TPC/AliTPCCalibPedestal.cxx

   1 /**************************************************************************
   2  * Copyright(c) 1998-1999, ALICE Experiment at CERN, All rights reserved. *
   3  *                                                                        *
   4  * Author: The ALICE Off-line Project.                                    *
   5  * Contributors are mentioned in the code where appropriate.              *
   6  *                                                                        *
   7  * Permission to use, copy, modify and distribute this software and its   *
   8  * documentation strictly for non-commercial purposes is hereby granted   *
   9  * without fee, provided that the above copyright notice appears in all   *
  10  * copies and that both the copyright notice and this permission notice   *
  11  * appear in the supporting documentation. The authors make no claims     *
  12  * about the suitability of this software for any purpose. It is          *
  13  * provided "as is" without express or implied warranty.                  *
  14  **************************************************************************/
  15
  16
  17 /* $Id$ */
  18
  19
  20 //Root includes
  21 #include <TH1F.h>
  22 #include <TH2F.h>
  23 #include <TString.h>
  24 #include <TMath.h>
  25 #include <TF1.h>
  26 #include <TRandom.h>
  27 #include <TDirectory.h>
  28 #include <TFile.h>
  29 #include <TMap.h>
  30 //AliRoot includes
  31 #include "AliRawReader.h"
  32 #include "AliRawReaderRoot.h"
  33 #include "AliRawReaderDate.h"
  34 #include "AliTPCRawStream.h"
  35 #include "AliTPCCalROC.h"
  36 #include "AliTPCROC.h"
  37 #include "AliMathBase.h"
  38 #include "TTreeStream.h"
  39
  40 //date
  41 #include "event.h"
  42
  43 //header file
  44 #include "AliTPCCalibPedestal.h"
  45
  46
  47 ///////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
  48 //          Implementation of the TPC pedestal and noise calibration
  49 //
  50 //   Origin: Jens Wiechula, Marian Ivanov   J.Wiechula@gsi.de, Marian.Ivanov@cern.ch
  51 //
  52 //
  53 // *************************************************************************************
  54 // *                                Class Description                                  *
  55 // *************************************************************************************
  56 //
  57 // Working principle:
  58 // ------------------
  59 // Raw pedestal data is processed by calling one of the ProcessEvent(...) functions
  60 // (see below). These in the end call the Update(...) function, where the data is filled
  61 // into histograms.
  62 //
  63 // For each ROC one TH2F histo (ROC channel vs. ADC channel) is created when
  64 // it is filled for the first time (GetHistoPedestal(ROC,kTRUE)). All histos are stored in the
  65 // TObjArray fHistoPedestalArray.
  66 //
  67 // For a fast filling of the histogram the corresponding bin number of the channel and ADC channel
  68 // is computed by hand and the histogram array is accessed directly via its pointer.
  69 // ATTENTION: Doing so the the entry counter of the histogram is not increased
  70 //            this means that e.g. the colz draw option gives an empty plot unless
  71 //          calling 'histo->SetEntries(1)' before drawing.
  72 //
  73 // After accumulating the desired statistics the Analyse() function has to be called.
  74 // Whithin this function the pedestal and noise values are calculated for each pad, using
  75 // the fast gaus fit function  AliMathBase::FitGaus(...), and the calibration
  76 // storage classes (AliTPCCalROC) are filled for each ROC.
  77 // The calibration information is stored in the TObjArrays fCalRocArrayPedestal and fCalRocArrayRMS;
  78 //
  79 //
  80 //
  81 // User interface for filling data:
  82 // --------------------------------
  83 //
  84 // To Fill information one of the following functions can be used:
  85 //
  86 // Bool_t ProcessEvent(eventHeaderStruct *event);
  87 //   - process Date event
  88 //   - use AliTPCRawReaderDate and call ProcessEvent(AliRawReader *rawReader)
  89 //
  90 // Bool_t ProcessEvent(AliRawReader *rawReader);
  91 //  - process AliRawReader event
  92 //   - use AliTPCRawStream to loop over data and call ProcessEvent(AliTPCRawStream *rawStream)
  93 //
  94 // Bool_t ProcessEvent(AliTPCRawStream *rawStream);
  95 //   - process event from AliTPCRawStream
  96 //   - call Update function for signal filling
  97 //
  98 // Int_t Update(const Int_t isector, const Int_t iRow, const Int_t
  99 //              iPad,  const Int_t iTimeBin, const Float_t signal);
 100 //   - directly  fill signal information (sector, row, pad, time bin, pad)
 101 //     to the reference histograms
 102 //
 103 // It is also possible to merge two independently taken calibrations using the function
 104 //
 105 // void Merge(AliTPCCalibPedestal *ped)
 106 //   - copy histograms in 'ped' if the do not exist in this instance
 107 //   - Add histograms in 'ped' to the histograms in this instance if the allready exist
 108 //   - After merging call Analyse again!
