TOF/AliTOFClusterFinder.cxx

   1 /***************************************************************************
   2  * Copyright(c) 1998-1999, ALICE Experiment at CERN, All rights reserved. *
   3  *                                                                        *
   4  * Author: The ALICE Off-line Project.                                    *
   5  * Contributors are mentioned in the code where appropriate.              *
   6  *                                                                        *
   7  * Permission to use, copy, modify and distribute this software and its   *
   8  * documentation strictly for non-commercial purposes is hereby granted   *
   9  * without fee, provided that the above copyright notice appears in all   *
  10  * copies and that both the copyright notice and this permission notice   *
  11  * appear in the supporting documentation. The authors make no claims     *
  12  * about the suitability of this software for any purpose. It is          *
  13  * provided "as is" without express or implied warranty.                  *
  14  **************************************************************************/
  15
  16 /*
  17 $Log: AliTOFClusterFinder.cxx,v $
  18 Revision 1.31  2007/11/24 14:53:19  zampolli
  19 Status flag implemented as UChar_t
  20
  21 Revision 1.30  2007/10/04 13:08:52  arcelli
  22 updates to comply with AliTOFGeometryV5 becoming AliTOFGeometry
  23
  24 Revision 1.29  2007/10/03 10:42:33  arcelli
  25 updates to handle new AliTOFcluster, inheriting form AliCluster3D
  26
  27 Revision 1.28  2007/05/31 16:06:05  arcelli
  28 move instance of AliRawStream outside loop on DDL
  29
  30 Revision 1.27  2007/05/02 16:31:49  arcelli
  31 Add methods to handle single event reconstruction.  retrieval of Calib
  32 info moved to AliTOFReconstructor ctor, and passed via a pointer to
  33 AliTOFcalib
  34
  35 Revision 1.26  2007/04/30 19:02:24  arcelli
  36 hopefully the last refinements for correct type conversion in calibration
  37
  38 Revision 1.25  2007/04/30 15:22:17  arcelli
  39 Change TOF digit Time, Tot etc to int type
  40
  41 Revision 1.24  2007/04/27 11:19:31  arcelli
  42 updates for the new decoder
  43
  44 Revision 1.23  2007/04/23 16:51:39  decaro
  45 Digits-to-raw_data conversion: correction for a more real description
  46 (A.De Caro, R.Preghenella)
  47
  48 Revision 1.22  2007/04/19 17:26:32  arcelli
  49 Fix a bug (add some debug printout
  50
  51 Revision 1.21  2007/04/18 17:28:12  arcelli
  52 Set the ToT bin width to the one actually used...
  53
  54 Revision 1.20  2007/03/09 09:57:23  arcelli
  55  Remove a forgotten include of Riostrem
  56
  57 Revision 1.19  2007/03/08 15:41:20  arcelli
  58 set uncorrected times when filling RecPoints
  59
  60 Revision 1.18  2007/03/06 16:31:20  arcelli
  61 Add Uncorrected TOF Time signal
  62
  63 Revision 1.17  2007/02/28 18:09:11  arcelli
  64 Add protection against failed retrieval of the CDB cal object,
  65 now Reconstruction exits with AliFatal
  66
  67 Revision 1.16  2007/02/20 15:57:00  decaro
  68 Raw data update: to read the TOF raw data defined in UNPACKED mode
  69
  70
  71 Revision 0.03  2005/07/28 A. De Caro
  72          Implement public method
  73          Raw2Digits(Int_t, AliRawReader *)
  74          to convert digits from raw data in MC digits
  75          (temporary solution)
  76
  77 Revision 0.02  2005/07/27 A. De Caro
  78          Implement public method
  79          Digits2RecPoint(Int_t)
  80          to convert digits in clusters
  81
  82 Revision 0.02  2005/07/26 A. De Caro
  83          Implement private methods
  84          InsertCluster(AliTOFcluster *)
  85          FindClusterIndex(Double_t)
  86          originally implemented in AliTOFtracker
  87          by S. Arcelli and C. Zampolli
  88
  89 Revision 0.01  2005/07/25 A. De Caro
  90          Implement public methods
  91          Digits2RecPoint(AliRawReader *, TTree *)
  92          Digits2RecPoint(Int_t, AliRawReader *)
  93          to convert raw data in clusters
  94  */
  95
  96 ////////////////////////////////////////////////////////////////
  97 //                                                            //
  98 //         Class for TOF cluster finder                       //
  99 //                                                            //
 100 // Starting from Raw Data, create rec points,                 //
 101 //                         fill TreeR for TOF,                //
 102 //                         write TOF.RecPoints.root file      //
 103 //                                                            //
 104 ////////////////////////////////////////////////////////////////
 105
 106 #include "Riostream.h"
 107
 108 #include "TClonesArray.h"
 109 #include "TStopwatch.h"
 110 #include "TTree.h"
 111 //#include <TGeoManager.h>
 112 #include <TGeoMatrix.h>
 113 //#include <TGeoPhysicalNode.h>
 114
 115 #include "AliDAQ.h"
 116 #include "AliLoader.h"
 117 #include "AliLog.h"
 118 #include "AliRawReader.h"
 119 #include "AliRunLoader.h"
 120 //#include "AliAlignObj.h"
 121 #include <AliGeomManager.h>
 122
 123 #include "AliTOFcalib.h"
 124 #include "AliTOFChannelOnlineArray.h"
 125 #include "AliTOFChannelOnlineStatusArray.h"
 126 #include "AliTOFChannelOffline.h"
 127 #include "AliTOFClusterFinder.h"
 128 #include "AliTOFcluster.h"
 129 #include "AliTOFdigit.h"
 130 #include "AliTOFGeometry.h"
 131 #include "AliTOFrawData.h"
 132 //#include "AliTOFRawStream.h"
 133
 134 #include "AliTOFDeltaBCOffset.h"
 135 #include "AliTOFCTPLatency.h"
 136 #include "AliTOFRunParams.h"
 137
 138 //extern TFile *gFile;
 139
 140 ClassImp(AliTOFClusterFinder)
 141
 142 AliTOFClusterFinder::AliTOFClusterFinder(AliTOFcalib *calib):
 143   TTask("AliTOFClusterFinder",""),
 144   fRunLoader(0),
 145   fTOFLoader(0),
 146   fTreeD(0),
 147   fTreeR(0),
 148   fDigits(new TClonesArray("AliTOFdigit", 4000)),
 149   fRecPoints(new TClonesArray("AliTOFcluster", 4000)),
 150   fNumberOfTofClusters(0),
 151   fVerbose(0),
 152   fDecoderVersion(0),
 153   fTOFcalib(calib),
 154   fTOFRawStream(AliTOFRawStream())
 155 {
 156 //
 157 // Constructor
 158 //
 159
 160   TString validity = (TString)fTOFcalib->GetOfflineValidity();
 161   if (validity.CompareTo("valid")==0) {
 162     AliInfo(Form(" validity = %s - Using offline calibration parameters",validity.Data()));
 163   } else {
 164     AliInfo(Form(" validity = %s - Using online calibration parameters",validity.Data()));
 165   }
 166
 167 }
 168
 169 //______________________________________________________________________________
 170
 171 AliTOFClusterFinder::AliTOFClusterFinder(AliRunLoader* runLoader, AliTOFcalib *calib):
 172   TTask("AliTOFClusterFinder",""),
 173   fRunLoader(runLoader),
 174   fTOFLoader(runLoader->GetLoader("TOFLoader")),
 175   fTreeD(0),
 176   fTreeR(0),
 177   fDigits(new TClonesArray("AliTOFdigit", 4000)),
 178   fRecPoints(new TClonesArray("AliTOFcluster", 4000)),
 179   fNumberOfTofClusters(0),
 180   fVerbose(0),
 181   fDecoderVersion(0),
 182   fTOFcalib(calib),
 183   fTOFRawStream(AliTOFRawStream())
 184 {
 185 //
 186 // Constructor
 187 //
 188
 189   TString validity = (TString)fTOFcalib->GetOfflineValidity();
 190   if (validity.CompareTo("valid")==0) {
 191     AliInfo(Form(" validity = %s - Using offline calibration parameters",validity.Data()));
 192   } else {
 193     AliInfo(Form(" validity = %s - Using online calibration parameters",validity.Data()));
 194   }
 195
 196 }
 197
 198 //------------------------------------------------------------------------
 199 AliTOFClusterFinder::AliTOFClusterFinder(const AliTOFClusterFinder &source)
 200   :TTask(source),
 201   fRunLoader(0),
 202   fTOFLoader(0),
 203   fTreeD(0),
 204   fTreeR(0),
 205   fDigits(source.fDigits),
 206   fRecPoints(source.fRecPoints),
 207   fNumberOfTofClusters(0),
 208   fVerbose(0),
 209   fDecoderVersion(source.fDecoderVersion),
 210   fTOFcalib(source.fTOFcalib),
 211   fTOFRawStream(source.fTOFRawStream)
 212 {
 213   // copy constructor
 214 }
 215
 216 //------------------------------------------------------------------------
 217 AliTOFClusterFinder& AliTOFClusterFinder::operator=(const AliTOFClusterFinder &source)
 218 {
 219   // ass. op.
