TPC/AliTPCCalibViewer.cxx

   1 /**************************************************************************
   2  * Copyright(c) 1998-1999, ALICE Experiment at CERN, All rights reserved. *
   3  *                                                                        *
   4  * Author: The ALICE Off-line Project.                                    *
   5  * Contributors are mentioned in the code where appropriate.              *
   6  *                                                                        *
   7  * Permission to use, copy, modify and distribute this software and its   *
   8  * documentation strictly for non-commercial purposes is hereby granted   *
   9  * without fee, provided that the above copyright notice appears in all   *
  10  * copies and that both the copyright notice and this permission notice   *
  11  * appear in the supporting documentation. The authors make no claims     *
  12  * about the suitability of this software for any purpose. It is          *
  13  * provided "as is" without express or implied warranty.                  *
  14  **************************************************************************/
  15
  16
  17 ///////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
  18 //                                                                           //
  19 //  Class for viewing/visualizing TPC calibration data                       //
  20 //  base on  TTree functionality for visualization                           //
  21 //                                                                           //
  22 //  Create a list of AliTPCCalPads, arrange them in an TObjArray.            //
  23 //  Pass this TObjArray to MakeTree and create the calibration Tree          //
  24 //  While craating this tree some statistical information are calculated     //
  25 //  Open the viewer with this Tree: AliTPCCalibViewer v("CalibTree.root")    //
  26 //  Have fun!                                                                //
  27 //  EasyDraw("CETmean~-CETmean_mean", "A", "(CETmean~-CETmean_mean)>0")      //
  28 //                                                                           //
  29 //  If you like to click, we recommand you the                               //
  30 //    AliTPCCalibViewerGUI                                                   //
  31 //                                                                           //
  32 //    THE DOCUMENTATION IS STILL NOT COMPLETED !!!!                          //
  33 //                                                                           //
  34 ///////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
  35
  36 //
  37 // ROOT includes
  38 //
  39
  40 #include <fstream>
  41 #include <iostream>
  42
  43 #include <TFile.h>
  44 #include <TFriendElement.h>
  45 #include <TGraph.h>
  46 #include <TKey.h>
  47 #include <TPad.h>
  48 //#include <TCanvas.h>
  49 #include <TH1.h>
  50 #include <TH1F.h>
  51 #include <TLegend.h>
  52 #include <TLine.h>
  53 #include <TMath.h>
  54 #include <TObjString.h>
  55 //#include <TROOT.h>
  56 #include <TRandom.h>
  57 #include <TString.h>
  58 #include <TStyle.h>
  59 #include <TTreeStream.h>
  60
  61 #include "AliTPCCalibCE.h"
  62 #include "AliMathBase.h"
  63 #include "AliTPCCalPad.h"
  64 #include "AliTPCCalROC.h"
  65 #include "AliTPCCalibPedestal.h"
  66 #include "AliTPCCalibPulser.h"
  67
  68 //
  69 // AliRoot includes
  70 //
  71 #include "AliTPCCalibViewer.h"
  72
  73 ClassImp(AliTPCCalibViewer)
  74
  75
  76 AliTPCCalibViewer::AliTPCCalibViewer()
  77                   :TObject(),
  78                    fTree(0),
  79                    fFile(0),
  80                    fListOfObjectsToBeDeleted(0),
  81                    fTreeMustBeDeleted(0),
  82                    fAbbreviation(0),
  83                    fAppendString(0)
  84 {
  85   //
  86   // Default constructor
  87   //
  88
  89 }
  90
  91 //_____________________________________________________________________________
  92 AliTPCCalibViewer::AliTPCCalibViewer(const AliTPCCalibViewer &c)
  93                   :TObject(c),
  94                    fTree(0),
  95                    fFile(0),
  96                    fListOfObjectsToBeDeleted(0),
  97                    fTreeMustBeDeleted(0),
  98                    fAbbreviation(0),
  99                    fAppendString(0)
 100 {
 101   //
 102   // dummy AliTPCCalibViewer copy constructor
 103   // not yet working!!!
 104   //
 105   fTree = c.fTree;
 106   fTreeMustBeDeleted = c.fTreeMustBeDeleted;
 107   //fFile = new TFile(*(c.fFile));
 108   fListOfObjectsToBeDeleted = c.fListOfObjectsToBeDeleted;
 109   fAbbreviation = c.fAbbreviation;
 110   fAppendString = c.fAppendString;
 111 }
 112
 113 //_____________________________________________________________________________
 114 AliTPCCalibViewer::AliTPCCalibViewer(TTree *const tree)
 115                   :TObject(),
 116                    fTree(0),
 117                    fFile(0),
 118                    fListOfObjectsToBeDeleted(0),
 119                    fTreeMustBeDeleted(0),
 120                    fAbbreviation(0),
 121                    fAppendString(0)
 122 {
 123   //
 124   // Constructor that initializes the calibration viewer
 125   //
 126   fTree = tree;
 127   fTreeMustBeDeleted = kFALSE;
 128   fListOfObjectsToBeDeleted = new TObjArray();
 129   fAbbreviation = "~";
 130   fAppendString = ".fElements";
 131 }
 132
 133 //_____________________________________________________________________________
 134 AliTPCCalibViewer::AliTPCCalibViewer(const char* fileName, const char* treeName)
 135                   :TObject(),
 136                    fTree(0),
 137                    fFile(0),
 138                    fListOfObjectsToBeDeleted(0),
 139                    fTreeMustBeDeleted(0),
 140                    fAbbreviation(0),
 141                    fAppendString(0)
 142
 143 {
 144    //
 145    // Constructor to initialize the calibration viewer
 146    // the file 'fileName' contains the tree 'treeName'
 147    //
 148    fFile = new TFile(fileName, "read");
 149    fTree = (TTree*) fFile->Get(treeName);
 150    fTreeMustBeDeleted = kTRUE;
 151    fListOfObjectsToBeDeleted = new TObjArray();
 152    fAbbreviation = "~";
 153    fAppendString = ".fElements";
 154 }
 155
 156 //____________________________________________________________________________
 157 AliTPCCalibViewer & AliTPCCalibViewer::operator =(const AliTPCCalibViewer & param)
 158 {
 159    //
 160    // assignment operator - dummy
 161    // not yet working!!!
 162    //
 163    fTree = param.fTree;
 164    fTreeMustBeDeleted = param.fTreeMustBeDeleted;
 165    //fFile = new TFile(*(param.fFile));
 166    fListOfObjectsToBeDeleted = param.fListOfObjectsToBeDeleted;
 167    fAbbreviation = param.fAbbreviation;
 168    fAppendString = param.fAppendString;
 169    return (*this);
 170 }
 171
 172 //_____________________________________________________________________________
 173 AliTPCCalibViewer::~AliTPCCalibViewer()
 174 {
 175    //
 176    // AliTPCCalibViewer destructor
 177    // all objects will be deleted, the file will be closed, the pictures will disappear
 178    //
 179    if (fTree && fTreeMustBeDeleted) {
 180       fTree->SetCacheSize(0);
 181       fTree->Delete();
 182       //delete fTree;
 183    }
 184    if (fFile) {
 185       fFile->Close();
 186       fFile = 0;
 187    }
 188
 189    for (Int_t i = fListOfObjectsToBeDeleted->GetEntriesFast()-1; i >= 0; i--) {
 190       //cout << "Index " << i << " trying to delete the following object: " << fListOfObjectsToBeDeleted->At(i)->GetName() << "..."<< endl;
 191       delete fListOfObjectsToBeDeleted->At(i);
 192    }
 193    delete fListOfObjectsToBeDeleted;
 194 }
 195
 196 //_____________________________________________________________________________
 197 void AliTPCCalibViewer::Delete(Option_t* option) {
 198    //
 199    // Should be called from AliTPCCalibViewerGUI class only.
 200    // If you use Delete() do not call the destructor.
 201    // All objects (except those contained in fListOfObjectsToBeDeleted) will be deleted, the file will be closed.
 202    //
 203
 204    option = option;  // to avoid warnings on compiling
 205    if (fTree && fTreeMustBeDeleted) {
 206       fTree->SetCacheSize(0);
 207       fTree->Delete();
 208    }
 209    if (fFile)
 210       delete fFile;
 211    delete fListOfObjectsToBeDeleted;
 212 }
 213
 214
 215 const char* AliTPCCalibViewer::AddAbbreviations(const Char_t *c, Bool_t printDrawCommand){
 216    // Replace all "<variable>" with "<variable><fAbbreviation>" (Adds forgotten "~")
 217    // but take care on the statistical information, like "CEQmean_Mean"
 218    // and also take care on correct given variables, like "CEQmean~"
 219    //
 220    // For each variable out of "listOfVariables":
 221    // - 'Save' correct items:
 222    //   - form <replaceString>, take <variable>'s first char, add <removeString>, add rest of <variable>, e.g. "C!#EQmean" (<removeString> = "!#")
 223    //   - For each statistical information in "listOfNormalizationVariables":
 224    //     - ReplaceAll <variable><statistical_Information> with <replaceString><statistical_Information>
 225    //   - ReplaceAll <variable><abbreviation> with <replaceString><abbreviation>, e.g. "CEQmean~" -> "C!#EQmean~"
 226    //   - ReplaceAll <variable><appendStr> with <replaceString><appendStr>, e.g. "CEQmean.fElements" -> "C!#EQmean.fElements"
 227    //
 228    // - Do actual replacing:
 229    //   - ReplaceAll <variable> with <variable><fAbbreviation>, e.g. "CEQmean" -> "CEQmean~"
 230    //
 231    // - Undo saving:
 232    //   - For each statistical information in "listOfNormalizationVariables":
 233    //     - ReplaceAll <replaceString><statistical_Information> with <variable><statistical_Information>
 234    //   - ReplaceAll <replaceString><abbreviation> with <variable><abbreviation>, e.g. "C!#EQmean~" -> "CEQmean~"
 235    //   - ReplaceAll <replaceString><appendStr> with <variable><appendStr>, e.g. "C!#EQmean.fElements" -> "CEQmean.fElements"
 236    //
 237    // Now all the missing "~" should be added.
 238
 239    TString str(c);
 240    TString removeString = "!#";  // very unpropable combination of chars
 241    TString replaceString = "";
 242    TString searchString = "";
 243    TString normString = "";
 244    TObjArray *listOfVariables = GetListOfVariables();
 245    listOfVariables->Add(new TObjString("channel"));
 246    listOfVariables->Add(new TObjString("gx"));
 247    listOfVariables->Add(new TObjString("gy"));
 248    listOfVariables->Add(new TObjString("lx"));
 249    listOfVariables->Add(new TObjString("ly"));
 250    listOfVariables->Add(new TObjString("pad"));
 251    listOfVariables->Add(new TObjString("row"));
 252    listOfVariables->Add(new TObjString("rpad"));
 253    listOfVariables->Add(new TObjString("sector"));
 254    TObjArray *listOfNormalizationVariables = GetListOfNormalizationVariables();
 255    Int_t nVariables = listOfVariables->GetEntriesFast();
 256    Int_t nNorm = listOfNormalizationVariables->GetEntriesFast();
 257
 258    Int_t *varLengths = new Int_t[nVariables];
 259    for (Int_t i = 0; i < nVariables; i++) {
 260       varLengths[i] = ((TObjString*)listOfVariables->At(i))->String().Length();
 261    }
 262    Int_t *normLengths = new Int_t[nNorm];
 263    for (Int_t i = 0; i < nNorm; i++) {
 264       normLengths[i] = ((TObjString*)listOfNormalizationVariables->At(i))->String().Length();
 265       // printf("normLengths[%i] (%s) = %i \n", i,((TObjString*)listOfNormalizationVariables->At(i))->String().Data(), normLengths[i]);
 266    }
 267    Int_t *varSort = new Int_t[nVariables];
 268    TMath::Sort(nVariables, varLengths, varSort, kTRUE);
 269    Int_t *normSort = new Int_t[nNorm];
 270    TMath::Sort(nNorm, normLengths, normSort, kTRUE);
 271    // for (Int_t i = 0; i<nNorm; i++)  printf("normLengths: %i\n", normLengths[normSort[i]]);
 272    // for (Int_t i = 0; i<nVariables; i++) printf("varLengths: %i\n", varLengths[varSort[i]]);
 273
 274    for (Int_t ivar = 0; ivar < nVariables; ivar++) {
 275       // ***** save correct tokens *****
 276       // first get the next variable:
 277       searchString = ((TObjString*)listOfVariables->At(varSort[ivar]))->String();
 278       // printf("searchString: %s ++++++++++++++\n", searchString.Data());
 279       // form replaceString:
 280       replaceString = "";
 281       for (Int_t i = 0; i < searchString.Length(); i++) {
 282          replaceString.Append(searchString[i]);
 283          if (i == 0) replaceString.Append(removeString);
 284       }
 285       // go through normalization:
 286       // printf("go through normalization\n");
 287       for (Int_t inorm = 0; inorm < nNorm; inorm++) {
 288          // printf(" inorm=%i, nNorm=%i, normSort[inorm]=%i \n", inorm, nNorm, normSort[inorm]);
 289          normString = ((TObjString*)listOfNormalizationVariables->At(normSort[inorm]))->String();
 290          // printf(" walking in normalization, i=%i, normString=%s \n", inorm, normString.Data());
 291          str.ReplaceAll(searchString + normString, replaceString + normString);
