TPC/AliTPCCalibPulser.cxx

   1 /**************************************************************************
   2  * Copyright(c) 1998-1999, ALICE Experiment at CERN, All rights reserved. *
   3  *                                                                        *
   4  * Author: The ALICE Off-line Project.                                    *
   5  * Contributors are mentioned in the code where appropriate.              *
   6  *                                                                        *
   7  * Permission to use, copy, modify and distribute this software and its   *
   8  * documentation strictly for non-commercial purposes is hereby granted   *
   9  * without fee, provided that the above copyright notice appears in all   *
  10  * copies and that both the copyright notice and this permission notice   *
  11  * appear in the supporting documentation. The authors make no claims     *
  12  * about the suitability of this software for any purpose. It is          *
  13  * provided "as is" without express or implied warranty.                  *
  14  **************************************************************************/
  15
  16 /* $Id$ */
  17
  18 /////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
  19 //                                                                                     //
  20 //                  Implementation of the TPC pulser calibration                       //
  21 //                                                                                     //
  22 //   Origin: Jens Wiechula, Marian Ivanov   J.Wiechula@gsi.de, Marian.Ivanov@cern.ch   //
  23 //                                                                                     //
  24 /////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
  25 /***************************************************************************
  26  *                      Class Description                                  *
  27  ***************************************************************************
  28
  29  The AliTPCCalibPulser class is used to get calibration data concerning the FEE using
  30  runs performed with the calibration pulser.
  31
  32  The information retrieved is
  33  - Time0 differences
  34  - Signal width differences
  35  - Amplification variations
  36
  37  the seen differences arise from the manufacturing tolerances of the PASAs and are very small within
  38  one chip and somewhat large between different chips.
  39
  40  Histograms:
  41    For each ROC three TH2S histos 'Reference Histograms'  (ROC channel vs. [Time0, signal width, Q sum]) is created when
  42    it is filled for the first time (GetHisto[T0,RMS,Q](ROC,kTRUE)). The histos are stored in the
  43    TObjArrays fHistoT0Array, fHistoRMSArray and fHistoQArray.
  44
  45
  46  Working principle:
  47  ------------------
  48  Raw calibration pulser data is processed by calling one of the ProcessEvent(...) functions
  49  (see below). These in the end call the Update(...) function.
  50
  51  - the Update(...) function:
  52    In this function the array fPadSignal is filled with the adc signals between the specified range
  53    fFirstTimeBin and fLastTimeBin for the current pad.
  54    before going to the next pad the ProcessPad() function is called, which analyses the data for one pad
  55    stored in fPadSignal.
  56
  57    - the ProcessPad() function:
  58      Find Pedestal and Noise information
  59      - use database information which has to be set by calling
  60        SetPedestalDatabase(AliTPCCalPad *pedestalTPC, AliTPCCalPad *padNoiseTPC)
  61      - if no information from the pedestal data base
  62        is available the informaion is calculated on the fly ( see FindPedestal() function )
  63
  64      Find the Pulser signal information
  65      - calculate  mean = T0, RMS = signal width and Q sum in a range of -2+7 timebins around Q max
  66        the Q sum is scaled by pad area
  67        (see FindPulserSignal(...) function)
  68
  69      Fill a temprary array for the T0 information (GetPadTimesEvent(fCurrentSector,kTRUE)) (why see below)
  70      Fill the Q sum and RMS values in the histograms (GetHisto[RMS,Q](ROC,kTRUE)),
  71
  72  At the end of each event the EndEvent() function is called
  73
  74  - the EndEvent() function:
  75    calculate the mean T0 for each ROC and fill the Time0 histogram with Time0-<Time0 for ROC>
  76    This is done to overcome syncronisation problems between the trigger and the fec clock.
  77
  78  After accumulating the desired statistics the Analyse() function has to be called.
  79  - the Analyse() function
  80    Whithin this function the mean values of T0, RMS, Q are calculated for each pad, using
  81    the AliMathBase::GetCOG(...) function, and the calibration
  82    storage classes (AliTPCCalROC) are filled for each ROC.
  83    The calibration information is stored in the TObjArrays fCalRocArrayT0, fCalRocArrayRMS and
  84    fCalRocArrayQ;
  85
  86
  87
  88  User interface for filling data:
  89  --------------------------------
  90
  91  To Fill information one of the following functions can be used:
  92
  93  Bool_t ProcessEvent(eventHeaderStruct *event);
  94    - process Date event
  95    - use AliTPCRawReaderDate and call ProcessEvent(AliRawReader *rawReader)
  96
  97  Bool_t ProcessEvent(AliRawReader *rawReader);
  98    - process AliRawReader event
  99    - use AliTPCRawStream to loop over data and call ProcessEvent(AliTPCRawStream *rawStream)
 100
 101  Bool_t ProcessEvent(AliTPCRawStream *rawStream);
 102    - process event from AliTPCRawStream
 103    - call Update function for signal filling
 104
 105  Int_t Update(const Int_t isector, const Int_t iRow, const Int_t
 106               iPad,  const Int_t iTimeBin, const Float_t signal);
 107    - directly  fill signal information (sector, row, pad, time bin, pad)
 108      to the reference histograms
 109
 110  It is also possible to merge two independently taken calibrations using the function
 111
 112  void Merge(AliTPCCalibPulser *sig)
 113    - copy histograms in 'sig' if the do not exist in this instance
 114    - Add histograms in 'sig' to the histograms in this instance if the allready exist
 115    - After merging call Analyse again!
