STEER/AliRun.cxx

   1 /**************************************************************************
   2  * Copyright(c) 1998-1999, ALICE Experiment at CERN, All rights reserved. *
   3  *                                                                        *
   4  * Author: The ALICE Off-line Project.                                    *
   5  * Contributors are mentioned in the code where appropriate.              *
   6  *                                                                        *
   7  * Permission to use, copy, modify and distribute this software and its   *
   8  * documentation strictly for non-commercial purposes is hereby granted   *
   9  * without fee, provided that the above copyright notice appears in all   *
  10  * copies and that both the copyright notice and this permission notice   *
  11  * appear in the supporting documentation. The authors make no claims     *
  12  * about the suitability of this software for any purpose. It is          *
  13  * provided "as is" without express or implied warranty.                  *
  14  **************************************************************************/
  15
  16 /*
  17 $Log$
  18 Revision 1.23  1999/12/03 11:14:31  fca
  19 Fixing previous wrong checking
  20
  21 Revision 1.21  1999/11/25 10:40:08  fca
  22 Fixing daughters information also in primary tracks
  23
  24 Revision 1.20  1999/10/04 18:08:49  fca
  25 Adding protection against inconsistent Euclid files
  26
  27 Revision 1.19  1999/09/29 07:50:40  fca
  28 Introduction of the Copyright and cvs Log
  29
  30 */
  31
  32 ///////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
  33 //                                                                           //
  34 //  Control class for Alice C++                                              //
  35 //  Only one single instance of this class exists.                           //
  36 //  The object is created in main program aliroot                            //
  37 //  and is pointed by the global gAlice.                                     //
  38 //                                                                           //
  39 //   -Supports the list of all Alice Detectors (fModules).                 //
  40 //   -Supports the list of particles (fParticles).                           //
  41 //   -Supports the Trees.                                                    //
  42 //   -Supports the geometry.                                                 //
  43 //   -Supports the event display.                                            //
  44 //Begin_Html
  45 /*
  46 <img src="picts/AliRunClass.gif">
  47 */
  48 //End_Html
  49 //Begin_Html
  50 /*
  51 <img src="picts/alirun.gif">
  52 */
  53 //End_Html
  54 //                                                                           //
  55 ///////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
  56
  57 #include <TFile.h>
  58 #include <TRandom.h>
  59 #include <TBRIK.h>
  60 #include <TNode.h>
  61 #include <TCint.h>
  62 #include <TSystem.h>
  63 #include <TObjectTable.h>
  64
  65 #include "TParticle.h"
  66 #include "AliRun.h"
  67 #include "AliDisplay.h"
  68
  69 #include "AliCallf77.h"
  70
  71 #include <stdlib.h>
  72 #include <stdio.h>
  73 #include <string.h>
  74
  75 AliRun *gAlice;
  76
  77 static AliHeader *header;
  78
  79 #ifndef WIN32
  80
  81 # define rxgtrak rxgtrak_
  82 # define rxstrak rxstrak_
  83 # define rxkeep  rxkeep_
  84 # define rxouth  rxouth_
  85 #else
  86
  87 # define rxgtrak RXGTRAK
  88 # define rxstrak RXSTRAK
  89 # define rxkeep  RXKEEP
  90 # define rxouth  RXOUTH
  91 #endif
  92
  93 static TArrayF sEventEnergy;
  94 static TArrayF sSummEnergy;
  95 static TArrayF sSum2Energy;
  96
  97 ClassImp(AliRun)
  98
  99 //_____________________________________________________________________________
 100 AliRun::AliRun()
 101 {
 102   //
 103   // Default constructor for AliRun
 104   //
 105   header=&fHeader;
 106   fRun       = 0;
 107   fEvent     = 0;
 108   fCurrent   = -1;
 109   fModules = 0;
 110   fGenerator = 0;
 111   fTreeD     = 0;
 112   fTreeK     = 0;
 113   fTreeH     = 0;
 114   fTreeE     = 0;
 115   fTreeR     = 0;
 116   fParticles = 0;
 117   fGeometry  = 0;
 118   fDisplay   = 0;
 119   fField     = 0;
 120   fMC        = 0;
 121   fNdets     = 0;
 122   fImedia    = 0;
 123   fTrRmax    = 1.e10;
 124   fTrZmax    = 1.e10;
 125   fInitDone  = kFALSE;
 126   fLego      = 0;
 127   fPDGDB     = 0;        //Particle factory object!
 128   fHitLists  = 0;
 129 }
 130
 131 //_____________________________________________________________________________
 132 AliRun::AliRun(const char *name, const char *title)
 133   : TNamed(name,title)
 134 {
 135   //
 136   //  Constructor for the main processor.
 137   //  Creates the geometry
 138   //  Creates the list of Detectors.
 139   //  Creates the list of particles.
 140   //
 141   Int_t i;
 142
 143   gAlice     = this;
 144   fTreeD     = 0;
 145   fTreeK     = 0;
 146   fTreeH     = 0;
 147   fTreeE     = 0;
 148   fTreeR     = 0;
 149   fTrRmax    = 1.e10;
 150   fTrZmax    = 1.e10;
 151   fGenerator = 0;
 152   fInitDone  = kFALSE;
 153   fLego      = 0;
 154   fField     = 0;
 155
 156   gROOT->GetListOfBrowsables()->Add(this,name);
 157   //
 158   // create the support list for the various Detectors
 159   fModules = new TObjArray(77);
 160   //
 161   // Create the TNode geometry for the event display
 162
 163   BuildSimpleGeometry();
 164
 165
 166   fNtrack=0;
 167   fHgwmk=0;
 168   fCurrent=-1;
 169   header=&fHeader;
 170   fRun       = 0;
 171   fEvent     = 0;
 172   //
 173   // Create the particle stack
 174   fParticles = new TClonesArray("TParticle",100);
 175
 176   fDisplay = 0;
 177   //
 178   // Create default mag field
 179   SetField();
 180   //
 181   fMC      = gMC;
 182   //
 183   // Prepare the tracking medium lists
 184   fImedia = new TArrayI(1000);
 185   for(i=0;i<1000;i++) (*fImedia)[i]=-99;
 186   //
 187   // Make particles
 188   fPDGDB     = TDatabasePDG::Instance();        //Particle factory object!
 189   //
 190   // Create HitLists list
 191   fHitLists  = new TList();
 192 }
 193
 194 //_____________________________________________________________________________
 195 AliRun::~AliRun()
 196 {
 197   //
 198   // Defaullt AliRun destructor
 199   //
 200   delete fImedia;
 201   delete fField;
 202   delete fMC;
 203   delete fGeometry;
 204   delete fDisplay;
 205   delete fGenerator;
 206   delete fLego;
 207   delete fTreeD;
 208   delete fTreeK;
 209   delete fTreeH;
 210   delete fTreeE;
 211   delete fTreeR;
 212   if (fModules) {
 213     fModules->Delete();
 214     delete fModules;
 215   }
 216   if (fParticles) {
 217     fParticles->Delete();
 218     delete fParticles;
 219   }
 220   delete fHitLists;
 221 }
 222
 223 //_____________________________________________________________________________
 224 void AliRun::AddHit(Int_t id, Int_t track, Int_t *vol, Float_t *hits) const
 225 {
 226   //
 227   //  Add a hit to detector id
 228   //
 229   TObjArray &dets = *fModules;
 230   if(dets[id]) ((AliModule*) dets[id])->AddHit(track,vol,hits);
 231 }
 232
 233 //_____________________________________________________________________________
 234 void AliRun::AddDigit(Int_t id, Int_t *tracks, Int_t *digits) const
 235 {
 236   //
 237   // Add digit to detector id
 238   //
 239   TObjArray &dets = *fModules;
 240   if(dets[id]) ((AliModule*) dets[id])->AddDigit(tracks,digits);
 241 }
 242
 243 //_____________________________________________________________________________
 244 void AliRun::Browse(TBrowser *b)
 245 {
 246   //
 247   // Called when the item "Run" is clicked on the left pane
 248   // of the Root browser.
 249   // It displays the Root Trees and all detectors.
