TPC/AliTPCPreprocessorOffline.cxx

   1 /**************************************************************************
   2  * Copyright(c) 1998-1999, ALICE Experiment at CERN, All rights reserved. *
   3  *                                                                        *
   4  * Author: The ALICE Off-line Project.                                    *
   5  * Contributors are mentioned in the code where appropriate.              *
   6  *                                                                        *
   7  * Permission to use, copy, modify and distribute this software and its   *
   8  * documentation strictly for non-commercial purposes is hereby granted   *
   9  * without fee, provided that the above copyright notice appears in all   *
  10  * copies and that both the copyright notice and this permission notice   *
  11  * appear in the supporting documentation. The authors make no claims     *
  12  * about the suitability of this software for any purpose. It is          *
  13  * provided "as is" without express or implied warranty.                  *
  14  **************************************************************************/
  15
  16
  17
  18 /*
  19   Responsible: marian.ivanov@cern.ch
  20   Code to analyze the TPC calibration and to produce OCDB entries
  21
  22
  23    .x ~/rootlogon.C
  24    gSystem->Load("libANALYSIS");
  25    gSystem->Load("libTPCcalib");
  26
  27    AliTPCPreprocessorOffline proces;
  28    TString ocdbPath="local:////"
  29    ocdbPath+=gSystem->GetFromPipe("pwd");
  30
  31    proces.CalibTimeGain("CalibObjects.root",run0,run1,ocdbPath);
  32    proces.CalibTimeVdrift("CalibObjects.root",run0,run1,ocdbPath);
  33   // take the raw calibration data from the file CalibObjects.root
  34   // and make a OCDB entry with run  validity run0-run1
  35   // results are stored at the ocdbPath - local or alien ...
  36   // default storage ""- data stored at current working directory
  37
  38   e.g.
  39   gSystem->Load("libANALYSIS");
  40   gSystem->Load("libTPCcalib");
  41   AliTPCPreprocessorOffline proces;
  42   proces.CalibTimeGain("TPCMultObjects.root",114000,140040,0);
  43   TFile oo("OCDB/TPC/Calib/TimeGain/Run114000_121040_v0_s0.root")
  44   TObjArray * arr = AliCDBEntry->GetObject()
  45   arr->At(4)->Draw("alp")
  46
  47 */
  48 #include "Riostream.h"
  49 #include <fstream>
  50 #include "TMap.h"
  51 #include "TGraphErrors.h"
  52 #include "AliExternalTrackParam.h"
  53 #include "TFile.h"
  54 #include "TGraph.h"
  55 #include "TMultiGraph.h"
  56 #include "TCanvas.h"
  57 #include "THnSparse.h"
  58 #include "TLegend.h"
  59 #include "TPad.h"
  60 #include "TH2D.h"
  61 #include "TH3D.h"
  62 #include "AliTPCROC.h"
  63 #include "AliTPCCalROC.h"
  64 #include "AliESDfriend.h"
  65 #include "AliTPCcalibTime.h"
  66 #include "AliSplineFit.h"
  67 #include "AliCDBMetaData.h"
  68 #include "AliCDBId.h"
  69 #include "AliCDBManager.h"
  70 #include "AliCDBStorage.h"
  71 #include "AliTPCcalibBase.h"
  72 #include "AliTPCcalibDB.h"
  73 #include "AliTPCcalibDButil.h"
  74 #include "AliRelAlignerKalman.h"
  75 #include "AliTPCParamSR.h"
  76 #include "AliTPCcalibTimeGain.h"
  77 #include "AliTPCcalibGainMult.h"
  78 #include "AliSplineFit.h"
  79 #include "AliTPCComposedCorrection.h"
  80 #include "AliTPCExBTwist.h"
  81 #include "AliTPCCalibGlobalMisalignment.h"
  82 #include "TStatToolkit.h"
  83 #include "TChain.h"
  84 #include "TCut.h"
  85 #include "AliTrackerBase.h"
  86 #include "AliTPCPreprocessorOffline.h"
  87
  88
  89 ClassImp(AliTPCPreprocessorOffline)
  90
  91 AliTPCPreprocessorOffline::AliTPCPreprocessorOffline():
  92   TNamed("TPCPreprocessorOffline","TPCPreprocessorOffline"),
  93   fMinEntries(500),                      // minimal number of entries for fit
  94   startRun(0),                         // start Run - used to make fast selection in THnSparse
  95   endRun(0),                           // end   Run - used to make fast selection in THnSparse
  96   startTime(0),                        // startTime - used to make fast selection in THnSparse
  97   endTime(0),                          // endTime   - used to make fast selection in THnSparse
  98   ocdbStorage(""),                   // path to the OCDB storage
  99   fVdriftArray(new TObjArray),
 100   fTimeDrift(0),
 101   fGraphMIP(0),                // graph time dependence of MIP
 102   fGraphCosmic(0),             // graph time dependence at Plateu
 103   fGraphAttachmentMIP(0),
 104   fFitMIP(0),                  // fit of dependence - MIP
 105   fFitCosmic(0),               // fit of dependence - Plateu
 106   fGainArray(new TObjArray),               // array to be stored in the OCDB
 107   fGainMIP(0),          // calibration component for MIP
 108   fGainCosmic(0),       // calibration component for cosmic
 109   fGainMult(0),
 110   fAlignTree(0),        // alignment tree
 111   fSwitchOnValidation(kFALSE) // flag to switch on validation of OCDB parameters
 112 {
 113   //
 114   // default constructor
 115   //
 116 }
 117
 118 AliTPCPreprocessorOffline::~AliTPCPreprocessorOffline() {
 119   //
 120   // Destructor
 121   //
 122 }
 123
 124
 125
 126
 127 void AliTPCPreprocessorOffline::GetRunRange(AliTPCcalibTime * const  timeDrift){
 128   //
 129   // find the fist and last run
 130   //
 131   TObjArray *hisArray =timeDrift->GetHistoDrift();
 132   {for (Int_t i=0; i<hisArray->GetEntriesFast(); i++){
 133     THnSparse* addHist=(THnSparse*)hisArray->UncheckedAt(i);
 134     if (addHist->GetEntries()<fMinEntries) continue;
 135     if (!addHist) continue;
 136     TH1D* histo    =addHist->Projection(3);
 137     TH1D* histoTime=addHist->Projection(0);
 138     printf("%s\t%f\t%d\t%d\n",histo->GetName(), histo->GetEntries(),histo->FindFirstBinAbove(0),histo->FindLastBinAbove(0));
 139
 140     if (startRun<=0){
 141       startRun=histo->FindFirstBinAbove(0);
 142       endRun  =histo->FindLastBinAbove(0);
 143     }else{
 144       startRun=TMath::Min(histo->FindFirstBinAbove(0),startRun);
 145       endRun  =TMath::Max(histo->FindLastBinAbove(0),endRun);
 146     }
 147     if (startTime==0){
 148       startTime=histoTime->FindFirstBinAbove(0);
 149       endTime  =histoTime->FindLastBinAbove(0);
 150     }else{
 151       startTime=TMath::Min(histoTime->FindFirstBinAbove(0),startTime);
 152       endTime  =TMath::Max(histoTime->FindLastBinAbove(0),endTime);
 153     }
 154     delete histo;
 155     delete histoTime;
 156   }}
 157   if (startRun<0) startRun=0;
 158   if (endRun<0) endRun=100000000;
 159   printf("Run range  :\t%d-%d\n", startRun, endRun);
 160   printf("Time range :\t%d-%d\n", startTime, endTime);
 161
 162 }
 163
 164
 165
 166 void AliTPCPreprocessorOffline::CalibTimeVdrift(const Char_t* file, Int_t ustartRun, Int_t uendRun, TString pocdbStorage){
 167   //
 168   // make calibration of the drift velocity
 169   // Input parameters:
 170   //      file                   - the location of input file
 171   //      ustartRun, uendrun     - run validity period
 172   //      pocdbStorage           - path to hte OCDB storage
 173   //                             - if empty - local storage 'pwd' uesed
 174   if (pocdbStorage.Length()>0) ocdbStorage=pocdbStorage;
 175   else
 176   ocdbStorage="local://"+gSystem->GetFromPipe("pwd")+"/OCDB";
 177   //
 178   // 1. Initialization and run range setting
 179   TFile fcalib(file);
 180   TObjArray * array = (TObjArray*)fcalib.Get("TPCCalib");
 181   if (array){
 182     fTimeDrift = (AliTPCcalibTime *)array->FindObject("calibTime");
 183   } else {
 184     fTimeDrift = (AliTPCcalibTime*)fcalib.Get("calibTime");
 185   }
 186   if(!fTimeDrift) return;
 187
 188   startRun=ustartRun;
 189   endRun=ustartRun;
 190   TObjArray *hisArray =fTimeDrift->GetHistoDrift();
 191   GetRunRange(fTimeDrift);
