TOF/AliTOFClusterFinder.cxx

   1 /***************************************************************************
   2  * Copyright(c) 1998-1999, ALICE Experiment at CERN, All rights reserved. *
   3  *                                                                        *
   4  * Author: The ALICE Off-line Project.                                    *
   5  * Contributors are mentioned in the code where appropriate.              *
   6  *                                                                        *
   7  * Permission to use, copy, modify and distribute this software and its   *
   8  * documentation strictly for non-commercial purposes is hereby granted   *
   9  * without fee, provided that the above copyright notice appears in all   *
  10  * copies and that both the copyright notice and this permission notice   *
  11  * appear in the supporting documentation. The authors make no claims     *
  12  * about the suitability of this software for any purpose. It is          *
  13  * provided "as is" without express or implied warranty.                  *
  14  **************************************************************************/
  15
  16 /*
  17 $Log: AliTOFClusterFinder.cxx,v $
  18 Revision 1.31  2007/11/24 14:53:19  zampolli
  19 Status flag implemented as UChar_t
  20
  21 Revision 1.30  2007/10/04 13:08:52  arcelli
  22 updates to comply with AliTOFGeometryV5 becoming AliTOFGeometry
  23
  24 Revision 1.29  2007/10/03 10:42:33  arcelli
  25 updates to handle new AliTOFcluster, inheriting form AliCluster3D
  26
  27 Revision 1.28  2007/05/31 16:06:05  arcelli
  28 move instance of AliRawStream outside loop on DDL
  29
  30 Revision 1.27  2007/05/02 16:31:49  arcelli
  31 Add methods to handle single event reconstruction.  retrieval of Calib
  32 info moved to AliTOFReconstructor ctor, and passed via a pointer to
  33 AliTOFcalib
  34
  35 Revision 1.26  2007/04/30 19:02:24  arcelli
  36 hopefully the last refinements for correct type conversion in calibration
  37
  38 Revision 1.25  2007/04/30 15:22:17  arcelli
  39 Change TOF digit Time, Tot etc to int type
  40
  41 Revision 1.24  2007/04/27 11:19:31  arcelli
  42 updates for the new decoder
  43
  44 Revision 1.23  2007/04/23 16:51:39  decaro
  45 Digits-to-raw_data conversion: correction for a more real description
  46 (A.De Caro, R.Preghenella)
  47
  48 Revision 1.22  2007/04/19 17:26:32  arcelli
  49 Fix a bug (add some debug printout
  50
  51 Revision 1.21  2007/04/18 17:28:12  arcelli
  52 Set the ToT bin width to the one actually used...
  53
  54 Revision 1.20  2007/03/09 09:57:23  arcelli
  55  Remove a forgotten include of Riostrem
  56
  57 Revision 1.19  2007/03/08 15:41:20  arcelli
  58 set uncorrected times when filling RecPoints
  59
  60 Revision 1.18  2007/03/06 16:31:20  arcelli
  61 Add Uncorrected TOF Time signal
  62
  63 Revision 1.17  2007/02/28 18:09:11  arcelli
  64 Add protection against failed retrieval of the CDB cal object,
  65 now Reconstruction exits with AliFatal
  66
  67 Revision 1.16  2007/02/20 15:57:00  decaro
  68 Raw data update: to read the TOF raw data defined in UNPACKED mode
  69
  70
  71 Revision 0.03  2005/07/28 A. De Caro
  72          Implement public method
  73          Raw2Digits(Int_t, AliRawReader *)
  74          to convert digits from raw data in MC digits
  75          (temporary solution)
  76
  77 Revision 0.02  2005/07/27 A. De Caro
  78          Implement public method
  79          Digits2RecPoint(Int_t)
  80          to convert digits in clusters
  81
  82 Revision 0.02  2005/07/26 A. De Caro
  83          Implement private methods
  84          InsertCluster(AliTOFcluster *)
  85          FindClusterIndex(Double_t)
  86          originally implemented in AliTOFtracker
  87          by S. Arcelli and C. Zampolli
  88
  89 Revision 0.01  2005/07/25 A. De Caro
  90          Implement public methods
  91          Digits2RecPoint(AliRawReader *, TTree *)
  92          Digits2RecPoint(Int_t, AliRawReader *)
  93          to convert raw data in clusters
  94  */
  95
  96 ////////////////////////////////////////////////////////////////
  97 //                                                            //
  98 //         Class for TOF cluster finder                       //
  99 //                                                            //
 100 // Starting from Raw Data, create rec points,                 //
 101 //                         fill TreeR for TOF,                //
 102 //                         write TOF.RecPoints.root file      //
 103 //                                                            //
 104 ////////////////////////////////////////////////////////////////
 105
 106 #include "Riostream.h"
 107
 108 #include "TClonesArray.h"
 109 #include "TStopwatch.h"
 110 #include "TTree.h"
 111 //#include <TGeoManager.h>
 112 #include <TGeoMatrix.h>
 113 //#include <TGeoPhysicalNode.h>
 114
 115 #include "AliDAQ.h"
 116 #include "AliLoader.h"
 117 #include "AliLog.h"
 118 #include "AliRawReader.h"
 119 #include "AliRunLoader.h"
 120 //#include "AliAlignObj.h"
 121 #include <AliGeomManager.h>
 122
 123 #include "AliTOFcalib.h"
 124 #include "AliTOFChannelOnlineArray.h"
 125 #include "AliTOFChannelOnlineStatusArray.h"
 126 #include "AliTOFChannelOffline.h"
 127 #include "AliTOFClusterFinder.h"
 128 #include "AliTOFcluster.h"
 129 #include "AliTOFdigit.h"
 130 #include "AliTOFGeometry.h"
 131 #include "AliTOFrawData.h"
 132
 133 #include "AliTOFDeltaBCOffset.h"
 134 #include "AliTOFCTPLatency.h"
 135 #include "AliTOFRunParams.h"
 136
 137 //extern TFile *gFile;
 138
 139 ClassImp(AliTOFClusterFinder)
 140
 141 AliTOFClusterFinder::AliTOFClusterFinder(AliTOFcalib *calib):
 142   TNamed("AliTOFClusterFinder",""),
 143   fRunLoader(0),
 144   fTOFLoader(0),
 145   fTreeD(0),
 146   fTreeR(0),
 147   fDigits(new TClonesArray("AliTOFdigit", 4000)),
 148   fRecPoints(new TClonesArray("AliTOFcluster", 4000)),
 149   fNumberOfTofClusters(0),
 150   fVerbose(0),
 151   fDecoderVersion(0),
 152   fTOFcalib(calib),
 153   fTOFRawStream(AliTOFRawStream())
 154 {
 155 //
 156 // Constructor
 157 //
 158
 159   for (Int_t ii=0; ii<kTofMaxCluster; ii++) fTofClusters[ii]=0x0;
 160
 161   TString validity = (TString)fTOFcalib->GetOfflineValidity();
 162   if (validity.CompareTo("valid")==0) {
 163     AliInfo(Form(" validity = %s - Using offline calibration parameters",validity.Data()));
 164   } else {
 165     AliInfo(Form(" validity = %s - Using online calibration parameters",validity.Data()));
 166   }
 167
 168 }
 169
 170 //______________________________________________________________________________
 171
 172 AliTOFClusterFinder::AliTOFClusterFinder(AliRunLoader* runLoader, AliTOFcalib *calib):
 173   TNamed("AliTOFClusterFinder",""),
 174   fRunLoader(runLoader),
 175   fTOFLoader(runLoader->GetLoader("TOFLoader")),
 176   fTreeD(0),
 177   fTreeR(0),
 178   fDigits(new TClonesArray("AliTOFdigit", 4000)),
 179   fRecPoints(new TClonesArray("AliTOFcluster", 4000)),
 180   fNumberOfTofClusters(0),
 181   fVerbose(0),
 182   fDecoderVersion(0),
 183   fTOFcalib(calib),
 184   fTOFRawStream(AliTOFRawStream())
 185 {
 186 //
 187 // Constructor
 188 //
 189
 190   for (Int_t ii=0; ii<kTofMaxCluster; ii++) fTofClusters[ii]=0x0;
 191
 192   TString validity = (TString)fTOFcalib->GetOfflineValidity();
 193   if (validity.CompareTo("valid")==0) {
 194     AliInfo(Form(" validity = %s - Using offline calibration parameters",validity.Data()));
 195   } else {
 196     AliInfo(Form(" validity = %s - Using online calibration parameters",validity.Data()));
 197   }
 198
 199 }
 200
 201 //------------------------------------------------------------------------
 202 AliTOFClusterFinder::AliTOFClusterFinder(const AliTOFClusterFinder &source) :
 203   TNamed(source),
 204   fRunLoader(0),
 205   fTOFLoader(0),
 206   fTreeD(0),
 207   fTreeR(0),
 208   fDigits(source.fDigits),
 209   fRecPoints(source.fRecPoints),
 210   fNumberOfTofClusters(0),
 211   fVerbose(0),
 212   fDecoderVersion(source.fDecoderVersion),
 213   fTOFcalib(source.fTOFcalib),
 214   fTOFRawStream(source.fTOFRawStream)
 215 {
 216   // copy constructor
 217
 218   for (Int_t ii=0; ii<kTofMaxCluster; ii++) fTofClusters[ii]=source.fTofClusters[ii];
 219
 220 }
 221
 222 //------------------------------------------------------------------------
 223 AliTOFClusterFinder& AliTOFClusterFinder::operator=(const AliTOFClusterFinder &source)
 224 {
 225   // ass. op.