 116
 117
 118
 119  -- example: filling data using root raw data:
 120  void fillSignal(Char_t *filename)
 121  {
 122     rawReader = new AliRawReaderRoot(fileName);
 123     if ( !rawReader ) return;
 124     AliTPCCalibPulser *calib = new AliTPCCalibPulser;
 125     while (rawReader->NextEvent()){
 126       calib->ProcessEvent(rawReader);
 127     }
 128     calib->Analyse();
 129     calib->DumpToFile("SignalData.root");
 130     delete rawReader;
 131     delete calib;
 132  }
 133
 134
 135  What kind of information is stored and how to retrieve them:
 136  ------------------------------------------------------------
 137
 138  - Accessing the 'Reference Histograms' (Time0, signal width and Q sum information pad by pad):
 139
 140    TH2F *GetHistoT0(Int_t sector);
 141    TH2F *GetHistoRMS(Int_t sector);
 142    TH2F *GetHistoQ(Int_t sector);
 143
 144  - Accessing the calibration storage objects:
 145
 146    AliTPCCalROC *GetCalRocT0(Int_t sector);   // for the Time0 values
 147    AliTPCCalROC *GetCalRocRMS(Int_t sector);  // for the signal width values
 148    AliTPCCalROC *GetCalRocQ(Int_t sector);    // for the Q sum values
 149
 150    example for visualisation:
 151    if the file "SignalData.root" was created using the above example one could do the following:
 152
 153    TFile fileSignal("SignalData.root")
 154    AliTPCCalibPulser *sig = (AliTPCCalibPulser*)fileSignal->Get("AliTPCCalibPulser");
 155    sig->GetCalRocT0(0)->Draw("colz");
 156    sig->GetCalRocRMS(0)->Draw("colz");
 157
 158    or use the AliTPCCalPad functionality:
 159    AliTPCCalPad padT0(ped->GetCalPadT0());
 160    AliTPCCalPad padSigWidth(ped->GetCalPadRMS());
 161    padT0->MakeHisto2D()->Draw("colz");       //Draw A-Side Time0 Information
 162    padSigWidth->MakeHisto2D()->Draw("colz"); //Draw A-Side signal width Information
 163 */
 164
 165
 166 //Root includes
 167 #include <TObjArray.h>
 168 #include <TH1F.h>
 169 #include <TH2F.h>
 170 #include <TH2S.h>
 171 #include <TString.h>
 172 #include <TVectorF.h>
 173 #include <TMath.h>
 174 #include <TMap.h>
 175 #include <TDirectory.h>
 176 #include <TSystem.h>
 177 #include <TROOT.h>
 178 #include <TFile.h>
 179
 180 //AliRoot includes
 181 #include "AliRawReader.h"
 182 #include "AliRawReaderRoot.h"
 183 #include "AliRawReaderDate.h"
 184 #include "AliTPCRawStream.h"
 185 #include "AliTPCRawStreamFast.h"
 186 #include "AliTPCCalROC.h"
 187 #include "AliTPCCalPad.h"
 188 #include "AliTPCROC.h"
 189 #include "AliTPCParam.h"
 190 #include "AliTPCCalibPulser.h"
 191 #include "AliTPCcalibDB.h"
 192 #include "AliMathBase.h"
 193 #include "AliLog.h"
 194 #include "TTreeStream.h"
 195
 196 //date
 197 #include "event.h"
 198
 199
 200
 201
 202 ClassImp(AliTPCCalibPulser)
 203
 204 AliTPCCalibPulser::AliTPCCalibPulser() :
 205 AliTPCCalibRawBase(),
 206 fNbinsT0(200),
 207 fXminT0(-2),
 208 fXmaxT0(2),
 209 fNbinsQ(200),
 210 fXminQ(10),
 211 fXmaxQ(40),
 212 fNbinsRMS(100),
 213 fXminRMS(0.1),
 214 fXmaxRMS(5.1),
 215 fPeakIntMinus(2),
 216 fPeakIntPlus(2),
 217 fIsZeroSuppressed(kFALSE),
 218 fLastSector(-1),
 219 fParam(new AliTPCParam),
 220 fPedestalTPC(0x0),
 221 fPadNoiseTPC(0x0),
 222 fOutliers(0x0),
 223 fPedestalROC(0x0),
 224 fPadNoiseROC(0x0),
 225 fCalRocArrayT0(72),
 226 fCalRocArrayQ(72),
 227 fCalRocArrayRMS(72),
 228 fCalRocArrayOutliers(72),
 229 fHistoQArray(72),
 230 fHistoT0Array(72),
 231 fHistoRMSArray(72),
 232 fHMeanTimeSector(0x0),
 233 fVMeanTimeSector(72),
 234 fPadTimesArrayEvent(72),
 235 fPadQArrayEvent(72),
 236 fPadRMSArrayEvent(72),
 237 fPadPedestalArrayEvent(72),
 238 fCurrentChannel(-1),
 239 fCurrentSector(-1),
 240 fCurrentRow(-1),
 241 fCurrentPad(-1),
 242 fMaxPadSignal(-1),
 243 fMaxTimeBin(-1),
 244 fPadSignal(1024),
 245 fPadPedestal(0),
 246 fPadNoise(0),
 247 fVTime0Offset(72),
 248 fVTime0OffsetCounter(72)
 249 {
 250   //
 251   // AliTPCSignal default constructor
 252   //
 253   SetNameTitle("AliTPCCalibPulser","AliTPCCalibPulser");
 254   fFirstTimeBin=60;
 255   fLastTimeBin=900;
 256   fParam->Update();
 257 }
 258 //_____________________________________________________________________
 259 AliTPCCalibPulser::AliTPCCalibPulser(const AliTPCCalibPulser &sig) :
 260 AliTPCCalibRawBase(sig),
 261 fNbinsT0(sig.fNbinsT0),
 262 fXminT0(sig.fXminT0),
 263 fXmaxT0(sig.fXmaxT0),
 264 fNbinsQ(sig.fNbinsQ),
 265 fXminQ(sig.fXminQ),
 266 fXmaxQ(sig.fXmaxQ),
 267 fNbinsRMS(sig.fNbinsRMS),
 268 fXminRMS(sig.fXminRMS),
 269 fXmaxRMS(sig.fXmaxRMS),
 270 fPeakIntMinus(sig.fPeakIntMinus),
 271 fPeakIntPlus(sig.fPeakIntPlus),
 272 fIsZeroSuppressed(sig.fIsZeroSuppressed),
 273 fLastSector(-1),
 274 fParam(new AliTPCParam),
 275 fPedestalTPC(0x0),
 276 fPadNoiseTPC(0x0),
 277 fOutliers(0x0),
 278 fPedestalROC(0x0),
 279 fPadNoiseROC(0x0),
 280 fCalRocArrayT0(72),
 281 fCalRocArrayQ(72),
 282 fCalRocArrayRMS(72),
 283 fCalRocArrayOutliers(72),
 284 fHistoQArray(72),
 285 fHistoT0Array(72),
 286 fHistoRMSArray(72),
 287 fHMeanTimeSector(0x0),
 288 fVMeanTimeSector(72),
 289 fPadTimesArrayEvent(72),
 290 fPadQArrayEvent(72),
 291 fPadRMSArrayEvent(72),
 292 fPadPedestalArrayEvent(72),
 293 fCurrentChannel(-1),
 294 fCurrentSector(-1),
 295 fCurrentRow(-1),
 296 fCurrentPad(-1),
 297 fMaxPadSignal(-1),
 298 fMaxTimeBin(-1),
 299 fPadSignal(1024),
 300 fPadPedestal(0),
 301 fPadNoise(0),
 302 fVTime0Offset(72),
 303 fVTime0OffsetCounter(72)
 304 {
 305   //
 306   // AliTPCSignal default constructor
 307   //
 308
 309   for (Int_t iSec = 0; iSec < 72; ++iSec){
 310     const AliTPCCalROC *calQ   = (AliTPCCalROC*)sig.fCalRocArrayQ.UncheckedAt(iSec);
 311     const AliTPCCalROC *calT0  = (AliTPCCalROC*)sig.fCalRocArrayT0.UncheckedAt(iSec);
 312     const AliTPCCalROC *calRMS = (AliTPCCalROC*)sig.fCalRocArrayRMS.UncheckedAt(iSec);
 313     const AliTPCCalROC *calOut = (AliTPCCalROC*)sig.fCalRocArrayOutliers.UncheckedAt(iSec);
 314
