STEER/AliRun.cxx

   1 /**************************************************************************
   2  * Copyright(c) 1998-1999, ALICE Experiment at CERN, All rights reserved. *
   3  *                                                                        *
   4  * Author: The ALICE Off-line Project.                                    *
   5  * Contributors are mentioned in the code where appropriate.              *
   6  *                                                                        *
   7  * Permission to use, copy, modify and distribute this software and its   *
   8  * documentation strictly for non-commercial purposes is hereby granted   *
   9  * without fee, provided that the above copyright notice appears in all   *
  10  * copies and that both the copyright notice and this permission notice   *
  11  * appear in the supporting documentation. The authors make no claims     *
  12  * about the suitability of this software for any purpose. It is          *
  13  * provided "as is" without express or implied warranty.                  *
  14  **************************************************************************/
  15
  16 /*
  17 $Log$
  18 Revision 1.60  2001/03/21 18:22:30  hristov
  19 fParticleFileMap fix (I.Hrivnacova)
  20
  21 Revision 1.59  2001/03/12 17:47:03  hristov
  22 Changes needed on Sun with CC 5.0
  23
  24 Revision 1.58  2001/03/09 14:27:26  morsch
  25 Fix for multiple events per file: inhibit decrease of size of  fParticleFileMap.
  26
  27 Revision 1.57  2001/02/23 17:40:23  buncic
  28 All trees needed for simulation created in RunMC(). TreeR and its branches
  29 are now created in new RunReco() method.
  30
  31 Revision 1.56  2001/02/14 15:45:20  hristov
  32 Algorithmic way of getting entry index in fParticleMap. Protection of fParticleFileMap (I.Hrivnacova)
  33
  34 Revision 1.55  2001/02/12 15:52:54  buncic
  35 Removed OpenBaseFile().
  36
  37 Revision 1.54  2001/02/07 10:39:05  hristov
  38 Remove default value for argument
  39
  40 Revision 1.53  2001/02/06 11:02:26  hristov
  41 New SetTrack interface added, added check for unfilled particles in FinishEvent (I.Hrivnacova)
  42
  43 Revision 1.52  2001/02/05 16:22:25  buncic
  44 Added TreeS to GetEvent().
  45
  46 Revision 1.51  2001/02/02 15:16:20  morsch
  47 SetHighWaterMark method added to mark last particle in event.
  48
  49 Revision 1.50  2001/01/27 10:32:00  hristov
  50 Leave the loop when primaries are filled (I.Hrivnacova)
  51
  52 Revision 1.49  2001/01/26 19:58:48  hristov
  53 Major upgrade of AliRoot code
  54
  55 Revision 1.48  2001/01/17 10:50:50  hristov
  56 Corrections to destructors
  57
  58 Revision 1.47  2000/12/18 10:44:01  morsch
  59 Possibility to set field map by passing pointer to objet of type AliMagF via
  60 SetField().
  61 Example:
  62 gAlice->SetField(new AliMagFCM("Map2", "$(ALICE_ROOT)/data/field01.dat",2,1.,10.));
  63
  64 Revision 1.46  2000/12/14 19:29:27  fca
  65 galice.cuts was not read any more
  66
  67 Revision 1.45  2000/11/30 07:12:49  alibrary
  68 Introducing new Rndm and QA classes
  69
  70 Revision 1.44  2000/10/26 13:58:59  morsch
  71 Add possibility to choose the lego generator (of type AliGeneratorLego or derived) when running
  72 RunLego(). Default is the base class AliGeneratorLego.
  73
  74 Revision 1.43  2000/10/09 09:43:17  fca
  75 Special remapping of hits for TPC and TRD. End-of-primary action introduced
  76
  77 Revision 1.42  2000/10/02 21:28:14  fca
  78 Removal of useless dependecies via forward declarations
  79
  80 Revision 1.41  2000/07/13 16:19:09  fca
  81 Mainly coding conventions + some small bug fixes
  82
  83 Revision 1.40  2000/07/12 08:56:25  fca
  84 Coding convention correction and warning removal
  85
  86 Revision 1.39  2000/07/11 18:24:59  fca
  87 Coding convention corrections + few minor bug fixes
  88
  89 Revision 1.38  2000/06/20 13:05:45  fca
  90 Writing down the TREE headers before job starts
  91
  92 Revision 1.37  2000/06/09 20:05:11  morsch
  93 Introduce possibility to chose magnetic field version 3: AliMagFDM + field02.dat
  94
  95 Revision 1.36  2000/06/08 14:03:58  hristov
  96 Only one initializer for a default argument
  97
  98 Revision 1.35  2000/06/07 10:13:14  hristov
  99 Delete only existent objects.
 100
 101 Revision 1.34  2000/05/18 10:45:38  fca
 102 Delete Particle Factory properly
 103
 104 Revision 1.33  2000/05/16 13:10:40  fca
 105 New method IsNewTrack and fix for a problem in Father-Daughter relations
 106
 107 Revision 1.32  2000/04/27 10:38:21  fca
 108 Correct termination of Lego Run and introduce Lego getter in AliRun
 109
 110 Revision 1.31  2000/04/26 10:17:32  fca
 111 Changes in Lego for G4 compatibility
 112
 113 Revision 1.30  2000/04/18 19:11:40  fca
 114 Introduce variable Config.C function signature
 115
 116 Revision 1.29  2000/04/07 11:12:34  fca
 117 G4 compatibility changes
 118
 119 Revision 1.28  2000/04/05 06:51:06  fca
 120 Workaround for an HP compiler problem
 121
 122 Revision 1.27  2000/03/22 18:08:07  fca
 123 Rationalisation of the virtual MC interfaces
 124
 125 Revision 1.26  2000/03/22 13:42:26  fca
 126 SetGenerator does not replace an existing generator, ResetGenerator does
 127
 128 Revision 1.25  2000/02/23 16:25:22  fca
 129 AliVMC and AliGeant3 classes introduced
 130 ReadEuclid moved from AliRun to AliModule
 131
 132 Revision 1.24  2000/01/19 17:17:20  fca
 133 Introducing a list of lists of hits -- more hits allowed for detector now
 134
 135 Revision 1.23  1999/12/03 11:14:31  fca
 136 Fixing previous wrong checking
 137
 138 Revision 1.21  1999/11/25 10:40:08  fca
 139 Fixing daughters information also in primary tracks
 140
 141 Revision 1.20  1999/10/04 18:08:49  fca
 142 Adding protection against inconsistent Euclid files
 143
 144 Revision 1.19  1999/09/29 07:50:40  fca
 145 Introduction of the Copyright and cvs Log
 146
 147 */
 148
 149 ///////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
 150 //                                                                           //
 151 //  Control class for Alice C++                                              //
 152 //  Only one single instance of this class exists.                           //
 153 //  The object is created in main program aliroot                            //
 154 //  and is pointed by the global gAlice.                                     //
 155 //                                                                           //
 156 //   -Supports the list of all Alice Detectors (fModules).                 //
 157 //   -Supports the list of particles (fParticles).                           //
 158 //   -Supports the Trees.                                                    //
 159 //   -Supports the geometry.                                                 //
 160 //   -Supports the event display.                                            //
 161 //Begin_Html
 162 /*
 163 <img src="picts/AliRunClass.gif">
 164 */
 165 //End_Html
 166 //Begin_Html
 167 /*
 168 <img src="picts/alirun.gif">
 169 */
 170 //End_Html
 171 //                                                                           //
 172 ///////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
 173
 174 #include <stdlib.h>
 175 #include <stdio.h>
 176 #include <string.h>
 177 #include <iostream.h>
 178
 179 #include <TFile.h>
 180 #include <TRandom.h>
 181 #include <TBRIK.h>
 182 #include <TNode.h>
 183 #include <TCint.h>
 184 #include <TSystem.h>
 185 #include <TObjectTable.h>
 186 #include <TTree.h>
 187 #include <TGeometry.h>
 188 #include <TROOT.h>
 189 #include "TBrowser.h"
 190
 191 #include "TParticle.h"
 192 #include "AliRun.h"
 193 #include "AliDisplay.h"
 194 #include "AliMC.h"
 195 #include "AliLego.h"
 196 #include "AliMagFC.h"
 197 #include "AliMagFCM.h"
 198 #include "AliMagFDM.h"
 199 #include "AliHit.h"
 200 #include "TRandom3.h"
 201 #include "AliMCQA.h"
 202 #include "AliGenerator.h"
 203 #include "AliLegoGenerator.h"
 204
 205 #include "AliDetector.h"
 206
 207 AliRun *gAlice;
 208
 209 static AliHeader *gAliHeader;
 210
 211 ClassImp(AliRun)
 212
 213 //_____________________________________________________________________________
 214 AliRun::AliRun()
 215   : fParticleFileMap(fHeader.GetParticleFileMap())
 216 {
 217   //
 218   // Default constructor for AliRun
 219   //
 220   gAliHeader=&fHeader;
 221   fRun       = 0;
 222   fEvent     = 0;
 223   fCurrent   = -1;
 224   fModules = 0;
 225   fGenerator = 0;
 226   fTreeD     = 0;
 227   fTreeK     = 0;
 228   fTreeH     = 0;
 229   fTreeE     = 0;
 230   fTreeR     = 0;
 231   fTreeS     = 0;
 232   fParticles = 0;
 233   fGeometry  = 0;
 234   fDisplay   = 0;
 235   fField     = 0;
 236   fMC       = 0;
 237   fNdets     = 0;
 238   fImedia    = 0;
 239   fTrRmax    = 1.e10;
 240   fTrZmax    = 1.e10;
 241   fInitDone  = kFALSE;
 242   fLego      = 0;
 243   fPDGDB     = 0;        //Particle factory object!
