Processing SPD Mean Vertex only in PHYSICS runs.
[u/mrichter/AliRoot.git] / STEER / AliSimulation.cxx
1 /**************************************************************************
2  * Copyright(c) 1998-1999, ALICE Experiment at CERN, All rights reserved. *
3  *                                                                        *
4  * Author: The ALICE Off-line Project.                                    *
5  * Contributors are mentioned in the code where appropriate.              *
6  *                                                                        *
7  * Permission to use, copy, modify and distribute this software and its   *
8  * documentation strictly for non-commercial purposes is hereby granted   *
9  * without fee, provided that the above copyright notice appears in all   *
10  * copies and that both the copyright notice and this permission notice   *
11  * appear in the supporting documentation. The authors make no claims     *
12  * about the suitability of this software for any purpose. It is          *
13  * provided "as is" without express or implied warranty.                  *
14  **************************************************************************/
15
16 /* $Id$ */
17
18 ///////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
19 //                                                                           //
20 // class for running generation, simulation and digitization                 //
21 //                                                                           //
22 // Hits, sdigits and digits are created for all detectors by typing:         //
23 //                                                                           //
24 //   AliSimulation sim;                                                      //
25 //   sim.Run();                                                              //
26 //                                                                           //
27 // The Run method returns kTRUE in case of successful execution.             //
28 // The number of events can be given as argument to the Run method or it     //
29 // can be set by                                                             //
30 //                                                                           //
31 //   sim.SetNumberOfEvents(n);                                               //
32 //                                                                           //
33 // The name of the configuration file can be passed as argument to the       //
34 // AliSimulation constructor or can be specified by                          //
35 //                                                                           //
36 //   sim.SetConfigFile("...");                                               //
37 //                                                                           //
38 // The generation of particles and the simulation of detector hits can be    //
39 // switched on or off by                                                     //
40 //                                                                           //
41 //   sim.SetRunGeneration(kTRUE);   // generation of primary particles       //
42 //   sim.SetRunSimulation(kFALSE);  // but no tracking                       //
43 //                                                                           //
44 // For which detectors sdigits and digits will be created, can be steered    //
45 // by                                                                        //
46 //                                                                           //
47 //   sim.SetMakeSDigits("ALL");     // make sdigits for all detectors        //
48 //   sim.SetMakeDigits("ITS TPC");  // make digits only for ITS and TPC      //
49 //                                                                           //
50 // The argument is a (case sensitive) string with the names of the           //
51 // detectors separated by a space. An empty string ("") can be used to       //
52 // disable the creation of sdigits or digits. The special string "ALL"       //
53 // selects all available detectors. This is the default.                     //
54 //                                                                           //
55 // The creation of digits from hits instead of from sdigits can be selected  //
56 // by                                                                        //
57 //                                                                           //
58 //   sim.SetMakeDigitsFromHits("TRD");                                       //
59 //                                                                           //
60 // The argument is again a string with the selected detectors. Be aware that //
61 // this feature is not available for all detectors and that merging is not   //
62 // possible, when digits are created directly from hits.                     //
63 //                                                                           //
64 // Background events can be merged by calling                                //
65 //                                                                           //
66 //   sim.MergeWith("background/galice.root", 2);                             //
67 //                                                                           //
68 // The first argument is the file name of the background galice file. The    //
69 // second argument is the number of signal events per background event.      //
70 // By default this number is calculated from the number of available         //
71 // background events. MergeWith can be called several times to merge more    //
72 // than two event streams. It is assumed that the sdigits were already       //
73 // produced for the background events.                                       //
74 //                                                                           //
75 // The output of raw data can be switched on by calling                      //
76 //                                                                           //
77 //   sim.SetWriteRawData("MUON");   // write raw data for MUON               //
78 //                                                                           //
79 // The default output format of the raw data are DDL files. They are         //
80 // converted to a DATE file, if a file name is given as second argument.     //
81 // For this conversion the program "dateStream" is required. If the file     //
82 // name has the extension ".root", the DATE file is converted to a root      //
83 // file. The program "alimdc" is used for this purpose. For the conversion   //
84 // to DATE and root format the two conversion programs have to be installed. //
85 // Only the raw data in the final format is kept if the third argument is    //
86 // kTRUE.                                                                    //
87 //                                                                           //
88 // The methods RunSimulation, RunSDigitization, RunDigitization,             //
89 // RunHitsDigitization and WriteRawData can be used to run only parts of     //
90 // the full simulation chain. The creation of raw data DDL files and their   //
91 // conversion to the DATE or root format can be run directly by calling      //
92 // the methods WriteRawFiles, ConvertRawFilesToDate and ConvertDateToRoot.   //
93 //                                                                           //
94 // The default number of events per file, which is usually set in the        //
95 // config file, can be changed for individual detectors and data types       //
96 // by calling                                                                //
97 //                                                                           //
98 //   sim.SetEventsPerFile("PHOS", "Reconstructed Points", 3);                //
99 //                                                                           //
100 // The first argument is the detector, the second one the data type and the  //
101 // last one the number of events per file. Valid data types are "Hits",      //
102 // "Summable Digits", "Digits", "Reconstructed Points" and "Tracks".         //
103 // The number of events per file has to be set before the simulation of      //
104 // hits. Otherwise it has no effect.                                         //
105 //                                                                           //
106 ///////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
107
108 #include <TCint.h>
109 #include <TFile.h>
110 #include <TGeoGlobalMagField.h>
111 #include <TGeoManager.h>
112 #include <TObjString.h>
113 #include <TROOT.h>
114 #include <TSystem.h>
115 #include <TVirtualMC.h>
116 #include <TVirtualMCApplication.h>
117 #include <TDatime.h>
118
119 #include "AliAlignObj.h"
120 #include "AliCDBEntry.h"
121 #include "AliCDBManager.h"
122 #include "AliCDBStorage.h"
123 #include "AliCTPRawData.h"
124 #include "AliCentralTrigger.h"
125 #include "AliCentralTrigger.h"
126 #include "AliCodeTimer.h"
127 #include "AliDAQ.h"
128 #include "AliDigitizer.h"
129 #include "AliESDEvent.h"
130 #include "AliGRPObject.h"
131 #include "AliGenEventHeader.h"
132 #include "AliGenerator.h"
133 #include "AliGeomManager.h"
134 #include "AliHLTSimulation.h"
135 #include "AliHeader.h"
136 #include "AliLego.h"
137 #include "AliLegoGenerator.h"
138 #include "AliLog.h"
139 #include "AliMC.h"
140 #include "AliMagF.h"
141 #include "AliModule.h"
142 #include "AliPDG.h"
143 #include "AliRawReaderDate.h"
144 #include "AliRawReaderFile.h"
145 #include "AliRawReaderRoot.h"
146 #include "AliRun.h"
147 #include "AliRunDigitizer.h"
148 #include "AliRunLoader.h"
149 #include "AliSimulation.h"
150 #include "AliSysInfo.h"
151 #include "AliVertexGenFile.h"
152
153 ClassImp(AliSimulation)
154
155 AliSimulation *AliSimulation::fgInstance = 0;
156 const char* AliSimulation::fgkDetectorName[AliSimulation::fgkNDetectors] = {"ITS", "TPC", "TRD", "TOF", "PHOS", "HMPID", "EMCAL", "MUON", "FMD", "ZDC", "PMD", "T0", "VZERO", "ACORDE", "HLT"};
157
158 //_____________________________________________________________________________
159 AliSimulation::AliSimulation(const char* configFileName,
160                              const char* name, const char* title) :
161   TNamed(name, title),
162
163   fRunGeneration(kTRUE),
164   fRunSimulation(kTRUE),
165   fLoadAlignFromCDB(kTRUE),
166   fLoadAlObjsListOfDets("ALL"),
167   fMakeSDigits("ALL"),
168   fMakeDigits("ALL"),
169   fMakeTrigger(""),
170   fMakeDigitsFromHits(""),
171   fWriteRawData(""),
172   fRawDataFileName(""),
173   fDeleteIntermediateFiles(kFALSE),
174   fWriteSelRawData(kFALSE),
175   fStopOnError(kFALSE),
176   fNEvents(1),
177   fConfigFileName(configFileName),
178   fGAliceFileName("galice.root"),
179   fEventsPerFile(),
180   fBkgrdFileNames(NULL),
181   fAlignObjArray(NULL),
182   fUseBkgrdVertex(kTRUE),
183   fRegionOfInterest(kFALSE),
184   fCDBUri(""),
185   fQARefUri(""), 
186   fSpecCDBUri(),
187   fRun(-1),
188   fSeed(0),
189   fInitCDBCalled(kFALSE),
190   fInitRunNumberCalled(kFALSE),
191   fSetRunNumberFromDataCalled(kFALSE),
192   fEmbeddingFlag(kFALSE),
193   fLego(NULL),
194   fQADetectors("ALL"),                  
195   fQATasks("ALL"),      
196   fRunQA(kTRUE), 
197   fEventSpecie(AliRecoParam::kDefault),
198   fWriteQAExpertData(kTRUE), 
199   fRunHLT("default"),
200   fpHLT(NULL),
201   fWriteGRPEntry(kTRUE)
202 {
203 // create simulation object with default parameters
204   fgInstance = this;
205   SetGAliceFile("galice.root");
206   
207 // for QA
208         AliQAManager * qam = AliQAManager::QAManager(AliQAv1::kSIMMODE) ; 
209         qam->SetActiveDetectors(fQADetectors) ; 
210         fQATasks = Form("%d %d %d", AliQAv1::kHITS, AliQAv1::kSDIGITS, AliQAv1::kDIGITS) ; 
211         qam->SetTasks(fQATasks) ;       
212 }
213
214 //_____________________________________________________________________________
215 AliSimulation::~AliSimulation()
216 {
217 // clean up
218
219   fEventsPerFile.Delete();
220 //  if(fAlignObjArray) fAlignObjArray->Delete(); // fAlignObjArray->RemoveAll() ???
221 //  delete fAlignObjArray; fAlignObjArray=0;
222
223   if (fBkgrdFileNames) {
224     fBkgrdFileNames->Delete();
225     delete fBkgrdFileNames;
226   }
227
228   fSpecCDBUri.Delete();
229   if (fgInstance==this) fgInstance = 0;
230
231   AliQAManager::QAManager()->ShowQA() ; 
232   AliQAManager::Destroy() ;     
233   AliCodeTimer::Instance()->Print();
234 }
235
236
237 //_____________________________________________________________________________
238 void AliSimulation::SetNumberOfEvents(Int_t nEvents)
239 {
240 // set the number of events for one run
241
242   fNEvents = nEvents;
243 }
244
245 //_____________________________________________________________________________
246 void AliSimulation::InitQA()
247 {
248   // activate a default CDB storage
249   // First check if we have any CDB storage set, because it is used 
250   // to retrieve the calibration and alignment constants
251   
252   if (fInitCDBCalled) return;
253   fInitCDBCalled = kTRUE;
254
255   AliQAManager * qam = AliQAManager::QAManager(AliQAv1::kSIMMODE) ; 
256   qam->SetActiveDetectors(fQADetectors) ; 
257   fQATasks = Form("%d %d %d", AliQAv1::kHITS, AliQAv1::kSDIGITS, AliQAv1::kDIGITS) ; 
258   qam->SetTasks(fQATasks) ;
259         if (fWriteQAExpertData)
260     qam->SetWriteExpert() ; 
261   
262   if (qam->IsDefaultStorageSet()) {
263     AliWarning("!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!");
264     AliWarning("Default QA reference storage has been already set !");
265     AliWarning(Form("Ignoring the default storage declared in AliSimulation: %s",fQARefUri.Data()));
266     AliWarning("!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!");
267     fQARefUri = qam->GetDefaultStorage()->GetURI();
268   } else {
269       if (fQARefUri.Length() > 0) {
270         AliDebug(2,"!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!");
271         AliDebug(2, Form("Default QA reference storage is set to: %s", fQARefUri.Data()));
272         AliDebug(2, "!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!");
273       } else {
274         fQARefUri="local://$ALICE_ROOT/QARef";
275         AliWarning("!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!");
276         AliWarning("Default QA reference storage not yet set !!!!");
277         AliWarning(Form("Setting it now to: %s", fQARefUri.Data()));
278         AliWarning("!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!");
279       }
280     qam->SetDefaultStorage(fQARefUri);
281   }
282 }
283
284 //_____________________________________________________________________________
285 void AliSimulation::InitCDB()
286 {
287 // activate a default CDB storage
288 // First check if we have any CDB storage set, because it is used 
289 // to retrieve the calibration and alignment constants
290
291   if (fInitCDBCalled) return;
292   fInitCDBCalled = kTRUE;
293
294   AliCDBManager* man = AliCDBManager::Instance();
295   if (man->IsDefaultStorageSet())
296   {
297     AliWarning("!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!");
298     AliWarning("Default CDB storage has been already set !");
299     AliWarning(Form("Ignoring the default storage declared in AliSimulation: %s",fCDBUri.Data()));
300     AliWarning("!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!");
301     fCDBUri = man->GetDefaultStorage()->GetURI();
302   }
303   else {
304     if (fCDBUri.Length() > 0) 
305     {
306         AliDebug(2,"!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!");
307         AliDebug(2, Form("Default CDB storage is set to: %s", fCDBUri.Data()));
308         AliDebug(2, "!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!");
309     } else {
310         fCDBUri="local://$ALICE_ROOT/OCDB";
311         AliWarning("!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!");
312         AliWarning("Default CDB storage not yet set !!!!");
313         AliWarning(Form("Setting it now to: %s", fCDBUri.Data()));
314         AliWarning("!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!");
315                 
316     }
317     man->SetDefaultStorage(fCDBUri);
318   }
319
320   // Now activate the detector specific CDB storage locations
321   for (Int_t i = 0; i < fSpecCDBUri.GetEntriesFast(); i++) {
322     TObject* obj = fSpecCDBUri[i];
323     if (!obj) continue;
324     AliDebug(2, "!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!");
325     AliDebug(2, Form("Specific CDB storage for %s is set to: %s",obj->GetName(),obj->GetTitle()));
326     AliDebug(2, "!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!");
327     man->SetSpecificStorage(obj->GetName(), obj->GetTitle());
328   }
329       
330 }
331
332 //_____________________________________________________________________________
333 void AliSimulation::InitRunNumber(){
334 // check run number. If not set, set it to 0 !!!!
