Allow reading of multiple events in AliRun, correct the I/O of the header
[u/mrichter/AliRoot.git] / STEER / AliRun.cxx
1 ///////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
2 //                                                                           //
3 //  Control class for Alice C++                                              //
4 //  Only one single instance of this class exists.                           //
5 //  The object is created in main program aliroot                            //
6 //  and is pointed by the global gAlice.                                     //
7 //                                                                           //
8 //   -Supports the list of all Alice Detectors (fModules).                 //
9 //   -Supports the list of particles (fParticles).                           //
10 //   -Supports the Trees.                                                    //
11 //   -Supports the geometry.                                                 //
12 //   -Supports the event display.                                            //
13 //Begin_Html
14 /*
15 <img src="picts/AliRunClass.gif">
16 */
17 //End_Html
18 //Begin_Html
19 /*
20 <img src="picts/alirun.gif">
21 */
22 //End_Html
23 //                                                                           //
24 ///////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
25
26 #include <TFile.h>
27 #include <TRandom.h>
28 #include <TBRIK.h> 
29 #include <TNode.h> 
30 #include <TCint.h> 
31 #include <TSystem.h>
32
33 #include "TParticle.h"
34 #include "AliRun.h"
35 #include "AliDisplay.h"
36
37 #include "AliCallf77.h" 
38  
39 #include <stdlib.h>
40 #include <stdio.h>
41 #include <string.h>
42  
43 AliRun *gAlice;
44
45 static AliHeader *header;
46
47 #ifndef WIN32
48
49 # define rxgtrak rxgtrak_
50 # define rxstrak rxstrak_
51 # define rxkeep  rxkeep_ 
52 # define rxouth  rxouth_
53 #else
54
55 # define rxgtrak RXGTRAK 
56 # define rxstrak RXSTRAK 
57 # define rxkeep  RXKEEP  
58 # define rxouth  RXOUTH
59 #endif
60
61 static TArrayF sEventEnergy;
62 static TArrayF sSummEnergy;
63 static TArrayF sSum2Energy;
64
65 ClassImp(AliRun)
66
67 //_____________________________________________________________________________
68 AliRun::AliRun()
69 {
70   //
71   // Default constructor for AliRun
72   //
73   header=&fHeader;
74   fRun       = 0;
75   fEvent     = 0;
76   fCurrent   = -1;
77   fModules = 0;
78   fGenerator = 0;
79   fTreeD     = 0;
80   fTreeK     = 0;
81   fTreeH     = 0;
82   fTreeE     = 0;
83   fTreeR     = 0;
84   fParticles = 0;
85   fGeometry  = 0;
86   fDisplay   = 0;
87   fField     = 0;
88   fMC        = 0;
89   fNdets     = 0;
90   fImedia    = 0;
91   fTrRmax    = 1.e10;
92   fTrZmax    = 1.e10;
93   fInitDone  = kFALSE;
94   fLego      = 0;
95   fPDGDB     = 0;        //Particle factory object!
96 }
97
98 //_____________________________________________________________________________
99 AliRun::AliRun(const char *name, const char *title)
100   : TNamed(name,title)
101 {
102   //
103   //  Constructor for the main processor.
104   //  Creates the geometry
105   //  Creates the list of Detectors.
106   //  Creates the list of particles.
107   //
108   Int_t i;
109   
110   gAlice     = this;
111   fTreeD     = 0;
112   fTreeK     = 0;
113   fTreeH     = 0;
114   fTreeE     = 0;
115   fTreeR     = 0;
116   fTrRmax    = 1.e10;
117   fTrZmax    = 1.e10;
118   fGenerator = 0;
119   fInitDone  = kFALSE;
120   fLego      = 0;
121   fField     = 0;
122   
123   gROOT->GetListOfBrowsables()->Add(this,name);
124   //
125   // create the support list for the various Detectors
126   fModules = new TObjArray(77);
127   //
128   // Create the TNode geometry for the event display
129   
130   BuildSimpleGeometry();
131   
132
133   fNtrack=0;
134   fHgwmk=0;
135   fCurrent=-1;
136   header=&fHeader;
137   fRun       = 0;
138   fEvent     = 0;
139   //
140   // Create the particle stack
141   fParticles = new TClonesArray("TParticle",100);
142   
143   fDisplay = 0;
144   //
145   // Create default mag field
146   SetField();
147   //
148   fMC      = gMC;
149   //
150   // Prepare the tracking medium lists
151   fImedia = new TArrayI(1000);
152   for(i=0;i<1000;i++) (*fImedia)[i]=-99;
153   //
154   // Make particles
155   fPDGDB     = TDatabasePDG::Instance();        //Particle factory object!
156 }
157
158 //_____________________________________________________________________________
159 AliRun::~AliRun()
160 {
161   //
162   // Defaullt AliRun destructor
163   //
164   delete fImedia;
165   delete fField;
166   delete fMC;
167   delete fGeometry;
168   delete fDisplay;
169   delete fGenerator;
170   delete fLego;
171   delete fTreeD;
172   delete fTreeK;
173   delete fTreeH;
174   delete fTreeE;
175   delete fTreeR;
176   if (fModules) {
177     fModules->Delete();
178     delete fModules;
179   }
180   if (fParticles) {
181     fParticles->Delete();
182     delete fParticles;
183   }
184 }
185
186 //_____________________________________________________________________________
187 void AliRun::AddHit(Int_t id, Int_t track, Int_t *vol, Float_t *hits) const
188 {
189   //
190   //  Add a hit to detector id
191   //
192   TObjArray &dets = *fModules;
193   if(dets[id]) ((AliModule*) dets[id])->AddHit(track,vol,hits);
194 }
195
196 //_____________________________________________________________________________
197 void AliRun::AddDigit(Int_t id, Int_t *tracks, Int_t *digits) const
198 {
199   //
200   // Add digit to detector id
201   //
202   TObjArray &dets = *fModules;
203   if(dets[id]) ((AliModule*) dets[id])->AddDigit(tracks,digits);
204 }
205
206 //_____________________________________________________________________________
207 void AliRun::Browse(TBrowser *b)
208 {
209   //
210   // Called when the item "Run" is clicked on the left pane
211   // of the Root browser.
212   // It displays the Root Trees and all detectors.
213   //
214   if (fTreeK) b->Add(fTreeK,fTreeK->GetName());
215   if (fTreeH) b->Add(fTreeH,fTreeH->GetName());
216   if (fTreeD) b->Add(fTreeD,fTreeD->GetName());
217   if (fTreeE) b->Add(fTreeE,fTreeE->GetName());
218   if (fTreeR) b->Add(fTreeR,fTreeR->GetName());
219   
220   TIter next(fModules);
221   AliModule *detector;
222   while((detector = (AliModule*)next())) {
223     b->Add(detector,detector->GetName());
224   }
225 }
226
227 //_____________________________________________________________________________
228 void AliRun::Build()
229 {
230   //
231   // Initialize Alice geometry
232   // Dummy routine
233   //
234 }
235  
236 //_____________________________________________________________________________
237 void AliRun::BuildSimpleGeometry()
238 {
239   //
240   // Create a simple TNode geometry used by Root display engine
241   //
242   // Initialise geometry
243   //
244   fGeometry = new TGeometry("AliceGeom","Galice Geometry for Hits");
245   new TMaterial("void","Vacuum",0,0,0);  //Everything is void
246   TBRIK *brik = new TBRIK("S_alice","alice volume","void",2000,2000,3000);
247   brik->SetVisibility(0);
248   new TNode("alice","alice","S_alice");
249 }
250
251 //_____________________________________________________________________________
252 void AliRun::CleanDetectors()
253 {
254   //
255   // Clean Detectors at the end of event
256   //
257   TIter next(fModules);
258   AliModule *detector;
259   while((detector = (AliModule*)next())) {
260     detector->FinishEvent();
261   }
262 }
263
264 //_____________________________________________________________________________
265 void AliRun::CleanParents()
266 {
267   //
268   // Clean Particles stack.
