STEER/AliRun.cxx

   1 /**************************************************************************
   2  * Copyright(c) 1998-1999, ALICE Experiment at CERN, All rights reserved. *
   3  *                                                                        *
   4  * Author: The ALICE Off-line Project.                                    *
   5  * Contributors are mentioned in the code where appropriate.              *
   6  *                                                                        *
   7  * Permission to use, copy, modify and distribute this software and its   *
   8  * documentation strictly for non-commercial purposes is hereby granted   *
   9  * without fee, provided that the above copyright notice appears in all   *
  10  * copies and that both the copyright notice and this permission notice   *
  11  * appear in the supporting documentation. The authors make no claims     *
  12  * about the suitability of this software for any purpose. It is          *
  13  * provided "as is" without express or implied warranty.                  *
  14  **************************************************************************/
  15
  16 /*
  17 $Log$
  18 Revision 1.37  2000/06/09 20:05:11  morsch
  19 Introduce possibility to chose magnetic field version 3: AliMagFDM + field02.dat
  20
  21 Revision 1.36  2000/06/08 14:03:58  hristov
  22 Only one initializer for a default argument
  23
  24 Revision 1.35  2000/06/07 10:13:14  hristov
  25 Delete only existent objects.
  26
  27 Revision 1.34  2000/05/18 10:45:38  fca
  28 Delete Particle Factory properly
  29
  30 Revision 1.33  2000/05/16 13:10:40  fca
  31 New method IsNewTrack and fix for a problem in Father-Daughter relations
  32
  33 Revision 1.32  2000/04/27 10:38:21  fca
  34 Correct termination of Lego Run and introduce Lego getter in AliRun
  35
  36 Revision 1.31  2000/04/26 10:17:32  fca
  37 Changes in Lego for G4 compatibility
  38
  39 Revision 1.30  2000/04/18 19:11:40  fca
  40 Introduce variable Config.C function signature
  41
  42 Revision 1.29  2000/04/07 11:12:34  fca
  43 G4 compatibility changes
  44
  45 Revision 1.28  2000/04/05 06:51:06  fca
  46 Workaround for an HP compiler problem
  47
  48 Revision 1.27  2000/03/22 18:08:07  fca
  49 Rationalisation of the virtual MC interfaces
  50
  51 Revision 1.26  2000/03/22 13:42:26  fca
  52 SetGenerator does not replace an existing generator, ResetGenerator does
  53
  54 Revision 1.25  2000/02/23 16:25:22  fca
  55 AliVMC and AliGeant3 classes introduced
  56 ReadEuclid moved from AliRun to AliModule
  57
  58 Revision 1.24  2000/01/19 17:17:20  fca
  59 Introducing a list of lists of hits -- more hits allowed for detector now
  60
  61 Revision 1.23  1999/12/03 11:14:31  fca
  62 Fixing previous wrong checking
  63
  64 Revision 1.21  1999/11/25 10:40:08  fca
  65 Fixing daughters information also in primary tracks
  66
  67 Revision 1.20  1999/10/04 18:08:49  fca
  68 Adding protection against inconsistent Euclid files
  69
  70 Revision 1.19  1999/09/29 07:50:40  fca
  71 Introduction of the Copyright and cvs Log
  72
  73 */
  74
  75 ///////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
  76 //                                                                           //
  77 //  Control class for Alice C++                                              //
  78 //  Only one single instance of this class exists.                           //
  79 //  The object is created in main program aliroot                            //
  80 //  and is pointed by the global gAlice.                                     //
  81 //                                                                           //
  82 //   -Supports the list of all Alice Detectors (fModules).                 //
  83 //   -Supports the list of particles (fParticles).                           //
  84 //   -Supports the Trees.                                                    //
  85 //   -Supports the geometry.                                                 //
  86 //   -Supports the event display.                                            //
  87 //Begin_Html
  88 /*
  89 <img src="picts/AliRunClass.gif">
  90 */
  91 //End_Html
  92 //Begin_Html
  93 /*
  94 <img src="picts/alirun.gif">
  95 */
  96 //End_Html
  97 //                                                                           //
  98 ///////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
  99
 100 #include <TFile.h>
 101 #include <TRandom.h>
 102 #include <TBRIK.h>
 103 #include <TNode.h>
 104 #include <TCint.h>
 105 #include <TSystem.h>
 106 #include <TObjectTable.h>
 107
 108 #include "TParticle.h"
 109 #include "AliRun.h"
 110 #include "AliDisplay.h"
 111 #include "AliMC.h"
 112 #include "AliLego.h"
 113
 114 #include <stdlib.h>
 115 #include <stdio.h>
 116 #include <string.h>
 117
 118 AliRun *gAlice;
 119
 120 static AliHeader *header;
 121
 122 ClassImp(AliRun)
 123
 124 //_____________________________________________________________________________
 125 AliRun::AliRun()
 126 {
 127   //
 128   // Default constructor for AliRun
 129   //
 130   header=&fHeader;
 131   fRun       = 0;
 132   fEvent     = 0;
 133   fCurrent   = -1;
 134   fModules = 0;
 135   fGenerator = 0;
 136   fTreeD     = 0;
 137   fTreeK     = 0;
 138   fTreeH     = 0;
 139   fTreeE     = 0;
 140   fTreeR     = 0;
 141   fParticles = 0;
 142   fGeometry  = 0;
 143   fDisplay   = 0;
 144   fField     = 0;
 145   fMC       = 0;
 146   fNdets     = 0;
 147   fImedia    = 0;
 148   fTrRmax    = 1.e10;
 149   fTrZmax    = 1.e10;
 150   fInitDone  = kFALSE;
 151   fLego      = 0;
 152   fPDGDB     = 0;        //Particle factory object!
 153   fHitLists  = 0;
 154   fConfigFunction    = "\0";
 155 }
 156
 157 //_____________________________________________________________________________
 158 AliRun::AliRun(const char *name, const char *title)
 159   : TNamed(name,title)
 160 {
 161   //
 162   //  Constructor for the main processor.
 163   //  Creates the geometry
 164   //  Creates the list of Detectors.
 165   //  Creates the list of particles.
 166   //
 167   Int_t i;
 168
 169   gAlice     = this;
 170   fTreeD     = 0;
 171   fTreeK     = 0;
 172   fTreeH     = 0;
 173   fTreeE     = 0;
 174   fTreeR     = 0;
 175   fTrRmax    = 1.e10;
 176   fTrZmax    = 1.e10;
 177   fGenerator = 0;
 178   fInitDone  = kFALSE;
 179   fLego      = 0;
 180   fField     = 0;
 181   fConfigFunction    = "Config();";
 182
 183   gROOT->GetListOfBrowsables()->Add(this,name);
 184   //
 185   // create the support list for the various Detectors
 186   fModules = new TObjArray(77);
 187   //
 188   // Create the TNode geometry for the event display
 189
 190   BuildSimpleGeometry();
 191
 192
 193   fNtrack=0;
 194   fHgwmk=0;
 195   fCurrent=-1;
 196   header=&fHeader;
 197   fRun       = 0;
 198   fEvent     = 0;
 199   //
 200   // Create the particle stack
 201   fParticles = new TClonesArray("TParticle",100);
 202
 203   fDisplay = 0;
 204   //
 205   // Create default mag field
 206   SetField();
 207   //
 208   fMC      = gMC;
 209   //
 210   // Prepare the tracking medium lists
 211   fImedia = new TArrayI(1000);
 212   for(i=0;i<1000;i++) (*fImedia)[i]=-99;
 213   //
 214   // Make particles
 215   fPDGDB     = TDatabasePDG::Instance();        //Particle factory object!
