STEER/STEER/AliMillePede2.cxx

   1 /**********************************************************************************************/
   2 /* General class for alignment with large number of degrees of freedom                        */
   3 /* Based on the original milliped2 by Volker Blobel                                           */
   4 /* and AliMillepede class by Javier                                                           */
   5 /* Allows operations with large sparse matrices                                               */
   6 /* http://www.desy.de/~blobel/mptalks.html                                                    */
   7 /*                                                                                            */
   8 /* Author: ruben.shahoyan@cern.ch                                                             */
   9 /*                                                                                            */
  10 /**********************************************************************************************/
  11
  12 #include "AliMillePede2.h"
  13 #include "AliLog.h"
  14 #include <TStopwatch.h>
  15 #include <TFile.h>
  16 #include <TChain.h>
  17 #include <TMath.h>
  18 #include <TVectorD.h>
  19 #include <TArrayL.h>
  20 #include <TSystem.h>
  21 #include "AliMatrixSq.h"
  22 #include "AliSymMatrix.h"
  23 #include "AliRectMatrix.h"
  24 #include "AliMatrixSparse.h"
  25 #include <stdio.h>
  26 #include <stdlib.h>
  27 #include <unistd.h>
  28 #include <sys/types.h>
  29 #include <sys/stat.h>
  30 #include <fcntl.h>
  31 #include <fstream>
  32
  33 using namespace std;
  34
  35
  36 ClassImp(AliMillePede2)
  37
  38 Bool_t   AliMillePede2::fgInvChol        = kTRUE;     // Invert global matrix with Cholesky solver
  39 Bool_t   AliMillePede2::fgWeightSigma    = kTRUE;     // weight local constraint by module statistics
  40 Bool_t   AliMillePede2::fgIsMatGloSparse = kFALSE;    // use faster dense matrix by default
  41 Int_t    AliMillePede2::fgMinResCondType = 1;         // Jacoby preconditioner by default
  42 Double_t AliMillePede2::fgMinResTol      = 1.e-11;    // default tolerance
  43 Int_t    AliMillePede2::fgMinResMaxIter  = 10000;     // default max number of iterations
  44 Int_t    AliMillePede2::fgIterSol        = AliMinResSolve::kSolMinRes; // default iterative solver
  45 Int_t    AliMillePede2::fgNKrylovV       = 240;        // default number of Krylov vectors to keep
  46
  47 //_____________________________________________________________________________________________
  48 AliMillePede2::AliMillePede2()
  49 : fNLocPar(0),
  50   fNGloPar(0),
  51   fNGloSize(0),
  52 //
  53   fNLocEquations(0),
  54   fIter(0),
  55   fMaxIter(10),
  56   fNStdDev(3),
  57   fNGloConstraints(0),
  58   fNLagrangeConstraints(0),
  59   fNLocFits(0),
  60   fNLocFitsRejected(0),
  61   fNGloFix(0),
  62   fGloSolveStatus(kFailed),
  63 //
  64   fChi2CutFactor(1.),
  65   fChi2CutRef(1.),
  66   fResCutInit(100.),
  67   fResCut(100.),
  68   fMinPntValid(1),
  69 //
  70   fNGroupsSet(0),
  71   fParamGrID(0),
  72   fProcPnt(0),
  73   fVecBLoc(0),
  74   fDiagCGlo(0),
  75   fVecBGlo(0),
  76   fInitPar(0),
  77   fDeltaPar(0),
  78   fSigmaPar(0),
  79   fIsLinear(0),
  80   fConstrUsed(0),
  81 //
  82   fGlo2CGlo(0),
  83   fCGlo2Glo(0),
  84 //
  85   fMatCLoc(0),
  86   fMatCGlo(0),
  87   fMatCGloLoc(0),
  88   //
  89   fFillIndex(0),
  90   fFillValue(0),
  91   //
  92   fRecDataTreeName("AliMillePedeRecords_Data"),
  93   fRecConsTreeName("AliMillePedeRecords_Consaints"),
  94   fRecDataBranchName("Record_Data"),
  95   fRecConsBranchName("Record_Consaints"),
  96   //
  97   fDataRecFName("/tmp/mp2_data_records.root"),
  98   fRecord(0),
  99   fDataRecFile(0),
 100   fTreeData(0),
 101   fRecFileStatus(0),
 102   //
 103   fConstrRecFName("/tmp/mp2_constraints_records.root"),
 104   fTreeConstr(0),
 105   fConsRecFile(0),
 106   fCurrRecDataID(0),
 107   fCurrRecConstrID(0),
 108   fLocFitAdd(kTRUE),
 109   fSelFirst(1),
 110   fSelLast(-1),
 111   fRejRunList(0),
 112   fAccRunList(0)
 113 {}
 114
 115 //_____________________________________________________________________________________________
 116 AliMillePede2::AliMillePede2(const AliMillePede2& src) :
 117   TObject(src),fNLocPar(0),fNGloPar(0),fNGloSize(0),fNLocEquations(0),fIter(0),
 118   fMaxIter(10),fNStdDev(3),fNGloConstraints(0),fNLagrangeConstraints(0),
 119   fNLocFits(0),fNLocFitsRejected(0),
 120   fNGloFix(0),fGloSolveStatus(0),fChi2CutFactor(0),fChi2CutRef(0),fResCutInit(0),
 121   fResCut(0),fMinPntValid(1),fNGroupsSet(0),fParamGrID(0),fProcPnt(0),fVecBLoc(0),fDiagCGlo(0),fVecBGlo(0),
 122   fInitPar(0),fDeltaPar(0),fSigmaPar(0),fIsLinear(0),fConstrUsed(0),fGlo2CGlo(0),fCGlo2Glo(0),
 123   fMatCLoc(0),fMatCGlo(0),fMatCGloLoc(0),fFillIndex(0),fFillValue(0),
 124   fRecDataTreeName(0),fRecConsTreeName(0),fRecDataBranchName(0),fRecConsBranchName(0),
 125   fDataRecFName(0),fRecord(0),fDataRecFile(0),
 126   fTreeData(0),fRecFileStatus(0),fConstrRecFName(0),fTreeConstr(0),fConsRecFile(0),fCurrRecDataID(0),
 127   fCurrRecConstrID(0),fLocFitAdd(kTRUE),
 128   fSelFirst(1),
 129   fSelLast(-1),
 130   fRejRunList(0),
 131   fAccRunList(0)
 132 {printf("Dummy\n");}
 133
 134 //_____________________________________________________________________________________________
 135 AliMillePede2::~AliMillePede2()
 136 {
 137   // destructor
 138   CloseDataRecStorage();
 139   CloseConsRecStorage();
 140   //
 141   delete[] fParamGrID;
 142   delete[] fProcPnt;
 143   delete[] fVecBLoc;
 144   delete[] fDiagCGlo;
 145   delete[] fVecBGlo;
 146   delete[] fInitPar;
 147   delete[] fDeltaPar;
 148   delete[] fSigmaPar;
 149   delete[] fGlo2CGlo;
 150   delete[] fCGlo2Glo;
 151   delete[] fIsLinear;
 152   delete[] fConstrUsed;
 153   delete[] fFillIndex;
 154   delete[] fFillValue;
 155   //
 156   delete fRecord;
 157   delete fMatCLoc;
 158   delete fMatCGlo;
 159   delete fMatCGloLoc;
 160   delete fRejRunList;
 161   delete fAccRunList;
 162 }
 163
 164 //_____________________________________________________________________________________________
 165 Int_t AliMillePede2::InitMille(int nGlo, int nLoc, int lNStdDev,double lResCut, double lResCutInit)
 166 {
 167   // init all
 168   if (nLoc>0)        fNLocPar = nLoc;
 169   if (nGlo>0)        fNGloPar = nGlo;
 170   if (lResCutInit>0) fResCutInit = lResCutInit;
 171   if (lResCut>0)     fResCut     = lResCut;
 172   if (lNStdDev>0)    fNStdDev    = lNStdDev;
 173   //
 174   AliInfo(Form("NLoc: %d NGlo: %d",fNLocPar,fNGloPar));
 175
 176   fNGloSize = fNGloPar;
 177   //
 178   if (fgIsMatGloSparse) {fMatCGlo = new AliMatrixSparse(fNGloPar); fMatCGlo->SetSymmetric(kTRUE);}
 179   else                   fMatCGlo = new AliSymMatrix(fNGloPar);
 180   //
 181   fFillIndex    = new Int_t[fNGloPar];
 182   fFillValue    = new Double_t[fNGloPar];
 183   //
 184   fMatCLoc      = new AliSymMatrix(fNLocPar);
 185   fMatCGloLoc   = new AliRectMatrix(fNGloPar,fNLocPar);
 186   //
 187   fParamGrID    = new Int_t[fNGloPar];
 188   fProcPnt      = new Int_t[fNGloPar];
 189   fVecBLoc      = new Double_t[fNLocPar];
 190   fDiagCGlo     = new Double_t[fNGloPar];
 191   //
 192   fInitPar      = new Double_t[fNGloPar];
 193   fDeltaPar     = new Double_t[fNGloPar];
 194   fSigmaPar     = new Double_t[fNGloPar];
 195   fIsLinear     = new Bool_t[fNGloPar];
 196   //
 197   fGlo2CGlo     = new Int_t[fNGloPar];
 198   fCGlo2Glo     = new Int_t[fNGloPar];
 199   //
 200   memset(fVecBLoc   ,0,fNLocPar*sizeof(Double_t));
 201   memset(fDiagCGlo  ,0,fNGloPar*sizeof(Double_t));
