TPC/AliTPCCalibPedestal.cxx

   1 /**************************************************************************
   2  * Copyright(c) 1998-1999, ALICE Experiment at CERN, All rights reserved. *
   3  *                                                                        *
   4  * Author: The ALICE Off-line Project.                                    *
   5  * Contributors are mentioned in the code where appropriate.              *
   6  *                                                                        *
   7  * Permission to use, copy, modify and distribute this software and its   *
   8  * documentation strictly for non-commercial purposes is hereby granted   *
   9  * without fee, provided that the above copyright notice appears in all   *
  10  * copies and that both the copyright notice and this permission notice   *
  11  * appear in the supporting documentation. The authors make no claims     *
  12  * about the suitability of this software for any purpose. It is          *
  13  * provided "as is" without express or implied warranty.                  *
  14  **************************************************************************/
  15
  16
  17 /* $Id$ */
  18
  19
  20 //Root includes
  21 #include <TH1F.h>
  22 #include <TH2F.h>
  23 #include <TString.h>
  24 #include <TMath.h>
  25 #include <TF1.h>
  26 #include <TRandom.h>
  27 #include <TDirectory.h>
  28 #include <TFile.h>
  29 //AliRoot includes
  30 #include "AliRawReader.h"
  31 #include "AliRawReaderRoot.h"
  32 #include "AliRawReaderDate.h"
  33 #include "AliTPCRawStream.h"
  34 #include "AliTPCCalROC.h"
  35 #include "AliTPCROC.h"
  36 #include "AliMathBase.h"
  37 #include "TTreeStream.h"
  38 #include "AliTPCRawStreamFast.h"
  39
  40 //date
  41 #include "event.h"
  42
  43 //header file
  44 #include "AliTPCCalibPedestal.h"
  45
  46
  47 ///////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
  48 //          Implementation of the TPC pedestal and noise calibration
  49 //
  50 //   Origin: Jens Wiechula, Marian Ivanov   J.Wiechula@gsi.de, Marian.Ivanov@cern.ch
  51 //
  52 //
  53 // *************************************************************************************
  54 // *                                Class Description                                  *
  55 // *************************************************************************************
  56 //
  57 // Working principle:
  58 // ------------------
  59 // Raw pedestal data is processed by calling one of the ProcessEvent(...) functions
  60 // (see below). These in the end call the Update(...) function, where the data is filled
  61 // into histograms.
  62 //
  63 // For each ROC one TH2F histo (ROC channel vs. ADC channel) is created when
  64 // it is filled for the first time (GetHistoPedestal(ROC,kTRUE)). All histos are stored in the
  65 // TObjArray fHistoPedestalArray.
  66 //
  67 // For a fast filling of the histogram the corresponding bin number of the channel and ADC channel
  68 // is computed by hand and the histogram array is accessed directly via its pointer.
  69 // ATTENTION: Doing so the the entry counter of the histogram is not increased
  70 //            this means that e.g. the colz draw option gives an empty plot unless
  71 //          calling 'histo->SetEntries(1)' before drawing.
  72 //
  73 // After accumulating the desired statistics the Analyse() function has to be called.
  74 // Whithin this function the pedestal and noise values are calculated for each pad, using
  75 // the fast gaus fit function  AliMathBase::FitGaus(...), and the calibration
  76 // storage classes (AliTPCCalROC) are filled for each ROC.