 216   //
 217   // Create HitLists list
 218   fHitLists  = new TList();
 219 }
 220
 221 //_____________________________________________________________________________
 222 AliRun::~AliRun()
 223 {
 224   //
 225   // Defaullt AliRun destructor
 226   //
 227   delete fImedia;
 228   delete fField;
 229   delete fMC;
 230   delete fGeometry;
 231   delete fDisplay;
 232   delete fGenerator;
 233   delete fLego;
 234   delete fTreeD;
 235   delete fTreeK;
 236   delete fTreeH;
 237   delete fTreeE;
 238   delete fTreeR;
 239   if (fModules) {
 240     fModules->Delete();
 241     delete fModules;
 242   }
 243   if (fParticles) {
 244     fParticles->Delete();
 245     delete fParticles;
 246   }
 247   delete fHitLists;
 248   delete fPDGDB;
 249 }
 250
 251 //_____________________________________________________________________________
 252 void AliRun::AddHit(Int_t id, Int_t track, Int_t *vol, Float_t *hits) const
 253 {
 254   //
 255   //  Add a hit to detector id
 256   //
 257   TObjArray &dets = *fModules;
 258   if(dets[id]) ((AliModule*) dets[id])->AddHit(track,vol,hits);
 259 }
 260
 261 //_____________________________________________________________________________
 262 void AliRun::AddDigit(Int_t id, Int_t *tracks, Int_t *digits) const
 263 {
 264   //
 265   // Add digit to detector id
 266   //
 267   TObjArray &dets = *fModules;
 268   if(dets[id]) ((AliModule*) dets[id])->AddDigit(tracks,digits);
 269 }
 270
 271 //_____________________________________________________________________________
 272 void AliRun::Browse(TBrowser *b)
 273 {
 274   //
 275   // Called when the item "Run" is clicked on the left pane
 276   // of the Root browser.
 277   // It displays the Root Trees and all detectors.
 278   //
 279   if (fTreeK) b->Add(fTreeK,fTreeK->GetName());
 280   if (fTreeH) b->Add(fTreeH,fTreeH->GetName());
 281   if (fTreeD) b->Add(fTreeD,fTreeD->GetName());
 282   if (fTreeE) b->Add(fTreeE,fTreeE->GetName());
 283   if (fTreeR) b->Add(fTreeR,fTreeR->GetName());
 284
 285   TIter next(fModules);
 286   AliModule *detector;
 287   while((detector = (AliModule*)next())) {
 288     b->Add(detector,detector->GetName());
 289   }
 290 }
 291
 292 //_____________________________________________________________________________
 293 void AliRun::Build()
 294 {
 295   //
 296   // Initialize Alice geometry
 297   // Dummy routine
 298   //
 299 }
 300
 301 //_____________________________________________________________________________
 302 void AliRun::BuildSimpleGeometry()
 303 {
 304   //
 305   // Create a simple TNode geometry used by Root display engine
 306   //
 307   // Initialise geometry
 308   //
 309   fGeometry = new TGeometry("AliceGeom","Galice Geometry for Hits");
 310   new TMaterial("void","Vacuum",0,0,0);  //Everything is void
 311   TBRIK *brik = new TBRIK("S_alice","alice volume","void",2000,2000,3000);
 312   brik->SetVisibility(0);
 313   new TNode("alice","alice","S_alice");
 314 }
 315
 316 //_____________________________________________________________________________
 317 void AliRun::CleanDetectors()
 318 {
 319   //
 320   // Clean Detectors at the end of event
 321   //
 322   TIter next(fModules);
 323   AliModule *detector;
 324   while((detector = (AliModule*)next())) {
 325     detector->FinishEvent();
 326   }
 327 }
 328
 329 //_____________________________________________________________________________
 330 void AliRun::CleanParents()
 331 {
 332   //
 333   // Clean Particles stack.
 334   // Set parent/daughter relations
 335   //
 336   TClonesArray &particles = *(gAlice->Particles());
 337   TParticle *part;
 338   int i;
 339   for(i=0; i<fNtrack; i++) {
 340     part = (TParticle *)particles.UncheckedAt(i);
 341     if(!part->TestBit(Daughters_Bit)) {
 342       part->SetFirstDaughter(-1);
 343       part->SetLastDaughter(-1);
 344     }
 345   }
 346 }
 347
 348 //_____________________________________________________________________________
 349 Int_t AliRun::DistancetoPrimitive(Int_t, Int_t)
 350 {
 351   //
 352   // Return the distance from the mouse to the AliRun object
 353   // Dummy routine
 354   //
 355   return 9999;
 356 }
 357
 358 //_____________________________________________________________________________
 359 void AliRun::DumpPart (Int_t i)
 360 {
 361   //
 362   // Dumps particle i in the stack
 363   //
 364   TClonesArray &particles = *fParticles;
 365   ((TParticle*) particles[i])->Print();
 366 }
 367
 368 //_____________________________________________________________________________
 369 void AliRun::DumpPStack ()
 370 {
 371   //
 372   // Dumps the particle stack
 373   //
 374   TClonesArray &particles = *fParticles;
 375   printf(
 376          "\n\n=======================================================================\n");
 377   for (Int_t i=0;i<fNtrack;i++)
 378     {
 379       printf("-> %d ",i); ((TParticle*) particles[i])->Print();
 380       printf("--------------------------------------------------------------\n");
 381     }
 382   printf(
 383          "\n=======================================================================\n\n");
 384 }
 385
 386 //_____________________________________________________________________________
 387 void AliRun::SetField(Int_t type, Int_t version, Float_t scale,
 388                       Float_t maxField, char* filename)
 389 {
 390   //
 391   //  Set magnetic field parameters
 392   //  type      Magnetic field transport flag 0=no field, 2=helix, 3=Runge Kutta
 393   //  version   Magnetic field map version (only 1 active now)
 394   //  scale     Scale factor for the magnetic field
 395   //  maxField  Maximum value for the magnetic field
 396
 397   //
 398   // --- Sanity check on mag field flags
 399   if(type<0 || type > 2) {
 400     Warning("SetField",
 401             "Invalid magnetic field flag: %5d; Helix tracking chosen instead\n"
 402            ,type);
 403     type=2;
 404   }
 405   if(fField) delete fField;
 406   if(version==1) {
 407     fField = new AliMagFC("Map1"," ",type,version,scale,maxField);
 408   } else if(version<=2) {
 409     fField = new AliMagFCM("Map2-3",filename,type,version,scale,maxField);
 410     fField->ReadField();
 411   } else if(version==3) {
 412     fField = new AliMagFDM("Map4",filename,type,version,scale,maxField);
 413     fField->ReadField();
 414   } else {
 415     Warning("SetField","Invalid map %d\n",version);
 416   }
 417 }
 418
 419 //_____________________________________________________________________________
 420 void AliRun::FillTree()
 421 {
 422   //
 423   // Fills all AliRun TTrees
 424   //
 425   if (fTreeK) fTreeK->Fill();
 426   if (fTreeH) fTreeH->Fill();
 427   if (fTreeD) fTreeD->Fill();
 428   if (fTreeR) fTreeR->Fill();
 429 }
 430
 431 //_____________________________________________________________________________
 432 void AliRun::FinishPrimary()
 433 {
 434   //
 435   // Called  at the end of each primary track
 436   //
 437
 438   //  static Int_t count=0;
 439   //  const Int_t times=10;
 440   // This primary is finished, purify stack
 441   PurifyKine();
 442
 443   // Write out hits if any
 444   if (gAlice->TreeH()) {
 445     gAlice->TreeH()->Fill();
 446   }
 447
 448   // Reset Hits info
 449   gAlice->ResetHits();
 450
 451   //
 452   //  if(++count%times==1) gObjectTable->Print();
 453 }
 454
 455 //_____________________________________________________________________________
 456 void AliRun::FinishEvent()
 457 {
 458   //
 459   // Called at the end of the event.