 292          // like: str.ReplaceAll("CEQmean_Mean", "C!EQmean_Mean");
 293       }
 294       str.ReplaceAll(searchString + fAbbreviation, replaceString + fAbbreviation);
 295       // like: str.ReplaceAll("CEQmean~", "C!EQmean~");
 296       str.ReplaceAll(searchString + fAppendString,    replaceString + fAppendString);
 297       // like: str.ReplaceAll("CEQmean.fElements", "C!EQmean.fElements");
 298
 299       // ***** add missing extensions *****
 300       str.ReplaceAll(searchString, replaceString + fAbbreviation);
 301       // like: str.ReplaceAll("CEQmean", "C!EQmean~");
 302    }
 303
 304    // ***** undo saving *****
 305    str.ReplaceAll(removeString, "");
 306
 307    if (printDrawCommand) std::cout << "The string looks now like: " << str.Data() << std::endl;
 308    delete [] varLengths;
 309    delete [] normLengths;
 310    delete [] varSort;
 311    delete [] normSort;
 312    return str.Data();
 313 }
 314
 315
 316
 317
 318 //_____________________________________________________________________________
 319 Int_t AliTPCCalibViewer::EasyDraw(const char* drawCommand, const char* sector, const char* cuts, const char* drawOptions, Bool_t writeDrawCommand) const {
 320   //
 321   // easy drawing of data, use '~' for abbreviation of '.fElements'
 322   // example: EasyDraw("CETmean~-CETmean_mean", "A", "(CETmean~-CETmean_mean)>0")
 323  // sector: sector-number - only the specified sector will be drwawn
 324   //         'A'/'C' or 'a'/'c' - side A/C will be drawn
 325   //         'ALL' - whole TPC will be drawn, projected on one side
 326   // cuts: specifies cuts
 327   // drawOptions: draw options like 'same'
 328   // writeDrawCommand: write the command, that is passed to TTree::Draw
 329   //
 330
 331    TString drawStr(drawCommand);
 332    TString sectorStr(sector);
 333    sectorStr.ToUpper();
 334    TString cutStr("");
 335    //TString drawOptionsStr("profcolz ");
 336    Bool_t dangerousToDraw = drawStr.Contains(":") || drawStr.Contains(">>");
 337    if (dangerousToDraw) {
 338       Warning("EasyDraw", "The draw string must not contain ':' or '>>'. Using only first variable for drawing!");
 339 //      return -1;
 340 //      drawStr.Resize(drawStr.First(">"));
 341       drawStr.Resize(drawStr.First(":"));
 342    }
 343
 344    TString drawOptionsStr("");
 345    TRandom rnd(0);
 346    Int_t rndNumber = rnd.Integer(10000);
 347
 348    if (drawOptions && strcmp(drawOptions, "") != 0)
 349       drawOptionsStr += drawOptions;
 350    else
 351       drawOptionsStr += "profcolz";
 352
 353    if (sectorStr == "A") {
 354       drawStr += Form(":gy%s:gx%s>>prof", fAppendString.Data(), fAppendString.Data());
 355       drawStr += rndNumber;
 356       drawStr += "(330,-250,250,330,-250,250)";
 357       cutStr += "(sector/18)%2==0 ";
 358    }
 359    else if  (sectorStr == "C") {
 360       drawStr += Form(":gy%s:gx%s>>prof", fAppendString.Data(), fAppendString.Data());
 361       drawStr += rndNumber;
 362       drawStr += "(330,-250,250,330,-250,250)";
 363       cutStr += "(sector/18)%2==1 ";
 364    }
 365    else if  (sectorStr == "ALL") {
 366       drawStr += Form(":gy%s:gx%s>>prof", fAppendString.Data(), fAppendString.Data());
 367       drawStr += rndNumber;
 368       drawStr += "(330,-250,250,330,-250,250)";
 369    }
 370    else if  (sectorStr.Contains("S")) {
 371       drawStr += Form(":rpad%s:row%s+(sector>35)*63>>prof", fAppendString.Data(), fAppendString.Data());
 372       drawStr += rndNumber;
 373       drawStr += "(159,0,159,140,-70,70)";
 374       TString sec=sectorStr;
 375       sec.Remove(0,1);
 376       cutStr += "sector%36=="+sec+" ";
 377    }
 378    else if (sectorStr.IsDigit()) {
 379       Int_t isec = sectorStr.Atoi();
 380       drawStr += Form(":rpad%s:row%s>>prof", fAppendString.Data(), fAppendString.Data());
 381       drawStr += rndNumber;
 382       if (isec < 36 && isec >= 0)
 383          drawStr += "(63,0,63,108,-54,54)";
 384       else if (isec < 72 && isec >= 36)
 385          drawStr += "(96,0,96,140,-70,70)";
 386       else {
 387          Error("EasyDraw","The TPC contains only sectors between 0 and 71.");
 388          return -1;
 389       }
 390       cutStr += "(sector==";
 391       cutStr += isec;
 392       cutStr += ") ";
 393    }
 394
 395    if (cuts && cuts[0] != 0) {
 396       if (cutStr.Length() != 0) cutStr += "&& ";
 397       cutStr += "(";
 398       cutStr += cuts;
 399       cutStr += ")";
 400    }
 401    drawStr.ReplaceAll(fAbbreviation, fAppendString);
 402    cutStr.ReplaceAll(fAbbreviation, fAppendString);
 403    if (writeDrawCommand) std::cout << "fTree->Draw(\"" << drawStr << "\", \"" <<  cutStr << "\", \"" << drawOptionsStr << "\");" << std::endl;
 404    Int_t returnValue = fTree->Draw(drawStr.Data(), cutStr.Data(), drawOptionsStr.Data());
 405    TString profName("prof");
 406    profName += rndNumber;
 407    TObject *obj = gDirectory->Get(profName.Data());
 408    if (obj && obj->InheritsFrom("TH1")) FormatHistoLabels((TH1*)obj);
 409    return returnValue;
 410 }
 411
 412
 413 Int_t AliTPCCalibViewer::EasyDraw(const char* drawCommand, Int_t sector, const char* cuts, const char* drawOptions, Bool_t writeDrawCommand) const {
 414   //
 415   // easy drawing of data, use '~' for abbreviation of '.fElements'
 416   // example: EasyDraw("CETmean~-CETmean_mean", 34, "(CETmean~-CETmean_mean)>0")
 417   // sector: sector-number - only the specified sector will be drwawn
 418   // cuts: specifies cuts
 419   // drawOptions: draw options like 'same'
 420   // writeDrawCommand: write the command, that is passed to TTree::Draw
 421   //
 422    if (sector >= 0 && sector < 72) {
 423       return EasyDraw(drawCommand, Form("%i", sector), cuts, drawOptions, writeDrawCommand);
 424    }
 425    Error("EasyDraw","The TPC contains only sectors between 0 and 71.");
 426    return -1;
 427 }
 428
 429
 430 //_____________________________________________________________________________
 431 Int_t AliTPCCalibViewer::EasyDraw1D(const char* drawCommand, const char* sector, const char* cuts, const char* drawOptions, Bool_t writeDrawCommand) const {
 432   //
 433   // easy drawing of data, use '~' for abbreviation of '.fElements'
 434   // example: EasyDraw("CETmean~-CETmean_mean", "A", "(CETmean~-CETmean_mean)>0")
 435   // sector: sector-number - the specified sector will be drwawn
 436   //         'A'/'C' or 'a'/'c' - side A/C will be drawn
 437   //         'ALL' - whole TPC will be drawn, projected on one side
 438   // cuts: specifies cuts
 439   // drawOptions: draw options like 'same'
 440   // writeDrawCommand: write the command, that is passed to TTree::Draw
 441   //
 442
 443    TString drawStr(drawCommand);
 444    TString sectorStr(sector);
 445    TString drawOptionsStr(drawOptions);
 446    sectorStr.ToUpper();
 447    TString cutStr("");
 448
 449    if (sectorStr == "A")
 450       cutStr += "(sector/18)%2==0 ";
 451    else if  (sectorStr == "C")
 452       cutStr += "(sector/18)%2==1 ";
 453    else if (sectorStr.IsDigit()) {
 454       Int_t isec = sectorStr.Atoi();
 455       if (isec < 0 || isec > 71) {
 456          Error("EasyDraw","The TPC contains only sectors between 0 and 71.");
 457          return -1;
 458       }
 459       cutStr += "(sector==";
 460       cutStr += isec;
 461       cutStr += ") ";
 462    }
 463    else if  (sectorStr.Contains("S")) {
 464       TString sec=sectorStr;
 465       sec.Remove(0,1);
 466       cutStr += "sector%36=="+sec+" ";
 467    }
 468
 469    if (cuts && cuts[0] != 0) {
 470       if (cutStr.Length() != 0) cutStr += "&& ";
 471       cutStr += "(";
 472       cutStr += cuts;
 473       cutStr += ")";
 474    }
 475
 476    drawStr.ReplaceAll(fAbbreviation, fAppendString);
 477    cutStr.ReplaceAll(fAbbreviation, fAppendString);
 478    if (writeDrawCommand) std::cout << "fTree->Draw(\"" << drawStr << "\", \"" <<  cutStr << "\", \"" << drawOptionsStr << "\");" << std::endl;
 479    Int_t returnValue = fTree->Draw(drawStr.Data(), cutStr.Data(), drawOptionsStr.Data());
 480    if (returnValue == -1) return -1;
 481
 482    TObject *obj = (gPad) ? gPad->GetPrimitive("htemp") : 0;
 483    if (!obj) obj = (TH1F*)gDirectory->Get("htemp");
 484    if (!obj) obj = gPad->GetPrimitive("tempHist");
 485    if (!obj) obj = (TH1F*)gDirectory->Get("tempHist");
 486    if (!obj) obj = gPad->GetPrimitive("Graph");
 487    if (!obj) obj = (TH1F*)gDirectory->Get("Graph");
 488    if (obj && obj->InheritsFrom("TH1")) FormatHistoLabels((TH1*)obj);
 489    return returnValue;
 490 }
 491
 492
 493 Int_t AliTPCCalibViewer::EasyDraw1D(const char* drawCommand, Int_t sector, const char* cuts, const char* drawOptions, Bool_t writeDrawCommand) const {
 494   //
 495   // easy drawing of data, use '~' for abbreviation of '.fElements'
 496   // example: EasyDraw("CETmean~-CETmean_mean", 34, "(CETmean~-CETmean_mean)>0")
 497   // sector: sector-number - the specified sector will be drwawn
 498   // cuts: specifies cuts
 499   // drawOptions: draw options like 'same'
 500   // writeDrawCommand: write the command, that is passed to TTree::Draw
 501   //
 502
 503    if (sector >= 0 && sector < 72) {
 504       return EasyDraw1D(drawCommand, Form("%i",sector), cuts, drawOptions, writeDrawCommand);
 505    }
 506   Error("EasyDraw","The TPC contains only sectors between 0 and 71.");
 507   return -1;
 508 }
 509
 510
 511 void AliTPCCalibViewer::FormatHistoLabels(TH1 *histo) const {
 512    //
 513    // formats title and axis labels of histo
 514    // removes '.fElements'
 515    //
 516    if (!histo) return;
 517    TString replaceString(fAppendString.Data());
 518    TString *str = new TString(histo->GetTitle());
 519    str->ReplaceAll(replaceString, "");
 520    histo->SetTitle(str->Data());
 521    delete str;
 522    if (histo->GetXaxis()) {
 523       str = new TString(histo->GetXaxis()->GetTitle());
 524       str->ReplaceAll(replaceString, "");
 525       histo->GetXaxis()->SetTitle(str->Data());
 526       delete str;
 527    }
 528    if (histo->GetYaxis()) {
 529       str = new TString(histo->GetYaxis()->GetTitle());
 530       str->ReplaceAll(replaceString, "");
 531       histo->GetYaxis()->SetTitle(str->Data());
 532       delete str;
 533    }
 534    if (histo->GetZaxis()) {
 535       str = new TString(histo->GetZaxis()->GetTitle());
 536       str->ReplaceAll(replaceString, "");
 537       histo->GetZaxis()->SetTitle(str->Data());
 538       delete str;
 539    }
 540 }
 541
 542
 543 Int_t  AliTPCCalibViewer::DrawHisto1D(const char* drawCommand, Int_t sector, const char* cuts, const char *sigmas, Bool_t plotMean, Bool_t plotMedian, Bool_t plotLTM) const {
 544    //
 545    // Easy drawing of data, in principle the same as EasyDraw1D
 546    // Difference: A line for the mean / median / LTM is drawn
 547    // in 'sigmas' you can specify in which distance to the mean/median/LTM you want to see a line in sigma-units, separated by ';'
 548    // example: sigmas = "2; 4; 6;"  at Begin_Latex 2 #sigma End_Latex, Begin_Latex 4 #sigma End_Latex and Begin_Latex 6 #sigma End_Latex  a line is drawn.
 549    // "plotMean", "plotMedian" and "plotLTM": what kind of lines do you want to see?
 550    //
 551    if (sector >= 0 && sector < 72) {
 552       return DrawHisto1D(drawCommand, Form("%i", sector), cuts, sigmas, plotMean, plotMedian, plotLTM);
 553    }
 554    Error("DrawHisto1D","The TPC contains only sectors between 0 and 71.");
 555    return -1;
 556 }
 557
 558
 559 Int_t  AliTPCCalibViewer::DrawHisto1D(const char* drawCommand, const char* sector, const char* cuts, const char *sigmas, Bool_t plotMean, Bool_t plotMedian, Bool_t plotLTM) const {
 560    //
 561    // Easy drawing of data, in principle the same as EasyDraw1D
 562    // Difference: A line for the mean / median / LTM is drawn
 563    // in 'sigmas' you can specify in which distance to the mean/median/LTM you want to see a line in sigma-units, separated by ';'
 564    // example: sigmas = "2; 4; 6;"  at Begin_Latex 2 #sigma End_Latex, Begin_Latex 4 #sigma End_Latex and Begin_Latex 6 #sigma End_Latex  a line is drawn.
 565    // "plotMean", "plotMedian" and "plotLTM": what kind of lines do you want to see?
 566    //
 567    Int_t oldOptStat = gStyle->GetOptStat();
 568    gStyle->SetOptStat(0000000);
 569    Double_t ltmFraction = 0.8;
 570
 571    TObjArray *sigmasTokens = TString(sigmas).Tokenize(";");
 572    TVectorF nsigma(sigmasTokens->GetEntriesFast());
 573    for (Int_t i = 0; i < sigmasTokens->GetEntriesFast(); i++) {
 574       TString str(((TObjString*)sigmasTokens->At(i))->GetString());
 575       Double_t sig = (str.IsFloat()) ? str.Atof() : 0;
 576       nsigma[i] = sig;
 577    }
 578
 579    TString drawStr(drawCommand);
 580    Bool_t dangerousToDraw = drawStr.Contains(":") || drawStr.Contains(">>");
 581    if (dangerousToDraw) {
 582       Warning("DrawHisto1D", "The draw string must not contain ':' or '>>'.");
 583       return -1;
 584    }
 585    drawStr += " >> tempHist";
 586    Int_t entries = EasyDraw1D(drawStr.Data(), sector, cuts);
 587    TH1F *htemp = (TH1F*)gDirectory->Get("tempHist");
 588    // FIXME is this histogram deleted automatically?