 202   memset(fInitPar   ,0,fNGloPar*sizeof(Double_t));
 203   memset(fDeltaPar  ,0,fNGloPar*sizeof(Double_t));
 204   memset(fSigmaPar  ,0,fNGloPar*sizeof(Double_t));
 205   memset(fProcPnt   ,0,fNGloPar*sizeof(Int_t));
 206   //
 207   for (int i=fNGloPar;i--;) {
 208     fGlo2CGlo[i] = fCGlo2Glo[i] = -1;
 209     fIsLinear[i] = kTRUE;
 210     fParamGrID[i] = -1;
 211   }
 212   //
 213   return 1;
 214 }
 215
 216 //_____________________________________________________________________________________________
 217 Bool_t AliMillePede2::ImposeDataRecFile(const char* fname)
 218 {
 219   // set filename for records
 220   CloseDataRecStorage();
 221   SetDataRecFName(fname);
 222   return InitDataRecStorage(kTRUE); // open in read mode
 223 }
 224
 225 //_____________________________________________________________________________________________
 226 Bool_t AliMillePede2::ImposeConsRecFile(const char* fname)
 227 {
 228   // set filename for constraints
 229   CloseConsRecStorage();
 230   SetConsRecFName(fname);
 231   return InitConsRecStorage(kTRUE); // open in read mode
 232 }
 233
 234 //_____________________________________________________________________________________________
 235 Bool_t AliMillePede2::InitDataRecStorage(Bool_t read)
 236 {
 237   // initialize the buffer for processed measurements records
 238   //
 239   if (fTreeData) {AliInfo("Data Records File is already initialized"); return kFALSE;}
 240   //
 241   if (!fRecord) fRecord = new AliMillePedeRecord();
 242   //
 243   if (!read) { // write mode: cannot use chain
 244     fDataRecFile = TFile::Open(GetDataRecFName(),"recreate");
 245     if (!fDataRecFile) {AliFatal(Form("Failed to initialize data records file %s",GetDataRecFName())); return kFALSE;}
 246     AliInfo(Form("File %s used for derivatives records",GetDataRecFName()));
 247     fTreeData = new TTree(GetRecDataTreeName(),"Data Records for AliMillePede2");
 248     fTreeData->Branch(GetRecDataBranchName(),"AliMillePedeRecord",&fRecord,32000,99);
 249   }
 250   else { // use chain
 251     TChain* ch = new TChain(GetRecDataTreeName());
 252     //
 253     if (fDataRecFName.EndsWith(".root")) ch->AddFile(fDataRecFName);
 254     else { // assume text file with list of filenames
 255       //
 256       ifstream inpf(fDataRecFName.Data());
 257       if (!inpf.good()) {AliInfo(Form("Failed on input records list %s\n",fDataRecFName.Data())); return kFALSE;}
 258       //
 259       TString recfName;
 260       while ( !(recfName.ReadLine(inpf)).eof() ) {
 261         recfName = recfName.Strip(TString::kBoth,' ');
 262         if (recfName.BeginsWith("//") || recfName.BeginsWith("#") || !recfName.EndsWith(".root")) {  // comment
 263           AliInfo(Form("Skip %s\n",recfName.Data()));
 264           continue;
 265         }
 266         //
 267         recfName = recfName.Strip(TString::kBoth,',');
 268         recfName = recfName.Strip(TString::kBoth,'"');
 269         gSystem->ExpandPathName(recfName);
 270         printf("Adding %s\n",recfName.Data());
 271         ch->AddFile(recfName.Data());
 272       }
 273     }
 274     //
 275     Long64_t nent = ch->GetEntries();
 276     if (nent<1) { AliInfo("Obtained chain is empty"); return kFALSE;}
 277     fTreeData = ch;
 278     fTreeData->SetBranchAddress(GetRecDataBranchName(),&fRecord);
 279     AliInfo(Form("Found %lld derivatives records",nent));
 280   }
 281   fCurrRecDataID = -1;
 282   fRecFileStatus = read ? 1:2;
 283   //
 284   return kTRUE;
 285 }
 286
 287 //_____________________________________________________________________________________________
 288 Bool_t AliMillePede2::InitConsRecStorage(Bool_t read)
 289 {
 290   // initialize the buffer for processed measurements records
 291   //
 292   if (fConsRecFile) {AliInfo("Constraints Records File is already initialized"); return kFALSE;}
 293   //
 294   if (!fRecord) fRecord = new AliMillePedeRecord();
 295   //
 296   fConsRecFile = TFile::Open(GetConsRecFName(),read ? "":"recreate");
 297   if (!fConsRecFile) {AliInfo(Form("Failed to initialize constraints records file %s",GetConsRecFName())); return kFALSE;}
 298   //
 299   AliInfo(Form("File %s used for constraints records",GetConsRecFName()));
 300   if (read) {
 301     fTreeConstr = (TTree*)fConsRecFile->Get(GetRecConsTreeName());
 302     if (!fTreeConstr) {AliInfo(Form("Did not find constraints records tree in %s",GetConsRecFName())); return kFALSE;}
 303     fTreeConstr->SetBranchAddress(GetRecConsBranchName(),&fRecord);
 304     AliInfo(Form("Found %lld constraints records",fTreeConstr->GetEntries()));
 305     //
 306   }
 307   else {
 308     //
 309     fTreeConstr = new TTree(GetRecConsTreeName(),"Constraints Records for AliMillePede2");
 310     fTreeConstr->Branch(GetRecConsBranchName(),"AliMillePedeRecord",&fRecord,32000,99);
 311   }
 312   fCurrRecConstrID = -1;
 313   //
 314   return kTRUE;
 315 }
 316
 317 //_____________________________________________________________________________________________
 318 void AliMillePede2::CloseDataRecStorage()
 319 {
 320   // close records file
 321   if (fTreeData) {
 322     if (fDataRecFile && fDataRecFile->IsWritable()) {
 323       fDataRecFile->cd();
 324       fTreeData->Write();
 325     }
 326     delete fTreeData;
 327     fTreeData = 0;
 328     if (fDataRecFile) {
 329       fDataRecFile->Close();
 330       delete fDataRecFile;
 331       fDataRecFile = 0;
 332     }
 333   }
 334   fRecFileStatus = 0;
 335   //
 336 }
 337
 338 //_____________________________________________________________________________________________
 339 void AliMillePede2::CloseConsRecStorage()
 340 {
 341   // close constraints file
 342   if (fTreeConstr) {
 343     if (fConsRecFile->IsWritable()) {
 344       fConsRecFile->cd();
 345       fTreeConstr->Write();
 346     }
 347     delete fTreeConstr;
 348     fTreeConstr = 0;
 349     fConsRecFile->Close();
 350     delete fConsRecFile;
 351     fConsRecFile = 0;
 352   }
 353   //
 354 }
 355
 356 //_____________________________________________________________________________________________
 357 Bool_t AliMillePede2::ReadNextRecordData()
 358 {
 359   // read next data record (if any)
 360   if (!fTreeData || ++fCurrRecDataID >= fTreeData->GetEntries()) { fCurrRecDataID--; return kFALSE;}
 361   fTreeData->GetEntry(fCurrRecDataID);
 362   return kTRUE;
 363 }
 364
 365 //_____________________________________________________________________________________________
 366 Bool_t AliMillePede2::ReadNextRecordConstraint()
 367 {
 368   // read next constraint record (if any)
 369   if (!fTreeConstr || ++fCurrRecConstrID >= fTreeConstr->GetEntries()) { fCurrRecConstrID--; return kFALSE;}
 370   fTreeConstr->GetEntry(fCurrRecConstrID);
 371   return kTRUE;
 372 }
 373
 374 //_____________________________________________________________________________________________
 375 void AliMillePede2::SetRecordWeight(double wgh)
 376 {
 377   // assign weight
 378   if (fRecFileStatus<2) InitDataRecStorage(); // create a buffer to store the data
 379   fRecord->SetWeight(wgh);
 380 }
 381
 382 //_____________________________________________________________________________________________
 383 void AliMillePede2::SetRecordRun(Int_t run)
 384 {
 385   // assign run
 386   if (fRecFileStatus<2) InitDataRecStorage(); // create a buffer to store the data
 387   fRecord->SetRunID(run);
 388 }
 389
 390 //_____________________________________________________________________________________________
 391 void AliMillePede2::SetLocalEquation(double *dergb, double *derlc, double lMeas, double lSigma)
 392 {
 393   // assing derivs of loc.eq.
