0cb4e3806da0444262128df2c802f1bdeea49148
[u/mrichter/AliRoot.git] / STEER / AliSimulation.cxx
1 /**************************************************************************
2  * Copyright(c) 1998-1999, ALICE Experiment at CERN, All rights reserved. *
3  *                                                                        *
4  * Author: The ALICE Off-line Project.                                    *
5  * Contributors are mentioned in the code where appropriate.              *
6  *                                                                        *
7  * Permission to use, copy, modify and distribute this software and its   *
8  * documentation strictly for non-commercial purposes is hereby granted   *
9  * without fee, provided that the above copyright notice appears in all   *
10  * copies and that both the copyright notice and this permission notice   *
11  * appear in the supporting documentation. The authors make no claims     *
12  * about the suitability of this software for any purpose. It is          *
13  * provided "as is" without express or implied warranty.                  *
14  **************************************************************************/
15
16 /* $Id$ */
17
18 ///////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
19 //                                                                           //
20 // class for running generation, simulation and digitization                 //
21 //                                                                           //
22 // Hits, sdigits and digits are created for all detectors by typing:         //
23 //                                                                           //
24 //   AliSimulation sim;                                                      //
25 //   sim.Run();                                                              //
26 //                                                                           //
27 // The Run method returns kTRUE in case of successful execution.             //
28 // The number of events can be given as argument to the Run method or it     //
29 // can be set by                                                             //
30 //                                                                           //
31 //   sim.SetNumberOfEvents(n);                                               //
32 //                                                                           //
33 // The name of the configuration file can be passed as argument to the       //
34 // AliSimulation constructor or can be specified by                          //
35 //                                                                           //
36 //   sim.SetConfigFile("...");                                               //
37 //                                                                           //
38 // The generation of particles and the simulation of detector hits can be    //
39 // switched on or off by                                                     //
40 //                                                                           //
41 //   sim.SetRunGeneration(kTRUE);   // generation of primary particles       //
42 //   sim.SetRunSimulation(kFALSE);  // but no tracking                       //
43 //                                                                           //
44 // For which detectors sdigits and digits will be created, can be steered    //
45 // by                                                                        //
46 //                                                                           //
47 //   sim.SetMakeSDigits("ALL");     // make sdigits for all detectors        //
48 //   sim.SetMakeDigits("ITS TPC");  // make digits only for ITS and TPC      //
49 //                                                                           //
50 // The argument is a (case sensitive) string with the names of the           //
51 // detectors separated by a space. An empty string ("") can be used to       //
52 // disable the creation of sdigits or digits. The special string "ALL"       //
53 // selects all available detectors. This is the default.                     //
54 //                                                                           //
55 // The creation of digits from hits instead of from sdigits can be selected  //
56 // by                                                                        //
57 //                                                                           //
58 //   sim.SetMakeDigitsFromHits("TRD");                                       //
59 //                                                                           //
60 // The argument is again a string with the selected detectors. Be aware that //
61 // this feature is not available for all detectors and that merging is not   //
62 // possible, when digits are created directly from hits.                     //
63 //                                                                           //
64 // Background events can be merged by calling                                //
65 //                                                                           //
66 //   sim.MergeWith("background/galice.root", 2);                             //
67 //                                                                           //
68 // The first argument is the file name of the background galice file. The    //
69 // second argument is the number of signal events per background event.      //
70 // By default this number is calculated from the number of available         //
71 // background events. MergeWith can be called several times to merge more    //
72 // than two event streams. It is assumed that the sdigits were already       //
73 // produced for the background events.                                       //
74 //                                                                           //
75 // The output of raw data can be switched on by calling                      //
76 //                                                                           //
77 //   sim.SetWriteRawData("MUON");   // write raw data for MUON               //
78 //                                                                           //
79 // The default output format of the raw data are DDL files. They are         //
80 // converted to a DATE file, if a file name is given as second argument.     //
81 // For this conversion the program "dateStream" is required. If the file     //
82 // name has the extension ".root", the DATE file is converted to a root      //
83 // file. The program "alimdc" is used for this purpose. For the conversion   //
84 // to DATE and root format the two conversion programs have to be installed. //
85 // Only the raw data in the final format is kept if the third argument is    //
86 // kTRUE.                                                                    //
87 //                                                                           //
88 // The methods RunSimulation, RunSDigitization, RunDigitization,             //
89 // RunHitsDigitization and WriteRawData can be used to run only parts of     //
90 // the full simulation chain. The creation of raw data DDL files and their   //
91 // conversion to the DATE or root format can be run directly by calling      //
92 // the methods WriteRawFiles, ConvertRawFilesToDate and ConvertDateToRoot.   //
93 //                                                                           //
94 // The default number of events per file, which is usually set in the        //
95 // config file, can be changed for individual detectors and data types       //
96 // by calling                                                                //
97 //                                                                           //
98 //   sim.SetEventsPerFile("PHOS", "Reconstructed Points", 3);                //
99 //                                                                           //
100 // The first argument is the detector, the second one the data type and the  //
101 // last one the number of events per file. Valid data types are "Hits",      //
102 // "Summable Digits", "Digits", "Reconstructed Points" and "Tracks".         //
103 // The number of events per file has to be set before the simulation of      //
104 // hits. Otherwise it has no effect.                                         //
105 //                                                                           //
106 ///////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
107
108 #include <TCint.h>
109 #include <TFile.h>
110 #include <TGeoGlobalMagField.h>
111 #include <TGeoManager.h>
112 #include <TObjString.h>
113 #include <TROOT.h>
114 #include <TSystem.h>
115 #include <TVirtualMC.h>
116 #include <TVirtualMCApplication.h>
117 #include <TDatime.h>
118
119 #include "AliAlignObj.h"
120 #include "AliCDBEntry.h"
121 #include "AliCDBManager.h"
122 #include "AliCDBStorage.h"
123 #include "AliCTPRawData.h"
124 #include "AliCentralTrigger.h"
125 #include "AliCentralTrigger.h"
126 #include "AliCodeTimer.h"
127 #include "AliDAQ.h"
128 #include "AliDigitizer.h"
129 #include "AliESDEvent.h"
130 #include "AliGRPObject.h"
131 #include "AliGenEventHeader.h"
132 #include "AliGenerator.h"
133 #include "AliGeomManager.h"
134 #include "AliHLTSimulation.h"
135 #include "AliHeader.h"
136 #include "AliLego.h"
137 #include "AliLegoGenerator.h"
138 #include "AliLog.h"
139 #include "AliMC.h"
140 #include "AliMagF.h"
141 #include "AliModule.h"
142 #include "AliPDG.h"
143 #include "AliRawReaderDate.h"
144 #include "AliRawReaderFile.h"
145 #include "AliRawReaderRoot.h"
146 #include "AliRun.h"
147 #include "AliRunDigitizer.h"
148 #include "AliRunLoader.h"
149 #include "AliSimulation.h"
150 #include "AliSysInfo.h"
151 #include "AliVertexGenFile.h"
152
153 ClassImp(AliSimulation)
154
155 AliSimulation *AliSimulation::fgInstance = 0;
156 const char* AliSimulation::fgkDetectorName[AliSimulation::fgkNDetectors] = {"ITS", "TPC", "TRD", "TOF", "PHOS", "HMPID", "EMCAL", "MUON", "FMD", "ZDC", "PMD", "T0", "VZERO", "ACORDE", "HLT"};
157
158 //_____________________________________________________________________________
159 AliSimulation::AliSimulation(const char* configFileName,
160                              const char* name, const char* title) :
161   TNamed(name, title),
162
163   fRunGeneration(kTRUE),
164   fRunSimulation(kTRUE),
165   fLoadAlignFromCDB(kTRUE),
166   fLoadAlObjsListOfDets("ALL"),
167   fMakeSDigits("ALL"),
168   fMakeDigits("ALL"),
169   fMakeTrigger(""),
170   fMakeDigitsFromHits(""),
171   fWriteRawData(""),
172   fRawDataFileName(""),
173   fDeleteIntermediateFiles(kFALSE),
174   fWriteSelRawData(kFALSE),
175   fStopOnError(kFALSE),
176   fNEvents(1),
177   fConfigFileName(configFileName),
178   fGAliceFileName("galice.root"),
179   fEventsPerFile(),
180   fBkgrdFileNames(NULL),
181   fAlignObjArray(NULL),
182   fUseBkgrdVertex(kTRUE),
183   fRegionOfInterest(kFALSE),
184   fCDBUri(""),
185   fQARefUri(""), 
186   fSpecCDBUri(),
187   fRun(-1),
188   fSeed(0),
189   fInitCDBCalled(kFALSE),
190   fInitRunNumberCalled(kFALSE),
191   fSetRunNumberFromDataCalled(kFALSE),
192   fEmbeddingFlag(kFALSE),
193   fLego(NULL),
194   fQADetectors("ALL"),                  
195   fQATasks("ALL"),      
196   fRunQA(kTRUE), 
197   fEventSpecie(AliRecoParam::kDefault),
198   fWriteQAExpertData(kTRUE), 
199   fGeometryFile(),
200   fRunHLT("default"),
201   fpHLT(NULL),
202   fWriteGRPEntry(kTRUE)
203 {
204 // create simulation object with default parameters
205   fgInstance = this;
206   SetGAliceFile("galice.root");
207   
208 // for QA
209         AliQAManager * qam = AliQAManager::QAManager(AliQAv1::kSIMMODE) ; 
210         qam->SetActiveDetectors(fQADetectors) ; 
211         fQATasks = Form("%d %d %d", AliQAv1::kHITS, AliQAv1::kSDIGITS, AliQAv1::kDIGITS) ; 
212         qam->SetTasks(fQATasks) ;       
213 }
214
215 //_____________________________________________________________________________
216 AliSimulation::~AliSimulation()
217 {
218 // clean up
219
220   fEventsPerFile.Delete();
221 //  if(fAlignObjArray) fAlignObjArray->Delete(); // fAlignObjArray->RemoveAll() ???
222 //  delete fAlignObjArray; fAlignObjArray=0;
223
224   if (fBkgrdFileNames) {
225     fBkgrdFileNames->Delete();
226     delete fBkgrdFileNames;
227   }
228
229   fSpecCDBUri.Delete();
230   if (fgInstance==this) fgInstance = 0;
231
232   AliQAManager::QAManager()->ShowQA() ; 
233   AliQAManager::Destroy() ;     
234   AliCodeTimer::Instance()->Print();
235 }
236
237
238 //_____________________________________________________________________________
239 void AliSimulation::SetNumberOfEvents(Int_t nEvents)
240 {
241 // set the number of events for one run
242
243   fNEvents = nEvents;
244 }
245
246 //_____________________________________________________________________________
247 void AliSimulation::InitQA()
248 {
249   // activate a default CDB storage
250   // First check if we have any CDB storage set, because it is used 
251   // to retrieve the calibration and alignment constants
252   
253   if (fInitCDBCalled) return;
254   fInitCDBCalled = kTRUE;
255
256   AliQAManager * qam = AliQAManager::QAManager(AliQAv1::kSIMMODE) ; 
257   qam->SetActiveDetectors(fQADetectors) ; 
258   fQATasks = Form("%d %d %d", AliQAv1::kHITS, AliQAv1::kSDIGITS, AliQAv1::kDIGITS) ; 
259   qam->SetTasks(fQATasks) ;
260         if (fWriteQAExpertData)
261     qam->SetWriteExpert() ; 
262   
263   if (qam->IsDefaultStorageSet()) {
264     AliWarning("!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!");
265     AliWarning("Default QA reference storage has been already set !");
266     AliWarning(Form("Ignoring the default storage declared in AliSimulation: %s",fQARefUri.Data()));
267     AliWarning("!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!");
268     fQARefUri = qam->GetDefaultStorage()->GetURI();
269   } else {
270       if (fQARefUri.Length() > 0) {
271         AliDebug(2,"!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!");
272         AliDebug(2, Form("Default QA reference storage is set to: %s", fQARefUri.Data()));
273         AliDebug(2, "!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!");
274       } else {
275         fQARefUri="local://$ALICE_ROOT/QARef";
276         AliWarning("!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!");
277         AliWarning("Default QA reference storage not yet set !!!!");
278         AliWarning(Form("Setting it now to: %s", fQARefUri.Data()));
279         AliWarning("!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!");
280       }
281     qam->SetDefaultStorage(fQARefUri);
282   }
283 }
284
285 //_____________________________________________________________________________
286 void AliSimulation::InitCDB()
287 {
288 // activate a default CDB storage
289 // First check if we have any CDB storage set, because it is used 
290 // to retrieve the calibration and alignment constants
291
292   if (fInitCDBCalled) return;
293   fInitCDBCalled = kTRUE;
294
295   AliCDBManager* man = AliCDBManager::Instance();
296   if (man->IsDefaultStorageSet())
297   {
298     AliWarning("!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!");
299     AliWarning("Default CDB storage has been already set !");
300     AliWarning(Form("Ignoring the default storage declared in AliSimulation: %s",fCDBUri.Data()));
301     AliWarning("!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!");
302     fCDBUri = man->GetDefaultStorage()->GetURI();
303   }
304   else {
305     if (fCDBUri.Length() > 0) 
306     {
307         AliDebug(2,"!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!");
308         AliDebug(2, Form("Default CDB storage is set to: %s", fCDBUri.Data()));
309         AliDebug(2, "!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!");
310     } else {
311         fCDBUri="local://$ALICE_ROOT/OCDB";
312         AliWarning("!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!");
313         AliWarning("Default CDB storage not yet set !!!!");
314         AliWarning(Form("Setting it now to: %s", fCDBUri.Data()));
315         AliWarning("!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!");
316                 
317     }
318     man->SetDefaultStorage(fCDBUri);
319   }
320
321   // Now activate the detector specific CDB storage locations
322   for (Int_t i = 0; i < fSpecCDBUri.GetEntriesFast(); i++) {
323     TObject* obj = fSpecCDBUri[i];
324     if (!obj) continue;
325     AliDebug(2, "!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!");
326     AliDebug(2, Form("Specific CDB storage for %s is set to: %s",obj->GetName(),obj->GetTitle()));
327     AliDebug(2, "!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!");
328     man->SetSpecificStorage(obj->GetName(), obj->GetTitle());
329   }
330       
331 }
332
333 //_____________________________________________________________________________
334 void AliSimulation::InitRunNumber(){
335 // check run number. If not set, set it to 0 !!!!