 226
 227   if (this == &source)
 228     return *this;
 229
 230   TNamed::operator=(source);
 231   fDigits=source.fDigits;
 232   fRecPoints=source.fRecPoints;
 233   fVerbose=source.fVerbose;
 234   fDecoderVersion=source.fDecoderVersion;
 235   fTOFcalib=source.fTOFcalib;
 236   fTOFRawStream=source.fTOFRawStream;
 237   for (Int_t ii=0; ii<kTofMaxCluster; ii++) fTofClusters[ii]=source.fTofClusters[ii];
 238
 239   return *this;
 240
 241 }
 242 //______________________________________________________________________________
 243
 244 AliTOFClusterFinder::~AliTOFClusterFinder()
 245 {
 246
 247   //
 248   // Destructor
 249   //
 250
 251   if (fDigits)
 252     {
 253       fDigits->Delete();
 254       delete fDigits;
 255       fDigits=0;
 256     }
 257   if (fRecPoints)
 258     {
 259       fRecPoints->Delete();
 260       delete fRecPoints;
 261       fRecPoints=0;
 262     }
 263
 264   //if (fTofClusters || fNumberOfTofClusters) {
 265   if (fNumberOfTofClusters) {
 266     for (Int_t ii=0; ii<kTofMaxCluster; ii++) {
 267       if (fTofClusters[ii]) fTofClusters[ii]->Delete();
 268       delete fTofClusters[ii];
 269     }
 270     fNumberOfTofClusters=0;
 271    }
 272
 273 }
 274 //______________________________________________________________________________
 275
 276 void AliTOFClusterFinder::Digits2RecPoints(Int_t iEvent)
 277 {
 278   //
 279   // Converts digits to recpoints for TOF
 280   //
 281
 282   TStopwatch stopwatch;
 283   stopwatch.Start();
 284
 285   Int_t inholes = 0;
 286
 287   fRunLoader->GetEvent(iEvent);
 288
 289   fTreeD = fTOFLoader->TreeD();
 290   if (fTreeD == 0x0) {
 291     AliFatal("AliTOFClusterFinder: Can not get TreeD");
 292     return;
 293   }
 294
 295   fDigits->Clear();
 296   fTreeD->GetBranch("TOF")->SetAutoDelete(kFALSE);
 297   fTreeD->SetBranchAddress("TOF",&fDigits);
 298
 299   ResetRecpoint();
 300
 301   fTreeR = fTOFLoader->TreeR();
 302   if (fTreeR == 0x0)
 303     {
 304       fTOFLoader->MakeTree("R");
 305       fTreeR = fTOFLoader->TreeR();
 306     }
 307
 308   Int_t bufsize = 32000;
 309   fTreeR->Branch("TOF", &fRecPoints, bufsize);
 310
 311   fTreeD->GetEvent(0);
 312   Int_t nDigits = fDigits->GetEntriesFast();
 313   AliDebug(2,Form("Number of TOF digits: %d",nDigits));
 314
 315   Int_t ii;
 316   Int_t dig[5]={-1,-1,-1,-1,-1}; //cluster detector indeces
 317   Int_t parTOF[7]={0,0,0,0,0,0,0}; //The TOF signal parameters
 318   Bool_t status=kTRUE; // assume all sim channels ok in the beginning...
 319   for (ii=0; ii<nDigits; ii++) {
 320     AliTOFdigit *d = (AliTOFdigit*)fDigits->UncheckedAt(ii);
 321     dig[0]=d->GetSector();
 322     dig[1]=d->GetPlate();
 323     dig[2]=d->GetStrip();
 324     dig[3]=d->GetPadz();
 325     dig[4]=d->GetPadx();
 326
 327     /* check valid index */
 328     if (dig[0]==-1||dig[1]==-1||dig[2]==-1||dig[3]==-1||dig[4]==-1) continue;
 329
 330     // Do not reconstruct anything in the holes
 331     if (dig[0]==13 || dig[0]==14 || dig[0]==15 ) { // sectors with holes
 332       if (dig[1]==2) { // plate with holes
 333         inholes++;
 334         continue;
 335       }
 336     }
 337
 338     AliDebug(2,Form(" %2d  %1d  %2d  %1d  %2d ",dig[0],dig[1],dig[2],dig[3],dig[4]));
 339
 340     parTOF[0] = d->GetTdc(); //the TDC signal
 341     parTOF[1] = d->GetToT(); //the ToT signal
 342     parTOF[2] = d->GetAdc(); // the adc charge
 343     parTOF[3] = d->GetTdcND(); // non decalibrated sim time
 344     parTOF[4] = d->GetTdc(); // raw time, == Tdc time for the moment
 345     parTOF[5] = 0; // deltaBC
 346     parTOF[6] = 0; // L0-L1 latency
 347     Double_t posClus[3];
 348     Double_t covClus[6];
 349     UShort_t volIdClus=GetClusterVolIndex(dig);
 350     GetClusterPars(dig, posClus,covClus);
 351     AliTOFcluster *tofCluster = new AliTOFcluster(volIdClus,posClus[0],posClus[1],posClus[2],covClus[0],covClus[1],covClus[2],covClus[3],covClus[4],covClus[5],d->GetTracks(),dig,parTOF,status,ii);
 352     InsertCluster(tofCluster);
 353
 354   }
 355
 356   AliDebug(1,Form("Number of found clusters: %d for event: %d", fNumberOfTofClusters, iEvent));
 357
 358   CalibrateRecPoint();
 359   FillRecPoint();
 360
 361   fTreeR->Fill();
 362   ResetRecpoint();
 363
 364   fTOFLoader = fRunLoader->GetLoader("TOFLoader");
 365   fTOFLoader->WriteRecPoints("OVERWRITE");
 366
 367   AliDebug(1,Form("Execution time to read TOF digits and to write TOF clusters : R:%.4fs C:%.4fs",
 368                   stopwatch.RealTime(),stopwatch.CpuTime()));
 369   if (inholes) AliWarning(Form("Clusters in the TOF holes: %d",inholes));
 370
 371 }
 372
 373 //______________________________________________________________________________
 374
 375 void AliTOFClusterFinder::Digits2RecPoints(TTree* digitsTree, TTree* clusterTree)
 376 {
 377   //
 378   // Converts digits to recpoints for TOF
 379   //
 380
 381   TStopwatch stopwatch;
 382   stopwatch.Start();
 383
 384   Int_t inholes = 0;
 385
 386   if (digitsTree == 0x0) {
 387     AliFatal("AliTOFClusterFinder: Can not get TreeD");
 388     return;
 389   }
 390
 391   fDigits->Clear();
 392   digitsTree->GetBranch("TOF")->SetAutoDelete(kFALSE);
 393   digitsTree->SetBranchAddress("TOF",&fDigits);
 394
 395   ResetRecpoint();
 396   Int_t bufsize = 32000;
 397   clusterTree->Branch("TOF", &fRecPoints, bufsize);
 398
 399   digitsTree->GetEvent(0);