 109 //
 110 //
 111 //
 112 // -- example: filling data using root raw data:
 113 // void fillPedestal(Char_t *filename)
 114 // {
 115 //    rawReader = new AliRawReaderRoot(fileName);
 116 //    if ( !rawReader ) return;
 117 //    AliTPCCalibPedestal *calib = new AliTPCCalibPedestal;
 118 //    while (rawReader->NextEvent()){
 119 //      calib->ProcessEvent(rawReader);
 120 //    }
 121 //    calib->Analyse();
 122 //    calib->DumpToFile("PedestalData.root");
 123 //    delete rawReader;
 124 //    delete calib;
 125 // }
 126 //
 127 //
 128 // What kind of information is stored and how to retrieve them:
 129 // ------------------------------------------------------------
 130 //
 131 // - Accessing the 'Reference Histograms' (pedestal distribution histograms):
 132 //
 133 // TH2F *GetHistoPedestal(Int_t sector);
 134 //
 135 // - Accessing the calibration storage objects:
 136 //
 137 // AliTPCCalROC *GetCalRocPedestal(Int_t sector);  - for the pedestal values, mean from gaus fit
 138 // AliTPCCalROC *GetCalRocSigma(Int_t sector);     - for the Noise values, sigma from guas fit
 139 // AliTPCCalROC *GetCalRocMean(Int_t sector);  - for the pedestal values, truncated mean
 140 // AliTPCCalROC *GetCalRocRMS(Int_t sector);     - for the Noise values, rms from truncated mean
 141 //
 142 // example for visualisation:
 143 // if the file "PedestalData.root" was created using the above example one could do the following:
 144 //
 145 // TFile filePedestal("PedestalData.root")
 146 // AliTPCCalibPedestal *ped = (AliTPCCalibPedestal*)filePedestal->Get("AliTPCCalibPedestal");
 147 // ped->GetCalRocPedestal(0)->Draw("colz");
 148 // ped->GetCalRocRMS(0)->Draw("colz");
 149 //
 150 // or use the AliTPCCalPad functionality:
 151 // AliTPCCalPad padPedestal(ped->GetCalPadPedestal());
 152 // AliTPCCalPad padNoise(ped->GetCalPadRMS());
 153 // padPedestal->MakeHisto2D()->Draw("colz");  //Draw A-Side Pedestal Information
 154 // padNoise->MakeHisto2D()->Draw("colz");  //Draw A-Side Noise Information
 155 //
 156 /*
 157  example: fill pedestal with gausschen noise
 158  AliTPCCalibPedestal ped;
 159  ped.TestEvent();
 160  ped.Analyse();
 161  //Draw output;
 162  TCanvas* c1 = new TCanvas;
 163  c1->Divide(1,2);
 164  c1->cd(1);
 165  ped.GetHistoPedestal(0)->SetEntries(1); //needed in order for colz to work, reason: fast filling does not increase the entries counter
 166  ped.GetHistoPedestal(0)->Draw("colz");
 167  c1->cd(2);
 168  ped.GetHistoPedestal(36)->SetEntries(1); //needed in order for colz to work, reason: fast filling does not increase the entries counter
 169  ped.GetHistoPedestal(36)->Draw("colz");
 170  TCanvas* c2 = new TCanvas;
 171  c2->Divide(2,2);
 172  c2->cd(1);
 173  ped.GetCalRocPedestal(0)->Draw("colz");
 174  c2->cd(2);
 175  ped.GetCalRocRMS(0)->Draw("colz");
 176  c2->cd(3);
 177  ped.GetCalRocPedestal(36)->Draw("colz");
 178  c2->cd(4);
 179  ped.GetCalRocRMS(36)->Draw("colz");
 180 */
 181 //
 182 // Time dependent pedestals:
 183 //
 184 // If wished there is the possibility to calculate for each channel and time bin
 185 // the mean pedestal [pedestals(t)]. This is done by
 186 //
 187 // 1) setting SetTimeAnalysis(kTRUE),
 188 // 2) processing the data by looping over the events using ProcessEvent(..)