 315     const TH2S *hQ   = (TH2S*)sig.fHistoQArray.UncheckedAt(iSec);
 316     const TH2S *hT0  = (TH2S*)sig.fHistoT0Array.UncheckedAt(iSec);
 317     const TH2S *hRMS = (TH2S*)sig.fHistoRMSArray.UncheckedAt(iSec);
 318
 319     if ( calQ   != 0x0 ) fCalRocArrayQ.AddAt(new AliTPCCalROC(*calQ), iSec);
 320     if ( calT0  != 0x0 ) fCalRocArrayT0.AddAt(new AliTPCCalROC(*calT0), iSec);
 321     if ( calRMS != 0x0 ) fCalRocArrayRMS.AddAt(new AliTPCCalROC(*calRMS), iSec);
 322     if ( calOut != 0x0 ) fCalRocArrayOutliers.AddAt(new AliTPCCalROC(*calOut), iSec);
 323
 324     if ( hQ != 0x0 ){
 325       TH2S *hNew = new TH2S(*hQ);
 326       hNew->SetDirectory(0);
 327       fHistoQArray.AddAt(hNew,iSec);
 328     }
 329     if ( hT0 != 0x0 ){
 330       TH2S *hNew = new TH2S(*hT0);
 331       hNew->SetDirectory(0);
 332       fHistoQArray.AddAt(hNew,iSec);
 333     }
 334     if ( hRMS != 0x0 ){
 335       TH2S *hNew = new TH2S(*hRMS);
 336       hNew->SetDirectory(0);
 337       fHistoQArray.AddAt(hNew,iSec);
 338     }
 339     fVMeanTimeSector[iSec]=sig.fVMeanTimeSector[iSec];
 340   }
 341
 342   if ( sig.fHMeanTimeSector ) fHMeanTimeSector=(TH2F*)sig.fHMeanTimeSector->Clone();
 343   fParam->Update();
 344 }
 345 AliTPCCalibPulser::AliTPCCalibPulser(const TMap *config) :
 346 AliTPCCalibRawBase(),
 347 fNbinsT0(200),
 348 fXminT0(-2),
 349 fXmaxT0(2),
 350 fNbinsQ(200),
 351 fXminQ(10),
 352 fXmaxQ(40),
 353 fNbinsRMS(100),
 354 fXminRMS(0.1),
 355 fXmaxRMS(5.1),
 356 fPeakIntMinus(2),
 357 fPeakIntPlus(2),
 358 fIsZeroSuppressed(kFALSE),
 359 fLastSector(-1),
 360 fParam(new  AliTPCParam),
 361 fPedestalTPC(0x0),
 362 fPadNoiseTPC(0x0),
 363 fOutliers(0x0),
 364 fPedestalROC(0x0),
 365 fPadNoiseROC(0x0),
 366 fCalRocArrayT0(72),
 367 fCalRocArrayQ(72),
 368 fCalRocArrayRMS(72),
 369 fCalRocArrayOutliers(72),
 370 fHistoQArray(72),
 371 fHistoT0Array(72),
 372 fHistoRMSArray(72),
 373 fHMeanTimeSector(0x0),
 374 fVMeanTimeSector(72),
 375 fPadTimesArrayEvent(72),
 376 fPadQArrayEvent(72),
 377 fPadRMSArrayEvent(72),
 378 fPadPedestalArrayEvent(72),
 379 fCurrentChannel(-1),
 380 fCurrentSector(-1),
 381 fCurrentRow(-1),
 382 fCurrentPad(-1),
 383 fMaxPadSignal(-1),
 384 fMaxTimeBin(-1),
 385 fPadSignal(1024),
 386 fPadPedestal(0),
 387 fPadNoise(0),
 388 fVTime0Offset(72),
 389 fVTime0OffsetCounter(72)
 390 {
 391   //
 392   // This constructor uses a TMap for setting some parametes
 393   //
 394   SetNameTitle("AliTPCCalibPulser","AliTPCCalibPulser");
 395   fFirstTimeBin=60;
 396   fLastTimeBin=900;
 397   if (config->GetValue("FirstTimeBin")) fFirstTimeBin = ((TObjString*)config->GetValue("FirstTimeBin"))->GetString().Atoi();
 398   if (config->GetValue("LastTimeBin")) fLastTimeBin = ((TObjString*)config->GetValue("LastTimeBin"))->GetString().Atoi();
 399   if (config->GetValue("NbinsT0")) fNbinsT0 = ((TObjString*)config->GetValue("NbinsT0"))->GetString().Atoi();
 400   if (config->GetValue("XminT0")) fXminT0 = ((TObjString*)config->GetValue("XminT0"))->GetString().Atof();
 401   if (config->GetValue("XmaxT0")) fXmaxT0 = ((TObjString*)config->GetValue("XmaxT0"))->GetString().Atof();
 402   if (config->GetValue("NbinsQ")) fNbinsQ = ((TObjString*)config->GetValue("NbinsQ"))->GetString().Atoi();
 403   if (config->GetValue("XminQ")) fXminQ = ((TObjString*)config->GetValue("XminQ"))->GetString().Atof();
 404   if (config->GetValue("XmaxQ")) fXmaxQ = ((TObjString*)config->GetValue("XmaxQ"))->GetString().Atof();
 405   if (config->GetValue("NbinsRMS")) fNbinsRMS = ((TObjString*)config->GetValue("NbinsRMS"))->GetString().Atoi();
 406   if (config->GetValue("XminRMS")) fXminRMS = ((TObjString*)config->GetValue("XminRMS"))->GetString().Atof();
 407   if (config->GetValue("XmaxRMS")) fXmaxRMS = ((TObjString*)config->GetValue("XmaxRMS"))->GetString().Atof();
 408   if (config->GetValue("PeakIntMinus")) fPeakIntMinus = (Int_t)((TObjString*)config->GetValue("PeakIntMinus"))->GetString().Atof();
 409   if (config->GetValue("PeakIntPlus")) fPeakIntPlus = (Int_t)((TObjString*)config->GetValue("PeakIntPlus"))->GetString().Atof();
 410   if (config->GetValue("IsZeroSuppressed")) fIsZeroSuppressed = (Bool_t)((TObjString*)config->GetValue("IsZeroSuppressed"))->GetString().Atoi();
 411
 412   fParam->Update();
 413 }
 414 //_____________________________________________________________________
 415 AliTPCCalibPulser& AliTPCCalibPulser::operator = (const  AliTPCCalibPulser &source)
 416 {
 417   //
 418   // assignment operator
 419   //
 420   if (&source == this) return *this;
 421   new (this) AliTPCCalibPulser(source);
 422
 423   return *this;
 424 }
 425 //_____________________________________________________________________
 426 AliTPCCalibPulser::~AliTPCCalibPulser()
 427 {
 428   //
 429   // destructor
 430   //
 431
 432   Reset();
 433   delete fParam;
 434 }
 435 void AliTPCCalibPulser::Reset()
 436 {
 437   //
 438   // Delete all information: Arrays, Histograms, CalRoc objects
 439   //
 440   fCalRocArrayT0.Delete();
 441   fCalRocArrayQ.Delete();
 442   fCalRocArrayRMS.Delete();
 443   fCalRocArrayOutliers.Delete();
 444
 445   fHistoQArray.Delete();
 446   fHistoT0Array.Delete();
 447   fHistoRMSArray.Delete();
 448
 449   fPadTimesArrayEvent.Delete();
 450   fPadQArrayEvent.Delete();
 451   fPadRMSArrayEvent.Delete();
 452   fPadPedestalArrayEvent.Delete();
 453
 454   if (fHMeanTimeSector) delete fHMeanTimeSector;
 455 }
 456 //_____________________________________________________________________
 457 Int_t AliTPCCalibPulser::Update(const Int_t icsector,
 458                                 const Int_t icRow,
 459                                 const Int_t icPad,
 460                                 const Int_t icTimeBin,
 461                                 const Float_t csignal)
 462 {
 463     //
 464     // Signal filling methode on the fly pedestal and time offset correction if necessary.