 220
 221   if (this == &source)
 222     return *this;
 223
 224   TTask::operator=(source);
 225   fDigits=source.fDigits;
 226   fRecPoints=source.fRecPoints;
 227   fVerbose=source.fVerbose;
 228   fDecoderVersion=source.fDecoderVersion;
 229   fTOFcalib=source.fTOFcalib;
 230   fTOFRawStream=source.fTOFRawStream;
 231   return *this;
 232
 233 }
 234 //______________________________________________________________________________
 235
 236 AliTOFClusterFinder::~AliTOFClusterFinder()
 237 {
 238
 239   //
 240   // Destructor
 241   //
 242
 243   if (fDigits)
 244     {
 245       fDigits->Delete();
 246       delete fDigits;
 247       fDigits=0;
 248     }
 249   if (fRecPoints)
 250     {
 251       fRecPoints->Delete();
 252       delete fRecPoints;
 253       fRecPoints=0;
 254     }
 255
 256   if (fTofClusters || fNumberOfTofClusters) {
 257     for (Int_t ii=0; ii<fNumberOfTofClusters; ii++)
 258       if (fTofClusters[ii]) fTofClusters[ii]->Delete();
 259     fNumberOfTofClusters=0;
 260    }
 261
 262 }
 263 //______________________________________________________________________________
 264
 265 void AliTOFClusterFinder::Digits2RecPoints(Int_t iEvent)
 266 {
 267   //
 268   // Converts digits to recpoints for TOF
 269   //
 270
 271   TStopwatch stopwatch;
 272   stopwatch.Start();
 273
 274   Int_t inholes = 0;
 275
 276   fRunLoader->GetEvent(iEvent);
 277
 278   fTreeD = fTOFLoader->TreeD();
 279   if (fTreeD == 0x0)
 280     {
 281       AliFatal("AliTOFClusterFinder: Can not get TreeD");
 282     }
 283
 284   TBranch *branch = fTreeD->GetBranch("TOF");
 285   if (!branch) {
 286     AliError("can't get the branch with the TOF digits !");
 287     return;
 288   }
 289
 290   TClonesArray staticdigits("AliTOFdigit",10000);
 291   staticdigits.Clear();
 292   TClonesArray *digits =&staticdigits;
 293   branch->SetAddress(&digits);
 294
 295   ResetRecpoint();
 296
 297   fTreeR = fTOFLoader->TreeR();
 298   if (fTreeR == 0x0)
 299     {
 300       fTOFLoader->MakeTree("R");
 301       fTreeR = fTOFLoader->TreeR();
 302     }
 303
 304   Int_t bufsize = 32000;
 305   fTreeR->Branch("TOF", &fRecPoints, bufsize);
 306
 307   fTreeD->GetEvent(0);
 308   Int_t nDigits = digits->GetEntriesFast();
 309   AliDebug(2,Form("Number of TOF digits: %d",nDigits));
 310
 311   Int_t ii;
 312   Int_t dig[5]; //cluster detector indeces
 313   Int_t  parTOF[7]; //The TOF signal parameters
 314   Bool_t status=kTRUE; // assume all sim channels ok in the beginning...
 315   for (ii=0; ii<nDigits; ii++) {
 316     AliTOFdigit *d = (AliTOFdigit*)digits->UncheckedAt(ii);
 317     dig[0]=d->GetSector();
 318     dig[1]=d->GetPlate();
 319     dig[2]=d->GetStrip();
 320     dig[3]=d->GetPadz();
 321     dig[4]=d->GetPadx();
 322
 323     /* check valid index */
 324     if (dig[0]==-1||dig[1]==-1||dig[2]==-1||dig[3]==-1||dig[4]==-1) continue;
 325
 326     // Do not reconstruct anything in the holes
 327     if (dig[0]==13 || dig[0]==14 || dig[0]==15 ) { // sectors with holes
 328       if (dig[1]==2) { // plate with holes
 329         inholes++;
 330         continue;
 331       }
 332     }
 333
 334     AliDebug(2,Form(" %2d  %1d  %2d  %1d  %2d ",dig[0],dig[1],dig[2],dig[3],dig[4]));
 335
 336     parTOF[0] = d->GetTdc(); //the TDC signal
 337     parTOF[1] = d->GetToT(); //the ToT signal
 338     parTOF[2] = d->GetAdc(); // the adc charge
 339     parTOF[3] = d->GetTdcND(); // non decalibrated sim time
 340     parTOF[4] = d->GetTdc(); // raw time, == Tdc time for the moment
 341     parTOF[5] = 0; // deltaBC
 342     parTOF[6] = 0; // L0-L1 latency
 343     Double_t posClus[3];
 344     Double_t covClus[6];
 345     UShort_t volIdClus=GetClusterVolIndex(dig);
 346     GetClusterPars(dig, posClus,covClus);
 347     AliTOFcluster *tofCluster = new AliTOFcluster(volIdClus,posClus[0],posClus[1],posClus[2],covClus[0],covClus[1],covClus[2],covClus[3],covClus[4],covClus[5],d->GetTracks(),dig,parTOF,status,ii);
 348     InsertCluster(tofCluster);
 349
 350   }
 351
 352   AliDebug(1,Form("Number of found clusters: %d for event: %d", fNumberOfTofClusters, iEvent));
 353
 354   CalibrateRecPoint();
 355   FillRecPoint();
 356
 357   fTreeR->Fill();
 358   ResetRecpoint();
 359
 360   fTOFLoader = fRunLoader->GetLoader("TOFLoader");
 361   fTOFLoader->WriteRecPoints("OVERWRITE");
 362
 363   AliDebug(1,Form("Execution time to read TOF digits and to write TOF clusters : R:%.4fs C:%.4fs",
 364                   stopwatch.RealTime(),stopwatch.CpuTime()));
 365   if (inholes) AliWarning(Form("Clusters in the TOF holes: %d",inholes));
 366
 367 }
 368
 369 //______________________________________________________________________________
 370
 371 void AliTOFClusterFinder::Digits2RecPoints(TTree* digitsTree, TTree* clusterTree)
 372 {
 373   //
 374   // Converts digits to recpoints for TOF
 375   //
 376
 377   TStopwatch stopwatch;
 378   stopwatch.Start();
 379
 380   Int_t inholes = 0;
 381
 382   ///  fRunLoader->GetEvent(iEvent);
 383
 384   if (digitsTree == 0x0)
 385     {
 386       AliFatal("AliTOFClusterFinder: Can not get TreeD");
 387     }
 388
 389   TBranch *branch = digitsTree->GetBranch("TOF");
 390   if (!branch) {
 391     AliError("can't get the branch with the TOF digits !");
 392     return;
 393   }
 394
 395   TClonesArray staticdigits("AliTOFdigit",10000);
 396   staticdigits.Clear();
 397   TClonesArray *digits = & staticdigits;
 398   branch->SetAddress(&digits);
 399
 400   ResetRecpoint();
 401
 402   fTreeR=clusterTree;
 403   Int_t bufsize = 32000;
 404   fTreeR->Branch("TOF", &fRecPoints, bufsize);
 405
 406   digitsTree->GetEvent(0);