 244   fHitLists  = 0;
 245   fConfigFunction    = "\0";
 246   fRandom = 0;
 247   fMCQA = 0;
 248   fTransParName = "\0";
 249   fBaseFileName = ".\0";
 250   fParticleBuffer = 0;
 251   fParticleMap = new TObjArray(10000);
 252 }
 253
 254 //_____________________________________________________________________________
 255 AliRun::AliRun(const char *name, const char *title)
 256   : TNamed(name,title),
 257     fParticleFileMap(fHeader.GetParticleFileMap())
 258
 259 {
 260   //
 261   //  Constructor for the main processor.
 262   //  Creates the geometry
 263   //  Creates the list of Detectors.
 264   //  Creates the list of particles.
 265   //
 266   Int_t i;
 267
 268   gAlice     = this;
 269   fTreeD     = 0;
 270   fTreeK     = 0;
 271   fTreeH     = 0;
 272   fTreeE     = 0;
 273   fTreeR     = 0;
 274   fTreeS     = 0;
 275   fTrRmax    = 1.e10;
 276   fTrZmax    = 1.e10;
 277   fGenerator = 0;
 278   fInitDone  = kFALSE;
 279   fLego      = 0;
 280   fField     = 0;
 281   fConfigFunction    = "Config();";
 282
 283   // Set random number generator
 284   gRandom = fRandom = new TRandom3();
 285
 286   if (gSystem->Getenv("CONFIG_SEED")) {
 287      gRandom->SetSeed((UInt_t)atoi(gSystem->Getenv("CONFIG_SEED")));
 288   }
 289
 290   gROOT->GetListOfBrowsables()->Add(this,name);
 291   //
 292   // create the support list for the various Detectors
 293   fModules = new TObjArray(77);
 294   //
 295   // Create the TNode geometry for the event display
 296
 297   BuildSimpleGeometry();
 298
 299
 300   fNtrack=0;
 301   fHgwmk=0;
 302   fCurrent=-1;
 303   gAliHeader=&fHeader;
 304   fRun       = 0;
 305   fEvent     = 0;
 306   //
 307   // Create the particle stack
 308   fParticles = new TClonesArray("TParticle",1000);
 309
 310   fDisplay = 0;
 311   //
 312   // Create default mag field
 313   SetField();
 314   //
 315   fMC      = gMC;
 316   //
 317   // Prepare the tracking medium lists
 318   fImedia = new TArrayI(1000);
 319   for(i=0;i<1000;i++) (*fImedia)[i]=-99;
 320   //
 321   // Make particles
 322   fPDGDB     = TDatabasePDG::Instance();        //Particle factory object!
 323   //
 324   // Create HitLists list
 325   fHitLists  = new TList();
 326   //
 327   SetTransPar();
 328   fBaseFileName = ".\0";
 329   fParticleBuffer = 0;
 330   fParticleMap = new TObjArray(10000);
 331 }
 332
 333
 334 //_____________________________________________________________________________
 335 AliRun::~AliRun()
 336 {
 337   //
 338   // Default AliRun destructor
 339   //
 340   delete fImedia;
 341   delete fField;
 342   delete fMC;
 343   delete fGeometry;
 344   delete fDisplay;
 345   delete fGenerator;
 346   delete fLego;
 347   delete fTreeD;
 348   delete fTreeK;
 349   delete fTreeH;
 350   delete fTreeE;
 351   delete fTreeR;
 352   delete fTreeS;
 353   if (fModules) {
 354     fModules->Delete();
 355     delete fModules;
 356   }
 357   if (fParticles) {
 358     fParticles->Delete();
 359     delete fParticles;
 360   }
 361   delete fHitLists;
 362   delete fPDGDB;
 363   delete fMCQA;
 364 }
 365
 366 //_____________________________________________________________________________
 367 void AliRun::AddHit(Int_t id, Int_t track, Int_t *vol, Float_t *hits) const
 368 {
 369   //
 370   //  Add a hit to detector id
 371   //
 372   TObjArray &dets = *fModules;
 373   if(dets[id]) ((AliModule*) dets[id])->AddHit(track,vol,hits);
 374 }
 375
 376 //_____________________________________________________________________________
 377 void AliRun::AddDigit(Int_t id, Int_t *tracks, Int_t *digits) const
 378 {
 379   //
 380   // Add digit to detector id
 381   //
 382   TObjArray &dets = *fModules;
 383   if(dets[id]) ((AliModule*) dets[id])->AddDigit(tracks,digits);
 384 }
 385
 386 //_____________________________________________________________________________
 387 void AliRun::Browse(TBrowser *b)
 388 {
 389   //
 390   // Called when the item "Run" is clicked on the left pane
 391   // of the Root browser.
 392   // It displays the Root Trees and all detectors.
 393   //
 394   if (fTreeK) b->Add(fTreeK,fTreeK->GetName());
 395   if (fTreeH) b->Add(fTreeH,fTreeH->GetName());
 396   if (fTreeD) b->Add(fTreeD,fTreeD->GetName());
 397   if (fTreeE) b->Add(fTreeE,fTreeE->GetName());
 398   if (fTreeR) b->Add(fTreeR,fTreeR->GetName());
 399   if (fTreeS) b->Add(fTreeS,fTreeS->GetName());
 400
 401   TIter next(fModules);
 402   AliModule *detector;
 403   while((detector = (AliModule*)next())) {
 404     b->Add(detector,detector->GetName());
 405   }
 406   b->Add(fMCQA,"AliMCQA");
 407 }
 408
 409 //_____________________________________________________________________________
 410 void AliRun::Build()
 411 {
 412   //
 413   // Initialize Alice geometry
 414   // Dummy routine
 415   //
 416 }
 417
 418 //_____________________________________________________________________________
 419 void AliRun::BuildSimpleGeometry()
 420 {
 421   //
 422   // Create a simple TNode geometry used by Root display engine
 423   //
 424   // Initialise geometry
 425   //
 426   fGeometry = new TGeometry("AliceGeom","Galice Geometry for Hits");
 427   new TMaterial("void","Vacuum",0,0,0);  //Everything is void
 428   TBRIK *brik = new TBRIK("S_alice","alice volume","void",2000,2000,3000);
 429   brik->SetVisibility(0);
 430   new TNode("alice","alice","S_alice");
 431 }
 432
 433 //_____________________________________________________________________________
 434 void AliRun::CleanDetectors()
 435 {
 436   //
 437   // Clean Detectors at the end of event
 438   //
 439   TIter next(fModules);
 440   AliModule *detector;
 441   while((detector = (AliModule*)next())) {
 442     detector->FinishEvent();
 443   }
 444 }
 445
 446 //_____________________________________________________________________________
 447 void AliRun::CleanParents()
 448 {
 449   //
 450   // Clean Particles stack.
 451   // Set parent/daughter relations
 452   //
 453   TObjArray &particles = *fParticleMap;
 454   TParticle *part;
 455   int i;
 456   for(i=0; i<fHgwmk+1; i++) {
 457     part = (TParticle *)particles.At(i);
 458     if(part) if(!part->TestBit(kDaughtersBit)) {
 459       part->SetFirstDaughter(-1);
 460       part->SetLastDaughter(-1);
 461     }
 462   }
 463 }
 464
 465 //_____________________________________________________________________________
 466 Int_t AliRun::DistancetoPrimitive(Int_t, Int_t)
 467 {
 468   //
 469   // Return the distance from the mouse to the AliRun object
 470   // Dummy routine
 471   //
 472   return 9999;
 473 }
 474
 475 //_____________________________________________________________________________
 476 void AliRun::DumpPart (Int_t i) const
 477 {
 478   //
 479   // Dumps particle i in the stack
 480   //
 481   ((TParticle*) (*fParticleMap)[i])->Print();
 482 }
 483
 484 //_____________________________________________________________________________
 485 void AliRun::DumpPStack () const
 486 {
 487   //
 488   // Dumps the particle stack
 489   //
 490   TObjArray &particles = *fParticleMap;
 491   printf(
 492          "\n\n=======================================================================\n");
 493   for (Int_t i=0;i<fNtrack;i++)
 494     {
 495       printf("-> %d ",i); ((TParticle*) particles[i])->Print();
 496       printf("--------------------------------------------------------------\n");
 497     }
 498   printf(
 499          "\n=======================================================================\n\n");
 500 }
 501
 502 void  AliRun::SetField(AliMagF* magField)
 503 {
 504     // Set Magnetic Field Map
 505     fField = magField;
 506     fField->ReadField();
 507 }
 508
 509 //_____________________________________________________________________________
 510 void AliRun::SetField(Int_t type, Int_t version, Float_t scale,
 511                       Float_t maxField, char* filename)
 512 {
 513   //
 514   //  Set magnetic field parameters
 515   //  type      Magnetic field transport flag 0=no field, 2=helix, 3=Runge Kutta
 516   //  version   Magnetic field map version (only 1 active now)
 517   //  scale     Scale factor for the magnetic field
 518   //  maxField  Maximum value for the magnetic field
 519
 520   //
 521   // --- Sanity check on mag field flags
 522   if(fField) delete fField;
 523   if(version==1) {
 524     fField = new AliMagFC("Map1"," ",type,scale,maxField);
 525   } else if(version<=2) {
 526     fField = new AliMagFCM("Map2-3",filename,type,scale,maxField);
 527     fField->ReadField();
 528   } else if(version==3) {
 529     fField = new AliMagFDM("Map4",filename,type,scale,maxField);
 530     fField->ReadField();
 531   } else {
 532     Warning("SetField","Invalid map %d\n",version);
 533   }
 534 }
 535
 536 //_____________________________________________________________________________
 537 void AliRun::PreTrack()
 538 {
 539      TObjArray &dets = *fModules;
 540      AliModule *module;
 541
 542      for(Int_t i=0; i<=fNdets; i++)
 543        if((module = (AliModule*)dets[i]))
 544          module->PreTrack();
 545
 546      fMCQA->PreTrack();
 547 }
 548
 549 //_____________________________________________________________________________
 550 void AliRun::PostTrack()
 551 {
 552      TObjArray &dets = *fModules;
 553      AliModule *module;
 554
 555      for(Int_t i=0; i<=fNdets; i++)
 556        if((module = (AliModule*)dets[i]))
 557          module->PostTrack();
 558 }
 559
 560 //_____________________________________________________________________________
 561 void AliRun::FinishPrimary()
 562 {
 563   //
 564   // Called  at the end of each primary track
 565   //
 566
 567   //  static Int_t count=0;
 568   //  const Int_t times=10;
 569   // This primary is finished, purify stack
 570   PurifyKine();
 571
 572   TIter next(fModules);
 573   AliModule *detector;
 574   while((detector = (AliModule*)next())) {
 575     detector->FinishPrimary();
 576   }
 577
 578   // Write out hits if any
 579   if (gAlice->TreeH()) {
 580     gAlice->TreeH()->Fill();
 581   }
 582
 583   // Reset Hits info
 584   gAlice->ResetHits();
 585
 586   //
 587   //  if(++count%times==1) gObjectTable->Print();
 588 }
 589
 590 //_____________________________________________________________________________
 591 void AliRun::FinishEvent()
 592 {
 593   //
 594   // Called at the end of the event.
