Setting of aliases to rawReader done only once. Base decision on cosmic or calib...
[u/mrichter/AliRoot.git] / STEER / STEER / AliSimulation.cxx
1 /**************************************************************************
2  * Copyright(c) 1998-1999, ALICE Experiment at CERN, All rights reserved. *
3  *                                                                        *
4  * Author: The ALICE Off-line Project.                                    *
5  * Contributors are mentioned in the code where appropriate.              *
6  *                                                                        *
7  * Permission to use, copy, modify and distribute this software and its   *
8  * documentation strictly for non-commercial purposes is hereby granted   *
9  * without fee, provided that the above copyright notice appears in all   *
10  * copies and that both the copyright notice and this permission notice   *
11  * appear in the supporting documentation. The authors make no claims     *
12  * about the suitability of this software for any purpose. It is          *
13  * provided "as is" without express or implied warranty.                  *
14  **************************************************************************/
15
16 /* $Id: AliSimulation.cxx 64623 2013-10-21 13:38:58Z rgrosso $ */
17
18 ///////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
19 //                                                                           //
20 // class for running generation, simulation and digitization                 //
21 //                                                                           //
22 // Hits, sdigits and digits are created for all detectors by typing:         //
23 //                                                                           //
24 //   AliSimulation sim;                                                      //
25 //   sim.Run();                                                              //
26 //                                                                           //
27 // The Run method returns kTRUE in case of successful execution.             //
28 // The number of events can be given as argument to the Run method or it     //
29 // can be set by                                                             //
30 //                                                                           //
31 //   sim.SetNumberOfEvents(n);                                               //
32 //                                                                           //
33 // The name of the configuration file can be passed as argument to the       //
34 // AliSimulation constructor or can be specified by                          //
35 //                                                                           //
36 //   sim.SetConfigFile("...");                                               //
37 //                                                                           //
38 // The generation of particles and the simulation of detector hits can be    //
39 // switched on or off by                                                     //
40 //                                                                           //
41 //   sim.SetRunGeneration(kTRUE);   // generation of primary particles       //
42 //   sim.SetRunSimulation(kFALSE);  // but no tracking                       //
43 //                                                                           //
44 // For which detectors sdigits and digits will be created, can be steered    //
45 // by                                                                        //
46 //                                                                           //
47 //   sim.SetMakeSDigits("ALL");     // make sdigits for all detectors        //
48 //   sim.SetMakeDigits("ITS TPC");  // make digits only for ITS and TPC      //
49 //                                                                           //
50 // The argument is a (case sensitive) string with the names of the           //
51 // detectors separated by a space. An empty string ("") can be used to       //
52 // disable the creation of sdigits or digits. The special string "ALL"       //
53 // selects all available detectors. This is the default.                     //
54 //                                                                           //
55 // The creation of digits from hits instead of from sdigits can be selected  //
56 // by                                                                        //
57 //                                                                           //
58 //   sim.SetMakeDigitsFromHits("TRD");                                       //
59 //                                                                           //
60 // The argument is again a string with the selected detectors. Be aware that //
61 // this feature is not available for all detectors and that merging is not   //
62 // possible, when digits are created directly from hits.                     //
63 //                                                                           //
64 // Background events can be merged by calling                                //
65 //                                                                           //
66 //   sim.MergeWith("background/galice.root", 2);                             //
67 //                                                                           //
68 // The first argument is the file name of the background galice file. The    //
69 // second argument is the number of signal events per background event.      //
70 // By default this number is calculated from the number of available         //
71 // background events. MergeWith can be called several times to merge more    //
72 // than two event streams. It is assumed that the sdigits were already       //
73 // produced for the background events.                                       //
74 //                                                                           //
75 // The output of raw data can be switched on by calling                      //
76 //                                                                           //
77 //   sim.SetWriteRawData("MUON");   // write raw data for MUON               //
78 //                                                                           //
79 // The default output format of the raw data are DDL files. They are         //
80 // converted to a DATE file, if a file name is given as second argument.     //
81 // For this conversion the program "dateStream" is required. If the file     //
82 // name has the extension ".root", the DATE file is converted to a root      //
83 // file. The program "alimdc" is used for this purpose. For the conversion   //
84 // to DATE and root format the two conversion programs have to be installed. //
85 // Only the raw data in the final format is kept if the third argument is    //
86 // kTRUE.                                                                    //
87 //                                                                           //
88 // The methods RunSimulation, RunSDigitization, RunDigitization,             //
89 // RunHitsDigitization and WriteRawData can be used to run only parts of     //
90 // the full simulation chain. The creation of raw data DDL files and their   //
91 // conversion to the DATE or root format can be run directly by calling      //
92 // the methods WriteRawFiles, ConvertRawFilesToDate and ConvertDateToRoot.   //
93 //                                                                           //
94 // The default number of events per file, which is usually set in the        //
95 // config file, can be changed for individual detectors and data types       //
96 // by calling                                                                //
97 //                                                                           //
98 //   sim.SetEventsPerFile("PHOS", "Reconstructed Points", 3);                //
99 //                                                                           //
100 // The first argument is the detector, the second one the data type and the  //
101 // last one the number of events per file. Valid data types are "Hits",      //
102 // "Summable Digits", "Digits", "Reconstructed Points" and "Tracks".         //
103 // The number of events per file has to be set before the simulation of      //
104 // hits. Otherwise it has no effect.                                         //
105 //                                                                           //
106 // The trigger configuration is set by the method SetTriggerConfig(X)        //
107 // X can take three kinds of values                                          //
108 //                                                                           //
109 //  - The exact string "none" - case insensitive.  In this case, not trigger //
110 //    information is generated from the digits.                              //
111 //  - The empty string or "ocdb" - case insensitive.  In this case the       //
112 //    trigger configuration is read from OCDB                                //
113 //  - Some string - say "p-p" - in which case the configuration is read from //
114 //    fixed files in $ALICE_ROOT/GRP/CTP/ - say $ALICE_ROOT/GRP/CTP/p-p.cfg  //
115 //                                                                           //
116 // Default is to read from OCDB.                                             //
117 //                                                                           //
118 ///////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
119
120 #include <TFile.h>
121 #include <TGeoGlobalMagField.h>
122 #include <TGeoManager.h>
123 #include <TObjString.h>
124 #include <TROOT.h>
125 #include <TSystem.h>
126 #include <TVirtualMC.h>
127 #include <TVirtualMCApplication.h>
128 #include <TDatime.h>
129 #include <TInterpreter.h>
130
131 #include "AliAlignObj.h"
132 #include "AliCDBEntry.h"
133 #include "AliCDBManager.h"
134 #include "AliGRPManager.h"
135 #include "AliCDBStorage.h"
136 #include "AliCTPRawData.h"
137 #include "AliCentralTrigger.h"
138 #include "AliCentralTrigger.h"
139 #include "AliCodeTimer.h"
140 #include "AliDAQ.h"
141 #include "AliDigitizer.h"
142 #include "AliESDEvent.h"
143 #include "AliGRPObject.h"
144 #include "AliGenEventHeader.h"
145 #include "AliGenerator.h"
146 #include "AliGeomManager.h"
147 #include "AliHLTSimulation.h"
148 #include "AliHeader.h"
149 #include "AliLego.h"
150 #include "AliLegoGenerator.h"
151 #include "AliLog.h"
152 #include "AliMC.h"
153 #include "AliMagF.h"
154 #include "AliModule.h"
155 #include "AliPDG.h"
156 #include "AliRawReaderDate.h"
157 #include "AliRawReaderFile.h"
158 #include "AliRawReaderRoot.h"
159 #include "AliRun.h"
160 #include "AliDigitizationInput.h"
161 #include "AliRunLoader.h"
162 #include "AliStack.h"
163 #include "AliSimulation.h"
164 #include "AliSysInfo.h"
165 #include "AliVertexGenFile.h"
166
167 using std::ofstream;
168 ClassImp(AliSimulation)
169
170 AliSimulation *AliSimulation::fgInstance = 0;
171  const char* AliSimulation::fgkDetectorName[AliSimulation::fgkNDetectors] = {"ITS", "TPC", "TRD", 
172  "TOF", "PHOS", "HMPID", "EMCAL", "MUON", "FMD", "ZDC", "PMD", "T0", "VZERO", "ACORDE","AD",
173  "FIT","MFT","HLT"};
174
175 //_____________________________________________________________________________
176 AliSimulation::AliSimulation(const char* configFileName,
177                              const char* name, const char* title) :
178   TNamed(name, title),
179
180   fRunGeneratorOnly(kFALSE),
181   fRunGeneration(kTRUE),
182   fRunSimulation(kTRUE),
183   fLoadAlignFromCDB(kTRUE),
184   fLoadAlObjsListOfDets("ALL"),
185   fMakeSDigits("ALL"),
186   fMakeDigits("ALL"),
187   fTriggerConfig(""),
188   fMakeDigitsFromHits(""),
189   fWriteRawData(""),
190   fRawDataFileName(""),
191   fDeleteIntermediateFiles(kFALSE),
192   fWriteSelRawData(kFALSE),
193   fStopOnError(kFALSE),
194   fUseMonitoring(kFALSE),
195   fNEvents(1),
196   fConfigFileName(configFileName),
197   fGAliceFileName("galice.root"),
198   fEventsPerFile(),
199   fBkgrdFileNames(NULL),
200   fAlignObjArray(NULL),
201   fUseBkgrdVertex(kTRUE),
202   fRegionOfInterest(kFALSE),
203   fCDBUri(""),
204   fQARefUri(""), 
205   fSpecCDBUri(),
206   fRun(-1),
207   fSeed(0),
208   fInitCDBCalled(kFALSE),
209   fInitRunNumberCalled(kFALSE),
210   fSetRunNumberFromDataCalled(kFALSE),
211   fEmbeddingFlag(kFALSE),
212   fLego(NULL),
213   fKey(0),
214   fUseVertexFromCDB(0),
215   fUseMagFieldFromGRP(0),
216   fGRPWriteLocation(Form("local://%s", gSystem->pwd())),
217   fUseTimeStampFromCDB(0),
218   fTimeStart(0),
219   fTimeEnd(0),
220   fQADetectors("ALL"),                  
221   fQATasks("ALL"),      
222   fRunQA(kTRUE), 
223   fEventSpecie(AliRecoParam::kDefault),
224   fWriteQAExpertData(kTRUE), 
225   fGeometryFile(),
226   fRunHLT("default"),
227   fpHLT(NULL),
228   fWriteGRPEntry(kTRUE)
229 {
230 // create simulation object with default parameters
231   fgInstance = this;
232   SetGAliceFile("galice.root");
233   
234 // for QA
235         AliQAManager * qam = AliQAManager::QAManager(AliQAv1::kSIMMODE) ; 
236         qam->SetActiveDetectors(fQADetectors) ; 
237         fQATasks = Form("%d %d %d", AliQAv1::kHITS, AliQAv1::kSDIGITS, AliQAv1::kDIGITS) ; 
238         qam->SetTasks(fQATasks) ;       
239 }
240
241 //_____________________________________________________________________________
242 AliSimulation::~AliSimulation()
243 {
244 // clean up
245
246   fEventsPerFile.Delete();
247 //  if(fAlignObjArray) fAlignObjArray->Delete(); // fAlignObjArray->RemoveAll() ???
248 //  delete fAlignObjArray; fAlignObjArray=0;
249
250   if (fBkgrdFileNames) {
251     fBkgrdFileNames->Delete();
252     delete fBkgrdFileNames;
253   }
254
255   fSpecCDBUri.Delete();
256   if (fgInstance==this) fgInstance = 0;
257
258   AliQAManager::QAManager()->ShowQA() ; 
259   AliQAManager::Destroy() ;     
260   AliCodeTimer::Instance()->Print();
261 }
262
263
264 //_____________________________________________________________________________
265 void AliSimulation::SetNumberOfEvents(Int_t nEvents)
266 {
267 // set the number of events for one run
268
269   fNEvents = nEvents;
270 }
271
272 //_____________________________________________________________________________
273 void AliSimulation::InitQA()
274 {
275   // activate a default CDB storage
276   // First check if we have any CDB storage set, because it is used 
277   // to retrieve the calibration and alignment constants
278   
279   if (fInitCDBCalled) return;
280   fInitCDBCalled = kTRUE;
281
282   AliQAManager * qam = AliQAManager::QAManager(AliQAv1::kSIMMODE) ; 
283   qam->SetActiveDetectors(fQADetectors) ; 
284   fQATasks = Form("%d %d %d", AliQAv1::kHITS, AliQAv1::kSDIGITS, AliQAv1::kDIGITS) ; 
285   qam->SetTasks(fQATasks) ;
286         if (fWriteQAExpertData)
287     qam->SetWriteExpert() ; 
288   
289   if (qam->IsDefaultStorageSet()) {
290     AliWarning("!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!");
291     AliWarning("Default QA reference storage has been already set !");
292     AliWarning(Form("Ignoring the default storage declared in AliSimulation: %s",fQARefUri.Data()));
293     AliWarning("!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!");
294     fQARefUri = qam->GetDefaultStorage()->GetURI();
295   } else {
296       if (fQARefUri.Length() > 0) {
297         AliDebug(2,"!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!");
298         AliDebug(2, Form("Default QA reference storage is set to: %s", fQARefUri.Data()));
299         AliDebug(2, "!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!");
300       } else {
301         fQARefUri="local://$ALICE_ROOT/QARef";
302         AliWarning("!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!");
303         AliWarning("Default QA reference storage not yet set !!!!");
304         AliWarning(Form("Setting it now to: %s", fQARefUri.Data()));
305         AliWarning("!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!");
306       }
307     qam->SetDefaultStorage(fQARefUri);
308   }
309 }
310
311 //_____________________________________________________________________________
312 void AliSimulation::InitCDB()
313 {
314 // activate a default CDB storage
315 // First check if we have any CDB storage set, because it is used 
316 // to retrieve the calibration and alignment constants
317
318   if (fInitCDBCalled) return;
319   fInitCDBCalled = kTRUE;
320
321   AliCDBManager* man = AliCDBManager::Instance();
322   if (man->IsDefaultStorageSet())
323   {
324     AliWarning("!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!");
325     AliWarning("Default CDB storage has been already set !");
326     AliWarning(Form("Ignoring the default storage declared in AliSimulation: %s",fCDBUri.Data()));
327     AliWarning("!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!");
328     fCDBUri = man->GetDefaultStorage()->GetURI();
329   }
330   else {
331     if (fCDBUri.Length() > 0) 
332     {
333         AliDebug(2,"!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!");
334         AliDebug(2, Form("Default CDB storage is set to: %s", fCDBUri.Data()));
335         AliDebug(2, "!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!");
336     } else {
337         fCDBUri="local://$ALICE_ROOT/OCDB";
338         AliWarning("!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!");
339         AliWarning("Default CDB storage not yet set !!!!");
340         AliWarning(Form("Setting it now to: %s", fCDBUri.Data()));
341         AliWarning("!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!");
342                 
343     }
344     man->SetDefaultStorage(fCDBUri);
345   }
346
347   // Now activate the detector specific CDB storage locations
348   for (Int_t i = 0; i < fSpecCDBUri.GetEntriesFast(); i++) {
349     TObject* obj = fSpecCDBUri[i];
350     if (!obj) continue;
351     AliDebug(2, "!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!");
352     AliDebug(2, Form("Specific CDB storage for %s is set to: %s",obj->GetName(),obj->GetTitle()));
353     AliDebug(2, "!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!");
354     man->SetSpecificStorage(obj->GetName(), obj->GetTitle());
355   }
356       
357 }
358
359 //_____________________________________________________________________________
360 void AliSimulation::InitRunNumber(){
361 // check run number. If not set, set it to 0 !!!!