  77 // The calibration information is stored in the TObjArrays fCalRocArrayPedestal and fCalRocArrayRMS;
  78 //
  79 //
  80 //
  81 // User interface for filling data:
  82 // --------------------------------
  83 //
  84 // To Fill information one of the following functions can be used:
  85 //
  86 // Bool_t ProcessEvent(eventHeaderStruct *event);
  87 //   - process Date event
  88 //   - use AliTPCRawReaderDate and call ProcessEvent(AliRawReader *rawReader)
  89 //
  90 // Bool_t ProcessEvent(AliRawReader *rawReader);
  91 //  - process AliRawReader event
  92 //   - use AliTPCRawStream to loop over data and call ProcessEvent(AliTPCRawStream *rawStream)
  93 //
  94 // Bool_t ProcessEvent(AliTPCRawStream *rawStream);
  95 //   - process event from AliTPCRawStream
  96 //   - call Update function for signal filling
  97 //
  98 // Int_t Update(const Int_t isector, const Int_t iRow, const Int_t
  99 //              iPad,  const Int_t iTimeBin, const Float_t signal);
 100 //   - directly  fill signal information (sector, row, pad, time bin, pad)
 101 //     to the reference histograms
 102 //
 103 // It is also possible to merge two independently taken calibrations using the function
 104 //
 105 // void Merge(AliTPCCalibPedestal *ped)
 106 //   - copy histograms in 'ped' if the do not exist in this instance
 107 //   - Add histograms in 'ped' to the histograms in this instance if the allready exist
 108 //   - After merging call Analyse again!
 109 //
 110 //
 111 //
 112 // -- example: filling data using root raw data:
 113 // void fillPedestal(Char_t *filename)
 114 // {
 115 //    rawReader = new AliRawReaderRoot(fileName);
 116 //    if ( !rawReader ) return;
 117 //    AliTPCCalibPedestal *calib = new AliTPCCalibPedestal;
 118 //    while (rawReader->NextEvent()){
 119 //      calib->ProcessEvent(rawReader);
 120 //    }
 121 //    calib->Analyse();
 122 //    calib->DumpToFile("PedestalData.root");
 123 //    delete rawReader;
 124 //    delete calib;
 125 // }
 126 //
 127 //
 128 // What kind of information is stored and how to retrieve them:
 129 // ------------------------------------------------------------
 130 //
 131 // - Accessing the 'Reference Histograms' (pedestal distribution histograms):
 132 //
 133 // TH2F *GetHistoPedestal(Int_t sector);
 134 //
 135 // - Accessing the calibration storage objects:
 136 //
 137 // AliTPCCalROC *GetCalRocPedestal(Int_t sector);  - for the pedestal values, mean from gaus fit
 138 // AliTPCCalROC *GetCalRocSigma(Int_t sector);     - for the Noise values, sigma from guas fit
 139 // AliTPCCalROC *GetCalRocMean(Int_t sector);  - for the pedestal values, truncated mean
 140 // AliTPCCalROC *GetCalRocRMS(Int_t sector);     - for the Noise values, rms from truncated mean
 141 //
 142 // example for visualisation:
 143 // if the file "PedestalData.root" was created using the above example one could do the following:
 144 //
 145 // TFile filePedestal("PedestalData.root")
 146 // AliTPCCalibPedestal *ped = (AliTPCCalibPedestal*)filePedestal->Get("AliTPCCalibPedestal");
 147 // ped->GetCalRocPedestal(0)->Draw("colz");
 148 // ped->GetCalRocRMS(0)->Draw("colz");
 149 //
 150 // or use the AliTPCCalPad functionality:
 151 // AliTPCCalPad padPedestal(ped->GetCalPadPedestal());
 152 // AliTPCCalPad padNoise(ped->GetCalPadRMS());
 153 // padPedestal->MakeHisto2D()->Draw("colz");  //Draw A-Side Pedestal Information
 154 // padNoise->MakeHisto2D()->Draw("colz");  //Draw A-Side Noise Information
 155 //
 156 /*
 157  example: fill pedestal with gausschen noise
 158  AliTPCCalibPedestal ped;
 159  ped.TestEvent();
 160  ped.Analyse();
 161  //Draw output;
 162  TCanvas* c1 = new TCanvas;
 163  c1->Divide(1,2);
 164  c1->cd(1);
 165  ped.GetHistoPedestal(0)->SetEntries(1); //needed in order for colz to work, reason: fast filling does not increase the entries counter
 166  ped.GetHistoPedestal(0)->Draw("colz");
 167  c1->cd(2);
 168  ped.GetHistoPedestal(36)->SetEntries(1); //needed in order for colz to work, reason: fast filling does not increase the entries counter
 169  ped.GetHistoPedestal(36)->Draw("colz");
 170  TCanvas* c2 = new TCanvas;
 171  c2->Divide(2,2);
 172  c2->cd(1);
 173  ped.GetCalRocPedestal(0)->Draw("colz");
 174  c2->cd(2);
 175  ped.GetCalRocRMS(0)->Draw("colz");
 176  c2->cd(3);
 177  ped.GetCalRocPedestal(36)->Draw("colz");
 178  c2->cd(4);
 179  ped.GetCalRocRMS(36)->Draw("colz");
 180 */
 181 //
 182 // Time dependent pedestals:
 183 //
 184 // If wished there is the possibility to calculate for each channel and time bin
 185 // the mean pedestal [pedestals(t)]. This is done by
 186 //
 187 // 1) setting SetTimeAnalysis(kTRUE),
 188 // 2) processing the data by looping over the events using ProcessEvent(..)
