Fixes for coverity.
[u/mrichter/AliRoot.git] / STEER / STEER / AliMillePede2.cxx
1 /**********************************************************************************************/
2 /* General class for alignment with large number of degrees of freedom                        */
3 /* Based on the original milliped2 by Volker Blobel                                           */
4 /* and AliMillepede class by Javier                                                           */ 
5 /* Allows operations with large sparse matrices                                               */ 
6 /* http://www.desy.de/~blobel/mptalks.html                                                    */
7 /*                                                                                            */ 
8 /* Author: ruben.shahoyan@cern.ch                                                             */
9 /*                                                                                            */ 
10 /**********************************************************************************************/
11
12 #include "AliMillePede2.h"
13 #include "AliLog.h"
14 #include <TStopwatch.h>
15 #include <TFile.h>
16 #include <TChain.h>
17 #include <TMath.h>
18 #include <TVectorD.h>
19 #include <TArrayL.h>
20 #include <TArrayF.h>
21 #include <TSystem.h>
22 #include "AliMatrixSq.h"
23 #include "AliSymMatrix.h"
24 #include "AliRectMatrix.h"
25 #include "AliMatrixSparse.h"
26 #include <stdio.h>
27 #include <stdlib.h>
28 #include <unistd.h> 
29 #include <sys/types.h>
30 #include <sys/stat.h>
31 #include <fcntl.h>
32 #include <fstream>
33
34 //#define _DUMP_EQ_BEFORE_
35 //#define _DUMP_EQ_AFTER_
36
37 //#define _DUMPEQ_BEFORE_
38 //#define _DUMPEQ_AFTER_ 
39
40 using std::ifstream;
41 ClassImp(AliMillePede2)
42
43 Bool_t   AliMillePede2::fgInvChol        = kTRUE;     // Invert global matrix with Cholesky solver
44 Bool_t   AliMillePede2::fgWeightSigma    = kTRUE;     // weight local constraint by module statistics
45 Bool_t   AliMillePede2::fgIsMatGloSparse = kFALSE;    // use faster dense matrix by default
46 Int_t    AliMillePede2::fgMinResCondType = 1;         // Jacoby preconditioner by default
47 Double_t AliMillePede2::fgMinResTol      = 1.e-11;    // default tolerance
48 Int_t    AliMillePede2::fgMinResMaxIter  = 10000;     // default max number of iterations 
49 Int_t    AliMillePede2::fgIterSol        = AliMinResSolve::kSolMinRes; // default iterative solver
50 Int_t    AliMillePede2::fgNKrylovV       = 240;        // default number of Krylov vectors to keep
51
52 //_____________________________________________________________________________________________
53 AliMillePede2::AliMillePede2() 
54 : fNLocPar(0),
55   fNGloPar(0),
56   fNGloParIni(0),
57   fNGloSize(0),
58 //
59   fNLocEquations(0),
60   fIter(0),
61   fMaxIter(10),
62   fNStdDev(3),
63   fNGloConstraints(0),
64   fNLagrangeConstraints(0),
65   fNLocFits(0),
66   fNLocFitsRejected(0),
67   fNGloFix(0),
68   fGloSolveStatus(kFailed),
69 //
70   fChi2CutFactor(1.),
71   fChi2CutRef(1.),
72   fResCutInit(100.),
73   fResCut(100.),
74   fMinPntValid(1),
75 //
76   fNGroupsSet(0),
77   fParamGrID(0),
78   fProcPnt(0),
79   fVecBLoc(0),
80   fDiagCGlo(0),
81   fVecBGlo(0),
82   fInitPar(0),
83   fDeltaPar(0),
84   fSigmaPar(0),
85   fIsLinear(0),
86   fConstrUsed(0),
87 //
88   fGlo2CGlo(0),
89   fCGlo2Glo(0),
90 //
91   fMatCLoc(0),
92   fMatCGlo(0),
93   fMatCGloLoc(0),
94   //
95   fFillIndex(0),
96   fFillValue(0),
97   //
98   fRecDataTreeName("AliMillePedeRecords_Data"),
99   fRecConsTreeName("AliMillePedeRecords_Consaints"),
100   fRecDataBranchName("Record_Data"),
101   fRecConsBranchName("Record_Consaints"),
102   //
103   fDataRecFName("/tmp/mp2_data_records.root"),
104   fRecord(0),
105   fDataRecFile(0),  
106   fTreeData(0),
107   fRecFileStatus(0),
108   //
109   fConstrRecFName("/tmp/mp2_constraints_records.root"),
110   fTreeConstr(0),
111   fConsRecFile(0),
112   fCurrRecDataID(0),
113   fCurrRecConstrID(0),
114   fLocFitAdd(kTRUE),
115   fUseRecordWeight(kTRUE),
116   fMinRecordLength(1),
117   fSelFirst(1),
118   fSelLast(-1),
119   fRejRunList(0),
120   fAccRunList(0),
121   fAccRunListWgh(0),
122   fRunWgh(1),
123   fkReGroup(0)
124 {
125   fWghScl[0] = fWghScl[1] = -1;
126 }
127
128 //_____________________________________________________________________________________________
129 AliMillePede2::AliMillePede2(const AliMillePede2& src) : 
130   TObject(src),fNLocPar(0),fNGloPar(0),fNGloParIni(0),fNGloSize(0),fNLocEquations(0),fIter(0),
131   fMaxIter(10),fNStdDev(3),fNGloConstraints(0),fNLagrangeConstraints(0),
132   fNLocFits(0),fNLocFitsRejected(0),
133   fNGloFix(0),fGloSolveStatus(0),fChi2CutFactor(0),fChi2CutRef(0),fResCutInit(0),
134   fResCut(0),fMinPntValid(1),fNGroupsSet(0),fParamGrID(0),fProcPnt(0),fVecBLoc(0),fDiagCGlo(0),fVecBGlo(0),
135   fInitPar(0),fDeltaPar(0),fSigmaPar(0),fIsLinear(0),fConstrUsed(0),fGlo2CGlo(0),fCGlo2Glo(0),
136   fMatCLoc(0),fMatCGlo(0),fMatCGloLoc(0),fFillIndex(0),fFillValue(0),
137   fRecDataTreeName(0),fRecConsTreeName(0),fRecDataBranchName(0),fRecConsBranchName(0),
138   fDataRecFName(0),fRecord(0),fDataRecFile(0),
139   fTreeData(0),fRecFileStatus(0),fConstrRecFName(0),fTreeConstr(0),fConsRecFile(0),fCurrRecDataID(0),
140   fCurrRecConstrID(0),fLocFitAdd(kTRUE),
141   fUseRecordWeight(kTRUE),
142   fMinRecordLength(1),
143   fSelFirst(1),
144   fSelLast(-1),
145   fRejRunList(0),
146   fAccRunList(0),
147   fAccRunListWgh(0),
148   fRunWgh(1),
149   fkReGroup(0)
150 {
151   fWghScl[0] = src.fWghScl[0];
152   fWghScl[1] = src.fWghScl[1];
153   printf("Dummy\n");
154 }
155
156 //_____________________________________________________________________________________________
157 AliMillePede2::~AliMillePede2() 
158 {
159   // destructor
160   CloseDataRecStorage();
161   CloseConsRecStorage();
162   //
163   delete[] fParamGrID;
164   delete[] fProcPnt;
165   delete[] fVecBLoc;
166   delete[] fDiagCGlo;
167   delete[] fVecBGlo;
168   delete[] fInitPar;
169   delete[] fDeltaPar;
170   delete[] fSigmaPar;
171   delete[] fGlo2CGlo;
172   delete[] fCGlo2Glo;
173   delete[] fIsLinear;
174   delete[] fConstrUsed;
175   delete[] fFillIndex;
176   delete[] fFillValue;
177   //
178   delete fRecord;
179   delete fMatCLoc;
180   delete fMatCGlo;
181   delete fMatCGloLoc;
182   delete fRejRunList;
183   delete fAccRunList;
184   delete fAccRunListWgh;
185
186
187 //_____________________________________________________________________________________________
188 Int_t AliMillePede2::InitMille(int nGlo, int nLoc, int lNStdDev,double lResCut, double lResCutInit, const Int_t* regroup)
189 {
190   // init all
191   //
192   fNGloParIni = nGlo;
193   if (regroup) { // regrouping is requested
194     fkReGroup = regroup;
195     int ng = 0; // recalculate N globals
196     int maxPID = -1;
197     for (int i=0;i<nGlo;i++) if (regroup[i]>=0) {ng++; if (regroup[i]>maxPID) maxPID = regroup[i];} 
198     maxPID++;
199     AliInfo(Form("Regrouping is requested: from %d raw to %d formal globals grouped to %d real globals",nGlo,ng,maxPID));
200     nGlo = maxPID;
201   }
202   if (nLoc>0)        fNLocPar = nLoc;
203   if (nGlo>0)        fNGloPar = nGlo;
204   if (lResCutInit>0) fResCutInit = lResCutInit; 
205   if (lResCut>0)     fResCut     = lResCut;
206   if (lNStdDev>0)    fNStdDev    = lNStdDev;
207   //
208   AliInfo(Form("NLoc: %d NGlo: %d",fNLocPar,fNGloPar));
209
210   fNGloSize = fNGloPar;
211   //
212   if (fgIsMatGloSparse) {fMatCGlo = new AliMatrixSparse(fNGloPar); fMatCGlo->SetSymmetric(kTRUE);}
213   else                   fMatCGlo = new AliSymMatrix(fNGloPar);
214   //
215   fFillIndex    = new Int_t[fNGloPar];
216   fFillValue    = new Double_t[fNGloPar];
217   //
218   fMatCLoc      = new AliSymMatrix(fNLocPar);
219   fMatCGloLoc   = new AliRectMatrix(fNGloPar,fNLocPar);
220   //
221   fParamGrID    = new Int_t[fNGloPar];
222   fProcPnt      = new Int_t[fNGloPar];
223   fVecBLoc      = new Double_t[fNLocPar];
