STEER/STEER/AliMillePede2.cxx

   1 /**********************************************************************************************/
   2 /* General class for alignment with large number of degrees of freedom                        */
   3 /* Based on the original milliped2 by Volker Blobel                                           */
   4 /* and AliMillepede class by Javier                                                           */
   5 /* Allows operations with large sparse matrices                                               */
   6 /* http://www.desy.de/~blobel/mptalks.html                                                    */
   7 /*                                                                                            */
   8 /* Author: ruben.shahoyan@cern.ch                                                             */
   9 /*                                                                                            */
  10 /**********************************************************************************************/
  11
  12 #include "AliMillePede2.h"
  13 #include "AliLog.h"
  14 #include <TStopwatch.h>
  15 #include <TFile.h>
  16 #include <TChain.h>
  17 #include <TMath.h>
  18 #include <TVectorD.h>
  19 #include <TArrayL.h>
  20 #include <TSystem.h>
  21 #include "AliMatrixSq.h"
  22 #include "AliSymMatrix.h"
  23 #include "AliRectMatrix.h"
  24 #include "AliMatrixSparse.h"
  25 #include <stdio.h>
  26 #include <stdlib.h>
  27 #include <unistd.h>
  28 #include <sys/types.h>
  29 #include <sys/stat.h>
  30 #include <fcntl.h>
  31 #include <fstream>
  32
  33 using namespace std;
  34
  35
  36 ClassImp(AliMillePede2)
  37
  38 Bool_t   AliMillePede2::fgInvChol        = kTRUE;     // Invert global matrix with Cholesky solver
  39 Bool_t   AliMillePede2::fgWeightSigma    = kTRUE;     // weight local constraint by module statistics
  40 Bool_t   AliMillePede2::fgIsMatGloSparse = kFALSE;    // use faster dense matrix by default
  41 Int_t    AliMillePede2::fgMinResCondType = 1;         // Jacoby preconditioner by default
  42 Double_t AliMillePede2::fgMinResTol      = 1.e-11;    // default tolerance
  43 Int_t    AliMillePede2::fgMinResMaxIter  = 10000;     // default max number of iterations
  44 Int_t    AliMillePede2::fgIterSol        = AliMinResSolve::kSolMinRes; // default iterative solver
  45 Int_t    AliMillePede2::fgNKrylovV       = 240;        // default number of Krylov vectors to keep
  46
  47 //_____________________________________________________________________________________________
  48 AliMillePede2::AliMillePede2()
  49 : fNLocPar(0),
  50   fNGloPar(0),
  51   fNGloSize(0),
  52 //
  53   fNLocEquations(0),
  54   fIter(0),
  55   fMaxIter(10),
  56   fNStdDev(3),
  57   fNGloConstraints(0),
  58   fNLagrangeConstraints(0),
  59   fNLocFits(0),
  60   fNLocFitsRejected(0),
  61   fNGloFix(0),
  62   fGloSolveStatus(kFailed),
  63 //
  64   fChi2CutFactor(1.),
  65   fChi2CutRef(1.),
  66   fResCutInit(100.),
  67   fResCut(100.),
  68   fMinPntValid(1),
  69 //
  70   fNGroupsSet(0),
  71   fParamGrID(0),
  72   fProcPnt(0),
  73   fVecBLoc(0),
  74   fDiagCGlo(0),
  75   fVecBGlo(0),
  76   fInitPar(0),
  77   fDeltaPar(0),
  78   fSigmaPar(0),
  79   fIsLinear(0),
  80   fConstrUsed(0),
  81 //
  82   fGlo2CGlo(0),
  83   fCGlo2Glo(0),
  84 //
  85   fMatCLoc(0),
  86   fMatCGlo(0),
  87   fMatCGloLoc(0),
  88   //
  89   fFillIndex(0),
  90   fFillValue(0),
  91   //
  92   fDataRecFName("/tmp/mp2_data_records.root"),
  93   fRecord(0),
  94   fDataRecFile(0),
  95   fTreeData(0),
  96   fRecFileStatus(0),
  97   //
  98   fConstrRecFName("/tmp/mp2_constraints_records.root"),
  99   fTreeConstr(0),
 100   fConsRecFile(0),
 101   fCurrRecDataID(0),
 102   fCurrRecConstrID(0),
 103   fLocFitAdd(kTRUE),
 104   fSelFirst(1),
 105   fSelLast(-1),
 106   fRejRunList(0),
 107   fAccRunList(0)
 108 {}
 109
 110 //_____________________________________________________________________________________________
 111 AliMillePede2::AliMillePede2(const AliMillePede2& src) :
 112   TObject(src),fNLocPar(0),fNGloPar(0),fNGloSize(0),fNLocEquations(0),fIter(0),
 113   fMaxIter(10),fNStdDev(3),fNGloConstraints(0),fNLagrangeConstraints(0),
 114   fNLocFits(0),fNLocFitsRejected(0),
 115   fNGloFix(0),fGloSolveStatus(0),fChi2CutFactor(0),fChi2CutRef(0),fResCutInit(0),
 116   fResCut(0),fMinPntValid(1),fNGroupsSet(0),fParamGrID(0),fProcPnt(0),fVecBLoc(0),fDiagCGlo(0),fVecBGlo(0),
 117   fInitPar(0),fDeltaPar(0),fSigmaPar(0),fIsLinear(0),fConstrUsed(0),fGlo2CGlo(0),fCGlo2Glo(0),
 118   fMatCLoc(0),fMatCGlo(0),fMatCGloLoc(0),fFillIndex(0),fFillValue(0),
 119   fDataRecFName(0),fRecord(0),fDataRecFile(0),
 120   fTreeData(0),fRecFileStatus(0),fConstrRecFName(0),fTreeConstr(0),fConsRecFile(0),fCurrRecDataID(0),
 121   fCurrRecConstrID(0),fLocFitAdd(kTRUE),
 122   fSelFirst(1),
 123   fSelLast(-1),
 124   fRejRunList(0),
 125   fAccRunList(0)
 126 {printf("Dummy\n");}
 127
 128 //_____________________________________________________________________________________________
 129 AliMillePede2::~AliMillePede2()
 130 {
 131   // destructor
 132   CloseDataRecStorage();
 133   CloseConsRecStorage();
 134   //
 135   delete[] fParamGrID;
 136   delete[] fProcPnt;
 137   delete[] fVecBLoc;
 138   delete[] fDiagCGlo;
 139   delete[] fVecBGlo;
 140   delete[] fInitPar;
 141   delete[] fDeltaPar;
 142   delete[] fSigmaPar;
 143   delete[] fGlo2CGlo;
 144   delete[] fCGlo2Glo;
 145   delete[] fIsLinear;
 146   delete[] fConstrUsed;
 147   delete[] fFillIndex;
 148   delete[] fFillValue;
 149   //
 150   delete fRecord;
 151   delete fMatCLoc;
 152   delete fMatCGlo;
 153   delete fMatCGloLoc;
 154   delete fRejRunList;
 155   delete fAccRunList;
 156 }
 157
 158 //_____________________________________________________________________________________________
 159 Int_t AliMillePede2::InitMille(int nGlo, int nLoc, int lNStdDev,double lResCut, double lResCutInit)
 160 {
 161   // init all
 162   if (nLoc>0)        fNLocPar = nLoc;
 163   if (nGlo>0)        fNGloPar = nGlo;
 164   if (lResCutInit>0) fResCutInit = lResCutInit;
 165   if (lResCut>0)     fResCut     = lResCut;
 166   if (lNStdDev>0)    fNStdDev    = lNStdDev;
 167   //
 168   fNGloSize = fNGloPar;
 169   //
 170   if (fgIsMatGloSparse) {fMatCGlo = new AliMatrixSparse(fNGloPar); fMatCGlo->SetSymmetric(kTRUE);}
 171   else                   fMatCGlo = new AliSymMatrix(fNGloPar);
 172   //
 173   fFillIndex    = new Int_t[fNGloPar];
 174   fFillValue    = new Double_t[fNGloPar];
 175   //
 176   fMatCLoc      = new AliSymMatrix(fNLocPar);
 177   fMatCGloLoc   = new AliRectMatrix(fNGloPar,fNLocPar);
 178   //
 179   fParamGrID    = new Int_t[fNGloPar];
 180   fProcPnt      = new Int_t[fNGloPar];
 181   fVecBLoc      = new Double_t[fNLocPar];
 182   fDiagCGlo     = new Double_t[fNGloPar];
 183   //
 184   fInitPar      = new Double_t[fNGloPar];
 185   fDeltaPar     = new Double_t[fNGloPar];
 186   fSigmaPar     = new Double_t[fNGloPar];
 187   fIsLinear     = new Bool_t[fNGloPar];
 188   //
 189   fGlo2CGlo     = new Int_t[fNGloPar];
 190   fCGlo2Glo     = new Int_t[fNGloPar];
 191   //
 192   memset(fVecBLoc   ,0,fNLocPar*sizeof(Double_t));
 193   memset(fDiagCGlo  ,0,fNGloPar*sizeof(Double_t));
 194   memset(fInitPar   ,0,fNGloPar*sizeof(Double_t));
 195   memset(fDeltaPar  ,0,fNGloPar*sizeof(Double_t));
 196   memset(fSigmaPar  ,0,fNGloPar*sizeof(Double_t));
 197   memset(fProcPnt   ,0,fNGloPar*sizeof(Int_t));