 250   //
 251   if (fTreeK) b->Add(fTreeK,fTreeK->GetName());
 252   if (fTreeH) b->Add(fTreeH,fTreeH->GetName());
 253   if (fTreeD) b->Add(fTreeD,fTreeD->GetName());
 254   if (fTreeE) b->Add(fTreeE,fTreeE->GetName());
 255   if (fTreeR) b->Add(fTreeR,fTreeR->GetName());
 256
 257   TIter next(fModules);
 258   AliModule *detector;
 259   while((detector = (AliModule*)next())) {
 260     b->Add(detector,detector->GetName());
 261   }
 262 }
 263
 264 //_____________________________________________________________________________
 265 void AliRun::Build()
 266 {
 267   //
 268   // Initialize Alice geometry
 269   // Dummy routine
 270   //
 271 }
 272
 273 //_____________________________________________________________________________
 274 void AliRun::BuildSimpleGeometry()
 275 {
 276   //
 277   // Create a simple TNode geometry used by Root display engine
 278   //
 279   // Initialise geometry
 280   //
 281   fGeometry = new TGeometry("AliceGeom","Galice Geometry for Hits");
 282   new TMaterial("void","Vacuum",0,0,0);  //Everything is void
 283   TBRIK *brik = new TBRIK("S_alice","alice volume","void",2000,2000,3000);
 284   brik->SetVisibility(0);
 285   new TNode("alice","alice","S_alice");
 286 }
 287
 288 //_____________________________________________________________________________
 289 void AliRun::CleanDetectors()
 290 {
 291   //
 292   // Clean Detectors at the end of event
 293   //
 294   TIter next(fModules);
 295   AliModule *detector;
 296   while((detector = (AliModule*)next())) {
 297     detector->FinishEvent();
 298   }
 299 }
 300
 301 //_____________________________________________________________________________
 302 void AliRun::CleanParents()
 303 {
 304   //
 305   // Clean Particles stack.
 306   // Set parent/daughter relations
 307   //
 308   TClonesArray &particles = *(gAlice->Particles());
 309   TParticle *part;
 310   int i;
 311   for(i=0; i<fNtrack; i++) {
 312     part = (TParticle *)particles.UncheckedAt(i);
 313     if(!part->TestBit(Daughters_Bit)) {
 314       part->SetFirstDaughter(-1);
 315       part->SetLastDaughter(-1);
 316     }
 317   }
 318 }
 319
 320 //_____________________________________________________________________________
 321 Int_t AliRun::DistancetoPrimitive(Int_t, Int_t)
 322 {
 323   //
 324   // Return the distance from the mouse to the AliRun object
 325   // Dummy routine
 326   //
 327   return 9999;
 328 }
 329
 330 //_____________________________________________________________________________
 331 void AliRun::DumpPart (Int_t i)
 332 {
 333   //
 334   // Dumps particle i in the stack
 335   //
 336   TClonesArray &particles = *fParticles;
 337   ((TParticle*) particles[i])->Print();
 338 }
 339
 340 //_____________________________________________________________________________
 341 void AliRun::DumpPStack ()
 342 {
 343   //
 344   // Dumps the particle stack
 345   //
 346   TClonesArray &particles = *fParticles;
 347   printf(
 348          "\n\n=======================================================================\n");
 349   for (Int_t i=0;i<fNtrack;i++)
 350     {
 351       printf("-> %d ",i); ((TParticle*) particles[i])->Print();
 352       printf("--------------------------------------------------------------\n");
 353     }
 354   printf(
 355          "\n=======================================================================\n\n");
 356 }
 357
 358 //_____________________________________________________________________________
 359 void AliRun::SetField(Int_t type, Int_t version, Float_t scale,
 360                       Float_t maxField, char* filename)
 361 {
 362   //
 363   //  Set magnetic field parameters
 364   //  type      Magnetic field transport flag 0=no field, 2=helix, 3=Runge Kutta
 365   //  version   Magnetic field map version (only 1 active now)
 366   //  scale     Scale factor for the magnetic field
 367   //  maxField  Maximum value for the magnetic field
 368
 369   //
 370   // --- Sanity check on mag field flags
 371   if(type<0 || type > 2) {
 372     Warning("SetField",
 373             "Invalid magnetic field flag: %5d; Helix tracking chosen instead\n"
 374            ,type);
 375     type=2;
 376   }
 377   if(fField) delete fField;
 378   if(version==1) {
 379     fField = new AliMagFC("Map1"," ",type,version,scale,maxField);
 380   } else if(version<=3) {
 381     fField = new AliMagFCM("Map2-3",filename,type,version,scale,maxField);
 382     fField->ReadField();
 383   } else {
 384     Warning("SetField","Invalid map %d\n",version);
 385   }
 386 }
 387
 388 //_____________________________________________________________________________
 389 void AliRun::FillTree()
 390 {
 391   //
 392   // Fills all AliRun TTrees
 393   //
 394   if (fTreeK) fTreeK->Fill();
 395   if (fTreeH) fTreeH->Fill();
 396   if (fTreeD) fTreeD->Fill();
 397   if (fTreeR) fTreeR->Fill();
 398 }
 399
 400 //_____________________________________________________________________________
 401 void AliRun::FinishPrimary()
 402 {
 403   //
 404   // Called  at the end of each primary track
 405   //
 406
 407   //  static Int_t count=0;
 408   //  const Int_t times=10;
 409   // This primary is finished, purify stack
 410   gAlice->PurifyKine();
 411
 412   // Write out hits if any
 413   if (gAlice->TreeH()) {
 414     gAlice->TreeH()->Fill();
 415   }
 416
 417   // Reset Hits info
 418   gAlice->ResetHits();
 419
 420   //
 421   //  if(++count%times==1) gObjectTable->Print();
 422 }
 423
 424 //_____________________________________________________________________________
 425 void AliRun::FinishEvent()
 426 {
 427   //
 428   // Called at the end of the event.
 429   //
 430
 431   //Update the energy deposit tables
 432   Int_t i;
 433   for(i=0;i<sEventEnergy.GetSize();i++) {
 434     sSummEnergy[i]+=sEventEnergy[i];
 435     sSum2Energy[i]+=sEventEnergy[i]*sEventEnergy[i];
 436   }
 437   sEventEnergy.Reset();
 438
 439   // Clean detector information
 440   CleanDetectors();
 441
 442   // Write out the kinematics
 443   if (fTreeK) {
 444     CleanParents();
 445     fTreeK->Fill();
 446   }
 447
 448   // Write out the digits
 449   if (fTreeD) {
 450     fTreeD->Fill();
 451     ResetDigits();
 452   }
 453
 454   // Write out reconstructed clusters
 455   if (fTreeR) {
 456     fTreeR->Fill();
 457   }
 458
 459   // Write out the event Header information
 460   if (fTreeE) fTreeE->Fill();
 461
 462   // Reset stack info
 463   ResetStack();
 464
 465   // Write Tree headers
 466   //  Int_t ievent = fHeader.GetEvent();
 467   //  char hname[30];
 468   //  sprintf(hname,"TreeK%d",ievent);
 469   if (fTreeK) fTreeK->Write();
 470   //  sprintf(hname,"TreeH%d",ievent);
 471   if (fTreeH) fTreeH->Write();
 472   //  sprintf(hname,"TreeD%d",ievent);
 473   if (fTreeD) fTreeD->Write();
 474   //  sprintf(hname,"TreeR%d",ievent);
 475   if (fTreeR) fTreeR->Write();
 476 }
 477
 478 //_____________________________________________________________________________
 479 void AliRun::FinishRun()
 480 {
 481   //
 482   // Called at the end of the run.
