Fixing small memory leaks (Hans)
[u/mrichter/AliRoot.git] / TOF / TOFcalibAPI.C
1 \13/*
2  * calibapi.cxx
3  * set of functions to read TOFcompactCalib data and
4  * deal with TOF calibration in a centralized way
5  */
6
7 #include <stdio.h>
8 #include <signal.h>
9
10 #define MAXHITS 100000
11 #define MAXPOINTS 100000
12
13 /* input data */
14 TFile *datafile = NULL;
15 TTree *datatree = NULL;
16 Int_t nevents = 0;
17 Int_t curev = 0;
18 Int_t runNb = 0;
19 UInt_t timestamp = 0;
20 Float_t vertex = 0.;
21 Float_t timezero = 0.;
22 Int_t nhits = 0;
23 Float_t momentum[MAXHITS];
24 Float_t length[MAXHITS];
25 Int_t index[MAXHITS];
26 Float_t time[MAXHITS];
27 Float_t tot[MAXHITS];
28 Float_t texp[MAXHITS];
29
30 /* calib histos */
31 enum EParam_t {
32     kTRM,
33     kFEA,
34     kChannel,
35     kNParams
36 };
37 const Char_t *paramName[kNParams] = {"trm", "fea", "channel"};
38 Int_t paramBins[kNParams] = {720, 6552, 157248};
39 Float_t paramMin[kNParams] = {0., 0., 0.};
40 Float_t paramMax[kNParams] = {720., 6552., 157248.};
41 Int_t deltatBins = 201;
42 Float_t deltatMin = -2440. - 12.2;
43 Float_t deltatMax = 2440. + 12.2;
44 Int_t totBins = 400;
45 Float_t totMin = 4.88;
46 Float_t totMax = 24.4;
47 UInt_t timeZeroSampling = 600; /* seconds */
48 UInt_t timeMin = 0;
49 UInt_t timeMax = 0;
50 UInt_t timeBins = 0;
51 TH2F *hFEAHitMap = NULL;
52 TH2F *hChannelHitMap = NULL;
53 TH2F *hTimeZeroFillHisto = NULL;
54 TH1F *hTimeZeroFill_mean = NULL;
55 TH1F *hTimeZeroFill_sigma = NULL;
56 TProfile *hTimePressureHisto = NULL;
57 TH2F *hCalibHisto[kNParams] = {NULL, NULL, NULL};
58 TH1F *hCalibParam_mean[kNParams] = {NULL, NULL, NULL};
59 TH1F *hCalibParam_sigma[kNParams] = {NULL, NULL, NULL};
60 TH1F *hChannelParam_mean = NULL;
61 TH1F *hChannelParam_sigma = NULL;
62
63 TH2F *hPerfHistoDeltaT = NULL;
64 TH2F *hPerfHistoBeta = NULL;
65
66 AliTOFcalibHisto *calibHisto = NULL;
67
68 /* other */
69 #define MAXRUNS 1000000
70 AliLHCClockPhase *lhcClockPhase[MAXRUNS];
71 AliDCSSensor *cavernPressure[MAXRUNS];
72
73 /* monitoring */
74 TStopwatch stopwatch;
75
76 //_____________________________________________________________
77
78 Bool_t init()
79 {
80     
81     AliCDBManager *cdb = AliCDBManager::Instance();
82     cdb->SetDefaultStorage("raw://");
83     
84     /* loop over events */
85     printf("init: loop over events\n");
86     for (curev = 0; curev < nevents; curev++) {
87         /* get and check event */
88         datatree->GetEvent(curev);
89         if (cdb->GetRun() == runNb) continue;
90         /* set run and read GRP */
91         cdb->SetRun(runNb);
92         /* get LHC clock-phase */
93         AliCDBEntry *cdbe = (AliCDBEntry *)cdb->Get("GRP/Calib/LHCClockPhase");
94         lhcClockPhase[runNb] = (AliLHCClockPhase *)cdbe->GetObject();
95     }
96     
97     return kFALSE;
98     
99 }
100
101 //_____________________________________________________________
102
103 Bool_t
104 runCalib(const Char_t *filename, const Char_t *paramfilename = NULL, Bool_t useTimeZeroTOF = kFALSE, Bool_t useLHCClockPhase = kFALSE, Bool_t runFix = kTRUE, Int_t nSteps = 2, Int_t evMax = kMaxInt)
105 {
106     
107     /* open data */
108     if (openData(filename, evMax))
109         return kTRUE;
110     /* open calib params */
111     if (paramfilename)
112         if (openCalibParams(paramfilename))
113             return kTRUE;
114     
115     /* init if needed */
116     if (useLHCClockPhase)
117         init();
118     
119     /* fill and fit time-zero fill */
120     deltatMin = -24400. - 122.;
121     deltatMax = +24400. + 122.;
122     fillTimeZeroFillHisto(useTimeZeroTOF, useLHCClockPhase);
123     fitTimeZeroFillHisto();
124     deltatMin = -2440. - 12.2;
125     deltatMax = +2440. + 12.2;
126     fillTimeZeroFillHisto(useTimeZeroTOF, useLHCClockPhase);
127     fitTimeZeroFillHisto();
128     writeCalibHistos("calibhistos.step-timezero.root");
129     writeCalibParams("calibparams.step-timezero.root");
130     
131     /* fill with extended range and fix what is far away */
132     if (runFix) {
133         /* fix up to 250 ns shift */
134         deltatMin = -244000. - 1220.;
135         deltatMax = +244000. + 1220.;
136         fillCalibHistos(useTimeZeroTOF, useLHCClockPhase);
137         writeCalibHistos("calibhistos.step-fix-250ns.root");
138         fitCalibHistos(10., 10., 100, kTRUE);
139         writeCalibParams("calibparams.step-fix-250ns.root");
140         /* fix up to 25 ns shift */
141         deltatMin = -24400. - 122.;
142         deltatMax = +24400. + 122.;
143         fillCalibHistos(useTimeZeroTOF, useLHCClockPhase);
144         writeCalibHistos("calibhistos.step-fix-25ns.root");
145         fitCalibHistos(10., 10., 100, kTRUE);
146         writeCalibParams("calibparams.step-fix-25ns.root");
147     }
148     
149     /* fill and fit with limited range */
150     deltatMin = -2440. - 12.2;
151     deltatMax = +2440. + 12.2;
152     for (Int_t istep = 0; istep < nSteps; istep++) {
153         fillCalibHistos(useTimeZeroTOF, useLHCClockPhase);
154         writeCalibHistos(Form("calibhistos.step-%d.root", istep));
155         fitCalibHistos(3., 2., 100, kFALSE);
156         writeCalibParams(Form("calibparams.step-%d.root", istep));
157     }
158     
159     /* fill and fit common shift */
160     //  fillCalibHistos(kFALSE, useLHCClockPhase);
161     //  writeCalibHistos("calibhistos.step-common.root");
162     //  fitCommonShift();
163     //  writeCalibParams("calibparams.step-common.root");
164     
165     /* final resuls */
166     fillCalibHistos(useTimeZeroTOF, useLHCClockPhase);
167     writeCalibHistos("calibhistos.root");
168     writeCalibParams("calibparams.root");
169     
170     return kFALSE;
171 }
172
173 //_____________________________________________________________
174
175 Bool_t
176 checkCalib(const Char_t *filename, const Char_t *paramfilename = NULL, Bool_t useTimeZeroTOF = kFALSE, Bool_t useLHCClockPhase = kFALSE, Bool_t runExtended = kFALSE, Int_t evMax = kMaxInt)
177 {
178     
179     /* open data */
180     if (openData(filename, evMax))
181         return kTRUE;
182     /* open calib params */
183     if (paramfilename)
184         if (openCalibParams(paramfilename))
185             return kTRUE;
186     
187     /* fill and fit time-zero fill */
188     deltatMin = -24400.;
189     deltatMax = +24400.;
190     fillTimeZeroFillHisto(useTimeZeroTOF, useLHCClockPhase);