269   // Set parent/daughter relations
270   //
271   TClonesArray &particles = *(gAlice->Particles());
272   TParticle *part;
273   int i;
274   for(i=0; i<fNtrack; i++) {
275     part = (TParticle *)particles.UncheckedAt(i);
276     if(!part->TestBit(Daughters_Bit)) {
277       part->SetFirstDaughter(-1);
278       part->SetLastDaughter(-1);
279     }
280   }
281 }
282
283 //_____________________________________________________________________________
284 Int_t AliRun::DistancetoPrimitive(Int_t, Int_t)
285 {
286   //
287   // Return the distance from the mouse to the AliRun object
288   // Dummy routine
289   //
290   return 9999;
291 }
292
293 //_____________________________________________________________________________
294 void AliRun::DumpPart (Int_t i)
295 {
296   //
297   // Dumps particle i in the stack
298   //
299   TClonesArray &particles = *fParticles;
300   ((TParticle*) particles[i])->Print();
301 }
302
303 //_____________________________________________________________________________
304 void AliRun::DumpPStack ()
305 {
306   //
307   // Dumps the particle stack
308   //
309   TClonesArray &particles = *fParticles;
310   printf(
311          "\n\n=======================================================================\n");
312   for (Int_t i=0;i<fNtrack;i++) 
313     {
314       printf("-> %d ",i); ((TParticle*) particles[i])->Print();
315       printf("--------------------------------------------------------------\n");
316     }
317   printf(
318          "\n=======================================================================\n\n");
319 }
320
321 //_____________________________________________________________________________
322 void AliRun::SetField(Int_t type, Int_t version, Float_t scale,
323                       Float_t maxField, char* filename)
324 {
325   //
326   //  Set magnetic field parameters
327   //  type      Magnetic field transport flag 0=no field, 2=helix, 3=Runge Kutta
328   //  version   Magnetic field map version (only 1 active now)
329   //  scale     Scale factor for the magnetic field
330   //  maxField  Maximum value for the magnetic field
331
332   //
333   // --- Sanity check on mag field flags
334   if(type<0 || type > 2) {
335     Warning("SetField",
336             "Invalid magnetic field flag: %5d; Helix tracking chosen instead\n"
337            ,type);
338     type=2;
339   }
340   if(fField) delete fField;
341   if(version==1) {
342     fField = new AliMagFC("Map1"," ",type,version,scale,maxField);
343   } else if(version<=3) {
344     fField = new AliMagFCM("Map2-3",filename,type,version,scale,maxField);
345     fField->ReadField();
346   } else {
347     Warning("SetField","Invalid map %d\n",version);
348   }
349 }
350
351 //_____________________________________________________________________________
352 void AliRun::FillTree()
353 {
354   //
355   // Fills all AliRun TTrees
356   //
357   if (fTreeK) fTreeK->Fill();
358   if (fTreeH) fTreeH->Fill();
359   if (fTreeD) fTreeD->Fill();
360   if (fTreeR) fTreeR->Fill();
361 }
362  
363 //_____________________________________________________________________________
364 void AliRun::FinishPrimary()
365 {
366   //
367   // Called  at the end of each primary track
368   //
369   
370   // This primary is finished, purify stack
371   gAlice->PurifyKine();
372
373   // Write out hits if any
374   if (gAlice->TreeH()) {
375     gAlice->TreeH()->Fill();
376   }
377   
378   // Reset Hits info
379   gAlice->ResetHits();
380 }
381
382 //_____________________________________________________________________________
383 void AliRun::FinishEvent()
384 {
385   //
386   // Called at the end of the event.
387   //
388   
389   //Update the energy deposit tables
390   Int_t i;
391   for(i=0;i<sEventEnergy.GetSize();i++) {
392     sSummEnergy[i]+=sEventEnergy[i];
393     sSum2Energy[i]+=sEventEnergy[i]*sEventEnergy[i];
394   }
395   sEventEnergy.Reset();
396   
397   // Clean detector information
398   CleanDetectors();
399   
400   // Write out the kinematics
401   if (fTreeK) {
402     CleanParents();
403     fTreeK->Fill();
404   }
405   
406   // Write out the digits
407   if (fTreeD) {
408     fTreeD->Fill();
409     ResetDigits();
410   }
411   
412   // Write out reconstructed clusters  
413   if (fTreeR) {
414     fTreeR->Fill();
415   }
416
417   // Write out the event Header information
418   if (fTreeE) fTreeE->Fill();
419   
420   // Reset stack info
421   ResetStack();
422   
423   // Write Tree headers
424   //  Int_t ievent = fHeader.GetEvent();
425   //  char hname[30];
426   //  sprintf(hname,"TreeK%d",ievent);
427   if (fTreeK) fTreeK->Write();
428   //  sprintf(hname,"TreeH%d",ievent);
429   if (fTreeH) fTreeH->Write();
430   //  sprintf(hname,"TreeD%d",ievent);
431   if (fTreeD) fTreeD->Write();
432   //  sprintf(hname,"TreeR%d",ievent);
433   if (fTreeR) fTreeR->Write();
434 }
435
436 //_____________________________________________________________________________
437 void AliRun::FinishRun()
438 {
439   //
440   // Called at the end of the run.
441   //
442
443   // Clean detector information
444   TIter next(fModules);
445   AliModule *detector;
446   while((detector = (AliModule*)next())) {
447     detector->FinishRun();
448   }
449   
450   //Output energy summary tables
451   EnergySummary();
452   
453   // file is retrieved from whatever tree
454   TFile *File = 0;
455   if (fTreeK) File = fTreeK->GetCurrentFile();
456   if ((!File) && (fTreeH)) File = fTreeH->GetCurrentFile();
457   if ((!File) && (fTreeD)) File = fTreeD->GetCurrentFile();
458   if ((!File) && (fTreeE)) File = fTreeE->GetCurrentFile();
459   if( NULL==File ) {
460     Error("FinishRun","There isn't root file!");
461     exit(1);
462   }
463   File->cd();
464   fTreeE->Write();
465   
466   // Clean tree information
467   delete fTreeK; fTreeK = 0;
468   delete fTreeH; fTreeH = 0;
469   delete fTreeD; fTreeD = 0;
470   delete fTreeR; fTreeR = 0;
471   delete fTreeE; fTreeE = 0;
472   
473   // Write AliRun info and all detectors parameters
474   Write();
475   
476   // Close output file
477   File->Write();
478   File->Close();
479 }
480
481 //_____________________________________________________________________________
482 void AliRun::FlagTrack(Int_t track)
483 {
484   //
485   // Flags a track and all its family tree to be kept
486   //
487   int curr;
488   TParticle *particle;
489
490   curr=track;
491   while(1) {
492     particle=(TParticle*)fParticles->UncheckedAt(curr);
493     
494     // If the particle is flagged the three from here upward is saved already
495     if(particle->TestBit(Keep_Bit)) return;
496     
497     // Save this particle
498     particle->SetBit(Keep_Bit);
499     
500     // Move to father if any
501     if((curr=particle->GetFirstMother())==-1) return;
502   }
503 }
504  
505 //_____________________________________________________________________________
506 void AliRun::EnergySummary()
507 {
508   //
509   // Print summary of deposited energy
510   //
511
512   Int_t ndep=0;
513   Float_t edtot=0;
514   Float_t ed, ed2;
515   Int_t kn, i, left, j, id;
516   const Float_t zero=0;
517   Int_t ievent=fHeader.GetEvent()+1;
518   //
519   // Energy loss information
520   if(ievent) {
521     printf("***************** Energy Loss Information per event (GEV) *****************\n");
522     for(kn=1;kn<sEventEnergy.GetSize();kn++) {
523       ed=sSummEnergy[kn];
524       if(ed>0) {
525         sEventEnergy[ndep]=kn;
526         if(ievent>1) {
527           ed=ed/ievent;
528           ed2=sSum2Energy[kn];
529           ed2=ed2/ievent;
530           ed2=100*TMath::Sqrt(TMath::Max(ed2-ed*ed,zero))/ed;
531         } else 
532           ed2=99;
533         sSummEnergy[ndep]=ed;
534         sSum2Energy[ndep]=TMath::Min((Float_t) 99.,TMath::Max(ed2,zero));
535         edtot+=ed;
536         ndep++;
537       }
538     }
539     for(kn=0;kn<(ndep-1)/3+1;kn++) {
540       left=ndep-kn*3;
541       for(i=0;i<(3<left?3:left);i++) {
542         j=kn*3+i;
543         id=Int_t (sEventEnergy[j]+0.1);
544         printf(" %s %10.3f +- %10.3f%%;",gMC->VolName(id),sSummEnergy[j],sSum2Energy[j]);
545       }
546       printf("\n");
547     }
548     //
549     // Relative energy loss in different detectors
550     printf("******************** Relative Energy Loss per event ********************\n");
551     printf("Total energy loss per event %10.3f GeV\n",edtot);