 465     // no extra analysis necessary. Assumes knowledge of the signal shape!
 466     // assumes that it is looped over consecutive time bins of one pad
 467     //
 468
 469   if (icRow<0) return 0;
 470   if (icPad<0) return 0;
 471   if (icTimeBin<0) return 0;
 472   if ( (icTimeBin>fLastTimeBin) || (icTimeBin<fFirstTimeBin)   ) return 0;
 473
 474   if ( icRow<0 || icPad<0 ){
 475     AliWarning("Wrong Pad or Row number, skipping!");
 476     return 0;
 477   }
 478
 479   Int_t iChannel  = fROC->GetRowIndexes(icsector)[icRow]+icPad; //  global pad position in sector
 480
 481     //init first pad and sector in this event
 482   if ( fCurrentChannel == -1 ) {
 483     fCurrentChannel = iChannel;
 484     fCurrentSector  = icsector;
 485     fCurrentRow     = icRow;
 486     fCurrentPad     = icPad;
 487   }
 488
 489     //process last pad if we change to a new one
 490   if ( iChannel != fCurrentChannel ){
 491     ProcessPad();
 492     fLastSector=fCurrentSector;
 493     fCurrentChannel = iChannel;
 494     fCurrentSector  = icsector;
 495     fCurrentRow     = icRow;
 496     fCurrentPad     = icPad;
 497   }
 498
 499     //fill signals for current pad
 500   fPadSignal[icTimeBin]=csignal;
 501   if ( csignal > fMaxPadSignal ){
 502     fMaxPadSignal = csignal;
 503     fMaxTimeBin   = icTimeBin;
 504   }
 505   return 0;
 506 }
 507 //_____________________________________________________________________
 508 void AliTPCCalibPulser::FindPedestal(Float_t part)
 509 {
 510     //
 511     // find pedestal and noise for the current pad. Use either database or
 512     // truncated mean with part*100%
 513     //
 514   Bool_t noPedestal = kTRUE;;
 515   if (fPedestalTPC&&fPadNoiseTPC){
 516         //use pedestal database
 517         //only load new pedestals if the sector has changed
 518     if ( fCurrentSector!=fLastSector ){
 519       fPedestalROC = fPedestalTPC->GetCalROC(fCurrentSector);
 520       fPadNoiseROC = fPadNoiseTPC->GetCalROC(fCurrentSector);
 521     }
 522
 523     if ( fPedestalROC&&fPadNoiseROC ){
 524       fPadPedestal = fPedestalROC->GetValue(fCurrentChannel);
 525       fPadNoise    = fPadNoiseROC->GetValue(fCurrentChannel);
 526       noPedestal   = kFALSE;
 527     }
 528
 529   }
 530
 531     //if we are not running with pedestal database, or for the current sector there is no information
 532     //available, calculate the pedestal and noise on the fly
 533   if ( noPedestal ) {
 534     const Int_t kPedMax = 100;  //maximum pedestal value
 535     Float_t  max    =  0;
 536     Float_t  maxPos =  0;
 537     Int_t    median =  -1;
 538     Int_t    count0 =  0;
 539     Int_t    count1 =  0;
 540   //
 541     Float_t padSignal=0;
 542         //
 543     UShort_t histo[kPedMax];
 544     memset(histo,0,kPedMax*sizeof(UShort_t));
 545
 546     for (Int_t i=fFirstTimeBin; i<=fLastTimeBin; ++i){
 547       padSignal = fPadSignal.GetMatrixArray()[i];
 548       if (padSignal<=0) continue;
 549       if (padSignal>max && i>10) {
 550         max = padSignal;
 551         maxPos = i;
 552       }
 553       if (padSignal>kPedMax-1) continue;
 554       histo[Int_t(padSignal+0.5)]++;
 555       count0++;
 556     }
 557       //
 558     for (Int_t i=1; i<kPedMax; ++i){
 559       if (count1<count0*0.5) median=i;
 560       count1+=histo[i];
 561     }
 562   // truncated mean
 563   //
 564         // what if by chance histo[median] == 0 ?!?
 565     Float_t count=histo[median] ,mean=histo[median]*median,  rms=histo[median]*median*median ;
 566   //
 567     for (Int_t idelta=1; idelta<10; ++idelta){
 568       if (median-idelta<=0) continue;
 569       if (median+idelta>kPedMax) continue;
 570       if (count<part*count1){
 571         count+=histo[median-idelta];
 572         mean +=histo[median-idelta]*(median-idelta);
 573         rms  +=histo[median-idelta]*(median-idelta)*(median-idelta);
 574         count+=histo[median+idelta];
 575         mean +=histo[median+idelta]*(median+idelta);
 576         rms  +=histo[median+idelta]*(median+idelta)*(median+idelta);
 577       }
 578     }
 579     fPadPedestal = 0;
 580     fPadNoise    = 0;
 581     if ( count > 0 ) {
 582       mean/=count;
 583       rms    = TMath::Sqrt(TMath::Abs(rms/count-mean*mean));
 584       fPadPedestal = mean;
 585       fPadNoise    = rms;
 586     }
 587   }
 588   fPadPedestal*=(Float_t)(!fIsZeroSuppressed);
 589 }
 590 //_____________________________________________________________________
 591 void AliTPCCalibPulser::FindPulserSignal(TVectorD &param, Float_t &qSum)
 592 {
 593 //
 594     //  Find position, signal width and height of the CE signal (last signal)
 595     //  param[0] = Qmax, param[1] = mean time, param[2] = rms;
 596     //  maxima: array of local maxima of the pad signal use the one closest to the mean CE position
 597     //
 598
 599   Float_t ceQmax  =0, ceQsum=0, ceTime=0, ceRMS=0;
 600   Int_t   cemaxpos       = fMaxTimeBin;
 601   Float_t ceSumThreshold = 10.*TMath::Max(fPadNoise,Float_t(1.));  // threshold for the signal sum
 602   Float_t ceMaxThreshold = 5.*TMath::Max(fPadNoise,Float_t(1.));  // threshold for the signal max
 603   const Int_t    kCemin  = fPeakIntMinus;             // range for the analysis of the ce signal +- channels from the peak
 604   const Int_t    kCemax  = fPeakIntPlus;
 605   param[0] = ceQmax;
 606   param[1] = ceTime;
 607   param[2] = ceRMS;
 608   qSum     = ceQsum;
 609
 610   if (cemaxpos>0){
 611     ceQmax = fPadSignal.GetMatrixArray()[cemaxpos]-fPadPedestal;
 612     if ( ceQmax<ceMaxThreshold ) return;
 613     for (Int_t i=cemaxpos-kCemin; i<=cemaxpos+kCemax; ++i){
 614       Float_t signal = fPadSignal.GetMatrixArray()[i]-fPadPedestal;
 615       if ( (i>fFirstTimeBin) && (i<fLastTimeBin) && (signal>0) ){
 616         ceTime+=signal*(i+0.5);
 617         ceRMS +=signal*(i+0.5)*(i+0.5);
 618         ceQsum+=signal;
 619       }
 620     }
 621   }
 622   if (ceQsum>ceSumThreshold) {
 623     ceTime/=ceQsum;
 624     ceRMS  = TMath::Sqrt(TMath::Abs(ceRMS/ceQsum-ceTime*ceTime));
 625     ceTime-=GetL1PhaseTB();
 626         //only fill the Time0Offset if pad was not marked as an outlier!