335   
336   if (fInitRunNumberCalled) return;
337   fInitRunNumberCalled = kTRUE;
338   
339   AliCDBManager* man = AliCDBManager::Instance();
340   if (man->GetRun() >= 0)
341   {
342         AliFatal(Form("Run number cannot be set in AliCDBManager before start of simulation: "
343                         "Use external variable DC_RUN or AliSimulation::SetRun()!"));
344   }
345     
346   if(fRun >= 0) {
347         AliDebug(2, Form("Setting CDB run number to: %d",fRun));
348   } else {
349         fRun=0;
350         AliWarning(Form("Run number not yet set !!!! Setting it now to: %d",
351                         fRun));
352   }
353   man->SetRun(fRun);
354
355   man->Print();
356
357 }
358
359 //_____________________________________________________________________________
360 void AliSimulation::SetCDBLock() {
361   // Set CDB lock: from now on it is forbidden to reset the run number
362   // or the default storage or to activate any further storage!
363   
364   AliCDBManager::Instance()->SetLock(1);
365 }
366
367 //_____________________________________________________________________________
368 void AliSimulation::SetDefaultStorage(const char* uri) {
369   // Store the desired default CDB storage location
370   // Activate it later within the Run() method
371   
372   fCDBUri = uri;
373   
374 }
375
376 //_____________________________________________________________________________
377 void AliSimulation::SetQARefDefaultStorage(const char* uri) {
378   // Store the desired default CDB storage location
379   // Activate it later within the Run() method
380   
381   fQARefUri = uri;
382   AliQAv1::SetQARefStorage(fQARefUri.Data()) ;
383 }
384
385 //_____________________________________________________________________________
386 void AliSimulation::SetSpecificStorage(const char* calibType, const char* uri) {
387 // Store a detector-specific CDB storage location
388 // Activate it later within the Run() method
389
390   AliCDBPath aPath(calibType);
391   if(!aPath.IsValid()){
392         AliError(Form("Not a valid path: %s", calibType));
393         return;
394   }
395
396   TObject* obj = fSpecCDBUri.FindObject(calibType);
397   if (obj) fSpecCDBUri.Remove(obj);
398   fSpecCDBUri.Add(new TNamed(calibType, uri));
399
400 }
401
402 //_____________________________________________________________________________
403 void AliSimulation::SetRunNumber(Int_t run)
404 {
405 // sets run number
406 // Activate it later within the Run() method
407
408         fRun = run;
409 }
410
411 //_____________________________________________________________________________
412 void AliSimulation::SetSeed(Int_t seed)
413 {
414 // sets seed number
415 // Activate it later within the Run() method
416
417         fSeed = seed;
418 }
419
420 //_____________________________________________________________________________
421 Bool_t AliSimulation::SetRunNumberFromData()
422 {
423   // Set the CDB manager run number
424   // The run number is retrieved from gAlice
425
426     if (fSetRunNumberFromDataCalled) return kTRUE;
427     fSetRunNumberFromDataCalled = kTRUE;    
428   
429     AliCDBManager* man = AliCDBManager::Instance();
430     Int_t runData = -1, runCDB = -1;
431   
432     AliRunLoader* runLoader = LoadRun("READ");
433     if (!runLoader) return kFALSE;
434     else {
435         runData = runLoader->GetHeader()->GetRun();
436         delete runLoader;
437     }
438   
439     runCDB = man->GetRun();
440     if(runCDB >= 0) {
441         if (runCDB != runData) {
442                 AliWarning("!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!");
443                 AliWarning(Form("A run number was previously set in AliCDBManager: %d !", runCDB));
444                 AliWarning(Form("It will be replaced with the run number got from run header: %d !", runData));
445                 AliWarning("!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!");    
446         }
447         
448     }
449       
450     man->SetRun(runData);
451     fRun = runData;
452     
453     if(man->GetRun() < 0) {
454         AliError("Run number not properly initalized!");
455         return kFALSE;
456     }
457   
458     man->Print();
459     
460     return kTRUE;
461 }
462
463 //_____________________________________________________________________________
464 void AliSimulation::SetConfigFile(const char* fileName)
465 {
466 // set the name of the config file
467
468   fConfigFileName = fileName;
469 }
470
471 //_____________________________________________________________________________
472 void AliSimulation::SetGAliceFile(const char* fileName)
473 {
474 // set the name of the galice file
475 // the path is converted to an absolute one if it is relative
476
477   fGAliceFileName = fileName;
478   if (!gSystem->IsAbsoluteFileName(fGAliceFileName)) {
479     char* absFileName = gSystem->ConcatFileName(gSystem->WorkingDirectory(),
480                                                 fGAliceFileName);
481     fGAliceFileName = absFileName;
482     delete[] absFileName;
483   }
484
485   AliDebug(2, Form("galice file name set to %s", fileName));
486 }
487
488 //_____________________________________________________________________________
489 void AliSimulation::SetEventsPerFile(const char* detector, const char* type, 
490                                      Int_t nEvents)
491 {
492 // set the number of events per file for the given detector and data type
493 // ("Hits", "Summable Digits", "Digits", "Reconstructed Points" or "Tracks")
494
495   TNamed* obj = new TNamed(detector, type);
496   obj->SetUniqueID(nEvents);
497   fEventsPerFile.Add(obj);
498 }
499
500 //_____________________________________________________________________________
501 Bool_t AliSimulation::MisalignGeometry(AliRunLoader *runLoader)
502 {
503   // Read the alignment objects from CDB.
504   // Each detector is supposed to have the
505   // alignment objects in DET/Align/Data CDB path.
506   // All the detector objects are then collected,
507   // sorted by geometry level (starting from ALIC) and
508   // then applied to the TGeo geometry.
509   // Finally an overlaps check is performed.
510
511   if (!AliGeomManager::GetGeometry() || !AliGeomManager::GetGeometry()->IsClosed()) {
512     AliError("Can't apply the misalignment! Geometry is not loaded or it is still opened!");
513     return kFALSE;
514   }  
515   
516   // initialize CDB storage, run number, set CDB lock
517   InitCDB();
518 //  if (!SetRunNumberFromData()) if (fStopOnError) return kFALSE;
519   SetCDBLock();
520     
521   Bool_t delRunLoader = kFALSE;
522   if (!runLoader) {
523     runLoader = LoadRun("READ");
524     if (!runLoader) return kFALSE;
525     delRunLoader = kTRUE;
526   }
527   
528   // Export ideal geometry 
529   if(!gAlice->IsRootGeometry()) AliGeomManager::GetGeometry()->Export("geometry.root");
530
531   // Load alignment data from CDB and apply to geometry through AliGeomManager
532   if(fLoadAlignFromCDB){
533     
534     TString detStr = fLoadAlObjsListOfDets;
535     TString loadAlObjsListOfDets = "";
536     
537     TObjArray* detArray = runLoader->GetAliRun()->Detectors();
538     for (Int_t iDet = 0; iDet < detArray->GetEntriesFast(); iDet++) {
539       AliModule* det = (AliModule*) detArray->At(iDet);
540       if (!det || !det->IsActive()) continue;
541       if (IsSelected(det->GetName(), detStr)) {
542         //add det to list of dets to be aligned from CDB
543         loadAlObjsListOfDets += det->GetName();
544         loadAlObjsListOfDets += " ";
545       }
546     } // end loop over detectors
547     loadAlObjsListOfDets.Prepend("GRP "); //add alignment objects for non-sensitive modules
548     AliGeomManager::ApplyAlignObjsFromCDB(loadAlObjsListOfDets.Data());
549   }else{
550     // Check if the array with alignment objects was
551     // provided by the user. If yes, apply the objects
552     // to the present TGeo geometry
553     if (fAlignObjArray) {
554       if (AliGeomManager::ApplyAlignObjsToGeom(*fAlignObjArray) == kFALSE) {
555         AliError("The misalignment of one or more volumes failed!"
556                  "Compare the list of simulated detectors and the list of detector alignment data!");
557         if (delRunLoader) delete runLoader;
558         return kFALSE;
559       }
560     }
561   }
562
563   // Update the internal geometry of modules (ITS needs it)
564   TString detStr = fLoadAlObjsListOfDets;
565   TObjArray* detArray = runLoader->GetAliRun()->Detectors();
566   for (Int_t iDet = 0; iDet < detArray->GetEntriesFast(); iDet++) {
567
568     AliModule* det = (AliModule*) detArray->At(iDet);
569     if (!det || !det->IsActive()) continue;
570     if (IsSelected(det->GetName(), detStr)) {
571       det->UpdateInternalGeometry();
572     }
573   } // end loop over detectors
574
575
576   if (delRunLoader) delete runLoader;
577
578   return kTRUE;
579 }
580
581 //_____________________________________________________________________________
582 void AliSimulation::MergeWith(const char* fileName, Int_t nSignalPerBkgrd)
583 {
584 // add a file with background events for merging
585
586   TObjString* fileNameStr = new TObjString(fileName);
587   fileNameStr->SetUniqueID(nSignalPerBkgrd);
588   if (!fBkgrdFileNames) fBkgrdFileNames = new TObjArray;
589   fBkgrdFileNames->Add(fileNameStr);
590 }
591
592 void AliSimulation::EmbedInto(const char* fileName, Int_t nSignalPerBkgrd)
593 {
594 // add a file with background events for embeddin
595   MergeWith(fileName, nSignalPerBkgrd);
596   fEmbeddingFlag = kTRUE;
597 }
598
599 //_____________________________________________________________________________
600 Bool_t AliSimulation::Run(Int_t nEvents)
601 {
602 // run the generation, simulation and digitization
603
604  
605   AliCodeTimerAuto("",0)
606   AliSysInfo::AddStamp("Start_Run");
607   
608   // Load run number and seed from environmental vars
609   ProcessEnvironmentVars();
610   AliSysInfo::AddStamp("ProcessEnvironmentVars");
611
612   gRandom->SetSeed(fSeed);
613    
614   if (nEvents > 0) fNEvents = nEvents;
615
616   // create and setup the HLT instance
617   if (!fRunHLT.IsNull() && !CreateHLT()) {
618     if (fStopOnError) return kFALSE;
619     // disable HLT
620     fRunHLT="";
621   }
622   
623   // generation and simulation -> hits
624   if (fRunGeneration) {
625     if (!RunSimulation()) if (fStopOnError) return kFALSE;
626   }
627   AliSysInfo::AddStamp("RunSimulation");
628            
629   // initialize CDB storage from external environment
630   // (either CDB manager or AliSimulation setters),
631   // if not already done in RunSimulation()
632   InitCDB();
633   AliSysInfo::AddStamp("InitCDB");
634   
635   // Set run number in CDBManager from data 
636   // From this point on the run number must be always loaded from data!