 460   //
 461
 462   //
 463   if(fLego) fLego->FinishEvent();
 464
 465   //Update the energy deposit tables
 466   Int_t i;
 467   for(i=0;i<fEventEnergy.GetSize();i++) {
 468     fSummEnergy[i]+=fEventEnergy[i];
 469     fSum2Energy[i]+=fEventEnergy[i]*fEventEnergy[i];
 470   }
 471   fEventEnergy.Reset();
 472
 473   // Clean detector information
 474   CleanDetectors();
 475
 476   // Write out the kinematics
 477   if (fTreeK) {
 478     CleanParents();
 479     fTreeK->Fill();
 480   }
 481
 482   // Write out the digits
 483   if (fTreeD) {
 484     fTreeD->Fill();
 485     ResetDigits();
 486   }
 487
 488   // Write out reconstructed clusters
 489   if (fTreeR) {
 490     fTreeR->Fill();
 491   }
 492
 493   // Write out the event Header information
 494   if (fTreeE) fTreeE->Fill();
 495
 496   // Reset stack info
 497   ResetStack();
 498
 499   // Write Tree headers
 500   //  Int_t ievent = fHeader.GetEvent();
 501   //  char hname[30];
 502   //  sprintf(hname,"TreeK%d",ievent);
 503   if (fTreeK) fTreeK->Write(0,TObject::kOverwrite);
 504   //  sprintf(hname,"TreeH%d",ievent);
 505   if (fTreeH) fTreeH->Write(0,TObject::kOverwrite);
 506   //  sprintf(hname,"TreeD%d",ievent);
 507   if (fTreeD) fTreeD->Write(0,TObject::kOverwrite);
 508   //  sprintf(hname,"TreeR%d",ievent);
 509   if (fTreeR) fTreeR->Write(0,TObject::kOverwrite);
 510
 511   ++fEvent;
 512 }
 513
 514 //_____________________________________________________________________________
 515 void AliRun::FinishRun()
 516 {
 517   //
 518   // Called at the end of the run.
 519   //
 520
 521   //
 522   if(fLego) fLego->FinishRun();
 523
 524   // Clean detector information
 525   TIter next(fModules);
 526   AliModule *detector;
 527   while((detector = (AliModule*)next())) {
 528     detector->FinishRun();
 529   }
 530
 531   //Output energy summary tables
 532   EnergySummary();
 533
 534   // file is retrieved from whatever tree
 535   TFile *File = 0;
 536   if (fTreeK) File = fTreeK->GetCurrentFile();
 537   if ((!File) && (fTreeH)) File = fTreeH->GetCurrentFile();
 538   if ((!File) && (fTreeD)) File = fTreeD->GetCurrentFile();
 539   if ((!File) && (fTreeE)) File = fTreeE->GetCurrentFile();
 540   if( NULL==File ) {
 541     Error("FinishRun","There isn't root file!");
 542     exit(1);
 543   }
 544   File->cd();
 545   fTreeE->Write(0,TObject::kOverwrite);
 546
 547   // Clean tree information
 548   if (fTreeK) {
 549     delete fTreeK; fTreeK = 0;
 550   }
 551   if (fTreeH) {
 552     delete fTreeH; fTreeH = 0;
 553   }
 554   if (fTreeD) {
 555     delete fTreeD; fTreeD = 0;
 556   }
 557   if (fTreeR) {
 558     delete fTreeR; fTreeR = 0;
 559   }
 560   if (fTreeE) {
 561     delete fTreeE; fTreeE = 0;
 562   }
 563
 564   // Write AliRun info and all detectors parameters
 565   Write();
 566
 567   // Close output file
 568   File->Write();
 569 }
 570
 571 //_____________________________________________________________________________
 572 void AliRun::FlagTrack(Int_t track)
 573 {
 574   //
 575   // Flags a track and all its family tree to be kept
 576   //
 577   int curr;
 578   TParticle *particle;
 579
 580   curr=track;
 581   while(1) {
 582     particle=(TParticle*)fParticles->UncheckedAt(curr);
 583
 584     // If the particle is flagged the three from here upward is saved already
 585     if(particle->TestBit(Keep_Bit)) return;
 586
 587     // Save this particle
 588     particle->SetBit(Keep_Bit);
 589
 590     // Move to father if any
 591     if((curr=particle->GetFirstMother())==-1) return;
 592   }
 593 }
 594
 595 //_____________________________________________________________________________
 596 void AliRun::EnergySummary()
 597 {
 598   //
 599   // Print summary of deposited energy
 600   //
 601
 602   Int_t ndep=0;
 603   Float_t edtot=0;
 604   Float_t ed, ed2;
 605   Int_t kn, i, left, j, id;
 606   const Float_t zero=0;
 607   Int_t ievent=fHeader.GetEvent()+1;
 608   //
 609   // Energy loss information
 610   if(ievent) {
 611     printf("***************** Energy Loss Information per event (GEV) *****************\n");
 612     for(kn=1;kn<fEventEnergy.GetSize();kn++) {
 613       ed=fSummEnergy[kn];
 614       if(ed>0) {
 615         fEventEnergy[ndep]=kn;
 616         if(ievent>1) {
 617           ed=ed/ievent;
 618           ed2=fSum2Energy[kn];
 619           ed2=ed2/ievent;
 620           ed2=100*TMath::Sqrt(TMath::Max(ed2-ed*ed,zero))/ed;
 621         } else
 622           ed2=99;
 623         fSummEnergy[ndep]=ed;
 624         fSum2Energy[ndep]=TMath::Min((Float_t) 99.,TMath::Max(ed2,zero));
 625         edtot+=ed;
 626         ndep++;
 627       }
 628     }
 629     for(kn=0;kn<(ndep-1)/3+1;kn++) {
 630       left=ndep-kn*3;
 631       for(i=0;i<(3<left?3:left);i++) {
 632         j=kn*3+i;
 633         id=Int_t (fEventEnergy[j]+0.1);
 634         printf(" %s %10.3f +- %10.3f%%;",gMC->VolName(id),fSummEnergy[j],fSum2Energy[j]);
 635       }
 636       printf("\n");
 637     }
 638     //
 639     // Relative energy loss in different detectors
 640     printf("******************** Relative Energy Loss per event ********************\n");
 641     printf("Total energy loss per event %10.3f GeV\n",edtot);
 642     for(kn=0;kn<(ndep-1)/5+1;kn++) {
 643       left=ndep-kn*5;
 644       for(i=0;i<(5<left?5:left);i++) {
 645         j=kn*5+i;
 646         id=Int_t (fEventEnergy[j]+0.1);
 647         printf(" %s %10.3f%%;",gMC->VolName(id),100*fSummEnergy[j]/edtot);
 648       }
 649       printf("\n");
 650     }
 651     for(kn=0;kn<75;kn++) printf("*");
 652     printf("\n");
 653   }
 654   //
 655   // Reset the TArray's
 656   //  fEventEnergy.Set(0);
 657   //  fSummEnergy.Set(0);
 658   //  fSum2Energy.Set(0);
 659 }
 660
 661 //_____________________________________________________________________________
 662 AliModule *AliRun::GetModule(const char *name)
 663 {
 664   //
 665   // Return pointer to detector from name
 666   //
 667   return (AliModule*)fModules->FindObject(name);
 668 }
 669