552     for(kn=0;kn<(ndep-1)/5+1;kn++) {
553       left=ndep-kn*5;
554       for(i=0;i<(5<left?5:left);i++) {
555         j=kn*5+i;
556         id=Int_t (sEventEnergy[j]+0.1);
557         printf(" %s %10.3f%%;",gMC->VolName(id),100*sSummEnergy[j]/edtot);
558       }
559       printf("\n");
560     }
561     for(kn=0;kn<75;kn++) printf("*"); 
562     printf("\n");
563   }
564   //
565   // Reset the TArray's
566   sEventEnergy.Set(0);
567   sSummEnergy.Set(0);
568   sSum2Energy.Set(0);
569 }
570
571 //_____________________________________________________________________________
572 AliModule *AliRun::GetModule(const char *name)
573 {
574   //
575   // Return pointer to detector from name
576   //
577   return (AliModule*)fModules->FindObject(name);
578 }
579  
580 //_____________________________________________________________________________
581 AliDetector *AliRun::GetDetector(const char *name)
582 {
583   //
584   // Return pointer to detector from name
585   //
586   return (AliDetector*)fModules->FindObject(name);
587 }
588  
589 //_____________________________________________________________________________
590 Int_t AliRun::GetModuleID(const char *name)
591 {
592   //
593   // Return galice internal detector identifier from name
594   //
595   Int_t i=-1;
596   TObject *mod=fModules->FindObject(name);
597   if(mod) i=fModules->IndexOf(mod);
598   return i;
599 }
600  
601 //_____________________________________________________________________________
602 Int_t AliRun::GetEvent(Int_t event)
603 {
604   //
605   // Connect the Trees Kinematics and Hits for event # event
606   // Set branch addresses
607   //
608
609   // Reset existing structures
610   ResetStack();
611   ResetHits();
612   ResetDigits();
613   
614   // Delete Trees already connected
615   if (fTreeK) delete fTreeK;
616   if (fTreeH) delete fTreeH;
617   if (fTreeD) delete fTreeD;
618   if (fTreeR) delete fTreeR;
619
620   // Get header from file
621   if(fTreeE) fTreeE->GetEntry(event);
622   else Error("GetEvent","Cannot file Header Tree\n");
623   
624   // Get Kine Tree from file
625   char treeName[20];
626   sprintf(treeName,"TreeK%d",event);
627   fTreeK = (TTree*)gDirectory->Get(treeName);
628   if (fTreeK) fTreeK->SetBranchAddress("Particles", &fParticles);
629   else    Error("GetEvent","cannot find Kine Tree for event:%d\n",event);
630   
631   // Get Hits Tree header from file
632   sprintf(treeName,"TreeH%d",event);
633   fTreeH = (TTree*)gDirectory->Get(treeName);
634   if (!fTreeH) {
635     Error("GetEvent","cannot find Hits Tree for event:%d\n",event);
636   }
637   
638   // Get Digits Tree header from file
639   sprintf(treeName,"TreeD%d",event);
640   fTreeD = (TTree*)gDirectory->Get(treeName);
641   if (!fTreeD) {
642     printf("WARNING: cannot find Digits Tree for event:%d\n",event);
643   }
644   
645   
646   // Get Reconstruct Tree header from file
647   sprintf(treeName,"TreeR%d",event);
648   fTreeR = (TTree*)gDirectory->Get(treeName);
649   if (!fTreeR) {
650     //    printf("WARNING: cannot find Reconstructed Tree for event:%d\n",event);
651   }
652  
653   // Set Trees branch addresses
654   TIter next(fModules);
655   AliModule *detector;
656   while((detector = (AliModule*)next())) {
657     detector->SetTreeAddress();
658   }
659   
660   if (fTreeK) fTreeK->GetEvent(0);
661   fNtrack = Int_t (fParticles->GetEntries());
662   return fNtrack;
663 }
664
665 //_____________________________________________________________________________
666 TGeometry *AliRun::GetGeometry()
667 {
668   //
669   // Import Alice geometry from current file
670   // Return pointer to geometry object
671   //
672   if (!fGeometry) fGeometry = (TGeometry*)gDirectory->Get("AliceGeom");
673   //
674   // Unlink and relink nodes in detectors
675   // This is bad and there must be a better way...
676   //
677   TList *tnodes=fGeometry->GetListOfNodes(); 
678   TNode *alice=(TNode*)tnodes->At(0);
679   TList *gnodes=alice->GetListOfNodes();
680   
681   TIter next(fModules);
682   AliModule *detector;
683   while((detector = (AliModule*)next())) {
684     detector->SetTreeAddress();
685     TList *dnodes=detector->Nodes();
686     Int_t j;
687     TNode *node, *node1;
688     for ( j=0; j<dnodes->GetSize(); j++) {
689       node = (TNode*) dnodes->At(j);
690       node1 = (TNode*) gnodes->FindObject(node->GetName());
691       dnodes->Remove(node);
692       dnodes->AddAt(node1,j);
693     }
694   }
695   return fGeometry;
696 }
697
698 //_____________________________________________________________________________
699 void AliRun::GetNextTrack(Int_t &mtrack, Int_t &ipart, Float_t *pmom,
700                           Float_t &e, Float_t *vpos, Float_t *polar,
701                           Float_t &tof)
702 {
703   //
704   // Return next track from stack of particles
705   //
706   const TVector3 *pol;
707   fCurrent=-1;
708   TParticle *track;
709   for(Int_t i=fNtrack-1; i>=0; i--) {
710     track=(TParticle*) fParticles->UncheckedAt(i);
711     if(!track->TestBit(Done_Bit)) {
712       //
713       // The track has not yet been processed
714       fCurrent=i;
715       ipart=track->GetPdgCode();
716       pmom[0]=track->Px();
717       pmom[1]=track->Py(); 
718       pmom[2]=track->Pz();
719       e     =track->Energy();
720       vpos[0]=track->Vx();
721       vpos[1]=track->Vy();
722       vpos[2]=track->Vz();
723       pol = track->GetPolarisation();
724       polar[0]=pol->X();
725       polar[1]=pol->Y();
726       polar[2]=pol->Z();
727       tof=track->T();
728       track->SetBit(Done_Bit);
729       break;
730     }
731   }
732   mtrack=fCurrent;
733   //
734   // stop and start timer when we start a primary track
735   Int_t nprimaries = fHeader.GetNprimary();
736   if (fCurrent >= nprimaries) return;
737   if (fCurrent < nprimaries-1) {
738     fTimer.Stop();
739     track=(TParticle*) fParticles->UncheckedAt(fCurrent+1);
740     //    track->SetProcessTime(fTimer.CpuTime());
741   }
742   fTimer.Start();
743 }
744
745 //_____________________________________________________________________________
746 Int_t AliRun::GetPrimary(Int_t track)
747 {
748   //
749   // return number of primary that has generated track
750   //
751   int current, parent;
752   TParticle *part;
753   //
754   parent=track;
755   while (1) {
756     current=parent;
757     part = (TParticle *)fParticles->UncheckedAt(current);
758     parent=part->GetFirstMother();
759     if(parent<0) return current;
760   }
761 }
762  
763 //_____________________________________________________________________________
764 void AliRun::Init(const char *setup)
765 {
766   //
767   // Initialize the Alice setup
768   //
769
770   gROOT->LoadMacro(setup);
771   gInterpreter->ProcessLine("Config();");
772
773   gMC->DefineParticles();  //Create standard MC particles
774
775   TObject *objfirst, *objlast;
776
777   fNdets = fModules->GetLast()+1;
778
779   //
780   //=================Create Materials, geometry, histograms, etc
781    TIter next(fModules);
782    AliModule *detector;
783    while((detector = (AliModule*)next())) {
784       detector->SetTreeAddress();
785       objlast = gDirectory->GetList()->Last();
786       
787       // Initialise detector materials, geometry, histograms,etc
788       detector->CreateMaterials();
789       detector->CreateGeometry();
790       detector->BuildGeometry();
791       detector->Init();
792       
793       // Add Detector histograms in Detector list of histograms
794       if (objlast) objfirst = gDirectory->GetList()->After(objlast);
795       else         objfirst = gDirectory->GetList()->First();
796       while (objfirst) {
797         detector->Histograms()->Add(objfirst);
798         objfirst = gDirectory->GetList()->After(objfirst);
799       }
800    }
801    SetTransPar(); //Read the cuts for all materials
802    
803    MediaTable(); //Build the special IMEDIA table
804    
805    //Close the geometry structure
806    gMC->Ggclos();
807    
808    //Initialise geometry deposition table
809    sEventEnergy.Set(gMC->NofVolumes()+1);
810    sSummEnergy.Set(gMC->NofVolumes()+1);
811    sSum2Energy.Set(gMC->NofVolumes()+1);
812    
813    //Create the color table
814    gMC->SetColors();
815    
816    //Compute cross-sections
817    gMC->Gphysi();
818    
819    //Write Geometry object to current file.