 198   //
 199   for (int i=fNGloPar;i--;) {
 200     fGlo2CGlo[i] = fCGlo2Glo[i] = -1;
 201     fIsLinear[i] = kTRUE;
 202     fParamGrID[i] = -1;
 203   }
 204   //
 205   return 1;
 206 }
 207
 208 //_____________________________________________________________________________________________
 209 Bool_t AliMillePede2::ImposeDataRecFile(const char* fname)
 210 {
 211   // set filename for records
 212   CloseDataRecStorage();
 213   SetDataRecFName(fname);
 214   return InitDataRecStorage(kTRUE); // open in read mode
 215 }
 216
 217 //_____________________________________________________________________________________________
 218 Bool_t AliMillePede2::ImposeConsRecFile(const char* fname)
 219 {
 220   // set filename for constraints
 221   CloseConsRecStorage();
 222   SetConsRecFName(fname);
 223   return InitConsRecStorage(kTRUE); // open in read mode
 224 }
 225
 226 //_____________________________________________________________________________________________
 227 Bool_t AliMillePede2::InitDataRecStorage(Bool_t read)
 228 {
 229   // initialize the buffer for processed measurements records
 230   //
 231   if (fTreeData) {AliInfo("Data Records File is already initialized"); return kFALSE;}
 232   //
 233   if (!fRecord) fRecord = new AliMillePedeRecord();
 234   //
 235   if (!read) { // write mode: cannot use chain
 236     fDataRecFile = TFile::Open(GetDataRecFName(),"recreate");
 237     if (!fDataRecFile) {AliFatal(Form("Failed to initialize data records file %s",GetDataRecFName())); return kFALSE;}
 238     AliInfo(Form("File %s used for derivatives records",GetDataRecFName()));
 239     fTreeData = new TTree("AliMillePedeRecords_Data","Data Records for AliMillePede2");
 240     fTreeData->Branch("Record_Data","AliMillePedeRecord",&fRecord,32000,99);
 241   }
 242   else { // use chain
 243     TChain* ch = new TChain("AliMillePedeRecords_Data");
 244     //
 245     if (fDataRecFName.EndsWith(".root")) ch->AddFile(fDataRecFName);
 246     else { // assume text file with list of filenames
 247       //
 248       ifstream inpf(fDataRecFName.Data());
 249       if (!inpf.good()) {AliInfo(Form("Failed on input records list %s\n",fDataRecFName.Data())); return kFALSE;}
 250       //
 251       TString recfName;
 252       while ( !(recfName.ReadLine(inpf)).eof() ) {
 253         recfName = recfName.Strip(TString::kBoth,' ');
 254         if (recfName.BeginsWith("//") || recfName.BeginsWith("#") || !recfName.EndsWith(".root")) {  // comment
 255           AliInfo(Form("Skip %s\n",recfName.Data()));
 256           continue;
 257         }
 258         //
 259         recfName = recfName.Strip(TString::kBoth,',');
 260         recfName = recfName.Strip(TString::kBoth,'"');
 261         gSystem->ExpandPathName(recfName);
 262         printf("Adding %s\n",recfName.Data());
 263         ch->AddFile(recfName.Data());
 264       }
 265     }
 266     //
 267     Long64_t nent = ch->GetEntries();
 268     if (nent<1) { AliInfo("Obtained chain is empty"); return kFALSE;}
 269     fTreeData = ch;
 270     fTreeData->SetBranchAddress("Record_Data",&fRecord);
 271     AliInfo(Form("Found %lld derivatives records",nent));
 272   }
 273   fCurrRecDataID = -1;
 274   fRecFileStatus = read ? 1:2;
 275   //
 276   return kTRUE;
 277 }
 278
 279 //_____________________________________________________________________________________________
 280 Bool_t AliMillePede2::InitConsRecStorage(Bool_t read)
 281 {
 282   // initialize the buffer for processed measurements records
 283   //
 284   if (fConsRecFile) {AliInfo("Constraints Records File is already initialized"); return kFALSE;}
 285   //
 286   if (!fRecord) fRecord = new AliMillePedeRecord();
 287   //
 288   fConsRecFile = TFile::Open(GetConsRecFName(),read ? "":"recreate");
 289   if (!fConsRecFile) {AliInfo(Form("Failed to initialize constraints records file %s",GetConsRecFName())); return kFALSE;}
 290   //
 291   AliInfo(Form("File %s used for constraints records",GetConsRecFName()));
 292   if (read) {
 293     fTreeConstr = (TTree*)fConsRecFile->Get("AliMillePedeRecords_Constraints");
 294     if (!fTreeConstr) {AliInfo(Form("Did not find constraints records tree in %s",GetConsRecFName())); return kFALSE;}
 295     fTreeConstr->SetBranchAddress("Record_Constraints",&fRecord);
 296     AliInfo(Form("Found %lld constraints records",fTreeConstr->GetEntries()));
 297     //
 298   }
 299   else {
 300     //
 301     fTreeConstr = new TTree("AliMillePedeRecords_Constraints","Constraints Records for AliMillePede2");
 302     fTreeConstr->Branch("Record_Constraints","AliMillePedeRecord",&fRecord,32000,99);
 303   }
 304   fCurrRecConstrID = -1;
 305   //
 306   return kTRUE;
 307 }
 308
 309 //_____________________________________________________________________________________________
 310 void AliMillePede2::CloseDataRecStorage()
 311 {
 312   // close records file
 313   if (fTreeData) {
 314     if (fDataRecFile && fDataRecFile->IsWritable()) {
 315       fDataRecFile->cd();
 316       fTreeData->Write();
 317     }
 318     delete fTreeData;
 319     fTreeData = 0;
 320     if (fDataRecFile) {
 321       fDataRecFile->Close();
 322       delete fDataRecFile;
 323       fDataRecFile = 0;
 324     }
 325   }
 326   fRecFileStatus = 0;
 327   //
 328 }
 329
 330 //_____________________________________________________________________________________________
 331 void AliMillePede2::CloseConsRecStorage()
 332 {
 333   // close constraints file
 334   if (fTreeConstr) {
 335     if (fConsRecFile->IsWritable()) {
 336       fConsRecFile->cd();
 337       fTreeConstr->Write();
 338     }
 339     delete fTreeConstr;
 340     fTreeConstr = 0;
 341     fConsRecFile->Close();
 342     delete fConsRecFile;
 343     fConsRecFile = 0;
 344   }
 345   //
 346 }
 347
 348 //_____________________________________________________________________________________________
 349 Bool_t AliMillePede2::ReadNextRecordData()
 350 {
 351   // read next data record (if any)
 352   if (!fTreeData || ++fCurrRecDataID >= fTreeData->GetEntries()) { fCurrRecDataID--; return kFALSE;}
 353   fTreeData->GetEntry(fCurrRecDataID);
 354   return kTRUE;
 355 }
 356
 357 //_____________________________________________________________________________________________
 358 Bool_t AliMillePede2::ReadNextRecordConstraint()
 359 {
 360   // read next constraint record (if any)
 361   if (!fTreeConstr || ++fCurrRecConstrID >= fTreeConstr->GetEntries()) { fCurrRecConstrID--; return kFALSE;}
 362   fTreeConstr->GetEntry(fCurrRecConstrID);
 363   return kTRUE;
 364 }
 365
 366 //_____________________________________________________________________________________________
 367 void AliMillePede2::SetRecordWeight(double wgh)
 368 {
 369   // assign weight
 370   if (fRecFileStatus<2) InitDataRecStorage(); // create a buffer to store the data
 371   fRecord->SetWeight(wgh);
 372 }
 373
 374 //_____________________________________________________________________________________________
 375 void AliMillePede2::SetRecordRun(Int_t run)
 376 {
 377   // assign run
 378   if (fRecFileStatus<2) InitDataRecStorage(); // create a buffer to store the data
 379   fRecord->SetRunID(run);
 380 }
 381
 382 //_____________________________________________________________________________________________
 383 void AliMillePede2::SetLocalEquation(double *dergb, double *derlc, double lMeas, double lSigma)
 384 {
 385   // assing derivs of loc.eq.