191     fitTimeZeroFillHisto();
192     deltatMin = -2440.;
193     deltatMax = +2440.;
194     fillTimeZeroFillHisto(useTimeZeroTOF, useLHCClockPhase);
195     fitTimeZeroFillHisto();
196     
197     /* fill with extended range */
198     if (runExtended) {
199         deltatMin = -24400.;
200         deltatMax = +24400.;
201         fillCalibHistos(useTimeZeroTOF, useLHCClockPhase);
202         writeCalibHistos("checkcalib.extended.root");
203     }
204     
205     /* fill with limited range */
206     deltatMin = -2440.;
207     deltatMax = +2440.;
208     fillCalibHistos(useTimeZeroTOF, useLHCClockPhase);
209     writeCalibHistos("checkcalib.root");
210     writeCalibParams("checkcalib.calibparams.root");
211     
212     return kFALSE;
213 }
214
215 //_____________________________________________________________
216
217 Bool_t
218 checkPerf(const Char_t *filename, const Char_t *paramfilename = NULL, Bool_t useTimeZeroTOF = kFALSE, Bool_t useLHCClockPhase = kFALSE, Int_t evMax = kMaxInt)
219 {
220     
221     /* open data */
222     if (openData(filename, evMax))
223         return kTRUE;
224     /* open calib params */
225     if (paramfilename)
226         if (openCalibParams(paramfilename))
227             return kTRUE;
228     
229     fillTimeZeroFillHisto(useTimeZeroTOF, useLHCClockPhase);
230     fitTimeZeroFillHisto();
231     fillPerfHistos(useTimeZeroTOF, useLHCClockPhase);
232     writePerfHistos("checkperf.root");
233     
234     return kFALSE;
235 }
236
237 //_____________________________________________________________
238
239 Bool_t
240 openData(const Char_t *filename, Int_t evMax = kMaxInt)
241 {
242     /*
243      * open data
244      */
245     
246     /* open file */
247     printf("openData: opening file: %s\n", filename);
248     datafile = TFile::Open(filename);
249     if (!datafile || !datafile->IsOpen()) {
250         printf("openData: cannot open file %s\n", filename)
251         return kTRUE;
252     }
253     /* get tree */
254     datatree = (TTree *)datafile->Get("aodTree");
255     if (!datatree) {
256         printf("openData: cannot find \'aodTree\' tree in %s\n", filename);
257         return kTRUE;
258     }
259     nevents = datatree->GetEntries();
260     printf("openData: got \'aodTree\' tree: %d entries\n", nevents);
261     if (nevents > evMax) {
262         printf("openData: setting max event to %d as requested\n", evMax);
263         nevents = evMax;
264     }
265     /* connect inputs */
266     datatree->SetBranchAddress("run", &runNb);
267     datatree->SetBranchAddress("timestamp", &timestamp);
268     datatree->SetBranchAddress("vertex", &vertex);
269     datatree->SetBranchAddress("timezero", &timezero);
270     datatree->SetBranchAddress("nhits", &nhits);
271     datatree->SetBranchAddress("momentum", &momentum);
272     datatree->SetBranchAddress("length", &length);
273     datatree->SetBranchAddress("index", &index);
274     datatree->SetBranchAddress("time", &time);
275     datatree->SetBranchAddress("tot", &tot);
276     datatree->SetBranchAddress("texp", &texp);
277     
278     /* get first event, and retrieve the year */
279     datatree->GetEvent(0);
280     TTimeStamp ts(timestamp);
281     UInt_t year;
282     ts.GetDate(kTRUE, 0, &year);
283     TTimeStamp firstTimestamp(year, 1, 1, 0, 0, 0, 0, kTRUE);
284     TTimeStamp lastTimestamp(year + 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, kTRUE);
285     timeMin = firstTimestamp.GetTimeSpec().tv_sec;
286     timeMax = lastTimestamp.GetTimeSpec().tv_sec;
287     timeBins = (timeMax - timeMin) / timeZeroSampling;
288     printf("openData: calibration running on %d data\n", year);
289     
290     return kFALSE;
291 }
292
293 //_____________________________________________________________
294
295 Bool_t
296 acceptEvent(Bool_t useTimeZeroTOF = kFALSE)
297 {
298     /*
299      * acceptEvent
300      */
301     
302     if (useTimeZeroTOF && timezero == 999999.) return kFALSE;
303     return kTRUE;
304 }
305
306 //_____________________________________________________________
307
308 Float_t
309 getTimeZeroFill(UInt_t ts)
310 {
311     /*
312      * getTimeZeroFill
313      */
314     
315     if (!hTimeZeroFill_mean) return 0.;
316     Int_t tsbin = hTimeZeroFill_mean->FindBin(ts);
317     return hTimeZeroFill_mean->GetBinContent(tsbin);
318 }
319
320 //_____________________________________________________________
321
322 Float_t
323 getLHCClockPhase(UInt_t ts)
324 {
325     /*
326      * getLHCClockPhase
327      */
328     
329     return lhcClockPhase[runNb] ? 1.e3 * lhcClockPhase[runNb]->GetPhase(ts) : 0.;
330 }
331
332 //_____________________________________________________________
333
334 Float_t
335 getCalib(Int_t idx)
336 {
337     /*
338      * getCalib
339      */
340     
341     if (!hChannelParam_mean) return 0.;
342     return hChannelParam_mean->GetBinContent(idx + 1);
343 }
344
345 //_____________________________________________________________
346
347 Float_t
348 getDeltaT(Int_t ihit, Bool_t useTimeZeroTOF = kFALSE, Bool_t useLHCClockPhase = kFALSE)
349 {
350     /*
351      * getDeltaT
352      */
353     
354     Float_t val = time[ihit] - getCalib(index[ihit]) - getTimeZeroFill(timestamp) - texp[ihit];
355     if (useTimeZeroTOF) val -= timezero ;
356     if (useLHCClockPhase) val += getLHCClockPhase(timestamp);
357     return val;
358 }
359
360 //_____________________________________________________________
361
362 Float_t
363 getBeta(Int_t ihit, Bool_t useTimeZeroTOF = kFALSE, Bool_t useLHCClockPhase = kFALSE)
364 {
365     /*
366      * getBeta
367      */
368     
369     Float_t tof = time[ihit] - getCalib(index[ihit]) - getTimeZeroFill(timestamp);
370     if (useTimeZeroTOF) tof -= timezero ;
371     if (useLHCClockPhase) tof += getLHCClockPhase(timestamp);
372     Float_t beta = length[ihit] / tof / 2.99792458000000000e-2;
373     return beta;
374 }
375
376 //_____________________________________________________________
377
378 Float_t
379 getMass(Int_t ihit, Bool_t useTimeZeroTOF = kFALSE, Bool_t useLHCClockPhase = kFALSE)
380 {
381     /*
382      * getMass
383      */
384     
385     Float_t tof = time[ihit] - getCalib(index[ihit]) - getTimeZeroFill(timestamp);
386     if (useTimeZeroTOF) tof -= timezero ;
387     if (useLHCClockPhase) tof += getLHCClockPhase(timestamp);
388     Float_t beta = length[ihit] / tof / 2.99792458000000000e-2;
389     if (beta > 1.) beta *= -1.
