ALIROOT-5576 Can never use OCDB for trigger configurations in simulations. Fixes...
[u/mrichter/AliRoot.git] / STEER / STEER / AliSimulation.cxx
1 /**************************************************************************
2  * Copyright(c) 1998-1999, ALICE Experiment at CERN, All rights reserved. *
3  *                                                                        *
4  * Author: The ALICE Off-line Project.                                    *
5  * Contributors are mentioned in the code where appropriate.              *
6  *                                                                        *
7  * Permission to use, copy, modify and distribute this software and its   *
8  * documentation strictly for non-commercial purposes is hereby granted   *
9  * without fee, provided that the above copyright notice appears in all   *
10  * copies and that both the copyright notice and this permission notice   *
11  * appear in the supporting documentation. The authors make no claims     *
12  * about the suitability of this software for any purpose. It is          *
13  * provided "as is" without express or implied warranty.                  *
14  **************************************************************************/
15
16 /* $Id: AliSimulation.cxx 64623 2013-10-21 13:38:58Z rgrosso $ */
17
18 ///////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
19 //                                                                           //
20 // class for running generation, simulation and digitization                 //
21 //                                                                           //
22 // Hits, sdigits and digits are created for all detectors by typing:         //
23 //                                                                           //
24 //   AliSimulation sim;                                                      //
25 //   sim.Run();                                                              //
26 //                                                                           //
27 // The Run method returns kTRUE in case of successful execution.             //
28 // The number of events can be given as argument to the Run method or it     //
29 // can be set by                                                             //
30 //                                                                           //
31 //   sim.SetNumberOfEvents(n);                                               //
32 //                                                                           //
33 // The name of the configuration file can be passed as argument to the       //
34 // AliSimulation constructor or can be specified by                          //
35 //                                                                           //
36 //   sim.SetConfigFile("...");                                               //
37 //                                                                           //
38 // The generation of particles and the simulation of detector hits can be    //
39 // switched on or off by                                                     //
40 //                                                                           //
41 //   sim.SetRunGeneration(kTRUE);   // generation of primary particles       //
42 //   sim.SetRunSimulation(kFALSE);  // but no tracking                       //
43 //                                                                           //
44 // For which detectors sdigits and digits will be created, can be steered    //
45 // by                                                                        //
46 //                                                                           //
47 //   sim.SetMakeSDigits("ALL");     // make sdigits for all detectors        //
48 //   sim.SetMakeDigits("ITS TPC");  // make digits only for ITS and TPC      //
49 //                                                                           //
50 // The argument is a (case sensitive) string with the names of the           //
51 // detectors separated by a space. An empty string ("") can be used to       //
52 // disable the creation of sdigits or digits. The special string "ALL"       //
53 // selects all available detectors. This is the default.                     //
54 //                                                                           //
55 // The creation of digits from hits instead of from sdigits can be selected  //
56 // by                                                                        //
57 //                                                                           //
58 //   sim.SetMakeDigitsFromHits("TRD");                                       //
59 //                                                                           //
60 // The argument is again a string with the selected detectors. Be aware that //
61 // this feature is not available for all detectors and that merging is not   //
62 // possible, when digits are created directly from hits.                     //
63 //                                                                           //
64 // Background events can be merged by calling                                //
65 //                                                                           //
66 //   sim.MergeWith("background/galice.root", 2);                             //
67 //                                                                           //
68 // The first argument is the file name of the background galice file. The    //
69 // second argument is the number of signal events per background event.      //
70 // By default this number is calculated from the number of available         //
71 // background events. MergeWith can be called several times to merge more    //
72 // than two event streams. It is assumed that the sdigits were already       //
73 // produced for the background events.                                       //
74 //                                                                           //
75 // The output of raw data can be switched on by calling                      //
76 //                                                                           //
77 //   sim.SetWriteRawData("MUON");   // write raw data for MUON               //
78 //                                                                           //
79 // The default output format of the raw data are DDL files. They are         //
80 // converted to a DATE file, if a file name is given as second argument.     //
81 // For this conversion the program "dateStream" is required. If the file     //
82 // name has the extension ".root", the DATE file is converted to a root      //
83 // file. The program "alimdc" is used for this purpose. For the conversion   //
84 // to DATE and root format the two conversion programs have to be installed. //
85 // Only the raw data in the final format is kept if the third argument is    //
86 // kTRUE.                                                                    //
87 //                                                                           //
88 // The methods RunSimulation, RunSDigitization, RunDigitization,             //
89 // RunHitsDigitization and WriteRawData can be used to run only parts of     //
90 // the full simulation chain. The creation of raw data DDL files and their   //
91 // conversion to the DATE or root format can be run directly by calling      //
92 // the methods WriteRawFiles, ConvertRawFilesToDate and ConvertDateToRoot.   //
93 //                                                                           //
94 // The default number of events per file, which is usually set in the        //
95 // config file, can be changed for individual detectors and data types       //
96 // by calling                                                                //
97 //                                                                           //
98 //   sim.SetEventsPerFile("PHOS", "Reconstructed Points", 3);                //
99 //                                                                           //
100 // The first argument is the detector, the second one the data type and the  //
101 // last one the number of events per file. Valid data types are "Hits",      //
102 // "Summable Digits", "Digits", "Reconstructed Points" and "Tracks".         //
103 // The number of events per file has to be set before the simulation of      //
104 // hits. Otherwise it has no effect.                                         //
105 //                                                                           //
106 // The trigger configuration is set by the method SetTriggerConfig(X)        //
107 // X can take three kinds of values                                          //
108 //                                                                           //
109 //  - The exact string "none" - case insensitive.  In this case, not trigger //
110 //    information is generated from the digits.                              //
111 //  - The empty string or "ocdb" - case insensitive.  In this case the       //
112 //    trigger configuration is read from OCDB                                //
113 //  - Some string - say "p-p" - in which case the configuration is read from //
114 //    fixed files in $ALICE_ROOT/GRP/CTP/ - say $ALICE_ROOT/GRP/CTP/p-p.cfg  //
115 //                                                                           //
116 // Default is to read from OCDB.                                             //
117 //                                                                           //
118 ///////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
119
120 #include <TFile.h>
121 #include <TGeoGlobalMagField.h>
122 #include <TGeoManager.h>
123 #include <TObjString.h>
124 #include <TROOT.h>
125 #include <TSystem.h>
126 #include <TVirtualMC.h>
127 #include <TVirtualMCApplication.h>
128 #include <TDatime.h>
129 #include <TInterpreter.h>
130
131 #include "AliAlignObj.h"
132 #include "AliCDBEntry.h"
133 #include "AliCDBManager.h"
134 #include "AliGRPManager.h"
135 #include "AliCDBStorage.h"
136 #include "AliCTPRawData.h"
137 #include "AliCentralTrigger.h"
138 #include "AliCentralTrigger.h"
139 #include "AliCodeTimer.h"
140 #include "AliDAQ.h"
141 #include "AliDigitizer.h"
142 #include "AliESDEvent.h"
143 #include "AliGRPObject.h"
144 #include "AliGenEventHeader.h"
145 #include "AliGenerator.h"
146 #include "AliGeomManager.h"
147 #include "AliHLTSimulation.h"
148 #include "AliHeader.h"
149 #include "AliLego.h"
150 #include "AliLegoGenerator.h"
151 #include "AliLog.h"
152 #include "AliMC.h"
153 #include "AliMagF.h"
154 #include "AliModule.h"
155 #include "AliPDG.h"
156 #include "AliRawReaderDate.h"
157 #include "AliRawReaderFile.h"
158 #include "AliRawReaderRoot.h"
159 #include "AliRun.h"
160 #include "AliDigitizationInput.h"
161 #include "AliRunLoader.h"
162 #include "AliStack.h"
163 #include "AliSimulation.h"
164 #include "AliSysInfo.h"
165 #include "AliVertexGenFile.h"
166
167 using std::ofstream;
168 ClassImp(AliSimulation)
169
170 AliSimulation *AliSimulation::fgInstance = 0;
171  const char* AliSimulation::fgkDetectorName[AliSimulation::fgkNDetectors] = {"ITS", "TPC", "TRD", 
172  "TOF", "PHOS", "HMPID", "EMCAL", "MUON", "FMD", "ZDC", "PMD", "T0", "VZERO", "ACORDE","AD",
173  "FIT","MFT","HLT"};
174
175 //_____________________________________________________________________________
176 AliSimulation::AliSimulation(const char* configFileName,
177                              const char* name, const char* title) :
178   TNamed(name, title),
179
180   fRunGeneratorOnly(kFALSE),
181   fRunGeneration(kTRUE),
182   fRunSimulation(kTRUE),
183   fLoadAlignFromCDB(kTRUE),
184   fLoadAlObjsListOfDets("ALL"),
185   fMakeSDigits("ALL"),
186   fMakeDigits("ALL"),
187   fTriggerConfig(""),
188   fMakeDigitsFromHits(""),
189   fWriteRawData(""),
190   fRawDataFileName(""),
191   fDeleteIntermediateFiles(kFALSE),
192   fWriteSelRawData(kFALSE),
193   fStopOnError(kFALSE),
194   fUseMonitoring(kFALSE),
195   fNEvents(1),
196   fConfigFileName(configFileName),
197   fGAliceFileName("galice.root"),
198   fEventsPerFile(),
199   fBkgrdFileNames(NULL),
200   fAlignObjArray(NULL),
201   fUseBkgrdVertex(kTRUE),
202   fRegionOfInterest(kFALSE),
203   fCDBUri(""),
204   fQARefUri(""), 
205   fSpecCDBUri(),
206   fRun(-1),
207   fSeed(0),
208   fInitCDBCalled(kFALSE),
209   fInitRunNumberCalled(kFALSE),
210   fSetRunNumberFromDataCalled(kFALSE),
211   fEmbeddingFlag(kFALSE),
212   fLego(NULL),
213   fKey(0),
214   fUseVertexFromCDB(0),
215   fUseMagFieldFromGRP(0),
216   fGRPWriteLocation(Form("local://%s", gSystem->pwd())),
217   fUseTimeStampFromCDB(0),
218   fTimeStart(0),
219   fTimeEnd(0),
220   fQADetectors("ALL"),                  
221   fQATasks("ALL"),      
222   fRunQA(kTRUE), 
223   fEventSpecie(AliRecoParam::kDefault),
224   fWriteQAExpertData(kTRUE), 
225   fGeometryFile(),
226   fRunHLT("default"),
227   fpHLT(NULL),
228   fWriteGRPEntry(kTRUE)
229 {
230 // create simulation object with default parameters
231   fgInstance = this;
232   SetGAliceFile("galice.root");
233   
234 // for QA
235         AliQAManager * qam = AliQAManager::QAManager(AliQAv1::kSIMMODE) ; 
236         qam->SetActiveDetectors(fQADetectors) ; 
237         fQATasks = Form("%d %d %d", AliQAv1::kHITS, AliQAv1::kSDIGITS, AliQAv1::kDIGITS) ; 
238         qam->SetTasks(fQATasks) ;       
239 }
240
241 //_____________________________________________________________________________
242 AliSimulation::~AliSimulation()
243 {
244 // clean up
245
246   fEventsPerFile.Delete();
247 //  if(fAlignObjArray) fAlignObjArray->Delete(); // fAlignObjArray->RemoveAll() ???
248 //  delete fAlignObjArray; fAlignObjArray=0;
249
250   if (fBkgrdFileNames) {
251     fBkgrdFileNames->Delete();
252     delete fBkgrdFileNames;
253   }
254
255   fSpecCDBUri.Delete();
256   if (fgInstance==this) fgInstance = 0;
257
258   AliQAManager::QAManager()->ShowQA() ; 
259   AliQAManager::Destroy() ;     
260   AliCodeTimer::Instance()->Print();
261 }
262
263
264 //_____________________________________________________________________________
265 void AliSimulation::SetNumberOfEvents(Int_t nEvents)
266 {
267 // set the number of events for one run
268
269   fNEvents = nEvents;
270 }
271
272 //_____________________________________________________________________________
273 void AliSimulation::InitQA()
274 {
275   // activate a default CDB storage
276   // First check if we have any CDB storage set, because it is used 
277   // to retrieve the calibration and alignment constants
278   
279   if (fInitCDBCalled) return;
280   fInitCDBCalled = kTRUE;
281
282   AliQAManager * qam = AliQAManager::QAManager(AliQAv1::kSIMMODE) ; 
283   qam->SetActiveDetectors(fQADetectors) ; 
284   fQATasks = Form("%d %d %d", AliQAv1::kHITS, AliQAv1::kSDIGITS, AliQAv1::kDIGITS) ; 
285   qam->SetTasks(fQATasks) ;
286         if (fWriteQAExpertData)
287     qam->SetWriteExpert() ; 
288   
289   if (qam->IsDefaultStorageSet()) {
290     AliWarning("!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!");
291     AliWarning("Default QA reference storage has been already set !");
292     AliWarning(Form("Ignoring the default storage declared in AliSimulation: %s",fQARefUri.Data()));
293     AliWarning("!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!");
294     fQARefUri = qam->GetDefaultStorage()->GetURI();
295   } else {
296       if (fQARefUri.Length() > 0) {
297         AliDebug(2,"!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!");
298         AliDebug(2, Form("Default QA reference storage is set to: %s", fQARefUri.Data()));
299         AliDebug(2, "!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!");
300       } else {
301         fQARefUri="local://$ALICE_ROOT/QARef";
302         AliWarning("!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!");
303         AliWarning("Default QA reference storage not yet set !!!!");
304         AliWarning(Form("Setting it now to: %s", fQARefUri.Data()));
305         AliWarning("!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!");
306       }
307     qam->SetDefaultStorage(fQARefUri);
308   }
309 }
310
311 //_____________________________________________________________________________
312 void AliSimulation::InitCDB()
313 {
314 // activate a default CDB storage
315 // First check if we have any CDB storage set, because it is used 
316 // to retrieve the calibration and alignment constants
317
318   if (fInitCDBCalled) return;
319   fInitCDBCalled = kTRUE;
320
321   AliCDBManager* man = AliCDBManager::Instance();
322   if (man->IsDefaultStorageSet())
323   {
324     AliWarning("!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!");
325     AliWarning("Default CDB storage has been already set !");
326     AliWarning(Form("Ignoring the default storage declared in AliSimulation: %s",fCDBUri.Data()));
327     AliWarning("!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!");
328     fCDBUri = man->GetDefaultStorage()->GetURI();
329   }
330   else {
331     if (fCDBUri.Length() > 0) 
332     {
333         AliDebug(2,"!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!");
334         AliDebug(2, Form("Default CDB storage is set to: %s", fCDBUri.Data()));
335         AliDebug(2, "!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!");
336     } else {
337         fCDBUri="local://$ALICE_ROOT/OCDB";
338         AliWarning("!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!");
339         AliWarning("Default CDB storage not yet set !!!!");
340         AliWarning(Form("Setting it now to: %s", fCDBUri.Data()));
341         AliWarning("!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!");
342                 
343     }
344     man->SetDefaultStorage(fCDBUri);
345   }
346
347   // Now activate the detector specific CDB storage locations
348   for (Int_t i = 0; i < fSpecCDBUri.GetEntriesFast(); i++) {
349     TObject* obj = fSpecCDBUri[i];
350     if (!obj) continue;
351     AliDebug(2, "!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!");
352     AliDebug(2, Form("Specific CDB storage for %s is set to: %s",obj->GetName(),obj->GetTitle()));
353     AliDebug(2, "!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!");
354     man->SetSpecificStorage(obj->GetName(), obj->GetTitle());
355   }
356       
357 }
358
359 //_____________________________________________________________________________
360 void AliSimulation::InitRunNumber(){
361 // check run number. If not set, set it to 0 !!!!