 400   Int_t nDigits = fDigits->GetEntriesFast();
 401   AliDebug(2,Form("Number of TOF digits: %d",nDigits));
 402
 403   Int_t ii;
 404   Int_t dig[5]={-1,-1,-1,-1,-1}; //cluster detector indeces
 405   Int_t parTOF[7]={0,0,0,0,0,0,0}; //The TOF signal parameters
 406   Bool_t status=kTRUE; // assume all sim channels ok in the beginning...
 407   for (ii=0; ii<nDigits; ii++) {
 408     AliTOFdigit *d = (AliTOFdigit*)fDigits->UncheckedAt(ii);
 409     dig[0]=d->GetSector();
 410     dig[1]=d->GetPlate();
 411     dig[2]=d->GetStrip();
 412     dig[3]=d->GetPadz();
 413     dig[4]=d->GetPadx();
 414
 415     /* check valid index */
 416     if (dig[0]==-1||dig[1]==-1||dig[2]==-1||dig[3]==-1||dig[4]==-1) continue;
 417
 418     // Do not reconstruct anything in the holes
 419     if (dig[0]==13 || dig[0]==14 || dig[0]==15 ) { // sectors with holes
 420       if (dig[1]==2) { // plate with holes
 421         inholes++;
 422         continue;
 423       }
 424     }
 425
 426     //    AliDebug(2,Form(" %2d  %1d  %2d  %1d  %2d ",dig[0],dig[1],dig[2],dig[3],dig[4]));
 427
 428     parTOF[0] = d->GetTdc(); //the TDC signal
 429     parTOF[1] = d->GetToT(); //the ToT signal
 430     parTOF[2] = d->GetAdc(); // the adc charge
 431     parTOF[3] = d->GetTdcND(); // non decalibrated sim time
 432     parTOF[4] = d->GetTdc(); // raw time, == Tdc time for the moment
 433     parTOF[5] = 0; // deltaBC
 434     parTOF[6] = 0; // L0-L1 latency
 435
 436     Double_t posClus[3];
 437     Double_t covClus[6];
 438     UShort_t volIdClus=GetClusterVolIndex(dig);
 439     GetClusterPars(dig,posClus,covClus);
 440     AliTOFcluster *tofCluster = new AliTOFcluster(volIdClus,posClus[0],posClus[1],posClus[2],covClus[0],covClus[1],covClus[2],covClus[3],covClus[4],covClus[5],d->GetTracks(),dig,parTOF,status,ii);
 441     InsertCluster(tofCluster);
 442
 443   }
 444
 445   AliDebug(1,Form("Number of found clusters: %d", fNumberOfTofClusters));
 446
 447   CalibrateRecPoint();
 448   FillRecPoint();
 449
 450   clusterTree->Fill();
 451   ResetRecpoint();
 452
 453   AliDebug(1,Form("Execution time to read TOF digits and to write TOF clusters : R:%.4fs C:%.4fs",
 454                   stopwatch.RealTime(),stopwatch.CpuTime()));
 455   if (inholes) AliWarning(Form("Clusters in the TOF holes: %d",inholes));
 456
 457 }
 458 //______________________________________________________________________________
 459
 460 void AliTOFClusterFinder::Digits2RecPoints(AliRawReader *rawReader,
 461                                            TTree *clustersTree)
 462 {
 463   //
 464   // Converts RAW data to recpoints for TOF
 465   //
 466
 467   TStopwatch stopwatch;
 468   stopwatch.Start();
 469
 470   Int_t inholes = 0;
 471
 472   const Int_t kDDL = AliDAQ::NumberOfDdls("TOF");
 473
 474   ResetRecpoint();
 475
 476   Int_t bufsize = 32000;
 477   clustersTree->Branch("TOF", &fRecPoints, bufsize);
 478
 479   TClonesArray * clonesRawData;
 480   Int_t dummy = -1;
 481
 482   Int_t detectorIndex[5];
 483   Int_t parTOF[7];
 484
 485   ofstream ftxt;
 486   if (fVerbose==2) ftxt.open("TOFdigitsRead.txt",ios::app);
 487
 488   fTOFRawStream.Clear();
 489   fTOFRawStream.SetRawReader(rawReader);
 490
 491   if (fDecoderVersion == 1) {
 492     AliInfo("Using New Decoder");
 493   }
 494   else if (fDecoderVersion == 2) {
 495     AliInfo("Using Enhanced Decoder");
 496   }
 497   else {
 498     AliInfo("Using Old Decoder");
 499   }
 500
 501   Int_t indexDDL = 0;
 502   for (indexDDL = 0; indexDDL < kDDL; indexDDL++) {
 503
 504     rawReader->Reset();
 505     if (fDecoderVersion == 1) {
 506       fTOFRawStream.LoadRawDataBuffers(indexDDL,fVerbose);
 507     }
 508     else if (fDecoderVersion == 2) {
 509       fTOFRawStream.LoadRawDataBuffersV2(indexDDL,fVerbose);
 510     }
 511     else  {
 512       fTOFRawStream.LoadRawData(indexDDL);
 513     }
 514
 515     clonesRawData = (TClonesArray*)fTOFRawStream.GetRawData();
 516
 517     for (Int_t iRawData = 0; iRawData<clonesRawData->GetEntriesFast(); iRawData++) {
 518
 519       AliTOFrawData *tofRawDatum = (AliTOFrawData*)clonesRawData->UncheckedAt(iRawData);
 520
 521       //if (tofRawDatum->GetTOT()==-1 || tofRawDatum->GetTOF()==-1) continue;
 522       if (tofRawDatum->GetTOF()==-1) continue;
 523
 524       if (fVerbose==2) {
 525         if (indexDDL<10) ftxt << "  " << indexDDL;
 526         else         ftxt << " " << indexDDL;
 527         if (tofRawDatum->GetTRM()<10) ftxt << "  " << tofRawDatum->GetTRM();
 528         else         ftxt << " " << tofRawDatum->GetTRM();
 529         ftxt << "  " << tofRawDatum->GetTRMchain();
 530         if (tofRawDatum->GetTDC()<10) ftxt << "  " << tofRawDatum->GetTDC();
 531         else         ftxt << " " << tofRawDatum->GetTDC();
 532         ftxt << "  " << tofRawDatum->GetTDCchannel();
 533       }
 534
 535       fTOFRawStream.EquipmentId2VolumeId(indexDDL, tofRawDatum->GetTRM(), tofRawDatum->GetTRMchain(),
 536                                          tofRawDatum->GetTDC(), tofRawDatum->GetTDCchannel(), detectorIndex);
 537       dummy = detectorIndex[3];
 538       detectorIndex[3] = detectorIndex[4];
 539       detectorIndex[4] = dummy;
 540
 541       if (fVerbose==2) {
 542         if (detectorIndex[0]<10) ftxt  << "  ->  " << detectorIndex[0];
 543         else              ftxt  << "  -> " << detectorIndex[0];
 544         ftxt << "  " << detectorIndex[1];
 545         if (detectorIndex[2]<10) ftxt << "  " << detectorIndex[2];
 546         else              ftxt << " " << detectorIndex[2];
 547         ftxt << "  " << detectorIndex[3];
 548         if (detectorIndex[4]<10) ftxt << "  " << detectorIndex[4];
 549         else              ftxt << " " << detectorIndex[4];
 550       }
 551
 552     /* check valid index */
 553     if (detectorIndex[0]==-1||detectorIndex[1]==-1||detectorIndex[2]==-1||detectorIndex[3]==-1||detectorIndex[4]==-1) continue;
 554
 555       // Do not reconstruct anything in the holes
 556       if (detectorIndex[0]==13 || detectorIndex[0]==14 || detectorIndex[0]==15 ) { // sectors with holes
 557         if (detectorIndex[1]==2) { // plate with holes
 558           inholes++;
 559           continue;
 560         }
 561       }
 562
 563       parTOF[0] = tofRawDatum->GetTOF(); //TDC
 564       parTOF[1] = tofRawDatum->GetTOT(); // TOT
 565       parTOF[2] = tofRawDatum->GetTOT(); //ADC==TOF
 566       parTOF[3] = 0;//raw data: no track of undecalib sim time
 567       parTOF[4] = tofRawDatum->GetTOF(); // RAW time