224   fDiagCGlo     = new Double_t[fNGloPar];
225   //
226   fInitPar      = new Double_t[fNGloPar];
227   fDeltaPar     = new Double_t[fNGloPar];
228   fSigmaPar     = new Double_t[fNGloPar];
229   fIsLinear     = new Bool_t[fNGloPar];
230   //
231   fGlo2CGlo     = new Int_t[fNGloPar];
232   fCGlo2Glo     = new Int_t[fNGloPar];
233   //
234   memset(fVecBLoc   ,0,fNLocPar*sizeof(Double_t));
235   memset(fDiagCGlo  ,0,fNGloPar*sizeof(Double_t));
236   memset(fInitPar   ,0,fNGloPar*sizeof(Double_t));
237   memset(fDeltaPar  ,0,fNGloPar*sizeof(Double_t));
238   memset(fSigmaPar  ,0,fNGloPar*sizeof(Double_t));
239   memset(fProcPnt   ,0,fNGloPar*sizeof(Int_t));
240   //
241   for (int i=fNGloPar;i--;) {
242     fGlo2CGlo[i] = fCGlo2Glo[i] = -1;
243     fIsLinear[i] = kTRUE;
244     fParamGrID[i] = -1;
245   }
246   //
247   fWghScl[0] = -1; 
248   fWghScl[1] = -1;
249   return 1;
250 }
251
252 //_____________________________________________________________________________________________
253 Bool_t AliMillePede2::ImposeDataRecFile(const char* fname)
254 {
255   // set filename for records
256   CloseDataRecStorage();
257   SetDataRecFName(fname);
258   return InitDataRecStorage(kTRUE); // open in read mode
259 }
260
261 //_____________________________________________________________________________________________
262 Bool_t AliMillePede2::ImposeConsRecFile(const char* fname)
263 {
264   // set filename for constraints
265   CloseConsRecStorage();
266   SetConsRecFName(fname);
267   return InitConsRecStorage(kTRUE); // open in read mode
268 }
269
270 //_____________________________________________________________________________________________
271 Bool_t AliMillePede2::InitDataRecStorage(Bool_t read)
272 {
273   // initialize the buffer for processed measurements records
274   //
275   if (fTreeData) {AliInfo("Data Records File is already initialized"); return kFALSE;} 
276   //
277   if (!fRecord) fRecord = new AliMillePedeRecord();
278   //
279   if (!read) { // write mode: cannot use chain
280     fDataRecFile = TFile::Open(GetDataRecFName(),"recreate");
281     if (!fDataRecFile) {AliFatal(Form("Failed to initialize data records file %s",GetDataRecFName())); return kFALSE;}
282     AliInfo(Form("File %s used for derivatives records",GetDataRecFName()));
283     fTreeData = new TTree(GetRecDataTreeName(),"Data Records for AliMillePede2");
284     fTreeData->Branch(GetRecDataBranchName(),"AliMillePedeRecord",&fRecord,32000,99);
285   }
286   else { // use chain
287     TChain* ch = new TChain(GetRecDataTreeName());
288     //
289     if (fDataRecFName.EndsWith(".root")) ch->AddFile(fDataRecFName);
290     else { // assume text file with list of filenames
291       //
292       ifstream inpf(fDataRecFName.Data());
293       if (!inpf.good()) {AliInfo(Form("Failed on input records list %s\n",fDataRecFName.Data())); return kFALSE;}
294       //
295       TString recfName;
296       while ( !(recfName.ReadLine(inpf)).eof() ) {
297         recfName = recfName.Strip(TString::kBoth,' ');
298         if (recfName.BeginsWith("//") || recfName.BeginsWith("#") || !recfName.EndsWith(".root")) {  // comment
299           AliInfo(Form("Skip %s\n",recfName.Data()));
300           continue;
301         }
302         //
303         recfName = recfName.Strip(TString::kBoth,',');
304         recfName = recfName.Strip(TString::kBoth,'"');
305         gSystem->ExpandPathName(recfName);
306         printf("Adding %s\n",recfName.Data());
307         ch->AddFile(recfName.Data());
308       }      
309     }
310     //
311     Long64_t nent = ch->GetEntries();
312     if (nent<1) { AliInfo("Obtained chain is empty"); return kFALSE;}
313     fTreeData = ch;
314     fTreeData->SetBranchAddress(GetRecDataBranchName(),&fRecord);
315     AliInfo(Form("Found %lld derivatives records",nent));
316   }
317   fCurrRecDataID = -1;
318   fRecFileStatus = read ? 1:2;
319   //
320   return kTRUE;
321 }
322
323 //_____________________________________________________________________________________________
324 Bool_t AliMillePede2::InitConsRecStorage(Bool_t read)
325 {
326   // initialize the buffer for processed measurements records
327   //
328   if (fConsRecFile) {AliInfo("Constraints Records File is already initialized"); return kFALSE;} 
329   //
330   if (!fRecord) fRecord = new AliMillePedeRecord();
331   //
332   fConsRecFile = TFile::Open(GetConsRecFName(),read ? "":"recreate");
333   if (!fConsRecFile) {AliInfo(Form("Failed to initialize constraints records file %s",GetConsRecFName())); return kFALSE;}
334   //
335   AliInfo(Form("File %s used for constraints records",GetConsRecFName()));
336   if (read) {
337     fTreeConstr = (TTree*)fConsRecFile->Get(GetRecConsTreeName());
338     if (!fTreeConstr) {AliInfo(Form("Did not find constraints records tree in %s",GetConsRecFName())); return kFALSE;}
339     fTreeConstr->SetBranchAddress(GetRecConsBranchName(),&fRecord);
340     AliInfo(Form("Found %lld constraints records",fTreeConstr->GetEntries()));
341     //
342   }
343   else {
344     //
345     fTreeConstr = new TTree(GetRecConsTreeName(),"Constraints Records for AliMillePede2");
346     fTreeConstr->Branch(GetRecConsBranchName(),"AliMillePedeRecord",&fRecord,32000,99);
347   }
348   fCurrRecConstrID = -1;
349   //
350   return kTRUE;
351 }
352
353 //_____________________________________________________________________________________________
354 void AliMillePede2::CloseDataRecStorage()
355 {
356   // close records file
357   if (fTreeData) {
358     if (fDataRecFile && fDataRecFile->IsWritable()) {
359       fDataRecFile->cd();
360       fTreeData->Write();
361     }
362     delete fTreeData;  
363     fTreeData = 0;
364     if (fDataRecFile) {
365       fDataRecFile->Close();
366       delete fDataRecFile;
367       fDataRecFile = 0;
368     }
369   }
370   fRecFileStatus = 0;
371   //
372 }
373
374 //_____________________________________________________________________________________________
375 void AliMillePede2::CloseConsRecStorage()
376 {
377   // close constraints file
378   if (fTreeConstr) {
379     if (fConsRecFile->IsWritable()) {
380       fConsRecFile->cd();
381       fTreeConstr->Write();
382     }
383     delete fTreeConstr;  
384     fTreeConstr = 0;
385     fConsRecFile->Close();
386     delete fConsRecFile;
387     fConsRecFile = 0;
388   }
389   //
390 }
391
392 //_____________________________________________________________________________________________
393 Bool_t AliMillePede2::ReadNextRecordData()
394 {
395   // read next data record (if any)
396   if (!fTreeData || ++fCurrRecDataID >= fTreeData->GetEntries()) { fCurrRecDataID--; return kFALSE;}
397   fTreeData->GetEntry(fCurrRecDataID);
398   return kTRUE;
399 }
400
401 //_____________________________________________________________________________________________
402 Bool_t AliMillePede2::ReadNextRecordConstraint()
403 {
404   // read next constraint record (if any)
405   if (!fTreeConstr || ++fCurrRecConstrID >= fTreeConstr->GetEntries()) { fCurrRecConstrID--; return kFALSE;}
406   fTreeConstr->GetEntry(fCurrRecConstrID);
407   return kTRUE;
408 }
409
410 //_____________________________________________________________________________________________
411 void AliMillePede2::SetRecordWeight(double wgh)
412 {
413   // assign weight
414   if (fRecFileStatus<2) InitDataRecStorage(); // create a buffer to store the data
415   fRecord->SetWeight(wgh);
416 }
417
418 //_____________________________________________________________________________________________
419 void AliMillePede2::SetRecordRun(Int_t run)
420 {
421   // assign run
422   if (fRecFileStatus<2) InitDataRecStorage(); // create a buffer to store the data
423   fRecord->SetRunID(run);
424 }
425
426 //_____________________________________________________________________________________________
427 void AliMillePede2::SetLocalEquation(double *dergb, double *derlc, double lMeas, double lSigma)
428 {
429   // assing derivs of loc.eq.