 394   if (fRecFileStatus<2) InitDataRecStorage(); // create a buffer to store the data
 395   //
 396   // write data of single measurement
 397   if (lSigma<=0.0) { // If parameter is fixed, then no equation
 398     for (int i=fNLocPar; i--;) derlc[i] = 0.0;
 399     for (int i=fNGloPar; i--;) dergb[i] = 0.0;
 400     return;
 401   }
 402   //
 403   fRecord->AddResidual(lMeas);
 404   //
 405   // Retrieve local param interesting indices
 406   for (int i=0;i<fNLocPar;i++) if (!IsZero(derlc[i])) {fRecord->AddIndexValue(i,derlc[i]); derlc[i] = 0.0;}
 407   //
 408   fRecord->AddWeight( 1.0/lSigma/lSigma );
 409   //
 410   // Idem for global parameters
 411   for (int i=0;i<fNGloPar;i++) if (!IsZero(dergb[i])) {
 412     fRecord->AddIndexValue(i,dergb[i]); dergb[i] = 0.0;
 413     fRecord->MarkGroup(fParamGrID[i]);
 414   }
 415   //  fRecord->Print();
 416   //
 417 }
 418
 419 //_____________________________________________________________________________________________
 420 void AliMillePede2::SetLocalEquation(int *indgb, double *dergb, int ngb, int *indlc,
 421                                      double *derlc,int nlc,double lMeas,double lSigma)
 422 {
 423   // write data of single measurement
 424   if (lSigma<=0.0) { // If parameter is fixed, then no equation
 425     for (int i=nlc;i--;)  derlc[i] = 0.0;
 426     for (int i=ngb;i--;)  dergb[i] = 0.0;
 427     return;
 428   }
 429   //
 430   if (fRecFileStatus<2) InitDataRecStorage(); // create a buffer to store the data
 431   //
 432   fRecord->AddResidual(lMeas);
 433   //
 434   // Retrieve local param interesting indices
 435   for (int i=0;i<nlc;i++) if (!IsZero(derlc[i])) {fRecord->AddIndexValue(indlc[i],derlc[i]); derlc[i]=0.; indlc[i]=0;}
 436   //
 437   fRecord->AddWeight( 1./lSigma/lSigma );
 438   //
 439   // Idem for global parameters
 440   for (int i=0;i<ngb;i++) if (!IsZero(dergb[i])) {fRecord->AddIndexValue(indgb[i],dergb[i]); dergb[i]=0.; indgb[i]=0;}
 441   //
 442 }
 443
 444
 445 //_____________________________________________________________________________________________
 446 void AliMillePede2::SetGlobalConstraint(const double *dergb, double val, double sigma)
 447 {
 448   // Define a constraint equation.
 449   if (!fConsRecFile || !fConsRecFile->IsWritable()) InitConsRecStorage(); // create a buffer to store the data
 450   //
 451   fRecord->Reset();
 452   fRecord->AddResidual(val);
 453   fRecord->AddWeight(sigma);
 454   for (int i=0; i<fNGloPar; i++) if (!IsZero(dergb[i]))  fRecord->AddIndexValue(i,dergb[i]);
 455   fNGloConstraints++;
 456   if (IsZero(sigma)) fNLagrangeConstraints++;
 457   //  printf("NewConstraint:\n"); fRecord->Print(); //RRR
 458   SaveRecordConstraint();
 459   //
 460 }
 461
 462 //_____________________________________________________________________________________________
 463 void AliMillePede2::SetGlobalConstraint(const int *indgb, const double *dergb, int ngb, double val,double sigma)
 464 {
 465   // Define a constraint equation.