 568       parTOF[5] = tofRawDatum->GetDeltaBC(); // deltaBC
 569       parTOF[6] = tofRawDatum->GetL0L1Latency(); // L0-L1 latency
 570       Double_t posClus[3];
 571       Double_t covClus[6];
 572       UShort_t volIdClus=GetClusterVolIndex(detectorIndex);
 573       Int_t lab[3]={-1,-1,-1};
 574       Bool_t status=kTRUE;
 575       GetClusterPars(detectorIndex,posClus,covClus);
 576       AliTOFcluster *tofCluster = new AliTOFcluster(volIdClus,posClus[0],posClus[1],posClus[2],covClus[0],covClus[1],covClus[2],covClus[3],covClus[4],covClus[5],lab,detectorIndex,parTOF,status,-1);
 577       InsertCluster(tofCluster);
 578
 579       if (fVerbose==2) {
 580         if (parTOF[1]<10)ftxt << "        " << parTOF[1];
 581         else if (parTOF[1]>=10 && parTOF[1]<100) ftxt << "      " << parTOF[1];
 582         else ftxt << "      " << parTOF[1];
 583         if (parTOF[0]<10) ftxt << "      " << parTOF[0] << endl;
 584         else if (parTOF[0]>=10 && parTOF[0]<100)   ftxt << "    " << parTOF[0] << endl;
 585         else if (parTOF[0]>=100 && parTOF[0]<1000) ftxt << "    " << parTOF[0] << endl;
 586         else ftxt << "   " << parTOF[0] << endl;
 587       }
 588
 589     } // closed loop on TOF raw data per current DDL file
 590
 591     clonesRawData->Clear("C");
 592
 593   } // closed loop on DDL index
 594
 595   if (fVerbose==2) ftxt.close();
 596
 597   AliDebug(1,Form("Number of found clusters: %d", fNumberOfTofClusters));
 598
 599   CalibrateRecPoint(rawReader->GetTimestamp());
 600   FillRecPoint();
 601
 602   clustersTree->Fill();
 603
 604   ResetRecpoint();
 605
 606   AliDebug(1, Form("Execution time to read TOF raw data and to write TOF clusters : R:%.4fs C:%.4fs",
 607                    stopwatch.RealTime(),stopwatch.CpuTime()));
 608   if (inholes) AliWarning(Form("Clusters in the TOF holes: %d",inholes));
 609
 610 }
 611 //______________________________________________________________________________
 612
 613 void AliTOFClusterFinder::Digits2RecPoints(Int_t iEvent, AliRawReader *rawReader)
 614 {
 615   //
 616   // Converts RAW data to recpoints for TOF
 617   //
 618
 619   TStopwatch stopwatch;
 620   stopwatch.Start();
 621
 622   Int_t inholes = 0;
 623
 624   const Int_t kDDL = AliDAQ::NumberOfDdls("TOF");
 625
 626   fRunLoader->GetEvent(iEvent);
 627
 628   AliDebug(2,Form(" Event number %2d ", iEvent));
 629
 630   fTreeR = fTOFLoader->TreeR();
 631
 632   if (fTreeR == 0x0){
 633     fTOFLoader->MakeTree("R");
 634     fTreeR = fTOFLoader->TreeR();
 635   }
 636
 637   Int_t bufsize = 32000;
 638   fTreeR->Branch("TOF", &fRecPoints, bufsize);
 639
 640   TClonesArray * clonesRawData;
 641
 642   Int_t dummy = -1;
 643
 644   Int_t detectorIndex[5] = {-1, -1, -1, -1, -1};
 645   Int_t parTOF[7];
 646   ofstream ftxt;
 647   if (fVerbose==2) ftxt.open("TOFdigitsRead.txt",ios::app);
 648
 649   fTOFRawStream.Clear();
 650   fTOFRawStream.SetRawReader(rawReader);
 651
 652   if (fDecoderVersion == 1) {
 653     AliInfo("Using New Decoder");
 654   }
 655   else if (fDecoderVersion == 2) {
 656     AliInfo("Using Enhanced Decoder");
 657   }
 658   else {
 659     AliInfo("Using Old Decoder");
 660   }
 661
 662   Int_t indexDDL = 0;
 663   for (indexDDL = 0; indexDDL < kDDL; indexDDL++) {
 664
 665     rawReader->Reset();
 666     if (fDecoderVersion == 1) {
 667       fTOFRawStream.LoadRawDataBuffers(indexDDL,fVerbose);
 668     }
 669     else if (fDecoderVersion == 2) {
 670       fTOFRawStream.LoadRawDataBuffersV2(indexDDL,fVerbose);
 671     }
 672     else {
 673       fTOFRawStream.LoadRawData(indexDDL);
 674     }
 675
 676     clonesRawData = (TClonesArray*)fTOFRawStream.GetRawData();
 677
 678     for (Int_t iRawData = 0; iRawData<clonesRawData->GetEntriesFast(); iRawData++) {
 679
 680       AliTOFrawData *tofRawDatum = (AliTOFrawData*)clonesRawData->UncheckedAt(iRawData);
 681
 682       //if (tofRawDatum->GetTOT()==-1 || tofRawDatum->GetTOF()==-1) continue;
 683       if (tofRawDatum->GetTOF()==-1) continue;
 684
 685       if (fVerbose==2) {
 686         if (indexDDL<10) ftxt << "  " << indexDDL;
 687         else         ftxt << " " << indexDDL;
 688         if (tofRawDatum->GetTRM()<10) ftxt << "  " << tofRawDatum->GetTRM();
 689         else         ftxt << " " << tofRawDatum->GetTRM();
 690         ftxt << "  " << tofRawDatum->GetTRMchain();
 691         if (tofRawDatum->GetTDC()<10) ftxt << "  " << tofRawDatum->GetTDC();
 692         else         ftxt << " " << tofRawDatum->GetTDC();
 693         ftxt << "  " << tofRawDatum->GetTDCchannel();
 694       }
 695
 696       fTOFRawStream.EquipmentId2VolumeId(indexDDL, tofRawDatum->GetTRM(), tofRawDatum->GetTRMchain(),
 697                                          tofRawDatum->GetTDC(), tofRawDatum->GetTDCchannel(), detectorIndex);
 698       dummy = detectorIndex[3];
 699       detectorIndex[3] = detectorIndex[4];
 700       detectorIndex[4] = dummy;
 701
 702       if (fVerbose==2) {
 703         if (detectorIndex[0]<10) ftxt  << "  ->  " << detectorIndex[0];
 704         else              ftxt  << "  -> " << detectorIndex[0];
 705         ftxt << "  " << detectorIndex[1];
 706         if (detectorIndex[2]<10) ftxt << "  " << detectorIndex[2];
 707         else              ftxt << " " << detectorIndex[2];
 708         ftxt << "  " << detectorIndex[3];
 709         if (detectorIndex[4]<10) ftxt << "  " << detectorIndex[4];
 710         else              ftxt << " " << detectorIndex[4];
 711       }
 712
 713     /* check valid index */
 714     if (detectorIndex[0]==-1||detectorIndex[1]==-1||detectorIndex[2]==-1||detectorIndex[3]==-1||detectorIndex[4]==-1) continue;
 715
 716       // Do not reconstruct anything in the holes
 717       if (detectorIndex[0]==13 || detectorIndex[0]==14 || detectorIndex[0]==15 ) { // sectors with holes
 718         if (detectorIndex[1]==2) { // plate with holes
 719           inholes++;
 720           continue;
 721         }
 722       }
 723
 724       parTOF[0] = tofRawDatum->GetTOF(); // TDC
 725       parTOF[1] = tofRawDatum->GetTOT(); // TOT
 726       parTOF[2] = tofRawDatum->GetTOT(); // raw data have ADC=TOT
 727       parTOF[3] = 0; //raw data: no track of the undecalib sim time
 728       parTOF[4] = tofRawDatum->GetTOF(); // Raw time == TDC
 729       parTOF[5] = tofRawDatum->GetDeltaBC(); // deltaBC
 730       parTOF[6] = tofRawDatum->GetL0L1Latency(); // L0-L1 latency
 731       Double_t posClus[3];
 732       Double_t covClus[6];
