFunction=config;
1620 }
1621
1622 //_____________________________________________________________________________
1623 void AliRun::SetCurrentTrack(Int_t track)
1624 {
1625   //
1626   // Set current track number
1627   //
1628     fStack->SetCurrentTrack(track);
1629 }
1630
1631 //_____________________________________________________________________________
1632 void AliRun::SetTrack(Int_t done, Int_t parent, Int_t pdg, Float_t *pmom,
1633                       Float_t *vpos, Float_t *polar, Float_t tof,
1634                       AliMCProcess mech, Int_t &ntr, Float_t weight)
1635 {
1636 // Delegate to stack
1637 //
1638     fStack->SetTrack(done, parent, pdg, pmom, vpos, polar, tof,
1639                      mech, ntr, weight);
1640 }
1641
1642 //_____________________________________________________________________________
1643 void AliRun::SetTrack(Int_t done, Int_t parent, Int_t pdg,
1644                       Double_t px, Double_t py, Double_t pz, Double_t e,
1645                       Double_t vx, Double_t vy, Double_t vz, Double_t tof,
1646                       Double_t polx, Double_t poly, Double_t polz,
1647                       AliMCProcess mech, Int_t &ntr, Float_t weight)
1648 {
1649   // Delegate to stack
1650   //
1651     fStack->SetTrack(done, parent, pdg, px, py, pz, e, vx, vy, vz, tof,
1652                    polx, poly, polz, mech, ntr, weight);
1653
1654 }
1655
1656 //_____________________________________________________________________________
1657 void AliRun::SetHighWaterMark(const Int_t nt)
1658 {
1659     //
1660     // Set high water mark for last track in event
1661     fStack->SetHighWaterMark(nt);
1662 }
1663
1664 //_____________________________________________________________________________
1665 void AliRun::KeepTrack(const Int_t track)
1666 {
1667   //
1668   // Delegate to stack
1669   //
1670     fStack->KeepTrack(track);
1671 }
1672
1673 //_____________________________________________________________________________
1674 void AliRun::StepManager(Int_t id)
1675 {
1676   //
1677   // Called at every step during transport
1678   //
1679
1680   //
1681   // --- If lego option, do it and leave
1682   if (fLego)
1683     fLego->StepManager();
1684   else {
1685     Int_t copy;
1686     //Update energy deposition tables
1687     AddEnergyDeposit(gMC->CurrentVolID(copy),gMC->Edep());
1688
1689     //Call the appropriate stepping routine;
1690     AliModule *det = (AliModule*)fModules->At(id);
1691     if(det) {
1692       fMCQA->StepManager(id);
1693       det->StepManager();
1694     }
1695   }
1696 }
1697
1698 //_____________________________________________________________________________
1699 void AliRun::Streamer(TBuffer &R__b)
1700 {
1701    // Stream an object of class AliRun.
1702
1703    if (R__b.IsReading()) {
1704       if (!gAlice) gAlice = this;
1705
1706       AliRun::Class()->ReadBuffer(R__b, this);
1707       //
1708       gROOT->GetListOfBrowsables()->Add(this,"Run");
1709
1710       fTreeE = (TTree*)gDirectory->Get("TE");
1711       if (fTreeE) {
1712           fTreeE->SetBranchAddress("Header", &fHeader);
1713       }
1714
1715       else    Error("Streamer","cannot find Header Tree\n");
1716       fTreeE->GetEntry(0);
1717
1718       gRandom = fRandom;
1719    } else {
1720       AliRun::Class()->WriteBuffer(R__b, this);
1721    }
1722 }
1723
1724
1725 //___________________________________________________________________________
1726 Int_t AliRun::CurrentTrack() const {
1727   //
1728   // Returns current track
1729   //
1730   return fStack->CurrentTrack();
1731 }
1732
1733 //___________________________________________________________________________
1734 Int_t AliRun::GetNtrack() const {
1735   //
1736   // Returns number of tracks in stack
1737   //
1738   return fStack->GetNtrack();
1739 }
1740
1741 //___________________________________________________________________________
1742 TObjArray* AliRun::Particles() {
1743   //
1744   // Returns pointer to Particles array
1745   //
1746   return fStack->Particles();
1747 }
1748
1749 //___________________________________________________________________________
1750 TTree* AliRun::TreeK() {
1751   //
1752   // Returns pointer to the TreeK array
1753   //
1754   return fStack->TreeK();
1755 }
1756
1757
1758 void AliRun::SetGenEventHeader(AliGenEventHeader* header)
1759 {
1760     fHeader->SetGenEventHeader(header);
1761 }