 595   //
 596
 597   //
 598   if(fLego) fLego->FinishEvent();
 599
 600   //Update the energy deposit tables
 601   Int_t i;
 602   for(i=0;i<fEventEnergy.GetSize();i++) {
 603     fSummEnergy[i]+=fEventEnergy[i];
 604     fSum2Energy[i]+=fEventEnergy[i]*fEventEnergy[i];
 605   }
 606   fEventEnergy.Reset();
 607
 608   // Clean detector information
 609   CleanDetectors();
 610
 611   // Write out the kinematics
 612   if (fTreeK) {
 613     CleanParents();
 614     if(fTreeK->GetEntries() ==0) {
 615       // set the fParticleFileMap size for the first time
 616       if (fHgwmk+1 > fParticleFileMap.GetSize())
 617       fParticleFileMap.Set(fHgwmk+1);
 618     }
 619      //    fTreeK->Fill();
 620     Bool_t allFilled = kFALSE;
 621     TObject *part;
 622     for(i=0; i<fHgwmk+1; ++i) if((part=fParticleMap->At(i))) {
 623       fParticleBuffer = (TParticle*) part;
 624       fParticleFileMap[i]= (Int_t) fTreeK->GetEntries();
 625       fTreeK->Fill();
 626       (*fParticleMap)[i]=0;
 627
 628       // When all primaries were filled no particle!=0
 629       // should be left => to be removed later.
 630       if (allFilled) printf("Why != 0 part # %d?\n",i);
 631     }
 632     else {
 633       // // printf("Why = 0 part # %d?\n",i); => We know.
 634       // break;
 635            // we don't break now in order to be sure there is no
 636            // particle !=0 left.
 637            // To be removed later and replaced with break.
 638       if(!allFilled) allFilled = kTRUE;
 639     }
 640   }
 641
 642   // Set number of tracks to event header
 643   fHeader.SetNtrack(fNtrack);
 644
 645   // Write out the digits
 646   if (fTreeD) {
 647     fTreeD->Fill();
 648     ResetDigits();
 649   }
 650
 651    if (fTreeS) {
 652     fTreeS->Fill();
 653     ResetSDigits();
 654   }
 655
 656   // Write out reconstructed clusters
 657   if (fTreeR) {
 658     fTreeR->Fill();
 659   }
 660
 661   // Write out the event Header information
 662   if (fTreeE) fTreeE->Fill();
 663
 664   // Reset stack info
 665   ResetStack();
 666
 667   // Write Tree headers
 668   if (fTreeK) fTreeK->Write(0,TObject::kOverwrite);
 669   if (fTreeH) fTreeH->Write(0,TObject::kOverwrite);
 670   if (fTreeD) fTreeD->Write(0,TObject::kOverwrite);
 671   if (fTreeR) fTreeR->Write(0,TObject::kOverwrite);
 672   if (fTreeS) fTreeS->Write(0,TObject::kOverwrite);
 673
 674   ++fEvent;
 675 }
 676
 677 //_____________________________________________________________________________
 678 void AliRun::FinishRun()
 679 {
 680   //
 681   // Called at the end of the run.
 682   //
 683
 684   //
 685   if(fLego) fLego->FinishRun();
 686
 687   if(fGenerator) fGenerator->FinishRun();
 688
 689   // Clean detector information
 690   TIter next(fModules);
 691   AliModule *detector;
 692   while((detector = (AliModule*)next())) {
 693     detector->FinishRun();
 694   }
 695
 696   //Output energy summary tables
 697   EnergySummary();
 698
 699   TFile *file = fTreeE->GetCurrentFile();
 700
 701   file->cd();
 702
 703   fTreeE->Write(0,TObject::kOverwrite);
 704
 705   // Write AliRun info and all detectors parameters
 706   Write(0,TObject::kOverwrite);
 707
 708   // Clean tree information
 709   if (fTreeK) {
 710     delete fTreeK; fTreeK = 0;
 711   }
 712   if (fTreeH) {
 713     delete fTreeH; fTreeH = 0;
 714   }
 715   if (fTreeD) {
 716     delete fTreeD; fTreeD = 0;
 717   }
 718   if (fTreeR) {
 719     delete fTreeR; fTreeR = 0;
 720   }
 721   if (fTreeE) {
 722     delete fTreeE; fTreeE = 0;
 723   }
 724
 725   // Close output file
 726   file->Write();
 727 }
 728
 729 //_____________________________________________________________________________
 730 void AliRun::FlagTrack(Int_t track)
 731 {
 732   //
 733   // Flags a track and all its family tree to be kept
 734   //
 735   int curr;
 736   TParticle *particle;
 737
 738   curr=track;
 739   while(1) {
 740     particle=(TParticle*)fParticleMap->At(curr);
 741
 742     // If the particle is flagged the three from here upward is saved already
 743     if(particle->TestBit(kKeepBit)) return;
 744
 745     // Save this particle
 746     particle->SetBit(kKeepBit);
 747
 748     // Move to father if any
 749     if((curr=particle->GetFirstMother())==-1) return;
 750   }
 751 }
 752
 753 //_____________________________________________________________________________
 754 void AliRun::EnergySummary()
 755 {
 756   //
 757   // Print summary of deposited energy
 758   //
 759
 760   Int_t ndep=0;
 761   Float_t edtot=0;
 762   Float_t ed, ed2;
 763   Int_t kn, i, left, j, id;
 764   const Float_t kzero=0;
 765   Int_t ievent=fHeader.GetEvent()+1;
 766   //
 767   // Energy loss information
 768   if(ievent) {
 769     printf("***************** Energy Loss Information per event (GEV) *****************\n");
 770     for(kn=1;kn<fEventEnergy.GetSize();kn++) {
 771       ed=fSummEnergy[kn];
 772       if(ed>0) {
 773         fEventEnergy[ndep]=kn;
 774         if(ievent>1) {
 775           ed=ed/ievent;
 776           ed2=fSum2Energy[kn];
 777           ed2=ed2/ievent;
 778           ed2=100*TMath::Sqrt(TMath::Max(ed2-ed*ed,kzero))/ed;
 779         } else
 780           ed2=99;
 781         fSummEnergy[ndep]=ed;
 782         fSum2Energy[ndep]=TMath::Min((Float_t) 99.,TMath::Max(ed2,kzero));
 783         edtot+=ed;
 784         ndep++;
 785       }
 786     }
 787     for(kn=0;kn<(ndep-1)/3+1;kn++) {
 788       left=ndep-kn*3;
 789       for(i=0;i<(3<left?3:left);i++) {
 790         j=kn*3+i;
 791         id=Int_t (fEventEnergy[j]+0.1);
 792         printf(" %s %10.3f +- %10.3f%%;",gMC->VolName(id),fSummEnergy[j],fSum2Energy[j]);
 793       }
 794       printf("\n");
 795     }
 796     //
 797     // Relative energy loss in different detectors
 798     printf("******************** Relative Energy Loss per event ********************\n");
 799     printf("Total energy loss per event %10.3f GeV\n",edtot);
 800     for(kn=0;kn<(ndep-1)/5+1;kn++) {
 801       left=ndep-kn*5;
 802       for(i=0;i<(5<left?5:left);i++) {
 803         j=kn*5+i;
 804         id=Int_t (fEventEnergy[j]+0.1);
 805         printf(" %s %10.3f%%;",gMC->VolName(id),100*fSummEnergy[j]/edtot);
 806       }
 807       printf("\n");
 808     }
 809     for(kn=0;kn<75;kn++) printf("*");
 810     printf("\n");
 811   }
 812   //
 813   // Reset the TArray's
 814   //  fEventEnergy.Set(0);
 815   //  fSummEnergy.Set(0);
 816   //  fSum2Energy.Set(0);
 817 }
 818
 819 //_____________________________________________________________________________
 820 AliModule *AliRun::GetModule(const char *name) const
 821 {
 822   //
 823   // Return pointer to detector from name
 824   //
 825   return (AliModule*)fModules->FindObject(name);
 826 }
 827
 828 //_____________________________________________________________________________
 829 AliDetector *AliRun::GetDetector(const char *name) const
 830 {
 831   //
 832   // Return pointer to detector from name
 833   //
 834   return (AliDetector*)fModules->FindObject(name);
 835 }
 836
 837 //_____________________________________________________________________________
 838 Int_t AliRun::GetModuleID(const char *name) const
 839 {
 840   //
 841   // Return galice internal detector identifier from name
 842   //
 843   Int_t i=-1;
 844   TObject *mod=fModules->FindObject(name);
 845   if(mod) i=fModules->IndexOf(mod);
 846   return i;
 847 }
 848
 849 //_____________________________________________________________________________
 850 Int_t AliRun::GetEvent(Int_t event)
