TPC/AliTPCCalibPedestal.cxx

   1 /**************************************************************************
   2  * Copyright(c) 1998-1999, ALICE Experiment at CERN, All rights reserved. *
   3  *                                                                        *
   4  * Author: The ALICE Off-line Project.                                    *
   5  * Contributors are mentioned in the code where appropriate.              *
   6  *                                                                        *
   7  * Permission to use, copy, modify and distribute this software and its   *
   8  * documentation strictly for non-commercial purposes is hereby granted   *
   9  * without fee, provided that the above copyright notice appears in all   *
  10  * copies and that both the copyright notice and this permission notice   *
  11  * appear in the supporting documentation. The authors make no claims     *
  12  * about the suitability of this software for any purpose. It is          *
  13  * provided "as is" without express or implied warranty.                  *
  14  **************************************************************************/
  15
  16
  17 /* $Id$ */
  18
  19
  20 //Root includes
  21 #include <TH1F.h>
  22 #include <TH2F.h>
  23 #include <TString.h>
  24 #include <TMath.h>
  25 #include <TF1.h>
  26 #include <TRandom.h>
  27 #include <TDirectory.h>
  28 #include <TFile.h>
  29 //AliRoot includes
  30 #include "AliRawReader.h"
  31 #include "AliRawReaderRoot.h"
  32 #include "AliRawReaderDate.h"
  33 #include "AliTPCRawStream.h"
  34 #include "AliTPCCalROC.h"
  35 #include "AliTPCROC.h"
  36 #include "AliMathBase.h"
  37 #include "TTreeStream.h"
  38 #include "AliTPCRawStreamFast.h"
  39
  40 //date
  41 #include "event.h"
  42
  43 //header file
  44 #include "AliTPCCalibPedestal.h"
  45
  46
  47 ///////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
  48 //          Implementation of the TPC pedestal and noise calibration
  49 //
  50 //   Origin: Jens Wiechula, Marian Ivanov   J.Wiechula@gsi.de, Marian.Ivanov@cern.ch
  51 //
  52 //
  53 // *************************************************************************************
  54 // *                                Class Description                                  *
  55 // *************************************************************************************
  56 //
  57 // Working principle:
  58 // ------------------
  59 // Raw pedestal data is processed by calling one of the ProcessEvent(...) functions
  60 // (see below). These in the end call the Update(...) function, where the data is filled
  61 // into histograms.
  62 //
  63 // For each ROC one TH2F histo (ROC channel vs. ADC channel) is created when
  64 // it is filled for the first time (GetHistoPedestal(ROC,kTRUE)). All histos are stored in the
  65 // TObjArray fHistoPedestalArray.
  66 //
  67 // For a fast filling of the histogram the corresponding bin number of the channel and ADC channel
  68 // is computed by hand and the histogram array is accessed directly via its pointer.
  69 // ATTENTION: Doing so the the entry counter of the histogram is not increased
  70 //            this means that e.g. the colz draw option gives an empty plot unless
  71 //          calling 'histo->SetEntries(1)' before drawing.
  72 //
  73 // After accumulating the desired statistics the Analyse() function has to be called.
  74 // Whithin this function the pedestal and noise values are calculated for each pad, using
  75 // the fast gaus fit function  AliMathBase::FitGaus(...), and the calibration
  76 // storage classes (AliTPCCalROC) are filled for each ROC.