362   
363   if (fInitRunNumberCalled) return;
364   fInitRunNumberCalled = kTRUE;
365   
366   AliCDBManager* man = AliCDBManager::Instance();
367   if (man->GetRun() >= 0)
368   {
369         AliFatal(Form("Run number cannot be set in AliCDBManager before start of simulation: "
370                         "Use external variable DC_RUN or AliSimulation::SetRun()!"));
371   }
372     
373   if(fRun >= 0) {
374         AliDebug(2, Form("Setting CDB run number to: %d",fRun));
375   } else {
376         fRun=0;
377         AliWarning(Form("Run number not yet set !!!! Setting it now to: %d",
378                         fRun));
379   }
380   man->SetRun(fRun);
381
382   man->Print();
383
384 }
385
386 //_____________________________________________________________________________
387 void AliSimulation::SetCDBLock() {
388   // Set CDB lock: from now on it is forbidden to reset the run number
389   // or the default storage or to activate any further storage!
390   
391   ULong64_t key = AliCDBManager::Instance()->SetLock(1);
392   if (key) fKey = key;
393 }
394
395 //_____________________________________________________________________________
396 void AliSimulation::SetDefaultStorage(const char* uri) {
397   // Store the desired default CDB storage location
398   // Activate it later within the Run() method
399   
400   fCDBUri = uri;
401   
402 }
403
404 //_____________________________________________________________________________
405 void AliSimulation::SetQARefDefaultStorage(const char* uri) {
406   // Store the desired default CDB storage location
407   // Activate it later within the Run() method
408   
409   fQARefUri = uri;
410   AliQAv1::SetQARefStorage(fQARefUri.Data()) ;
411 }
412
413 //_____________________________________________________________________________
414 void AliSimulation::SetSpecificStorage(const char* calibType, const char* uri) {
415 // Store a detector-specific CDB storage location
416 // Activate it later within the Run() method
417
418   AliCDBPath aPath(calibType);
419   if(!aPath.IsValid()){
420         AliError(Form("Not a valid path: %s", calibType));
421         return;
422   }
423
424   TObject* obj = fSpecCDBUri.FindObject(calibType);
425   if (obj) fSpecCDBUri.Remove(obj);
426   fSpecCDBUri.Add(new TNamed(calibType, uri));
427
428 }
429
430 //_____________________________________________________________________________
431 void AliSimulation::SetRunNumber(Int_t run)
432 {
433 // sets run number
434 // Activate it later within the Run() method
435
436         fRun = run;
437 }
438
439 //_____________________________________________________________________________
440 void AliSimulation::SetSeed(Int_t seed)
441 {
442 // sets seed number
443 // Activate it later within the Run() method
444
445         fSeed = seed;
446 }
447
448 //_____________________________________________________________________________
449 Bool_t AliSimulation::SetRunNumberFromData()
450 {
451   // Set the CDB manager run number
452   // The run number is retrieved from gAlice
453
454     if (fSetRunNumberFromDataCalled) return kTRUE;
455     fSetRunNumberFromDataCalled = kTRUE;    
456   
457     AliCDBManager* man = AliCDBManager::Instance();
458     Int_t runData = -1, runCDB = -1;
459   
460     AliRunLoader* runLoader = LoadRun("READ");
461     if (!runLoader) return kFALSE;
462     else {
463         runData = runLoader->GetHeader()->GetRun();
464         delete runLoader;
465     }
466   
467     runCDB = man->GetRun();
468     if(runCDB >= 0) {
469         if (runCDB != runData) {
470                 AliWarning("!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!");
471                 AliWarning(Form("A run number was previously set in AliCDBManager: %d !", runCDB));
472                 AliWarning(Form("It will be replaced with the run number got from run header: %d !", runData));
473                 AliWarning("!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!");    
474         }
475         
476     }
477       
478     man->SetRun(runData);
479     fRun = runData;
480     
481     if(man->GetRun() < 0) {
482         AliError("Run number not properly initalized!");
483         return kFALSE;
484     }
485   
486     man->Print();
487     
488     return kTRUE;
489 }
490
491 //_____________________________________________________________________________
492 void AliSimulation::SetConfigFile(const char* fileName)
493 {
494 // set the name of the config file
495
496   fConfigFileName = fileName;
497 }
498
499 //_____________________________________________________________________________
500 void AliSimulation::SetGAliceFile(const char* fileName)
501 {
502 // set the name of the galice file
503 // the path is converted to an absolute one if it is relative
504
505   fGAliceFileName = fileName;
506   if (!gSystem->IsAbsoluteFileName(fGAliceFileName)) {
507     char* absFileName = gSystem->ConcatFileName(gSystem->WorkingDirectory(),
508                                                 fGAliceFileName);
509     fGAliceFileName = absFileName;
510     delete[] absFileName;
511   }
512
513   AliDebug(2, Form("galice file name set to %s", fileName));
514 }
515
516 //_____________________________________________________________________________
517 void AliSimulation::SetEventsPerFile(const char* detector, const char* type, 
518                                      Int_t nEvents)
519 {
520 // set the number of events per file for the given detector and data type
521 // ("Hits", "Summable Digits", "Digits", "Reconstructed Points" or "Tracks")
522
523   TNamed* obj = new TNamed(detector, type);
524   obj->SetUniqueID(nEvents);
525   fEventsPerFile.Add(obj);
526 }
527
528 //_____________________________________________________________________________
529 Bool_t AliSimulation::MisalignGeometry(AliRunLoader *runLoader)
530 {
531   // Read the alignment objects from CDB.
532   // Each detector is supposed to have the
533   // alignment objects in DET/Align/Data CDB path.
534   // All the detector objects are then collected,
535   // sorted by geometry level (starting from ALIC) and
536   // then applied to the TGeo geometry.
537   // Finally an overlaps check is performed.
538
539   if (!AliGeomManager::GetGeometry() || !AliGeomManager::GetGeometry()->IsClosed()) {
540     AliError("Can't apply the misalignment! Geometry is not loaded or it is still opened!");
541     return kFALSE;
542   }  
543   
544   // initialize CDB storage, run number, set CDB lock
545   InitCDB();
546 //  if (!SetRunNumberFromData()) if (fStopOnError) return kFALSE;
547   SetCDBLock();
548     
549   Bool_t delRunLoader = kFALSE;
550   if (!runLoader) {
551     runLoader = LoadRun("READ");
552     if (!runLoader) return kFALSE;
553     delRunLoader = kTRUE;
554   }
555   
556   // Export ideal geometry 
557   if(!IsGeometryFromFile()) AliGeomManager::GetGeometry()->Export("geometry.root");
558
559   // Load alignment data from CDB and apply to geometry through AliGeomManager
560   if(fLoadAlignFromCDB){
561     
562     TString detStr = fLoadAlObjsListOfDets;
563     TString loadAlObjsListOfDets = "";
564     
565     TObjArray* detArray = runLoader->GetAliRun()->Detectors();
566     for (Int_t iDet = 0; iDet < detArray->GetEntriesFast(); iDet++) {
567       AliModule* det = (AliModule*) detArray->At(iDet);
568       if (!det || !det->IsActive()) continue;
569       if (IsSelected(det->GetName(), detStr)) {
570         //add det to list of dets to be aligned from CDB
571         loadAlObjsListOfDets += det->GetName();
572         loadAlObjsListOfDets += " ";
573       }
574     } // end loop over detectors
575     loadAlObjsListOfDets.Prepend("GRP "); //add alignment objects for non-sensitive modules
576     AliGeomManager::ApplyAlignObjsFromCDB(loadAlObjsListOfDets.Data());
577   }else{
578     // Check if the array with alignment objects was
579     // provided by the user. If yes, apply the objects
580     // to the present TGeo geometry
581     if (fAlignObjArray) {
582       if (AliGeomManager::ApplyAlignObjsToGeom(*fAlignObjArray) == kFALSE) {
583         AliError("The misalignment of one or more volumes failed!"
584                  "Compare the list of simulated detectors and the list of detector alignment data!");
585         if (delRunLoader) delete runLoader;
586         return kFALSE;
587       }
588     }
589   }
590
591   // Update the internal geometry of modules (ITS needs it)
592   TString detStr = fLoadAlObjsListOfDets;
593   TObjArray* detArray = runLoader->GetAliRun()->Detectors();
594   for (Int_t iDet = 0; iDet < detArray->GetEntriesFast(); iDet++) {
595
596     AliModule* det = (AliModule*) detArray->At(iDet);
597     if (!det || !det->IsActive()) continue;
598     if (IsSelected(det->GetName(), detStr)) {
599       det->UpdateInternalGeometry();
600     }
601   } // end loop over detectors
602
603
604   if (delRunLoader) delete runLoader;
605
606   return kTRUE;
607 }
608
609 //_____________________________________________________________________________
610 void AliSimulation::MergeWith(const char* fileName, Int_t nSignalPerBkgrd)
611 {
612 // add a file with background events for merging
613
614   TObjString* fileNameStr = new TObjString(fileName);
615   fileNameStr->SetUniqueID(nSignalPerBkgrd);
616   if (!fBkgrdFileNames) fBkgrdFileNames = new TObjArray;
617   fBkgrdFileNames->Add(fileNameStr);
618 }
619
620 void AliSimulation::EmbedInto(const char* fileName, Int_t nSignalPerBkgrd)
621 {
622 // add a file with background events for embeddin
623   MergeWith(fileName, nSignalPerBkgrd);
624   fEmbeddingFlag = kTRUE;
625 }
626
627 //_____________________________________________________________________________
628 Bool_t AliSimulation::Run(Int_t nEvents)
629 {
630 // run the generation, simulation and digitization
631
632  
633   AliCodeTimerAuto("",0)
634   AliSysInfo::AddStamp("Start_Run");
635   
636   // Load run number and seed from environmental vars
637   ProcessEnvironmentVars();
638   AliSysInfo::AddStamp("ProcessEnvironmentVars");
639
640   gRandom->SetSeed(fSeed);
641    
642   if (nEvents > 0) fNEvents = nEvents;
643
644   // Run generator-only code on demand
645   if (fRunGeneratorOnly)
646   {
647     if(!RunGeneratorOnly())
648     {
649       if (fStopOnError) return kFALSE;
650     }
651     else
652       return kTRUE;
653   }
654
655   // create and setup the HLT instance
656   if (!fRunHLT.IsNull() && !CreateHLT()) {
657     if (fStopOnError) return kFALSE;
658     // disable HLT
659     fRunHLT="";
660   }
661   
662   // generation and simulation -> hits
663   if (fRunGeneration) {
664     if (!RunSimulation()) if (fStopOnError) return kFALSE;
665   }
666   AliSysInfo::AddStamp("RunSimulation");
667            
668   // initialize CDB storage from external environment
669   // (either CDB manager or AliSimulation setters),
670   // if not already done in RunSimulation()
671   InitCDB();
672   AliSysInfo::AddStamp("InitCDB");
673   
674   // Set run number in CDBManager from data 
675   // From this point on the run number must be always loaded from data!
676   if (!SetRunNumberFromData()) if (fStopOnError) return kFALSE;
677   
678   // Set CDB lock: from now on it is forbidden to reset the run number
679   // or the default storage or to activate any further storage!