 407   Int_t nDigits = digits->GetEntriesFast();
 408   AliDebug(2,Form("Number of TOF digits: %d",nDigits));
 409
 410   Int_t ii;
 411   Int_t dig[5]; //cluster detector indeces
 412   Int_t  parTOF[7]; //The TOF signal parameters
 413   Bool_t status=kTRUE; // assume all sim channels ok in the beginning...
 414   for (ii=0; ii<nDigits; ii++) {
 415     AliTOFdigit *d = (AliTOFdigit*)digits->UncheckedAt(ii);
 416     dig[0]=d->GetSector();
 417     dig[1]=d->GetPlate();
 418     dig[2]=d->GetStrip();
 419     dig[3]=d->GetPadz();
 420     dig[4]=d->GetPadx();
 421
 422     /* check valid index */
 423     if (dig[0]==-1||dig[1]==-1||dig[2]==-1||dig[3]==-1||dig[4]==-1) continue;
 424
 425     // Do not reconstruct anything in the holes
 426     if (dig[0]==13 || dig[0]==14 || dig[0]==15 ) { // sectors with holes
 427       if (dig[1]==2) { // plate with holes
 428         inholes++;
 429         continue;
 430       }
 431     }
 432
 433     //    AliDebug(2,Form(" %2d  %1d  %2d  %1d  %2d ",dig[0],dig[1],dig[2],dig[3],dig[4]));
 434
 435     parTOF[0] = d->GetTdc(); //the TDC signal
 436     parTOF[1] = d->GetToT(); //the ToT signal
 437     parTOF[2] = d->GetAdc(); // the adc charge
 438     parTOF[3] = d->GetTdcND(); // non decalibrated sim time
 439     parTOF[4] = d->GetTdc(); // raw time, == Tdc time for the moment
 440     parTOF[5] = 0; // deltaBC
 441     parTOF[6] = 0; // L0-L1 latency
 442
 443     Double_t posClus[3];
 444     Double_t covClus[6];
 445     UShort_t volIdClus=GetClusterVolIndex(dig);
 446     GetClusterPars(dig,posClus,covClus);
 447     AliTOFcluster *tofCluster = new AliTOFcluster(volIdClus,posClus[0],posClus[1],posClus[2],covClus[0],covClus[1],covClus[2],covClus[3],covClus[4],covClus[5],d->GetTracks(),dig,parTOF,status,ii);
 448     InsertCluster(tofCluster);
 449
 450   }
 451
 452   AliDebug(1,Form("Number of found clusters: %d", fNumberOfTofClusters));
 453
 454   CalibrateRecPoint();
 455   FillRecPoint();
 456
 457   clusterTree->Fill();
 458   ResetRecpoint();
 459
 460   AliDebug(1,Form("Execution time to read TOF digits and to write TOF clusters : R:%.4fs C:%.4fs",
 461                   stopwatch.RealTime(),stopwatch.CpuTime()));
 462   if (inholes) AliWarning(Form("Clusters in the TOF holes: %d",inholes));
 463
 464 }
 465 //______________________________________________________________________________
 466
 467 void AliTOFClusterFinder::Digits2RecPoints(AliRawReader *rawReader,
 468                                            TTree *clustersTree)
 469 {
 470   //
 471   // Converts RAW data to recpoints for TOF
 472   //
 473
 474   TStopwatch stopwatch;
 475   stopwatch.Start();
 476
 477   Int_t inholes = 0;
 478
 479   const Int_t kDDL = AliDAQ::NumberOfDdls("TOF");
 480
 481   ResetRecpoint();
 482
 483   Int_t bufsize = 32000;
 484   clustersTree->Branch("TOF", &fRecPoints, bufsize);
 485
 486   TClonesArray * clonesRawData;
 487
 488   Int_t dummy = -1;
 489
 490   Int_t detectorIndex[5];
 491   Int_t parTOF[7];
 492
 493   ofstream ftxt;
 494   if (fVerbose==2) ftxt.open("TOFdigitsRead.txt",ios::app);
 495
 496   //AliTOFRawStream tofInput(rawReader);
 497   fTOFRawStream.Clear();
 498   fTOFRawStream.SetRawReader(rawReader);
 499
 500   if (fDecoderVersion == 1) {
 501     AliInfo("Using New Decoder");
 502   }
 503   else if (fDecoderVersion == 2) {
 504     AliInfo("Using Enhanced Decoder");
 505   }
 506   else {
 507     AliInfo("Using Old Decoder");
 508   }
 509
 510   Int_t indexDDL = 0;
 511   for (indexDDL = 0; indexDDL < kDDL; indexDDL++) {
 512
 513     rawReader->Reset();
 514     if (fDecoderVersion == 1) {
 515       fTOFRawStream.LoadRawDataBuffers(indexDDL,fVerbose);
 516     }
 517     else if (fDecoderVersion == 2) {
 518       fTOFRawStream.LoadRawDataBuffersV2(indexDDL,fVerbose);
 519     }
 520     else  {
 521       fTOFRawStream.LoadRawData(indexDDL);
 522     }
 523
 524     clonesRawData = (TClonesArray*)fTOFRawStream.GetRawData();
 525
 526     for (Int_t iRawData = 0; iRawData<clonesRawData->GetEntriesFast(); iRawData++) {
 527
 528       AliTOFrawData *tofRawDatum = (AliTOFrawData*)clonesRawData->UncheckedAt(iRawData);
 529
 530       //if (tofRawDatum->GetTOT()==-1 || tofRawDatum->GetTOF()==-1) continue;
 531       if (tofRawDatum->GetTOF()==-1) continue;
 532
 533       if (fVerbose==2) {
 534         if (indexDDL<10) ftxt << "  " << indexDDL;
 535         else         ftxt << " " << indexDDL;
 536         if (tofRawDatum->GetTRM()<10) ftxt << "  " << tofRawDatum->GetTRM();
 537         else         ftxt << " " << tofRawDatum->GetTRM();
 538         ftxt << "  " << tofRawDatum->GetTRMchain();
 539         if (tofRawDatum->GetTDC()<10) ftxt << "  " << tofRawDatum->GetTDC();
 540         else         ftxt << " " << tofRawDatum->GetTDC();
 541         ftxt << "  " << tofRawDatum->GetTDCchannel();
 542       }
 543
 544       fTOFRawStream.EquipmentId2VolumeId(indexDDL, tofRawDatum->GetTRM(), tofRawDatum->GetTRMchain(),
 545                                          tofRawDatum->GetTDC(), tofRawDatum->GetTDCchannel(), detectorIndex);
 546       dummy = detectorIndex[3];
 547       detectorIndex[3] = detectorIndex[4];
 548       detectorIndex[4] = dummy;
 549
 550       if (fVerbose==2) {
 551         if (detectorIndex[0]<10) ftxt  << "  ->  " << detectorIndex[0];
 552         else              ftxt  << "  -> " << detectorIndex[0];
 553         ftxt << "  " << detectorIndex[1];
 554         if (detectorIndex[2]<10) ftxt << "  " << detectorIndex[2];
 555         else              ftxt << " " << detectorIndex[2];
 556         ftxt << "  " << detectorIndex[3];
 557         if (detectorIndex[4]<10) ftxt << "  " << detectorIndex[4];
 558         else              ftxt << " " << detectorIndex[4];
 559       }
 560
 561     /* check valid index */
 562     if (detectorIndex[0]==-1||detectorIndex[1]==-1||detectorIndex[2]==-1||detectorIndex[3]==-1||detectorIndex[4]==-1) continue;
 563
 564       // Do not reconstruct anything in the holes
 565       if (detectorIndex[0]==13 || detectorIndex[0]==14 || detectorIndex[0]==15 ) { // sectors with holes
 566         if (detectorIndex[1]==2) { // plate with holes
 567           inholes++;
 568           continue;
 569         }
 570       }
 571
 572       parTOF[0] = tofRawDatum->GetTOF(); //TDC
 573       parTOF[1] = tofRawDatum->GetTOT(); // TOT
 574       parTOF[2] = tofRawDatum->GetTOT(); //ADC==TOF
 575       parTOF[3] = -1;//raw data: no track of undecalib sim time
 576       parTOF[4] = tofRawDatum->GetTOF(); // RAW time