  77 // The calibration information is stored in the TObjArrays fCalRocArrayPedestal and fCalRocArrayRMS;
  78 //
  79 //
  80 //
  81 // User interface for filling data:
  82 // --------------------------------
  83 //
  84 // To Fill information one of the following functions can be used:
  85 //
  86 // Bool_t ProcessEvent(eventHeaderStruct *event);
  87 //   - process Date event
  88 //   - use AliTPCRawReaderDate and call ProcessEvent(AliRawReader *rawReader)
  89 //
  90 // Bool_t ProcessEvent(AliRawReader *rawReader);
  91 //  - process AliRawReader event
  92 //   - use AliTPCRawStream to loop over data and call ProcessEvent(AliTPCRawStream *rawStream)
  93 //
  94 // Bool_t ProcessEvent(AliTPCRawStream *rawStream);
  95 //   - process event from AliTPCRawStream
  96 //   - call Update function for signal filling
  97 //
  98 // Int_t Update(const Int_t isector, const Int_t iRow, const Int_t
  99 //              iPad,  const Int_t iTimeBin, const Float_t signal);
 100 //   - directly  fill signal information (sector, row, pad, time bin, pad)
 101 //     to the reference histograms
 102 //
 103 // It is also possible to merge two independently taken calibrations using the function
 104 //
 105 // void Merge(AliTPCCalibPedestal *ped)
 106 //   - copy histograms in 'ped' if the do not exist in this instance
 107 //   - Add histograms in 'ped' to the histograms in this instance if the allready exist
 108 //   - After merging call Analyse again!
 109 //
 110 //
 111 //
 112 // -- example: filling data using root raw data:
 113 // void fillPedestal(Char_t *filename)
 114 // {
 115 //    rawReader = new AliRawReaderRoot(fileName);
 116 //    if ( !rawReader ) return;
 117 //    AliTPCCalibPedestal *calib = new AliTPCCalibPedestal;
 118 //    while (rawReader->NextEvent()){
 119 //      calib->ProcessEvent(rawReader);
 120 //    }
 121 //    calib->Analyse();
 122 //    calib->DumpToFile("PedestalData.root");
 123 //    delete rawReader;
 124 //    delete calib;
 125 // }
 126 //
 127 //
 128 // What kind of information is stored and how to retrieve them:
 129 // ------------------------------------------------------------
 130 //
 131 // - Accessing the 'Reference Histograms' (pedestal distribution histograms):
 132 //
 133 // TH2F *GetHistoPedestal(Int_t sector);
 134 //
 135 // - Accessing the calibration storage objects:
 136 //
 137 // AliTPCCalROC *GetCalRocPedestal(Int_t sector);  - for the pedestal values, mean from gaus fit
 138 // AliTPCCalROC *GetCalRocSigma(Int_t sector);     - for the Noise values, sigma from guas fit
 139 // AliTPCCalROC *GetCalRocMean(Int_t sector);  - for the pedestal values, truncated mean
 140 // AliTPCCalROC *GetCalRocRMS(Int_t sector);     - for the Noise values, rms from truncated mean
 141 //
 142 // example for visualisation:
 143 // if the file "PedestalData.root" was created using the above example one could do the following:
 144 //
 145 // TFile filePedestal("PedestalData.root")
 146 // AliTPCCalibPedestal *ped = (AliTPCCalibPedestal*)filePedestal->Get("AliTPCCalibPedestal");
 147 // ped->GetCalRocPedestal(0)->Draw("colz");
 148 // ped->GetCalRocRMS(0)->Draw("colz");
 149 //
 150 // or use the AliTPCCalPad functionality:
 151 // AliTPCCalPad padPedestal(ped->GetCalPadPedestal());
 152 // AliTPCCalPad padNoise(ped->GetCalPadRMS());
 153 // padPedestal->MakeHisto2D()->Draw("colz");  //Draw A-Side Pedestal Information
 154 // padNoise->MakeHisto2D()->Draw("colz");  //Draw A-Side Noise Information
 155 //
 156 /*
 157  example: fill pedestal with gausschen noise
 158  AliTPCCalibPedestal ped;
 159  ped.TestEvent();
 160  ped.Analyse();
 161  //Draw output;
 162  TCanvas* c1 = new TCanvas;
 163  c1->Divide(1,2);
 164  c1->cd(1);
 165  ped.GetHistoPedestal(0)->SetEntries(1); //needed in order for colz to work, reason: fast filling does not increase the entries counter
 166  ped.GetHistoPedestal(0)->Draw("colz");
 167  c1->cd(2);
 168  ped.GetHistoPedestal(36)->SetEntries(1); //needed in order for colz to work, reason: fast filling does not increase the entries counter
 169  ped.GetHistoPedestal(36)->Draw("colz");
 170  TCanvas* c2 = new TCanvas;
 171  c2->Divide(2,2);
 172  c2->cd(1);
 173  ped.GetCalRocPedestal(0)->Draw("colz");
 174  c2->cd(2);
 175  ped.GetCalRocRMS(0)->Draw("colz");
 176  c2->cd(3);
 177  ped.GetCalRocPedestal(36)->Draw("colz");
 178  c2->cd(4);
 179  ped.GetCalRocRMS(36)->Draw("colz");
 180 */
 181 //
 182 // Time dependent pedestals:
 183 //
 184 // If wished there is the possibility to calculate for each channel and time bin
 185 // the mean pedestal [pedestals(t)]. This is done by
 186 //
 187 // 1) setting SetTimeAnalysis(kTRUE),
 188 // 2) processing the data by looping over the events using ProcessEvent(..)