336   
337   if (fInitRunNumberCalled) return;
338   fInitRunNumberCalled = kTRUE;
339   
340   AliCDBManager* man = AliCDBManager::Instance();
341   if (man->GetRun() >= 0)
342   {
343         AliFatal(Form("Run number cannot be set in AliCDBManager before start of simulation: "
344                         "Use external variable DC_RUN or AliSimulation::SetRun()!"));
345   }
346     
347   if(fRun >= 0) {
348         AliDebug(2, Form("Setting CDB run number to: %d",fRun));
349   } else {
350         fRun=0;
351         AliWarning(Form("Run number not yet set !!!! Setting it now to: %d",
352                         fRun));
353   }
354   man->SetRun(fRun);
355
356   man->Print();
357
358 }
359
360 //_____________________________________________________________________________
361 void AliSimulation::SetCDBLock() {
362   // Set CDB lock: from now on it is forbidden to reset the run number
363   // or the default storage or to activate any further storage!
364   
365   AliCDBManager::Instance()->SetLock(1);
366 }
367
368 //_____________________________________________________________________________
369 void AliSimulation::SetDefaultStorage(const char* uri) {
370   // Store the desired default CDB storage location
371   // Activate it later within the Run() method
372   
373   fCDBUri = uri;
374   
375 }
376
377 //_____________________________________________________________________________
378 void AliSimulation::SetQARefDefaultStorage(const char* uri) {
379   // Store the desired default CDB storage location
380   // Activate it later within the Run() method
381   
382   fQARefUri = uri;
383   AliQAv1::SetQARefStorage(fQARefUri.Data()) ;
384 }
385
386 //_____________________________________________________________________________
387 void AliSimulation::SetSpecificStorage(const char* calibType, const char* uri) {
388 // Store a detector-specific CDB storage location
389 // Activate it later within the Run() method
390
391   AliCDBPath aPath(calibType);
392   if(!aPath.IsValid()){
393         AliError(Form("Not a valid path: %s", calibType));
394         return;
395   }
396
397   TObject* obj = fSpecCDBUri.FindObject(calibType);
398   if (obj) fSpecCDBUri.Remove(obj);
399   fSpecCDBUri.Add(new TNamed(calibType, uri));
400
401 }
402
403 //_____________________________________________________________________________
404 void AliSimulation::SetRunNumber(Int_t run)
405 {
406 // sets run number
407 // Activate it later within the Run() method
408
409         fRun = run;
410 }
411
412 //_____________________________________________________________________________
413 void AliSimulation::SetSeed(Int_t seed)
414 {
415 // sets seed number
416 // Activate it later within the Run() method
417
418         fSeed = seed;
419 }
420
421 //_____________________________________________________________________________
422 Bool_t AliSimulation::SetRunNumberFromData()
423 {
424   // Set the CDB manager run number
425   // The run number is retrieved from gAlice
426
427     if (fSetRunNumberFromDataCalled) return kTRUE;
428     fSetRunNumberFromDataCalled = kTRUE;    
429   
430     AliCDBManager* man = AliCDBManager::Instance();
431     Int_t runData = -1, runCDB = -1;
432   
433     AliRunLoader* runLoader = LoadRun("READ");
434     if (!runLoader) return kFALSE;
435     else {
436         runData = runLoader->GetHeader()->GetRun();
437         delete runLoader;
438     }
439   
440     runCDB = man->GetRun();
441     if(runCDB >= 0) {
442         if (runCDB != runData) {
443                 AliWarning("!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!");
444                 AliWarning(Form("A run number was previously set in AliCDBManager: %d !", runCDB));
445                 AliWarning(Form("It will be replaced with the run number got from run header: %d !", runData));
446                 AliWarning("!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!");    
447         }
448         
449     }
450       
451     man->SetRun(runData);
452     fRun = runData;
453     
454     if(man->GetRun() < 0) {
455         AliError("Run number not properly initalized!");
456         return kFALSE;
457     }
458   
459     man->Print();
460     
461     return kTRUE;
462 }
463
464 //_____________________________________________________________________________
465 void AliSimulation::SetConfigFile(const char* fileName)
466 {
467 // set the name of the config file
468
469   fConfigFileName = fileName;
470 }
471
472 //_____________________________________________________________________________
473 void AliSimulation::SetGAliceFile(const char* fileName)
474 {
475 // set the name of the galice file
476 // the path is converted to an absolute one if it is relative
477
478   fGAliceFileName = fileName;
479   if (!gSystem->IsAbsoluteFileName(fGAliceFileName)) {
480     char* absFileName = gSystem->ConcatFileName(gSystem->WorkingDirectory(),
481                                                 fGAliceFileName);
482     fGAliceFileName = absFileName;
483     delete[] absFileName;
484   }
485
486   AliDebug(2, Form("galice file name set to %s", fileName));
487 }
488
489 //_____________________________________________________________________________
490 void AliSimulation::SetEventsPerFile(const char* detector, const char* type, 
491                                      Int_t nEvents)
492 {
493 // set the number of events per file for the given detector and data type
494 // ("Hits", "Summable Digits", "Digits", "Reconstructed Points" or "Tracks")
495
496   TNamed* obj = new TNamed(detector, type);
497   obj->SetUniqueID(nEvents);
498   fEventsPerFile.Add(obj);
499 }
500
501 //_____________________________________________________________________________
502 Bool_t AliSimulation::MisalignGeometry(AliRunLoader *runLoader)
503 {
504   // Read the alignment objects from CDB.
505   // Each detector is supposed to have the
506   // alignment objects in DET/Align/Data CDB path.
507   // All the detector objects are then collected,
508   // sorted by geometry level (starting from ALIC) and
509   // then applied to the TGeo geometry.
510   // Finally an overlaps check is performed.
511
512   if (!AliGeomManager::GetGeometry() || !AliGeomManager::GetGeometry()->IsClosed()) {
513     AliError("Can't apply the misalignment! Geometry is not loaded or it is still opened!");
514     return kFALSE;
515   }  
516   
517   // initialize CDB storage, run number, set CDB lock
518   InitCDB();
519 //  if (!SetRunNumberFromData()) if (fStopOnError) return kFALSE;
520   SetCDBLock();
521     
522   Bool_t delRunLoader = kFALSE;
523   if (!runLoader) {
524     runLoader = LoadRun("READ");
525     if (!runLoader) return kFALSE;
526     delRunLoader = kTRUE;
527   }
528   
529   // Export ideal geometry 
530   if(!IsGeometryFromFile()) AliGeomManager::GetGeometry()->Export("geometry.root");
531
532   // Load alignment data from CDB and apply to geometry through AliGeomManager
533   if(fLoadAlignFromCDB){
534     
535     TString detStr = fLoadAlObjsListOfDets;
536     TString loadAlObjsListOfDets = "";
537     
538     TObjArray* detArray = runLoader->GetAliRun()->Detectors();
539     for (Int_t iDet = 0; iDet < detArray->GetEntriesFast(); iDet++) {
540       AliModule* det = (AliModule*) detArray->At(iDet);
541       if (!det || !det->IsActive()) continue;
542       if (IsSelected(det->GetName(), detStr)) {
543         //add det to list of dets to be aligned from CDB
544         loadAlObjsListOfDets += det->GetName();
545         loadAlObjsListOfDets += " ";
546       }
547     } // end loop over detectors
548     loadAlObjsListOfDets.Prepend("GRP "); //add alignment objects for non-sensitive modules
549     AliGeomManager::ApplyAlignObjsFromCDB(loadAlObjsListOfDets.Data());
550   }else{
551     // Check if the array with alignment objects was
552     // provided by the user. If yes, apply the objects
553     // to the present TGeo geometry
554     if (fAlignObjArray) {
555       if (AliGeomManager::ApplyAlignObjsToGeom(*fAlignObjArray) == kFALSE) {
556         AliError("The misalignment of one or more volumes failed!"
557                  "Compare the list of simulated detectors and the list of detector alignment data!");
558         if (delRunLoader) delete runLoader;
559         return kFALSE;
560       }
561     }
562   }
563
564   // Update the internal geometry of modules (ITS needs it)
565   TString detStr = fLoadAlObjsListOfDets;
566   TObjArray* detArray = runLoader->GetAliRun()->Detectors();
567   for (Int_t iDet = 0; iDet < detArray->GetEntriesFast(); iDet++) {
568
569     AliModule* det = (AliModule*) detArray->At(iDet);
570     if (!det || !det->IsActive()) continue;
571     if (IsSelected(det->GetName(), detStr)) {
572       det->UpdateInternalGeometry();
573     }
574   } // end loop over detectors
575
576
577   if (delRunLoader) delete runLoader;
578
579   return kTRUE;
580 }
581
582 //_____________________________________________________________________________
583 void AliSimulation::MergeWith(const char* fileName, Int_t nSignalPerBkgrd)
584 {
585 // add a file with background events for merging
586
587   TObjString* fileNameStr = new TObjString(fileName);
588   fileNameStr->SetUniqueID(nSignalPerBkgrd);
589   if (!fBkgrdFileNames) fBkgrdFileNames = new TObjArray;
590   fBkgrdFileNames->Add(fileNameStr);
591 }
592
593 void AliSimulation::EmbedInto(const char* fileName, Int_t nSignalPerBkgrd)
594 {
595 // add a file with background events for embeddin
596   MergeWith(fileName, nSignalPerBkgrd);
597   fEmbeddingFlag = kTRUE;
598 }
599
600 //_____________________________________________________________________________
601 Bool_t AliSimulation::Run(Int_t nEvents)
602 {
603 // run the generation, simulation and digitization
604
605  
606   AliCodeTimerAuto("",0)
607   AliSysInfo::AddStamp("Start_Run");
608   
609   // Load run number and seed from environmental vars
610   ProcessEnvironmentVars();
611   AliSysInfo::AddStamp("ProcessEnvironmentVars");
612
613   gRandom->SetSeed(fSeed);
614    
615   if (nEvents > 0) fNEvents = nEvents;
616
617   // create and setup the HLT instance
618   if (!fRunHLT.IsNull() && !CreateHLT()) {
619     if (fStopOnError) return kFALSE;
620     // disable HLT
621     fRunHLT="";
622   }
623   
624   // generation and simulation -> hits
625   if (fRunGeneration) {
626     if (!RunSimulation()) if (fStopOnError) return kFALSE;
627   }
628   AliSysInfo::AddStamp("RunSimulation");
629            
630   // initialize CDB storage from external environment
631   // (either CDB manager or AliSimulation setters),
632   // if not already done in RunSimulation()
633   InitCDB();
634   AliSysInfo::AddStamp("InitCDB");
635   
636   // Set run number in CDBManager from data 
637   // From this point on the run number must be always loaded from data!