 577       parTOF[5] = tofRawDatum->GetDeltaBC(); // deltaBC
 578       parTOF[6] = tofRawDatum->GetL0L1Latency(); // L0-L1 latency
 579       Double_t posClus[3];
 580       Double_t covClus[6];
 581       UShort_t volIdClus=GetClusterVolIndex(detectorIndex);
 582       Int_t lab[3]={-1,-1,-1};
 583       Bool_t status=kTRUE;
 584       GetClusterPars(detectorIndex,posClus,covClus);
 585       AliTOFcluster *tofCluster = new AliTOFcluster(volIdClus,posClus[0],posClus[1],posClus[2],covClus[0],covClus[1],covClus[2],covClus[3],covClus[4],covClus[5],lab,detectorIndex,parTOF,status,-1);
 586       InsertCluster(tofCluster);
 587
 588       if (fVerbose==2) {
 589         if (parTOF[1]<10)ftxt << "        " << parTOF[1];
 590         else if (parTOF[1]>=10 && parTOF[1]<100) ftxt << "      " << parTOF[1];
 591         else ftxt << "      " << parTOF[1];
 592         if (parTOF[0]<10) ftxt << "      " << parTOF[0] << endl;
 593         else if (parTOF[0]>=10 && parTOF[0]<100)   ftxt << "    " << parTOF[0] << endl;
 594         else if (parTOF[0]>=100 && parTOF[0]<1000) ftxt << "    " << parTOF[0] << endl;
 595         else ftxt << "   " << parTOF[3] << endl;
 596       }
 597
 598     } // closed loop on TOF raw data per current DDL file
 599
 600     clonesRawData->Clear();
 601
 602   } // closed loop on DDL index
 603
 604   if (fVerbose==2) ftxt.close();
 605
 606   AliDebug(1,Form("Number of found clusters: %d", fNumberOfTofClusters));
 607
 608   CalibrateRecPoint(rawReader->GetTimestamp());
 609   FillRecPoint();
 610
 611   clustersTree->Fill();
 612
 613   ResetRecpoint();
 614
 615   AliDebug(1, Form("Execution time to read TOF raw data and to write TOF clusters : R:%.4fs C:%.4fs",
 616                    stopwatch.RealTime(),stopwatch.CpuTime()));
 617   if (inholes) AliWarning(Form("Clusters in the TOF holes: %d",inholes));
 618
 619 }
 620 //______________________________________________________________________________
 621
 622 void AliTOFClusterFinder::Digits2RecPoints(Int_t iEvent, AliRawReader *rawReader)
 623 {
 624   //
 625   // Converts RAW data to recpoints for TOF
 626   //
 627
 628   TStopwatch stopwatch;
 629   stopwatch.Start();
 630
 631   Int_t inholes = 0;
 632
 633   const Int_t kDDL = AliDAQ::NumberOfDdls("TOF");
 634
 635   fRunLoader->GetEvent(iEvent);
 636
 637   AliDebug(2,Form(" Event number %2d ", iEvent));
 638
 639   fTreeR = fTOFLoader->TreeR();
 640
 641   if (fTreeR == 0x0){
 642     fTOFLoader->MakeTree("R");
 643     fTreeR = fTOFLoader->TreeR();
 644   }
 645
 646   Int_t bufsize = 32000;
 647   fTreeR->Branch("TOF", &fRecPoints, bufsize);
 648
 649   TClonesArray * clonesRawData;
 650
 651   Int_t dummy = -1;
 652
 653   Int_t detectorIndex[5] = {-1, -1, -1, -1, -1};
 654   Int_t parTOF[7];
 655   ofstream ftxt;
 656   if (fVerbose==2) ftxt.open("TOFdigitsRead.txt",ios::app);
 657
 658   //AliTOFRawStream tofInput(rawReader);
 659   fTOFRawStream.Clear();
 660   fTOFRawStream.SetRawReader(rawReader);
 661
 662   if (fDecoderVersion == 1) {
 663     AliInfo("Using New Decoder");
 664   }
 665   else if (fDecoderVersion == 2) {
 666     AliInfo("Using Enhanced Decoder");
 667   }
 668   else {
 669     AliInfo("Using Old Decoder");
 670   }
 671
 672   Int_t indexDDL = 0;
 673   for (indexDDL = 0; indexDDL < kDDL; indexDDL++) {
 674
 675     rawReader->Reset();
 676     if (fDecoderVersion == 1) {
 677       fTOFRawStream.LoadRawDataBuffers(indexDDL,fVerbose);
 678     }
 679     else if (fDecoderVersion == 2) {
 680       fTOFRawStream.LoadRawDataBuffersV2(indexDDL,fVerbose);
 681     }
 682     else {
 683       fTOFRawStream.LoadRawData(indexDDL);
 684     }
 685
 686     clonesRawData = (TClonesArray*)fTOFRawStream.GetRawData();
 687
 688     for (Int_t iRawData = 0; iRawData<clonesRawData->GetEntriesFast(); iRawData++) {
 689
 690       AliTOFrawData *tofRawDatum = (AliTOFrawData*)clonesRawData->UncheckedAt(iRawData);
 691
 692       //if (tofRawDatum->GetTOT()==-1 || tofRawDatum->GetTOF()==-1) continue;
 693       if (tofRawDatum->GetTOF()==-1) continue;
 694
 695       if (fVerbose==2) {
 696         if (indexDDL<10) ftxt << "  " << indexDDL;
 697         else         ftxt << " " << indexDDL;
 698         if (tofRawDatum->GetTRM()<10) ftxt << "  " << tofRawDatum->GetTRM();
 699         else         ftxt << " " << tofRawDatum->GetTRM();
 700         ftxt << "  " << tofRawDatum->GetTRMchain();
 701         if (tofRawDatum->GetTDC()<10) ftxt << "  " << tofRawDatum->GetTDC();
 702         else         ftxt << " " << tofRawDatum->GetTDC();
 703         ftxt << "  " << tofRawDatum->GetTDCchannel();
 704       }
 705
 706       fTOFRawStream.EquipmentId2VolumeId(indexDDL, tofRawDatum->GetTRM(), tofRawDatum->GetTRMchain(),
 707                                          tofRawDatum->GetTDC(), tofRawDatum->GetTDCchannel(), detectorIndex);
 708       dummy = detectorIndex[3];
 709       detectorIndex[3] = detectorIndex[4];
 710       detectorIndex[4] = dummy;
 711
 712       if (fVerbose==2) {
 713         if (detectorIndex[0]<10) ftxt  << "  ->  " << detectorIndex[0];
 714         else              ftxt  << "  -> " << detectorIndex[0];
 715         ftxt << "  " << detectorIndex[1];
 716         if (detectorIndex[2]<10) ftxt << "  " << detectorIndex[2];
 717         else              ftxt << " " << detectorIndex[2];
 718         ftxt << "  " << detectorIndex[3];
 719         if (detectorIndex[4]<10) ftxt << "  " << detectorIndex[4];
 720         else              ftxt << " " << detectorIndex[4];
 721       }
 722
 723     /* check valid index */
 724     if (detectorIndex[0]==-1||detectorIndex[1]==-1||detectorIndex[2]==-1||detectorIndex[3]==-1||detectorIndex[4]==-1) continue;
 725
 726       // Do not reconstruct anything in the holes
 727       if (detectorIndex[0]==13 || detectorIndex[0]==14 || detectorIndex[0]==15 ) { // sectors with holes
 728         if (detectorIndex[1]==2) { // plate with holes
 729           inholes++;
 730           continue;
 731         }
 732       }
 733
 734       parTOF[0] = tofRawDatum->GetTOF(); // TDC
 735       parTOF[1] = tofRawDatum->GetTOT(); // TOT
 736       parTOF[2] = tofRawDatum->GetTOT(); // raw data have ADC=TOT
 737       parTOF[3] = -1; //raw data: no track of the undecalib sim time
 738       parTOF[4] = tofRawDatum->GetTOF(); // Raw time == TDC
 739       parTOF[5] = tofRawDatum->GetDeltaBC(); // deltaBC
 740       parTOF[6] = tofRawDatum->GetL0L1Latency(); // L0-L1 latency
 741       Double_t posClus[3];
 742       Double_t covClus[6];
 743       UShort_t volIdClus=GetClusterVolIndex(detectorIndex);