 483   //
 484
 485   // Clean detector information
 486   TIter next(fModules);
 487   AliModule *detector;
 488   while((detector = (AliModule*)next())) {
 489     detector->FinishRun();
 490   }
 491
 492   //Output energy summary tables
 493   EnergySummary();
 494
 495   // file is retrieved from whatever tree
 496   TFile *File = 0;
 497   if (fTreeK) File = fTreeK->GetCurrentFile();
 498   if ((!File) && (fTreeH)) File = fTreeH->GetCurrentFile();
 499   if ((!File) && (fTreeD)) File = fTreeD->GetCurrentFile();
 500   if ((!File) && (fTreeE)) File = fTreeE->GetCurrentFile();
 501   if( NULL==File ) {
 502     Error("FinishRun","There isn't root file!");
 503     exit(1);
 504   }
 505   File->cd();
 506   fTreeE->Write();
 507
 508   // Clean tree information
 509   delete fTreeK; fTreeK = 0;
 510   delete fTreeH; fTreeH = 0;
 511   delete fTreeD; fTreeD = 0;
 512   delete fTreeR; fTreeR = 0;
 513   delete fTreeE; fTreeE = 0;
 514
 515   // Write AliRun info and all detectors parameters
 516   Write();
 517
 518   // Close output file
 519   File->Write();
 520   File->Close();
 521 }
 522
 523 //_____________________________________________________________________________
 524 void AliRun::FlagTrack(Int_t track)
 525 {
 526   //
 527   // Flags a track and all its family tree to be kept
 528   //
 529   int curr;
 530   TParticle *particle;
 531
 532   curr=track;
 533   while(1) {
 534     particle=(TParticle*)fParticles->UncheckedAt(curr);
 535
 536     // If the particle is flagged the three from here upward is saved already
 537     if(particle->TestBit(Keep_Bit)) return;
 538
 539     // Save this particle
 540     particle->SetBit(Keep_Bit);
 541
 542     // Move to father if any
 543     if((curr=particle->GetFirstMother())==-1) return;
 544   }
 545 }
 546
 547 //_____________________________________________________________________________
 548 void AliRun::EnergySummary()
 549 {
 550   //
 551   // Print summary of deposited energy
 552   //
 553
 554   Int_t ndep=0;
 555   Float_t edtot=0;
 556   Float_t ed, ed2;
 557   Int_t kn, i, left, j, id;
 558   const Float_t zero=0;
 559   Int_t ievent=fHeader.GetEvent()+1;
 560   //
 561   // Energy loss information
 562   if(ievent) {
 563     printf("***************** Energy Loss Information per event (GEV) *****************\n");
 564     for(kn=1;kn<sEventEnergy.GetSize();kn++) {
 565       ed=sSummEnergy[kn];
 566       if(ed>0) {
 567         sEventEnergy[ndep]=kn;
 568         if(ievent>1) {
 569           ed=ed/ievent;
 570           ed2=sSum2Energy[kn];
 571           ed2=ed2/ievent;
 572           ed2=100*TMath::Sqrt(TMath::Max(ed2-ed*ed,zero))/ed;
 573         } else
 574           ed2=99;
 575         sSummEnergy[ndep]=ed;
 576         sSum2Energy[ndep]=TMath::Min((Float_t) 99.,TMath::Max(ed2,zero));
 577         edtot+=ed;
 578         ndep++;
 579       }
 580     }
 581     for(kn=0;kn<(ndep-1)/3+1;kn++) {
 582       left=ndep-kn*3;
 583       for(i=0;i<(3<left?3:left);i++) {
 584         j=kn*3+i;
 585         id=Int_t (sEventEnergy[j]+0.1);
 586         printf(" %s %10.3f +- %10.3f%%;",gMC->VolName(id),sSummEnergy[j],sSum2Energy[j]);
 587       }
 588       printf("\n");
 589     }
 590     //
 591     // Relative energy loss in different detectors
 592     printf("******************** Relative Energy Loss per event ********************\n");
 593     printf("Total energy loss per event %10.3f GeV\n",edtot);
 594     for(kn=0;kn<(ndep-1)/5+1;kn++) {
 595       left=ndep-kn*5;
 596       for(i=0;i<(5<left?5:left);i++) {
 597         j=kn*5+i;
 598         id=Int_t (sEventEnergy[j]+0.1);
 599         printf(" %s %10.3f%%;",gMC->VolName(id),100*sSummEnergy[j]/edtot);
 600       }
 601       printf("\n");
 602     }
 603     for(kn=0;kn<75;kn++) printf("*");
 604     printf("\n");
 605   }
 606   //
 607   // Reset the TArray's
 608   sEventEnergy.Set(0);
 609   sSummEnergy.Set(0);
 610   sSum2Energy.Set(0);
 611 }
 612
 613 //_____________________________________________________________________________
 614 AliModule *AliRun::GetModule(const char *name)
 615 {
 616   //
 617   // Return pointer to detector from name
 618   //
 619   return (AliModule*)fModules->FindObject(name);
 620 }
 621
 622 //_____________________________________________________________________________
 623 AliDetector *AliRun::GetDetector(const char *name)
 624 {
 625   //
 626   // Return pointer to detector from name
 627   //
 628   return (AliDetector*)fModules->FindObject(name);
 629 }
 630
 631 //_____________________________________________________________________________
 632 Int_t AliRun::GetModuleID(const char *name)
 633 {
 634   //
 635   // Return galice internal detector identifier from name
 636   //
 637   Int_t i=-1;
 638   TObject *mod=fModules->FindObject(name);
 639   if(mod) i=fModules->IndexOf(mod);
 640   return i;
 641 }
 642
 643 //_____________________________________________________________________________
 644 Int_t AliRun::GetEvent(Int_t event)
 645 {
 646   //
 647   // Connect the Trees Kinematics and Hits for event # event
 648   // Set branch addresses
 649   //
 650
 651   // Reset existing structures
 652   ResetStack();
 653   ResetHits();
 654   ResetDigits();
 655
 656   // Delete Trees already connected
 657   if (fTreeK) delete fTreeK;
 658   if (fTreeH) delete fTreeH;
 659   if (fTreeD) delete fTreeD;
 660   if (fTreeR) delete fTreeR;
 661
 662   // Get header from file
 663   if(fTreeE) fTreeE->GetEntry(event);
 664   else Error("GetEvent","Cannot file Header Tree\n");
 665
 666   // Get Kine Tree from file
 667   char treeName[20];
 668   sprintf(treeName,"TreeK%d",event);
 669   fTreeK = (TTree*)gDirectory->Get(treeName);
 670   if (fTreeK) fTreeK->SetBranchAddress("Particles", &fParticles);
 671   else    Error("GetEvent","cannot find Kine Tree for event:%d\n",event);
 672
 673   // Get Hits Tree header from file
 674   sprintf(treeName,"TreeH%d",event);
 675   fTreeH = (TTree*)gDirectory->Get(treeName);
 676   if (!fTreeH) {
 677     Error("GetEvent","cannot find Hits Tree for event:%d\n",event);
 678   }
 679
 680   // Get Digits Tree header from file
 681   sprintf(treeName,"TreeD%d",event);
 682   fTreeD = (TTree*)gDirectory->Get(treeName);
 683   if (!fTreeD) {
 684     Warning("GetEvent","cannot find Digits Tree for event:%d\n",event);
 685   }
 686
 687
 688   // Get Reconstruct Tree header from file
 689   sprintf(treeName,"TreeR%d",event);
 690   fTreeR = (TTree*)gDirectory->Get(treeName);
 691   if (!fTreeR) {
 692     //    printf("WARNING: cannot find Reconstructed Tree for event:%d\n",event);
 693   }
 694
 695   // Set Trees branch addresses
 696   TIter next(fModules);
 697   AliModule *detector;
 698   while((detector = (AliModule*)next())) {
 699     detector->SetTreeAddress();
 700   }
 701
 702   if (fTreeK) fTreeK->GetEvent(0);
 703   fNtrack = Int_t (fParticles->GetEntries());
 704   return fNtrack;
 705 }
 706
 707 //_____________________________________________________________________________
 708 TGeometry *AliRun::GetGeometry()
 709 {
 710   //
 711   // Import Alice geometry from current file
 712   // Return pointer to geometry object
 713   //
 714   if (!fGeometry) fGeometry = (TGeometry*)gDirectory->Get("AliceGeom");
 715   //
 716   // Unlink and relink nodes in detectors
 717   // This is bad and there must be a better way...