430   if (fRecFileStatus<2) InitDataRecStorage(); // create a buffer to store the data
431   //
432   // write data of single measurement
433   if (lSigma<=0.0) { // If parameter is fixed, then no equation
434     for (int i=fNLocPar; i--;) derlc[i] = 0.0;
435     for (int i=fNGloParIni; i--;) dergb[i] = 0.0;
436     return;
437   }
438   //
439   fRecord->AddResidual(lMeas);
440   //
441   // Retrieve local param interesting indices
442   for (int i=0;i<fNLocPar;i++) if (!IsZero(derlc[i])) {fRecord->AddIndexValue(i,derlc[i]); derlc[i] = 0.0;}
443   //
444   fRecord->AddWeight( 1.0/lSigma/lSigma );
445   //
446   // Idem for global parameters
447   for (int i=0;i<fNGloParIni;i++) if (!IsZero(dergb[i])) {
448     fRecord->AddIndexValue(i,dergb[i]); dergb[i] = 0.0;
449     int idrg = GetRGId(i);
450     fRecord->MarkGroup(idrg<0 ? -1 : fParamGrID[i]);
451   }
452   //  fRecord->Print();
453   //
454 }
455
456 //_____________________________________________________________________________________________
457 void AliMillePede2::SetLocalEquation(int *indgb, double *dergb, int ngb, int *indlc,
458                                      double *derlc,int nlc,double lMeas,double lSigma)
459 {       
460   // write data of single measurement. Note: the records ignore regrouping, store direct parameters
461   if (lSigma<=0.0) { // If parameter is fixed, then no equation
462     for (int i=nlc;i--;)  derlc[i] = 0.0;
463     for (int i=ngb;i--;)  dergb[i] = 0.0;
464     return;
465   }
466   //
467   if (fRecFileStatus<2) InitDataRecStorage(); // create a buffer to store the data
468   //
469   fRecord->AddResidual(lMeas);
470   //
471   // Retrieve local param interesting indices
472   for (int i=0;i<nlc;i++) if (!IsZero(derlc[i])) {fRecord->AddIndexValue(indlc[i],derlc[i]); derlc[i]=0.; indlc[i]=0;}
473   //
474   fRecord->AddWeight( 1./lSigma/lSigma );
475   //
476   // Idem for global parameters
477   for (int i=0;i<ngb;i++) if (!IsZero(dergb[i])) {fRecord->AddIndexValue(indgb[i],dergb[i]); dergb[i]=0.; indgb[i]=0;} 
478   //
479 }
480
481
482 //_____________________________________________________________________________________________
483 void AliMillePede2::SetGlobalConstraint(const double *dergb, double val, double sigma)
484 {       
485   // Define a constraint equation.
486   if (!fConsRecFile || !fConsRecFile->IsWritable()) InitConsRecStorage(); // create a buffer to store the data
487   //
488   fRecord->Reset();
489   fRecord->AddResidual(val);
490   fRecord->AddWeight(sigma);
491   for (int i=0; i<fNGloParIni; i++) if (!IsZero(dergb[i])) fRecord->AddIndexValue(i,dergb[i]);
492   fNGloConstraints++;
493   if (IsZero(sigma)) fNLagrangeConstraints++;
494   //  printf("NewConstraint:\n"); fRecord->Print(); //RRR
495   SaveRecordConstraint();
496   //
497 }
498
499 //_____________________________________________________________________________________________
500 void AliMillePede2::SetGlobalConstraint(const int *indgb, const double *dergb, int ngb, double val,double sigma)
501 {       
502   // Define a constraint equation.
503   if (!fConsRecFile || !fConsRecFile->IsWritable()) InitConsRecStorage(); // create a buffer to store the data
504   fRecord->Reset();
505   fRecord->AddResidual(val);
506   fRecord->AddWeight(sigma);   // dummy
507   for (int i=0; i<ngb; i++) if (!IsZero(dergb[i]))  fRecord->AddIndexValue(indgb[i],dergb[i]);
508   fNGloConstraints++;
509   if (IsZero(sigma)) fNLagrangeConstraints++;
510   SaveRecordConstraint();
511   //
512 }
513
514 //_____________________________________________________________________________________________
515 Int_t AliMillePede2::LocalFit(double *localParams)
516 {
517   /*
518     Perform local parameters fit once all the local equations have been set
519     -----------------------------------------------------------
520     localParams = (if !=0) will contain the fitted track parameters and
521     related errors
522   */
523   static int     nrefSize = 0;
524   //  static TArrayI refLoc,refGlo,nrefLoc,nrefGlo;
525   static Int_t  *refLoc=0,*refGlo=0,*nrefLoc=0,*nrefGlo=0;
526   int nPoints = 0;
527   //
528   AliSymMatrix    &matCLoc    = *fMatCLoc;
529   AliMatrixSq     &matCGlo    = *fMatCGlo;
530   AliRectMatrix   &matCGloLoc = *fMatCGloLoc;
531   //
532   memset(fVecBLoc,0,fNLocPar*sizeof(double));
533   matCLoc.Reset();      
534   //
535   int cnt=0;
536   int recSz = fRecord->GetSize();
537   //
538   while(cnt<recSz) {  // Transfer the measurement records to matrices
539     //
540     // extract addresses of residual, weight and pointers on local and global derivatives for each point
541     if (nrefSize<=nPoints) {
542       int *tmpA = 0;
543       nrefSize = 2*(nPoints+1); 
544       tmpA = refLoc;  refLoc  = new Int_t[nrefSize]; if (tmpA) memcpy(refLoc,tmpA,nPoints*sizeof(int));
545       tmpA = refGlo;  refGlo  = new Int_t[nrefSize]; if (tmpA) memcpy(refGlo,tmpA,nPoints*sizeof(int));
546       tmpA = nrefLoc; nrefLoc = new Int_t[nrefSize]; if (tmpA) memcpy(nrefLoc,tmpA,nPoints*sizeof(int));
547       tmpA = nrefGlo; nrefGlo = new Int_t[nrefSize]; if (tmpA) memcpy(nrefGlo,tmpA,nPoints*sizeof(int));
548     }
549     //
550     refLoc[nPoints]  = ++cnt;
551     int nLoc = 0;
552     while(!fRecord->IsWeight(cnt)) {nLoc++; cnt++;}
553     nrefLoc[nPoints] = nLoc;
554     //
555     refGlo[nPoints]  = ++cnt;
556     int nGlo = 0;
557     while(!fRecord->IsResidual(cnt) && cnt<recSz) {nGlo++; cnt++;} 
558     nrefGlo[nPoints] = nGlo;
559     //
560     nPoints++;
561   }
562   if (fMinRecordLength>0 && nPoints < fMinRecordLength) return 0; // ignore
563   //
564   double vl;
565   //
566   double gloWgh = fRunWgh;
567   if (fUseRecordWeight) gloWgh *= fRecord->GetWeight(); // global weight for this set
568   Int_t maxLocUsed = 0;
569   //
570   for (int ip=nPoints;ip--;) {  // Transfer the measurement records to matrices
571     double  resid  = fRecord->GetValue( refLoc[ip]-1 );
572     double  weight = fRecord->GetValue( refGlo[ip]-1 )*gloWgh;
573     int odd = (ip&0x1);
574     if (fWghScl[odd]>0) weight *= fWghScl[odd];
575     double *derLoc = fRecord->GetValue()+refLoc[ip];
576     double *derGlo = fRecord->GetValue()+refGlo[ip];
577     int    *indLoc = fRecord->GetIndex()+refLoc[ip];
578     int    *indGlo = fRecord->GetIndex()+refGlo[ip];
579     //
580     for (int i=nrefGlo[ip];i--;) {      // suppress the global part (only relevant with iterations)
581       //
582       // if regrouping was requested, do it here
583       if (fkReGroup) {
584         int idtmp = fkReGroup[ indGlo[i] ];
585         if (idtmp == kFixParID) indGlo[i] = kFixParID; // fixed param in regrouping 