637   if (!SetRunNumberFromData()) if (fStopOnError) return kFALSE;
638   
639   // Set CDB lock: from now on it is forbidden to reset the run number
640   // or the default storage or to activate any further storage!
641   SetCDBLock();
642
643   // If RunSimulation was not called, load the geometry and misalign it
644   if (!AliGeomManager::GetGeometry()) {
645     // Initialize the geometry manager
646     AliGeomManager::LoadGeometry("geometry.root");
647   AliSysInfo::AddStamp("GetGeometry");
648
649     
650 //    // Check that the consistency of symbolic names for the activated subdetectors
651 //    // in the geometry loaded by AliGeomManager
652 //    AliRunLoader* runLoader = LoadRun("READ");
653 //    if (!runLoader) return kFALSE;
654 //
655 //    TString detsToBeChecked = "";
656 //    TObjArray* detArray = runLoader->GetAliRun()->Detectors();
657 //    for (Int_t iDet = 0; iDet < detArray->GetEntriesFast(); iDet++) {
658 //      AliModule* det = (AliModule*) detArray->At(iDet);
659 //      if (!det || !det->IsActive()) continue;
660 //      detsToBeChecked += det->GetName();
661 //      detsToBeChecked += " ";
662 //    } // end loop over detectors
663 //    if(!AliGeomManager::CheckSymNamesLUT(detsToBeChecked.Data()))
664     if(!AliGeomManager::CheckSymNamesLUT("ALL"))
665         AliFatalClass("Current loaded geometry differs in the definition of symbolic names!");
666         
667     if (!AliGeomManager::GetGeometry()) if (fStopOnError) return kFALSE;
668     // Misalign geometry
669     if(!MisalignGeometry()) if (fStopOnError) return kFALSE;
670   }
671   AliSysInfo::AddStamp("MissalignGeometry");
672
673
674   // hits -> summable digits
675   AliSysInfo::AddStamp("Start_sdigitization");
676   if (!fMakeSDigits.IsNull()) {
677     if (!RunSDigitization(fMakeSDigits)) if (fStopOnError) return kFALSE;
678  
679   }
680   AliSysInfo::AddStamp("Stop_sdigitization");
681   
682   AliSysInfo::AddStamp("Start_digitization");  
683   // summable digits -> digits  
684   if (!fMakeDigits.IsNull()) {
685     if (!RunDigitization(fMakeDigits, fMakeDigitsFromHits)) {
686       if (fStopOnError) return kFALSE;
687     }
688    }
689   AliSysInfo::AddStamp("Stop_digitization");
690
691   
692   
693   // hits -> digits
694   if (!fMakeDigitsFromHits.IsNull()) {
695     if (fBkgrdFileNames && (fBkgrdFileNames->GetEntriesFast() > 0)) {
696       AliWarning(Form("Merging and direct creation of digits from hits " 
697                  "was selected for some detectors. "
698                  "No merging will be done for the following detectors: %s",
699                  fMakeDigitsFromHits.Data()));
700     }
701     if (!RunHitsDigitization(fMakeDigitsFromHits)) {
702       if (fStopOnError) return kFALSE;
703     }
704   }
705
706   AliSysInfo::AddStamp("Hits2Digits");
707   
708   
709   // digits -> trigger
710   if (!RunTrigger(fMakeTrigger,fMakeDigits)) {
711     if (fStopOnError) return kFALSE;
712   }
713
714   AliSysInfo::AddStamp("RunTrigger");
715   
716   
717   // digits -> raw data
718   if (!fWriteRawData.IsNull()) {
719     if (!WriteRawData(fWriteRawData, fRawDataFileName, 
720                       fDeleteIntermediateFiles,fWriteSelRawData)) {
721       if (fStopOnError) return kFALSE;
722     }
723   }
724
725   AliSysInfo::AddStamp("WriteRaw");
726   
727   // run HLT simulation on simulated digit data if raw data is not
728   // simulated, otherwise its called as part of WriteRawData
729   if (!fRunHLT.IsNull() && fWriteRawData.IsNull()) {
730     if (!RunHLT()) {
731       if (fStopOnError) return kFALSE;
732     }
733   }
734
735   AliSysInfo::AddStamp("RunHLT");
736   
737   //QA
738         if (fRunQA) {
739                 Bool_t rv = RunQA() ; 
740                 if (!rv)
741                         if (fStopOnError) 
742                                 return kFALSE ;         
743         }
744
745   AliSysInfo::AddStamp("RunQA");
746
747   // Cleanup of CDB manager: cache and active storages!
748   AliCDBManager::Instance()->ClearCache();
749
750   return kTRUE;
751 }
752
753 //_______________________________________________________________________
754 Bool_t AliSimulation::RunLego(const char *setup, Int_t nc1, Float_t c1min,
755                      Float_t c1max,Int_t nc2,Float_t c2min,Float_t c2max,
756                      Float_t rmin,Float_t rmax,Float_t zmax, AliLegoGenerator* gener, Int_t nev)
757 {
758   //
759   // Generates lego plots of:
760   //    - radiation length map phi vs theta
761   //    - radiation length map phi vs eta
762   //    - interaction length map
763   //    - g/cm2 length map
764   //
765   //  ntheta    bins in theta, eta
766   //  themin    minimum angle in theta (degrees)
767   //  themax    maximum angle in theta (degrees)
768   //  nphi      bins in phi
769   //  phimin    minimum angle in phi (degrees)
770   //  phimax    maximum angle in phi (degrees)
771   //  rmin      minimum radius
772   //  rmax      maximum radius
773   //  
774   //
775   //  The number of events generated = ntheta*nphi
776   //  run input parameters in macro setup (default="Config.C")
777   //
778   //  Use macro "lego.C" to visualize the 3 lego plots in spherical coordinates
779   //Begin_Html
780   /*
781     <img src="picts/AliRunLego1.gif">
782   */
783   //End_Html
784   //Begin_Html
785   /*
786     <img src="picts/AliRunLego2.gif">
787   */
788   //End_Html
789   //Begin_Html
790   /*
791     <img src="picts/AliRunLego3.gif">
792   */
793   //End_Html
794   //
795
796 // run the generation and simulation
797
798   AliCodeTimerAuto("",0)
799
800   // initialize CDB storage and run number from external environment
801   // (either CDB manager or AliSimulation setters)
802   InitCDB();
803   InitRunNumber();
804   SetCDBLock();
805   
806   if (!gAlice) {
807     AliError("no gAlice object. Restart aliroot and try again.");
808     return kFALSE;
809   }
810   if (gAlice->Modules()->GetEntries() > 0) {
811     AliError("gAlice was already run. Restart aliroot and try again.");
812     return kFALSE;
813   }
814
815   AliInfo(Form("initializing gAlice with config file %s",
816           fConfigFileName.Data()));
817
818   // Number of events 
819     if (nev == -1) nev  = nc1 * nc2;
820     
821   // check if initialisation has been done
822   // If runloader has been initialized, set the number of events per file to nc1 * nc2
823     
824   // Set new generator
825   if (!gener) gener  = new AliLegoGenerator();
826   //
827   // Configure Generator
828
829   gener->SetRadiusRange(rmin, rmax);
830   gener->SetZMax(zmax);
831   gener->SetCoor1Range(nc1, c1min, c1max);
832   gener->SetCoor2Range(nc2, c2min, c2max);
833   
834   
835   //Create Lego object  
836   fLego = new AliLego("lego",gener);
837
838   //__________________________________________________________________________
839
840   gAlice->Announce();
841
842   gROOT->LoadMacro(setup);
843   gInterpreter->ProcessLine(gAlice->GetConfigFunction());
844
845   if(AliCDBManager::Instance()->GetRun() >= 0) { 
846     SetRunNumber(AliCDBManager::Instance()->GetRun());
847   } else {
848     AliWarning("Run number not initialized!!");
849   }
850
851   AliRunLoader::Instance()->CdGAFile();
852   
853   AliPDG::AddParticlesToPdgDataBase();  
854   
855   gAlice->GetMCApp()->Init();
856   
857   gMC->SetMagField(TGeoGlobalMagField::Instance()->GetField());
858
859   
860   //Must be here because some MCs (G4) adds detectors here and not in Config.C
861   gAlice->InitLoaders();
862   AliRunLoader::Instance()->MakeTree("E");
863   
864   //
865   // Save stuff at the beginning of the file to avoid file corruption
866   AliRunLoader::Instance()->CdGAFile();
867   gAlice->Write();
868
869   //Save current generator
870   AliGenerator *gen=gAlice->GetMCApp()->Generator();
871   gAlice->GetMCApp()->ResetGenerator(gener);
872   //Prepare MC for Lego Run
873   gMC->InitLego();
874   
875   //Run Lego Object
876   
877   
878   AliRunLoader::Instance()->SetNumberOfEventsPerFile(nev);
879   gMC->ProcessRun(nev);
880   
881   // End of this run, close files
882   FinishRun();
883   // Restore current generator
884   gAlice->GetMCApp()->ResetGenerator(gen);
885   // Delete Lego Object
886   delete fLego;
887
888   return kTRUE;
889 }
890
891 //_____________________________________________________________________________
892 Bool_t AliSimulation::RunTrigger(const char* config, const char* detectors)
893 {
894   // run the trigger
895
896   AliCodeTimerAuto("",0)
897
898   // initialize CDB storage from external environment
899   // (either CDB manager or AliSimulation setters),
900   // if not already done in RunSimulation()
901   InitCDB();
902   
903   // Set run number in CDBManager from data 
904   // From this point on the run number must be always loaded from data!
905   if (!SetRunNumberFromData()) if (fStopOnError) return kFALSE;
906   
907   // Set CDB lock: from now on it is forbidden to reset the run number
908   // or the default storage or to activate any further storage!
909   SetCDBLock();
910    
911    AliRunLoader* runLoader = LoadRun("READ");
912    if (!runLoader) return kFALSE;
913    TString trconfiguration = config;
914
915    if (trconfiguration.IsNull()) {
916      if (strcmp(gAlice->GetTriggerDescriptor(),"")) {
917        trconfiguration = gAlice->GetTriggerDescriptor();
918      }
919      else
920        AliWarning("No trigger descriptor is specified. Loading the one that is in the CDB.");
921    }
922
923    runLoader->MakeTree( "GG" );
924    AliCentralTrigger* aCTP = runLoader->GetTrigger();
925    // Load Configuration
926    if (!aCTP->LoadConfiguration( trconfiguration ))
927      return kFALSE;
928
929    // digits -> trigger
930    if( !aCTP->RunTrigger( runLoader , detectors ) ) {
931       if (fStopOnError) {
932         //  delete aCTP;
933         return kFALSE;
934       }
935    }
936
937    delete runLoader;
938
939    return kTRUE;
940 }
941
942 //_____________________________________________________________________________
943 Bool_t AliSimulation::WriteTriggerRawData()
944 {
945   // Writes the CTP (trigger) DDL raw data
946   // Details of the format are given in the
947   // trigger TDR - pages 134 and 135.