 386   if (fRecFileStatus<2) InitDataRecStorage(); // create a buffer to store the data
 387   //
 388   // write data of single measurement
 389   if (lSigma<=0.0) { // If parameter is fixed, then no equation
 390     for (int i=fNLocPar; i--;) derlc[i] = 0.0;
 391     for (int i=fNGloPar; i--;) dergb[i] = 0.0;
 392     return;
 393   }
 394   //
 395   fRecord->AddResidual(lMeas);
 396   //
 397   // Retrieve local param interesting indices
 398   for (int i=0;i<fNLocPar;i++) if (!IsZero(derlc[i])) {fRecord->AddIndexValue(i,derlc[i]); derlc[i] = 0.0;}
 399   //
 400   fRecord->AddWeight( 1.0/lSigma/lSigma );
 401   //
 402   // Idem for global parameters
 403   for (int i=0;i<fNGloPar;i++) if (!IsZero(dergb[i])) {
 404     fRecord->AddIndexValue(i,dergb[i]); dergb[i] = 0.0;
 405     fRecord->MarkGroup(fParamGrID[i]);
 406   }
 407   //
 408 }
 409
 410 //_____________________________________________________________________________________________
 411 void AliMillePede2::SetLocalEquation(int *indgb, double *dergb, int ngb, int *indlc,
 412                                      double *derlc,int nlc,double lMeas,double lSigma)
 413 {
 414   // write data of single measurement
 415   if (lSigma<=0.0) { // If parameter is fixed, then no equation
 416     for (int i=nlc;i--;)  derlc[i] = 0.0;
 417     for (int i=ngb;i--;)  dergb[i] = 0.0;
 418     return;
 419   }
 420   //
 421   if (fRecFileStatus<2) InitDataRecStorage(); // create a buffer to store the data
 422   //
 423   fRecord->AddResidual(lMeas);
 424   //
 425   // Retrieve local param interesting indices
 426   for (int i=0;i<nlc;i++) if (!IsZero(derlc[i])) {fRecord->AddIndexValue(indlc[i],derlc[i]); derlc[i]=0.; indlc[i]=0;}
 427   //
 428   fRecord->AddWeight( 1./lSigma/lSigma );
 429   //
 430   // Idem for global parameters
 431   for (int i=0;i<ngb;i++) if (!IsZero(dergb[i])) {fRecord->AddIndexValue(indgb[i],dergb[i]); dergb[i]=0.; indgb[i]=0;}
 432   //
 433 }
 434
 435
 436 //_____________________________________________________________________________________________
 437 void AliMillePede2::SetGlobalConstraint(const double *dergb, double val, double sigma)
 438 {
 439   // Define a constraint equation.
 440   if (!fConsRecFile || !fConsRecFile->IsWritable()) InitConsRecStorage(); // create a buffer to store the data
 441   //
 442   fRecord->Reset();
 443   fRecord->AddResidual(val);
 444   fRecord->AddWeight(sigma);
 445   for (int i=0; i<fNGloPar; i++) if (!IsZero(dergb[i]))  fRecord->AddIndexValue(i,dergb[i]);
 446   fNGloConstraints++;
 447   if (IsZero(sigma)) fNLagrangeConstraints++;
 448   //  printf("NewConstraint:\n"); fRecord->Print(); //RRR
 449   SaveRecordConstraint();
 450   //
 451 }
 452
 453 //_____________________________________________________________________________________________
 454 void AliMillePede2::SetGlobalConstraint(const int *indgb, const double *dergb, int ngb, double val,double sigma)
 455 {
 456   // Define a constraint equation.
 457   if (!fConsRecFile || !fConsRecFile->IsWritable()) InitConsRecStorage(); // create a buffer to store the data
 458   fRecord->Reset();
 459   fRecord->AddResidual(val);
 460   fRecord->AddWeight(sigma);   // dummy
 461   for (int i=0; i<ngb; i++) if (!IsZero(dergb[i]))  fRecord->AddIndexValue(indgb[i],dergb[i]);
 462   fNGloConstraints++;
 463   if (IsZero(sigma)) fNLagrangeConstraints++;
 464   SaveRecordConstraint();
 465   //
 466 }
 467
 468 //_____________________________________________________________________________________________
 469 Int_t AliMillePede2::LocalFit(double *localParams)
 470 {
 471   /*
 472     Perform local parameters fit once all the local equations have been set
 473     -----------------------------------------------------------
 474     localParams = (if !=0) will contain the fitted track parameters and
 475     related errors
 476   */
 477   static int     nrefSize = 0;
 478   //  static TArrayI refLoc,refGlo,nrefLoc,nrefGlo;
 479   static Int_t  *refLoc=0,*refGlo=0,*nrefLoc=0,*nrefGlo=0;
 480   int nPoints = 0;
 481   //
 482   AliSymMatrix    &matCLoc    = *fMatCLoc;
 483   AliMatrixSq     &matCGlo    = *fMatCGlo;
 484   AliRectMatrix   &matCGloLoc = *fMatCGloLoc;
 485   //
 486   memset(fVecBLoc,0,fNLocPar*sizeof(double));
 487   matCLoc.Reset();
 488   //
 489   int cnt=0;
 490   int recSz = fRecord->GetSize();
 491   //
 492   while(cnt<recSz) {  // Transfer the measurement records to matrices
 493     //
 494     // extract addresses of residual, weight and pointers on local and global derivatives for each point
 495     if (nrefSize<=nPoints) {
 496       int *tmpA = 0;
 497       nrefSize = 2*(nPoints+1);
 498       tmpA = refLoc;  refLoc  = new Int_t[nrefSize]; if (tmpA) memcpy(refLoc,tmpA,nPoints*sizeof(int));
 499       tmpA = refGlo;  refGlo  = new Int_t[nrefSize]; if (tmpA) memcpy(refGlo,tmpA,nPoints*sizeof(int));
 500       tmpA = nrefLoc; nrefLoc = new Int_t[nrefSize]; if (tmpA) memcpy(nrefLoc,tmpA,nPoints*sizeof(int));
 501       tmpA = nrefGlo; nrefGlo = new Int_t[nrefSize]; if (tmpA) memcpy(nrefGlo,tmpA,nPoints*sizeof(int));
 502     }
 503     //
 504     refLoc[nPoints]  = ++cnt;
 505     int nLoc = 0;
 506     while(!fRecord->IsWeight(cnt)) {nLoc++; cnt++;}
 507     nrefLoc[nPoints] = nLoc;
 508     //
 509     refGlo[nPoints]  = ++cnt;
 510     int nGlo = 0;
 511     while(!fRecord->IsResidual(cnt) && cnt<recSz) {nGlo++; cnt++;}
 512     nrefGlo[nPoints] = nGlo;
 513     //
 514     nPoints++;
 515   }
 516   double vl;
 517   //
 518   double gloWgh = fRecord->GetWeight(); // global weight for this set
 519   Int_t maxLocUsed = 0;
 520   //
 521   for (int ip=nPoints;ip--;) {  // Transfer the measurement records to matrices
 522     double  resid  = fRecord->GetValue( refLoc[ip]-1 );
 523     double  weight = fRecord->GetValue( refGlo[ip]-1 )*gloWgh;
 524     double *derLoc = fRecord->GetValue()+refLoc[ip];