586         else                    indGlo[i] = idtmp;
587       }
588       //
589       int iID = indGlo[i];              // Global param indice
590       if (iID<0 || fSigmaPar[iID]<=0.) continue;                              // fixed parameter RRRCheck
591       if (fIsLinear[iID]) resid -= derGlo[i]*(fInitPar[iID]+fDeltaPar[iID]);  // linear parameter
592       else                resid -= derGlo[i]*fDeltaPar[iID];                  // nonlinear parameter
593     }
594     //
595     // Symmetric matrix, don't bother j>i coeffs
596     for (int i=nrefLoc[ip];i--;) {         // Fill local matrix and vector
597       fVecBLoc[ indLoc[i] ] += weight*resid*derLoc[i];
598       if (indLoc[i]>maxLocUsed) maxLocUsed = indLoc[i];  
599       for (int j=i+1;j--;) matCLoc(indLoc[i] ,indLoc[j]) += weight*derLoc[i]*derLoc[j];
600     }
601     //
602   } // end of the transfer of the measurement record to matrices
603   //
604   matCLoc.SetSizeUsed(++maxLocUsed);   // data with B=0 may use less than declared nLocals 
605   //
606   /* //RRR
607   fRecord->Print("l");
608   printf("\nBefore\nLocalMatrix: "); matCLoc.Print("l");
609   printf("RHSLoc: "); for (int i=0;i<fNLocPar;i++) printf("%+e |",fVecBLoc[i]); printf("\n");
610   */
611   // first try to solve by faster Cholesky decomposition, then by Gaussian elimination
612   if (!matCLoc.SolveChol(fVecBLoc,kTRUE)) {
613     AliInfo("Failed to solve locals by Cholesky, trying Gaussian Elimination");
614     if (!matCLoc.SolveSpmInv(fVecBLoc,kTRUE)) { 
615       AliInfo("Failed to solve locals by Gaussian Elimination, skip...");
616       matCLoc.Print("d");
617       return 0; // failed to solve
618     }
619   }
620   //
621   // If requested, store the track params and errors
622   //RRR  printf("locfit: "); for (int i=0;i<fNLocPar;i++) printf("%+e |",fVecBLoc[i]); printf("\n");
623   
624   if (localParams) for (int i=maxLocUsed; i--;) {
625       localParams[2*i]   = fVecBLoc[i];
626       localParams[2*i+1] = TMath::Sqrt(TMath::Abs(matCLoc.QueryDiag(i)));
627     }
628   //
629   float lChi2 = 0;
630   int   nEq   = 0;
631   //
632   for (int ip=nPoints;ip--;) {  // Calculate residuals
633     double  resid  = fRecord->GetValue( refLoc[ip]-1 );
634     double  weight = fRecord->GetValue( refGlo[ip]-1 )*gloWgh;
635     int odd = (ip&0x1);
636     if (fWghScl[odd]>0) weight *= fWghScl[odd];
637     double *derLoc = fRecord->GetValue()+refLoc[ip];
638     double *derGlo = fRecord->GetValue()+refGlo[ip];
639     int    *indLoc = fRecord->GetIndex()+refLoc[ip];
640     int    *indGlo = fRecord->GetIndex()+refGlo[ip];
641     //
642     // Suppress local and global contribution in residuals;
643     for (int i=nrefLoc[ip];i--;) resid -= derLoc[i]*fVecBLoc[ indLoc[i] ];     // local part 
644     //
645     for (int i=nrefGlo[ip];i--;) {                                             // global part
646       int iID = indGlo[i];
647       if ( iID<0 || fSigmaPar[iID] <= 0.) continue;                            // fixed parameter RRRCheck
648       if (fIsLinear[iID]) resid -= derGlo[i]*(fInitPar[iID]+fDeltaPar[iID]);   // linear parameter
649       else                resid -= derGlo[i]*fDeltaPar[iID];                   // nonlinear parameter
650     }
651     //
652     // reject the track if the residual is too large (outlier)
653     double absres = TMath::Abs(resid);
654     if ( (absres >= fResCutInit && fIter ==1 ) ||
655          (absres >= fResCut     && fIter > 1)) {
656       if (fLocFitAdd) fNLocFitsRejected++;      
657       //      printf("reject res %5ld %+e\n",fCurrRecDataID,resid);
658       return 0;
659     }
660     // 
661     lChi2 += weight*resid*resid ; // total chi^2
662     nEq++;                        // number of equations                        
663   } // end of Calculate residuals
664   //
665   lChi2 /= gloWgh;  
666   int nDoF = nEq-maxLocUsed;
667   lChi2 = (nDoF>0) ? lChi2/nDoF : 0;  // Chi^2/dof  
668   //
669   if (fNStdDev != 0 && nDoF>0 && lChi2 > Chi2DoFLim(fNStdDev,nDoF)*fChi2CutFactor) { // check final chi2
670     if (fLocFitAdd) fNLocFitsRejected++;      
671     //    printf("reject chi2 %5ld: %+e\n",fCurrRecDataID, lChi2);
672     return 0;
673   }
674   //
675   if (fLocFitAdd) {
676     fNLocFits++;
677     fNLocEquations += nEq;
678   }
679   else {
680     fNLocFits--;
681     fNLocEquations -= nEq;
682   }
683   //
684   //  local operations are finished, track is accepted 
685   //  We now update the global parameters (other matrices)
686   //
687   int nGloInFit = 0;
688   //
689   for (int ip=nPoints;ip--;) {  // Update matrices
690     double  resid  = fRecord->GetValue( refLoc[ip]-1 );
691     double  weight = fRecord->GetValue( refGlo[ip]-1 )*gloWgh;
692     int odd = (ip&0x1);
693     if (fWghScl[odd]>0) weight *= fWghScl[odd];
694     double *derLoc = fRecord->GetValue()+refLoc[ip];
695     double *derGlo = fRecord->GetValue()+refGlo[ip];
696     int    *indLoc = fRecord->GetIndex()+refLoc[ip];
697     int    *indGlo = fRecord->GetIndex()+refGlo[ip];
698     //
699     for (int i=nrefGlo[ip];i--;) {   // suppress the global part
700       int iID = indGlo[i];           // Global param indice
701       if ( iID<0 || fSigmaPar[iID] <= 0.) continue;                                // fixed parameter RRRCheck
702       if (fIsLinear[iID])  resid -= derGlo[i]*(fInitPar[iID]+fDeltaPar[iID]);      // linear parameter
703       else                 resid -= derGlo[i]*fDeltaPar[iID];                      // nonlinear parameter
704     }
705     //
706     for (int ig=nrefGlo[ip];ig--;) {
707       int iIDg = indGlo[ig];   // Global param indice (the matrix line)          
708       if ( iIDg<0 || fSigmaPar[iIDg] <= 0.) continue;                              // fixed parameter RRRCheck
709       if (fLocFitAdd) fVecBGlo[ iIDg ] += weight*resid*derGlo[ig]; //!!!
710       else            fVecBGlo[ iIDg ] -= weight*resid*derGlo[ig]; //!!!
711       //
712       // First of all, the global/global terms (exactly like local matrix)
713       int nfill = 0;
714       for (int jg=ig+1;jg--;) { // matCGlo is symmetric by construction  
715         int jIDg = indGlo[jg];
716         if ( jIDg<0 || fSigmaPar[jIDg] <= 0.) continue;                            // fixed parameter RRRCheck
717         if ( !IsZero(vl = weight*derGlo[ig]*derGlo[jg]) ) {
718           fFillIndex[nfill]   = jIDg;
719           fFillValue[nfill++] = fLocFitAdd ? vl:-vl;
720         }
721       }
722       if (nfill) matCGlo.AddToRow(iIDg,fFillValue,fFillIndex,nfill);
723       //
724       // Now we have also rectangular matrices containing global/local terms.