362   
363   if (fInitRunNumberCalled) return;
364   fInitRunNumberCalled = kTRUE;
365   
366   AliCDBManager* man = AliCDBManager::Instance();
367   if (man->GetRun() >= 0)
368   {
369         AliFatal(Form("Run number cannot be set in AliCDBManager before start of simulation: "
370                         "Use external variable DC_RUN or AliSimulation::SetRun()!"));
371   }
372     
373   if(fRun >= 0) {
374         AliDebug(2, Form("Setting CDB run number to: %d",fRun));
375   } else {
376         fRun=0;
377         AliWarning(Form("Run number not yet set !!!! Setting it now to: %d",
378                         fRun));
379   }
380   man->SetRun(fRun);
381
382   man->Print();
383
384 }
385
386 //_____________________________________________________________________________
387 void AliSimulation::SetCDBLock() {
388   // Set CDB lock: from now on it is forbidden to reset the run number
389   // or the default storage or to activate any further storage!
390   
391   ULong64_t key = AliCDBManager::Instance()->SetLock(1);
392   if (key) fKey = key;
393 }
394
395 //_____________________________________________________________________________
396 void AliSimulation::SetDefaultStorage(const char* uri) {
397   // Store the desired default CDB storage location
398   // Activate it later within the Run() method
399   
400   fCDBUri = uri;
401   
402 }
403
404 //_____________________________________________________________________________
405 void AliSimulation::SetQARefDefaultStorage(const char* uri) {
406   // Store the desired default CDB storage location
407   // Activate it later within the Run() method
408   
409   fQARefUri = uri;
410   AliQAv1::SetQARefStorage(fQARefUri.Data()) ;
411 }
412
413 //_____________________________________________________________________________
414 void AliSimulation::SetSpecificStorage(const char* calibType, const char* uri) {
415 // Store a detector-specific CDB storage location
416 // Activate it later within the Run() method
417
418   AliCDBPath aPath(calibType);
419   if(!aPath.IsValid()){
420         AliError(Form("Not a valid path: %s", calibType));
421         return;
422   }
423
424   TObject* obj = fSpecCDBUri.FindObject(calibType);
425   if (obj) fSpecCDBUri.Remove(obj);
426   fSpecCDBUri.Add(new TNamed(calibType, uri));
427
428 }
429
430 //_____________________________________________________________________________
431 void AliSimulation::SetRunNumber(Int_t run)
432 {
433 // sets run number
434 // Activate it later within the Run() method
435
436         fRun = run;
437 }
438
439 //_____________________________________________________________________________
440 void AliSimulation::SetSeed(Int_t seed)
441 {
442 // sets seed number
443 // Activate it later within the Run() method
444
445         fSeed = seed;
446 }
447
448 //_____________________________________________________________________________
449 Bool_t AliSimulation::SetRunNumberFromData()
450 {
451   // Set the CDB manager run number
452   // The run number is retrieved from gAlice
453
454     if (fSetRunNumberFromDataCalled) return kTRUE;
455     fSetRunNumberFromDataCalled = kTRUE;    
456   
457     AliCDBManager* man = AliCDBManager::Instance();
458     Int_t runData = -1, runCDB = -1;
459   
460     AliRunLoader* runLoader = LoadRun("READ");
461     if (!runLoader) return kFALSE;
462     else {
463         runData = runLoader->GetHeader()->GetRun();
464         delete runLoader;
465     }
466   
467     runCDB = man->GetRun();
468     if(runCDB >= 0) {
469         if (runCDB != runData) {
470                 AliWarning("!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!");
471                 AliWarning(Form("A run number was previously set in AliCDBManager: %d !", runCDB));
472                 AliWarning(Form("It will be replaced with the run number got from run header: %d !", runData));
473                 AliWarning("!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!");    
474         }
475         
476     }
477       
478     man->SetRun(runData);
479     fRun = runData;
480     
481     if(man->GetRun() < 0) {
482         AliError("Run number not properly initalized!");
483         return kFALSE;
484     }
485   
486     man->Print();
487     
488     return kTRUE;
489 }
490
491 //_____________________________________________________________________________
492 void AliSimulation::SetConfigFile(const char* fileName)
493 {
494 // set the name of the config file
495
496   fConfigFileName = fileName;
497 }
498
499 //_____________________________________________________________________________
500 void AliSimulation::SetGAliceFile(const char* fileName)
501 {
502 // set the name of the galice file
503 // the path is converted to an absolute one if it is relative
504
505   fGAliceFileName = fileName;
506   if (!gSystem->IsAbsoluteFileName(fGAliceFileName)) {
507     char* absFileName = gSystem->ConcatFileName(gSystem->WorkingDirectory(),
508                                                 fGAliceFileName);
509     fGAliceFileName = absFileName;
510     delete[] absFileName;
511   }
512
513   AliDebug(2, Form("galice file name set to %s", fileName));
514 }
515
516 //_____________________________________________________________________________
517 void AliSimulation::SetEventsPerFile(const char* detector, const char* type, 
518                                      Int_t nEvents)
519 {
520 // set the number of events per file for the given detector and data type
521 // ("Hits", "Summable Digits", "Digits", "Reconstructed Points" or "Tracks")
522
523   TNamed* obj = new TNamed(detector, type);
524   obj->SetUniqueID(nEvents);
525   fEventsPerFile.Add(obj);
526 }
527
528 //_____________________________________________________________________________
529 Bool_t AliSimulation::MisalignGeometry(AliRunLoader *runLoader)
530 {
531   // Read the alignment objects from CDB.
532   // Each detector is supposed to have the
533   // alignment objects in DET/Align/Data CDB path.
534   // All the detector objects are then collected,
535   // sorted by geometry level (starting from ALIC) and
536   // then applied to the TGeo geometry.
537   // Finally an overlaps check is performed.
538
539   if (!AliGeomManager::GetGeometry() || !AliGeomManager::GetGeometry()->IsClosed()) {
540     AliError("Can't apply the misalignment! Geometry is not loaded or it is still opened!");
541     return kFALSE;
542   }  
543   
544   // initialize CDB storage, run number, set CDB lock
545   InitCDB();
546 //  if (!SetRunNumberFromData()) if (fStopOnError) return kFALSE;
547   SetCDBLock();
548     
549   Bool_t delRunLoader = kFALSE;
550   if (!runLoader) {
551     runLoader = LoadRun("READ");
552     if (!runLoader) return kFALSE;
553     delRunLoader = kTRUE;
554   }
555   
556   // Export ideal geometry 
557   if(!IsGeometryFromFile()) AliGeomManager::GetGeometry()->Export("geometry.root");
558
559   // Load alignment data from CDB and apply to geometry through AliGeomManager
560   if(fLoadAlignFromCDB){
561     
562     TString detStr = fLoadAlObjsListOfDets;
563     TString loadAlObjsListOfDets = "";
564     
565     TObjArray* detArray = runLoader->GetAliRun()->Detectors();
566     for (Int_t iDet = 0; iDet < detArray->GetEntriesFast(); iDet++) {
567       AliModule* det = (AliModule*) detArray->At(iDet);
568       if (!det || !det->IsActive()) continue;
569       if (IsSelected(det->GetName(), detStr)) {
570         //add det to list of dets to be aligned from CDB
571         loadAlObjsListOfDets += det->GetName();
572         loadAlObjsListOfDets += " ";
573       }
574     } // end loop over detectors
575     loadAlObjsListOfDets.Prepend("GRP "); //add alignment objects for non-sensitive modules
576     AliGeomManager::ApplyAlignObjsFromCDB(loadAlObjsListOfDets.Data());
577   }else{
578     // Check if the array with alignment objects was
579     // provided by the user. If yes, apply the objects
580     // to the present TGeo geometry
581     if (fAlignObjArray) {
582       if (AliGeomManager::ApplyAlignObjsToGeom(*fAlignObjArray) == kFALSE) {
583         AliError("The misalignment of one or more volumes failed!"
584                  "Compare the list of simulated detectors and the list of detector alignment data!");
585         if (delRunLoader) delete runLoader;
586         return kFALSE;
587       }
588     }
589   }
590
591   // Update the internal geometry of modules (ITS needs it)
592   TString detStr = fLoadAlObjsListOfDets;
593   TObjArray* detArray = runLoader->GetAliRun()->Detectors();
594   for (Int_t iDet = 0; iDet < detArray->GetEntriesFast(); iDet++) {
595
596     AliModule* det = (AliModule*) detArray->At(iDet);
597     if (!det || !det->IsActive()) continue;
598     if (IsSelected(det->GetName(), detStr)) {
599       det->UpdateInternalGeometry();
600     }
601   } // end loop over detectors
602
603
604   if (delRunLoader) delete runLoader;
605
606   return kTRUE;
607 }
608
609 //_____________________________________________________________________________
610 void AliSimulation::MergeWith(const char* fileName, Int_t nSignalPerBkgrd)
611 {
612 // add a file with background events for merging
613
614   TObjString* fileNameStr = new TObjString(fileName);
615   fileNameStr->SetUniqueID(nSignalPerBkgrd);
616   if (!fBkgrdFileNames) fBkgrdFileNames = new TObjArray;
617   fBkgrdFileNames->Add(fileNameStr);
618 }
619
620 void AliSimulation::EmbedInto(const char* fileName, Int_t nSignalPerBkgrd)
621 {
622 // add a file with background events for embeddin
623   MergeWith(fileName, nSignalPerBkgrd);
624   fEmbeddingFlag = kTRUE;
625 }
626
627 //_____________________________________________________________________________
628 Bool_t AliSimulation::Run(Int_t nEvents)
629 {
630 // run the generation, simulation and digitization
631
632  
633   AliCodeTimerAuto("",0)
634   AliSysInfo::AddStamp("Start_Run");
635   
636   // Load run number and seed from environmental vars
637   ProcessEnvironmentVars();
638   AliSysInfo::AddStamp("ProcessEnvironmentVars");
639
640   gRandom->SetSeed(fSeed);
641    
642   if (nEvents > 0) fNEvents = nEvents;
643
644   // Run generator-only code on demand
645   if (fRunGeneratorOnly)
646   {
647     if(!RunGeneratorOnly())
648     {
649       if (fStopOnError) return kFALSE;
650     }
651     else
652       return kTRUE;
653   }
654
655   // create and setup the HLT instance
656   if (!fRunHLT.IsNull() && !CreateHLT()) {
657     if (fStopOnError) return kFALSE;
658     // disable HLT
659     fRunHLT="";
660   }
661   
662   // generation and simulation -> hits
663   if (fRunGeneration) {
664     if (!RunSimulation()) if (fStopOnError) return kFALSE;
665   }
666   AliSysInfo::AddStamp("RunSimulation");
667            
668   // initialize CDB storage from external environment
669   // (either CDB manager or AliSimulation setters),
670   // if not already done in RunSimulation()
671   InitCDB();
672   AliSysInfo::AddStamp("InitCDB");
673   
674   // Set run number in CDBManager from data 
675   // From this point on the run number must be always loaded from data!
676   if (!SetRunNumberFromData()) if (fStopOnError) return kFALSE;
677   
678   // Set CDB lock: from now on it is forbidden to reset the run number
679   // or the default storage or to activate any further storage!