390         Float_t mass = momentum[ihit] * TMath::Sqrt(1. / (beta * beta) - 1.)
391         return mass;
392 }
393
394 //_____________________________________________________________
395
396 Int_t
397 getIndex(Int_t param, Int_t idx)
398 {
399     /*
400      * getIndex
401      */
402     
403     if (!calibHisto) {
404         calibHisto = new AliTOFcalibHisto();
405         calibHisto->LoadCalibHisto();
406     }
407     
408     /* switch param */
409     Int_t sector, ddl, trm, strip, padx, paramIndex;
410     switch (param) {
411         case kTRM:
412             ddl = calibHisto->GetCalibMap(AliTOFcalibHisto::kDDL, idx);
413             trm = calibHisto->GetCalibMap(AliTOFcalibHisto::kTRM, idx);
414             paramIndex = trm + 10 * ddl;
415             break;
416         case kFEA:
417             sector = calibHisto->GetCalibMap(AliTOFcalibHisto::kSector, idx);
418             strip = calibHisto->GetCalibMap(AliTOFcalibHisto::kSectorStrip, idx);
419             padx = calibHisto->GetCalibMap(AliTOFcalibHisto::kPadX, idx);
420             paramIndex = padx / 12 + 4 * strip + 364 * sector;
421             break;
422         case kChannel:
423             paramIndex = idx;
424             break;
425     }
426     
427     return paramIndex;
428 }
429
430 //_____________________________________________________________
431
432 Int_t
433 getHitMapXY(Int_t param, Int_t idx, Float_t *hitmap)
434 {
435     /*
436      * getHitMapXY
437      */
438     
439     if (!calibHisto) {
440         calibHisto = new AliTOFcalibHisto();
441         calibHisto->LoadCalibHisto();
442     }
443     
444     /* get from calib histo */
445     Int_t sector, strip, padx, padz, fea;
446     sector = calibHisto->GetCalibMap(AliTOFcalibHisto::kSector, idx);
447     strip = calibHisto->GetCalibMap(AliTOFcalibHisto::kSectorStrip, idx);
448     padx = calibHisto->GetCalibMap(AliTOFcalibHisto::kPadX, idx);
449     padz = calibHisto->GetCalibMap(AliTOFcalibHisto::kPadZ, idx);
450     fea = padx / 12;
451     /* switch param */
452     switch (param) {
453         case kFEA:
454             hitmap[0] = sector + ((Double_t)(3 - fea) + 0.5) / 4.;
455             hitmap[1] = strip;
456             break;
457         case kChannel:
458             hitmap[0] = sector + ((Double_t)(47 - padx) + 0.5) / 48.;
459             hitmap[1] = strip + ((Double_t)(padz) + 0.5) / 2.;
460             break;
461         default:
462             hitmap[0] = 0.;
463             hitmap[1] = 0.;
464             break;
465     }
466     
467 }
468
469 //_____________________________________________________________
470
471 void
472 fillTimeZeroFillHisto(Bool_t useTimeZeroTOF = kFALSE, Bool_t useLHCClockPhase = kFALSE)
473 {
474     /*
475      * fillTimeZeroFillHisto
476      */
477     
478     /* create/reset histos */
479     if (hTimeZeroFillHisto) delete hTimeZeroFillHisto;
480     hTimeZeroFillHisto = new TH2F("hTimeZeroFillHisto", "", timeBins, timeMin, timeMax, deltatBins, deltatMin, deltatMax);
481     if (hTimePressureHisto) delete hTimePressureHisto;
482     hTimePressureHisto = new TProfile("hTimePressureHisto", "", timeBins, timeMin, timeMax);
483     
484     /* reset and start stopwatch */
485     stopwatch.Reset();
486     stopwatch.Start();
487     
488     /* loop over events */
489     printf("fillTimeZeroFillHisto: loop over events\n");
490     if (useTimeZeroTOF)
491         printf("fillTimeZeroFillHisto: time-zero TOF requested\n");
492     else
493         printf("fillTimeZeroFillHisto: not using time-zero TOF\n");
494     if (useLHCClockPhase)
495         printf("fillTimeZeroFillHisto: BPTX clock-phase requested\n");
496     else
497         printf("fillTimeZeroFillHisto: not using BPTX clock-phase\n");
498     Float_t hitmap[2], deltat;
499     for (curev = 0; curev < nevents; curev++) {
500         /* get and check event */
501         datatree->GetEvent(curev);
502         if (!acceptEvent(useTimeZeroTOF)) continue;
503         /* loop over hits */
504         for (Int_t ihit = 0; ihit < nhits; ihit++) {
505             deltat = getDeltaT(ihit, useTimeZeroTOF, useLHCClockPhase);
506             /* fill histos */
507             hTimeZeroFillHisto->Fill(timestamp, deltat);
508         } /* end of loop over hits */
509     } /* end of loop over events */
510     
511     /* print monitor */
512     monitor();
513     
514 }
515
516 //_____________________________________________________________
517
518 void
519 fillCalibHistos(Bool_t useTimeZeroTOF = kFALSE, Bool_t useLHCClockPhase = kFALSE)
520 {
521     /*
522      * fillCalibHistos
523      */
524     
525     /* create/reset histos */
526     if (!hFEAHitMap)
527         hFEAHitMap = new TH2F("hFEAHitMap", "", 72, 0., 18., 91, 0., 91.);
528     else
529         hFEAHitMap->Reset();
530     
531     if (!hChannelHitMap)
532         hChannelHitMap = new TH2F("hChannelHitMap", "", 864, 0., 18., 91, 0., 91.);
533     else
534         hChannelHitMap->Reset();
535     
536     for (Int_t iparam = 0; iparam < kNParams; iparam++) {
537         if (hCalibHisto[iparam]) delete hCalibHisto[iparam];
538         hCalibHisto[iparam] = new TH2F(Form("hCalibHisto_%s", paramName[iparam]), "", paramBins[iparam], paramMin[iparam], paramMax[iparam], deltatBins, deltatMin, deltatMax);
539     }
540     
541     /* reset and start stopwatch */
542     stopwatch.Reset();
543     stopwatch.Start();
544     
545     /* loop over events */
546     printf("fillCalibHistos: loop over events\n");
547     if (useTimeZeroTOF)
548         printf("fillCalibHistos: time-zero TOF requested\n");
549     else
550         printf("fillCalibHistos: not using time-zero TOF\n");
551     if (useLHCClockPhase)
552         printf("fillTimeZeroFillHisto: BPTX clock-phase requested\n");
553     else
554         printf("fillTimeZeroFillHisto: not using BPTX clock-phase\n");
555     Float_t hitmap[2], deltat;
556     for (curev = 0; curev < nevents; curev++) {
557         /* get and check event */
558         datatree->GetEvent(curev);
559         if (!acceptEvent(useTimeZeroTOF)) continue;
560         /* loop over hits */
561         for (Int_t ihit = 0; ihit < nhits; ihit++) {
562             deltat = getDeltaT(ihit, useTimeZeroTOF, useLHCClockPhase);
563             /* fill histos */
564             getHitMapXY(kFEA, index[ihit], hitmap);
565             hFEAHitMap->Fill(hitmap[0], hitmap[1]);
566             getHitMapXY(kChannel, index[ihit], hitmap);
567             hChannelHitMap->Fill(hitmap[0], hitmap[1]);
568             for (Int_t iparam = 0; iparam < kNParams; iparam++) {
569                 hCalibHisto[iparam]->Fill(getIndex(iparam, index[ihit]), deltat);
570             }
571         } /* end of loop over hits */
572     } /* end of loop over events */
573     
574     /* print monitor */
575     monitor();
576     
577 }
578
579 //_____________________________________________________________
580
581 void
582 fillPerfHistos(Bool_t useTimeZeroTOF = kFALSE, Bool_t useLHCClockPhase = kFALSE)
583 {
584     /*
585      * fillPerfHistos
586      */
587     
588     /* create/reset histos */
589     if (!hFEAHitMap)
590         hFEAHitMap = new TH2F("hFEAHitMap", "", 72, 0., 18., 91, 0., 91.);
591     else
592         hFEAHitMap->Reset();
593     
594     if (!hChannelHitMap)
595         hChannelHitMap = new TH2F("hChannelHitMap", "", 864, 0., 18., 91, 0., 91.);
596     else
597         hChannelHitMap->Reset();
598     
599     if (!hPerfHistoDeltaT)
600         hPerfHistoDeltaT = new TH2F("hPerfHistoDeltaT", "", 1000, 0., 10., 2000, -24400., 24400.);
601     else
602         hPerfHistoDeltaT->Reset();