948   AliCTPRawData writer;
949   writer.RawData();
950
951   return kTRUE;
952 }
953
954 //_____________________________________________________________________________
955 Bool_t AliSimulation::RunSimulation(Int_t nEvents)
956 {
957 // run the generation and simulation
958
959   AliCodeTimerAuto("",0)
960
961   // initialize CDB storage and run number from external environment
962   // (either CDB manager or AliSimulation setters)
963   AliSysInfo::AddStamp("RunSimulation_Begin");
964   InitCDB();
965   AliSysInfo::AddStamp("RunSimulation_InitCDB");
966   InitRunNumber();
967   SetCDBLock();
968   AliSysInfo::AddStamp("RunSimulation_SetCDBLock");
969   
970   if (!gAlice) {
971     AliError("no gAlice object. Restart aliroot and try again.");
972     return kFALSE;
973   }
974   if (gAlice->Modules()->GetEntries() > 0) {
975     AliError("gAlice was already run. Restart aliroot and try again.");
976     return kFALSE;
977   }
978
979   AliInfo(Form("initializing gAlice with config file %s",
980           fConfigFileName.Data()));
981
982   //
983   // Initialize ALICE Simulation run
984   //
985
986   gAlice->Announce();
987
988   gROOT->LoadMacro(fConfigFileName.Data());
989   gInterpreter->ProcessLine(gAlice->GetConfigFunction());
990   AliSysInfo::AddStamp("RunSimulation_Config");
991
992   if(AliCDBManager::Instance()->GetRun() >= 0) { 
993     AliRunLoader::Instance()->SetRunNumber(AliCDBManager::Instance()->GetRun());
994     AliRunLoader::Instance()->SetNumberOfEventsPerRun(fNEvents);
995   } else {
996         AliWarning("Run number not initialized!!");
997   }
998   
999    AliRunLoader::Instance()->CdGAFile();
1000     
1001    AliPDG::AddParticlesToPdgDataBase();  
1002
1003    gAlice->GetMCApp()->Init();
1004    AliSysInfo::AddStamp("RunSimulation_InitMCApp");
1005
1006    gMC->SetMagField(TGeoGlobalMagField::Instance()->GetField());
1007    AliSysInfo::AddStamp("RunSimulation_GetField");
1008    
1009    //Must be here because some MCs (G4) adds detectors here and not in Config.C
1010    gAlice->InitLoaders();
1011    AliRunLoader::Instance()->MakeTree("E");
1012    AliRunLoader::Instance()->LoadKinematics("RECREATE");
1013    AliRunLoader::Instance()->LoadTrackRefs("RECREATE");
1014    AliRunLoader::Instance()->LoadHits("all","RECREATE");
1015    //
1016    // Save stuff at the beginning of the file to avoid file corruption
1017    AliRunLoader::Instance()->CdGAFile();
1018    gAlice->Write();
1019    gAlice->SetEventNrInRun(-1); //important - we start Begin event from increasing current number in run
1020    AliSysInfo::AddStamp("RunSimulation_InitLoaders");
1021   //___________________________________________________________________________________________
1022   
1023   // Get the trigger descriptor string
1024   // Either from AliSimulation or from
1025   // gAlice
1026   if (fMakeTrigger.IsNull()) {
1027     if (strcmp(gAlice->GetTriggerDescriptor(),""))
1028       fMakeTrigger = gAlice->GetTriggerDescriptor();
1029   }
1030   else
1031     gAlice->SetTriggerDescriptor(fMakeTrigger.Data());
1032   AliSysInfo::AddStamp("RunSimulation_TriggerDescriptor");
1033
1034   // Set run number in CDBManager
1035   AliInfo(Form("Run number: %d",AliCDBManager::Instance()->GetRun()));
1036
1037   AliRunLoader* runLoader = AliRunLoader::Instance();
1038   if (!runLoader) {
1039              AliError(Form("gAlice has no run loader object. "
1040                              "Check your config file: %s", fConfigFileName.Data()));
1041              return kFALSE;
1042   }
1043   SetGAliceFile(runLoader->GetFileName());
1044       
1045   // Misalign geometry
1046 #if ROOT_VERSION_CODE < 331527
1047   AliGeomManager::SetGeometry(gGeoManager);
1048   
1049   // Check that the consistency of symbolic names for the activated subdetectors
1050   // in the geometry loaded by AliGeomManager
1051   TString detsToBeChecked = "";
1052   TObjArray* detArray = runLoader->GetAliRun()->Detectors();
1053   for (Int_t iDet = 0; iDet < detArray->GetEntriesFast(); iDet++) {
1054     AliModule* det = (AliModule*) detArray->At(iDet);
1055     if (!det || !det->IsActive()) continue;
1056     detsToBeChecked += det->GetName();
1057     detsToBeChecked += " ";
1058   } // end loop over detectors
1059   if(!AliGeomManager::CheckSymNamesLUT(detsToBeChecked.Data()))
1060     AliFatalClass("Current loaded geometry differs in the definition of symbolic names!");
1061   MisalignGeometry(runLoader);
1062   AliSysInfo::AddStamp("RunSimulation_MisalignGeometry");
1063 #endif
1064
1065 //   AliRunLoader* runLoader = AliRunLoader::Instance();
1066 //   if (!runLoader) {
1067 //     AliError(Form("gAlice has no run loader object. "
1068 //                   "Check your config file: %s", fConfigFileName.Data()));
1069 //     return kFALSE;
1070 //   }
1071 //   SetGAliceFile(runLoader->GetFileName());
1072
1073   if (!gAlice->GetMCApp()->Generator()) {
1074     AliError(Form("gAlice has no generator object. "
1075                   "Check your config file: %s", fConfigFileName.Data()));
1076     return kFALSE;
1077   }
1078
1079   // Write GRP entry corresponding to the setting found in Cofig.C
1080   if (fWriteGRPEntry)
1081     WriteGRPEntry();
1082   AliSysInfo::AddStamp("RunSimulation_WriteGRP");
1083
1084   if (nEvents <= 0) nEvents = fNEvents;
1085
1086   // get vertex from background file in case of merging
1087   if (fUseBkgrdVertex &&
1088       fBkgrdFileNames && (fBkgrdFileNames->GetEntriesFast() > 0)) {
1089     Int_t signalPerBkgrd = GetNSignalPerBkgrd(nEvents);
1090     const char* fileName = ((TObjString*)
1091                             (fBkgrdFileNames->At(0)))->GetName();
1092     AliInfo(Form("The vertex will be taken from the background "
1093                  "file %s with nSignalPerBackground = %d", 
1094                  fileName, signalPerBkgrd));
1095     AliVertexGenFile* vtxGen = new AliVertexGenFile(fileName, signalPerBkgrd);
1096     gAlice->GetMCApp()->Generator()->SetVertexGenerator(vtxGen);
1097   }
1098
1099   if (!fRunSimulation) {
1100     gAlice->GetMCApp()->Generator()->SetTrackingFlag(0);
1101   }
1102
1103   // set the number of events per file for given detectors and data types
1104   for (Int_t i = 0; i < fEventsPerFile.GetEntriesFast(); i++) {
1105     if (!fEventsPerFile[i]) continue;
1106     const char* detName = fEventsPerFile[i]->GetName();
1107     const char* typeName = fEventsPerFile[i]->GetTitle();
1108     TString loaderName(detName);
1109     loaderName += "Loader";
1110     AliLoader* loader = runLoader->GetLoader(loaderName);
1111     if (!loader) {
1112       AliError(Form("RunSimulation", "no loader for %s found\n"
1113                     "Number of events per file not set for %s %s", 
1114                     detName, typeName, detName));
1115       continue;
1116     }
1117     AliDataLoader* dataLoader = 
1118       loader->GetDataLoader(typeName);
1119     if (!dataLoader) {
1120       AliError(Form("no data loader for %s found\n"
1121                     "Number of events per file not set for %s %s", 
1122                     typeName, detName, typeName));
1123       continue;
1124     }
1125     dataLoader->SetNumberOfEventsPerFile(fEventsPerFile[i]->GetUniqueID());
1126     AliDebug(1, Form("number of events per file set to %d for %s %s",
1127                      fEventsPerFile[i]->GetUniqueID(), detName, typeName));
1128   }
1129
1130   AliInfo("running gAlice");
1131   AliSysInfo::AddStamp("Start_ProcessRun");
1132
1133   // Create the Root Tree with one branch per detector
1134   //Hits moved to begin event -> now we are crating separate tree for each event
1135
1136   gMC->ProcessRun(nEvents);
1137
1138   // End of this run, close files
1139   if(nEvents>0) FinishRun();
1140
1141   AliSysInfo::AddStamp("Stop_ProcessRun");
1142   delete runLoader;
1143
1144   return kTRUE;
1145 }
1146
1147 //_____________________________________________________________________________
1148 Bool_t AliSimulation::RunSDigitization(const char* detectors)
1149 {
1150 // run the digitization and produce summable digits
1151   static Int_t eventNr=0;
1152   AliCodeTimerAuto("",0) ;
1153
1154   // initialize CDB storage, run number, set CDB lock
1155   InitCDB();
1156   if (!SetRunNumberFromData()) if (fStopOnError) return kFALSE;
1157   SetCDBLock();
1158   
1159   AliRunLoader* runLoader = LoadRun();
1160   if (!runLoader) return kFALSE;
1161
1162   TString detStr = detectors;
1163   TObjArray* detArray = runLoader->GetAliRun()->Detectors();
1164   for (Int_t iDet = 0; iDet < detArray->GetEntriesFast(); iDet++) {
1165     AliModule* det = (AliModule*) detArray->At(iDet);
1166     if (!det || !det->IsActive()) continue;
1167     if (IsSelected(det->GetName(), detStr)) {
1168       AliInfo(Form("creating summable digits for %s", det->GetName()));
1169       AliCodeTimerStart(Form("creating summable digits for %s", det->GetName()));
1170       det->Hits2SDigits();
1171       AliCodeTimerStop(Form("creating summable digits for %s", det->GetName()));
1172       AliSysInfo::AddStamp(Form("Digit_%s_%d",det->GetName(),eventNr), 0,1, eventNr);
1173     }
1174   }
1175
1176   if ((detStr.CompareTo("ALL") != 0) && !detStr.IsNull()) {
1177     AliError(Form("the following detectors were not found: %s",
1178                   detStr.Data()));
1179     if (fStopOnError) return kFALSE;
1180   }
1181   eventNr++;
1182   delete runLoader;
1183
1184   return kTRUE;
1185 }
1186
1187
1188 //_____________________________________________________________________________
1189 Bool_t AliSimulation::RunDigitization(const char* detectors, 
1190                                       const char* excludeDetectors)
1191 {
1192 // run the digitization and produce digits from sdigits
1193
1194   AliCodeTimerAuto("",0)
1195
1196   // initialize CDB storage, run number, set CDB lock
1197   InitCDB();
1198   if (!SetRunNumberFromData()) if (fStopOnError) return kFALSE;
1199   SetCDBLock();
1200   
1201   delete AliRunLoader::Instance();
1202   delete gAlice;
1203   gAlice = NULL;
1204
1205   Int_t nStreams = 1;
1206   if (fBkgrdFileNames) nStreams = fBkgrdFileNames->GetEntriesFast() + 1;
1207   Int_t signalPerBkgrd = GetNSignalPerBkgrd();
1208   AliRunDigitizer* manager = new AliRunDigitizer(nStreams, signalPerBkgrd);
1209   // manager->SetEmbeddingFlag(fEmbeddingFlag);
1210   manager->SetInputStream(0, fGAliceFileName.Data());
1211   for (Int_t iStream = 1; iStream < nStreams; iStream++) {
1212     const char* fileName = ((TObjString*)
1213                             (fBkgrdFileNames->At(iStream-1)))->GetName();
1214     manager->SetInputStream(iStream, fileName);
1215   }
1216
1217   TString detStr = detectors;
1218   TString detExcl = excludeDetectors;
1219   manager->GetInputStream(0)->ImportgAlice();
1220   AliRunLoader* runLoader = 
1221     AliRunLoader::GetRunLoader(manager->GetInputStream(0)->GetFolderName());
1222   TObjArray* detArray = runLoader->GetAliRun()->Detectors();
1223   for (Int_t iDet = 0; iDet < detArray->GetEntriesFast(); iDet++) {
1224     AliModule* det = (AliModule*) detArray->At(iDet);
1225     if (!det || !det->IsActive()) continue;
1226     if (IsSelected(det->GetName(), detStr) && 
1227         !IsSelected(det->GetName(), detExcl)) {
1228       AliDigitizer* digitizer = det->CreateDigitizer(manager);
1229       
1230       if (!digitizer) {
1231         AliError(Form("no digitizer for %s", det->GetName()));
1232         if (fStopOnError) return kFALSE;
1233       } else {
1234         digitizer->SetRegionOfInterest(fRegionOfInterest);
1235       }
1236     }
1237   }
1238
1239   if ((detStr.CompareTo("ALL") != 0) && !detStr.IsNull()) {
1240     AliError(Form("the following detectors were not found: %s", 
1241                   detStr.Data()));
1242     if (fStopOnError) return kFALSE;
1243   }
1244
1245   if (!manager->GetListOfTasks()->IsEmpty()) {
1246     AliInfo("executing digitization");
1247     manager->Exec("");
1248   }
1249
1250   delete manager;
1251
1252   return kTRUE;
1253 }
1254
1255 //_____________________________________________________________________________
1256 Bool_t AliSimulation::RunHitsDigitization(const char* detectors)
1257 {
1258 // run the digitization and produce digits from hits
1259
1260   AliCodeTimerAuto("",0)
1261
1262   // initialize CDB storage, run number, set CDB lock
1263   InitCDB();
1264   if (!SetRunNumberFromData()) if (fStopOnError) return kFALSE;
1265   SetCDBLock();
1266   
1267   AliRunLoader* runLoader = LoadRun("READ");
1268   if (!runLoader) return kFALSE;
1269
1270   TString detStr = detectors;
1271   TObjArray* detArray = runLoader->GetAliRun()->Detectors();
1272   for (Int_t iDet = 0; iDet < detArray->GetEntriesFast(); iDet++) {
1273     AliModule* det = (AliModule*) detArray->At(iDet);
1274     if (!det || !det->IsActive()) continue;
1275     if (IsSelected(det->GetName(), detStr)) {
1276       AliInfo(Form("creating digits from hits for %s", det->GetName()));
1277       det->Hits2Digits();
1278     }
1279   }
1280
1281   if ((detStr.CompareTo("ALL") != 0) && !detStr.IsNull()) {
1282     AliError(Form("the following detectors were not found: %s", 
1283                   detStr.Data()));
1284     if (fStopOnError) return kFALSE;
1285   }
1286
1287   return kTRUE;
1288 }
1289
1290 //_____________________________________________________________________________
1291 Bool_t AliSimulation::WriteRawData(const char* detectors, 
1292                                    const char* fileName,
1293                                    Bool_t deleteIntermediateFiles,
1294                                    Bool_t selrawdata)
1295 {
1296 // convert the digits to raw data
1297 // First DDL raw data files for the given detectors are created.