680   SetCDBLock();
681
682   // If RunSimulation was not called, load the geometry and misalign it
683   if (!AliGeomManager::GetGeometry()) {
684     // Initialize the geometry manager
685     AliGeomManager::LoadGeometry("geometry.root");
686     AliSysInfo::AddStamp("GetGeometry");
687 //    // Check that the consistency of symbolic names for the activated subdetectors
688 //    // in the geometry loaded by AliGeomManager
689 //    AliRunLoader* runLoader = LoadRun("READ");
690 //    if (!runLoader) return kFALSE;
691 //
692 //    TString detsToBeChecked = "";
693 //    TObjArray* detArray = runLoader->GetAliRun()->Detectors();
694 //    for (Int_t iDet = 0; iDet < detArray->GetEntriesFast(); iDet++) {
695 //      AliModule* det = (AliModule*) detArray->At(iDet);
696 //      if (!det || !det->IsActive()) continue;
697 //      detsToBeChecked += det->GetName();
698 //      detsToBeChecked += " ";
699 //    } // end loop over detectors
700 //    if(!AliGeomManager::CheckSymNamesLUT(detsToBeChecked.Data()))
701     if(!AliGeomManager::CheckSymNamesLUT("ALL"))
702         AliFatalClass("Current loaded geometry differs in the definition of symbolic names!");
703         
704     if (!AliGeomManager::GetGeometry()) if (fStopOnError) return kFALSE;
705     // Misalign geometry
706     if(!MisalignGeometry()) if (fStopOnError) return kFALSE;
707   }
708   AliSysInfo::AddStamp("MissalignGeometry");
709
710
711   // hits -> summable digits
712   AliSysInfo::AddStamp("Start_sdigitization");
713   if (!fMakeSDigits.IsNull()) {
714     if (!RunSDigitization(fMakeSDigits)) if (fStopOnError) return kFALSE;
715  
716   }
717   AliSysInfo::AddStamp("Stop_sdigitization");
718   
719   AliSysInfo::AddStamp("Start_digitization");  
720   // summable digits -> digits  
721   if (!fMakeDigits.IsNull()) {
722     if (!RunDigitization(fMakeDigits, fMakeDigitsFromHits)) {
723       if (fStopOnError) return kFALSE;
724     }
725    }
726   AliSysInfo::AddStamp("Stop_digitization");
727
728   
729   
730   // hits -> digits
731   if (!fMakeDigitsFromHits.IsNull()) {
732     if (fBkgrdFileNames && (fBkgrdFileNames->GetEntriesFast() > 0)) {
733       AliWarning(Form("Merging and direct creation of digits from hits " 
734                  "was selected for some detectors. "
735                  "No merging will be done for the following detectors: %s",
736                  fMakeDigitsFromHits.Data()));
737     }
738     if (!RunHitsDigitization(fMakeDigitsFromHits)) {
739       if (fStopOnError) return kFALSE;
740     }
741   }
742
743   AliSysInfo::AddStamp("Hits2Digits");
744   
745   
746   // digits -> trigger.  Set trigger configuration to "none" - any
747   // case - to not generate the trigger information.  Set the trigger
748   // configuration to some string X to read from file at
749   // $ALICE_ROOT/GRP/CTP/X.  Set the trigger configuration to the
750   // empty string or "ocdb" - any case - to read from OCDB.
751   if (!fTriggerConfig.EqualTo("none",TString::kIgnoreCase) && 
752       !RunTrigger(fTriggerConfig,fMakeDigits)) {
753     if (fStopOnError) return kFALSE;
754   }
755
756   AliSysInfo::AddStamp("RunTrigger");
757   
758   
759   // digits -> raw data
760   if (!fWriteRawData.IsNull()) {
761     if (!WriteRawData(fWriteRawData, fRawDataFileName, 
762                       fDeleteIntermediateFiles,fWriteSelRawData)) {
763       if (fStopOnError) return kFALSE;
764     }
765   }
766
767   AliSysInfo::AddStamp("WriteRaw");
768   
769   // run HLT simulation on simulated digit data if raw data is not
770   // simulated, otherwise its called as part of WriteRawData
771   if (!fRunHLT.IsNull() && fWriteRawData.IsNull()) {
772     if (!RunHLT()) {
773       if (fStopOnError) return kFALSE;
774     }
775   }
776
777   AliSysInfo::AddStamp("RunHLT");
778   
779   //QA
780   if (fRunQA) {
781       Bool_t rv = RunQA() ; 
782       if (!rv)
783           if (fStopOnError) 
784               return kFALSE ;
785   }
786
787   AliSysInfo::AddStamp("RunQA");
788   //
789   StoreUsedCDBMaps();
790   //  
791   TString snapshotFileOut("");
792   if(TString(gSystem->Getenv("OCDB_SNAPSHOT_CREATE")) == TString("kTRUE")){ 
793       AliInfo(" ******** Creating the snapshot! *********");
794       TString snapshotFile(gSystem->Getenv("OCDB_SNAPSHOT_FILENAME")); 
795       if(!(snapshotFile.IsNull() || snapshotFile.IsWhitespace())) 
796           snapshotFileOut = snapshotFile;
797       else 
798           snapshotFileOut="OCDB.root"; 
799       AliCDBManager::Instance()->DumpToSnapshotFile(snapshotFileOut.Data(),kFALSE); 
800   }
801
802   // Cleanup of CDB manager: cache and active storages!
803   AliCDBManager::Instance()->ClearCache();
804
805   return kTRUE;
806 }
807
808 //_______________________________________________________________________
809 Bool_t AliSimulation::RunLego(const char *setup, Int_t nc1, Float_t c1min,
810                      Float_t c1max,Int_t nc2,Float_t c2min,Float_t c2max,
811                      Float_t rmin,Float_t rmax,Float_t zmax, AliLegoGenerator* gener, Int_t nev)
812 {
813   //
814   // Generates lego plots of:
815   //    - radiation length map phi vs theta
816   //    - radiation length map phi vs eta
817   //    - interaction length map
818   //    - g/cm2 length map
819   //
820   //  ntheta    bins in theta, eta
821   //  themin    minimum angle in theta (degrees)
822   //  themax    maximum angle in theta (degrees)
823   //  nphi      bins in phi
824   //  phimin    minimum angle in phi (degrees)
825   //  phimax    maximum angle in phi (degrees)
826   //  rmin      minimum radius
827   //  rmax      maximum radius
828   //  
829   //
830   //  The number of events generated = ntheta*nphi
831   //  run input parameters in macro setup (default="Config.C")
832   //
833   //  Use macro "lego.C" to visualize the 3 lego plots in spherical coordinates
834   //Begin_Html
835   /*
836     <img src="picts/AliRunLego1.gif">
837   */
838   //End_Html
839   //Begin_Html
840   /*
841     <img src="picts/AliRunLego2.gif">
842   */
843   //End_Html
844   //Begin_Html
845   /*
846     <img src="picts/AliRunLego3.gif">
847   */
848   //End_Html
849   //
850
851 // run the generation and simulation
852
853   AliCodeTimerAuto("",0)
854
855   // initialize CDB storage and run number from external environment
856   // (either CDB manager or AliSimulation setters)
857   InitCDB();
858   InitRunNumber();
859   SetCDBLock();
860   
861   if (!gAlice) {
862     AliError("no gAlice object. Restart aliroot and try again.");
863     return kFALSE;
864   }
865   if (gAlice->Modules()->GetEntries() > 0) {
866     AliError("gAlice was already run. Restart aliroot and try again.");
867     return kFALSE;
868   }
869   AliInfo(Form("initializing gAlice with config file %s",
870           fConfigFileName.Data()));
871
872   // Number of events 
873     if (nev == -1) nev  = nc1 * nc2;
874     
875   // check if initialisation has been done
876   // If runloader has been initialized, set the number of events per file to nc1 * nc2
877     
878   // Set new generator
879   if (!gener) gener  = new AliLegoGenerator();
880   //
881   // Configure Generator
882
883   gener->SetRadiusRange(rmin, rmax);
884   gener->SetZMax(zmax);
885   gener->SetCoor1Range(nc1, c1min, c1max);
886   gener->SetCoor2Range(nc2, c2min, c2max);
887   
888   
889   //Create Lego object  
890   fLego = new AliLego("lego",gener);
891
892   //__________________________________________________________________________
893
894   gAlice->Announce();
895
896   // - cholm - Add this here for consitency 
897   // If requested set the mag. field from the GRP entry.
898   // After this the field is loccked and cannot be changed by Config.C
899   if (fUseMagFieldFromGRP) {
900     AliGRPManager grpM;
901     grpM.ReadGRPEntry();
902     grpM.SetMagField();
903     AliInfo("Field is locked now. It cannot be changed in Config.C");
904   
905   }
906   
907   gROOT->LoadMacro(setup);
908   gInterpreter->ProcessLine(gAlice->GetConfigFunction());
909
910   if(AliCDBManager::Instance()->GetRun() >= 0) { 
911     SetRunNumber(AliCDBManager::Instance()->GetRun());
912   } else {
913     AliWarning("Run number not initialized!!");
914   }
915
916   AliRunLoader::Instance()->CdGAFile();
917   
918   AliPDG::AddParticlesToPdgDataBase();  
919   
920   TVirtualMC::GetMC()->SetMagField(TGeoGlobalMagField::Instance()->GetField());
921
922   gAlice->GetMCApp()->Init();
923   
924   
925   //Must be here because some MCs (G4) adds detectors here and not in Config.C
926   gAlice->InitLoaders();
927   AliRunLoader::Instance()->MakeTree("E");
928   
929   //
930   // Save stuff at the beginning of the file to avoid file corruption
931   AliRunLoader::Instance()->CdGAFile();
932   gAlice->Write();
933
934   //Save current generator
935   AliGenerator *gen=gAlice->GetMCApp()->Generator();
936   gAlice->GetMCApp()->ResetGenerator(gener);
937   //Prepare MC for Lego Run
938   TVirtualMC::GetMC()->InitLego();
939   
940   //Run Lego Object
941   
942   
943   AliRunLoader::Instance()->SetNumberOfEventsPerFile(nev);
944   TVirtualMC::GetMC()->ProcessRun(nev);
945   
946   // End of this run, close files
947   FinishRun();
948   // Restore current generator
949   gAlice->GetMCApp()->ResetGenerator(gen);
950   // Delete Lego Object
951   delete fLego;
952
953   return kTRUE;
954 }
955
956 //_____________________________________________________________________________
957 Bool_t AliSimulation::RunTrigger(const char* config, const char* detectors)
958 {
959   // run the trigger
960
961   AliCodeTimerAuto("",0)
962
963   // initialize CDB storage from external environment
964   // (either CDB manager or AliSimulation setters),
965   // if not already done in RunSimulation()
966   InitCDB();
967   
968   // Set run number in CDBManager from data 
969   // From this point on the run number must be always loaded from data!
970   if (!SetRunNumberFromData()) if (fStopOnError) return kFALSE;
971   
972   // Set CDB lock: from now on it is forbidden to reset the run number
973   // or the default storage or to activate any further storage!
974   SetCDBLock();
975    
976    AliRunLoader* runLoader = LoadRun("READ");
977    if (!runLoader) return kFALSE;
978    TString trconfiguration = config;
979
980    if (trconfiguration.IsNull()) {
981      if(!fTriggerConfig.IsNull()) {
982        trconfiguration = fTriggerConfig;
983      }
984      else
985        AliWarning("No trigger descriptor is specified. Loading the one that is in the CDB.");
986    }
987
988    runLoader->MakeTree( "GG" );
989    AliCentralTrigger* aCTP = runLoader->GetTrigger();
990    // Load Configuration
991    if (!aCTP->LoadConfiguration( trconfiguration ))
992      return kFALSE;
993
994    // digits -> trigger
995    if( !aCTP->RunTrigger( runLoader , detectors ) ) {
996       if (fStopOnError) {
997         //  delete aCTP;
998         return kFALSE;
999       }
1000    }
1001
1002    delete runLoader;
1003
1004    return kTRUE;
1005 }
1006
1007 //_____________________________________________________________________________
1008 Bool_t AliSimulation::WriteTriggerRawData()
1009 {
1010   // Writes the CTP (trigger) DDL raw data
1011   // Details of the format are given in the
1012   // trigger TDR - pages 134 and 135.
1013   AliCTPRawData writer;
1014   //writer.RawData();
1015   writer.RawDataRun2();
1016
1017   return kTRUE;
1018 }
1019
1020 //_____________________________________________________________________________
1021 Bool_t AliSimulation::RunSimulation(Int_t nEvents)
1022 {
1023 // run the generation and simulation
1024
1025   AliCodeTimerAuto("",0)
1026
1027   // initialize CDB storage and run number from external environment
1028   // (either CDB manager or AliSimulation setters)
1029   AliSysInfo::AddStamp("RunSimulation_Begin");
1030   InitCDB();
1031   AliSysInfo::AddStamp("RunSimulation_InitCDB");
1032   InitRunNumber();
1033
1034   SetCDBLock();
1035   AliSysInfo::AddStamp("RunSimulation_SetCDBLock");
1036   
1037   if (!gAlice) {
1038     AliError("no gAlice object. Restart aliroot and try again.");
1039     return kFALSE;
1040   }
1041   if (gAlice->Modules()->GetEntries() > 0) {
1042     AliError("gAlice was already run. Restart aliroot and try again.");
1043     return kFALSE;
1044   }
1045   
1046   // Setup monitoring if requested
1047   gAlice->GetMCApp()->SetUseMonitoring(fUseMonitoring);
1048
1049   AliInfo(Form("initializing gAlice with config file %s",
1050           fConfigFileName.Data()));
1051
1052   //
1053   // Initialize ALICE Simulation run
1054   //
1055   gAlice->Announce();
1056
1057   //
1058   // If requested set the mag. field from the GRP entry.