 670 //_____________________________________________________________________________
 671 AliDetector *AliRun::GetDetector(const char *name)
 672 {
 673   //
 674   // Return pointer to detector from name
 675   //
 676   return (AliDetector*)fModules->FindObject(name);
 677 }
 678
 679 //_____________________________________________________________________________
 680 Int_t AliRun::GetModuleID(const char *name)
 681 {
 682   //
 683   // Return galice internal detector identifier from name
 684   //
 685   Int_t i=-1;
 686   TObject *mod=fModules->FindObject(name);
 687   if(mod) i=fModules->IndexOf(mod);
 688   return i;
 689 }
 690
 691 //_____________________________________________________________________________
 692 Int_t AliRun::GetEvent(Int_t event)
 693 {
 694   //
 695   // Connect the Trees Kinematics and Hits for event # event
 696   // Set branch addresses
 697   //
 698
 699   // Reset existing structures
 700   ResetStack();
 701   ResetHits();
 702   ResetDigits();
 703
 704   // Delete Trees already connected
 705   if (fTreeK) delete fTreeK;
 706   if (fTreeH) delete fTreeH;
 707   if (fTreeD) delete fTreeD;
 708   if (fTreeR) delete fTreeR;
 709
 710   // Get header from file
 711   if(fTreeE) fTreeE->GetEntry(event);
 712   else Error("GetEvent","Cannot file Header Tree\n");
 713
 714   // Get Kine Tree from file
 715   char treeName[20];
 716   sprintf(treeName,"TreeK%d",event);
 717   fTreeK = (TTree*)gDirectory->Get(treeName);
 718   if (fTreeK) fTreeK->SetBranchAddress("Particles", &fParticles);
 719   else    Error("GetEvent","cannot find Kine Tree for event:%d\n",event);
 720
 721   // Get Hits Tree header from file
 722   sprintf(treeName,"TreeH%d",event);
 723   fTreeH = (TTree*)gDirectory->Get(treeName);
 724   if (!fTreeH) {
 725     Error("GetEvent","cannot find Hits Tree for event:%d\n",event);
 726   }
 727
 728   // Get Digits Tree header from file
 729   sprintf(treeName,"TreeD%d",event);
 730   fTreeD = (TTree*)gDirectory->Get(treeName);
 731   if (!fTreeD) {
 732     Warning("GetEvent","cannot find Digits Tree for event:%d\n",event);
 733   }
 734
 735
 736   // Get Reconstruct Tree header from file
 737   sprintf(treeName,"TreeR%d",event);
 738   fTreeR = (TTree*)gDirectory->Get(treeName);
 739   if (!fTreeR) {
 740     //    printf("WARNING: cannot find Reconstructed Tree for event:%d\n",event);
 741   }
 742
 743   // Set Trees branch addresses
 744   TIter next(fModules);
 745   AliModule *detector;
 746   while((detector = (AliModule*)next())) {
 747     detector->SetTreeAddress();
 748   }
 749
 750   if (fTreeK) fTreeK->GetEvent(0);
 751   fNtrack = Int_t (fParticles->GetEntries());
 752   return fNtrack;
 753 }
 754
 755 //_____________________________________________________________________________
 756 TGeometry *AliRun::GetGeometry()
 757 {
 758   //
 759   // Import Alice geometry from current file
 760   // Return pointer to geometry object
 761   //
 762   if (!fGeometry) fGeometry = (TGeometry*)gDirectory->Get("AliceGeom");
 763   //
 764   // Unlink and relink nodes in detectors
 765   // This is bad and there must be a better way...
 766   //
 767
 768   TIter next(fModules);
 769   AliModule *detector;
 770   while((detector = (AliModule*)next())) {
 771     detector->SetTreeAddress();
 772     TList *dnodes=detector->Nodes();
 773     Int_t j;
 774     TNode *node, *node1;
 775     for ( j=0; j<dnodes->GetSize(); j++) {
 776       node = (TNode*) dnodes->At(j);
 777       node1 = fGeometry->GetNode(node->GetName());
 778       dnodes->Remove(node);
 779       dnodes->AddAt(node1,j);
 780     }
 781   }
 782   return fGeometry;
 783 }
 784
 785 //_____________________________________________________________________________
 786 void AliRun::GetNextTrack(Int_t &mtrack, Int_t &ipart, Float_t *pmom,
 787                           Float_t &e, Float_t *vpos, Float_t *polar,
 788                           Float_t &tof)
 789 {
 790   //
 791   // Return next track from stack of particles
 792   //
 793   TVector3 pol;
 794   fCurrent=-1;
 795   TParticle *track;
 796   for(Int_t i=fNtrack-1; i>=0; i--) {
 797     track=(TParticle*) fParticles->UncheckedAt(i);
 798     if(!track->TestBit(Done_Bit)) {
 799       //
 800       // The track has not yet been processed
 801       fCurrent=i;
 802       ipart=track->GetPdgCode();
 803       pmom[0]=track->Px();
 804       pmom[1]=track->Py();
 805       pmom[2]=track->Pz();
 806       e     =track->Energy();
 807       vpos[0]=track->Vx();
 808       vpos[1]=track->Vy();
 809       vpos[2]=track->Vz();
 810       track->GetPolarisation(pol);
 811       polar[0]=pol.X();
 812       polar[1]=pol.Y();
 813       polar[2]=pol.Z();
 814       tof=track->T();
 815       track->SetBit(Done_Bit);
 816       break;
 817     }
 818   }
 819   mtrack=fCurrent;
 820   //
 821   // stop and start timer when we start a primary track
 822   Int_t nprimaries = fHeader.GetNprimary();
 823   if (fCurrent >= nprimaries) return;
 824   if (fCurrent < nprimaries-1) {
 825     fTimer.Stop();
 826     track=(TParticle*) fParticles->UncheckedAt(fCurrent+1);
 827     //    track->SetProcessTime(fTimer.CpuTime());
 828   }
 829   fTimer.Start();
 830 }
 831
 832 //_____________________________________________________________________________
 833 Int_t AliRun::GetPrimary(Int_t track)
 834 {
 835   //
 836   // return number of primary that has generated track
 837   //
 838   int current, parent;
 839   TParticle *part;
 840   //
 841   parent=track;
 842   while (1) {
 843     current=parent;
 844     part = (TParticle *)fParticles->UncheckedAt(current);
 845     parent=part->GetFirstMother();
 846     if(parent<0) return current;
 847   }
 848 }
 849
 850 //_____________________________________________________________________________
 851 void AliRun::InitMC(const char *setup)
 852 {
 853   //
 854   // Initialize the Alice setup
 855   //
 856
 857   if(fInitDone) {
 858     Warning("Init","Cannot initialise AliRun twice!\n");
 859     return;
 860   }
 861