820    fGeometry->Write();
821    
822    fInitDone = kTRUE;
823 }
824
825 //_____________________________________________________________________________
826 void AliRun::MediaTable()
827 {
828   //
829   // Built media table to get from the media number to
830   // the detector id
831   //
832   Int_t kz, nz, idt, lz, i, k, ind;
833   //  Int_t ibeg;
834   TObjArray &dets = *gAlice->Detectors();
835   AliModule *det;
836   //
837   // For all detectors
838   for (kz=0;kz<fNdets;kz++) {
839     // If detector is defined
840     if((det=(AliModule*) dets[kz])) {
841         TArrayI &idtmed = *(det->GetIdtmed()); 
842         for(nz=0;nz<100;nz++) {
843         // Find max and min material number
844         if((idt=idtmed[nz])) {
845           det->LoMedium() = det->LoMedium() < idt ? det->LoMedium() : idt;
846           det->HiMedium() = det->HiMedium() > idt ? det->HiMedium() : idt;
847         }
848       }
849       if(det->LoMedium() > det->HiMedium()) {
850         det->LoMedium() = 0;
851         det->HiMedium() = 0;
852       } else {
853         if(det->HiMedium() > fImedia->GetSize()) {
854           Error("MediaTable","Increase fImedia from %d to %d",
855                 fImedia->GetSize(),det->HiMedium());
856           return;
857         }
858         // Tag all materials in rage as belonging to detector kz
859         for(lz=det->LoMedium(); lz<= det->HiMedium(); lz++) {
860           (*fImedia)[lz]=kz;
861         }
862       }
863     }
864   }
865   //
866   // Print summary table
867   printf(" Traking media ranges:\n");
868   for(i=0;i<(fNdets-1)/6+1;i++) {
869     for(k=0;k< (6<fNdets-i*6?6:fNdets-i*6);k++) {
870       ind=i*6+k;
871       det=(AliModule*)dets[ind];
872       if(det)
873         printf(" %6s: %3d -> %3d;",det->GetName(),det->LoMedium(),
874                det->HiMedium());
875       else
876         printf(" %6s: %3d -> %3d;","NULL",0,0);
877     }
878     printf("\n");
879   }
880 }
881
882 //____________________________________________________________________________
883 void AliRun::SetGenerator(AliGenerator *generator)
884 {
885   //
886   // Load the event generator
887   //
888   if(!fGenerator) fGenerator = generator;
889 }
890
891 //____________________________________________________________________________
892 void AliRun::SetTransPar(char* filename)
893 {
894   //
895   // Read filename to set the transport parameters
896   //
897
898
899   const Int_t ncuts=10;
900   const Int_t nflags=11;
901   const Int_t npars=ncuts+nflags;
902   const char pars[npars][7] = {"CUTGAM" ,"CUTELE","CUTNEU","CUTHAD","CUTMUO",
903                                "BCUTE","BCUTM","DCUTE","DCUTM","PPCUTM","ANNI",
904                                "BREM","COMP","DCAY","DRAY","HADR","LOSS",
905                                "MULS","PAIR","PHOT","RAYL"};
906   char line[256];
907   char detName[7];
908   char* filtmp;
909   Float_t cut[ncuts];
910   Int_t flag[nflags];
911   Int_t i, itmed, iret, ktmed, kz;
912   FILE *lun;
913   //
914   // See whether the file is there
915   filtmp=gSystem->ExpandPathName(filename);
916   lun=fopen(filtmp,"r");
917   delete [] filtmp;
918   if(!lun) {
919     Warning("SetTransPar","File %s does not exist!\n",filename);
920     return;
921   }
922   //
923   printf(" "); for(i=0;i<60;i++) printf("*"); printf("\n");
924   printf(" *%59s\n","*");
925   printf(" *       Please check carefully what you are doing!%10s\n","*");
926   printf(" *%59s\n","*");
927   //
928   while(1) {
929     // Initialise cuts and flags
930     for(i=0;i<ncuts;i++) cut[i]=-99;
931     for(i=0;i<nflags;i++) flag[i]=-99;
932     itmed=0;
933     for(i=0;i<256;i++) line[i]='\0';
934     // Read up to the end of line excluded
935     iret=fscanf(lun,"%[^\n]",line);
936     if(iret<0) {
937       //End of file
938       fclose(lun);
939       printf(" *%59s\n","*");
940       printf(" "); for(i=0;i<60;i++) printf("*"); printf("\n");
941       return;
942     }
943     // Read the end of line
944     fscanf(lun,"%*c");
945     if(!iret) continue;
946     if(line[0]=='*') continue;
947     // Read the numbers
948     iret=sscanf(line,"%s %d %f %f %f %f %f %f %f %f %f %f %d %d %d %d %d %d %d %d %d %d %d",
949                 detName,&itmed,&cut[0],&cut[1],&cut[2],&cut[3],&cut[4],&cut[5],&cut[6],&cut[7],&cut[8],
950                 &cut[9],&flag[0],&flag[1],&flag[2],&flag[3],&flag[4],&flag[5],&flag[6],&flag[7],
951                 &flag[8],&flag[9],&flag[10]);
952     if(!iret) continue;
953     if(iret<0) {
954       //reading error
955       Warning("SetTransPar","Error reading file %s\n",filename);
956       continue;
957     }
958     // Check that the module exist
959     AliModule *mod = GetModule(detName);
960     if(mod) {
961       // Get the array of media numbers
962       TArrayI &idtmed = *mod->GetIdtmed();
963       // Check that the tracking medium code is valid
964       if(0<=itmed && itmed < 100) {
965         ktmed=idtmed[itmed];
966         if(!ktmed) {
967           Warning("SetTransPar","Invalid tracking medium code %d for %s\n",itmed,mod->GetName());
968           continue;
969         }
970         // Set energy thresholds
971         for(kz=0;kz<ncuts;kz++) {
972           if(cut[kz]>=0) {
973             printf(" *  %-6s set to %10.3E for tracking medium code %4d for %s\n",
974                    pars[kz],cut[kz],itmed,mod->GetName());
975             gMC->Gstpar(ktmed,pars[kz],cut[kz]);
976           }
977         }
978         // Set transport mechanisms
979         for(kz=0;kz<nflags;kz++) {
980           if(flag[kz]>=0) {
981             printf(" *  %-6s set to %10d for tracking medium code %4d for %s\n",
982                    pars[ncuts+kz],flag[kz],itmed,mod->GetName());
983             gMC->Gstpar(ktmed,pars[ncuts+kz],Float_t(flag[kz]));
984           }
985         }
986       } else {
987         Warning("SetTransPar","Invalid medium code %d *\n",itmed);
988         continue;
989       }
990     } else {
991       Warning("SetTransPar","Module %s not present\n",detName);
992       continue;
993     }
994   }
995 }
996
997 //_____________________________________________________________________________
998 void AliRun::MakeTree(Option_t *option)
999 {
1000   //
1001   //  Create the ROOT trees
1002   //  Loop on all detectors to create the Root branch (if any)
1003   //
1004
1005   //
1006   // Analyse options
1007   char *K = strstr(option,"K");
1008   char *H = strstr(option,"H");
1009   char *E = strstr(option,"E");
1010   char *D = strstr(option,"D");
1011   char *R = strstr(option,"R");
1012   //
1013   if (K && !fTreeK) fTreeK = new TTree("TreeK0","Kinematics");
1014   if (H && !fTreeH) fTreeH = new TTree("TreeH0","Hits");
1015   if (D && !fTreeD) fTreeD = new TTree("TreeD0","Digits");
1016   if (E && !fTreeE) fTreeE = new TTree("TE","Header");
1017   if (R && !fTreeR) fTreeR = new TTree("TreeR0","Reconstruction");
1018   if (fTreeH) fTreeH->SetAutoSave(1000000000); //no autosave
1019   //
1020   // Create a branch for hits/digits for each detector