1059   // After this the field is loccked and cannot be changed by Config.C
1060   if (fUseMagFieldFromGRP) {
1061       AliGRPManager grpM;
1062       grpM.ReadGRPEntry();
1063       grpM.SetMagField();
1064       AliInfo("Field is locked now. It cannot be changed in Config.C");
1065   }
1066 //
1067 // Execute Config.C
1068   TInterpreter::EErrorCode interpreterError=TInterpreter::kNoError;
1069   gROOT->LoadMacro(fConfigFileName.Data());
1070   Long_t interpreterResult=gInterpreter->ProcessLine(gAlice->GetConfigFunction(), &interpreterError);
1071   if (interpreterResult!=0 || interpreterError!=TInterpreter::kNoError) {
1072     AliFatal(Form("execution of config file \"%s\" failed with error %d", fConfigFileName.Data(), (int)interpreterError));
1073   }
1074   AliSysInfo::AddStamp("RunSimulation_Config");
1075
1076 //
1077 // If requested obtain the vertex position and vertex sigma_z from the CDB
1078 // This overwrites the settings from the Config.C  
1079   if (fUseVertexFromCDB) {
1080       Double_t vtxPos[3] = {0., 0., 0.}; 
1081       Double_t vtxSig[3] = {0., 0., 0.};
1082       AliCDBEntry* entry = AliCDBManager::Instance()->Get("GRP/Calib/MeanVertex");
1083       if (entry) {
1084           AliESDVertex* vertex = dynamic_cast<AliESDVertex*> (entry->GetObject());
1085           if (vertex) {
1086               if(vertex->GetXRes()>2.8) { // > pipe radius --> it's a dummy object, don't use it 
1087                   entry = AliCDBManager::Instance()->Get("GRP/Calib/MeanVertexSPD");
1088                   if (entry) vertex = dynamic_cast<AliESDVertex*> (entry->GetObject());
1089               }
1090           }
1091           if (vertex) {
1092               vertex->GetXYZ(vtxPos);
1093               vertex->GetSigmaXYZ(vtxSig);
1094               AliInfo("Overwriting Config.C vertex settings !");
1095               AliInfo(Form("Vertex position from OCDB entry: x = %13.3f, y = %13.3f, z = %13.3f (sigma = %13.3f)\n",
1096                            vtxPos[0], vtxPos[1], vtxPos[2], vtxSig[2]));
1097               
1098               AliGenerator *gen = gAlice->GetMCApp()->Generator();
1099               gen->SetOrigin(vtxPos[0], vtxPos[1], vtxPos[2]);   // vertex position
1100               gen->SetSigmaZ(vtxSig[2]);
1101           }
1102       }
1103   }
1104
1105   // If requested we take the SOR and EOR time-stamps from the GRP and use them
1106   // in order to generate the event time-stamps
1107   if (fUseTimeStampFromCDB) {
1108     AliGRPManager grpM;
1109     grpM.ReadGRPEntry();
1110     const AliGRPObject *grpObj = grpM.GetGRPData();
1111     if (!grpObj || (grpObj->GetTimeEnd() <= grpObj->GetTimeStart())) {
1112       AliError("Missing GRP or bad SOR/EOR time-stamps! Switching off the time-stamp generation from GRP!");
1113       fTimeStart = fTimeEnd = 0;
1114       fUseTimeStampFromCDB = kFALSE;
1115     }
1116     else {
1117       fTimeStart = grpObj->GetTimeStart();
1118       fTimeEnd = grpObj->GetTimeEnd();
1119     }
1120   }
1121   
1122   if(AliCDBManager::Instance()->GetRun() >= 0) { 
1123     AliRunLoader::Instance()->SetRunNumber(AliCDBManager::Instance()->GetRun());
1124     AliRunLoader::Instance()->SetNumberOfEventsPerRun(fNEvents);
1125   } else {
1126         AliWarning("Run number not initialized!!");
1127   }
1128   
1129    AliRunLoader::Instance()->CdGAFile();
1130    
1131
1132    AliPDG::AddParticlesToPdgDataBase();  
1133
1134    TVirtualMC::GetMC()->SetMagField(TGeoGlobalMagField::Instance()->GetField());
1135    AliSysInfo::AddStamp("RunSimulation_GetField");
1136    gAlice->GetMCApp()->Init();
1137    AliSysInfo::AddStamp("RunSimulation_InitMCApp");
1138
1139    //Must be here because some MCs (G4) adds detectors here and not in Config.C
1140    gAlice->InitLoaders();
1141    AliRunLoader::Instance()->MakeTree("E");
1142    AliRunLoader::Instance()->LoadKinematics("RECREATE");
1143    AliRunLoader::Instance()->LoadTrackRefs("RECREATE");
1144    AliRunLoader::Instance()->LoadHits("all","RECREATE");
1145    //
1146    // Save stuff at the beginning of the file to avoid file corruption
1147    AliRunLoader::Instance()->CdGAFile();
1148    gAlice->Write();
1149    gAlice->SetEventNrInRun(-1); //important - we start Begin event from increasing current number in run
1150    AliSysInfo::AddStamp("RunSimulation_InitLoaders");
1151   //___________________________________________________________________________________________
1152   
1153   AliSysInfo::AddStamp("RunSimulation_TriggerDescriptor");
1154
1155   // Set run number in CDBManager
1156   AliInfo(Form("Run number: %d",AliCDBManager::Instance()->GetRun()));
1157
1158   AliRunLoader* runLoader = AliRunLoader::Instance();
1159   if (!runLoader) {
1160              AliError(Form("gAlice has no run loader object. "
1161                              "Check your config file: %s", fConfigFileName.Data()));
1162              return kFALSE;
1163   }
1164   SetGAliceFile(runLoader->GetFileName());
1165       
1166   // Misalign geometry
1167 #if ROOT_VERSION_CODE < 331527
1168   AliGeomManager::SetGeometry(gGeoManager);
1169   
1170   // Check that the consistency of symbolic names for the activated subdetectors
1171   // in the geometry loaded by AliGeomManager
1172   TString detsToBeChecked = "";
1173   TObjArray* detArray = runLoader->GetAliRun()->Detectors();
1174   for (Int_t iDet = 0; iDet < detArray->GetEntriesFast(); iDet++) {
1175     AliModule* det = (AliModule*) detArray->At(iDet);
1176     if (!det || !det->IsActive()) continue;
1177     detsToBeChecked += det->GetName();
1178     detsToBeChecked += " ";
1179   } // end loop over detectors
1180   if(!AliGeomManager::CheckSymNamesLUT(detsToBeChecked.Data()))
1181     AliFatalClass("Current loaded geometry differs in the definition of symbolic names!");
1182   MisalignGeometry(runLoader);
1183   AliSysInfo::AddStamp("RunSimulation_MisalignGeometry");
1184 #endif
1185
1186 //   AliRunLoader* runLoader = AliRunLoader::Instance();
1187 //   if (!runLoader) {
1188 //     AliError(Form("gAlice has no run loader object. "
1189 //                   "Check your config file: %s", fConfigFileName.Data()));
1190 //     return kFALSE;
1191 //   }
1192 //   SetGAliceFile(runLoader->GetFileName());
1193
1194   if (!gAlice->GetMCApp()->Generator()) {
1195     AliError(Form("gAlice has no generator object. "
1196                   "Check your config file: %s", fConfigFileName.Data()));
1197     return kFALSE;
1198   }
1199
1200   // Write GRP entry corresponding to the setting found in Cofig.C
1201   if (fWriteGRPEntry)
1202     WriteGRPEntry();
1203   AliSysInfo::AddStamp("RunSimulation_WriteGRP");
1204
1205   if (nEvents <= 0) nEvents = fNEvents;
1206
1207   // get vertex from background file in case of merging
1208   if (fUseBkgrdVertex &&
1209       fBkgrdFileNames && (fBkgrdFileNames->GetEntriesFast() > 0)) {
1210     Int_t signalPerBkgrd = GetNSignalPerBkgrd(nEvents);
1211     const char* fileName = ((TObjString*)
1212                             (fBkgrdFileNames->At(0)))->GetName();
1213     AliInfo(Form("The vertex will be taken from the background "
1214                  "file %s with nSignalPerBackground = %d", 
1215                  fileName, signalPerBkgrd));
1216     AliVertexGenFile* vtxGen = new AliVertexGenFile(fileName, signalPerBkgrd);
1217     gAlice->GetMCApp()->Generator()->SetVertexGenerator(vtxGen);
1218   }
1219
1220   if (!fRunSimulation) {
1221     gAlice->GetMCApp()->Generator()->SetTrackingFlag(0);
1222   }
1223
1224   // set the number of events per file for given detectors and data types
1225   for (Int_t i = 0; i < fEventsPerFile.GetEntriesFast(); i++) {
1226     if (!fEventsPerFile[i]) continue;
1227     const char* detName = fEventsPerFile[i]->GetName();
1228     const char* typeName = fEventsPerFile[i]->GetTitle();
1229     TString loaderName(detName);
1230     loaderName += "Loader";
1231     AliLoader* loader = runLoader->GetLoader(loaderName);
1232     if (!loader) {
1233       AliError(Form("RunSimulation no loader for %s found\n Number of events per file not set for %s %s", 
1234                     detName, typeName, detName));
1235       continue;
1236     }
1237     AliDataLoader* dataLoader = 
1238       loader->GetDataLoader(typeName);
1239     if (!dataLoader) {
1240       AliError(Form("no data loader for %s found\n"
1241                     "Number of events per file not set for %s %s", 
1242                     typeName, detName, typeName));
1243       continue;
1244     }
1245     dataLoader->SetNumberOfEventsPerFile(fEventsPerFile[i]->GetUniqueID());
1246     AliDebug(1, Form("number of events per file set to %d for %s %s",
1247                      fEventsPerFile[i]->GetUniqueID(), detName, typeName));
1248   }
1249
1250   AliInfo("running gAlice");
1251   AliSysInfo::AddStamp("Start_ProcessRun");
1252
1253   // Create the Root Tree with one branch per detector
1254   //Hits moved to begin event -> now we are crating separate tree for each event
1255   TVirtualMC::GetMC()->ProcessRun(nEvents);
1256
1257   // End of this run, close files
1258   if(nEvents>0) FinishRun();
1259
1260   AliSysInfo::AddStamp("Stop_ProcessRun");
1261   delete runLoader;
1262
1263   return kTRUE;
1264 }
1265
1266 //_____________________________________________________________________________
1267 Bool_t AliSimulation::RunGeneratorOnly()
1268 {
1269   // Execute Config.C
1270   TInterpreter::EErrorCode interpreterError=TInterpreter::kNoError;
1271   gROOT->LoadMacro(fConfigFileName.Data());
1272   Long_t interpreterResult=gInterpreter->ProcessLine(gAlice->GetConfigFunction(), &interpreterError);
1273   if (interpreterResult!=0 || interpreterError!=TInterpreter::kNoError) {
1274     AliFatal(Form("execution of config file \"%s\" failed with error %d", fConfigFileName.Data(), (int)interpreterError));
1275   }
1276
1277   // Setup the runloader and generator, check if everything is OK
1278   AliRunLoader* runLoader = AliRunLoader::Instance();
1279   AliGenerator* generator = gAlice->GetMCApp()->Generator();
1280   if (!runLoader) {
1281     AliError(Form("gAlice has no run loader object. "
1282                   "Check your config file: %s", fConfigFileName.Data()));
1283     return kFALSE;
1284   }
1285   if (!generator) {
1286     AliError(Form("gAlice has no generator object. "
1287                   "Check your config file: %s", fConfigFileName.Data()));
1288     return kFALSE;
1289   }
1290
1291   runLoader->LoadKinematics("RECREATE");
1292   runLoader->MakeTree("E");
1293
1294   // Create stack and header
1295   runLoader->MakeStack();
1296   AliStack*  stack      = runLoader->Stack();
1297   AliHeader* header     = runLoader->GetHeader();
1298
1299   // Intialize generator
1300   generator->Init();
1301   generator->SetStack(stack);
1302
1303   // Run main generator loop
1304
1305   for (Int_t iev=0; iev<fNEvents; iev++)
1306   {
1307     // Initialize event
1308     header->Reset(0,iev);
1309     runLoader->SetEventNumber(iev);
1310     stack->Reset();
1311     runLoader->MakeTree("K");
1312
1313     // Generate event
1314     generator->Generate();
1315
1316     // Finish event
1317     header->SetNprimary(stack->GetNprimary());
1318     header->SetNtrack(stack->GetNtrack());
1319     stack->FinishEvent();
1320     header->SetStack(stack);
1321     runLoader->TreeE()->Fill();
1322     runLoader->WriteKinematics("OVERWRITE");
1323   }
1324
1325   // Finalize
1326   generator->FinishRun();
1327   // Write file
1328   runLoader->WriteHeader("OVERWRITE");
1329   generator->Write();
1330   runLoader->Write();
1331
1332   return kTRUE;
1333 }
1334
1335 //_____________________________________________________________________________
1336 Bool_t AliSimulation::RunSDigitization(const char* detectors)
1337 {
1338 // run the digitization and produce summable digits
1339   static Int_t eventNr=0;
1340   AliCodeTimerAuto("",0) ;
1341
1342   // initialize CDB storage, run number, set CDB lock
1343   InitCDB();
1344   if (!SetRunNumberFromData()) if (fStopOnError) return kFALSE;
1345   SetCDBLock();
1346   
1347   AliRunLoader* runLoader = LoadRun();
1348   if (!runLoader) return kFALSE;
1349
1350   TString detStr = detectors;
1351   TObjArray* detArray = runLoader->GetAliRun()->Detectors();
1352   for (Int_t iDet = 0; iDet < detArray->GetEntriesFast(); iDet++) {
1353     AliModule* det = (AliModule*) detArray->At(iDet);
1354     if (!det || !det->IsActive()) continue;
1355     if (IsSelected(det->GetName(), detStr)) {
1356       AliInfo(Form("creating summable digits for %s", det->GetName()));
1357       AliCodeTimerStart(Form("creating summable digits for %s", det->GetName()));
1358       det->Hits2SDigits();
1359       AliCodeTimerStop(Form("creating summable digits for %s", det->GetName()));
1360       AliSysInfo::AddStamp(Form("SDigit_%s_%d",det->GetName(),eventNr), 0,1, eventNr);
1361     }
1362   }
1363
1364   if ((detStr.CompareTo("ALL") != 0) && !detStr.IsNull()) {
1365     AliError(Form("the following detectors were not found: %s",
1366                   detStr.Data()));
1367     if (fStopOnError) return kFALSE;
1368   }
1369   eventNr++;
1370   delete runLoader;
1371
1372   return kTRUE;
1373 }
1374
1375
1376 //_____________________________________________________________________________
1377 Bool_t AliSimulation::RunDigitization(const char* detectors, 
1378                                       const char* excludeDetectors)
1379 {
1380 // run the digitization and produce digits from sdigits
1381   AliCodeTimerAuto("",0)
1382
1383   // initialize CDB storage, run number, set CDB lock
1384   InitCDB();
1385   if (!SetRunNumberFromData()) if (fStopOnError) return kFALSE;
1386   SetCDBLock();
1387   
1388   delete AliRunLoader::Instance();
1389   delete gAlice;
1390   gAlice = NULL;
1391
1392   Int_t nStreams = 1;
1393   if (fBkgrdFileNames) nStreams = fBkgrdFileNames->GetEntriesFast() + 1;
1394   Int_t signalPerBkgrd = GetNSignalPerBkgrd();
1395   AliDigitizationInput digInp(nStreams, signalPerBkgrd);
1396   // digInp.SetEmbeddingFlag(fEmbeddingFlag);
1397   digInp.SetRegionOfInterest(fRegionOfInterest);
1398   digInp.SetInputStream(0, fGAliceFileName.Data());
1399   for (Int_t iStream = 1; iStream < nStreams; iStream++) {
1400     const char* fileName = ((TObjString*)(fBkgrdFileNames->At(iStream-1)))->GetName();
1401     digInp.SetInputStream(iStream, fileName);
1402   }
1403   TObjArray detArr;
1404   detArr.SetOwner(kTRUE);
1405   TString detStr = detectors;
1406   TString detExcl = excludeDetectors;
1407   if (!static_cast<AliStream*>(digInp.GetInputStream(0))->ImportgAlice()) {
1408     AliError("Error occured while getting gAlice from Input 0");
1409     return kFALSE;
1410   }
1411   AliRunLoader* runLoader = AliRunLoader::GetRunLoader(digInp.GetInputStream(0)->GetFolderName());
1412   TObjArray* detArray = runLoader->GetAliRun()->Detectors();
1413   for (Int_t iDet = 0; iDet < detArray->GetEntriesFast(); iDet++) {
1414     AliModule* det = (AliModule*) detArray->At(iDet);
1415     if (!det || !det->IsActive()) continue;
1416     if (!IsSelected(det->GetName(), detStr) || IsSelected(det->GetName(), detExcl)) continue;
1417     AliDigitizer* digitizer = det->CreateDigitizer(&digInp);
1418     if (!digitizer || !digitizer->Init()) {
1419       AliError(Form("no digitizer for %s", det->GetName()));
1420       if (fStopOnError) return kFALSE;
1421       else continue;
1422     }
1423     detArr.AddLast(digitizer);    
1424     AliInfo(Form("Created digitizer from SDigits -> Digits for %s", det->GetName()));    
1425
1426   }
1427   //
1428   if ((detStr.CompareTo("ALL") != 0) && !detStr.IsNull()) {
1429     AliError(Form("the following detectors were not found: %s", detStr.Data()));
1430     if (fStopOnError) return kFALSE;
1431   }
1432   //
1433   Int_t ndigs = detArr.GetEntriesFast();
1434   Int_t eventsCreated = 0;
1435   AliRunLoader* outRl =  digInp.GetOutRunLoader();
1436   while ((eventsCreated++ < fNEvents) || (fNEvents < 0)) {
1437     if (!digInp.ConnectInputTrees()) break;
1438     digInp.InitEvent(); //this must be after call of Connect Input tress.