 192   for (Int_t i=0; i<hisArray->GetEntriesFast(); i++){
 193     THnSparse* addHist=(THnSparse*)hisArray->At(i);
 194     if (!addHist) continue;
 195     if (startTime<endTime) addHist->GetAxis(0)->SetRange(startTime-1,endTime+1);
 196     if (startRun<endRun) addHist->GetAxis(3)->SetRange(startRun-1,endRun+1);
 197   }
 198   //
 199   //
 200   // 2. extraction of the information
 201   //
 202   fVdriftArray = new TObjArray();
 203   AddAlignmentGraphs(fVdriftArray,fTimeDrift);
 204   AddHistoGraphs(fVdriftArray,fTimeDrift,fMinEntries);
 205   AddLaserGraphs(fVdriftArray,fTimeDrift);
 206   //
 207   // 3. Append QA plots
 208   //
 209   MakeDefaultPlots(fVdriftArray,fVdriftArray);
 210
 211   //
 212   // 4. validate OCDB entries
 213   //
 214   if(fSwitchOnValidation==kTRUE && ValidateTimeDrift()==kFALSE) {
 215     Printf("TPC time drift OCDB parameters out of range!");
 216     return;
 217   }
 218   //
 219   //4.b make alignment
 220   //
 221   MakeFitTime();
 222   TFile * ftime= TFile::Open("fitITSVertex.root");
 223   if (ftime){
 224     TObject * alignmentTime=ftime->Get("FitCorrectionTime");
 225     if (alignmentTime) fVdriftArray->AddLast(alignmentTime);
 226   }
 227   //
 228   //
 229   // 5. update of OCDB
 230   //
 231   //
 232   UpdateOCDBDrift(ustartRun,uendRun,ocdbStorage);
 233 }
 234
 235 void AliTPCPreprocessorOffline::UpdateOCDBDrift( Int_t ustartRun, Int_t uendRun,  const char* storagePath ){
 236   //
 237   // Update OCDB
 238   //
 239   AliCDBMetaData *metaData= new AliCDBMetaData();
 240   metaData->SetObjectClassName("TObjArray");
 241   metaData->SetResponsible("Marian Ivanov");
 242   metaData->SetBeamPeriod(1);
 243   metaData->SetAliRootVersion("05-25-01"); //root version
 244   metaData->SetComment("Calibration of the time dependence of the drift velocity");
 245   AliCDBId* id1=NULL;
 246   id1=new AliCDBId("TPC/Calib/TimeDrift", ustartRun, uendRun);
 247   AliCDBStorage* gStorage = AliCDBManager::Instance()->GetStorage(storagePath);
 248   gStorage->Put(fVdriftArray, (*id1), metaData);
 249 }
 250
 251 Bool_t AliTPCPreprocessorOffline::ValidateTimeGain(Double_t minGain, Double_t maxGain)
 252 {
 253   //
 254   // Validate time gain corrections
 255   //
 256   Printf("ValidateTimeGain..." );
 257
 258   TGraphErrors *gr = (TGraphErrors*)fGainArray->FindObject("TGRAPHERRORS_MEAN_GAIN_BEAM_ALL");
 259   if(!gr) return kFALSE;
 260   if(gr->GetN()<1) return kFALSE;
 261
 262   // check whether gain in the range
 263   for(Int_t iPoint=0; iPoint<gr->GetN(); iPoint++)
 264   {
 265     if(gr->GetY()[iPoint] < minGain || gr->GetY()[iPoint] > maxGain)
 266       return kFALSE;
 267   }
 268
 269 return kTRUE;
 270 }
 271
 272
 273 Bool_t AliTPCPreprocessorOffline::ValidateTimeDrift(Double_t maxVDriftCorr)
 274 {
 275   //
 276   // Validate time drift velocity corrections
 277   //
 278   Printf("ValidateTimeDrift..." );
 279
 280   TGraphErrors* gr = (TGraphErrors*)fVdriftArray->FindObject("ALIGN_ITSB_TPC_DRIFTVD");
 281   Printf("ALIGN_ITSB_TPC_DRIFTVD graph = %p",gr);
 282
 283   if(!gr) return kFALSE;
 284   if(gr->GetN()<1)  {
 285     Printf("ALIGN_ITSB_TPC_DRIFTVD number of points = %d",gr->GetN());
 286     return kFALSE;
 287   }
 288
 289   // check whether drift velocity corrections in the range
 290   for(Int_t iPoint = 0; iPoint<gr->GetN(); iPoint++)
 291   {
 292     Printf("Y value from the graph: %f",TMath::Abs(gr->GetY()[iPoint]));
 293     if(TMath::Abs(gr->GetY()[iPoint]) > maxVDriftCorr)
 294       return kFALSE;
 295   }
 296
 297 return kTRUE;
 298 }
 299
 300 void AliTPCPreprocessorOffline::UpdateDriftParam(AliTPCParam *param, TObjArray *const arr, Int_t lstartRun){
 301   //
 302   //  update the OCDB entry for the nominal time0
 303   //
 304   //
 305   //  AliTPCParam * param = AliTPCcalibDB::Instance()->GetParameters();
 306   AliTPCParam *paramNew = (AliTPCParam *)param->Clone();
 307   TGraphErrors *grT =  (TGraphErrors *)arr->FindObject("ALIGN_ITSM_TPC_T0");
 308   Double_t deltaTcm = TMath::Median(grT->GetN(),grT->GetY());
 309   Double_t deltaT   = deltaTcm/param->GetDriftV();
 310   paramNew->SetL1Delay(param->GetL1Delay()-deltaT);
 311   paramNew->Update();
 312
 313   AliCDBMetaData *metaData= new AliCDBMetaData();
 314   metaData->SetObjectClassName("TObjArray");
 315   metaData->SetResponsible("Marian Ivanov");
 316   metaData->SetBeamPeriod(1);
 317   metaData->SetAliRootVersion("05-25-02"); //root version
 318   metaData->SetComment("Updated calibration of nominal time 0");
 319   AliCDBId* id1=NULL;
 320   id1=new AliCDBId("TPC/Calib/Parameters", lstartRun, AliCDBRunRange::Infinity());
 321   AliCDBStorage* gStorage = AliCDBManager::Instance()->GetStorage(ocdbStorage);
 322   gStorage->Put(param, (*id1), metaData);
 323
 324 }
 325
 326
 327 void AliTPCPreprocessorOffline::PrintArray(TObjArray *array){
 328   //
 329   // Print the names of the entries in array
 330   //
 331   Int_t entries = array->GetEntries();
 332   for (Int_t i=0; i<entries; i++){
 333     if (!array->At(i)) continue;
 334     printf("%d\t %s\n", i,  array->At(i)->GetName());
 335   }
 336 }
 337
 338
 339
 340 TGraphErrors* AliTPCPreprocessorOffline::FilterGraphDrift(TGraphErrors * graph, Float_t errSigmaCut, Float_t medianCutAbs){
 341   // 2 filters:
 342   //    1. filter graph - error cut errSigmaCut
 343   //    2. filter graph - medianCutAbs around median
 344   //
 345   // errSigmaCut   - cut on error
 346   // medianCutAbs  - cut on value around median
 347   Double_t dummy=0;               //
 348   //
 349   // 1. filter graph - error cut errSigmaCut
 350   //
 351   TGraphErrors *graphF;
 352   graphF = AliTPCcalibDButil::FilterGraphMedianErr(graph,errSigmaCut,dummy);
 353   delete graph;
 354   if (!graphF) return 0;
 355   graph = AliTPCcalibDButil::FilterGraphMedianErr(graphF,errSigmaCut,dummy);
 356   delete graphF;
 357   if (!graph) return 0;
 358   //
 359   // filter graph - kMedianCutAbs around median
 360   //
 361   graphF=FilterGraphMedianAbs(graph, medianCutAbs,dummy);
 362   delete graph;
 363   if (!graphF) return 0;
 364   graph=FilterGraphMedianAbs(graphF, medianCutAbs,dummy);
 365   delete graphF;
 366   if (!graph) return 0;
 367   return graph;
 368 }
 369
 370
 371
 372 TGraphErrors* AliTPCPreprocessorOffline::FilterGraphMedianAbs(TGraphErrors * graph, Float_t cut,Double_t &medianY){
 373   //
 374   // filter outlyer measurement
 375   // Only points around median +- cut filtered
 376   //
 377   if (!graph) return  0;
 378   Int_t kMinPoints=2;
 379   Int_t npoints0 = graph->GetN();
 380   Int_t npoints=0;
 381   Float_t  rmsY=0;
 382   Double_t *outx=new Double_t[npoints0];
 383   Double_t *outy=new Double_t[npoints0];
 384   Double_t *errx=new Double_t[npoints0];
 385   Double_t *erry=new Double_t[npoints0];
 386   //
 387   //
 388   if (npoints0<kMinPoints) {
 389     delete []outx;
 390     delete []outy;
 391     delete []errx;
 392     delete []erry;
 393     return 0;
 394   }
 395   for (Int_t iter=0; iter<3; iter++){
 396     npoints=0;
 397     for (Int_t ipoint=0; ipoint<npoints0; ipoint++){
 398       if (graph->GetY()[ipoint]==0) continue;
 399       if (iter>0 &&TMath::Abs(graph->GetY()[ipoint]-medianY)>cut) continue;
 400       outx[npoints]  = graph->GetX()[ipoint];
 401       outy[npoints]  = graph->GetY()[ipoint];
 402       errx[npoints]  = graph->GetErrorX(ipoint);
 403       erry[npoints]  = graph->GetErrorY(ipoint);
 404       npoints++;
 405     }
 406     if (npoints<=1) break;
 407     medianY  =TMath::Median(npoints,outy);
 408     rmsY   =TMath::RMS(npoints,outy);
 409   }
 410   TGraphErrors *graphOut=0;
 411   if (npoints>1) graphOut= new TGraphErrors(npoints,outx,outy,errx,erry);
 412   delete []outx;
 413   delete []outy;
 414   delete []errx;
 415   delete []erry;