 733       UShort_t volIdClus=GetClusterVolIndex(detectorIndex);
 734       Int_t lab[3]={-1,-1,-1};
 735       Bool_t status=kTRUE;
 736       GetClusterPars(detectorIndex,posClus,covClus);
 737       AliTOFcluster *tofCluster = new AliTOFcluster(volIdClus,posClus[0],posClus[1],posClus[2],covClus[0],covClus[1],covClus[2],covClus[3],covClus[4],covClus[5],lab,detectorIndex,parTOF,status,-1);
 738       InsertCluster(tofCluster);
 739
 740       if (fVerbose==2) {
 741         if (parTOF[1]<10)ftxt << "        " << parTOF[1];
 742         else if (parTOF[1]>=10 && parTOF[1]<100) ftxt << "      " << parTOF[1];
 743         else ftxt << "      " << parTOF[1];
 744         if (parTOF[0]<10) ftxt << "      " << parTOF[0] << endl;
 745         else if (parTOF[0]>=10 && parTOF[0]<100)   ftxt << "    " << parTOF[0] << endl;
 746         else if (parTOF[0]>=100 && parTOF[0]<1000) ftxt << "    " << parTOF[0] << endl;
 747         else ftxt << "   " << parTOF[0] << endl;
 748       }
 749
 750     } // closed loop on TOF raw data per current DDL file
 751
 752     clonesRawData->Clear("C");
 753
 754   } // closed loop on DDL index
 755
 756   if (fVerbose==2) ftxt.close();
 757
 758   AliDebug(1,Form("Number of found clusters: %d for event: %d", fNumberOfTofClusters, iEvent));
 759
 760   CalibrateRecPoint(rawReader->GetTimestamp());
 761   FillRecPoint();
 762
 763   fTreeR->Fill();
 764   ResetRecpoint();
 765
 766   fTOFLoader = fRunLoader->GetLoader("TOFLoader");
 767   fTOFLoader->WriteRecPoints("OVERWRITE");
 768
 769   AliDebug(1, Form("Execution time to read TOF raw data and to write TOF clusters : R:%.4fs C:%.4fs",
 770                stopwatch.RealTime(),stopwatch.CpuTime()));
 771   if (inholes) AliWarning(Form("Clusters in the TOF holes: %d",inholes));
 772
 773 }
 774 //______________________________________________________________________________
 775
 776 void AliTOFClusterFinder::Raw2Digits(Int_t iEvent, AliRawReader *rawReader)
 777 {
 778   //
 779   // Converts RAW data to MC digits for TOF
 780   //
 781   //             (temporary solution)
 782   //
 783
 784   TStopwatch stopwatch;
 785   stopwatch.Start();
 786
 787   const Int_t kDDL = AliTOFGeometry::NDDL()*AliTOFGeometry::NSectors();
 788
 789   fRunLoader->GetEvent(iEvent);
 790
 791   fTreeD = fTOFLoader->TreeD();
 792   if (fTreeD)
 793     {
 794     AliInfo("TreeD re-creation");
 795     fTreeD = 0x0;
 796     fTOFLoader->MakeTree("D");
 797     fTreeD = fTOFLoader->TreeD();
 798     }
 799   else {
 800     AliFatal("Can not get TreeD");
 801     return;
 802   }
 803
 804   Int_t bufsize = 32000;
 805   fDigits->Clear();
 806   fTreeD->Branch("TOF", &fDigits, bufsize);
 807
 808   fRunLoader->GetEvent(iEvent);
 809
 810   AliDebug(2,Form(" Event number %2d ", iEvent));
 811
 812   TClonesArray * clonesRawData;
 813
 814   Int_t dummy = -1;
 815
 816   Int_t detectorIndex[5];
 817   Int_t digit[4];
 818
 819   fTOFRawStream.Clear();
 820   fTOFRawStream.SetRawReader(rawReader);
 821
 822   if (fDecoderVersion == 1) {
 823     AliInfo("Using New Decoder");
 824   }
 825   else if (fDecoderVersion == 2) {
 826     AliInfo("Using Enhanced Decoder");
 827   }
 828   else {
 829     AliInfo("Using Old Decoder");
 830   }
 831
 832   Int_t indexDDL = 0;
 833   for (indexDDL = 0; indexDDL < kDDL; indexDDL++) {
 834
 835     rawReader->Reset();
 836     if (fDecoderVersion == 1) {
 837       fTOFRawStream.LoadRawDataBuffers(indexDDL,fVerbose);
 838     }
 839     else if (fDecoderVersion == 2) {
 840       fTOFRawStream.LoadRawDataBuffersV2(indexDDL,fVerbose);
 841     }
 842     else {
 843       fTOFRawStream.LoadRawData(indexDDL);
 844     }
 845
 846     clonesRawData = (TClonesArray*)fTOFRawStream.GetRawData();
 847
 848     for (Int_t iRawData = 0; iRawData<clonesRawData->GetEntriesFast(); iRawData++) {
 849
 850       AliTOFrawData *tofRawDatum = (AliTOFrawData*)clonesRawData->UncheckedAt(iRawData);
 851
 852       //if (!tofRawDatum->GetTOT() || !tofRawDatum->GetTOF()) continue;
 853       if (tofRawDatum->GetTOF()==-1) continue;
 854
 855       fTOFRawStream.EquipmentId2VolumeId(indexDDL, tofRawDatum->GetTRM(), tofRawDatum->GetTRMchain(),
 856                                          tofRawDatum->GetTDC(), tofRawDatum->GetTDCchannel(), detectorIndex);
 857       dummy = detectorIndex[3];
 858       detectorIndex[3] = detectorIndex[4];
 859       detectorIndex[4] = dummy;
 860
 861       digit[0] = fTOFRawStream.GetTofBin();
 862       digit[1] = fTOFRawStream.GetToTbin();
 863       digit[2] = fTOFRawStream.GetToTbin();
 864       digit[3] = 0;
 865
 866       Int_t tracknum[3]={-1,-1,-1};
 867
 868       TClonesArray &aDigits = *fDigits;
 869       Int_t last=fDigits->GetEntriesFast();
 870       new (aDigits[last]) AliTOFdigit(tracknum, detectorIndex, digit);
 871
 872     } // while loop
 873
 874     clonesRawData->Clear("C");
 875
 876   } // DDL Loop
 877
 878   fTreeD->Fill();
 879
 880   fTOFLoader = fRunLoader->GetLoader("TOFLoader");
 881   fTOFLoader->WriteDigits("OVERWRITE");
 882
 883   AliDebug(1, Form("Execution time to read TOF raw data and to write TOF clusters : R:%.2fs C:%.2fs",
 884                    stopwatch.RealTime(),stopwatch.CpuTime()));
 885
 886 }
 887
 888 //______________________________________________________________________________
 889
 890 void AliTOFClusterFinder::Raw2Digits(AliRawReader *rawReader, TTree* digitsTree)
 891 {
 892   //
 893   // Converts RAW data to MC digits for TOF for the current event
 894   //
 895   //
 896
 897   TStopwatch stopwatch;
 898   stopwatch.Start();
 899
 900   const Int_t kDDL = AliTOFGeometry::NDDL()*AliTOFGeometry::NSectors();
 901
 902   if (!digitsTree)
 903     {
 904     AliError("No input digits Tree");
 905     return;
 906     }
 907
 908   Int_t bufsize = 32000;
 909   digitsTree->Branch("TOF", &fDigits, bufsize);
 910
 911   TClonesArray * clonesRawData;
 912   Int_t dummy = -1;
 913
 914   Int_t detectorIndex[5];
 915   Int_t digit[4];
 916
 917   fTOFRawStream.Clear();
 918   fTOFRawStream.SetRawReader(rawReader);
 919
 920   if (fDecoderVersion == 1) {
 921     AliInfo("Using New Decoder");
 922   }
 923   else if (fDecoderVersion == 2) {
 924     AliInfo("Using Enhanced Decoder");
 925   }
 926   else {
 927     AliInfo("Using Old Decoder");
 928   }
 929
 930   Int_t indexDDL = 0;
 931   for (indexDDL = 0; indexDDL < kDDL; indexDDL++) {
 932
 933     rawReader->Reset();
 934     if (fDecoderVersion == 1) {