 189 // 3) calling the Analyse() and AnalyseTime(nevents) functions (providing nevents)
 190 // 4) getting the pedestals(t) using   TArrayF **timePed = calibPedestal.GetTimePedestals();
 191 // 5) looking at values using   timePed[row][pad].At(timebin)
 192 //
 193 // This functionality is intended to be used on an LDC bu the detector algorithm
 194 // (TPCPEDESTALda) to generate a data set used for configuration of the pattern
 195 // memory for baseline subtraction in the ALTROs. Later the information should also
 196 // be stored as reference data.
 197 //
 198
 199
 200 ClassImp(AliTPCCalibPedestal)
 201
 202 AliTPCCalibPedestal::AliTPCCalibPedestal() :
 203   TObject(),
 204   fFirstTimeBin(60),
 205   fLastTimeBin(1000),
 206   fAdcMin(1),
 207   fAdcMax(100),
 208   fAnaMeanDown(0.),
 209   fAnaMeanUp(1.),
 210   fTimeAnalysis(kFALSE),
 211   fROC(AliTPCROC::Instance()),
 212   fMapping(NULL),
 213   fCalRocArrayPedestal(72),
 214   fCalRocArraySigma(72),
 215   fHistoPedestalArray(72),
 216   fTimeSignal(NULL),
 217   fCalRocArrayMean(72),
 218   fCalRocArrayRMS(72)
 219 {
 220   //
 221   // default constructor
 222   //
 223 }
 224
 225
 226 //_____________________________________________________________________
 227 AliTPCCalibPedestal::AliTPCCalibPedestal(const AliTPCCalibPedestal &ped) :
 228   TObject(ped),
 229   fFirstTimeBin(ped.GetFirstTimeBin()),
 230   fLastTimeBin(ped.GetLastTimeBin()),
 231   fAdcMin(ped.GetAdcMin()),
 232   fAdcMax(ped.GetAdcMax()),
 233   fAnaMeanDown(ped.fAnaMeanDown),
 234   fAnaMeanUp(ped.fAnaMeanUp),
 235   fTimeAnalysis(ped.fTimeAnalysis),
 236   fROC(AliTPCROC::Instance()),
 237   fMapping(NULL),
 238   fCalRocArrayPedestal(72),
 239   fCalRocArraySigma(72),
 240   fHistoPedestalArray(72),
 241   fTimeSignal(ped.fTimeSignal),
 242   fCalRocArrayMean(72),
 243   fCalRocArrayRMS(72)
 244 {
 245   //
 246   // copy constructor
 247   //
 248   for (Int_t iSec = 0; iSec < 72; ++iSec){
 249     const AliTPCCalROC *calPed = (AliTPCCalROC*)ped.fCalRocArrayPedestal.UncheckedAt(iSec);
 250     const AliTPCCalROC *calRMS = (AliTPCCalROC*)ped.fCalRocArrayRMS.UncheckedAt(iSec);
 251     const TH2F         *hPed   = (TH2F*)ped.fHistoPedestalArray.UncheckedAt(iSec);
 252
 253     if ( calPed != 0x0 ) fCalRocArrayPedestal.AddAt(new AliTPCCalROC(*calPed), iSec);
 254     if ( calRMS != 0x0 ) fCalRocArrayRMS.AddAt(new AliTPCCalROC(*calRMS), iSec);
 255
 256     if ( hPed != 0x0 ){
 257       TH2F *hNew = new TH2F(*hPed);
 258       hNew->SetDirectory(0);
 259       fHistoPedestalArray.AddAt(hNew,iSec);
 260     }
 261   }
 262 }
 263
 264
 265 //_____________________________________________________________________
 266 AliTPCCalibPedestal& AliTPCCalibPedestal::operator = (const  AliTPCCalibPedestal &source)
 267 {
 268   //
 269   // assignment operator
 270   //
 271   if (&source == this) return *this;
 272   new (this) AliTPCCalibPedestal(source);
 273
 274   return *this;
 275 }
 276
 277
 278 //_____________________________________________________________________
 279 AliTPCCalibPedestal::~AliTPCCalibPedestal()
 280 {
 281   //
 282   // destructor
 283   //
 284
 285   fCalRocArrayPedestal.Delete();
 286   fCalRocArrayRMS.Delete();