603     
604     if (!hPerfHistoBeta)
605         hPerfHistoBeta = new TH2F("hPerfHistoBeta", "", 1000, 0., 10., 2200, 0., 1.1);
606     else
607         hPerfHistoBeta->Reset();
608     
609     
610     /* reset and start stopwatch */
611     stopwatch.Reset();
612     stopwatch.Start();
613     
614     /* loop over events */
615     printf("fillPerfHistos: loop over events\n");
616     if (useTimeZeroTOF)
617         printf("fillPerfHistos: time-zero TOF requested\n");
618     else
619         printf("fillPerfHistos: not using time-zero TOF\n");
620     if (useLHCClockPhase)
621         printf("fillPerfHisto: BPTX clock-phase requested\n");
622     else
623         printf("fillPerfHisto: not using BPTX clock-phase\n");
624     Float_t hitmap[2], deltat, beta, mass;
625     for (curev = 0; curev < nevents; curev++) {
626         /* get and check event */
627         datatree->GetEvent(curev);
628         if (!acceptEvent(useTimeZeroTOF)) continue;
629         /* loop over hits */
630         for (Int_t ihit = 0; ihit < nhits; ihit++) {
631             deltat = getDeltaT(ihit, useTimeZeroTOF, useLHCClockPhase);
632             beta = getBeta(ihit, useTimeZeroTOF, useLHCClockPhase);
633             
634             //      mass = getMass(ihit, useTimeZeroTOF, useLHCClockPhase);
635             /* fill histos */
636             getHitMapXY(kFEA, index[ihit], hitmap);
637             hFEAHitMap->Fill(hitmap[0], hitmap[1]);
638             getHitMapXY(kChannel, index[ihit], hitmap);
639             hChannelHitMap->Fill(hitmap[0], hitmap[1]);
640             hPerfHistoDeltaT->Fill(momentum[ihit], deltat);
641             hPerfHistoBeta->Fill(momentum[ihit], beta);
642             //      hPerfHistoMass->Fill(p, mass);
643         } /* end of loop over hits */
644     } /* end of loop over events */
645     
646     /* print monitor */
647     monitor();
648     
649 }
650
651 //_____________________________________________________________
652
653 Bool_t
654 writeCalibHistos(const Char_t *filename)
655 {
656     /*
657      * writeCalibHistos
658      */
659     
660     /* open output file and write */
661     TFile *fileout = TFile::Open(filename, "RECREATE");
662     if (!fileout || !fileout->IsOpen()) {
663         printf("writeCalibHistos: error while opening output file %s\n", filename);
664         return kTRUE;
665     }
666     if (hFEAHitMap) hFEAHitMap->Write();
667     if (hChannelHitMap) hChannelHitMap->Write();
668     if (hTimeZeroFillHisto) hTimeZeroFillHisto->Write();
669     if (hTimePressureHisto) hTimePressureHisto->Write();
670     for (Int_t iparam = 0; iparam < kNParams; iparam++) {
671         if (hCalibHisto[iparam]) hCalibHisto[iparam]->Write();
672     }
673     fileout->Close();
674     printf("writeCalibHistos: output written on %s\n", filename);
675     return kFALSE;
676 }
677
678 //_____________________________________________________________
679
680 Bool_t
681 writePerfHistos(const Char_t *filename)
682 {
683     /*
684      * writePerfHistos
685      */
686     
687     /* open output file and write */
688     TFile *fileout = TFile::Open(filename, "RECREATE");
689     if (!fileout || !fileout->IsOpen()) {
690         printf("writePerfHistos: error while opening output file %s\n", filename);
691         return kTRUE;
692     }
693     if (hFEAHitMap) hFEAHitMap->Write();
694     if (hChannelHitMap) hChannelHitMap->Write();
695     if (hPerfHistoDeltaT) hPerfHistoDeltaT->Write();
696     if (hPerfHistoBeta) hPerfHistoBeta->Write();
697     fileout->Close();
698     printf("writePerfHistos: output written on %s\n", filename);
699     return kFALSE;
700 }
701
702 //_____________________________________________________________
703
704 Bool_t
705 writeCalibParams(const Char_t *filename)
706 {
707     /*
708      * writeCalibParams
709      */
710     
711     /* open output file and write */
712     TFile *fileout = TFile::Open(filename, "RECREATE");
713     if (!fileout || !fileout->IsOpen()) {
714         printf("writeCalibParams: error while opening output file %s\n", filename);
715         return kTRUE;
716     }
717     if (hTimeZeroFill_mean) hTimeZeroFill_mean->Write();
718     if (hTimeZeroFill_sigma) hTimeZeroFill_sigma->Write();
719     for (Int_t iparam = 0; iparam < kNParams; iparam++) {
720         if (hCalibParam_mean[iparam]) hCalibParam_mean[iparam]->Write();
721         if (hCalibParam_sigma[iparam]) hCalibParam_sigma[iparam]->Write();
722     }
723     if (hChannelParam_mean) hChannelParam_mean->Write();
724     if (hChannelParam_sigma) hChannelParam_sigma->Write();
725     fileout->Close();
726     printf("writeCalibParams: output written on %s\n", filename);
727     return kFALSE;
728 }
729
730 //_____________________________________________________________
731
732 Bool_t
733 openCalibHistos(const Char_t *filename)
734 {
735     /*
736      * openCalibHistos
737      */
738     
739     /* open  file and write */
740     printf("openCalibHistos: opening file: %s\n", filename);
741     TFile *filein = TFile::Open(filename);
742     if (!filein || !filein->IsOpen()) {
743         printf("openCalibHistos: cannot open file %s\n", filename);
744         return kTRUE;
745     }
746     /* time-zero fill */
747     if (hTimeZeroFillHisto) {
748         printf("openCalibHistos: histo \'hTimeZeroFillHisto\' will be replaced\n");
749         delete hTimeZeroFillHisto;
750     }
751     hTimeZeroFillHisto = (TH2F *)filein->Get("hTimeZeroFillHisto");
752     if (!hTimeZeroFillHisto) {
753         printf("openCalibHistos: cannot get \'hTimeZeroFillHisto\' from file %s\n", filename);
754         return kTRUE;
755     }
756     printf("openCalibHistos: got \'hTimeZeroFillHisto\' from file\n");
757     for (Int_t iparam = 0; iparam < kNParams; iparam++) {
758         /* calib */
759         if (hCalibHisto[iparam]) {
760             printf("openCalibHistos: histo \'hCalibHisto_%s\' will be replaced\n", paramName[iparam]);
761             delete hCalibHisto[iparam];
762         }
763         hCalibHisto[iparam] = (TH2F *)filein->Get(Form("hCalibHisto_%s", paramName[iparam]));
764         if (!hCalibHisto[iparam]) {
765             printf("openCalibHistos: cannot get \'hCalibHisto_%s\' from file %s\n", paramName[iparam], filename);
766             return kTRUE;
767         }
768         printf("openCalibHistos: got \'hCalibHisto_%s\' from file\n", paramName[iparam]);
769     }
770     
771     return kFALSE;
772 }
773
774 //_____________________________________________________________
775
776 Bool_t
777 openCalibParams(const Char_t *filename)
778 {
779     /*
780      * openCalibParams
781      */
782     
783     /* open file */
784     printf("openCalibParams: opening file: %s\n", filename);
785     TFile *filein = TFile::Open(filename);
786     if (!filein || !filein->IsOpen()) {
787         printf("openCalibParams: cannot open file %s\n", filename);
788         return kTRUE;
789     }
790     /* mean */
791     if (hChannelParam_mean) {
792         printf("openCalibParams: histo \'hChannelParam_mean\' will be replaced\n");
793         delete hChannelParam_mean;
794     }
795     hChannelParam_mean = (TH1F *)filein->Get("hChannelParam_mean");
796     if (!hChannelParam_mean) {
797         printf("openCalibParams: cannot get \'hChannelParam_mean\' from file %s\n", filename);
798         return kTRUE;
799     }
800     printf("openCalibParams: got \'hChannelParam_mean\' from file\n");
801     /* sigma */
802     if (hChannelParam_sigma) {
803         printf("openCalibParams: histo \'hChannelParam_sigma\' will be replaced\n");