680   SetCDBLock();
681
682   // If RunSimulation was not called, load the geometry and misalign it
683   if (!AliGeomManager::GetGeometry()) {
684     // Initialize the geometry manager
685     AliGeomManager::LoadGeometry("geometry.root");
686     AliSysInfo::AddStamp("GetGeometry");
687 //    // Check that the consistency of symbolic names for the activated subdetectors
688 //    // in the geometry loaded by AliGeomManager
689 //    AliRunLoader* runLoader = LoadRun("READ");
690 //    if (!runLoader) return kFALSE;
691 //
692 //    TString detsToBeChecked = "";
693 //    TObjArray* detArray = runLoader->GetAliRun()->Detectors();
694 //    for (Int_t iDet = 0; iDet < detArray->GetEntriesFast(); iDet++) {
695 //      AliModule* det = (AliModule*) detArray->At(iDet);
696 //      if (!det || !det->IsActive()) continue;
697 //      detsToBeChecked += det->GetName();
698 //      detsToBeChecked += " ";
699 //    } // end loop over detectors
700 //    if(!AliGeomManager::CheckSymNamesLUT(detsToBeChecked.Data()))
701     if(!AliGeomManager::CheckSymNamesLUT("ALL"))
702         AliFatalClass("Current loaded geometry differs in the definition of symbolic names!");
703         
704     if (!AliGeomManager::GetGeometry()) if (fStopOnError) return kFALSE;
705     // Misalign geometry
706     if(!MisalignGeometry()) if (fStopOnError) return kFALSE;
707   }
708   AliSysInfo::AddStamp("MissalignGeometry");
709
710
711   // hits -> summable digits
712   AliSysInfo::AddStamp("Start_sdigitization");
713   if (!fMakeSDigits.IsNull()) {
714     if (!RunSDigitization(fMakeSDigits)) if (fStopOnError) return kFALSE;
715  
716   }
717   AliSysInfo::AddStamp("Stop_sdigitization");
718   
719   AliSysInfo::AddStamp("Start_digitization");  
720   // summable digits -> digits  
721   if (!fMakeDigits.IsNull()) {
722     if (!RunDigitization(fMakeDigits, fMakeDigitsFromHits)) {
723       if (fStopOnError) return kFALSE;
724     }
725    }
726   AliSysInfo::AddStamp("Stop_digitization");
727
728   
729   
730   // hits -> digits
731   if (!fMakeDigitsFromHits.IsNull()) {
732     if (fBkgrdFileNames && (fBkgrdFileNames->GetEntriesFast() > 0)) {
733       AliWarning(Form("Merging and direct creation of digits from hits " 
734                  "was selected for some detectors. "
735                  "No merging will be done for the following detectors: %s",
736                  fMakeDigitsFromHits.Data()));
737     }
738     if (!RunHitsDigitization(fMakeDigitsFromHits)) {
739       if (fStopOnError) return kFALSE;
740     }
741   }
742
743   AliSysInfo::AddStamp("Hits2Digits");
744   
745   
746   // digits -> trigger.  Set trigger configuration to "none" - any
747   // case - to not generate the trigger information.  Set the trigger
748   // configuration to some string X to read from file at
749   // $ALICE_ROOT/GRP/CTP/X.  Set the trigger configuration to the
750   // empty string or "ocdb" - any case - to read from OCDB.
751   if (!fTriggerConfig.EqualTo("none",TString::kIgnoreCase) && 
752       !RunTrigger(fTriggerConfig,fMakeDigits)) {
753     if (fStopOnError) return kFALSE;
754   }
755
756   AliSysInfo::AddStamp("RunTrigger");
757   
758   
759   // digits -> raw data
760   if (!fWriteRawData.IsNull()) {
761     if (!WriteRawData(fWriteRawData, fRawDataFileName, 
762                       fDeleteIntermediateFiles,fWriteSelRawData)) {
763       if (fStopOnError) return kFALSE;
764     }
765   }
766
767   AliSysInfo::AddStamp("WriteRaw");
768   
769   // run HLT simulation on simulated digit data if raw data is not
770   // simulated, otherwise its called as part of WriteRawData
771   if (!fRunHLT.IsNull() && fWriteRawData.IsNull()) {
772     if (!RunHLT()) {
773       if (fStopOnError) return kFALSE;
774     }
775   }
776
777   AliSysInfo::AddStamp("RunHLT");
778   
779   //QA
780   if (fRunQA) {
781       Bool_t rv = RunQA() ; 
782       if (!rv)
783           if (fStopOnError) 
784               return kFALSE ;
785   }
786
787   AliSysInfo::AddStamp("RunQA");
788   //
789   StoreUsedCDBMaps();
790   //  
791   TString snapshotFileOut("");
792   if(TString(gSystem->Getenv("OCDB_SNAPSHOT_CREATE")) == TString("kTRUE")){ 
793       AliInfo(" ******** Creating the snapshot! *********");
794       TString snapshotFile(gSystem->Getenv("OCDB_SNAPSHOT_FILENAME")); 
795       if(!(snapshotFile.IsNull() || snapshotFile.IsWhitespace())) 
796           snapshotFileOut = snapshotFile;
797       else 
798           snapshotFileOut="OCDB.root"; 
799       AliCDBManager::Instance()->DumpToSnapshotFile(snapshotFileOut.Data(),kFALSE); 
800   }
801
802   // Cleanup of CDB manager: cache and active storages!
803   AliCDBManager::Instance()->ClearCache();
804
805   return kTRUE;
806 }
807
808 //_______________________________________________________________________
809 Bool_t AliSimulation::RunLego(const char *setup, Int_t nc1, Float_t c1min,
810                      Float_t c1max,Int_t nc2,Float_t c2min,Float_t c2max,
811                      Float_t rmin,Float_t rmax,Float_t zmax, AliLegoGenerator* gener, Int_t nev)
812 {
813   //
814   // Generates lego plots of:
815   //    - radiation length map phi vs theta
816   //    - radiation length map phi vs eta
817   //    - interaction length map
818   //    - g/cm2 length map
819   //
820   //  ntheta    bins in theta, eta
821   //  themin    minimum angle in theta (degrees)
822   //  themax    maximum angle in theta (degrees)
823   //  nphi      bins in phi
824   //  phimin    minimum angle in phi (degrees)
825   //  phimax    maximum angle in phi (degrees)
826   //  rmin      minimum radius
827   //  rmax      maximum radius
828   //  
829   //
830   //  The number of events generated = ntheta*nphi
831   //  run input parameters in macro setup (default="Config.C")
832   //
833   //  Use macro "lego.C" to visualize the 3 lego plots in spherical coordinates
834   //Begin_Html
835   /*
836     <img src="picts/AliRunLego1.gif">
837   */
838   //End_Html
839   //Begin_Html
840   /*
841     <img src="picts/AliRunLego2.gif">
842   */
843   //End_Html
844   //Begin_Html
845   /*
846     <img src="picts/AliRunLego3.gif">
847   */
848   //End_Html
849   //
850
851 // run the generation and simulation
852
853   AliCodeTimerAuto("",0)
854
855   // initialize CDB storage and run number from external environment
856   // (either CDB manager or AliSimulation setters)
857   InitCDB();
858   InitRunNumber();
859   SetCDBLock();
860   
861   if (!gAlice) {
862     AliError("no gAlice object. Restart aliroot and try again.");
863     return kFALSE;
864   }
865   if (gAlice->Modules()->GetEntries() > 0) {
866     AliError("gAlice was already run. Restart aliroot and try again.");
867     return kFALSE;
868   }
869
870   AliInfo(Form("initializing gAlice with config file %s",
871           fConfigFileName.Data()));
872
873   // Number of events 
874     if (nev == -1) nev  = nc1 * nc2;
875     
876   // check if initialisation has been done
877   // If runloader has been initialized, set the number of events per file to nc1 * nc2
878     
879   // Set new generator
880   if (!gener) gener  = new AliLegoGenerator();
881   //
882   // Configure Generator
883
884   gener->SetRadiusRange(rmin, rmax);
885   gener->SetZMax(zmax);
886   gener->SetCoor1Range(nc1, c1min, c1max);
887   gener->SetCoor2Range(nc2, c2min, c2max);
888   
889   
890   //Create Lego object  
891   fLego = new AliLego("lego",gener);
892
893   //__________________________________________________________________________
894
895   gAlice->Announce();
896
897   gROOT->LoadMacro(setup);
898   gInterpreter->ProcessLine(gAlice->GetConfigFunction());
899
900   if(AliCDBManager::Instance()->GetRun() >= 0) { 
901     SetRunNumber(AliCDBManager::Instance()->GetRun());
902   } else {
903     AliWarning("Run number not initialized!!");
904   }
905
906   AliRunLoader::Instance()->CdGAFile();
907   
908   AliPDG::AddParticlesToPdgDataBase();  
909   
910   TVirtualMC::GetMC()->SetMagField(TGeoGlobalMagField::Instance()->GetField());
911
912   gAlice->GetMCApp()->Init();
913   
914   
915   //Must be here because some MCs (G4) adds detectors here and not in Config.C
916   gAlice->InitLoaders();
917   AliRunLoader::Instance()->MakeTree("E");
918   
919   //
920   // Save stuff at the beginning of the file to avoid file corruption
921   AliRunLoader::Instance()->CdGAFile();
922   gAlice->Write();
923
924   //Save current generator
925   AliGenerator *gen=gAlice->GetMCApp()->Generator();
926   gAlice->GetMCApp()->ResetGenerator(gener);
927   //Prepare MC for Lego Run
928   TVirtualMC::GetMC()->InitLego();
929   
930   //Run Lego Object
931   
932   
933   AliRunLoader::Instance()->SetNumberOfEventsPerFile(nev);
934   TVirtualMC::GetMC()->ProcessRun(nev);
935   
936   // End of this run, close files
937   FinishRun();
938   // Restore current generator
939   gAlice->GetMCApp()->ResetGenerator(gen);
940   // Delete Lego Object
941   delete fLego;
942
943   return kTRUE;
944 }
945
946 //_____________________________________________________________________________
947 Bool_t AliSimulation::RunTrigger(const char* config, const char* detectors)
948 {
949   // run the trigger
950
951   AliCodeTimerAuto("",0)
952
953   // initialize CDB storage from external environment
954   // (either CDB manager or AliSimulation setters),
955   // if not already done in RunSimulation()
956   InitCDB();
957   
958   // Set run number in CDBManager from data 
959   // From this point on the run number must be always loaded from data!
960   if (!SetRunNumberFromData()) if (fStopOnError) return kFALSE;
961   
962   // Set CDB lock: from now on it is forbidden to reset the run number
963   // or the default storage or to activate any further storage!
964   SetCDBLock();
965    
966    AliRunLoader* runLoader = LoadRun("READ");
967    if (!runLoader) return kFALSE;
968    TString trconfiguration = config;
969
970    if (trconfiguration.IsNull()) {
971      if(!fTriggerConfig.IsNull()) {
972        trconfiguration = fTriggerConfig;
973      }
974      else
975        AliWarning("No trigger descriptor is specified. Loading the one that is in the CDB.");
976    }
977
978    runLoader->MakeTree( "GG" );
979    AliCentralTrigger* aCTP = runLoader->GetTrigger();
980    // Load Configuration
981    if (!aCTP->LoadConfiguration( trconfiguration ))
982      return kFALSE;
983
984    // digits -> trigger
985    if( !aCTP->RunTrigger( runLoader , detectors ) ) {
986       if (fStopOnError) {
987         //  delete aCTP;
988         return kFALSE;
989       }
990    }
991
992    delete runLoader;
993
994    return kTRUE;
995 }
996
997 //_____________________________________________________________________________
998 Bool_t AliSimulation::WriteTriggerRawData()
999 {
1000   // Writes the CTP (trigger) DDL raw data
1001   // Details of the format are given in the
1002   // trigger TDR - pages 134 and 135.
1003   AliCTPRawData writer;
1004   //writer.RawData();
1005   writer.RawDataRun2();
1006
1007   return kTRUE;
1008 }
1009
1010 //_____________________________________________________________________________
1011 Bool_t AliSimulation::RunSimulation(Int_t nEvents)
1012 {
1013 // run the generation and simulation
1014
1015   AliCodeTimerAuto("",0)
1016
1017   // initialize CDB storage and run number from external environment
1018   // (either CDB manager or AliSimulation setters)
1019   AliSysInfo::AddStamp("RunSimulation_Begin");
1020   InitCDB();
1021   AliSysInfo::AddStamp("RunSimulation_InitCDB");
1022   InitRunNumber();
1023
1024   SetCDBLock();
1025   AliSysInfo::AddStamp("RunSimulation_SetCDBLock");
1026   
1027   if (!gAlice) {
1028     AliError("no gAlice object. Restart aliroot and try again.");
1029     return kFALSE;
1030   }
1031   if (gAlice->Modules()->GetEntries() > 0) {
1032     AliError("gAlice was already run. Restart aliroot and try again.");
1033     return kFALSE;
1034   }
1035   
1036   // Setup monitoring if requested
1037   gAlice->GetMCApp()->SetUseMonitoring(fUseMonitoring);
1038
1039   AliInfo(Form("initializing gAlice with config file %s",
1040           fConfigFileName.Data()));
1041
1042   //
1043   // Initialize ALICE Simulation run
1044   //
1045   gAlice->Announce();
1046
1047   //
1048   // If requested set the mag. field from the GRP entry.