 466   if (!fConsRecFile || !fConsRecFile->IsWritable()) InitConsRecStorage(); // create a buffer to store the data
 467   fRecord->Reset();
 468   fRecord->AddResidual(val);
 469   fRecord->AddWeight(sigma);   // dummy
 470   for (int i=0; i<ngb; i++) if (!IsZero(dergb[i]))  fRecord->AddIndexValue(indgb[i],dergb[i]);
 471   fNGloConstraints++;
 472   if (IsZero(sigma)) fNLagrangeConstraints++;
 473   SaveRecordConstraint();
 474   //
 475 }
 476
 477 //_____________________________________________________________________________________________
 478 Int_t AliMillePede2::LocalFit(double *localParams)
 479 {
 480   /*
 481     Perform local parameters fit once all the local equations have been set
 482     -----------------------------------------------------------
 483     localParams = (if !=0) will contain the fitted track parameters and
 484     related errors
 485   */
 486   static int     nrefSize = 0;
 487   //  static TArrayI refLoc,refGlo,nrefLoc,nrefGlo;
 488   static Int_t  *refLoc=0,*refGlo=0,*nrefLoc=0,*nrefGlo=0;
 489   int nPoints = 0;
 490   //
 491   AliSymMatrix    &matCLoc    = *fMatCLoc;
 492   AliMatrixSq     &matCGlo    = *fMatCGlo;
 493   AliRectMatrix   &matCGloLoc = *fMatCGloLoc;
 494   //
 495   memset(fVecBLoc,0,fNLocPar*sizeof(double));
 496   matCLoc.Reset();
 497   //
 498   int cnt=0;
 499   int recSz = fRecord->GetSize();
 500   //
 501   while(cnt<recSz) {  // Transfer the measurement records to matrices
 502     //
 503     // extract addresses of residual, weight and pointers on local and global derivatives for each point
 504     if (nrefSize<=nPoints) {
 505       int *tmpA = 0;
 506       nrefSize = 2*(nPoints+1);
 507       tmpA = refLoc;  refLoc  = new Int_t[nrefSize]; if (tmpA) memcpy(refLoc,tmpA,nPoints*sizeof(int));
 508       tmpA = refGlo;  refGlo  = new Int_t[nrefSize]; if (tmpA) memcpy(refGlo,tmpA,nPoints*sizeof(int));
 509       tmpA = nrefLoc; nrefLoc = new Int_t[nrefSize]; if (tmpA) memcpy(nrefLoc,tmpA,nPoints*sizeof(int));
 510       tmpA = nrefGlo; nrefGlo = new Int_t[nrefSize]; if (tmpA) memcpy(nrefGlo,tmpA,nPoints*sizeof(int));
 511     }
 512     //
 513     refLoc[nPoints]  = ++cnt;
 514     int nLoc = 0;
 515     while(!fRecord->IsWeight(cnt)) {nLoc++; cnt++;}
 516     nrefLoc[nPoints] = nLoc;
 517     //
 518     refGlo[nPoints]  = ++cnt;
 519     int nGlo = 0;
 520     while(!fRecord->IsResidual(cnt) && cnt<recSz) {nGlo++; cnt++;}
 521     nrefGlo[nPoints] = nGlo;
 522     //
 523     nPoints++;
 524   }
 525   double vl;
 526   //
 527   double gloWgh = fRecord->GetWeight(); // global weight for this set
 528   Int_t maxLocUsed = 0;
 529   //
 530   for (int ip=nPoints;ip--;) {  // Transfer the measurement records to matrices
 531     double  resid  = fRecord->GetValue( refLoc[ip]-1 );
 532     double  weight = fRecord->GetValue( refGlo[ip]-1 )*gloWgh;
 533     double *derLoc = fRecord->GetValue()+refLoc[ip];
 534     double *derGlo = fRecord->GetValue()+refGlo[ip];
 535     int    *indLoc = fRecord->GetIndex()+refLoc[ip];
 536     int    *indGlo = fRecord->GetIndex()+refGlo[ip];
 537     //
 538     for (int i=nrefGlo[ip];i--;) {      // suppress the global part (only relevant with iterations)
 539       int iID = indGlo[i];              // Global param indice
 540       if (fSigmaPar[iID]<=0.) continue;                                    // fixed parameter RRRCheck
 541       if (fIsLinear[iID]) resid -= derGlo[i]*(fInitPar[iID]+fDeltaPar[iID]);  // linear parameter
 542       else                resid -= derGlo[i]*fDeltaPar[iID];                  // nonlinear parameter
 543     }
 544     //
 545     // Symmetric matrix, don't bother j>i coeffs
 546     for (int i=nrefLoc[ip];i--;) {         // Fill local matrix and vector
 547       fVecBLoc[ indLoc[i] ] += weight*resid*derLoc[i];
 548       if (indLoc[i]>maxLocUsed) maxLocUsed = indLoc[i];
 549       for (int j=i+1;j--;) matCLoc(indLoc[i] ,indLoc[j]) += weight*derLoc[i]*derLoc[j];
 550     }
 551     //
 552   } // end of the transfer of the measurement record to matrices
 553   //
 554   matCLoc.SetSizeUsed(++maxLocUsed);   // data with B=0 may use less than declared nLocals
 555   //
 556   /* //RRR
 557   fRecord->Print("l");
 558   printf("\nBefore\nLocalMatrix: "); matCLoc.Print("l");
 559   printf("RHSLoc: "); for (int i=0;i<fNLocPar;i++) printf("%+e |",fVecBLoc[i]); printf("\n");
 560   */
 561   // first try to solve by faster Cholesky decomposition, then by Gaussian elimination
 562   if (!matCLoc.SolveChol(fVecBLoc,kTRUE)) {
 563     AliInfo("Failed to solve locals by Cholesky, trying Gaussian Elimination");
 564     if (!matCLoc.SolveSpmInv(fVecBLoc,kTRUE)) {
 565       AliInfo("Failed to solve locals by Gaussian Elimination, skip...");
 566       matCLoc.Print("d");
 567       return 0; // failed to solve
 568     }
 569   }
 570   //
 571   // If requested, store the track params and errors
 572   //RRR  printf("locfit: "); for (int i=0;i<fNLocPar;i++) printf("%+e |",fVecBLoc[i]); printf("\n");
 573
 574   if (localParams) for (int i=maxLocUsed; i--;) {
 575       localParams[2*i]   = fVecBLoc[i];
 576       localParams[2*i+1] = TMath::Sqrt(TMath::Abs(matCLoc.QueryDiag(i)));
 577     }
 578   //
 579   float lChi2 = 0;
 580   int   nEq   = 0;
 581   //
 582   for (int ip=nPoints;ip--;) {  // Calculate residuals
 583     double  resid  = fRecord->GetValue( refLoc[ip]-1 );
 584     double  weight = fRecord->GetValue( refGlo[ip]-1 )*gloWgh;
 585     double *derLoc = fRecord->GetValue()+refLoc[ip];
 586     double *derGlo = fRecord->GetValue()+refGlo[ip];
 587     int    *indLoc = fRecord->GetIndex()+refLoc[ip];
 588     int    *indGlo = fRecord->GetIndex()+refGlo[ip];
 589     //
 590     // Suppress local and global contribution in residuals;
 591     for (int i=nrefLoc[ip];i--;) resid -= derLoc[i]*fVecBLoc[ indLoc[i] ];     // local part
 592     //
 593     for (int i=nrefGlo[ip];i--;) {                                             // global part
 594       int iID = indGlo[i];
 595       if ( fSigmaPar[iID] <= 0.) continue;                                     // fixed parameter RRRCheck
 596       if (fIsLinear[iID]) resid -= derGlo[i]*(fInitPar[iID]+fDeltaPar[iID]);   // linear parameter
 597       else                resid -= derGlo[i]*fDeltaPar[iID];                   // nonlinear parameter
 598     }
 599     //
 600     // reject the track if the residual is too large (outlier)
 601     double absres = TMath::Abs(resid);
 602     if ( (absres >= fResCutInit && fIter ==1 ) ||
 603          (absres >= fResCut     && fIter > 1)) {
 604       if (fLocFitAdd) fNLocFitsRejected++;
 605       //      printf("reject res %5ld %+e\n",fCurrRecDataID,resid);
 606       return 0;
 607     }
 608     //
 609     lChi2 += weight*resid*resid ; // total chi^2
 610     nEq++;                        // number of equations
 611   } // end of Calculate residuals
 612   //
 613   lChi2 /= gloWgh;
 614   int nDoF = nEq-maxLocUsed;
 615   lChi2 = (nDoF>0) ? lChi2/nDoF : 0;  // Chi^2/dof
 616   //
 617   if (fNStdDev != 0 && nDoF>0 && lChi2 > Chi2DoFLim(fNStdDev,nDoF)*fChi2CutFactor) { // check final chi2
 618     if (fLocFitAdd) fNLocFitsRejected++;
 619     //    printf("reject chi2 %5ld: %+e\n",fCurrRecDataID, lChi2);
 620     return 0;
 621   }
 622   //
 623   if (fLocFitAdd) {
 624     fNLocFits++;
 625     fNLocEquations += nEq;
 626   }
 627   else {
 628     fNLocFits--;
 629     fNLocEquations -= nEq;
 630   }
 631   //
 632   //  local operations are finished, track is accepted
 633   //  We now update the global parameters (other matrices)
 634   //
 635   int nGloInFit = 0;
 636   //
 637   for (int ip=nPoints;ip--;) {  // Update matrices
 638     double  resid  = fRecord->GetValue( refLoc[ip]-1 );
 639     double  weight = fRecord->GetValue( refGlo[ip]-1 )*gloWgh;
 640     double *derLoc = fRecord->GetValue()+refLoc[ip];
 641     double *derGlo = fRecord->GetValue()+refGlo[ip];
 642     int    *indLoc = fRecord->GetIndex()+refLoc[ip];
 643     int    *indGlo = fRecord->GetIndex()+refGlo[ip];
 644     //
 645     for (int i=nrefGlo[ip];i--;) {    // suppress the global part
 646       int iID = indGlo[i];           // Global param indice
 647       if ( fSigmaPar[iID] <= 0.) continue;                                         // fixed parameter RRRCheck
 648       if (fIsLinear[iID])  resid -= derGlo[i]*(fInitPar[iID]+fDeltaPar[iID]);      // linear parameter
 649       else                 resid -= derGlo[i]*fDeltaPar[iID];                      // nonlinear parameter
 650     }
 651     //
 652     for (int ig=nrefGlo[ip];ig--;) {
 653       int iIDg = indGlo[ig];   // Global param indice (the matrix line)
 654       if ( fSigmaPar[iIDg] <= 0.) continue;                                    // fixed parameter RRRCheck
 655       if (fLocFitAdd) fVecBGlo[ iIDg ] += weight*resid*derGlo[ig]; //!!!