638   if (!SetRunNumberFromData()) if (fStopOnError) return kFALSE;
639   
640   // Set CDB lock: from now on it is forbidden to reset the run number
641   // or the default storage or to activate any further storage!
642   SetCDBLock();
643
644   // If RunSimulation was not called, load the geometry and misalign it
645   if (!AliGeomManager::GetGeometry()) {
646     // Initialize the geometry manager
647     AliGeomManager::LoadGeometry("geometry.root");
648   AliSysInfo::AddStamp("GetGeometry");
649
650     
651 //    // Check that the consistency of symbolic names for the activated subdetectors
652 //    // in the geometry loaded by AliGeomManager
653 //    AliRunLoader* runLoader = LoadRun("READ");
654 //    if (!runLoader) return kFALSE;
655 //
656 //    TString detsToBeChecked = "";
657 //    TObjArray* detArray = runLoader->GetAliRun()->Detectors();
658 //    for (Int_t iDet = 0; iDet < detArray->GetEntriesFast(); iDet++) {
659 //      AliModule* det = (AliModule*) detArray->At(iDet);
660 //      if (!det || !det->IsActive()) continue;
661 //      detsToBeChecked += det->GetName();
662 //      detsToBeChecked += " ";
663 //    } // end loop over detectors
664 //    if(!AliGeomManager::CheckSymNamesLUT(detsToBeChecked.Data()))
665     if(!AliGeomManager::CheckSymNamesLUT("ALL"))
666         AliFatalClass("Current loaded geometry differs in the definition of symbolic names!");
667         
668     if (!AliGeomManager::GetGeometry()) if (fStopOnError) return kFALSE;
669     // Misalign geometry
670     if(!MisalignGeometry()) if (fStopOnError) return kFALSE;
671   }
672   AliSysInfo::AddStamp("MissalignGeometry");
673
674
675   // hits -> summable digits
676   AliSysInfo::AddStamp("Start_sdigitization");
677   if (!fMakeSDigits.IsNull()) {
678     if (!RunSDigitization(fMakeSDigits)) if (fStopOnError) return kFALSE;
679  
680   }
681   AliSysInfo::AddStamp("Stop_sdigitization");
682   
683   AliSysInfo::AddStamp("Start_digitization");  
684   // summable digits -> digits  
685   if (!fMakeDigits.IsNull()) {
686     if (!RunDigitization(fMakeDigits, fMakeDigitsFromHits)) {
687       if (fStopOnError) return kFALSE;
688     }
689    }
690   AliSysInfo::AddStamp("Stop_digitization");
691
692   
693   
694   // hits -> digits
695   if (!fMakeDigitsFromHits.IsNull()) {
696     if (fBkgrdFileNames && (fBkgrdFileNames->GetEntriesFast() > 0)) {
697       AliWarning(Form("Merging and direct creation of digits from hits " 
698                  "was selected for some detectors. "
699                  "No merging will be done for the following detectors: %s",
700                  fMakeDigitsFromHits.Data()));
701     }
702     if (!RunHitsDigitization(fMakeDigitsFromHits)) {
703       if (fStopOnError) return kFALSE;
704     }
705   }
706
707   AliSysInfo::AddStamp("Hits2Digits");
708   
709   
710   // digits -> trigger
711   if (!RunTrigger(fMakeTrigger,fMakeDigits)) {
712     if (fStopOnError) return kFALSE;
713   }
714
715   AliSysInfo::AddStamp("RunTrigger");
716   
717   
718   // digits -> raw data
719   if (!fWriteRawData.IsNull()) {
720     if (!WriteRawData(fWriteRawData, fRawDataFileName, 
721                       fDeleteIntermediateFiles,fWriteSelRawData)) {
722       if (fStopOnError) return kFALSE;
723     }
724   }
725
726   AliSysInfo::AddStamp("WriteRaw");
727   
728   // run HLT simulation on simulated digit data if raw data is not
729   // simulated, otherwise its called as part of WriteRawData
730   if (!fRunHLT.IsNull() && fWriteRawData.IsNull()) {
731     if (!RunHLT()) {
732       if (fStopOnError) return kFALSE;
733     }
734   }
735
736   AliSysInfo::AddStamp("RunHLT");
737   
738   //QA
739         if (fRunQA) {
740                 Bool_t rv = RunQA() ; 
741                 if (!rv)
742                         if (fStopOnError) 
743                                 return kFALSE ;         
744         }
745
746   AliSysInfo::AddStamp("RunQA");
747
748   // Cleanup of CDB manager: cache and active storages!
749   AliCDBManager::Instance()->ClearCache();
750
751   return kTRUE;
752 }
753
754 //_______________________________________________________________________
755 Bool_t AliSimulation::RunLego(const char *setup, Int_t nc1, Float_t c1min,
756                      Float_t c1max,Int_t nc2,Float_t c2min,Float_t c2max,
757                      Float_t rmin,Float_t rmax,Float_t zmax, AliLegoGenerator* gener, Int_t nev)
758 {
759   //
760   // Generates lego plots of:
761   //    - radiation length map phi vs theta
762   //    - radiation length map phi vs eta
763   //    - interaction length map
764   //    - g/cm2 length map
765   //
766   //  ntheta    bins in theta, eta
767   //  themin    minimum angle in theta (degrees)
768   //  themax    maximum angle in theta (degrees)
769   //  nphi      bins in phi
770   //  phimin    minimum angle in phi (degrees)
771   //  phimax    maximum angle in phi (degrees)
772   //  rmin      minimum radius
773   //  rmax      maximum radius
774   //  
775   //
776   //  The number of events generated = ntheta*nphi
777   //  run input parameters in macro setup (default="Config.C")
778   //
779   //  Use macro "lego.C" to visualize the 3 lego plots in spherical coordinates
780   //Begin_Html
781   /*
782     <img src="picts/AliRunLego1.gif">
783   */
784   //End_Html
785   //Begin_Html
786   /*
787     <img src="picts/AliRunLego2.gif">
788   */
789   //End_Html
790   //Begin_Html
791   /*
792     <img src="picts/AliRunLego3.gif">
793   */
794   //End_Html
795   //
796
797 // run the generation and simulation
798
799   AliCodeTimerAuto("",0)
800
801   // initialize CDB storage and run number from external environment
802   // (either CDB manager or AliSimulation setters)
803   InitCDB();
804   InitRunNumber();
805   SetCDBLock();
806   
807   if (!gAlice) {
808     AliError("no gAlice object. Restart aliroot and try again.");
809     return kFALSE;
810   }
811   if (gAlice->Modules()->GetEntries() > 0) {
812     AliError("gAlice was already run. Restart aliroot and try again.");
813     return kFALSE;
814   }
815
816   AliInfo(Form("initializing gAlice with config file %s",
817           fConfigFileName.Data()));
818
819   // Number of events 
820     if (nev == -1) nev  = nc1 * nc2;
821     
822   // check if initialisation has been done
823   // If runloader has been initialized, set the number of events per file to nc1 * nc2
824     
825   // Set new generator
826   if (!gener) gener  = new AliLegoGenerator();
827   //
828   // Configure Generator
829
830   gener->SetRadiusRange(rmin, rmax);
831   gener->SetZMax(zmax);
832   gener->SetCoor1Range(nc1, c1min, c1max);
833   gener->SetCoor2Range(nc2, c2min, c2max);
834   
835   
836   //Create Lego object  
837   fLego = new AliLego("lego",gener);
838
839   //__________________________________________________________________________
840
841   gAlice->Announce();
842
843   gROOT->LoadMacro(setup);
844   gInterpreter->ProcessLine(gAlice->GetConfigFunction());
845
846   if(AliCDBManager::Instance()->GetRun() >= 0) { 
847     SetRunNumber(AliCDBManager::Instance()->GetRun());
848   } else {
849     AliWarning("Run number not initialized!!");
850   }
851
852   AliRunLoader::Instance()->CdGAFile();
853   
854   AliPDG::AddParticlesToPdgDataBase();  
855   
856   gMC->SetMagField(TGeoGlobalMagField::Instance()->GetField());
857
858   gAlice->GetMCApp()->Init();
859   
860   
861   //Must be here because some MCs (G4) adds detectors here and not in Config.C
862   gAlice->InitLoaders();
863   AliRunLoader::Instance()->MakeTree("E");
864   
865   //
866   // Save stuff at the beginning of the file to avoid file corruption
867   AliRunLoader::Instance()->CdGAFile();
868   gAlice->Write();
869
870   //Save current generator
871   AliGenerator *gen=gAlice->GetMCApp()->Generator();
872   gAlice->GetMCApp()->ResetGenerator(gener);
873   //Prepare MC for Lego Run
874   gMC->InitLego();
875   
876   //Run Lego Object
877   
878   
879   AliRunLoader::Instance()->SetNumberOfEventsPerFile(nev);
880   gMC->ProcessRun(nev);
881   
882   // End of this run, close files
883   FinishRun();
884   // Restore current generator
885   gAlice->GetMCApp()->ResetGenerator(gen);
886   // Delete Lego Object
887   delete fLego;
888
889   return kTRUE;
890 }
891
892 //_____________________________________________________________________________
893 Bool_t AliSimulation::RunTrigger(const char* config, const char* detectors)
894 {
895   // run the trigger
896
897   AliCodeTimerAuto("",0)
898
899   // initialize CDB storage from external environment
900   // (either CDB manager or AliSimulation setters),
901   // if not already done in RunSimulation()
902   InitCDB();
903   
904   // Set run number in CDBManager from data 
905   // From this point on the run number must be always loaded from data!
906   if (!SetRunNumberFromData()) if (fStopOnError) return kFALSE;
907   
908   // Set CDB lock: from now on it is forbidden to reset the run number
909   // or the default storage or to activate any further storage!
910   SetCDBLock();
911    
912    AliRunLoader* runLoader = LoadRun("READ");
913    if (!runLoader) return kFALSE;
914    TString trconfiguration = config;
915
916    if (trconfiguration.IsNull()) {
917      if (strcmp(gAlice->GetTriggerDescriptor(),"")) {
918        trconfiguration = gAlice->GetTriggerDescriptor();
919      }
920      else
921        AliWarning("No trigger descriptor is specified. Loading the one that is in the CDB.");
922    }
923
924    runLoader->MakeTree( "GG" );
925    AliCentralTrigger* aCTP = runLoader->GetTrigger();
926    // Load Configuration
927    if (!aCTP->LoadConfiguration( trconfiguration ))
928      return kFALSE;
929
930    // digits -> trigger
931    if( !aCTP->RunTrigger( runLoader , detectors ) ) {
932       if (fStopOnError) {
933         //  delete aCTP;
934         return kFALSE;
935       }
936    }
937
938    delete runLoader;
939
940    return kTRUE;
941 }
942
943 //_____________________________________________________________________________
944 Bool_t AliSimulation::WriteTriggerRawData()
945 {
946   // Writes the CTP (trigger) DDL raw data
947   // Details of the format are given in the
948   // trigger TDR - pages 134 and 135.