 862   gROOT->LoadMacro(setup);
 863   gInterpreter->ProcessLine(fConfigFunction.Data());
 864
 865   gMC->DefineParticles();  //Create standard MC particles
 866
 867   TObject *objfirst, *objlast;
 868
 869   fNdets = fModules->GetLast()+1;
 870
 871   //
 872   //=================Create Materials and geometry
 873   gMC->Init();
 874
 875    TIter next(fModules);
 876    AliModule *detector;
 877    while((detector = (AliModule*)next())) {
 878       detector->SetTreeAddress();
 879       objlast = gDirectory->GetList()->Last();
 880
 881       // Add Detector histograms in Detector list of histograms
 882       if (objlast) objfirst = gDirectory->GetList()->After(objlast);
 883       else         objfirst = gDirectory->GetList()->First();
 884       while (objfirst) {
 885         detector->Histograms()->Add(objfirst);
 886         objfirst = gDirectory->GetList()->After(objfirst);
 887       }
 888    }
 889    SetTransPar(); //Read the cuts for all materials
 890
 891    MediaTable(); //Build the special IMEDIA table
 892
 893    //Initialise geometry deposition table
 894    fEventEnergy.Set(gMC->NofVolumes()+1);
 895    fSummEnergy.Set(gMC->NofVolumes()+1);
 896    fSum2Energy.Set(gMC->NofVolumes()+1);
 897
 898    //Compute cross-sections
 899    gMC->BuildPhysics();
 900
 901    //Write Geometry object to current file.
 902    fGeometry->Write();
 903
 904    fInitDone = kTRUE;
 905
 906    //
 907    // Save stuff at the beginning of the file to avoid file corruption
 908    Write();
 909 }
 910
 911 //_____________________________________________________________________________
 912 void AliRun::MediaTable()
 913 {
 914   //
 915   // Built media table to get from the media number to
 916   // the detector id
 917   //
 918   Int_t kz, nz, idt, lz, i, k, ind;
 919   //  Int_t ibeg;
 920   TObjArray &dets = *gAlice->Detectors();
 921   AliModule *det;
 922   //
 923   // For all detectors
 924   for (kz=0;kz<fNdets;kz++) {
 925     // If detector is defined
 926     if((det=(AliModule*) dets[kz])) {
 927         TArrayI &idtmed = *(det->GetIdtmed());
 928         for(nz=0;nz<100;nz++) {
 929         // Find max and min material number
 930         if((idt=idtmed[nz])) {
 931           det->LoMedium() = det->LoMedium() < idt ? det->LoMedium() : idt;
 932           det->HiMedium() = det->HiMedium() > idt ? det->HiMedium() : idt;
 933         }
 934       }
 935       if(det->LoMedium() > det->HiMedium()) {
 936         det->LoMedium() = 0;
 937         det->HiMedium() = 0;
 938       } else {
 939         if(det->HiMedium() > fImedia->GetSize()) {
 940           Error("MediaTable","Increase fImedia from %d to %d",
 941                 fImedia->GetSize(),det->HiMedium());
 942           return;
 943         }
 944         // Tag all materials in rage as belonging to detector kz
 945         for(lz=det->LoMedium(); lz<= det->HiMedium(); lz++) {
 946           (*fImedia)[lz]=kz;
 947         }
 948       }
 949     }
 950   }
 951   //
 952   // Print summary table
 953   printf(" Traking media ranges:\n");
 954   for(i=0;i<(fNdets-1)/6+1;i++) {
 955     for(k=0;k< (6<fNdets-i*6?6:fNdets-i*6);k++) {
 956       ind=i*6+k;
 957       det=(AliModule*)dets[ind];
 958       if(det)
 959         printf(" %6s: %3d -> %3d;",det->GetName(),det->LoMedium(),
 960                det->HiMedium());
 961       else
 962         printf(" %6s: %3d -> %3d;","NULL",0,0);
 963     }
 964     printf("\n");
 965   }
 966 }
 967
 968 //____________________________________________________________________________
 969 void AliRun::SetGenerator(AliGenerator *generator)
 970 {
 971   //
 972   // Load the event generator
 973   //
 974   if(!fGenerator) fGenerator = generator;
 975 }
 976
 977 //____________________________________________________________________________
 978 void AliRun::ResetGenerator(AliGenerator *generator)
 979 {
 980   //
 981   // Load the event generator
 982   //
 983   if(fGenerator)
 984     if(generator)
 985       Warning("ResetGenerator","Replacing generator %s with %s\n",
 986               fGenerator->GetName(),generator->GetName());
 987     else
 988       Warning("ResetGenerator","Replacing generator %s with NULL\n",
 989               fGenerator->GetName());
 990   fGenerator = generator;
 991 }
 992
 993 //____________________________________________________________________________
 994 void AliRun::SetTransPar(char* filename)
 995 {
 996   //
 997   // Read filename to set the transport parameters
 998   //
 999
1000
1001   const Int_t ncuts=10;
1002   const Int_t nflags=11;
1003   const Int_t npars=ncuts+nflags;
1004   const char pars[npars][7] = {"CUTGAM" ,"CUTELE","CUTNEU","CUTHAD","CUTMUO",
1005                                "BCUTE","BCUTM","DCUTE","DCUTM","PPCUTM","ANNI",
1006                                "BREM","COMP","DCAY","DRAY","HADR","LOSS",
1007                                "MULS","PAIR","PHOT","RAYL"};
1008   char line[256];
1009   char detName[7];
1010   char* filtmp;
1011   Float_t cut[ncuts];
1012   Int_t flag[nflags];
1013   Int_t i, itmed, iret, ktmed, kz;
1014   FILE *lun;
1015   //
1016   // See whether the file is there
1017   filtmp=gSystem->ExpandPathName(filename);
1018   lun=fopen(filtmp,"r");
1019   delete [] filtmp;
1020   if(!lun) {
1021     Warning("SetTransPar","File %s does not exist!\n",filename);
1022     return;
1023   }
1024   //
1025   printf(" "); for(i=0;i<60;i++) printf("*"); printf("\n");
1026   printf(" *%59s\n","*");
1027   printf(" *       Please check carefully what you are doing!%10s\n","*");
1028   printf(" *%59s\n","*");
1029   //
1030   while(1) {
1031     // Initialise cuts and flags
1032     for(i=0;i<ncuts;i++) cut[i]=-99;
1033     for(i=0;i<nflags;i++) flag[i]=-99;
1034     itmed=0;
1035     for(i=0;i<256;i++) line[i]='\0';
1036     // Read up to the end of line excluded
1037     iret=fscanf(lun,"%[^\n]",line);
1038     if(iret<0) {
1039       //End of file
1040       fclose(lun);
1041       printf(" *%59s\n","*");
1042       printf(" "); for(i=0;i<60;i++) printf("*"); printf("\n");