 718   //
 719
 720   TIter next(fModules);
 721   AliModule *detector;
 722   while((detector = (AliModule*)next())) {
 723     detector->SetTreeAddress();
 724     TList *dnodes=detector->Nodes();
 725     Int_t j;
 726     TNode *node, *node1;
 727     for ( j=0; j<dnodes->GetSize(); j++) {
 728       node = (TNode*) dnodes->At(j);
 729       node1 = fGeometry->GetNode(node->GetName());
 730       dnodes->Remove(node);
 731       dnodes->AddAt(node1,j);
 732     }
 733   }
 734   return fGeometry;
 735 }
 736
 737 //_____________________________________________________________________________
 738 void AliRun::GetNextTrack(Int_t &mtrack, Int_t &ipart, Float_t *pmom,
 739                           Float_t &e, Float_t *vpos, Float_t *polar,
 740                           Float_t &tof)
 741 {
 742   //
 743   // Return next track from stack of particles
 744   //
 745   TVector3 pol;
 746   fCurrent=-1;
 747   TParticle *track;
 748   for(Int_t i=fNtrack-1; i>=0; i--) {
 749     track=(TParticle*) fParticles->UncheckedAt(i);
 750     if(!track->TestBit(Done_Bit)) {
 751       //
 752       // The track has not yet been processed
 753       fCurrent=i;
 754       ipart=track->GetPdgCode();
 755       pmom[0]=track->Px();
 756       pmom[1]=track->Py();
 757       pmom[2]=track->Pz();
 758       e     =track->Energy();
 759       vpos[0]=track->Vx();
 760       vpos[1]=track->Vy();
 761       vpos[2]=track->Vz();
 762       track->GetPolarisation(pol);
 763       polar[0]=pol.X();
 764       polar[1]=pol.Y();
 765       polar[2]=pol.Z();
 766       tof=track->T();
 767       track->SetBit(Done_Bit);
 768       break;
 769     }
 770   }
 771   mtrack=fCurrent;
 772   //
 773   // stop and start timer when we start a primary track
 774   Int_t nprimaries = fHeader.GetNprimary();
 775   if (fCurrent >= nprimaries) return;
 776   if (fCurrent < nprimaries-1) {
 777     fTimer.Stop();
 778     track=(TParticle*) fParticles->UncheckedAt(fCurrent+1);
 779     //    track->SetProcessTime(fTimer.CpuTime());
 780   }
 781   fTimer.Start();
 782 }
 783
 784 //_____________________________________________________________________________
 785 Int_t AliRun::GetPrimary(Int_t track)
 786 {
 787   //
 788   // return number of primary that has generated track
 789   //
 790   int current, parent;
 791   TParticle *part;
 792   //
 793   parent=track;
 794   while (1) {
 795     current=parent;
 796     part = (TParticle *)fParticles->UncheckedAt(current);
 797     parent=part->GetFirstMother();
 798     if(parent<0) return current;
 799   }
 800 }
 801
 802 //_____________________________________________________________________________
 803 void AliRun::Init(const char *setup)
 804 {
 805   //
 806   // Initialize the Alice setup
 807   //
 808
 809   gROOT->LoadMacro(setup);
 810   gInterpreter->ProcessLine("Config();");
 811
 812   gMC->DefineParticles();  //Create standard MC particles
 813
 814   TObject *objfirst, *objlast;
 815
 816   fNdets = fModules->GetLast()+1;
 817
 818   //
 819   //=================Create Materials, geometry, histograms, etc
 820    TIter next(fModules);
 821    AliModule *detector;
 822    while((detector = (AliModule*)next())) {
 823       detector->SetTreeAddress();
 824       objlast = gDirectory->GetList()->Last();
 825
 826       // Initialise detector materials, geometry, histograms,etc
 827       detector->CreateMaterials();
 828       detector->CreateGeometry();
 829       detector->BuildGeometry();
 830       detector->Init();
 831
 832       // Add Detector histograms in Detector list of histograms
 833       if (objlast) objfirst = gDirectory->GetList()->After(objlast);
 834       else         objfirst = gDirectory->GetList()->First();
 835       while (objfirst) {
 836         detector->Histograms()->Add(objfirst);
 837         objfirst = gDirectory->GetList()->After(objfirst);
 838       }
 839    }
 840    SetTransPar(); //Read the cuts for all materials
 841
 842    MediaTable(); //Build the special IMEDIA table
 843
 844    //Close the geometry structure
 845    gMC->Ggclos();
 846
 847    //Initialise geometry deposition table
 848    sEventEnergy.Set(gMC->NofVolumes()+1);
 849    sSummEnergy.Set(gMC->NofVolumes()+1);
 850    sSum2Energy.Set(gMC->NofVolumes()+1);
 851
 852    //Create the color table
 853    gMC->SetColors();
 854
 855    //Compute cross-sections
 856    gMC->Gphysi();
 857
 858    //Write Geometry object to current file.
 859    fGeometry->Write();
 860
 861    fInitDone = kTRUE;
 862 }
 863
 864 //_____________________________________________________________________________
 865 void AliRun::MediaTable()
 866 {
 867   //
 868   // Built media table to get from the media number to
 869   // the detector id
 870   //
 871   Int_t kz, nz, idt, lz, i, k, ind;
 872   //  Int_t ibeg;
 873   TObjArray &dets = *gAlice->Detectors();
 874   AliModule *det;
 875   //
 876   // For all detectors
 877   for (kz=0;kz<fNdets;kz++) {
 878     // If detector is defined
 879     if((det=(AliModule*) dets[kz])) {
 880         TArrayI &idtmed = *(det->GetIdtmed());
 881         for(nz=0;nz<100;nz++) {
 882         // Find max and min material number
 883         if((idt=idtmed[nz])) {
 884           det->LoMedium() = det->LoMedium() < idt ? det->LoMedium() : idt;
 885           det->HiMedium() = det->HiMedium() > idt ? det->HiMedium() : idt;
 886         }
 887       }
 888       if(det->LoMedium() > det->HiMedium()) {
 889         det->LoMedium() = 0;
 890         det->HiMedium() = 0;
 891       } else {
 892         if(det->HiMedium() > fImedia->GetSize()) {
 893           Error("MediaTable","Increase fImedia from %d to %d",
 894                 fImedia->GetSize(),det->HiMedium());
 895           return;
 896         }
 897         // Tag all materials in rage as belonging to detector kz
 898         for(lz=det->LoMedium(); lz<= det->HiMedium(); lz++) {
 899           (*fImedia)[lz]=kz;
 900         }
 901       }
 902     }
 903   }
 904   //
 905   // Print summary table
 906   printf(" Traking media ranges:\n");
 907   for(i=0;i<(fNdets-1)/6+1;i++) {
 908     for(k=0;k< (6<fNdets-i*6?6:fNdets-i*6);k++) {
 909       ind=i*6+k;
 910       det=(AliModule*)dets[ind];
 911       if(det)
 912         printf(" %6s: %3d -> %3d;",det->GetName(),det->LoMedium(),
 913                det->HiMedium());
 914       else
 915         printf(" %6s: %3d -> %3d;","NULL",0,0);
 916     }
 917     printf("\n");
 918   }
 919 }
 920
 921 //____________________________________________________________________________
 922 void AliRun::SetGenerator(AliGenerator *generator)
 923 {
 924   //
 925   // Load the event generator
 926   //
 927   if(!fGenerator) fGenerator = generator;
 928 }
 929
 930 //____________________________________________________________________________
 931 void AliRun::SetTransPar(char* filename)
 932 {
 933   //
 934   // Read filename to set the transport parameters
 935   //
 936
 937
 938   const Int_t ncuts=10;
 939   const Int_t nflags=11;
 940   const Int_t npars=ncuts+nflags;
 941   const char pars[npars][7] = {"CUTGAM" ,"CUTELE","CUTNEU","CUTHAD","CUTMUO",
 942                                "BCUTE","BCUTM","DCUTE","DCUTM","PPCUTM","ANNI",
 943                                "BREM","COMP","DCAY","DRAY","HADR","LOSS",
 944                                "MULS","PAIR","PHOT","RAYL"};
 945   char line[256];
 946   char detName[7];
 947   char* filtmp;
 948   Float_t cut[ncuts];
 949   Int_t flag[nflags];
 950   Int_t i, itmed, iret, ktmed, kz;
 951   FILE *lun;
 952   //
 953   // See whether the file is there
 954   filtmp=gSystem->ExpandPathName(filename);
 955   lun=fopen(filtmp,"r");
 956   delete [] filtmp;
 957   if(!lun) {
 958     Warning("SetTransPar","File %s does not exist!\n",filename);
 959     return;
 960   }
 961   //
 962   printf(" "); for(i=0;i<60;i++) printf("*"); printf("\n");
 963   printf(" *%59s\n","*");
 964   printf(" *       Please check carefully what you are doing!%10s\n","*");
 965   printf(" *%59s\n","*");
 966   //
 967   while(1) {
 968     // Initialise cuts and flags
 969     for(i=0;i<ncuts;i++) cut[i]=-99;
 970     for(i=0;i<nflags;i++) flag[i]=-99;
 971     itmed=0;
 972     for(i=0;i<256;i++) line[i]='\0';
 973     // Read up to the end of line excluded
 974     iret=fscanf(lun,"%[^\n]",line);
 975     if(iret<0) {
 976       //End of file
 977       fclose(lun);
 978       printf(" *%59s\n","*");
 979       printf(" "); for(i=0;i<60;i++) printf("*"); printf("\n");
 980       return;
 981     }