1021   // Each branch is a TClonesArray. Each data member of the Hits classes
1022   // will be in turn a subbranch of the detector master branch
1023   TIter next(fModules);
1024   AliModule *detector;
1025   while((detector = (AliModule*)next())) {
1026      if (H || D || R) detector->MakeBranch(option);
1027   }
1028   //  Create a branch for particles
1029   if (fTreeK && K) fTreeK->Branch("Particles",&fParticles,4000);
1030   
1031   //  Create a branch for Header
1032   if (fTreeE && E) fTreeE->Branch("Header","AliHeader",&header,4000);
1033 }
1034
1035 //_____________________________________________________________________________
1036 Int_t AliRun::PurifyKine(Int_t lastSavedTrack, Int_t nofTracks)
1037 {
1038   //
1039   // PurifyKine with external parameters
1040   //
1041   fHgwmk = lastSavedTrack;
1042   fNtrack = nofTracks;
1043   PurifyKine();
1044   return fHgwmk;
1045 }
1046
1047 //_____________________________________________________________________________
1048 void AliRun::PurifyKine()
1049 {
1050   //
1051   // Compress kinematic tree keeping only flagged particles
1052   // and renaming the particle id's in all the hits
1053   //
1054   TClonesArray &particles = *fParticles;
1055   int nkeep=fHgwmk+1, parent, i;
1056   TParticle *part, *partnew, *father;
1057   AliHit *OneHit;
1058   int *map = new int[particles.GetEntries()];
1059
1060   // Save in Header total number of tracks before compression
1061   fHeader.SetNtrack(fHeader.GetNtrack()+fNtrack-fHgwmk);
1062
1063   // Preset map, to be removed later
1064   for(i=0; i<fNtrack; i++) {
1065     if(i<=fHgwmk) map[i]=i ; else map[i] = -99 ;}
1066   // Second pass, build map between old and new numbering
1067   for(i=fHgwmk+1; i<fNtrack; i++) {
1068     part = (TParticle *)particles.UncheckedAt(i);
1069     if(part->TestBit(Keep_Bit)) {
1070       
1071       // This particle has to be kept
1072       map[i]=nkeep;
1073       if(i!=nkeep) {
1074         
1075         // Old and new are different, have to copy
1076         partnew = (TParticle *)particles.UncheckedAt(nkeep);
1077         *partnew = *part;
1078       } else partnew = part;
1079       
1080       // as the parent is always *before*, it must be already
1081       // in place. This is what we are checking anyway!
1082       if((parent=partnew->GetFirstMother())>fHgwmk) {
1083         if(map[parent]==-99) printf("map[%d] = -99!\n",parent);
1084         partnew->SetFirstMother(map[parent]);
1085       }
1086       nkeep++;
1087     }
1088   }
1089   fNtrack=nkeep;
1090   
1091   // Fix daughters information
1092   for (i=fHgwmk+1; i<fNtrack; i++) {
1093     part = (TParticle *)particles.UncheckedAt(i);
1094     parent = part->GetFirstMother();
1095     father = (TParticle *)particles.UncheckedAt(parent);
1096     if(father->TestBit(Daughters_Bit)) {
1097       
1098       if(i<father->GetFirstDaughter()) father->SetFirstDaughter(i);
1099       if(i>father->GetLastDaughter())  father->SetLastDaughter(i);
1100     } else {
1101       // Iitialise daughters info for first pass
1102       father->SetFirstDaughter(i);
1103       father->SetLastDaughter(i);
1104       father->SetBit(Daughters_Bit);
1105     }
1106   }
1107   
1108   // Now loop on all detectors and reset the hits
1109   TIter next(fModules);
1110   AliModule *detector;
1111   while((detector = (AliModule*)next())) {
1112     if (!detector->Hits()) continue;
1113     TClonesArray &vHits=*(detector->Hits());
1114     if(vHits.GetEntries() != detector->GetNhits())
1115       printf("vHits.GetEntries()!=detector->GetNhits(): %d != %d\n",
1116              vHits.GetEntries(),detector->GetNhits());
1117     for (i=0; i<detector->GetNhits(); i++) {
1118       OneHit = (AliHit *)vHits.UncheckedAt(i);
1119       OneHit->SetTrack(map[OneHit->GetTrack()]);
1120     }
1121   }
1122
1123   fHgwmk=nkeep-1;
1124   particles.SetLast(fHgwmk);
1125   delete [] map;
1126 }
1127
1128 //_____________________________________________________________________________
1129 void AliRun::Reset(Int_t run, Int_t idevent)
1130 {
1131   //
1132   //  Reset all Detectors & kinematics & trees
1133   //
1134   char hname[30];
1135   //
1136   ResetStack();
1137   ResetHits();
1138   ResetDigits();
1139
1140   // Initialise event header
1141   fHeader.Reset(run,idevent);
1142
1143   if(fTreeK) {
1144     fTreeK->Reset();
1145     sprintf(hname,"TreeK%d",idevent);
1146     fTreeK->SetName(hname);
1147   }
1148   if(fTreeH) {
1149     fTreeH->Reset();
1150     sprintf(hname,"TreeH%d",idevent);
1151     fTreeH->SetName(hname);
1152   }
1153   if(fTreeD) {
1154     fTreeD->Reset();
1155     sprintf(hname,"TreeD%d",idevent);
1156     fTreeD->SetName(hname);
1157   }
1158   if(fTreeR) {
1159     fTreeR->Reset();
1160     sprintf(hname,"TreeR%d",idevent);
1161     fTreeR->SetName(hname);
1162   }
1163 }
1164
1165 //_____________________________________________________________________________
1166 void AliRun::ResetDigits()
1167 {
1168   //
1169   //  Reset all Detectors digits
1170   //
1171   TIter next(fModules);
1172   AliModule *detector;
1173   while((detector = (AliModule*)next())) {
1174      detector->ResetDigits();
1175   }
1176 }
1177
1178 //_____________________________________________________________________________
1179 void AliRun::ResetHits()
1180 {
1181   //
1182   //  Reset all Detectors hits
1183   //
1184   TIter next(fModules);
1185   AliModule *detector;
1186   while((detector = (AliModule*)next())) {
1187      detector->ResetHits();
1188   }
1189 }
1190
1191 //_____________________________________________________________________________
1192 void AliRun::ResetPoints()
1193 {
1194   //
1195   // Reset all Detectors points
1196   //
1197   TIter next(fModules);
1198   AliModule *detector;
1199   while((detector = (AliModule*)next())) {
1200      detector->ResetPoints();
1201   }
1202 }
1203
1204 //_____________________________________________________________________________
1205 void AliRun::Run(Int_t nevent, const char *setup)
1206 {
1207   //
1208   // Main function to be called to process a galice run
1209   // example
1210   //    Root > gAlice.Run(); 
1211   // a positive number of events will cause the finish routine
1212   // to be called
1213   //
1214
1215   Int_t i, todo;
1216   // check if initialisation has been done
1217   if (!fInitDone) Init(setup);
1218   
1219   // Create the Root Tree with one branch per detector
1220   if(!fEvent) {
1221     gAlice->MakeTree("KHDER");
1222   }
1223
1224   todo = TMath::Abs(nevent);
1225   for (i=0; i<todo; i++) {
1226   // Process one run (one run = one event)
1227      gAlice->Reset(fRun, fEvent);
1228      gMC->Gtrigi();
1229      gMC->Gtrigc();
1230      gMC->Gtrig();
1231      gAlice->FinishEvent();
1232      fEvent++;
1233   }
1234   
1235   // End of this run, close files
1236   if(nevent>0) gAlice->FinishRun();
1237 }
1238
1239 //_____________________________________________________________________________