 287   fCalRocArraySigma.Delete();
 288   fHistoPedestalArray.Delete();
 289
 290   if ( fTimeSignal ) {
 291     for (Int_t i = 0; i < 159; i++) {
 292       delete [] fTimeSignal[i];
 293       fTimeSignal[i] = 0;
 294     }
 295     delete [] fTimeSignal;
 296     fTimeSignal = 0;
 297   }
 298
 299   // do not delete fMapping, because we do not own it.
 300
 301 }
 302
 303
 304 //_____________________________________________________________________
 305 void AliTPCCalibPedestal::SetTimeAnalysis(Bool_t time)
 306 {
 307   //
 308   // Use time dependent analysis: Pedestals are analysed as a function
 309   // of the drift time. There is one mean value generated for each time
 310   // bin and each channel. It can be used as reference data and for
 311   // configuration of the ALTRO pattern memory for baseline subtraction.
 312   //
 313   // ATTENTION: Use only on LDC in TPCPEDESTALda! On a LDC we get data
 314   // only from one sector. For the full TPC we would need a lot of
 315   // memory (36*159*140*1024*4bytes = 3.3GB)!
 316   //
 317
 318   fTimeAnalysis = time;
 319
 320   if ( !fTimeAnalysis ) return;
 321
 322   // prepare array for one sector (159*140*1024*4bytes = 92MB):
 323   fTimeSignal = new TArrayF*[159];
 324   for (Int_t i = 0; i < 159; i++) {  // padrows
 325     fTimeSignal[i] = new TArrayF[140];
 326     for (Int_t j = 0; j < 140; j++) {  // pads per row
 327       fTimeSignal[i][j].Set(1024);
 328       for (Int_t k = 0; k < 1024; k++) {  // time bins per pad
 329         fTimeSignal[i][j].AddAt(0., k);
 330       }
 331     }
 332   }
 333 }
 334
 335
 336 //_____________________________________________________________________
 337 Int_t AliTPCCalibPedestal::Update(const Int_t icsector,
 338                                   const Int_t icRow,
 339                                   const Int_t icPad,
 340                                   const Int_t icTimeBin,
 341                                   const Float_t csignal)
 342 {
 343   //
 344   // Signal filling method
 345   //
 346   if (icRow<0) return 0;
 347   if (icPad<0) return 0;
 348   if (icTimeBin<0) return 0;
 349
 350   // Time dependent pedestals
 351   if ( fTimeAnalysis ) {
 352     if ( icsector < 36 ) // IROC
 353       fTimeSignal[icRow][icPad].AddAt(fTimeSignal[icRow][icPad].At(icTimeBin)+csignal, icTimeBin);
 354     else
 355       fTimeSignal[icRow+63][icPad].AddAt(fTimeSignal[icRow+63][icPad].At(icTimeBin)+csignal, icTimeBin);
 356   }
 357   //return if we are out of the specified time bin or adc range
 358   if ( (icTimeBin>fLastTimeBin) || (icTimeBin<fFirstTimeBin) ) return 0;
 359   if ( ((Int_t)csignal>fAdcMax) || ((Int_t)csignal<fAdcMin)  ) return 0;
 360
 361   Int_t iChannel  = fROC->GetRowIndexes(icsector)[icRow]+icPad; //  global pad position in sector
 362
 363   // fast filling method
 364   // Attention: the entry counter of the histogram is not increased
 365   //            this means that e.g. the colz draw option gives an empty plot
 366   Int_t bin = (iChannel+1)*(fAdcMax-fAdcMin+2)+((Int_t)csignal-fAdcMin+1);
 367
 368   GetHistoPedestal(icsector,kTRUE)->GetArray()[bin]++;
 369
 370   return 0;
 371 }
 372
 373
 374 //_____________________________________________________________________