725       int iCIDg = fGlo2CGlo[iIDg];  // compressed Index of index          
726       if (iCIDg == -1) {
727         Double_t *rowGL = matCGloLoc(nGloInFit);
728         for (int k=maxLocUsed;k--;) rowGL[k] = 0.0;  // reset the row
729         iCIDg = fGlo2CGlo[iIDg] = nGloInFit;
730         fCGlo2Glo[nGloInFit++] = iIDg;
731       }
732       //
733       Double_t *rowGLIDg = matCGloLoc(iCIDg);
734       for (int il=nrefLoc[ip];il--;) rowGLIDg[ indLoc[il] ] += weight*derGlo[ig]*derLoc[il];
735       fProcPnt[iIDg] += fLocFitAdd ? 1:-1;       // update counter
736       //
737     }
738   } // end of Update matrices
739   //
740   /*//RRR
741   printf("After GLO\n");
742   printf("MatCLoc: "); fMatCLoc->Print("l");
743   printf("MatCGlo: "); fMatCGlo->Print("l");
744   printf("MatCGlLc:"); fMatCGloLoc->Print("l");
745   printf("BGlo: "); for (int i=0; i<fNGloPar; i++) printf("%+e |",fVecBGlo[i]); printf("\n");
746   */
747   // calculate fMatCGlo -= fMatCGloLoc * fMatCLoc * fMatCGloLoc^T
748   // and       fVecBGlo -= fMatCGloLoc * fVecBLoc
749   //
750   //-------------------------------------------------------------- >>>
751   double vll;
752   for (int iCIDg=0; iCIDg<nGloInFit; iCIDg++) {
753     int iIDg = fCGlo2Glo[iCIDg];
754     //
755     vl = 0;
756     Double_t *rowGLIDg =  matCGloLoc(iCIDg);
757     for (int kl=0;kl<maxLocUsed;kl++) if (rowGLIDg[kl]) vl += rowGLIDg[kl]*fVecBLoc[kl];
758     if  (!IsZero(vl)) fVecBGlo[iIDg] -= fLocFitAdd ? vl : -vl;
759     //
760     int nfill = 0;
761     for (int jCIDg=0;jCIDg<=iCIDg; jCIDg++) {  
762       int jIDg = fCGlo2Glo[jCIDg];
763       //
764       vl = 0;
765       Double_t *rowGLJDg =  matCGloLoc(jCIDg);
766       for (int kl=0;kl<maxLocUsed;kl++) {
767         // diag terms
768         if ( (!IsZero(vll=rowGLIDg[kl]*rowGLJDg[kl])) ) vl += matCLoc.QueryDiag(kl)*vll;
769         //
770         // off-diag terms
771         for (int ll=0;ll<kl;ll++) {
772           if ( !IsZero(vll=rowGLIDg[kl]*rowGLJDg[ll]) ) vl += matCLoc(kl,ll)*vll;
773           if ( !IsZero(vll=rowGLIDg[ll]*rowGLJDg[kl]) ) vl += matCLoc(kl,ll)*vll;
774         }
775       }
776       if (!IsZero(vl)) {
777         fFillIndex[nfill]   = jIDg;
778         fFillValue[nfill++] = fLocFitAdd ? -vl : vl;
779       }
780     }
781     if (nfill)  matCGlo.AddToRow(iIDg,fFillValue,fFillIndex,nfill);
782   }
783   //
784   // reset compressed index array
785   //
786   /*//RRR
787   printf("After GLOLoc\n");
788   printf("MatCGlo: "); fMatCGlo->Print("");
789   printf("BGlo: "); for (int i=0; i<fNGloPar; i++) printf("%+e |",fVecBGlo[i]); printf("\n");
790   */
791   for (int i=nGloInFit;i--;) { 
792     fGlo2CGlo[ fCGlo2Glo[i] ] = -1;
793     fCGlo2Glo[i] = -1;
794   }
795   //
796   //---------------------------------------------------- <<<
797   return 1;
798 }
799
800 //_____________________________________________________________________________________________
801 Int_t AliMillePede2::GlobalFit(Double_t *par, Double_t *error, Double_t *pull)
802 {
803   // performs a requested number of global iterations
804   fIter = 1;
805   //
806   TStopwatch sw; sw.Start();
807   //
808   int res = 0;
809   AliInfo("Starting Global fit.");
810   while (fIter<=fMaxIter) {
811     //
812     res = GlobalFitIteration();
813     if (!res) break;
814     //
815     if (!IsZero(fChi2CutFactor-fChi2CutRef)) {    
816       fChi2CutFactor = TMath::Sqrt(fChi2CutFactor);
817       if (fChi2CutFactor < 1.2*fChi2CutRef) {
818         fChi2CutFactor = fChi2CutRef;
819         //RRR   fIter = fMaxIter - 1;     // Last iteration
820       }
821     }
822     fIter++;
823   }
824   //
825   sw.Stop();
826   AliInfo(Form("Global fit %s, CPU time: %.1f",res ? "Converged":"Failed",sw.CpuTime()));  
827   if (!res) return 0;
828   //
829   if (par) for (int i=fNGloParIni;i--;) par[i] = GetFinalParam(i);
830   //
831   if (fGloSolveStatus==kInvert) { // errors on params are available
832     if (error) for (int i=fNGloParIni;i--;) error[i] = GetFinalError(i);
833     if (pull)  for (int i=fNGloParIni;i--;) pull[i]  = GetPull(i);
834   }
835   //
836   return 1;
837 }
838
839 //_____________________________________________________________________________________________
840 Int_t AliMillePede2::GlobalFitIteration()
841 {
842   // perform global parameters fit once all the local equations have been fitted
843   //
844   AliInfo(Form("Global Fit Iteration#%2d (Local Fit Chi^2 cut factor: %.2f)",fIter,fChi2CutFactor));
845   //
846   if (!fNGloPar || !fTreeData) {
847     AliInfo("No data was stored, stopping iteration");
848     return 0;
849   }
850   TStopwatch sw,sws; 
851   sw.Start();
852   sws.Stop();
853   //
854   if (!fConstrUsed) {
855     fConstrUsed = new Bool_t[fNGloConstraints];
856     memset(fConstrUsed,0,fNGloConstraints*sizeof(Bool_t));
857   }
858   // Reset all info specific for this step
859   AliMatrixSq& matCGlo = *fMatCGlo;
860   matCGlo.Reset();
861   memset(fProcPnt,0,fNGloPar*sizeof(Int_t));
862   //
863   fNGloConstraints = fTreeConstr ? fTreeConstr->GetEntries() : 0;
864   //
865   // count number of Lagrange constraints: they need new row/cols to be added
866   fNLagrangeConstraints = 0;
867   for (int i=0; i<fNGloConstraints; i++) {
868     ReadRecordConstraint(i);
869     if ( IsZero(fRecord->GetValue(1)) ) fNLagrangeConstraints++; // exact constraint (no error) -> Lagrange multiplier 
870   }
871   //
872   // if needed, readjust the size of the global vector (for matrices this is done automatically)
873   if (!fVecBGlo || fNGloSize!=fNGloPar+fNLagrangeConstraints) {
874     delete[] fVecBGlo;   // in case some constraint was added between the two manual iterations
875     fNGloSize = fNGloPar+fNLagrangeConstraints;
876     fVecBGlo = new Double_t[fNGloSize];
877   }
878   memset(fVecBGlo,0,fNGloSize*sizeof(double));
879   //
880   fNLocFits         = 0;
881   fNLocFitsRejected = 0;
882   fNLocEquations    = 0;
883   //
884   //  Process data records and build the matrices
885   Long_t ndr = fTreeData->GetEntries();
886   Long_t first = fSelFirst>0  ? fSelFirst : 0;
887   Long_t last  = fSelLast<1   ? ndr : (fSelLast>=ndr ? ndr : fSelLast+Long_t(1));
888   ndr = last - first;
889   //
890   AliInfo(Form("Building the Global matrix from data records %ld : %ld",first,last));
891   if (ndr<1) return 0;
892   //
893   TStopwatch swt; swt.Start();
894   fLocFitAdd = kTRUE;  // add contributions of matching tracks
895   for (Long_t i=0;i<ndr;i++) {
896     Long_t iev = i+first;
897     ReadRecordData(iev);
898     if (!IsRecordAcceptable()) continue;
899     LocalFit();
900     if ( (i%int(0.2*ndr)) == 0) printf("%.1f%% of local fits done\n", double(100.*i)/ndr);
901   }
902   swt.Stop();
903   printf("%ld local fits done: ", ndr);
904   /*
905   printf("MatCGlo: "); fMatCGlo->Print("l");
906   printf("BGlo: "); for (int i=0; i<fNGloPar; i++) printf("%+e |",fVecBGlo[i]); printf("\n");
907   swt.Print();