 982     // Read the end of line
 983     fscanf(lun,"%*c");
 984     if(!iret) continue;
 985     if(line[0]=='*') continue;
 986     // Read the numbers
 987     iret=sscanf(line,"%s %d %f %f %f %f %f %f %f %f %f %f %d %d %d %d %d %d %d %d %d %d %d",
 988                 detName,&itmed,&cut[0],&cut[1],&cut[2],&cut[3],&cut[4],&cut[5],&cut[6],&cut[7],&cut[8],
 989                 &cut[9],&flag[0],&flag[1],&flag[2],&flag[3],&flag[4],&flag[5],&flag[6],&flag[7],
 990                 &flag[8],&flag[9],&flag[10]);
 991     if(!iret) continue;
 992     if(iret<0) {
 993       //reading error
 994       Warning("SetTransPar","Error reading file %s\n",filename);
 995       continue;
 996     }
 997     // Check that the module exist
 998     AliModule *mod = GetModule(detName);
 999     if(mod) {
1000       // Get the array of media numbers
1001       TArrayI &idtmed = *mod->GetIdtmed();
1002       // Check that the tracking medium code is valid
1003       if(0<=itmed && itmed < 100) {
1004         ktmed=idtmed[itmed];
1005         if(!ktmed) {
1006           Warning("SetTransPar","Invalid tracking medium code %d for %s\n",itmed,mod->GetName());
1007           continue;
1008         }
1009         // Set energy thresholds
1010         for(kz=0;kz<ncuts;kz++) {
1011           if(cut[kz]>=0) {
1012             printf(" *  %-6s set to %10.3E for tracking medium code %4d for %s\n",
1013                    pars[kz],cut[kz],itmed,mod->GetName());
1014             gMC->Gstpar(ktmed,pars[kz],cut[kz]);
1015           }
1016         }
1017         // Set transport mechanisms
1018         for(kz=0;kz<nflags;kz++) {
1019           if(flag[kz]>=0) {
1020             printf(" *  %-6s set to %10d for tracking medium code %4d for %s\n",
1021                    pars[ncuts+kz],flag[kz],itmed,mod->GetName());
1022             gMC->Gstpar(ktmed,pars[ncuts+kz],Float_t(flag[kz]));
1023           }
1024         }
1025       } else {
1026         Warning("SetTransPar","Invalid medium code %d *\n",itmed);
1027         continue;
1028       }
1029     } else {
1030       Warning("SetTransPar","Module %s not present\n",detName);
1031       continue;
1032     }
1033   }
1034 }
1035
1036 //_____________________________________________________________________________
1037 void AliRun::MakeTree(Option_t *option)
1038 {
1039   //
1040   //  Create the ROOT trees
1041   //  Loop on all detectors to create the Root branch (if any)
1042   //
1043
1044   //
1045   // Analyse options
1046   char *K = strstr(option,"K");
1047   char *H = strstr(option,"H");
1048   char *E = strstr(option,"E");
1049   char *D = strstr(option,"D");
1050   char *R = strstr(option,"R");
1051   //
1052   if (K && !fTreeK) fTreeK = new TTree("TreeK0","Kinematics");
1053   if (H && !fTreeH) fTreeH = new TTree("TreeH0","Hits");
1054   if (D && !fTreeD) fTreeD = new TTree("TreeD0","Digits");
1055   if (E && !fTreeE) fTreeE = new TTree("TE","Header");
1056   if (R && !fTreeR) fTreeR = new TTree("TreeR0","Reconstruction");
1057   if (fTreeH) fTreeH->SetAutoSave(1000000000); //no autosave
1058   //
1059   // Create a branch for hits/digits for each detector
1060   // Each branch is a TClonesArray. Each data member of the Hits classes
1061   // will be in turn a subbranch of the detector master branch
1062   TIter next(fModules);
1063   AliModule *detector;
1064   while((detector = (AliModule*)next())) {
1065      if (H || D || R) detector->MakeBranch(option);
1066   }
1067   //  Create a branch for particles
1068   if (fTreeK && K) fTreeK->Branch("Particles",&fParticles,4000);
1069
1070   //  Create a branch for Header
1071   if (fTreeE && E) fTreeE->Branch("Header","AliHeader",&header,4000);
1072 }
1073
1074 //_____________________________________________________________________________
1075 Int_t AliRun::PurifyKine(Int_t lastSavedTrack, Int_t nofTracks)
1076 {
1077   //
1078   // PurifyKine with external parameters
1079   //
1080   fHgwmk = lastSavedTrack;
1081   fNtrack = nofTracks;
1082   PurifyKine();
1083   return fHgwmk;
1084 }
1085
1086 //_____________________________________________________________________________
1087 void AliRun::PurifyKine()
1088 {
1089   //
1090   // Compress kinematic tree keeping only flagged particles
1091   // and renaming the particle id's in all the hits
1092   //
1093   TClonesArray &particles = *fParticles;
1094   int nkeep=fHgwmk+1, parent, i;
1095   TParticle *part, *partnew, *father;
1096   AliHit *OneHit;
1097   int *map = new int[particles.GetEntries()];
1098
1099   // Save in Header total number of tracks before compression
1100   fHeader.SetNtrack(fHeader.GetNtrack()+fNtrack-fHgwmk);
1101
1102   // Preset map, to be removed later
1103   for(i=0; i<fNtrack; i++) {
1104     if(i<=fHgwmk) map[i]=i ; else map[i] = -99 ;}
1105   // Second pass, build map between old and new numbering
1106   for(i=fHgwmk+1; i<fNtrack; i++) {
1107     part = (TParticle *)particles.UncheckedAt(i);
1108     if(part->TestBit(Keep_Bit)) {
1109
1110       // This particle has to be kept
1111       map[i]=nkeep;
1112       if(i!=nkeep) {
1113
1114         // Old and new are different, have to copy
1115         partnew = (TParticle *)particles.UncheckedAt(nkeep);
1116         *partnew = *part;
1117       } else partnew = part;
1118
1119       // as the parent is always *before*, it must be already
1120       // in place. This is what we are checking anyway!
1121       if((parent=partnew->GetFirstMother())>fHgwmk) {
1122         if(map[parent]==-99) printf("map[%d] = -99!\n",parent);
1123         partnew->SetFirstMother(map[parent]);
1124       }
1125       nkeep++;
1126     }
1127   }
1128   fNtrack=nkeep;
1129
1130   // Fix daughters information
1131   for (i=0; i<fNtrack; i++) {
1132     part = (TParticle *)particles.UncheckedAt(i);
1133     parent = part->GetFirstMother();
1134     if(parent>=0) {
1135       father = (TParticle *)particles.UncheckedAt(parent);
1136       if(father->TestBit(Daughters_Bit)) {
1137
1138         if(i<father->GetFirstDaughter()) father->SetFirstDaughter(i);
1139         if(i>father->GetLastDaughter())  father->SetLastDaughter(i);
1140       } else {
1141         // Iitialise daughters info for first pass
1142         father->SetFirstDaughter(i);
1143         father->SetLastDaughter(i);
1144         father->SetBit(Daughters_Bit);
1145       }
1146     }
1147   }
1148
1149 #ifdef old
1150   // Now loop on all detectors and reset the hits
1151   TIter next(fModules);
1152   AliModule *detector;
1153   while((detector = (AliModule*)next())) {
1154     if (!detector->Hits()) continue;
1155     TClonesArray &vHits=*(detector->Hits());
1156     if(vHits.GetEntries() != detector->GetNhits())
1157       printf("vHits.GetEntries()!=detector->GetNhits(): %d != %d\n",
1158              vHits.GetEntries(),detector->GetNhits());
1159     for (i=0; i<detector->GetNhits(); i++) {
1160       OneHit = (AliHit *)vHits.UncheckedAt(i);
1161       OneHit->SetTrack(map[OneHit->GetTrack()]);
1162     }
1163   }
1164 #else
1165
1166   // Now loop on all registered hit lists
1167   TIter next(fHitLists);
1168   TCollection *hitList;
1169   while((hitList = (TCollection*)next())) {
1170     TIter nexthit(hitList);
1171     AliHit *hit;
1172     while((hit = (AliHit*)nexthit())) {
1173       hit->SetTrack(map[hit->GetTrack()]);
1174     }
1175   }
1176 #endif
1177
1178   fHgwmk=nkeep-1;
1179   particles.SetLast(fHgwmk);
1180   delete [] map;
1181 }
1182
1183 //_____________________________________________________________________________
1184 void AliRun::Reset(Int_t run, Int_t idevent)
1185 {
1186   //
1187   //  Reset all Detectors & kinematics & trees
1188   //
1189   char hname[30];
1190   //
1191   ResetStack();
1192   ResetHits();
1193   ResetDigits();
1194
1195   // Initialise event header
1196   fHeader.Reset(run,idevent);
1197
1198   if(fTreeK) {
1199     fTreeK->Reset();
1200     sprintf(hname,"TreeK%d",idevent);
1201     fTreeK->SetName(hname);
1202   }
1203   if(fTreeH) {
1204     fTreeH->Reset();
1205     sprintf(hname,"TreeH%d",idevent);
1206     fTreeH->SetName(hname);
1207   }
1208   if(fTreeD) {
1209     fTreeD->Reset();
1210     sprintf(hname,"TreeD%d",idevent);
1211     fTreeD->SetName(hname);
1212   }
1213   if(fTreeR) {
1214     fTreeR->Reset();
1215     sprintf(hname,"TreeR%d",idevent);
1216     fTreeR->SetName(hname);
1217   }
1218 }
1219
1220 //_____________________________________________________________________________
1221 void AliRun::ResetDigits()
1222 {
1223   //
1224   //  Reset all Detectors digits
1225   //