 656       else            fVecBGlo[ iIDg ] -= weight*resid*derGlo[ig]; //!!!
 657       //
 658       // First of all, the global/global terms (exactly like local matrix)
 659       int nfill = 0;
 660       for (int jg=ig+1;jg--;) { // matCGlo is symmetric by construction
 661         int jIDg = indGlo[jg];
 662         if ( fSigmaPar[jIDg] <= 0.) continue;                                    // fixed parameter RRRCheck
 663         if ( !IsZero(vl = weight*derGlo[ig]*derGlo[jg]) ) {
 664           fFillIndex[nfill]   = jIDg;
 665           fFillValue[nfill++] = fLocFitAdd ? vl:-vl;
 666         }
 667       }
 668       if (nfill) matCGlo.AddToRow(iIDg,fFillValue,fFillIndex,nfill);
 669       //
 670       // Now we have also rectangular matrices containing global/local terms.
 671       int iCIDg = fGlo2CGlo[iIDg];  // compressed Index of index
 672       if (iCIDg == -1) {
 673         Double_t *rowGL = matCGloLoc(nGloInFit);
 674         for (int k=maxLocUsed;k--;) rowGL[k] = 0.0;  // reset the row
 675         iCIDg = fGlo2CGlo[iIDg] = nGloInFit;
 676         fCGlo2Glo[nGloInFit++] = iIDg;
 677       }
 678       //
 679       Double_t *rowGLIDg = matCGloLoc(iCIDg);
 680       for (int il=nrefLoc[ip];il--;) rowGLIDg[ indLoc[il] ] += weight*derGlo[ig]*derLoc[il];
 681       fProcPnt[iIDg] += fLocFitAdd ? 1:-1;       // update counter
 682       //
 683     }
 684   } // end of Update matrices
 685   //
 686   /*//RRR
 687   printf("After GLO\n");
 688   printf("MatCLoc: "); fMatCLoc->Print("l");
 689   printf("MatCGlo: "); fMatCGlo->Print("l");
 690   printf("MatCGlLc:"); fMatCGloLoc->Print("l");
 691   printf("BGlo: "); for (int i=0; i<fNGloPar; i++) printf("%+e |",fVecBGlo[i]); printf("\n");
 692   */
 693   // calculate fMatCGlo -= fMatCGloLoc * fMatCLoc * fMatCGloLoc^T
 694   // and       fVecBGlo -= fMatCGloLoc * fVecBLoc
 695   //
 696   //-------------------------------------------------------------- >>>
 697   double vll;
 698   for (int iCIDg=0; iCIDg<nGloInFit; iCIDg++) {
 699     int iIDg = fCGlo2Glo[iCIDg];
 700     //
 701     vl = 0;
 702     Double_t *rowGLIDg =  matCGloLoc(iCIDg);
 703     for (int kl=0;kl<maxLocUsed;kl++) if (rowGLIDg[kl]) vl += rowGLIDg[kl]*fVecBLoc[kl];
 704     if  (!IsZero(vl)) fVecBGlo[iIDg] -= fLocFitAdd ? vl : -vl;
 705     //
 706     int nfill = 0;
 707     for (int jCIDg=0;jCIDg<=iCIDg; jCIDg++) {
 708       int jIDg = fCGlo2Glo[jCIDg];
 709       //
 710       vl = 0;
 711       Double_t *rowGLJDg =  matCGloLoc(jCIDg);
 712       for (int kl=0;kl<maxLocUsed;kl++) {
 713         // diag terms
 714         if ( (!IsZero(vll=rowGLIDg[kl]*rowGLJDg[kl])) ) vl += matCLoc.QueryDiag(kl)*vll;
 715         //
 716         // off-diag terms
 717         for (int ll=0;ll<kl;ll++) {
 718           if ( !IsZero(vll=rowGLIDg[kl]*rowGLJDg[ll]) ) vl += matCLoc(kl,ll)*vll;
 719           if ( !IsZero(vll=rowGLIDg[ll]*rowGLJDg[kl]) ) vl += matCLoc(kl,ll)*vll;
 720         }
 721       }
 722       if (!IsZero(vl)) {
 723         fFillIndex[nfill]   = jIDg;
 724         fFillValue[nfill++] = fLocFitAdd ? -vl : vl;
 725       }
 726     }
 727     if (nfill)  matCGlo.AddToRow(iIDg,fFillValue,fFillIndex,nfill);
 728   }
 729   //
 730   // reset compressed index array
 731   //
 732   /*//RRR
 733   printf("After GLOLoc\n");
 734   printf("MatCGlo: "); fMatCGlo->Print("");
 735   printf("BGlo: "); for (int i=0; i<fNGloPar; i++) printf("%+e |",fVecBGlo[i]); printf("\n");
 736   */
 737   for (int i=nGloInFit;i--;) {
 738     fGlo2CGlo[ fCGlo2Glo[i] ] = -1;
 739     fCGlo2Glo[i] = -1;
 740   }
 741   //
 742   //---------------------------------------------------- <<<
 743   return 1;
 744 }
 745
 746 //_____________________________________________________________________________________________
 747 Int_t AliMillePede2::GlobalFit(Double_t *par, Double_t *error, Double_t *pull)
 748 {
 749   // performs a requested number of global iterations
 750   fIter = 1;
 751   //
 752   TStopwatch sw; sw.Start();
 753   //
 754   int res = 0;
 755   AliInfo("Starting Global fit.");
 756   while (fIter<=fMaxIter) {
 757     //
 758     res = GlobalFitIteration();
 759     if (!res) break;
 760     //
 761     if (!IsZero(fChi2CutFactor-fChi2CutRef)) {
 762       fChi2CutFactor = TMath::Sqrt(fChi2CutFactor);
 763       if (fChi2CutFactor < 1.2*fChi2CutRef) {
 764         fChi2CutFactor = fChi2CutRef;
 765         //RRR   fIter = fMaxIter - 1;     // Last iteration
 766       }
 767     }
 768     fIter++;
 769   }
 770   //
 771   sw.Stop();
 772   AliInfo(Form("Global fit %s, CPU time: %.1f",res ? "Converged":"Failed",sw.CpuTime()));
 773   if (!res) return 0;
 774   //
 775   if (par) for (int i=fNGloPar;i--;) par[i] = fInitPar[i]+fDeltaPar[i];
 776   //
 777   if (fGloSolveStatus==kInvert) { // errors on params are available
 778     if (error) for (int i=fNGloPar;i--;) error[i] = fProcPnt[i]>0 ? TMath::Sqrt(TMath::Abs(fMatCGlo->QueryDiag(i))) : 0.;
 779     if (pull)  for (int i=fNGloPar;i--;) pull[i]  = fProcPnt[i]>0 && (fSigmaPar[i]*fSigmaPar[i]-fMatCGlo->QueryDiag(i))>0. && fSigmaPar[i]>0
 780                                            ? fDeltaPar[i]/TMath::Sqrt(fSigmaPar[i]*fSigmaPar[i]-fMatCGlo->QueryDiag(i)) : 0;
 781   }
 782   //
 783   return 1;
 784 }
 785
 786 //_____________________________________________________________________________________________
 787 Int_t AliMillePede2::GlobalFitIteration()
 788 {
 789   // perform global parameters fit once all the local equations have been fitted
 790   //
 791   AliInfo(Form("Global Fit Iteration#%2d (Local Fit Chi^2 cut factor: %.2f)",fIter,fChi2CutFactor));
 792   //
 793   if (!fNGloPar || !fTreeData) {
 794     AliInfo("No data was stored, stopping iteration");
 795     return 0;
 796   }
 797   TStopwatch sw,sws;
 798   sw.Start();
 799   sws.Stop();
 800   //
 801   if (!fConstrUsed) {
 802     fConstrUsed = new Bool_t[fNGloConstraints];
 803     memset(fConstrUsed,0,fNGloConstraints*sizeof(Bool_t));
 804   }
 805   // Reset all info specific for this step
 806   AliMatrixSq& matCGlo = *fMatCGlo;
 807   matCGlo.Reset();
 808   memset(fProcPnt,0,fNGloPar*sizeof(Int_t));
 809   //
 810   fNGloConstraints = fTreeConstr ? fTreeConstr->GetEntries() : 0;
 811   //
 812   // count number of Lagrange constraints: they need new row/cols to be added
 813   fNLagrangeConstraints = 0;
 814   for (int i=0; i<fNGloConstraints; i++) {
 815     ReadRecordConstraint(i);
 816     if ( IsZero(fRecord->GetValue(1)) ) fNLagrangeConstraints++; // exact constraint (no error) -> Lagrange multiplier
 817   }
 818   //