804         delete hChannelParam_sigma;
805     }
806     hChannelParam_sigma = (TH1F *)filein->Get("hChannelParam_sigma");
807     if (!hChannelParam_sigma) {
808         printf("openCalibParams: cannot get \'hChannelParam_sigma\' from file %s\n", filename);
809         return kTRUE;
810     }
811     printf("openCalibParams: got \'hChannelParam_sigma\' from file\n");
812     
813     return kFALSE;
814 }
815
816 //_____________________________________________________________
817
818 Bool_t
819 fitTimeZeroFillHisto(Float_t nSigmaMin = 2., Float_t nSigmaMax = 1., Int_t minIntegral = 1000, Bool_t useMaxBin = kFALSE)
820 {
821     /*
822      * fitTimeZeroFillHisto
823      */
824     
825     //  if (!hChannelParam_mean || !hCalibHisto[kChannel]) return kTRUE;
826     
827     if (!hTimeZeroFill_mean) hTimeZeroFill_mean = new TH1F("hTimeZeroFill_mean", "", timeBins, timeMin, timeMax);
828     if (!hTimeZeroFill_sigma) hTimeZeroFill_sigma = new TH1F("hTimeZeroFill_sigma", "", timeBins, timeMin, timeMax);
829     
830     if (useMaxBin)
831         printf("fitTimeZeroFill: fitting time-zero fill (using max bin, intMin=%d)\n", minIntegral);
832     else
833         printf("fitTimeZeroFill: fitting time-zero fill (sigmaMin=%.1f, sigmaMax=%.1f, intMin=%d)\n", nSigmaMin, nSigmaMax, minIntegral);
834     
835     TF1 *fitFunc = (TF1 *)gROOT->GetFunction("gaus");
836     for (Int_t ibin = 0; ibin < hTimeZeroFillHisto->GetNbinsX(); ibin++) {
837         TH1D *hpy = hTimeZeroFillHisto->ProjectionY("hpy", ibin + 1, ibin +1);
838         if (hpy->GetEntries() <= minIntegral) {
839             delete hpy;
840             continue;
841         }
842         if (fitPeak(fitFunc, hpy, nSigmaMin, nSigmaMax) != 0) {
843             delete hpy;
844             continue;
845         }
846         hTimeZeroFill_mean->AddBinContent(ibin + 1, fitFunc->GetParameter(1));
847         hTimeZeroFill_mean->SetBinError(ibin + 1, fitFunc->GetParError(1));
848         hTimeZeroFill_sigma->SetBinContent(ibin + 1, fitFunc->GetParameter(2));
849         hTimeZeroFill_sigma->SetBinError(ibin + 1, fitFunc->GetParError(2));
850         delete hpy;
851     }
852     
853     return kFALSE;
854     
855 }
856
857 //_____________________________________________________________
858
859 Bool_t
860 fitCommonShift(Float_t nSigmaMin = 2., Float_t nSigmaMax = 1., Int_t minIntegral = 1000, Bool_t useMaxBin = kFALSE)
861 {
862     /*
863      * fitCommonShift
864      */
865     
866     if (!hChannelParam_mean || !hCalibHisto[kChannel]) return kTRUE;
867     
868     if (useMaxBin)
869         printf("fitCommonShift: fitting common shift (using max bin, intMin=%d)\n", minIntegral);
870     else
871         printf("fitCommonShift: fitting common shift (sigmaMin=%.1f, sigmaMax=%.1f, intMin=%d)\n", nSigmaMin, nSigmaMax, minIntegral);
872     
873     TF1 *fitFunc = (TF1 *)gROOT->GetFunction("gaus");
874     TH1D *hpy = hCalibHisto[kChannel]->ProjectionY("hpy");
875     if (hpy->GetEntries() <= minIntegral) {
876         delete hpy;
877         continue;
878     }
879     if (useMaxBin) {
880         for (Int_t idx = 0; idx < 157248; idx++)
881             hChannelParam_mean->AddBinContent(idx + 1, hpy->GetBinCenter(hpy->GetMaximumBin()));
882         delete hpy;
883         return kFALSE;
884     }
885     if (fitPeak(fitFunc, hpy, nSigmaMin, nSigmaMax) != 0) {
886         delete hpy;
887         return kTRUE;
888     }
889     for (Int_t idx = 0; idx < 157248; idx++)
890         hChannelParam_mean->AddBinContent(idx + 1, fitFunc->GetParameter(1));
891     delete hpy;
892     
893     return kFALSE;
894     
895 }
896
897 //_____________________________________________________________
898
899 Bool_t
900 fitCalibHistos(Float_t nSigmaMin, Float_t nSigmaMax, Int_t minIntegral, Bool_t useMaxBin)
901 {
902     /*
903      * fitCalibHistos
904      */
905     
906     for (Int_t iparam = 0; iparam < kNParams; iparam++)
907         fitCalibHisto(iparam, nSigmaMin, nSigmaMax, minIntegral, useMaxBin);
908     updateChannelParams();
909     
910 }
911
912 //_____________________________________________________________
913
914 Bool_t
915 updateChannelParams()
916 {
917     
918     if (!hChannelParam_mean) hChannelParam_mean = new TH1F("hChannelParam_mean", "", paramBins[kChannel], paramMin[kChannel], paramMax[kChannel]);
919     if (!hChannelParam_sigma) hChannelParam_sigma = new TH1F("hChannelParam_sigma", "", paramBins[kChannel], paramMin[kChannel], paramMax[kChannel]);
920     
921     Double_t mean, meanerr, sigma, sigmaerr;
922     for (Int_t idx = 0; idx < 157248; idx++) {
923         for (Int_t iparam = kNParams - 1; iparam >= 0; iparam--) {
924             if (!hCalibParam_mean[iparam]) continue;
925             if (hCalibParam_mean[iparam]->GetBinError(getIndex(iparam, idx) + 1) == 0.) continue;
926             mean = hCalibParam_mean[iparam]->GetBinContent(getIndex(iparam, idx) + 1);
927             meanerr = hCalibParam_mean[iparam]->GetBinError(getIndex(iparam, idx) + 1);
928             sigma = hCalibParam_sigma[iparam]->GetBinContent(getIndex(iparam, idx) + 1);
929             sigmaerr = hCalibParam_sigma[iparam]->GetBinError(getIndex(iparam, idx) + 1);
930             hChannelParam_mean->AddBinContent(idx + 1, mean);
931             hChannelParam_mean->SetBinError(idx + 1, meanerr);
932             hChannelParam_sigma->SetBinContent(idx + 1, sigma);
933             hChannelParam_sigma->SetBinError(idx + 1, sigmaerr);
934             break;
935         }
936     }
937     
938 }
939
940 //_____________________________________________________________
941
942 Bool_t
943 fitCalibHisto(Int_t param, Float_t nSigmaMin, Float_t nSigmaMax, Int_t minIntegral, Bool_t useMaxBin)
944 {
945     /*
946      * fitCalibHisto
947      */
948     
949     /* check data histo */
950     if (!hCalibHisto[param]) {
951         printf("fitCalibHisto: cannot get \'hCalibHisto_%s\'\n", paramName[param]);
952         return kTRUE;
953     }
954     /* check mean histo */
955     if (!hCalibParam_mean[param]) hCalibParam_mean[param] = new TH1F(Form("hCalibParam_%s_mean", paramName[param]), "", paramBins[param], paramMin[param], paramMax[param]);
956     else hCalibParam_mean[param]->Reset();
957     /* check sigma histo */
958     if (!hCalibParam_sigma[param]) hCalibParam_sigma[param] = new TH1F(Form("hCalibParam_%s_sigma", paramName[param]), "", paramBins[param], paramMin[param], paramMax[param]);
959     else hCalibParam_sigma[param]->Reset();
960     /* fit */
961     return fitCalibHisto(hCalibHisto[param], hCalibParam_mean[param], hCalibParam_sigma[param], nSigmaMin, nSigmaMax, minIntegral, useMaxBin);
962 }
963
964 //_____________________________________________________________
965
966 Bool_t
967 fitCalibHisto(TH2F *hdata, TH1F *hmean, TH1F *hsigma, Float_t nSigmaMin, Float_t nSigmaMax, Int_t minIntegral, Bool_t useMaxBin)
968 {
969     /*
970      * fitCalibHisto
971      */
972     
973     if (!hdata || !hmean || !hsigma) return kTRUE;
974     if (useMaxBin)
975         printf("fitCalibHisto: fitting \'%s\' (using max bin, intMin=%d)\n", hdata->GetName(), minIntegral);
976     else
977         printf("fitCalibHisto: fitting \'%s\' (sigmaMin=%.1f, sigmaMax=%.1f, intMin=%d)\n", hdata->GetName(), nSigmaMin, nSigmaMax, minIntegral);
978     TF1 *fitFunc = (TF1 *)gROOT->GetFunction("gaus");
979     Int_t nDone = 0;
980     for (Int_t ibin = 0; ibin < hdata->GetNbinsX(); ibin++) {
981         TH1D *hpy = hdata->ProjectionY("hpy", ibin + 1, ibin + 1);
982         if (hpy->GetEntries() <= minIntegral) {
983             delete hpy;
984             continue;