 525     double *derGlo = fRecord->GetValue()+refGlo[ip];
 526     int    *indLoc = fRecord->GetIndex()+refLoc[ip];
 527     int    *indGlo = fRecord->GetIndex()+refGlo[ip];
 528     //
 529     for (int i=nrefGlo[ip];i--;) {      // suppress the global part (only relevant with iterations)
 530       int iID = indGlo[i];              // Global param indice
 531       if (fSigmaPar[iID]<=0.) continue;                                    // fixed parameter RRRCheck
 532       if (fIsLinear[iID]) resid -= derGlo[i]*(fInitPar[iID]+fDeltaPar[iID]);  // linear parameter
 533       else                resid -= derGlo[i]*fDeltaPar[iID];                  // nonlinear parameter
 534     }
 535     //
 536     // Symmetric matrix, don't bother j>i coeffs
 537     for (int i=nrefLoc[ip];i--;) {         // Fill local matrix and vector
 538       fVecBLoc[ indLoc[i] ] += weight*resid*derLoc[i];
 539       if (indLoc[i]>maxLocUsed) maxLocUsed = indLoc[i];
 540       for (int j=i+1;j--;) matCLoc(indLoc[i] ,indLoc[j]) += weight*derLoc[i]*derLoc[j];
 541     }
 542     //
 543   } // end of the transfer of the measurement record to matrices
 544   //
 545   matCLoc.SetSizeUsed(++maxLocUsed);   // data with B=0 may use less than declared nLocals
 546   //
 547   /* //RRR
 548   fRecord->Print("l");
 549   printf("\nBefore\nLocalMatrix: "); matCLoc.Print("l");
 550   printf("RHSLoc: "); for (int i=0;i<fNLocPar;i++) printf("%+e |",fVecBLoc[i]); printf("\n");
 551   */
 552   // first try to solve by faster Cholesky decomposition, then by Gaussian elimination
 553   if (!matCLoc.SolveChol(fVecBLoc,kTRUE)) {
 554     AliInfo("Failed to solve locals by Cholesky, trying Gaussian Elimination");
 555     if (!matCLoc.SolveSpmInv(fVecBLoc,kTRUE)) {
 556       AliInfo("Failed to solve locals by Gaussian Elimination, skip...");
 557       matCLoc.Print("d");
 558       return 0; // failed to solve
 559     }
 560   }
 561   //
 562   // If requested, store the track params and errors
 563   //RRR  printf("locfit: "); for (int i=0;i<fNLocPar;i++) printf("%+e |",fVecBLoc[i]); printf("\n");
 564
 565   if (localParams) for (int i=maxLocUsed; i--;) {
 566       localParams[2*i]   = fVecBLoc[i];
 567       localParams[2*i+1] = TMath::Sqrt(TMath::Abs(matCLoc.QueryDiag(i)));
 568     }
 569   //
 570   float lChi2 = 0;
 571   int   nEq   = 0;
 572   //
 573   for (int ip=nPoints;ip--;) {  // Calculate residuals
 574     double  resid  = fRecord->GetValue( refLoc[ip]-1 );
 575     double  weight = fRecord->GetValue( refGlo[ip]-1 )*gloWgh;
 576     double *derLoc = fRecord->GetValue()+refLoc[ip];
 577     double *derGlo = fRecord->GetValue()+refGlo[ip];
 578     int    *indLoc = fRecord->GetIndex()+refLoc[ip];
 579     int    *indGlo = fRecord->GetIndex()+refGlo[ip];
 580     //
 581     // Suppress local and global contribution in residuals;
 582     for (int i=nrefLoc[ip];i--;) resid -= derLoc[i]*fVecBLoc[ indLoc[i] ];     // local part
 583     //
 584     for (int i=nrefGlo[ip];i--;) {                                             // global part
 585       int iID = indGlo[i];
 586       if ( fSigmaPar[iID] <= 0.) continue;                                     // fixed parameter RRRCheck
 587       if (fIsLinear[iID]) resid -= derGlo[i]*(fInitPar[iID]+fDeltaPar[iID]);   // linear parameter
 588       else                resid -= derGlo[i]*fDeltaPar[iID];                   // nonlinear parameter
 589     }
 590     //
 591     // reject the track if the residual is too large (outlier)
 592     double absres = TMath::Abs(resid);
 593     if ( (absres >= fResCutInit && fIter ==1 ) ||
 594          (absres >= fResCut     && fIter > 1)) {
 595       if (fLocFitAdd) fNLocFitsRejected++;
 596       //      printf("reject res %5ld %+e\n",fCurrRecDataID,resid);
 597       return 0;
 598     }
 599     //
 600     lChi2 += weight*resid*resid ; // total chi^2
 601     nEq++;                        // number of equations
 602   } // end of Calculate residuals
 603   //
 604   lChi2 /= gloWgh;
 605   int nDoF = nEq-maxLocUsed;
 606   lChi2 = (nDoF>0) ? lChi2/nDoF : 0;  // Chi^2/dof
 607   //
 608   if (fNStdDev != 0 && nDoF>0 && lChi2 > Chi2DoFLim(fNStdDev,nDoF)*fChi2CutFactor) { // check final chi2
 609     if (fLocFitAdd) fNLocFitsRejected++;
 610     //    printf("reject chi2 %5ld: %+e\n",fCurrRecDataID, lChi2);
 611     return 0;
 612   }
 613   //
 614   if (fLocFitAdd) {
 615     fNLocFits++;
 616     fNLocEquations += nEq;
 617   }
 618   else {
 619     fNLocFits--;
 620     fNLocEquations -= nEq;
 621   }
 622   //
 623   //  local operations are finished, track is accepted
 624   //  We now update the global parameters (other matrices)
 625   //
 626   int nGloInFit = 0;
 627   //
 628   for (int ip=nPoints;ip--;) {  // Update matrices
 629     double  resid  = fRecord->GetValue( refLoc[ip]-1 );
 630     double  weight = fRecord->GetValue( refGlo[ip]-1 )*gloWgh;
 631     double *derLoc = fRecord->GetValue()+refLoc[ip];
 632     double *derGlo = fRecord->GetValue()+refGlo[ip];
 633     int    *indLoc = fRecord->GetIndex()+refLoc[ip];
 634     int    *indGlo = fRecord->GetIndex()+refGlo[ip];
 635     //
 636     for (int i=nrefGlo[ip];i--;) {    // suppress the global part
 637       int iID = indGlo[i];           // Global param indice
 638       if ( fSigmaPar[iID] <= 0.) continue;                                         // fixed parameter RRRCheck
 639       if (fIsLinear[iID])  resid -= derGlo[i]*(fInitPar[iID]+fDeltaPar[iID]);      // linear parameter
 640       else                 resid -= derGlo[i]*fDeltaPar[iID];                      // nonlinear parameter
 641     }
 642     //
 643     for (int ig=nrefGlo[ip];ig--;) {
 644       int iIDg = indGlo[ig];   // Global param indice (the matrix line)
 645       if ( fSigmaPar[iIDg] <= 0.) continue;                                    // fixed parameter RRRCheck
 646       if (fLocFitAdd) fVecBGlo[ iIDg ] += weight*resid*derGlo[ig]; //!!!
