TOF/AliTOFAlignment.cxx

   1 /**************************************************************************
   2  * Copyright(c) 1998-1999, ALICE Experiment at CERN, All rights reserved. *
   3  *                                                                        *
   4  * Author: The ALICE Off-line Project.                                    *
   5  * Contributors are mentioned in the code where appropriate.              *
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   8  * documentation strictly for non-commercial purposes is hereby granted   *
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  11  * appear in the supporting documentation. The authors make no claims     *
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  13  * provided "as is" without express or implied warranty.                  *
  14 ***************************************************************************/
  15
  16 /*
  17 $Log$
  18 Revision 1.14  2007/04/18 14:49:54  arcelli
  19 Some code cleanup, added more debug info
  20
  21 Revision 1.13  2007/04/17 16:38:36  arcelli
  22 Include Methods to derive TOF AlignObjs from Survey Data
  23
  24 Revision 1.12  2007/02/28 18:09:23  arcelli
  25 Add protection against failed retrieval of the CDB cal object
  26
  27 Revision 1.11  2006/09/19 14:31:26  cvetan
  28 Bugfixes and clean-up of alignment object classes. Introduction of so called symbolic names used to identify the alignable volumes (Raffaele and Cvetan)
  29
  30 Revision 1.10  2006/08/22 13:26:05  arcelli
  31 removal of effective c++ warnings (C.Zampolli)
  32
  33 Revision 1.9  2006/08/10 14:46:54  decaro
  34 TOF raw data format: updated version
  35
  36 Revision 1.8  2006/05/04 19:41:42  hristov
  37 Possibility for partial TOF geometry (S.Arcelli)
  38
  39 Revision 1.7  2006/04/27 13:13:29  hristov
  40 Moving the destructor to the implementation file
  41
  42 Revision 1.6  2006/04/20 22:30:49  hristov
  43 Coding conventions (Annalisa)
  44
  45 Revision 1.5  2006/04/16 22:29:05  hristov
  46 Coding conventions (Annalisa)
  47
  48 Revision 1.4  2006/04/05 08:35:38  hristov
  49 Coding conventions (S.Arcelli, C.Zampolli)
  50
  51 Revision 1.3  2006/03/31 13:49:07  arcelli
  52 Removing some junk printout
  53
  54 Revision 1.2  2006/03/31 11:26:30  arcelli
  55  changing CDB Ids according to standard convention
  56
  57 Revision 1.1  2006/03/28 14:54:48  arcelli
  58 class for TOF alignment
  59
  60 author: Silvia Arcelli, arcelli@bo.infn.it
  61 */
  62
  63 /////////////////////////////////////////////////////////
  64 //                                                     //
  65 //            Class for alignment procedure            //
  66 //                                                     //
  67 //                                                     //
  68 //                                                     //
  69 /////////////////////////////////////////////////////////
  70
  71 #include <Rtypes.h>
  72
  73 #include "TMath.h"
  74 #include "TFile.h"
  75 #include "TRandom.h"
  76
  77 #include "AliLog.h"
  78 #include "AliAlignObj.h"
  79 #include "AliAlignObjAngles.h"
  80 #include "AliAlignObjMatrix.h"
  81 #include "AliCDBManager.h"