 589    Double_t *values = fTree->GetV1();  // value is the array containing 'entries' numbers
 590
 591    Double_t mean = TMath::Mean(entries, values);
 592    Double_t median = TMath::Median(entries, values);
 593    Double_t sigma = TMath::RMS(entries, values);
 594    Double_t maxY = htemp->GetMaximum();
 595
 596    TLegend * legend = new TLegend(.7,.7, .99, .99, "Statistical information");
 597    //fListOfObjectsToBeDeleted->Add(legend);
 598
 599    if (plotMean) {
 600       // draw Mean
 601       TLine* line = new TLine(mean, 0, mean, maxY);
 602       //fListOfObjectsToBeDeleted->Add(line);
 603       line->SetLineColor(kRed);
 604       line->SetLineWidth(2);
 605       line->SetLineStyle(1);
 606       line->Draw();
 607       legend->AddEntry(line, Form("Mean: %f", mean), "l");
 608       // draw sigma lines
 609       for (Int_t i = 0; i < nsigma.GetNoElements(); i++) {
 610          TLine* linePlusSigma = new TLine(mean + nsigma[i] * sigma, 0, mean + nsigma[i] * sigma, maxY);
 611          //fListOfObjectsToBeDeleted->Add(linePlusSigma);
 612          linePlusSigma->SetLineColor(kRed);
 613          linePlusSigma->SetLineStyle(2 + i);
 614          linePlusSigma->Draw();
 615          TLine* lineMinusSigma = new TLine(mean - nsigma[i] * sigma, 0, mean - nsigma[i] * sigma, maxY);
 616          //fListOfObjectsToBeDeleted->Add(lineMinusSigma);
 617          lineMinusSigma->SetLineColor(kRed);
 618          lineMinusSigma->SetLineStyle(2 + i);
 619          lineMinusSigma->Draw();
 620          legend->AddEntry(lineMinusSigma, Form("%i #sigma = %f",(Int_t)(nsigma[i]), (Float_t)(nsigma[i] * sigma)), "l");
 621       }
 622    }
 623    if (plotMedian) {
 624       // draw median
 625       TLine* line = new TLine(median, 0, median, maxY);
 626       //fListOfObjectsToBeDeleted->Add(line);
 627       line->SetLineColor(kBlue);
 628       line->SetLineWidth(2);
 629       line->SetLineStyle(1);
 630       line->Draw();
 631       legend->AddEntry(line, Form("Median: %f", median), "l");
 632       // draw sigma lines
 633       for (Int_t i = 0; i < nsigma.GetNoElements(); i++) {
 634          TLine* linePlusSigma = new TLine(median + nsigma[i] * sigma, 0, median + nsigma[i]*sigma, maxY);
 635          //fListOfObjectsToBeDeleted->Add(linePlusSigma);
 636          linePlusSigma->SetLineColor(kBlue);
 637          linePlusSigma->SetLineStyle(2 + i);
 638          linePlusSigma->Draw();
 639          TLine* lineMinusSigma = new TLine(median - nsigma[i] * sigma, 0, median - nsigma[i]*sigma, maxY);
 640          //fListOfObjectsToBeDeleted->Add(lineMinusSigma);
 641          lineMinusSigma->SetLineColor(kBlue);
 642          lineMinusSigma->SetLineStyle(2 + i);
 643          lineMinusSigma->Draw();
 644          legend->AddEntry(lineMinusSigma, Form("%i #sigma = %f",(Int_t)(nsigma[i]), (Float_t)(nsigma[i] * sigma)), "l");
 645       }
 646    }
 647    if (plotLTM) {
 648       // draw LTM
 649       Double_t ltmRms = 0;
 650       Double_t ltm = GetLTM(entries, values, &ltmRms, ltmFraction);
 651       TLine* line = new TLine(ltm, 0, ltm, maxY);
 652       //fListOfObjectsToBeDeleted->Add(line);
 653       line->SetLineColor(kGreen+2);
 654       line->SetLineWidth(2);
 655       line->SetLineStyle(1);
 656       line->Draw();
 657       legend->AddEntry(line, Form("LTM: %f", ltm), "l");
 658       // draw sigma lines
 659       for (Int_t i = 0; i < nsigma.GetNoElements(); i++) {
 660          TLine* linePlusSigma = new TLine(ltm + nsigma[i] * ltmRms, 0, ltm + nsigma[i] * ltmRms, maxY);
 661          //fListOfObjectsToBeDeleted->Add(linePlusSigma);
 662          linePlusSigma->SetLineColor(kGreen+2);
 663          linePlusSigma->SetLineStyle(2+i);
 664          linePlusSigma->Draw();
 665
 666          TLine* lineMinusSigma = new TLine(ltm - nsigma[i] * ltmRms, 0, ltm - nsigma[i] * ltmRms, maxY);
 667          //fListOfObjectsToBeDeleted->Add(lineMinusSigma);
 668          lineMinusSigma->SetLineColor(kGreen+2);
 669          lineMinusSigma->SetLineStyle(2+i);
 670          lineMinusSigma->Draw();
 671          legend->AddEntry(lineMinusSigma, Form("%i #sigma = %f", (Int_t)(nsigma[i]), (Float_t)(nsigma[i] * ltmRms)), "l");
 672       }
 673    }
 674    if (!plotMean && !plotMedian && !plotLTM) return -1;
 675    legend->Draw();
 676    gStyle->SetOptStat(oldOptStat);
 677    return 1;
 678 }
 679
 680
 681 Int_t AliTPCCalibViewer::SigmaCut(const char* drawCommand, Int_t sector, const char* cuts, Float_t sigmaMax, Bool_t plotMean, Bool_t plotMedian, Bool_t plotLTM, Bool_t pm, const char *sigmas, Float_t sigmaStep) const {
 682    //
 683    // Creates a histogram Begin_Latex S(t, #mu, #sigma) End_Latex, where you can see, how much of the data are inside sigma-intervals around the mean value
 684    // The data of the distribution Begin_Latex f(x, #mu, #sigma) End_Latex are given in 'array', 'n' specifies the length of the array
 685    // 'mean' and 'sigma' are Begin_Latex #mu End_Latex and  Begin_Latex #sigma End_Latex of the distribution in 'array', to be specified by the user
 686    // 'nbins': number of bins, 'binLow': first bin, 'binUp': last bin
 687    // sigmaMax: up to which sigma around the mean/median/LTM the histogram is generated (in units of sigma, Begin_Latex t #sigma End_Latex)
 688    // sigmaStep: the binsize of the generated histogram
 689    // Begin_Latex
 690    // f(x, #mu, #sigma)     #Rightarrow       S(t, #mu, #sigma) = #frac{#int_{#mu}^{#mu + t #sigma} f(x, #mu, #sigma) dx + #int_{#mu}^{#mu - t #sigma} f(x, #mu, #sigma) dx }{ #int_{-#infty}^{+#infty} f(x, #mu, #sigma) dx }
 691    // End_Latex
 692    //
 693    //
 694    // Creates a histogram, where you can see, how much of the data are inside sigma-intervals
 695    // around the mean/median/LTM
 696    // with drawCommand, sector and cuts you specify your input data, see EasyDraw
 697    // sigmaMax: up to which sigma around the mean/median/LTM the histogram is generated (in units of sigma)
 698    // sigmaStep: the binsize of the generated histogram
 699    // plotMean/plotMedian/plotLTM: specifies where to put the center
 700    //
 701    if (sector >= 0 && sector < 72) {
 702       return SigmaCut(drawCommand, Form("%i", sector), cuts, sigmaMax, plotMean, plotMedian, plotLTM, pm, sigmas, sigmaStep);
 703    }
 704    Error("SigmaCut","The TPC contains only sectors between 0 and 71.");
 705    return -1;
 706 }
 707
 708
 709 Int_t AliTPCCalibViewer::SigmaCut(const char* drawCommand, const char* sector, const char* cuts, Float_t sigmaMax, Bool_t plotMean, Bool_t plotMedian, Bool_t plotLTM, Bool_t pm, const char *sigmas, Float_t sigmaStep) const {
 710    //
 711    // Creates a histogram, where you can see, how much of the data are inside sigma-intervals
 712    // around the mean/median/LTM
 713    // with drawCommand, sector and cuts you specify your input data, see EasyDraw
 714    // sigmaMax: up to which sigma around the mean/median/LTM the histogram is generated (in units of sigma)
 715    // sigmaStep: the binsize of the generated histogram
 716    // plotMean/plotMedian/plotLTM: specifies where to put the center
 717    //
 718
 719    Double_t ltmFraction = 0.8;
 720
 721    TString drawStr(drawCommand);
 722    Bool_t dangerousToDraw = drawStr.Contains(":") || drawStr.Contains(">>");
 723    if (dangerousToDraw) {
 724       Warning("SigmaCut", "The draw string must not contain ':' or '>>'.");
 725       return -1;
 726    }
 727    drawStr += " >> tempHist";
 728
 729    Int_t entries = EasyDraw1D(drawStr.Data(), sector, cuts, "goff");
 730    TH1F *htemp = (TH1F*)gDirectory->Get("tempHist");
 731    // FIXME is this histogram deleted automatically?
 732    Double_t *values = fTree->GetV1();  // value is the array containing 'entries' numbers
 733
 734    Double_t mean = TMath::Mean(entries, values);
 735    Double_t median = TMath::Median(entries, values);
 736    Double_t sigma = TMath::RMS(entries, values);
 737
 738    TLegend * legend = new TLegend(.7,.7, .99, .99, "Cumulative");
 739    //fListOfObjectsToBeDeleted->Add(legend);
 740    TH1F *cutHistoMean = 0;
 741    TH1F *cutHistoMedian = 0;
 742    TH1F *cutHistoLTM = 0;
 743
 744    TObjArray *sigmasTokens = TString(sigmas).Tokenize(";");
 745    TVectorF nsigma(sigmasTokens->GetEntriesFast());
 746    for (Int_t i = 0; i < sigmasTokens->GetEntriesFast(); i++) {
 747       TString str(((TObjString*)sigmasTokens->At(i))->GetString());
 748       Double_t sig = (str.IsFloat()) ? str.Atof() : 0;
 749       nsigma[i] = sig;
 750    }
 751
 752    if (plotMean) {
 753       cutHistoMean = AliTPCCalibViewer::SigmaCut(htemp, mean, sigma, sigmaMax, sigmaStep, pm);
 754       if (cutHistoMean) {
 755          //fListOfObjectsToBeDeleted->Add(cutHistoMean);
 756          cutHistoMean->SetLineColor(kRed);
 757          legend->AddEntry(cutHistoMean, "Mean", "l");
 758          cutHistoMean->SetTitle(Form("%s, cumulative; Multiples of #sigma; Fraction of included data", htemp->GetTitle()));
 759          cutHistoMean->Draw();
 760          DrawLines(cutHistoMean, nsigma, legend, kRed, pm);
 761       } // if (cutHistoMean)
 762
 763    }
 764    if (plotMedian) {
 765       cutHistoMedian = AliTPCCalibViewer::SigmaCut(htemp, median, sigma, sigmaMax, sigmaStep, pm);
 766       if (cutHistoMedian) {
 767          //fListOfObjectsToBeDeleted->Add(cutHistoMedian);
 768          cutHistoMedian->SetLineColor(kBlue);
 769          legend->AddEntry(cutHistoMedian, "Median", "l");
 770          cutHistoMedian->SetTitle(Form("%s, cumulative; Multiples of #sigma; Fraction of included data", htemp->GetTitle()));
 771          if (plotMean && cutHistoMean) cutHistoMedian->Draw("same");
 772             else cutHistoMedian->Draw();
 773          DrawLines(cutHistoMedian, nsigma, legend, kBlue, pm);
 774       }  // if (cutHistoMedian)
 775    }
 776    if (plotLTM) {
 777       Double_t ltmRms = 0;
 778       Double_t ltm = GetLTM(entries, values, &ltmRms, ltmFraction);
 779       cutHistoLTM = AliTPCCalibViewer::SigmaCut(htemp, ltm, ltmRms, sigmaMax, sigmaStep, pm);
 780       if (cutHistoLTM) {
 781          //fListOfObjectsToBeDeleted->Add(cutHistoLTM);
 782          cutHistoLTM->SetLineColor(kGreen+2);
 783          legend->AddEntry(cutHistoLTM, "LTM", "l");
 784          cutHistoLTM->SetTitle(Form("%s, cumulative; Multiples of #sigma; Fraction of included data", htemp->GetTitle()));
 785          if ((plotMean && cutHistoMean) || (plotMedian && cutHistoMedian)) cutHistoLTM->Draw("same");
 786             else cutHistoLTM->Draw();
 787          DrawLines(cutHistoLTM, nsigma, legend, kGreen+2, pm);
 788       }
 789    }
 790    if (!plotMean && !plotMedian && !plotLTM) return -1;
 791    legend->Draw();
 792    return 1;
 793 }
 794
 795
 796 Int_t AliTPCCalibViewer::SigmaCutNew(const char* drawCommand, const char* sector, const char* cuts, Float_t sigmaMax, Bool_t plotMean, Bool_t plotMedian, Bool_t plotLTM, Bool_t pm, const char *sigmas, Float_t sigmaStep) const {
 797    //
 798    // Creates a histogram, where you can see, how much of the data are inside sigma-intervals
 799    // around the mean/median/LTM
 800    // with drawCommand, sector and cuts you specify your input data, see EasyDraw
 801    // sigmaMax: up to which sigma around the mean/median/LTM the histogram is generated (in units of sigma)
 802    // sigmaStep: the binsize of the generated histogram
 803    // plotMean/plotMedian/plotLTM: specifies where to put the center
 804    //
 805
 806    // Double_t ltmFraction = 0.8;  //unused
 807    // avoid compiler warnings:
 808    sigmaMax = sigmaMax;
 809    pm = pm;
 810    sigmaStep = sigmaStep;
 811
 812    TString drawStr(drawCommand);
 813    drawStr += " >> tempHist";
 814
 815    Int_t entries = EasyDraw1D(drawStr.Data(), sector, cuts, "goff");
 816    TH1F *htemp = (TH1F*)gDirectory->Get("tempHist");
 817    TGraph *cutGraphMean   = 0;
 818    // TGraph *cutGraphMedian = 0;
 819    // TGraph *cutGraphLTM    = 0;
 820    Double_t *values = fTree->GetV1();  // value is the array containing 'entries' numbers
 821    Int_t    *index  = new Int_t[entries];
 822    Float_t  *xarray = new Float_t[entries];
 823    Float_t  *yarray = new Float_t[entries];
 824    TMath::Sort(entries, values, index, kFALSE);
 825
 826    Double_t mean = TMath::Mean(entries, values);
 827    // Double_t median = TMath::Median(entries, values);
 828    Double_t sigma = TMath::RMS(entries, values);
 829
 830    TLegend * legend = new TLegend(.7,.7, .99, .99, "Cumulative");
 831    //fListOfObjectsToBeDeleted->Add(legend);
 832
 833    // parse sigmas string
 834    TObjArray *sigmasTokens = TString(sigmas).Tokenize(";");
 835    TVectorF nsigma(sigmasTokens->GetEntriesFast());
 836    for (Int_t i = 0; i < sigmasTokens->GetEntriesFast(); i++) {
 837       TString str(((TObjString*)sigmasTokens->At(i))->GetString());
 838       Double_t sig = (str.IsFloat()) ? str.Atof() : 0;
 839       nsigma[i] = sig;
 840    }
 841
 842    if (plotMean) {
 843       for (Int_t i = 0; i < entries; i++) {
 844          xarray[i] = TMath::Abs(values[index[i]] - mean) / sigma;
 845          yarray[i] = float(i) / float(entries);
 846       }
 847       cutGraphMean = new TGraph(entries, xarray, yarray);
 848       if (cutGraphMean) {
 849          //fListOfObjectsToBeDeleted->Add(cutGraphMean);
 850          cutGraphMean->SetLineColor(kRed);
 851          legend->AddEntry(cutGraphMean, "Mean", "l");
 852          cutGraphMean->SetTitle(Form("%s, Cumulative; Multiples of #sigma; Fraction of included data", htemp->GetTitle()));
 853          cutGraphMean->Draw("alu");
 854          DrawLines(cutGraphMean, nsigma, legend, kRed, kTRUE);
 855       }
 856    }
 857   delete [] index;
 858   delete [] xarray;
 859   delete [] yarray;
 860    /*
 861    if (plotMedian) {
 862       cutHistoMedian = AliTPCCalibViewer::SigmaCut(htemp, median, sigma, sigmaMax, sigmaStep, pm);
 863       if (cutHistoMedian) {
 864          fListOfObjectsToBeDeleted->Add(cutHistoMedian);
 865          cutHistoMedian->SetLineColor(kBlue);
 866          legend->AddEntry(cutHistoMedian, "Median", "l");
 867          cutHistoMedian->SetTitle(Form("%s, cumulative; Multiples of #sigma; Fraction of included data", htemp->GetTitle()));
 868          if (plotMean && cutHistoMean) cutHistoMedian->Draw("same");
 869             else cutHistoMedian->Draw();
 870          DrawLines(cutHistoMedian, nsigma, legend, kBlue, pm);
 871       }  // if (cutHistoMedian)
 872    }
 873    if (plotLTM) {
 874       Double_t ltmRms = 0;
 875       Double_t ltm = GetLTM(entries, values, &ltmRms, ltmFraction);
 876       cutHistoLTM = AliTPCCalibViewer::SigmaCut(htemp, ltm, ltmRms, sigmaMax, sigmaStep, pm);
 877       if (cutHistoLTM) {
 878          fListOfObjectsToBeDeleted->Add(cutHistoLTM);
 879          cutHistoLTM->SetLineColor(kGreen+2);
 880          legend->AddEntry(cutHistoLTM, "LTM", "l");
 881          cutHistoLTM->SetTitle(Form("%s, cumulative; Multiples of #sigma; Fraction of included data", htemp->GetTitle()));
 882          if (plotMean && cutHistoMean || plotMedian && cutHistoMedian) cutHistoLTM->Draw("same");
 883             else cutHistoLTM->Draw();
 884          DrawLines(cutHistoLTM, nsigma, legend, kGreen+2, pm);
 885       }
 886    }*/
 887    if (!plotMean && !plotMedian && !plotLTM) return -1;
 888    legend->Draw();
 889    return 1;
 890 }
 891
 892
 893 Int_t AliTPCCalibViewer::Integrate(const char* drawCommand,       Int_t sector, const char* cuts, Float_t sigmaMax, Bool_t plotMean, Bool_t plotMedian, Bool_t plotLTM, const char *sigmas, Float_t sigmaStep) const {
 894    //
 895    // Creates an integrated histogram Begin_Latex S(t, #mu, #sigma) End_Latex, out of the input distribution distribution Begin_Latex f(x, #mu, #sigma) End_Latex, given in "histogram"
 896    // "mean" and "sigma" are Begin_Latex #mu End_Latex and  Begin_Latex #sigma End_Latex of the distribution in "histogram", to be specified by the user
 897    // sigmaMax: up to which sigma around the mean/median/LTM you want to integrate
 898    // if "igma == 0" and "sigmaMax == 0" the whole histogram is integrated
 899    // "sigmaStep": the binsize of the generated histogram, -1 means, that the maximal reasonable stepsize is used
 900    // The actual work is done on the array.