 416   return graphOut;
 417 }
 418
 419
 420 void AliTPCPreprocessorOffline::AddHistoGraphs(  TObjArray * vdriftArray, AliTPCcalibTime * const timeDrift, Int_t minEntries){
 421   //
 422   // Add graphs corresponding to the alignment
 423   //
 424   const Double_t kErrSigmaCut=5;      // error sigma cut - for filtering
 425   const Double_t kMedianCutAbs=0.03;  // error sigma cut - for filtering
 426   //
 427   TObjArray * array=timeDrift->GetHistoDrift();
 428   if (array){
 429     THnSparse* hist=NULL;
 430     // 2.a) cosmics with different triggers
 431     for (Int_t i=0; i<array->GetEntriesFast();i++){
 432       hist=(THnSparseF*)array->UncheckedAt(i);
 433       if(!hist) continue;
 434       if (hist->GetEntries()<minEntries) continue;
 435       //hist->Print();
 436       TString name=hist->GetName();
 437       Int_t dim[4]={0,1,2,3};
 438       THnSparse* newHist=hist->Projection(4,dim);
 439       newHist->SetName(name);
 440       TGraphErrors* graph=AliTPCcalibBase::FitSlices(newHist,2,0,400,100,0.05,0.95, kTRUE);
 441       if (!graph) {
 442         printf("Graph =%s filtered out\n", name.Data());
 443         continue;
 444       }
 445       printf("name=%s graph=%i, N=%i\n", name.Data(), graph==0, graph->GetN());
 446       Int_t pos=name.Index("_");
 447       name=name(pos,name.Capacity()-pos);
 448       TString graphName=graph->ClassName();
 449       graphName+=name;
 450       graphName.ToUpper();
 451       //
 452       graph = FilterGraphDrift(graph, kErrSigmaCut, kMedianCutAbs);
 453       //
 454       if (graph){
 455         graph->SetMarkerStyle(i%8+20);
 456         graph->SetMarkerColor(i%7);
 457         graph->GetXaxis()->SetTitle("Time");
 458         graph->GetYaxis()->SetTitle("v_{dcor}");
 459         graph->SetName(graphName);
 460         graph->SetTitle(graphName);
 461         printf("Graph %d\t=\t%s\n", i, graphName.Data());
 462         vdriftArray->Add(graph);
 463       }
 464     }
 465   }
 466 }
 467
 468
 469
 470
 471 void AliTPCPreprocessorOffline::AddAlignmentGraphs(  TObjArray * vdriftArray, AliTPCcalibTime *const timeDrift){
 472   //
 473   // Add graphs corresponding to alignment to the object array
 474   //
 475   TObjArray *arrayITS=0;
 476   TObjArray *arrayTOF=0;
 477   TObjArray *arrayTRD=0;
 478   TMatrixD *mstatITS=0;
 479   TMatrixD *mstatTOF=0;
 480   TMatrixD *mstatTRD=0;
 481   //
 482   arrayITS=timeDrift->GetAlignITSTPC();
 483   arrayTRD=timeDrift->GetAlignTRDTPC();
 484   arrayTOF=timeDrift->GetAlignTOFTPC();
 485
 486   if (arrayITS->GetEntries()>0) mstatITS= AliTPCcalibDButil::MakeStatRelKalman(arrayITS,0.9,50,0.025);
 487   if (arrayTOF->GetEntries()>0) mstatTOF= AliTPCcalibDButil::MakeStatRelKalman(arrayTOF,0.9,1000,0.025);
 488   if (arrayTRD->GetEntries()>0) mstatTRD= AliTPCcalibDButil::MakeStatRelKalman(arrayTRD,0.9,50,0.025);
 489   //
 490   TObjArray * arrayITSP= AliTPCcalibDButil::SmoothRelKalman(arrayITS,*mstatITS, 0, 5.);
 491   TObjArray * arrayITSM= AliTPCcalibDButil::SmoothRelKalman(arrayITS,*mstatITS, 1, 5.);
 492   TObjArray * arrayITSB= AliTPCcalibDButil::SmoothRelKalman(arrayITSP,arrayITSM);
 493   TObjArray * arrayTOFP= AliTPCcalibDButil::SmoothRelKalman(arrayTOF,*mstatTOF, 0, 5.);
 494   TObjArray * arrayTOFM= AliTPCcalibDButil::SmoothRelKalman(arrayTOF,*mstatTOF, 1, 5.);
 495   TObjArray * arrayTOFB= AliTPCcalibDButil::SmoothRelKalman(arrayTOFP,arrayTOFM);
 496
 497   TObjArray * arrayTRDP= 0x0;
 498   TObjArray * arrayTRDM= 0x0;
 499   TObjArray * arrayTRDB= 0x0;
 500   arrayTRDP= AliTPCcalibDButil::SmoothRelKalman(arrayTRD,*mstatTRD, 0, 5.);
 501   arrayTRDM= AliTPCcalibDButil::SmoothRelKalman(arrayTRD,*mstatTRD, 1, 5.);
 502   arrayTRDB= AliTPCcalibDButil::SmoothRelKalman(arrayTRDP,arrayTRDM);
 503   //
 504   //
 505   Int_t entries=TMath::Max(arrayITS->GetEntriesFast(),arrayTOF->GetEntriesFast());
 506   TObjArray *arrays[12]={arrayITS, arrayITSP, arrayITSM, arrayITSB,
 507                          arrayTRD, arrayTRDP, arrayTRDM, arrayTRDB,
 508                          arrayTOF, arrayTOFP, arrayTOFM, arrayTOFB};
 509   TString   grnames[12]={"ALIGN_ITS", "ALIGN_ITSP", "ALIGN_ITSM", "ALIGN_ITSB",
 510                          "ALIGN_TRD", "ALIGN_TRDP", "ALIGN_TRDM","ALIGN_TRDB",
 511                          "ALIGN_TOF", "ALIGN_TOFP", "ALIGN_TOFM","ALIGN_TOFB"};
 512   TString   grpar[9]={"DELTAPSI", "DELTATHETA", "DELTAPHI",
 513                       "DELTAX", "DELTAY", "DELTAZ",
 514                       "DRIFTVD", "T0", "VDGY"};
 515
 516
 517   TVectorD vX(entries);
 518   TVectorD vY(entries);
 519   TVectorD vEx(entries);
 520   TVectorD vEy(entries);
 521   TObjArray *arr=0;
 522   for (Int_t iarray=0; iarray<12; iarray++){
 523     arr = arrays[iarray];
 524     if (arr==0) continue;
 525     for (Int_t ipar=0; ipar<9; ipar++){
 526       Int_t counter=0;
 527       for (Int_t itime=0; itime<arr->GetEntriesFast(); itime++){
 528         AliRelAlignerKalman * kalman = (AliRelAlignerKalman *) arr->UncheckedAt(itime);
 529         if (!kalman) continue;
 530         vX[counter]=kalman->GetTimeStamp();
 531         vY[counter]=(*(kalman->GetState()))[ipar];
 532         if (ipar==6) vY[counter]=1./(*(kalman->GetState()))[ipar]-1;
 533         vEx[counter]=0;
 534         vEy[counter]=TMath::Sqrt((*(kalman->GetStateCov()))(ipar,ipar));
 535         counter++;
 536       }
 537
 538       TGraphErrors * graph=new TGraphErrors(counter, vX.GetMatrixArray(),
 539                                           vY.GetMatrixArray(),
 540                                           vEx.GetMatrixArray(),
 541                                           vEy.GetMatrixArray());
 542       TString grName=grnames[iarray];
 543       grName+="_TPC_";
 544       grName+=grpar[ipar];
 545       graph->SetName(grName.Data());
 546       vdriftArray->AddLast(graph);
 547     }
 548   }
 549 }
 550
 551
 552
 553
 554 void AliTPCPreprocessorOffline::AddLaserGraphs(  TObjArray * vdriftArray, AliTPCcalibTime *timeDrift){
 555   //
 556   // add graphs for laser
 557   //
 558   const Double_t delayL0L1 = 0.071;  //this is hack for 1/2 weeks
 559   //THnSparse *hisN=0;
 560   TGraphErrors *grLaser[6]={0,0,0,0,0,0};
 561   //hisN = timeDrift->GetHistVdriftLaserA(0);
 562   if (timeDrift->GetHistVdriftLaserA(0)){
 563     grLaser[0]=MakeGraphFilter0(timeDrift->GetHistVdriftLaserA(0),0,2,5,delayL0L1);
 564     grLaser[0]->SetName("GRAPH_MEAN_DELAY_LASER_ALL_A");
 565     vdriftArray->AddLast(grLaser[0]);
 566   }
 567   if (timeDrift->GetHistVdriftLaserA(1)){
 568     grLaser[1]=MakeGraphFilter0(timeDrift->GetHistVdriftLaserA(1),0,2,5);
 569     grLaser[1]->SetName("GRAPH_MEAN_DRIFT_LASER_ALL_A");
 570     vdriftArray->AddLast(grLaser[1]);
 571   }
 572   if (timeDrift->GetHistVdriftLaserA(2)){
 573     grLaser[2]=MakeGraphFilter0(timeDrift->GetHistVdriftLaserA(2),0,2,5);
 574     grLaser[2]->SetName("GRAPH_MEAN_GLOBALYGRADIENT_LASER_ALL_A");
 575     vdriftArray->AddLast(grLaser[2]);
 576   }
 577   if (timeDrift->GetHistVdriftLaserC(0)){
 578     grLaser[3]=MakeGraphFilter0(timeDrift->GetHistVdriftLaserC(0),0,2,5,delayL0L1);
 579     grLaser[3]->SetName("GRAPH_MEAN_DELAY_LASER_ALL_C");
 580     vdriftArray->AddLast(grLaser[3]);
 581   }
 582   if (timeDrift->GetHistVdriftLaserC(1)){
 583     grLaser[4]=MakeGraphFilter0(timeDrift->GetHistVdriftLaserC(1),0,2,5);
 584     grLaser[4]->SetName("GRAPH_MEAN_DRIFT_LASER_ALL_C");
 585     vdriftArray->AddLast(grLaser[4]);
 586   }
 587   if (timeDrift->GetHistVdriftLaserC(2)){
 588     grLaser[5]=MakeGraphFilter0(timeDrift->GetHistVdriftLaserC(2),0,2,5);
 589     grLaser[5]->SetName("GRAPH_MEAN_GLOBALYGRADIENT_LASER_ALL_C");
 590     vdriftArray->AddLast(grLaser[5]);
 591   }
 592   for (Int_t i=0; i<6;i++){
 593     if (grLaser[i]) {
 594       SetDefaultGraphDrift(grLaser[i], 1,(i+20));