949   AliCTPRawData writer;
950   writer.RawData();
951
952   return kTRUE;
953 }
954
955 //_____________________________________________________________________________
956 Bool_t AliSimulation::RunSimulation(Int_t nEvents)
957 {
958 // run the generation and simulation
959
960   AliCodeTimerAuto("",0)
961
962   // initialize CDB storage and run number from external environment
963   // (either CDB manager or AliSimulation setters)
964   AliSysInfo::AddStamp("RunSimulation_Begin");
965   InitCDB();
966   AliSysInfo::AddStamp("RunSimulation_InitCDB");
967   InitRunNumber();
968   SetCDBLock();
969   AliSysInfo::AddStamp("RunSimulation_SetCDBLock");
970   
971   if (!gAlice) {
972     AliError("no gAlice object. Restart aliroot and try again.");
973     return kFALSE;
974   }
975   if (gAlice->Modules()->GetEntries() > 0) {
976     AliError("gAlice was already run. Restart aliroot and try again.");
977     return kFALSE;
978   }
979
980   AliInfo(Form("initializing gAlice with config file %s",
981           fConfigFileName.Data()));
982
983   //
984   // Initialize ALICE Simulation run
985   //
986
987   gAlice->Announce();
988
989   gROOT->LoadMacro(fConfigFileName.Data());
990   gInterpreter->ProcessLine(gAlice->GetConfigFunction());
991   AliSysInfo::AddStamp("RunSimulation_Config");
992
993   if(AliCDBManager::Instance()->GetRun() >= 0) { 
994     AliRunLoader::Instance()->SetRunNumber(AliCDBManager::Instance()->GetRun());
995     AliRunLoader::Instance()->SetNumberOfEventsPerRun(fNEvents);
996   } else {
997         AliWarning("Run number not initialized!!");
998   }
999   
1000    AliRunLoader::Instance()->CdGAFile();
1001     
1002    AliPDG::AddParticlesToPdgDataBase();  
1003
1004    gMC->SetMagField(TGeoGlobalMagField::Instance()->GetField());
1005    AliSysInfo::AddStamp("RunSimulation_GetField");
1006    
1007    gAlice->GetMCApp()->Init();
1008    AliSysInfo::AddStamp("RunSimulation_InitMCApp");
1009
1010    //Must be here because some MCs (G4) adds detectors here and not in Config.C
1011    gAlice->InitLoaders();
1012    AliRunLoader::Instance()->MakeTree("E");
1013    AliRunLoader::Instance()->LoadKinematics("RECREATE");
1014    AliRunLoader::Instance()->LoadTrackRefs("RECREATE");
1015    AliRunLoader::Instance()->LoadHits("all","RECREATE");
1016    //
1017    // Save stuff at the beginning of the file to avoid file corruption
1018    AliRunLoader::Instance()->CdGAFile();
1019    gAlice->Write();
1020    gAlice->SetEventNrInRun(-1); //important - we start Begin event from increasing current number in run
1021    AliSysInfo::AddStamp("RunSimulation_InitLoaders");
1022   //___________________________________________________________________________________________
1023   
1024   // Get the trigger descriptor string
1025   // Either from AliSimulation or from
1026   // gAlice
1027   if (fMakeTrigger.IsNull()) {
1028     if (strcmp(gAlice->GetTriggerDescriptor(),""))
1029       fMakeTrigger = gAlice->GetTriggerDescriptor();
1030   }
1031   else
1032     gAlice->SetTriggerDescriptor(fMakeTrigger.Data());
1033   AliSysInfo::AddStamp("RunSimulation_TriggerDescriptor");
1034
1035   // Set run number in CDBManager
1036   AliInfo(Form("Run number: %d",AliCDBManager::Instance()->GetRun()));
1037
1038   AliRunLoader* runLoader = AliRunLoader::Instance();
1039   if (!runLoader) {
1040              AliError(Form("gAlice has no run loader object. "
1041                              "Check your config file: %s", fConfigFileName.Data()));
1042              return kFALSE;
1043   }
1044   SetGAliceFile(runLoader->GetFileName());
1045       
1046   // Misalign geometry
1047 #if ROOT_VERSION_CODE < 331527
1048   AliGeomManager::SetGeometry(gGeoManager);
1049   
1050   // Check that the consistency of symbolic names for the activated subdetectors
1051   // in the geometry loaded by AliGeomManager
1052   TString detsToBeChecked = "";
1053   TObjArray* detArray = runLoader->GetAliRun()->Detectors();
1054   for (Int_t iDet = 0; iDet < detArray->GetEntriesFast(); iDet++) {
1055     AliModule* det = (AliModule*) detArray->At(iDet);
1056     if (!det || !det->IsActive()) continue;
1057     detsToBeChecked += det->GetName();
1058     detsToBeChecked += " ";
1059   } // end loop over detectors
1060   if(!AliGeomManager::CheckSymNamesLUT(detsToBeChecked.Data()))
1061     AliFatalClass("Current loaded geometry differs in the definition of symbolic names!");
1062   MisalignGeometry(runLoader);
1063   AliSysInfo::AddStamp("RunSimulation_MisalignGeometry");
1064 #endif
1065
1066 //   AliRunLoader* runLoader = AliRunLoader::Instance();
1067 //   if (!runLoader) {
1068 //     AliError(Form("gAlice has no run loader object. "
1069 //                   "Check your config file: %s", fConfigFileName.Data()));
1070 //     return kFALSE;
1071 //   }
1072 //   SetGAliceFile(runLoader->GetFileName());
1073
1074   if (!gAlice->GetMCApp()->Generator()) {
1075     AliError(Form("gAlice has no generator object. "
1076                   "Check your config file: %s", fConfigFileName.Data()));
1077     return kFALSE;
1078   }
1079
1080   // Write GRP entry corresponding to the setting found in Cofig.C
1081   if (fWriteGRPEntry)
1082     WriteGRPEntry();
1083   AliSysInfo::AddStamp("RunSimulation_WriteGRP");
1084
1085   if (nEvents <= 0) nEvents = fNEvents;
1086
1087   // get vertex from background file in case of merging
1088   if (fUseBkgrdVertex &&
1089       fBkgrdFileNames && (fBkgrdFileNames->GetEntriesFast() > 0)) {
1090     Int_t signalPerBkgrd = GetNSignalPerBkgrd(nEvents);
1091     const char* fileName = ((TObjString*)
1092                             (fBkgrdFileNames->At(0)))->GetName();
1093     AliInfo(Form("The vertex will be taken from the background "
1094                  "file %s with nSignalPerBackground = %d", 
1095                  fileName, signalPerBkgrd));
1096     AliVertexGenFile* vtxGen = new AliVertexGenFile(fileName, signalPerBkgrd);
1097     gAlice->GetMCApp()->Generator()->SetVertexGenerator(vtxGen);
1098   }
1099
1100   if (!fRunSimulation) {
1101     gAlice->GetMCApp()->Generator()->SetTrackingFlag(0);
1102   }
1103
1104   // set the number of events per file for given detectors and data types
1105   for (Int_t i = 0; i < fEventsPerFile.GetEntriesFast(); i++) {
1106     if (!fEventsPerFile[i]) continue;
1107     const char* detName = fEventsPerFile[i]->GetName();
1108     const char* typeName = fEventsPerFile[i]->GetTitle();
1109     TString loaderName(detName);
1110     loaderName += "Loader";
1111     AliLoader* loader = runLoader->GetLoader(loaderName);
1112     if (!loader) {
1113       AliError(Form("RunSimulation", "no loader for %s found\n"
1114                     "Number of events per file not set for %s %s", 
1115                     detName, typeName, detName));
1116       continue;
1117     }
1118     AliDataLoader* dataLoader = 
1119       loader->GetDataLoader(typeName);
1120     if (!dataLoader) {
1121       AliError(Form("no data loader for %s found\n"
1122                     "Number of events per file not set for %s %s", 
1123                     typeName, detName, typeName));
1124       continue;
1125     }
1126     dataLoader->SetNumberOfEventsPerFile(fEventsPerFile[i]->GetUniqueID());
1127     AliDebug(1, Form("number of events per file set to %d for %s %s",
1128                      fEventsPerFile[i]->GetUniqueID(), detName, typeName));
1129   }
1130
1131   AliInfo("running gAlice");
1132   AliSysInfo::AddStamp("Start_ProcessRun");
1133
1134   // Create the Root Tree with one branch per detector
1135   //Hits moved to begin event -> now we are crating separate tree for each event
1136
1137   gMC->ProcessRun(nEvents);
1138
1139   // End of this run, close files
1140   if(nEvents>0) FinishRun();
1141
1142   AliSysInfo::AddStamp("Stop_ProcessRun");
1143   delete runLoader;
1144
1145   return kTRUE;
1146 }
1147
1148 //_____________________________________________________________________________
1149 Bool_t AliSimulation::RunSDigitization(const char* detectors)
1150 {
1151 // run the digitization and produce summable digits
1152   static Int_t eventNr=0;
1153   AliCodeTimerAuto("",0) ;
1154
1155   // initialize CDB storage, run number, set CDB lock
1156   InitCDB();
1157   if (!SetRunNumberFromData()) if (fStopOnError) return kFALSE;
1158   SetCDBLock();
1159   
1160   AliRunLoader* runLoader = LoadRun();
1161   if (!runLoader) return kFALSE;
1162
1163   TString detStr = detectors;
1164   TObjArray* detArray = runLoader->GetAliRun()->Detectors();
1165   for (Int_t iDet = 0; iDet < detArray->GetEntriesFast(); iDet++) {
1166     AliModule* det = (AliModule*) detArray->At(iDet);
1167     if (!det || !det->IsActive()) continue;
1168     if (IsSelected(det->GetName(), detStr)) {
1169       AliInfo(Form("creating summable digits for %s", det->GetName()));
1170       AliCodeTimerStart(Form("creating summable digits for %s", det->GetName()));
1171       det->Hits2SDigits();
1172       AliCodeTimerStop(Form("creating summable digits for %s", det->GetName()));
1173       AliSysInfo::AddStamp(Form("Digit_%s_%d",det->GetName(),eventNr), 0,1, eventNr);
1174     }
1175   }
1176
1177   if ((detStr.CompareTo("ALL") != 0) && !detStr.IsNull()) {
1178     AliError(Form("the following detectors were not found: %s",
1179                   detStr.Data()));
1180     if (fStopOnError) return kFALSE;
1181   }
1182   eventNr++;
1183   delete runLoader;
1184
1185   return kTRUE;
1186 }
1187
1188
1189 //_____________________________________________________________________________
1190 Bool_t AliSimulation::RunDigitization(const char* detectors, 
1191                                       const char* excludeDetectors)
1192 {
1193 // run the digitization and produce digits from sdigits
1194
1195   AliCodeTimerAuto("",0)
1196
1197   // initialize CDB storage, run number, set CDB lock
1198   InitCDB();
1199   if (!SetRunNumberFromData()) if (fStopOnError) return kFALSE;
1200   SetCDBLock();
1201   
1202   delete AliRunLoader::Instance();
1203   delete gAlice;
1204   gAlice = NULL;
1205
1206   Int_t nStreams = 1;
1207   if (fBkgrdFileNames) nStreams = fBkgrdFileNames->GetEntriesFast() + 1;
1208   Int_t signalPerBkgrd = GetNSignalPerBkgrd();
1209   AliRunDigitizer* manager = new AliRunDigitizer(nStreams, signalPerBkgrd);
1210   // manager->SetEmbeddingFlag(fEmbeddingFlag);
1211   manager->SetInputStream(0, fGAliceFileName.Data());
1212   for (Int_t iStream = 1; iStream < nStreams; iStream++) {
1213     const char* fileName = ((TObjString*)
1214                             (fBkgrdFileNames->At(iStream-1)))->GetName();
1215     manager->SetInputStream(iStream, fileName);
1216   }
1217
1218   TString detStr = detectors;
1219   TString detExcl = excludeDetectors;
1220   manager->GetInputStream(0)->ImportgAlice();
1221   AliRunLoader* runLoader = 
1222     AliRunLoader::GetRunLoader(manager->GetInputStream(0)->GetFolderName());
1223   TObjArray* detArray = runLoader->GetAliRun()->Detectors();
1224   for (Int_t iDet = 0; iDet < detArray->GetEntriesFast(); iDet++) {
1225     AliModule* det = (AliModule*) detArray->At(iDet);
1226     if (!det || !det->IsActive()) continue;
1227     if (IsSelected(det->GetName(), detStr) && 
1228         !IsSelected(det->GetName(), detExcl)) {
1229       AliDigitizer* digitizer = det->CreateDigitizer(manager);
1230       
1231       if (!digitizer) {
1232         AliError(Form("no digitizer for %s", det->GetName()));
1233         if (fStopOnError) return kFALSE;
1234       } else {
1235         digitizer->SetRegionOfInterest(fRegionOfInterest);
1236       }
1237     }
1238   }
1239
1240   if ((detStr.CompareTo("ALL") != 0) && !detStr.IsNull()) {
1241     AliError(Form("the following detectors were not found: %s", 
1242                   detStr.Data()));
1243     if (fStopOnError) return kFALSE;
1244   }
1245
1246   if (!manager->GetListOfTasks()->IsEmpty()) {
1247     AliInfo("executing digitization");
1248     manager->Exec("");
1249   }
1250
1251   delete manager;
1252
1253   return kTRUE;
1254 }
1255
1256 //_____________________________________________________________________________
1257 Bool_t AliSimulation::RunHitsDigitization(const char* detectors)
1258 {
1259 // run the digitization and produce digits from hits
1260
1261   AliCodeTimerAuto("",0)
1262
1263   // initialize CDB storage, run number, set CDB lock
1264   InitCDB();
1265   if (!SetRunNumberFromData()) if (fStopOnError) return kFALSE;
1266   SetCDBLock();
1267   
1268   AliRunLoader* runLoader = LoadRun("READ");
1269   if (!runLoader) return kFALSE;
1270
1271   TString detStr = detectors;
1272   TObjArray* detArray = runLoader->GetAliRun()->Detectors();
1273   for (Int_t iDet = 0; iDet < detArray->GetEntriesFast(); iDet++) {
1274     AliModule* det = (AliModule*) detArray->At(iDet);
1275     if (!det || !det->IsActive()) continue;
1276     if (IsSelected(det->GetName(), detStr)) {
1277       AliInfo(Form("creating digits from hits for %s", det->GetName()));
1278       det->Hits2Digits();
1279     }
1280   }
1281
1282   if ((detStr.CompareTo("ALL") != 0) && !detStr.IsNull()) {
1283     AliError(Form("the following detectors were not found: %s", 
1284                   detStr.Data()));
1285     if (fStopOnError) return kFALSE;
1286   }
1287
1288   return kTRUE;
1289 }
1290
1291 //_____________________________________________________________________________
1292 Bool_t AliSimulation::WriteRawData(const char* detectors, 
1293                                    const char* fileName,
1294                                    Bool_t deleteIntermediateFiles,
1295                                    Bool_t selrawdata)
1296 {
1297 // convert the digits to raw data
1298 // First DDL raw data files for the given detectors are created.