1049   // After this the field is loccked and cannot be changed by Config.C
1050   if (fUseMagFieldFromGRP) {
1051       AliGRPManager grpM;
1052       grpM.ReadGRPEntry();
1053       grpM.SetMagField();
1054       AliInfo("Field is locked now. It cannot be changed in Config.C");
1055   }
1056 //
1057 // Execute Config.C
1058   TInterpreter::EErrorCode interpreterError=TInterpreter::kNoError;
1059   gROOT->LoadMacro(fConfigFileName.Data());
1060   Long_t interpreterResult=gInterpreter->ProcessLine(gAlice->GetConfigFunction(), &interpreterError);
1061   if (interpreterResult!=0 || interpreterError!=TInterpreter::kNoError) {
1062     AliFatal(Form("execution of config file \"%s\" failed with error %d", fConfigFileName.Data(), (int)interpreterError));
1063   }
1064   AliSysInfo::AddStamp("RunSimulation_Config");
1065
1066 //
1067 // If requested obtain the vertex position and vertex sigma_z from the CDB
1068 // This overwrites the settings from the Config.C  
1069   if (fUseVertexFromCDB) {
1070       Double_t vtxPos[3] = {0., 0., 0.}; 
1071       Double_t vtxSig[3] = {0., 0., 0.};
1072       AliCDBEntry* entry = AliCDBManager::Instance()->Get("GRP/Calib/MeanVertex");
1073       if (entry) {
1074           AliESDVertex* vertex = dynamic_cast<AliESDVertex*> (entry->GetObject());
1075           if (vertex) {
1076               if(vertex->GetXRes()>2.8) { // > pipe radius --> it's a dummy object, don't use it 
1077                   entry = AliCDBManager::Instance()->Get("GRP/Calib/MeanVertexSPD");
1078                   if (entry) vertex = dynamic_cast<AliESDVertex*> (entry->GetObject());
1079               }
1080           }
1081           if (vertex) {
1082               vertex->GetXYZ(vtxPos);
1083               vertex->GetSigmaXYZ(vtxSig);
1084               AliInfo("Overwriting Config.C vertex settings !");
1085               AliInfo(Form("Vertex position from OCDB entry: x = %13.3f, y = %13.3f, z = %13.3f (sigma = %13.3f)\n",
1086                            vtxPos[0], vtxPos[1], vtxPos[2], vtxSig[2]));
1087               
1088               AliGenerator *gen = gAlice->GetMCApp()->Generator();
1089               gen->SetOrigin(vtxPos[0], vtxPos[1], vtxPos[2]);   // vertex position
1090               gen->SetSigmaZ(vtxSig[2]);
1091           }
1092       }
1093   }
1094
1095   // If requested we take the SOR and EOR time-stamps from the GRP and use them
1096   // in order to generate the event time-stamps
1097   if (fUseTimeStampFromCDB) {
1098     AliGRPManager grpM;
1099     grpM.ReadGRPEntry();
1100     const AliGRPObject *grpObj = grpM.GetGRPData();
1101     if (!grpObj || (grpObj->GetTimeEnd() <= grpObj->GetTimeStart())) {
1102       AliError("Missing GRP or bad SOR/EOR time-stamps! Switching off the time-stamp generation from GRP!");
1103       fTimeStart = fTimeEnd = 0;
1104       fUseTimeStampFromCDB = kFALSE;
1105     }
1106     else {
1107       fTimeStart = grpObj->GetTimeStart();
1108       fTimeEnd = grpObj->GetTimeEnd();
1109     }
1110   }
1111   
1112   if(AliCDBManager::Instance()->GetRun() >= 0) { 
1113     AliRunLoader::Instance()->SetRunNumber(AliCDBManager::Instance()->GetRun());
1114     AliRunLoader::Instance()->SetNumberOfEventsPerRun(fNEvents);
1115   } else {
1116         AliWarning("Run number not initialized!!");
1117   }
1118   
1119    AliRunLoader::Instance()->CdGAFile();
1120    
1121
1122    AliPDG::AddParticlesToPdgDataBase();  
1123
1124    TVirtualMC::GetMC()->SetMagField(TGeoGlobalMagField::Instance()->GetField());
1125    AliSysInfo::AddStamp("RunSimulation_GetField");
1126    gAlice->GetMCApp()->Init();
1127    AliSysInfo::AddStamp("RunSimulation_InitMCApp");
1128
1129    //Must be here because some MCs (G4) adds detectors here and not in Config.C
1130    gAlice->InitLoaders();
1131    AliRunLoader::Instance()->MakeTree("E");
1132    AliRunLoader::Instance()->LoadKinematics("RECREATE");
1133    AliRunLoader::Instance()->LoadTrackRefs("RECREATE");
1134    AliRunLoader::Instance()->LoadHits("all","RECREATE");
1135    //
1136    // Save stuff at the beginning of the file to avoid file corruption
1137    AliRunLoader::Instance()->CdGAFile();
1138    gAlice->Write();
1139    gAlice->SetEventNrInRun(-1); //important - we start Begin event from increasing current number in run
1140    AliSysInfo::AddStamp("RunSimulation_InitLoaders");
1141   //___________________________________________________________________________________________
1142   
1143   AliSysInfo::AddStamp("RunSimulation_TriggerDescriptor");
1144
1145   // Set run number in CDBManager
1146   AliInfo(Form("Run number: %d",AliCDBManager::Instance()->GetRun()));
1147
1148   AliRunLoader* runLoader = AliRunLoader::Instance();
1149   if (!runLoader) {
1150              AliError(Form("gAlice has no run loader object. "
1151                              "Check your config file: %s", fConfigFileName.Data()));
1152              return kFALSE;
1153   }
1154   SetGAliceFile(runLoader->GetFileName());
1155       
1156   // Misalign geometry
1157 #if ROOT_VERSION_CODE < 331527
1158   AliGeomManager::SetGeometry(gGeoManager);
1159   
1160   // Check that the consistency of symbolic names for the activated subdetectors
1161   // in the geometry loaded by AliGeomManager
1162   TString detsToBeChecked = "";
1163   TObjArray* detArray = runLoader->GetAliRun()->Detectors();
1164   for (Int_t iDet = 0; iDet < detArray->GetEntriesFast(); iDet++) {
1165     AliModule* det = (AliModule*) detArray->At(iDet);
1166     if (!det || !det->IsActive()) continue;
1167     detsToBeChecked += det->GetName();
1168     detsToBeChecked += " ";
1169   } // end loop over detectors
1170   if(!AliGeomManager::CheckSymNamesLUT(detsToBeChecked.Data()))
1171     AliFatalClass("Current loaded geometry differs in the definition of symbolic names!");
1172   MisalignGeometry(runLoader);
1173   AliSysInfo::AddStamp("RunSimulation_MisalignGeometry");
1174 #endif
1175
1176 //   AliRunLoader* runLoader = AliRunLoader::Instance();
1177 //   if (!runLoader) {
1178 //     AliError(Form("gAlice has no run loader object. "
1179 //                   "Check your config file: %s", fConfigFileName.Data()));
1180 //     return kFALSE;
1181 //   }
1182 //   SetGAliceFile(runLoader->GetFileName());
1183
1184   if (!gAlice->GetMCApp()->Generator()) {
1185     AliError(Form("gAlice has no generator object. "
1186                   "Check your config file: %s", fConfigFileName.Data()));
1187     return kFALSE;
1188   }
1189
1190   // Write GRP entry corresponding to the setting found in Cofig.C
1191   if (fWriteGRPEntry)
1192     WriteGRPEntry();
1193   AliSysInfo::AddStamp("RunSimulation_WriteGRP");
1194
1195   if (nEvents <= 0) nEvents = fNEvents;
1196
1197   // get vertex from background file in case of merging
1198   if (fUseBkgrdVertex &&
1199       fBkgrdFileNames && (fBkgrdFileNames->GetEntriesFast() > 0)) {
1200     Int_t signalPerBkgrd = GetNSignalPerBkgrd(nEvents);
1201     const char* fileName = ((TObjString*)
1202                             (fBkgrdFileNames->At(0)))->GetName();
1203     AliInfo(Form("The vertex will be taken from the background "
1204                  "file %s with nSignalPerBackground = %d", 
1205                  fileName, signalPerBkgrd));
1206     AliVertexGenFile* vtxGen = new AliVertexGenFile(fileName, signalPerBkgrd);
1207     gAlice->GetMCApp()->Generator()->SetVertexGenerator(vtxGen);
1208   }
1209
1210   if (!fRunSimulation) {
1211     gAlice->GetMCApp()->Generator()->SetTrackingFlag(0);
1212   }
1213
1214   // set the number of events per file for given detectors and data types
1215   for (Int_t i = 0; i < fEventsPerFile.GetEntriesFast(); i++) {
1216     if (!fEventsPerFile[i]) continue;
1217     const char* detName = fEventsPerFile[i]->GetName();
1218     const char* typeName = fEventsPerFile[i]->GetTitle();
1219     TString loaderName(detName);
1220     loaderName += "Loader";
1221     AliLoader* loader = runLoader->GetLoader(loaderName);
1222     if (!loader) {
1223       AliError(Form("RunSimulation no loader for %s found\n Number of events per file not set for %s %s", 
1224                     detName, typeName, detName));
1225       continue;
1226     }
1227     AliDataLoader* dataLoader = 
1228       loader->GetDataLoader(typeName);
1229     if (!dataLoader) {
1230       AliError(Form("no data loader for %s found\n"
1231                     "Number of events per file not set for %s %s", 
1232                     typeName, detName, typeName));
1233       continue;
1234     }
1235     dataLoader->SetNumberOfEventsPerFile(fEventsPerFile[i]->GetUniqueID());
1236     AliDebug(1, Form("number of events per file set to %d for %s %s",
1237                      fEventsPerFile[i]->GetUniqueID(), detName, typeName));
1238   }
1239
1240   AliInfo("running gAlice");
1241   AliSysInfo::AddStamp("Start_ProcessRun");
1242
1243   // Create the Root Tree with one branch per detector
1244   //Hits moved to begin event -> now we are crating separate tree for each event
1245   TVirtualMC::GetMC()->ProcessRun(nEvents);
1246
1247   // End of this run, close files
1248   if(nEvents>0) FinishRun();
1249
1250   AliSysInfo::AddStamp("Stop_ProcessRun");
1251   delete runLoader;
1252
1253   return kTRUE;
1254 }
1255
1256 //_____________________________________________________________________________
1257 Bool_t AliSimulation::RunGeneratorOnly()
1258 {
1259   // Execute Config.C
1260   TInterpreter::EErrorCode interpreterError=TInterpreter::kNoError;
1261   gROOT->LoadMacro(fConfigFileName.Data());
1262   Long_t interpreterResult=gInterpreter->ProcessLine(gAlice->GetConfigFunction(), &interpreterError);
1263   if (interpreterResult!=0 || interpreterError!=TInterpreter::kNoError) {
1264     AliFatal(Form("execution of config file \"%s\" failed with error %d", fConfigFileName.Data(), (int)interpreterError));
1265   }
1266
1267   // Setup the runloader and generator, check if everything is OK
1268   AliRunLoader* runLoader = AliRunLoader::Instance();
1269   AliGenerator* generator = gAlice->GetMCApp()->Generator();
1270   if (!runLoader) {
1271     AliError(Form("gAlice has no run loader object. "
1272                   "Check your config file: %s", fConfigFileName.Data()));
1273     return kFALSE;
1274   }
1275   if (!generator) {
1276     AliError(Form("gAlice has no generator object. "
1277                   "Check your config file: %s", fConfigFileName.Data()));
1278     return kFALSE;
1279   }
1280
1281   runLoader->LoadKinematics("RECREATE");
1282   runLoader->MakeTree("E");
1283
1284   // Create stack and header
1285   runLoader->MakeStack();
1286   AliStack*  stack      = runLoader->Stack();
1287   AliHeader* header     = runLoader->GetHeader();
1288
1289   // Intialize generator
1290   generator->Init();
1291   generator->SetStack(stack);
1292
1293   // Run main generator loop
1294
1295   for (Int_t iev=0; iev<fNEvents; iev++)
1296   {
1297     // Initialize event
1298     header->Reset(0,iev);
1299     runLoader->SetEventNumber(iev);
1300     stack->Reset();
1301     runLoader->MakeTree("K");
1302
1303     // Generate event
1304     generator->Generate();
1305
1306     // Finish event
1307     header->SetNprimary(stack->GetNprimary());
1308     header->SetNtrack(stack->GetNtrack());
1309     stack->FinishEvent();
1310     header->SetStack(stack);
1311     runLoader->TreeE()->Fill();
1312     runLoader->WriteKinematics("OVERWRITE");
1313   }
1314
1315   // Finalize
1316   generator->FinishRun();
1317   // Write file
1318   runLoader->WriteHeader("OVERWRITE");
1319   generator->Write();
1320   runLoader->Write();
1321
1322   return kTRUE;
1323 }
1324
1325 //_____________________________________________________________________________
1326 Bool_t AliSimulation::RunSDigitization(const char* detectors)
1327 {
1328 // run the digitization and produce summable digits
1329   static Int_t eventNr=0;
1330   AliCodeTimerAuto("",0) ;
1331
1332   // initialize CDB storage, run number, set CDB lock
1333   InitCDB();
1334   if (!SetRunNumberFromData()) if (fStopOnError) return kFALSE;
1335   SetCDBLock();
1336   
1337   AliRunLoader* runLoader = LoadRun();
1338   if (!runLoader) return kFALSE;
1339
1340   TString detStr = detectors;
1341   TObjArray* detArray = runLoader->GetAliRun()->Detectors();
1342   for (Int_t iDet = 0; iDet < detArray->GetEntriesFast(); iDet++) {
1343     AliModule* det = (AliModule*) detArray->At(iDet);
1344     if (!det || !det->IsActive()) continue;
1345     if (IsSelected(det->GetName(), detStr)) {
1346       AliInfo(Form("creating summable digits for %s", det->GetName()));
1347       AliCodeTimerStart(Form("creating summable digits for %s", det->GetName()));
1348       det->Hits2SDigits();
1349       AliCodeTimerStop(Form("creating summable digits for %s", det->GetName()));
1350       AliSysInfo::AddStamp(Form("Digit_%s_%d",det->GetName(),eventNr), 0,1, eventNr);
1351     }
1352   }
1353
1354   if ((detStr.CompareTo("ALL") != 0) && !detStr.IsNull()) {
1355     AliError(Form("the following detectors were not found: %s",
1356                   detStr.Data()));
1357     if (fStopOnError) return kFALSE;
1358   }
1359   eventNr++;
1360   delete runLoader;
1361
1362   return kTRUE;
1363 }
1364
1365
1366 //_____________________________________________________________________________
1367 Bool_t AliSimulation::RunDigitization(const char* detectors, 
1368                                       const char* excludeDetectors)
1369 {
1370 // run the digitization and produce digits from sdigits
1371
1372   AliCodeTimerAuto("",0)
1373
1374   // initialize CDB storage, run number, set CDB lock
1375   InitCDB();
1376   if (!SetRunNumberFromData()) if (fStopOnError) return kFALSE;
1377   SetCDBLock();
1378   
1379   delete AliRunLoader::Instance();
1380   delete gAlice;
1381   gAlice = NULL;
1382
1383   Int_t nStreams = 1;
1384   if (fBkgrdFileNames) nStreams = fBkgrdFileNames->GetEntriesFast() + 1;
1385   Int_t signalPerBkgrd = GetNSignalPerBkgrd();
1386   AliDigitizationInput digInp(nStreams, signalPerBkgrd);
1387   // digInp.SetEmbeddingFlag(fEmbeddingFlag);
1388   digInp.SetRegionOfInterest(fRegionOfInterest);
1389   digInp.SetInputStream(0, fGAliceFileName.Data());
1390   for (Int_t iStream = 1; iStream < nStreams; iStream++) {
1391     const char* fileName = ((TObjString*)(fBkgrdFileNames->At(iStream-1)))->GetName();
1392     digInp.SetInputStream(iStream, fileName);
1393   }
1394   TObjArray detArr;
1395   detArr.SetOwner(kTRUE);
1396   TString detStr = detectors;
1397   TString detExcl = excludeDetectors;
1398   if (!static_cast<AliStream*>(digInp.GetInputStream(0))->ImportgAlice()) {
1399     AliError("Error occured while getting gAlice from Input 0");
1400     return kFALSE;
1401   }
1402   AliRunLoader* runLoader = AliRunLoader::GetRunLoader(digInp.GetInputStream(0)->GetFolderName());
1403   TObjArray* detArray = runLoader->GetAliRun()->Detectors();
1404   for (Int_t iDet = 0; iDet < detArray->GetEntriesFast(); iDet++) {
1405     AliModule* det = (AliModule*) detArray->At(iDet);
1406     if (!det || !det->IsActive()) continue;
1407     if (!IsSelected(det->GetName(), detStr) || IsSelected(det->GetName(), detExcl)) continue;
1408     AliDigitizer* digitizer = det->CreateDigitizer(&digInp);
1409     if (!digitizer || !digitizer->Init()) {
1410       AliError(Form("no digitizer for %s", det->GetName()));
1411       if (fStopOnError) return kFALSE;
1412       else continue;
1413     }
1414     detArr.AddLast(digitizer);    
1415     AliInfo(Form("Created digitizer from SDigits -> Digits for %s", det->GetName()));    
1416   }
1417   //
1418   if ((detStr.CompareTo("ALL") != 0) && !detStr.IsNull()) {
1419     AliError(Form("the following detectors were not found: %s", detStr.Data()));
1420     if (fStopOnError) return kFALSE;
1421   }
1422   //
1423   Int_t ndigs = detArr.GetEntriesFast();
1424   Int_t eventsCreated = 0;
1425   AliRunLoader* outRl =  digInp.GetOutRunLoader();
1426   while ((eventsCreated++ < fNEvents) || (fNEvents < 0)) {
1427     if (!digInp.ConnectInputTrees()) break;
1428     digInp.InitEvent(); //this must be after call of Connect Input tress.