1298 // If a file name is given, the DDL files are then converted to a DATE file.
1299 // If deleteIntermediateFiles is true, the DDL raw files are deleted 
1300 // afterwards.
1301 // If the file name has the extension ".root", the DATE file is converted
1302 // to a root file.
1303 // If deleteIntermediateFiles is true, the DATE file is deleted afterwards.
1304 // 'selrawdata' flag can be used to enable writing of detectors raw data
1305 // accoring to the trigger cluster.
1306
1307   AliCodeTimerAuto("",0)
1308   AliSysInfo::AddStamp("WriteRawData_Start");
1309   
1310   TString detStr = detectors;
1311   if (!WriteRawFiles(detStr.Data())) {
1312     if (fStopOnError) return kFALSE;
1313   }
1314   AliSysInfo::AddStamp("WriteRawFiles");
1315
1316   // run HLT simulation on simulated DDL raw files
1317   // and produce HLT ddl raw files to be included in date/root file
1318   // bugfix 2009-06-26: the decision whether to write HLT raw data
1319   // is taken in RunHLT. Here HLT always needs to be run in order to
1320   // create HLT digits, unless its switched off. This is due to the
1321   // special placement of the HLT between the generation of DDL files
1322   // and conversion to DATE/Root file.
1323   detStr.ReplaceAll("HLT", "");
1324   if (!fRunHLT.IsNull()) {
1325     if (!RunHLT()) {
1326       if (fStopOnError) return kFALSE;
1327     }
1328   }
1329   AliSysInfo::AddStamp("WriteRawData_RunHLT");
1330
1331   TString dateFileName(fileName);
1332   if (!dateFileName.IsNull()) {
1333     Bool_t rootOutput = dateFileName.EndsWith(".root");
1334     if (rootOutput) dateFileName += ".date";
1335     TString selDateFileName;
1336     if (selrawdata) {
1337       selDateFileName = "selected.";
1338       selDateFileName+= dateFileName;
1339     }
1340     if (!ConvertRawFilesToDate(dateFileName,selDateFileName)) {
1341       if (fStopOnError) return kFALSE;
1342     }
1343     AliSysInfo::AddStamp("ConvertRawFilesToDate");
1344     if (deleteIntermediateFiles) {
1345       AliRunLoader* runLoader = LoadRun("READ");
1346       if (runLoader) for (Int_t iEvent = 0; 
1347                           iEvent < runLoader->GetNumberOfEvents(); iEvent++) {
1348         char command[256];
1349         sprintf(command, "rm -r raw%d", iEvent);
1350         gSystem->Exec(command);
1351       }
1352     }
1353
1354     if (rootOutput) {
1355       if (!ConvertDateToRoot(dateFileName, fileName)) {
1356         if (fStopOnError) return kFALSE;
1357       }
1358       AliSysInfo::AddStamp("ConvertDateToRoot");
1359       if (deleteIntermediateFiles) {
1360         gSystem->Unlink(dateFileName);
1361       }
1362       if (selrawdata) {
1363         TString selFileName = "selected.";
1364         selFileName        += fileName;
1365         if (!ConvertDateToRoot(selDateFileName, selFileName)) {
1366           if (fStopOnError) return kFALSE;
1367         }
1368         if (deleteIntermediateFiles) {
1369           gSystem->Unlink(selDateFileName);
1370         }
1371       }
1372     }
1373   }
1374
1375   return kTRUE;
1376 }
1377
1378 //_____________________________________________________________________________
1379 Bool_t AliSimulation::WriteRawFiles(const char* detectors)
1380 {
1381 // convert the digits to raw data DDL files
1382
1383   AliCodeTimerAuto("",0)
1384   
1385   AliRunLoader* runLoader = LoadRun("READ");
1386   if (!runLoader) return kFALSE;
1387
1388   // write raw data to DDL files
1389   for (Int_t iEvent = 0; iEvent < runLoader->GetNumberOfEvents(); iEvent++) {
1390     AliInfo(Form("processing event %d", iEvent));
1391     runLoader->GetEvent(iEvent);
1392     TString baseDir = gSystem->WorkingDirectory();
1393     char dirName[256];
1394     sprintf(dirName, "raw%d", iEvent);
1395     gSystem->MakeDirectory(dirName);
1396     if (!gSystem->ChangeDirectory(dirName)) {
1397       AliError(Form("couldn't change to directory %s", dirName));
1398       if (fStopOnError) return kFALSE; else continue;
1399     }
1400
1401     ofstream runNbFile(Form("run%u",runLoader->GetHeader()->GetRun()));
1402     runNbFile.close();
1403
1404     TString detStr = detectors;
1405     if (IsSelected("HLT", detStr)) {
1406       // Do nothing. "HLT" will be removed from detStr and HLT raw
1407       // data files are generated in RunHLT.
1408     }
1409
1410     TObjArray* detArray = runLoader->GetAliRun()->Detectors();
1411     for (Int_t iDet = 0; iDet < detArray->GetEntriesFast(); iDet++) {
1412       AliModule* det = (AliModule*) detArray->At(iDet);
1413       if (!det || !det->IsActive()) continue;
1414       if (IsSelected(det->GetName(), detStr)) {
1415         AliInfo(Form("creating raw data from digits for %s", det->GetName()));
1416         det->Digits2Raw();
1417       }
1418     }
1419
1420     if (!WriteTriggerRawData())
1421       if (fStopOnError) return kFALSE;
1422
1423     gSystem->ChangeDirectory(baseDir);
1424     if ((detStr.CompareTo("ALL") != 0) && !detStr.IsNull()) {
1425       AliError(Form("the following detectors were not found: %s", 
1426                     detStr.Data()));
1427       if (fStopOnError) return kFALSE;
1428     }
1429   }
1430
1431   delete runLoader;
1432   
1433   return kTRUE;
1434 }
1435
1436 //_____________________________________________________________________________
1437 Bool_t AliSimulation::ConvertRawFilesToDate(const char* dateFileName,
1438                                             const char* selDateFileName)
1439 {
1440 // convert raw data DDL files to a DATE file with the program "dateStream"
1441 // The second argument is not empty when the user decides to write
1442 // the detectors raw data according to the trigger cluster.
1443
1444   AliCodeTimerAuto("",0)
1445   
1446   char* path = gSystem->Which(gSystem->Getenv("PATH"), "dateStream");
1447   if (!path) {
1448     AliError("the program dateStream was not found");
1449     if (fStopOnError) return kFALSE;
1450   } else {
1451     delete[] path;
1452   }
1453
1454   AliRunLoader* runLoader = LoadRun("READ");
1455   if (!runLoader) return kFALSE;
1456
1457   AliInfo(Form("converting raw data DDL files to DATE file %s", dateFileName));
1458   Bool_t selrawdata = kFALSE;
1459   if (strcmp(selDateFileName,"") != 0) selrawdata = kTRUE;
1460
1461   char command[256];
1462   // Note the option -s. It is used in order to avoid
1463   // the generation of SOR/EOR events.