1226   TIter next(fModules);
1227   AliModule *detector;
1228   while((detector = (AliModule*)next())) {
1229      detector->ResetDigits();
1230   }
1231 }
1232
1233 //_____________________________________________________________________________
1234 void AliRun::ResetHits()
1235 {
1236   //
1237   //  Reset all Detectors hits
1238   //
1239   TIter next(fModules);
1240   AliModule *detector;
1241   while((detector = (AliModule*)next())) {
1242      detector->ResetHits();
1243   }
1244 }
1245
1246 //_____________________________________________________________________________
1247 void AliRun::ResetPoints()
1248 {
1249   //
1250   // Reset all Detectors points
1251   //
1252   TIter next(fModules);
1253   AliModule *detector;
1254   while((detector = (AliModule*)next())) {
1255      detector->ResetPoints();
1256   }
1257 }
1258
1259 //_____________________________________________________________________________
1260 void AliRun::Run(Int_t nevent, const char *setup)
1261 {
1262   //
1263   // Main function to be called to process a galice run
1264   // example
1265   //    Root > gAlice.Run();
1266   // a positive number of events will cause the finish routine
1267   // to be called
1268   //
1269
1270   Int_t i, todo;
1271   // check if initialisation has been done
1272   if (!fInitDone) Init(setup);
1273
1274   // Create the Root Tree with one branch per detector
1275   if(!fEvent) {
1276     gAlice->MakeTree("KHDER");
1277   }
1278
1279   todo = TMath::Abs(nevent);
1280   for (i=0; i<todo; i++) {
1281   // Process one run (one run = one event)
1282      gAlice->Reset(fRun, fEvent);
1283      gMC->Gtrigi();
1284      gMC->Gtrigc();
1285      gMC->Gtrig();
1286      gAlice->FinishEvent();
1287      fEvent++;
1288   }
1289
1290   // End of this run, close files
1291   if(nevent>0) gAlice->FinishRun();
1292 }
1293
1294 //_____________________________________________________________________________
1295 void AliRun::RunLego(const char *setup,Int_t ntheta,Float_t themin,
1296                      Float_t themax,Int_t nphi,Float_t phimin,Float_t phimax,
1297                      Float_t rmin,Float_t rmax,Float_t zmax)
1298 {
1299   //
1300   // Generates lego plots of:
1301   //    - radiation length map phi vs theta
1302   //    - radiation length map phi vs eta
1303   //    - interaction length map
1304   //    - g/cm2 length map
1305   //
1306   //  ntheta    bins in theta, eta
1307   //  themin    minimum angle in theta (degrees)
1308   //  themax    maximum angle in theta (degrees)
1309   //  nphi      bins in phi
1310   //  phimin    minimum angle in phi (degrees)
1311   //  phimax    maximum angle in phi (degrees)
1312   //  rmin      minimum radius
1313   //  rmax      maximum radius
1314   //
1315   //
1316   //  The number of events generated = ntheta*nphi
1317   //  run input parameters in macro setup (default="Config.C")
1318   //
1319   //  Use macro "lego.C" to visualize the 3 lego plots in spherical coordinates
1320   //Begin_Html
1321   /*
1322     <img src="picts/AliRunLego1.gif">
1323   */
1324   //End_Html
1325   //Begin_Html
1326   /*
1327     <img src="picts/AliRunLego2.gif">
1328   */
1329   //End_Html
1330   //Begin_Html
1331   /*
1332     <img src="picts/AliRunLego3.gif">
1333   */
1334   //End_Html
1335   //
1336
1337   // check if initialisation has been done
1338   if (!fInitDone) Init(setup);
1339
1340   fLego = new AliLego("lego","lego");
1341   fLego->Init(ntheta,themin,themax,nphi,phimin,phimax,rmin,rmax,zmax);
1342   fLego->Run();
1343
1344   // Create only the Root event Tree
1345   gAlice->MakeTree("E");
1346
1347   // End of this run, close files
1348   gAlice->FinishRun();
1349 }
1350
1351 //_____________________________________________________________________________
1352 void AliRun::SetCurrentTrack(Int_t track)
1353 {
1354   //
1355   // Set current track number
1356   //
1357   fCurrent = track;
1358 }
1359
1360 //_____________________________________________________________________________
1361 void AliRun::SetTrack(Int_t done, Int_t parent, Int_t pdg, Float_t *pmom,
1362                       Float_t *vpos, Float_t *polar, Float_t tof,
1363                       const char *mecha, Int_t &ntr, Float_t weight)
1364 {
1365   //
1366   // Load a track on the stack
1367   //
1368   // done     0 if the track has to be transported
1369   //          1 if not
1370   // parent   identifier of the parent track. -1 for a primary
1371   // pdg    particle code
1372   // pmom     momentum GeV/c
1373   // vpos     position
1374   // polar    polarisation
1375   // tof      time of flight in seconds
1376   // mecha    production mechanism
1377   // ntr      on output the number of the track stored
1378   //
1379   TClonesArray &particles = *fParticles;
1380   TParticle *particle;
1381   Float_t mass;
1382   const Int_t firstdaughter=-1;
1383   const Int_t lastdaughter=-1;
1384   const Int_t KS=0;
1385   //  const Float_t tlife=0;
1386
1387   //
1388   // Here we get the static mass
1389   // For MC is ok, but a more sophisticated method could be necessary
1390   // if the calculated mass is required
1391   // also, this method is potentially dangerous if the mass
1392   // used in the MC is not the same of the PDG database
1393   //
1394   mass = TDatabasePDG::Instance()->GetParticle(pdg)->Mass();
1395   Float_t e=TMath::Sqrt(mass*mass+pmom[0]*pmom[0]+
1396                         pmom[1]*pmom[1]+pmom[2]*pmom[2]);
1397
1398   //printf("Loading particle %s mass %f ene %f No %d ip %d pos %f %f %f mom %f %f %f KS %d m %s\n",
1399   //pname,mass,e,fNtrack,pdg,vpos[0],vpos[1],vpos[2],pmom[0],pmom[1],pmom[2],KS,mecha);
1400
1401   particle=new(particles[fNtrack]) TParticle(pdg,KS,parent,-1,firstdaughter,
1402                                              lastdaughter,pmom[0],pmom[1],pmom[2],
1403                                              e,vpos[0],vpos[1],vpos[2],tof);
1404   //                                         polar[0],polar[1],polar[2],tof,
1405   //                                         mecha,weight);
1406   ((TParticle*)particles[fNtrack])->SetPolarisation(TVector3(polar[0],polar[1],polar[2]));
1407   ((TParticle*)particles[fNtrack])->SetWeight(weight);
1408   if(!done) particle->SetBit(Done_Bit);
1409
1410   if(parent>=0) {
1411     particle=(TParticle*) fParticles->UncheckedAt(parent);
1412     particle->SetLastDaughter(fNtrack);
1413     if(particle->GetFirstDaughter()<0) particle->SetFirstDaughter(fNtrack);
1414   } else {
1415     //
1416     // This is a primary track. Set high water mark for this event
1417     fHgwmk=fNtrack;
1418     //
1419     // Set also number if primary tracks
1420     fHeader.SetNprimary(fHgwmk+1);
1421     fHeader.SetNtrack(fHgwmk+1);
1422   }
1423   ntr = fNtrack++;
1424 }
1425
1426 //_____________________________________________________________________________
1427 void AliRun::KeepTrack(const Int_t track)
1428 {
1429   //
1430   // flags a track to be kept
1431   //
1432   TClonesArray &particles = *fParticles;
1433   ((TParticle*)particles[track])->SetBit(Keep_Bit);
1434 }
1435
1436 //_____________________________________________________________________________
1437 void AliRun::StepManager(Int_t id) const
1438 {
1439   //
1440   // Called at every step during transport
1441   //
1442
1443   Int_t copy;
1444   //
1445   // --- If lego option, do it and leave
1446   if (fLego) {
1447     fLego->StepManager();
1448     return;
1449   }
1450   //Update energy deposition tables
1451   sEventEnergy[gMC->CurrentVolID(copy)]+=gMC->Edep();
1452
1453   //Call the appropriate stepping routine;
1454   AliModule *det = (AliModule*)fModules->At(id);
1455   if(det) det->StepManager();
1456 }
1457
1458 //_____________________________________________________________________________
1459 void AliRun::ReadEuclid(const char* filnam, const AliModule *det, char* topvol)
1460 {
1461   //
1462   //       read in the geometry of the detector in euclid file format
1463   //
1464   //        id_det : the detector identification (2=its,...)
1465   //        topvol : return parameter describing the name of the top
1466   //        volume of geometry.
1467   //
1468   //            author : m. maire
1469   //
1470   //     28.07.98
1471   //     several changes have been made by miroslav helbich
1472   //     subroutine is rewrited to follow the new established way of memory
1473   //     booking for tracking medias and rotation matrices.
1474   //     all used tracking media have to be defined first, for this you can use
1475   //     subroutine  greutmed.