 189 // 3) calling the Analyse() and AnalyseTime(nevents) functions (providing nevents)
 190 // 4) getting the pedestals(t) using   TArrayF **timePed = calibPedestal.GetTimePedestals();
 191 // 5) looking at values using   timePed[row][pad].At(timebin)
 192 //
 193 // This functionality is intended to be used on an LDC bu the detector algorithm
 194 // (TPCPEDESTALda) to generate a data set used for configuration of the pattern
 195 // memory for baseline subtraction in the ALTROs. Later the information should also
 196 // be stored as reference data.
 197 //
 198
 199
 200 ClassImp(AliTPCCalibPedestal)
 201
 202 AliTPCCalibPedestal::AliTPCCalibPedestal() :
 203   AliTPCCalibRawBase(),
 204   fAdcMin(1),
 205   fAdcMax(100),
 206   fAnaMeanDown(0.),
 207   fAnaMeanUp(1.),
 208   fTimeAnalysis(kFALSE),
 209   fCalRocArrayPedestal(72),
 210   fCalRocArraySigma(72),
 211   fHistoPedestalArray(72),
 212   fTimeSignal(NULL),
 213   fCalRocArrayMean(72),
 214   fCalRocArrayRMS(72)
 215 {
 216   //
 217   // default constructor
 218   //
 219   SetNameTitle("AliTPCCalibPedestal","AliTPCCalibPedestal");
 220   fFirstTimeBin=60;
 221   fLastTimeBin=1000;
 222 }
 223
 224
 225 //_____________________________________________________________________
 226 AliTPCCalibPedestal::AliTPCCalibPedestal(const AliTPCCalibPedestal &ped) :
 227   AliTPCCalibRawBase(ped),
 228   fAdcMin(ped.GetAdcMin()),
 229   fAdcMax(ped.GetAdcMax()),
 230   fAnaMeanDown(ped.fAnaMeanDown),
 231   fAnaMeanUp(ped.fAnaMeanUp),
 232   fTimeAnalysis(ped.fTimeAnalysis),
 233   fCalRocArrayPedestal(72),
 234   fCalRocArraySigma(72),
 235   fHistoPedestalArray(72),
 236   fTimeSignal(ped.fTimeSignal),
 237   fCalRocArrayMean(72),
 238   fCalRocArrayRMS(72)
 239 {
 240   //
 241   // copy constructor
 242   //
 243   for (Int_t iSec = 0; iSec < 72; ++iSec){
 244     const AliTPCCalROC *calPed = (AliTPCCalROC*)ped.fCalRocArrayPedestal.UncheckedAt(iSec);
 245     const AliTPCCalROC *calRMS = (AliTPCCalROC*)ped.fCalRocArrayRMS.UncheckedAt(iSec);
 246     const TH2F         *hPed   = (TH2F*)ped.fHistoPedestalArray.UncheckedAt(iSec);
 247
 248     if ( calPed != 0x0 ) fCalRocArrayPedestal.AddAt(new AliTPCCalROC(*calPed), iSec);
 249     if ( calRMS != 0x0 ) fCalRocArrayRMS.AddAt(new AliTPCCalROC(*calRMS), iSec);
 250
 251     if ( hPed != 0x0 ){
 252       TH2F *hNew = new TH2F(*hPed);
 253       hNew->SetDirectory(0);
 254       fHistoPedestalArray.AddAt(hNew,iSec);
 255     }
 256   }
 257 }
 258 AliTPCCalibPedestal::AliTPCCalibPedestal(const TMap *config):
 259   AliTPCCalibRawBase(),
 260   fAdcMin(1),
 261   fAdcMax(100),
 262   fAnaMeanDown(0.),
 263   fAnaMeanUp(1.),
 264   fTimeAnalysis(kFALSE),