 627     if ( !fOutliers ){
 628       //skip edge pads for calculating the mean time
 629       if ( !IsEdgePad(fCurrentSector,fCurrentRow,fCurrentPad) ){
 630         fVTime0Offset.GetMatrixArray()[fCurrentSector]+=ceTime;   // mean time for each sector
 631         fVTime0OffsetCounter.GetMatrixArray()[fCurrentSector]++;
 632         GetHistoTSec()->Fill(ceTime,fCurrentSector);
 633       }
 634     } else {
 635       if ( !(fOutliers->GetCalROC(fCurrentSector)->GetValue(fCurrentChannel)) ){
 636         fVTime0Offset.GetMatrixArray()[fCurrentSector]+=ceTime;   // mean time for each sector
 637         fVTime0OffsetCounter.GetMatrixArray()[fCurrentSector]++;
 638       }
 639     }
 640
 641   //Normalise Q to the 'cell-size': The wire density is the same in the IROC and OROC, therefore the
 642   //                                the pick-up signal should scale with the pad area. In addition
 643   //                                the signal should decrease with the wire distance (4mm in IROC, 6mm in OROC),
 644   //                                ratio 2/3. The pad area we express in mm2 (factor 100). We normalise the signal
 645   //                                to the OROC signal (factor 2/3 for the IROCs).
 646     Float_t norm = fParam->GetPadPitchWidth(fCurrentSector)*fParam->GetPadPitchLength(fCurrentSector,fCurrentRow)*100;
 647     if ( fCurrentSector<fParam->GetNInnerSector() ) norm*=3./2.;
 648
 649     ceQsum/=norm;
 650   } else {
 651     ceQmax=0;
 652     ceTime=0;
 653     ceRMS =0;
 654     ceQsum=0;
 655   }
 656   param[0] = ceQmax;
 657   param[1] = ceTime;
 658   param[2] = ceRMS;
 659   qSum     = ceQsum;
 660 }
 661 //_____________________________________________________________________
 662 void AliTPCCalibPulser::ProcessPad()
 663 {
 664   //
 665   //  Process data of current pad
 666   //
 667
 668   FindPedestal();
 669   TVectorD param(3);
 670   Float_t  qSum;
 671   FindPulserSignal(param, qSum);
 672
 673   Double_t meanT  = param[1];
 674   Double_t sigmaT = param[2];
 675
 676
 677   //Fill Event T0 counter
 678   (*GetPadTimesEvent(fCurrentSector,kTRUE)).GetMatrixArray()[fCurrentChannel] = meanT;
 679
 680   //Fill Q histogram
 681 //   GetHistoQ(fCurrentSector,kTRUE)->Fill( TMath::Sqrt(qSum), fCurrentChannel ); //use linear scale, needs also a change in the Analyse funciton.
 682   GetHistoQ(fCurrentSector,kTRUE)->Fill( qSum, fCurrentChannel );
 683
 684   //Fill RMS histogram
 685   GetHistoRMS(fCurrentSector,kTRUE)->Fill( sigmaT, fCurrentChannel );
 686
 687
 688     //Fill debugging info
 689   if ( GetStreamLevel()>0 ){
 690     TTreeSRedirector *streamer=GetDebugStreamer();
 691     if ( GetStreamLevel() == 1 ){
 692       if ( streamer ) {
 693         Int_t padc = fCurrentPad-(fROC->GetNPads(fCurrentSector,fCurrentRow)/2);
 694         (*streamer) << "PadSignals" <<
 695           "Event="  <<fNevents <<
 696           "Sector=" <<fCurrentSector<<
 697           "Row="    <<fCurrentRow<<
 698           "Pad="    <<fCurrentPad<<
 699           "PadC="   <<padc<<
 700           "Channel="<<fCurrentChannel<<
 701           "Sum="    <<qSum<<
 702           "params.="<<&param<<
 703           "signal.=" <<&fPadSignal<<
 704           "\n";
 705       }
 706     } else { //debug > 1
 707       (*GetPadPedestalEvent(fCurrentSector,kTRUE))[fCurrentChannel]=fPadPedestal;
 708       (*GetPadRMSEvent(fCurrentSector,kTRUE))[fCurrentChannel]=sigmaT;
 709       (*GetPadQEvent(fCurrentSector,kTRUE))[fCurrentChannel]=qSum;
 710     }
 711   }
 712   ResetPad();
 713 }
 714 //_____________________________________________________________________
 715 void AliTPCCalibPulser::EndEvent()
 716 {
 717     //
 718     //  Process data of current event
 719     //
 720
 721     //check if last pad has allready been processed, if not do so
 722   if ( fMaxTimeBin>-1 ) ProcessPad();
 723
 724     //loop over all ROCs, fill Time0 histogram corrected for the mean Time0 of each ROC
 725   for ( Int_t iSec = 0; iSec<72; ++iSec ){
 726     TVectorF *vTimes = GetPadTimesEvent(iSec);
 727     if ( !vTimes || fVTime0OffsetCounter[iSec]==0 ) continue;
 728     Float_t time0 = fVTime0Offset[iSec]/fVTime0OffsetCounter[iSec];
 729     for ( UInt_t iChannel=0; iChannel<fROC->GetNChannels(iSec); ++iChannel ){
 730       Float_t time  = (*vTimes).GetMatrixArray()[iChannel];
 731
 732       GetHistoT0(iSec,kTRUE)->Fill( time-time0,iChannel );
 733             //GetHistoT0(iSec,kTRUE)->Fill( time,iChannel );
 734
 735
 736       //Debug start
 737       if ( GetStreamLevel()>1 ){
 738         TTreeSRedirector *streamer=GetDebugStreamer();
 739         if ( streamer ) {
 740           Int_t row=0;
 741           Int_t pad=0;
 742           Int_t padc=0;
 743
 744           Float_t q   = (*GetPadQEvent(iSec)).GetMatrixArray()[iChannel];
 745           Float_t rms = (*GetPadRMSEvent(iSec)).GetMatrixArray()[iChannel];
 746
 747           UInt_t channel=iChannel;
 748           Int_t sector=iSec;
 749
 750           while ( channel > (fROC->GetRowIndexes(sector)[row]+fROC->GetNPads(sector,row)-1) ) row++;
 751           pad = channel-fROC->GetRowIndexes(sector)[row];
 752           padc = pad-(fROC->GetNPads(sector,row)/2);
 753
 754           (*streamer) << "DataPad" <<
 755                     "Event=" << fNevents <<
 756             "Sector="<< sector <<
 757             "Row="   << row<<
 758             "Pad="   << pad <<
 759             "PadC="  << padc <<
 760             "PadSec="<< channel <<
 761             "Time0="  << time0 <<
 762             "Time="  << time <<
 763             "RMS="   << rms <<
 764             "Sum="   << q <<
 765             "\n";
 766         }
 767       }
 768       //Debug end
 769     }
 770   }
 771   ++fNevents;
 772 }
 773 //_____________________________________________________________________
 774 TH2S* AliTPCCalibPulser::GetHisto(Int_t sector, TObjArray *arr,
 775                                   Int_t nbinsY, Float_t ymin, Float_t ymax,
 776                                   const Char_t *type, Bool_t force)
 777 {
 778     //
 779     // return pointer to Q histogram
 780     // if force is true create a new histogram if it doesn't exist allready
 781     //
 782   if ( !force || arr->UncheckedAt(sector) )
 783     return (TH2S*)arr->UncheckedAt(sector);
 784
 785     // if we are forced and histogram doesn't yes exist create it
 786   Char_t name[255], title[255];
 787
 788   sprintf(name,"hCalib%s%.2d",type,sector);
 789   sprintf(title,"%s calibration histogram sector %.2d",type,sector);
 790
 791     // new histogram with Q calib information. One value for each pad!