 851 {
 852   //
 853   // Connect the Trees Kinematics and Hits for event # event
 854   // Set branch addresses
 855   //
 856
 857   // Reset existing structures
 858   //  ResetStack();
 859   ResetHits();
 860   ResetDigits();
 861   ResetSDigits();
 862
 863   // Delete Trees already connected
 864   if (fTreeK) delete fTreeK;
 865   if (fTreeH) delete fTreeH;
 866   if (fTreeD) delete fTreeD;
 867   if (fTreeR) delete fTreeR;
 868   if (fTreeS) delete fTreeS;
 869
 870   // Get header from file
 871   if(fTreeE) fTreeE->GetEntry(event);
 872   else Error("GetEvent","Cannot file Header Tree\n");
 873   TFile *file = fTreeE->GetCurrentFile();
 874
 875   file->cd();
 876
 877   // Get Kine Tree from file
 878   char treeName[20];
 879   sprintf(treeName,"TreeK%d",event);
 880   fTreeK = (TTree*)gDirectory->Get(treeName);
 881   if (fTreeK) fTreeK->SetBranchAddress("Particles", &fParticleBuffer);
 882   else    Error("GetEvent","cannot find Kine Tree for event:%d\n",event);
 883   // Create the particle stack
 884   if(!fParticles) fParticles = new TClonesArray("TParticle",1000);
 885   // Build the pointer list
 886   if(fParticleMap) {
 887     fParticleMap->Clear();
 888     fParticleMap->Expand(fTreeK->GetEntries());
 889   } else
 890     fParticleMap = new TObjArray(fTreeK->GetEntries());
 891
 892   file->cd();
 893
 894   // Get Hits Tree header from file
 895   sprintf(treeName,"TreeH%d",event);
 896   fTreeH = (TTree*)gDirectory->Get(treeName);
 897   if (!fTreeH) {
 898     Error("GetEvent","cannot find Hits Tree for event:%d\n",event);
 899   }
 900
 901   file->cd();
 902
 903   // Get Digits Tree header from file
 904   sprintf(treeName,"TreeD%d",event);
 905   fTreeD = (TTree*)gDirectory->Get(treeName);
 906   if (!fTreeD) {
 907     // Warning("GetEvent","cannot find Digits Tree for event:%d\n",event);
 908   }
 909
 910   file->cd();
 911
 912   // Get SDigits Tree header from file
 913   sprintf(treeName,"TreeS%d",event);
 914   fTreeS = (TTree*)gDirectory->Get(treeName);
 915   if (!fTreeS) {
 916     // Warning("GetEvent","cannot find SDigits Tree for event:%d\n",event);
 917   }
 918
 919   file->cd();
 920
 921   // Get Reconstruct Tree header from file
 922   sprintf(treeName,"TreeR%d",event);
 923   fTreeR = (TTree*)gDirectory->Get(treeName);
 924   if (!fTreeR) {
 925     //    printf("WARNING: cannot find Reconstructed Tree for event:%d\n",event);
 926   }
 927
 928   file->cd();
 929
 930   // Set Trees branch addresses
 931   TIter next(fModules);
 932   AliModule *detector;
 933   while((detector = (AliModule*)next())) {
 934     detector->SetTreeAddress();
 935   }
 936
 937   fNtrack = Int_t (fTreeK->GetEntries());
 938   return fNtrack;
 939 }
 940
 941 //_____________________________________________________________________________
 942 TGeometry *AliRun::GetGeometry()
 943 {
 944   //
 945   // Import Alice geometry from current file
 946   // Return pointer to geometry object
 947   //
 948   if (!fGeometry) fGeometry = (TGeometry*)gDirectory->Get("AliceGeom");
 949   //
 950   // Unlink and relink nodes in detectors
 951   // This is bad and there must be a better way...
 952   //
 953
 954   TIter next(fModules);
 955   AliModule *detector;
 956   while((detector = (AliModule*)next())) {
 957     TList *dnodes=detector->Nodes();
 958     Int_t j;
 959     TNode *node, *node1;
 960     for ( j=0; j<dnodes->GetSize(); j++) {
 961       node = (TNode*) dnodes->At(j);
 962       node1 = fGeometry->GetNode(node->GetName());
 963       dnodes->Remove(node);
 964       dnodes->AddAt(node1,j);
 965     }
 966   }
 967   return fGeometry;
 968 }
 969
 970 //_____________________________________________________________________________
 971 void AliRun::GetNextTrack(Int_t &mtrack, Int_t &ipart, Float_t *pmom,
 972                           Float_t &e, Float_t *vpos, Float_t *polar,
 973                           Float_t &tof)
 974 {
 975   //
 976   // Return next track from stack of particles
 977   //
 978   TVector3 pol;
 979   fCurrent=-1;
 980   TParticle *track;
 981   for(Int_t i=fNtrack-1; i>=0; i--) {
 982     track=(TParticle*) fParticleMap->At(i);
 983     if(track) if(!track->TestBit(kDoneBit)) {
 984       //
 985       // The track exists and has not yet been processed
 986       fCurrent=i;
 987       ipart=track->GetPdgCode();
 988       pmom[0]=track->Px();
 989       pmom[1]=track->Py();
 990       pmom[2]=track->Pz();
 991       e     =track->Energy();
 992       vpos[0]=track->Vx();
 993       vpos[1]=track->Vy();
 994       vpos[2]=track->Vz();
 995       track->GetPolarisation(pol);
 996       polar[0]=pol.X();
 997       polar[1]=pol.Y();
 998       polar[2]=pol.Z();
 999       tof=track->T();
1000       track->SetBit(kDoneBit);
1001       break;
1002     }
1003   }
1004   mtrack=fCurrent;
1005   //
1006   // stop and start timer when we start a primary track
1007   Int_t nprimaries = fHeader.GetNprimary();
1008   if (fCurrent >= nprimaries) return;
1009   if (fCurrent < nprimaries-1) {
1010     fTimer.Stop();
1011     track=(TParticle*) fParticleMap->At(fCurrent+1);
1012     //    track->SetProcessTime(fTimer.CpuTime());
1013   }
1014   fTimer.Start();
1015 }
1016
1017 //_____________________________________________________________________________
1018 Int_t AliRun::GetPrimary(Int_t track) const
1019 {
1020   //
1021   // return number of primary that has generated track
1022   //
1023   int current, parent;
1024   TParticle *part;
1025   //
1026   parent=track;
1027   while (1) {
1028     current=parent;
1029     part = (TParticle *)fParticleMap->At(current);
1030     parent=part->GetFirstMother();
1031     if(parent<0) return current;
1032   }
1033 }
1034
1035 //_____________________________________________________________________________
1036 void AliRun::InitMC(const char *setup)
1037 {
1038   //
1039   // Initialize the Alice setup
1040   //
1041
1042   if(fInitDone) {
1043     Warning("Init","Cannot initialise AliRun twice!\n");
1044     return;
1045   }
1046
1047   gROOT->LoadMacro(setup);
1048   gInterpreter->ProcessLine(fConfigFunction.Data());
1049
1050
1051   gMC->DefineParticles();  //Create standard MC particles
1052
1053   TObject *objfirst, *objlast;
1054
1055   fNdets = fModules->GetLast()+1;
1056
1057   //
1058   //=================Create Materials and geometry
1059   gMC->Init();
1060
1061   // Added also after in case of interactive initialisation of modules
1062   fNdets = fModules->GetLast()+1;
1063
1064    TIter next(fModules);
1065    AliModule *detector;
1066    while((detector = (AliModule*)next())) {
1067       detector->SetTreeAddress();
1068       objlast = gDirectory->GetList()->Last();
1069
1070       // Add Detector histograms in Detector list of histograms
1071       if (objlast) objfirst = gDirectory->GetList()->After(objlast);
1072       else         objfirst = gDirectory->GetList()->First();
1073       while (objfirst) {
1074         detector->Histograms()->Add(objfirst);
1075         objfirst = gDirectory->GetList()->After(objfirst);
1076       }
1077    }
1078    ReadTransPar(); //Read the cuts for all materials
1079
1080    MediaTable(); //Build the special IMEDIA table
1081
1082    //Initialise geometry deposition table
1083    fEventEnergy.Set(gMC->NofVolumes()+1);
1084    fSummEnergy.Set(gMC->NofVolumes()+1);
1085    fSum2Energy.Set(gMC->NofVolumes()+1);
1086
1087    //Compute cross-sections
1088    gMC->BuildPhysics();
1089
1090    //Write Geometry object to current file.