 375 Bool_t AliTPCCalibPedestal::ProcessEventFast(AliTPCRawStreamFast *rawStreamFast)
 376 {
 377   //
 378   // Event Processing loop - AliTPCRawStream
 379   //
 380   Bool_t withInput = kFALSE;
 381
 382   while ( rawStreamFast->NextDDL() ){
 383       while ( rawStreamFast->NextChannel() ){
 384           Int_t isector  = rawStreamFast->GetSector();                       //  current sector
 385           Int_t iRow     = rawStreamFast->GetRow();                          //  current row
 386           Int_t iPad     = rawStreamFast->GetPad();                          //  current pad
 387
 388           while ( rawStreamFast->NextBunch() ){
 389             Int_t startTbin = (Int_t)rawStreamFast->GetStartTimeBin();
 390             Int_t endTbin = (Int_t)rawStreamFast->GetEndTimeBin();
 391             for (Int_t iTimeBin = startTbin; iTimeBin < endTbin; iTimeBin++){
 392                   Float_t signal=(Float_t)rawStreamFast->GetSignals()[iTimeBin-startTbin];
 393                   Update(isector,iRow,iPad,iTimeBin+1,signal);
 394                   withInput = kTRUE;
 395               }
 396           }
 397       }
 398   }
 399
 400   return withInput;
 401 }
 402 //_____________________________________________________________________
 403 Bool_t AliTPCCalibPedestal::ProcessEventFast(AliRawReader *rawReader)
 404 {
 405   //
 406   //  Event processing loop - AliRawReader
 407   //
 408   AliTPCRawStreamFast *rawStreamFast = new AliTPCRawStreamFast(rawReader, (AliAltroMapping**)fMapping);
 409   Bool_t res=ProcessEventFast(rawStreamFast);
 410   delete rawStreamFast;
 411   return res;
 412 }
 413
 414 //_____________________________________________________________________
 415 Bool_t AliTPCCalibPedestal::ProcessEvent(AliTPCRawStream *rawStream)
 416 {
 417   //
 418   // Event Processing loop - AliTPCRawStream
 419   //
 420
 421   Bool_t withInput = kFALSE;
 422
 423   while (rawStream->Next()) {
 424
 425     Int_t iSector  = rawStream->GetSector();      //  current ROC
 426     Int_t iRow     = rawStream->GetRow();         //  current row
 427     Int_t iPad     = rawStream->GetPad();         //  current pad
 428     Int_t iTimeBin = rawStream->GetTime();        //  current time bin
 429     Float_t signal = rawStream->GetSignal();      //  current ADC signal
 430
 431     Update(iSector,iRow,iPad,iTimeBin,signal);
 432     withInput = kTRUE;
 433   }
 434
 435   return withInput;
 436 }
 437
 438
 439 //_____________________________________________________________________
 440 Bool_t AliTPCCalibPedestal::ProcessEvent(AliRawReader *rawReader)
 441 {
 442   //
 443   //  Event processing loop - AliRawReader
 444   //
 445
 446   // if fMapping is NULL the rawstream will crate its own mapping
 447   AliTPCRawStream rawStream(rawReader, (AliAltroMapping**)fMapping);
 448   rawReader->Select("TPC");
 449   return ProcessEvent(&rawStream);
 450 }
 451
 452
 453 //_____________________________________________________________________
 454 Bool_t AliTPCCalibPedestal::ProcessEvent(eventHeaderStruct *event)
 455 {
 456   //
 457   //  process date event
 458   //
 459
 460   AliRawReader *rawReader = new AliRawReaderDate((void*)event);