1429     if (outRl) outRl->SetEventNumber(eventsCreated-1);
1430     static_cast<AliStream*>(digInp.GetInputStream(0))->ImportgAlice(); // use gAlice of the first input stream
1431     for (int id=0;id<ndigs;id++) ((AliDigitizer*)detArr[id])->Digitize("");
1432     digInp.FinishEvent();
1433   };
1434   digInp.FinishGlobal();
1435   //
1436   return kTRUE;
1437 }
1438
1439 //_____________________________________________________________________________
1440 Bool_t AliSimulation::RunHitsDigitization(const char* detectors)
1441 {
1442 // run the digitization and produce digits from hits
1443
1444   AliCodeTimerAuto("",0)
1445
1446   // initialize CDB storage, run number, set CDB lock
1447   InitCDB();
1448   if (!SetRunNumberFromData()) if (fStopOnError) return kFALSE;
1449   SetCDBLock();
1450   
1451   AliRunLoader* runLoader = LoadRun("READ");
1452   if (!runLoader) return kFALSE;
1453
1454   TString detStr = detectors;
1455   TObjArray* detArray = runLoader->GetAliRun()->Detectors();
1456   for (Int_t iDet = 0; iDet < detArray->GetEntriesFast(); iDet++) {
1457     AliModule* det = (AliModule*) detArray->At(iDet);
1458     if (!det || !det->IsActive()) continue;
1459     if (IsSelected(det->GetName(), detStr)) {
1460       AliInfo(Form("creating digits from hits for %s", det->GetName()));
1461       det->Hits2Digits();
1462     }
1463   }
1464
1465   if ((detStr.CompareTo("ALL") != 0) && !detStr.IsNull()) {
1466     AliError(Form("the following detectors were not found: %s", 
1467                   detStr.Data()));
1468     if (fStopOnError) return kFALSE;
1469   }
1470
1471   return kTRUE;
1472 }
1473
1474 //_____________________________________________________________________________
1475 Bool_t AliSimulation::WriteRawData(const char* detectors, 
1476                                    const char* fileName,
1477                                    Bool_t deleteIntermediateFiles,
1478                                    Bool_t selrawdata)
1479 {
1480 // convert the digits to raw data
1481 // First DDL raw data files for the given detectors are created.
1482 // If a file name is given, the DDL files are then converted to a DATE file.
1483 // If deleteIntermediateFiles is true, the DDL raw files are deleted 
1484 // afterwards.
1485 // If the file name has the extension ".root", the DATE file is converted
1486 // to a root file.
1487 // If deleteIntermediateFiles is true, the DATE file is deleted afterwards.
1488 // 'selrawdata' flag can be used to enable writing of detectors raw data
1489 // accoring to the trigger cluster.
1490
1491   AliCodeTimerAuto("",0)
1492   AliSysInfo::AddStamp("WriteRawData_Start");
1493   
1494   TString detStr = detectors;
1495   if (!WriteRawFiles(detStr.Data())) {
1496     if (fStopOnError) return kFALSE;
1497   }
1498   AliSysInfo::AddStamp("WriteRawFiles");
1499
1500   // run HLT simulation on simulated DDL raw files
1501   // and produce HLT ddl raw files to be included in date/root file
1502   // bugfix 2009-06-26: the decision whether to write HLT raw data
1503   // is taken in RunHLT. Here HLT always needs to be run in order to
1504   // create HLT digits, unless its switched off. This is due to the
1505   // special placement of the HLT between the generation of DDL files
1506   // and conversion to DATE/Root file.
1507   detStr.ReplaceAll("HLT", "");
1508   if (!fRunHLT.IsNull()) {
1509     if (!RunHLT()) {
1510       if (fStopOnError) return kFALSE;
1511     }
1512   }
1513   AliSysInfo::AddStamp("WriteRawData_RunHLT");
1514
1515   TString dateFileName(fileName);
1516   if (!dateFileName.IsNull()) {
1517     Bool_t rootOutput = dateFileName.EndsWith(".root");
1518     if (rootOutput) dateFileName += ".date";
1519     TString selDateFileName;
1520     if (selrawdata) {
1521       selDateFileName = "selected.";
1522       selDateFileName+= dateFileName;
1523     }
1524     if (!ConvertRawFilesToDate(dateFileName,selDateFileName)) {
1525       if (fStopOnError) return kFALSE;
1526     }
1527     AliSysInfo::AddStamp("ConvertRawFilesToDate");
1528     if (deleteIntermediateFiles) {
1529       AliRunLoader* runLoader = LoadRun("READ");
1530       if (runLoader) for (Int_t iEvent = 0; 
1531                           iEvent < runLoader->GetNumberOfEvents(); iEvent++) {
1532         char command[256];
1533         snprintf(command, 256, "rm -r raw%d", iEvent);
1534         gSystem->Exec(command);
1535       }
1536       delete runLoader;
1537     }
1538
1539     if (rootOutput) {
1540       if (!ConvertDateToRoot(dateFileName, fileName)) {
1541         if (fStopOnError) return kFALSE;
1542       }
1543       AliSysInfo::AddStamp("ConvertDateToRoot");
1544       if (deleteIntermediateFiles) {
1545         gSystem->Unlink(dateFileName);
1546       }
1547       if (selrawdata) {
1548         TString selFileName = "selected.";
1549         selFileName        += fileName;
1550         if (!ConvertDateToRoot(selDateFileName, selFileName)) {
1551           if (fStopOnError) return kFALSE;
1552         }
1553         if (deleteIntermediateFiles) {
1554           gSystem->Unlink(selDateFileName);
1555         }
1556       }
1557     }
1558   }
1559
1560   return kTRUE;
1561 }
1562
1563 //_____________________________________________________________________________
1564 Bool_t AliSimulation::WriteRawFiles(const char* detectors)
1565 {
1566 // convert the digits to raw data DDL files
1567
1568   AliCodeTimerAuto("",0)
1569   
1570   AliRunLoader* runLoader = LoadRun("READ");
1571   if (!runLoader) return kFALSE;
1572
1573   // write raw data to DDL files
1574   for (Int_t iEvent = 0; iEvent < runLoader->GetNumberOfEvents(); iEvent++) {
1575     AliInfo(Form("processing event %d", iEvent));
1576     runLoader->GetEvent(iEvent);
1577     TString baseDir = gSystem->WorkingDirectory();
1578     char dirName[256];
1579     snprintf(dirName, 256, "raw%d", iEvent);
1580     gSystem->MakeDirectory(dirName);
1581     if (!gSystem->ChangeDirectory(dirName)) {
1582       AliError(Form("couldn't change to directory %s", dirName));
1583       if (fStopOnError) return kFALSE; else continue;
1584     }
1585
1586     ofstream runNbFile(Form("run%u",runLoader->GetHeader()->GetRun()));
1587     runNbFile.close();
1588
1589     TString detStr = detectors;
1590     if (IsSelected("HLT", detStr)) {
1591       // Do nothing. "HLT" will be removed from detStr and HLT raw
1592       // data files are generated in RunHLT.
1593     }
1594
1595     TObjArray* detArray = runLoader->GetAliRun()->Detectors();
1596     for (Int_t iDet = 0; iDet < detArray->GetEntriesFast(); iDet++) {
1597       AliModule* det = (AliModule*) detArray->At(iDet);
1598       if (!det || !det->IsActive()) continue;
1599       if (IsSelected(det->GetName(), detStr)) {
1600         AliInfo(Form("creating raw data from digits for %s", det->GetName()));
1601         det->Digits2Raw();
1602       }
1603     }
1604
1605     if (!WriteTriggerRawData())
1606       if (fStopOnError) return kFALSE;
1607
1608     gSystem->ChangeDirectory(baseDir);
1609     if ((detStr.CompareTo("ALL") != 0) && !detStr.IsNull()) {
1610       AliError(Form("the following detectors were not found: %s", 
1611                     detStr.Data()));
1612       if (fStopOnError) return kFALSE;
1613     }
1614   }
1615
1616   delete runLoader;
1617   
1618   return kTRUE;
1619 }
1620
1621 //_____________________________________________________________________________
1622 Bool_t AliSimulation::ConvertRawFilesToDate(const char* dateFileName,
1623                                             const char* selDateFileName)
1624 {
1625 // convert raw data DDL files to a DATE file with the program "dateStream"
1626 // The second argument is not empty when the user decides to write
1627 // the detectors raw data according to the trigger cluster.
1628
1629   AliCodeTimerAuto("",0)
1630   
1631   char* path = gSystem->Which(gSystem->Getenv("PATH"), "dateStream");
1632   if (!path) {
1633     AliError("the program dateStream was not found");
1634     if (fStopOnError) return kFALSE;
1635   } else {
1636     delete[] path;
1637   }
1638
1639   AliRunLoader* runLoader = LoadRun("READ");
1640   if (!runLoader) return kFALSE;
1641
1642   AliInfo(Form("converting raw data DDL files to DATE file %s", dateFileName));
1643   Bool_t selrawdata = kFALSE;
1644   if (strcmp(selDateFileName,"") != 0) selrawdata = kTRUE;
1645
1646   char command[256];
1647   // Note the option -s. It is used in order to avoid
1648   // the generation of SOR/EOR events.