1091    fGeometry->Write();
1092
1093    fInitDone = kTRUE;
1094
1095    fMCQA = new AliMCQA(fNdets);
1096
1097    //
1098    // Save stuff at the beginning of the file to avoid file corruption
1099    Write();
1100 }
1101
1102 //_____________________________________________________________________________
1103 void AliRun::MediaTable()
1104 {
1105   //
1106   // Built media table to get from the media number to
1107   // the detector id
1108   //
1109   Int_t kz, nz, idt, lz, i, k, ind;
1110   //  Int_t ibeg;
1111   TObjArray &dets = *gAlice->Detectors();
1112   AliModule *det;
1113   //
1114   // For all detectors
1115   for (kz=0;kz<fNdets;kz++) {
1116     // If detector is defined
1117     if((det=(AliModule*) dets[kz])) {
1118         TArrayI &idtmed = *(det->GetIdtmed());
1119         for(nz=0;nz<100;nz++) {
1120         // Find max and min material number
1121         if((idt=idtmed[nz])) {
1122           det->LoMedium() = det->LoMedium() < idt ? det->LoMedium() : idt;
1123           det->HiMedium() = det->HiMedium() > idt ? det->HiMedium() : idt;
1124         }
1125       }
1126       if(det->LoMedium() > det->HiMedium()) {
1127         det->LoMedium() = 0;
1128         det->HiMedium() = 0;
1129       } else {
1130         if(det->HiMedium() > fImedia->GetSize()) {
1131           Error("MediaTable","Increase fImedia from %d to %d",
1132                 fImedia->GetSize(),det->HiMedium());
1133           return;
1134         }
1135         // Tag all materials in rage as belonging to detector kz
1136         for(lz=det->LoMedium(); lz<= det->HiMedium(); lz++) {
1137           (*fImedia)[lz]=kz;
1138         }
1139       }
1140     }
1141   }
1142   //
1143   // Print summary table
1144   printf(" Traking media ranges:\n");
1145   for(i=0;i<(fNdets-1)/6+1;i++) {
1146     for(k=0;k< (6<fNdets-i*6?6:fNdets-i*6);k++) {
1147       ind=i*6+k;
1148       det=(AliModule*)dets[ind];
1149       if(det)
1150         printf(" %6s: %3d -> %3d;",det->GetName(),det->LoMedium(),
1151                det->HiMedium());
1152       else
1153         printf(" %6s: %3d -> %3d;","NULL",0,0);
1154     }
1155     printf("\n");
1156   }
1157 }
1158
1159 //____________________________________________________________________________
1160 void AliRun::SetGenerator(AliGenerator *generator)
1161 {
1162   //
1163   // Load the event generator
1164   //
1165   if(!fGenerator) fGenerator = generator;
1166 }
1167
1168 //____________________________________________________________________________
1169 void AliRun::ResetGenerator(AliGenerator *generator)
1170 {
1171   //
1172   // Load the event generator
1173   //
1174   if(fGenerator)
1175     if(generator)
1176       Warning("ResetGenerator","Replacing generator %s with %s\n",
1177               fGenerator->GetName(),generator->GetName());
1178     else
1179       Warning("ResetGenerator","Replacing generator %s with NULL\n",
1180               fGenerator->GetName());
1181   fGenerator = generator;
1182 }
1183
1184 //____________________________________________________________________________
1185 void AliRun::SetTransPar(char *filename)
1186 {
1187   fTransParName = filename;
1188 }
1189
1190 //____________________________________________________________________________
1191 void AliRun::SetBaseFile(char *filename)
1192 {
1193   fBaseFileName = filename;
1194 }
1195
1196 //____________________________________________________________________________
1197 void AliRun::ReadTransPar()
1198 {
1199   //
1200   // Read filename to set the transport parameters
1201   //
1202
1203
1204   const Int_t kncuts=10;
1205   const Int_t knflags=11;
1206   const Int_t knpars=kncuts+knflags;
1207   const char kpars[knpars][7] = {"CUTGAM" ,"CUTELE","CUTNEU","CUTHAD","CUTMUO",
1208                                "BCUTE","BCUTM","DCUTE","DCUTM","PPCUTM","ANNI",
1209                                "BREM","COMP","DCAY","DRAY","HADR","LOSS",
1210                                "MULS","PAIR","PHOT","RAYL"};
1211   char line[256];
1212   char detName[7];
1213   char* filtmp;
1214   Float_t cut[kncuts];
1215   Int_t flag[knflags];
1216   Int_t i, itmed, iret, ktmed, kz;
1217   FILE *lun;
1218   //
1219   // See whether the file is there
1220   filtmp=gSystem->ExpandPathName(fTransParName.Data());
1221   lun=fopen(filtmp,"r");
1222   delete [] filtmp;
1223   if(!lun) {
1224     Warning("ReadTransPar","File %s does not exist!\n",fTransParName.Data());
1225     return;
1226   }
1227   //
1228   printf(" "); for(i=0;i<60;i++) printf("*"); printf("\n");
1229   printf(" *%59s\n","*");
1230   printf(" *       Please check carefully what you are doing!%10s\n","*");
1231   printf(" *%59s\n","*");
1232   //
1233   while(1) {
1234     // Initialise cuts and flags
1235     for(i=0;i<kncuts;i++) cut[i]=-99;
1236     for(i=0;i<knflags;i++) flag[i]=-99;
1237     itmed=0;
1238     for(i=0;i<256;i++) line[i]='\0';
1239     // Read up to the end of line excluded
1240     iret=fscanf(lun,"%[^\n]",line);
1241     if(iret<0) {
1242       //End of file
1243       fclose(lun);
1244       printf(" *%59s\n","*");
1245       printf(" "); for(i=0;i<60;i++) printf("*"); printf("\n");
1246       return;
1247     }
1248     // Read the end of line
1249     fscanf(lun,"%*c");
1250     if(!iret) continue;
1251     if(line[0]=='*') continue;
1252     // Read the numbers
1253     iret=sscanf(line,"%s %d %f %f %f %f %f %f %f %f %f %f %d %d %d %d %d %d %d %d %d %d %d",
1254                 detName,&itmed,&cut[0],&cut[1],&cut[2],&cut[3],&cut[4],&cut[5],&cut[6],&cut[7],&cut[8],
1255                 &cut[9],&flag[0],&flag[1],&flag[2],&flag[3],&flag[4],&flag[5],&flag[6],&flag[7],
1256                 &flag[8],&flag[9],&flag[10]);
1257     if(!iret) continue;
1258     if(iret<0) {
1259       //reading error
1260       Warning("ReadTransPar","Error reading file %s\n",fTransParName.Data());
1261       continue;
1262     }
1263     // Check that the module exist
1264     AliModule *mod = GetModule(detName);
1265     if(mod) {
1266       // Get the array of media numbers
1267       TArrayI &idtmed = *mod->GetIdtmed();
1268       // Check that the tracking medium code is valid
1269       if(0<=itmed && itmed < 100) {
1270         ktmed=idtmed[itmed];
1271         if(!ktmed) {
1272           Warning("ReadTransPar","Invalid tracking medium code %d for %s\n",itmed,mod->GetName());
1273           continue;
1274         }
1275         // Set energy thresholds
1276         for(kz=0;kz<kncuts;kz++) {
1277           if(cut[kz]>=0) {
1278             printf(" *  %-6s set to %10.3E for tracking medium code %4d for %s\n",
1279                    kpars[kz],cut[kz],itmed,mod->GetName());
1280             gMC->Gstpar(ktmed,kpars[kz],cut[kz]);
1281           }
1282         }
1283         // Set transport mechanisms
1284         for(kz=0;kz<knflags;kz++) {
1285           if(flag[kz]>=0) {
1286             printf(" *  %-6s set to %10d for tracking medium code %4d for %s\n",
1287                    kpars[kncuts+kz],flag[kz],itmed,mod->GetName());
1288             gMC->Gstpar(ktmed,kpars[kncuts+kz],Float_t(flag[kz]));
1289           }
1290         }
1291       } else {
1292         Warning("ReadTransPar","Invalid medium code %d *\n",itmed);
1293         continue;
1294       }
1295     } else {
1296       Warning("ReadTransPar","Module %s not present\n",detName);
1297       continue;
1298     }
1299   }
1300 }
1301
1302 //_____________________________________________________________________________
1303 TBranch* AliRun::MakeBranchInTree(TTree *tree, const char* name, void* address, Int_t size, char *file)
1304 {
1305     //
1306     // Makes branch in given tree and diverts them  to a separate file