1299 // If a file name is given, the DDL files are then converted to a DATE file.
1300 // If deleteIntermediateFiles is true, the DDL raw files are deleted 
1301 // afterwards.
1302 // If the file name has the extension ".root", the DATE file is converted
1303 // to a root file.
1304 // If deleteIntermediateFiles is true, the DATE file is deleted afterwards.
1305 // 'selrawdata' flag can be used to enable writing of detectors raw data
1306 // accoring to the trigger cluster.
1307
1308   AliCodeTimerAuto("",0)
1309   AliSysInfo::AddStamp("WriteRawData_Start");
1310   
1311   TString detStr = detectors;
1312   if (!WriteRawFiles(detStr.Data())) {
1313     if (fStopOnError) return kFALSE;
1314   }
1315   AliSysInfo::AddStamp("WriteRawFiles");
1316
1317   // run HLT simulation on simulated DDL raw files
1318   // and produce HLT ddl raw files to be included in date/root file
1319   // bugfix 2009-06-26: the decision whether to write HLT raw data
1320   // is taken in RunHLT. Here HLT always needs to be run in order to
1321   // create HLT digits, unless its switched off. This is due to the
1322   // special placement of the HLT between the generation of DDL files
1323   // and conversion to DATE/Root file.
1324   detStr.ReplaceAll("HLT", "");
1325   if (!fRunHLT.IsNull()) {
1326     if (!RunHLT()) {
1327       if (fStopOnError) return kFALSE;
1328     }
1329   }
1330   AliSysInfo::AddStamp("WriteRawData_RunHLT");
1331
1332   TString dateFileName(fileName);
1333   if (!dateFileName.IsNull()) {
1334     Bool_t rootOutput = dateFileName.EndsWith(".root");
1335     if (rootOutput) dateFileName += ".date";
1336     TString selDateFileName;
1337     if (selrawdata) {
1338       selDateFileName = "selected.";
1339       selDateFileName+= dateFileName;
1340     }
1341     if (!ConvertRawFilesToDate(dateFileName,selDateFileName)) {
1342       if (fStopOnError) return kFALSE;
1343     }
1344     AliSysInfo::AddStamp("ConvertRawFilesToDate");
1345     if (deleteIntermediateFiles) {
1346       AliRunLoader* runLoader = LoadRun("READ");
1347       if (runLoader) for (Int_t iEvent = 0; 
1348                           iEvent < runLoader->GetNumberOfEvents(); iEvent++) {
1349         char command[256];
1350         sprintf(command, "rm -r raw%d", iEvent);
1351         gSystem->Exec(command);
1352       }
1353     }
1354
1355     if (rootOutput) {
1356       if (!ConvertDateToRoot(dateFileName, fileName)) {
1357         if (fStopOnError) return kFALSE;
1358       }
1359       AliSysInfo::AddStamp("ConvertDateToRoot");
1360       if (deleteIntermediateFiles) {
1361         gSystem->Unlink(dateFileName);
1362       }
1363       if (selrawdata) {
1364         TString selFileName = "selected.";
1365         selFileName        += fileName;
1366         if (!ConvertDateToRoot(selDateFileName, selFileName)) {
1367           if (fStopOnError) return kFALSE;
1368         }
1369         if (deleteIntermediateFiles) {
1370           gSystem->Unlink(selDateFileName);
1371         }
1372       }
1373     }
1374   }
1375
1376   return kTRUE;
1377 }
1378
1379 //_____________________________________________________________________________
1380 Bool_t AliSimulation::WriteRawFiles(const char* detectors)
1381 {
1382 // convert the digits to raw data DDL files
1383
1384   AliCodeTimerAuto("",0)
1385   
1386   AliRunLoader* runLoader = LoadRun("READ");
1387   if (!runLoader) return kFALSE;
1388
1389   // write raw data to DDL files
1390   for (Int_t iEvent = 0; iEvent < runLoader->GetNumberOfEvents(); iEvent++) {
1391     AliInfo(Form("processing event %d", iEvent));
1392     runLoader->GetEvent(iEvent);
1393     TString baseDir = gSystem->WorkingDirectory();
1394     char dirName[256];
1395     sprintf(dirName, "raw%d", iEvent);
1396     gSystem->MakeDirectory(dirName);
1397     if (!gSystem->ChangeDirectory(dirName)) {
1398       AliError(Form("couldn't change to directory %s", dirName));
1399       if (fStopOnError) return kFALSE; else continue;
1400     }
1401
1402     ofstream runNbFile(Form("run%u",runLoader->GetHeader()->GetRun()));
1403     runNbFile.close();
1404
1405     TString detStr = detectors;
1406     if (IsSelected("HLT", detStr)) {
1407       // Do nothing. "HLT" will be removed from detStr and HLT raw
1408       // data files are generated in RunHLT.
1409     }
1410
1411     TObjArray* detArray = runLoader->GetAliRun()->Detectors();
1412     for (Int_t iDet = 0; iDet < detArray->GetEntriesFast(); iDet++) {
1413       AliModule* det = (AliModule*) detArray->At(iDet);
1414       if (!det || !det->IsActive()) continue;
1415       if (IsSelected(det->GetName(), detStr)) {
1416         AliInfo(Form("creating raw data from digits for %s", det->GetName()));
1417         det->Digits2Raw();
1418       }
1419     }
1420
1421     if (!WriteTriggerRawData())
1422       if (fStopOnError) return kFALSE;
1423
1424     gSystem->ChangeDirectory(baseDir);
1425     if ((detStr.CompareTo("ALL") != 0) && !detStr.IsNull()) {
1426       AliError(Form("the following detectors were not found: %s", 
1427                     detStr.Data()));
1428       if (fStopOnError) return kFALSE;
1429     }
1430   }
1431
1432   delete runLoader;
1433   
1434   return kTRUE;
1435 }
1436
1437 //_____________________________________________________________________________
1438 Bool_t AliSimulation::ConvertRawFilesToDate(const char* dateFileName,
1439                                             const char* selDateFileName)
1440 {
1441 // convert raw data DDL files to a DATE file with the program "dateStream"
1442 // The second argument is not empty when the user decides to write
1443 // the detectors raw data according to the trigger cluster.
1444
1445   AliCodeTimerAuto("",0)
1446   
1447   char* path = gSystem->Which(gSystem->Getenv("PATH"), "dateStream");
1448   if (!path) {
1449     AliError("the program dateStream was not found");
1450     if (fStopOnError) return kFALSE;
1451   } else {
1452     delete[] path;
1453   }
1454
1455   AliRunLoader* runLoader = LoadRun("READ");
1456   if (!runLoader) return kFALSE;
1457
1458   AliInfo(Form("converting raw data DDL files to DATE file %s", dateFileName));
1459   Bool_t selrawdata = kFALSE;
1460   if (strcmp(selDateFileName,"") != 0) selrawdata = kTRUE;
1461
1462   char command[256];
1463   // Note the option -s. It is used in order to avoid
1464   // the generation of SOR/EOR events.