1043       return;
1044     }
1045     // Read the end of line
1046     fscanf(lun,"%*c");
1047     if(!iret) continue;
1048     if(line[0]=='*') continue;
1049     // Read the numbers
1050     iret=sscanf(line,"%s %d %f %f %f %f %f %f %f %f %f %f %d %d %d %d %d %d %d %d %d %d %d",
1051                 detName,&itmed,&cut[0],&cut[1],&cut[2],&cut[3],&cut[4],&cut[5],&cut[6],&cut[7],&cut[8],
1052                 &cut[9],&flag[0],&flag[1],&flag[2],&flag[3],&flag[4],&flag[5],&flag[6],&flag[7],
1053                 &flag[8],&flag[9],&flag[10]);
1054     if(!iret) continue;
1055     if(iret<0) {
1056       //reading error
1057       Warning("SetTransPar","Error reading file %s\n",filename);
1058       continue;
1059     }
1060     // Check that the module exist
1061     AliModule *mod = GetModule(detName);
1062     if(mod) {
1063       // Get the array of media numbers
1064       TArrayI &idtmed = *mod->GetIdtmed();
1065       // Check that the tracking medium code is valid
1066       if(0<=itmed && itmed < 100) {
1067         ktmed=idtmed[itmed];
1068         if(!ktmed) {
1069           Warning("SetTransPar","Invalid tracking medium code %d for %s\n",itmed,mod->GetName());
1070           continue;
1071         }
1072         // Set energy thresholds
1073         for(kz=0;kz<ncuts;kz++) {
1074           if(cut[kz]>=0) {
1075             printf(" *  %-6s set to %10.3E for tracking medium code %4d for %s\n",
1076                    pars[kz],cut[kz],itmed,mod->GetName());
1077             gMC->Gstpar(ktmed,pars[kz],cut[kz]);
1078           }
1079         }
1080         // Set transport mechanisms
1081         for(kz=0;kz<nflags;kz++) {
1082           if(flag[kz]>=0) {
1083             printf(" *  %-6s set to %10d for tracking medium code %4d for %s\n",
1084                    pars[ncuts+kz],flag[kz],itmed,mod->GetName());
1085             gMC->Gstpar(ktmed,pars[ncuts+kz],Float_t(flag[kz]));
1086           }
1087         }
1088       } else {
1089         Warning("SetTransPar","Invalid medium code %d *\n",itmed);
1090         continue;
1091       }
1092     } else {
1093       Warning("SetTransPar","Module %s not present\n",detName);
1094       continue;
1095     }
1096   }
1097 }
1098
1099 //_____________________________________________________________________________
1100 void AliRun::MakeTree(Option_t *option)
1101 {
1102   //
1103   //  Create the ROOT trees
1104   //  Loop on all detectors to create the Root branch (if any)
1105   //
1106
1107   char hname[30];
1108   //
1109   // Analyse options
1110   char *K = strstr(option,"K");
1111   char *H = strstr(option,"H");
1112   char *E = strstr(option,"E");
1113   char *D = strstr(option,"D");
1114   char *R = strstr(option,"R");
1115   //
1116   if (K && !fTreeK) {
1117     sprintf(hname,"TreeK%d",fEvent);
1118     fTreeK = new TTree(hname,"Kinematics");
1119     //  Create a branch for particles
1120     fTreeK->Branch("Particles",&fParticles,4000);
1121     fTreeK->Write();
1122   }
1123   if (H && !fTreeH) {
1124     sprintf(hname,"TreeH%d",fEvent);
1125     fTreeH = new TTree(hname,"Hits");
1126     fTreeH->SetAutoSave(1000000000); //no autosave
1127     fTreeH->Write();
1128   }
1129   if (D && !fTreeD) {
1130     sprintf(hname,"TreeD%d",fEvent);
1131     fTreeD = new TTree(hname,"Digits");
1132     fTreeD->Write();
1133   }
1134   if (R && !fTreeR) {
1135     sprintf(hname,"TreeR%d",fEvent);
1136     fTreeR = new TTree(hname,"Reconstruction");
1137     fTreeR->Write();
1138   }
1139   if (E && !fTreeE) {
1140     fTreeE = new TTree("TE","Header");
1141     //  Create a branch for Header
1142     fTreeE->Branch("Header","AliHeader",&header,4000);
1143     fTreeE->Write();
1144   }
1145   //
1146   // Create a branch for hits/digits for each detector
1147   // Each branch is a TClonesArray. Each data member of the Hits classes
1148   // will be in turn a subbranch of the detector master branch
1149   TIter next(fModules);
1150   AliModule *detector;
1151   while((detector = (AliModule*)next())) {
1152      if (H || D || R) detector->MakeBranch(option);
1153   }
1154 }
1155
1156 //_____________________________________________________________________________
1157 Int_t AliRun::PurifyKine(Int_t lastSavedTrack, Int_t nofTracks)
1158 {
1159   //
1160   // PurifyKine with external parameters
1161   //
1162   fHgwmk = lastSavedTrack;
1163   fNtrack = nofTracks;
1164   PurifyKine();
1165   return fHgwmk;
1166 }
1167
1168 //_____________________________________________________________________________
1169 void AliRun::PurifyKine()
1170 {
1171   //
1172   // Compress kinematic tree keeping only flagged particles
1173   // and renaming the particle id's in all the hits
1174   //
1175   TClonesArray &particles = *fParticles;
1176   int nkeep=fHgwmk+1, parent, i;
1177   TParticle *part, *partnew, *father;
1178   int *map = new int[particles.GetEntries()];
1179
1180   // Save in Header total number of tracks before compression
1181   fHeader.SetNtrack(fHeader.GetNtrack()+fNtrack-fHgwmk);
1182
1183   // First pass, invalid Daughter information
1184   for(i=0; i<fNtrack; i++) {
1185     // Preset map, to be removed later
1186     if(i<=fHgwmk) map[i]=i ; else map[i] = -99;
1187     ((TParticle *)particles.UncheckedAt(i))->ResetBit(Daughters_Bit);
1188   }
1189   // Second pass, build map between old and new numbering
1190   for(i=fHgwmk+1; i<fNtrack; i++) {
1191     part = (TParticle *)particles.UncheckedAt(i);
1192     if(part->TestBit(Keep_Bit)) {
1193
1194       // This particle has to be kept
1195       map[i]=nkeep;
1196       if(i!=nkeep) {
1197
1198         // Old and new are different, have to copy
1199         partnew = (TParticle *)particles.UncheckedAt(nkeep);
1200         // Change due to a bug in the HP compiler
1201         //      *partnew = *part;
1202         memcpy(partnew,part,sizeof(TParticle));
1203       } else partnew = part;
1204
1205       // as the parent is always *before*, it must be already
1206       // in place. This is what we are checking anyway!