 901    /* Begin_Latex
 902          f(x, #mu, #sigma)     #Rightarrow       S(t, #mu, #sigma) = #frac{#int_{-#infty}^{#mu + t #sigma} f(x, #mu, #sigma) dx}{ #int_{-#infty}^{+#infty} f(x, #mu, #sigma) dx }
 903       End_Latex
 904    */
 905    if (sector >= 0 && sector < 72) {
 906       return Integrate(drawCommand, Form("%i", sector), cuts, sigmaMax, plotMean, plotMedian, plotLTM, sigmas, sigmaStep);
 907    }
 908    Error("Integrate","The TPC contains only sectors between 0 and 71.");
 909    return -1;
 910
 911 }
 912
 913
 914 Int_t AliTPCCalibViewer::IntegrateOld(const char* drawCommand, const char* sector, const char* cuts, Float_t sigmaMax, Bool_t plotMean, Bool_t plotMedian, Bool_t plotLTM, const char *sigmas, Float_t sigmaStep) const {
 915    //
 916    // Creates an integrated histogram Begin_Latex S(t, #mu, #sigma) End_Latex, out of the input distribution distribution Begin_Latex f(x, #mu, #sigma) End_Latex, given in "histogram"
 917    // "mean" and "sigma" are Begin_Latex #mu End_Latex and  Begin_Latex #sigma End_Latex of the distribution in "histogram", to be specified by the user
 918    // sigmaMax: up to which sigma around the mean/median/LTM you want to integrate
 919    // if "igma == 0" and "sigmaMax == 0" the whole histogram is integrated
 920    // "sigmaStep": the binsize of the generated histogram, -1 means, that the maximal reasonable stepsize is used
 921    // The actual work is done on the array.
 922    /* Begin_Latex
 923          f(x, #mu, #sigma)     #Rightarrow       S(t, #mu, #sigma) = #frac{#int_{-#infty}^{#mu + t #sigma} f(x, #mu, #sigma) dx}{ #int_{-#infty}^{+#infty} f(x, #mu, #sigma) dx }
 924       End_Latex
 925    */
 926
 927    Double_t ltmFraction = 0.8;
 928
 929    TString drawStr(drawCommand);
 930    drawStr += " >> tempHist";
 931
 932    Int_t entries = EasyDraw1D(drawStr.Data(), sector, cuts, "goff");
 933    TH1F *htemp = (TH1F*)gDirectory->Get("tempHist");
 934    // FIXME is this histogram deleted automatically?
 935    Double_t *values = fTree->GetV1();  // value is the array containing 'entries' numbers
 936
 937    Double_t mean = TMath::Mean(entries, values);
 938    Double_t median = TMath::Median(entries, values);
 939    Double_t sigma = TMath::RMS(entries, values);
 940
 941    TObjArray *sigmasTokens = TString(sigmas).Tokenize(";");
 942    TVectorF nsigma(sigmasTokens->GetEntriesFast());
 943    for (Int_t i = 0; i < sigmasTokens->GetEntriesFast(); i++) {
 944       TString str(((TObjString*)sigmasTokens->At(i))->GetString());
 945       Double_t sig = (str.IsFloat()) ? str.Atof() : 0;
 946       nsigma[i] = sig;
 947    }
 948
 949    TLegend * legend = new TLegend(.7,.7, .99, .99, "Integrated histogram");
 950    //fListOfObjectsToBeDeleted->Add(legend);
 951    TH1F *integralHistoMean = 0;
 952    TH1F *integralHistoMedian = 0;
 953    TH1F *integralHistoLTM = 0;
 954
 955    if (plotMean) {
 956       integralHistoMean = AliTPCCalibViewer::Integrate(htemp, mean, sigma, sigmaMax, sigmaStep);
 957       if (integralHistoMean) {
 958          //fListOfObjectsToBeDeleted->Add(integralHistoMean);
 959          integralHistoMean->SetLineColor(kRed);
 960          legend->AddEntry(integralHistoMean, "Mean", "l");
 961          integralHistoMean->SetTitle(Form("%s, integrated; Multiples of #sigma; Fraction of included data", htemp->GetTitle()));
 962          integralHistoMean->Draw();
 963          DrawLines(integralHistoMean, nsigma, legend, kRed, kTRUE);
 964       }
 965    }
 966    if (plotMedian) {
 967       integralHistoMedian = AliTPCCalibViewer::Integrate(htemp, median, sigma, sigmaMax, sigmaStep);
 968       if (integralHistoMedian) {
 969          //fListOfObjectsToBeDeleted->Add(integralHistoMedian);
 970          integralHistoMedian->SetLineColor(kBlue);
 971          legend->AddEntry(integralHistoMedian, "Median", "l");
 972          integralHistoMedian->SetTitle(Form("%s, integrated; Multiples of #sigma; Fraction of included data", htemp->GetTitle()));
 973          if (plotMean && integralHistoMean) integralHistoMedian->Draw("same");
 974             else integralHistoMedian->Draw();
 975          DrawLines(integralHistoMedian, nsigma, legend, kBlue, kTRUE);
 976       }
 977    }
 978    if (plotLTM) {
 979       Double_t ltmRms = 0;
 980       Double_t ltm = GetLTM(entries, values, &ltmRms, ltmFraction);
 981       integralHistoLTM = AliTPCCalibViewer::Integrate(htemp, ltm, ltmRms, sigmaMax, sigmaStep);
 982       if (integralHistoLTM) {
 983          //fListOfObjectsToBeDeleted->Add(integralHistoLTM);
 984          integralHistoLTM->SetLineColor(kGreen+2);
 985          legend->AddEntry(integralHistoLTM, "LTM", "l");
 986          integralHistoLTM->SetTitle(Form("%s, integrated; Multiples of #sigma; Fraction of included data", htemp->GetTitle()));
 987          if ((plotMean && integralHistoMean) || (plotMedian && integralHistoMedian)) integralHistoLTM->Draw("same");
 988             else integralHistoLTM->Draw();
 989          DrawLines(integralHistoLTM, nsigma, legend, kGreen+2, kTRUE);
 990       }
 991    }
 992    if (!plotMean && !plotMedian && !plotLTM) return -1;
 993    legend->Draw();
 994    return 1;
 995 }
 996
 997
 998 Int_t AliTPCCalibViewer::Integrate(const char* drawCommand, const char* sector, const char* cuts, Float_t sigmaMax, Bool_t plotMean, Bool_t plotMedian, Bool_t plotLTM, const char *sigmas, Float_t sigmaStep) const {
 999    //
1000    // Creates an integrated histogram Begin_Latex S(t, #mu, #sigma) End_Latex, out of the input distribution distribution Begin_Latex f(x, #mu, #sigma) End_Latex, given in "histogram"
1001    // "mean" and "sigma" are Begin_Latex #mu End_Latex and  Begin_Latex #sigma End_Latex of the distribution in "histogram", to be specified by the user
1002    // sigmaMax: up to which sigma around the mean/median/LTM you want to integrate
1003    // if "igma == 0" and "sigmaMax == 0" the whole histogram is integrated
1004    // "sigmaStep": the binsize of the generated histogram, -1 means, that the maximal reasonable stepsize is used
1005    // The actual work is done on the array.
1006    /* Begin_Latex
1007          f(x, #mu, #sigma)     #Rightarrow       S(t, #mu, #sigma) = #frac{#int_{-#infty}^{#mu + t #sigma} f(x, #mu, #sigma) dx}{ #int_{-#infty}^{+#infty} f(x, #mu, #sigma) dx }
1008       End_Latex
1009    */
1010
1011    Double_t ltmFraction = 0.8;
1012    // avoid compiler warnings:
1013    sigmaMax = sigmaMax;
1014    sigmaStep = sigmaStep;
1015
1016    TString drawStr(drawCommand);
1017    Bool_t dangerousToDraw = drawStr.Contains(":") || drawStr.Contains(">>");
1018    if (dangerousToDraw) {
1019       Warning("Integrate", "The draw string must not contain ':' or '>>'.");
1020       return -1;
1021    }
1022    drawStr += " >> tempHist";
1023
1024    Int_t entries = EasyDraw1D(drawStr.Data(), sector, cuts, "goff");
1025    TH1F *htemp = (TH1F*)gDirectory->Get("tempHist");
1026    TGraph *integralGraphMean   = 0;
1027    TGraph *integralGraphMedian = 0;
1028    TGraph *integralGraphLTM    = 0;
1029    Double_t *values = fTree->GetV1();  // value is the array containing 'entries' numbers
1030    Int_t    *index  = new Int_t[entries];
1031    Float_t  *xarray = new Float_t[entries];
1032    Float_t  *yarray = new Float_t[entries];
1033    TMath::Sort(entries, values, index, kFALSE);
1034
1035    Double_t mean = TMath::Mean(entries, values);
1036    Double_t median = TMath::Median(entries, values);
1037    Double_t sigma = TMath::RMS(entries, values);
1038
1039    // parse sigmas string
1040    TObjArray *sigmasTokens = TString(sigmas).Tokenize(";");
1041    TVectorF nsigma(sigmasTokens->GetEntriesFast());
1042    for (Int_t i = 0; i < sigmasTokens->GetEntriesFast(); i++) {
1043       TString str(((TObjString*)sigmasTokens->At(i))->GetString());
1044       Double_t sig = (str.IsFloat()) ? str.Atof() : 0;
1045       nsigma[i] = sig;
1046    }
1047
1048    TLegend * legend = new TLegend(.7,.7, .99, .99, "Integrated histogram");
1049    //fListOfObjectsToBeDeleted->Add(legend);
1050
1051    if (plotMean) {
1052       for (Int_t i = 0; i < entries; i++) {
1053          xarray[i] = (values[index[i]] - mean) / sigma;
1054          yarray[i] = float(i) / float(entries);
1055       }
1056       integralGraphMean = new TGraph(entries, xarray, yarray);
1057       if (integralGraphMean) {
1058          //fListOfObjectsToBeDeleted->Add(integralGraphMean);
1059          integralGraphMean->SetLineColor(kRed);
1060          legend->AddEntry(integralGraphMean, "Mean", "l");
1061          integralGraphMean->SetTitle(Form("%s, integrated; Multiples of #sigma; Fraction of included data", htemp->GetTitle()));
1062          integralGraphMean->Draw("alu");
1063          DrawLines(integralGraphMean, nsigma, legend, kRed, kTRUE);
1064       }
1065    }
1066    if (plotMedian) {
1067       for (Int_t i = 0; i < entries; i++) {
1068          xarray[i] = (values[index[i]] - median) / sigma;
1069          yarray[i] = float(i) / float(entries);
1070       }
1071       integralGraphMedian = new TGraph(entries, xarray, yarray);
1072       if (integralGraphMedian) {
1073          //fListOfObjectsToBeDeleted->Add(integralGraphMedian);
1074          integralGraphMedian->SetLineColor(kBlue);
1075          legend->AddEntry(integralGraphMedian, "Median", "l");
1076          integralGraphMedian->SetTitle(Form("%s, integrated; Multiples of #sigma; Fraction of included data", htemp->GetTitle()));
1077          if (plotMean && integralGraphMean) integralGraphMedian->Draw("samelu");
1078             else integralGraphMedian->Draw("alu");
1079          DrawLines(integralGraphMedian, nsigma, legend, kBlue, kTRUE);
1080       }
1081    }
1082    if (plotLTM) {
1083       Double_t ltmRms = 0;
1084       Double_t ltm = GetLTM(entries, values, &ltmRms, ltmFraction);
1085       for (Int_t i = 0; i < entries; i++) {
1086          xarray[i] = (values[index[i]] - ltm) / ltmRms;
1087          yarray[i] = float(i) / float(entries);
1088       }
1089       integralGraphLTM = new TGraph(entries, xarray, yarray);
1090       if (integralGraphLTM) {
1091          //fListOfObjectsToBeDeleted->Add(integralGraphLTM);
1092          integralGraphLTM->SetLineColor(kGreen+2);
1093          legend->AddEntry(integralGraphLTM, "LTM", "l");
1094          integralGraphLTM->SetTitle(Form("%s, integrated; Multiples of #sigma; Fraction of included data", htemp->GetTitle()));
1095          if ((plotMean && integralGraphMean) || (plotMedian && integralGraphMedian)) integralGraphLTM->Draw("samelu");
1096             else integralGraphLTM->Draw("alu");
1097          DrawLines(integralGraphLTM, nsigma, legend, kGreen+2, kTRUE);
1098       }
1099    }
1100    delete [] index;
1101    delete [] xarray;
1102    delete [] yarray;
1103
1104    if (!plotMean && !plotMedian && !plotLTM) return -1;
1105    legend->Draw();
1106    return entries;
1107 }
1108
1109
1110 void AliTPCCalibViewer::DrawLines(TH1F *histogram, TVectorF nsigma, TLegend *legend, Int_t color, Bool_t pm) const {
1111    //
1112    // Private function for SigmaCut(...) and Integrate(...)
1113    // Draws lines into the given histogram, specified by "nsigma", the lines are addeed to the legend
1114    //
1115
1116    // start to draw the lines, loop over requested sigmas
1117    for (Int_t i = 0; i < nsigma.GetNoElements(); i++) {
1118       if (!pm) {
1119          Int_t bin = histogram->GetXaxis()->FindBin(nsigma[i]);
1120          TLine* lineUp = new TLine(nsigma[i], 0, nsigma[i], histogram->GetBinContent(bin));
1121          //fListOfObjectsToBeDeleted->Add(lineUp);
1122          lineUp->SetLineColor(color);
1123          lineUp->SetLineStyle(2 + i);
1124          lineUp->Draw();
1125          TLine* lineLeft = new TLine(nsigma[i], histogram->GetBinContent(bin), 0, histogram->GetBinContent(bin));
1126          //fListOfObjectsToBeDeleted->Add(lineLeft);
1127          lineLeft->SetLineColor(color);
1128          lineLeft->SetLineStyle(2 + i);
1129          lineLeft->Draw();
1130          legend->AddEntry(lineLeft, Form("Fraction(%f #sigma) = %f",nsigma[i], histogram->GetBinContent(bin)), "l");
1131       }
1132       else { // if (pm)
1133          Int_t bin = histogram->GetXaxis()->FindBin(nsigma[i]);
1134          TLine* lineUp1 = new TLine(nsigma[i], 0, nsigma[i], histogram->GetBinContent(bin));
1135          //fListOfObjectsToBeDeleted->Add(lineUp1);
1136          lineUp1->SetLineColor(color);
1137          lineUp1->SetLineStyle(2 + i);
1138          lineUp1->Draw();
1139          TLine* lineLeft1 = new TLine(nsigma[i], histogram->GetBinContent(bin), histogram->GetBinLowEdge(0)+histogram->GetBinWidth(0), histogram->GetBinContent(bin));
1140          //fListOfObjectsToBeDeleted->Add(lineLeft1);
1141          lineLeft1->SetLineColor(color);
1142          lineLeft1->SetLineStyle(2 + i);
1143          lineLeft1->Draw();
1144          legend->AddEntry(lineLeft1, Form("Fraction(+%f #sigma) = %f",nsigma[i], histogram->GetBinContent(bin)), "l");
1145          bin = histogram->GetXaxis()->FindBin(-nsigma[i]);
1146          TLine* lineUp2 = new TLine(-nsigma[i], 0, -nsigma[i], histogram->GetBinContent(bin));
1147          //fListOfObjectsToBeDeleted->Add(lineUp2);
1148          lineUp2->SetLineColor(color);
1149          lineUp2->SetLineStyle(2 + i);
1150          lineUp2->Draw();
1151          TLine* lineLeft2 = new TLine(-nsigma[i], histogram->GetBinContent(bin), histogram->GetBinLowEdge(0)+histogram->GetBinWidth(0), histogram->GetBinContent(bin));
1152          //fListOfObjectsToBeDeleted->Add(lineLeft2);
1153          lineLeft2->SetLineColor(color);
1154          lineLeft2->SetLineStyle(2 + i);
1155          lineLeft2->Draw();
1156          legend->AddEntry(lineLeft2, Form("Fraction(-%f #sigma) = %f",nsigma[i], histogram->GetBinContent(bin)), "l");
1157       }
1158    }  // for (Int_t i = 0; i < nsigma.GetNoElements(); i++)
1159 }
1160
1161
1162 void AliTPCCalibViewer::DrawLines(TGraph *graph, TVectorF nsigma, TLegend *legend, Int_t color, Bool_t pm) const {
1163    //
1164    // Private function for SigmaCut(...) and Integrate(...)