1464   sprintf(command, "dateStream -c -s -D -o %s -# %d -C -run %d", 
1465           dateFileName, runLoader->GetNumberOfEvents(),runLoader->GetHeader()->GetRun());
1466   FILE* pipe = gSystem->OpenPipe(command, "w");
1467
1468   if (!pipe) {
1469     AliError(Form("Cannot execute command: %s",command));
1470     return kFALSE;
1471   }
1472
1473   Int_t selEvents = 0;
1474   for (Int_t iEvent = 0; iEvent < runLoader->GetNumberOfEvents(); iEvent++) {
1475
1476     UInt_t detectorPattern = 0;
1477     runLoader->GetEvent(iEvent);
1478     if (!runLoader->LoadTrigger()) {
1479       AliCentralTrigger *aCTP = runLoader->GetTrigger();
1480       detectorPattern = aCTP->GetClusterMask();
1481       // Check if the event was triggered by CTP
1482       if (selrawdata) {
1483         if (aCTP->GetClassMask()) selEvents++;
1484       }
1485     }
1486     else {
1487       AliWarning("No trigger can be loaded! Some fields in the event header will be empty !");
1488       if (selrawdata) {
1489         AliWarning("No trigger can be loaded! Writing of selected raw data is abandoned !");
1490         selrawdata = kFALSE;
1491       }
1492     }
1493
1494     fprintf(pipe, "GDC DetectorPattern %u\n", detectorPattern);
1495     Float_t ldc = 0;
1496     Int_t prevLDC = -1;
1497
1498     // loop over detectors and DDLs
1499     for (Int_t iDet = 0; iDet < AliDAQ::kNDetectors; iDet++) {
1500       for (Int_t iDDL = 0; iDDL < AliDAQ::NumberOfDdls(iDet); iDDL++) {
1501
1502         Int_t ddlID = AliDAQ::DdlID(iDet,iDDL);
1503         Int_t ldcID = Int_t(ldc + 0.0001);
1504         ldc += AliDAQ::NumberOfLdcs(iDet) / AliDAQ::NumberOfDdls(iDet);
1505
1506         char rawFileName[256];
1507         sprintf(rawFileName, "raw%d/%s", 
1508                 iEvent, AliDAQ::DdlFileName(iDet,iDDL));
1509
1510         // check existence and size of raw data file
1511         FILE* file = fopen(rawFileName, "rb");
1512         if (!file) continue;
1513         fseek(file, 0, SEEK_END);
1514         unsigned long size = ftell(file);
1515         fclose(file);
1516         if (!size) continue;
1517
1518         if (ldcID != prevLDC) {
1519           fprintf(pipe, " LDC Id %d\n", ldcID);
1520           prevLDC = ldcID;
1521         }
1522         fprintf(pipe, "  Equipment Id %d Payload %s\n", ddlID, rawFileName);
1523       }
1524     }
1525   }
1526
1527   Int_t result = gSystem->ClosePipe(pipe);
1528
1529   if (!(selrawdata && selEvents > 0)) {
1530     delete runLoader;
1531     return (result == 0);
1532   }
1533
1534   AliInfo(Form("converting selected by trigger cluster raw data DDL files to DATE file %s", selDateFileName));
1535   
1536   sprintf(command, "dateStream -c -s -D -o %s -# %d -C -run %d", 
1537           selDateFileName,selEvents,runLoader->GetHeader()->GetRun());
1538   FILE* pipe2 = gSystem->OpenPipe(command, "w");
1539
1540   for (Int_t iEvent = 0; iEvent < runLoader->GetNumberOfEvents(); iEvent++) {
1541
1542     // Get the trigger decision and cluster
1543     UInt_t detectorPattern = 0;
1544     TString detClust;
1545     runLoader->GetEvent(iEvent);
1546     if (!runLoader->LoadTrigger()) {
1547       AliCentralTrigger *aCTP = runLoader->GetTrigger();
1548       if (aCTP->GetClassMask() == 0) continue;
1549       detectorPattern = aCTP->GetClusterMask();
1550       detClust = AliDAQ::ListOfTriggeredDetectors(detectorPattern);
1551       AliInfo(Form("List of detectors to be read out: %s",detClust.Data()));
1552     }
1553
1554     fprintf(pipe2, "GDC DetectorPattern %u\n", detectorPattern);
1555     Float_t ldc = 0;
1556     Int_t prevLDC = -1;
1557
1558     // loop over detectors and DDLs
1559     for (Int_t iDet = 0; iDet < AliDAQ::kNDetectors; iDet++) {
1560       // Write only raw data from detectors that
1561       // are contained in the trigger cluster(s)
1562       if (!IsSelected(AliDAQ::DetectorName(iDet),detClust)) continue;
1563
1564       for (Int_t iDDL = 0; iDDL < AliDAQ::NumberOfDdls(iDet); iDDL++) {
1565
1566         Int_t ddlID = AliDAQ::DdlID(iDet,iDDL);
1567         Int_t ldcID = Int_t(ldc + 0.0001);
1568         ldc += AliDAQ::NumberOfLdcs(iDet) / AliDAQ::NumberOfDdls(iDet);
1569
1570         char rawFileName[256];
1571         sprintf(rawFileName, "raw%d/%s", 
1572                 iEvent, AliDAQ::DdlFileName(iDet,iDDL));
1573
1574         // check existence and size of raw data file
1575         FILE* file = fopen(rawFileName, "rb");
1576         if (!file) continue;
1577         fseek(file, 0, SEEK_END);
1578         unsigned long size = ftell(file);
1579         fclose(file);
1580         if (!size) continue;
1581
1582         if (ldcID != prevLDC) {
1583           fprintf(pipe2, " LDC Id %d\n", ldcID);
1584           prevLDC = ldcID;
1585         }
1586         fprintf(pipe2, "  Equipment Id %d Payload %s\n", ddlID, rawFileName);
1587       }
1588     }
1589   }
1590
1591   Int_t result2 = gSystem->ClosePipe(pipe2);
1592
1593   delete runLoader;
1594   return ((result == 0) && (result2 == 0));
1595 }
1596
1597 //_____________________________________________________________________________
1598 Bool_t AliSimulation::ConvertDateToRoot(const char* dateFileName,
1599                                         const char* rootFileName)
1600 {
1601 // convert a DATE file to a root file with the program "alimdc"
1602
1603   // ALIMDC setup
1604   const Int_t kDBSize = 2000000000;
1605   const Int_t kTagDBSize = 1000000000;
1606   const Bool_t kFilter = kFALSE;
1607   const Int_t kCompression = 1;
1608
1609   char* path = gSystem->Which(gSystem->Getenv("PATH"), "alimdc");
1610   if (!path) {
1611     AliError("the program alimdc was not found");
1612     if (fStopOnError) return kFALSE;
1613   } else {
1614     delete[] path;
1615   }
1616
1617   AliInfo(Form("converting DATE file %s to root file %s", 
1618                dateFileName, rootFileName));
1619
1620   const char* rawDBFS[2] = { "/tmp/mdc1", "/tmp/mdc2" };
1621   const char* tagDBFS    = "/tmp/mdc1/tags";
1622
1623   // User defined file system locations
1624   if (gSystem->Getenv("ALIMDC_RAWDB1")) 
1625     rawDBFS[0] = gSystem->Getenv("ALIMDC_RAWDB1");
1626   if (gSystem->Getenv("ALIMDC_RAWDB2")) 
1627     rawDBFS[1] = gSystem->Getenv("ALIMDC_RAWDB2");
1628   if (gSystem->Getenv("ALIMDC_TAGDB")) 
1629     tagDBFS = gSystem->Getenv("ALIMDC_TAGDB");
1630
1631   gSystem->Exec(Form("rm -rf %s",rawDBFS[0]));
1632   gSystem->Exec(Form("rm -rf %s",rawDBFS[1]));
1633   gSystem->Exec(Form("rm -rf %s",tagDBFS));
1634
1635   gSystem->Exec(Form("mkdir %s",rawDBFS[0]));
1636   gSystem->Exec(Form("mkdir %s",rawDBFS[1]));
1637   gSystem->Exec(Form("mkdir %s",tagDBFS));
1638
1639   Int_t result = gSystem->Exec(Form("alimdc %d %d %d %d %s", 
1640                                     kDBSize, kTagDBSize, kFilter, kCompression, dateFileName));
1641   gSystem->Exec(Form("mv %s/*.root %s", rawDBFS[0], rootFileName));
1642
1643   gSystem->Exec(Form("rm -rf %s",rawDBFS[0]));
1644   gSystem->Exec(Form("rm -rf %s",rawDBFS[1]));
1645   gSystem->Exec(Form("rm -rf %s",tagDBFS));
1646
1647   return (result == 0);
1648 }
1649
1650
1651 //_____________________________________________________________________________
1652 AliRunLoader* AliSimulation::LoadRun(const char* mode) const
1653 {
1654 // delete existing run loaders, open a new one and load gAlice
1655
1656   delete AliRunLoader::Instance();
1657   AliRunLoader* runLoader = 
1658     AliRunLoader::Open(fGAliceFileName.Data(), 
1659                        AliConfig::GetDefaultEventFolderName(), mode);
1660   if (!runLoader) {
1661     AliError(Form("no run loader found in file %s", fGAliceFileName.Data()));
1662     return NULL;
1663   }
1664   runLoader->LoadgAlice();
1665   runLoader->LoadHeader();
1666   gAlice = runLoader->GetAliRun();
1667   if (!gAlice) {
1668     AliError(Form("no gAlice object found in file %s", 
1669                   fGAliceFileName.Data()));
1670     return NULL;
1671   }
1672   return runLoader;
1673 }
1674
1675 //_____________________________________________________________________________
1676 Int_t AliSimulation::GetNSignalPerBkgrd(Int_t nEvents) const
1677 {
1678 // get or calculate the number of signal events per background event
1679
1680   if (!fBkgrdFileNames) return 1;
1681   Int_t nBkgrdFiles = fBkgrdFileNames->GetEntriesFast();
1682   if (nBkgrdFiles == 0) return 1;
1683
1684   // get the number of signal events
1685   if (nEvents <= 0) {
1686     AliRunLoader* runLoader = 
1687         AliRunLoader::Open(fGAliceFileName.Data(), "SIGNAL");
1688     if (!runLoader) return 1;
1689     
1690     nEvents = runLoader->GetNumberOfEvents();
1691     delete runLoader;
1692   }
1693
1694   Int_t result = 0;
1695   for (Int_t iBkgrdFile = 0; iBkgrdFile < nBkgrdFiles; iBkgrdFile++) {
1696     // get the number of background events
1697     const char* fileName = ((TObjString*)
1698                             (fBkgrdFileNames->At(iBkgrdFile)))->GetName();
1699     AliRunLoader* runLoader =
1700       AliRunLoader::Open(fileName, "BKGRD");
1701     if (!runLoader) continue;
1702     Int_t nBkgrdEvents = runLoader->GetNumberOfEvents();
1703     delete runLoader;
1704   
1705     // get or calculate the number of signal per background events
1706     Int_t nSignalPerBkgrd = fBkgrdFileNames->At(iBkgrdFile)->GetUniqueID();
1707     if (nSignalPerBkgrd <= 0) {
1708       nSignalPerBkgrd = (nEvents-1) / nBkgrdEvents + 1;
1709     } else if (result && (result != nSignalPerBkgrd)) {
1710       AliInfo(Form("the number of signal events per background event "
1711                    "will be changed from %d to %d for stream %d", 
1712                    nSignalPerBkgrd, result, iBkgrdFile+1));
1713       nSignalPerBkgrd = result;
1714     }
1715
1716     if (!result) result = nSignalPerBkgrd;
1717     if (nSignalPerBkgrd * nBkgrdEvents < nEvents) {
1718       AliWarning(Form("not enough background events (%d) for %d signal events "
1719                       "using %d signal per background events for stream %d",
1720                       nBkgrdEvents, nEvents, nSignalPerBkgrd, iBkgrdFile+1));
1721     }
1722   }
1723
1724   return result;
1725 }
1726
1727 //_____________________________________________________________________________
1728 Bool_t AliSimulation::IsSelected(TString detName, TString& detectors) const
1729 {
1730 // check whether detName is contained in detectors
1731 // if yes, it is removed from detectors
1732
1733   // check if all detectors are selected
1734   if ((detectors.CompareTo("ALL") == 0) ||
1735       detectors.BeginsWith("ALL ") ||
1736       detectors.EndsWith(" ALL") ||
1737       detectors.Contains(" ALL ")) {
1738     detectors = "ALL";
1739     return kTRUE;
1740   }
1741
1742   // search for the given detector
1743   Bool_t result = kFALSE;
1744   if ((detectors.CompareTo(detName) == 0) ||
1745       detectors.BeginsWith(detName+" ") ||
1746       detectors.EndsWith(" "+detName) ||
1747       detectors.Contains(" "+detName+" ")) {
1748     detectors.ReplaceAll(detName, "");
1749     result = kTRUE;
1750   }
1751
1752   // clean up the detectors string
1753   while (detectors.Contains("  ")) detectors.ReplaceAll("  ", " ");
1754   while (detectors.BeginsWith(" ")) detectors.Remove(0, 1);
1755   while (detectors.EndsWith(" ")) detectors.Remove(detectors.Length()-1, 1);
1756
1757   return result;
1758 }
1759
1760 //_____________________________________________________________________________
1761 Bool_t AliSimulation::ConvertRaw2SDigits(const char* rawDirectory, const char* esdFileName) 
1762 {
1763 //
1764 // Steering routine  to convert raw data in directory rawDirectory/ to fake SDigits. 
1765 // These can be used for embedding of MC tracks into RAW data using the standard 
1766 // merging procedure.
1767 //
1768 // If an ESD file is given the reconstructed vertex is taken from it and stored in the event header.
1769 //
1770   if (!gAlice) {
1771     AliError("no gAlice object. Restart aliroot and try again.");
1772     return kFALSE;
1773   }
1774   if (gAlice->Modules()->GetEntries() > 0) {
1775     AliError("gAlice was already run. Restart aliroot and try again.");
1776     return kFALSE;
1777   }
1778   
1779   AliInfo(Form("initializing gAlice with config file %s",fConfigFileName.Data()));
1780   
1781   gAlice->Announce();
1782   
1783   gROOT->LoadMacro(fConfigFileName.Data());
1784   gInterpreter->ProcessLine(gAlice->GetConfigFunction());
1785   
1786   if(AliCDBManager::Instance()->GetRun() >= 0) { 
1787         SetRunNumber(AliCDBManager::Instance()->GetRun());
1788   } else {
1789         AliWarning("Run number not initialized!!");
1790   }
1791   
1792    AliRunLoader::Instance()->CdGAFile();
1793     
1794    AliPDG::AddParticlesToPdgDataBase();  
1795
1796    gAlice->GetMCApp()->Init();
1797
1798    gMC->SetMagField(TGeoGlobalMagField::Instance()->GetField());
1799    
1800    //Must be here because some MCs (G4) adds detectors here and not in Config.C
1801    gAlice->InitLoaders();
1802    AliRunLoader::Instance()->MakeTree("E");
1803    AliRunLoader::Instance()->LoadKinematics("RECREATE");
1804    AliRunLoader::Instance()->LoadTrackRefs("RECREATE");
1805    AliRunLoader::Instance()->LoadHits("all","RECREATE");
1806    //
1807    // Save stuff at the beginning of the file to avoid file corruption
1808    AliRunLoader::Instance()->CdGAFile();
1809    gAlice->Write();
1810 //
1811 //  Initialize CDB     
1812     InitCDB();
1813     //AliCDBManager* man = AliCDBManager::Instance();
1814     //man->SetRun(0); // Should this come from rawdata header ?