1240 void AliRun::RunLego(const char *setup,Int_t ntheta,Float_t themin,
1241                      Float_t themax,Int_t nphi,Float_t phimin,Float_t phimax,
1242                      Float_t rmin,Float_t rmax,Float_t zmax)
1243 {
1244   //
1245   // Generates lego plots of:
1246   //    - radiation length map phi vs theta
1247   //    - radiation length map phi vs eta
1248   //    - interaction length map
1249   //    - g/cm2 length map
1250   //
1251   //  ntheta    bins in theta, eta
1252   //  themin    minimum angle in theta (degrees)
1253   //  themax    maximum angle in theta (degrees)
1254   //  nphi      bins in phi
1255   //  phimin    minimum angle in phi (degrees)
1256   //  phimax    maximum angle in phi (degrees)
1257   //  rmin      minimum radius
1258   //  rmax      maximum radius
1259   //  
1260   //
1261   //  The number of events generated = ntheta*nphi
1262   //  run input parameters in macro setup (default="Config.C")
1263   //
1264   //  Use macro "lego.C" to visualize the 3 lego plots in spherical coordinates
1265   //Begin_Html
1266   /*
1267     <img src="picts/AliRunLego1.gif">
1268   */
1269   //End_Html
1270   //Begin_Html
1271   /*
1272     <img src="picts/AliRunLego2.gif">
1273   */
1274   //End_Html
1275   //Begin_Html
1276   /*
1277     <img src="picts/AliRunLego3.gif">
1278   */
1279   //End_Html
1280   //
1281
1282   // check if initialisation has been done
1283   if (!fInitDone) Init(setup);
1284   
1285   fLego = new AliLego("lego","lego");
1286   fLego->Init(ntheta,themin,themax,nphi,phimin,phimax,rmin,rmax,zmax);
1287   fLego->Run();
1288   
1289   // Create only the Root event Tree
1290   gAlice->MakeTree("E");
1291   
1292   // End of this run, close files
1293   gAlice->FinishRun();
1294 }
1295
1296 //_____________________________________________________________________________
1297 void AliRun::SetCurrentTrack(Int_t track)
1298
1299   //
1300   // Set current track number
1301   //
1302   fCurrent = track; 
1303 }
1304  
1305 //_____________________________________________________________________________
1306 void AliRun::SetTrack(Int_t done, Int_t parent, Int_t pdg, Float_t *pmom,
1307                       Float_t *vpos, Float_t *polar, Float_t tof,
1308                       const char *mecha, Int_t &ntr, Float_t weight)
1309
1310   //
1311   // Load a track on the stack
1312   //
1313   // done     0 if the track has to be transported
1314   //          1 if not
1315   // parent   identifier of the parent track. -1 for a primary
1316   // pdg    particle code
1317   // pmom     momentum GeV/c
1318   // vpos     position 
1319   // polar    polarisation 
1320   // tof      time of flight in seconds
1321   // mecha    production mechanism
1322   // ntr      on output the number of the track stored
1323   //
1324   TClonesArray &particles = *fParticles;
1325   TParticle *particle;
1326   Float_t mass;
1327   const Int_t firstdaughter=-1;
1328   const Int_t lastdaughter=-1;
1329   const Int_t KS=0;
1330   //  const Float_t tlife=0;
1331   
1332   //
1333   // Here we get the static mass
1334   // For MC is ok, but a more sophisticated method could be necessary
1335   // if the calculated mass is required
1336   // also, this method is potentially dangerous if the mass
1337   // used in the MC is not the same of the PDG database
1338   //
1339   mass = TDatabasePDG::Instance()->GetParticle(pdg)->Mass();
1340   Float_t e=TMath::Sqrt(mass*mass+pmom[0]*pmom[0]+
1341                         pmom[1]*pmom[1]+pmom[2]*pmom[2]);
1342   
1343   //printf("Loading particle %s mass %f ene %f No %d ip %d pos %f %f %f mom %f %f %f KS %d m %s\n",
1344   //pname,mass,e,fNtrack,pdg,vpos[0],vpos[1],vpos[2],pmom[0],pmom[1],pmom[2],KS,mecha);
1345   
1346   particle=new(particles[fNtrack]) TParticle(pdg,KS,parent,-1,firstdaughter,
1347                                              lastdaughter,pmom[0],pmom[1],pmom[2],
1348                                              e,vpos[0],vpos[1],vpos[2],tof);
1349   //                                         polar[0],polar[1],polar[2],tof,
1350   //                                         mecha,weight);
1351   ((TParticle*)particles[fNtrack])->SetPolarisation(TVector3(polar[0],polar[1],polar[2]));
1352   ((TParticle*)particles[fNtrack])->SetWeight(weight);
1353   if(!done) particle->SetBit(Done_Bit);
1354   
1355   if(parent>=0) {
1356     particle=(TParticle*) fParticles->UncheckedAt(parent);
1357     particle->SetLastDaughter(fNtrack);
1358     if(particle->GetFirstDaughter()<0) particle->SetFirstDaughter(fNtrack);
1359   } else { 
1360     //
1361     // This is a primary track. Set high water mark for this event
1362     fHgwmk=fNtrack;
1363     //
1364     // Set also number if primary tracks
1365     fHeader.SetNprimary(fHgwmk+1);
1366     fHeader.SetNtrack(fHgwmk+1);
1367   }
1368   ntr = fNtrack++;
1369 }
1370
1371 //_____________________________________________________________________________
1372 void AliRun::KeepTrack(const Int_t track)
1373
1374   //
1375   // flags a track to be kept
1376   //
1377   TClonesArray &particles = *fParticles;
1378   ((TParticle*)particles[track])->SetBit(Keep_Bit);
1379 }
1380  
1381 //_____________________________________________________________________________
1382 void AliRun::StepManager(Int_t id) const
1383 {
1384   //
1385   // Called at every step during transport
1386   //
1387
1388   Int_t copy;
1389   //
1390   // --- If lego option, do it and leave 
1391   if (fLego) {
1392     fLego->StepManager();
1393     return;
1394   }
1395   //Update energy deposition tables
1396   sEventEnergy[gMC->CurrentVolID(copy)]+=gMC->Edep();
1397   
1398   //Call the appropriate stepping routine;
1399   AliModule *det = (AliModule*)fModules->At(id);
1400   if(det) det->StepManager();
1401 }
1402
1403 //_____________________________________________________________________________
1404 void AliRun::ReadEuclid(const char* filnam, const AliModule *det, const char* topvol)
1405 {
1406   //                                                                     
1407   //       read in the geometry of the detector in euclid file format    
1408   //                                                                     
1409   //        id_det : the detector identification (2=its,...)            
1410   //        topvol : return parameter describing the name of the top    
1411   //        volume of geometry.                                          
1412   //                                                                     
1413   //            author : m. maire                                        
1414   //                                                                     
1415   //     28.07.98
1416   //     several changes have been made by miroslav helbich
1417   //     subroutine is rewrited to follow the new established way of memory
1418   //     booking for tracking medias and rotation matrices.
1419   //     all used tracking media have to be defined first, for this you can use
1420   //     subroutine  greutmed.