908   */
909   sw.Start(kFALSE);
910   //
911   //
912   // ---------------------- Reject parameters with low statistics ------------>>
913   fNGloFix = 0;
914   if (fMinPntValid>1 && fNGroupsSet) {
915     //
916     printf("Checking parameters with statistics < %d\n",fMinPntValid);
917     TStopwatch swsup;
918     swsup.Start();
919     // 1) build the list of parameters to fix
920     Int_t fixArrSize = 10;
921     Int_t nFixedGroups = 0;
922     TArrayI fixGroups(fixArrSize);
923     //
924     int grIDold = -2;
925     int oldStart = -1;
926     double oldMin = 1.e20;
927     double oldMax =-1.e20;
928     //
929     for (int i=fNGloPar;i--;) { // // Reset row and column of fixed params and add 1/sig^2 to free ones
930       int grID = fParamGrID[i];
931       if (grID<0) continue; // not in the group
932       //
933       if (grID!=grIDold) { // starting new group
934         if (grIDold>=0) { // decide if the group has enough statistics
935           if (oldMin<fMinPntValid && oldMax<2*fMinPntValid) { // suppress group
936             for (int iold=oldStart;iold>i;iold--) fProcPnt[iold] = 0;
937             Bool_t fnd = kFALSE;    // check if the group is already accounted
938             for (int j=nFixedGroups;j--;) if (fixGroups[j]==grIDold) {fnd=kTRUE; break;}
939             if (!fnd) {
940               if (nFixedGroups>=fixArrSize) {fixArrSize*=2; fixGroups.Set(fixArrSize);}
941               fixGroups[nFixedGroups++] = grIDold; // add group to fix
942             }
943           }       
944         }
945         grIDold = grID; // mark the start of the new group
946         oldStart = i;
947         oldMin =  1.e20;
948         oldMax = -1.e20;
949       }
950       if (oldMin>fProcPnt[i]) oldMin = fProcPnt[i];
951       if (oldMax<fProcPnt[i]) oldMax = fProcPnt[i];
952       //
953     }
954     // extra check for the last group
955     if (grIDold>=0 && oldMin<fMinPntValid && oldMax<2*fMinPntValid) { // suppress group
956       for (int iold=oldStart;iold--;) fProcPnt[iold] = 0;
957       Bool_t fnd = kFALSE;    // check if the group is already accounted
958       for (int j=nFixedGroups;j--;) if (fixGroups[j]==grIDold) {fnd=kTRUE; break;}
959       if (!fnd) {
960         if (nFixedGroups>=fixArrSize) {fixArrSize*=2; fixGroups.Set(fixArrSize);}
961         fixGroups[nFixedGroups++] = grIDold; // add group to fix
962       }
963     }
964     //
965     // 2) loop over records and add contributions of fixed groups with negative sign
966     fLocFitAdd = kFALSE;
967     //
968     for (Long_t i=0;i<ndr;i++) {
969       Long_t iev = i+first;
970       ReadRecordData(iev);
971       if (!IsRecordAcceptable()) continue;
972       Bool_t suppr = kFALSE;
973       for (int ifx=nFixedGroups;ifx--;)if (fRecord->IsGroupPresent(fixGroups[ifx])) suppr = kTRUE;
974       if (suppr) LocalFit();
975     }
976     fLocFitAdd = kTRUE;
977     //
978     if (nFixedGroups) {
979       printf("Suppressed contributions of groups with NPoints<%d :\n",fMinPntValid);
980       for (int i=0;i<nFixedGroups;i++) printf("%d ",fixGroups[i]); printf("\n");
981     }
982     swsup.Stop();
983     swsup.Print();
984   }
985   // ---------------------- Reject parameters with low statistics ------------<<
986   //
987   // add large number to diagonal of fixed params  
988   //
989   for (int i=fNGloPar;i--;) { // // Reset row and column of fixed params and add 1/sig^2 to free ones
990     //    printf("#%3d : Nproc : %5d   grp: %d\n",i,fProcPnt[i],fParamGrID[i]);
991     if (fProcPnt[i]<1) {
992       fNGloFix++; 
993       fVecBGlo[i] = 0.;
994       matCGlo.DiagElem(i) = 1.;//float(fNLocEquations*fNLocEquations);
995       //      matCGlo.DiagElem(i) = float(fNLocEquations*fNLocEquations);
996     }
997     else matCGlo.DiagElem(i) += (fgWeightSigma ? fProcPnt[i] : 1.)/(fSigmaPar[i]*fSigmaPar[i]);
998   }
999   //
1000   for (int i=fNGloPar;i--;) fDiagCGlo[i] = matCGlo.QueryDiag(i); // save the diagonal elements  
1001   //
1002   // add constraint equations
1003   int nVar = fNGloPar;                    // Current size of global matrix      
1004   for (int i=0; i<fNGloConstraints; i++) {
1005     ReadRecordConstraint(i);
1006     double val   = fRecord->GetValue(0);  
1007     double sig   = fRecord->GetValue(1);  
1008     int    *indV = fRecord->GetIndex()+2;
1009     double *der  = fRecord->GetValue()+2;
1010     int    csize = fRecord->GetSize()-2;
1011     //
1012     if (fkReGroup) {
1013       for (int jp=csize;jp--;) {
1014         int idp = indV[jp];
1015         if (fkReGroup[idp]<0) AliFatal(Form("Constain is requested for suppressed parameter #%d",indV[jp]));
1016         indV[jp] = idp;
1017       }
1018     }
1019     // check if after suppression of fixed variables there are non-0 derivatives
1020     // and determine the max statistics of involved params
1021     int nSuppressed = 0;
1022     int maxStat = 1;
1023     for (int j=csize;j--;) {
1024       if (fProcPnt[indV[j]]<1) nSuppressed++; 
1025       else {
1026         maxStat = TMath::Max(maxStat,fProcPnt[indV[j]]);
1027       }
1028     }
1029     //
1030     if (nSuppressed==csize) {
1031       //      AliInfo(Form("Neglecting constraint %d of %d derivatives since no free parameters left",i,csize));
1032       //
1033       // was this constraint ever created ? 
1034       if ( sig==0 && fConstrUsed[i] ) { // this is needed only for constraints with Lagrange multiplier
1035         // to avoid empty row impose dummy constraint on "Lagrange multiplier"
1036         matCGlo.DiagElem(nVar) = 1.;
1037         fVecBGlo[nVar++] = 0;
1038       }
1039       continue;
1040     }
1041     //
1042     // account for already accumulated corrections
1043     for (int j=csize; j--;) val -= der[j]*(fInitPar[ indV[j] ]+fDeltaPar[ indV[j] ]);
1044     //
1045     if (sig > 0) {  // this is a gaussian constriant: no Lagrange multipliers are added
1046       //
1047       double sig2i = (fgWeightSigma ? TMath::Sqrt(maxStat) : 1.)/sig/sig;
1048       for (int ir=0;ir<csize;ir++) {
1049         int iID = indV[ir];
1050         for (int ic=0;ic<=ir;ic++) { // matrix is symmetric
1051           int jID = indV[ic];
1052           double vl = der[ir]*der[ic]*sig2i;
1053           if (!IsZero(vl)) matCGlo(iID,jID) += vl;
1054         }
1055         fVecBGlo[iID] += val*der[ir]*sig2i;
1056       }
1057     }
1058     else {   // this is exact constriant:  Lagrange multipliers must be added
1059       for (int j=csize; j--;) {
1060         int jID = indV[j];
1061         if (fProcPnt[jID]<1) continue;                      // this parameter was fixed, don't put it into constraint
1062         matCGlo(nVar,jID) = float(fNLocEquations)*der[j];   // fMatCGlo is symmetric, only lower triangle is filled  
1063       }
1064       //
1065       if (matCGlo.QueryDiag(nVar)) matCGlo.DiagElem(nVar) = 0.0;
1066       fVecBGlo[nVar++] = float(fNLocEquations)*val; //RS ? should we use here fNLocFits ? 