1207       if((parent=partnew->GetFirstMother())>fHgwmk) {
1208         if(map[parent]==-99) printf("map[%d] = -99!\n",parent);
1209         partnew->SetFirstMother(map[parent]);
1210       }
1211       nkeep++;
1212     }
1213   }
1214   fNtrack=nkeep;
1215
1216   // Fix daughters information
1217   for (i=0; i<fNtrack; i++) {
1218     part = (TParticle *)particles.UncheckedAt(i);
1219     parent = part->GetFirstMother();
1220     if(parent>=0) {
1221       father = (TParticle *)particles.UncheckedAt(parent);
1222       if(father->TestBit(Daughters_Bit)) {
1223
1224         if(i<father->GetFirstDaughter()) father->SetFirstDaughter(i);
1225         if(i>father->GetLastDaughter())  father->SetLastDaughter(i);
1226       } else {
1227         // Iitialise daughters info for first pass
1228         father->SetFirstDaughter(i);
1229         father->SetLastDaughter(i);
1230         father->SetBit(Daughters_Bit);
1231       }
1232     }
1233   }
1234
1235 #ifdef old
1236   // Now loop on all detectors and reset the hits
1237   AliHit *OneHit;
1238   TIter next(fModules);
1239   AliModule *detector;
1240   while((detector = (AliModule*)next())) {
1241     if (!detector->Hits()) continue;
1242     TClonesArray &vHits=*(detector->Hits());
1243     if(vHits.GetEntries() != detector->GetNhits())
1244       printf("vHits.GetEntries()!=detector->GetNhits(): %d != %d\n",
1245              vHits.GetEntries(),detector->GetNhits());
1246     for (i=0; i<detector->GetNhits(); i++) {
1247       OneHit = (AliHit *)vHits.UncheckedAt(i);
1248       OneHit->SetTrack(map[OneHit->GetTrack()]);
1249     }
1250   }
1251 #else
1252
1253   // Now loop on all registered hit lists
1254   TIter next(fHitLists);
1255   TCollection *hitList;
1256   while((hitList = (TCollection*)next())) {
1257     TIter nexthit(hitList);
1258     AliHit *hit;
1259     while((hit = (AliHit*)nexthit())) {
1260       hit->SetTrack(map[hit->GetTrack()]);
1261     }
1262   }
1263 #endif
1264
1265   fHgwmk=nkeep-1;
1266   particles.SetLast(fHgwmk);
1267   delete [] map;
1268 }
1269
1270 //_____________________________________________________________________________
1271 void AliRun::BeginEvent()
1272 {
1273   //
1274   //  Reset all Detectors & kinematics & trees
1275   //
1276   char hname[30];
1277   //
1278
1279   //
1280   if(fLego) {
1281     fLego->BeginEvent();
1282     return;
1283   }
1284
1285   //
1286   ResetStack();
1287   ResetHits();
1288   ResetDigits();
1289
1290   // Initialise event header
1291   fHeader.Reset(fRun,fEvent);
1292
1293   if(fTreeK) {
1294     fTreeK->Reset();
1295     sprintf(hname,"TreeK%d",fEvent);
1296     fTreeK->SetName(hname);
1297   }
1298   if(fTreeH) {
1299     fTreeH->Reset();
1300     sprintf(hname,"TreeH%d",fEvent);
1301     fTreeH->SetName(hname);
1302   }
1303   if(fTreeD) {
1304     fTreeD->Reset();
1305     sprintf(hname,"TreeD%d",fEvent);
1306     fTreeD->SetName(hname);
1307   }
1308   if(fTreeR) {
1309     fTreeR->Reset();
1310     sprintf(hname,"TreeR%d",fEvent);
1311     fTreeR->SetName(hname);
1312   }
1313 }
1314
1315 //_____________________________________________________________________________
1316 void AliRun::ResetDigits()
1317 {
1318   //
1319   //  Reset all Detectors digits
1320   //
1321   TIter next(fModules);
1322   AliModule *detector;
1323   while((detector = (AliModule*)next())) {
1324      detector->ResetDigits();
1325   }
1326 }
1327
1328 //_____________________________________________________________________________
1329 void AliRun::ResetHits()
1330 {
1331   //
1332   //  Reset all Detectors hits
1333   //
1334   TIter next(fModules);
1335   AliModule *detector;
1336   while((detector = (AliModule*)next())) {
1337      detector->ResetHits();
1338   }
1339 }
1340
1341 //_____________________________________________________________________________
1342 void AliRun::ResetPoints()
1343 {
1344   //
1345   // Reset all Detectors points
1346   //
1347   TIter next(fModules);
1348   AliModule *detector;
1349   while((detector = (AliModule*)next())) {
1350      detector->ResetPoints();
1351   }
1352 }
1353
1354 //_____________________________________________________________________________
1355 void AliRun::RunMC(Int_t nevent, const char *setup)
1356 {
1357   //
1358   // Main function to be called to process a galice run
1359   // example
1360   //    Root > gAlice.Run();
1361   // a positive number of events will cause the finish routine
1362   // to be called
1363   //
1364
1365   // check if initialisation has been done
1366   if (!fInitDone) InitMC(setup);
1367
1368   // Create the Root Tree with one branch per detector
1369   MakeTree("KHDER");
1370
1371   gMC->ProcessRun(nevent);
1372
1373   // End of this run, close files
1374   if(nevent>0) FinishRun();
1375 }
1376
1377 //_____________________________________________________________________________
1378 void AliRun::RunLego(const char *setup,Int_t ntheta,Float_t themin,
1379                      Float_t themax,Int_t nphi,Float_t phimin,Float_t phimax,
1380                      Float_t rmin,Float_t rmax,Float_t zmax)
1381 {
1382   //
1383   // Generates lego plots of:
1384   //    - radiation length map phi vs theta
1385   //    - radiation length map phi vs eta
1386   //    - interaction length map
1387   //    - g/cm2 length map
1388   //
1389   //  ntheta    bins in theta, eta
1390   //  themin    minimum angle in theta (degrees)
1391   //  themax    maximum angle in theta (degrees)
1392   //  nphi      bins in phi
1393   //  phimin    minimum angle in phi (degrees)
1394   //  phimax    maximum angle in phi (degrees)
1395   //  rmin      minimum radius
1396   //  rmax      maximum radius
1397   //
1398   //
1399   //  The number of events generated = ntheta*nphi
1400   //  run input parameters in macro setup (default="Config.C")
1401   //
1402   //  Use macro "lego.C" to visualize the 3 lego plots in spherical coordinates
1403   //Begin_Html
1404   /*
1405     <img src="picts/AliRunLego1.gif">
1406   */
1407   //End_Html
1408   //Begin_Html
1409   /*
1410     <img src="picts/AliRunLego2.gif">
1411   */
1412   //End_Html
1413   //Begin_Html
1414   /*
1415     <img src="picts/AliRunLego3.gif">
1416   */
1417   //End_Html
1418   //
1419
1420   // check if initialisation has been done
1421   if (!fInitDone) InitMC(setup);
1422
1423   //Save current generator
1424   AliGenerator *gen=Generator();
1425
1426   //Create Lego object