 595       grLaser[i]->GetYaxis()->SetTitle("Laser Correction");
 596     }
 597   }
 598 }
 599
 600
 601 TGraphErrors * AliTPCPreprocessorOffline::MakeGraphFilter0(THnSparse *hisN, Int_t itime, Int_t ival, Int_t minEntries, Double_t offset){
 602   //
 603   // Make graph with mean values and rms
 604   //
 605   hisN->GetAxis(itime)->SetRange(0,100000000);
 606   hisN->GetAxis(ival)->SetRange(0,100000000);
 607   TH1 * hisT      = hisN->Projection(itime);
 608   TH1 * hisV      = hisN->Projection(ival);
 609   //
 610   Int_t firstBinA = hisT->FindFirstBinAbove(2);
 611   Int_t lastBinA  = hisT->FindLastBinAbove(2);
 612   Int_t firstBinV = hisV->FindFirstBinAbove(0);
 613   Int_t lastBinV  = hisV->FindLastBinAbove(0);
 614   hisN->GetAxis(itime)->SetRange(firstBinA,lastBinA);
 615   hisN->GetAxis(ival)->SetRange(firstBinV,lastBinV);
 616   Int_t entries=0;
 617   for (Int_t ibin=firstBinA; ibin<=lastBinA; ibin++){
 618     Double_t cont = hisT->GetBinContent(ibin);
 619     if (cont<minEntries) continue;
 620     entries++;
 621   }
 622   TVectorD vecTime(entries);
 623   TVectorD vecMean0(entries);
 624   TVectorD vecRMS0(entries);
 625   TVectorD vecMean1(entries);
 626   TVectorD vecRMS1(entries);
 627   entries=0;
 628   for (Int_t ibin=firstBinA; ibin<=lastBinA; ibin++){
 629       Double_t cont = hisT->GetBinContent(ibin);
 630       if (cont<minEntries) continue;
 631       //hisN->GetAxis(itime)->SetRange(ibin-1,ibin+1);
 632       Int_t minBin = ibin-1;
 633       Int_t maxBin = ibin+1;
 634       if(minBin <= 0) minBin = 1;
 635       if(maxBin >= hisN->GetAxis(itime)->GetNbins()) maxBin = hisN->GetAxis(itime)->GetNbins()-1;
 636       hisN->GetAxis(itime)->SetRange(minBin,maxBin);
 637
 638       Double_t time = hisT->GetBinCenter(ibin);
 639       TH1 * his = hisN->Projection(ival);
 640       Double_t nentries0= his->GetBinContent(his->FindBin(0));
 641       if (cont-nentries0<minEntries) continue;
 642       //
 643       his->SetBinContent(his->FindBin(0),0);
 644       vecTime[entries]=time;
 645       vecMean0[entries]=his->GetMean()+offset;
 646       vecMean1[entries]=his->GetMeanError();
 647       vecRMS0[entries] =his->GetRMS();
 648       vecRMS1[entries] =his->GetRMSError();
 649       delete his;
 650       entries++;
 651   }
 652   delete hisT;
 653   delete hisV;
 654   TGraphErrors * graph =  new TGraphErrors(entries,vecTime.GetMatrixArray(), vecMean0.GetMatrixArray(),                                    0, vecMean1.GetMatrixArray());
 655   return graph;
 656 }
 657
 658
 659
 660
 661
 662
 663
 664
 665 void AliTPCPreprocessorOffline::SetDefaultGraphDrift(TGraph *graph, Int_t color, Int_t style){
 666   //
 667   // Set default style for QA views
 668   //
 669   graph->GetXaxis()->SetTimeDisplay(kTRUE);
 670   graph->GetXaxis()->SetTimeFormat("#splitline{%d/%m}{%H:%M}");
 671   graph->SetMaximum( 0.025);
 672   graph->SetMinimum(-0.025);
 673   graph->GetXaxis()->SetTitle("Time");
 674   graph->GetYaxis()->SetTitle("v_{dcorr}");
 675   //
 676   graph->GetYaxis()->SetLabelSize(0.03);
 677   graph->GetXaxis()->SetLabelSize(0.03);
 678   //
 679   graph->GetXaxis()->SetNdivisions(10,5,0);
 680   graph->GetYaxis()->SetNdivisions(10,5,0);
 681   //
 682   graph->GetXaxis()->SetLabelOffset(0.02);
 683   graph->GetYaxis()->SetLabelOffset(0.005);
 684   //
 685   graph->GetXaxis()->SetTitleOffset(1.3);
 686   graph->GetYaxis()->SetTitleOffset(1.2);
 687   //
 688   graph->SetMarkerColor(color);
 689   graph->SetLineColor(color);
 690   graph->SetMarkerStyle(style);
 691 }
 692
 693 void AliTPCPreprocessorOffline::SetPadStyle(TPad *pad, Float_t mx0, Float_t mx1, Float_t my0, Float_t my1){
 694   //
 695   // Set default pad style for QA
 696   //
 697   pad->SetTicks(1,1);
 698   pad->SetMargin(mx0,mx1,my0,my1);
 699 }
 700
 701
 702 void AliTPCPreprocessorOffline::MakeDefaultPlots(TObjArray * const arr, TObjArray * /*picArray*/){
 703   //
 704   // 0. make a default QA plots
 705   // 1. Store them in the array
 706   //
 707   //
 708   Float_t mx0=0.12, mx1=0.1, my0=0.15, my1=0.1;
 709   //
 710   TGraphErrors* laserA       =(TGraphErrors*)arr->FindObject("GRAPH_MEAN_DRIFT_LASER_ALL_A");
 711   TGraphErrors* laserC       =(TGraphErrors*)arr->FindObject("GRAPH_MEAN_DRIFT_LASER_ALL_C");
 712   TGraphErrors* cosmic       =(TGraphErrors*)arr->FindObject("TGRAPHERRORS_MEAN_VDRIFT_COSMICS_ALL");
 713   TGraphErrors* cross        =(TGraphErrors*)arr->FindObject("TGRAPHERRORS_VDRIFT_CROSS_ALL");
 714   TGraphErrors* itstpcP       =(TGraphErrors*)arr->FindObject("ALIGN_ITSP_TPC_DRIFTVD");
 715   TGraphErrors* itstpcM       =(TGraphErrors*)arr->FindObject("ALIGN_ITSM_TPC_DRIFTVD");
 716   TGraphErrors* itstpcB       =(TGraphErrors*)arr->FindObject("ALIGN_ITSB_TPC_DRIFTVD");
 717   //
 718   if (laserA)  SetDefaultGraphDrift(laserA,2,25);
 719   if (laserC)  SetDefaultGraphDrift(laserC,4,26);
 720   if (cosmic)  SetDefaultGraphDrift(cosmic,3,27);
 721   if (cross)   SetDefaultGraphDrift(cross,4,28);
 722   if (itstpcP) SetDefaultGraphDrift(itstpcP,2,29);
 723   if (itstpcM) SetDefaultGraphDrift(itstpcM,4,30);
 724   if (itstpcB) SetDefaultGraphDrift(itstpcB,1,31);
 725   //
 726   //
 727   TPad *pad=0;
 728   //
 729   // Laser-Laser
 730   //
 731   if (laserA&&laserC){
 732     pad = new TCanvas("TPCLaserVDrift","TPCLaserVDrift");
 733     laserA->Draw("alp");
 734     SetPadStyle(pad,mx0,mx1,my0,my1);
 735     laserA->Draw("apl");
 736     laserC->Draw("p");
 737     TLegend *legend = new TLegend(mx0+0.01,1-my1-0.2, 0.5, 1-my1-0.01, "Drift velocity correction");
 738     legend->AddEntry(laserA,"Laser A side");
 739     legend->AddEntry(laserC,"Laser C side");
 740     legend->Draw();
 741     //picArray->AddLast(pad);
 742   }
 743
 744   if (itstpcP&&itstpcM&&itstpcB){
 745     pad = new TCanvas("ITSTPC","ITSTPC");
 746     itstpcP->Draw("alp");
 747     SetPadStyle(pad,mx0,mx1,my0,my1);
 748     itstpcP->Draw("alp");
 749     gPad->Clear();
 750     itstpcM->Draw("apl");
 751     itstpcP->Draw("p");
 752     itstpcB->Draw("p");
 753     TLegend *legend = new TLegend(mx0+0.01,1-my1-0.2, 0.5, 1-my1-0.01, "Drift velocity correction");
 754     legend->AddEntry(itstpcP,"ITS-TPC smooth plus");
 755     legend->AddEntry(itstpcM,"ITS-TPC smooth minus");
 756     legend->AddEntry(itstpcB,"ITS-TPC smooth ");
 757     legend->Draw();
 758     //picArray->AddLast(pad);
 759   }
 760
 761   if (itstpcB&&laserA&&itstpcP&&itstpcM){
 762     pad = new TCanvas("ITSTPC_LASER","ITSTPC_LASER");
 763     SetPadStyle(pad,mx0,mx1,my0,my1);
 764     laserA->Draw("alp");
 765     itstpcP->Draw("p");
 766     itstpcM->Draw("p");
 767     itstpcB->Draw("p");
 768     TLegend *legend = new TLegend(mx0+0.01,1-my1-0.2, 0.5, 1-my1-0.01, "Drift velocity correction");
 769     legend->AddEntry(laserA,"TPC laser");
 770     legend->AddEntry(itstpcP,"ITS-TPC smooth plus");
 771     legend->AddEntry(itstpcM,"ITS-TPC smooth minus");
 772     legend->AddEntry(itstpcB,"ITS-TPC smooth ");
 773     legend->Draw();
 774     //picArray->AddLast(pad);
 775   }
 776
 777   if (itstpcP&&cross){
 778     pad = new TCanvas("ITSTPC_CROSS","ITSTPC_CROSS");
 779     SetPadStyle(pad,mx0,mx1,my0,my1);
 780     itstpcP->Draw("alp");
 781     pad->Clear();
 782     cross->Draw("ap");
 783     itstpcP->Draw("p");
 784     //
 785     TLegend *legend = new TLegend(mx0+0.01,1-my1-0.2, 0.5, 1-my1-0.01, "Drift velocity correction");
 786
 787     legend->AddEntry(cross,"TPC cross tracks");
 788     legend->AddEntry(itstpcB,"ITS-TPC smooth");
 789     legend->Draw();
 790     //picArray->AddLast(pad);
 791   }
 792   if (itstpcP&&cosmic){
 793     pad = new TCanvas("ITSTPC_COSMIC","ITSTPC_COSMIC");
 794     SetPadStyle(pad,mx0,mx1,my0,my1);
 795     itstpcP->Draw("alp");
 796     pad->Clear();
 797     cosmic->Draw("ap");
 798     itstpcP->Draw("p");