 819   // if needed, readjust the size of the global vector (for matrices this is done automatically)
 820   if (!fVecBGlo || fNGloSize!=fNGloPar+fNLagrangeConstraints) {
 821     delete[] fVecBGlo;   // in case some constraint was added between the two manual iterations
 822     fNGloSize = fNGloPar+fNLagrangeConstraints;
 823     fVecBGlo = new Double_t[fNGloSize];
 824   }
 825   memset(fVecBGlo,0,fNGloSize*sizeof(double));
 826   //
 827   fNLocFits         = 0;
 828   fNLocFitsRejected = 0;
 829   fNLocEquations    = 0;
 830   //
 831   //  Process data records and build the matrices
 832   Long_t ndr = fTreeData->GetEntries();
 833   Long_t first = fSelFirst>0  ? fSelFirst : 0;
 834   Long_t last  = fSelLast<1   ? ndr : (fSelLast>=ndr ? ndr : fSelLast+Long_t(1));
 835   ndr = last - first;
 836   //
 837   AliInfo(Form("Building the Global matrix from data records %ld : %ld",first,last));
 838   if (ndr<1) return 0;
 839   //
 840   TStopwatch swt; swt.Start();
 841   fLocFitAdd = kTRUE;  // add contributions of matching tracks
 842   for (Long_t i=0;i<ndr;i++) {
 843     Long_t iev = i+first;
 844     ReadRecordData(iev);
 845     if (!IsRecordAcceptable()) continue;
 846     LocalFit();
 847     if ( (i%int(0.2*ndr)) == 0) printf("%.1f%% of local fits done\n", double(100.*i)/ndr);
 848   }
 849   swt.Stop();
 850   printf("%ld local fits done: ", ndr);
 851   /*
 852   printf("MatCGlo: "); fMatCGlo->Print("l");
 853   printf("BGlo: "); for (int i=0; i<fNGloPar; i++) printf("%+e |",fVecBGlo[i]); printf("\n");
 854   swt.Print();
 855   */
 856   sw.Start(kFALSE);
 857   //
 858   //
 859   // ---------------------- Reject parameters with low statistics ------------>>
 860   fNGloFix = 0;
 861   if (fMinPntValid>1 && fNGroupsSet) {
 862     //
 863     printf("Checking parameters with statistics < %d\n",fMinPntValid);
 864     TStopwatch swsup;
 865     swsup.Start();
 866     // 1) build the list of parameters to fix
 867     Int_t fixArrSize = 10;
 868     Int_t nFixedGroups = 0;
 869     TArrayI fixGroups(fixArrSize);
 870     //
 871     int grIDold = -2;
 872     int oldStart = -1;
 873     double oldMin = 1.e20;
 874     double oldMax =-1.e20;
 875     //
 876     for (int i=fNGloPar;i--;) { // // Reset row and column of fixed params and add 1/sig^2 to free ones
 877       int grID = fParamGrID[i];
 878       if (grID<0) continue; // not in the group
 879       //
 880       if (grID!=grIDold) { // starting new group
 881         if (grIDold>=0) { // decide if the group has enough statistics
 882           if (oldMin<fMinPntValid && oldMax<2*fMinPntValid) { // suppress group
 883             for (int iold=oldStart;iold>i;iold--) fProcPnt[iold] = 0;
 884             Bool_t fnd = kFALSE;    // check if the group is already accounted
 885             for (int j=nFixedGroups;j--;) if (fixGroups[j]==grIDold) {fnd=kTRUE; break;}
 886             if (!fnd) {
 887               if (nFixedGroups>=fixArrSize) {fixArrSize*=2; fixGroups.Set(fixArrSize);}
 888               fixGroups[nFixedGroups++] = grIDold; // add group to fix
 889             }
 890           }
 891         }
 892         grIDold = grID; // mark the start of the new group
 893         oldStart = i;
 894         oldMin =  1.e20;
 895         oldMax = -1.e20;
 896       }
 897       if (oldMin>fProcPnt[i]) oldMin = fProcPnt[i];
 898       if (oldMax<fProcPnt[i]) oldMax = fProcPnt[i];
 899       //
 900     }
 901     // extra check for the last group
 902     if (grIDold>=0 && oldMin<fMinPntValid && oldMax<2*fMinPntValid) { // suppress group
 903       for (int iold=oldStart;iold--;) fProcPnt[iold] = 0;
 904       Bool_t fnd = kFALSE;    // check if the group is already accounted
 905       for (int j=nFixedGroups;j--;) if (fixGroups[j]==grIDold) {fnd=kTRUE; break;}
 906       if (!fnd) {
 907         if (nFixedGroups>=fixArrSize) {fixArrSize*=2; fixGroups.Set(fixArrSize);}
 908         fixGroups[nFixedGroups++] = grIDold; // add group to fix
 909       }
 910     }
 911     //
 912     // 2) loop over records and add contributions of fixed groups with negative sign
 913     fLocFitAdd = kFALSE;
 914     //
 915     for (Long_t i=0;i<ndr;i++) {
 916       Long_t iev = i+first;
 917       ReadRecordData(iev);
 918       if (!IsRecordAcceptable()) continue;
 919       Bool_t suppr = kFALSE;
 920       for (int ifx=nFixedGroups;ifx--;)if (fRecord->IsGroupPresent(fixGroups[ifx])) suppr = kTRUE;
 921       if (suppr) LocalFit();
 922     }
 923     fLocFitAdd = kTRUE;
 924     //
 925     if (nFixedGroups) {
 926       printf("Suppressed contributions of groups with NPoints<%d :\n",fMinPntValid);
 927       for (int i=0;i<nFixedGroups;i++) printf("%d ",fixGroups[i]); printf("\n");
 928     }
 929     swsup.Stop();
 930     swsup.Print();
 931   }
 932   // ---------------------- Reject parameters with low statistics ------------<<
 933   //
 934   // add large number to diagonal of fixed params
 935   //
 936   for (int i=fNGloPar;i--;) { // // Reset row and column of fixed params and add 1/sig^2 to free ones
 937     //    printf("#%3d : Nproc : %5d   grp: %d\n",i,fProcPnt[i],fParamGrID[i]);
 938     if (fProcPnt[i]<1) {
 939       fNGloFix++;
 940       fVecBGlo[i] = 0.;
 941       matCGlo.DiagElem(i) = 1.;//float(fNLocEquations*fNLocEquations);
 942       //      matCGlo.DiagElem(i) = float(fNLocEquations*fNLocEquations);
 943     }
 944     else matCGlo.DiagElem(i) += (fgWeightSigma ? fProcPnt[i] : 1.)/(fSigmaPar[i]*fSigmaPar[i]);
 945   }
 946   //
 947   for (int i=fNGloPar;i--;) fDiagCGlo[i] = matCGlo.QueryDiag(i); // save the diagonal elements
 948   //
 949   // add constraint equations
 950   int nVar = fNGloPar;                    // Current size of global matrix
 951   for (int i=0; i<fNGloConstraints; i++) {
 952     ReadRecordConstraint(i);
 953     double val   = fRecord->GetValue(0);
 954     double sig   = fRecord->GetValue(1);
 955     int    *indV = fRecord->GetIndex()+2;
 956     double *der  = fRecord->GetValue()+2;
 957     int    csize = fRecord->GetSize()-2;
 958     //
 959     // check if after suppression of fixed variables there are non-0 derivatives
 960     // and determine the max statistics of involved params
 961     int nSuppressed = 0;
 962     int maxStat = 1;
 963     for (int j=csize;j--;) {
 964       if (fProcPnt[indV[j]]<1) nSuppressed++;
 965       else {
 966         maxStat = TMath::Max(maxStat,fProcPnt[indV[j]]);
 967       }
 968     }
 969     //
 970     if (nSuppressed==csize) {
 971       //      AliInfo(Form("Neglecting constraint %d of %d derivatives since no free parameters left",i,csize));
 972       //
 973       // was this constraint ever created ?