1476   //     top volume is searched as only volume not positioned into another
1477   //
1478
1479   Int_t i, nvol, iret, itmed, irot, numed, npar, ndiv, iaxe;
1480   Int_t ndvmx, nr, flag;
1481   char key[5], card[77], natmed[21];
1482   char name[5], mother[5], shape[5], konly[5], volst[7000][5];
1483   char *filtmp;
1484   Float_t par[50];
1485   Float_t teta1, phi1, teta2, phi2, teta3, phi3, orig, step;
1486   Float_t xo, yo, zo;
1487   const Int_t maxrot=5000;
1488   Int_t idrot[maxrot],istop[7000];
1489   FILE *lun;
1490   //
1491   // *** The input filnam name will be with extension '.euc'
1492   filtmp=gSystem->ExpandPathName(filnam);
1493   lun=fopen(filtmp,"r");
1494   delete [] filtmp;
1495   if(!lun) {
1496     Error("ReadEuclid","Could not open file %s\n",filnam);
1497     return;
1498   }
1499   //* --- definition of rotation matrix 0 ---
1500   TArrayI &idtmed = *(det->GetIdtmed());
1501   for(i=1; i<maxrot; ++i) idrot[i]=-99;
1502   idrot[0]=0;
1503   nvol=0;
1504  L10:
1505   for(i=0;i<77;i++) card[i]=0;
1506   iret=fscanf(lun,"%77[^\n]",card);
1507   if(iret<=0) goto L20;
1508   fscanf(lun,"%*c");
1509   //*
1510   strncpy(key,card,4);
1511   key[4]='\0';
1512   if (!strcmp(key,"TMED")) {
1513     sscanf(&card[5],"%d '%[^']'",&itmed,natmed);
1514     if( itmed<0 || itmed>=100 ) {
1515       Error("ReadEuclid","TMED illegal medium number %d for %s\n",itmed,natmed);
1516       exit(1);
1517     }
1518     //Pad the string with blanks
1519     i=-1;
1520     while(natmed[++i]);
1521     while(i<20) natmed[i++]=' ';
1522     natmed[i]='\0';
1523     //
1524     if( idtmed[itmed]<=0 ) {
1525       Error("ReadEuclid","TMED undefined medium number %d for %s\n",itmed,natmed);
1526       exit(1);
1527     }
1528     gMC->Gckmat(idtmed[itmed],natmed);
1529     //*
1530   } else if (!strcmp(key,"ROTM")) {
1531     sscanf(&card[4],"%d %f %f %f %f %f %f",&irot,&teta1,&phi1,&teta2,&phi2,&teta3,&phi3);
1532     if( irot<=0 || irot>=maxrot ) {
1533       Error("ReadEuclid","ROTM rotation matrix number %d illegal\n",irot);
1534       exit(1);
1535     }
1536     det->AliMatrix(idrot[irot],teta1,phi1,teta2,phi2,teta3,phi3);
1537     //*
1538   } else if (!strcmp(key,"VOLU")) {
1539     sscanf(&card[5],"'%[^']' '%[^']' %d %d", name, shape, &numed, &npar);
1540     if (npar>0) {
1541       for(i=0;i<npar;i++) fscanf(lun,"%f",&par[i]);
1542       fscanf(lun,"%*c");
1543     }
1544     gMC->Gsvolu( name, shape, idtmed[numed], par, npar);
1545     //*     save the defined volumes
1546     strcpy(volst[++nvol],name);
1547     istop[nvol]=1;
1548     //*
1549   } else if (!strcmp(key,"DIVN")) {
1550     sscanf(&card[5],"'%[^']' '%[^']' %d %d", name, mother, &ndiv, &iaxe);
1551     gMC->Gsdvn  ( name, mother, ndiv, iaxe );
1552     //*
1553   } else if (!strcmp(key,"DVN2")) {
1554     sscanf(&card[5],"'%[^']' '%[^']' %d %d %f %d",name, mother, &ndiv, &iaxe, &orig, &numed);
1555     gMC->Gsdvn2( name, mother, ndiv, iaxe, orig,idtmed[numed]);
1556     //*
1557   } else if (!strcmp(key,"DIVT")) {
1558     sscanf(&card[5],"'%[^']' '%[^']' %f %d %d %d", name, mother, &step, &iaxe, &numed, &ndvmx);
1559     gMC->Gsdvt ( name, mother, step, iaxe, idtmed[numed], ndvmx);
1560     //*
1561   } else if (!strcmp(key,"DVT2")) {
1562     sscanf(&card[5],"'%[^']' '%[^']' %f %d %f %d %d", name, mother, &step, &iaxe, &orig, &numed, &ndvmx);
1563     gMC->Gsdvt2 ( name, mother, step, iaxe, orig, idtmed[numed], ndvmx );
1564     //*
1565   } else if (!strcmp(key,"POSI")) {
1566     sscanf(&card[5],"'%[^']' %d '%[^']' %f %f %f %d '%[^']'", name, &nr, mother, &xo, &yo, &zo, &irot, konly);
1567     if( irot<0 || irot>=maxrot ) {
1568       Error("ReadEuclid","POSI %s#%d rotation matrix number %d illegal\n",name,nr,irot);
1569       exit(1);
1570     }
1571     if( idrot[irot] == -99) {
1572       Error("ReadEuclid","POSI %s#%d undefined matrix number %d\n",name,nr,irot);
1573       exit(1);
1574     }
1575     //*** volume name cannot be the top volume
1576     for(i=1;i<=nvol;i++) {
1577       if (!strcmp(volst[i],name)) istop[i]=0;
1578     }
1579     //*
1580     gMC->Gspos  ( name, nr, mother, xo, yo, zo, idrot[irot], konly );
1581     //*
1582   } else if (!strcmp(key,"POSP")) {
1583     sscanf(&card[5],"'%[^']' %d '%[^']' %f %f %f %d '%[^']' %d", name, &nr, mother, &xo, &yo, &zo, &irot, konly, &npar);
1584     if( irot<0 || irot>=maxrot ) {
1585       Error("ReadEuclid","POSP %s#%d rotation matrix number %d illegal\n",name,nr,irot);
1586       exit(1);
1587     }
1588     if( idrot[irot] == -99) {
1589       Error("ReadEuclid","POSP %s#%d undefined matrix number %d\n",name,nr,irot);
1590       exit(1);
1591     }
1592     if (npar > 0) {
1593       for(i=0;i<npar;i++) fscanf(lun,"%f",&par[i]);
1594       fscanf(lun,"%*c");
1595     }
1596     //*** volume name cannot be the top volume
1597     for(i=1;i<=nvol;i++) {
1598       if (!strcmp(volst[i],name)) istop[i]=0;
1599     }
1600     //*
1601     gMC->Gsposp ( name, nr, mother, xo,yo,zo, idrot[irot], konly, par, npar);
1602   }
1603   //*
1604   if (strcmp(key,"END")) goto L10;
1605   //* find top volume in the geometry
1606   flag=0;
1607   for(i=1;i<=nvol;i++) {
1608     if (istop[i] && flag) {
1609       Warning("ReadEuclid"," %s is another possible top volume\n",volst[i]);
1610     }
1611     if (istop[i] && !flag) {
1612       strcpy(topvol,volst[i]);
1613       printf(" *** GREUCL *** volume %s taken as a top volume\n",topvol);
1614       flag=1;
1615     }
1616   }
1617   if (!flag) {
1618     Warning("ReadEuclid","top volume not found\n");
1619   }
1620   fclose (lun);
1621   //*
1622   //*     commented out only for the not cernlib version
1623   printf(" *** GREUCL *** file: %s is now read in\n",filnam);
1624   //
1625   return;
1626   //*
1627   L20:
1628   Error("ReadEuclid","reading error or premature end of file\n");
1629 }
1630
1631 //_____________________________________________________________________________
1632 void AliRun::ReadEuclidMedia(const char* filnam, const AliModule *det)
1633 {
1634   //
1635   //       read in the materials and tracking media for the detector
1636   //                   in euclid file format
1637   //
1638   //       filnam: name of the input file
1639   //       id_det: id_det is the detector identification (2=its,...)