 461   Bool_t result=ProcessEvent(rawReader);
 462   delete rawReader;
 463   return result;
 464 }
 465
 466
 467 //_____________________________________________________________________
 468 Bool_t AliTPCCalibPedestal::TestEvent()
 469 {
 470   //
 471   //  Test event loop
 472   // fill one oroc and one iroc with random gaus
 473   //
 474
 475     gRandom->SetSeed(0);
 476
 477     for (UInt_t iSec=0; iSec<72; ++iSec){
 478         if (iSec%36>0) continue;
 479         for (UInt_t iRow=0; iRow < fROC->GetNRows(iSec); ++iRow){
 480             for (UInt_t iPad=0; iPad < fROC->GetNPads(iSec,iRow); ++iPad){
 481                 for (UInt_t iTimeBin=0; iTimeBin<1024; ++iTimeBin){
 482                     Float_t signal=(Int_t)(iRow+3+gRandom->Gaus(0,.7));
 483                     if ( signal>0 )Update(iSec,iRow,iPad,iTimeBin,signal);
 484                 }
 485             }
 486         }
 487     }
 488     return kTRUE;
 489 }
 490
 491
 492 //_____________________________________________________________________
 493 TH2F* AliTPCCalibPedestal::GetHisto(Int_t sector, TObjArray *arr,
 494                                     Int_t nbinsY, Float_t ymin, Float_t ymax,
 495                                     Char_t *type, Bool_t force)
 496 {
 497     //
 498     // return pointer to Q histogram
 499     // if force is true create a new histogram if it doesn't exist allready
 500     //
 501     if ( !force || arr->UncheckedAt(sector) )
 502         return (TH2F*)arr->UncheckedAt(sector);
 503
 504     // if we are forced and histogram doesn't yes exist create it
 505     Char_t name[255], title[255];
 506
 507     sprintf(name,"hCalib%s%.2d",type,sector);
 508     sprintf(title,"%s calibration histogram sector %.2d;ADC channel;Channel (pad)",type,sector);
 509
 510     // new histogram with Q calib information. One value for each pad!
 511     TH2F* hist = new TH2F(name,title,
 512                           nbinsY, ymin, ymax,
 513                           fROC->GetNChannels(sector),0,fROC->GetNChannels(sector)
 514                          );
 515     hist->SetDirectory(0);
 516     arr->AddAt(hist,sector);
 517     return hist;
 518 }
 519
 520
 521 //_____________________________________________________________________
 522 TH2F* AliTPCCalibPedestal::GetHistoPedestal(Int_t sector, Bool_t force)
 523 {
 524     //
 525     // return pointer to T0 histogram
 526     // if force is true create a new histogram if it doesn't exist allready
 527     //
 528     TObjArray *arr = &fHistoPedestalArray;
 529     return GetHisto(sector, arr, fAdcMax-fAdcMin, fAdcMin, fAdcMax, "Pedestal", force);
 530 }
 531
 532
 533 //_____________________________________________________________________
 534 AliTPCCalROC* AliTPCCalibPedestal::GetCalRoc(Int_t sector, TObjArray* arr, Bool_t force)
 535 {
 536     //
 537     // return pointer to ROC Calibration
 538     // if force is true create a new histogram if it doesn't exist allready
 539     //
 540     if ( !force || arr->UncheckedAt(sector) )
 541         return (AliTPCCalROC*)arr->UncheckedAt(sector);
 542
 543     // if we are forced and the histogram doesn't yet exist create it
 544
 545     // new AliTPCCalROC for T0 information. One value for each pad!