 265   fCalRocArrayPedestal(72),
 266   fCalRocArraySigma(72),
 267   fHistoPedestalArray(72),
 268   fTimeSignal(NULL),
 269   fCalRocArrayMean(72),
 270   fCalRocArrayRMS(72)
 271 {
 272  //
 273  // This constructor uses a TMap for setting some parametes
 274  //
 275   SetNameTitle("AliTPCCalibPedestal","AliTPCCalibPedestal");
 276   fFirstTimeBin=60;
 277   fLastTimeBin=1000;
 278   if (config->GetValue("FirstTimeBin")) fFirstTimeBin = ((TObjString*)config->GetValue("FirstTimeBin"))->GetString().Atoi();
 279   if (config->GetValue("LastTimeBin"))  fLastTimeBin = ((TObjString*)config->GetValue("LastTimeBin"))->GetString().Atoi();
 280   if (config->GetValue("AdcMin"))       fAdcMin = ((TObjString*)config->GetValue("AdcMin"))->GetString().Atoi();
 281   if (config->GetValue("AdcMax"))       fAdcMax = ((TObjString*)config->GetValue("AdcMax"))->GetString().Atoi();
 282   if (config->GetValue("TimeAnalysis")) SetTimeAnalysis(((TObjString*)config->GetValue("TimeAnalysis"))->GetString().Atoi());
 283 }
 284
 285
 286 //_____________________________________________________________________
 287 AliTPCCalibPedestal& AliTPCCalibPedestal::operator = (const  AliTPCCalibPedestal &source)
 288 {
 289   //
 290   // assignment operator
 291   //
 292   if (&source == this) return *this;
 293   new (this) AliTPCCalibPedestal(source);
 294
 295   return *this;
 296 }
 297
 298
 299 //_____________________________________________________________________
 300 AliTPCCalibPedestal::~AliTPCCalibPedestal()
 301 {
 302   //
 303   // destructor
 304   //
 305
 306   fCalRocArrayPedestal.Delete();
 307   fCalRocArrayRMS.Delete();
 308   fCalRocArraySigma.Delete();
 309   fHistoPedestalArray.Delete();
 310
 311   if ( fTimeSignal ) {
 312     for (Int_t i = 0; i < 159; i++) {
 313       delete [] fTimeSignal[i];
 314       fTimeSignal[i] = 0;
 315     }
 316     delete [] fTimeSignal;
 317     fTimeSignal = 0;
 318   }
 319
 320   // do not delete fMapping, because we do not own it.
 321
 322 }
 323
 324
 325 //_____________________________________________________________________
 326 void AliTPCCalibPedestal::SetTimeAnalysis(Bool_t time)
 327 {
 328   //
 329   // Use time dependent analysis: Pedestals are analysed as a function
 330   // of the drift time. There is one mean value generated for each time
 331   // bin and each channel. It can be used as reference data and for
 332   // configuration of the ALTRO pattern memory for baseline subtraction.
 333   //
 334   // ATTENTION: Use only on LDC in TPCPEDESTALda! On a LDC we get data
 335   // only from one sector. For the full TPC we would need a lot of
 336   // memory (36*159*140*1024*4bytes = 3.3GB)!