 189 // 3) calling the Analyse() and AnalyseTime(nevents) functions (providing nevents)
 190 // 4) getting the pedestals(t) using   TArrayF **timePed = calibPedestal.GetTimePedestals();
 191 // 5) looking at values using   timePed[row][pad].At(timebin)
 192 //
 193 // This functionality is intended to be used on an LDC bu the detector algorithm
 194 // (TPCPEDESTALda) to generate a data set used for configuration of the pattern
 195 // memory for baseline subtraction in the ALTROs. Later the information should also
 196 // be stored as reference data.
 197 //
 198
 199
 200 ClassImp(AliTPCCalibPedestal)
 201
 202 AliTPCCalibPedestal::AliTPCCalibPedestal() :
 203   TObject(),
 204   fFirstTimeBin(60),
 205   fLastTimeBin(1000),
 206   fAdcMin(1),
 207   fAdcMax(100),
 208   fAnaMeanDown(0.),
 209   fAnaMeanUp(1.),
 210   fOldRCUformat(kTRUE),
 211   fTimeAnalysis(kFALSE),
 212   fROC(AliTPCROC::Instance()),
 213   fMapping(NULL),
 214   fCalRocArrayPedestal(72),
 215   fCalRocArraySigma(72),
 216   fHistoPedestalArray(72),
 217   fTimeSignal(NULL),
 218   fCalRocArrayMean(72),
 219   fCalRocArrayRMS(72)
 220 {
 221   //
 222   // default constructor
 223   //
 224 }
 225
 226
 227 //_____________________________________________________________________
 228 AliTPCCalibPedestal::AliTPCCalibPedestal(const AliTPCCalibPedestal &ped) :
 229   TObject(ped),
 230   fFirstTimeBin(ped.GetFirstTimeBin()),
 231   fLastTimeBin(ped.GetLastTimeBin()),
 232   fAdcMin(ped.GetAdcMin()),
 233   fAdcMax(ped.GetAdcMax()),
 234   fAnaMeanDown(ped.fAnaMeanDown),
 235   fAnaMeanUp(ped.fAnaMeanUp),
 236   fOldRCUformat(ped.fOldRCUformat),
 237   fTimeAnalysis(ped.fTimeAnalysis),
 238   fROC(AliTPCROC::Instance()),
 239   fMapping(NULL),
 240   fCalRocArrayPedestal(72),
 241   fCalRocArraySigma(72),
 242   fHistoPedestalArray(72),
 243   fTimeSignal(ped.fTimeSignal),
 244   fCalRocArrayMean(72),
 245   fCalRocArrayRMS(72)
 246 {
 247   //
 248   // copy constructor
 249   //
 250   for (Int_t iSec = 0; iSec < 72; ++iSec){
 251     const AliTPCCalROC *calPed = (AliTPCCalROC*)ped.fCalRocArrayPedestal.UncheckedAt(iSec);
 252     const AliTPCCalROC *calRMS = (AliTPCCalROC*)ped.fCalRocArrayRMS.UncheckedAt(iSec);
 253     const TH2F         *hPed   = (TH2F*)ped.fHistoPedestalArray.UncheckedAt(iSec);
 254
 255     if ( calPed != 0x0 ) fCalRocArrayPedestal.AddAt(new AliTPCCalROC(*calPed), iSec);
 256     if ( calRMS != 0x0 ) fCalRocArrayRMS.AddAt(new AliTPCCalROC(*calRMS), iSec);
 257
 258     if ( hPed != 0x0 ){
 259       TH2F *hNew = new TH2F(*hPed);
 260       hNew->SetDirectory(0);
 261       fHistoPedestalArray.AddAt(hNew,iSec);
 262     }
 263   }
 264 }
 265
 266
 267 //_____________________________________________________________________
 268 AliTPCCalibPedestal& AliTPCCalibPedestal::operator = (const  AliTPCCalibPedestal &source)
 269 {
 270   //
 271   // assignment operator
 272   //
 273   if (&source == this) return *this;
 274   new (this) AliTPCCalibPedestal(source);
 275
 276   return *this;
 277 }
 278
 279
 280 //_____________________________________________________________________
 281 AliTPCCalibPedestal::~AliTPCCalibPedestal()
 282 {
 283   //
 284   // destructor
 285   //
 286
 287   fCalRocArrayPedestal.Delete();