 546     AliTPCCalROC *croc = new AliTPCCalROC(sector);
 547     arr->AddAt(croc,sector);
 548     return croc;
 549 }
 550
 551
 552 //_____________________________________________________________________
 553 AliTPCCalROC* AliTPCCalibPedestal::GetCalRocPedestal(Int_t sector, Bool_t force)
 554 {
 555     //
 556     // return pointer to ROC with Pedestal data
 557     // if force is true create a new histogram if it doesn't exist allready
 558     //
 559     TObjArray *arr = &fCalRocArrayPedestal;
 560     return GetCalRoc(sector, arr, force);
 561 }
 562
 563
 564 //_____________________________________________________________________
 565 AliTPCCalROC* AliTPCCalibPedestal::GetCalRocSigma(Int_t sector, Bool_t force)
 566 {
 567     //
 568     // return pointer to  ROC with signal witdth in sigma
 569     // if force is true create a new histogram if it doesn't exist allready
 570     //
 571     TObjArray *arr = &fCalRocArraySigma;
 572     return GetCalRoc(sector, arr, force);
 573 }
 574 //_____________________________________________________________________
 575 AliTPCCalROC* AliTPCCalibPedestal::GetCalRocMean(Int_t sector, Bool_t force)
 576 {
 577   //
 578     // return pointer to ROC with signal mean information
 579     // if force is true create a new histogram if it doesn't exist allready
 580   //
 581   TObjArray *arr = &fCalRocArrayMean;
 582   return GetCalRoc(sector, arr, force);
 583 }
 584
 585 //_____________________________________________________________________
 586 AliTPCCalROC* AliTPCCalibPedestal::GetCalRocRMS(Int_t sector, Bool_t force)
 587 {
 588   //
 589     // return pointer to signal width ROC Calibration
 590     // if force is true create a new histogram if it doesn't exist allready
 591   //
 592   TObjArray *arr = &fCalRocArrayRMS;
 593   return GetCalRoc(sector, arr, force);
 594 }
 595
 596
 597 //_____________________________________________________________________
 598 void AliTPCCalibPedestal::Merge(AliTPCCalibPedestal *ped)
 599 {
 600   //
 601   //  Merge reference histograms of sig to the current AliTPCCalibSignal
 602   //
 603
 604   // merge histograms
 605   for (Int_t iSec=0; iSec<72; ++iSec){
 606     TH2F *hRefPedMerge   = ped->GetHistoPedestal(iSec);
 607
 608     if ( hRefPedMerge ){
 609       TDirectory *dir = hRefPedMerge->GetDirectory(); hRefPedMerge->SetDirectory(0);
 610       TH2F *hRefPed   = GetHistoPedestal(iSec);
 611       if ( hRefPed ) hRefPed->Add(hRefPedMerge);
 612       else {
 613         TH2F *hist = new TH2F(*hRefPedMerge);
 614         hist->SetDirectory(0);
 615         fHistoPedestalArray.AddAt(hist, iSec);
 616       }
 617       hRefPedMerge->SetDirectory(dir);
 618     }
 619   }
 620
 621   // merge array
 622   // ...