1649   snprintf(command, 256, "dateStream -c -s -D -o %s -# %d -C -run %d", 
1650           dateFileName, runLoader->GetNumberOfEvents(),runLoader->GetHeader()->GetRun());
1651   FILE* pipe = gSystem->OpenPipe(command, "w");
1652
1653   if (!pipe) {
1654     AliError(Form("Cannot execute command: %s",command));
1655     return kFALSE;
1656   }
1657
1658   Int_t selEvents = 0;
1659   for (Int_t iEvent = 0; iEvent < runLoader->GetNumberOfEvents(); iEvent++) {
1660
1661     UInt_t detectorPattern = 0;
1662     runLoader->GetEvent(iEvent);
1663     if (!runLoader->LoadTrigger()) {
1664       AliCentralTrigger *aCTP = runLoader->GetTrigger();
1665       detectorPattern = aCTP->GetClusterMask();
1666       // Check if the event was triggered by CTP
1667       if (selrawdata) {
1668         if (aCTP->GetClassMask()) selEvents++;
1669       }
1670     }
1671     else {
1672       AliWarning("No trigger can be loaded! Some fields in the event header will be empty !");
1673       if (selrawdata) {
1674         AliWarning("No trigger can be loaded! Writing of selected raw data is abandoned !");
1675         selrawdata = kFALSE;
1676       }
1677     }
1678
1679     fprintf(pipe, "GDC DetectorPattern %u Timestamp %ld\n", detectorPattern, runLoader->GetHeader()->GetTimeStamp());
1680     Float_t ldc = 0;
1681     Int_t prevLDC = -1;
1682
1683     // loop over detectors and DDLs
1684     for (Int_t iDet = 0; iDet < AliDAQ::kNDetectors; iDet++) {
1685       for (Int_t iDDL = 0; iDDL < AliDAQ::NumberOfDdls(iDet); iDDL++) {
1686
1687         Int_t ddlID = AliDAQ::DdlID(iDet,iDDL);
1688         Int_t ldcID = Int_t(ldc + 0.0001);
1689         ldc += AliDAQ::NumberOfLdcs(iDet) / AliDAQ::NumberOfDdls(iDet);
1690
1691         char rawFileName[256];
1692         snprintf(rawFileName, 256, "raw%d/%s", 
1693                 iEvent, AliDAQ::DdlFileName(iDet,iDDL));
1694
1695         // check existence and size of raw data file
1696         FILE* file = fopen(rawFileName, "rb");
1697         if (!file) continue;
1698         fseek(file, 0, SEEK_END);
1699         unsigned long size = ftell(file);
1700         fclose(file);
1701         if (!size) continue;
1702
1703         if (ldcID != prevLDC) {
1704           fprintf(pipe, " LDC Id %d\n", ldcID);
1705           prevLDC = ldcID;
1706         }
1707         fprintf(pipe, "  Equipment Id %d Payload %s\n", ddlID, rawFileName);
1708       }
1709     }
1710   }
1711
1712   Int_t result = gSystem->ClosePipe(pipe);
1713
1714   if (!(selrawdata && selEvents > 0)) {
1715     delete runLoader;
1716     return (result == 0);
1717   }
1718
1719   AliInfo(Form("converting selected by trigger cluster raw data DDL files to DATE file %s", selDateFileName));
1720   
1721   snprintf(command, 256, "dateStream -c -s -D -o %s -# %d -C -run %d", 
1722           selDateFileName,selEvents,runLoader->GetHeader()->GetRun());
1723   FILE* pipe2 = gSystem->OpenPipe(command, "w");
1724
1725   for (Int_t iEvent = 0; iEvent < runLoader->GetNumberOfEvents(); iEvent++) {
1726
1727     // Get the trigger decision and cluster
1728     UInt_t detectorPattern = 0;
1729     TString detClust;
1730     runLoader->GetEvent(iEvent);
1731     if (!runLoader->LoadTrigger()) {
1732       AliCentralTrigger *aCTP = runLoader->GetTrigger();
1733       if (aCTP->GetClassMask() == 0) continue;
1734       detectorPattern = aCTP->GetClusterMask();
1735       detClust = AliDAQ::ListOfTriggeredDetectors(detectorPattern);
1736       AliInfo(Form("List of detectors to be read out: %s",detClust.Data()));
1737     }
1738
1739     fprintf(pipe2, "GDC DetectorPattern %u Timestamp %ld\n", detectorPattern, runLoader->GetHeader()->GetTimeStamp());
1740     Float_t ldc = 0;
1741     Int_t prevLDC = -1;
1742
1743     // loop over detectors and DDLs
1744     for (Int_t iDet = 0; iDet < AliDAQ::kNDetectors; iDet++) {
1745       // Write only raw data from detectors that
1746       // are contained in the trigger cluster(s)
1747       if (!IsSelected(AliDAQ::DetectorName(iDet),detClust)) continue;
1748
1749       for (Int_t iDDL = 0; iDDL < AliDAQ::NumberOfDdls(iDet); iDDL++) {
1750
1751         Int_t ddlID = AliDAQ::DdlID(iDet,iDDL);
1752         Int_t ldcID = Int_t(ldc + 0.0001);
1753         ldc += AliDAQ::NumberOfLdcs(iDet) / AliDAQ::NumberOfDdls(iDet);
1754
1755         char rawFileName[256];
1756         snprintf(rawFileName, 256, "raw%d/%s", 
1757                 iEvent, AliDAQ::DdlFileName(iDet,iDDL));
1758
1759         // check existence and size of raw data file
1760         FILE* file = fopen(rawFileName, "rb");
1761         if (!file) continue;
1762         fseek(file, 0, SEEK_END);
1763         unsigned long size = ftell(file);
1764         fclose(file);
1765         if (!size) continue;
1766
1767         if (ldcID != prevLDC) {
1768           fprintf(pipe2, " LDC Id %d\n", ldcID);
1769           prevLDC = ldcID;
1770         }
1771         fprintf(pipe2, "  Equipment Id %d Payload %s\n", ddlID, rawFileName);
1772       }
1773     }
1774   }
1775
1776   Int_t result2 = gSystem->ClosePipe(pipe2);
1777
1778   delete runLoader;
1779   return ((result == 0) && (result2 == 0));
1780 }
1781
1782 //_____________________________________________________________________________
1783 Bool_t AliSimulation::ConvertDateToRoot(const char* dateFileName,
1784                                         const char* rootFileName)
1785 {
1786 // convert a DATE file to a root file with the program "alimdc"
1787
1788   // ALIMDC setup
1789   const Int_t kDBSize = 2000000000;
1790   const Int_t kTagDBSize = 1000000000;
1791   const Bool_t kFilter = kFALSE;
1792   const Int_t kCompression = 1;
1793
1794   char* path = gSystem->Which(gSystem->Getenv("PATH"), "alimdc");
1795   if (!path) {
1796     AliError("the program alimdc was not found");
1797     if (fStopOnError) return kFALSE;
1798   } else {
1799     delete[] path;
1800   }
1801
1802   AliInfo(Form("converting DATE file %s to root file %s", 
1803                dateFileName, rootFileName));
1804
1805   const char* rawDBFS[2] = { "/tmp/mdc1", "/tmp/mdc2" };
1806   const char* tagDBFS    = "/tmp/mdc1/tags";
1807
1808   // User defined file system locations
1809   if (gSystem->Getenv("ALIMDC_RAWDB1")) 
1810     rawDBFS[0] = gSystem->Getenv("ALIMDC_RAWDB1");
1811   if (gSystem->Getenv("ALIMDC_RAWDB2")) 
1812     rawDBFS[1] = gSystem->Getenv("ALIMDC_RAWDB2");
1813   if (gSystem->Getenv("ALIMDC_TAGDB")) 
1814     tagDBFS = gSystem->Getenv("ALIMDC_TAGDB");
1815
1816   gSystem->Exec(Form("rm -rf %s",rawDBFS[0]));
1817   gSystem->Exec(Form("rm -rf %s",rawDBFS[1]));
1818   gSystem->Exec(Form("rm -rf %s",tagDBFS));
1819
1820   gSystem->Exec(Form("mkdir %s",rawDBFS[0]));
1821   gSystem->Exec(Form("mkdir %s",rawDBFS[1]));
1822   gSystem->Exec(Form("mkdir %s",tagDBFS));
1823
1824   Int_t result = gSystem->Exec(Form("alimdc %d %d %d %d %s", 
1825                                     kDBSize, kTagDBSize, kFilter, kCompression, dateFileName));
1826   gSystem->Exec(Form("mv %s/*.root %s", rawDBFS[0], rootFileName));
1827
1828   gSystem->Exec(Form("rm -rf %s",rawDBFS[0]));
1829   gSystem->Exec(Form("rm -rf %s",rawDBFS[1]));
1830   gSystem->Exec(Form("rm -rf %s",tagDBFS));
1831
1832   return (result == 0);
1833 }
1834
1835
1836 //_____________________________________________________________________________
1837 AliRunLoader* AliSimulation::LoadRun(const char* mode) const
1838 {
1839 // delete existing run loaders, open a new one and load gAlice
1840
1841   delete AliRunLoader::Instance();
1842   AliRunLoader* runLoader = 
1843     AliRunLoader::Open(fGAliceFileName.Data(), 
1844                        AliConfig::GetDefaultEventFolderName(), mode);
1845   if (!runLoader) {
1846     AliError(Form("no run loader found in file %s", fGAliceFileName.Data()));
1847     return NULL;
1848   }
1849   runLoader->LoadgAlice();
1850   runLoader->LoadHeader();
1851   gAlice = runLoader->GetAliRun();
1852   if (!gAlice) {
1853     AliError(Form("no gAlice object found in file %s", 
1854                   fGAliceFileName.Data()));
1855     return NULL;
1856   }
1857   return runLoader;
1858 }
1859
1860 //_____________________________________________________________________________
1861 Int_t AliSimulation::GetNSignalPerBkgrd(Int_t nEvents) const
1862 {
1863 // get or calculate the number of signal events per background event
1864
1865   if (!fBkgrdFileNames) return 1;
1866   Int_t nBkgrdFiles = fBkgrdFileNames->GetEntriesFast();
1867   if (nBkgrdFiles == 0) return 1;
1868
1869   // get the number of signal events
1870   if (nEvents <= 0) {
1871     AliRunLoader* runLoader = 
1872         AliRunLoader::Open(fGAliceFileName.Data(), "SIGNAL");
1873     if (!runLoader) return 1;
1874     
1875     nEvents = runLoader->GetNumberOfEvents();
1876     delete runLoader;
1877   }
1878
1879   Int_t result = 0;
1880   for (Int_t iBkgrdFile = 0; iBkgrdFile < nBkgrdFiles; iBkgrdFile++) {
1881     // get the number of background events
1882     const char* fileName = ((TObjString*)
1883                             (fBkgrdFileNames->At(iBkgrdFile)))->GetName();
1884     AliRunLoader* runLoader =
1885       AliRunLoader::Open(fileName, "BKGRD");
1886     if (!runLoader) continue;
1887     Int_t nBkgrdEvents = runLoader->GetNumberOfEvents();
1888     delete runLoader;
1889   
1890     // get or calculate the number of signal per background events
1891     Int_t nSignalPerBkgrd = fBkgrdFileNames->At(iBkgrdFile)->GetUniqueID();
1892     if (nSignalPerBkgrd <= 0) {
1893       nSignalPerBkgrd = (nEvents-1) / nBkgrdEvents + 1;
1894     } else if (result && (result != nSignalPerBkgrd)) {
1895       AliInfo(Form("the number of signal events per background event "
1896                    "will be changed from %d to %d for stream %d", 
1897                    nSignalPerBkgrd, result, iBkgrdFile+1));
1898       nSignalPerBkgrd = result;
1899     }
1900
1901     if (!result) result = nSignalPerBkgrd;
1902     if (nSignalPerBkgrd * nBkgrdEvents < nEvents) {
1903       AliWarning(Form("not enough background events (%d) for %d signal events "
1904                       "using %d signal per background events for stream %d",
1905                       nBkgrdEvents, nEvents, nSignalPerBkgrd, iBkgrdFile+1));
1906     }
1907   }
1908
1909   return result;
1910 }
1911
1912 //_____________________________________________________________________________
1913 Bool_t AliSimulation::IsSelected(TString detName, TString& detectors) const
1914 {
1915 // check whether detName is contained in detectors
1916 // if yes, it is removed from detectors
1917
1918   // check if all detectors are selected
1919   if ((detectors.CompareTo("ALL") == 0) ||
1920       detectors.BeginsWith("ALL ") ||
1921       detectors.EndsWith(" ALL") ||
1922       detectors.Contains(" ALL ")) {
1923     detectors = "ALL";
1924     return kTRUE;
1925   }
1926
1927   // search for the given detector
1928   Bool_t result = kFALSE;
1929   if ((detectors.CompareTo(detName) == 0) ||
1930       detectors.BeginsWith(detName+" ") ||
1931       detectors.EndsWith(" "+detName) ||
1932       detectors.Contains(" "+detName+" ")) {
1933     detectors.ReplaceAll(detName, "");
1934     result = kTRUE;
1935   }
1936
1937   // clean up the detectors string
1938   while (detectors.Contains("  ")) detectors.ReplaceAll("  ", " ");
1939   while (detectors.BeginsWith(" ")) detectors.Remove(0, 1);
1940   while (detectors.EndsWith(" ")) detectors.Remove(detectors.Length()-1, 1);
1941
1942   return result;
1943 }
1944
1945 //_____________________________________________________________________________
1946 Int_t AliSimulation::ConvertRaw2SDigits(const char* rawDirectory, const char* esdFileName, Int_t N, Int_t nSkip)
1947 {
1948 //
1949 // Steering routine  to convert raw data in directory rawDirectory/ to fake SDigits. 
1950 // These can be used for embedding of MC tracks into RAW data using the standard 
1951 // merging procedure.
1952 //
1953 // If an ESD file is given the reconstructed vertex is taken from it and stored in the event header.
1954 //
1955   if (!gAlice) {
1956     AliError("no gAlice object. Restart aliroot and try again.");
1957     return kFALSE;
1958   }
1959   if (gAlice->Modules()->GetEntries() > 0) {
1960     AliError("gAlice was already run. Restart aliroot and try again.");
1961     return kFALSE;
1962   }
1963   
1964   AliInfo(Form("initializing gAlice with config file %s",fConfigFileName.Data()));
1965   
1966   gAlice->Announce();
1967   
1968   gROOT->LoadMacro(fConfigFileName.Data());
1969   gInterpreter->ProcessLine(gAlice->GetConfigFunction());
1970   
1971   if(AliCDBManager::Instance()->GetRun() >= 0) { 
1972         SetRunNumber(AliCDBManager::Instance()->GetRun());
1973   } else {
1974         AliWarning("Run number not initialized!!");
1975   }
1976   
1977    AliRunLoader::Instance()->CdGAFile();
1978     
1979    AliPDG::AddParticlesToPdgDataBase();  
1980
1981    TVirtualMC::GetMC()->SetMagField(TGeoGlobalMagField::Instance()->GetField());
1982    
1983    gAlice->GetMCApp()->Init();
1984
1985    //Must be here because some MCs (G4) adds detectors here and not in Config.C
1986    gAlice->InitLoaders();
1987    AliRunLoader::Instance()->MakeTree("E");
1988    AliRunLoader::Instance()->LoadKinematics("RECREATE");
1989    AliRunLoader::Instance()->LoadTrackRefs("RECREATE");
1990    AliRunLoader::Instance()->LoadHits("all","RECREATE");
1991
1992    //
1993    // Save stuff at the beginning of the file to avoid file corruption
1994    AliRunLoader::Instance()->CdGAFile();
1995    gAlice->Write();
1996 //
1997 //  Initialize CDB     
1998     InitCDB();
1999     //AliCDBManager* man = AliCDBManager::Instance();
2000     //man->SetRun(0); // Should this come from rawdata header ?