1439     if (outRl) outRl->SetEventNumber(eventsCreated-1);
1440     static_cast<AliStream*>(digInp.GetInputStream(0))->ImportgAlice(); // use gAlice of the first input stream
1441     for (int id=0;id<ndigs;id++) {
1442       ((AliDigitizer*)detArr[id])->Digitize("");
1443       AliSysInfo::AddStamp(Form("Digit_%s_%d",detArr[id]->GetName(),eventsCreated), 0,2, eventsCreated);       
1444     }
1445     digInp.FinishEvent();
1446   };
1447   digInp.FinishGlobal();
1448   // 
1449   return kTRUE;
1450 }
1451
1452 //_____________________________________________________________________________
1453 Bool_t AliSimulation::RunHitsDigitization(const char* detectors)
1454 {
1455 // run the digitization and produce digits from hits
1456
1457   AliCodeTimerAuto("",0)
1458
1459   // initialize CDB storage, run number, set CDB lock
1460   InitCDB();
1461   if (!SetRunNumberFromData()) if (fStopOnError) return kFALSE;
1462   SetCDBLock();
1463   
1464   AliRunLoader* runLoader = LoadRun("READ");
1465   if (!runLoader) return kFALSE;
1466
1467   TString detStr = detectors;
1468   TObjArray* detArray = runLoader->GetAliRun()->Detectors();
1469   for (Int_t iDet = 0; iDet < detArray->GetEntriesFast(); iDet++) {
1470     AliModule* det = (AliModule*) detArray->At(iDet);
1471     if (!det || !det->IsActive()) continue;
1472     if (IsSelected(det->GetName(), detStr)) {
1473       AliInfo(Form("creating digits from hits for %s", det->GetName()));
1474       det->Hits2Digits();
1475     }
1476   }
1477
1478   if ((detStr.CompareTo("ALL") != 0) && !detStr.IsNull()) {
1479     AliError(Form("the following detectors were not found: %s", 
1480                   detStr.Data()));
1481     if (fStopOnError) return kFALSE;
1482   }
1483
1484   return kTRUE;
1485 }
1486
1487 //_____________________________________________________________________________
1488 Bool_t AliSimulation::WriteRawData(const char* detectors, 
1489                                    const char* fileName,
1490                                    Bool_t deleteIntermediateFiles,
1491                                    Bool_t selrawdata)
1492 {
1493 // convert the digits to raw data
1494 // First DDL raw data files for the given detectors are created.
1495 // If a file name is given, the DDL files are then converted to a DATE file.
1496 // If deleteIntermediateFiles is true, the DDL raw files are deleted 
1497 // afterwards.
1498 // If the file name has the extension ".root", the DATE file is converted
1499 // to a root file.
1500 // If deleteIntermediateFiles is true, the DATE file is deleted afterwards.
1501 // 'selrawdata' flag can be used to enable writing of detectors raw data
1502 // accoring to the trigger cluster.
1503
1504   AliCodeTimerAuto("",0)
1505   AliSysInfo::AddStamp("WriteRawData_Start");
1506   
1507   TString detStr = detectors;
1508   if (!WriteRawFiles(detStr.Data())) {
1509     if (fStopOnError) return kFALSE;
1510   }
1511   AliSysInfo::AddStamp("WriteRawFiles");
1512
1513   // run HLT simulation on simulated DDL raw files
1514   // and produce HLT ddl raw files to be included in date/root file
1515   // bugfix 2009-06-26: the decision whether to write HLT raw data
1516   // is taken in RunHLT. Here HLT always needs to be run in order to
1517   // create HLT digits, unless its switched off. This is due to the
1518   // special placement of the HLT between the generation of DDL files
1519   // and conversion to DATE/Root file.
1520   detStr.ReplaceAll("HLT", "");
1521   if (!fRunHLT.IsNull()) {
1522     if (!RunHLT()) {
1523       if (fStopOnError) return kFALSE;
1524     }
1525   }
1526   AliSysInfo::AddStamp("WriteRawData_RunHLT");
1527
1528   TString dateFileName(fileName);
1529   if (!dateFileName.IsNull()) {
1530     Bool_t rootOutput = dateFileName.EndsWith(".root");
1531     if (rootOutput) dateFileName += ".date";
1532     TString selDateFileName;
1533     if (selrawdata) {
1534       selDateFileName = "selected.";
1535       selDateFileName+= dateFileName;
1536     }
1537     if (!ConvertRawFilesToDate(dateFileName,selDateFileName)) {
1538       if (fStopOnError) return kFALSE;
1539     }
1540     AliSysInfo::AddStamp("ConvertRawFilesToDate");
1541     if (deleteIntermediateFiles) {
1542       AliRunLoader* runLoader = LoadRun("READ");
1543       if (runLoader) for (Int_t iEvent = 0; 
1544                           iEvent < runLoader->GetNumberOfEvents(); iEvent++) {
1545         char command[256];
1546         snprintf(command, 256, "rm -r raw%d", iEvent);
1547         gSystem->Exec(command);
1548       }
1549       delete runLoader;
1550     }
1551
1552     if (rootOutput) {
1553       if (!ConvertDateToRoot(dateFileName, fileName)) {
1554         if (fStopOnError) return kFALSE;
1555       }
1556       AliSysInfo::AddStamp("ConvertDateToRoot");
1557       if (deleteIntermediateFiles) {
1558         gSystem->Unlink(dateFileName);
1559       }
1560       if (selrawdata) {
1561         TString selFileName = "selected.";
1562         selFileName        += fileName;
1563         if (!ConvertDateToRoot(selDateFileName, selFileName)) {
1564           if (fStopOnError) return kFALSE;
1565         }
1566         if (deleteIntermediateFiles) {
1567           gSystem->Unlink(selDateFileName);
1568         }
1569       }
1570     }
1571   }
1572
1573   return kTRUE;
1574 }
1575
1576 //_____________________________________________________________________________
1577 Bool_t AliSimulation::WriteRawFiles(const char* detectors)
1578 {
1579 // convert the digits to raw data DDL files
1580
1581   AliCodeTimerAuto("",0)
1582   
1583   AliRunLoader* runLoader = LoadRun("READ");
1584   if (!runLoader) return kFALSE;
1585
1586   // write raw data to DDL files
1587   for (Int_t iEvent = 0; iEvent < runLoader->GetNumberOfEvents(); iEvent++) {
1588     AliInfo(Form("processing event %d", iEvent));
1589     runLoader->GetEvent(iEvent);
1590     TString baseDir = gSystem->WorkingDirectory();
1591     char dirName[256];
1592     snprintf(dirName, 256, "raw%d", iEvent);
1593     gSystem->MakeDirectory(dirName);
1594     if (!gSystem->ChangeDirectory(dirName)) {
1595       AliError(Form("couldn't change to directory %s", dirName));
1596       if (fStopOnError) return kFALSE; else continue;
1597     }
1598
1599     ofstream runNbFile(Form("run%u",runLoader->GetHeader()->GetRun()));
1600     runNbFile.close();
1601
1602     TString detStr = detectors;
1603     if (IsSelected("HLT", detStr)) {
1604       // Do nothing. "HLT" will be removed from detStr and HLT raw
1605       // data files are generated in RunHLT.
1606     }
1607
1608     TObjArray* detArray = runLoader->GetAliRun()->Detectors();
1609     for (Int_t iDet = 0; iDet < detArray->GetEntriesFast(); iDet++) {
1610       AliModule* det = (AliModule*) detArray->At(iDet);
1611       if (!det || !det->IsActive()) continue;
1612       if (IsSelected(det->GetName(), detStr)) {
1613         AliInfo(Form("creating raw data from digits for %s", det->GetName()));
1614         det->Digits2Raw();
1615       }
1616     }
1617
1618     if (!WriteTriggerRawData())
1619       if (fStopOnError) return kFALSE;
1620
1621     gSystem->ChangeDirectory(baseDir);
1622     if ((detStr.CompareTo("ALL") != 0) && !detStr.IsNull()) {
1623       AliError(Form("the following detectors were not found: %s", 
1624                     detStr.Data()));
1625       if (fStopOnError) return kFALSE;
1626     }
1627   }
1628
1629   delete runLoader;
1630   
1631   return kTRUE;
1632 }
1633
1634 //_____________________________________________________________________________
1635 Bool_t AliSimulation::ConvertRawFilesToDate(const char* dateFileName,
1636                                             const char* selDateFileName)
1637 {
1638 // convert raw data DDL files to a DATE file with the program "dateStream"
1639 // The second argument is not empty when the user decides to write
1640 // the detectors raw data according to the trigger cluster.
1641
1642   AliCodeTimerAuto("",0)
1643   
1644   char* path = gSystem->Which(gSystem->Getenv("PATH"), "dateStream");
1645   if (!path) {
1646     AliError("the program dateStream was not found");
1647     if (fStopOnError) return kFALSE;
1648   } else {
1649     delete[] path;
1650   }
1651
1652   AliRunLoader* runLoader = LoadRun("READ");
1653   if (!runLoader) return kFALSE;
1654
1655   AliInfo(Form("converting raw data DDL files to DATE file %s", dateFileName));
1656   Bool_t selrawdata = kFALSE;
1657   if (strcmp(selDateFileName,"") != 0) selrawdata = kTRUE;
1658
1659   char command[256];
1660   // Note the option -s. It is used in order to avoid
1661   // the generation of SOR/EOR events.