  82 #include "AliCDBMetaData.h"
  83 #include "AliCDBId.h"
  84 #include "AliCDBEntry.h"
  85 #include "AliTOFAlignment.h"
  86
  87
  88 ClassImp(AliTOFAlignment)
  89 const Double_t AliTOFAlignment::fgkXsizeTOF  = 124.5; // x size of the TOF ext. volume, cm
  90 const Double_t AliTOFAlignment::fgkYsizeTOF  = 29.0;  // y size of the TOF ext. volume, cm
  91 const Double_t AliTOFAlignment::fgkZsizeTOF  = 913.8; // z size of the TOF ext. volume, cm
  92 const Double_t AliTOFAlignment::fgkRorigTOF  = 384.5; // Mean Radius of the TOF ext. volume, cm
  93 const Double_t AliTOFAlignment::fgkXFM = 38.0; //x pos of FM in the LRS, cm
  94 const Double_t AliTOFAlignment::fgkYFM = 11.2; //y pos of FM in the LRS, cm
  95 const Double_t AliTOFAlignment::fgkZFM = 457.3;//z pos of FM in the LRS, cm
  96 const Double_t AliTOFAlignment::fgkZsizeTOFSens=741.2; //z size of the TOF sensitive volume, cm
  97
  98 //_____________________________________________________________________________
  99 AliTOFAlignment::AliTOFAlignment():
 100   TTask("AliTOFAlignment",""),
 101   fNTOFAlignObj(0),
 102   fTOFmgr(0x0),
 103   fTOFAlignObjArray(0x0)
 104  {
 105    //AliTOFalignment main Ctor
 106    for(Int_t ism=0;ism<18;ism++){
 107      for(Int_t iFM=0;iFM<4;iFM++){
 108        for(Int_t iFMc=0;iFMc<3;iFMc++){
 109          fTOFSurveyFM[ism][iFM][iFMc]=-1.;
 110        }
 111      }
 112    }
 113 }
 114 //_____________________________________________________________________________
 115 AliTOFAlignment::AliTOFAlignment(const AliTOFAlignment &t):
 116   TTask("AliTOFAlignment",""),
 117   fNTOFAlignObj(0),
 118   fTOFmgr(0x0),
 119   fTOFAlignObjArray(0x0)
 120 {
 121   //AliTOFAlignment copy Ctor
 122
 123   fNTOFAlignObj=t.fNTOFAlignObj;
 124   fTOFAlignObjArray=t.fTOFAlignObjArray;
 125   //AliTOFalignment main Ctor
 126   for(Int_t iSM=0;iSM<18;iSM++){
 127      for(Int_t iFM=0;iFM<4;iFM++){
 128        for(Int_t iFMc=0;iFMc<3;iFMc++){
 129          fTOFSurveyFM[iSM][iFM][iFMc]=-1.;
 130        }
 131      }
 132   }
 133 }
 134 //_____________________________________________________________________________
 135 AliTOFAlignment& AliTOFAlignment::operator=(const AliTOFAlignment &t){
 136   //AliTOFAlignment assignment operator
 137
 138   this->fNTOFAlignObj=t.fNTOFAlignObj;
 139   this->fTOFmgr=t.fTOFmgr;
 140   this->fTOFAlignObjArray=t.fTOFAlignObjArray;
 141   return *this;
 142
 143 }
 144 //_____________________________________________________________________________
 145 AliTOFAlignment::~AliTOFAlignment() {
 146   delete fTOFAlignObjArray;
 147   delete fTOFmgr;
 148 }
 149
 150 //_____________________________________________________________________________
 151 void AliTOFAlignment::Smear( Float_t *tr, Float_t *rot)
 152 {
 153   //Introduce Random Offset/Tilts
 154   fTOFAlignObjArray = new TObjArray(kMaxAlignObj);
 155   Float_t dx, dy, dz;  // shifts
 156   Float_t dpsi, dtheta, dphi; // angular displacements
 157   TRandom *rnd   = new TRandom(1567);
 158
 159   Int_t nSMTOF = 18;
 160   AliAlignObj::ELayerID iLayer = AliAlignObj::kInvalidLayer;
 161   UShort_t iIndex=0; //dummy volume index
 162   //  AliAlignObj::ELayerID iLayer = AliAlignObj::kTOF;
 163   //  Int_t iIndex=1; //dummy volume index