 792   TH2S* hist = new TH2S(name,title,
 793                         nbinsY, ymin, ymax,
 794                         fROC->GetNChannels(sector),0,fROC->GetNChannels(sector));
 795   hist->SetDirectory(0);
 796   arr->AddAt(hist,sector);
 797   return hist;
 798 }
 799 //_____________________________________________________________________
 800 TH2S* AliTPCCalibPulser::GetHistoT0(Int_t sector, Bool_t force)
 801 {
 802     //
 803     // return pointer to T0 histogram
 804     // if force is true create a new histogram if it doesn't exist allready
 805     //
 806   TObjArray *arr = &fHistoT0Array;
 807   return GetHisto(sector, arr, fNbinsT0, fXminT0, fXmaxT0, "T0", force);
 808 }
 809 //_____________________________________________________________________
 810 TH2S* AliTPCCalibPulser::GetHistoQ(Int_t sector, Bool_t force)
 811 {
 812     //
 813     // return pointer to Q histogram
 814     // if force is true create a new histogram if it doesn't exist allready
 815     //
 816   TObjArray *arr = &fHistoQArray;
 817   return GetHisto(sector, arr, fNbinsQ, fXminQ, fXmaxQ, "Q", force);
 818 }
 819 //_____________________________________________________________________
 820 TH2S* AliTPCCalibPulser::GetHistoRMS(Int_t sector, Bool_t force)
 821 {
 822     //
 823     // return pointer to Q histogram
 824     // if force is true create a new histogram if it doesn't exist allready
 825     //
 826   TObjArray *arr = &fHistoRMSArray;
 827   return GetHisto(sector, arr, fNbinsRMS, fXminRMS, fXmaxRMS, "RMS", force);
 828 }
 829 //_____________________________________________________________________
 830 TH2F* AliTPCCalibPulser::GetHistoTSec()
 831 {
 832     //
 833     // return the pointer to the abs time distribution per sector
 834     // create it if it does not exist
 835     //
 836   if ( !fHMeanTimeSector )   //!!!if you change the binning here, you should also change it in the Analyse Function!!
 837     fHMeanTimeSector = new TH2F("fHMeanTimeSector","Abs mean time per sector",
 838                                 20*(fLastTimeBin-fFirstTimeBin), fFirstTimeBin, fLastTimeBin,
 839                                 72,0,72);
 840   return fHMeanTimeSector;
 841 }
 842 //_____________________________________________________________________
 843 TVectorF* AliTPCCalibPulser::GetPadInfoEvent(Int_t sector, TObjArray *arr, Bool_t force)
 844 {
 845     //
 846     // return pointer to Pad Info from 'arr' for the current event and sector
 847     // if force is true create it if it doesn't exist allready
 848     //
 849   if ( !force || arr->UncheckedAt(sector) )
 850     return (TVectorF*)arr->UncheckedAt(sector);
 851
 852   TVectorF *vect = new TVectorF(fROC->GetNChannels(sector));
 853   arr->AddAt(vect,sector);
 854   return vect;
 855 }
 856 //_____________________________________________________________________
 857 TVectorF* AliTPCCalibPulser::GetPadTimesEvent(Int_t sector, Bool_t force)
 858 {
 859     //
 860     // return pointer to Pad Times Array for the current event and sector
 861     // if force is true create it if it doesn't exist allready
 862     //
 863   TObjArray *arr = &fPadTimesArrayEvent;
 864   return GetPadInfoEvent(sector,arr,force);
 865 }
 866 //_____________________________________________________________________
 867 TVectorF* AliTPCCalibPulser::GetPadQEvent(Int_t sector, Bool_t force)
 868 {
 869     //
 870     // return pointer to Pad Q Array for the current event and sector
 871     // if force is true create it if it doesn't exist allready
 872     // for debugging purposes only
 873     //
 874
 875   TObjArray *arr = &fPadQArrayEvent;
 876   return GetPadInfoEvent(sector,arr,force);
 877 }
 878 //_____________________________________________________________________
 879 TVectorF* AliTPCCalibPulser::GetPadRMSEvent(Int_t sector, Bool_t force)
 880 {
 881     //
 882     // return pointer to Pad RMS Array for the current event and sector
 883     // if force is true create it if it doesn't exist allready
 884     // for debugging purposes only
 885     //
 886   TObjArray *arr = &fPadRMSArrayEvent;
 887   return GetPadInfoEvent(sector,arr,force);
 888 }
 889 //_____________________________________________________________________
 890 TVectorF* AliTPCCalibPulser::GetPadPedestalEvent(Int_t sector, Bool_t force)
 891 {
 892     //
 893     // return pointer to Pad RMS Array for the current event and sector
 894     // if force is true create it if it doesn't exist allready
 895     // for debugging purposes only
 896     //
 897   TObjArray *arr = &fPadPedestalArrayEvent;
 898   return GetPadInfoEvent(sector,arr,force);
 899 }
 900 //_____________________________________________________________________
 901 AliTPCCalROC* AliTPCCalibPulser::GetCalRoc(Int_t sector, TObjArray* arr, Bool_t force) const
 902 {
 903     //
 904     // return pointer to ROC Calibration
 905     // if force is true create a new histogram if it doesn't exist allready
 906     //
 907   if ( !force || arr->UncheckedAt(sector) )
 908     return (AliTPCCalROC*)arr->UncheckedAt(sector);
 909
 910     // if we are forced and histogram doesn't yes exist create it
 911
 912     // new AliTPCCalROC for T0 information. One value for each pad!