1067       fConstrUsed[i] = kTRUE;
1068     }
1069   }
1070   //
1071   AliInfo(Form("Obtained %-7ld equations from %-7ld records (%-7ld rejected). Fixed %-4d globals",
1072                fNLocEquations,fNLocFits,fNLocFitsRejected,fNGloFix));
1073
1074   //
1075   sws.Start();
1076
1077 #ifdef _DUMP_EQ_BEFORE_
1078   const char* faildumpB = Form("mp2eq_before%d.dat",fIter);
1079   int defoutB = dup(1);
1080   if (defoutB<0) {AliFatal("Failed on dup"); exit(1);}
1081   int slvDumpB = open(faildumpB, O_RDWR|O_CREAT, 0666);
1082   if (slvDumpB>=0) {
1083     dup2(slvDumpB,1);
1084     printf("Solving%d for %d params\n",fIter,fNGloSize);
1085     matCGlo.Print("10");
1086     for (int i=0;i<fNGloSize;i++) printf("b%2d : %+.10f\n",i,fVecBGlo[i]);
1087   }
1088   dup2(defoutB,1);
1089   close(slvDumpB);
1090   close(defoutB);
1091
1092 #endif
1093   /*
1094   printf("Solving:\n");
1095   matCGlo.Print("l");
1096   for (int i=0;i<fNGloSize;i++) printf("b%2d : %+e\n",i,fVecBGlo[i]);
1097   */
1098 #ifdef _DUMPEQ_BEFORE_  
1099   const char* faildumpB = Form("mp2eq_before%d.dat",fIter);
1100   int defoutB = dup(1);
1101   int slvDumpB = open(faildumpB, O_RDWR|O_CREAT, 0666);
1102   dup2(slvDumpB,1);
1103   //
1104   printf("#Equation before step %d\n",fIter);
1105   fMatCGlo->Print("10");
1106   printf("#RHS/STAT : NGlo:%d NGloSize:%d\n",fNGloPar,fNGloSize);
1107   for (int i=0;i<fNGloSize;i++) printf("%d %+.10f %d\n",i,fVecBGlo[i],fProcPnt[i]);
1108   //
1109   dup2(defoutB,1);
1110   close(slvDumpB);
1111   close(defoutB);
1112 #endif
1113   //
1114   fGloSolveStatus = SolveGlobalMatEq();                     // obtain solution for this step
1115 #ifdef _DUMPEQ_AFTER_  
1116   const char* faildumpA = Form("mp2eq_after%d.dat",fIter);
1117   int defoutA = dup(1);
1118   int slvDumpA = open(faildumpA, O_RDWR|O_CREAT, 0666);
1119   dup2(slvDumpA,1);
1120   //
1121   printf("#Matrix after step %d\n",fIter);
1122   fMatCGlo->Print("10");
1123   printf("#RHS/STAT : NGlo:%d NGloSize:%d\n",fNGloPar,fNGloSize);
1124   for (int i=0;i<fNGloSize;i++) printf("%d %+.10f %d\n",i,fVecBGlo[i],fProcPnt[i]);
1125   //
1126   dup2(defoutA,1);
1127   close(slvDumpA);
1128   close(defoutA);
1129 #endif
1130   //
1131   sws.Stop();
1132   printf("Solve %d |",fIter); sws.Print();
1133   //
1134   sw.Stop();
1135   AliInfo(Form("Iteration#%2d %s. CPU time: %.1f",fIter,fGloSolveStatus==kFailed ? "Failed":"Converged",sw.CpuTime()));
1136   if (fGloSolveStatus==kFailed) return 0;
1137   //
1138   for (int i=fNGloPar;i--;) fDeltaPar[i] += fVecBGlo[i];    // Update global parameters values (for iterations)
1139
1140 #ifdef _DUMP_EQ_AFTER_
1141   const char* faildumpA = Form("mp2eq_after%d.dat",fIter);
1142   int defoutA = dup(1);
1143   if (defoutA<0) {AliFatal("Failed on dup"); exit(1);}
1144   int slvDumpA = open(faildumpA, O_RDWR|O_CREAT, 0666);
1145   if (slvDumpA>=0) {
1146     dup2(slvDumpA,1);
1147     printf("Solving%d for %d params\n",fIter,fNGloSize);
1148     matCGlo.Print("10");
1149     for (int i=0;i<fNGloSize;i++) printf("b%2d : %+.10f\n",i,fVecBGlo[i]);
1150   }
1151   dup2(defoutA,1);
1152   close(slvDumpA);
1153   close(defoutA);
1154 #endif
1155   //
1156   /*
1157   printf("Solved:\n");
1158   matCGlo.Print("l");
1159   for (int i=0;i<fNGloSize;i++) printf("b%2d : %+e (->%+e)\n",i,fVecBGlo[i], fDeltaPar[i]);
1160   */
1161
1162   PrintGlobalParameters();
1163   return 1;
1164 }
1165
1166 //_____________________________________________________________________________________________
1167 Int_t AliMillePede2::SolveGlobalMatEq()
1168 {
1169   //
1170   // solve global matrix equation MatCGlob*X=VecBGlo and store the result in the VecBGlo
1171   //
1172   /*
1173   printf("GlobalMatrix\n");
1174   fMatCGlo->Print("l");
1175   printf("RHS\n");
1176   for (int i=0;i<fNGloPar;i++) printf("%d %+e\n",i,fVecBGlo[i]);
1177   */
1178   //
1179   if (!fgIsMatGloSparse) {
1180     //
1181     if (fNLagrangeConstraints==0) { // pos-def systems are faster to solve by Cholesky
1182       if ( ((AliSymMatrix*)fMatCGlo)->SolveChol(fVecBGlo, fgInvChol) ) return fgInvChol ? kInvert:kNoInversion;
1183       else AliInfo("Solution of Global Dense System by Cholesky failed, trying Gaussian Elimiation");
1184     }
1185     //
1186     if (((AliSymMatrix*)fMatCGlo)->SolveSpmInv(fVecBGlo, kTRUE)) return kInvert;
1187     else AliInfo("Solution of Global Dense System by Gaussian Elimination failed, trying iterative methods");
1188   }
1189   // try to solve by minres
1190   TVectorD sol(fNGloSize);
1191   //
1192   AliMinResSolve *slv = new AliMinResSolve(fMatCGlo,fVecBGlo);
1193   if (!slv) return kFailed;
1194   //
1195   Bool_t res = kFALSE;
1196   if      (fgIterSol == AliMinResSolve::kSolMinRes) 
1197     res =  slv->SolveMinRes(sol,fgMinResCondType,fgMinResMaxIter,fgMinResTol);
1198   else if (fgIterSol == AliMinResSolve::kSolFGMRes) 
1199     res =  slv->SolveFGMRES(sol,fgMinResCondType,fgMinResMaxIter,fgMinResTol,fgNKrylovV);
1200   else 
1201     AliInfo(Form("Undefined Iteritive Solver ID=%d, only %d are defined",fgIterSol,AliMinResSolve::kNSolvers));
1202   //
1203   if (!res) {
1204     const char* faildump = "fgmr_failed.dat";
1205     int defout = dup(1);
1206     if (defout<0) {
1207       AliInfo("Failed on dup");
1208       return kFailed;
1209     }
1210     int slvDump = open(faildump, O_RDWR|O_CREAT, 0666);
1211     if (slvDump>=0) {
1212       dup2(slvDump,1);
1213       //
1214       printf("#Failed to solve using solver %d with PreCond: %d MaxIter: %d Tol: %e NKrylov: %d\n",
1215              fgIterSol,fgMinResCondType,fgMinResMaxIter,fgMinResTol,fgNKrylovV);
1216       printf("#Dump of matrix:\n");
1217       fMatCGlo->Print("10");
1218       printf("#Dump of RHS:\n");
1219       for (int i=0;i<fNGloSize;i++) printf("%d %+.10f\n",i,fVecBGlo[i]);
1220       //
1221       dup2(defout,1);
1222       close(slvDump);
1223       close(defout);
1224       printf("#Dumped failed matrix and RHS to %s\n",faildump);
1225     }
1226     else AliInfo("Failed on file open for matrix dumping");
1227     close(defout);
1228     return kFailed;
1229   }
1230   for (int i=fNGloSize;i--;) fVecBGlo[i] = sol[i];
1231   //
1232   return kNoInversion;
1233   //
1234 }
1235
1236 //_____________________________________________________________________________________________
1237 Float_t AliMillePede2::Chi2DoFLim(int nSig, int nDoF) const
1238 {
1239   /// return the limit in chi^2/nd for n sigmas stdev authorized
1240   // Only n=1, 2, and 3 are expected in input
1241   int lNSig;
1242   float sn[3]        =  {0.47523, 1.690140, 2.782170};
1243   float table[3][30] = {{1.0000, 1.1479, 1.1753, 1.1798, 1.1775, 1.1730, 1.1680, 1.1630,
1244                          1.1581, 1.1536, 1.1493, 1.1454, 1.1417, 1.1383, 1.1351, 1.1321,
1245                          1.1293, 1.1266, 1.1242, 1.1218, 1.1196, 1.1175, 1.1155, 1.1136,
1246                          1.1119, 1.1101, 1.1085, 1.1070, 1.1055, 1.1040},
1247                         {4.0000, 3.0900, 2.6750, 2.4290, 2.2628, 2.1415, 2.0481, 1.9736,
1248                          1.9124, 1.8610, 1.8171, 1.7791, 1.7457, 1.7161, 1.6897, 1.6658,
1249                          1.6442, 1.6246, 1.6065, 1.5899, 1.5745, 1.5603, 1.5470, 1.5346,
1250                          1.5230, 1.5120, 1.5017, 1.4920, 1.4829, 1.4742},
1251                         {9.0000, 5.9146, 4.7184, 4.0628, 3.6410, 3.3436, 3.1209, 2.9468,
1252                          2.8063, 2.6902, 2.5922, 2.5082, 2.4352, 2.3711, 2.3143, 2.2635,
1253                          2.2178, 2.1764, 2.1386, 2.1040, 2.0722, 2.0428, 2.0155, 1.9901,
1254                          1.9665, 1.9443, 1.9235, 1.9040, 1.8855, 1.8681}};