 744       Int_t lab[3]={-1,-1,-1};
 745       Bool_t status=kTRUE;
 746       GetClusterPars(detectorIndex,posClus,covClus);
 747       AliTOFcluster *tofCluster = new AliTOFcluster(volIdClus,posClus[0],posClus[1],posClus[2],covClus[0],covClus[1],covClus[2],covClus[3],covClus[4],covClus[5],lab,detectorIndex,parTOF,status,-1);
 748       InsertCluster(tofCluster);
 749
 750       if (fVerbose==2) {
 751         if (parTOF[1]<10)ftxt << "        " << parTOF[1];
 752         else if (parTOF[1]>=10 && parTOF[1]<100) ftxt << "      " << parTOF[1];
 753         else ftxt << "      " << parTOF[1];
 754         if (parTOF[0]<10) ftxt << "      " << parTOF[0] << endl;
 755         else if (parTOF[0]>=10 && parTOF[0]<100)   ftxt << "    " << parTOF[0] << endl;
 756         else if (parTOF[0]>=100 && parTOF[0]<1000) ftxt << "    " << parTOF[0] << endl;
 757         else ftxt << "   " << parTOF[3] << endl;
 758       }
 759
 760     } // closed loop on TOF raw data per current DDL file
 761
 762     clonesRawData->Clear();
 763
 764   } // closed loop on DDL index
 765
 766   if (fVerbose==2) ftxt.close();
 767
 768   AliDebug(1,Form("Number of found clusters: %d for event: %d", fNumberOfTofClusters, iEvent));
 769
 770   CalibrateRecPoint(rawReader->GetTimestamp());
 771   FillRecPoint();
 772
 773   fTreeR->Fill();
 774   ResetRecpoint();
 775
 776   fTOFLoader = fRunLoader->GetLoader("TOFLoader");
 777   fTOFLoader->WriteRecPoints("OVERWRITE");
 778
 779   AliDebug(1, Form("Execution time to read TOF raw data and to write TOF clusters : R:%.4fs C:%.4fs",
 780                stopwatch.RealTime(),stopwatch.CpuTime()));
 781   if (inholes) AliWarning(Form("Clusters in the TOF holes: %d",inholes));
 782
 783 }
 784 //______________________________________________________________________________
 785
 786 void AliTOFClusterFinder::Raw2Digits(Int_t iEvent, AliRawReader *rawReader)
 787 {
 788   //
 789   // Converts RAW data to MC digits for TOF
 790   //
 791   //             (temporary solution)
 792   //
 793
 794   TStopwatch stopwatch;
 795   stopwatch.Start();
 796
 797   const Int_t kDDL = AliTOFGeometry::NDDL()*AliTOFGeometry::NSectors();
 798
 799   fRunLoader->GetEvent(iEvent);
 800
 801   fTreeD = fTOFLoader->TreeD();
 802   if (fTreeD)
 803     {
 804     AliInfo("TreeD re-creation");
 805     fTreeD = 0x0;
 806     fTOFLoader->MakeTree("D");
 807     fTreeD = fTOFLoader->TreeD();
 808     }
 809
 810   TClonesArray *tofDigits = new TClonesArray("AliTOFdigit",10000);
 811   Int_t bufsize = 32000;
 812   fTreeD->Branch("TOF", &tofDigits, bufsize);
 813
 814   fRunLoader->GetEvent(iEvent);
 815
 816   AliDebug(2,Form(" Event number %2d ", iEvent));
 817
 818   TClonesArray * clonesRawData;
 819
 820   Int_t dummy = -1;
 821
 822   Int_t detectorIndex[5];
 823   Int_t digit[4];
 824
 825   //AliTOFRawStream tofInput(rawReader);
 826   fTOFRawStream.Clear();
 827   fTOFRawStream.SetRawReader(rawReader);
 828
 829   if (fDecoderVersion == 1) {
 830     AliInfo("Using New Decoder");
 831   }
 832   else if (fDecoderVersion == 2) {
 833     AliInfo("Using Enhanced Decoder");
 834   }
 835   else {
 836     AliInfo("Using Old Decoder");
 837   }
 838
 839   Int_t indexDDL = 0;
 840   for (indexDDL = 0; indexDDL < kDDL; indexDDL++) {
 841
 842     rawReader->Reset();
 843     if (fDecoderVersion == 1) {
 844       fTOFRawStream.LoadRawDataBuffers(indexDDL,fVerbose);
 845     }
 846     else if (fDecoderVersion == 2) {
 847       fTOFRawStream.LoadRawDataBuffersV2(indexDDL,fVerbose);
 848     }
 849     else {
 850       fTOFRawStream.LoadRawData(indexDDL);
 851     }
 852
 853     clonesRawData = (TClonesArray*)fTOFRawStream.GetRawData();
 854
 855     for (Int_t iRawData = 0; iRawData<clonesRawData->GetEntriesFast(); iRawData++) {
 856
 857       AliTOFrawData *tofRawDatum = (AliTOFrawData*)clonesRawData->UncheckedAt(iRawData);
 858
 859       //if (!tofRawDatum->GetTOT() || !tofRawDatum->GetTOF()) continue;
 860       if (tofRawDatum->GetTOF()==-1) continue;
 861
 862       fTOFRawStream.EquipmentId2VolumeId(indexDDL, tofRawDatum->GetTRM(), tofRawDatum->GetTRMchain(),
 863                                          tofRawDatum->GetTDC(), tofRawDatum->GetTDCchannel(), detectorIndex);
 864       dummy = detectorIndex[3];
 865       detectorIndex[3] = detectorIndex[4];
 866       detectorIndex[4] = dummy;
 867
 868       digit[0] = fTOFRawStream.GetTofBin();
 869       digit[1] = fTOFRawStream.GetToTbin();
 870       digit[2] = fTOFRawStream.GetToTbin();
 871       digit[3] = -1;
 872
 873       Int_t tracknum[3]={-1,-1,-1};
 874
 875       TClonesArray &aDigits = *tofDigits;
 876       Int_t last=tofDigits->GetEntriesFast();
 877       new (aDigits[last]) AliTOFdigit(tracknum, detectorIndex, digit);
 878
 879     } // while loop
 880
 881     clonesRawData->Clear();
 882
 883   } // DDL Loop
 884
 885   fTreeD->Fill();
 886
 887   fTOFLoader = fRunLoader->GetLoader("TOFLoader");
 888   fTOFLoader->WriteDigits("OVERWRITE");
 889
 890   delete tofDigits;
 891
 892   AliDebug(1, Form("Execution time to read TOF raw data and to write TOF clusters : R:%.2fs C:%.2fs",
 893                    stopwatch.RealTime(),stopwatch.CpuTime()));
 894
 895 }
 896
 897 //______________________________________________________________________________
 898
 899 void AliTOFClusterFinder::Raw2Digits(AliRawReader *rawReader, TTree* digitsTree)
 900 {
 901   //
 902   // Converts RAW data to MC digits for TOF for the current event
 903   //
 904   //
 905
 906   TStopwatch stopwatch;
 907   stopwatch.Start();
 908
 909   const Int_t kDDL = AliTOFGeometry::NDDL()*AliTOFGeometry::NSectors();
 910
 911   if (!digitsTree)
 912     {
 913     AliError("No input digits Tree");
 914     return;
 915     }
 916
 917   TClonesArray *tofDigits = new TClonesArray("AliTOFdigit",10000);
 918   Int_t bufsize = 32000;
 919   digitsTree->Branch("TOF", &tofDigits, bufsize);
 920
 921   TClonesArray * clonesRawData;
 922
 923   Int_t dummy = -1;
 924
 925   Int_t detectorIndex[5];
 926   Int_t digit[4];
 927
 928   //AliTOFRawStream tofInput(rawReader);
 929   fTOFRawStream.Clear();
 930   fTOFRawStream.SetRawReader(rawReader);
 931
 932   if (fDecoderVersion == 1) {
 933     AliInfo("Using New Decoder");
 934   }
 935   else if (fDecoderVersion == 2) {
 936     AliInfo("Using Enhanced Decoder");
 937   }
 938   else {
 939     AliInfo("Using Old Decoder");
 940   }
 941
 942   Int_t indexDDL = 0;
 943   for (indexDDL = 0; indexDDL < kDDL; indexDDL++) {
 944
 945     rawReader->Reset();
 946     if (fDecoderVersion == 1) {