 288   fCalRocArrayRMS.Delete();
 289   fHistoPedestalArray.Delete();
 290
 291   if ( fTimeSignal ) {
 292     for (Int_t i = 0; i < 159; i++) {
 293       delete [] fTimeSignal[i];
 294       fTimeSignal[i] = 0;
 295     }
 296     delete [] fTimeSignal;
 297     fTimeSignal = 0;
 298   }
 299
 300   // do not delete fMapping, because we do not own it.
 301
 302 }
 303
 304
 305 //_____________________________________________________________________
 306 void AliTPCCalibPedestal::SetTimeAnalysis(Bool_t time)
 307 {
 308   //
 309   // Use time dependent analysis: Pedestals are analysed as a function
 310   // of the drift time. There is one mean value generated for each time
 311   // bin and each channel. It can be used as reference data and for
 312   // configuration of the ALTRO pattern memory for baseline subtraction.
 313   //
 314   // ATTENTION: Use only on LDC in TPCPEDESTALda! On a LDC we get data
 315   // only from one sector. For the full TPC we would need a lot of
 316   // memory (36*159*140*1024*4bytes = 3.3GB)!
 317   //
 318
 319   fTimeAnalysis = time;
 320
 321   if ( !fTimeAnalysis ) return;
 322
 323   // prepare array for one sector (159*140*1024*4bytes = 92MB):
 324   fTimeSignal = new TArrayF*[159];
 325   for (Int_t i = 0; i < 159; i++) {  // padrows
 326     fTimeSignal[i] = new TArrayF[140];
 327     for (Int_t j = 0; j < 140; j++) {  // pads per row
 328       fTimeSignal[i][j].Set(1024);
 329       for (Int_t k = 0; k < 1024; k++) {  // time bins per pad
 330         fTimeSignal[i][j].AddAt(0., k);
 331       }
 332     }
 333   }
 334 }
 335
 336
 337 //_____________________________________________________________________
 338 Int_t AliTPCCalibPedestal::Update(const Int_t icsector,
 339                                   const Int_t icRow,
 340                                   const Int_t icPad,
 341                                   const Int_t icTimeBin,
 342                                   const Float_t csignal)
 343 {
 344   //
 345   // Signal filling method
 346   //
 347   if (icRow<0) return 0;
 348   if (icPad<0) return 0;
 349   if (icTimeBin<0) return 0;
 350
 351   // Time dependent pedestals
 352   if ( fTimeAnalysis ) {
 353     if ( icsector < 36 ) // IROC
 354       fTimeSignal[icRow][icPad].AddAt(fTimeSignal[icRow][icPad].At(icTimeBin)+csignal, icTimeBin);
 355     else
 356       fTimeSignal[icRow+63][icPad].AddAt(fTimeSignal[icRow+63][icPad].At(icTimeBin)+csignal, icTimeBin);
 357   }
 358   //return if we are out of the specified time bin or adc range
 359   if ( (icTimeBin>fLastTimeBin) || (icTimeBin<fFirstTimeBin) ) return 0;
 360   if ( ((Int_t)csignal>fAdcMax) || ((Int_t)csignal<fAdcMin)  ) return 0;
 361
 362   Int_t iChannel  = fROC->GetRowIndexes(icsector)[icRow]+icPad; //  global pad position in sector
 363
 364   // fast filling method
 365   // Attention: the entry counter of the histogram is not increased
 366   //            this means that e.g. the colz draw option gives an empty plot
 367   Int_t bin = (iChannel+1)*(fAdcMax-fAdcMin+2)+((Int_t)csignal-fAdcMin+1);
 368
 369   GetHistoPedestal(icsector,kTRUE)->GetArray()[bin]++;
 370
 371   return 0;
 372 }
 373
 374
 375 //_____________________________________________________________________