 974       if ( sig==0 && fConstrUsed[i] ) { // this is needed only for constraints with Lagrange multiplier
 975         // to avoid empty row impose dummy constraint on "Lagrange multiplier"
 976         matCGlo.DiagElem(nVar) = 1.;
 977         fVecBGlo[nVar++] = 0;
 978       }
 979       continue;
 980     }
 981     //
 982     // account for already accumulated corrections
 983     for (int j=csize; j--;) val -= der[j]*(fInitPar[ indV[j] ]+fDeltaPar[ indV[j] ]);
 984     //
 985     if (sig > 0) {  // this is a gaussian constriant: no Lagrange multipliers are added
 986       //
 987       double sig2i = (fgWeightSigma ? TMath::Sqrt(maxStat) : 1.)/sig/sig;
 988       for (int ir=0;ir<csize;ir++) {
 989         int iID = indV[ir];
 990         for (int ic=0;ic<=ir;ic++) { // matrix is symmetric
 991           int jID = indV[ic];
 992           double vl = der[ir]*der[ic]*sig2i;
 993           if (!IsZero(vl)) matCGlo(iID,jID) += vl;
 994         }
 995         fVecBGlo[iID] += val*der[ir]*sig2i;
 996       }
 997     }
 998     else {   // this is exact constriant:  Lagrange multipliers must be added
 999       for (int j=csize; j--;) {
1000         int jID = indV[j];
1001         if (fProcPnt[jID]<1) continue;                      // this parameter was fixed, don't put it into constraint
1002         matCGlo(nVar,jID) = float(fNLocEquations)*der[j];   // fMatCGlo is symmetric, only lower triangle is filled
1003       }
1004       //
1005       if (matCGlo.QueryDiag(nVar)) matCGlo.DiagElem(nVar) = 0.0;
1006       fVecBGlo[nVar++] = float(fNLocEquations)*val; //RS ? should we use here fNLocFits ?
1007       fConstrUsed[i] = kTRUE;
1008     }
1009   }
1010   //
1011   AliInfo(Form("Obtained %-7ld equations from %-7ld records (%-7ld rejected). Fixed %-4d globals",
1012                fNLocEquations,fNLocFits,fNLocFitsRejected,fNGloFix));
1013
1014   //
1015   sws.Start();
1016
1017   /*
1018   printf("Solving:\n");
1019   matCGlo.Print();
1020   for (int i=0;i<fNGloSize;i++) printf("b%2d : %+e\n",i,fVecBGlo[i]);
1021   */
1022   fGloSolveStatus = SolveGlobalMatEq();                     // obtain solution for this step
1023   sws.Stop();
1024   printf("Solve %d |",fIter); sws.Print();
1025   //
1026   sw.Stop();
1027   AliInfo(Form("Iteration#%2d %s. CPU time: %.1f",fIter,fGloSolveStatus==kFailed ? "Failed":"Converged",sw.CpuTime()));
1028   if (fGloSolveStatus==kFailed) return 0;
1029   //
1030   for (int i=fNGloPar;i--;) fDeltaPar[i] += fVecBGlo[i];    // Update global parameters values (for iterations)
1031   //
1032   //  PrintGlobalParameters();
1033   return 1;
1034 }
1035
1036 //_____________________________________________________________________________________________
1037 Int_t AliMillePede2::SolveGlobalMatEq()
1038 {
1039   //
1040   // solve global matrix equation MatCGlob*X=VecBGlo and store the result in the VecBGlo
1041   //
1042   /*
1043   printf("GlobalMatrix\n");
1044   fMatCGlo->Print();
1045   printf("RHS\n");
1046   for (int i=0;i<fNGloPar;i++) printf("%d %+e\n",i,fVecBGlo[i]);
1047   */
1048   //
1049   if (!fgIsMatGloSparse) {
1050     //
1051     if (fNLagrangeConstraints==0) { // pos-def systems are faster to solve by Cholesky
1052       if ( ((AliSymMatrix*)fMatCGlo)->SolveChol(fVecBGlo, fgInvChol) ) return fgInvChol ? kInvert:kNoInversion;
1053       else AliInfo("Solution of Global Dense System by Cholesky failed, trying Gaussian Elimiation");
1054     }
1055     //
1056     if (((AliSymMatrix*)fMatCGlo)->SolveSpmInv(fVecBGlo, kTRUE)) return kInvert;
1057     else AliInfo("Solution of Global Dense System by Gaussian Elimination failed, trying iterative methods");
1058   }
1059   // try to solve by minres
1060   TVectorD sol(fNGloSize);
1061   //
1062   AliMinResSolve *slv = new AliMinResSolve(fMatCGlo,fVecBGlo);
1063   if (!slv) return kFailed;
1064   //
1065   Bool_t res = kFALSE;
1066   if      (fgIterSol == AliMinResSolve::kSolMinRes)
1067     res =  slv->SolveMinRes(sol,fgMinResCondType,fgMinResMaxIter,fgMinResTol);
1068   else if (fgIterSol == AliMinResSolve::kSolFGMRes)
1069     res =  slv->SolveFGMRES(sol,fgMinResCondType,fgMinResMaxIter,fgMinResTol,fgNKrylovV);
1070   else
1071     AliInfo(Form("Undefined Iteritive Solver ID=%d, only %d are defined",fgIterSol,AliMinResSolve::kNSolvers));
1072   //
1073   if (!res) {
1074     const char* faildump = "fgmr_failed.dat";
1075     int defout = dup(1);
1076     if (defout<0) {
1077       AliInfo("Failed on dup");
1078       return kFailed;
1079     }
1080     int slvDump = open(faildump, O_RDWR|O_CREAT, 0666);
1081     if (slvDump>=0) {
1082       dup2(slvDump,1);
1083       //
1084       printf("#Failed to solve using solver %d with PreCond: %d MaxIter: %d Tol: %e NKrylov: %d\n",
1085              fgIterSol,fgMinResCondType,fgMinResMaxIter,fgMinResTol,fgNKrylovV);
1086       printf("#Dump of matrix:\n");
1087       fMatCGlo->Print("10");
1088       printf("#Dump of RHS:\n");
1089       for (int i=0;i<fNGloSize;i++) printf("%d %+.10f\n",i,fVecBGlo[i]);
1090       //
1091       dup2(defout,1);
1092       close(slvDump);
1093       printf("#Dumped failed matrix and RHS to %s\n",faildump);
1094     }
1095     else AliInfo("Failed on file open for matrix dumping");
1096     close(defout);
1097     return kFailed;
1098   }
1099   for (int i=fNGloSize;i--;) fVecBGlo[i] = sol[i];
1100   return kNoInversion;
1101   //
1102 }
1103
1104 //_____________________________________________________________________________________________
1105 Float_t AliMillePede2::Chi2DoFLim(int nSig, int nDoF) const
1106 {
1107   /// return the limit in chi^2/nd for n sigmas stdev authorized
1108   // Only n=1, 2, and 3 are expected in input
1109   int lNSig;