1165    // Draws lines into the given histogram, specified by "nsigma", the lines are addeed to the legend
1166    //
1167
1168    // start to draw the lines, loop over requested sigmas
1169    for (Int_t i = 0; i < nsigma.GetNoElements(); i++) {
1170       if (!pm) {
1171          TLine* lineUp = new TLine(nsigma[i], 0, nsigma[i], graph->Eval(nsigma[i]));
1172          //fListOfObjectsToBeDeleted->Add(lineUp);
1173          lineUp->SetLineColor(color);
1174          lineUp->SetLineStyle(2 + i);
1175          lineUp->Draw();
1176          TLine* lineLeft = new TLine(nsigma[i], graph->Eval(nsigma[i]), 0, graph->Eval(nsigma[i]));
1177          //fListOfObjectsToBeDeleted->Add(lineLeft);
1178          lineLeft->SetLineColor(color);
1179          lineLeft->SetLineStyle(2 + i);
1180          lineLeft->Draw();
1181          legend->AddEntry(lineLeft, Form("Fraction(%f #sigma) = %f",nsigma[i], graph->Eval(nsigma[i])), "l");
1182       }
1183       else { // if (pm)
1184          TLine* lineUp1 = new TLine(nsigma[i], 0, nsigma[i], graph->Eval(nsigma[i]));
1185          //fListOfObjectsToBeDeleted->Add(lineUp1);
1186          lineUp1->SetLineColor(color);
1187          lineUp1->SetLineStyle(2 + i);
1188          lineUp1->Draw();
1189          TLine* lineLeft1 = new TLine(nsigma[i], graph->Eval(nsigma[i]), graph->GetHistogram()->GetXaxis()->GetBinLowEdge(0), graph->Eval(nsigma[i]));
1190          //fListOfObjectsToBeDeleted->Add(lineLeft1);
1191          lineLeft1->SetLineColor(color);
1192          lineLeft1->SetLineStyle(2 + i);
1193          lineLeft1->Draw();
1194          legend->AddEntry(lineLeft1, Form("Fraction(+%f #sigma) = %f",nsigma[i], graph->Eval(nsigma[i])), "l");
1195          TLine* lineUp2 = new TLine(-nsigma[i], 0, -nsigma[i], graph->Eval(-nsigma[i]));
1196          //fListOfObjectsToBeDeleted->Add(lineUp2);
1197          lineUp2->SetLineColor(color);
1198          lineUp2->SetLineStyle(2 + i);
1199          lineUp2->Draw();
1200          TLine* lineLeft2 = new TLine(-nsigma[i], graph->Eval(-nsigma[i]), graph->GetHistogram()->GetXaxis()->GetBinLowEdge(0), graph->Eval(-nsigma[i]));
1201          //fListOfObjectsToBeDeleted->Add(lineLeft2);
1202          lineLeft2->SetLineColor(color);
1203          lineLeft2->SetLineStyle(2 + i);
1204          lineLeft2->Draw();
1205          legend->AddEntry(lineLeft2, Form("Fraction(-%f #sigma) = %f",nsigma[i], graph->Eval(-nsigma[i])), "l");
1206       }
1207    }  // for (Int_t i = 0; i < nsigma.GetNoElements(); i++)
1208 }
1209
1210
1211
1212
1213
1214 /////////////////
1215 // Array tools //
1216 /////////////////
1217
1218
1219 Int_t AliTPCCalibViewer::GetBin(Float_t value, Int_t nbins, Double_t binLow, Double_t binUp){
1220    // Returns the 'bin' for 'value'
1221    // The interval between 'binLow' and 'binUp' is divided into 'nbins' equidistant bins
1222    // avoid index out of bounds error: 'if (bin < binLow) bin = binLow' and vice versa
1223    /* Begin_Latex
1224          GetBin(value) = #frac{nbins - 1}{binUp - binLow} #upoint (value - binLow) +1
1225       End_Latex
1226    */
1227
1228    Int_t bin =  TMath::Nint( (Float_t)(value - binLow) / (Float_t)(binUp - binLow) * (nbins-1) ) + 1;
1229    // avoid index out of bounds:
1230    if (value < binLow) bin = 0;
1231    if (value > binUp)  bin = nbins + 1;
1232    return bin;
1233
1234 }
1235
1236
1237 Double_t AliTPCCalibViewer::GetLTM(Int_t n, const Double_t *const array, Double_t *const sigma, Double_t fraction){
1238    //
1239    //  returns the LTM and sigma
1240    //
1241    Double_t *ddata = new Double_t[n];
1242    Double_t mean = 0, lsigma = 0;
1243    UInt_t nPoints = 0;
1244    for (UInt_t i = 0; i < (UInt_t)n; i++) {
1245          ddata[nPoints]= array[nPoints];
1246          nPoints++;
1247    }
1248    Int_t hh = TMath::Min(TMath::Nint(fraction * nPoints), Int_t(n));
1249    AliMathBase::EvaluateUni(nPoints, ddata, mean, lsigma, hh);
1250    if (sigma) *sigma = lsigma;
1251    delete [] ddata;
1252    return mean;
1253 }
1254
1255
1256 TH1F* AliTPCCalibViewer::SigmaCut(TH1F *const histogram, Float_t mean, Float_t sigma, Float_t sigmaMax, Float_t sigmaStep, Bool_t pm) {
1257    //
1258    // Creates a cumulative histogram Begin_Latex S(t, #mu, #sigma) End_Latex, where you can see, how much of the data are inside sigma-intervals around the mean value
1259    // The data of the distribution Begin_Latex f(x, #mu, #sigma) End_Latex are given in 'histogram'
1260    // 'mean' and 'sigma' are Begin_Latex #mu End_Latex and  Begin_Latex #sigma End_Latex of the distribution in 'histogram', to be specified by the user
1261    // sigmaMax: up to which sigma around the mean/median/LTM the histogram is generated (in units of sigma, Begin_Latex t #sigma End_Latex)
1262    // sigmaStep: the binsize of the generated histogram, -1 means, that the maximal reasonable stepsize is used
1263    // pm: Decide weather Begin_Latex t > 0 End_Latex (first case) or Begin_Latex t End_Latex arbitrary (secound case)
1264    // The actual work is done on the array.
1265    /* Begin_Latex
1266          f(x, #mu, #sigma)     #Rightarrow       S(t, #mu, #sigma) = #frac{#int_{#mu}^{#mu + t #sigma} f(x, #mu, #sigma) dx + #int_{#mu}^{#mu - t #sigma} f(x, #mu, #sigma) dx }{ #int_{-#infty}^{+#infty} f(x, #mu, #sigma) dx } ,    for  t > 0
1267          or
1268          f(x, #mu, #sigma)     #Rightarrow       S(t, #mu, #sigma) = #frac{#int_{#mu}^{#mu + t #sigma} f(x, #mu, #sigma) dx}{ #int_{-#infty}^{+#infty} f(x, #mu, #sigma) dx }
1269       End_Latex
1270       begin_macro(source)
1271       {
1272          Float_t mean = 0;
1273          Float_t sigma = 1.5;
1274          Float_t sigmaMax = 4;
1275          gROOT->SetStyle("Plain");
1276          TH1F *distribution = new TH1F("Distribution1", "Distribution f(x, #mu, #sigma)", 1000,-5,5);
1277          TRandom rand(23);
1278          for (Int_t i = 0; i <50000;i++) distribution->Fill(rand.Gaus(mean, sigma));
1279          Float_t *ar = distribution->GetArray();
1280
1281          TCanvas* macro_example_canvas = new TCanvas("macro_example_canvas_SigmaCut", "", 350, 350);
1282          macro_example_canvas->Divide(0,3);
1283          TVirtualPad *pad1 = macro_example_canvas->cd(1);
1284          pad1->SetGridy();
1285          pad1->SetGridx();
1286          distribution->Draw();
1287          TVirtualPad *pad2 = macro_example_canvas->cd(2);
1288          pad2->SetGridy();
1289          pad2->SetGridx();
1290
1291          TH1F *shist = AliTPCCalibViewer::SigmaCut(distribution, mean, sigma, sigmaMax);
1292          shist->SetNameTitle("Cumulative","Cumulative S(t, #mu, #sigma)");
1293          shist->Draw();
1294          TVirtualPad *pad3 = macro_example_canvas->cd(3);
1295          pad3->SetGridy();
1296          pad3->SetGridx();
1297          TH1F *shistPM = AliTPCCalibViewer::SigmaCut(distribution, mean, sigma, sigmaMax, -1, kTRUE);
1298          shistPM->Draw();
1299          return macro_example_canvas;
1300       }
1301       end_macro
1302    */
1303
1304    Float_t *array = histogram->GetArray();
1305    Int_t    nbins = histogram->GetXaxis()->GetNbins();
1306    Float_t binLow = histogram->GetXaxis()->GetXmin();
1307    Float_t binUp  = histogram->GetXaxis()->GetXmax();
1308    return AliTPCCalibViewer::SigmaCut(nbins, array, mean, sigma, nbins, binLow, binUp, sigmaMax, sigmaStep, pm);
1309 }
1310
1311
1312 TH1F* AliTPCCalibViewer::SigmaCut(Int_t n, const Float_t *array, Float_t mean, Float_t sigma, Int_t nbins, Float_t binLow, Float_t binUp, Float_t sigmaMax, Float_t sigmaStep, Bool_t pm){
1313    //
1314    // Creates a histogram Begin_Latex S(t, #mu, #sigma) End_Latex, where you can see, how much of the data are inside sigma-intervals around the mean value
1315    // The data of the distribution Begin_Latex f(x, #mu, #sigma) End_Latex are given in 'array', 'n' specifies the length of the array
1316    // 'mean' and 'sigma' are Begin_Latex #mu End_Latex and  Begin_Latex #sigma End_Latex of the distribution in 'array', to be specified by the user
1317    // 'nbins': number of bins, 'binLow': first bin, 'binUp': last bin
1318    // sigmaMax: up to which sigma around the mean/median/LTM the histogram is generated (in units of sigma, Begin_Latex t #sigma End_Latex)
1319    // sigmaStep: the binsize of the generated histogram
1320    // Here the actual work is done.
1321
1322    if (sigma == 0) return 0;
1323    Float_t binWidth = (binUp-binLow)/(nbins - 1);
1324    if (sigmaStep <= 0) sigmaStep = binWidth;
1325    Int_t kbins = (Int_t)(sigmaMax * sigma / sigmaStep) + 1; // + 1  due to overflow bin in histograms
1326    if (pm) kbins = 2 * (Int_t)(sigmaMax * sigma / sigmaStep) + 1;
1327    Float_t kbinLow = !pm ? 0 : -sigmaMax;
1328    Float_t kbinUp  = sigmaMax;
1329    TH1F *hist = new TH1F("sigmaCutHisto","Cumulative; Multiples of #sigma; Fraction of included data", kbins, kbinLow, kbinUp);
1330    hist->SetDirectory(0);
1331    hist->Reset();
1332
1333    // calculate normalization
1334    Double_t normalization = 0;
1335    for (Int_t i = 0; i <= n; i++) {
1336         normalization += array[i];
1337    }
1338
1339    // given units: units from given histogram
1340    // sigma units: in units of sigma
1341    // iDelta: integrate in interval (mean +- iDelta), given units
1342    // x:      ofset from mean for integration, given units
1343    // hist:   needs
1344
1345 //    printf("nbins: %i, binLow: %f, binUp: %f \n", nbins, binLow, binUp);
1346    // fill histogram
1347    for (Float_t iDelta = 0; iDelta <= sigmaMax * sigma; iDelta += sigmaStep) {
1348       // integrate array
1349       Double_t valueP = array[GetBin(mean, nbins, binLow, binUp)];
1350       Double_t valueM = array[GetBin(mean-binWidth, nbins, binLow, binUp)];
1351       // add bin of mean value only once to the histogram
1352 //       printf("++ adding bins: ");
1353       for (Float_t x = binWidth; x <= iDelta; x += binWidth) {
1354          valueP += (mean + x <= binUp)  ? array[GetBin(mean + x, nbins, binLow, binUp)] : 0;
1355          valueM += (mean-binWidth - x >= binLow) ? array[GetBin(mean-binWidth - x, nbins, binLow, binUp)] : 0;
1356 //          printf("%i, ", GetBin(mean + x, nbins, binLow, binUp));
1357       }
1358 //       printf("\n");
1359       if (valueP / normalization > 100) printf("+++ Error, value to big: %f, normalization with %f will fail  +++ \n", valueP, normalization);
1360       if (valueP / normalization > 100) return hist;
1361       if (valueM / normalization > 100) printf("+++ Error, value to big: %f, normalization with %f will fail  +++ \n", valueM, normalization);
1362       if (valueM / normalization > 100) return hist;
1363       valueP = (valueP / normalization);
1364       valueM = (valueM / normalization);
1365       if (pm) {
1366          Int_t bin = GetBin(iDelta/sigma, kbins, kbinLow, kbinUp);
1367          hist->SetBinContent(bin, valueP);
1368          bin = GetBin(-iDelta/sigma, kbins, kbinLow, kbinUp);
1369          hist->SetBinContent(bin, valueM);
1370       }
1371       else { // if (!pm)
1372          Int_t bin = GetBin(iDelta/sigma, kbins, kbinLow, kbinUp);
1373          hist->SetBinContent(bin, valueP + valueM);
1374 //          printf("  first integration bin: %i, last integration bin in + direction: %i \n", GetBin(mean+binWidth, nbins, binLow, binUp), GetBin(iDelta, nbins, binLow, binUp));
1375 //          printf("  first integration bin: %i, last integration bin in - direction: %i \n", GetBin(mean+binWidth, nbins, binLow, binUp), GetBin(-iDelta, nbins, binLow, binUp));
1376 //          printf("  value: %f, normalization: %f, iDelta: %f, Bin: %i \n", valueP+valueM, normalization, iDelta, bin);
1377       }
1378    }
1379    //hist->SetMaximum(0.7);
1380    if (!pm) hist->SetMaximum(1.2);
1381    return hist;
1382 }
1383
1384
1385 TH1F* AliTPCCalibViewer::SigmaCut(Int_t n, const Double_t *array, Double_t mean, Double_t sigma, Int_t nbins, const Double_t *xbins, Double_t sigmaMax){
1386    //
1387    // SigmaCut for variable binsize
1388    // NOT YET IMPLEMENTED !!!
1389    //
1390    printf("SigmaCut with variable binsize, Not yet implemented\n");
1391    // avoid compiler warnings:
1392    n=n;
1393    mean=mean;
1394    sigma=sigma;
1395    nbins=nbins;
1396    sigmaMax=sigmaMax;
1397    array=array;
1398    xbins=xbins;
1399
1400    return 0;
1401 }
1402
1403
1404 TH1F* AliTPCCalibViewer::Integrate(TH1F *const histogram, Float_t mean, Float_t sigma, Float_t sigmaMax, Float_t sigmaStep){
1405    //
1406    // Creates an integrated histogram Begin_Latex S(t, #mu, #sigma) End_Latex, out of the input distribution distribution Begin_Latex f(x, #mu, #sigma) End_Latex, given in "histogram"
1407    // "mean" and "sigma" are Begin_Latex #mu End_Latex and  Begin_Latex #sigma End_Latex of the distribution in "histogram", to be specified by the user
1408    // sigmaMax: up to which sigma around the mean/median/LTM you want to integrate
1409    // if "igma == 0" and "sigmaMax == 0" the whole histogram is integrated
1410    // "sigmaStep": the binsize of the generated histogram, -1 means, that the maximal reasonable stepsize is used
1411    // The actual work is done on the array.