 935       fTOFRawStream.LoadRawDataBuffers(indexDDL,fVerbose);
 936     }
 937     else if (fDecoderVersion == 2) {
 938       fTOFRawStream.LoadRawDataBuffersV2(indexDDL,fVerbose);
 939     }
 940     else {
 941       fTOFRawStream.LoadRawData(indexDDL);
 942     }
 943
 944     clonesRawData = (TClonesArray*)fTOFRawStream.GetRawData();
 945
 946     for (Int_t iRawData = 0; iRawData<clonesRawData->GetEntriesFast(); iRawData++) {
 947
 948       AliTOFrawData *tofRawDatum = (AliTOFrawData*)clonesRawData->UncheckedAt(iRawData);
 949
 950       //if (!tofRawDatum->GetTOT() || !tofRawDatum->GetTOF()) continue;
 951       if (tofRawDatum->GetTOF()==-1) continue;
 952
 953       fTOFRawStream.EquipmentId2VolumeId(indexDDL, tofRawDatum->GetTRM(), tofRawDatum->GetTRMchain(),
 954                                          tofRawDatum->GetTDC(), tofRawDatum->GetTDCchannel(), detectorIndex);
 955       dummy = detectorIndex[3];
 956       detectorIndex[3] = detectorIndex[4];
 957       detectorIndex[4] = dummy;
 958
 959       digit[0] = fTOFRawStream.GetTofBin();
 960       digit[1] = fTOFRawStream.GetToTbin();
 961       digit[2] = fTOFRawStream.GetToTbin();
 962       digit[3] = 0;
 963
 964       Int_t tracknum[3]={-1,-1,-1};
 965
 966       TClonesArray &aDigits = *fDigits;
 967       Int_t last=fDigits->GetEntriesFast();
 968       new (aDigits[last]) AliTOFdigit(tracknum, detectorIndex, digit);
 969
 970     } // while loop
 971
 972     clonesRawData->Clear("C");
 973
 974   } // DDL Loop
 975
 976   digitsTree->Fill();
 977
 978   AliDebug(1, Form("Got %d digits: ", fDigits->GetEntries()));
 979   AliDebug(1, Form("Execution time to read TOF raw data and fill TOF digit tree : R:%.2fs C:%.2fs",
 980                    stopwatch.RealTime(),stopwatch.CpuTime()));
 981
 982 }
 983 //______________________________________________________________________________
 984
 985 Int_t AliTOFClusterFinder::InsertCluster(AliTOFcluster *tofCluster) {
 986   //---------------------------------------------------------------------------//
 987   // This function adds a TOF cluster to the array of TOF clusters sorted in Z //
 988   //---------------------------------------------------------------------------//
 989   if (fNumberOfTofClusters==kTofMaxCluster) {
 990     AliError("Too many clusters !");
 991     return 1;
 992   }
 993
 994   if (fNumberOfTofClusters==0) {
 995     fTofClusters[fNumberOfTofClusters++] = tofCluster;
 996     return 0;
 997   }
 998
 999   Int_t ii = FindClusterIndex(tofCluster->GetZ());
1000   memmove(fTofClusters+ii+1 ,fTofClusters+ii,(fNumberOfTofClusters-ii)*sizeof(AliTOFcluster*));
1001   fTofClusters[ii] = tofCluster;
1002   fNumberOfTofClusters++;
1003
1004   return 0;
1005
1006 }
1007 //_________________________________________________________________________
1008
1009 Int_t AliTOFClusterFinder::FindClusterIndex(Double_t z) const {
1010   //--------------------------------------------------------------------
1011   // This function returns the index of the nearest cluster in z
1012   //--------------------------------------------------------------------
1013   if (fNumberOfTofClusters==0) return 0;
1014   if (z <= fTofClusters[0]->GetZ()) return 0;
1015   if (z > fTofClusters[fNumberOfTofClusters-1]->GetZ()) return fNumberOfTofClusters;
1016   Int_t b = 0, e = fNumberOfTofClusters-1, m = (b+e)/2;
1017   for (; b<e; m=(b+e)/2) {
1018     if (z > fTofClusters[m]->GetZ()) b=m+1;
1019     else e=m;
1020   }
1021
1022   return m;
1023
1024 }
1025 //_________________________________________________________________________
1026
1027 void AliTOFClusterFinder::FillRecPoint()
1028 {
1029   //
1030   // Copy the global array of AliTOFcluster, i.e. fTofClusters (sorted
1031   // in Z) in the global TClonesArray of AliTOFcluster,
1032   // i.e. fRecPoints.
1033   //
1034
1035   Int_t ii, jj;
1036
1037   Int_t detectorIndex[5];
1038   Int_t parTOF[7];
1039   Int_t trackLabels[3];
1040   Int_t digitIndex = -1;
1041   Bool_t status=kTRUE;
1042
1043   TClonesArray &lRecPoints = *fRecPoints;
1044
1045   for (ii=0; ii<fNumberOfTofClusters; ii++) {
1046
1047     digitIndex = fTofClusters[ii]->GetIndex();
1048     for(jj=0; jj<5; jj++) detectorIndex[jj] = fTofClusters[ii]->GetDetInd(jj);
1049     for(jj=0; jj<3; jj++) trackLabels[jj] = fTofClusters[ii]->GetLabel(jj);
1050     parTOF[0] = fTofClusters[ii]->GetTDC(); // TDC
1051     parTOF[1] = fTofClusters[ii]->GetToT(); // TOT
1052     parTOF[2] = fTofClusters[ii]->GetADC(); // ADC=TOT
1053     parTOF[3] = fTofClusters[ii]->GetTDCND(); // TDCND
1054     parTOF[4] = fTofClusters[ii]->GetTDCRAW();//RAW
1055     parTOF[5] = fTofClusters[ii]->GetDeltaBC();//deltaBC
1056     parTOF[6] = fTofClusters[ii]->GetL0L1Latency();//L0-L1 latency
1057     status=fTofClusters[ii]->GetStatus();
1058     Double_t posClus[3];
1059     Double_t covClus[6];
1060     UShort_t volIdClus=GetClusterVolIndex(detectorIndex);
1061     GetClusterPars(detectorIndex,posClus,covClus);
1062     new(lRecPoints[ii]) AliTOFcluster(volIdClus,posClus[0],posClus[1],posClus[2],covClus[0],covClus[1],covClus[2],covClus[3],covClus[4],covClus[5],trackLabels,detectorIndex, parTOF,status,digitIndex);
1063
1064     AliDebug(2, Form(" %4d  %4d  %f %f %f  %f %f %f %f %f %f  %3d %3d %3d  %2d %1d %2d %1d %2d  %4d %3d %3d %4d %4d  %1d  %4d",
1065                      ii, volIdClus, posClus[0], posClus[1], posClus[2],
1066                      fTofClusters[ii]->GetSigmaX2(),
1067                      fTofClusters[ii]->GetSigmaXY(),
1068                      fTofClusters[ii]->GetSigmaXZ(),
1069                      fTofClusters[ii]->GetSigmaY2(),
1070                      fTofClusters[ii]->GetSigmaYZ(),
1071                      fTofClusters[ii]->GetSigmaZ2(),
1072                      trackLabels[0], trackLabels[1], trackLabels[2],
1073                      detectorIndex[0], detectorIndex[1], detectorIndex[2], detectorIndex[3], detectorIndex[4],
1074                      parTOF[0], parTOF[1], parTOF[2], parTOF[3], parTOF[4],
1075                      status, digitIndex));
1076
1077   } // loop on clusters
1078
1079 }
1080
1081 //_________________________________________________________________________
1082
1083 /*
1084  * OLD CALIBRATE REC POINTS FUNCTION
1085  */
1086
1087 #if 0
1088 void AliTOFClusterFinder::CalibrateRecPoint(UInt_t timestamp)
1089 {
1090   //
1091   // Copy the global array of AliTOFcluster, i.e. fTofClusters (sorted
1092   // in Z) in the global TClonesArray of AliTOFcluster,
1093   // i.e. fRecPoints.