 647       else            fVecBGlo[ iIDg ] -= weight*resid*derGlo[ig]; //!!!
 648       //
 649       // First of all, the global/global terms (exactly like local matrix)
 650       int nfill = 0;
 651       for (int jg=ig+1;jg--;) { // matCGlo is symmetric by construction
 652         int jIDg = indGlo[jg];
 653         if ( fSigmaPar[jIDg] <= 0.) continue;                                    // fixed parameter RRRCheck
 654         if ( !IsZero(vl = weight*derGlo[ig]*derGlo[jg]) ) {
 655           fFillIndex[nfill]   = jIDg;
 656           fFillValue[nfill++] = fLocFitAdd ? vl:-vl;
 657         }
 658       }
 659       if (nfill) matCGlo.AddToRow(iIDg,fFillValue,fFillIndex,nfill);
 660       //
 661       // Now we have also rectangular matrices containing global/local terms.
 662       int iCIDg = fGlo2CGlo[iIDg];  // compressed Index of index
 663       if (iCIDg == -1) {
 664         Double_t *rowGL = matCGloLoc(nGloInFit);
 665         for (int k=maxLocUsed;k--;) rowGL[k] = 0.0;  // reset the row
 666         iCIDg = fGlo2CGlo[iIDg] = nGloInFit;
 667         fCGlo2Glo[nGloInFit++] = iIDg;
 668       }
 669       //
 670       Double_t *rowGLIDg = matCGloLoc(iCIDg);
 671       for (int il=nrefLoc[ip];il--;) rowGLIDg[ indLoc[il] ] += weight*derGlo[ig]*derLoc[il];
 672       fProcPnt[iIDg] += fLocFitAdd ? 1:-1;       // update counter
 673       //
 674     }
 675   } // end of Update matrices
 676   //
 677   /*//RRR
 678   printf("After GLO\n");
 679   printf("MatCLoc: "); fMatCLoc->Print("l");
 680   printf("MatCGlo: "); fMatCGlo->Print("l");
 681   printf("MatCGlLc:"); fMatCGloLoc->Print("l");
 682   printf("BGlo: "); for (int i=0; i<fNGloPar; i++) printf("%+e |",fVecBGlo[i]); printf("\n");
 683   */
 684   // calculate fMatCGlo -= fMatCGloLoc * fMatCLoc * fMatCGloLoc^T
 685   // and       fVecBGlo -= fMatCGloLoc * fVecBLoc
 686   //
 687   //-------------------------------------------------------------- >>>
 688   double vll;
 689   for (int iCIDg=0; iCIDg<nGloInFit; iCIDg++) {
 690     int iIDg = fCGlo2Glo[iCIDg];
 691     //
 692     vl = 0;
 693     Double_t *rowGLIDg =  matCGloLoc(iCIDg);
 694     for (int kl=0;kl<maxLocUsed;kl++) if (rowGLIDg[kl]) vl += rowGLIDg[kl]*fVecBLoc[kl];
 695     if  (!IsZero(vl)) fVecBGlo[iIDg] -= fLocFitAdd ? vl : -vl;
 696     //
 697     int nfill = 0;
 698     for (int jCIDg=0;jCIDg<=iCIDg; jCIDg++) {
 699       int jIDg = fCGlo2Glo[jCIDg];
 700       //
 701       vl = 0;
 702       Double_t *rowGLJDg =  matCGloLoc(jCIDg);
 703       for (int kl=0;kl<maxLocUsed;kl++) {
 704         // diag terms
 705         if ( (!IsZero(vll=rowGLIDg[kl]*rowGLJDg[kl])) ) vl += matCLoc.QueryDiag(kl)*vll;
 706         //
 707         // off-diag terms
 708         for (int ll=0;ll<kl;ll++) {
 709           if ( !IsZero(vll=rowGLIDg[kl]*rowGLJDg[ll]) ) vl += matCLoc(kl,ll)*vll;
 710           if ( !IsZero(vll=rowGLIDg[ll]*rowGLJDg[kl]) ) vl += matCLoc(kl,ll)*vll;
 711         }
 712       }
 713       if (!IsZero(vl)) {
 714         fFillIndex[nfill]   = jIDg;
 715         fFillValue[nfill++] = fLocFitAdd ? -vl : vl;
 716       }
 717     }
 718     if (nfill)  matCGlo.AddToRow(iIDg,fFillValue,fFillIndex,nfill);
 719   }
 720   //
 721   // reset compressed index array
 722   //
 723   /*//RRR
 724   printf("After GLOLoc\n");
 725   printf("MatCGlo: "); fMatCGlo->Print("");
 726   printf("BGlo: "); for (int i=0; i<fNGloPar; i++) printf("%+e |",fVecBGlo[i]); printf("\n");
 727   */
 728   for (int i=nGloInFit;i--;) {
 729     fGlo2CGlo[ fCGlo2Glo[i] ] = -1;
 730     fCGlo2Glo[i] = -1;
 731   }
 732   //
 733   //---------------------------------------------------- <<<
 734   return 1;
 735 }
 736
 737 //_____________________________________________________________________________________________
 738 Int_t AliMillePede2::GlobalFit(Double_t *par, Double_t *error, Double_t *pull)
 739 {
 740   // performs a requested number of global iterations
 741   fIter = 1;
 742   //
 743   TStopwatch sw; sw.Start();
 744   //
 745   int res = 0;
 746   AliInfo("Starting Global fit.");
 747   while (fIter<=fMaxIter) {
 748     //
 749     res = GlobalFitIteration();
 750     if (!res) break;
 751     //
 752     if (!IsZero(fChi2CutFactor-fChi2CutRef)) {
 753       fChi2CutFactor = TMath::Sqrt(fChi2CutFactor);
 754       if (fChi2CutFactor < 1.2*fChi2CutRef) {
 755         fChi2CutFactor = fChi2CutRef;
 756         //RRR   fIter = fMaxIter - 1;     // Last iteration
 757       }
 758     }
 759     fIter++;
 760   }
 761   //
 762   sw.Stop();
 763   AliInfo(Form("Global fit %s, CPU time: %.1f",res ? "Converged":"Failed",sw.CpuTime()));
 764   if (!res) return 0;
 765   //
 766   if (par) for (int i=fNGloPar;i--;) par[i] = fInitPar[i]+fDeltaPar[i];
 767   //
 768   if (fGloSolveStatus==kInvert) { // errors on params are available
 769     if (error) for (int i=fNGloPar;i--;) error[i] = fProcPnt[i]>0 ? TMath::Sqrt(TMath::Abs(fMatCGlo->QueryDiag(i))) : 0.;
 770     if (pull)  for (int i=fNGloPar;i--;) pull[i]  = fProcPnt[i]>0 && (fSigmaPar[i]*fSigmaPar[i]-fMatCGlo->QueryDiag(i))>0. && fSigmaPar[i]>0
 771                                            ? fDeltaPar[i]/TMath::Sqrt(fSigmaPar[i]*fSigmaPar[i]-fMatCGlo->QueryDiag(i)) : 0;
 772   }
 773   //
 774   return 1;
 775 }
 776
 777 //_____________________________________________________________________________________________
 778 Int_t AliMillePede2::GlobalFitIteration()
 779 {
 780   // perform global parameters fit once all the local equations have been fitted
 781   //
 782   AliInfo(Form("Global Fit Iteration#%2d (Local Fit Chi^2 cut factor: %.2f)",fIter,fChi2CutFactor));
 783   //
 784   if (!fNGloPar || !fTreeData) {
 785     AliInfo("No data was stored, stopping iteration");
 786     return 0;
 787   }
 788   TStopwatch sw,sws;
 789   sw.Start();
 790   sws.Stop();
 791   //
 792   if (!fConstrUsed) {
 793     fConstrUsed = new Bool_t[fNGloConstraints];
 794     memset(fConstrUsed,0,fNGloConstraints*sizeof(Bool_t));
 795   }
 796   // Reset all info specific for this step
 797   AliMatrixSq& matCGlo = *fMatCGlo;
 798   matCGlo.Reset();
 799   memset(fProcPnt,0,fNGloPar*sizeof(Int_t));
 800   //
 801   fNGloConstraints = fTreeConstr ? fTreeConstr->GetEntries() : 0;
 802   //
 803   // count number of Lagrange constraints: they need new row/cols to be added
 804   fNLagrangeConstraints = 0;
 805   for (int i=0; i<fNGloConstraints; i++) {
 806     ReadRecordConstraint(i);
 807     if ( IsZero(fRecord->GetValue(1)) ) fNLagrangeConstraints++; // exact constraint (no error) -> Lagrange multiplier
 808   }
 809   //