 913   AliTPCCalROC *croc = new AliTPCCalROC(sector);
 914   arr->AddAt(croc,sector);
 915   return croc;
 916 }
 917 //_____________________________________________________________________
 918 AliTPCCalROC* AliTPCCalibPulser::GetCalRocT0(Int_t sector, Bool_t force)
 919 {
 920     //
 921     // return pointer to Carge ROC Calibration
 922     // if force is true create a new histogram if it doesn't exist allready
 923     //
 924   TObjArray *arr = &fCalRocArrayT0;
 925   return GetCalRoc(sector, arr, force);
 926 }
 927 //_____________________________________________________________________
 928 AliTPCCalROC* AliTPCCalibPulser::GetCalRocQ(Int_t sector, Bool_t force)
 929 {
 930     //
 931     // return pointer to T0 ROC Calibration
 932     // if force is true create a new histogram if it doesn't exist allready
 933     //
 934   TObjArray *arr = &fCalRocArrayQ;
 935   return GetCalRoc(sector, arr, force);
 936 }
 937 //_____________________________________________________________________
 938 AliTPCCalROC* AliTPCCalibPulser::GetCalRocRMS(Int_t sector, Bool_t force)
 939 {
 940     //
 941     // return pointer to signal width ROC Calibration
 942     // if force is true create a new histogram if it doesn't exist allready
 943     //
 944   TObjArray *arr = &fCalRocArrayRMS;
 945   return GetCalRoc(sector, arr, force);
 946 }
 947 //_____________________________________________________________________
 948 AliTPCCalROC* AliTPCCalibPulser::GetCalRocOutliers(Int_t sector, Bool_t force)
 949 {
 950     //
 951     // return pointer to Outliers
 952     // if force is true create a new histogram if it doesn't exist allready
 953     //
 954   TObjArray *arr = &fCalRocArrayOutliers;
 955   return GetCalRoc(sector, arr, force);
 956 }
 957 //_____________________________________________________________________
 958 void AliTPCCalibPulser::ResetEvent()
 959 {
 960     //
 961     //  Reset global counters  -- Should be called before each event is processed
 962     //
 963   fLastSector=-1;
 964   fCurrentSector=-1;
 965   fCurrentRow=-1;
 966   fCurrentPad=-1;
 967   fCurrentChannel=-1;
 968
 969   ResetPad();
 970
 971   fPadTimesArrayEvent.Delete();
 972
 973   fPadQArrayEvent.Delete();
 974   fPadRMSArrayEvent.Delete();
 975   fPadPedestalArrayEvent.Delete();
 976
 977   for ( Int_t i=0; i<72; ++i ){
 978     fVTime0Offset[i]=0;
 979     fVTime0OffsetCounter[i]=0;
 980   }
 981 }
 982 //_____________________________________________________________________
 983 void AliTPCCalibPulser::ResetPad()
 984 {
 985     //
 986     //  Reset pad infos -- Should be called after a pad has been processed
 987     //
 988   for (Int_t i=fFirstTimeBin; i<fLastTimeBin+1; ++i)
 989     fPadSignal[i] = 0;
 990   fMaxTimeBin = -1;
 991   fMaxPadSignal = -1;
 992   fPadPedestal  = -1;
 993   fPadNoise     = -1;
 994 }
 995 //_____________________________________________________________________
 996 Bool_t AliTPCCalibPulser::IsEdgePad(Int_t sector, Int_t row, Int_t pad)
 997 {
 998     //
 999     // return true if pad is on the edge of a row
1000     //
1001   Int_t edge1   = 0;
1002   Int_t edge2   = fROC->GetNPads(sector,row)-1;
1003   if ( pad == edge1 || pad == edge2 ) return kTRUE;
1004
1005   return kFALSE;
1006 }
1007 //_____________________________________________________________________
1008 void AliTPCCalibPulser::Merge(AliTPCCalibPulser *sig)
1009 {
1010     //
1011     //  Merge reference histograms of sig to the current AliTPCCalibPulser
1012     //
1013
1014     //merge histograms
1015   for (Int_t iSec=0; iSec<72; ++iSec){
1016     TH2S *hRefQmerge   = sig->GetHistoQ(iSec);
1017     TH2S *hRefT0merge  = sig->GetHistoT0(iSec);
1018     TH2S *hRefRMSmerge = sig->GetHistoRMS(iSec);
1019
1020
1021     if ( hRefQmerge ){
1022       TDirectory *dir = hRefQmerge->GetDirectory(); hRefQmerge->SetDirectory(0);
1023       TH2S *hRefQ   = GetHistoQ(iSec);
1024       if ( hRefQ ) hRefQ->Add(hRefQmerge);
1025       else {
1026         TH2S *hist = new TH2S(*hRefQmerge);
1027         hist->SetDirectory(0);
1028         fHistoQArray.AddAt(hist, iSec);
1029       }
1030       hRefQmerge->SetDirectory(dir);
1031     }
1032     if ( hRefT0merge ){
1033       TDirectory *dir = hRefT0merge->GetDirectory(); hRefT0merge->SetDirectory(0);
1034       TH2S *hRefT0  = GetHistoT0(iSec);
1035       if ( hRefT0 ) hRefT0->Add(hRefT0merge);
1036       else {
1037         TH2S *hist = new TH2S(*hRefT0merge);
1038         hist->SetDirectory(0);
1039         fHistoT0Array.AddAt(hist, iSec);
1040       }
1041       hRefT0merge->SetDirectory(dir);
1042     }
1043     if ( hRefRMSmerge ){
1044       TDirectory *dir = hRefRMSmerge->GetDirectory(); hRefRMSmerge->SetDirectory(0);
1045       TH2S *hRefRMS = GetHistoRMS(iSec);
1046       if ( hRefRMS ) hRefRMS->Add(hRefRMSmerge);
1047       else {
1048         TH2S *hist = new TH2S(*hRefRMSmerge);
1049         hist->SetDirectory(0);
1050         fHistoRMSArray.AddAt(hist, iSec);
1051       }
1052       hRefRMSmerge->SetDirectory(dir);
1053     }
1054
1055   }
1056   if ( sig->fHMeanTimeSector ){
1057     TDirectory *dir = sig->fHMeanTimeSector->GetDirectory(); sig->fHMeanTimeSector->SetDirectory(0);
1058     if ( fHMeanTimeSector ) fHMeanTimeSector->Add(sig->fHMeanTimeSector);
1059     else {
1060       fHMeanTimeSector = new TH2F(*sig->fHMeanTimeSector);
1061       fHMeanTimeSector->SetDirectory(0);
1062     }
1063     sig->fHMeanTimeSector->SetDirectory(dir);
1064   }
1065 }
1066 //_____________________________________________________________________
1067 void AliTPCCalibPulser::Analyse()
1068 {
1069   //
1070   //  Calculate calibration constants
1071   //
1072
1073   TVectorD paramQ(3);
1074   TVectorD paramT0(3);
1075   TVectorD paramRMS(3);
1076   TMatrixD dummy(3,3);
1077   //calculate mean time for each sector and mean time for each side
1078   TH1F hMeanTsec("hMeanTsec","hMeanTsec",20*(fLastTimeBin-fFirstTimeBin),fFirstTimeBin,fLastTimeBin);
1079   fVMeanTimeSector.Zero();
1080
1081   for (Int_t iSec=0; iSec<72; ++iSec){
1082     TH2S *hT0 = GetHistoT0(iSec);
1083     if (!hT0 ) continue;
1084     //calculate sector mean T