1815     
1816     Int_t iDet;
1817     //
1818     // Get the runloader
1819     AliRunLoader* runLoader = AliRunLoader::Instance();
1820     //
1821     // Open esd file if available
1822     TFile* esdFile = TFile::Open(esdFileName);
1823     TTree* treeESD = 0;
1824     AliESDEvent* esd = new AliESDEvent();
1825     esdFile->GetObject("esdTree", treeESD);
1826     if (treeESD) esd->ReadFromTree(treeESD);
1827
1828     //
1829     // Create the RawReader
1830     TString fileName(rawDirectory);
1831     AliRawReader* rawReader = 0x0;
1832     if (fileName.EndsWith("/")) {
1833       rawReader = new AliRawReaderFile(fileName);
1834     } else if (fileName.EndsWith(".root")) {
1835       rawReader = new AliRawReaderRoot(fileName);
1836     } else if (!fileName.IsNull()) {
1837       rawReader = new AliRawReaderDate(fileName);
1838     }
1839 //     if (!fEquipIdMap.IsNull() && fRawReader)
1840 //       fRawReader->LoadEquipmentIdsMap(fEquipIdMap);
1841     //
1842     // Get list of detectors
1843     TObjArray* detArray = runLoader->GetAliRun()->Detectors();
1844     //
1845     // Get Header
1846     AliHeader* header = runLoader->GetHeader();
1847     //
1848     TString detStr = fMakeSDigits;
1849     // Event loop
1850     Int_t nev = 0;
1851     while(kTRUE) {
1852         if (!(rawReader->NextEvent())) break;
1853         //
1854         // Detector loop
1855         for (iDet = 0; iDet < detArray->GetEntriesFast(); iDet++) {
1856             AliModule* det = (AliModule*) detArray->At(iDet);
1857             if (!det || !det->IsActive()) continue;
1858             if (IsSelected(det->GetName(), detStr)) {
1859               AliInfo(Form("Calling Raw2SDigits for %s\n", det->GetName()));
1860               det->Raw2SDigits(rawReader);
1861               rawReader->Reset();
1862             }
1863         } // detectors
1864
1865
1866         //
1867         //  If ESD information available obtain reconstructed vertex and store in header.
1868         if (treeESD) {
1869             treeESD->GetEvent(nev);
1870             const AliESDVertex* esdVertex = esd->GetPrimaryVertex();
1871             Double_t position[3];
1872             esdVertex->GetXYZ(position);
1873             AliGenEventHeader* mcHeader = new  AliGenEventHeader("ESD");
1874             TArrayF mcV;
1875             mcV.Set(3);
1876             for (Int_t i = 0; i < 3; i++) mcV[i] = position[i];
1877             mcHeader->SetPrimaryVertex(mcV);
1878             header->Reset(0,nev);
1879             header->SetGenEventHeader(mcHeader);
1880             printf("***** Saved vertex %f %f %f \n", position[0], position[1], position[2]);
1881         }
1882         nev++;
1883 //
1884 //      Finish the event
1885         runLoader->TreeE()->Fill();
1886         runLoader->SetNextEvent();
1887     } // events
1888  
1889     delete rawReader;
1890 //
1891 //  Finish the run 
1892     runLoader->CdGAFile();
1893     runLoader->WriteHeader("OVERWRITE");
1894     runLoader->WriteRunLoader();
1895
1896     return kTRUE;
1897 }
1898
1899 //_____________________________________________________________________________
1900 void AliSimulation::FinishRun()
1901 {
1902   //
1903   // Called at the end of the run.
1904   //
1905
1906   if(IsLegoRun()) 
1907    {
1908     AliDebug(1, "Finish Lego");
1909     AliRunLoader::Instance()->CdGAFile();
1910     fLego->FinishRun();
1911    }
1912   
1913   // Clean detector information
1914   TIter next(gAlice->Modules());
1915   AliModule *detector;
1916   while((detector = dynamic_cast<AliModule*>(next()))) {
1917     AliDebug(2, Form("%s->FinishRun()", detector->GetName()));
1918     detector->FinishRun();
1919   }
1920   
1921   AliDebug(1, "AliRunLoader::Instance()->WriteHeader(OVERWRITE)");
1922   AliRunLoader::Instance()->WriteHeader("OVERWRITE");
1923
1924   // Write AliRun info and all detectors parameters
1925   AliRunLoader::Instance()->CdGAFile();
1926   gAlice->Write(0,TObject::kOverwrite);//write AliRun
1927   AliRunLoader::Instance()->Write(0,TObject::kOverwrite);//write RunLoader itself
1928   
1929   if(gAlice->GetMCApp()) gAlice->GetMCApp()->FinishRun();  
1930   AliRunLoader::Instance()->Synchronize();
1931 }
1932
1933 //_____________________________________________________________________________
1934 Int_t AliSimulation::GetDetIndex(const char* detector)
1935 {
1936   // return the detector index corresponding to detector
1937   Int_t index = -1 ; 
1938   for (index = 0; index < fgkNDetectors ; index++) {
1939     if ( strcmp(detector, fgkDetectorName[index]) == 0 )
1940           break ; 
1941   }     
1942   return index ; 
1943 }
1944
1945 //_____________________________________________________________________________
1946 Bool_t AliSimulation::CreateHLT()
1947 {
1948   // Init the HLT simulation.
1949   // The function  loads the library and creates the instance of AliHLTSimulation.
1950   // the main reason for the decoupled creation is to set the transient OCDB
1951   // objects before the OCDB is locked
1952
1953   // load the library dynamically
1954   gSystem->Load(ALIHLTSIMULATION_LIBRARY);
1955
1956   // check for the library version
1957   AliHLTSimulationGetLibraryVersion_t fctVersion=(AliHLTSimulationGetLibraryVersion_t)(gSystem->DynFindSymbol(ALIHLTSIMULATION_LIBRARY, ALIHLTSIMULATION_GET_LIBRARY_VERSION));
1958   if (!fctVersion) {
1959     AliError(Form("can not load library %s", ALIHLTSIMULATION_LIBRARY));
1960     return kFALSE;
1961   }
1962   if (fctVersion()!= ALIHLTSIMULATION_LIBRARY_VERSION) {
1963     AliWarning(Form("%s version does not match: compiled for version %d, loaded %d", ALIHLTSIMULATION_LIBRARY, ALIHLTSIMULATION_LIBRARY_VERSION, fctVersion()));
1964   }
1965
1966   // print compile info
1967   typedef void (*CompileInfo)( const char*& date, const char*& time);
1968   CompileInfo fctInfo=(CompileInfo)gSystem->DynFindSymbol(ALIHLTSIMULATION_LIBRARY, "CompileInfo");
1969   if (fctInfo) {
1970     const char* date="";
1971     const char* time="";
1972     (*fctInfo)(date, time);
1973     if (!date) date="unknown";
1974     if (!time) time="unknown";
1975     AliInfo(Form("%s build on %s (%s)", ALIHLTSIMULATION_LIBRARY, date, time));
1976   } else {
1977     AliInfo(Form("no build info available for %s", ALIHLTSIMULATION_LIBRARY));
1978   }
1979
1980   // create instance of the HLT simulation
1981   AliHLTSimulationCreateInstance_t fctCreate=(AliHLTSimulationCreateInstance_t)(gSystem->DynFindSymbol(ALIHLTSIMULATION_LIBRARY, ALIHLTSIMULATION_CREATE_INSTANCE));
1982   if (fctCreate==NULL || (fpHLT=(fctCreate()))==NULL) {
1983     AliError(Form("can not create instance of HLT simulation (creator %p)", fctCreate));
1984     return kFALSE;    
1985   }
1986
1987   TString specObjects;
1988   for (Int_t i = 0; i < fSpecCDBUri.GetEntriesFast(); i++) {
1989     if (specObjects.Length()>0) specObjects+=" ";
1990     specObjects+=fSpecCDBUri[i]->GetName();
1991   }
1992
1993   AliHLTSimulationSetup_t fctSetup=(AliHLTSimulationSetup_t)(gSystem->DynFindSymbol(ALIHLTSIMULATION_LIBRARY, ALIHLTSIMULATION_SETUP));
1994   if (fctSetup==NULL || fctSetup(fpHLT, this, specObjects.Data())<0) {
1995     AliWarning(Form("failed to setup HLT simulation (function %p)", fctSetup));
1996   }
1997
1998   return kTRUE;
1999 }
2000
2001 //_____________________________________________________________________________
2002 Bool_t AliSimulation::RunHLT()
2003 {
2004   // Run the HLT simulation
2005   // HLT simulation is implemented in HLT/sim/AliHLTSimulation
2006   // Disabled if fRunHLT is empty, default vaule is "default".
2007   // AliSimulation::SetRunHLT can be used to set the options for HLT simulation
2008   // The default simulation depends on the HLT component libraries and their
2009   // corresponding agents which define components and chains to run. See
2010   // http://web.ift.uib.no/~kjeks/doc/alice-hlt-current/
2011   // http://web.ift.uib.no/~kjeks/doc/alice-hlt-current/classAliHLTModuleAgent.html
2012   //
2013   // The libraries to be loaded can be specified as an option.
2014   // <pre>
2015   // AliSimulation sim;
2016   // sim.SetRunHLT("libAliHLTSample.so");
2017   // </pre>
2018   // will only load <tt>libAliHLTSample.so</tt>
2019
2020   // Other available options:
2021   // \li loglevel=<i>level</i> <br>
2022   //     logging level for this processing
2023   // \li alilog=off
2024   //     disable redirection of log messages to AliLog class
2025   // \li config=<i>macro</i>
2026   //     configuration macro
2027   // \li chains=<i>configuration</i>
2028   //     comma separated list of configurations to be run during simulation
2029   // \li rawfile=<i>file</i>
2030   //     source for the RawReader to be created, the default is <i>./</i> if
2031   //     raw data is simulated
2032
2033   int iResult=0;
2034
2035   if (!fpHLT && !CreateHLT()) {
2036     return kFALSE;
2037   }
2038   AliHLTSimulation* pHLT=fpHLT;
2039
2040   AliRunLoader* pRunLoader = LoadRun("READ");
2041   if (!pRunLoader) return kFALSE;
2042
2043   // initialize CDB storage, run number, set CDB lock
2044   // thats for the case of running HLT simulation without all the other steps
2045   // multiple calls are handled by the function, so we can just call
2046   InitCDB();
2047   if (!SetRunNumberFromData()) if (fStopOnError) return kFALSE;
2048   SetCDBLock();
2049   
2050   // init the HLT simulation
2051   TString options;
2052   if (fRunHLT.CompareTo("default")!=0) options=fRunHLT;
2053   TString detStr = fWriteRawData;
2054   if (!IsSelected("HLT", detStr)) {
2055     options+=" writerawfiles=";
2056   } else {
2057     options+=" writerawfiles=HLT";
2058   }
2059
2060   if (!detStr.IsNull() && !options.Contains("rawfile=")) {
2061     // as a matter of fact, HLT will run reconstruction and needs the RawReader
2062     // in order to get detector data. By default, RawReaderFile is used to read
2063     // the already simulated ddl files. Date and Root files from the raw data
2064     // are generated after the HLT simulation.