985         }
986         if (useMaxBin) {
987             hmean->SetBinContent(ibin + 1, hpy->GetBinCenter(hpy->GetMaximumBin()));
988             hmean->SetBinError(ibin + 1, hpy->GetBinWidth(hpy->GetMaximumBin()));
989             hsigma->SetBinContent(ibin + 1, hpy->GetBinWidth(hpy->GetMaximumBin()));
990             hsigma->SetBinError(ibin + 1, hpy->GetBinWidth(hpy->GetMaximumBin()));
991             //      hmean->SetBinContent(ibin + 1, hpy->GetMean());
992             //      hmean->SetBinError(ibin + 1, hpy->GetMeanError());
993             //      hsigma->SetBinContent(ibin + 1, hpy->GetRMS());
994             //      hsigma->SetBinError(ibin + 1, hpy->GetRMSError());
995             nDone++;
996             delete hpy;
997             continue;
998         }
999         /* fit and check result */
1000         if (fitPeak(fitFunc, hpy, nSigmaMin, nSigmaMax) != 0) {
1001             delete hpy;
1002             continue;
1003         }
1004 #if 0
1005         /* check mean value larger than error */
1006         if (TMath::Abs(fitFunc->GetParameter(1)) < fitFunc->GetParameter(2)) {
1007             delete hpy;
1008             continue;
1009         }
1010 #endif
1011         hmean->SetBinContent(ibin + 1, fitFunc->GetParameter(1));
1012         hmean->SetBinError(ibin + 1, fitFunc->GetParError(1));
1013         hsigma->SetBinContent(ibin + 1, fitFunc->GetParameter(2));
1014         hsigma->SetBinError(ibin + 1, fitFunc->GetParError(2));
1015         nDone++;
1016         delete hpy;
1017     }
1018     printf("fitCalibHisto: %d done\n", nDone);
1019     return kFALSE;
1020 }
1021
1022 //_____________________________________________________________
1023
1024 problematicChannels(const Char_t *filename, Float_t nsigma = 5., Int_t minHits = 0, Int_t startRun = 0, Int_t endRun = AliCDBRunRange::Infinity(), const Char_t *dbString = "local://$HOME/OCDB")
1025 {
1026     
1027     TFile *fin = TFile::Open(filename);
1028     TH2 *hin = (TH2 *)fin->Get("hCalibHisto_channel");
1029     TH2 *hingood = (TH2 *)hin->Clone("hingood");
1030     TH2 *hinbad = (TH2 *)hin->Clone("hinbad");
1031     
1032     TH1D *hpy;
1033     
1034     TH1F *hEntries = new TH1F("hEntries", "", 10. * hin->GetEntries() / 157248, 0., 5. * hin->GetEntries() / 157248);
1035     for (Int_t ich = 0; ich < 157248; ich++) {
1036         hpy = hin->ProjectionY("hpy", ich + 1, ich + 1);
1037         hEntries->Fill(hpy->GetEntries());
1038     }
1039     
1040     new TCanvas("cEntries");
1041     hEntries->Draw();
1042     
1043     TH1D *hinpy_all = hin->ProjectionY("hinpy_all");
1044     TF1 *fitFunc = (TF1 *)gROOT->GetFunction("gaus");
1045     fitPeak(fitFunc, hinpy_all, 2., 1.);
1046     Double_t mean = fitFunc->GetParameter(1);
1047     Double_t sigma = fitFunc->GetParameter(2);
1048     Double_t intmin = mean - nsigma * sigma;
1049     Double_t intmax = mean + nsigma * sigma;
1050     Int_t binmin = hinpy_all->FindBin(intmin);
1051     Int_t binmax = hinpy_all->FindBin(intmax);
1052     
1053     Double_t integral_all = hinpy_all->Integral(binmin, binmax);
1054     Double_t entries_all = hinpy_all->GetEntries();
1055     Double_t fraction_all = integral_all / entries_all;
1056     
1057     printf("found %f hits in +- %d sigma\n", fraction_all, nsigma);
1058     
1059     TH1D *hFraction = new TH1D("hFraction", "", 2000, 0., 2.);
1060     
1061     TH1C *obj = new TH1C("hProblematic", "", 157248, 0., 157248.);
1062     
1063     TH2F *hFEAHitMap = new TH2F("hFEAHitMap", "", 72, 0., 18., 91, 0., 91.);
1064     
1065     Float_t hitmap[2];
1066     
1067     for (Int_t ich = 0; ich < 157248; ich++) {
1068         hpy = hin->ProjectionY("hpy", ich + 1, ich + 1);
1069         if (hpy->GetEntries() <= minHits) {
1070             delete hpy;
1071             continue;
1072         }
1073         Double_t integral_ch = hpy->Integral(binmin, binmax);
1074         Double_t entries_ch = hpy->GetEntries();
1075         Double_t fraction_ch = integral_ch / entries_ch / fraction_all;
1076         hFraction->Fill(fraction_ch);
1077         
1078     }
1079     
1080     TF1 *dgaus = new TF1("dgaus", "[0] * ((x < [1]) * TMath::Gaus(x, [1], [2]) + (x > [1]) * TMath::Gaus(x, [1], [3]))", 0., 2.);
1081     dgaus->SetParameter(0, 1.);
1082     dgaus->SetParameter(1, 1.);
1083     dgaus->SetParameter(2, 1.);
1084     dgaus->SetParameter(3, 1.);
1085     dgaus->SetParLimits(2, 0., 1.);
1086     dgaus->SetParLimits(3, 0., 1.);
1087   
1088     hFraction->Fit(dgaus, "0", "");
1089     hFraction->Fit(dgaus, "0", "", dgaus->GetParameter(1) - 3. * dgaus->GetParameter(2), dgaus->GetParameter(1) + 3. * dgaus->GetParameter(3));
1090     Double_t cutLimit = dgaus->GetParameter(1) - 3. * dgaus->GetParameter(2);
1091     Double_t cutLimit2 = dgaus->GetParameter(1) - 3. * dgaus->GetParameter(3);
1092     
1093     TLine *lcutfrac = new TLine(cutLimit, 0, cutLimit, hFraction->GetMaximum());
1094     TLine *lcutfrac2 = new TLine(cutLimit2, 0, cutLimit2, hFraction->GetMaximum());
1095     
1096     Int_t ntotch = 0, nprobch = 0;
1097     
1098     for (Int_t ich = 0; ich < 157248; ich++) {
1099         hpy = hin->ProjectionY("hpy", ich + 1, ich + 1);
1100         if (hpy->GetEntries() <= minHits) {
1101             delete hpy;
1102             continue;
1103         }
1104         Double_t integral_ch = hpy->Integral(binmin, binmax);
1105         Double_t entries_ch = hpy->GetEntries();
1106         Double_t fraction_ch = integral_ch / entries_ch / fraction_all;
1107         
1108         ntotch++;
1109         if (fraction_ch < cutLimit) {
1110             nprobch++;
1111             obj->SetBinContent(ich + 1, 0x1);
1112             getHitMapXY(kFEA, ich, hitmap);
1113             hFEAHitMap->Fill(hitmap[0], hitmap[1]);
1114             for (Int_t i = 0; i < hingood->GetNbinsY(); i++)
1115                 hingood->SetBinContent(ich + 1, i + 1, 0);
1116         }
1117         else {
1118             for (Int_t i = 0; i < hinbad->GetNbinsY(); i++)
1119                 hinbad->SetBinContent(ich + 1, i + 1, 0);
1120         }
1121     }
1122     
1123     printf("flagged %d problematic over %d checked channels\n", nprobch, ntotch);
1124     
1125     new TCanvas("cFraction");
1126     hFraction->Draw();
1127     dgaus->Draw("same");
1128     lcutfrac->Draw("same");
1129     lcutfrac2->Draw("same");
1130     gPad->Update();
1131     new TCanvas("cGood");
1132     hingood->Draw("colz");
1133     gPad->Update();
1134     new TCanvas("cBad");
1135     hinbad->Draw("colz");
1136     gPad->Update();
1137     new TCanvas;
1138     hin->Draw("colz");
1139     new TCanvas("hFEA");
1140     hFEAHitMap->Draw("colz");
1141     gPad->Update();
1142     
1143     TFile *fout = TFile::Open("problematicChannels.root", "RECREATE");
1144     hFraction->Write();
1145     hingood->Write();
1146     hinbad->Write();
1147     hFEAHitMap->Write("hBadFEAMap");
1148     fout->Close();
1149     
1150     /* create cdb info */
1151     AliCDBId id("TOF/Calib/Problematic", startRun, endRun);
1152     AliCDBMetaData *md = new AliCDBMetaData();
1153     md->SetResponsible("Roberto Preghenella");
1154     md->SetComment("Problematic");
1155     md->SetAliRootVersion(gSystem->Getenv("ARVERSION"));
1156     md->SetBeamPeriod(0);
1157     
1158     /* put object in cdb */
1159     AliCDBManager *cdb = AliCDBManager::Instance();
1160     cdb->SetDefaultStorage(dbString);
1161     cdb->GetDefaultStorage()->Put(obj, id, md);
1162     
1163 }
1164
1165 //_____________________________________________________________
1166
1167 problematicFEAs(const Char_t *filename, Float_t nsigma = 3.)