1307     //
1308     if (GetDebug()>1)
1309         printf("* MakeBranch * Making Branch %s \n",name);
1310
1311     TBranch *branch = tree->Branch(name,address,size);
1312
1313     if (file) {
1314         char * outFile = new char[strlen(gAlice->GetBaseFile())+strlen(file)+2];
1315         sprintf(outFile,"%s/%s",gAlice->GetBaseFile(),file);
1316         TDirectory *cwd = gDirectory;
1317         branch->SetFile(outFile);
1318         TIter next( branch->GetListOfBranches());
1319         while ((branch=(TBranch*)next())) {
1320            branch->SetFile(outFile);
1321         }
1322         if (GetDebug()>1)
1323             printf("* MakeBranch * Diverting Branch %s to file %s\n",name,file);
1324         cwd->cd();
1325         delete outFile;
1326     }
1327
1328     return branch;
1329 }
1330
1331 //_____________________________________________________________________________
1332 TBranch* AliRun::MakeBranchInTree(TTree *tree, const char* name, const char *classname, void* address, Int_t size, Int_t splitlevel, char *file)
1333 {
1334     //
1335     // Makes branch in given tree and diverts them to a separate file
1336     //
1337     TDirectory *cwd = gDirectory;
1338     TBranch *branch = tree->Branch(name,classname,address,size,splitlevel);
1339
1340     if (GetDebug()>1)
1341       printf("* MakeBranch * Making Branch %s \n",name);
1342     if (file) {
1343         char * outFile = new char[strlen(gAlice->GetBaseFile())+strlen(file)+2];
1344         sprintf(outFile,"%s/%s",gAlice->GetBaseFile(),file);
1345         branch->SetFile(outFile);
1346         TIter next( branch->GetListOfBranches());
1347         while ((branch=(TBranch*)next())) {
1348            branch->SetFile(outFile);
1349         }
1350        if (GetDebug()>1)
1351            printf("* MakeBranch * Diverting Branch %s to file %s\n",name,file);
1352         cwd->cd();
1353         delete outFile;
1354     }
1355     return branch;
1356 }
1357 //_____________________________________________________________________________
1358 void AliRun::MakeTree(Option_t *option, char *file)
1359 {
1360   //
1361   //  Create the ROOT trees
1362   //  Loop on all detectors to create the Root branch (if any)
1363   //
1364
1365   char hname[30];
1366   //
1367   // Analyse options
1368   const char *oK = strstr(option,"K");
1369   const char *oH = strstr(option,"H");
1370   const char *oE = strstr(option,"E");
1371   const char *oD = strstr(option,"D");
1372   const char *oR = strstr(option,"R");
1373   const char *oS = strstr(option,"S");
1374   //
1375
1376   if (oK && !fTreeK) {
1377     sprintf(hname,"TreeK%d",fEvent);
1378     fTreeK = new TTree(hname,"Kinematics");
1379     //  Create a branch for particles
1380     MakeBranchInTree(fTreeK,
1381                      "Particles", "TParticle", &fParticleBuffer, 4000, 1, file) ;
1382     fTreeK->Write();
1383   }
1384   if (oH && !fTreeH) {
1385     sprintf(hname,"TreeH%d",fEvent);
1386     fTreeH = new TTree(hname,"Hits");
1387     fTreeH->SetAutoSave(1000000000); //no autosave
1388     fTreeH->Write();
1389   }
1390   if (oD && !fTreeD) {
1391     sprintf(hname,"TreeD%d",fEvent);
1392     fTreeD = new TTree(hname,"Digits");
1393     fTreeD->Write();
1394   }
1395   if (oS && !fTreeS) {
1396     sprintf(hname,"TreeS%d",fEvent);
1397     fTreeS = new TTree(hname,"SDigits");
1398     fTreeS->Write();
1399   }
1400   if (oR && !fTreeR) {
1401     sprintf(hname,"TreeR%d",fEvent);
1402     fTreeR = new TTree(hname,"Reconstruction");
1403     fTreeR->Write();
1404   }
1405   if (oE && !fTreeE) {
1406     fTreeE = new TTree("TE","Header");
1407     TBranch* branch
1408       = MakeBranchInTree(fTreeE,
1409                      "Header", "AliHeader", &gAliHeader, 4000, 0, file) ;
1410     branch->SetAutoDelete(kFALSE);
1411     fTreeE->Write();
1412   }
1413
1414   //
1415   // Create a branch for hits/digits for each detector
1416   // Each branch is a TClonesArray. Each data member of the Hits classes
1417   // will be in turn a subbranch of the detector master branch
1418   TIter next(fModules);
1419   AliModule *detector;
1420   while((detector = (AliModule*)next())) {
1421      if (oH) detector->MakeBranch(option,file);
1422   }
1423 }
1424
1425 //_____________________________________________________________________________
1426 Int_t AliRun::PurifyKine(Int_t lastSavedTrack, Int_t nofTracks)
1427 {
1428   //
1429   // PurifyKine with external parameters
1430   //
1431   fHgwmk = lastSavedTrack;
1432   fNtrack = nofTracks;
1433   PurifyKine();
1434   return fHgwmk;
1435 }
1436
1437 //_____________________________________________________________________________
1438 TParticle* AliRun::Particle(Int_t i)
1439 {
1440   if(!(*fParticleMap)[i]) {
1441     Int_t nentries = fParticles->GetEntries();
1442
1443     // algorithmic way of getting entry index
1444     // (primary particles are filled after secondaries)
1445     Int_t entry;
1446     if (i<fHeader.GetNprimary())
1447       entry = i+fHeader.GetNsecondary();
1448     else
1449       entry = i-fHeader.GetNprimary();
1450
1451     // only check the algorithmic way and give
1452     // the fatal error if it is wrong
1453     if (entry != fParticleFileMap[i]) {
1454       Fatal("Particle",
1455         "!!!! The algorithmic way is WRONG: !!!\n entry: %d map: %d",
1456         entry, fParticleFileMap[i]);
1457     }
1458
1459     fTreeK->GetEntry(fParticleFileMap[i]);
1460     //fTreeK->GetEntry(entry);
1461     new ((*fParticles)[nentries]) TParticle(*fParticleBuffer);
1462     fParticleMap->AddAt((*fParticles)[nentries],i);
1463   }
1464   return (TParticle *) (*fParticleMap)[i];
1465 }
1466
1467 //_____________________________________________________________________________
1468 void AliRun::PurifyKine()
1469 {
1470   //
1471   // Compress kinematic tree keeping only flagged particles
1472   // and renaming the particle id's in all the hits
1473   //
1474   //  TClonesArray &particles = *fParticles;
1475   TObjArray &particles = *fParticleMap;
1476   int nkeep=fHgwmk+1, parent, i;
1477   TParticle *part, *father;
1478   TArrayI map(particles.GetLast()+1);
1479
1480   // Save in Header total number of tracks before compression
1481   fHeader.SetNtrack(fHeader.GetNtrack()+fNtrack-fHgwmk);
1482
1483   // If no tracks generated return now
1484   if(fHgwmk+1 == fNtrack) return;
1485
1486   Int_t toshrink = fNtrack-fHgwmk-1;
1487
1488   // First pass, invalid Daughter information
1489   for(i=0; i<fNtrack; i++) {
1490     // Preset map, to be removed later
1491     if(i<=fHgwmk) map[i]=i ;
1492     else {
1493       map[i] = -99;
1494       //      particles.UncheckedAt(i)->ResetBit(kDaughtersBit);
1495       if((part=(TParticle*) particles.At(i))) part->ResetBit(kDaughtersBit);
1496     }
1497   }
1498   // Invalid daughter information for the parent of the first particle
1499   // generated. This may or may not be the current primary according to
1500   // whether decays have been recorded among the primaries
1501   part = (TParticle *)particles.At(fHgwmk+1);
1502   particles.At(part->GetFirstMother())->ResetBit(kDaughtersBit);
1503   // Second pass, build map between old and new numbering
1504   for(i=fHgwmk+1; i<fNtrack; i++) {
1505     if(particles.At(i)->TestBit(kKeepBit)) {
1506
1507       // This particle has to be kept
1508       map[i]=nkeep;
1509       // If old and new are different, have to move the pointer
1510       if(i!=nkeep) particles[nkeep]=particles.At(i);
1511       part = (TParticle*) particles.At(nkeep);
1512
1513       // as the parent is always *before*, it must be already
1514       // in place. This is what we are checking anyway!