1662   snprintf(command, 256, "dateStream -c -s -D -o %s -# %d -C -run %d", 
1663           dateFileName, runLoader->GetNumberOfEvents(),runLoader->GetHeader()->GetRun());
1664   FILE* pipe = gSystem->OpenPipe(command, "w");
1665
1666   if (!pipe) {
1667     AliError(Form("Cannot execute command: %s",command));
1668     return kFALSE;
1669   }
1670
1671   Int_t selEvents = 0;
1672   for (Int_t iEvent = 0; iEvent < runLoader->GetNumberOfEvents(); iEvent++) {
1673
1674     UInt_t detectorPattern = 0;
1675     runLoader->GetEvent(iEvent);
1676     if (!runLoader->LoadTrigger()) {
1677       AliCentralTrigger *aCTP = runLoader->GetTrigger();
1678       detectorPattern = aCTP->GetClusterMask();
1679       // Check if the event was triggered by CTP
1680       if (selrawdata) {
1681         if (aCTP->GetClassMask()) selEvents++;
1682       }
1683     }
1684     else {
1685       AliWarning("No trigger can be loaded! Some fields in the event header will be empty !");
1686       if (selrawdata) {
1687         AliWarning("No trigger can be loaded! Writing of selected raw data is abandoned !");
1688         selrawdata = kFALSE;
1689       }
1690     }
1691
1692     fprintf(pipe, "GDC DetectorPattern %u Timestamp %ld\n", detectorPattern, runLoader->GetHeader()->GetTimeStamp());
1693     Float_t ldc = 0;
1694     Int_t prevLDC = -1;
1695
1696     // loop over detectors and DDLs
1697     for (Int_t iDet = 0; iDet < AliDAQ::kNDetectors; iDet++) {
1698       for (Int_t iDDL = 0; iDDL < AliDAQ::NumberOfDdls(iDet); iDDL++) {
1699
1700         Int_t ddlID = AliDAQ::DdlID(iDet,iDDL);
1701         Int_t ldcID = Int_t(ldc + 0.0001);
1702         ldc += AliDAQ::NumberOfLdcs(iDet) / AliDAQ::NumberOfDdls(iDet);
1703
1704         char rawFileName[256];
1705         snprintf(rawFileName, 256, "raw%d/%s", 
1706                 iEvent, AliDAQ::DdlFileName(iDet,iDDL));
1707
1708         // check existence and size of raw data file
1709         FILE* file = fopen(rawFileName, "rb");
1710         if (!file) continue;
1711         fseek(file, 0, SEEK_END);
1712         unsigned long size = ftell(file);
1713         fclose(file);
1714         if (!size) continue;
1715
1716         if (ldcID != prevLDC) {
1717           fprintf(pipe, " LDC Id %d\n", ldcID);
1718           prevLDC = ldcID;
1719         }
1720         fprintf(pipe, "  Equipment Id %d Payload %s\n", ddlID, rawFileName);
1721       }
1722     }
1723   }
1724
1725   Int_t result = gSystem->ClosePipe(pipe);
1726
1727   if (!(selrawdata && selEvents > 0)) {
1728     delete runLoader;
1729     return (result == 0);
1730   }
1731
1732   AliInfo(Form("converting selected by trigger cluster raw data DDL files to DATE file %s", selDateFileName));
1733   
1734   snprintf(command, 256, "dateStream -c -s -D -o %s -# %d -C -run %d", 
1735           selDateFileName,selEvents,runLoader->GetHeader()->GetRun());
1736   FILE* pipe2 = gSystem->OpenPipe(command, "w");
1737
1738   for (Int_t iEvent = 0; iEvent < runLoader->GetNumberOfEvents(); iEvent++) {
1739
1740     // Get the trigger decision and cluster
1741     UInt_t detectorPattern = 0;
1742     TString detClust;
1743     runLoader->GetEvent(iEvent);
1744     if (!runLoader->LoadTrigger()) {
1745       AliCentralTrigger *aCTP = runLoader->GetTrigger();
1746       if (aCTP->GetClassMask() == 0) continue;
1747       detectorPattern = aCTP->GetClusterMask();
1748       detClust = AliDAQ::ListOfTriggeredDetectors(detectorPattern);
1749       AliInfo(Form("List of detectors to be read out: %s",detClust.Data()));
1750     }
1751
1752     fprintf(pipe2, "GDC DetectorPattern %u Timestamp %ld\n", detectorPattern, runLoader->GetHeader()->GetTimeStamp());
1753     Float_t ldc = 0;
1754     Int_t prevLDC = -1;
1755
1756     // loop over detectors and DDLs
1757     for (Int_t iDet = 0; iDet < AliDAQ::kNDetectors; iDet++) {
1758       // Write only raw data from detectors that
1759       // are contained in the trigger cluster(s)
1760       if (!IsSelected(AliDAQ::DetectorName(iDet),detClust)) continue;
1761
1762       for (Int_t iDDL = 0; iDDL < AliDAQ::NumberOfDdls(iDet); iDDL++) {
1763
1764         Int_t ddlID = AliDAQ::DdlID(iDet,iDDL);
1765         Int_t ldcID = Int_t(ldc + 0.0001);
1766         ldc += AliDAQ::NumberOfLdcs(iDet) / AliDAQ::NumberOfDdls(iDet);
1767
1768         char rawFileName[256];
1769         snprintf(rawFileName, 256, "raw%d/%s", 
1770                 iEvent, AliDAQ::DdlFileName(iDet,iDDL));
1771
1772         // check existence and size of raw data file
1773         FILE* file = fopen(rawFileName, "rb");
1774         if (!file) continue;
1775         fseek(file, 0, SEEK_END);
1776         unsigned long size = ftell(file);
1777         fclose(file);
1778         if (!size) continue;
1779
1780         if (ldcID != prevLDC) {
1781           fprintf(pipe2, " LDC Id %d\n", ldcID);
1782           prevLDC = ldcID;
1783         }
1784         fprintf(pipe2, "  Equipment Id %d Payload %s\n", ddlID, rawFileName);
1785       }
1786     }
1787   }
1788
1789   Int_t result2 = gSystem->ClosePipe(pipe2);
1790
1791   delete runLoader;
1792   return ((result == 0) && (result2 == 0));
1793 }
1794
1795 //_____________________________________________________________________________
1796 Bool_t AliSimulation::ConvertDateToRoot(const char* dateFileName,
1797                                         const char* rootFileName)
1798 {
1799 // convert a DATE file to a root file with the program "alimdc"
1800
1801   // ALIMDC setup
1802   const Int_t kDBSize = 2000000000;
1803   const Int_t kTagDBSize = 1000000000;
1804   const Bool_t kFilter = kFALSE;
1805   const Int_t kCompression = 1;
1806
1807   char* path = gSystem->Which(gSystem->Getenv("PATH"), "alimdc");
1808   if (!path) {
1809     AliError("the program alimdc was not found");
1810     if (fStopOnError) return kFALSE;
1811   } else {
1812     delete[] path;
1813   }
1814
1815   AliInfo(Form("converting DATE file %s to root file %s", 
1816                dateFileName, rootFileName));
1817
1818   const char* rawDBFS[2] = { "/tmp/mdc1", "/tmp/mdc2" };
1819   const char* tagDBFS    = "/tmp/mdc1/tags";
1820
1821   // User defined file system locations
1822   if (gSystem->Getenv("ALIMDC_RAWDB1")) 
1823     rawDBFS[0] = gSystem->Getenv("ALIMDC_RAWDB1");
1824   if (gSystem->Getenv("ALIMDC_RAWDB2")) 
1825     rawDBFS[1] = gSystem->Getenv("ALIMDC_RAWDB2");
1826   if (gSystem->Getenv("ALIMDC_TAGDB")) 
1827     tagDBFS = gSystem->Getenv("ALIMDC_TAGDB");
1828
1829   gSystem->Exec(Form("rm -rf %s",rawDBFS[0]));
1830   gSystem->Exec(Form("rm -rf %s",rawDBFS[1]));
1831   gSystem->Exec(Form("rm -rf %s",tagDBFS));
1832
1833   gSystem->Exec(Form("mkdir %s",rawDBFS[0]));
1834   gSystem->Exec(Form("mkdir %s",rawDBFS[1]));
1835   gSystem->Exec(Form("mkdir %s",tagDBFS));
1836
1837   Int_t result = gSystem->Exec(Form("alimdc %d %d %d %d %s", 
1838                                     kDBSize, kTagDBSize, kFilter, kCompression, dateFileName));
1839   gSystem->Exec(Form("mv %s/*.root %s", rawDBFS[0], rootFileName));
1840
1841   gSystem->Exec(Form("rm -rf %s",rawDBFS[0]));
1842   gSystem->Exec(Form("rm -rf %s",rawDBFS[1]));
1843   gSystem->Exec(Form("rm -rf %s",tagDBFS));
1844
1845   return (result == 0);
1846 }
1847
1848
1849 //_____________________________________________________________________________
1850 AliRunLoader* AliSimulation::LoadRun(const char* mode) const
1851 {
1852 // delete existing run loaders, open a new one and load gAlice
1853
1854   delete AliRunLoader::Instance();
1855   AliRunLoader* runLoader = 
1856     AliRunLoader::Open(fGAliceFileName.Data(), 
1857                        AliConfig::GetDefaultEventFolderName(), mode);
1858   if (!runLoader) {
1859     AliError(Form("no run loader found in file %s", fGAliceFileName.Data()));
1860     return NULL;
1861   }
1862   runLoader->LoadgAlice();
1863   runLoader->LoadHeader();
1864   gAlice = runLoader->GetAliRun();
1865   if (!gAlice) {
1866     AliError(Form("no gAlice object found in file %s", 
1867                   fGAliceFileName.Data()));
1868     return NULL;
1869   }
1870   return runLoader;
1871 }
1872
1873 //_____________________________________________________________________________
1874 Int_t AliSimulation::GetNSignalPerBkgrd(Int_t nEvents) const
1875 {
1876 // get or calculate the number of signal events per background event
1877
1878   if (!fBkgrdFileNames) return 1;
1879   Int_t nBkgrdFiles = fBkgrdFileNames->GetEntriesFast();
1880   if (nBkgrdFiles == 0) return 1;
1881
1882   // get the number of signal events
1883   if (nEvents <= 0) {
1884     AliRunLoader* runLoader = 
1885         AliRunLoader::Open(fGAliceFileName.Data(), "SIGNAL");
1886     if (!runLoader) return 1;
1887     
1888     nEvents = runLoader->GetNumberOfEvents();
1889     delete runLoader;
1890   }
1891
1892   Int_t result = 0;
1893   for (Int_t iBkgrdFile = 0; iBkgrdFile < nBkgrdFiles; iBkgrdFile++) {
1894     // get the number of background events
1895     const char* fileName = ((TObjString*)
1896                             (fBkgrdFileNames->At(iBkgrdFile)))->GetName();
1897     AliRunLoader* runLoader =
1898       AliRunLoader::Open(fileName, "BKGRD");
1899     if (!runLoader) continue;
1900     Int_t nBkgrdEvents = runLoader->GetNumberOfEvents();
1901     delete runLoader;
1902   
1903     // get or calculate the number of signal per background events
1904     Int_t nSignalPerBkgrd = fBkgrdFileNames->At(iBkgrdFile)->GetUniqueID();
1905     if (nSignalPerBkgrd <= 0) {
1906       nSignalPerBkgrd = (nEvents-1) / nBkgrdEvents + 1;
1907     } else if (result && (result != nSignalPerBkgrd)) {
1908       AliInfo(Form("the number of signal events per background event "
1909                    "will be changed from %d to %d for stream %d", 
1910                    nSignalPerBkgrd, result, iBkgrdFile+1));
1911       nSignalPerBkgrd = result;
1912     }
1913
1914     if (!result) result = nSignalPerBkgrd;
1915     if (nSignalPerBkgrd * nBkgrdEvents < nEvents) {
1916       AliWarning(Form("not enough background events (%d) for %d signal events "
1917                       "using %d signal per background events for stream %d",
1918                       nBkgrdEvents, nEvents, nSignalPerBkgrd, iBkgrdFile+1));
1919     }
1920   }
1921
1922   return result;
1923 }
1924
1925 //_____________________________________________________________________________
1926 Bool_t AliSimulation::IsSelected(TString detName, TString& detectors) const
1927 {
1928 // check whether detName is contained in detectors
1929 // if yes, it is removed from detectors
1930
1931   // check if all detectors are selected
1932   if ((detectors.CompareTo("ALL") == 0) ||
1933       detectors.BeginsWith("ALL ") ||
1934       detectors.EndsWith(" ALL") ||
1935       detectors.Contains(" ALL ")) {
1936     detectors = "ALL";
1937     return kTRUE;
1938   }
1939
1940   // search for the given detector
1941   Bool_t result = kFALSE;
1942   if ((detectors.CompareTo(detName) == 0) ||
1943       detectors.BeginsWith(detName+" ") ||
1944       detectors.EndsWith(" "+detName) ||
1945       detectors.Contains(" "+detName+" ")) {
1946     detectors.ReplaceAll(detName, "");
1947     result = kTRUE;
1948   }
1949
1950   // clean up the detectors string
1951   while (detectors.Contains("  ")) detectors.ReplaceAll("  ", " ");
1952   while (detectors.BeginsWith(" ")) detectors.Remove(0, 1);
1953   while (detectors.EndsWith(" ")) detectors.Remove(detectors.Length()-1, 1);
1954
1955   return result;
1956 }
1957
1958 //_____________________________________________________________________________
1959 Int_t AliSimulation::ConvertRaw2SDigits(const char* rawDirectory, const char* esdFileName, Int_t N, Int_t nSkip)
1960 {
1961 //
1962 // Steering routine  to convert raw data in directory rawDirectory/ to fake SDigits. 
1963 // These can be used for embedding of MC tracks into RAW data using the standard 
1964 // merging procedure.
1965 //
1966 // If an ESD file is given the reconstructed vertex is taken from it and stored in the event header.
1967 //
1968   if (!gAlice) {
1969     AliError("no gAlice object. Restart aliroot and try again.");
1970     return kFALSE;
1971   }
1972   if (gAlice->Modules()->GetEntries() > 0) {
1973     AliError("gAlice was already run. Restart aliroot and try again.");
1974     return kFALSE;
1975   }
1976   
1977   AliInfo(Form("initializing gAlice with config file %s",fConfigFileName.Data()));
1978   
1979   gAlice->Announce();
1980   
1981   gROOT->LoadMacro(fConfigFileName.Data());
1982   gInterpreter->ProcessLine(gAlice->GetConfigFunction());
1983   
1984   if(AliCDBManager::Instance()->GetRun() >= 0) { 
1985         SetRunNumber(AliCDBManager::Instance()->GetRun());
1986   } else {
1987         AliWarning("Run number not initialized!!");
1988   }
1989   
1990    AliRunLoader::Instance()->CdGAFile();
1991     
1992    AliPDG::AddParticlesToPdgDataBase();  
1993
1994    TVirtualMC::GetMC()->SetMagField(TGeoGlobalMagField::Instance()->GetField());
1995    
1996    gAlice->GetMCApp()->Init();
1997
1998    //Must be here because some MCs (G4) adds detectors here and not in Config.C
1999    gAlice->InitLoaders();
2000    AliRunLoader::Instance()->MakeTree("E");
2001    AliRunLoader::Instance()->LoadKinematics("RECREATE");
2002    AliRunLoader::Instance()->LoadTrackRefs("RECREATE");
2003    AliRunLoader::Instance()->LoadHits("all","RECREATE");
2004
2005    //
2006    // Save stuff at the beginning of the file to avoid file corruption
2007    AliRunLoader::Instance()->CdGAFile();
2008    gAlice->Write();
2009 //
2010 //  Initialize CDB     
2011     InitCDB();
2012     //AliCDBManager* man = AliCDBManager::Instance();
2013     //man->SetRun(0); // Should this come from rawdata header ?