 947       fTOFRawStream.LoadRawDataBuffers(indexDDL,fVerbose);
 948     }
 949     else if (fDecoderVersion == 2) {
 950       fTOFRawStream.LoadRawDataBuffersV2(indexDDL,fVerbose);
 951     }
 952     else {
 953       fTOFRawStream.LoadRawData(indexDDL);
 954     }
 955
 956     clonesRawData = (TClonesArray*)fTOFRawStream.GetRawData();
 957
 958     for (Int_t iRawData = 0; iRawData<clonesRawData->GetEntriesFast(); iRawData++) {
 959
 960       AliTOFrawData *tofRawDatum = (AliTOFrawData*)clonesRawData->UncheckedAt(iRawData);
 961
 962       //if (!tofRawDatum->GetTOT() || !tofRawDatum->GetTOF()) continue;
 963       if (tofRawDatum->GetTOF()==-1) continue;
 964
 965       fTOFRawStream.EquipmentId2VolumeId(indexDDL, tofRawDatum->GetTRM(), tofRawDatum->GetTRMchain(),
 966                                          tofRawDatum->GetTDC(), tofRawDatum->GetTDCchannel(), detectorIndex);
 967       dummy = detectorIndex[3];
 968       detectorIndex[3] = detectorIndex[4];
 969       detectorIndex[4] = dummy;
 970
 971       digit[0] = fTOFRawStream.GetTofBin();
 972       digit[1] = fTOFRawStream.GetToTbin();
 973       digit[2] = fTOFRawStream.GetToTbin();
 974       digit[3] = -1;
 975
 976       Int_t tracknum[3]={-1,-1,-1};
 977
 978       TClonesArray &aDigits = *tofDigits;
 979       Int_t last=tofDigits->GetEntriesFast();
 980       new (aDigits[last]) AliTOFdigit(tracknum, detectorIndex, digit);
 981
 982     } // while loop
 983
 984     clonesRawData->Clear();
 985
 986   } // DDL Loop
 987
 988   digitsTree->Fill();
 989
 990   delete tofDigits;
 991
 992   AliDebug(1, Form("Got %d digits: ", fDigits->GetEntries()));
 993   AliDebug(1, Form("Execution time to read TOF raw data and fill TOF digit tree : R:%.2fs C:%.2fs",
 994                    stopwatch.RealTime(),stopwatch.CpuTime()));
 995
 996 }
 997 //______________________________________________________________________________
 998
 999 Int_t AliTOFClusterFinder::InsertCluster(AliTOFcluster *tofCluster) {
1000   //---------------------------------------------------------------------------//
1001   // This function adds a TOF cluster to the array of TOF clusters sorted in Z //
1002   //---------------------------------------------------------------------------//
1003   if (fNumberOfTofClusters==kTofMaxCluster) {
1004     AliError("Too many clusters !");
1005     return 1;
1006   }
1007
1008   if (fNumberOfTofClusters==0) {
1009     fTofClusters[fNumberOfTofClusters++] = tofCluster;
1010     return 0;
1011   }
1012
1013   Int_t ii = FindClusterIndex(tofCluster->GetZ());
1014   memmove(fTofClusters+ii+1 ,fTofClusters+ii,(fNumberOfTofClusters-ii)*sizeof(AliTOFcluster*));
1015   fTofClusters[ii] = tofCluster;
1016   fNumberOfTofClusters++;
1017
1018   return 0;
1019
1020 }
1021 //_________________________________________________________________________
1022
1023 Int_t AliTOFClusterFinder::FindClusterIndex(Double_t z) const {
1024   //--------------------------------------------------------------------
1025   // This function returns the index of the nearest cluster in z
1026   //--------------------------------------------------------------------
1027   if (fNumberOfTofClusters==0) return 0;
1028   if (z <= fTofClusters[0]->GetZ()) return 0;
1029   if (z > fTofClusters[fNumberOfTofClusters-1]->GetZ()) return fNumberOfTofClusters;
1030   Int_t b = 0, e = fNumberOfTofClusters-1, m = (b+e)/2;
1031   for (; b<e; m=(b+e)/2) {
1032     if (z > fTofClusters[m]->GetZ()) b=m+1;
1033     else e=m;
1034   }
1035
1036   return m;
1037
1038 }
1039 //_________________________________________________________________________
1040
1041 void AliTOFClusterFinder::FillRecPoint()
1042 {
1043   //
1044   // Copy the global array of AliTOFcluster, i.e. fTofClusters (sorted
1045   // in Z) in the global TClonesArray of AliTOFcluster,
1046   // i.e. fRecPoints.
1047   //
1048
1049   Int_t ii, jj;
1050
1051   Int_t detectorIndex[5];
1052   Int_t parTOF[7];
1053   Int_t trackLabels[3];
1054   Int_t digitIndex = -1;
1055   Bool_t status=kTRUE;
1056
1057   TClonesArray &lRecPoints = *fRecPoints;
1058
1059   for (ii=0; ii<fNumberOfTofClusters; ii++) {
1060
1061     digitIndex = fTofClusters[ii]->GetIndex();
1062     for(jj=0; jj<5; jj++) detectorIndex[jj] = fTofClusters[ii]->GetDetInd(jj);
1063     for(jj=0; jj<3; jj++) trackLabels[jj] = fTofClusters[ii]->GetLabel(jj);
1064     parTOF[0] = fTofClusters[ii]->GetTDC(); // TDC
1065     parTOF[1] = fTofClusters[ii]->GetToT(); // TOT
1066     parTOF[2] = fTofClusters[ii]->GetADC(); // ADC=TOT
1067     parTOF[3] = fTofClusters[ii]->GetTDCND(); // TDCND
1068     parTOF[4] = fTofClusters[ii]->GetTDCRAW();//RAW
1069     parTOF[5] = fTofClusters[ii]->GetDeltaBC();//deltaBC
1070     parTOF[6] = fTofClusters[ii]->GetL0L1Latency();//L0-L1 latency
1071     status=fTofClusters[ii]->GetStatus();
1072     Double_t posClus[3];
1073     Double_t covClus[6];
1074     UShort_t volIdClus=GetClusterVolIndex(detectorIndex);
1075     GetClusterPars(detectorIndex,posClus,covClus);
1076     new(lRecPoints[ii]) AliTOFcluster(volIdClus,posClus[0],posClus[1],posClus[2],covClus[0],covClus[1],covClus[2],covClus[3],covClus[4],covClus[5],trackLabels,detectorIndex, parTOF,status,digitIndex);
1077
1078     AliDebug(2, Form(" %4d  %4d  %f %f %f  %f %f %f %f %f %f  %3d %3d %3d  %2d %1d %2d %1d %2d  %4d %3d %3d %4d %4d  %1d  %4d",
1079                      ii, volIdClus, posClus[0], posClus[1], posClus[2],
1080                      fTofClusters[ii]->GetSigmaX2(),
1081                      fTofClusters[ii]->GetSigmaXY(),
1082                      fTofClusters[ii]->GetSigmaXZ(),
1083                      fTofClusters[ii]->GetSigmaY2(),
1084                      fTofClusters[ii]->GetSigmaYZ(),
1085                      fTofClusters[ii]->GetSigmaZ2(),
1086                      trackLabels[0], trackLabels[1], trackLabels[2],
1087                      detectorIndex[0], detectorIndex[1], detectorIndex[2], detectorIndex[3], detectorIndex[4],
1088                      parTOF[0], parTOF[1], parTOF[2], parTOF[3], parTOF[4],
1089                      status, digitIndex));
1090
1091   } // loop on clusters
1092
1093 }
1094
1095 //_________________________________________________________________________
1096
1097 /*
1098  * OLD CALIBRATE REC POINTS FUNCTION
1099  */
1100
1101 #if 0
1102 void AliTOFClusterFinder::CalibrateRecPoint(UInt_t timestamp)
1103 {
1104   //
1105   // Copy the global array of AliTOFcluster, i.e. fTofClusters (sorted
1106   // in Z) in the global TClonesArray of AliTOFcluster,
1107   // i.e. fRecPoints.