 623
 624 }
 625
 626
 627 //_____________________________________________________________________
 628 void AliTPCCalibPedestal::Analyse()
 629 {
 630   //
 631   //  Calculate calibration constants
 632   //
 633
 634   Int_t nbinsAdc = fAdcMax-fAdcMin;
 635
 636   TVectorD param(4);
 637   TMatrixD dummy(3,3);
 638
 639   TH1F *hChannel=new TH1F("hChannel","hChannel",nbinsAdc,fAdcMin,fAdcMax);
 640
 641   Float_t *array_hP=0;
 642
 643   for (Int_t iSec=0; iSec<72; ++iSec){
 644     TH2F *hP = GetHistoPedestal(iSec);
 645     if ( !hP ) continue;
 646
 647     AliTPCCalROC *rocPedestal = GetCalRocPedestal(iSec,kTRUE);
 648     AliTPCCalROC *rocSigma    = GetCalRocSigma(iSec,kTRUE);
 649     AliTPCCalROC *rocMean     = GetCalRocMean(iSec,kTRUE);
 650     AliTPCCalROC *rocRMS      = GetCalRocRMS(iSec,kTRUE);
 651
 652     array_hP = hP->GetArray();
 653     UInt_t nChannels = fROC->GetNChannels(iSec);
 654
 655     for (UInt_t iChannel=0; iChannel<nChannels; ++iChannel){
 656       Int_t offset = (nbinsAdc+2)*(iChannel+1)+1;
 657       //calculate mean and sigma using a gaus fit
 658       //Double_t ret =
 659       AliMathBase::FitGaus(array_hP+offset,nbinsAdc,fAdcMin,fAdcMax,&param,&dummy);
 660       // if the fitting failed set noise and pedestal to 0
 661       // is now done in AliMathBase::FitGaus !
 662 //       if ( ret == -4 ) {
 663 //      param[1]=0;
 664 //      param[2]=0;
 665 //       }
 666       rocPedestal->SetValue(iChannel,param[1]);
 667       rocSigma->SetValue(iChannel,param[2]);
 668       //calculate mean and RMS using a truncated means
 669       hChannel->Set(nbinsAdc+2,array_hP+offset-1);
 670       hChannel->SetEntries(param[3]);
 671       param[1]=0;
 672       param[2]=0;
 673       if ( param[3]>0 ) AliMathBase::TruncatedMean(hChannel,&param,fAnaMeanDown,fAnaMeanUp);
 674       rocMean->SetValue(iChannel,param[1]);
 675       rocRMS->SetValue(iChannel,param[2]);
 676     }
 677   }
 678   delete hChannel;
 679 }
 680
 681
 682 //_____________________________________________________________________
 683 void AliTPCCalibPedestal::AnalyseTime(Int_t nevents)
 684 {
 685   //
 686   // Calculate for each channel and time bin the mean pedestal. This
 687   // is used on LDC by TPCPEDESTALda to generate data used for configuration
 688   // of the pattern memory for baseline subtraction in the ALTROs.
 689   //
 690
 691   if ( nevents <= 0 ) return;
 692   if ( fTimeAnalysis ) {
 693     for (Int_t i = 0; i < 159; i++) {  // padrows
 694       for (Int_t j = 0; j < 140; j++) {  // pads per row
 695         for (Int_t k = 0; k < 1024; k++) {  // time bins per pad
 696           fTimeSignal[i][j].AddAt(fTimeSignal[i][j].At(k)/(Float_t)nevents, k);
 697         }
 698       }
 699     }
 700   }
 701 }
 702
 703
 704 //_____________________________________________________________________
 705 void AliTPCCalibPedestal::DumpToFile(const Char_t *filename, const Char_t *dir, Bool_t append)
 706 {
 707   //
 708   //  Write class to file
 709   //
 710
 711   TString sDir(dir);
 712   TString option;
 713
 714   if ( append )
 715     option = "update";
 716   else
 717     option = "recreate";
 718
 719   TDirectory *backup = gDirectory;
 720   TFile f(filename,option.Data());
 721   f.cd();
 722   if ( !sDir.IsNull() ){
 723     f.mkdir(sDir.Data());
 724     f.cd(sDir);
 725   }
 726   this->Write();
 727   f.Close();
 728
 729   if ( backup ) backup->cd();
 730 }