1110   float sn[3]        =  {0.47523, 1.690140, 2.782170};
1111   float table[3][30] = {{1.0000, 1.1479, 1.1753, 1.1798, 1.1775, 1.1730, 1.1680, 1.1630,
1112                          1.1581, 1.1536, 1.1493, 1.1454, 1.1417, 1.1383, 1.1351, 1.1321,
1113                          1.1293, 1.1266, 1.1242, 1.1218, 1.1196, 1.1175, 1.1155, 1.1136,
1114                          1.1119, 1.1101, 1.1085, 1.1070, 1.1055, 1.1040},
1115                         {4.0000, 3.0900, 2.6750, 2.4290, 2.2628, 2.1415, 2.0481, 1.9736,
1116                          1.9124, 1.8610, 1.8171, 1.7791, 1.7457, 1.7161, 1.6897, 1.6658,
1117                          1.6442, 1.6246, 1.6065, 1.5899, 1.5745, 1.5603, 1.5470, 1.5346,
1118                          1.5230, 1.5120, 1.5017, 1.4920, 1.4829, 1.4742},
1119                         {9.0000, 5.9146, 4.7184, 4.0628, 3.6410, 3.3436, 3.1209, 2.9468,
1120                          2.8063, 2.6902, 2.5922, 2.5082, 2.4352, 2.3711, 2.3143, 2.2635,
1121                          2.2178, 2.1764, 2.1386, 2.1040, 2.0722, 2.0428, 2.0155, 1.9901,
1122                          1.9665, 1.9443, 1.9235, 1.9040, 1.8855, 1.8681}};
1123
1124   if (nDoF < 1) {
1125     return 0.0;
1126   }
1127   else {
1128     lNSig = TMath::Max(1,TMath::Min(nSig,3));
1129
1130     if (nDoF <= 30) {
1131       return table[lNSig-1][nDoF-1];
1132     }
1133     else { // approximation
1134       return ((sn[lNSig-1]+TMath::Sqrt(float(2*nDoF-3)))*
1135               (sn[lNSig-1]+TMath::Sqrt(float(2*nDoF-3))))/float(2*nDoF-2);
1136     }
1137   }
1138 }
1139
1140 //_____________________________________________________________________________________________
1141 Int_t AliMillePede2::SetIterations(double lChi2CutFac)
1142 {
1143   // Number of iterations is calculated from lChi2CutFac
1144   fChi2CutFactor = TMath::Max(1.0, lChi2CutFac);
1145   //
1146   AliInfo(Form("Initial cut factor is %f",fChi2CutFactor));
1147   fIter = 1; // Initializes the iteration process
1148   return 1;
1149 }
1150
1151 //_____________________________________________________________________________________________
1152 Double_t AliMillePede2::GetParError(int iPar) const
1153 {
1154   // return error for parameter iPar
1155   if (fGloSolveStatus==kInvert) {
1156     double res = fMatCGlo->QueryDiag(iPar);
1157     if (res>=0) return TMath::Sqrt(res);
1158   }
1159   return -1.;
1160 }
1161
1162
1163 //_____________________________________________________________________________________________
1164 Int_t AliMillePede2::PrintGlobalParameters() const
1165 {
1166   ///  Print the final results into the logfile
1167   double lError = 0.;
1168   double lGlobalCor =0.;
1169
1170   AliInfo("");
1171   AliInfo("   Result of fit for global parameters");
1172   AliInfo("   ===================================");
1173   AliInfo("    I       initial       final       differ        lastcor        error       gcor       Npnt");
1174   AliInfo("----------------------------------------------------------------------------------------------");
1175   //
1176   for (int i=0; i<fNGloPar; i++) {
1177     lError = GetParError(i);
1178     lGlobalCor = 0.0;
1179     //
1180     double dg;
1181     if (fGloSolveStatus==kInvert && TMath::Abs( (dg=fMatCGlo->QueryDiag(i)) *fDiagCGlo[i]) > 0) {
1182       lGlobalCor = TMath::Sqrt(TMath::Abs(1.0-1.0/(dg*fDiagCGlo[i])));
1183       AliInfo(Form("%d\t %.6f\t %.6f\t %.6f\t %.6f\t %.6f\t %.6f\t %6d",
1184                    i,fInitPar[i],fInitPar[i]+fDeltaPar[i],fDeltaPar[i],fVecBGlo[i],lError,lGlobalCor,fProcPnt[i]));
1185     }
1186     else {
1187       AliInfo(Form("%d\t %.6f\t %.6f\t %.6f\t %.6f\t OFF\t OFF\t %6d",i,fInitPar[i],fInitPar[i]+fDeltaPar[i],
1188                    fDeltaPar[i],fVecBGlo[i],fProcPnt[i]));
1189     }
1190   }
1191   return 1;
1192 }
1193
1194 //_____________________________________________________________________________________________
1195 Bool_t AliMillePede2::IsRecordAcceptable() const
1196 {
1197   // validate record according run lists set by the user
1198   static Long_t prevRunID = kMaxInt;
1199   static Bool_t prevAns   = kTRUE;
1200   Long_t runID = fRecord->GetRunID();
1201   if (runID!=prevRunID) {
1202     int n = 0;
1203     prevRunID = runID;
1204     // is run to be rejected?
1205     if (fRejRunList && (n=fRejRunList->GetSize())) {
1206       prevAns = kTRUE;
1207       for (int i=n;i--;) if (runID == (*fRejRunList)[i]) {
1208           prevAns = kFALSE;
1209           printf("New Run to reject: %ld -> %d\n",runID,prevAns);
1210           break;
1211         }
1212     }
1213     else if (fAccRunList && (n=fAccRunList->GetSize())) {     // is run specifically selected
1214       prevAns = kFALSE;
1215       for (int i=n;i--;) if (runID == (*fAccRunList)[i]) {prevAns = kTRUE; break;}
1216     }
1217   }
1218   //
1219   return prevAns;
1220   //
1221 }
1222
1223 //_____________________________________________________________________________________________
1224 void AliMillePede2::SetRejRunList(const UInt_t *runs, Int_t nruns)
1225 {
1226   // set the list of runs to be rejected
1227   if (fRejRunList) delete fRejRunList;
1228   fRejRunList = 0;
1229   if (nruns<1 || !runs) return;
1230   fRejRunList = new TArrayL(nruns);
1231   for (int i=0;i<nruns;i++) (*fRejRunList)[i] = runs[i];
1232 }
1233
1234 //_____________________________________________________________________________________________
1235 void AliMillePede2::SetAccRunList(const UInt_t *runs, Int_t nruns)
1236 {
1237   // set the list of runs to be selected
1238   if (fAccRunList) delete fAccRunList;
1239   fAccRunList = 0;
1240   if (nruns<1 || !runs) return;
1241   fAccRunList = new TArrayL(nruns);
1242   for (int i=0;i<nruns;i++) (*fAccRunList)[i] = runs[i];
1243 }