1465   sprintf(command, "dateStream -c -s -D -o %s -# %d -C -run %d", 
1466           dateFileName, runLoader->GetNumberOfEvents(),runLoader->GetHeader()->GetRun());
1467   FILE* pipe = gSystem->OpenPipe(command, "w");
1468
1469   if (!pipe) {
1470     AliError(Form("Cannot execute command: %s",command));
1471     return kFALSE;
1472   }
1473
1474   Int_t selEvents = 0;
1475   for (Int_t iEvent = 0; iEvent < runLoader->GetNumberOfEvents(); iEvent++) {
1476
1477     UInt_t detectorPattern = 0;
1478     runLoader->GetEvent(iEvent);
1479     if (!runLoader->LoadTrigger()) {
1480       AliCentralTrigger *aCTP = runLoader->GetTrigger();
1481       detectorPattern = aCTP->GetClusterMask();
1482       // Check if the event was triggered by CTP
1483       if (selrawdata) {
1484         if (aCTP->GetClassMask()) selEvents++;
1485       }
1486     }
1487     else {
1488       AliWarning("No trigger can be loaded! Some fields in the event header will be empty !");
1489       if (selrawdata) {
1490         AliWarning("No trigger can be loaded! Writing of selected raw data is abandoned !");
1491         selrawdata = kFALSE;
1492       }
1493     }
1494
1495     fprintf(pipe, "GDC DetectorPattern %u\n", detectorPattern);
1496     Float_t ldc = 0;
1497     Int_t prevLDC = -1;
1498
1499     // loop over detectors and DDLs
1500     for (Int_t iDet = 0; iDet < AliDAQ::kNDetectors; iDet++) {
1501       for (Int_t iDDL = 0; iDDL < AliDAQ::NumberOfDdls(iDet); iDDL++) {
1502
1503         Int_t ddlID = AliDAQ::DdlID(iDet,iDDL);
1504         Int_t ldcID = Int_t(ldc + 0.0001);
1505         ldc += AliDAQ::NumberOfLdcs(iDet) / AliDAQ::NumberOfDdls(iDet);
1506
1507         char rawFileName[256];
1508         sprintf(rawFileName, "raw%d/%s", 
1509                 iEvent, AliDAQ::DdlFileName(iDet,iDDL));
1510
1511         // check existence and size of raw data file
1512         FILE* file = fopen(rawFileName, "rb");
1513         if (!file) continue;
1514         fseek(file, 0, SEEK_END);
1515         unsigned long size = ftell(file);
1516         fclose(file);
1517         if (!size) continue;
1518
1519         if (ldcID != prevLDC) {
1520           fprintf(pipe, " LDC Id %d\n", ldcID);
1521           prevLDC = ldcID;
1522         }
1523         fprintf(pipe, "  Equipment Id %d Payload %s\n", ddlID, rawFileName);
1524       }
1525     }
1526   }
1527
1528   Int_t result = gSystem->ClosePipe(pipe);
1529
1530   if (!(selrawdata && selEvents > 0)) {
1531     delete runLoader;
1532     return (result == 0);
1533   }
1534
1535   AliInfo(Form("converting selected by trigger cluster raw data DDL files to DATE file %s", selDateFileName));
1536   
1537   sprintf(command, "dateStream -c -s -D -o %s -# %d -C -run %d", 
1538           selDateFileName,selEvents,runLoader->GetHeader()->GetRun());
1539   FILE* pipe2 = gSystem->OpenPipe(command, "w");
1540
1541   for (Int_t iEvent = 0; iEvent < runLoader->GetNumberOfEvents(); iEvent++) {
1542
1543     // Get the trigger decision and cluster
1544     UInt_t detectorPattern = 0;
1545     TString detClust;
1546     runLoader->GetEvent(iEvent);
1547     if (!runLoader->LoadTrigger()) {
1548       AliCentralTrigger *aCTP = runLoader->GetTrigger();
1549       if (aCTP->GetClassMask() == 0) continue;
1550       detectorPattern = aCTP->GetClusterMask();
1551       detClust = AliDAQ::ListOfTriggeredDetectors(detectorPattern);
1552       AliInfo(Form("List of detectors to be read out: %s",detClust.Data()));
1553     }
1554
1555     fprintf(pipe2, "GDC DetectorPattern %u\n", detectorPattern);
1556     Float_t ldc = 0;
1557     Int_t prevLDC = -1;
1558
1559     // loop over detectors and DDLs
1560     for (Int_t iDet = 0; iDet < AliDAQ::kNDetectors; iDet++) {
1561       // Write only raw data from detectors that
1562       // are contained in the trigger cluster(s)
1563       if (!IsSelected(AliDAQ::DetectorName(iDet),detClust)) continue;
1564
1565       for (Int_t iDDL = 0; iDDL < AliDAQ::NumberOfDdls(iDet); iDDL++) {
1566
1567         Int_t ddlID = AliDAQ::DdlID(iDet,iDDL);
1568         Int_t ldcID = Int_t(ldc + 0.0001);
1569         ldc += AliDAQ::NumberOfLdcs(iDet) / AliDAQ::NumberOfDdls(iDet);
1570
1571         char rawFileName[256];
1572         sprintf(rawFileName, "raw%d/%s", 
1573                 iEvent, AliDAQ::DdlFileName(iDet,iDDL));
1574
1575         // check existence and size of raw data file
1576         FILE* file = fopen(rawFileName, "rb");
1577         if (!file) continue;
1578         fseek(file, 0, SEEK_END);
1579         unsigned long size = ftell(file);
1580         fclose(file);
1581         if (!size) continue;
1582
1583         if (ldcID != prevLDC) {
1584           fprintf(pipe2, " LDC Id %d\n", ldcID);
1585           prevLDC = ldcID;
1586         }
1587         fprintf(pipe2, "  Equipment Id %d Payload %s\n", ddlID, rawFileName);
1588       }
1589     }
1590   }
1591
1592   Int_t result2 = gSystem->ClosePipe(pipe2);
1593
1594   delete runLoader;
1595   return ((result == 0) && (result2 == 0));
1596 }
1597
1598 //_____________________________________________________________________________
1599 Bool_t AliSimulation::ConvertDateToRoot(const char* dateFileName,
1600                                         const char* rootFileName)
1601 {
1602 // convert a DATE file to a root file with the program "alimdc"
1603
1604   // ALIMDC setup
1605   const Int_t kDBSize = 2000000000;
1606   const Int_t kTagDBSize = 1000000000;
1607   const Bool_t kFilter = kFALSE;
1608   const Int_t kCompression = 1;
1609
1610   char* path = gSystem->Which(gSystem->Getenv("PATH"), "alimdc");
1611   if (!path) {
1612     AliError("the program alimdc was not found");
1613     if (fStopOnError) return kFALSE;
1614   } else {
1615     delete[] path;
1616   }
1617
1618   AliInfo(Form("converting DATE file %s to root file %s", 
1619                dateFileName, rootFileName));
1620
1621   const char* rawDBFS[2] = { "/tmp/mdc1", "/tmp/mdc2" };
1622   const char* tagDBFS    = "/tmp/mdc1/tags";
1623
1624   // User defined file system locations
1625   if (gSystem->Getenv("ALIMDC_RAWDB1")) 
1626     rawDBFS[0] = gSystem->Getenv("ALIMDC_RAWDB1");
1627   if (gSystem->Getenv("ALIMDC_RAWDB2")) 
1628     rawDBFS[1] = gSystem->Getenv("ALIMDC_RAWDB2");
1629   if (gSystem->Getenv("ALIMDC_TAGDB")) 
1630     tagDBFS = gSystem->Getenv("ALIMDC_TAGDB");
1631
1632   gSystem->Exec(Form("rm -rf %s",rawDBFS[0]));
1633   gSystem->Exec(Form("rm -rf %s",rawDBFS[1]));
1634   gSystem->Exec(Form("rm -rf %s",tagDBFS));
1635
1636   gSystem->Exec(Form("mkdir %s",rawDBFS[0]));
1637   gSystem->Exec(Form("mkdir %s",rawDBFS[1]));
1638   gSystem->Exec(Form("mkdir %s",tagDBFS));
1639
1640   Int_t result = gSystem->Exec(Form("alimdc %d %d %d %d %s", 
1641                                     kDBSize, kTagDBSize, kFilter, kCompression, dateFileName));
1642   gSystem->Exec(Form("mv %s/*.root %s", rawDBFS[0], rootFileName));
1643
1644   gSystem->Exec(Form("rm -rf %s",rawDBFS[0]));
1645   gSystem->Exec(Form("rm -rf %s",rawDBFS[1]));
1646   gSystem->Exec(Form("rm -rf %s",tagDBFS));
1647
1648   return (result == 0);
1649 }
1650
1651
1652 //_____________________________________________________________________________
1653 AliRunLoader* AliSimulation::LoadRun(const char* mode) const
1654 {
1655 // delete existing run loaders, open a new one and load gAlice
1656
1657   delete AliRunLoader::Instance();
1658   AliRunLoader* runLoader = 
1659     AliRunLoader::Open(fGAliceFileName.Data(), 
1660                        AliConfig::GetDefaultEventFolderName(), mode);
1661   if (!runLoader) {
1662     AliError(Form("no run loader found in file %s", fGAliceFileName.Data()));
1663     return NULL;
1664   }
1665   runLoader->LoadgAlice();
1666   runLoader->LoadHeader();
1667   gAlice = runLoader->GetAliRun();
1668   if (!gAlice) {
1669     AliError(Form("no gAlice object found in file %s", 
1670                   fGAliceFileName.Data()));
1671     return NULL;
1672   }
1673   return runLoader;
1674 }
1675
1676 //_____________________________________________________________________________
1677 Int_t AliSimulation::GetNSignalPerBkgrd(Int_t nEvents) const
1678 {
1679 // get or calculate the number of signal events per background event
1680
1681   if (!fBkgrdFileNames) return 1;
1682   Int_t nBkgrdFiles = fBkgrdFileNames->GetEntriesFast();
1683   if (nBkgrdFiles == 0) return 1;
1684
1685   // get the number of signal events
1686   if (nEvents <= 0) {
1687     AliRunLoader* runLoader = 
1688         AliRunLoader::Open(fGAliceFileName.Data(), "SIGNAL");
1689     if (!runLoader) return 1;
1690     
1691     nEvents = runLoader->GetNumberOfEvents();
1692     delete runLoader;
1693   }
1694
1695   Int_t result = 0;
1696   for (Int_t iBkgrdFile = 0; iBkgrdFile < nBkgrdFiles; iBkgrdFile++) {
1697     // get the number of background events
1698     const char* fileName = ((TObjString*)
1699                             (fBkgrdFileNames->At(iBkgrdFile)))->GetName();
1700     AliRunLoader* runLoader =
1701       AliRunLoader::Open(fileName, "BKGRD");
1702     if (!runLoader) continue;
1703     Int_t nBkgrdEvents = runLoader->GetNumberOfEvents();
1704     delete runLoader;
1705   
1706     // get or calculate the number of signal per background events
1707     Int_t nSignalPerBkgrd = fBkgrdFileNames->At(iBkgrdFile)->GetUniqueID();
1708     if (nSignalPerBkgrd <= 0) {
1709       nSignalPerBkgrd = (nEvents-1) / nBkgrdEvents + 1;
1710     } else if (result && (result != nSignalPerBkgrd)) {
1711       AliInfo(Form("the number of signal events per background event "
1712                    "will be changed from %d to %d for stream %d", 
1713                    nSignalPerBkgrd, result, iBkgrdFile+1));
1714       nSignalPerBkgrd = result;
1715     }
1716
1717     if (!result) result = nSignalPerBkgrd;
1718     if (nSignalPerBkgrd * nBkgrdEvents < nEvents) {
1719       AliWarning(Form("not enough background events (%d) for %d signal events "
1720                       "using %d signal per background events for stream %d",
1721                       nBkgrdEvents, nEvents, nSignalPerBkgrd, iBkgrdFile+1));
1722     }
1723   }
1724
1725   return result;
1726 }
1727
1728 //_____________________________________________________________________________
1729 Bool_t AliSimulation::IsSelected(TString detName, TString& detectors) const
1730 {
1731 // check whether detName is contained in detectors
1732 // if yes, it is removed from detectors
1733
1734   // check if all detectors are selected
1735   if ((detectors.CompareTo("ALL") == 0) ||
1736       detectors.BeginsWith("ALL ") ||
1737       detectors.EndsWith(" ALL") ||
1738       detectors.Contains(" ALL ")) {
1739     detectors = "ALL";
1740     return kTRUE;
1741   }
1742
1743   // search for the given detector
1744   Bool_t result = kFALSE;
1745   if ((detectors.CompareTo(detName) == 0) ||
1746       detectors.BeginsWith(detName+" ") ||
1747       detectors.EndsWith(" "+detName) ||
1748       detectors.Contains(" "+detName+" ")) {
1749     detectors.ReplaceAll(detName, "");
1750     result = kTRUE;
1751   }
1752
1753   // clean up the detectors string
1754   while (detectors.Contains("  ")) detectors.ReplaceAll("  ", " ");
1755   while (detectors.BeginsWith(" ")) detectors.Remove(0, 1);
1756   while (detectors.EndsWith(" ")) detectors.Remove(detectors.Length()-1, 1);
1757
1758   return result;
1759 }
1760
1761 //_____________________________________________________________________________
1762 Bool_t AliSimulation::ConvertRaw2SDigits(const char* rawDirectory, const char* esdFileName) 
1763 {
1764 //
1765 // Steering routine  to convert raw data in directory rawDirectory/ to fake SDigits. 
1766 // These can be used for embedding of MC tracks into RAW data using the standard 
1767 // merging procedure.
1768 //
1769 // If an ESD file is given the reconstructed vertex is taken from it and stored in the event header.
1770 //
1771   if (!gAlice) {
1772     AliError("no gAlice object. Restart aliroot and try again.");
1773     return kFALSE;
1774   }
1775   if (gAlice->Modules()->GetEntries() > 0) {
1776     AliError("gAlice was already run. Restart aliroot and try again.");
1777     return kFALSE;
1778   }
1779   
1780   AliInfo(Form("initializing gAlice with config file %s",fConfigFileName.Data()));
1781   
1782   gAlice->Announce();
1783   
1784   gROOT->LoadMacro(fConfigFileName.Data());
1785   gInterpreter->ProcessLine(gAlice->GetConfigFunction());
1786   
1787   if(AliCDBManager::Instance()->GetRun() >= 0) { 
1788         SetRunNumber(AliCDBManager::Instance()->GetRun());
1789   } else {
1790         AliWarning("Run number not initialized!!");
1791   }
1792   
1793    AliRunLoader::Instance()->CdGAFile();
1794     
1795    AliPDG::AddParticlesToPdgDataBase();  
1796
1797    gMC->SetMagField(TGeoGlobalMagField::Instance()->GetField());
1798    
1799    gAlice->GetMCApp()->Init();
1800
1801    //Must be here because some MCs (G4) adds detectors here and not in Config.C
1802    gAlice->InitLoaders();
1803    AliRunLoader::Instance()->MakeTree("E");
1804    AliRunLoader::Instance()->LoadKinematics("RECREATE");
1805    AliRunLoader::Instance()->LoadTrackRefs("RECREATE");
1806    AliRunLoader::Instance()->LoadHits("all","RECREATE");
1807    //
1808    // Save stuff at the beginning of the file to avoid file corruption
1809    AliRunLoader::Instance()->CdGAFile();
1810    gAlice->Write();
1811 //
1812 //  Initialize CDB     
1813     InitCDB();
1814     //AliCDBManager* man = AliCDBManager::Instance();
1815     //man->SetRun(0); // Should this come from rawdata header ?