 799     //
 800     TLegend *legend = new TLegend(mx0+0.01,1-my1-0.2, 0.5, 1-my1-0.01, "Drift velocity correction");
 801
 802     legend->AddEntry(cosmic,"TPC cross tracks0 up-down");
 803     legend->AddEntry(itstpcB,"ITS-TPC smooth");
 804     legend->Draw();
 805     //picArray->AddLast(pad);
 806   }
 807 }
 808
 809
 810
 811
 812 void AliTPCPreprocessorOffline::CalibTimeGain(const Char_t* fileName, Int_t startRunNumber, Int_t endRunNumber,  TString  pocdbStorage){
 813   //
 814   // Update OCDB gain
 815   //
 816   if (pocdbStorage.Length()==0) pocdbStorage+="local://"+gSystem->GetFromPipe("pwd")+"/OCDB";
 817
 818   //
 819   // 1. Read gain values
 820   //
 821   ReadGainGlobal(fileName);
 822
 823   //
 824   // 2. Extract calibration values
 825   //
 826   AnalyzeGain(startRunNumber,endRunNumber, 1000,1.43);
 827   AnalyzeAttachment(startRunNumber,endRunNumber);
 828   AnalyzePadRegionGain();
 829   AnalyzeGainMultiplicity();
 830   //
 831   // 3. Make control plots
 832   //
 833   MakeQAPlot(1.43);
 834
 835   //
 836   // 4. validate OCDB entries
 837   //
 838   if(fSwitchOnValidation==kTRUE && ValidateTimeGain()==kFALSE) {
 839     Printf("TPC time gain OCDB parameters out of range!");
 840     return;
 841   }
 842
 843   //
 844   // 5. Update OCDB
 845   //
 846   UpdateOCDBGain( startRunNumber, endRunNumber, pocdbStorage.Data());
 847 }
 848
 849 void AliTPCPreprocessorOffline::ReadGainGlobal(const Char_t* fileName){
 850   //
 851   // read calibration entries from file
 852   //
 853   TFile fcalib(fileName);
 854   TObjArray * array = (TObjArray*)fcalib.Get("TPCCalib");
 855   if (array){
 856     fGainMIP    = ( AliTPCcalibTimeGain *)array->FindObject("calibTimeGain");
 857     fGainCosmic = ( AliTPCcalibTimeGain *)array->FindObject("calibTimeGainCosmic");
 858     fGainMult   = ( AliTPCcalibGainMult *)array->FindObject("calibGainMult");
 859   }else{
 860     fGainMIP    = ( AliTPCcalibTimeGain *)fcalib.Get("calibTimeGain");
 861     fGainCosmic = ( AliTPCcalibTimeGain *)fcalib.Get("calibTimeGainCosmic");
 862     fGainMult   = ( AliTPCcalibGainMult *)fcalib.Get("calibGainMult");
 863   }
 864   if (!fGainMult){
 865     TFile fcalibMult("TPCMultObjects.root");
 866     fGainMult   = ( AliTPCcalibGainMult *)fcalibMult.Get("calibGainMult");
 867   }
 868   TH1 * hisT=0;
 869   Int_t firstBinA =0, lastBinA=0;
 870
 871   if (fGainCosmic){
 872     hisT= fGainCosmic->GetHistGainTime()->Projection(1);
 873     firstBinA = hisT->FindFirstBinAbove(2);
 874     lastBinA  = hisT->FindLastBinAbove(2);
 875     fGainCosmic->GetHistGainTime()->GetAxis(1)->SetRange(firstBinA,lastBinA);
 876     delete hisT;
 877   }
 878
 879   if (fGainMIP){
 880     hisT= fGainMIP->GetHistGainTime()->Projection(1);
 881     firstBinA = hisT->FindFirstBinAbove(2);
 882     lastBinA  = hisT->FindLastBinAbove(2);
 883     fGainMIP->GetHistGainTime()->GetAxis(1)->SetRange(firstBinA,lastBinA);
 884     delete hisT;
 885   }
 886
 887 }
 888
 889
 890
 891 Bool_t AliTPCPreprocessorOffline::AnalyzeGain(Int_t startRunNumber, Int_t endRunNumber, Int_t minEntriesGaussFit,  Float_t FPtoMIPratio){
 892   //
 893   // Analyze gain - produce the calibration graphs
 894   //
 895
 896   // 1.) try to create MIP spline
 897   if (fGainMIP)
 898   {
 899     fGainMIP->GetHistGainTime()->GetAxis(5)->SetRangeUser(startRunNumber, endRunNumber);
 900     fGainMIP->GetHistGainTime()->GetAxis(2)->SetRangeUser(1.51,2.49); // only beam data
 901     fGainMIP->GetHistGainTime()->GetAxis(4)->SetRangeUser(0.39,0.51); // only MIP pions
 902     //
 903     fGraphMIP = AliTPCcalibBase::FitSlices(fGainMIP->GetHistGainTime(),0,1,minEntriesGaussFit,10,0.1,0.7);
 904     if (fGraphMIP->GetN()==0) fGraphMIP = 0x0;
 905     if (fGraphMIP) fFitMIP = AliTPCcalibTimeGain::MakeSplineFit(fGraphMIP);
 906     if (fGraphMIP) fGraphMIP->SetName("TGRAPHERRORS_MEAN_GAIN_BEAM_ALL");// set proper names according to naming convention
 907     fGainArray->AddAt(fFitMIP,0);
 908   }
 909
 910   // 2.) try to create Cosmic spline
 911   if (fGainCosmic)
 912   {
 913     fGainCosmic->GetHistGainTime()->GetAxis(2)->SetRangeUser(0.51,1.49); // only cosmics
 914     fGainCosmic->GetHistGainTime()->GetAxis(4)->SetRangeUser(20,100);    // only Fermi-Plateau muons
 915     //
 916     fGraphCosmic = AliTPCcalibBase::FitSlices(fGainCosmic->GetHistGainTime(),0,1,minEntriesGaussFit,10);
 917     if (fGraphCosmic->GetN()==0) fGraphCosmic = 0x0;
 918     //
 919     if (fGraphCosmic) {
 920       for(Int_t i=0; i < fGraphCosmic->GetN(); i++) {
 921         fGraphCosmic->GetY()[i] /= FPtoMIPratio;
 922         fGraphCosmic->GetEY()[i] /= FPtoMIPratio;
 923       }
 924     }
 925     //
 926     if (fGraphCosmic) fFitCosmic = AliTPCcalibTimeGain::MakeSplineFit(fGraphCosmic);
 927     if (fGraphCosmic) fGraphCosmic->SetName("TGRAPHERRORS_MEAN_GAIN_COSMIC_ALL"); // set proper names according to naming convention
 928     fGainArray->AddAt(fFitCosmic,1);
 929   }
 930   // with naming convention and backward compatibility
 931   fGainArray->AddAt(fGraphMIP,2);
 932   fGainArray->AddAt(fGraphCosmic,3);
 933   cout << "fGraphCosmic: " << fGraphCosmic << " fGraphMIP " << fGraphMIP << endl;
 934   return kTRUE;
 935
 936 }
 937
 938 Bool_t AliTPCPreprocessorOffline::AnalyzeAttachment(Int_t startRunNumber, Int_t endRunNumber, Int_t minEntriesFit) {
 939   //
 940   // determine slope as a function of mean driftlength
 941   //
 942   if(!fGainMIP) return kFALSE;
 943
 944   fGainMIP->GetHistGainTime()->GetAxis(5)->SetRangeUser(startRunNumber, endRunNumber);
 945   //
 946   fGainMIP->GetHistGainTime()->GetAxis(2)->SetRangeUser(1.51,2.49); // only beam data
 947   fGainMIP->GetHistGainTime()->GetAxis(4)->SetRangeUser(0.39,0.51); // only MIP pions
 948   //
 949   fGainMIP->GetHistGainTime()->GetAxis(3)->SetRangeUser(125,250);// only full tracking region (driftlength)
 950   fGainMIP->GetHistGainTime()->GetAxis(0)->SetRangeUser(1.5,3.5);// only full tracking region (driftlength)
 951   //
 952   TH3D * hist = fGainMIP->GetHistGainTime()->Projection(1, 0, 3);
 953   //
 954   Double_t *xvec = new Double_t[hist->GetNbinsX()];
 955   Double_t *yvec = new Double_t[hist->GetNbinsX()];
 956   Double_t *xerr = new Double_t[hist->GetNbinsX()];
 957   Double_t *yerr = new Double_t[hist->GetNbinsX()];
 958   Int_t counter  = 0;
 959   //
 960   for(Int_t i=1; i < hist->GetNbinsX(); i++) {
 961     Int_t nsum=0;
 962     Int_t imin   =  i;
 963     Int_t imax   =  i;
 964     for (Int_t idelta=0; idelta<5; idelta++){
 965       //
 966       imin   =  TMath::Max(i-idelta,1);
 967       imax   =  TMath::Min(i+idelta,hist->GetNbinsX());
 968       nsum = TMath::Nint(hist->Integral(imin,imax,1,hist->GetNbinsY()-1,1,hist->GetNbinsZ()-1));
 969       //if (nsum==0) break;
 970       if (nsum>minEntriesFit) break;
 971     }
 972     if (nsum<minEntriesFit) continue;
 973     //
 974     fGainMIP->GetHistGainTime()->GetAxis(1)->SetRangeUser(hist->GetXaxis()->GetBinCenter(imin-1),hist->GetXaxis()->GetBinCenter(imax+1)); // define time range
 975     TH2D * histZdep = fGainMIP->GetHistGainTime()->Projection(0,3);
 976     TObjArray arr;
 977     histZdep->FitSlicesY(0,0,-1,0,"QNR",&arr);
 978     TH1D * driftDep = (TH1D*)arr.At(1);
 979     delete histZdep;
 980     //TGraphErrors * driftDep = AliTPCcalibBase::FitSlices(fGainMIP->GetHistGainTime(),0,3,100,1,0.,1);
 981     /*if (driftDep->GetN() < 4) {
 982       delete driftDep;
 983       continue;
 984       }*/
 985     //
 986     //TObjArray arr;
 987     //
 988     TF1 pol1("polynom1","pol1",125,240);
 989     //driftDep->Fit(&pol1,"QNRROB=0.8");
 990     driftDep->Fit(&pol1,"QNR");
 991     xvec[counter] = 0.5*(hist->GetXaxis()->GetBinCenter(imin-1)+hist->GetXaxis()->GetBinCenter(imax+1));