 376 Bool_t AliTPCCalibPedestal::ProcessEventFast(AliTPCRawStreamFast *rawStreamFast)
 377 {
 378   //
 379   // Event Processing loop - AliTPCRawStream
 380   //
 381   Bool_t withInput = kFALSE;
 382
 383   while ( rawStreamFast->NextDDL() ){
 384       while ( rawStreamFast->NextChannel() ){
 385           Int_t isector  = rawStreamFast->GetSector();                       //  current sector
 386           Int_t iRow     = rawStreamFast->GetRow();                          //  current row
 387           Int_t iPad     = rawStreamFast->GetPad();                          //  current pad
 388
 389           while ( rawStreamFast->NextBunch() ){
 390             Int_t startTbin = (Int_t)rawStreamFast->GetStartTimeBin();
 391             Int_t endTbin = (Int_t)rawStreamFast->GetEndTimeBin();
 392             for (Int_t iTimeBin = startTbin; iTimeBin < endTbin; iTimeBin++){
 393                   Float_t signal=(Float_t)rawStreamFast->GetSignals()[iTimeBin-startTbin];
 394                   Update(isector,iRow,iPad,iTimeBin+1,signal);
 395                   withInput = kTRUE;
 396               }
 397           }
 398       }
 399   }
 400
 401   return withInput;
 402 }
 403 //_____________________________________________________________________
 404 Bool_t AliTPCCalibPedestal::ProcessEventFast(AliRawReader *rawReader)
 405 {
 406   //
 407   //  Event processing loop - AliRawReader
 408   //
 409   AliTPCRawStreamFast *rawStreamFast = new AliTPCRawStreamFast(rawReader, (AliAltroMapping**)fMapping);
 410   Bool_t res=ProcessEventFast(rawStreamFast);
 411   delete rawStreamFast;
 412   return res;
 413 }
 414
 415 //_____________________________________________________________________
 416 Bool_t AliTPCCalibPedestal::ProcessEvent(AliTPCRawStream *rawStream)
 417 {
 418   //
 419   // Event Processing loop - AliTPCRawStream
 420   //
 421
 422   rawStream->SetOldRCUFormat(fOldRCUformat);
 423
 424   Bool_t withInput = kFALSE;
 425
 426   while (rawStream->Next()) {
 427
 428     Int_t iSector  = rawStream->GetSector();      //  current ROC
 429     Int_t iRow     = rawStream->GetRow();         //  current row
 430     Int_t iPad     = rawStream->GetPad();         //  current pad
 431     Int_t iTimeBin = rawStream->GetTime();        //  current time bin
 432     Float_t signal = rawStream->GetSignal();      //  current ADC signal
 433
 434     Update(iSector,iRow,iPad,iTimeBin,signal);
 435     withInput = kTRUE;
 436   }
 437
 438   return withInput;
 439 }
 440
 441
 442 //_____________________________________________________________________
 443 Bool_t AliTPCCalibPedestal::ProcessEvent(AliRawReader *rawReader)
 444 {
 445   //
 446   //  Event processing loop - AliRawReader
 447   //
 448
 449   // if fMapping is NULL the rawstream will crate its own mapping
 450   AliTPCRawStream rawStream(rawReader, (AliAltroMapping**)fMapping);
 451   rawReader->Select("TPC");
 452   return ProcessEvent(&rawStream);
 453 }
 454
 455
 456 //_____________________________________________________________________
 457 Bool_t AliTPCCalibPedestal::ProcessEvent(eventHeaderStruct *event)
 458 {
 459   //
 460   //  process date event
 461   //
 462
 463   AliRawReader *rawReader = new AliRawReaderDate((void*)event);