1412    /* Begin_Latex
1413          f(x, #mu, #sigma)     #Rightarrow       S(t, #mu, #sigma) = #frac{#int_{-#infty}^{#mu + t #sigma} f(x, #mu, #sigma) dx}{ #int_{-#infty}^{+#infty} f(x, #mu, #sigma) dx }
1414       End_Latex
1415       begin_macro(source)
1416       {
1417          Float_t mean = 0;
1418          Float_t sigma = 1.5;
1419          Float_t sigmaMax = 4;
1420          gROOT->SetStyle("Plain");
1421          TH1F *distribution = new TH1F("Distribution2", "Distribution f(x, #mu, #sigma)", 1000,-5,5);
1422          TRandom rand(23);
1423          for (Int_t i = 0; i <50000;i++) distribution->Fill(rand.Gaus(mean, sigma));
1424          Float_t *ar = distribution->GetArray();
1425
1426          TCanvas* macro_example_canvas = new TCanvas("macro_example_canvas_Integrate", "", 350, 350);
1427          macro_example_canvas->Divide(0,2);
1428          TVirtualPad *pad1 = macro_example_canvas->cd(1);
1429          pad1->SetGridy();
1430          pad1->SetGridx();
1431          distribution->Draw();
1432          TVirtualPad *pad2 = macro_example_canvas->cd(2);
1433          pad2->SetGridy();
1434          pad2->SetGridx();
1435          TH1F *shist = AliTPCCalibViewer::Integrate(distribution, mean, sigma, sigmaMax);
1436          shist->SetNameTitle("Cumulative","Cumulative S(t, #mu, #sigma)");
1437          shist->Draw();
1438
1439          return macro_example_canvas_Integrate;
1440       }
1441       end_macro
1442    */
1443
1444
1445    Float_t *array = histogram->GetArray();
1446    Int_t    nbins = histogram->GetXaxis()->GetNbins();
1447    Float_t binLow = histogram->GetXaxis()->GetXmin();
1448    Float_t binUp  = histogram->GetXaxis()->GetXmax();
1449    return AliTPCCalibViewer::Integrate(nbins, array, nbins, binLow, binUp, mean, sigma, sigmaMax, sigmaStep);
1450 }
1451
1452
1453 TH1F* AliTPCCalibViewer::Integrate(Int_t n, const Float_t *const array, Int_t nbins, Float_t binLow, Float_t binUp, Float_t mean, Float_t sigma, Float_t sigmaMax, Float_t sigmaStep){
1454    // Creates an integrated histogram Begin_Latex S(t, #mu, #sigma) End_Latex, out of the input distribution distribution Begin_Latex f(x, #mu, #sigma) End_Latex, given in "histogram"
1455    // "mean" and "sigma" are Begin_Latex #mu End_Latex and  Begin_Latex #sigma End_Latex of the distribution in "histogram", to be specified by the user
1456    // sigmaMax: up to which sigma around the mean/median/LTM you want to integrate
1457    // if "igma == 0" and "sigmaMax == 0" the whole histogram is integrated
1458    // "sigmaStep": the binsize of the generated histogram, -1 means, that the maximal reasonable stepsize is used
1459    // Here the actual work is done.
1460
1461    Bool_t givenUnits = kTRUE;
1462    if (sigma != 0 && sigmaMax != 0) givenUnits = kFALSE;
1463    if (givenUnits) {
1464       sigma = 1;
1465       sigmaMax = (binUp - binLow) / 2.;
1466    }
1467
1468    Float_t binWidth = (binUp-binLow)/(nbins - 1);
1469    if (sigmaStep <= 0) sigmaStep = binWidth;
1470    Int_t kbins =  (Int_t)(sigmaMax * sigma / sigmaStep) + 1;  // + 1  due to overflow bin in histograms
1471    Float_t kbinLow = givenUnits ? binLow : -sigmaMax;
1472    Float_t kbinUp  = givenUnits ? binUp  : sigmaMax;
1473    TH1F *hist = 0;
1474    if (givenUnits)  hist = new TH1F("integratedHisto","Integrated Histogram; Given x; Fraction of included data", kbins, kbinLow, kbinUp);
1475    if (!givenUnits) hist = new TH1F("integratedHisto","Integrated Histogram; Multiples of #sigma; Fraction of included data", kbins, kbinLow, kbinUp);
1476    hist->SetDirectory(0);
1477    hist->Reset();
1478
1479    // calculate normalization
1480  //  printf("calculating normalization, integrating from bin 1 to %i \n", n);
1481    Double_t normalization = 0;
1482    for (Int_t i = 1; i <= n; i++) {
1483         normalization += array[i];
1484    }
1485  //  printf("normalization: %f \n", normalization);
1486
1487    // given units: units from given histogram
1488    // sigma units: in units of sigma
1489    // iDelta: integrate in interval (mean +- iDelta), given units
1490    // x:      ofset from mean for integration, given units
1491    // hist:   needs
1492
1493    // fill histogram
1494    for (Float_t iDelta = mean - sigmaMax * sigma; iDelta <= mean + sigmaMax * sigma; iDelta += sigmaStep) {
1495       // integrate array
1496       Double_t value = 0;
1497       for (Float_t x = mean - sigmaMax * sigma; x <= iDelta; x += binWidth) {
1498          value += (x <= binUp && x >= binLow)  ? array[GetBin(x, nbins, binLow, binUp)] : 0;
1499       }
1500       if (value / normalization > 100) printf("+++ Error, value to big: %f, normalization with %f will fail  +++ \n", value, normalization);
1501       if (value / normalization > 100) return hist;
1502       Int_t bin = GetBin(iDelta/sigma, kbins, kbinLow, kbinUp);
1503     //  printf("first integration bin: %i, last integration bin: %i \n", GetBin(mean - sigmaMax * sigma, nbins, binLow, binUp), GetBin(iDelta, nbins, binLow, binUp));
1504     //  printf("value: %f, normalization: %f, normalized value: %f, iDelta: %f, Bin: %i \n", value, normalization, value/normalization, iDelta, bin);
1505       value = (value / normalization);
1506       hist->SetBinContent(bin, value);
1507    }
1508    return hist;
1509 }
1510
1511
1512
1513
1514
1515 ////////////////////////
1516 // end of Array tools //
1517 ////////////////////////
1518
1519
1520
1521 //_____________________________________________________________________________
1522 AliTPCCalPad* AliTPCCalibViewer::GetCalPadOld(const char* desiredData, const char* cuts, const char* calPadName) const {
1523   //
1524   // creates a AliTPCCalPad out of the 'desiredData'
1525   // the functionality of EasyDraw1D is used
1526   // calPadName specifies the name of the created AliTPCCalPad
1527   //  - this takes a while -
1528   //
1529    TString drawStr(desiredData);
1530    drawStr.Append(":channel");
1531    drawStr.Append(fAbbreviation);
1532    AliTPCCalPad * createdCalPad = new AliTPCCalPad(calPadName, calPadName);
1533    Int_t entries = 0;
1534    for (Int_t sec = 0; sec < 72; sec++) {
1535      AliTPCCalROC * roc = createdCalPad->GetCalROC(sec);
1536       entries = EasyDraw1D(drawStr.Data(), (Int_t)sec, cuts, "goff");
1537       if (entries == -1) return 0;
1538       const Double_t *pchannel = fTree->GetV2();
1539       const Double_t *pvalue   = fTree->GetV1();
1540       for (Int_t i = 0; i < entries; i++)
1541          roc->SetValue((UInt_t)(pchannel[i]), (Float_t)(pvalue[i]));
1542    }
1543    return createdCalPad;
1544 }
1545
1546
1547 //_____________________________________________________________________________
1548 AliTPCCalPad* AliTPCCalibViewer::GetCalPad(const char* desiredData, const char* cuts, const char* calPadName) const {
1549   //
1550   // creates a AliTPCCalPad out of the 'desiredData'
1551   // the functionality of EasyDraw1D is used
1552   // calPadName specifies the name of the created AliTPCCalPad
1553   //  - this takes a while -
1554   //
1555    TString drawStr(desiredData);
1556    drawStr.Append(":channel.fElements:sector");
1557    AliTPCCalPad * createdCalPad = new AliTPCCalPad(calPadName, calPadName);
1558    //
1559    Int_t entries = fTree->Draw(drawStr, cuts,"goff");
1560    const Double_t *pvalue   = fTree->GetV1();
1561    const Double_t *pchannel = fTree->GetV2();
1562    const Double_t *psector  = fTree->GetV3();
1563
1564    for (Int_t ientry=0; ientry<entries; ientry++){
1565      Int_t sector= TMath::Nint(psector[ientry]);
1566      AliTPCCalROC * roc = createdCalPad->GetCalROC(sector);
1567      if (roc) roc->SetValue((UInt_t)(pchannel[ientry]), (Float_t)(pvalue[ientry]));
1568    }
1569
1570   //  for (Int_t sec = 0; sec < 72; sec++) {
1571 //      AliTPCCalROC * roc = createdCalPad->GetCalROC(sec);
1572 //       entries = EasyDraw1D(drawStr.Data(), (Int_t)sec, cuts, "goff");
1573 //       if (entries == -1) return 0;
1574 //       for (Int_t i = 0; i < entries; i++)
1575 //          roc->SetValue((UInt_t)(pchannel[i]), (Float_t)(pvalue[i]));
1576 //    }
1577    return createdCalPad;
1578 }
1579
1580 //_____________________________________________________________________________
1581 AliTPCCalROC* AliTPCCalibViewer::GetCalROC(const char* desiredData, UInt_t sector, const char* cuts) const {
1582   //
1583   // creates a AliTPCCalROC out of the desiredData
1584   // the functionality of EasyDraw1D is used
1585   // sector specifies the sector of the created AliTPCCalROC
1586   //
1587    TString drawStr(desiredData);
1588    drawStr.Append(":channel");
1589    drawStr.Append(fAbbreviation);
1590    Int_t entries = EasyDraw1D(drawStr.Data(), (Int_t)sector, cuts, "goff");
1591    if (entries == -1) return 0;
1592    AliTPCCalROC * createdROC = new AliTPCCalROC(sector);
1593    for (Int_t i = 0; i < entries; i++)
1594       createdROC->SetValue((UInt_t)(fTree->GetV2()[i]), fTree->GetV1()[i]);
1595    return createdROC;
1596 }
1597
1598
1599 TObjArray* AliTPCCalibViewer::GetListOfVariables(Bool_t printList) {
1600   //
1601   // scan the tree  - produces a list of available variables in the tree
1602   // printList: print the list to the screen, after the scan is done
1603   //
1604    TObjArray* arr = new TObjArray();
1605    TObjString* str = 0;
1606    if (!fTree) return 0;
1607    Int_t nentries = fTree->GetListOfBranches()->GetEntries();
1608    for (Int_t i = 0; i < nentries; i++) {
1609       str = new TObjString(fTree->GetListOfBranches()->At(i)->GetName());
1610       str->String().ReplaceAll("_Median", "");
1611       str->String().ReplaceAll("_Mean", "");
1612       str->String().ReplaceAll("_RMS", "");
1613       str->String().ReplaceAll("_LTM", "");
1614       str->String().ReplaceAll("_OutlierCutted", "");
1615       str->String().ReplaceAll(".", "");
1616       if (!arr->FindObject(str) &&
1617           !(str->String() == "channel" || str->String() == "gx" || str->String() == "gy" ||
1618             str->String() == "lx" || str->String() == "ly" || str->String() == "pad" ||
1619             str->String() == "row" || str->String() == "rpad" || str->String() == "sector"  ))
1620          arr->Add(str);
1621    }
1622
1623    // loop over all friends (if there are some) and add them to the list
1624    if (fTree->GetListOfFriends()) {
1625       for (Int_t ifriend = 0; ifriend < fTree->GetListOfFriends()->GetEntries(); ifriend++){
1626          // printf("iterating through friendlist, currently at %i\n", ifriend);
1627          // printf("working with %s\n", fTree->GetListOfFriends()->At(ifriend)->ClassName());
1628          if (TString(fTree->GetListOfFriends()->At(ifriend)->ClassName()) != "TFriendElement") continue; // no friendElement found
1629          TFriendElement *friendElement = (TFriendElement*)fTree->GetListOfFriends()->At(ifriend);
1630          if (friendElement->GetTree() == 0) continue; // no tree found in friendElement
1631          // printf("friend found \n");
1632          for (Int_t i = 0; i < friendElement->GetTree()->GetListOfBranches()->GetEntries(); i++) {
1633             // printf("iterating through friendelement entries, currently at %i\n", i);
1634             str = new TObjString(friendElement->GetTree()->GetListOfBranches()->At(i)->GetName());
1635             str->String().ReplaceAll("_Median", "");
1636             str->String().ReplaceAll("_Mean", "");
1637             str->String().ReplaceAll("_RMS", "");
1638             str->String().ReplaceAll("_LTM", "");
1639             str->String().ReplaceAll("_OutlierCutted", "");
1640             str->String().ReplaceAll(".", "");
1641             if (!(str->String() == "channel" || str->String() == "gx" || str->String() == "gy" ||
1642                   str->String() == "lx" || str->String() == "ly" || str->String() == "pad" ||
1643                   str->String() == "row" || str->String() == "rpad" || str->String() == "sector"  )){
1644                // insert "<friendName>." at the beginning: (<friendName> is per default "R")
1645                str->String().Insert(0, ".");
1646                str->String().Insert(0, friendElement->GetName());
1647                if (!arr->FindObject(str)) arr->Add(str);
1648                // printf("added string %s \n", str->String().Data());
1649             }
1650          }
1651       }
1652    } // if (fTree->GetListOfFriends())
1653
1654    arr->Sort();
1655 //   ((TFriendElement*)gui->GetViewer()->GetTree()->GetListOfFriends()->At(0))->GetTree()->GetListOfBranches()->At(0)->GetName()
1656 // ((TFriendElement*)gui->GetViewer()->GetTree()->GetListOfFriends()->At(0))->GetTree()->GetListOfBranches()
1657
1658
1659    if (printList) {
1660       TIterator* iter = arr->MakeIterator();
1661       iter->Reset();
1662       TObjString* currentStr = 0;
1663       while ( (currentStr = (TObjString*)(iter->Next())) ) {
1664          std::cout << currentStr->GetString().Data() << std::endl;
1665       }
1666       delete iter;
1667    }
1668    return arr;
1669 }
1670
1671
1672 TObjArray* AliTPCCalibViewer::GetListOfNormalizationVariables(Bool_t printList) const{
1673   //
1674   // produces a list of available variables for normalization in the tree
1675   // printList: print the list to the screen, after the scan is done
1676   //
1677    TObjArray* arr = new TObjArray();
1678    arr->Add(new TObjString("_Mean"));
1679    arr->Add(new TObjString("_Mean_OutlierCutted"));
1680    arr->Add(new TObjString("_Median"));
1681    arr->Add(new TObjString("_Median_OutlierCutted"));
1682    arr->Add(new TObjString("_LTM"));
1683    arr->Add(new TObjString("_LTM_OutlierCutted"));
1684    arr->Add(new TObjString(Form("LFitIntern_4_8%s", fAppendString.Data())));
1685    arr->Add(new TObjString(Form("GFitIntern_Lin%s", fAppendString.Data())));
1686    arr->Add(new TObjString(Form("GFitIntern_Par%s", fAppendString.Data())));
1687    arr->Add(new TObjString("FitLinLocal"));
1688    arr->Add(new TObjString("FitLinGlobal"));
1689    arr->Add(new TObjString("FitParLocal"));
1690    arr->Add(new TObjString("FitParGlobal"));
1691
1692    if (printList) {
1693       TIterator* iter = arr->MakeIterator();
1694       iter->Reset();
1695       TObjString* currentStr = 0;
1696       while ((currentStr = (TObjString*)(iter->Next()))) {
1697          std::cout << currentStr->GetString().Data() << std::endl;
1698       }
1699       delete iter;
1700    }
1701    return arr;
1702 }
1703
1704
1705 TFriendElement* AliTPCCalibViewer::AddReferenceTree(const char* filename, const char* treename, const char* refname){
1706   //
1707   // add a reference tree to the current tree
1708   // by default the treename is 'calPads' and the reference treename is 'R'
1709   //
1710    TFile *file = new TFile(filename);
1711    fListOfObjectsToBeDeleted->Add(file);
1712    TTree * tree = (TTree*)file->Get(treename);
1713    return AddFriend(tree, refname);
1714 }
1715
1716
1717 TObjArray* AliTPCCalibViewer::GetArrayOfCalPads(){
1718   //
1719   // Returns a TObjArray with all AliTPCCalPads that are stored in the tree
1720   //  - this takes a while -
1721   //
1722    TObjArray *listOfCalPads = GetListOfVariables();
1723    TObjArray *calPadsArray = new TObjArray();
1724    Int_t numberOfCalPads = listOfCalPads->GetEntries();
1725    for (Int_t i = 0; i < numberOfCalPads; i++) {
1726       std::cout << "Creating calPad " << (i+1) << " of " << numberOfCalPads << "\r" << std::flush;
1727       char* calPadName = (char*)((TObjString*)(listOfCalPads->At(i)))->GetString().Data();
1728       TString drawCommand = ((TObjString*)(listOfCalPads->At(i)))->GetString();
1729       drawCommand.Append(fAbbreviation.Data());
1730       AliTPCCalPad* calPad = GetCalPad(drawCommand.Data(), "", calPadName);
1731       calPadsArray->Add(calPad);
1732    }
1733    std::cout << std::endl;
1734    listOfCalPads->Delete();
1735    delete listOfCalPads;
1736    return calPadsArray;
1737 }
1738
1739
1740 TString* AliTPCCalibViewer::Fit(const char* drawCommand, const char* formula, const char* cuts, Double_t & chi2, TVectorD &fitParam, TMatrixD &covMatrix){
1741    //
1742    // fit an arbitrary function, specified by formula into the data, specified by drawCommand and cuts
1743    // returns chi2, fitParam and covMatrix
1744    // returns TString with fitted formula
1745    //
1746
1747    TString formulaStr(formula);
1748    TString drawStr(drawCommand);
1749    TString cutStr(cuts);
1750
1751    // abbreviations:
1752    drawStr.ReplaceAll(fAbbreviation, fAppendString);
1753    cutStr.ReplaceAll(fAbbreviation, fAppendString);
1754    formulaStr.ReplaceAll(fAbbreviation, fAppendString);
1755
1756    formulaStr.ReplaceAll("++", fAbbreviation);
1757    TObjArray* formulaTokens = formulaStr.Tokenize(fAbbreviation.Data());
1758    Int_t dim = formulaTokens->GetEntriesFast();
1759
1760    fitParam.ResizeTo(dim);
1761    covMatrix.ResizeTo(dim,dim);
1762
1763    TLinearFitter* fitter = new TLinearFitter(dim+1, Form("hyp%d",dim));
1764    fitter->StoreData(kTRUE);
1765    fitter->ClearPoints();
1766
1767    Int_t entries = Draw(drawStr.Data(), cutStr.Data(), "goff");
1768    if (entries == -1) return new TString("An ERROR has occured during fitting!");
1769    Double_t **values = new Double_t*[dim+1] ;
1770
1771    for (Int_t i = 0; i < dim + 1; i++){
1772       Int_t centries = 0;
1773       if (i < dim) centries = fTree->Draw(((TObjString*)formulaTokens->At(i))->GetName(), cutStr.Data(), "goff");
1774       else  centries = fTree->Draw(drawStr.Data(), cutStr.Data(), "goff");
1775
1776       if (entries != centries) {
1777         delete [] values;
1778         return new TString("An ERROR has occured during fitting!");
1779       }
1780       values[i] = new Double_t[entries];
1781       memcpy(values[i],  fTree->GetV1(), entries*sizeof(Double_t));
1782    }
1783
1784    // add points to the fitter
1785    for (Int_t i = 0; i < entries; i++){
1786       Double_t x[1000];
1787       for (Int_t j=0; j<dim;j++) x[j]=values[j][i];
1788       fitter->AddPoint(x, values[dim][i], 1);
1789    }
1790
1791    fitter->Eval();
1792    fitter->GetParameters(fitParam);
1793    fitter->GetCovarianceMatrix(covMatrix);
1794    chi2 = fitter->GetChisquare();
1795 //    chi2 = chi2;
1796
1797    TString *preturnFormula = new TString(Form("( %e+",fitParam[0])), &returnFormula = *preturnFormula;
1798
1799    for (Int_t iparam = 0; iparam < dim; iparam++) {
1800      returnFormula.Append(Form("%s*(%e)",((TObjString*)formulaTokens->At(iparam))->GetName(),fitParam[iparam+1]));
1801      if (iparam < dim-1) returnFormula.Append("+");
1802    }
1803    returnFormula.Append(" )");
1804    delete formulaTokens;
1805    delete fitter;
1806    for (Int_t i = 0; i < dim + 1; i++){
1807      delete [] values[i];
1808    }
1809    delete [] values;
1810    return preturnFormula;
1811 }
1812
1813
1814 void AliTPCCalibViewer::MakeTreeWithObjects(const char *fileName, const TObjArray *const array, const char * mapFileName) {
1815   //
1816   // Write tree with all available information
1817   // im mapFileName is speciefied, the Map information are also written to the tree
1818   // AliTPCCalPad-Objects are written directly to the tree, so that they can be accessd later on
1819   // (does not work!!!)