 992     yvec[counter] = pol1.GetParameter(1)/pol1.GetParameter(0);
 993     xerr[counter] = hist->GetXaxis()->GetBinCenter(imax+1)-hist->GetXaxis()->GetBinCenter(imin-1);
 994     yerr[counter] = pol1.GetParError(1)/pol1.GetParameter(0);
 995     counter++;
 996     //
 997     //delete driftDep;
 998   }
 999   //
1000   fGraphAttachmentMIP = new TGraphErrors(counter, xvec, yvec, xerr, yerr);
1001   if (fGraphAttachmentMIP) fGraphAttachmentMIP->SetName("TGRAPHERRORS_MEAN_ATTACHMENT_BEAM_ALL");// set proper names according to naming convention
1002   fGainArray->AddLast(fGraphAttachmentMIP);
1003   //
1004   delete [] xvec;
1005   delete [] yvec;
1006   delete [] xerr;
1007   delete [] yerr;
1008   delete hist;
1009   //
1010   if (counter < 1) return kFALSE;
1011   return kTRUE;
1012
1013 }
1014
1015
1016 Bool_t AliTPCPreprocessorOffline::AnalyzePadRegionGain(){
1017   //
1018   // Analyze gain for different pad regions - produce the calibration graphs 0,1,2
1019   //
1020   if (fGainMult)
1021   {
1022     TH2D * histQmax = (TH2D*) fGainMult->GetHistPadEqual()->Projection(0,2);
1023     TH2D * histQtot = (TH2D*) fGainMult->GetHistPadEqual()->Projection(1,2);
1024     //
1025     TObjArray arr;
1026     histQmax->FitSlicesY(0,0,-1,0,"QNR",&arr);
1027     Double_t xMax[3] = {0,1,2};
1028     Double_t yMax[3]    = {((TH1D*)arr.At(1))->GetBinContent(1),
1029                            ((TH1D*)arr.At(1))->GetBinContent(2),
1030                            ((TH1D*)arr.At(1))->GetBinContent(3)};
1031     Double_t yMaxErr[3] = {((TH1D*)arr.At(1))->GetBinError(1),
1032                            ((TH1D*)arr.At(1))->GetBinError(2),
1033                            ((TH1D*)arr.At(1))->GetBinError(3)};
1034     TGraphErrors * fitPadRegionQmax = new TGraphErrors(3, xMax, yMax, 0, yMaxErr);
1035     //
1036     histQtot->FitSlicesY(0,0,-1,0,"QNR",&arr);
1037     Double_t xTot[3] = {0,1,2};
1038     Double_t yTot[3]    = {((TH1D*)arr.At(1))->GetBinContent(1),
1039                            ((TH1D*)arr.At(1))->GetBinContent(2),
1040                            ((TH1D*)arr.At(1))->GetBinContent(3)};
1041     Double_t yTotErr[3] = {((TH1D*)arr.At(1))->GetBinError(1),
1042                            ((TH1D*)arr.At(1))->GetBinError(2),
1043                            ((TH1D*)arr.At(1))->GetBinError(3)};
1044     TGraphErrors * fitPadRegionQtot = new TGraphErrors(3, xTot, yTot, 0, yTotErr);
1045     //
1046     fitPadRegionQtot->SetName("TGRAPHERRORS_MEANQTOT_PADREGIONGAIN_BEAM_ALL");// set proper names according to naming convention
1047     fitPadRegionQmax->SetName("TGRAPHERRORS_MEANQMAX_PADREGIONGAIN_BEAM_ALL");// set proper names according to naming convention
1048     //
1049     fGainArray->AddLast(fitPadRegionQtot);
1050     fGainArray->AddLast(fitPadRegionQmax);
1051     return kTRUE;
1052   }
1053   return kFALSE;
1054
1055 }
1056
1057
1058 Bool_t AliTPCPreprocessorOffline::AnalyzeGainMultiplicity() {
1059   //
1060   // Analyze gain as a function of multiplicity and produce calibration graphs
1061   //
1062   if (!fGainMult) return kFALSE;
1063   fGainMult->GetHistGainMult()->GetAxis(3)->SetRangeUser(3,3);
1064   TH2D * histMultMax = fGainMult->GetHistGainMult()->Projection(0,4);
1065   TH2D * histMultTot = fGainMult->GetHistGainMult()->Projection(1,4);
1066   histMultMax->RebinX(4);
1067   histMultTot->RebinX(4);
1068   //
1069   TObjArray arrMax;
1070   TObjArray arrTot;
1071   histMultMax->FitSlicesY(0,0,-1,0,"QNR",&arrMax);
1072   histMultTot->FitSlicesY(0,0,-1,0,"QNR",&arrTot);
1073   //
1074   TH1D * meanMax = (TH1D*)arrMax.At(1);
1075   TH1D * meanTot = (TH1D*)arrTot.At(1);
1076   Float_t meanMult = histMultMax->GetMean();
1077   if(meanMax->GetBinContent(meanMax->FindBin(meanMult))) {
1078     meanMax->Scale(1./meanMax->GetBinContent(meanMax->FindBin(meanMult)));
1079   }
1080   else {
1081    return kFALSE;
1082   }
1083   if(meanTot->GetBinContent(meanTot->FindBin(meanMult))) {
1084     meanTot->Scale(1./meanTot->GetBinContent(meanTot->FindBin(meanMult)));
1085   }
1086   else {
1087    return kFALSE;
1088   }
1089   Float_t xMultMax[50];
1090   Float_t yMultMax[50];
1091   Float_t yMultErrMax[50];
1092   Float_t xMultTot[50];
1093   Float_t yMultTot[50];
1094   Float_t yMultErrTot[50];
1095   //
1096   Int_t nCountMax = 0;
1097   for(Int_t iBin = 1; iBin < meanMax->GetXaxis()->GetNbins(); iBin++) {
1098     Float_t yValMax = meanMax->GetBinContent(iBin);
1099     if (yValMax < 0.7) continue;
1100     if (yValMax > 1.3) continue;
1101     if (meanMax->GetBinError(iBin)/yValMax > 0.01) continue;
1102     xMultMax[nCountMax] = meanMax->GetXaxis()->GetBinCenter(iBin);
1103     yMultMax[nCountMax] = yValMax;
1104     yMultErrMax[nCountMax] = meanMax->GetBinError(iBin);
1105     nCountMax++;
1106   }
1107   //
1108   if (nCountMax < 10) return kFALSE;
1109   TGraphErrors * fitMultMax = new TGraphErrors(nCountMax, xMultMax, yMultMax, 0, yMultErrMax);
1110   fitMultMax->SetName("TGRAPHERRORS_MEANQMAX_MULTIPLICITYDEPENDENCE_BEAM_ALL");
1111   //
1112   Int_t nCountTot = 0;
1113   for(Int_t iBin = 1; iBin < meanTot->GetXaxis()->GetNbins(); iBin++) {
1114     Float_t yValTot = meanTot->GetBinContent(iBin);
1115     if (yValTot < 0.7) continue;
1116     if (yValTot > 1.3) continue;
1117     if (meanTot->GetBinError(iBin)/yValTot > 0.1) continue;
1118     xMultTot[nCountTot] = meanTot->GetXaxis()->GetBinCenter(iBin);
1119     yMultTot[nCountTot] = yValTot;
1120     yMultErrTot[nCountTot] = meanTot->GetBinError(iBin);
1121     nCountTot++;
1122   }
1123   //
1124   if (nCountTot < 10) return kFALSE;
1125   TGraphErrors *  fitMultTot = new TGraphErrors(nCountTot, xMultTot, yMultTot, 0, yMultErrTot);
1126   fitMultTot->SetName("TGRAPHERRORS_MEANQTOT_MULTIPLICITYDEPENDENCE_BEAM_ALL");
1127   //
1128   fGainArray->AddLast(fitMultMax);
1129   fGainArray->AddLast(fitMultTot);
1130   //
1131   return kTRUE;
1132
1133 }
1134
1135
1136 void AliTPCPreprocessorOffline::UpdateOCDBGain(Int_t startRunNumber, Int_t endRunNumber, const Char_t *storagePath){
1137   //
1138   // Update OCDB entry
1139   //
1140   AliCDBMetaData *metaData= new AliCDBMetaData();
1141   metaData->SetObjectClassName("TObjArray");
1142   metaData->SetResponsible("Alexander Kalweit");
1143   metaData->SetBeamPeriod(1);
1144   metaData->SetAliRootVersion("05-24-00"); //root version
1145   metaData->SetComment("Calibration of the time dependence of the gain due to pressure and temperature changes.");
1146   AliCDBId id1("TPC/Calib/TimeGain", startRunNumber, endRunNumber);
1147   AliCDBStorage * gStorage = AliCDBManager::Instance()->GetStorage(storagePath);
1148   gStorage->Put(fGainArray, id1, metaData);
1149 }
1150
1151 void AliTPCPreprocessorOffline::MakeQAPlot(Float_t  FPtoMIPratio) {
1152   //
1153   // Make QA plot to visualize results
1154   //
1155   //
1156   //
1157   if (fGraphCosmic) {
1158     TCanvas * canvasCosmic = new TCanvas("gain Cosmic", "time dependent gain QA histogram cosmic");
1159     canvasCosmic->cd();
1160     TH2D * gainHistoCosmic = fGainCosmic->GetHistGainTime()->Projection(0,1);
1161     gainHistoCosmic->SetDirectory(0);
1162     gainHistoCosmic->SetName("GainHistoCosmic");
1163     gainHistoCosmic->GetXaxis()->SetTimeDisplay(kTRUE);
1164     gainHistoCosmic->GetXaxis()->SetTimeFormat("#splitline{%d/%m}{%H:%M}");
1165     gainHistoCosmic->Draw("colz");
1166     fGraphCosmic->SetMarkerStyle(25);
1167     fGraphCosmic->Draw("lp");
1168     fGraphCosmic->SetMarkerStyle(25);
1169     TGraph * grfFitCosmic = fFitCosmic->MakeGraph(fGraphCosmic->GetX()[0],fGraphCosmic->GetX()[fGraphCosmic->GetN()-1],50000,0);
1170     if (grfFitCosmic) {
1171       for(Int_t i=0; i < grfFitCosmic->GetN(); i++) {
1172         grfFitCosmic->GetY()[i] *= FPtoMIPratio;
1173       }
1174       for(Int_t i=0; i < fGraphCosmic->GetN(); i++) {
1175         fGraphCosmic->GetY()[i] *= FPtoMIPratio;