1168 {
1169     
1170     /* map FEA-channels */
1171     Float_t hitmap[6552][2];
1172     for (Int_t ich = 0; ich < 157248; ich++) {
1173         Int_t ifea = getIndex(kFEA, ich);
1174         getHitMapXY(kFEA, ich, hitmap[ifea]);
1175     }
1176     
1177     TFile *fin = TFile::Open(filename);
1178     TH2 *hin = (TH2 *)fin->Get("hCalibHisto_fea");
1179     TH2 *hingood = (TH2 *)hin->Clone("hingood");
1180     TH2 *hinbad = (TH2 *)hin->Clone("hinbad");
1181     
1182     TH1D *hinpy_all = hin->ProjectionY("hinpy_all");
1183     TF1 *fitFunc = (TF1 *)gROOT->GetFunction("gaus");
1184     fitPeak(fitFunc, hinpy_all, 2., 1.);
1185     Double_t mean = fitFunc->GetParameter(1);
1186     Double_t sigma = fitFunc->GetParameter(2);
1187     Double_t intmin = mean - nsigma * sigma;
1188     Double_t intmax = mean + nsigma * sigma;
1189     Int_t binmin = hinpy_all->FindBin(intmin);
1190     Int_t binmax = hinpy_all->FindBin(intmax);
1191     
1192     Double_t integral_all = hinpy_all->Integral(binmin, binmax);
1193     Double_t entries_all = hinpy_all->GetEntries();
1194     Double_t fraction_all = integral_all / entries_all;
1195     
1196     printf("found %f hits in +- 3 sigma\n", fraction_all);
1197     
1198     TH1D *hFraction = new TH1D("hFraction", "", 2000, 0., 2.);
1199     
1200     TH1C *obj = new TH1C("hProblematic", "", 157248, 0., 157248.);
1201     
1202     TH2F *hFEAHitMap = new TH2F("hFEAHitMap", "", 72, 0., 18., 91, 0., 91.);
1203     TH2F *hBadFEAHitMap = new TH2F("hBadFEAHitMap", "", 72, 0., 18., 91, 0., 91.);
1204     
1205     Float_t hitmap[2];
1206     
1207     TH1D *hpy;
1208     for (Int_t ich = 0; ich < 6552; ich++) {
1209         hpy = hin->ProjectionY("hpy", ich + 1, ich + 1);
1210         if (hpy->GetEntries() <= 0) {
1211             delete hpy;
1212             continue;
1213         }
1214         Double_t integral_ch = hpy->Integral(binmin, binmax);
1215         Double_t entries_ch = hpy->GetEntries();
1216         Double_t fraction_ch = integral_ch / entries_ch;// / fraction_all;
1217         hFraction->Fill(fraction_ch);
1218         
1219     }
1220     TF1 *gaus = (TF1 *)gROOT->GetFunction("gaus");
1221     hFraction->Fit(gaus, "WW");
1222     hFraction->Fit(gaus, "WW", "", gaus->GetParameter(1) - gaus->GetParameter(2), 2.);
1223     fraction_all = gaus->GetParameter(1);
1224     Float_t cutLimit = gaus->GetParameter(1) - 3. * gaus->GetParameter(2);
1225     cutLimit /= fraction_all;
1226     
1227     hFraction->Reset();
1228     for (Int_t ich = 0; ich < 6552; ich++) {
1229         hpy = hin->ProjectionY("hpy", ich + 1, ich + 1);
1230         if (hpy->GetEntries() <= 0) {
1231             delete hpy;
1232             continue;
1233         }
1234         Double_t integral_ch = hpy->Integral(binmin, binmax);
1235         Double_t entries_ch = hpy->GetEntries();
1236         Double_t fraction_ch = integral_ch / entries_ch / fraction_all;
1237         hFraction->Fill(fraction_ch);
1238         
1239         hFEAHitMap->Fill(hitmap[ich][0], hitmap[ich][1], fraction_ch);
1240         if (fraction_ch < cutLimit)
1241             hBadFEAHitMap->Fill(hitmap[ich][0], hitmap[ich][1]);
1242     }
1243     
1244     new TCanvas;
1245     hFraction->Draw();
1246     new TCanvas;
1247     hFEAHitMap->Draw("colz");
1248     new TCanvas;
1249     hBadFEAHitMap->Draw("colz");
1250     
1251     TFile *fout = TFile::Open("problematicFEAs.root", "RECREATE");
1252     hFraction->Write();
1253     hFEAHitMap->Write("hFEAFractionMap");
1254     hBadFEAHitMap->Write("hBadFEAMap");
1255     fout->Close();
1256     
1257     return;
1258     
1259     TF1 *gaus = (TF1 *)gROOT->GetFunction("gaus");
1260     hFraction->Fit(gaus, "WW");
1261     Double_t cutLimit = gaus->GetParameter(1) - 3. * gaus->GetParameter(2);
1262     
1263     for (Int_t ich = 0; ich < 157248; ich++) {
1264         hpy = hin->ProjectionY("hpy", ich + 1, ich + 1);
1265         if (hpy->GetEntries() <= 0) {
1266             delete hpy;
1267             continue;
1268         }
1269         Double_t integral_ch = hpy->Integral(binmin, binmax);
1270         Double_t entries_ch = hpy->GetEntries();
1271         Double_t fraction_ch = integral_ch / entries_ch / fraction_all;
1272         
1273         if (fraction_ch < cutLimit) {
1274             obj->SetBinContent(ich + 1, 0x1);
1275             getHitMapXY(kFEA, ich, hitmap);
1276             hFEAHitMap->Fill(hitmap[0], hitmap[1]);
1277             for (Int_t i = 0; i < hingood->GetNbinsY(); i++)
1278                 hingood->SetBinContent(ich + 1, i + 1, 0);
1279         }
1280         else {
1281             for (Int_t i = 0; i < hinbad->GetNbinsY(); i++)
1282                 hinbad->SetBinContent(ich + 1, i + 1, 0);
1283         }
1284     }
1285     
1286     hFraction->Draw();
1287     new TCanvas;
1288     hingood->Draw("colz");
1289     new TCanvas;
1290     hinbad->Draw("colz");
1291     new TCanvas;
1292     hin->Draw("colz");
1293     new TCanvas;
1294     hFEAHitMap->Draw("colz");
1295     
1296     TFile *fout = TFile::Open("problematicChannels.root", "RECREATE");
1297     hFraction->Write();
1298     hingood->Write();
1299     hinbad->Write();
1300     hFEAHitMap->Write("hBadFEAMap");
1301     fout->Close();
1302     
1303     /* create cdb info */
1304     AliCDBId id("TOF/Calib/Problematic", startRun, endRun);
1305     AliCDBMetaData *md = new AliCDBMetaData();
1306     md->SetResponsible("Roberto Preghenella");
1307     md->SetComment("Problematic");
1308     md->SetAliRootVersion(gSystem->Getenv("ARVERSION"));
1309     md->SetBeamPeriod(0);
1310     
1311     /* put object in cdb */
1312     AliCDBManager *cdb = AliCDBManager::Instance();
1313     cdb->SetDefaultStorage(dbString);
1314     cdb->GetDefaultStorage()->Put(obj, id, md);
1315     
1316 }
1317
1318 //_____________________________________________________________
1319
1320 mergeProblematicMaps(const Char_t *mapfilename1, const Char_t *mapfilename2, Int_t startRun = 0, Int_t endRun = AliCDBRunRange::Infinity(), const Char_t *dbString = "local://$HOME/OCDB")
1321 {
1322     TFile *file1 = TFile::Open(mapfilename1);
1323     TFile *file2 = TFile::Open(mapfilename2);
1324     
1325     AliCDBEntry *cdbe1 = (AliCDBEntry *)file1->Get("AliCDBEntry");
1326     AliCDBEntry *cdbe2 = (AliCDBEntry *)file2->Get("AliCDBEntry");
1327     
1328     TH1C *h1 = (TH1C *)cdbe1->GetObject();
1329     TH1C *h2 = (TH1C *)cdbe2->GetObject();
1330     TH1C *obj = new TH1C("hProblematic", "", 157248, 0., 157248.);
1331     
1332     for (Int_t ich = 0; ich < 157248; ich++) {
1333         if (h1->GetBinContent(ich + 1) || h2->GetBinContent(ich + 1))
1334                 obj->SetBinContent(ich + 1, 0x1);
1335     }
1336     
1337     /* create cdb info */
1338     AliCDBId id("TOF/Calib/Problematic", startRun, endRun);
1339     AliCDBMetaData *md = new AliCDBMetaData();
1340     md->SetResponsible("Roberto Preghenella");
1341     md->SetComment("Problematic");
1342     md->SetAliRootVersion(gSystem->Getenv("ARVERSION"));
1343     md->SetBeamPeriod(0);
1344     
1345     /* put object in cdb */
1346     AliCDBManager *cdb = AliCDBManager::Instance();
1347     cdb->SetDefaultStorage(dbString);
1348     cdb->GetDefaultStorage()->Put(obj, id, md);
1349 }
1350
1351 //_____________________________________________________________
1352
1353 Int_t
1354 fitPeak(TF1 *f, TH1D *h, Float_t nSigmaMin, Float_t nSigmaMax)
1355 {
1356     /*
1357      * fitPeak
1358      */
1359     
1360     /* rebin if needed */