2001     
2002     Int_t iDet;
2003     //
2004     // Get the runloader
2005     AliRunLoader* runLoader = AliRunLoader::Instance();
2006     //
2007     // Open esd file if available
2008     TFile* esdFile = 0;
2009     TTree* treeESD = 0;
2010     AliESDEvent* esd = 0;
2011     if (esdFileName && (strlen(esdFileName)>0)) {
2012       esdFile = TFile::Open(esdFileName);
2013       if (esdFile) {
2014         esd = new AliESDEvent();
2015         esdFile->GetObject("esdTree", treeESD);
2016                   if (treeESD) {
2017                           esd->ReadFromTree(treeESD);
2018                           if (nSkip>0) {
2019                                   AliInfo(Form("Asking to skip first %d ESDs events",nSkip));
2020                           } else {
2021                                   nSkip=0;
2022                           }
2023                   }
2024       }
2025     }
2026
2027     //
2028     // Create the RawReader
2029     TString fileName(rawDirectory);
2030     AliRawReader* rawReader = AliRawReader::Create(fileName.Data());
2031     if (!rawReader) return (kFALSE);
2032     
2033 //     if (!fEquipIdMap.IsNull() && fRawReader)
2034 //       fRawReader->LoadEquipmentIdsMap(fEquipIdMap);
2035     //
2036     // Get list of detectors
2037     TObjArray* detArray = runLoader->GetAliRun()->Detectors();
2038     //
2039     // Get Header
2040     AliHeader* header = runLoader->GetHeader();
2041     // Event loop
2042     Int_t nev = 0;
2043     while(kTRUE) {
2044         if (!(rawReader->NextEvent())) break;
2045         runLoader->SetEventNumber(nev);
2046         runLoader->GetHeader()->Reset(rawReader->GetRunNumber(), 
2047                                       nev, nev);
2048         runLoader->GetEvent(nev);
2049         AliInfo(Form("We are at event %d",nev));
2050         //
2051         // Detector loop
2052         TString detStr = fMakeSDigits;
2053         for (iDet = 0; iDet < detArray->GetEntriesFast(); iDet++) {
2054             AliModule* det = (AliModule*) detArray->At(iDet);
2055             if (!det || !det->IsActive()) continue;
2056             if (IsSelected(det->GetName(), detStr)) {
2057               AliInfo(Form("Calling Raw2SDigits for %s", det->GetName()));
2058               det->Raw2SDigits(rawReader);
2059               rawReader->Reset();
2060             }
2061         } // detectors
2062         
2063
2064         //
2065         //  If ESD information available obtain reconstructed vertex and store in header.
2066         if (treeESD) {
2067                 AliInfo(Form("Selected event %d correspond to event %d in raw and to %d in esd",nev,rawReader->GetEventIndex(),nSkip+rawReader->GetEventIndex()));
2068             treeESD->GetEvent(nSkip+rawReader->GetEventIndex());
2069             const AliESDVertex* esdVertex = esd->GetPrimaryVertex();
2070             Double_t position[3];
2071             esdVertex->GetXYZ(position);
2072             AliGenEventHeader* mcHeader = new  AliGenEventHeader("ESD");
2073             TArrayF mcV;
2074             mcV.Set(3);
2075             for (Int_t i = 0; i < 3; i++) mcV[i] = position[i];
2076             mcHeader->SetPrimaryVertex(mcV);
2077             header->Reset(0,nev);
2078             header->SetGenEventHeader(mcHeader);
2079             AliInfo(Form("***** Saved vertex %f %f %f \n", position[0], position[1], position[2]));
2080         }
2081 //
2082 //      Finish the event
2083         runLoader->TreeE()->Fill();
2084         AliInfo(Form("Finished event %d",nev));
2085         nev++;
2086         if (N>0&&nev>=N)
2087           break;
2088     } // events
2089  
2090     delete rawReader;
2091 //
2092 //  Finish the run 
2093     runLoader->CdGAFile();
2094     runLoader->WriteHeader("OVERWRITE");
2095     runLoader->WriteRunLoader();
2096
2097     return nev;
2098 }
2099
2100 //_____________________________________________________________________________
2101 void AliSimulation::FinishRun()
2102 {
2103   //
2104   // Called at the end of the run.
2105   //
2106
2107   if(IsLegoRun()) 
2108    {
2109     AliDebug(1, "Finish Lego");
2110     AliRunLoader::Instance()->CdGAFile();
2111     fLego->FinishRun();
2112    }
2113   
2114   // Clean detector information
2115   TIter next(gAlice->Modules());
2116   AliModule *detector;
2117   while((detector = dynamic_cast<AliModule*>(next()))) {
2118     AliDebug(2, Form("%s->FinishRun()", detector->GetName()));
2119     detector->FinishRun();
2120   }
2121   
2122   AliDebug(1, "AliRunLoader::Instance()->WriteHeader(OVERWRITE)");
2123   AliRunLoader::Instance()->WriteHeader("OVERWRITE");
2124
2125   // Write AliRun info and all detectors parameters
2126   AliRunLoader::Instance()->CdGAFile();
2127   gAlice->Write(0,TObject::kOverwrite);//write AliRun
2128   AliRunLoader::Instance()->Write(0,TObject::kOverwrite);//write RunLoader itself
2129   //
2130   if(gAlice->GetMCApp()) gAlice->GetMCApp()->FinishRun();  
2131   AliRunLoader::Instance()->Synchronize();
2132 }
2133
2134 //_____________________________________________________________________________
2135 Int_t AliSimulation::GetDetIndex(const char* detector)
2136 {
2137   // return the detector index corresponding to detector
2138   Int_t index = -1 ; 
2139   for (index = 0; index < fgkNDetectors ; index++) {
2140     if ( strcmp(detector, fgkDetectorName[index]) == 0 )
2141           break ; 
2142   }     
2143   return index ; 
2144 }
2145
2146 //_____________________________________________________________________________
2147 Bool_t AliSimulation::CreateHLT()
2148 {
2149   // Init the HLT simulation.
2150   // The function  loads the library and creates the instance of AliHLTSimulation.
2151   // the main reason for the decoupled creation is to set the transient OCDB
2152   // objects before the OCDB is locked
2153
2154   // load the library dynamically
2155   gSystem->Load(ALIHLTSIMULATION_LIBRARY);
2156
2157   // check for the library version
2158   AliHLTSimulationGetLibraryVersion_t fctVersion=(AliHLTSimulationGetLibraryVersion_t)(gSystem->DynFindSymbol(ALIHLTSIMULATION_LIBRARY, ALIHLTSIMULATION_GET_LIBRARY_VERSION));
2159   if (!fctVersion) {
2160     AliError(Form("can not load library %s", ALIHLTSIMULATION_LIBRARY));
2161     return kFALSE;
2162   }
2163   if (fctVersion()!= ALIHLTSIMULATION_LIBRARY_VERSION) {
2164     AliWarning(Form("%s version does not match: compiled for version %d, loaded %d", ALIHLTSIMULATION_LIBRARY, ALIHLTSIMULATION_LIBRARY_VERSION, fctVersion()));
2165   }
2166
2167   // print compile info
2168   typedef void (*CompileInfo)( const char*& date, const char*& time);
2169   CompileInfo fctInfo=(CompileInfo)gSystem->DynFindSymbol(ALIHLTSIMULATION_LIBRARY, "CompileInfo");
2170   if (fctInfo) {
2171     const char* date="";
2172     const char* time="";
2173     (*fctInfo)(date, time);
2174     if (!date) date="unknown";
2175     if (!time) time="unknown";
2176     AliInfo(Form("%s build on %s (%s)", ALIHLTSIMULATION_LIBRARY, date, time));
2177   } else {
2178     AliInfo(Form("no build info available for %s", ALIHLTSIMULATION_LIBRARY));
2179   }
2180
2181   // create instance of the HLT simulation
2182   AliHLTSimulationCreateInstance_t fctCreate=(AliHLTSimulationCreateInstance_t)(gSystem->DynFindSymbol(ALIHLTSIMULATION_LIBRARY, ALIHLTSIMULATION_CREATE_INSTANCE));
2183   if (fctCreate==NULL || (fpHLT=(fctCreate()))==NULL) {
2184     AliError(Form("can not create instance of HLT simulation (creator %p)", fctCreate));
2185     return kFALSE;    
2186   }
2187
2188   TString specObjects;
2189   for (Int_t i = 0; i < fSpecCDBUri.GetEntriesFast(); i++) {
2190     if (specObjects.Length()>0) specObjects+=" ";
2191     specObjects+=fSpecCDBUri[i]->GetName();
2192   }
2193
2194   AliHLTSimulationSetup_t fctSetup=(AliHLTSimulationSetup_t)(gSystem->DynFindSymbol(ALIHLTSIMULATION_LIBRARY, ALIHLTSIMULATION_SETUP));
2195   if (fctSetup==NULL || fctSetup(fpHLT, this, specObjects.Data())<0) {
2196     AliWarning(Form("failed to setup HLT simulation (function %p)", fctSetup));
2197   }
2198
2199   return kTRUE;
2200 }
2201
2202 //_____________________________________________________________________________
2203 Bool_t AliSimulation::RunHLT()
2204 {
2205   // Run the HLT simulation
2206   // HLT simulation is implemented in HLT/sim/AliHLTSimulation
2207   // Disabled if fRunHLT is empty, default vaule is "default".
2208   // AliSimulation::SetRunHLT can be used to set the options for HLT simulation
2209   // The default simulation depends on the HLT component libraries and their
2210   // corresponding agents which define components and chains to run. See
2211   // http://web.ift.uib.no/~kjeks/doc/alice-hlt-current/
2212   // http://web.ift.uib.no/~kjeks/doc/alice-hlt-current/classAliHLTModuleAgent.html
2213   //
2214   // The libraries to be loaded can be specified as an option.
2215   // <pre>
2216   // AliSimulation sim;
2217   // sim.SetRunHLT("libAliHLTSample.so");
2218   // </pre>
2219   // will only load <tt>libAliHLTSample.so</tt>
2220
2221   // Other available options:
2222   // \li loglevel=<i>level</i> <br>
2223   //     logging level for this processing
2224   // \li alilog=off
2225   //     disable redirection of log messages to AliLog class
2226   // \li config=<i>macro</i>
2227   //     configuration macro
2228   // \li chains=<i>configuration</i>
2229   //     comma separated list of configurations to be run during simulation
2230   // \li rawfile=<i>file</i>
2231   //     source for the RawReader to be created, the default is <i>./</i> if
2232   //     raw data is simulated
2233
2234   int iResult=0;
2235
2236   if (!fpHLT && !CreateHLT()) {
2237     return kFALSE;
2238   }
2239   AliHLTSimulation* pHLT=fpHLT;
2240
2241   AliRunLoader* pRunLoader = LoadRun("READ");
2242   if (!pRunLoader) return kFALSE;
2243
2244   // initialize CDB storage, run number, set CDB lock
2245   // thats for the case of running HLT simulation without all the other steps
2246   // multiple calls are handled by the function, so we can just call
2247   InitCDB();
2248   if (!SetRunNumberFromData()) if (fStopOnError) return kFALSE;
2249   SetCDBLock();
2250   
2251   // init the HLT simulation
2252   TString options;
2253   if (fRunHLT.CompareTo("default")!=0) options=fRunHLT;
2254   TString detStr = fWriteRawData;
2255   if (!IsSelected("HLT", detStr)) {
2256     options+=" writerawfiles=";
2257   } else {
2258     options+=" writerawfiles=HLT";
2259   }
2260
2261   if (!detStr.IsNull() && !options.Contains("rawfile=")) {
2262     // as a matter of fact, HLT will run reconstruction and needs the RawReader
2263     // in order to get detector data. By default, RawReaderFile is used to read
2264     // the already simulated ddl files. Date and Root files from the raw data
2265     // are generated after the HLT simulation.