 164   UShort_t dvoluid = AliAlignObj::LayerToVolUID(iLayer,iIndex); //dummy volume identity
 165   Int_t i;
 166   for (i = 0; i<nSMTOF ; i++) {
 167     Char_t  path[100];
 168     sprintf(path,"/ALIC_1/B077_1/BSEGMO%i_1/BTOF%i_1",i,i);
 169
 170     dx = (rnd->Gaus(0.,1.))*tr[0];
 171     dy = (rnd->Gaus(0.,1.))*tr[1];
 172     dz = (rnd->Gaus(0.,1.))*tr[2];
 173     dpsi   = rot[0];
 174     dtheta = rot[1];
 175     dphi   = rot[2];
 176     AliAlignObjAngles *o =new AliAlignObjAngles(path, dvoluid, dx, dy, dz, dpsi, dtheta, dphi, kTRUE);
 177     fTOFAlignObjArray->Add(o);
 178   }
 179
 180   fNTOFAlignObj=fTOFAlignObjArray->GetEntries();
 181   AliInfo(Form("Number of Alignable Volumes: %d",fNTOFAlignObj));
 182   delete rnd;
 183 }
 184
 185 //_____________________________________________________________________________
 186 void AliTOFAlignment::Align( Float_t *tr, Float_t *rot)
 187 {
 188   //Introduce Offset/Tilts
 189
 190   fTOFAlignObjArray = new TObjArray(kMaxAlignObj);
 191   Float_t dx, dy, dz;  // shifts
 192   Float_t dpsi, dtheta, dphi; // angular displacements
 193
 194
 195   Int_t nSMTOF = 18;
 196   AliAlignObj::ELayerID iLayer = AliAlignObj::kInvalidLayer;
 197   UShort_t iIndex=0; //dummy volume index
 198   UShort_t dvoluid = AliAlignObj::LayerToVolUID(iLayer,iIndex); //dummy volume identity
 199   Int_t i;
 200   for (i = 0; i<nSMTOF ; i++) {
 201
 202     Char_t  path[100];
 203     sprintf(path,"/ALIC_1/B077_1/BSEGMO%i_1/BTOF%i_1",i,i);
 204     dx = tr[0];
 205     dy = tr[1];
 206     dz = tr[2];
 207     dpsi   = rot[0];
 208     dtheta = rot[1];
 209     dphi   = rot[2];
 210
 211     AliAlignObjAngles *o =new AliAlignObjAngles(path, dvoluid, dx, dy, dz, dpsi, dtheta, dphi, kTRUE);
 212     fTOFAlignObjArray->Add(o);
 213   }
 214   fNTOFAlignObj=fTOFAlignObjArray->GetEntries();
 215   AliInfo(Form("Number of Alignable Volumes: %d",fNTOFAlignObj));
 216 }
 217 //_____________________________________________________________________________
 218 void AliTOFAlignment::WriteParOnCDB(Char_t *sel, Int_t minrun, Int_t maxrun)
 219 {
 220   //Write Align Par on CDB
 221   AliCDBManager *man = AliCDBManager::Instance();
 222   if(!man->IsDefaultStorageSet())man->SetDefaultStorage("local://$ALICE_ROOT");
 223   Char_t *sel1 = "AlignPar" ;
 224   Char_t  out[100];
 225   sprintf(out,"%s/%s",sel,sel1);
 226   AliCDBId idTOFAlign(out,minrun,maxrun);
 227   AliCDBMetaData *mdTOFAlign = new AliCDBMetaData();
 228   mdTOFAlign->SetResponsible("TOF");
 229   AliInfo(Form("Number of Alignable Volumes: %d",fNTOFAlignObj));
 230   man->Put(fTOFAlignObjArray,idTOFAlign,mdTOFAlign);
 231 }
 232 //_____________________________________________________________________________
 233 void AliTOFAlignment::ReadParFromCDB(Char_t *sel, Int_t nrun)
 234 {
 235   //Read Align Par from CDB
 236   AliCDBManager *man = AliCDBManager::Instance();
 237   if(!man->IsDefaultStorageSet())man->SetDefaultStorage("local://$ALICE_ROOT");
 238   Char_t *sel1 = "AlignPar" ;
 239   Char_t  out[100];
 240   sprintf(out,"%s/%s",sel,sel1);
 241   AliCDBEntry *entry = man->Get(out,nrun);
 242   if (!entry) {
 243     AliError(Form("Failed to get entry: %s",out));
 244     return;
 245   }