1421   //     top volume is searched as only volume not positioned into another 
1422   //
1423
1424   Int_t i, nvol, iret, itmed, irot, numed, npar, ndiv, iaxe;
1425   Int_t ndvmx, nr, flag;
1426   char key[5], card[77], natmed[21];
1427   char name[5], mother[5], shape[5], konly[5], volst[7000][5];
1428   char *filtmp;
1429   Float_t par[50];
1430   Float_t teta1, phi1, teta2, phi2, teta3, phi3, orig, step;
1431   Float_t xo, yo, zo;
1432   Int_t idrot[5000],istop[7000];
1433   FILE *lun;
1434   //
1435   // *** The input filnam name will be with extension '.euc'
1436   filtmp=gSystem->ExpandPathName(filnam);
1437   lun=fopen(filtmp,"r");
1438   delete [] filtmp;
1439   if(!lun) {
1440     printf(" *** GREUCL *** Could not open file %s\n",filnam);
1441     return;
1442   }
1443   //* --- definition of rotation matrix 0 ---  
1444   TArrayI &idtmed = *(det->GetIdtmed());
1445   idrot[0]=0;
1446   nvol=0;
1447  L10:
1448   for(i=0;i<77;i++) card[i]=0;
1449   iret=fscanf(lun,"%77[^\n]",card);
1450   if(iret<=0) goto L20;
1451   fscanf(lun,"%*c");
1452   //*
1453   strncpy(key,card,4);
1454   key[4]='\0';
1455   if (!strcmp(key,"TMED")) {
1456     sscanf(&card[5],"%d '%[^']'",&itmed,natmed);
1457     //Pad the string with blanks
1458     i=-1;
1459     while(natmed[++i]);
1460     while(i<20) natmed[i++]=' ';
1461     natmed[i]='\0';
1462     //
1463     gMC->Gckmat(idtmed[itmed],natmed);
1464     //*
1465   } else if (!strcmp(key,"ROTM")) {
1466     sscanf(&card[4],"%d %f %f %f %f %f %f",&irot,&teta1,&phi1,&teta2,&phi2,&teta3,&phi3);
1467     det->AliMatrix(idrot[irot],teta1,phi1,teta2,phi2,teta3,phi3);
1468     //*
1469   } else if (!strcmp(key,"VOLU")) {
1470     sscanf(&card[5],"'%[^']' '%[^']' %d %d", name, shape, &numed, &npar);
1471     if (npar>0) {
1472       for(i=0;i<npar;i++) fscanf(lun,"%f",&par[i]);
1473       fscanf(lun,"%*c");
1474     }
1475     gMC->Gsvolu( name, shape, idtmed[numed], par, npar);
1476     //*     save the defined volumes
1477     strcpy(volst[++nvol],name);
1478     istop[nvol]=1;
1479     //*
1480   } else if (!strcmp(key,"DIVN")) {
1481     sscanf(&card[5],"'%[^']' '%[^']' %d %d", name, mother, &ndiv, &iaxe);
1482     gMC->Gsdvn  ( name, mother, ndiv, iaxe );
1483     //*
1484   } else if (!strcmp(key,"DVN2")) {
1485     sscanf(&card[5],"'%[^']' '%[^']' %d %d %f %d",name, mother, &ndiv, &iaxe, &orig, &numed);
1486     gMC->Gsdvn2( name, mother, ndiv, iaxe, orig,idtmed[numed]);
1487     //*
1488   } else if (!strcmp(key,"DIVT")) {
1489     sscanf(&card[5],"'%[^']' '%[^']' %f %d %d %d", name, mother, &step, &iaxe, &numed, &ndvmx);
1490     gMC->Gsdvt ( name, mother, step, iaxe, idtmed[numed], ndvmx);
1491     //*
1492   } else if (!strcmp(key,"DVT2")) {
1493     sscanf(&card[5],"'%[^']' '%[^']' %f %d %f %d %d", name, mother, &step, &iaxe, &orig, &numed, &ndvmx);
1494     gMC->Gsdvt2 ( name, mother, step, iaxe, orig, idtmed[numed], ndvmx );
1495     //*
1496   } else if (!strcmp(key,"POSI")) {
1497     sscanf(&card[5],"'%[^']' %d '%[^']' %f %f %f %d '%[^']'", name, &nr, mother, &xo, &yo, &zo, &irot, konly);
1498     //*** volume name cannot be the top volume
1499     for(i=1;i<=nvol;i++) {
1500       if (!strcmp(volst[i],name)) istop[i]=0;
1501     }
1502     //*
1503     gMC->Gspos  ( name, nr, mother, xo, yo, zo, idrot[irot], konly );
1504     //*
1505   } else if (!strcmp(key,"POSP")) {
1506     sscanf(&card[5],"'%[^']' %d '%[^']' %f %f %f %d '%[^']' %d", name, &nr, mother, &xo, &yo, &zo, &irot, konly, &npar);
1507     if (npar > 0) {
1508       for(i=0;i<npar;i++) fscanf(lun,"%f",&par[i]);
1509       fscanf(lun,"%*c");
1510     }
1511     //*** volume name cannot be the top volume
1512     for(i=1;i<=nvol;i++) {
1513       if (!strcmp(volst[i],name)) istop[i]=0;
1514     }
1515     //*
1516     gMC->Gsposp ( name, nr, mother, xo,yo,zo, idrot[irot], konly, par, npar);
1517   }
1518   //*
1519   if (strcmp(key,"END")) goto L10;
1520   //* find top volume in the geometry
1521   flag=0;
1522   for(i=1;i<=nvol;i++) {
1523     if (istop[i] && flag) {
1524       printf(" *** GREUCL *** warning: %s is another possible top volume\n",volst[i]);
1525     }
1526     if (istop[i] && !flag) {
1527       topvol=volst[i];
1528       printf(" *** GREUCL *** volume %s taken as a top volume\n",topvol);
1529       flag=1;
1530     }
1531   }
1532   if (!flag) {
1533     printf("*** GREUCL *** warning: top volume not found\n");
1534   }
1535   fclose (lun);
1536   //*
1537   //*     commented out only for the not cernlib version
1538   printf(" *** GREUCL *** file: %s is now read in\n",filnam);
1539   //
1540   return;
1541   //*
1542   L20:
1543   printf(" *** GREUCL *** reading error or premature end of file\n");
1544 }
1545
1546 //_____________________________________________________________________________
1547 void AliRun::ReadEuclidMedia(const char* filnam, const AliModule *det)
1548 {
1549   //                                                                     
1550   //       read in the materials and tracking media for the detector     
1551   //                   in euclid file format                             
1552   //                                                                     
1553   //       filnam: name of the input file                                
1554   //       id_det: id_det is the detector identification (2=its,...)     