 337   //
 338
 339   fTimeAnalysis = time;
 340
 341   if ( !fTimeAnalysis ) return;
 342
 343   // prepare array for one sector (159*140*1024*4bytes = 92MB):
 344   fTimeSignal = new TArrayF*[159];
 345   for (Int_t i = 0; i < 159; i++) {  // padrows
 346     fTimeSignal[i] = new TArrayF[140];
 347     for (Int_t j = 0; j < 140; j++) {  // pads per row
 348       fTimeSignal[i][j].Set(1024);
 349       for (Int_t k = 0; k < 1024; k++) {  // time bins per pad
 350         fTimeSignal[i][j].AddAt(0., k);
 351       }
 352     }
 353   }
 354 }
 355
 356
 357 //_____________________________________________________________________
 358 Int_t AliTPCCalibPedestal::Update(const Int_t icsector,
 359                                   const Int_t icRow,
 360                                   const Int_t icPad,
 361                                   const Int_t icTimeBin,
 362                                   const Float_t csignal)
 363 {
 364   //
 365   // Signal filling method
 366   //
 367   if (icRow<0) return 0;
 368   if (icPad<0) return 0;
 369   if (icTimeBin<0) return 0;
 370
 371   // Time dependent pedestals
 372   if ( fTimeAnalysis ) {
 373     if ( icsector < 36 ) // IROC
 374       fTimeSignal[icRow][icPad].AddAt(fTimeSignal[icRow][icPad].At(icTimeBin)+csignal, icTimeBin);
 375     else
 376       fTimeSignal[icRow+63][icPad].AddAt(fTimeSignal[icRow+63][icPad].At(icTimeBin)+csignal, icTimeBin);
 377   }
 378   //return if we are out of the specified time bin or adc range
 379   if ( (icTimeBin>fLastTimeBin) || (icTimeBin<fFirstTimeBin) ) return 0;
 380   if ( ((Int_t)csignal>fAdcMax) || ((Int_t)csignal<fAdcMin)  ) return 0;
 381
 382   Int_t iChannel  = fROC->GetRowIndexes(icsector)[icRow]+icPad; //  global pad position in sector
 383
 384   // fast filling method
 385   // Attention: the entry counter of the histogram is not increased
 386   //            this means that e.g. the colz draw option gives an empty plot
 387   Int_t bin = (iChannel+1)*(fAdcMax-fAdcMin+2)+((Int_t)csignal-fAdcMin+1);
 388
 389   GetHistoPedestal(icsector,kTRUE)->GetArray()[bin]++;
 390
 391   return 0;
 392 }
 393
 394
 395 //_____________________________________________________________________
 396 Bool_t AliTPCCalibPedestal::TestEvent()
 397 {
 398   //
 399   //  Test event loop
 400   // fill one oroc and one iroc with random gaus
 401   //
 402
 403   gRandom->SetSeed(0);
 404
 405   for (UInt_t iSec=0; iSec<72; ++iSec){
 406     if (iSec%36>0) continue;
 407     for (UInt_t iRow=0; iRow < fROC->GetNRows(iSec); ++iRow){
 408       for (UInt_t iPad=0; iPad < fROC->GetNPads(iSec,iRow); ++iPad){
 409         for (UInt_t iTimeBin=0; iTimeBin<1024; ++iTimeBin){
 410           Float_t signal=(Int_t)(iRow+3+gRandom->Gaus(0,.7));
 411           if ( signal>0 )Update(iSec,iRow,iPad,iTimeBin,signal);
 412         }
 413       }
 414     }
 415   }
 416   return kTRUE;
 417 }
 418
 419
 420 //_____________________________________________________________________
 421 TH2F* AliTPCCalibPedestal::GetHisto(Int_t sector, TObjArray *arr,
 422                                     Int_t nbinsY, Float_t ymin, Float_t ymax,
 423                                     const Char_t *type, Bool_t force)
 424 {
 425     //
 426     // return pointer to Q histogram
 427     // if force is true create a new histogram if it doesn't exist allready
 428     //
 429     if ( !force || arr->UncheckedAt(sector) )
 430       return (TH2F*)arr->UncheckedAt(sector);
 431
 432     // if we are forced and histogram doesn't yes exist create it
 433     // new histogram with Q calib information. One value for each pad!