2014     
2015     Int_t iDet;
2016     //
2017     // Get the runloader
2018     AliRunLoader* runLoader = AliRunLoader::Instance();
2019     //
2020     // Open esd file if available
2021     TFile* esdFile = 0;
2022     TTree* treeESD = 0;
2023     AliESDEvent* esd = 0;
2024     if (esdFileName && (strlen(esdFileName)>0)) {
2025       esdFile = TFile::Open(esdFileName);
2026       if (esdFile) {
2027         esd = new AliESDEvent();
2028         esdFile->GetObject("esdTree", treeESD);
2029                   if (treeESD) {
2030                           esd->ReadFromTree(treeESD);
2031                           if (nSkip>0) {
2032                                   AliInfo(Form("Asking to skip first %d ESDs events",nSkip));
2033                           } else {
2034                                   nSkip=0;
2035                           }
2036                   }
2037       }
2038     }
2039
2040     //
2041     // Create the RawReader
2042     TString fileName(rawDirectory);
2043     AliRawReader* rawReader = AliRawReader::Create(fileName.Data());
2044     if (!rawReader) return (kFALSE);
2045     
2046 //     if (!fEquipIdMap.IsNull() && fRawReader)
2047 //       fRawReader->LoadEquipmentIdsMap(fEquipIdMap);
2048     //
2049     // Get list of detectors
2050     TObjArray* detArray = runLoader->GetAliRun()->Detectors();
2051     //
2052     // Get Header
2053     AliHeader* header = runLoader->GetHeader();
2054     // Event loop
2055     Int_t nev = 0;
2056     while(kTRUE) {
2057         if (!(rawReader->NextEvent())) break;
2058         runLoader->SetEventNumber(nev);
2059         runLoader->GetHeader()->Reset(rawReader->GetRunNumber(), 
2060                                       nev, nev);
2061         runLoader->GetEvent(nev);
2062         AliInfo(Form("We are at event %d",nev));
2063         //
2064         // Detector loop
2065         TString detStr = fMakeSDigits;
2066         for (iDet = 0; iDet < detArray->GetEntriesFast(); iDet++) {
2067             AliModule* det = (AliModule*) detArray->At(iDet);
2068             if (!det || !det->IsActive()) continue;
2069             if (IsSelected(det->GetName(), detStr)) {
2070               AliInfo(Form("Calling Raw2SDigits for %s", det->GetName()));
2071               det->Raw2SDigits(rawReader);
2072               rawReader->Reset();
2073             }
2074         } // detectors
2075         
2076
2077         //
2078         //  If ESD information available obtain reconstructed vertex and store in header.
2079         if (treeESD) {
2080                 AliInfo(Form("Selected event %d correspond to event %d in raw and to %d in esd",nev,rawReader->GetEventIndex(),nSkip+rawReader->GetEventIndex()));
2081             treeESD->GetEvent(nSkip+rawReader->GetEventIndex());
2082             const AliESDVertex* esdVertex = esd->GetPrimaryVertex();
2083             Double_t position[3];
2084             esdVertex->GetXYZ(position);
2085             AliGenEventHeader* mcHeader = new  AliGenEventHeader("ESD");
2086             TArrayF mcV;
2087             mcV.Set(3);
2088             for (Int_t i = 0; i < 3; i++) mcV[i] = position[i];
2089             mcHeader->SetPrimaryVertex(mcV);
2090             header->Reset(0,nev);
2091             header->SetGenEventHeader(mcHeader);
2092             AliInfo(Form("***** Saved vertex %f %f %f \n", position[0], position[1], position[2]));
2093         }
2094 //
2095 //      Finish the event
2096         runLoader->TreeE()->Fill();
2097         AliInfo(Form("Finished event %d",nev));
2098         nev++;
2099         if (N>0&&nev>=N)
2100           break;
2101     } // events
2102  
2103     delete rawReader;
2104 //
2105 //  Finish the run 
2106     runLoader->CdGAFile();
2107     runLoader->WriteHeader("OVERWRITE");
2108     runLoader->WriteRunLoader();
2109
2110     return nev;
2111 }
2112
2113 //_____________________________________________________________________________
2114 void AliSimulation::FinishRun()
2115 {
2116   //
2117   // Called at the end of the run.
2118   //
2119
2120   if(IsLegoRun()) 
2121    {
2122     AliDebug(1, "Finish Lego");
2123     AliRunLoader::Instance()->CdGAFile();
2124     fLego->FinishRun();
2125    }
2126   
2127   // Clean detector information
2128   TIter next(gAlice->Modules());
2129   AliModule *detector;
2130   while((detector = dynamic_cast<AliModule*>(next()))) {
2131     AliDebug(2, Form("%s->FinishRun()", detector->GetName()));
2132     detector->FinishRun();
2133   }
2134   
2135   AliDebug(1, "AliRunLoader::Instance()->WriteHeader(OVERWRITE)");
2136   AliRunLoader::Instance()->WriteHeader("OVERWRITE");
2137
2138   // Write AliRun info and all detectors parameters
2139   AliRunLoader::Instance()->CdGAFile();
2140   gAlice->Write(0,TObject::kOverwrite);//write AliRun
2141   AliRunLoader::Instance()->Write(0,TObject::kOverwrite);//write RunLoader itself
2142   //
2143   if(gAlice->GetMCApp()) gAlice->GetMCApp()->FinishRun();  
2144   AliRunLoader::Instance()->Synchronize();
2145 }
2146
2147 //_____________________________________________________________________________
2148 Int_t AliSimulation::GetDetIndex(const char* detector)
2149 {
2150   // return the detector index corresponding to detector
2151   Int_t index = -1 ; 
2152   for (index = 0; index < fgkNDetectors ; index++) {
2153     if ( strcmp(detector, fgkDetectorName[index]) == 0 )
2154           break ; 
2155   }     
2156   return index ; 
2157 }
2158
2159 //_____________________________________________________________________________
2160 Bool_t AliSimulation::CreateHLT()
2161 {
2162   // Init the HLT simulation.
2163   // The function  loads the library and creates the instance of AliHLTSimulation.
2164   // the main reason for the decoupled creation is to set the transient OCDB
2165   // objects before the OCDB is locked
2166
2167   // load the library dynamically
2168   gSystem->Load(ALIHLTSIMULATION_LIBRARY);
2169
2170   // check for the library version
2171   AliHLTSimulationGetLibraryVersion_t fctVersion=(AliHLTSimulationGetLibraryVersion_t)(gSystem->DynFindSymbol(ALIHLTSIMULATION_LIBRARY, ALIHLTSIMULATION_GET_LIBRARY_VERSION));
2172   if (!fctVersion) {
2173     AliError(Form("can not load library %s", ALIHLTSIMULATION_LIBRARY));
2174     return kFALSE;
2175   }
2176   if (fctVersion()!= ALIHLTSIMULATION_LIBRARY_VERSION) {
2177     AliWarning(Form("%s version does not match: compiled for version %d, loaded %d", ALIHLTSIMULATION_LIBRARY, ALIHLTSIMULATION_LIBRARY_VERSION, fctVersion()));
2178   }
2179
2180   // print compile info
2181   typedef void (*CompileInfo)( const char*& date, const char*& time);
2182   CompileInfo fctInfo=(CompileInfo)gSystem->DynFindSymbol(ALIHLTSIMULATION_LIBRARY, "CompileInfo");
2183   if (fctInfo) {
2184     const char* date="";
2185     const char* time="";
2186     (*fctInfo)(date, time);
2187     if (!date) date="unknown";
2188     if (!time) time="unknown";
2189     AliInfo(Form("%s build on %s (%s)", ALIHLTSIMULATION_LIBRARY, date, time));
2190   } else {
2191     AliInfo(Form("no build info available for %s", ALIHLTSIMULATION_LIBRARY));
2192   }
2193
2194   // create instance of the HLT simulation
2195   AliHLTSimulationCreateInstance_t fctCreate=(AliHLTSimulationCreateInstance_t)(gSystem->DynFindSymbol(ALIHLTSIMULATION_LIBRARY, ALIHLTSIMULATION_CREATE_INSTANCE));
2196   if (fctCreate==NULL || (fpHLT=(fctCreate()))==NULL) {
2197     AliError(Form("can not create instance of HLT simulation (creator %p)", fctCreate));
2198     return kFALSE;    
2199   }
2200
2201   TString specObjects;
2202   for (Int_t i = 0; i < fSpecCDBUri.GetEntriesFast(); i++) {
2203     if (specObjects.Length()>0) specObjects+=" ";
2204     specObjects+=fSpecCDBUri[i]->GetName();
2205   }
2206
2207   AliHLTSimulationSetup_t fctSetup=(AliHLTSimulationSetup_t)(gSystem->DynFindSymbol(ALIHLTSIMULATION_LIBRARY, ALIHLTSIMULATION_SETUP));
2208   if (fctSetup==NULL || fctSetup(fpHLT, this, specObjects.Data())<0) {
2209     AliWarning(Form("failed to setup HLT simulation (function %p)", fctSetup));
2210   }
2211
2212   return kTRUE;
2213 }
2214
2215 //_____________________________________________________________________________
2216 Bool_t AliSimulation::RunHLT()
2217 {
2218   // Run the HLT simulation
2219   // HLT simulation is implemented in HLT/sim/AliHLTSimulation
2220   // Disabled if fRunHLT is empty, default vaule is "default".
2221   // AliSimulation::SetRunHLT can be used to set the options for HLT simulation
2222   // The default simulation depends on the HLT component libraries and their
2223   // corresponding agents which define components and chains to run. See
2224   // http://web.ift.uib.no/~kjeks/doc/alice-hlt-current/
2225   // http://web.ift.uib.no/~kjeks/doc/alice-hlt-current/classAliHLTModuleAgent.html
2226   //
2227   // The libraries to be loaded can be specified as an option.
2228   // <pre>
2229   // AliSimulation sim;
2230   // sim.SetRunHLT("libAliHLTSample.so");
2231   // </pre>
2232   // will only load <tt>libAliHLTSample.so</tt>
2233
2234   // Other available options:
2235   // \li loglevel=<i>level</i> <br>
2236   //     logging level for this processing
2237   // \li alilog=off
2238   //     disable redirection of log messages to AliLog class
2239   // \li config=<i>macro</i>
2240   //     configuration macro
2241   // \li chains=<i>configuration</i>
2242   //     comma separated list of configurations to be run during simulation
2243   // \li rawfile=<i>file</i>
2244   //     source for the RawReader to be created, the default is <i>./</i> if
2245   //     raw data is simulated
2246
2247   int iResult=0;
2248
2249   if (!fpHLT && !CreateHLT()) {
2250     return kFALSE;
2251   }
2252   AliHLTSimulation* pHLT=fpHLT;
2253
2254   AliRunLoader* pRunLoader = LoadRun("READ");
2255   if (!pRunLoader) return kFALSE;
2256
2257   // initialize CDB storage, run number, set CDB lock
2258   // thats for the case of running HLT simulation without all the other steps
2259   // multiple calls are handled by the function, so we can just call
2260   InitCDB();
2261   if (!SetRunNumberFromData()) if (fStopOnError) return kFALSE;
2262   SetCDBLock();
2263   
2264   // init the HLT simulation
2265   TString options;
2266   if (fRunHLT.CompareTo("default")!=0) options=fRunHLT;
2267   TString detStr = fWriteRawData;
2268   if (!IsSelected("HLT", detStr)) {
2269     options+=" writerawfiles=";
2270   } else {
2271     options+=" writerawfiles=HLT";
2272   }
2273
2274   if (!detStr.IsNull() && !options.Contains("rawfile=")) {
2275     // as a matter of fact, HLT will run reconstruction and needs the RawReader
2276     // in order to get detector data. By default, RawReaderFile is used to read
2277     // the already simulated ddl files. Date and Root files from the raw data
2278     // are generated after the HLT simulation.