1640   //
1641   //            author : miroslav helbich
1642   //
1643   Float_t sxmgmx = gAlice->Field()->Max();
1644   Int_t   isxfld = gAlice->Field()->Integ();
1645   Int_t end, i, iret, itmed;
1646   char key[5], card[130], natmed[21], namate[21];
1647   Float_t ubuf[50];
1648   char* filtmp;
1649   FILE *lun;
1650   Int_t imate;
1651   Int_t nwbuf, isvol, ifield, nmat;
1652   Float_t a, z, dens, radl, absl, fieldm, tmaxfd, stemax, deemax, epsil, stmin;
1653   //
1654   end=strlen(filnam);
1655   for(i=0;i<end;i++) if(filnam[i]=='.') {
1656     end=i;
1657     break;
1658   }
1659   //
1660   // *** The input filnam name will be with extension '.euc'
1661   printf("The file name is %s\n",filnam); //Debug
1662   filtmp=gSystem->ExpandPathName(filnam);
1663   lun=fopen(filtmp,"r");
1664   delete [] filtmp;
1665   if(!lun) {
1666     Warning("ReadEuclidMedia","Could not open file %s\n",filnam);
1667     return;
1668   }
1669   //
1670   // Retrieve Mag Field parameters
1671   Int_t ISXFLD=gAlice->Field()->Integ();
1672   Float_t SXMGMX=gAlice->Field()->Max();
1673   //  TArrayI &idtmed = *(det->GetIdtmed());
1674   //
1675  L10:
1676   for(i=0;i<130;i++) card[i]=0;
1677   iret=fscanf(lun,"%4s %[^\n]",key,card);
1678   if(iret<=0) goto L20;
1679   fscanf(lun,"%*c");
1680   //*
1681   //* read material
1682   if (!strcmp(key,"MATE")) {
1683     sscanf(card,"%d '%[^']' %f %f %f %f %f %d",&imate,namate,&a,&z,&dens,&radl,&absl,&nwbuf);
1684     if (nwbuf>0) for(i=0;i<nwbuf;i++) fscanf(lun,"%f",&ubuf[i]);
1685     //Pad the string with blanks
1686     i=-1;
1687     while(namate[++i]);
1688     while(i<20) namate[i++]=' ';
1689     namate[i]='\0';
1690     //
1691     det->AliMaterial(imate,namate,a,z,dens,radl,absl,ubuf,nwbuf);
1692     //* read tracking medium
1693   } else if (!strcmp(key,"TMED")) {
1694     sscanf(card,"%d '%[^']' %d %d %d %f %f %f %f %f %f %d",
1695            &itmed,natmed,&nmat,&isvol,&ifield,&fieldm,&tmaxfd,
1696            &stemax,&deemax,&epsil,&stmin,&nwbuf);
1697     if (nwbuf>0) for(i=0;i<nwbuf;i++) fscanf(lun,"%f",&ubuf[i]);
1698     if (ifield<0) ifield=isxfld;
1699     if (fieldm<0) fieldm=sxmgmx;
1700     //Pad the string with blanks
1701     i=-1;
1702     while(natmed[++i]);
1703     while(i<20) natmed[i++]=' ';
1704     natmed[i]='\0';
1705     //
1706     det->AliMedium(itmed,natmed,nmat,isvol,ISXFLD,SXMGMX,tmaxfd,
1707                    stemax,deemax,epsil,stmin,ubuf,nwbuf);
1708     //    (*fImedia)[idtmed[itmed]-1]=id_det;
1709     //*
1710   }
1711   //*
1712   if (strcmp(key,"END")) goto L10;
1713   fclose (lun);
1714   //*
1715   //*     commented out only for the not cernlib version
1716   Warning("ReadEuclidMedia","file: %s is now read in\n",filnam);
1717   //*
1718   return;
1719   //*
1720  L20:
1721   Warning("ReadEuclidMedia","reading error or premature end of file\n");
1722 }
1723
1724 //_____________________________________________________________________________
1725 void AliRun::Streamer(TBuffer &R__b)
1726 {
1727   //
1728   // Stream an object of class AliRun.
1729   //
1730   if (R__b.IsReading()) {
1731     Version_t R__v = R__b.ReadVersion(); if (R__v) { }
1732     TNamed::Streamer(R__b);
1733     if (!gAlice) gAlice = this;
1734     gROOT->GetListOfBrowsables()->Add(this,"Run");
1735     fTreeE = (TTree*)gDirectory->Get("TE");
1736     if (fTreeE) fTreeE->SetBranchAddress("Header", &header);
1737     else    Error("Streamer","cannot find Header Tree\n");
1738     R__b >> fNtrack;
1739     R__b >> fHgwmk;
1740     R__b >> fDebug;
1741     fHeader.Streamer(R__b);
1742     R__b >> fModules;
1743     R__b >> fParticles;
1744     R__b >> fField;
1745     //    R__b >> fMC;
1746     R__b >> fNdets;
1747     R__b >> fTrRmax;
1748     R__b >> fTrZmax;
1749     R__b >> fGenerator;
1750     if(R__v>1) {
1751       R__b >> fPDGDB;        //Particle factory object!
1752       fTreeE->GetEntry(0);
1753     } else {
1754       fHeader.SetEvent(0);
1755       fPDGDB     = TDatabasePDG::Instance();        //Particle factory object!
1756     }
1757   } else {
1758     R__b.WriteVersion(AliRun::IsA());
1759     TNamed::Streamer(R__b);
1760     R__b << fNtrack;
1761     R__b << fHgwmk;
1762     R__b << fDebug;
1763     fHeader.Streamer(R__b);
1764     R__b << fModules;
1765     R__b << fParticles;
1766     R__b << fField;
1767     //    R__b << fMC;
1768     R__b << fNdets;
1769     R__b << fTrRmax;
1770     R__b << fTrZmax;
1771     R__b << fGenerator;
1772     R__b << fPDGDB;        //Particle factory object!
1773   }
1774 }
1775
1776
1777 //_____________________________________________________________________________
1778 //
1779 //                 Interfaces to Fortran
1780 //
1781 //_____________________________________________________________________________
1782
1783 extern "C" void type_of_call  rxgtrak (Int_t &mtrack, Int_t &ipart, Float_t *pmom,
1784                                        Float_t &e, Float_t *vpos, Float_t *polar,
1785                                        Float_t &tof)
1786 {
1787   //
1788   //     Fetches next track from the ROOT stack for transport. Called by the
1789   //     modified version of GTREVE.
1790   //
1791   //              Track number in the ROOT stack. If MTRACK=0 no
1792   //      mtrack  more tracks are left in the stack to be
1793   //              transported.
1794   //      ipart   Particle code in the GEANT conventions.
1795   //      pmom[3] Particle momentum in GeV/c
1796   //      e       Particle energy in GeV
1797   //      vpos[3] Particle position
1798   //      tof     Particle time of flight in seconds
1799   //
1800   Int_t pdg;
1801   gAlice->GetNextTrack(mtrack, pdg, pmom, e, vpos, polar, tof);
1802   ipart = gMC->IdFromPDG(pdg);
1803   mtrack++;
1804 }
1805
1806 //_____________________________________________________________________________
1807 extern "C" void type_of_call
1808 #ifndef WIN32
1809 rxstrak (Int_t &keep, Int_t &parent, Int_t &ipart, Float_t *pmom,
1810                Float_t *vpos, Float_t &tof, const char* cmech, Int_t &ntr, const int cmlen)
1811 #else
1812 rxstrak (Int_t &keep, Int_t &parent, Int_t &ipart, Float_t *pmom,
1813          Float_t *vpos, Float_t &tof, const char* cmech, const int cmlen,
1814          Int_t &ntr)
1815 #endif
1816 {
1817   //
1818   //     Fetches next track from the ROOT stack for transport. Called by GUKINE
1819   //     and GUSTEP.
1820   //
1821   //              Status of the track. If keep=0 the track is put
1822   //      keep    on the ROOT stack but it is not fetched for
1823   //              transport.
1824   //      parent  Parent track. If parent=0 the track is a primary.
1825   //              In GUSTEP the routine is normally called to store
1826   //              secondaries generated by the current track whose
1827   //              ROOT stack number is MTRACK (common SCKINE.
1828   //      ipart   Particle code in the GEANT conventions.
1829   //      pmom[3] Particle momentum in GeV/c
1830   //      vpos[3] Particle position
1831   //      tof     Particle time of flight in seconds
1832   //
1833   //      cmech   (CHARACTER*10) Particle origin. This field is user
1834   //              defined and it is not used inside the GALICE code.
1835   //      ntr     Number assigned to the particle in the ROOT stack.
1836   //
1837   char mecha[11];
1838   Float_t polar[3]={0.,0.,0.};
1839   for(int i=0; i<10 && i<cmlen; i++) mecha[i]=cmech[i];
1840   mecha[10]=0;
1841   Int_t pdg=gMC->PDGFromId(ipart);
1842   gAlice->SetTrack(keep, parent-1, pdg, pmom, vpos, polar, tof, mecha, ntr);
1843   ntr++;
1844 }
1845
1846 //_____________________________________________________________________________
1847 extern "C" void type_of_call  rxkeep(const Int_t &n)
1848 {
1849   if( NULL==gAlice ) exit(1);
1850
1851   if( n<=0 || n>gAlice->Particles()->GetEntries() )
1852     {
1853       printf("  Bad index n=%d must be 0<n<=%d\n",
1854              n,gAlice->Particles()->GetEntries());
1855       exit(1);
1856     }
1857
1858   ((TParticle*)(gAlice->Particles()->UncheckedAt(n-1)))->SetBit(Keep_Bit);
1859 }
1860
1861 //_____________________________________________________________________________
1862 extern "C" void type_of_call  rxouth ()
1863 {
1864   //
1865   // Called by Gtreve at the end of each primary track
1866   //
1867   gAlice->FinishPrimary();
1868 }
1869