1176       }
1177     }
1178     fGraphCosmic->Draw("lp");
1179     if (grfFitCosmic) {
1180       grfFitCosmic->SetLineColor(2);
1181       grfFitCosmic->Draw("lu");
1182     }
1183     fGainArray->AddLast(gainHistoCosmic);
1184     //fGainArray->AddLast(canvasCosmic->Clone());
1185     delete canvasCosmic;
1186   }
1187   if (fFitMIP) {
1188     TCanvas * canvasMIP = new TCanvas("gain MIP", "time dependent gain QA histogram MIP");
1189     canvasMIP->cd();
1190     TH2D * gainHistoMIP    = fGainMIP->GetHistGainTime()->Projection(0,1);
1191     gainHistoMIP->SetName("GainHistoCosmic");
1192     gainHistoMIP->SetDirectory(0);
1193     gainHistoMIP->GetXaxis()->SetTimeDisplay(kTRUE);
1194     gainHistoMIP->GetXaxis()->SetTimeFormat("#splitline{%d/%m}{%H:%M}");
1195     gainHistoMIP->Draw("colz");
1196     fGraphMIP->SetMarkerStyle(25);
1197     fGraphMIP->Draw("lp");
1198     TGraph * grfFitMIP = fFitMIP->MakeGraph(fGraphMIP->GetX()[0],fGraphMIP->GetX()[fGraphMIP->GetN()-1],50000,0);
1199     grfFitMIP->SetLineColor(2);
1200     grfFitMIP->Draw("lu");
1201     fGainArray->AddLast(gainHistoMIP);
1202     //fGainArray->AddLast(canvasMIP->Clone());
1203     delete canvasMIP;
1204   }
1205 }
1206
1207 void AliTPCPreprocessorOffline::MakeFitTime(){
1208   //
1209   // mak aligment fit - store results in the file
1210   //
1211   const Int_t kMinEntries=1000;
1212   MakeChainTime();
1213   MakePrimitivesTime();
1214   if (!fAlignTree) return;
1215   if (fAlignTree->GetEntries()<kMinEntries) return;
1216   fAlignTree->SetAlias("ptype","type");
1217   fAlignTree->SetAlias("hasITS","(1+0)");
1218   fAlignTree->SetAlias("dITS","1-2*(refX<40)");
1219   fAlignTree->SetAlias("isITS","refX>10");
1220   fAlignTree->SetAlias("isVertex","refX<10");
1221   //
1222   Int_t  npointsMax=30000000;
1223   TStatToolkit toolkit;
1224   Double_t chi2=0;
1225   Int_t    npoints=0;
1226   TVectorD param;
1227   TMatrixD covar;
1228
1229   TString fstringFast="";
1230   fstringFast+="FExBTwistX++";
1231   fstringFast+="FExBTwistY++";
1232   fstringFast+="FAlignRot0D++";
1233   fstringFast+="FAlignTrans0D++";
1234   fstringFast+="FAlignTrans1D++";
1235   //
1236   fstringFast+="hasITS*FAlignTrans0++";
1237   fstringFast+="hasITS*FAlignTrans1++";
1238   fstringFast+="hasITS*FAlignRot0++";
1239   fstringFast+="hasITS*FAlignRot1++";
1240   fstringFast+="hasITS*FAlignRot2++";
1241   //
1242   fstringFast+="dITS*FAlignTrans0++";
1243   fstringFast+="dITS*FAlignTrans1++";
1244   fstringFast+="dITS*FAlignRot0++";
1245   fstringFast+="dITS*FAlignRot1++";
1246   fstringFast+="dITS*FAlignRot2++";
1247
1248   TCut cutFit="entries>10&&abs(mean)>0.00001";
1249   fAlignTree->SetAlias("err","rms");
1250
1251   TString *strDeltaITS = TStatToolkit::FitPlaneConstrain(fAlignTree,"mean:err", fstringFast.Data(),cutFit, chi2,npoints,param,covar,-1,0, npointsMax, 1);
1252   strDeltaITS->Tokenize("++")->Print();
1253   fAlignTree->SetAlias("fitYFast",strDeltaITS->Data());
1254   //
1255   TVectorD paramC= param;
1256   TMatrixD covarC= covar;
1257   TStatToolkit::Constrain1D(fstringFast,"Trans0D",paramC,covarC,0, 0.1);
1258   TStatToolkit::Constrain1D(fstringFast,"Trans1D",paramC,covarC,0, 0.1);
1259   TStatToolkit::Constrain1D(fstringFast,"TwistX",paramC,covarC,0, 0.1);
1260   TStatToolkit::Constrain1D(fstringFast,"TwistY",paramC,covarC,0, 0.1);
1261   TString strFitConst=TStatToolkit::MakeFitString(fstringFast, paramC,covar);
1262   fAlignTree->SetAlias("fitYFastC",strFitConst.Data());
1263   CreateAlignTime(fstringFast,paramC);
1264
1265
1266 }
1267
1268
1269 void AliTPCPreprocessorOffline::MakeChainTime(){
1270   //
1271   TFile f("CalibObjects.root");
1272   //  const char *cdtype[7]={"ITS","TRD","Vertex","TOF","TPC","TPC0","TPC1"};
1273   //const char *cptype[5]={"dy","dz","dsnp","dtheta","d1pt"};
1274   const char * hname[5]={"dy","dz","dsnp","dtheta","d1pt"};
1275   Int_t run=0;
1276   AliTPCcalibTime  *calibTime= (AliTPCcalibTime*) f.Get("calibTime");
1277   if (!calibTime) return;
1278   TTreeSRedirector *pcstream = new TTreeSRedirector("meanITSVertex.root");
1279   //
1280   Int_t ihis=0;
1281   THnSparse *his = calibTime->GetResHistoTPCITS(ihis);
1282   if (his){
1283     his->GetAxis(1)->SetRangeUser(-1.1,1.1);
1284     his->GetAxis(2)->SetRange(0,1000000);
1285     his->GetAxis(3)->SetRangeUser(-0.35,0.35);
1286     AliTPCCorrection::MakeDistortionMap(his,pcstream, Form("ITS%s",hname[ihis]),run,85.,ihis,5);
1287   }
1288   ihis=1;
1289   his = calibTime->GetResHistoTPCITS(ihis);
1290   if (his){
1291     his->GetAxis(1)->SetRangeUser(-1.1,1.1);
1292     his->GetAxis(2)->SetRange(0,1000000);
1293     his->GetAxis(3)->SetRangeUser(-0.35,0.35);
1294     AliTPCCorrection::MakeDistortionMap(his,pcstream, Form("ITS%s",hname[ihis]),run,85.,ihis,5);
1295   }
1296   ihis=2;
1297   his = calibTime->GetResHistoTPCITS(ihis);
1298   if (his){
1299     his->GetAxis(1)->SetRangeUser(-1.1,1.1);
1300     his->GetAxis(2)->SetRange(0,1000000);
1301     his->GetAxis(3)->SetRangeUser(-0.35,0.35);
1302     AliTPCCorrection::MakeDistortionMap(his,pcstream, Form("ITS%s",hname[ihis]),run,85.,ihis,5);
1303   }
1304   ihis=0;
1305   his = calibTime->GetResHistoTPCvertex(ihis);
1306   if (his){
1307     his->GetAxis(1)->SetRangeUser(-1.1,1.1);
1308     his->GetAxis(2)->SetRange(0,1000000);
1309     his->GetAxis(3)->SetRangeUser(-0.35,0.35);
1310     AliTPCCorrection::MakeDistortionMap(his,pcstream, Form("Vertex%s",hname[ihis]),run,0.,ihis,5);
1311   }
1312   ihis=2;
1313   his = calibTime->GetResHistoTPCvertex(ihis);
1314   if (his){
1315     his->GetAxis(1)->SetRangeUser(-1.1,1.1);
1316     his->GetAxis(2)->SetRange(0,1000000);
1317     his->GetAxis(3)->SetRangeUser(-0.35,0.35);
1318     AliTPCCorrection::MakeDistortionMap(his,pcstream, Form("Vertex%s",hname[ihis]),run,0.,ihis,5);
1319
1320   }
1321   ihis=1;
1322   his = calibTime->GetResHistoTPCvertex(ihis);
1323   if (his){
1324     his->GetAxis(1)->SetRangeUser(-1.1,1.1);
1325     his->GetAxis(2)->SetRange(0,1000000);
1326     his->GetAxis(3)->SetRangeUser(-0.35,0.35);
1327     AliTPCCorrection::MakeDistortionMap(his,pcstream, Form("Vertex%s",hname[ihis]),run,0.,ihis,5);
1328
1329   }
1330   ihis=0;
1331   his = calibTime->GetResHistoTPCTOF(ihis);
1332   if (his){
1333     his->GetAxis(1)->SetRangeUser(-1.1,1.1);
1334     his->GetAxis(2)->SetRange(0,1000000);
1335     his->GetAxis(3)->SetRangeUser(-0.35,0.35);
1336     AliTPCCorrection::MakeDistortionMap(his,pcstream, Form("TOF%s",hname[ihis]),run,0.,ihis,10);
1337
1338   }
1339   ihis=0;
1340   his = calibTime->GetResHistoTPCTRD(ihis);
1341   if (his){
1342     his->GetAxis(1)->SetRangeUser(-1.1,1.1);
1343     his->GetAxis(2)->SetRange(0,1000000);
1344     his->GetAxis(3)->SetRangeUser(-0.35,0.35);
1345     AliTPCCorrection::MakeDistortionMap(his,pcstream, Form("TRD%s",hname[ihis]),run,0.,ihis,10);
1346
1347   }
1348   delete pcstream;
1349 }
1350
1351
1352 Double_t AliTPCPreprocessorOffline::EvalAt(Double_t phi, Double_t refX, Double_t theta, Int_t corr, Int_t ptype){
1353   //
1354   //
1355   //
1356   Double_t sector = 9*phi/TMath::Pi();
1357   if (sector<0) sector+=18;
1358   Double_t y85=AliTPCCorrection::GetCorrSector(sector,85,theta,1,corr);
1359   Double_t y245=AliTPCCorrection::GetCorrSector(sector,245,theta,1,corr);
1360   if (ptype==0) return y85+(y245-y85)*(refX-85.)/(245.-85.);
1361   if (ptype==2) return (y245-y85)/(245.-85.);
1362   return 0;
1363 }
1364
1365
1366
1367 void AliTPCPreprocessorOffline::MakePrimitivesTime(){
1368   //
1369   // Create primitive transformation to fit
1370   //
1371   fAlignTree=new TChain("fit","fit");
1372   fAlignTree->AddFile("meanITSVertex.root",10000000,"ITSdy");
1373   fAlignTree->AddFile("meanITSVertex.root",10000000,"ITSdsnp");
1374   fAlignTree->AddFile("meanITSVertex.root",10000000,"Vertexdy");