 810   // if needed, readjust the size of the global vector (for matrices this is done automatically)
 811   if (!fVecBGlo || fNGloSize!=fNGloPar+fNLagrangeConstraints) {
 812     delete[] fVecBGlo;   // in case some constraint was added between the two manual iterations
 813     fNGloSize = fNGloPar+fNLagrangeConstraints;
 814     fVecBGlo = new Double_t[fNGloSize];
 815   }
 816   memset(fVecBGlo,0,fNGloSize*sizeof(double));
 817   //
 818   fNLocFits         = 0;
 819   fNLocFitsRejected = 0;
 820   fNLocEquations    = 0;
 821   //
 822   //  Process data records and build the matrices
 823   Long_t ndr = fTreeData->GetEntries();
 824   Long_t first = fSelFirst>0  ? fSelFirst : 0;
 825   Long_t last  = fSelLast<1   ? ndr : (fSelLast>=ndr ? ndr : fSelLast+Long_t(1));
 826   ndr = last - first;
 827   //
 828   AliInfo(Form("Building the Global matrix from data records %ld : %ld",first,last));
 829   if (ndr<1) return 0;
 830   //
 831   TStopwatch swt; swt.Start();
 832   fLocFitAdd = kTRUE;  // add contributions of matching tracks
 833   for (Long_t i=0;i<ndr;i++) {
 834     Long_t iev = i+first;
 835     ReadRecordData(iev);
 836     if (!IsRecordAcceptable()) continue;
 837     LocalFit();
 838     if ( (i%int(0.2*ndr)) == 0) printf("%.1f%% of local fits done\n", double(100.*i)/ndr);
 839   }
 840   swt.Stop();
 841   printf("%ld local fits done: ", ndr);
 842   /*
 843   printf("MatCGlo: "); fMatCGlo->Print("l");
 844   printf("BGlo: "); for (int i=0; i<fNGloPar; i++) printf("%+e |",fVecBGlo[i]); printf("\n");
 845   swt.Print();
 846   */
 847   sw.Start(kFALSE);
 848   //
 849   //
 850   // ---------------------- Reject parameters with low statistics ------------>>
 851   fNGloFix = 0;
 852   if (fMinPntValid>1 && fNGroupsSet) {
 853     //
 854     printf("Checking parameters with statistics < %d\n",fMinPntValid);
 855     TStopwatch swsup;
 856     swsup.Start();
 857     // 1) build the list of parameters to fix
 858     Int_t fixArrSize = 10;
 859     Int_t nFixedGroups = 0;
 860     TArrayI fixGroups(fixArrSize);
 861     //
 862     int grIDold = -2;
 863     int oldStart = -1;
 864     double oldMin = 1.e20;
 865     double oldMax =-1.e20;
 866     //
 867     for (int i=fNGloPar;i--;) { // // Reset row and column of fixed params and add 1/sig^2 to free ones
 868       int grID = fParamGrID[i];
 869       if (grID<0) continue; // not in the group
 870       //
 871       if (grID!=grIDold) { // starting new group
 872         if (grIDold>=0) { // decide if the group has enough statistics
 873           if (oldMin<fMinPntValid && oldMax<2*fMinPntValid) { // suppress group
 874             for (int iold=oldStart;iold>i;iold--) fProcPnt[iold] = 0;
 875             Bool_t fnd = kFALSE;    // check if the group is already accounted
 876             for (int j=nFixedGroups;j--;) if (fixGroups[j]==grIDold) {fnd=kTRUE; break;}
 877             if (!fnd) {
 878               if (nFixedGroups>=fixArrSize) {fixArrSize*=2; fixGroups.Set(fixArrSize);}
 879               fixGroups[nFixedGroups++] = grIDold; // add group to fix
 880             }
 881           }
 882         }
 883         grIDold = grID; // mark the start of the new group
 884         oldStart = i;
 885         oldMin =  1.e20;
 886         oldMax = -1.e20;
 887       }
 888       if (oldMin>fProcPnt[i]) oldMin = fProcPnt[i];
 889       if (oldMax<fProcPnt[i]) oldMax = fProcPnt[i];
 890       //
 891     }
 892     // extra check for the last group
 893     if (grIDold>=0 && oldMin<fMinPntValid && oldMax<2*fMinPntValid) { // suppress group
 894       for (int iold=oldStart;iold--;) fProcPnt[iold] = 0;
 895       Bool_t fnd = kFALSE;    // check if the group is already accounted
 896       for (int j=nFixedGroups;j--;) if (fixGroups[j]==grIDold) {fnd=kTRUE; break;}
 897       if (!fnd) {
 898         if (nFixedGroups>=fixArrSize) {fixArrSize*=2; fixGroups.Set(fixArrSize);}
 899         fixGroups[nFixedGroups++] = grIDold; // add group to fix
 900       }
 901     }
 902     //
 903     // 2) loop over records and add contributions of fixed groups with negative sign
 904     fLocFitAdd = kFALSE;
 905     //
 906     for (Long_t i=0;i<ndr;i++) {
 907       Long_t iev = i+first;
 908       ReadRecordData(iev);
 909       if (!IsRecordAcceptable()) continue;
 910       Bool_t suppr = kFALSE;
 911       for (int ifx=nFixedGroups;ifx--;)if (fRecord->IsGroupPresent(fixGroups[ifx])) suppr = kTRUE;
 912       if (suppr) LocalFit();
 913     }
 914     fLocFitAdd = kTRUE;
 915     //
 916     if (nFixedGroups) {
 917       printf("Suppressed contributions of groups with NPoints<%d :\n",fMinPntValid);
 918       for (int i=0;i<nFixedGroups;i++) printf("%d ",fixGroups[i]); printf("\n");
 919     }
 920     swsup.Stop();
 921     swsup.Print();
 922   }
 923   // ---------------------- Reject parameters with low statistics ------------<<
 924   //
 925   // add large number to diagonal of fixed params
 926   //
 927   for (int i=fNGloPar;i--;) { // // Reset row and column of fixed params and add 1/sig^2 to free ones
 928     //    printf("#%3d : Nproc : %5d   grp: %d\n",i,fProcPnt[i],fParamGrID[i]);
 929     if (fProcPnt[i]<1) {
 930       fNGloFix++;
 931       fVecBGlo[i] = 0.;
 932       matCGlo.DiagElem(i) = 1.;//float(fNLocEquations*fNLocEquations);
 933       //      matCGlo.DiagElem(i) = float(fNLocEquations*fNLocEquations);
 934     }
 935     else matCGlo.DiagElem(i) += (fgWeightSigma ? fProcPnt[i] : 1.)/(fSigmaPar[i]*fSigmaPar[i]);
 936   }
 937   //
 938   for (int i=fNGloPar;i--;) fDiagCGlo[i] = matCGlo.QueryDiag(i); // save the diagonal elements
 939   //
 940   // add constraint equations
 941   int nVar = fNGloPar;                    // Current size of global matrix
 942   for (int i=0; i<fNGloConstraints; i++) {
 943     ReadRecordConstraint(i);
 944     double val   = fRecord->GetValue(0);
 945     double sig   = fRecord->GetValue(1);
 946     int    *indV = fRecord->GetIndex()+2;
 947     double *der  = fRecord->GetValue()+2;
 948     int    csize = fRecord->GetSize()-2;
 949     //
 950     // check if after suppression of fixed variables there are non-0 derivatives
 951     // and determine the max statistics of involved params
 952     int nSuppressed = 0;
 953     int maxStat = 1;
 954     for (int j=csize;j--;) {
 955       if (fProcPnt[indV[j]]<1) nSuppressed++;
 956       else {
 957         maxStat = TMath::Max(maxStat,fProcPnt[indV[j]]);
 958       }
 959     }
 960     //
 961     if (nSuppressed==csize) {
 962       //      AliInfo(Form("Neglecting constraint %d of %d derivatives since no free parameters left",i,csize));
 963       //
 964       // was this constraint ever created ?