2279     options+=" rawfile=./";
2280   }
2281
2282   AliHLTSimulationInit_t fctInit=(AliHLTSimulationInit_t)(gSystem->DynFindSymbol(ALIHLTSIMULATION_LIBRARY, ALIHLTSIMULATION_INIT));
2283   if (fctInit==NULL || (iResult=(fctInit(pHLT, pRunLoader, options.Data())))<0) {
2284     AliError(Form("can not init HLT simulation: error %d (init %p)", iResult, fctInit));
2285   } else {
2286     // run the HLT simulation
2287     AliHLTSimulationRun_t fctRun=(AliHLTSimulationRun_t)(gSystem->DynFindSymbol(ALIHLTSIMULATION_LIBRARY, ALIHLTSIMULATION_RUN));
2288     if (fctRun==NULL || (iResult=(fctRun(pHLT, pRunLoader)))<0) {
2289       AliError(Form("can not run HLT simulation: error %d (run %p)", iResult, fctRun));
2290     }
2291   }
2292
2293   // delete the instance
2294   AliHLTSimulationDeleteInstance_t fctDelete=(AliHLTSimulationDeleteInstance_t)(gSystem->DynFindSymbol(ALIHLTSIMULATION_LIBRARY, ALIHLTSIMULATION_DELETE_INSTANCE));
2295   if (fctDelete==NULL || fctDelete(pHLT)<0) {
2296     AliError(Form("can not delete instance of HLT simulation (creator %p)", fctDelete));
2297   }
2298   pHLT=NULL;
2299
2300   return iResult>=0?kTRUE:kFALSE;
2301 }
2302
2303 //_____________________________________________________________________________
2304 Bool_t AliSimulation::RunQA()
2305 {
2306         // run the QA on summable hits, digits or digits
2307         
2308     //if(!gAlice) return kFALSE;
2309         AliQAManager::QAManager()->SetRunLoader(AliRunLoader::Instance()) ;
2310
2311         TString detectorsw("") ;  
2312         Bool_t rv = kTRUE ; 
2313   AliQAManager::QAManager()->SetEventSpecie(fEventSpecie) ;
2314         detectorsw = AliQAManager::QAManager()->Run(fQADetectors.Data()) ; 
2315         if ( detectorsw.IsNull() ) 
2316                 rv = kFALSE ; 
2317         return rv ; 
2318 }
2319
2320 //_____________________________________________________________________________
2321 Bool_t AliSimulation::SetRunQA(TString detAndAction) 
2322 {
2323         // Allows to run QA for a selected set of detectors
2324         // and a selected set of tasks among HITS, SDIGITS and DIGITS
2325         // all selected detectors run the same selected tasks
2326         
2327         if (!detAndAction.Contains(":")) {
2328                 AliError( Form("%s is a wrong syntax, use \"DetectorList:ActionList\" \n", detAndAction.Data()) ) ;
2329                 fRunQA = kFALSE ;
2330                 return kFALSE ;                 
2331         }
2332         Int_t colon = detAndAction.Index(":") ; 
2333         fQADetectors = detAndAction(0, colon) ; 
2334         if (fQADetectors.Contains("ALL") ){
2335     TString tmp = Form("%s %s", fMakeDigits.Data(), fMakeDigitsFromHits.Data()) ; 
2336     Int_t minus = fQADetectors.Last('-') ; 
2337     TString toKeep = Form("%s %s", fMakeDigits.Data(), fMakeDigitsFromHits.Data()) ; 
2338     TString toRemove("") ;
2339     while (minus >= 0) {
2340       toRemove = fQADetectors(minus+1, fQADetectors.Length()) ; 
2341       toRemove = toRemove.Strip() ; 
2342       toKeep.ReplaceAll(toRemove, "") ; 
2343       fQADetectors.ReplaceAll(Form("-%s", toRemove.Data()), "") ; 
2344       minus = fQADetectors.Last('-') ; 
2345     }
2346     fQADetectors = toKeep ; 
2347   }
2348   fQATasks   = detAndAction(colon+1, detAndAction.Sizeof() ) ; 
2349         if (fQATasks.Contains("ALL") ) {
2350                 fQATasks = Form("%d %d %d", AliQAv1::kHITS, AliQAv1::kSDIGITS, AliQAv1::kDIGITS) ; 
2351         } else {
2352                 fQATasks.ToUpper() ; 
2353                 TString tempo("") ; 
2354                 if ( fQATasks.Contains("HIT") ) 
2355                         tempo = Form("%d ", AliQAv1::kHITS) ; 
2356                 if ( fQATasks.Contains("SDIGIT") ) 
2357                         tempo += Form("%d ", AliQAv1::kSDIGITS) ; 
2358                 if ( fQATasks.Contains("DIGIT") ) 
2359                         tempo += Form("%d ", AliQAv1::kDIGITS) ; 
2360                 fQATasks = tempo ; 
2361                 if (fQATasks.IsNull()) {
2362                         AliInfo("No QA requested\n")  ;
2363                         fRunQA = kFALSE ;
2364                         return kTRUE ; 
2365                 }
2366         }       
2367         TString tempo(fQATasks) ; 
2368     tempo.ReplaceAll(Form("%d", AliQAv1::kHITS), AliQAv1::GetTaskName(AliQAv1::kHITS))  ;
2369     tempo.ReplaceAll(Form("%d", AliQAv1::kSDIGITS), AliQAv1::GetTaskName(AliQAv1::kSDIGITS)) ;  
2370     tempo.ReplaceAll(Form("%d", AliQAv1::kDIGITS), AliQAv1::GetTaskName(AliQAv1::kDIGITS)) ;    
2371         AliInfo( Form("QA will be done on \"%s\" for \"%s\"\n", fQADetectors.Data(), tempo.Data()) ) ;  
2372         fRunQA = kTRUE ;
2373         AliQAManager::QAManager()->SetActiveDetectors(fQADetectors) ; 
2374         AliQAManager::QAManager()->SetTasks(fQATasks) ; 
2375   for (Int_t det = 0 ; det < AliQAv1::kNDET ; det++) 
2376     AliQAManager::QAManager()->SetWriteExpert(AliQAv1::DETECTORINDEX_t(det)) ;
2377   
2378         return kTRUE; 
2379
2380
2381 //_____________________________________________________________________________
2382 void AliSimulation::ProcessEnvironmentVars()
2383 {
2384 // Extract run number and random generator seed from env variables
2385
2386     AliInfo("Processing environment variables");
2387     
2388     // Random Number seed
2389     
2390     // first check that seed is not already set
2391     if (fSeed == 0) {
2392         if (gSystem->Getenv("CONFIG_SEED")) {
2393                 fSeed = atoi(gSystem->Getenv("CONFIG_SEED"));
2394         }
2395     } else {
2396         if (gSystem->Getenv("CONFIG_SEED")) {
2397                 AliInfo(Form("Seed for random number generation already set (%d)"
2398                              ": CONFIG_SEED variable ignored!", fSeed));
2399         }
2400     }
2401    
2402     AliInfo(Form("Seed for random number generation = %d ", fSeed)); 
2403
2404     // Run Number
2405     
2406     // first check that run number is not already set
2407     if(fRun < 0) {    
2408         if (gSystem->Getenv("DC_RUN")) {
2409                 fRun = atoi(gSystem->Getenv("DC_RUN"));
2410         }
2411     } else {
2412         if (gSystem->Getenv("DC_RUN")) {
2413                 AliInfo(Form("Run number already set (%d): DC_RUN variable ignored!", fRun));
2414         }
2415     }
2416     
2417     AliInfo(Form("Run number = %d", fRun)); 
2418 }
2419
2420 //---------------------------------------------------------------------
2421 void AliSimulation::WriteGRPEntry()
2422 {
2423   // Get the necessary information from galice (generator, trigger etc) and
2424   // write a GRP entry corresponding to the settings in the Config.C used
2425   // note that Hall probes and Cavern and Surface Atmos pressures are not simulated.
2426
2427
2428   AliInfo("Writing global run parameters entry into the OCDB");
2429
2430   AliGRPObject* grpObj = new AliGRPObject();
2431
2432   grpObj->SetRunType("PHYSICS");
2433   grpObj->SetTimeStart(fTimeStart);
2434   grpObj->SetTimeEnd(fTimeEnd); 
2435   grpObj->SetBeamEnergyIsSqrtSHalfGeV(); // new format of GRP: store sqrt(s)/2 in GeV
2436
2437   const AliGenerator *gen = gAlice->GetMCApp()->Generator();
2438   Int_t a = 0;
2439   Int_t z = 0;
2440
2441   if (gen) {
2442     TString projectile;
2443     gen->GetProjectile(projectile,a,z);
2444     TString target;
2445     gen->GetTarget(target,a,z);
2446     TString beamType = projectile + "-" + target;
2447     beamType.ReplaceAll(" ","");
2448     if (!beamType.CompareTo("-")) {
2449       grpObj->SetBeamType("UNKNOWN");
2450       grpObj->SetBeamEnergy(gen->GetEnergyCMS()/2);
2451     }
2452     else {
2453       grpObj->SetBeamType(beamType);
2454       if (z != 0) {
2455           grpObj->SetBeamEnergy(gen->GetEnergyCMS()/2 * a / z);
2456       } else {
2457           grpObj->SetBeamEnergy(gen->GetEnergyCMS()/2 );
2458       }
2459       // Heavy ion run, the event specie is set to kHighMult
2460       fEventSpecie = AliRecoParam::kHighMult;
2461       if ((strcmp(beamType,"p-p") == 0) ||
2462           (strcmp(beamType,"p-")  == 0) ||
2463           (strcmp(beamType,"-p")  == 0) ||
2464           (strcmp(beamType,"P-P") == 0) ||
2465           (strcmp(beamType,"P-")  == 0) ||
2466           (strcmp(beamType,"-P")  == 0)) {
2467         // Proton run, the event specie is set to kLowMult
2468         fEventSpecie = AliRecoParam::kLowMult;
2469       } 
2470     }
2471   } else {
2472     AliWarning("Unknown beam type and energy! Setting energy to 0");
2473     grpObj->SetBeamEnergy(0);
2474     grpObj->SetBeamType("UNKNOWN");
2475   }
2476
2477   UInt_t detectorPattern  = 0;
2478   Int_t nDets = 0;
2479   TObjArray *detArray = gAlice->Detectors();
2480   for (Int_t iDet = 0; iDet < AliDAQ::kNDetectors-1; iDet++) {
2481     if (detArray->FindObject(AliDAQ::OfflineModuleName(iDet))) {
2482       AliDebug(1, Form("Detector #%d found: %s", iDet, AliDAQ::OfflineModuleName(iDet)));
2483       detectorPattern |= (1 << iDet);
2484       nDets++;
2485     }
2486   }
2487   // CTP
2488   if (!fTriggerConfig.IsNull())
2489     detectorPattern |= (1 << AliDAQ::DetectorID("TRG"));
2490
2491   // HLT
2492   if (!fRunHLT.IsNull())
2493     detectorPattern |= (1 << AliDAQ::kHLTId);
2494
2495   grpObj->SetNumberOfDetectors((Char_t)nDets);
2496   grpObj->SetDetectorMask((Int_t)detectorPattern);
2497   grpObj->SetLHCPeriod("LHC08c");
2498   grpObj->SetLHCState("STABLE_BEAMS");
2499   //
2500   AliMagF *field = (AliMagF*)TGeoGlobalMagField::Instance()->GetField();
2501   Float_t solenoidField = field ? TMath::Abs(field->SolenoidField()) : 0;
2502
2503   Float_t factorSol     = field ? field->GetFactorSol() : 0;
2504   Float_t currentSol    = TMath::Abs(factorSol)>1E-6 ? 
2505     TMath::Nint(TMath::Abs(solenoidField/factorSol))/5.*30000.*TMath::Abs(factorSol) : 0;
2506   //
2507   Float_t factorDip     = field ? field->GetFactorDip() : 0;
2508   Float_t currentDip    = 6000.*TMath::Abs(factorDip);
2509   //
2510   grpObj->SetL3Current(currentSol,(AliGRPObject::Stats)0);
2511   grpObj->SetDipoleCurrent(currentDip,(AliGRPObject::Stats)0);  
2512   grpObj->SetL3Polarity(factorSol>0 ? 0:1);  
2513   grpObj->SetDipolePolarity(factorDip>0 ? 0:1);
2514   if (field) grpObj->SetUniformBMap(field->IsUniform()); // for special MC with k5kGUniform map
2515   grpObj->SetPolarityConventionLHC();                    // LHC convention +/+ current -> -/- field main components
2516   //
2517   grpObj->SetCavernTemperature(0,(AliGRPObject::Stats)0);
2518   
2519   //grpMap->Add(new TObjString("fCavernPressure"),new TObjString("0")); ---> not inserted in simulation with the new object, since it is now an AliDCSSensor
2520
2521   // Now store the entry in OCDB
2522   AliCDBManager* man = AliCDBManager::Instance();
2523   
2524   man->SetLock(0, fKey);
2525   
2526   AliCDBStorage* sto = man->GetStorage(fGRPWriteLocation.Data());
2527   
2528
2529   AliCDBId id("GRP/GRP/Data", man->GetRun(), man->GetRun(), 1, 1);
2530   AliCDBMetaData *metadata= new AliCDBMetaData();
2531
2532   metadata->SetResponsible("alice-off@cern.ch");
2533   metadata->SetComment("Automatically produced GRP entry for Monte Carlo");
2534  
2535   sto->Put(grpObj,id,metadata);
2536   man->SetLock(1, fKey);
2537 }
2538
2539 //_____________________________________________________________________________
2540 time_t AliSimulation::GenerateTimeStamp() const
2541 {
2542   // Generate event time-stamp according to
2543   // SOR/EOR time from GRP
2544   if (fUseTimeStampFromCDB)
2545     return fTimeStart + gRandom->Integer(fTimeEnd-fTimeStart);
2546   else
2547     return 0;
2548 }
2549
2550 //_____________________________________________________________________________
2551 void AliSimulation::StoreUsedCDBMaps() const
2552 {
2553   // write in galice.root maps with used CDB paths
2554   //
2555   //
2556   AliRunLoader* runLoader = LoadRun();
2557   if (!runLoader) {
2558     AliError("Failed to open gAlice.root in write mode");
2559     return;
2560   }
2561   //
2562   const TMap *cdbMap = AliCDBManager::Instance()->GetStorageMap();       
2563   const TList *cdbList = AliCDBManager::Instance()->GetRetrievedIds();   
2564   //
2565   TMap *cdbMapCopy = new TMap(cdbMap->GetEntries());     
2566   cdbMapCopy->SetOwner(1);       
2567   //  cdbMapCopy->SetName("cdbMap");     
2568   TIter iter(cdbMap->GetTable());        
2569   //     
2570   TPair* pair = 0;       
2571   while((pair = dynamic_cast<TPair*> (iter.Next()))){    
2572     TObjString* keyStr = dynamic_cast<TObjString*> (pair->Key());        
2573     TObjString* valStr = dynamic_cast<TObjString*> (pair->Value());
2574     if (keyStr && valStr)
2575       cdbMapCopy->Add(new TObjString(keyStr->GetName()), new TObjString(valStr->GetName()));     
2576   }      
2577   //     
2578   TList *cdbListCopy = new TList();      
2579   cdbListCopy->SetOwner(1);      
2580   //  cdbListCopy->SetName("cdbList");   
2581   //
2582   TIter iter2(cdbList);  
2583   
2584   AliCDBId* id=0;
2585   while((id = dynamic_cast<AliCDBId*> (iter2.Next()))){  
2586     cdbListCopy->Add(new TObjString(id->ToString().Data()));     
2587   }      
2588   //
2589   AliRunLoader::Instance()->CdGAFile();
2590   gDirectory->WriteObject(cdbMapCopy,"cdbMap","kSingleKey");
2591   gDirectory->WriteObject(cdbListCopy,"cdbList","kSingleKey");  
2592   delete runLoader;
2593   //
2594   AliInfo(Form("Stored used OCDB entries as TMap %s and TList %s in %s",
2595                cdbMapCopy->GetName(),
2596                cdbListCopy->GetName(),
2597                fGAliceFileName.Data()));
2598   //
2599 }