1820   //
1821    AliTPCROC* tpcROCinstance = AliTPCROC::Instance();
1822
1823    TObjArray* mapIROCs = 0;
1824    TObjArray* mapOROCs = 0;
1825    TVectorF *mapIROCArray = 0;
1826    TVectorF *mapOROCArray = 0;
1827    Int_t mapEntries = 0;
1828    TString* mapNames = 0;
1829
1830    if (mapFileName) {
1831       TFile mapFile(mapFileName, "read");
1832
1833       TList* listOfROCs = mapFile.GetListOfKeys();
1834       mapEntries = listOfROCs->GetEntries()/2;
1835       mapIROCs = new TObjArray(mapEntries*2);
1836       mapOROCs = new TObjArray(mapEntries*2);
1837       mapIROCArray = new TVectorF[mapEntries];
1838       mapOROCArray = new TVectorF[mapEntries];
1839
1840       mapNames = new TString[mapEntries];
1841       for (Int_t ivalue = 0; ivalue < mapEntries; ivalue++) {
1842          TString rocName(((TKey*)(listOfROCs->At(ivalue*2)))->GetName());
1843          rocName.Remove(rocName.Length()-4, 4);
1844          mapIROCs->AddAt((AliTPCCalROC*)mapFile.Get((rocName + "IROC").Data()), ivalue);
1845          mapOROCs->AddAt((AliTPCCalROC*)mapFile.Get((rocName + "OROC").Data()), ivalue);
1846          mapNames[ivalue].Append(rocName);
1847       }
1848
1849       for (Int_t ivalue = 0; ivalue < mapEntries; ivalue++) {
1850          mapIROCArray[ivalue].ResizeTo(tpcROCinstance->GetNChannels(0));
1851          mapOROCArray[ivalue].ResizeTo(tpcROCinstance->GetNChannels(36));
1852
1853          for (UInt_t ichannel = 0; ichannel < tpcROCinstance->GetNChannels(0); ichannel++)
1854             (mapIROCArray[ivalue])[ichannel] = ((AliTPCCalROC*)(mapIROCs->At(ivalue)))->GetValue(ichannel);
1855          for (UInt_t ichannel = 0; ichannel < tpcROCinstance->GetNChannels(36); ichannel++)
1856             (mapOROCArray[ivalue])[ichannel] = ((AliTPCCalROC*)(mapOROCs->At(ivalue)))->GetValue(ichannel);
1857       }
1858
1859    } //  if (mapFileName)
1860
1861    TTreeSRedirector cstream(fileName);
1862    Int_t arrayEntries = array->GetEntries();
1863
1864    // Read names of AliTPCCalPads and save them in names[]
1865    TString* names = new TString[arrayEntries];
1866    for (Int_t ivalue = 0; ivalue < arrayEntries; ivalue++)
1867       names[ivalue].Append(((AliTPCCalPad*)array->At(ivalue))->GetName());
1868
1869    for (UInt_t isector = 0; isector < tpcROCinstance->GetNSectors(); isector++) {
1870
1871       TVectorF *vectorArray = new TVectorF[arrayEntries];
1872       for (Int_t ivalue = 0; ivalue < arrayEntries; ivalue++)
1873          vectorArray[ivalue].ResizeTo(tpcROCinstance->GetNChannels(isector));
1874
1875
1876       //
1877       // fill vectors of variable per pad
1878       //
1879       TVectorF *posArray = new TVectorF[8];
1880       for (Int_t ivalue = 0; ivalue < 8; ivalue++)
1881          posArray[ivalue].ResizeTo(tpcROCinstance->GetNChannels(isector));
1882
1883       Float_t posG[3] = {0};
1884       Float_t posL[3] = {0};
1885       Int_t ichannel = 0;
1886       for (UInt_t irow = 0; irow < tpcROCinstance->GetNRows(isector); irow++) {
1887          for (UInt_t ipad = 0; ipad < tpcROCinstance->GetNPads(isector, irow); ipad++) {
1888             tpcROCinstance->GetPositionLocal(isector, irow, ipad, posL);
1889             tpcROCinstance->GetPositionGlobal(isector, irow, ipad, posG);
1890             posArray[0][ichannel] = irow;
1891             posArray[1][ichannel] = ipad;
1892             posArray[2][ichannel] = posL[0];
1893             posArray[3][ichannel] = posL[1];
1894             posArray[4][ichannel] = posG[0];
1895             posArray[5][ichannel] = posG[1];
1896             posArray[6][ichannel] = (Int_t)(ipad - (Double_t)(tpcROCinstance->GetNPads(isector, irow))/2);
1897             posArray[7][ichannel] = ichannel;
1898
1899             // loop over array containing AliTPCCalPads
1900             for (Int_t ivalue = 0; ivalue < arrayEntries; ivalue++) {
1901                AliTPCCalPad* calPad = (AliTPCCalPad*) array->At(ivalue);
1902                AliTPCCalROC* calROC = calPad->GetCalROC(isector);
1903                if (calROC)
1904                   (vectorArray[ivalue])[ichannel] = calROC->GetValue(irow, ipad);
1905                else
1906                   (vectorArray[ivalue])[ichannel] = 0;
1907             }
1908             ichannel++;
1909          }
1910       }
1911       AliTPCCalROC dummyROC(0);
1912       for  (Int_t ivalue = 0; ivalue < arrayEntries; ivalue++) {
1913          AliTPCCalROC *roc = ((AliTPCCalPad*)array->At(ivalue))->GetCalROC(isector);
1914          if (!roc) roc = &dummyROC;
1915          cstream << "calPads" <<
1916             (Char_t*)((names[ivalue] + ".=").Data()) << &vectorArray[ivalue];
1917          cstream << "calPads" <<
1918             (Char_t*)((names[ivalue] + "Pad.=").Data()) << roc;
1919       }
1920
1921       if (mapFileName) {
1922          for  (Int_t ivalue = 0; ivalue < mapEntries; ivalue++) {
1923             if (isector < 36)
1924                cstream << "calPads" <<
1925                   (Char_t*)((mapNames[ivalue] + ".=").Data()) << &mapIROCArray[ivalue];
1926             else
1927                cstream << "calPads" <<
1928                   (Char_t*)((mapNames[ivalue] + ".=").Data()) << &mapOROCArray[ivalue];
1929          }
1930       }
1931
1932       cstream << "calPads" <<
1933          "sector=" << isector;
1934
1935       cstream << "calPads" <<
1936          "row.=" << &posArray[0] <<
1937          "pad.=" << &posArray[1] <<
1938          "lx.=" << &posArray[2] <<
1939          "ly.=" << &posArray[3] <<
1940          "gx.=" << &posArray[4] <<
1941          "gy.=" << &posArray[5] <<
1942          "rpad.=" << &posArray[6] <<
1943          "channel.=" << &posArray[7];
1944
1945       cstream << "calPads" <<
1946          "\n";
1947
1948       delete[] posArray;
1949       delete[] vectorArray;
1950    } //for (UInt_t isector = 0; isector < tpcROCinstance->GetNSectors(); isector++)
1951
1952    delete[] names;
1953    if (mapFileName) {
1954       delete mapIROCs;
1955       delete mapOROCs;
1956       delete[] mapIROCArray;
1957       delete[] mapOROCArray;
1958       delete[] mapNames;
1959    }
1960 }
1961
1962
1963 void AliTPCCalibViewer::MakeTree(const char * fileName, TObjArray * array, const char * mapFileName, AliTPCCalPad *const outlierPad, Float_t ltmFraction) {
1964   //
1965   // Write a tree with all available information
1966   // if mapFileName is speciefied, the Map information are also written to the tree
1967   // pads specified in outlierPad are not used for calculating statistics
1968   // The following statistical information on the basis of a ROC are calculated:
1969   // "_Median", "_Mean", "_LTM", "_RMS_LTM"
1970   // "_Median_OutlierCutted", "_Mean_OutlierCutted", "_RMS_OutlierCutted", "_LTM_OutlierCutted", "_RMS_LTM_OutlierCutted"
1971   // The following position variables are available:
1972   // "row", "pad", "lx", "ly", "gx", "gy", "rpad", "channel"
1973   //
1974   // The tree out of this function is the basis for the AliTPCCalibViewer and the AliTPCCalibViewerGUI.