 464   Bool_t result=ProcessEvent(rawReader);
 465   delete rawReader;
 466   return result;
 467 }
 468
 469
 470 //_____________________________________________________________________
 471 Bool_t AliTPCCalibPedestal::TestEvent()
 472 {
 473   //
 474   //  Test event loop
 475   // fill one oroc and one iroc with random gaus
 476   //
 477
 478     gRandom->SetSeed(0);
 479
 480     for (UInt_t iSec=0; iSec<72; ++iSec){
 481         if (iSec%36>0) continue;
 482         for (UInt_t iRow=0; iRow < fROC->GetNRows(iSec); ++iRow){
 483             for (UInt_t iPad=0; iPad < fROC->GetNPads(iSec,iRow); ++iPad){
 484                 for (UInt_t iTimeBin=0; iTimeBin<1024; ++iTimeBin){
 485                     Float_t signal=(Int_t)(iRow+3+gRandom->Gaus(0,.7));
 486                     if ( signal>0 )Update(iSec,iRow,iPad,iTimeBin,signal);
 487                 }
 488             }
 489         }
 490     }
 491     return kTRUE;
 492 }
 493
 494
 495 //_____________________________________________________________________
 496 TH2F* AliTPCCalibPedestal::GetHisto(Int_t sector, TObjArray *arr,
 497                                     Int_t nbinsY, Float_t ymin, Float_t ymax,
 498                                     Char_t *type, Bool_t force)
 499 {
 500     //
 501     // return pointer to Q histogram
 502     // if force is true create a new histogram if it doesn't exist allready
 503     //
 504     if ( !force || arr->UncheckedAt(sector) )
 505         return (TH2F*)arr->UncheckedAt(sector);
 506
 507     // if we are forced and histogram doesn't yes exist create it
 508     Char_t name[255], title[255];
 509
 510     sprintf(name,"hCalib%s%.2d",type,sector);
 511     sprintf(title,"%s calibration histogram sector %.2d;ADC channel;Channel (pad)",type,sector);
 512
 513     // new histogram with Q calib information. One value for each pad!
 514     TH2F* hist = new TH2F(name,title,
 515                           nbinsY, ymin, ymax,
 516                           fROC->GetNChannels(sector),0,fROC->GetNChannels(sector)
 517                          );
 518     hist->SetDirectory(0);
 519     arr->AddAt(hist,sector);
 520     return hist;
 521 }
 522
 523
 524 //_____________________________________________________________________
 525 TH2F* AliTPCCalibPedestal::GetHistoPedestal(Int_t sector, Bool_t force)
 526 {
 527     //
 528     // return pointer to T0 histogram
 529     // if force is true create a new histogram if it doesn't exist allready
 530     //
 531     TObjArray *arr = &fHistoPedestalArray;
 532     return GetHisto(sector, arr, fAdcMax-fAdcMin, fAdcMin, fAdcMax, "Pedestal", force);
 533 }
 534
 535
 536 //_____________________________________________________________________
 537 AliTPCCalROC* AliTPCCalibPedestal::GetCalRoc(Int_t sector, TObjArray* arr, Bool_t force)
 538 {
 539     //
 540     // return pointer to ROC Calibration
 541     // if force is true create a new histogram if it doesn't exist allready
 542     //
 543     if ( !force || arr->UncheckedAt(sector) )
 544         return (AliTPCCalROC*)arr->UncheckedAt(sector);
 545
 546     // if we are forced and the histogram doesn't yet exist create it
 547
 548     // new AliTPCCalROC for T0 information. One value for each pad!