 434     TH2F* hist = new TH2F(Form("hCalib%s%.2d",type,sector),
 435                           Form("%s calibration histogram sector %.2d;ADC channel;Channel (pad)",type,sector),
 436                           nbinsY, ymin, ymax,
 437                           fROC->GetNChannels(sector),0,fROC->GetNChannels(sector)
 438                          );
 439     hist->SetDirectory(0);
 440     arr->AddAt(hist,sector);
 441     return hist;
 442 }
 443
 444
 445 //_____________________________________________________________________
 446 TH2F* AliTPCCalibPedestal::GetHistoPedestal(Int_t sector, Bool_t force)
 447 {
 448     //
 449     // return pointer to T0 histogram
 450     // if force is true create a new histogram if it doesn't exist allready
 451     //
 452     TObjArray *arr = &fHistoPedestalArray;
 453     return GetHisto(sector, arr, fAdcMax-fAdcMin, fAdcMin, fAdcMax, "Pedestal", force);
 454 }
 455
 456
 457 //_____________________________________________________________________
 458 AliTPCCalROC* AliTPCCalibPedestal::GetCalRoc(Int_t sector, TObjArray* arr, Bool_t force)
 459 {
 460     //
 461     // return pointer to ROC Calibration
 462     // if force is true create a new histogram if it doesn't exist allready
 463     //
 464     if ( !force || arr->UncheckedAt(sector) )
 465         return (AliTPCCalROC*)arr->UncheckedAt(sector);
 466
 467     // if we are forced and the histogram doesn't yet exist create it
 468
 469     // new AliTPCCalROC for T0 information. One value for each pad!
 470     AliTPCCalROC *croc = new AliTPCCalROC(sector);
 471     arr->AddAt(croc,sector);
 472     return croc;
 473 }
 474
 475
 476 //_____________________________________________________________________
 477 AliTPCCalROC* AliTPCCalibPedestal::GetCalRocPedestal(Int_t sector, Bool_t force)
 478 {
 479     //
 480     // return pointer to ROC with Pedestal data
 481     // if force is true create a new histogram if it doesn't exist allready
 482     //
 483     TObjArray *arr = &fCalRocArrayPedestal;
 484     return GetCalRoc(sector, arr, force);
 485 }
 486
 487
 488 //_____________________________________________________________________
 489 AliTPCCalROC* AliTPCCalibPedestal::GetCalRocSigma(Int_t sector, Bool_t force)
 490 {
 491     //
 492     // return pointer to  ROC with signal witdth in sigma
 493     // if force is true create a new histogram if it doesn't exist allready
 494     //
 495     TObjArray *arr = &fCalRocArraySigma;
 496     return GetCalRoc(sector, arr, force);
 497 }
 498 //_____________________________________________________________________
 499 AliTPCCalROC* AliTPCCalibPedestal::GetCalRocMean(Int_t sector, Bool_t force)
 500 {
 501   //
 502     // return pointer to ROC with signal mean information
 503     // if force is true create a new histogram if it doesn't exist allready
 504   //
 505   TObjArray *arr = &fCalRocArrayMean;
 506   return GetCalRoc(sector, arr, force);
 507 }
 508
 509 //_____________________________________________________________________
 510 AliTPCCalROC* AliTPCCalibPedestal::GetCalRocRMS(Int_t sector, Bool_t force)
 511 {
 512   //
 513     // return pointer to signal width ROC Calibration
 514     // if force is true create a new histogram if it doesn't exist allready
 515   //
 516   TObjArray *arr = &fCalRocArrayRMS;
 517   return GetCalRoc(sector, arr, force);
 518 }
 519
 520
 521 //_____________________________________________________________________
 522 void AliTPCCalibPedestal::Merge(AliTPCCalibPedestal * const ped)
 523 {
 524   //
 525   //  Merge reference histograms of sig to the current AliTPCCalibSignal
 526   //
 527   MergeBase(ped);
 528   // merge histograms
 529   for (Int_t iSec=0; iSec<72; ++iSec){
 530     TH2F *hRefPedMerge   = ped->GetHistoPedestal(iSec);
 531
 532     if ( hRefPedMerge ){
 533       TDirectory *dir = hRefPedMerge->GetDirectory(); hRefPedMerge->SetDirectory(0);
 534       TH2F *hRefPed   = GetHistoPedestal(iSec);
 535       if ( hRefPed ) hRefPed->Add(hRefPedMerge);
 536       else {
 537         TH2F *hist = new TH2F(*hRefPedMerge);
 538         hist->SetDirectory(0);
 539         fHistoPedestalArray.AddAt(hist, iSec);
 540       }
 541       hRefPedMerge->SetDirectory(dir);
 542     }
 543   }
 544
 545   // merge array
 546   // ...