 246   fTOFAlignObjArray=(TObjArray*)entry->GetObject();
 247   fNTOFAlignObj=fTOFAlignObjArray->GetEntries();
 248   AliInfo(Form("Number of Alignable Volumes from CDB: %d",fNTOFAlignObj));
 249
 250 }
 251 //_____________________________________________________________________________
 252 void AliTOFAlignment::WriteSimParOnCDB(Char_t *sel, Int_t minrun, Int_t maxrun)
 253 {
 254   //Write Sim Align Par on CDB
 255   AliCDBManager *man = AliCDBManager::Instance();
 256   if(!man->IsDefaultStorageSet())man->SetDefaultStorage("local://$ALICE_ROOT");
 257   Char_t *sel1 = "AlignSimPar" ;
 258   Char_t  out[100];
 259   sprintf(out,"%s/%s",sel,sel1);
 260   AliCDBId idTOFAlign(out,minrun,maxrun);
 261   AliCDBMetaData *mdTOFAlign = new AliCDBMetaData();
 262   mdTOFAlign->SetResponsible("TOF");
 263   AliInfo(Form("Number of Alignable Volumes: %d",fNTOFAlignObj));
 264   man->Put(fTOFAlignObjArray,idTOFAlign,mdTOFAlign);
 265 }
 266 //_____________________________________________________________________________
 267 void AliTOFAlignment::ReadSimParFromCDB(Char_t *sel, Int_t nrun){
 268   //Read Sim Align Par from CDB
 269   AliCDBManager *man = AliCDBManager::Instance();
 270   if(!man->IsDefaultStorageSet())man->SetDefaultStorage("local://$ALICE_ROOT");
 271   Char_t *sel1 = "AlignSimPar" ;
 272   Char_t  out[100];
 273   sprintf(out,"%s/%s",sel,sel1);
 274   AliCDBEntry *entry = man->Get(out,nrun);
 275   fTOFAlignObjArray=(TObjArray*)entry->GetObject();
 276   fNTOFAlignObj=fTOFAlignObjArray->GetEntries();
 277   AliInfo(Form("Number of Alignable Volumes from CDB: %d",fNTOFAlignObj));
 278
 279 }
 280 //_____________________________________________________________________________
 281 void AliTOFAlignment::WriteOnCDBforDC()
 282 {
 283   //Write Align Par on CDB for DC06
 284   AliCDBManager *man = AliCDBManager::Instance();
 285   if(!man->IsDefaultStorageSet())man->SetDefaultStorage("local://$ALICE_ROOT");
 286   AliCDBId idTOFAlign("TOF/Align/Data",0,0);
 287   AliCDBMetaData *mdTOFAlign = new AliCDBMetaData();
 288   mdTOFAlign->SetComment("Alignment objects for ideal geometry, i.e. applying them to TGeo has to leave geometry unchanged");
 289   mdTOFAlign->SetResponsible("TOF");
 290   AliInfo(Form("Number of Alignable Volumes: %d",fNTOFAlignObj));
 291   man->Put(fTOFAlignObjArray,idTOFAlign,mdTOFAlign);
 292 }
 293 //_____________________________________________________________________________
 294 void AliTOFAlignment::ReadFromCDBforDC()
 295 {
 296   //Read Sim Align Par from CDB for DC06
 297   AliCDBManager *man = AliCDBManager::Instance();
 298   if(!man->IsDefaultStorageSet())man->SetDefaultStorage("local://$ALICE_ROOT");
 299   AliCDBEntry *entry = man->Get("TOF/Align/Data",0);
 300   fTOFAlignObjArray=(TObjArray*)entry->GetObject();
 301   fNTOFAlignObj=fTOFAlignObjArray->GetEntries();
 302   AliInfo(Form("Number of Alignable Volumes from CDB: %d",fNTOFAlignObj));
 303
 304 }
 305 //_____________________________________________________________________________
 306 void AliTOFAlignment::BuildGeomForSurvey()
 307 {
 308
 309   //Generates the ideal TOF structure with four Fiducial Marks in each
 310   //supermodule (two on each z side) in their expected position.