1255   
1256   if (nDoF < 1) {
1257     return 0.0;
1258   }
1259   else {  
1260     lNSig = TMath::Max(1,TMath::Min(nSig,3));
1261     
1262     if (nDoF <= 30) {    
1263       return table[lNSig-1][nDoF-1];
1264     }
1265     else { // approximation
1266       return ((sn[lNSig-1]+TMath::Sqrt(float(2*nDoF-3)))*
1267               (sn[lNSig-1]+TMath::Sqrt(float(2*nDoF-3))))/float(2*nDoF-2);
1268     }
1269   }
1270 }
1271
1272 //_____________________________________________________________________________________________
1273 Int_t AliMillePede2::SetIterations(double lChi2CutFac)
1274 {
1275   // Number of iterations is calculated from lChi2CutFac 
1276   fChi2CutFactor = TMath::Max(1.0, lChi2CutFac);
1277   //
1278   AliInfo(Form("Initial cut factor is %f",fChi2CutFactor));
1279   fIter = 1; // Initializes the iteration process
1280   return 1;
1281 }
1282
1283 //_____________________________________________________________________________________________
1284 Double_t AliMillePede2::GetParError(int iPar) const
1285 {
1286   // return error for parameter iPar
1287   if (fGloSolveStatus==kInvert) {
1288     if (fkReGroup) iPar = fkReGroup[iPar];
1289     if (iPar<0) {
1290       //  AliDebug(2,Form("Parameter %d was suppressed in the regrouping",iPar)); 
1291       return 0;
1292     }
1293     double res = fMatCGlo->QueryDiag(iPar);
1294     if (res>=0) return TMath::Sqrt(res);
1295   } 
1296   return 0.;
1297 }
1298
1299 //_____________________________________________________________________________________________
1300 Double_t AliMillePede2::GetPull(int iPar) const
1301 {
1302   // return pull for parameter iPar
1303   if (fGloSolveStatus==kInvert) {
1304     if (fkReGroup) iPar = fkReGroup[iPar];
1305     if (iPar<0) {
1306       //  AliDebug(2,Form("Parameter %d was suppressed in the regrouping",iPar)); 
1307       return 0;
1308     }
1309     //
1310     return fProcPnt[iPar]>0 && (fSigmaPar[iPar]*fSigmaPar[iPar]-fMatCGlo->QueryDiag(iPar))>0. && fSigmaPar[iPar]>0 
1311       ? fDeltaPar[iPar]/TMath::Sqrt(fSigmaPar[iPar]*fSigmaPar[iPar]-fMatCGlo->QueryDiag(iPar)) : 0;
1312   } 
1313   return 0.;
1314 }
1315
1316
1317 //_____________________________________________________________________________________________
1318 Int_t AliMillePede2::PrintGlobalParameters() const
1319 {
1320   ///  Print the final results into the logfile
1321   double lError = 0.;
1322   double lGlobalCor =0.;
1323         
1324   printf("\nMillePede2 output\n");
1325   printf("   Result of fit for global parameters\n");
1326   printf("   ===================================\n");
1327   printf("    I       initial       final       differ        lastcor        error       gcor       Npnt\n");
1328   printf("----------------------------------------------------------------------------------------------\n");
1329   //
1330   int lastPrintedId = -1;
1331   for (int i0=0; i0<fNGloParIni; i0++) {
1332     int i = GetRGId(i0); if (i<0) continue;
1333     if (i!=i0 && lastPrintedId>=0 && i<=lastPrintedId) continue; // grouped param
1334     lastPrintedId = i;
1335     lError = GetParError(i0);
1336     lGlobalCor = 0.0;
1337     //          
1338     double dg;
1339     if (fGloSolveStatus==kInvert && TMath::Abs( (dg=fMatCGlo->QueryDiag(i)) *fDiagCGlo[i]) > 0) {    
1340       lGlobalCor = TMath::Sqrt(TMath::Abs(1.0-1.0/(dg*fDiagCGlo[i])));
1341       printf("%4d(%4d)\t %+.6f\t %+.6f\t %+.6f\t %.6f\t %.6f\t %.6f\t %6d\n",
1342              i,i0,fInitPar[i],fInitPar[i]+fDeltaPar[i],fDeltaPar[i],fVecBGlo[i],lError,lGlobalCor,fProcPnt[i]);
1343     }
1344     else {    
1345       printf("%4d (%4d)\t %+.6f\t %+.6f\t %+.6f\t %.6f\t OFF\t OFF\t %6d\n",i,i0,fInitPar[i],fInitPar[i]+fDeltaPar[i],
1346              fDeltaPar[i],fVecBGlo[i],fProcPnt[i]);
1347     }
1348   }
1349   return 1;
1350 }
1351
1352 //_____________________________________________________________________________________________
1353 Bool_t AliMillePede2::IsRecordAcceptable()
1354 {
1355   // validate record according run lists set by the user
1356   static Long_t prevRunID = kMaxInt;
1357   static Bool_t prevAns   = kTRUE;
1358   Long_t runID = fRecord->GetRunID();
1359   if (runID!=prevRunID) {
1360     int n = 0;
1361     fRunWgh = 1.;
1362     prevRunID = runID;
1363     // is run to be rejected?
1364     if (fRejRunList && (n=fRejRunList->GetSize())) {
1365       prevAns = kTRUE;
1366       for (int i=n;i--;) if (runID == (*fRejRunList)[i]) {
1367           prevAns = kFALSE; 
1368           AliInfo(Form("New Run to reject: %ld",runID));
1369           break;
1370         }
1371     }
1372     else if (fAccRunList && (n=fAccRunList->GetSize())) {     // is run specifically selected
1373       prevAns = kFALSE;
1374       for (int i=n;i--;) if (runID == (*fAccRunList)[i]) {
1375         prevAns = kTRUE; 
1376         if (fAccRunListWgh) fRunWgh = (*fAccRunListWgh)[i]; 
1377         AliInfo(Form("New Run to accept explicitly: %ld, weight=%f",runID,fRunWgh));
1378         break;
1379       }
1380       if (!prevAns) AliInfo(Form("New Run is not in the list to accept: %ld",runID)); 
1381     }
1382   }
1383   //
1384   return prevAns;
1385   //
1386 }
1387
1388 //_____________________________________________________________________________________________
1389 void AliMillePede2::SetRejRunList(const UInt_t *runs, Int_t nruns)
1390 {
1391   // set the list of runs to be rejected
1392   if (fRejRunList) delete fRejRunList; 
1393   fRejRunList = 0;
1394   if (nruns<1 || !runs) return;
1395   fRejRunList = new TArrayL(nruns);
1396   for (int i=0;i<nruns;i++) (*fRejRunList)[i] = runs[i];
1397 }
1398
1399 //_____________________________________________________________________________________________
1400 void AliMillePede2::SetAccRunList(const UInt_t *runs, Int_t nruns, const Float_t* wghList)
1401 {
1402   // set the list of runs to be selected
1403   if (fAccRunList) delete fAccRunList;
1404   if (fAccRunListWgh) delete fAccRunListWgh;
1405   fAccRunList = 0;
1406   if (nruns<1 || !runs) return;
1407   fAccRunList = new TArrayL(nruns);
1408   fAccRunListWgh = new TArrayF(nruns);
1409   for (int i=0;i<nruns;i++) {
1410     (*fAccRunList)[i] = runs[i];
1411     (*fAccRunListWgh)[i] =wghList ? wghList[i] : 1.0;
1412   }
1413 }
1414
1415 //_____________________________________________________________________________________________
1416 void AliMillePede2::SetInitPars(const Double_t* par) 
1417 {
1418   // initialize parameters, account for eventual grouping
1419   for (int i=0;i<fNGloParIni;i++) {
1420     int id = GetRGId(i); if (id<0) continue;
1421     fInitPar[id] = par[i];
1422   }
1423 }
1424
1425 //_____________________________________________________________________________________________
1426 void AliMillePede2::SetSigmaPars(const Double_t* par) 
1427 {
1428   // initialize sigmas, account for eventual grouping
1429   for (int i=0;i<fNGloParIni;i++) {
1430     int id = GetRGId(i); if (id<0) continue;
1431     fSigmaPar[id] = par[i];
1432   }
1433 }
1434
1435 //_____________________________________________________________________________________________
1436 void AliMillePede2::SetInitPar(Int_t i,Double_t par)
1437 {
1438   // initialize param, account for eventual grouping
1439   int id = GetRGId(i); if (id<0) return;
1440   fInitPar[id] = par;
1441 }
1442
1443 //_____________________________________________________________________________________________
1444 void AliMillePede2::SetSigmaPar(Int_t i,Double_t par)
1445 {
1446   // initialize sigma, account for eventual grouping
1447   int id = GetRGId(i); if (id<0) return;
1448   fSigmaPar[id] = par;
1449 }
1450
1451