 547
 548 }
 549
 550 //_____________________________________________________________________
 551 Long64_t AliTPCCalibPedestal::Merge(TCollection * const list)
 552 {
 553   //
 554   // Merge all objects of this type in list
 555   //
 556
 557   Long64_t nmerged=1;
 558
 559   TIter next(list);
 560   AliTPCCalibPedestal *ce=0;
 561   TObject *o=0;
 562
 563   while ( (o=next()) ){
 564     ce=dynamic_cast<AliTPCCalibPedestal*>(o);
 565     if (ce){
 566       Merge(ce);
 567       ++nmerged;
 568     }
 569   }
 570
 571   return nmerged;
 572 }
 573
 574 //_____________________________________________________________________
 575 void AliTPCCalibPedestal::Analyse()
 576 {
 577   //
 578   //  Calculate calibration constants
 579   //
 580
 581   Int_t nbinsAdc = fAdcMax-fAdcMin;
 582
 583   TVectorD param(4);
 584   TMatrixD dummy(3,3);
 585
 586   TH1F *hChannel=new TH1F("hChannel","hChannel",nbinsAdc,fAdcMin,fAdcMax);
 587
 588   Float_t *arrayhP=0;
 589
 590   for (Int_t iSec=0; iSec<72; ++iSec){
 591     TH2F *hP = GetHistoPedestal(iSec);
 592     if ( !hP ) continue;
 593
 594     AliTPCCalROC *rocPedestal = GetCalRocPedestal(iSec,kTRUE);
 595     AliTPCCalROC *rocSigma    = GetCalRocSigma(iSec,kTRUE);
 596     AliTPCCalROC *rocMean     = GetCalRocMean(iSec,kTRUE);
 597     AliTPCCalROC *rocRMS      = GetCalRocRMS(iSec,kTRUE);
 598
 599     arrayhP = hP->GetArray();
 600     UInt_t nChannels = fROC->GetNChannels(iSec);
 601
 602     for (UInt_t iChannel=0; iChannel<nChannels; ++iChannel){
 603       Int_t offset = (nbinsAdc+2)*(iChannel+1)+1;
 604       //calculate mean and sigma using a gaus fit
 605       //Double_t ret =
 606       AliMathBase::FitGaus(arrayhP+offset,nbinsAdc,fAdcMin,fAdcMax,&param,&dummy);
 607       // if the fitting failed set noise and pedestal to 0
 608       // is now done in AliMathBase::FitGaus !
 609 //       if ( ret == -4 ) {
 610 //      param[1]=0;
 611 //      param[2]=0;
 612 //       }
 613       if ( param[1]<fAdcMin || param[1]>fAdcMax ){
 614         param[1]=0;
 615         param[2]=0;
 616       }
 617       rocPedestal->SetValue(iChannel,param[1]);
 618       rocSigma->SetValue(iChannel,param[2]);
 619       //calculate mean and RMS using a truncated means
 620       hChannel->Set(nbinsAdc+2,arrayhP+offset-1);
 621       hChannel->SetEntries(param[3]);
 622       param[1]=0;
 623       param[2]=0;
 624       if ( param[3]>0 ) AliMathBase::TruncatedMean(hChannel,&param,fAnaMeanDown,fAnaMeanUp);
 625       rocMean->SetValue(iChannel,param[1]);
 626       rocRMS->SetValue(iChannel,param[2]);
 627     }
 628   }
 629   delete hChannel;
 630 }
 631
 632
 633 //_____________________________________________________________________
 634 void AliTPCCalibPedestal::AnalyseTime(Int_t nevents)
 635 {
 636   //
 637   // Calculate for each channel and time bin the mean pedestal. This
 638   // is used on LDC by TPCPEDESTALda to generate data used for configuration
 639   // of the pattern memory for baseline subtraction in the ALTROs.
 640   //
 641
 642   if ( nevents <= 0 ) return;
 643   if ( fTimeAnalysis ) {
 644     for (Int_t i = 0; i < 159; i++) {  // padrows
 645       for (Int_t j = 0; j < 140; j++) {  // pads per row
 646         for (Int_t k = 0; k < 1024; k++) {  // time bins per pad
 647           fTimeSignal[i][j].AddAt(fTimeSignal[i][j].At(k)/(Float_t)nevents, k);
 648         }
 649       }
 650     }
 651   }
 652 }