 965       if ( sig==0 && fConstrUsed[i] ) { // this is needed only for constraints with Lagrange multiplier
 966         // to avoid empty row impose dummy constraint on "Lagrange multiplier"
 967         matCGlo.DiagElem(nVar) = 1.;
 968         fVecBGlo[nVar++] = 0;
 969       }
 970       continue;
 971     }
 972     //
 973     // account for already accumulated corrections
 974     for (int j=csize; j--;) val -= der[j]*(fInitPar[ indV[j] ]+fDeltaPar[ indV[j] ]);
 975     //
 976     if (sig > 0) {  // this is a gaussian constriant: no Lagrange multipliers are added
 977       //
 978       double sig2i = (fgWeightSigma ? TMath::Sqrt(maxStat) : 1.)/sig/sig;
 979       for (int ir=0;ir<csize;ir++) {
 980         int iID = indV[ir];
 981         for (int ic=0;ic<=ir;ic++) { // matrix is symmetric
 982           int jID = indV[ic];
 983           double vl = der[ir]*der[ic]*sig2i;
 984           if (!IsZero(vl)) matCGlo(iID,jID) += vl;
 985         }
 986         fVecBGlo[iID] += val*der[ir]*sig2i;
 987       }
 988     }
 989     else {   // this is exact constriant:  Lagrange multipliers must be added
 990       for (int j=csize; j--;) {
 991         int jID = indV[j];
 992         if (fProcPnt[jID]<1) continue;                      // this parameter was fixed, don't put it into constraint
 993         matCGlo(nVar,jID) = float(fNLocEquations)*der[j];   // fMatCGlo is symmetric, only lower triangle is filled
 994       }
 995       //
 996       if (matCGlo.QueryDiag(nVar)) matCGlo.DiagElem(nVar) = 0.0;
 997       fVecBGlo[nVar++] = float(fNLocEquations)*val; //RS ? should we use here fNLocFits ?
 998       fConstrUsed[i] = kTRUE;
 999     }
1000   }
1001   //
1002   AliInfo(Form("Obtained %-7ld equations from %-7ld records (%-7ld rejected). Fixed %-4d globals",
1003                fNLocEquations,fNLocFits,fNLocFitsRejected,fNGloFix));
1004
1005   //
1006   sws.Start();
1007
1008   /*
1009   printf("Solving:\n");
1010   matCGlo.Print();
1011   for (int i=0;i<fNGloSize;i++) printf("b%2d : %+e\n",i,fVecBGlo[i]);
1012   */
1013   fGloSolveStatus = SolveGlobalMatEq();                     // obtain solution for this step
1014   sws.Stop();
1015   printf("Solve %d |",fIter); sws.Print();
1016   //
1017   sw.Stop();
1018   AliInfo(Form("Iteration#%2d %s. CPU time: %.1f",fIter,fGloSolveStatus==kFailed ? "Failed":"Converged",sw.CpuTime()));
1019   if (fGloSolveStatus==kFailed) return 0;
1020   //
1021   for (int i=fNGloPar;i--;) fDeltaPar[i] += fVecBGlo[i];    // Update global parameters values (for iterations)
1022   //
1023   //  PrintGlobalParameters();
1024   return 1;
1025 }
1026
1027 //_____________________________________________________________________________________________
1028 Int_t AliMillePede2::SolveGlobalMatEq()
1029 {
1030   //
1031   // solve global matrix equation MatCGlob*X=VecBGlo and store the result in the VecBGlo
1032   //
1033   /*
1034   printf("GlobalMatrix\n");
1035   fMatCGlo->Print();
1036   printf("RHS\n");
1037   for (int i=0;i<fNGloPar;i++) printf("%d %+e\n",i,fVecBGlo[i]);
1038   */
1039   //
1040   if (!fgIsMatGloSparse) {
1041     //
1042     if (fNLagrangeConstraints==0) { // pos-def systems are faster to solve by Cholesky
1043       if ( ((AliSymMatrix*)fMatCGlo)->SolveChol(fVecBGlo, fgInvChol) ) return fgInvChol ? kInvert:kNoInversion;
1044       else AliInfo("Solution of Global Dense System by Cholesky failed, trying Gaussian Elimiation");
1045     }
1046     //
1047     if (((AliSymMatrix*)fMatCGlo)->SolveSpmInv(fVecBGlo, kTRUE)) return kInvert;
1048     else AliInfo("Solution of Global Dense System by Gaussian Elimination failed, trying iterative methods");
1049   }
1050   // try to solve by minres
1051   TVectorD sol(fNGloSize);
1052   //
1053   AliMinResSolve *slv = new AliMinResSolve(fMatCGlo,fVecBGlo);
1054   if (!slv) return kFailed;
1055   //
1056   Bool_t res = kFALSE;
1057   if      (fgIterSol == AliMinResSolve::kSolMinRes)
1058     res =  slv->SolveMinRes(sol,fgMinResCondType,fgMinResMaxIter,fgMinResTol);
1059   else if (fgIterSol == AliMinResSolve::kSolFGMRes)
1060     res =  slv->SolveFGMRES(sol,fgMinResCondType,fgMinResMaxIter,fgMinResTol,fgNKrylovV);
1061   else
1062     AliInfo(Form("Undefined Iteritive Solver ID=%d, only %d are defined",fgIterSol,AliMinResSolve::kNSolvers));
1063   //
1064   if (!res) {
1065     const char* faildump = "fgmr_failed.dat";
1066     int defout = dup(1);
1067     if (defout<0) {
1068       AliInfo("Failed on dup");
1069       return kFailed;
1070     }
1071     int slvDump = open(faildump, O_RDWR|O_CREAT, 0666);
1072     if (slvDump>=0) {
1073       dup2(slvDump,1);
1074       //
1075       printf("#Failed to solve using solver %d with PreCond: %d MaxIter: %d Tol: %e NKrylov: %d\n",
1076              fgIterSol,fgMinResCondType,fgMinResMaxIter,fgMinResTol,fgNKrylovV);
1077       printf("#Dump of matrix:\n");
1078       fMatCGlo->Print("10");
1079       printf("#Dump of RHS:\n");
1080       for (int i=0;i<fNGloSize;i++) printf("%d %+.10f\n",i,fVecBGlo[i]);
1081       //
1082       dup2(defout,1);
1083       close(slvDump);
1084       printf("#Dumped failed matrix and RHS to %s\n",faildump);
1085     }
1086     else AliInfo("Failed on file open for matrix dumping");
1087     close(defout);
1088     return kFailed;
1089   }
1090   for (int i=fNGloSize;i--;) fVecBGlo[i] = sol[i];
1091   return kNoInversion;
1092   //
1093 }
1094
1095 //_____________________________________________________________________________________________
1096 Float_t AliMillePede2::Chi2DoFLim(int nSig, int nDoF) const
1097 {
1098   /// return the limit in chi^2/nd for n sigmas stdev authorized
1099   // Only n=1, 2, and 3 are expected in input
1100   int lNSig;