1816     
1817     Int_t iDet;
1818     //
1819     // Get the runloader
1820     AliRunLoader* runLoader = AliRunLoader::Instance();
1821     //
1822     // Open esd file if available
1823     TFile* esdFile = TFile::Open(esdFileName);
1824     TTree* treeESD = 0;
1825     AliESDEvent* esd = new AliESDEvent();
1826     esdFile->GetObject("esdTree", treeESD);
1827     if (treeESD) esd->ReadFromTree(treeESD);
1828
1829     //
1830     // Create the RawReader
1831     TString fileName(rawDirectory);
1832     AliRawReader* rawReader = 0x0;
1833     if (fileName.EndsWith("/")) {
1834       rawReader = new AliRawReaderFile(fileName);
1835     } else if (fileName.EndsWith(".root")) {
1836       rawReader = new AliRawReaderRoot(fileName);
1837     } else if (!fileName.IsNull()) {
1838       rawReader = new AliRawReaderDate(fileName);
1839     }
1840 //     if (!fEquipIdMap.IsNull() && fRawReader)
1841 //       fRawReader->LoadEquipmentIdsMap(fEquipIdMap);
1842     //
1843     // Get list of detectors
1844     TObjArray* detArray = runLoader->GetAliRun()->Detectors();
1845     //
1846     // Get Header
1847     AliHeader* header = runLoader->GetHeader();
1848     //
1849     TString detStr = fMakeSDigits;
1850     // Event loop
1851     Int_t nev = 0;
1852     while(kTRUE) {
1853         if (!(rawReader->NextEvent())) break;
1854         //
1855         // Detector loop
1856         for (iDet = 0; iDet < detArray->GetEntriesFast(); iDet++) {
1857             AliModule* det = (AliModule*) detArray->At(iDet);
1858             if (!det || !det->IsActive()) continue;
1859             if (IsSelected(det->GetName(), detStr)) {
1860               AliInfo(Form("Calling Raw2SDigits for %s\n", det->GetName()));
1861               det->Raw2SDigits(rawReader);
1862               rawReader->Reset();
1863             }
1864         } // detectors
1865
1866
1867         //
1868         //  If ESD information available obtain reconstructed vertex and store in header.
1869         if (treeESD) {
1870             treeESD->GetEvent(nev);
1871             const AliESDVertex* esdVertex = esd->GetPrimaryVertex();
1872             Double_t position[3];
1873             esdVertex->GetXYZ(position);
1874             AliGenEventHeader* mcHeader = new  AliGenEventHeader("ESD");
1875             TArrayF mcV;
1876             mcV.Set(3);
1877             for (Int_t i = 0; i < 3; i++) mcV[i] = position[i];
1878             mcHeader->SetPrimaryVertex(mcV);
1879             header->Reset(0,nev);
1880             header->SetGenEventHeader(mcHeader);
1881             printf("***** Saved vertex %f %f %f \n", position[0], position[1], position[2]);
1882         }
1883         nev++;
1884 //
1885 //      Finish the event
1886         runLoader->TreeE()->Fill();
1887         runLoader->SetNextEvent();
1888     } // events
1889  
1890     delete rawReader;
1891 //
1892 //  Finish the run 
1893     runLoader->CdGAFile();
1894     runLoader->WriteHeader("OVERWRITE");
1895     runLoader->WriteRunLoader();
1896
1897     return kTRUE;
1898 }
1899
1900 //_____________________________________________________________________________
1901 void AliSimulation::FinishRun()
1902 {
1903   //
1904   // Called at the end of the run.
1905   //
1906
1907   if(IsLegoRun()) 
1908    {
1909     AliDebug(1, "Finish Lego");
1910     AliRunLoader::Instance()->CdGAFile();
1911     fLego->FinishRun();
1912    }
1913   
1914   // Clean detector information
1915   TIter next(gAlice->Modules());
1916   AliModule *detector;
1917   while((detector = dynamic_cast<AliModule*>(next()))) {
1918     AliDebug(2, Form("%s->FinishRun()", detector->GetName()));
1919     detector->FinishRun();
1920   }
1921   
1922   AliDebug(1, "AliRunLoader::Instance()->WriteHeader(OVERWRITE)");
1923   AliRunLoader::Instance()->WriteHeader("OVERWRITE");
1924
1925   // Write AliRun info and all detectors parameters
1926   AliRunLoader::Instance()->CdGAFile();
1927   gAlice->Write(0,TObject::kOverwrite);//write AliRun
1928   AliRunLoader::Instance()->Write(0,TObject::kOverwrite);//write RunLoader itself
1929   
1930   if(gAlice->GetMCApp()) gAlice->GetMCApp()->FinishRun();  
1931   AliRunLoader::Instance()->Synchronize();
1932 }
1933
1934 //_____________________________________________________________________________
1935 Int_t AliSimulation::GetDetIndex(const char* detector)
1936 {
1937   // return the detector index corresponding to detector
1938   Int_t index = -1 ; 
1939   for (index = 0; index < fgkNDetectors ; index++) {
1940     if ( strcmp(detector, fgkDetectorName[index]) == 0 )
1941           break ; 
1942   }     
1943   return index ; 
1944 }
1945
1946 //_____________________________________________________________________________
1947 Bool_t AliSimulation::CreateHLT()
1948 {
1949   // Init the HLT simulation.
1950   // The function  loads the library and creates the instance of AliHLTSimulation.
1951   // the main reason for the decoupled creation is to set the transient OCDB
1952   // objects before the OCDB is locked
1953
1954   // load the library dynamically
1955   gSystem->Load(ALIHLTSIMULATION_LIBRARY);
1956
1957   // check for the library version
1958   AliHLTSimulationGetLibraryVersion_t fctVersion=(AliHLTSimulationGetLibraryVersion_t)(gSystem->DynFindSymbol(ALIHLTSIMULATION_LIBRARY, ALIHLTSIMULATION_GET_LIBRARY_VERSION));
1959   if (!fctVersion) {
1960     AliError(Form("can not load library %s", ALIHLTSIMULATION_LIBRARY));
1961     return kFALSE;
1962   }
1963   if (fctVersion()!= ALIHLTSIMULATION_LIBRARY_VERSION) {
1964     AliWarning(Form("%s version does not match: compiled for version %d, loaded %d", ALIHLTSIMULATION_LIBRARY, ALIHLTSIMULATION_LIBRARY_VERSION, fctVersion()));
1965   }
1966
1967   // print compile info
1968   typedef void (*CompileInfo)( const char*& date, const char*& time);
1969   CompileInfo fctInfo=(CompileInfo)gSystem->DynFindSymbol(ALIHLTSIMULATION_LIBRARY, "CompileInfo");
1970   if (fctInfo) {
1971     const char* date="";
1972     const char* time="";
1973     (*fctInfo)(date, time);
1974     if (!date) date="unknown";
1975     if (!time) time="unknown";
1976     AliInfo(Form("%s build on %s (%s)", ALIHLTSIMULATION_LIBRARY, date, time));
1977   } else {
1978     AliInfo(Form("no build info available for %s", ALIHLTSIMULATION_LIBRARY));
1979   }
1980
1981   // create instance of the HLT simulation
1982   AliHLTSimulationCreateInstance_t fctCreate=(AliHLTSimulationCreateInstance_t)(gSystem->DynFindSymbol(ALIHLTSIMULATION_LIBRARY, ALIHLTSIMULATION_CREATE_INSTANCE));
1983   if (fctCreate==NULL || (fpHLT=(fctCreate()))==NULL) {
1984     AliError(Form("can not create instance of HLT simulation (creator %p)", fctCreate));
1985     return kFALSE;    
1986   }
1987
1988   TString specObjects;
1989   for (Int_t i = 0; i < fSpecCDBUri.GetEntriesFast(); i++) {
1990     if (specObjects.Length()>0) specObjects+=" ";
1991     specObjects+=fSpecCDBUri[i]->GetName();
1992   }
1993
1994   AliHLTSimulationSetup_t fctSetup=(AliHLTSimulationSetup_t)(gSystem->DynFindSymbol(ALIHLTSIMULATION_LIBRARY, ALIHLTSIMULATION_SETUP));
1995   if (fctSetup==NULL || fctSetup(fpHLT, this, specObjects.Data())<0) {
1996     AliWarning(Form("failed to setup HLT simulation (function %p)", fctSetup));
1997   }
1998
1999   return kTRUE;
2000 }
2001
2002 //_____________________________________________________________________________
2003 Bool_t AliSimulation::RunHLT()
2004 {
2005   // Run the HLT simulation
2006   // HLT simulation is implemented in HLT/sim/AliHLTSimulation
2007   // Disabled if fRunHLT is empty, default vaule is "default".
2008   // AliSimulation::SetRunHLT can be used to set the options for HLT simulation
2009   // The default simulation depends on the HLT component libraries and their
2010   // corresponding agents which define components and chains to run. See
2011   // http://web.ift.uib.no/~kjeks/doc/alice-hlt-current/
2012   // http://web.ift.uib.no/~kjeks/doc/alice-hlt-current/classAliHLTModuleAgent.html
2013   //
2014   // The libraries to be loaded can be specified as an option.
2015   // <pre>
2016   // AliSimulation sim;
2017   // sim.SetRunHLT("libAliHLTSample.so");
2018   // </pre>
2019   // will only load <tt>libAliHLTSample.so</tt>
2020
2021   // Other available options:
2022   // \li loglevel=<i>level</i> <br>
2023   //     logging level for this processing
2024   // \li alilog=off
2025   //     disable redirection of log messages to AliLog class
2026   // \li config=<i>macro</i>
2027   //     configuration macro
2028   // \li chains=<i>configuration</i>
2029   //     comma separated list of configurations to be run during simulation
2030   // \li rawfile=<i>file</i>
2031   //     source for the RawReader to be created, the default is <i>./</i> if
2032   //     raw data is simulated
2033
2034   int iResult=0;
2035
2036   if (!fpHLT && !CreateHLT()) {
2037     return kFALSE;
2038   }
2039   AliHLTSimulation* pHLT=fpHLT;
2040
2041   AliRunLoader* pRunLoader = LoadRun("READ");
2042   if (!pRunLoader) return kFALSE;
2043
2044   // initialize CDB storage, run number, set CDB lock
2045   // thats for the case of running HLT simulation without all the other steps
2046   // multiple calls are handled by the function, so we can just call
2047   InitCDB();
2048   if (!SetRunNumberFromData()) if (fStopOnError) return kFALSE;
2049   SetCDBLock();
2050   
2051   // init the HLT simulation
2052   TString options;
2053   if (fRunHLT.CompareTo("default")!=0) options=fRunHLT;
2054   TString detStr = fWriteRawData;
2055   if (!IsSelected("HLT", detStr)) {
2056     options+=" writerawfiles=";
2057   } else {
2058     options+=" writerawfiles=HLT";
2059   }
2060
2061   if (!detStr.IsNull() && !options.Contains("rawfile=")) {
2062     // as a matter of fact, HLT will run reconstruction and needs the RawReader
2063     // in order to get detector data. By default, RawReaderFile is used to read
2064     // the already simulated ddl files. Date and Root files from the raw data
2065     // are generated after the HLT simulation.