2266     options+=" rawfile=./";
2267   }
2268
2269   AliHLTSimulationInit_t fctInit=(AliHLTSimulationInit_t)(gSystem->DynFindSymbol(ALIHLTSIMULATION_LIBRARY, ALIHLTSIMULATION_INIT));
2270   if (fctInit==NULL || (iResult=(fctInit(pHLT, pRunLoader, options.Data())))<0) {
2271     AliError(Form("can not init HLT simulation: error %d (init %p)", iResult, fctInit));
2272   } else {
2273     // run the HLT simulation
2274     AliHLTSimulationRun_t fctRun=(AliHLTSimulationRun_t)(gSystem->DynFindSymbol(ALIHLTSIMULATION_LIBRARY, ALIHLTSIMULATION_RUN));
2275     if (fctRun==NULL || (iResult=(fctRun(pHLT, pRunLoader)))<0) {
2276       AliError(Form("can not run HLT simulation: error %d (run %p)", iResult, fctRun));
2277     }
2278   }
2279
2280   // delete the instance
2281   AliHLTSimulationDeleteInstance_t fctDelete=(AliHLTSimulationDeleteInstance_t)(gSystem->DynFindSymbol(ALIHLTSIMULATION_LIBRARY, ALIHLTSIMULATION_DELETE_INSTANCE));
2282   if (fctDelete==NULL || fctDelete(pHLT)<0) {
2283     AliError(Form("can not delete instance of HLT simulation (creator %p)", fctDelete));
2284   }
2285   pHLT=NULL;
2286
2287   return iResult>=0?kTRUE:kFALSE;
2288 }
2289
2290 //_____________________________________________________________________________
2291 Bool_t AliSimulation::RunQA()
2292 {
2293         // run the QA on summable hits, digits or digits
2294         
2295     //if(!gAlice) return kFALSE;
2296         AliQAManager::QAManager()->SetRunLoader(AliRunLoader::Instance()) ;
2297
2298         TString detectorsw("") ;  
2299         Bool_t rv = kTRUE ; 
2300   AliQAManager::QAManager()->SetEventSpecie(fEventSpecie) ;
2301         detectorsw = AliQAManager::QAManager()->Run(fQADetectors.Data()) ; 
2302         if ( detectorsw.IsNull() ) 
2303                 rv = kFALSE ; 
2304         return rv ; 
2305 }
2306
2307 //_____________________________________________________________________________
2308 Bool_t AliSimulation::SetRunQA(TString detAndAction) 
2309 {
2310         // Allows to run QA for a selected set of detectors
2311         // and a selected set of tasks among HITS, SDIGITS and DIGITS
2312         // all selected detectors run the same selected tasks
2313         
2314         if (!detAndAction.Contains(":")) {
2315                 AliError( Form("%s is a wrong syntax, use \"DetectorList:ActionList\" \n", detAndAction.Data()) ) ;
2316                 fRunQA = kFALSE ;
2317                 return kFALSE ;                 
2318         }
2319         Int_t colon = detAndAction.Index(":") ; 
2320         fQADetectors = detAndAction(0, colon) ; 
2321         if (fQADetectors.Contains("ALL") ){
2322     TString tmp = Form("%s %s", fMakeDigits.Data(), fMakeDigitsFromHits.Data()) ; 
2323     Int_t minus = fQADetectors.Last('-') ; 
2324     TString toKeep = Form("%s %s", fMakeDigits.Data(), fMakeDigitsFromHits.Data()) ; 
2325     TString toRemove("") ;
2326     while (minus >= 0) {
2327       toRemove = fQADetectors(minus+1, fQADetectors.Length()) ; 
2328       toRemove = toRemove.Strip() ; 
2329       toKeep.ReplaceAll(toRemove, "") ; 
2330       fQADetectors.ReplaceAll(Form("-%s", toRemove.Data()), "") ; 
2331       minus = fQADetectors.Last('-') ; 
2332     }
2333     fQADetectors = toKeep ; 
2334   }
2335   fQATasks   = detAndAction(colon+1, detAndAction.Sizeof() ) ; 
2336         if (fQATasks.Contains("ALL") ) {
2337                 fQATasks = Form("%d %d %d", AliQAv1::kHITS, AliQAv1::kSDIGITS, AliQAv1::kDIGITS) ; 
2338         } else {
2339                 fQATasks.ToUpper() ; 
2340                 TString tempo("") ; 
2341                 if ( fQATasks.Contains("HIT") ) 
2342                         tempo = Form("%d ", AliQAv1::kHITS) ; 
2343                 if ( fQATasks.Contains("SDIGIT") ) 
2344                         tempo += Form("%d ", AliQAv1::kSDIGITS) ; 
2345                 if ( fQATasks.Contains("DIGIT") ) 
2346                         tempo += Form("%d ", AliQAv1::kDIGITS) ; 
2347                 fQATasks = tempo ; 
2348                 if (fQATasks.IsNull()) {
2349                         AliInfo("No QA requested\n")  ;
2350                         fRunQA = kFALSE ;
2351                         return kTRUE ; 
2352                 }
2353         }       
2354         TString tempo(fQATasks) ; 
2355     tempo.ReplaceAll(Form("%d", AliQAv1::kHITS), AliQAv1::GetTaskName(AliQAv1::kHITS))  ;
2356     tempo.ReplaceAll(Form("%d", AliQAv1::kSDIGITS), AliQAv1::GetTaskName(AliQAv1::kSDIGITS)) ;  
2357     tempo.ReplaceAll(Form("%d", AliQAv1::kDIGITS), AliQAv1::GetTaskName(AliQAv1::kDIGITS)) ;    
2358         AliInfo( Form("QA will be done on \"%s\" for \"%s\"\n", fQADetectors.Data(), tempo.Data()) ) ;  
2359         fRunQA = kTRUE ;
2360         AliQAManager::QAManager()->SetActiveDetectors(fQADetectors) ; 
2361         AliQAManager::QAManager()->SetTasks(fQATasks) ; 
2362   for (Int_t det = 0 ; det < AliQAv1::kNDET ; det++) 
2363     AliQAManager::QAManager()->SetWriteExpert(AliQAv1::DETECTORINDEX_t(det)) ;
2364   
2365         return kTRUE; 
2366
2367
2368 //_____________________________________________________________________________
2369 void AliSimulation::ProcessEnvironmentVars()
2370 {
2371 // Extract run number and random generator seed from env variables
2372
2373     AliInfo("Processing environment variables");
2374     
2375     // Random Number seed
2376     
2377     // first check that seed is not already set
2378     if (fSeed == 0) {
2379         if (gSystem->Getenv("CONFIG_SEED")) {
2380                 fSeed = atoi(gSystem->Getenv("CONFIG_SEED"));
2381         }
2382     } else {
2383         if (gSystem->Getenv("CONFIG_SEED")) {
2384                 AliInfo(Form("Seed for random number generation already set (%d)"
2385                              ": CONFIG_SEED variable ignored!", fSeed));
2386         }
2387     }
2388    
2389     AliInfo(Form("Seed for random number generation = %d ", fSeed)); 
2390
2391     // Run Number
2392     
2393     // first check that run number is not already set
2394     if(fRun < 0) {    
2395         if (gSystem->Getenv("DC_RUN")) {
2396                 fRun = atoi(gSystem->Getenv("DC_RUN"));
2397         }
2398     } else {
2399         if (gSystem->Getenv("DC_RUN")) {
2400                 AliInfo(Form("Run number already set (%d): DC_RUN variable ignored!", fRun));
2401         }
2402     }
2403     
2404     AliInfo(Form("Run number = %d", fRun)); 
2405 }
2406
2407 //---------------------------------------------------------------------
2408 void AliSimulation::WriteGRPEntry()
2409 {
2410   // Get the necessary information from galice (generator, trigger etc) and
2411   // write a GRP entry corresponding to the settings in the Config.C used
2412   // note that Hall probes and Cavern and Surface Atmos pressures are not simulated.
2413
2414
2415   AliInfo("Writing global run parameters entry into the OCDB");
2416
2417   AliGRPObject* grpObj = new AliGRPObject();
2418
2419   grpObj->SetRunType("PHYSICS");
2420   grpObj->SetTimeStart(fTimeStart);
2421   grpObj->SetTimeEnd(fTimeEnd); 
2422   grpObj->SetBeamEnergyIsSqrtSHalfGeV(); // new format of GRP: store sqrt(s)/2 in GeV
2423
2424   const AliGenerator *gen = gAlice->GetMCApp()->Generator();
2425   Int_t a = 0;
2426   Int_t z = 0;
2427
2428   if (gen) {
2429     TString projectile;
2430     gen->GetProjectile(projectile,a,z);
2431     TString target;
2432     gen->GetTarget(target,a,z);
2433     TString beamType = projectile + "-" + target;
2434     beamType.ReplaceAll(" ","");
2435     if (!beamType.CompareTo("-")) {
2436       grpObj->SetBeamType("UNKNOWN");
2437       grpObj->SetBeamEnergy(gen->GetEnergyCMS()/2);
2438     }
2439     else {
2440       grpObj->SetBeamType(beamType);
2441       if (z != 0) {
2442           grpObj->SetBeamEnergy(gen->GetEnergyCMS()/2 * a / z);
2443       } else {
2444           grpObj->SetBeamEnergy(gen->GetEnergyCMS()/2 );
2445       }
2446       // Heavy ion run, the event specie is set to kHighMult
2447       fEventSpecie = AliRecoParam::kHighMult;
2448       if ((strcmp(beamType,"p-p") == 0) ||
2449           (strcmp(beamType,"p-")  == 0) ||
2450           (strcmp(beamType,"-p")  == 0) ||
2451           (strcmp(beamType,"P-P") == 0) ||
2452           (strcmp(beamType,"P-")  == 0) ||
2453           (strcmp(beamType,"-P")  == 0)) {
2454         // Proton run, the event specie is set to kLowMult
2455         fEventSpecie = AliRecoParam::kLowMult;
2456       } 
2457     }
2458   } else {
2459     AliWarning("Unknown beam type and energy! Setting energy to 0");
2460     grpObj->SetBeamEnergy(0);
2461     grpObj->SetBeamType("UNKNOWN");
2462   }
2463
2464   UInt_t detectorPattern  = 0;
2465   Int_t nDets = 0;
2466   TObjArray *detArray = gAlice->Detectors();
2467   for (Int_t iDet = 0; iDet < AliDAQ::kNDetectors-1; iDet++) {
2468     if (detArray->FindObject(AliDAQ::OfflineModuleName(iDet))) {
2469       AliDebug(1, Form("Detector #%d found: %s", iDet, AliDAQ::OfflineModuleName(iDet)));
2470       detectorPattern |= (1 << iDet);
2471       nDets++;
2472     }
2473   }
2474   // CTP
2475   if (!fTriggerConfig.IsNull())
2476     detectorPattern |= (1 << AliDAQ::DetectorID("TRG"));
2477
2478   // HLT
2479   if (!fRunHLT.IsNull())
2480     detectorPattern |= (1 << AliDAQ::kHLTId);
2481
2482   grpObj->SetNumberOfDetectors((Char_t)nDets);
2483   grpObj->SetDetectorMask((Int_t)detectorPattern);
2484   grpObj->SetLHCPeriod("LHC08c");
2485   grpObj->SetLHCState("STABLE_BEAMS");
2486   //
2487   AliMagF *field = (AliMagF*)TGeoGlobalMagField::Instance()->GetField();
2488   Float_t solenoidField = field ? TMath::Abs(field->SolenoidField()) : 0;
2489
2490   Float_t factorSol     = field ? field->GetFactorSol() : 0;
2491   Float_t currentSol    = TMath::Abs(factorSol)>1E-6 ? 
2492     TMath::Nint(TMath::Abs(solenoidField/factorSol))/5.*30000.*TMath::Abs(factorSol) : 0;
2493   //
2494   Float_t factorDip     = field ? field->GetFactorDip() : 0;
2495   Float_t currentDip    = 6000.*TMath::Abs(factorDip);
2496   //
2497   grpObj->SetL3Current(currentSol,(AliGRPObject::Stats)0);
2498   grpObj->SetDipoleCurrent(currentDip,(AliGRPObject::Stats)0);  
2499   grpObj->SetL3Polarity(factorSol>0 ? 0:1);  
2500   grpObj->SetDipolePolarity(factorDip>0 ? 0:1);
2501   if (field) grpObj->SetUniformBMap(field->IsUniform()); // for special MC with k5kGUniform map
2502   grpObj->SetPolarityConventionLHC();                    // LHC convention +/+ current -> -/- field main components
2503   //
2504   grpObj->SetCavernTemperature(0,(AliGRPObject::Stats)0);
2505   
2506   //grpMap->Add(new TObjString("fCavernPressure"),new TObjString("0")); ---> not inserted in simulation with the new object, since it is now an AliDCSSensor
2507
2508   // Now store the entry in OCDB
2509   AliCDBManager* man = AliCDBManager::Instance();
2510   
2511   man->SetLock(0, fKey);
2512   
2513   AliCDBStorage* sto = man->GetStorage(fGRPWriteLocation.Data());
2514   
2515
2516   AliCDBId id("GRP/GRP/Data", man->GetRun(), man->GetRun(), 1, 1);
2517   AliCDBMetaData *metadata= new AliCDBMetaData();
2518
2519   metadata->SetResponsible("alice-off@cern.ch");
2520   metadata->SetComment("Automatically produced GRP entry for Monte Carlo");
2521  
2522   sto->Put(grpObj,id,metadata);
2523   man->SetLock(1, fKey);
2524 }
2525
2526 //_____________________________________________________________________________
2527 time_t AliSimulation::GenerateTimeStamp() const
2528 {
2529   // Generate event time-stamp according to
2530   // SOR/EOR time from GRP
2531   if (fUseTimeStampFromCDB)
2532     return fTimeStart + gRandom->Integer(fTimeEnd-fTimeStart);
2533   else
2534     return 0;
2535 }
2536
2537 //_____________________________________________________________________________
2538 void AliSimulation::StoreUsedCDBMaps() const
2539 {
2540   // write in galice.root maps with used CDB paths
2541   //
2542   //
2543   AliRunLoader* runLoader = LoadRun();
2544   if (!runLoader) {
2545     AliError("Failed to open gAlice.root in write mode");
2546     return;
2547   }
2548   //
2549   const TMap *cdbMap = AliCDBManager::Instance()->GetStorageMap();       
2550   const TList *cdbList = AliCDBManager::Instance()->GetRetrievedIds();   
2551   //
2552   TMap *cdbMapCopy = new TMap(cdbMap->GetEntries());     
2553   cdbMapCopy->SetOwner(1);       
2554   //  cdbMapCopy->SetName("cdbMap");     
2555   TIter iter(cdbMap->GetTable());        
2556   //     
2557   TPair* pair = 0;       
2558   while((pair = dynamic_cast<TPair*> (iter.Next()))){    
2559     TObjString* keyStr = dynamic_cast<TObjString*> (pair->Key());        
2560     TObjString* valStr = dynamic_cast<TObjString*> (pair->Value());
2561     if (keyStr && valStr)
2562       cdbMapCopy->Add(new TObjString(keyStr->GetName()), new TObjString(valStr->GetName()));     
2563   }      
2564   //     
2565   TList *cdbListCopy = new TList();      
2566   cdbListCopy->SetOwner(1);      
2567   //  cdbListCopy->SetName("cdbList");   
2568   //
2569   TIter iter2(cdbList);  
2570   
2571   AliCDBId* id=0;
2572   while((id = dynamic_cast<AliCDBId*> (iter2.Next()))){  
2573     cdbListCopy->Add(new TObjString(id->ToString().Data()));     
2574   }      
2575   //
2576   AliRunLoader::Instance()->CdGAFile();
2577   gDirectory->WriteObject(cdbMapCopy,"cdbMap","kSingleKey");
2578   gDirectory->WriteObject(cdbListCopy,"cdbList","kSingleKey");  
2579   delete runLoader;
2580   //
2581   AliInfo(Form("Stored used OCDB entries as TMap %s and TList %s in %s",
2582                cdbMapCopy->GetName(),
2583                cdbListCopy->GetName(),
2584                fGAliceFileName.Data()));
2585   //
2586 }