 311   //Highly inspired to Raffaele's example...
 312
 313   fTOFmgr = new TGeoManager("Geom","survey to alignment for TOF");
 314   TGeoMedium *medium = 0;
 315   TGeoVolume *top = fTOFmgr->MakeBox("TOP",medium,1000,1000,1000);
 316   fTOFmgr->SetTopVolume(top);
 317   // make shape components:
 318   // This is the big box containing the TOF master sensitive volume+services
 319   TGeoBBox *sbox0  = new TGeoBBox(fgkXsizeTOF*0.5,fgkYsizeTOF*0.5,fgkZsizeTOF*0.5);
 320   TGeoVolume* box0[18];
 321   // This is the big box containing the TOF master sensitive volume
 322   TGeoBBox *sbox1  = new TGeoBBox(fgkXsizeTOF*0.5,fgkYsizeTOF*0.5,fgkZsizeTOFSens*0.5);
 323   TGeoVolume* box1 = new TGeoVolume("B1",sbox1);
 324   box1->SetLineColor(3);//green
 325
 326   // Now four fiducial marks on SM, expressed in local coordinates
 327   // They are positioned at x=+/- 38 cm, y=11.2, z=+/- 456.94 cm
 328
 329   TGeoBBox *fmbox  = new TGeoBBox(1,1,1);
 330   TGeoVolume* fm = new TGeoVolume("FM",fmbox);
 331   fm->SetLineColor(2);//color
 332
 333   TGeoTranslation* mAtr = new TGeoTranslation("mAtr",-fgkXFM, fgkYFM ,fgkZFM);
 334   TGeoTranslation* mBtr = new TGeoTranslation("mBtr", fgkXFM, fgkYFM, fgkZFM);
 335   TGeoTranslation* mCtr = new TGeoTranslation("mCtr", fgkXFM, fgkYFM,-fgkZFM);
 336   TGeoTranslation* mDtr = new TGeoTranslation("mDtr",-fgkXFM, fgkYFM,-fgkZFM);
 337
 338   // position all this stuff in the global ALICE frame
 339
 340   char name[16];
 341   Double_t smX = 0.;
 342   Double_t smY = 0.;
 343   Double_t smZ = 0.;
 344   Float_t  smR = fgkRorigTOF;
 345
 346   for (Int_t iSM = 0; iSM < 18; iSM++) {
 347     Int_t mod = iSM + 13;
 348     if (mod > 17) mod -= 18;
 349     sprintf(name, "BTOF%d",mod);
 350     box0[iSM] = new TGeoVolume(name,sbox0);
 351     Float_t phi  = iSM * 20.;
 352     Float_t phirot = 180 + phi;
 353     smX =  TMath::Sin(phi*TMath::Pi()/180.)*smR;
 354     smY = -TMath::Cos(phi*TMath::Pi()/180.)*smR;
 355     smZ = 0.;
 356     TGeoRotation* smRot = new TGeoRotation("smRot",phirot,0,0.);
 357     TGeoCombiTrans trans = *(new TGeoCombiTrans(smX,smY,smZ, smRot));
 358     TGeoMatrix* id = new TGeoHMatrix();
 359     TGeoHMatrix  transMat = *id * trans;
 360     TGeoHMatrix  *smTrans = new TGeoHMatrix(transMat);
 361     box0[iSM]->SetVisDaughters();
 362     box0[iSM]->SetLineColor(1); //black
 363     top->AddNode(box0[iSM],1,smTrans); //place the extended SM volume
 364     box0[iSM]->AddNode(box1,1); //place the inner SM volume
 365     box0[iSM]->AddNode(fm,1,mAtr);
 366     box0[iSM]->AddNode(fm,2,mBtr);
 367     box0[iSM]->AddNode(fm,3,mCtr);
 368     box0[iSM]->AddNode(fm,4,mDtr);
 369   }
 370
 371   fTOFmgr->CloseGeometry();
 372   fTOFmgr->GetTopVolume()->Draw();
 373   fTOFmgr->SetVisOption(0);
 374   fTOFmgr->SetVisLevel(6);
 375
 376   // Now Store the "Ideal" Matrices for later use....