1975
1976   AliTPCROC* tpcROCinstance = AliTPCROC::Instance();
1977
1978   TObjArray* mapIROCs = 0;
1979   TObjArray* mapOROCs = 0;
1980   TVectorF *mapIROCArray = 0;
1981   TVectorF *mapOROCArray = 0;
1982   Int_t mapEntries = 0;
1983   TString* mapNames = 0;
1984
1985   if (mapFileName) {
1986     TFile mapFile(mapFileName, "read");
1987
1988     TList* listOfROCs = mapFile.GetListOfKeys();
1989     mapEntries = listOfROCs->GetEntries()/2;
1990     mapIROCs = new TObjArray(mapEntries*2);
1991     mapOROCs = new TObjArray(mapEntries*2);
1992     mapIROCArray = new TVectorF[mapEntries];
1993     mapOROCArray = new TVectorF[mapEntries];
1994
1995     mapNames = new TString[mapEntries];
1996     for (Int_t ivalue = 0; ivalue < mapEntries; ivalue++) {
1997       TString rocName(((TKey*)(listOfROCs->At(ivalue*2)))->GetName());
1998       rocName.Remove(rocName.Length()-4, 4);
1999       mapIROCs->AddAt((AliTPCCalROC*)mapFile.Get((rocName + "IROC").Data()), ivalue);
2000       mapOROCs->AddAt((AliTPCCalROC*)mapFile.Get((rocName + "OROC").Data()), ivalue);
2001       mapNames[ivalue].Append(rocName);
2002     }
2003
2004     for (Int_t ivalue = 0; ivalue < mapEntries; ivalue++) {
2005       mapIROCArray[ivalue].ResizeTo(tpcROCinstance->GetNChannels(0));
2006       mapOROCArray[ivalue].ResizeTo(tpcROCinstance->GetNChannels(36));
2007
2008       for (UInt_t ichannel = 0; ichannel < tpcROCinstance->GetNChannels(0); ichannel++)
2009         (mapIROCArray[ivalue])[ichannel] = ((AliTPCCalROC*)(mapIROCs->At(ivalue)))->GetValue(ichannel);
2010       for (UInt_t ichannel = 0; ichannel < tpcROCinstance->GetNChannels(36); ichannel++)
2011         (mapOROCArray[ivalue])[ichannel] = ((AliTPCCalROC*)(mapOROCs->At(ivalue)))->GetValue(ichannel);
2012     }
2013
2014   } //  if (mapFileName)
2015
2016   TTreeSRedirector cstream(fileName);
2017   Int_t arrayEntries = 0;
2018   if (array) arrayEntries = array->GetEntries();
2019
2020   TString* names = new TString[arrayEntries];
2021   for (Int_t ivalue = 0; ivalue < arrayEntries; ivalue++)
2022     names[ivalue].Append(((AliTPCCalPad*)array->At(ivalue))->GetName());
2023
2024   for (UInt_t isector = 0; isector < tpcROCinstance->GetNSectors(); isector++) {
2025       //
2026       // get statistic for given sector
2027       //
2028     TVectorF median(arrayEntries);
2029     TVectorF mean(arrayEntries);
2030     TVectorF rms(arrayEntries);
2031     TVectorF ltm(arrayEntries);
2032     TVectorF ltmrms(arrayEntries);
2033     TVectorF medianWithOut(arrayEntries);
2034     TVectorF meanWithOut(arrayEntries);
2035     TVectorF rmsWithOut(arrayEntries);
2036     TVectorF ltmWithOut(arrayEntries);
2037     TVectorF ltmrmsWithOut(arrayEntries);
2038
2039     TVectorF *vectorArray = new TVectorF[arrayEntries];
2040     for (Int_t ivalue = 0; ivalue < arrayEntries; ivalue++){
2041       vectorArray[ivalue].ResizeTo(tpcROCinstance->GetNChannels(isector));
2042       vectorArray[ivalue].SetUniqueID(array->UncheckedAt(ivalue)->GetUniqueID());
2043 //       printf("UniqueID: %d\n",vectorArray[ivalue].GetUniqueID());
2044     }
2045
2046     for (Int_t ivalue = 0; ivalue < arrayEntries; ivalue++) {
2047       AliTPCCalPad* calPad = (AliTPCCalPad*) array->At(ivalue);
2048       AliTPCCalROC* calROC = calPad->GetCalROC(isector);
2049       AliTPCCalROC* outlierROC = 0;
2050       if (outlierPad) outlierROC = outlierPad->GetCalROC(isector);
2051       if (calROC) {
2052         median[ivalue] = calROC->GetMedian();
2053         mean[ivalue] = calROC->GetMean();
2054         rms[ivalue] = calROC->GetRMS();
2055         Double_t ltmrmsValue = 0;
2056         ltm[ivalue] = calROC->GetLTM(&ltmrmsValue, ltmFraction);
2057         ltmrms[ivalue] = ltmrmsValue;
2058         if (outlierROC) {
2059           medianWithOut[ivalue] = calROC->GetMedian(outlierROC);
2060           meanWithOut[ivalue] = calROC->GetMean(outlierROC);
2061           rmsWithOut[ivalue] = calROC->GetRMS(outlierROC);
2062           ltmrmsValue = 0;
2063           ltmWithOut[ivalue] = calROC->GetLTM(&ltmrmsValue, ltmFraction, outlierROC);
2064           ltmrmsWithOut[ivalue] = ltmrmsValue;
2065         }
2066       }
2067       else {
2068         median[ivalue] = 0.;
2069         mean[ivalue] = 0.;
2070         rms[ivalue] = 0.;
2071         ltm[ivalue] = 0.;
2072         ltmrms[ivalue] = 0.;
2073         medianWithOut[ivalue] = 0.;
2074         meanWithOut[ivalue] = 0.;
2075         rmsWithOut[ivalue] = 0.;
2076         ltmWithOut[ivalue] = 0.;
2077         ltmrmsWithOut[ivalue] = 0.;
2078       }
2079     }
2080
2081       //
2082       // fill vectors of variable per pad
2083       //
2084     TVectorF *posArray = new TVectorF[8];
2085     for (Int_t ivalue = 0; ivalue < 8; ivalue++)
2086       posArray[ivalue].ResizeTo(tpcROCinstance->GetNChannels(isector));
2087
2088     Float_t posG[3] = {0};
2089     Float_t posL[3] = {0};
2090     Int_t ichannel = 0;
2091     for (UInt_t irow = 0; irow < tpcROCinstance->GetNRows(isector); irow++) {
2092       for (UInt_t ipad = 0; ipad < tpcROCinstance->GetNPads(isector, irow); ipad++) {
2093         tpcROCinstance->GetPositionLocal(isector, irow, ipad, posL);
2094         tpcROCinstance->GetPositionGlobal(isector, irow, ipad, posG);
2095         posArray[0][ichannel] = irow;
2096         posArray[1][ichannel] = ipad;
2097         posArray[2][ichannel] = posL[0];
2098         posArray[3][ichannel] = posL[1];
2099         posArray[4][ichannel] = posG[0];
2100         posArray[5][ichannel] = posG[1];
2101         posArray[6][ichannel] = (Int_t)(ipad - (Double_t)(tpcROCinstance->GetNPads(isector, irow))/2);
2102         posArray[7][ichannel] = ichannel;
2103
2104             // loop over array containing AliTPCCalPads
2105         for (Int_t ivalue = 0; ivalue < arrayEntries; ivalue++) {
2106           AliTPCCalPad* calPad = (AliTPCCalPad*) array->At(ivalue);
2107           AliTPCCalROC* calROC = calPad->GetCalROC(isector);
2108                 if (calROC)
2109                   (vectorArray[ivalue])[ichannel] = calROC->GetValue(irow, ipad);
2110           else
2111             (vectorArray[ivalue])[ichannel] = 0;
2112         }
2113         ichannel++;
2114       }
2115     }
2116
2117     cstream << "calPads" <<
2118       "sector=" << isector;
2119
2120     for  (Int_t ivalue = 0; ivalue < arrayEntries; ivalue++) {
2121       cstream << "calPads" <<
2122         (Char_t*)((names[ivalue] + "_Median=").Data()) << median[ivalue] <<
2123         (Char_t*)((names[ivalue] + "_Mean=").Data()) << mean[ivalue] <<
2124         (Char_t*)((names[ivalue] + "_RMS=").Data()) << rms[ivalue] <<
2125         (Char_t*)((names[ivalue] + "_LTM=").Data()) << ltm[ivalue] <<
2126         (Char_t*)((names[ivalue] + "_RMS_LTM=").Data()) << ltmrms[ivalue];
2127       if (outlierPad) {
2128         cstream << "calPads" <<
2129           (Char_t*)((names[ivalue] + "_Median_OutlierCutted=").Data()) << medianWithOut[ivalue] <<
2130           (Char_t*)((names[ivalue] + "_Mean_OutlierCutted=").Data()) << meanWithOut[ivalue] <<
2131           (Char_t*)((names[ivalue] + "_RMS_OutlierCutted=").Data()) << rmsWithOut[ivalue] <<
2132           (Char_t*)((names[ivalue] + "_LTM_OutlierCutted=").Data()) << ltmWithOut[ivalue] <<
2133           (Char_t*)((names[ivalue] + "_RMS_LTM_OutlierCutted=").Data()) << ltmrmsWithOut[ivalue];
2134       }
2135         //timestamp and run, if given in title
2136 /*      TString title(((AliTPCCalPad*) array->At(ivalue))->GetTitle());
2137       TObjArray *arrtitle=title.Tokenize(",");
2138       Int_t run=-1;
2139       UInt_t time=0;
2140       TIter next(arrtitle);
2141       TObject *o=0;
2142       while ( (o=next()) ){
2143         TString &entry=((TObjString*)o)->GetString();
2144         entry.Remove(TString::kBoth,' ');
2145         entry.Remove(TString::kBoth,'\t');
2146         if (entry.BeginsWith("Run:")) {
2147           run=entry(4,entry.Length()).Atoi();
2148         } else if (entry.BeginsWith("Time:")) {
2149           time=entry(6,entry.Length()).Atoi();
2150         }
2151       }
2152       delete arrtitle;*/
2153
2154     }
2155
2156     for  (Int_t ivalue = 0; ivalue < arrayEntries; ivalue++) {
2157       cstream << "calPads" <<
2158         (Char_t*)((names[ivalue] + ".=").Data()) << &vectorArray[ivalue];
2159     }
2160
2161     if (mapFileName) {
2162           for  (Int_t ivalue = 0; ivalue < mapEntries; ivalue++) {
2163             if (isector < 36)
2164               cstream << "calPads" <<
2165               (Char_t*)((mapNames[ivalue] + ".=").Data()) << &mapIROCArray[ivalue];
2166             else
2167                 cstream << "calPads" <<
2168               (Char_t*)((mapNames[ivalue] + ".=").Data()) << &mapOROCArray[ivalue];
2169          }
2170     }
2171
2172     cstream << "calPads" <<
2173       "row.=" << &posArray[0] <<
2174       "pad.=" << &posArray[1] <<
2175       "lx.=" << &posArray[2] <<
2176       "ly.=" << &posArray[3] <<
2177       "gx.=" << &posArray[4] <<
2178       "gy.=" << &posArray[5] <<
2179       "rpad.=" << &posArray[6] <<
2180       "channel.=" << &posArray[7];
2181
2182     cstream << "calPads" <<
2183       "\n";
2184
2185     delete[] posArray;
2186     delete[] vectorArray;
2187   }
2188
2189
2190   delete[] names;
2191   if (mapFileName) {
2192     delete mapIROCs;
2193     delete mapOROCs;
2194     delete[] mapIROCArray;
2195     delete[] mapOROCArray;
2196     delete[] mapNames;
2197   }
2198 }
2199
2200
2201 void AliTPCCalibViewer::MakeTree(const char *outPutFileName, const Char_t *inputFileName, AliTPCCalPad *outlierPad, Float_t ltmFraction, const char *mapFileName ){
2202    //
2203    // Function to create a calibration Tree with all available information.
2204    // See also documentation to MakeTree
2205    // the file "inputFileName" must be in the following format (see also CreateObjectList):
2206    // (each colum separated by tabs, "dependingOnType" can have 2 or 3 colums)
2207    //
2208    // type      path    dependingOnType
2209    //
2210    // type == "CE":
2211    // dependingOnType = CETmean CEQmean CETrms
2212    //
2213    // type == "Pulser":
2214    // dependingOnType = PulserTmean     PulsterQmean    PulserTrms
2215    //
2216    // type == "Pedestals":
2217    // dependingOnType = Pedestals       Noise
2218    //
2219    // type == "CalPad":
2220    // dependingOnType = NameInFile      NameToWriteToFile
2221    //
2222    //
2223    TObjArray objArray;
2224    CreateObjectList(inputFileName, &objArray);
2225    MakeTree(outPutFileName, &objArray, mapFileName, outlierPad, ltmFraction);
2226 }
2227
2228
2229 void AliTPCCalibViewer::CreateObjectList(const Char_t *filename, TObjArray *calibObjects){
2230    //
2231    // Function to create a TObjArray out of a given file
2232    // the file must be in the following format:
2233    // (each colum separated by tabs, "dependingOnType" can have 2 or 3 colums)
2234    //
2235    //
2236    // type      path    dependingOnType
2237    //
2238    // type == "CE":
2239    // dependingOnType = CETmean CEQmean CETrms
2240    //
2241    // type == "Pulser":
2242    // dependingOnType = PulserTmean     PulsterQmean    PulserTrms
2243    //
2244    // type == "Pedestals":
2245    // dependingOnType = Pedestals       Noise
2246    //
2247    // type == "CalPad":
2248    // dependingOnType = NameInFile      NameToWriteToFile
2249    //
2250    //
2251    //
2252    if ( calibObjects == 0x0 ) return;
2253    ifstream in;
2254    in.open(filename);
2255    if ( !in.is_open() ){
2256       fprintf(stderr,"Error: cannot open list file '%s'", filename);
2257       return;
2258    }
2259
2260    AliTPCCalPad *calPad=0x0;
2261
2262    TString sFile;
2263    sFile.ReadFile(in);
2264    in.close();
2265
2266    TObjArray *arrFileLine = sFile.Tokenize("\n");
2267    TIter nextLine(arrFileLine);
2268
2269    TObjString *sObjLine = 0x0;
2270    while ( (sObjLine = (TObjString*)nextLine()) ){
2271       TString sLine(sObjLine->GetString());
2272
2273       TObjArray *arrCol = sLine.Tokenize("\t");
2274       Int_t nCols = arrCol->GetEntriesFast();
2275
2276       TObjString *sObjType     = (TObjString*)(arrCol->At(0));
2277       TObjString *sObjFileName = (TObjString*)(arrCol->At(1));
2278       TObjString *sObjName = 0x0;
2279
2280       if ( !sObjType || !sObjFileName ) continue;
2281       TString sType(sObjType->GetString());
2282       TString sFileName(sObjFileName->GetString());
2283       printf("Type %s, opening %s \n", sType.Data(), sFileName.Data());
2284       TFile *fIn = TFile::Open(sFileName);
2285       if ( !fIn ){
2286          fprintf(stderr,"File not found: '%s'", sFileName.Data());
2287          continue;
2288       }
2289
2290       if ( sType == "CE" ){  // next three colums are the names for CETmean, CEQmean and CETrms
2291          AliTPCCalibCE *ce = (AliTPCCalibCE*)fIn->Get("AliTPCCalibCE");
2292          calPad = new AliTPCCalPad((TObjArray*)ce->GetCalPadT0());
2293          if (nCols > 2) {  // check, if the name is provided
2294             sObjName = (TObjString*)(arrCol->At(2));
2295             calPad->SetNameTitle(sObjName->GetString().Data(), sObjName->GetString().Data());
2296          }
2297          else calPad->SetNameTitle("CETmean","CETmean");
2298          calibObjects->Add(calPad);
2299
2300          calPad = new AliTPCCalPad((TObjArray*)ce->GetCalPadQ());
2301          if (nCols > 3) {  // check, if the name is provided
2302             sObjName = (TObjString*)(arrCol->At(3));
2303             calPad->SetNameTitle(sObjName->GetString().Data(), sObjName->GetString().Data());
2304          }
2305          else calPad->SetNameTitle("CEQmean","CEQmean");
2306          calibObjects->Add(calPad);
2307
2308          calPad = new AliTPCCalPad((TObjArray*)ce->GetCalPadRMS());
2309          if (nCols > 4) {  // check, if the name is provided
2310             sObjName = (TObjString*)(arrCol->At(4));
2311             calPad->SetNameTitle(sObjName->GetString().Data(), sObjName->GetString().Data());
2312          }
2313          else calPad->SetNameTitle("CETrms","CETrms");
2314          calibObjects->Add(calPad);
2315
2316       } else if ( sType == "Pulser") {
2317          AliTPCCalibPulser *sig = (AliTPCCalibPulser*)fIn->Get("AliTPCCalibPulser");
2318
2319          calPad = new AliTPCCalPad((TObjArray*)sig->GetCalPadT0());
2320          if (nCols > 2) {
2321             sObjName = (TObjString*)(arrCol->At(2));
2322             calPad->SetNameTitle(sObjName->GetString().Data(), sObjName->GetString().Data());
2323          }
2324          else calPad->SetNameTitle("PulserTmean","PulserTmean");
2325          calibObjects->Add(calPad);
2326
2327          calPad = new AliTPCCalPad((TObjArray*)sig->GetCalPadQ());
2328          if (nCols > 3) {
2329             sObjName = (TObjString*)(arrCol->At(3));
2330             calPad->SetNameTitle(sObjName->GetString().Data(), sObjName->GetString().Data());
2331          }
2332          else calPad->SetNameTitle("PulserQmean","PulserQmean");
2333          calibObjects->Add(calPad);
2334
2335          calPad = new AliTPCCalPad((TObjArray*)sig->GetCalPadRMS());
2336          if (nCols > 4) {
2337             sObjName = (TObjString*)(arrCol->At(4));
2338             calPad->SetNameTitle(sObjName->GetString().Data(), sObjName->GetString().Data());
2339          }
2340          else calPad->SetNameTitle("PulserTrms","PulserTrms");
2341          calibObjects->Add(calPad);
2342
2343       } else if ( sType == "Pedestals") {
2344          AliTPCCalibPedestal *ped = (AliTPCCalibPedestal*)fIn->Get("AliTPCCalibPedestal");
2345
2346          calPad = new AliTPCCalPad((TObjArray*)ped->GetCalPadPedestal());
2347          if (nCols > 2) {
2348             sObjName = (TObjString*)(arrCol->At(2));
2349             calPad->SetNameTitle(sObjName->GetString().Data(), sObjName->GetString().Data());
2350          }
2351          else calPad->SetNameTitle("Pedestals","Pedestals");
2352          calibObjects->Add(calPad);
2353
2354          calPad = new AliTPCCalPad((TObjArray*)ped->GetCalPadRMS());
2355          if (nCols > 3) {
2356             sObjName = (TObjString*)(arrCol->At(3));
2357             calPad->SetNameTitle(sObjName->GetString().Data(), sObjName->GetString().Data());
2358          }
2359          else calPad->SetNameTitle("Noise","Noise");
2360          calibObjects->Add(calPad);
2361
2362       } else if ( sType == "CalPad") {
2363          if (nCols > 2) sObjName = (TObjString*)(arrCol->At(2));
2364          else continue;
2365          calPad = new AliTPCCalPad(*(AliTPCCalPad*)fIn->Get(sObjName->GetString().Data()));
2366          if (nCols > 3) {
2367             sObjName = (TObjString*)(arrCol->At(3));
2368             calPad->SetNameTitle(sObjName->GetString().Data(), sObjName->GetString().Data());
2369          }
2370          calibObjects->Add(calPad);
2371       } else {
2372          fprintf(stderr,"Undefined Type: '%s'",sType.Data());
2373       }
2374       delete fIn;
2375    }
2376 }
2377
2378
2379