1108   //
1109
1110   Int_t ii, jj;
1111
1112   Int_t detectorIndex[5];
1113   Int_t digitIndex = -1;
1114   Double_t tToT;
1115   Double_t timeCorr;
1116   Int_t   tdcCorr;
1117   Float_t tdcLatencyWindow;
1118   AliDebug(1," Calibrating TOF Clusters");
1119
1120   AliTOFChannelOnlineArray *calDelay = fTOFcalib->GetTOFOnlineDelay();
1121   AliTOFChannelOnlineStatusArray *calStatus = fTOFcalib->GetTOFOnlineStatus();
1122   TObjArray *calTOFArrayOffline = fTOFcalib->GetTOFCalArrayOffline();
1123
1124   AliTOFDeltaBCOffset *deltaBCOffsetObj = fTOFcalib->GetDeltaBCOffset();
1125   Int_t deltaBCOffset = deltaBCOffsetObj->GetDeltaBCOffset();
1126   AliTOFCTPLatency *ctpLatencyObj = fTOFcalib->GetCTPLatency();
1127   Float_t ctpLatency = ctpLatencyObj->GetCTPLatency();
1128   AliTOFRunParams *runParamsObj = fTOFcalib->GetRunParams();
1129   Float_t t0 = runParamsObj->EvalT0(timestamp);
1130
1131   TString validity = (TString)fTOFcalib->GetOfflineValidity();
1132   Int_t calibration = -1;
1133   if (validity.CompareTo("valid")==0) {
1134     //AliInfo(Form(" validity = %s - Using offline calibration parameters",validity.Data()));
1135     calibration = 1;
1136   } else {
1137     //AliInfo(Form(" validity = %s - Using online calibration parameters",validity.Data()));
1138     calibration = 0 ;
1139   }
1140
1141   for (ii=0; ii<fNumberOfTofClusters; ii++) {
1142     digitIndex = fTofClusters[ii]->GetIndex();
1143     for(jj=0; jj<5; jj++) detectorIndex[jj] = fTofClusters[ii]->GetDetInd(jj);
1144
1145     Int_t index = AliTOFGeometry::GetIndex(detectorIndex);
1146
1147     UChar_t statusPulser=calStatus->GetPulserStatus(index);
1148     UChar_t statusNoise=calStatus->GetNoiseStatus(index);
1149     UChar_t statusHW=calStatus->GetHWStatus(index);
1150     UChar_t status=calStatus->GetStatus(index);
1151     tdcLatencyWindow = calStatus->GetLatencyWindow(index) * 1.e3; /* ns -> ps */
1152
1153     //check the status, also unknown is fine!!!!!!!
1154
1155     AliDebug(2, Form(" Status for channel %d = %d",index, (Int_t)status));
1156     if((statusPulser & AliTOFChannelOnlineStatusArray::kTOFPulserBad)==(AliTOFChannelOnlineStatusArray::kTOFPulserBad)||(statusNoise & AliTOFChannelOnlineStatusArray::kTOFNoiseBad)==(AliTOFChannelOnlineStatusArray::kTOFNoiseBad)||(statusHW & AliTOFChannelOnlineStatusArray::kTOFHWBad)==(AliTOFChannelOnlineStatusArray::kTOFHWBad)){
1157       AliDebug(2, Form(" Bad Status for channel %d",index));
1158       fTofClusters[ii]->SetStatus(kFALSE); //odd convention, to avoid conflict with calibration objects currently in the db (temporary solution).
1159     }
1160     else {
1161       AliDebug(2, Form(" Good Status for channel %d",index));
1162     }
1163     // Get Rough channel online equalization
1164     Double_t roughDelay=(Double_t)calDelay->GetDelay(index);  // in ns
1165     AliDebug(2,Form(" channel delay (ns) = %f", roughDelay));
1166     // Get Refined channel offline calibration parameters
1167     if (calibration ==1){
1168       AliTOFChannelOffline * calChannelOffline = (AliTOFChannelOffline*)calTOFArrayOffline->At(index);
1169       Double_t par[6];
1170       for (Int_t j = 0; j<6; j++){
1171         par[j]=(Double_t)calChannelOffline->GetSlewPar(j);
1172      }
1173       AliDebug(2,Form(" Calib Pars = %f, %f, %f, %f, %f, %f ",par[0],par[1],par[2],par[3],par[4],par[5]));
1174       AliDebug(2,Form(" The ToT and Time, uncorr (counts) = %d , %d", fTofClusters[ii]->GetToT(),fTofClusters[ii]->GetTDC()));
1175       tToT = (Double_t)(fTofClusters[ii]->GetToT()*AliTOFGeometry::ToTBinWidth());
1176       tToT*=1.E-3; //ToT in ns
1177
1178       /* check TOT limits and set new TOT in case */
1179       if (tToT < AliTOFGeometry::SlewTOTMin()) tToT = AliTOFGeometry::SlewTOTMin();
1180       if (tToT > AliTOFGeometry::SlewTOTMax()) tToT = AliTOFGeometry::SlewTOTMax();
1181
1182       AliDebug(2,Form(" The ToT and Time, uncorr (ns)= %e, %e",fTofClusters[ii]->GetTDC()*AliTOFGeometry::TdcBinWidth()*1.E-3,tToT));
1183       timeCorr=par[0]+par[1]*tToT+par[2]*tToT*tToT+par[3]*tToT*tToT*tToT+par[4]*tToT*tToT*tToT*tToT+par[5]*tToT*tToT*tToT*tToT*tToT; // the time correction (ns)
1184     }
1185     else {
1186       timeCorr = roughDelay; // correction in ns
1187     }
1188     AliDebug(2,Form(" The ToT and Time, uncorr (ns)= %e, %e",fTofClusters[ii]->GetTDC()*AliTOFGeometry::TdcBinWidth()*1.E-3,fTofClusters[ii]->GetToT()*AliTOFGeometry::ToTBinWidth()));
1189     AliDebug(2,Form(" The time correction (ns) = %f", timeCorr));
1190     timeCorr=(Double_t)(fTofClusters[ii]->GetTDC())*AliTOFGeometry::TdcBinWidth()*1.E-3-timeCorr;//redefine the time
1191     timeCorr*=1.E3;
1192     AliDebug(2,Form(" The channel time, corr (ps)= %e",timeCorr ));
1193
1194     /* here timeCorr should be already corrected for calibration.
1195      * we now go into further corrections keeping in mind that timeCorr
1196      * is in ps.
1197      *
1198      * the following corrections are performed in this way:
1199      *
1200      *    time = timeRaw - deltaBC + L0L1Latency + CTPLatency - TDCLatencyWindow - T0
1201      *
1202      */
1203
1204     AliDebug(2, Form("applying further corrections (DeltaBC): DeltaBC=%d (BC bins), DeltaBCoffset=%d (BC bins)", fTofClusters[ii]->GetDeltaBC(), deltaBCOffset));
1205     AliDebug(2, Form("applying further corrections (L0L1Latency): L0L1Latency=%d (BC bins)", fTofClusters[ii]->GetL0L1Latency()));
1206     AliDebug(2, Form("applying further corrections (CTPLatency): CTPLatency=%f (ps)", ctpLatency));
1207     AliDebug(2, Form("applying further corrections (TDCLatencyWindow): TDCLatencyWindow=%f (ps)", tdcLatencyWindow));
1208     AliDebug(2, Form("applying further corrections (T0): T0=%f (ps)", t0));
1209
1210     /* deltaBC correction (inhibited for the time being) */
1211     //    timeCorr -= (fTofClusters[ii]->GetDeltaBC() - deltaBCOffset) * AliTOFGeometry::BunchCrossingBinWidth();
1212     /* L0L1-latency correction */
1213     timeCorr += fTofClusters[ii]->GetL0L1Latency() * AliTOFGeometry::BunchCrossingBinWidth();
1214     /* CTP-latency correction (from OCDB) */
1215     timeCorr += ctpLatency;
1216     /* TDC latency-window correction (from OCDB) */
1217     timeCorr -= tdcLatencyWindow;
1218     /* T0 correction (from OCDB) */
1219     timeCorr -= t0;
1220
1221     /*
1222      * end of furhter corrections
1223      */
1224
1225     tdcCorr=(Int_t)(timeCorr/AliTOFGeometry::TdcBinWidth()); //the corrected time (tdc counts)
1226     fTofClusters[ii]->SetTDC(tdcCorr);
1227   } // loop on clusters
1228
1229 }
1230 #endif
1231
1232 //_________________________________________________________________________
1233
1234 void AliTOFClusterFinder::CalibrateRecPoint(UInt_t timestamp)
1235 {
1236   //
1237   // Copy the global array of AliTOFcluster, i.e. fTofClusters (sorted
1238   // in Z) in the global TClonesArray of AliTOFcluster,
1239   // i.e. fRecPoints.