 377
 378   for (Int_t iSM = 0; iSM < 18; iSM++) {
 379
 380     sprintf(name, "TOP_1/BTOF%d_1", iSM);
 381     printf("\n\n*****************  TOF SuperModule:  %s ****************** \n",name);
 382     TGeoPhysicalNode* pn3 = fTOFmgr->MakePhysicalNode(name);
 383     fTOFMatrixId[iSM] = pn3->GetMatrix(); //save "ideal" global matrix
 384     printf("\n\n***************  The Ideal Matrix in GRS *****************\n");
 385     fTOFMatrixId[iSM]->Print();
 386
 387   }
 388 }
 389 //_____________________________________________________________________________
 390 void AliTOFAlignment::InsertMisAlignment( Float_t *mis)
 391 {
 392   // Now Apply the Displacements and store the misaligned FM positions...
 393
 394   Double_t lA[3]={-fgkXFM,fgkYFM, fgkZFM};
 395   Double_t lB[3]={ fgkXFM,fgkYFM, fgkZFM};
 396   Double_t lC[3]={ fgkXFM,fgkYFM,-fgkZFM};
 397   Double_t lD[3]={-fgkXFM,fgkYFM,-fgkZFM};
 398
 399   for(Int_t iSM=0;iSM<18;iSM++){
 400   // ************* get ideal global matrix *******************
 401     char name[16];
 402     sprintf(name, "TOP_1/BTOF%d_1", iSM);
 403     fTOFmgr->cd(name);
 404     printf("\n\n******Misaligning TOF SuperModule ************** %s \n",name);
 405
 406   // ************* get ideal local matrix *******************
 407     TGeoHMatrix g3 = *fTOFmgr->GetCurrentMatrix();
 408     TGeoNode* n3 = fTOFmgr->GetCurrentNode();
 409     TGeoMatrix* l3 = n3->GetMatrix();
 410
 411     Double_t gA[3], gB[3], gC[3], gD[3]; // ideal FM point coord., global RS
 412     g3.LocalToMaster(lA,gA);
 413     g3.LocalToMaster(lB,gB);
 414     g3.LocalToMaster(lC,gC);
 415     g3.LocalToMaster(lD,gD);
 416
 417
 418     // We apply a delta transformation to the surveyed vol to represent
 419     // its real position, given below by ng3 nl3, which differs from its
 420     // ideal position saved above in g3 and l3
 421
 422
 423     Double_t dx     = mis[0]; // shift along x
 424     Double_t dy     = mis[1]; // shift along y
 425     Double_t dz     = mis[2]; // shift along z
 426     Double_t dphi   = mis[3]; // rot around z
 427     Double_t dtheta = mis[4]; // rot around x'
 428     Double_t dpsi   = mis[5]; // rot around z'
 429
 430     TGeoRotation* rrot = new TGeoRotation("rot",dphi,dtheta,dpsi);
 431     TGeoCombiTrans localdelta = *(new TGeoCombiTrans(dx,dy,dz, rrot));
 432   // new local matrix, representing real position
 433     TGeoHMatrix nlocal = *l3 * localdelta;
 434     TGeoHMatrix* nl3 = new TGeoHMatrix(nlocal);
 435     TGeoPhysicalNode* pn3 = fTOFmgr->MakePhysicalNode(name);
 436
 437     pn3->Align(nl3);    //Align....