1515       if((parent=part->GetFirstMother())>fHgwmk)
1516         if(map[parent]==-99) Fatal("PurifyKine","map[%d] = -99!\n",parent);
1517         else part->SetFirstMother(map[parent]);
1518
1519       nkeep++;
1520     }
1521   }
1522
1523   // Fix daughters information
1524   for (i=fHgwmk+1; i<nkeep; i++) {
1525     part = (TParticle *)particles.At(i);
1526     parent = part->GetFirstMother();
1527     if(parent>=0) {
1528       father = (TParticle *)particles.At(parent);
1529       if(father->TestBit(kDaughtersBit)) {
1530
1531         if(i<father->GetFirstDaughter()) father->SetFirstDaughter(i);
1532         if(i>father->GetLastDaughter())  father->SetLastDaughter(i);
1533       } else {
1534         // Initialise daughters info for first pass
1535         father->SetFirstDaughter(i);
1536         father->SetLastDaughter(i);
1537         father->SetBit(kDaughtersBit);
1538       }
1539     }
1540   }
1541
1542   // Now loop on all registered hit lists
1543   TIter next(fHitLists);
1544   TCollection *hitList;
1545   while((hitList = (TCollection*)next())) {
1546     TIter nexthit(hitList);
1547     AliHit *hit;
1548     while((hit = (AliHit*)nexthit())) {
1549       hit->SetTrack(map[hit->GetTrack()]);
1550     }
1551   }
1552
1553   //
1554   // This for detectors which have a special mapping mechanism
1555   // for hits, such as TPC and TRD
1556   //
1557
1558    TIter nextmod(fModules);
1559    AliModule *detector;
1560    while((detector = (AliModule*)nextmod())) {
1561      detector->RemapTrackHitIDs(map.GetArray());
1562    }
1563
1564    // Now the output bit, from fHgwmk to nkeep we write everything and we erase
1565    if(nkeep>fParticleFileMap.GetSize()) fParticleFileMap.Set(Int_t (nkeep*1.5));
1566
1567
1568    for (i=fHgwmk+1; i<nkeep; ++i) {
1569      fParticleBuffer = (TParticle*) particles.At(i);
1570      fParticleFileMap[i]=(Int_t) fTreeK->GetEntries();
1571      fTreeK->Fill();
1572      particles[i]=0;
1573    }
1574
1575    for (i=nkeep; i<fNtrack; ++i) particles[i]=0;
1576
1577    fLoadPoint-=toshrink;
1578    for(i=fLoadPoint; i<fLoadPoint+toshrink; ++i) fParticles->RemoveAt(i);
1579
1580    fNtrack=nkeep;
1581    fHgwmk=nkeep-1;
1582    //   delete [] map;
1583 }
1584
1585 //_____________________________________________________________________________
1586 void AliRun::BeginEvent()
1587 {
1588   //
1589   //  Reset all Detectors & kinematics & trees
1590   //
1591   char hname[30];
1592   //
1593
1594   //
1595   if(fLego) {
1596     fLego->BeginEvent();
1597     return;
1598   }
1599
1600   //
1601   ResetStack();
1602   ResetHits();
1603   ResetDigits();
1604   ResetSDigits();
1605
1606   // Initialise event header
1607   fHeader.Reset(fRun,fEvent);
1608
1609   if(fTreeK) {
1610     fTreeK->Reset();
1611     sprintf(hname,"TreeK%d",fEvent);
1612     fTreeK->SetName(hname);
1613   }
1614   if(fTreeH) {
1615     fTreeH->Reset();
1616     sprintf(hname,"TreeH%d",fEvent);
1617     fTreeH->SetName(hname);
1618   }
1619   if(fTreeD) {
1620     fTreeD->Reset();
1621     sprintf(hname,"TreeD%d",fEvent);
1622     fTreeD->SetName(hname);
1623   }
1624   if(fTreeS) {
1625     fTreeS->Reset();
1626     sprintf(hname,"TreeS%d",fEvent);
1627     fTreeS->SetName(hname);
1628   }
1629   if(fTreeR) {
1630     fTreeR->Reset();
1631     sprintf(hname,"TreeR%d",fEvent);
1632     fTreeR->SetName(hname);
1633   }
1634 }
1635 //_____________________________________________________________________________
1636 void AliRun::ResetDigits()
1637 {
1638   //
1639   //  Reset all Detectors digits
1640   //
1641   TIter next(fModules);
1642   AliModule *detector;
1643   while((detector = (AliModule*)next())) {
1644      detector->ResetDigits();
1645   }
1646 }
1647
1648 //_____________________________________________________________________________
1649 void AliRun::ResetSDigits()
1650 {
1651   //
1652   //  Reset all Detectors digits
1653   //
1654   TIter next(fModules);
1655   AliModule *detector;
1656   while((detector = (AliModule*)next())) {
1657      detector->ResetSDigits();
1658   }
1659 }
1660
1661 //_____________________________________________________________________________
1662 void AliRun::ResetHits()
1663 {
1664   //
1665   //  Reset all Detectors hits
1666   //
1667   TIter next(fModules);
1668   AliModule *detector;
1669   while((detector = (AliModule*)next())) {
1670      detector->ResetHits();
1671   }
1672 }
1673
1674 //_____________________________________________________________________________
1675 void AliRun::ResetPoints()
1676 {
1677   //
1678   // Reset all Detectors points
1679   //
1680   TIter next(fModules);
1681   AliModule *detector;
1682   while((detector = (AliModule*)next())) {
1683      detector->ResetPoints();
1684   }
1685 }
1686
1687 //_____________________________________________________________________________
1688 void AliRun::RunMC(Int_t nevent, const char *setup)
1689 {
1690   //
1691   // Main function to be called to process a galice run
1692   // example
1693   //    Root > gAlice.Run();
1694   // a positive number of events will cause the finish routine
1695   // to be called
1696   //
1697
1698   // check if initialisation has been done
1699   if (!fInitDone) InitMC(setup);
1700
1701   // Create the Root Tree with one branch per detector
1702
1703    MakeTree("ESD");
1704
1705   if (gSystem->Getenv("CONFIG_SPLIT_FILE")) {
1706      MakeTree("K","Kine.root");
1707      MakeTree("H","Hits.root");
1708   } else {
1709      MakeTree("KH");
1710   }
1711
1712   gMC->ProcessRun(nevent);
1713
1714   // End of this run, close files
1715   if(nevent>0) FinishRun();
1716 }
1717
1718 //_____________________________________________________________________________
1719 void AliRun::RunReco(const char *detector)
1720 {
1721   //
1722   // Main function to be called to reconstruct Alice event
1723   //
1724
1725    MakeTree("R");
1726    Digits2Reco(detector);
1727 }
1728
1729 //_____________________________________________________________________________
1730
1731 void AliRun::Hits2Digits(const char *selected)
1732 {
1733    // Convert Hits to sumable digits
1734    //
1735    Hits2SDigits(selected);
1736    SDigits2Digits(selected);
1737 }
1738
1739
1740 //_____________________________________________________________________________
1741
1742 void AliRun::Tree2Tree(Option_t *option, const char *selected)
1743 {
1744   //
1745   // Function to transform the content of
1746   //
1747   // - TreeH to TreeS (option "S")
1748   // - TreeS to TreeD (option "D")
1749   // - TreeD to TreeR (option "R")
1750   //
1751   // If multiple options are specified ("SDR"), transformation will be done in sequence for
1752   // selected detector and for all detectors if none is selected (detector string
1753   // can contain blank separated list of detector names).
1754
1755
1756    const char *oS = strstr(option,"S");
1757    const char *oD = strstr(option,"D");
1758    const char *oR = strstr(option,"R");
1759
1760    gAlice->GetEvent(0);
1761
1762    TObjArray *detectors = gAlice->Detectors();
1763
1764    TIter next(detectors);
1765
1766    AliDetector *detector = 0;
1767
1768    TDirectory *cwd = gDirectory;
1769
1770    char outFile[32];
1771
1772    while((detector = (AliDetector*)next())) {
1773      if (selected)
1774        if (strcmp(detector->GetName(),selected)) continue;
1775      if (detector->IsActive()){
1776        if (GetDebug()>0)
1777              cout << "Processing " << detector->GetName() << "..." << endl;
1778        if (gSystem->Getenv("CONFIG_SPLIT_FILE")) {
1779           if (oS) {
1780             sprintf(outFile,"SDigits.%s.root",detector->GetName());
1781             detector->MakeBranch("S",outFile);
1782           }
1783           if (oD) {
1784             sprintf(outFile,"Digits.%s.root",detector->GetName());
1785             detector->MakeBranch("D",outFile);
1786           }
1787           if (oR) {
1788             sprintf(outFile,"Reco.%s.root",detector->GetName());
1789             detector->MakeBranch("R",outFile);
1790           }
1791        } else {
1792           detector->MakeBranch(option);
1793        }
1794
1795        cwd->cd();
1796
1797        if (oS)
1798           detector->Hits2SDigits();
1799        if (oD)
1800           detector->SDigits2Digits();
1801        if (oR)
1802           detector->Digits2Reco();
1803
1804        cwd->cd();
1805
1806      }
1807    }
1808 }
1809
1810
1811 //_____________________________________________________________________________
1812 void AliRun::RunLego(const char *setup, Int_t nc1, Float_t c1min,
1813                      Float_t c1max,Int_t nc2,Float_t c2min,Float_t c2max,
1814                      Float_t rmin,Float_t rmax,Float_t zmax, AliLegoGenerator* gener)
1815 {
1816   //
1817   // Generates lego plots of:
1818   //    - radiation length map phi vs theta
1819   //    - radiation length map phi vs eta
1820   //    - interaction length map
1821   //    - g/cm2 length map
1822   //
1823   //  ntheta    bins in theta, eta
1824   //  themin    minimum angle in theta (degrees)
1825   //  themax    maximum angle in theta (degrees)
1826   //  nphi      bins in phi
1827   //  phimin    minimum angle in phi (degrees)
1828   //  phimax    maximum angle in phi (degrees)
1829   //  rmin      minimum radius
1830   //  rmax      maximum radius
1831   //
1832   //
1833   //  The number of events generated = ntheta*nphi
1834   //  run input parameters in macro setup (default="Config.C")
1835   //
1836   //  Use macro "lego.C" to visualize the 3 lego plots in spherical coordinates
1837   //Begin_Html
1838   /*
1839     <img src="picts/AliRunLego1.gif">
1840   */
1841   //End_Html
1842   //Begin_Html
1843   /*
1844     <img src="picts/AliRunLego2.gif">
1845   */
1846   //End_Html
1847   //Begin_Html
1848   /*