1240   //
1241
1242   Int_t detectorIndex[5];
1243   Double_t time, tot, corr;
1244   Int_t deltaBC, l0l1, tdcBin;
1245   for (Int_t ii = 0; ii < fNumberOfTofClusters; ii++) {
1246     for(Int_t jj = 0; jj < 5; jj++) detectorIndex[jj] = fTofClusters[ii]->GetDetInd(jj);
1247
1248     Int_t index = AliTOFGeometry::GetIndex(detectorIndex);
1249
1250     /* check channel enabled */
1251     if (!fTOFcalib->IsChannelEnabled(index)) fTofClusters[ii]->SetStatus(kFALSE);
1252
1253     /* get cluster info */
1254     time = fTofClusters[ii]->GetTDC() * AliTOFGeometry::TdcBinWidth(); /* ps */
1255     tot = fTofClusters[ii]->GetToT() * AliTOFGeometry::ToTBinWidth() * 1.e-3; /* ns */
1256     deltaBC = fTofClusters[ii]->GetDeltaBC();
1257     l0l1 = fTofClusters[ii]->GetL0L1Latency();
1258
1259     /* get correction */
1260     corr = fTOFcalib->GetTimeCorrection(index, tot, deltaBC, l0l1, timestamp); /* ps */
1261     AliDebug(2, Form("calibrate index %d: time=%f (ps) tot=%f (ns) deltaBC=%d l0l1=%d timestamp=%d corr=%f (ps)", index, time, tot, deltaBC, l0l1, timestamp, corr));
1262
1263     /* apply time correction */
1264     time -= corr;
1265
1266     /* convert in TDC bins and set cluster */
1267     tdcBin = (Int_t)(time / AliTOFGeometry::TdcBinWidth()); //the corrected time (tdc counts)
1268     fTofClusters[ii]->SetTDC(tdcBin);
1269
1270   } // loop on clusters
1271
1272 }
1273
1274 //______________________________________________________________________________
1275
1276 void AliTOFClusterFinder::ResetRecpoint()
1277 {
1278   //
1279   // Clear the list of reconstructed points
1280   //
1281
1282   fNumberOfTofClusters = 0;
1283   if (fRecPoints) fRecPoints->Clear();
1284
1285 }
1286 //______________________________________________________________________________
1287
1288 void AliTOFClusterFinder::Load()
1289 {
1290   //
1291   // Load TOF.Digits.root and TOF.RecPoints.root files
1292   //
1293
1294   fTOFLoader->LoadDigits("READ");
1295   fTOFLoader->LoadRecPoints("recreate");
1296
1297 }
1298 //______________________________________________________________________________
1299
1300 void AliTOFClusterFinder::LoadClusters()
1301 {
1302   //
1303   // Load TOF.RecPoints.root file
1304   //
1305
1306   fTOFLoader->LoadRecPoints("recreate");
1307
1308 }
1309 //______________________________________________________________________________
1310
1311 void AliTOFClusterFinder::UnLoad()
1312 {
1313   //
1314   // Unload TOF.Digits.root and TOF.RecPoints.root files
1315   //
1316
1317   fTOFLoader->UnloadDigits();
1318   fTOFLoader->UnloadRecPoints();
1319
1320 }
1321 //______________________________________________________________________________
1322
1323 void AliTOFClusterFinder::UnLoadClusters()
1324 {
1325   //
1326   // Unload TOF.RecPoints.root file
1327   //
1328
1329   fTOFLoader->UnloadRecPoints();
1330
1331 }
1332 //-------------------------------------------------------------------------
1333 UShort_t AliTOFClusterFinder::GetClusterVolIndex(const Int_t * const ind) const {
1334
1335   //First of all get the volume ID to retrieve the l2t transformation...
1336   //
1337   // Detector numbering scheme
1338   Int_t nSector = 18;
1339   Int_t nPlate  = 5;
1340   Int_t nStripA = 15;
1341   Int_t nStripB = 19;
1342   Int_t nStripC = 19;
1343
1344   Int_t isector =ind[0];
1345   if (isector >= nSector)
1346     AliError(Form("Wrong sector number in TOF (%d) !",isector));
1347   Int_t iplate = ind[1];
1348   if (iplate >= nPlate)
1349     AliError(Form("Wrong plate number in TOF (%d) !",iplate));
1350   Int_t istrip = ind[2];
1351
1352   Int_t stripOffset = 0;
1353   switch (iplate) {
1354   case 0:
1355     stripOffset = 0;
1356     break;
1357   case 1:
1358     stripOffset = nStripC;
1359     break;
1360   case 2:
1361     stripOffset = nStripC+nStripB;
1362     break;
1363   case 3:
1364     stripOffset = nStripC+nStripB+nStripA;
1365     break;
1366   case 4:
1367     stripOffset = nStripC+nStripB+nStripA+nStripB;
1368     break;
1369   default:
1370     AliError(Form("Wrong plate number in TOF (%d) !",iplate));
1371     break;
1372   };
1373
1374   Int_t index= (2*(nStripC+nStripB)+nStripA)*isector +
1375                stripOffset +
1376                istrip;
1377
1378   UShort_t volIndex = AliGeomManager::LayerToVolUID(AliGeomManager::kTOF,index);
1379   return volIndex;
1380 }
1381 //
1382 //-------------------------------------------------------------------------
1383 void AliTOFClusterFinder::GetClusterPars(Int_t *ind, Double_t* pos,Double_t* cov) const {
1384
1385   //First of all get the volume ID to retrieve the l2t transformation...
1386   //
1387   UShort_t volIndex = GetClusterVolIndex(ind);
1388   //
1389   //
1390   //we now go in the system of the strip: determine the local coordinates
1391   //
1392   //
1393   // 47---------------------------------------------------0  ^ z
1394   // | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | 1 |
1395   // -----------------------------------------------------   | y going outwards
1396   // | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | 0 |  par[0]=0;
1397
1398   // -----------------------------------------------------   |
1399   // x <-----------------------------------------------------
1400
1401   /*
1402   Float_t localX = (ind[4]-23.5)*AliTOFGeometry::XPad();
1403   Float_t localY = 0;
1404   Float_t localZ = (ind[3]- 0.5)*AliTOFGeometry::ZPad();
1405   */
1406   Float_t localX = (ind[4]-AliTOFGeometry::NpadX()/2)*AliTOFGeometry::XPad()+AliTOFGeometry::XPad()/2.;
1407   Float_t localY = 0;
1408   Float_t localZ = (ind[3]-AliTOFGeometry::NpadZ()/2)*AliTOFGeometry::ZPad()+AliTOFGeometry::ZPad()/2.;
1409   //move to the tracking ref system
1410
1411   Double_t lpos[3];
1412   lpos[0] = localX;
1413   lpos[1] = localY;
1414   lpos[2] = localZ;
1415
1416   const TGeoHMatrix *l2t= AliGeomManager::GetTracking2LocalMatrix(volIndex);
1417   // Get The position in the track ref system
1418   Double_t tpos[3];
1419   l2t->MasterToLocal(lpos,tpos);
1420   pos[0] = tpos[0];
1421   pos[1] = tpos[1];
1422   pos[2] = tpos[2];
1423
1424   //Get The cluster covariance in the track ref system
1425   Double_t lcov[9];
1426
1427   //cluster covariance in the local system:
1428   // sx2   0   0
1429   // 0     0   0
1430   // 0     0   sz2
1431
1432   lcov[0] = AliTOFGeometry::XPad()*AliTOFGeometry::XPad()/12.;
1433   lcov[1] = 0;
1434   lcov[2] = 0;
1435   lcov[3] = 0;
1436   lcov[4] = 0;
1437   lcov[5] = 0;
1438   lcov[6] = 0;
1439   lcov[7] = 0;
1440   lcov[8] = AliTOFGeometry::ZPad()*AliTOFGeometry::ZPad()/12.;
1441
1442   //cluster covariance in the tracking system:
1443   TGeoHMatrix m;
1444   m.SetRotation(lcov);
1445   m.Multiply(l2t);
1446   m.MultiplyLeft(&l2t->Inverse());
1447   Double_t *tcov = m.GetRotationMatrix();
1448   cov[0] = tcov[0]; cov[1] = tcov[1]; cov[2] = tcov[2];
1449   cov[3] = tcov[4]; cov[4] = tcov[5];
1450   cov[5] = tcov[8];
1451
1452   return;
1453
1454 }