 549     AliTPCCalROC *croc = new AliTPCCalROC(sector);
 550     arr->AddAt(croc,sector);
 551     return croc;
 552 }
 553
 554
 555 //_____________________________________________________________________
 556 AliTPCCalROC* AliTPCCalibPedestal::GetCalRocPedestal(Int_t sector, Bool_t force)
 557 {
 558     //
 559     // return pointer to ROC with Pedestal data
 560     // if force is true create a new histogram if it doesn't exist allready
 561     //
 562     TObjArray *arr = &fCalRocArrayPedestal;
 563     return GetCalRoc(sector, arr, force);
 564 }
 565
 566
 567 //_____________________________________________________________________
 568 AliTPCCalROC* AliTPCCalibPedestal::GetCalRocSigma(Int_t sector, Bool_t force)
 569 {
 570     //
 571     // return pointer to  ROC with signal witdth in sigma
 572     // if force is true create a new histogram if it doesn't exist allready
 573     //
 574     TObjArray *arr = &fCalRocArraySigma;
 575     return GetCalRoc(sector, arr, force);
 576 }
 577 //_____________________________________________________________________
 578 AliTPCCalROC* AliTPCCalibPedestal::GetCalRocMean(Int_t sector, Bool_t force)
 579 {
 580   //
 581     // return pointer to ROC with signal mean information
 582     // if force is true create a new histogram if it doesn't exist allready
 583   //
 584   TObjArray *arr = &fCalRocArrayMean;
 585   return GetCalRoc(sector, arr, force);
 586 }
 587
 588 //_____________________________________________________________________
 589 AliTPCCalROC* AliTPCCalibPedestal::GetCalRocRMS(Int_t sector, Bool_t force)
 590 {
 591   //
 592     // return pointer to signal width ROC Calibration
 593     // if force is true create a new histogram if it doesn't exist allready
 594   //
 595   TObjArray *arr = &fCalRocArrayRMS;
 596   return GetCalRoc(sector, arr, force);
 597 }
 598
 599
 600 //_____________________________________________________________________
 601 void AliTPCCalibPedestal::Merge(AliTPCCalibPedestal *ped)
 602 {
 603   //
 604   //  Merge reference histograms of sig to the current AliTPCCalibSignal
 605   //
 606
 607   // merge histograms
 608   for (Int_t iSec=0; iSec<72; ++iSec){
 609     TH2F *hRefPedMerge   = ped->GetHistoPedestal(iSec);
 610
 611     if ( hRefPedMerge ){
 612       TDirectory *dir = hRefPedMerge->GetDirectory(); hRefPedMerge->SetDirectory(0);
 613       TH2F *hRefPed   = GetHistoPedestal(iSec);
 614       if ( hRefPed ) hRefPed->Add(hRefPedMerge);
 615       else {
 616         TH2F *hist = new TH2F(*hRefPedMerge);
 617         hist->SetDirectory(0);
 618         fHistoPedestalArray.AddAt(hist, iSec);
 619       }
 620       hRefPedMerge->SetDirectory(dir);
 621     }
 622   }
 623
 624   // merge array
 625   // ...