1849     <img src="picts/AliRunLego3.gif">
1850   */
1851   //End_Html
1852   //
1853
1854   // check if initialisation has been done
1855   if (!fInitDone) InitMC(setup);
1856   //Save current generator
1857   AliGenerator *gen=Generator();
1858
1859   // Set new generator
1860   if (!gener) gener  = new AliLegoGenerator();
1861   ResetGenerator(gener);
1862   //
1863   // Configure Generator
1864   gener->SetRadiusRange(rmin, rmax);
1865   gener->SetZMax(zmax);
1866   gener->SetCoor1Range(nc1, c1min, c1max);
1867   gener->SetCoor2Range(nc2, c2min, c2max);
1868
1869
1870   //Create Lego object
1871   fLego = new AliLego("lego",gener);
1872
1873   //Prepare MC for Lego Run
1874   gMC->InitLego();
1875
1876   //Run Lego Object
1877
1878   gMC->ProcessRun(nc1*nc2+1);
1879
1880   // Create only the Root event Tree
1881   MakeTree("E");
1882
1883   // End of this run, close files
1884   FinishRun();
1885   // Restore current generator
1886   ResetGenerator(gen);
1887   // Delete Lego Object
1888   delete fLego; fLego=0;
1889 }
1890
1891 //_____________________________________________________________________________
1892 void AliRun::SetConfigFunction(const char * config)
1893 {
1894   //
1895   // Set the signature of the function contained in Config.C to configure
1896   // the run
1897   //
1898   fConfigFunction=config;
1899 }
1900
1901 //_____________________________________________________________________________
1902 void AliRun::SetCurrentTrack(Int_t track)
1903 {
1904   //
1905   // Set current track number
1906   //
1907   fCurrent = track;
1908 }
1909
1910 //_____________________________________________________________________________
1911 void AliRun::SetTrack(Int_t done, Int_t parent, Int_t pdg, Float_t *pmom,
1912                       Float_t *vpos, Float_t *polar, Float_t tof,
1913                       AliMCProcess mech, Int_t &ntr, Float_t weight)
1914 {
1915   //
1916   // Load a track on the stack
1917   //
1918   // done     0 if the track has to be transported
1919   //          1 if not
1920   // parent   identifier of the parent track. -1 for a primary
1921   // pdg    particle code
1922   // pmom     momentum GeV/c
1923   // vpos     position
1924   // polar    polarisation
1925   // tof      time of flight in seconds
1926   // mecha    production mechanism
1927   // ntr      on output the number of the track stored
1928   //
1929   TClonesArray &particles = *fParticles;
1930   TParticle *particle;
1931   Float_t mass;
1932   const Int_t kfirstdaughter=-1;
1933   const Int_t klastdaughter=-1;
1934   const Int_t kS=0;
1935   //  const Float_t tlife=0;
1936
1937   //
1938   // Here we get the static mass
1939   // For MC is ok, but a more sophisticated method could be necessary
1940   // if the calculated mass is required
1941   // also, this method is potentially dangerous if the mass
1942   // used in the MC is not the same of the PDG database
1943   //
1944   mass = TDatabasePDG::Instance()->GetParticle(pdg)->Mass();
1945   Float_t e=TMath::Sqrt(mass*mass+pmom[0]*pmom[0]+
1946                         pmom[1]*pmom[1]+pmom[2]*pmom[2]);
1947
1948   //printf("Loading particle %s mass %f ene %f No %d ip %d pos %f %f %f mom %f %f %f kS %d m %s\n",
1949   //pname,mass,e,fNtrack,pdg,vpos[0],vpos[1],vpos[2],pmom[0],pmom[1],pmom[2],kS,mecha);
1950
1951   particle=new(particles[fLoadPoint++]) TParticle(pdg,kS,parent,-1,kfirstdaughter,
1952                                              klastdaughter,pmom[0],pmom[1],pmom[2],
1953                                              e,vpos[0],vpos[1],vpos[2],tof);
1954   particle->SetPolarisation(TVector3(polar[0],polar[1],polar[2]));
1955   particle->SetWeight(weight);
1956   particle->SetUniqueID(mech);
1957   if(!done) particle->SetBit(kDoneBit);
1958   //  Declare that the daughter information is valid
1959   particle->SetBit(kDaughtersBit);
1960   //  Add the particle to the stack
1961   fParticleMap->AddAtAndExpand(particle,fNtrack);
1962
1963   if(parent>=0) {
1964     particle=(TParticle*) fParticleMap->At(parent);
1965     particle->SetLastDaughter(fNtrack);
1966     if(particle->GetFirstDaughter()<0) particle->SetFirstDaughter(fNtrack);
1967   } else {
1968     //
1969     // This is a primary track. Set high water mark for this event
1970     fHgwmk=fNtrack;
1971     //
1972     // Set also number if primary tracks
1973     fHeader.SetNprimary(fHgwmk+1);
1974     fHeader.SetNtrack(fHgwmk+1);
1975   }
1976   ntr = fNtrack++;
1977
1978 /*
1979   //
1980   // Here we get the static mass
1981   // For MC is ok, but a more sophisticated method could be necessary
1982   // if the calculated mass is required
1983   // also, this method is potentially dangerous if the mass
1984   // used in the MC is not the same of the PDG database
1985   //
1986   Float_t mass = TDatabasePDG::Instance()->GetParticle(pdg)->Mass();
1987   Float_t e=TMath::Sqrt(mass*mass+pmom[0]*pmom[0]+
1988                         pmom[1]*pmom[1]+pmom[2]*pmom[2]);
1989
1990   SetTrack(done, parent, pdg, pmom[0], pmom[1], pmom[2], e,
1991            vpos[0], vpos[1], vpos[2], tof, polar[0],polar[1],polar[2],
1992            mech, ntr, weight);
1993 */
1994 }
1995
1996 //_____________________________________________________________________________
1997 void AliRun::SetTrack(Int_t done, Int_t parent, Int_t pdg,
1998                       Double_t px, Double_t py, Double_t pz, Double_t e,
1999                       Double_t vx, Double_t vy, Double_t vz, Double_t tof,
2000                       Double_t polx, Double_t poly, Double_t polz,
2001                       AliMCProcess mech, Int_t &ntr, Float_t weight)
2002 {
2003   //
2004   // Load a track on the stack
2005   //
2006   // done        0 if the track has to be transported
2007   //             1 if not
2008   // parent      identifier of the parent track. -1 for a primary
2009   // pdg         particle code
2010   // kS          generation status code
2011   // px, py, pz  momentum GeV/c
2012   // vx, vy, vz  position
2013   // polar       polarisation
2014   // tof         time of flight in seconds
2015   // mech        production mechanism
2016   // ntr         on output the number of the track stored
2017   //
2018   // New method interface:
2019   // arguments were changed to be in correspondence with TParticle
2020   // constructor.
2021   // Note: the energy is not calculated from the static mass but
2022   // it is passed by argument e.
2023
2024   TClonesArray &particles = *fParticles;
2025
2026   const Int_t kS=0;
2027   const Int_t kFirstDaughter=-1;
2028   const Int_t kLastDaughter=-1;
2029
2030   TParticle* particle
2031     = new(particles[fLoadPoint++]) TParticle(pdg, kS, parent, -1,
2032                                         kFirstDaughter, kLastDaughter,
2033                                         px, py, pz, e, vx, vy, vz, tof);
2034
2035   particle->SetPolarisation(polx, poly, polz);
2036   particle->SetWeight(weight);
2037   particle->SetUniqueID(mech);
2038
2039   if(!done) particle->SetBit(kDoneBit);
2040
2041   //  Declare that the daughter information is valid
2042   particle->SetBit(kDaughtersBit);
2043   //  Add the particle to the stack
2044   fParticleMap->AddAtAndExpand(particle,fNtrack);
2045
2046   if(parent>=0) {
2047     particle=(TParticle*) fParticleMap->At(parent);
2048     particle->SetLastDaughter(fNtrack);
2049     if(particle->GetFirstDaughter()<0) particle->SetFirstDaughter(fNtrack);
2050   } else {
2051     //
2052     // This is a primary track. Set high water mark for this event
2053     fHgwmk=fNtrack;
2054     //
2055     // Set also number if primary tracks
2056     fHeader.SetNprimary(fHgwmk+1);
2057     fHeader.SetNtrack(fHgwmk+1);
2058   }
2059   ntr = fNtrack++;
2060 }
2061
2062 //_____________________________________________________________________________
2063 void AliRun::SetHighWaterMark(const Int_t nt)
2064 {
2065     //
2066     // Set high water mark for last track in event
2067     fHgwmk=fNtrack-1;
2068     //
2069     // Set also number if primary tracks
2070     fHeader.SetNprimary(fHgwmk+1);
2071     fHeader.SetNtrack(fHgwmk+1);
2072 }
2073
2074 //_____________________________________________________________________________
2075 void AliRun::KeepTrack(const Int_t track)
2076 {
2077   //
2078   // flags a track to be kept
2079   //
2080   fParticleMap->At(track)->SetBit(kKeepBit);
2081 }
2082
2083 //_____________________________________________________________________________
2084 void AliRun::StepManager(Int_t id)
2085 {
2086   //
2087   // Called at every step during transport
2088   //
2089
2090   //
2091   // --- If lego option, do it and leave
2092   if (fLego)
2093     fLego->StepManager();
2094   else {
2095     Int_t copy;
2096     //Update energy deposition tables
2097     AddEnergyDeposit(gMC->CurrentVolID(copy),gMC->Edep());
2098
2099     //Call the appropriate stepping routine;
2100     AliModule *det = (AliModule*)fModules->At(id);
2101     if(det) {
2102       fMCQA->StepManager(id);
2103       det->StepManager();
2104     }
2105   }
2106 }
2107
2108 //_____________________________________________________________________________
2109 void AliRun::Streamer(TBuffer &R__b)
2110 {
2111    // Stream an object of class AliRun.
2112
2113    if (R__b.IsReading()) {
2114       if (!gAlice) gAlice = this;
2115
2116       AliRun::Class()->ReadBuffer(R__b, this);
2117       //
2118       gROOT->GetListOfBrowsables()->Add(this,"Run");
2119
2120       fTreeE = (TTree*)gDirectory->Get("TE");
2121       if (fTreeE) fTreeE->SetBranchAddress("Header", &gAliHeader);
2122       else    Error("Streamer","cannot find Header Tree\n");
2123       fTreeE->GetEntry(0);
2124
2125       gRandom = fRandom;
2126    } else {
2127       AliRun::Class()->WriteBuffer(R__b, this);
2128    }
2129 }
2130