1427   fLego = new AliLego("lego",ntheta,themin,themax,nphi,phimin,phimax,rmin,rmax,zmax);
1428
1429   //Prepare MC for Lego Run
1430   gMC->InitLego();
1431
1432   //Run Lego Object
1433   gMC->ProcessRun(ntheta*nphi+1);
1434
1435   // Create only the Root event Tree
1436   MakeTree("E");
1437
1438   // End of this run, close files
1439   FinishRun();
1440
1441   // Delete Lego Object
1442   delete fLego; fLego=0;
1443
1444   // Restore current generator
1445   SetGenerator(gen);
1446 }
1447
1448 //_____________________________________________________________________________
1449 void AliRun::SetCurrentTrack(Int_t track)
1450 {
1451   //
1452   // Set current track number
1453   //
1454   fCurrent = track;
1455 }
1456
1457 //_____________________________________________________________________________
1458 void AliRun::SetTrack(Int_t done, Int_t parent, Int_t pdg, Float_t *pmom,
1459                       Float_t *vpos, Float_t *polar, Float_t tof,
1460                       const char *mecha, Int_t &ntr, Float_t weight)
1461 {
1462   //
1463   // Load a track on the stack
1464   //
1465   // done     0 if the track has to be transported
1466   //          1 if not
1467   // parent   identifier of the parent track. -1 for a primary
1468   // pdg    particle code
1469   // pmom     momentum GeV/c
1470   // vpos     position
1471   // polar    polarisation
1472   // tof      time of flight in seconds
1473   // mecha    production mechanism
1474   // ntr      on output the number of the track stored
1475   //
1476   TClonesArray &particles = *fParticles;
1477   TParticle *particle;
1478   Float_t mass;
1479   const Int_t firstdaughter=-1;
1480   const Int_t lastdaughter=-1;
1481   const Int_t KS=0;
1482   //  const Float_t tlife=0;
1483
1484   //
1485   // Here we get the static mass
1486   // For MC is ok, but a more sophisticated method could be necessary
1487   // if the calculated mass is required
1488   // also, this method is potentially dangerous if the mass
1489   // used in the MC is not the same of the PDG database
1490   //
1491   mass = TDatabasePDG::Instance()->GetParticle(pdg)->Mass();
1492   Float_t e=TMath::Sqrt(mass*mass+pmom[0]*pmom[0]+
1493                         pmom[1]*pmom[1]+pmom[2]*pmom[2]);
1494
1495   //printf("Loading particle %s mass %f ene %f No %d ip %d pos %f %f %f mom %f %f %f KS %d m %s\n",
1496   //pname,mass,e,fNtrack,pdg,vpos[0],vpos[1],vpos[2],pmom[0],pmom[1],pmom[2],KS,mecha);
1497
1498   particle=new(particles[fNtrack]) TParticle(pdg,KS,parent,-1,firstdaughter,
1499                                              lastdaughter,pmom[0],pmom[1],pmom[2],
1500                                              e,vpos[0],vpos[1],vpos[2],tof);
1501   //                                         polar[0],polar[1],polar[2],tof,
1502   //                                         mecha,weight);
1503   ((TParticle*)particles[fNtrack])->SetPolarisation(TVector3(polar[0],polar[1],polar[2]));
1504   ((TParticle*)particles[fNtrack])->SetWeight(weight);
1505   if(!done) particle->SetBit(Done_Bit);
1506   //Declare that the daughter information is valid
1507   ((TParticle*)particles[fNtrack])->SetBit(Daughters_Bit);
1508
1509   if(parent>=0) {
1510     particle=(TParticle*) fParticles->UncheckedAt(parent);
1511     particle->SetLastDaughter(fNtrack);
1512     if(particle->GetFirstDaughter()<0) particle->SetFirstDaughter(fNtrack);
1513   } else {
1514     //
1515     // This is a primary track. Set high water mark for this event
1516     fHgwmk=fNtrack;
1517     //
1518     // Set also number if primary tracks
1519     fHeader.SetNprimary(fHgwmk+1);
1520     fHeader.SetNtrack(fHgwmk+1);
1521   }
1522   ntr = fNtrack++;
1523 }
1524
1525 //_____________________________________________________________________________
1526 void AliRun::KeepTrack(const Int_t track)
1527 {
1528   //
1529   // flags a track to be kept
1530   //
1531   TClonesArray &particles = *fParticles;
1532   ((TParticle*)particles[track])->SetBit(Keep_Bit);
1533 }
1534
1535 //_____________________________________________________________________________
1536 void AliRun::StepManager(Int_t id)
1537 {
1538   //
1539   // Called at every step during transport
1540   //
1541
1542   //
1543   // --- If lego option, do it and leave
1544   if (fLego)
1545     fLego->StepManager();
1546   else {
1547     Int_t copy;
1548     //Update energy deposition tables
1549     AddEnergyDeposit(gMC->CurrentVolID(copy),gMC->Edep());
1550
1551     //Call the appropriate stepping routine;
1552     AliModule *det = (AliModule*)fModules->At(id);
1553     if(det) det->StepManager();
1554   }
1555 }
1556
1557 //_____________________________________________________________________________
1558 void AliRun::Streamer(TBuffer &R__b)
1559 {
1560   //
1561   // Stream an object of class AliRun.
1562   //
1563   if (R__b.IsReading()) {
1564     Version_t R__v = R__b.ReadVersion(); if (R__v) { }
1565     TNamed::Streamer(R__b);
1566     if (!gAlice) gAlice = this;
1567     gROOT->GetListOfBrowsables()->Add(this,"Run");
1568     fTreeE = (TTree*)gDirectory->Get("TE");
1569     if (fTreeE) fTreeE->SetBranchAddress("Header", &header);
1570     else    Error("Streamer","cannot find Header Tree\n");
1571     R__b >> fNtrack;
1572     R__b >> fHgwmk;
1573     R__b >> fDebug;
1574     fHeader.Streamer(R__b);
1575     R__b >> fModules;
1576     R__b >> fParticles;
1577     R__b >> fField;
1578     //    R__b >> fMC;
1579     R__b >> fNdets;
1580     R__b >> fTrRmax;
1581     R__b >> fTrZmax;
1582     R__b >> fGenerator;
1583     if(R__v>1) {
1584       R__b >> fPDGDB;        //Particle factory object!
1585       fTreeE->GetEntry(0);
1586     } else {
1587       fHeader.SetEvent(0);
1588       fPDGDB     = TDatabasePDG::Instance();        //Particle factory object!
1589     }
1590     if(R__v>2) {
1591       fConfigFunction.Streamer(R__b);
1592     } else {
1593       fConfigFunction="Config();";
1594     }
1595   } else {
1596     R__b.WriteVersion(AliRun::IsA());
1597     TNamed::Streamer(R__b);
1598     R__b << fNtrack;
1599     R__b << fHgwmk;
1600     R__b << fDebug;
1601     fHeader.Streamer(R__b);
1602     R__b << fModules;
1603     R__b << fParticles;
1604     R__b << fField;
1605     //    R__b << fMC;
1606     R__b << fNdets;
1607     R__b << fTrRmax;
1608     R__b << fTrZmax;
1609     R__b << fGenerator;
1610     R__b << fPDGDB;        //Particle factory object!
1611     fConfigFunction.Streamer(R__b);
1612   }
1613 }