 626
 627 }
 628
 629
 630 //_____________________________________________________________________
 631 void AliTPCCalibPedestal::Analyse()
 632 {
 633   //
 634   //  Calculate calibration constants
 635   //
 636
 637   Int_t nbinsAdc = fAdcMax-fAdcMin;
 638
 639   TVectorD param(4);
 640   TMatrixD dummy(3,3);
 641
 642   TH1F *hChannel=new TH1F("hChannel","hChannel",nbinsAdc,fAdcMin,fAdcMax);
 643
 644   Float_t *array_hP=0;
 645
 646   for (Int_t iSec=0; iSec<72; ++iSec){
 647     TH2F *hP = GetHistoPedestal(iSec);
 648     if ( !hP ) continue;
 649
 650     AliTPCCalROC *rocPedestal = GetCalRocPedestal(iSec,kTRUE);
 651     AliTPCCalROC *rocSigma    = GetCalRocSigma(iSec,kTRUE);
 652     AliTPCCalROC *rocMean     = GetCalRocMean(iSec,kTRUE);
 653     AliTPCCalROC *rocRMS      = GetCalRocRMS(iSec,kTRUE);
 654
 655     array_hP = hP->GetArray();
 656     UInt_t nChannels = fROC->GetNChannels(iSec);
 657
 658     for (UInt_t iChannel=0; iChannel<nChannels; ++iChannel){
 659       Int_t offset = (nbinsAdc+2)*(iChannel+1)+1;
 660       //calculate mean and sigma using a gaus fit
 661       Double_t ret = AliMathBase::FitGaus(array_hP+offset,nbinsAdc,fAdcMin,fAdcMax,&param,&dummy);
 662       // if the fitting failed set noise and pedestal to 0
 663       // is now done in AliMathBase::FitGaus !
 664 //       if ( ret == -4 ) {
 665 //      param[1]=0;
 666 //      param[2]=0;
 667 //       }
 668       rocPedestal->SetValue(iChannel,param[1]);
 669       rocSigma->SetValue(iChannel,param[2]);
 670       //calculate mean and RMS using a truncated means
 671       hChannel->Set(nbinsAdc+2,array_hP+offset-1);
 672       hChannel->SetEntries(param[3]);
 673       param[1]=0;
 674       param[2]=0;
 675       if ( param[3]>0 ) AliMathBase::TruncatedMean(hChannel,&param,fAnaMeanDown,fAnaMeanUp);
 676       rocMean->SetValue(iChannel,param[1]);
 677       rocRMS->SetValue(iChannel,param[2]);
 678     }
 679   }
 680   delete hChannel;
 681 }
 682
 683
 684 //_____________________________________________________________________
 685 void AliTPCCalibPedestal::AnalyseTime(Int_t nevents)
 686 {
 687   //
 688   // Calculate for each channel and time bin the mean pedestal. This
 689   // is used on LDC by TPCPEDESTALda to generate data used for configuration
 690   // of the pattern memory for baseline subtraction in the ALTROs.
 691   //
 692
 693   if ( nevents <= 0 ) return;
 694   if ( fTimeAnalysis ) {
 695     for (Int_t i = 0; i < 159; i++) {  // padrows
 696       for (Int_t j = 0; j < 140; j++) {  // pads per row
 697         for (Int_t k = 0; k < 1024; k++) {  // time bins per pad
 698           fTimeSignal[i][j].AddAt(fTimeSignal[i][j].At(k)/(Float_t)nevents, k);
 699         }
 700       }
 701     }
 702   }
 703 }
 704
 705
 706 //_____________________________________________________________________
 707 void AliTPCCalibPedestal::DumpToFile(const Char_t *filename, const Char_t *dir, Bool_t append)
 708 {
 709   //
 710   //  Write class to file
 711   //
 712
 713   TString sDir(dir);
 714   TString option;
 715
 716   if ( append )
 717     option = "update";
 718   else
 719     option = "recreate";
 720
 721   TDirectory *backup = gDirectory;
 722   TFile f(filename,option.Data());
 723   f.cd();
 724   if ( !sDir.IsNull() ){
 725     f.mkdir(sDir.Data());
 726     f.cd(sDir);
 727   }
 728   this->Write();
 729   f.Close();
 730
 731   if ( backup ) backup->cd();
 732 }