1094   //
1095
1096   Int_t ii, jj;
1097
1098   Int_t detectorIndex[5];
1099   Int_t digitIndex = -1;
1100   Double_t tToT;
1101   Double_t timeCorr;
1102   Int_t   tdcCorr;
1103   Float_t tdcLatencyWindow;
1104   AliDebug(1," Calibrating TOF Clusters");
1105
1106   AliTOFChannelOnlineArray *calDelay = fTOFcalib->GetTOFOnlineDelay();
1107   AliTOFChannelOnlineStatusArray *calStatus = fTOFcalib->GetTOFOnlineStatus();
1108   TObjArray *calTOFArrayOffline = fTOFcalib->GetTOFCalArrayOffline();
1109
1110   AliTOFDeltaBCOffset *deltaBCOffsetObj = fTOFcalib->GetDeltaBCOffset();
1111   Int_t deltaBCOffset = deltaBCOffsetObj->GetDeltaBCOffset();
1112   AliTOFCTPLatency *ctpLatencyObj = fTOFcalib->GetCTPLatency();
1113   Float_t ctpLatency = ctpLatencyObj->GetCTPLatency();
1114   AliTOFRunParams *runParamsObj = fTOFcalib->GetRunParams();
1115   Float_t t0 = runParamsObj->EvalT0(timestamp);
1116
1117   TString validity = (TString)fTOFcalib->GetOfflineValidity();
1118   Int_t calibration = -1;
1119   if (validity.CompareTo("valid")==0) {
1120     //AliInfo(Form(" validity = %s - Using offline calibration parameters",validity.Data()));
1121     calibration = 1;
1122   } else {
1123     //AliInfo(Form(" validity = %s - Using online calibration parameters",validity.Data()));
1124     calibration = 0 ;
1125   }
1126
1127   for (ii=0; ii<fNumberOfTofClusters; ii++) {
1128     digitIndex = fTofClusters[ii]->GetIndex();
1129     for(jj=0; jj<5; jj++) detectorIndex[jj] = fTofClusters[ii]->GetDetInd(jj);
1130
1131     Int_t index = AliTOFGeometry::GetIndex(detectorIndex);
1132
1133     UChar_t statusPulser=calStatus->GetPulserStatus(index);
1134     UChar_t statusNoise=calStatus->GetNoiseStatus(index);
1135     UChar_t statusHW=calStatus->GetHWStatus(index);
1136     UChar_t status=calStatus->GetStatus(index);
1137     tdcLatencyWindow = calStatus->GetLatencyWindow(index) * 1.e3; /* ns -> ps */
1138
1139     //check the status, also unknown is fine!!!!!!!
1140
1141     AliDebug(2, Form(" Status for channel %d = %d",index, (Int_t)status));
1142     if((statusPulser & AliTOFChannelOnlineStatusArray::kTOFPulserBad)==(AliTOFChannelOnlineStatusArray::kTOFPulserBad)||(statusNoise & AliTOFChannelOnlineStatusArray::kTOFNoiseBad)==(AliTOFChannelOnlineStatusArray::kTOFNoiseBad)||(statusHW & AliTOFChannelOnlineStatusArray::kTOFHWBad)==(AliTOFChannelOnlineStatusArray::kTOFHWBad)){
1143       AliDebug(2, Form(" Bad Status for channel %d",index));
1144       fTofClusters[ii]->SetStatus(kFALSE); //odd convention, to avoid conflict with calibration objects currently in the db (temporary solution).
1145     }
1146     else {
1147       AliDebug(2, Form(" Good Status for channel %d",index));
1148     }
1149     // Get Rough channel online equalization
1150     Double_t roughDelay=(Double_t)calDelay->GetDelay(index);  // in ns
1151     AliDebug(2,Form(" channel delay (ns) = %f", roughDelay));
1152     // Get Refined channel offline calibration parameters
1153     if (calibration ==1){
1154       AliTOFChannelOffline * calChannelOffline = (AliTOFChannelOffline*)calTOFArrayOffline->At(index);
1155       Double_t par[6];
1156       for (Int_t j = 0; j<6; j++){
1157         par[j]=(Double_t)calChannelOffline->GetSlewPar(j);
1158      }
1159       AliDebug(2,Form(" Calib Pars = %f, %f, %f, %f, %f, %f ",par[0],par[1],par[2],par[3],par[4],par[5]));
1160       AliDebug(2,Form(" The ToT and Time, uncorr (counts) = %d , %d", fTofClusters[ii]->GetToT(),fTofClusters[ii]->GetTDC()));
1161       tToT = (Double_t)(fTofClusters[ii]->GetToT()*AliTOFGeometry::ToTBinWidth());
1162       tToT*=1.E-3; //ToT in ns
1163
1164       /* check TOT limits and set new TOT in case */
1165       if (tToT < AliTOFGeometry::SlewTOTMin()) tToT = AliTOFGeometry::SlewTOTMin();
1166       if (tToT > AliTOFGeometry::SlewTOTMax()) tToT = AliTOFGeometry::SlewTOTMax();
1167
1168       AliDebug(2,Form(" The ToT and Time, uncorr (ns)= %e, %e",fTofClusters[ii]->GetTDC()*AliTOFGeometry::TdcBinWidth()*1.E-3,tToT));
1169       timeCorr=par[0]+par[1]*tToT+par[2]*tToT*tToT+par[3]*tToT*tToT*tToT+par[4]*tToT*tToT*tToT*tToT+par[5]*tToT*tToT*tToT*tToT*tToT; // the time correction (ns)
1170     }
1171     else {
1172       timeCorr = roughDelay; // correction in ns
1173     }
1174     AliDebug(2,Form(" The ToT and Time, uncorr (ns)= %e, %e",fTofClusters[ii]->GetTDC()*AliTOFGeometry::TdcBinWidth()*1.E-3,fTofClusters[ii]->GetToT()*AliTOFGeometry::ToTBinWidth()));
1175     AliDebug(2,Form(" The time correction (ns) = %f", timeCorr));
1176     timeCorr=(Double_t)(fTofClusters[ii]->GetTDC())*AliTOFGeometry::TdcBinWidth()*1.E-3-timeCorr;//redefine the time
1177     timeCorr*=1.E3;
1178     AliDebug(2,Form(" The channel time, corr (ps)= %e",timeCorr ));
1179
1180     /* here timeCorr should be already corrected for calibration.
1181      * we now go into further corrections keeping in mind that timeCorr
1182      * is in ps.
1183      *
1184      * the following corrections are performed in this way:
1185      *
1186      *    time = timeRaw - deltaBC + L0L1Latency + CTPLatency - TDCLatencyWindow - T0
1187      *
1188      */
1189
1190     AliDebug(2, Form("applying further corrections (DeltaBC): DeltaBC=%d (BC bins), DeltaBCoffset=%d (BC bins)", fTofClusters[ii]->GetDeltaBC(), deltaBCOffset));
1191     AliDebug(2, Form("applying further corrections (L0L1Latency): L0L1Latency=%d (BC bins)", fTofClusters[ii]->GetL0L1Latency()));
1192     AliDebug(2, Form("applying further corrections (CTPLatency): CTPLatency=%f (ps)", ctpLatency));
1193     AliDebug(2, Form("applying further corrections (TDCLatencyWindow): TDCLatencyWindow=%f (ps)", tdcLatencyWindow));
1194     AliDebug(2, Form("applying further corrections (T0): T0=%f (ps)", t0));
1195
1196     /* deltaBC correction (inhibited for the time being) */
1197     //    timeCorr -= (fTofClusters[ii]->GetDeltaBC() - deltaBCOffset) * AliTOFGeometry::BunchCrossingBinWidth();
1198     /* L0L1-latency correction */
1199     timeCorr += fTofClusters[ii]->GetL0L1Latency() * AliTOFGeometry::BunchCrossingBinWidth();
1200     /* CTP-latency correction (from OCDB) */
1201     timeCorr += ctpLatency;
1202     /* TDC latency-window correction (from OCDB) */
1203     timeCorr -= tdcLatencyWindow;
1204     /* T0 correction (from OCDB) */
1205     timeCorr -= t0;
1206
1207     /*
1208      * end of furhter corrections
1209      */
1210
1211     tdcCorr=(Int_t)(timeCorr/AliTOFGeometry::TdcBinWidth()); //the corrected time (tdc counts)
1212     fTofClusters[ii]->SetTDC(tdcCorr);
1213   } // loop on clusters
1214
1215 }
1216 #endif
1217
1218 //_________________________________________________________________________
1219
1220 void AliTOFClusterFinder::CalibrateRecPoint(UInt_t timestamp)
1221 {
1222   //
1223   // Copy the global array of AliTOFcluster, i.e. fTofClusters (sorted
1224   // in Z) in the global TClonesArray of AliTOFcluster,
1225   // i.e. fRecPoints.