2066     options+=" rawfile=./";
2067   }
2068
2069   AliHLTSimulationInit_t fctInit=(AliHLTSimulationInit_t)(gSystem->DynFindSymbol(ALIHLTSIMULATION_LIBRARY, ALIHLTSIMULATION_INIT));
2070   if (fctInit==NULL || (iResult=(fctInit(pHLT, pRunLoader, options.Data())))<0) {
2071     AliError(Form("can not init HLT simulation: error %d (init %p)", iResult, fctInit));
2072   } else {
2073     // run the HLT simulation
2074     AliHLTSimulationRun_t fctRun=(AliHLTSimulationRun_t)(gSystem->DynFindSymbol(ALIHLTSIMULATION_LIBRARY, ALIHLTSIMULATION_RUN));
2075     if (fctRun==NULL || (iResult=(fctRun(pHLT, pRunLoader)))<0) {
2076       AliError(Form("can not run HLT simulation: error %d (run %p)", iResult, fctRun));
2077     }
2078   }
2079
2080   // delete the instance
2081   AliHLTSimulationDeleteInstance_t fctDelete=(AliHLTSimulationDeleteInstance_t)(gSystem->DynFindSymbol(ALIHLTSIMULATION_LIBRARY, ALIHLTSIMULATION_DELETE_INSTANCE));
2082   if (fctDelete==NULL || fctDelete(pHLT)<0) {
2083     AliError(Form("can not delete instance of HLT simulation (creator %p)", fctDelete));
2084   }
2085   pHLT=NULL;
2086
2087   return iResult>=0?kTRUE:kFALSE;
2088 }
2089
2090 //_____________________________________________________________________________
2091 Bool_t AliSimulation::RunQA()
2092 {
2093         // run the QA on summable hits, digits or digits
2094         
2095   if(!gAlice) return kFALSE;
2096         AliQAManager::QAManager()->SetRunLoader(AliRunLoader::Instance()) ;
2097
2098         TString detectorsw("") ;  
2099         Bool_t rv = kTRUE ; 
2100   AliQAManager::QAManager()->SetEventSpecie(fEventSpecie) ;
2101         detectorsw = AliQAManager::QAManager()->Run(fQADetectors.Data()) ; 
2102         if ( detectorsw.IsNull() ) 
2103                 rv = kFALSE ; 
2104         return rv ; 
2105 }
2106
2107 //_____________________________________________________________________________
2108 Bool_t AliSimulation::SetRunQA(TString detAndAction) 
2109 {
2110         // Allows to run QA for a selected set of detectors
2111         // and a selected set of tasks among HITS, SDIGITS and DIGITS
2112         // all selected detectors run the same selected tasks
2113         
2114         if (!detAndAction.Contains(":")) {
2115                 AliError( Form("%s is a wrong syntax, use \"DetectorList:ActionList\" \n", detAndAction.Data()) ) ;
2116                 fRunQA = kFALSE ;
2117                 return kFALSE ;                 
2118         }
2119         Int_t colon = detAndAction.Index(":") ; 
2120         fQADetectors = detAndAction(0, colon) ; 
2121         if (fQADetectors.Contains("ALL") ){
2122     TString tmp = Form("%s %s", fMakeDigits.Data(), fMakeDigitsFromHits.Data()) ; 
2123     Int_t minus = fQADetectors.Last('-') ; 
2124     TString toKeep = Form("%s %s", fMakeDigits.Data(), fMakeDigitsFromHits.Data()) ; 
2125     TString toRemove("") ;
2126     while (minus >= 0) {
2127       toRemove = fQADetectors(minus+1, fQADetectors.Length()) ; 
2128       toRemove = toRemove.Strip() ; 
2129       toKeep.ReplaceAll(toRemove, "") ; 
2130       fQADetectors.ReplaceAll(Form("-%s", toRemove.Data()), "") ; 
2131       minus = fQADetectors.Last('-') ; 
2132     }
2133     fQADetectors = toKeep ; 
2134   }
2135   fQATasks   = detAndAction(colon+1, detAndAction.Sizeof() ) ; 
2136         if (fQATasks.Contains("ALL") ) {
2137                 fQATasks = Form("%d %d %d", AliQAv1::kHITS, AliQAv1::kSDIGITS, AliQAv1::kDIGITS) ; 
2138         } else {
2139                 fQATasks.ToUpper() ; 
2140                 TString tempo("") ; 
2141                 if ( fQATasks.Contains("HIT") ) 
2142                         tempo = Form("%d ", AliQAv1::kHITS) ; 
2143                 if ( fQATasks.Contains("SDIGIT") ) 
2144                         tempo += Form("%d ", AliQAv1::kSDIGITS) ; 
2145                 if ( fQATasks.Contains("DIGIT") ) 
2146                         tempo += Form("%d ", AliQAv1::kDIGITS) ; 
2147                 fQATasks = tempo ; 
2148                 if (fQATasks.IsNull()) {
2149                         AliInfo("No QA requested\n")  ;
2150                         fRunQA = kFALSE ;
2151                         return kTRUE ; 
2152                 }
2153         }       
2154         TString tempo(fQATasks) ; 
2155     tempo.ReplaceAll(Form("%d", AliQAv1::kHITS), AliQAv1::GetTaskName(AliQAv1::kHITS))  ;
2156     tempo.ReplaceAll(Form("%d", AliQAv1::kSDIGITS), AliQAv1::GetTaskName(AliQAv1::kSDIGITS)) ;  
2157     tempo.ReplaceAll(Form("%d", AliQAv1::kDIGITS), AliQAv1::GetTaskName(AliQAv1::kDIGITS)) ;    
2158         AliInfo( Form("QA will be done on \"%s\" for \"%s\"\n", fQADetectors.Data(), tempo.Data()) ) ;  
2159         fRunQA = kTRUE ;
2160         AliQAManager::QAManager()->SetActiveDetectors(fQADetectors) ; 
2161         AliQAManager::QAManager()->SetTasks(fQATasks) ; 
2162   for (Int_t det = 0 ; det < AliQAv1::kNDET ; det++) 
2163     AliQAManager::QAManager()->SetWriteExpert(AliQAv1::DETECTORINDEX_t(det)) ;
2164   
2165         return kTRUE; 
2166
2167
2168 //_____________________________________________________________________________
2169 void AliSimulation::ProcessEnvironmentVars()
2170 {
2171 // Extract run number and random generator seed from env variables
2172
2173     AliInfo("Processing environment variables");
2174     
2175     // Random Number seed
2176     
2177     // first check that seed is not already set
2178     if (fSeed == 0) {
2179         if (gSystem->Getenv("CONFIG_SEED")) {
2180                 fSeed = atoi(gSystem->Getenv("CONFIG_SEED"));
2181         }
2182     } else {
2183         if (gSystem->Getenv("CONFIG_SEED")) {
2184                 AliInfo(Form("Seed for random number generation already set (%d)"
2185                              ": CONFIG_SEED variable ignored!", fSeed));
2186         }
2187     }
2188    
2189     AliInfo(Form("Seed for random number generation = %d ", fSeed)); 
2190
2191     // Run Number
2192     
2193     // first check that run number is not already set
2194     if(fRun < 0) {    
2195         if (gSystem->Getenv("DC_RUN")) {
2196                 fRun = atoi(gSystem->Getenv("DC_RUN"));
2197         }
2198     } else {
2199         if (gSystem->Getenv("DC_RUN")) {
2200                 AliInfo(Form("Run number already set (%d): DC_RUN variable ignored!", fRun));
2201         }
2202     }
2203     
2204     AliInfo(Form("Run number = %d", fRun)); 
2205 }
2206
2207 //---------------------------------------------------------------------
2208 void AliSimulation::WriteGRPEntry()
2209 {
2210   // Get the necessary information from galice (generator, trigger etc) and
2211   // write a GRP entry corresponding to the settings in the Config.C used
2212   // note that Hall probes and Cavern and Surface Atmos pressures are not simulated.
2213
2214
2215   AliInfo("Writing global run parameters entry into the OCDB");
2216
2217   AliGRPObject* grpObj = new AliGRPObject();
2218
2219   grpObj->SetRunType("PHYSICS");
2220   grpObj->SetTimeStart(0);
2221   TDatime curtime;
2222   grpObj->SetTimeStart(0);
2223   grpObj->SetTimeEnd(curtime.Convert()); 
2224   grpObj->SetBeamEnergyIsSqrtSHalfGeV(); // new format of GRP: store sqrt(s)/2 in GeV
2225
2226   const AliGenerator *gen = gAlice->GetMCApp()->Generator();
2227   if (gen) {
2228     grpObj->SetBeamEnergy(gen->GetEnergyCMS()/2);
2229     TString projectile;
2230     Int_t a,z;
2231     gen->GetProjectile(projectile,a,z);
2232     TString target;
2233     gen->GetTarget(target,a,z);
2234     TString beamType = projectile + "-" + target;
2235     beamType.ReplaceAll(" ","");
2236     if (!beamType.CompareTo("-")) {
2237       grpObj->SetBeamType("UNKNOWN");
2238     }
2239     else {
2240       grpObj->SetBeamType(beamType);
2241       // Heavy ion run, the event specie is set to kHighMult
2242       fEventSpecie = AliRecoParam::kHighMult;
2243       if ((strcmp(beamType,"p-p") == 0) ||
2244           (strcmp(beamType,"p-")  == 0) ||
2245           (strcmp(beamType,"-p")  == 0) ||
2246           (strcmp(beamType,"P-P") == 0) ||
2247           (strcmp(beamType,"P-")  == 0) ||
2248           (strcmp(beamType,"-P")  == 0)) {
2249         // Proton run, the event specie is set to kLowMult
2250         fEventSpecie = AliRecoParam::kLowMult;
2251       } 
2252     }
2253   } else {
2254     AliWarning("Unknown beam type and energy! Setting energy to 0");
2255     grpObj->SetBeamEnergy(0);
2256     grpObj->SetBeamType("UNKNOWN");
2257   }
2258
2259   UInt_t detectorPattern  = 0;
2260   Int_t nDets = 0;
2261   TObjArray *detArray = gAlice->Detectors();
2262   for (Int_t iDet = 0; iDet < AliDAQ::kNDetectors-1; iDet++) {
2263     if (detArray->FindObject(AliDAQ::OfflineModuleName(iDet))) {
2264       detectorPattern |= (1 << iDet);
2265       nDets++;
2266     }
2267   }
2268   // CTP
2269   if (!fMakeTrigger.IsNull() || strcmp(gAlice->GetTriggerDescriptor(),""))
2270     detectorPattern |= (1 << AliDAQ::DetectorID("TRG"));
2271
2272   // HLT
2273   if (!fRunHLT.IsNull())
2274     detectorPattern |= (1 << AliDAQ::kHLTId);
2275
2276   grpObj->SetNumberOfDetectors((Char_t)nDets);
2277   grpObj->SetDetectorMask((Int_t)detectorPattern);
2278   grpObj->SetLHCPeriod("LHC08c");
2279   grpObj->SetLHCState("STABLE_BEAMS");
2280   //
2281   AliMagF *field = (AliMagF*)TGeoGlobalMagField::Instance()->GetField();
2282   Float_t solenoidField = field ? TMath::Abs(field->SolenoidField()) : 0;
2283
2284   Float_t factorSol     = field ? field->GetFactorSol() : 0;
2285   Float_t currentSol    = TMath::Abs(factorSol)>1E-6 ? 
2286     TMath::Nint(TMath::Abs(solenoidField/factorSol))/5.*30000.*TMath::Abs(factorSol) : 0;
2287   //
2288   Float_t factorDip     = field ? field->GetFactorDip() : 0;
2289   Float_t currentDip    = 6000.*TMath::Abs(factorDip);
2290   //
2291   grpObj->SetL3Current(currentSol,(AliGRPObject::Stats)0);
2292   grpObj->SetDipoleCurrent(currentDip,(AliGRPObject::Stats)0);  
2293   grpObj->SetL3Polarity(factorSol>0 ? 0:1);  
2294   grpObj->SetDipolePolarity(factorDip>0 ? 0:1);
2295   grpObj->SetUniformBMap(field->IsUniform());            // for special MC with k5kGUniform map
2296   grpObj->SetPolarityConventionLHC();                    // LHC convention +/+ current -> -/- field main components
2297   //
2298   grpObj->SetCavernTemperature(0,(AliGRPObject::Stats)0);
2299   
2300   //grpMap->Add(new TObjString("fCavernPressure"),new TObjString("0")); ---> not inserted in simulation with the new object, since it is now an AliDCSSensor
2301
2302   // Now store the entry in OCDB
2303   AliCDBManager* man = AliCDBManager::Instance();
2304
2305   AliCDBId id("GRP/GRP/Data", man->GetRun(), man->GetRun(), 1, 1);
2306   AliCDBMetaData *metadata= new AliCDBMetaData();
2307
2308   metadata->SetResponsible("alice-off@cern.ch");
2309   metadata->SetComment("Automatically produced GRP entry for Monte Carlo");
2310  
2311   man->Put(grpObj,id,metadata);
2312 }
2313
2314