1555   //                                                                     
1556   //            author : miroslav helbich                                
1557   //
1558   Float_t sxmgmx = gAlice->Field()->Max();
1559   Int_t   isxfld = gAlice->Field()->Integ();
1560   Int_t end, i, iret, itmed;
1561   char key[5], card[130], natmed[21], namate[21];
1562   Float_t ubuf[50];
1563   char* filtmp;
1564   FILE *lun;
1565   Int_t imate;
1566   Int_t nwbuf, isvol, ifield, nmat;
1567   Float_t a, z, dens, radl, absl, fieldm, tmaxfd, stemax, deemax, epsil, stmin;
1568   //
1569   end=strlen(filnam);
1570   for(i=0;i<end;i++) if(filnam[i]=='.') {
1571     end=i;
1572     break;
1573   }
1574   //
1575   // *** The input filnam name will be with extension '.euc'
1576   printf("The file name is %s\n",filnam); //Debug
1577   filtmp=gSystem->ExpandPathName(filnam);
1578   lun=fopen(filtmp,"r");
1579   delete [] filtmp;
1580   if(!lun) {
1581     Warning("ReadEuclidMedia","Could not open file %s\n",filnam);
1582     return;
1583   }
1584   //
1585   // Retrieve Mag Field parameters
1586   Int_t ISXFLD=gAlice->Field()->Integ();
1587   Float_t SXMGMX=gAlice->Field()->Max();
1588   //  TArrayI &idtmed = *(det->GetIdtmed());
1589   //
1590  L10:
1591   for(i=0;i<130;i++) card[i]=0;
1592   iret=fscanf(lun,"%4s %[^\n]",key,card);
1593   if(iret<=0) goto L20;
1594   fscanf(lun,"%*c");
1595   //*
1596   //* read material
1597   if (!strcmp(key,"MATE")) {
1598     sscanf(card,"%d '%[^']' %f %f %f %f %f %d",&imate,namate,&a,&z,&dens,&radl,&absl,&nwbuf);
1599     if (nwbuf>0) for(i=0;i<nwbuf;i++) fscanf(lun,"%f",&ubuf[i]);
1600     //Pad the string with blanks
1601     i=-1;
1602     while(namate[++i]);
1603     while(i<20) namate[i++]=' ';
1604     namate[i]='\0';
1605     //
1606     det->AliMaterial(imate,namate,a,z,dens,radl,absl,ubuf,nwbuf);
1607     //* read tracking medium
1608   } else if (!strcmp(key,"TMED")) {
1609     sscanf(card,"%d '%[^']' %d %d %d %f %f %f %f %f %f %d",
1610            &itmed,natmed,&nmat,&isvol,&ifield,&fieldm,&tmaxfd,
1611            &stemax,&deemax,&epsil,&stmin,&nwbuf);
1612     if (nwbuf>0) for(i=0;i<nwbuf;i++) fscanf(lun,"%f",&ubuf[i]);
1613     if (ifield<0) ifield=isxfld;
1614     if (fieldm<0) fieldm=sxmgmx;
1615     //Pad the string with blanks
1616     i=-1;
1617     while(natmed[++i]);
1618     while(i<20) natmed[i++]=' ';
1619     natmed[i]='\0';
1620     //
1621     det->AliMedium(itmed,natmed,nmat,isvol,ISXFLD,SXMGMX,tmaxfd,
1622                    stemax,deemax,epsil,stmin,ubuf,nwbuf);
1623     //    (*fImedia)[idtmed[itmed]-1]=id_det;
1624     //*
1625   }
1626   //*
1627   if (strcmp(key,"END")) goto L10;
1628   fclose (lun);
1629   //*
1630   //*     commented out only for the not cernlib version
1631   Warning("ReadEuclidMedia","file: %s is now read in\n",filnam);
1632   //*
1633   return;
1634   //*
1635  L20:
1636   Warning("ReadEuclidMedia","reading error or premature end of file\n");
1637
1638  
1639 //_____________________________________________________________________________
1640 void AliRun::Streamer(TBuffer &R__b)
1641 {
1642   //
1643   // Stream an object of class AliRun.
1644   //
1645   if (R__b.IsReading()) {
1646     Version_t R__v = R__b.ReadVersion(); if (R__v) { }
1647     TNamed::Streamer(R__b);
1648     if (!gAlice) gAlice = this;
1649     gROOT->GetListOfBrowsables()->Add(this,"Run");
1650     fTreeE = (TTree*)gDirectory->Get("TE");
1651     if (fTreeE) fTreeE->SetBranchAddress("Header", &header);
1652     else    Error("Streamer","cannot find Header Tree\n");
1653     R__b >> fNtrack;
1654     R__b >> fHgwmk;
1655     R__b >> fDebug;
1656     fHeader.Streamer(R__b);
1657     R__b >> fModules;
1658     R__b >> fParticles;
1659     R__b >> fField; 
1660     //    R__b >> fMC;
1661     R__b >> fNdets;
1662     R__b >> fTrRmax;
1663     R__b >> fTrZmax;
1664     R__b >> fGenerator;
1665     if(R__v>1) {
1666       R__b >> fPDGDB;        //Particle factory object!
1667       fTreeE->GetEntry(0);
1668     } else {
1669       fHeader.SetEvent(0);
1670       fPDGDB     = TDatabasePDG::Instance();        //Particle factory object!
1671     }
1672   } else {
1673     R__b.WriteVersion(AliRun::IsA());
1674     TNamed::Streamer(R__b);
1675     R__b << fNtrack;
1676     R__b << fHgwmk;
1677     R__b << fDebug;
1678     fHeader.Streamer(R__b);
1679     R__b << fModules;
1680     R__b << fParticles;
1681     R__b << fField;
1682     //    R__b << fMC;
1683     R__b << fNdets;
1684     R__b << fTrRmax;
1685     R__b << fTrZmax;
1686     R__b << fGenerator;
1687     R__b << fPDGDB;        //Particle factory object!
1688   }
1689
1690
1691
1692 //_____________________________________________________________________________
1693 //
1694 //                 Interfaces to Fortran
1695 //
1696 //_____________________________________________________________________________
1697
1698 extern "C" void type_of_call  rxgtrak (Int_t &mtrack, Int_t &ipart, Float_t *pmom, 
1699                                        Float_t &e, Float_t *vpos, Float_t *polar,
1700                                        Float_t &tof)
1701 {
1702   //
1703   //     Fetches next track from the ROOT stack for transport. Called by the
1704   //     modified version of GTREVE.
1705   //
1706   //              Track number in the ROOT stack. If MTRACK=0 no
1707   //      mtrack  more tracks are left in the stack to be
1708   //              transported.
1709   //      ipart   Particle code in the GEANT conventions.
1710   //      pmom[3] Particle momentum in GeV/c
1711   //      e       Particle energy in GeV
1712   //      vpos[3] Particle position
1713   //      tof     Particle time of flight in seconds
1714   //
1715   Int_t pdg;
1716   gAlice->GetNextTrack(mtrack, pdg, pmom, e, vpos, polar, tof);
1717   ipart = gMC->IdFromPDG(pdg);
1718   mtrack++;
1719 }
1720
1721 //_____________________________________________________________________________
1722 extern "C" void type_of_call 
1723 #ifndef WIN32
1724 rxstrak (Int_t &keep, Int_t &parent, Int_t &ipart, Float_t *pmom, 
1725                Float_t *vpos, Float_t &tof, const char* cmech, Int_t &ntr, const int cmlen)
1726 #else
1727 rxstrak (Int_t &keep, Int_t &parent, Int_t &ipart, Float_t *pmom,
1728          Float_t *vpos, Float_t &tof, const char* cmech, const int cmlen,
1729          Int_t &ntr)
1730 #endif
1731 {
1732   //
1733   //     Fetches next track from the ROOT stack for transport. Called by GUKINE
1734   //     and GUSTEP.
1735   //
1736   //              Status of the track. If keep=0 the track is put
1737   //      keep    on the ROOT stack but it is not fetched for
1738   //              transport.
1739   //      parent  Parent track. If parent=0 the track is a primary.
1740   //              In GUSTEP the routine is normally called to store
1741   //              secondaries generated by the current track whose
1742   //              ROOT stack number is MTRACK (common SCKINE.
1743   //      ipart   Particle code in the GEANT conventions.
1744   //      pmom[3] Particle momentum in GeV/c
1745   //      vpos[3] Particle position
1746   //      tof     Particle time of flight in seconds
1747   //
1748   //      cmech   (CHARACTER*10) Particle origin. This field is user
1749   //              defined and it is not used inside the GALICE code.
1750   //      ntr     Number assigned to the particle in the ROOT stack.
1751   //
1752   char mecha[11];
1753   Float_t polar[3]={0.,0.,0.};
1754   for(int i=0; i<10 && i<cmlen; i++) mecha[i]=cmech[i];
1755   mecha[10]=0;
1756   Int_t pdg=gMC->PDGFromId(ipart);
1757   gAlice->SetTrack(keep, parent-1, pdg, pmom, vpos, polar, tof, mecha, ntr);
1758   ntr++;
1759 }
1760
1761 //_____________________________________________________________________________
1762 extern "C" void type_of_call  rxkeep(const Int_t &n)
1763 {
1764   if( NULL==gAlice ) exit(1);
1765   
1766   if( n<=0 || n>gAlice->Particles()->GetEntries() )
1767     {
1768       printf("  Bad index n=%d must be 0<n<=%d\n",
1769              n,gAlice->Particles()->GetEntries());
1770       exit(1);
1771     }
1772   
1773   ((TParticle*)(gAlice->Particles()->UncheckedAt(n-1)))->SetBit(Keep_Bit);
1774 }
1775
1776 //_____________________________________________________________________________
1777 extern "C" void type_of_call  rxouth ()
1778 {
1779   //
1780   // Called by Gtreve at the end of each primary track
1781   //
1782   gAlice->FinishPrimary();
1783 }
1784