1361     Double_t ent = h->GetEntries();
1362     //  while (h->GetBinContent(h->GetMaximumBin()) < 0.1 * h->GetEntries())
1363     //    h->Rebin(2);
1364     Double_t fitCent = h->GetBinCenter(h->GetMaximumBin());
1365     Double_t fitMin = fitCent - nSigmaMin * 300.;
1366     Double_t fitMax = fitCent + nSigmaMax * 300.;
1367     if (fitMin < h->GetXaxis()->GetXmin()) fitMin = h->GetXaxis()->GetXmin();
1368     if (fitMax > h->GetXaxis()->GetXmax()) fitMax = h->GetXaxis()->GetXmax();
1369     f->SetParameter(1, fitCent);
1370     f->SetParameter(2, 150.);
1371     Int_t fitres = h->Fit(f, "WWq0", "", fitMin, fitMax);
1372     if (fitres != 0) return fitres;
1373     /* refit with better range */
1374     for (Int_t i = 0; i < 3; i++) {
1375         fitCent = f->GetParameter(1);
1376         fitMin = fitCent - nSigmaMin * f->GetParameter(2);
1377         fitMax = fitCent + nSigmaMax * f->GetParameter(2);
1378         if (fitMin < h->GetXaxis()->GetXmin()) fitMin = h->GetXaxis()->GetXmin();
1379         if (fitMax > h->GetXaxis()->GetXmax()) fitMax = h->GetXaxis()->GetXmax();
1380         fitres = h->Fit(f, "q0", "", fitMin, fitMax);
1381         if (fitres != 0) return fitres;
1382     }
1383     return fitres;
1384 }
1385
1386 //_____________________________________________________________
1387
1388 void
1389 monitor()
1390 {
1391     /*
1392      * monitor
1393      */
1394     
1395     Float_t evfrac = (Float_t)curev / (Float_t)nevents;
1396     Float_t eltime = stopwatch.RealTime();
1397     stopwatch.Continue();
1398     Float_t tottime = evfrac > 0. ? eltime / evfrac : eltime;
1399     Float_t speed = eltime > 0. ? (Float_t)curev / eltime : 0.;
1400     printf("%4.2f \% | elapsed: %d s | total: %d s | remaining: %d s | speed: %d ev/s\n", 100. * evfrac, eltime, tottime, tottime - eltime, speed);
1401     
1402 }
1403
1404 //_____________________________________________________________
1405
1406 Bool_t
1407 updateParOfflineEntry(const Char_t *paramfilename, const Char_t *ocdbfilename, Int_t startrun, Int_t endrun = AliCDBRunRange::Infinity(), const Char_t *dbString = "alien://?folder=/alice/cern.ch/user/r/rpreghen/OCDB?user=rpreghen?se=ALICE::CERN::SE")
1408 {
1409     
1410     TFile *paramfile = TFile::Open(paramfilename);
1411     if (!paramfile || !paramfile->IsOpen()) {
1412         return kTRUE;
1413     }
1414     TH1D *hshiftparams = (TH1D *)paramfile->Get("hChannelParam_mean");
1415     if (!hshiftparams) {
1416         return kTRUE;
1417     }
1418     TFile *ocdbfile = TFile::Open(ocdbfilename);
1419     if (!ocdbfile || !ocdbfile->IsOpen()) {
1420         return kTRUE;
1421     }
1422     AliCDBEntry *cdbe = (AliCDBEntry *)ocdbfile->Get("AliCDBEntry");
1423     if (!cdbe) {
1424         return kTRUE;
1425     }
1426     TObjArray *currentpararray = (TObjArray *)cdbe->GetObject();
1427     if (!currentpararray) {
1428         return kTRUE;
1429     }
1430     
1431     /* create calib structure */
1432     AliTOFcalib *tofcalib = new AliTOFcalib();
1433     tofcalib->CreateCalArrays();
1434     TObjArray *newpararray = (TObjArray *) tofcalib->GetTOFCalArrayOffline();
1435     AliTOFChannelOffline *currentparchannel, *newparchannel;
1436     Float_t currentslewpar, newslewpar;
1437     /* loop over channels */
1438     for (Int_t idx = 0; idx < 157248; idx++) {
1439         currentparchannel = (AliTOFChannelOffline *)currentpararray->At(idx);
1440         newparchannel = (AliTOFChannelOffline *)newpararray->At(idx);
1441         /* loop over slew params */
1442         for (Int_t ipar = 0; ipar < 6; ipar++) {
1443             currentslewpar = currentparchannel->GetSlewPar(ipar);
1444             if (ipar == 0) /* add shift to par[0] */
1445                 newslewpar = currentslewpar + 1.e-3 * hshiftparams->GetBinContent(idx + 1);
1446             else /* leave other params unchanged */
1447                 newslewpar = currentslewpar;
1448             newparchannel->SetSlewPar(ipar, newslewpar);
1449         }
1450     }
1451     
1452     AliCDBManager *man = AliCDBManager::Instance();
1453     man->SetDefaultStorage("local://$HOME/OCDB");
1454     man->SetSpecificStorage("TOF/Calib/ParOffline", dbString);
1455     tofcalib->WriteParOfflineOnCDB("TOF/Calib", "valid", startrun, endrun);
1456     
1457 }
1458
1459 //_____________________________________________________________
1460
1461 Bool_t
1462 updateRunParamsEntry(const Char_t *paramfilename, Int_t startrun, Int_t endrun = AliCDBRunRange::Infinity(), const Char_t *dbString = "alien://?folder=/alice/cern.ch/user/r/rpreghen/OCDB?user=rpreghen?se=ALICE::CERN::SE")
1463 {
1464     
1465     TFile *paramfile = TFile::Open(paramfilename);
1466     if (!paramfile || !paramfile->IsOpen()) {
1467         return kTRUE;
1468     }
1469     TH1D *htimezerofill = (TH1D *)paramfile->Get("hTimeZeroFill_mean");
1470     if (!htimezerofill) {
1471         return kTRUE;
1472     }
1473     
1474     /* get t0-fill data */
1475     UInt_t timestamp[MAXPOINTS];
1476     Float_t t0[MAXPOINTS];
1477     Float_t t0spread[MAXPOINTS];
1478     Float_t tofreso[MAXPOINTS];
1479     Int_t npoints = 0;
1480     for (Int_t ibin = 0; ibin < htimezerofill->GetNbinsX(); ibin++) {
1481         if (htimezerofill->GetBinError(ibin + 1) == 0.) continue;
1482         timestamp[npoints] = (UInt_t)htimezerofill->GetBinCenter(ibin + 1);
1483         t0[npoints] = htimezerofill->GetBinContent(ibin + 1);
1484         t0spread[npoints] = -1.;
1485         tofreso[npoints] = -1.;
1486         npoints++;
1487     }
1488     
1489     /* setup dummy run */
1490     UInt_t run[1] = {-1};
1491     UInt_t runFirstPoint[1] = {0};
1492     UInt_t runLastPoint[1] = {npoints - 1};
1493     
1494     /* create runParams object */
1495     AliTOFRunParams obj(npoints, 1);
1496     obj.SetTimestamp(timestamp);
1497     obj.SetT0(t0);
1498     obj.SetTOFResolution(tofreso);
1499     obj.SetT0Spread(t0spread);
1500     obj.SetRunNb(run);
1501     obj.SetRunFirstPoint(runFirstPoint);
1502     obj.SetRunLastPoint(runLastPoint);
1503     
1504     /* install run params object in OCDB */
1505     AliCDBManager *cdb = AliCDBManager::Instance();
1506     AliCDBStorage *sto = cdb->GetStorage(dbString);
1507     if (!sto) {
1508         printf("cannot get storage %s", dbString);
1509         return kTRUE;
1510     }
1511     AliCDBId id("TOF/Calib/RunParams", startrun, endrun);
1512     AliCDBMetaData md;
1513     md.SetResponsible("Roberto Preghenella");
1514     md.SetComment("offline TOF run parameters (emergency entry, no distinction between runs)");
1515     md.SetAliRootVersion(gSystem->Getenv("ARVERSION"));
1516     md.SetBeamPeriod(0);
1517     if (!sto->Put(&obj, id, &md)) {
1518         printf("error while putting object in storage %s", dbString);
1519         return kTRUE;
1520     }
1521     
1522     return kFALSE;
1523 }
1524
1525 //_____________________________________________________________
1526
1527 inspectTRM(const Char_t *filename, Int_t trmIndex)
1528 {
1529     
1530     TFile *fin = TFile::Open(filename);
1531     TFile *fout = TFile::Open(Form("inspectTRM_%d.%s", trmIndex, filename), "RECREATE");
1532     TH2 *hin = (TH2 *)fin->Get("hCalibHisto_channel");
1533     TH1 *hpy;
1534     
1535     for (Int_t i = 0; i < 157248; i++) {
1536         if (getIndex(kTRM, i) != trmIndex) continue;
1537         hpy = hin->ProjectionY(Form("hChannel_%d", i), i + 1, i + 1);
1538         fout->cd();
1539         hpy->Write();
1540     }
1541     
1542     fout->Close();
1543 }