1085     if ( fHMeanTimeSector ){
1086       Int_t nbinsT = fHMeanTimeSector->GetNbinsX();
1087       Int_t offset = (nbinsT+2)*(iSec+1);
1088       Float_t *arrP=fHMeanTimeSector->GetArray()+offset;
1089       Int_t entries=0;
1090       for ( Int_t i=0; i<nbinsT; i++ ) entries+=(Int_t)arrP[i+1];
1091       hMeanTsec.Set(nbinsT+2,arrP);
1092       hMeanTsec.SetEntries(entries);
1093       paramT0.Zero();
1094       // truncated mean: remove lower 5% and upper 5%
1095       if ( entries>0 ) AliMathBase::TruncatedMean(&hMeanTsec,&paramT0,0.05,.95);
1096       fVMeanTimeSector[iSec]=paramT0[1];
1097     }
1098
1099     AliTPCCalROC *rocQ   = GetCalRocQ  (iSec,kTRUE);
1100     AliTPCCalROC *rocT0  = GetCalRocT0 (iSec,kTRUE);
1101     AliTPCCalROC *rocRMS = GetCalRocRMS(iSec,kTRUE);
1102     AliTPCCalROC *rocOut = GetCalRocOutliers(iSec,kTRUE);
1103
1104     TH2S *hQ   = GetHistoQ(iSec);
1105     TH2S *hRMS = GetHistoRMS(iSec);
1106
1107     Short_t *arrayhQ   = hQ->GetArray();
1108     Short_t *arrayhT0  = hT0->GetArray();
1109     Short_t *arrayhRMS = hRMS->GetArray();
1110
1111     UInt_t nChannels = fROC->GetNChannels(iSec);
1112     Float_t meanTsec = fVMeanTimeSector[iSec];
1113
1114   //debug
1115     Int_t row=0;
1116     Int_t pad=0;
1117     Int_t padc=0;
1118   //! debug
1119
1120     for (UInt_t iChannel=0; iChannel<nChannels; ++iChannel){
1121
1122       Float_t cogTime0 = -1000;
1123       Float_t cogQ     = -1000;
1124       Float_t cogRMS   = -1000;
1125       Float_t cogOut   = 0;
1126
1127       Int_t offsetQ = (fNbinsQ+2)*(iChannel+1)+1;
1128       Int_t offsetT0 = (fNbinsT0+2)*(iChannel+1)+1;
1129       Int_t offsetRMS = (fNbinsRMS+2)*(iChannel+1)+1;
1130 /*
1131       AliMathBase::FitGaus(arrayhQ+offsetQ,fNbinsQ,fXminQ,fXmaxQ,&paramQ,&dummy);
1132       AliMathBase::FitGaus(arrayhT0+offsetT0,fNbinsT0,fXminT0,fXmaxT0,&paramT0,&dummy);
1133       AliMathBase::FitGaus(arrayhRMS+offsetRMS,fNbinsRMS,fXminRMS,fXmaxRMS,&paramRMS,&dummy);
1134       cogQ     = paramQ[1];
1135       cogTime0 = paramT0[1];
1136       cogRMS   = paramRMS[1];
1137 */
1138       cogQ     = AliMathBase::GetCOG(arrayhQ+offsetQ,fNbinsQ,fXminQ,fXmaxQ);
1139       cogTime0 = AliMathBase::GetCOG(arrayhT0+offsetT0,fNbinsT0,fXminT0,fXmaxT0);
1140       cogRMS   = AliMathBase::GetCOG(arrayhRMS+offsetRMS,fNbinsRMS,fXminRMS,fXmaxRMS);
1141
1142       /*
1143       if ( (cogQ < ??) && (cogTime0 > ??) && (cogTime0<??) && ( cogRMS>??) ){
1144     cogOut = 1;
1145     cogTime0 = 0;
1146     cogQ     = 0;
1147     cogRMS   = 0;
1148       }
1149 */
1150 //       rocQ->SetValue(iChannel, cogQ*cogQ); // changed to linear scale again
1151       rocQ->SetValue(iChannel, cogQ);
1152       rocT0->SetValue(iChannel, cogTime0+meanTsec); //offset by mean time of the sector
1153       rocRMS->SetValue(iChannel, cogRMS);
1154       rocOut->SetValue(iChannel, cogOut);
1155       //debug
1156       if ( GetStreamLevel() > 2 ){
1157         TTreeSRedirector *streamer=GetDebugStreamer();
1158         if ( streamer ) {
1159           while ( iChannel > (fROC->GetRowIndexes(iSec)[row]+fROC->GetNPads(iSec,row)-1) ) row++;
1160           pad = iChannel-fROC->GetRowIndexes(iSec)[row];
1161           padc = pad-(fROC->GetNPads(iSec,row)/2);
1162
1163           (*streamer) << "DataEnd" <<
1164             "Sector="  << iSec      <<
1165             "Pad="     << pad       <<
1166             "PadC="    << padc      <<
1167             "Row="     << row       <<
1168             "PadSec="  << iChannel   <<
1169             "Q="       << cogQ      <<
1170             "T0="      << cogTime0  <<
1171             "RMS="     << cogRMS    <<
1172             "\n";
1173         }
1174       }
1175       //! debug
1176     }
1177
1178
1179   }
1180 }
1181 //_____________________________________________________________________
1182 //_________________________  Test Functions ___________________________
1183 //_____________________________________________________________________
1184 TObjArray* AliTPCCalibPulser::TestBinning()
1185 {
1186   //
1187   //  Function to test the binning of the reference histograms
1188   //  type: T0, Q or RMS
1189   //  mode: 0 - number of filled bins per channel
1190   //        1 - number of empty bins between filled bins in one ROC
1191   //  returns TObjArray with the test histograms type*2+mode:
1192   //  position 0 = T0,0 ; 1 = T0,1 ; 2 = Q,0 ...
1193
1194
1195   TObjArray *histArray = new TObjArray(6);
1196   const Char_t *type[] = {"T0","Q","RMS"};
1197   Int_t fNbins[3] = {fNbinsT0,fNbinsQ,fNbinsRMS};
1198
1199   for (Int_t itype = 0; itype<3; ++itype){
1200     for (Int_t imode=0; imode<2; ++imode){
1201       Int_t icount = itype*2+imode;
1202       histArray->AddAt(new TH1F(Form("hTestBinning%s%d",type[itype],imode),
1203                                 Form("Test Binning of '%s', mode - %d",type[itype],imode),
1204                                 72,0,72),
1205                        icount);
1206     }
1207   }
1208
1209
1210   TH2S *hRef=0x0;
1211   Short_t *array=0x0;
1212   for (Int_t itype = 0; itype<3; ++itype){
1213     for (Int_t iSec=0; iSec<72; ++iSec){
1214       if ( itype == 0 ) hRef = GetHistoT0(iSec);
1215       if ( itype == 1 ) hRef = GetHistoQ(iSec);
1216       if ( itype == 2 ) hRef = GetHistoRMS(iSec);
1217       if ( hRef == 0x0 ) continue;
1218       array = (hRef->GetArray());
1219       UInt_t nChannels = fROC->GetNChannels(iSec);
1220
1221       Int_t nempty=0;
1222       for (UInt_t iChannel=0; iChannel<nChannels; ++iChannel){
1223         Int_t nfilled=0;
1224         Int_t offset = (fNbins[itype]+2)*(iChannel+1)+1;
1225         Int_t c1 = 0;
1226         Int_t c2 = 0;
1227         for (Int_t iBin=0; iBin<fNbins[itype]; ++iBin){
1228           if ( array[offset+iBin]>0 ) {
1229             nfilled++;
1230             if ( c1 && c2 ) nempty++;
1231             else c1 = 1;
1232           }
1233           else if ( c1 ) c2 = 1;
1234
1235         }
1236         ((TH1F*)histArray->At(itype*2))->Fill(nfilled);
1237       }
1238       ((TH1F*)histArray->At(itype*2+1))->Fill(iSec,nempty);
1239     }
1240   }
1241   return histArray;
1242 }