1101   float sn[3]        =  {0.47523, 1.690140, 2.782170};
1102   float table[3][30] = {{1.0000, 1.1479, 1.1753, 1.1798, 1.1775, 1.1730, 1.1680, 1.1630,
1103                          1.1581, 1.1536, 1.1493, 1.1454, 1.1417, 1.1383, 1.1351, 1.1321,
1104                          1.1293, 1.1266, 1.1242, 1.1218, 1.1196, 1.1175, 1.1155, 1.1136,
1105                          1.1119, 1.1101, 1.1085, 1.1070, 1.1055, 1.1040},
1106                         {4.0000, 3.0900, 2.6750, 2.4290, 2.2628, 2.1415, 2.0481, 1.9736,
1107                          1.9124, 1.8610, 1.8171, 1.7791, 1.7457, 1.7161, 1.6897, 1.6658,
1108                          1.6442, 1.6246, 1.6065, 1.5899, 1.5745, 1.5603, 1.5470, 1.5346,
1109                          1.5230, 1.5120, 1.5017, 1.4920, 1.4829, 1.4742},
1110                         {9.0000, 5.9146, 4.7184, 4.0628, 3.6410, 3.3436, 3.1209, 2.9468,
1111                          2.8063, 2.6902, 2.5922, 2.5082, 2.4352, 2.3711, 2.3143, 2.2635,
1112                          2.2178, 2.1764, 2.1386, 2.1040, 2.0722, 2.0428, 2.0155, 1.9901,
1113                          1.9665, 1.9443, 1.9235, 1.9040, 1.8855, 1.8681}};
1114
1115   if (nDoF < 1) {
1116     return 0.0;
1117   }
1118   else {
1119     lNSig = TMath::Max(1,TMath::Min(nSig,3));
1120
1121     if (nDoF <= 30) {
1122       return table[lNSig-1][nDoF-1];
1123     }
1124     else { // approximation
1125       return ((sn[lNSig-1]+TMath::Sqrt(float(2*nDoF-3)))*
1126               (sn[lNSig-1]+TMath::Sqrt(float(2*nDoF-3))))/float(2*nDoF-2);
1127     }
1128   }
1129 }
1130
1131 //_____________________________________________________________________________________________
1132 Int_t AliMillePede2::SetIterations(double lChi2CutFac)
1133 {
1134   // Number of iterations is calculated from lChi2CutFac
1135   fChi2CutFactor = TMath::Max(1.0, lChi2CutFac);
1136   //
1137   AliInfo(Form("Initial cut factor is %f",fChi2CutFactor));
1138   fIter = 1; // Initializes the iteration process
1139   return 1;
1140 }
1141
1142 //_____________________________________________________________________________________________
1143 Double_t AliMillePede2::GetParError(int iPar) const
1144 {
1145   // return error for parameter iPar
1146   if (fGloSolveStatus==kInvert) {
1147     double res = fMatCGlo->QueryDiag(iPar);
1148     if (res>=0) return TMath::Sqrt(res);
1149   }
1150   return -1.;
1151 }
1152
1153
1154 //_____________________________________________________________________________________________
1155 Int_t AliMillePede2::PrintGlobalParameters() const
1156 {
1157   ///  Print the final results into the logfile
1158   double lError = 0.;
1159   double lGlobalCor =0.;
1160
1161   AliInfo("");
1162   AliInfo("   Result of fit for global parameters");
1163   AliInfo("   ===================================");
1164   AliInfo("    I       initial       final       differ        lastcor        error       gcor       Npnt");
1165   AliInfo("----------------------------------------------------------------------------------------------");
1166   //
1167   for (int i=0; i<fNGloPar; i++) {
1168     lError = GetParError(i);
1169     lGlobalCor = 0.0;
1170     //
1171     double dg;
1172     if (fGloSolveStatus==kInvert && TMath::Abs( (dg=fMatCGlo->QueryDiag(i)) *fDiagCGlo[i]) > 0) {
1173       lGlobalCor = TMath::Sqrt(TMath::Abs(1.0-1.0/(dg*fDiagCGlo[i])));
1174       AliInfo(Form("%d\t %.6f\t %.6f\t %.6f\t %.6f\t %.6f\t %.6f\t %6d",
1175                    i,fInitPar[i],fInitPar[i]+fDeltaPar[i],fDeltaPar[i],fVecBGlo[i],lError,lGlobalCor,fProcPnt[i]));
1176     }
1177     else {
1178       AliInfo(Form("%d\t %.6f\t %.6f\t %.6f\t %.6f\t OFF\t OFF\t %6d",i,fInitPar[i],fInitPar[i]+fDeltaPar[i],
1179                    fDeltaPar[i],fVecBGlo[i],fProcPnt[i]));
1180     }
1181   }
1182   return 1;
1183 }
1184
1185 //_____________________________________________________________________________________________
1186 Bool_t AliMillePede2::IsRecordAcceptable() const
1187 {
1188   // validate record according run lists set by the user
1189   static Long_t prevRunID = kMaxInt;
1190   static Bool_t prevAns   = kTRUE;
1191   Long_t runID = fRecord->GetRunID();
1192   if (runID!=prevRunID) {
1193     int n = 0;
1194     prevRunID = runID;
1195     // is run to be rejected?
1196     if (fRejRunList && (n=fRejRunList->GetSize())) {
1197       prevAns = kTRUE;
1198       for (int i=n;i--;) if (runID == (*fRejRunList)[i]) {
1199           prevAns = kFALSE;
1200           printf("New Run to reject: %ld -> %d\n",runID,prevAns);
1201           break;
1202         }
1203     }
1204     else if (fAccRunList && (n=fAccRunList->GetSize())) {     // is run specifically selected
1205       prevAns = kFALSE;
1206       for (int i=n;i--;) if (runID == (*fAccRunList)[i]) {prevAns = kTRUE; break;}
1207     }
1208   }
1209   //
1210   return prevAns;
1211   //
1212 }
1213
1214 //_____________________________________________________________________________________________
1215 void AliMillePede2::SetRejRunList(const UInt_t *runs, Int_t nruns)
1216 {
1217   // set the list of runs to be rejected
1218   if (fRejRunList) delete fRejRunList;
1219   fRejRunList = 0;
1220   if (nruns<1 || !runs) return;
1221   fRejRunList = new TArrayL(nruns);
1222   for (int i=0;i<nruns;i++) (*fRejRunList)[i] = runs[i];
1223 }
1224
1225 //_____________________________________________________________________________________________
1226 void AliMillePede2::SetAccRunList(const UInt_t *runs, Int_t nruns)
1227 {
1228   // set the list of runs to be selected
1229   if (fAccRunList) delete fAccRunList;
1230   fAccRunList = 0;
1231   if (nruns<1 || !runs) return;
1232   fAccRunList = new TArrayL(nruns);
1233   for (int i=0;i<nruns;i++) (*fAccRunList)[i] = runs[i];
1234 }