2065     options+=" rawfile=./";
2066   }
2067
2068   AliHLTSimulationInit_t fctInit=(AliHLTSimulationInit_t)(gSystem->DynFindSymbol(ALIHLTSIMULATION_LIBRARY, ALIHLTSIMULATION_INIT));
2069   if (fctInit==NULL || (iResult=(fctInit(pHLT, pRunLoader, options.Data())))<0) {
2070     AliError(Form("can not init HLT simulation: error %d (init %p)", iResult, fctInit));
2071   } else {
2072     // run the HLT simulation
2073     AliHLTSimulationRun_t fctRun=(AliHLTSimulationRun_t)(gSystem->DynFindSymbol(ALIHLTSIMULATION_LIBRARY, ALIHLTSIMULATION_RUN));
2074     if (fctRun==NULL || (iResult=(fctRun(pHLT, pRunLoader)))<0) {
2075       AliError(Form("can not run HLT simulation: error %d (run %p)", iResult, fctRun));
2076     }
2077   }
2078
2079   // delete the instance
2080   AliHLTSimulationDeleteInstance_t fctDelete=(AliHLTSimulationDeleteInstance_t)(gSystem->DynFindSymbol(ALIHLTSIMULATION_LIBRARY, ALIHLTSIMULATION_DELETE_INSTANCE));
2081   if (fctDelete==NULL || fctDelete(pHLT)<0) {
2082     AliError(Form("can not delete instance of HLT simulation (creator %p)", fctDelete));
2083   }
2084   pHLT=NULL;
2085
2086   return iResult>=0?kTRUE:kFALSE;
2087 }
2088
2089 //_____________________________________________________________________________
2090 Bool_t AliSimulation::RunQA()
2091 {
2092         // run the QA on summable hits, digits or digits
2093         
2094   if(!gAlice) return kFALSE;
2095         AliQAManager::QAManager()->SetRunLoader(AliRunLoader::Instance()) ;
2096
2097         TString detectorsw("") ;  
2098         Bool_t rv = kTRUE ; 
2099   AliQAManager::QAManager()->SetEventSpecie(fEventSpecie) ;
2100         detectorsw = AliQAManager::QAManager()->Run(fQADetectors.Data()) ; 
2101         if ( detectorsw.IsNull() ) 
2102                 rv = kFALSE ; 
2103         return rv ; 
2104 }
2105
2106 //_____________________________________________________________________________
2107 Bool_t AliSimulation::SetRunQA(TString detAndAction) 
2108 {
2109         // Allows to run QA for a selected set of detectors
2110         // and a selected set of tasks among HITS, SDIGITS and DIGITS
2111         // all selected detectors run the same selected tasks
2112         
2113         if (!detAndAction.Contains(":")) {
2114                 AliError( Form("%s is a wrong syntax, use \"DetectorList:ActionList\" \n", detAndAction.Data()) ) ;
2115                 fRunQA = kFALSE ;
2116                 return kFALSE ;                 
2117         }
2118         Int_t colon = detAndAction.Index(":") ; 
2119         fQADetectors = detAndAction(0, colon) ; 
2120         if (fQADetectors.Contains("ALL") ){
2121     TString tmp = Form("%s %s", fMakeDigits.Data(), fMakeDigitsFromHits.Data()) ; 
2122     Int_t minus = fQADetectors.Last('-') ; 
2123     TString toKeep = Form("%s %s", fMakeDigits.Data(), fMakeDigitsFromHits.Data()) ; 
2124     TString toRemove("") ;
2125     while (minus >= 0) {
2126       toRemove = fQADetectors(minus+1, fQADetectors.Length()) ; 
2127       toRemove = toRemove.Strip() ; 
2128       toKeep.ReplaceAll(toRemove, "") ; 
2129       fQADetectors.ReplaceAll(Form("-%s", toRemove.Data()), "") ; 
2130       minus = fQADetectors.Last('-') ; 
2131     }
2132     fQADetectors = toKeep ; 
2133   }
2134   fQATasks   = detAndAction(colon+1, detAndAction.Sizeof() ) ; 
2135         if (fQATasks.Contains("ALL") ) {
2136                 fQATasks = Form("%d %d %d", AliQAv1::kHITS, AliQAv1::kSDIGITS, AliQAv1::kDIGITS) ; 
2137         } else {
2138                 fQATasks.ToUpper() ; 
2139                 TString tempo("") ; 
2140                 if ( fQATasks.Contains("HIT") ) 
2141                         tempo = Form("%d ", AliQAv1::kHITS) ; 
2142                 if ( fQATasks.Contains("SDIGIT") ) 
2143                         tempo += Form("%d ", AliQAv1::kSDIGITS) ; 
2144                 if ( fQATasks.Contains("DIGIT") ) 
2145                         tempo += Form("%d ", AliQAv1::kDIGITS) ; 
2146                 fQATasks = tempo ; 
2147                 if (fQATasks.IsNull()) {
2148                         AliInfo("No QA requested\n")  ;
2149                         fRunQA = kFALSE ;
2150                         return kTRUE ; 
2151                 }
2152         }       
2153         TString tempo(fQATasks) ; 
2154     tempo.ReplaceAll(Form("%d", AliQAv1::kHITS), AliQAv1::GetTaskName(AliQAv1::kHITS))  ;
2155     tempo.ReplaceAll(Form("%d", AliQAv1::kSDIGITS), AliQAv1::GetTaskName(AliQAv1::kSDIGITS)) ;  
2156     tempo.ReplaceAll(Form("%d", AliQAv1::kDIGITS), AliQAv1::GetTaskName(AliQAv1::kDIGITS)) ;    
2157         AliInfo( Form("QA will be done on \"%s\" for \"%s\"\n", fQADetectors.Data(), tempo.Data()) ) ;  
2158         fRunQA = kTRUE ;
2159         AliQAManager::QAManager()->SetActiveDetectors(fQADetectors) ; 
2160         AliQAManager::QAManager()->SetTasks(fQATasks) ; 
2161   for (Int_t det = 0 ; det < AliQAv1::kNDET ; det++) 
2162     AliQAManager::QAManager()->SetWriteExpert(AliQAv1::DETECTORINDEX_t(det)) ;
2163   
2164         return kTRUE; 
2165
2166
2167 //_____________________________________________________________________________
2168 void AliSimulation::ProcessEnvironmentVars()
2169 {
2170 // Extract run number and random generator seed from env variables
2171
2172     AliInfo("Processing environment variables");
2173     
2174     // Random Number seed
2175     
2176     // first check that seed is not already set
2177     if (fSeed == 0) {
2178         if (gSystem->Getenv("CONFIG_SEED")) {
2179                 fSeed = atoi(gSystem->Getenv("CONFIG_SEED"));
2180         }
2181     } else {
2182         if (gSystem->Getenv("CONFIG_SEED")) {
2183                 AliInfo(Form("Seed for random number generation already set (%d)"
2184                              ": CONFIG_SEED variable ignored!", fSeed));
2185         }
2186     }
2187    
2188     AliInfo(Form("Seed for random number generation = %d ", fSeed)); 
2189
2190     // Run Number
2191     
2192     // first check that run number is not already set
2193     if(fRun < 0) {    
2194         if (gSystem->Getenv("DC_RUN")) {
2195                 fRun = atoi(gSystem->Getenv("DC_RUN"));
2196         }
2197     } else {
2198         if (gSystem->Getenv("DC_RUN")) {
2199                 AliInfo(Form("Run number already set (%d): DC_RUN variable ignored!", fRun));
2200         }
2201     }
2202     
2203     AliInfo(Form("Run number = %d", fRun)); 
2204 }
2205
2206 //---------------------------------------------------------------------
2207 void AliSimulation::WriteGRPEntry()
2208 {
2209   // Get the necessary information from galice (generator, trigger etc) and
2210   // write a GRP entry corresponding to the settings in the Config.C used
2211   // note that Hall probes and Cavern and Surface Atmos pressures are not simulated.
2212
2213
2214   AliInfo("Writing global run parameters entry into the OCDB");
2215
2216   AliGRPObject* grpObj = new AliGRPObject();
2217
2218   grpObj->SetRunType("PHYSICS");
2219   grpObj->SetTimeStart(0);
2220   TDatime curtime;
2221   grpObj->SetTimeStart(0);
2222   grpObj->SetTimeEnd(curtime.Convert()); 
2223   grpObj->SetBeamEnergyIsSqrtSHalfGeV(); // new format of GRP: store sqrt(s)/2 in GeV
2224
2225   const AliGenerator *gen = gAlice->GetMCApp()->Generator();
2226   if (gen) {
2227     grpObj->SetBeamEnergy(gen->GetEnergyCMS()/2);
2228     TString projectile;
2229     Int_t a,z;
2230     gen->GetProjectile(projectile,a,z);
2231     TString target;
2232     gen->GetTarget(target,a,z);
2233     TString beamType = projectile + "-" + target;
2234     beamType.ReplaceAll(" ","");
2235     if (!beamType.CompareTo("-")) {
2236       grpObj->SetBeamType("UNKNOWN");
2237     }
2238     else {
2239       grpObj->SetBeamType(beamType);
2240       // Heavy ion run, the event specie is set to kHighMult
2241       fEventSpecie = AliRecoParam::kHighMult;
2242       if ((strcmp(beamType,"p-p") == 0) ||
2243           (strcmp(beamType,"p-")  == 0) ||
2244           (strcmp(beamType,"-p")  == 0) ||
2245           (strcmp(beamType,"P-P") == 0) ||
2246           (strcmp(beamType,"P-")  == 0) ||
2247           (strcmp(beamType,"-P")  == 0)) {
2248         // Proton run, the event specie is set to kLowMult
2249         fEventSpecie = AliRecoParam::kLowMult;
2250       } 
2251     }
2252   } else {
2253     AliWarning("Unknown beam type and energy! Setting energy to 0");
2254     grpObj->SetBeamEnergy(0);
2255     grpObj->SetBeamType("UNKNOWN");
2256   }
2257
2258   UInt_t detectorPattern  = 0;
2259   Int_t nDets = 0;
2260   TObjArray *detArray = gAlice->Detectors();
2261   for (Int_t iDet = 0; iDet < AliDAQ::kNDetectors-1; iDet++) {
2262     if (detArray->FindObject(AliDAQ::OfflineModuleName(iDet))) {
2263       detectorPattern |= (1 << iDet);
2264       nDets++;
2265     }
2266   }
2267   // CTP
2268   if (!fMakeTrigger.IsNull() || strcmp(gAlice->GetTriggerDescriptor(),""))
2269     detectorPattern |= (1 << AliDAQ::DetectorID("TRG"));
2270
2271   // HLT
2272   if (!fRunHLT.IsNull())
2273     detectorPattern |= (1 << AliDAQ::kHLTId);
2274
2275   grpObj->SetNumberOfDetectors((Char_t)nDets);
2276   grpObj->SetDetectorMask((Int_t)detectorPattern);
2277   grpObj->SetLHCPeriod("LHC08c");
2278   grpObj->SetLHCState("STABLE_BEAMS");
2279   grpObj->SetLHCLuminosity(0,(AliGRPObject::Stats)0);
2280   grpObj->SetBeamIntensity(0,(AliGRPObject::Stats)0);
2281   //
2282   AliMagF *field = (AliMagF*)TGeoGlobalMagField::Instance()->GetField();
2283   Float_t solenoidField = field ? TMath::Abs(field->SolenoidField()) : 0;
2284
2285   Float_t factorSol     = field ? field->GetFactorSol() : 0;
2286   Float_t currentSol    = TMath::Abs(factorSol)>1E-6 ? 
2287     TMath::Nint(TMath::Abs(solenoidField/factorSol))/5.*30000.*TMath::Abs(factorSol) : 0;
2288   //
2289   Float_t factorDip     = field ? field->GetFactorDip() : 0;
2290   Float_t currentDip    = 6000.*TMath::Abs(factorDip);
2291   //
2292   grpObj->SetL3Current(currentSol,(AliGRPObject::Stats)0);
2293   grpObj->SetDipoleCurrent(currentDip,(AliGRPObject::Stats)0);  
2294   grpObj->SetL3Polarity(factorSol>0 ? 0:1);  
2295   grpObj->SetDipolePolarity(factorDip>0 ? 0:1);
2296   grpObj->SetUniformBMap(field->IsUniform());            // for special MC with k5kGUniform map
2297   grpObj->SetPolarityConventionLHC();                    // LHC convention +/+ current -> -/- field main components
2298   //
2299   grpObj->SetCavernTemperature(0,(AliGRPObject::Stats)0);
2300   
2301   //grpMap->Add(new TObjString("fCavernPressure"),new TObjString("0")); ---> not inserted in simulation with the new object, since it is now an AliDCSSensor
2302
2303   // Now store the entry in OCDB
2304   AliCDBManager* man = AliCDBManager::Instance();
2305
2306   AliCDBId id("GRP/GRP/Data", man->GetRun(), man->GetRun(), 1, 1);
2307   AliCDBMetaData *metadata= new AliCDBMetaData();
2308
2309   metadata->SetResponsible("alice-off@cern.ch");
2310   metadata->SetComment("Automatically produced GRP entry for Monte Carlo");
2311  
2312   man->Put(grpObj,id,metadata);
2313 }
2314
2315