 438
 439     TGeoHMatrix* ng3 = pn3->GetMatrix(); //"real" global matrix, what survey sees
 440     printf("\n\n*************  The Misaligned Matrix in GRS **************\n");
 441     ng3->Print();
 442     Double_t ngA[3], ngB[3], ngC[3], ngD[3];// real FM point coord., global RS
 443     ng3->LocalToMaster(lA,ngA);
 444     ng3->LocalToMaster(lB,ngB);
 445     ng3->LocalToMaster(lC,ngC);
 446     ng3->LocalToMaster(lD,ngD);
 447
 448     for(Int_t iFM=0;iFM<3;iFM++){
 449       fTOFSurveyFM[iSM][0][iFM]=ngA[iFM];
 450       fTOFSurveyFM[iSM][1][iFM]=ngB[iFM];
 451       fTOFSurveyFM[iSM][2][iFM]=ngC[iFM];
 452       fTOFSurveyFM[iSM][3][iFM]=ngD[iFM];
 453     }
 454   }
 455 }
 456
 457 //_____________________________________________________________________________
 458 void AliTOFAlignment::AlignFromSurvey()
 459 {
 460   //From Survey data, derive the needed transformations to get the
 461   //Alignment Objects.
 462   //Again, highly "inspired" to Raffaele's example...
 463
 464   fTOFAlignObjArray = new TObjArray(kMaxAlignObj);
 465   Int_t index=0; //let all SM modules have index=0
 466   AliAlignObj::ELayerID layer = AliAlignObj::kInvalidLayer;
 467   UShort_t dvoluid = AliAlignObj::LayerToVolUID(layer,index); //dummy vol id
 468
 469   for(Int_t iSM=0;iSM<18;iSM++){
 470
 471     printf("\n\n******Survey analysis for TOF SuperModule ************** %i \n",iSM);
 472
 473     Double_t ngA[3], ngB[3], ngC[3], ngD[3];// real FM point coord., global RS
 474
 475    // Get the 'realistic' input from the Survey Matrix
 476     for(Int_t iFM=0;iFM<3;iFM++){
 477       ngA[iFM]=   fTOFSurveyFM[iSM][0][iFM];
 478       ngB[iFM]=   fTOFSurveyFM[iSM][1][iFM];
 479       ngC[iFM]=   fTOFSurveyFM[iSM][2][iFM];
 480       ngD[iFM]=   fTOFSurveyFM[iSM][3][iFM];
 481     }
 482
 483     // From the new fiducial marks coordinates derive back the
 484     // new global position of the surveyed volume
 485     //*** What follows is the actual survey-to-alignment procedure
 486
 487     Double_t ab[3], bc[3], n[3];
 488     Double_t plane[4], s=1.;
 489
 490     // first vector on the plane of the fiducial marks
 491     for(Int_t i=0;i<3;i++){
 492       ab[i] = (ngB[i] - ngA[i]);
 493     }
 494
 495     // second vector on the plane of the fiducial marks
 496     for(Int_t i=0;i<3;i++){
 497       bc[i] = (ngC[i] - ngB[i]);
 498     }
 499
 500     // vector normal to the plane of the fiducial marks obtained
 501     // as cross product of the two vectors on the plane d0^d1
 502     n[0] = (ab[1] * bc[2] - ab[2] * bc[1]);
 503     n[1] = (ab[2] * bc[0] - ab[0] * bc[2]);
 504     n[2] = (ab[0] * bc[1] - ab[1] * bc[0]);
 505
 506     Double_t sizen = TMath::Sqrt( n[0]*n[0] + n[1]*n[1] + n[2]*n[2] );
 507     if(sizen>1.e-8){
 508       s = Double_t(1.)/sizen ; //normalization factor
 509     }else{
 510       AliInfo("Problem in normalizing the vector");
 511     }
 512
 513     // plane expressed in the hessian normal form, see:
 514     // http://mathworld.wolfram.com/HessianNormalForm.html
 515     // the first three are the coordinates of the orthonormal vector
 516     // the fourth coordinate is equal to the distance from the origin
 517
 518     for(Int_t i=0;i<3;i++){
 519       plane[i] = n[i] * s;
 520     }
 521     plane[3] = ( plane[0] * ngA[0] + plane[1] * ngA[1] + plane[2] * ngA[2] );
 522
 523     // The center of the square with fiducial marks as corners
 524     // as the middle point of one diagonal - md
 525     // Used below to get the center - orig - of the surveyed box
 526
 527     Double_t orig[3], md[3];
 528     for(Int_t i=0;i<3;i++){
 529       md[i] = (ngA[i] + ngC[i]) * 0.5;
 530     }
 531
 532     // The center of the box, gives the global translation
 533     for(Int_t i=0;i<3;i++){
 534       orig[i] = md[i] - plane[i]*fgkYFM;
 535     }
 536
 537     // get local directions needed to write the global rotation matrix
 538     // for the surveyed volume by normalising vectors ab and bc
 539     Double_t sx = TMath::Sqrt(ab[0]*ab[0] + ab[1]*ab[1] + ab[2]*ab[2]);
 540     if(sx>1.e-8){
 541       for(Int_t i=0;i<3;i++){
 542         ab[i] /= sx;
 543       }
 544     }
 545     Double_t sy = TMath::Sqrt(bc[0]*bc[0] + bc[1]*bc[1] + bc[2]*bc[2]);
 546     if(sy>1.e-8){
 547       for(Int_t i=0;i<3;i++){
 548         bc[i] /= sy;
 549       }
 550     }
 551     Double_t rot[9] = {ab[0],plane[0],bc[0],ab[1],plane[1],-bc[1],ab[2],plane[2],-bc[2]}; // the rotation matrix
 552
 553     // the Aligned matrix for the current TOF SMS in the Global RS, as derived from Survey:
 554     TGeoHMatrix ng;
 555     ng.SetTranslation(orig);
 556     ng.SetRotation(rot);
 557     printf("\n\n**** The Misaligned Matrix in GRS, as from Survey data ***\n");
 558     ng.Print();
 559
 560     // Calculate the delta transformation wrt Ideal geometry
 561     // (Should be gdelta.rot ==I and gdelta.tr=0 if no misalignment is applied.)
 562     printf("\n\n**** The ideal matrix ***\n");
 563     fTOFMatrixId[iSM]->Print();
 564     TGeoHMatrix gdelta =fTOFMatrixId[iSM]->Inverse();
 565     printf("\n\n**** The inverse of the ideal matrix ***\n");
 566     gdelta.Print();
 567     gdelta.MultiplyLeft(&ng);
 568     printf("\n\n**** The Delta Matrix in GRS, as from Survey data ***\n");
 569     gdelta.Print();
 570
 571     // Now Write the Alignment Objects....
 572     TString symname(Form("TOF/sm%02d",iSM));
 573     AliAlignObjMatrix* o = new AliAlignObjMatrix(symname.Data(),dvoluid,gdelta,kTRUE);
 574     fTOFAlignObjArray->Add(o);
 575   }
 576   // saving TOF AligObjs from survey on a file, for the moment..
 577   fNTOFAlignObj=fTOFAlignObjArray->GetEntries();
 578   AliInfo(Form("Number of Alignable Volumes: %d",fNTOFAlignObj));
 579   TFile f("TOFAlignFromSurvey.root","RECREATE");
 580   f.cd();
 581   f.WriteObject(fTOFAlignObjArray,"TOFAlignObjs","kSingleKey");
 582   f.Close();
 583 }