1226   //
1227
1228   Int_t detectorIndex[5];
1229   Double_t time, tot, corr;
1230   Int_t deltaBC, l0l1, tdcBin;
1231   for (Int_t ii = 0; ii < fNumberOfTofClusters; ii++) {
1232     for(Int_t jj = 0; jj < 5; jj++) detectorIndex[jj] = fTofClusters[ii]->GetDetInd(jj);
1233
1234     Int_t index = AliTOFGeometry::GetIndex(detectorIndex);
1235
1236     /* check channel enabled */
1237     if (!fTOFcalib->IsChannelEnabled(index)) fTofClusters[ii]->SetStatus(kFALSE);
1238
1239     /* get cluster info */
1240     time = fTofClusters[ii]->GetTDC() * AliTOFGeometry::TdcBinWidth(); /* ps */
1241     tot = fTofClusters[ii]->GetToT() * AliTOFGeometry::ToTBinWidth() * 1.e-3; /* ns */
1242     deltaBC = fTofClusters[ii]->GetDeltaBC();
1243     l0l1 = fTofClusters[ii]->GetL0L1Latency();
1244
1245     /* get correction */
1246     corr = fTOFcalib->GetTimeCorrection(index, tot, deltaBC, l0l1, timestamp); /* ps */
1247     AliDebug(2, Form("calibrate index %d: time=%f (ps) tot=%f (ns) deltaBC=%d l0l1=%d timestamp=%d corr=%f (ps)", index, time, tot, deltaBC, l0l1, timestamp, corr));
1248
1249     /* apply time correction */
1250     time -= corr;
1251
1252     /* convert in TDC bins and set cluster */
1253     //tdcBin = (Int_t)(time / AliTOFGeometry::TdcBinWidth()); //the corrected time (tdc counts)
1254     tdcBin = TMath::Nint(time / AliTOFGeometry::TdcBinWidth()); //the corrected time (tdc counts)
1255     fTofClusters[ii]->SetTDC(tdcBin);
1256
1257   } // loop on clusters
1258
1259 }
1260
1261 //______________________________________________________________________________
1262
1263 void AliTOFClusterFinder::ResetRecpoint()
1264 {
1265   //
1266   // Clear the list of reconstructed points
1267   //
1268
1269   fNumberOfTofClusters = 0;
1270   if (fRecPoints) fRecPoints->Clear();
1271
1272 }
1273 //______________________________________________________________________________
1274
1275 void AliTOFClusterFinder::Load()
1276 {
1277   //
1278   // Load TOF.Digits.root and TOF.RecPoints.root files
1279   //
1280
1281   fTOFLoader->LoadDigits("READ");
1282   fTOFLoader->LoadRecPoints("recreate");
1283
1284 }
1285 //______________________________________________________________________________
1286
1287 void AliTOFClusterFinder::LoadClusters()
1288 {
1289   //
1290   // Load TOF.RecPoints.root file
1291   //
1292
1293   fTOFLoader->LoadRecPoints("recreate");
1294
1295 }
1296 //______________________________________________________________________________
1297
1298 void AliTOFClusterFinder::UnLoad()
1299 {
1300   //
1301   // Unload TOF.Digits.root and TOF.RecPoints.root files
1302   //
1303
1304   fTOFLoader->UnloadDigits();
1305   fTOFLoader->UnloadRecPoints();
1306
1307 }
1308 //______________________________________________________________________________
1309
1310 void AliTOFClusterFinder::UnLoadClusters()
1311 {
1312   //
1313   // Unload TOF.RecPoints.root file
1314   //
1315
1316   fTOFLoader->UnloadRecPoints();
1317
1318 }
1319 //-------------------------------------------------------------------------
1320 UShort_t AliTOFClusterFinder::GetClusterVolIndex(const Int_t * const ind) const {
1321
1322   //First of all get the volume ID to retrieve the l2t transformation...
1323   //
1324   // Detector numbering scheme
1325   Int_t nSector = 18;
1326   Int_t nPlate  = 5;
1327   Int_t nStripA = 15;
1328   Int_t nStripB = 19;
1329   Int_t nStripC = 19;
1330
1331   Int_t isector =ind[0];
1332   if (isector >= nSector)
1333     AliError(Form("Wrong sector number in TOF (%d) !",isector));
1334   Int_t iplate = ind[1];
1335   if (iplate >= nPlate)
1336     AliError(Form("Wrong plate number in TOF (%d) !",iplate));
1337   Int_t istrip = ind[2];
1338
1339   Int_t stripOffset = 0;
1340   switch (iplate) {
1341   case 0:
1342     stripOffset = 0;
1343     break;
1344   case 1:
1345     stripOffset = nStripC;
1346     break;
1347   case 2:
1348     stripOffset = nStripC+nStripB;
1349     break;
1350   case 3:
1351     stripOffset = nStripC+nStripB+nStripA;
1352     break;
1353   case 4:
1354     stripOffset = nStripC+nStripB+nStripA+nStripB;
1355     break;
1356   default:
1357     AliError(Form("Wrong plate number in TOF (%d) !",iplate));
1358     break;
1359   };
1360
1361   Int_t index= (2*(nStripC+nStripB)+nStripA)*isector +
1362                stripOffset +
1363                istrip;
1364
1365   UShort_t volIndex = AliGeomManager::LayerToVolUID(AliGeomManager::kTOF,index);
1366   return volIndex;
1367 }
1368 //
1369 //-------------------------------------------------------------------------
1370 void AliTOFClusterFinder::GetClusterPars(Int_t *ind, Double_t* pos,Double_t* cov) const {
1371
1372   //First of all get the volume ID to retrieve the l2t transformation...
1373   //
1374   UShort_t volIndex = GetClusterVolIndex(ind);
1375   //
1376   //
1377   //we now go in the system of the strip: determine the local coordinates
1378   //
1379   //
1380   // 47---------------------------------------------------0  ^ z
1381   // | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | 1 |
1382   // -----------------------------------------------------   | y going outwards
1383   // | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | 0 |  par[0]=0;
1384
1385   // -----------------------------------------------------   |
1386   // x <-----------------------------------------------------
1387
1388   /*
1389   Float_t localX = (ind[4]-23.5)*AliTOFGeometry::XPad();
1390   Float_t localY = 0;
1391   Float_t localZ = (ind[3]- 0.5)*AliTOFGeometry::ZPad();
1392   */
1393   Float_t localX = (ind[4]-AliTOFGeometry::NpadX()/2)*AliTOFGeometry::XPad()+AliTOFGeometry::XPad()/2.;
1394   Float_t localY = 0;
1395   Float_t localZ = (ind[3]-AliTOFGeometry::NpadZ()/2)*AliTOFGeometry::ZPad()+AliTOFGeometry::ZPad()/2.;
1396   //move to the tracking ref system
1397
1398   Double_t lpos[3];
1399   lpos[0] = localX;
1400   lpos[1] = localY;
1401   lpos[2] = localZ;
1402
1403   const TGeoHMatrix *l2t= AliGeomManager::GetTracking2LocalMatrix(volIndex);
1404   // Get The position in the track ref system
1405   Double_t tpos[3];
1406   l2t->MasterToLocal(lpos,tpos);
1407   pos[0] = tpos[0];
1408   pos[1] = tpos[1];
1409   pos[2] = tpos[2];
1410
1411   //Get The cluster covariance in the track ref system
1412   Double_t lcov[9];
1413
1414   //cluster covariance in the local system:
1415   // sx2   0   0
1416   // 0     0   0
1417   // 0     0   sz2
1418
1419   lcov[0] = AliTOFGeometry::XPad()*AliTOFGeometry::XPad()/12.;
1420   lcov[1] = 0;
1421   lcov[2] = 0;
1422   lcov[3] = 0;
1423   lcov[4] = 0;
1424   lcov[5] = 0;
1425   lcov[6] = 0;
1426   lcov[7] = 0;
1427   lcov[8] = AliTOFGeometry::ZPad()*AliTOFGeometry::ZPad()/12.;
1428
1429   //cluster covariance in the tracking system:
1430   TGeoHMatrix m;
1431   m.SetRotation(lcov);
1432   m.Multiply(l2t);
1433   m.MultiplyLeft(&l2t->Inverse());
1434   Double_t *tcov = m.GetRotationMatrix();
1435   cov[0] = tcov[0]; cov[1] = tcov[1]; cov[2] = tcov[2];
1436   cov[3] = tcov[4]; cov[4] = tcov[5];
1437   cov[5] = tcov[8];
1438
1439   return;
1440
1441 }