1375   fAlignTree->AddFile("meanITSVertex.root",10000000,"Vertexdsnp");
1376   //
1377   AliTPCParam *param= AliTPCcalibDB::Instance()->GetParameters();
1378   Double_t bzField=AliTrackerBase::GetBz();
1379   Double_t vdrift = param->GetDriftV()/1000000.; // [cm/us]   // From dataBase: to be updated: per second (ideally)
1380   Double_t ezField = 400; // [V/cm]   // to be updated: never (hopefully)
1381   Double_t wtP = -10.0 * (bzField) * vdrift /  ezField ;
1382   AliTPCExBTwist *fitExBTwistX= new  AliTPCExBTwist;
1383   AliTPCExBTwist *fitExBTwistY= new  AliTPCExBTwist;
1384   AliTPCCalibGlobalMisalignment *trans0   =new  AliTPCCalibGlobalMisalignment;
1385   AliTPCCalibGlobalMisalignment *trans1   =new  AliTPCCalibGlobalMisalignment;
1386   AliTPCCalibGlobalMisalignment *trans0D  =new  AliTPCCalibGlobalMisalignment;
1387   AliTPCCalibGlobalMisalignment *trans1D  =new  AliTPCCalibGlobalMisalignment;
1388   AliTPCCalibGlobalMisalignment *rot0     =new  AliTPCCalibGlobalMisalignment;
1389   AliTPCCalibGlobalMisalignment *rot1     =new  AliTPCCalibGlobalMisalignment;
1390   AliTPCCalibGlobalMisalignment *rot2     =new  AliTPCCalibGlobalMisalignment;
1391   AliTPCCalibGlobalMisalignment *rot3     =new  AliTPCCalibGlobalMisalignment;
1392   //
1393   //
1394   fitExBTwistX->SetXTwist(0.001);
1395   fitExBTwistX->SetOmegaTauT1T2(wtP,1,1);
1396   //
1397   fitExBTwistY->SetYTwist(0.001);
1398   fitExBTwistY->SetOmegaTauT1T2(wtP,1,1);
1399   //
1400   TGeoHMatrix *matrixRot = new TGeoHMatrix;
1401   TGeoHMatrix *matrixX = new TGeoHMatrix;
1402   TGeoHMatrix *matrixY = new TGeoHMatrix;
1403   matrixX->SetDx(0.1);
1404   matrixY->SetDy(0.1);
1405   Double_t rotAngles0[9]={0};
1406   Double_t rotAngles1[9]={0};
1407   Double_t rotAngles2[9]={0};
1408   //
1409   Double_t rotAngles3[9]={0};
1410
1411   rotAngles0[0]=1; rotAngles0[4]=1; rotAngles0[8]=1;
1412   rotAngles1[0]=1; rotAngles1[4]=1; rotAngles1[8]=1;
1413   rotAngles2[0]=1; rotAngles2[4]=1; rotAngles2[8]=1;
1414   rotAngles3[0]=1; rotAngles3[4]=1; rotAngles3[8]=1;
1415
1416   rotAngles0[1]=-0.001;rotAngles0[3]=0.001;
1417   rotAngles1[5]=-0.001;rotAngles1[7]=0.001;
1418   rotAngles2[2]=0.001;rotAngles2[6]=-0.001;
1419   rotAngles3[1]=0.001;rotAngles3[3]=-0.001;
1420   matrixRot->SetRotation(rotAngles0);
1421   rot0->SetAlignGlobal(matrixRot);
1422   matrixRot->SetRotation(rotAngles1);
1423   rot1->SetAlignGlobal(matrixRot);
1424   matrixRot->SetRotation(rotAngles2);
1425   rot2->SetAlignGlobal(matrixRot);
1426   matrixRot->SetRotation(rotAngles3);
1427   rot3->SetAlignGlobalDelta(matrixRot);
1428   //
1429   trans0->SetAlignGlobal(matrixX);
1430   trans1->SetAlignGlobal(matrixY);
1431   trans0D->SetAlignGlobalDelta(matrixX);
1432   trans1D->SetAlignGlobalDelta(matrixY);
1433   fitExBTwistX->Init();
1434   fitExBTwistY->Init();
1435   //
1436   fitExBTwistX->AddVisualCorrection((AliTPCExBTwist*)(fitExBTwistX->Clone()),100);
1437   fitExBTwistY->AddVisualCorrection((AliTPCExBTwist*)(fitExBTwistY->Clone()),101);
1438   //
1439   fitExBTwistX->AddVisualCorrection((AliTPCExBTwist*)(rot0->Clone()),102);
1440   fitExBTwistY->AddVisualCorrection((AliTPCExBTwist*)(rot1->Clone()),103);
1441   fitExBTwistX->AddVisualCorrection((AliTPCExBTwist*)(rot2->Clone()),104);
1442   fitExBTwistX->AddVisualCorrection((AliTPCExBTwist*)(rot3->Clone()),105);
1443
1444   fitExBTwistX->AddVisualCorrection((AliTPCExBTwist*)(trans0->Clone()),106);
1445   fitExBTwistX->AddVisualCorrection((AliTPCExBTwist*)(trans1->Clone()),107);
1446   fitExBTwistX->AddVisualCorrection((AliTPCExBTwist*)(trans0D->Clone()),108);
1447   fitExBTwistX->AddVisualCorrection((AliTPCExBTwist*)(trans1D->Clone()),109);
1448   //
1449   fAlignTree->SetAlias("FExBTwistX", "AliTPCPreprocessorOffline::EvalAt(phi,refX,theta,100,ptype)+0");
1450   fAlignTree->SetAlias("FExBTwistY","AliTPCPreprocessorOffline::EvalAt(phi,refX,theta,101,ptype)+0");
1451   fAlignTree->SetAlias("FAlignRot0","AliTPCPreprocessorOffline::EvalAt(phi,refX,theta,102,ptype)+0");
1452   fAlignTree->SetAlias("FAlignRot0D","AliTPCPreprocessorOffline::EvalAt(phi,refX,theta,105,ptype)+0");
1453   fAlignTree->SetAlias("FAlignRot1","AliTPCPreprocessorOffline::EvalAt(phi,refX,theta,103,ptype)+0");
1454   fAlignTree->SetAlias("FAlignRot2","AliTPCPreprocessorOffline::EvalAt(phi,refX,theta,104,ptype)+0");
1455   fAlignTree->SetAlias("FAlignTrans0","AliTPCPreprocessorOffline::EvalAt(phi,refX,theta,106,ptype)+0");
1456   fAlignTree->SetAlias("FAlignTrans1","AliTPCPreprocessorOffline::EvalAt(phi,refX,theta,107,ptype)+0");
1457   fAlignTree->SetAlias("FAlignTrans0D","AliTPCPreprocessorOffline::EvalAt(phi,refX,theta,108,ptype)+0");
1458   fAlignTree->SetAlias("FAlignTrans1D","AliTPCPreprocessorOffline::EvalAt(phi,refX,theta,109,ptype)+0");
1459   //
1460   // test fast function
1461   //
1462 //   fAlignTree->Draw("FExBTwistX:ExBTwistX","isITS&&ptype==0&&abs(snp)<0.05","");
1463 //   fAlignTree->Draw("FExBTwistY:ExBTwistY","isITS&&ptype==0&&abs(snp)<0.05","");
1464 //   fAlignTree->Draw("FAlignRot0:alignRot0","isITS&&ptype==0&&abs(snp)<0.05","");
1465 //   fAlignTree->Draw("FAlignRot1:alignRot1","isITS&&ptype==0&&abs(snp)<0.05","");
1466 //   fAlignTree->Draw("FAlignRot2:alignRot2","isITS&&ptype==0&&abs(snp)<0.05","");
1467 //   //
1468 //   fAlignTree->Draw("FAlignTrans0:alignTrans0","isITS&&ptype==0&&abs(snp)<0.05","");
1469 //   fAlignTree->Draw("FAlignTrans1:alignTrans1","isITS&&ptype==0&&abs(snp)<0.05","");
1470
1471 }
1472
1473
1474 void AliTPCPreprocessorOffline::CreateAlignTime(TString fstring, TVectorD paramC){
1475   //
1476   //
1477   //
1478   //
1479   TGeoHMatrix *matrixDelta     = new TGeoHMatrix;
1480   TGeoHMatrix *matrixGlobal    = new TGeoHMatrix;
1481   Double_t rAngles[9];
1482   Int_t index=0;
1483   //
1484   index=TStatToolkit::GetFitIndex(fstring,"FAlignTrans0D");
1485   if (index>=0) matrixDelta->SetDx(paramC[index+1]*0.1);
1486   index=TStatToolkit::GetFitIndex(fstring,"FAlignTrans1D");
1487   if (index>=0) matrixDelta->SetDy(paramC[index+1]*0.1);
1488   rAngles[0]=1; rAngles[4]=1; rAngles[8]=1;
1489   index=TStatToolkit::GetFitIndex(fstring,"FAlignRot0D");
1490   rAngles[1]=-paramC[index+1]*0.001; rAngles[3]=paramC[index+1]*0.001;
1491   rAngles[5]=0; rAngles[7] =0;
1492   rAngles[2]=0; rAngles[6] =0;
1493   matrixDelta->SetRotation(rAngles);
1494   //
1495   //
1496   //
1497   index=TStatToolkit::GetFitIndex(fstring,"hasITS*FAlignTrans0");
1498   if (index>=0) matrixGlobal->SetDx(paramC[index+1]*0.1);
1499   index=TStatToolkit::GetFitIndex(fstring,"hasITS*FAlignTrans1");
1500   if (index>=0) matrixGlobal->SetDy(paramC[index+1]*0.1);
1501   rAngles[0]=1; rAngles[4]=1; rAngles[8]=1;
1502   index=TStatToolkit::GetFitIndex(fstring,"hasITS*FAlignRot0");
1503   rAngles[1]=-paramC[index+1]*0.001; rAngles[3]=paramC[index+1]*0.001;
1504   index=TStatToolkit::GetFitIndex(fstring,"hasITS*FAlignRot1");
1505   rAngles[5]=-paramC[index+1]*0.001; rAngles[7]=paramC[index+1]*0.001;
1506   index=TStatToolkit::GetFitIndex(fstring,"hasITS*FAlignRot2");
1507   rAngles[2]=paramC[index+1]*0.001; rAngles[6] =-paramC[index+1]*0.001;
1508   matrixGlobal->SetRotation(rAngles);
1509   //
1510   AliTPCCalibGlobalMisalignment *fitAlignTime  =0;
1511   fitAlignTime  =new  AliTPCCalibGlobalMisalignment;
1512   fitAlignTime->SetName("FitAlignTime");
1513   fitAlignTime->SetTitle("FitAlignTime");
1514   fitAlignTime->SetAlignGlobalDelta(matrixDelta);
1515   fitAlignTime->SetAlignGlobal(matrixGlobal);
1516   //
1517   AliTPCExBTwist * fitExBTwist= new  AliTPCExBTwist;
1518   Int_t indexX=TStatToolkit::GetFitIndex(fstring,"ExBTwistX");
1519   Int_t indexY=TStatToolkit::GetFitIndex(fstring,"ExBTwistY");
1520   fitExBTwist->SetXTwist(0.001*paramC[indexX+1]);  // 1 mrad twist in x
1521   fitExBTwist->SetYTwist(0.001*paramC[indexY+1]);  // 1 mrad twist in x
1522   fitExBTwist->SetName("FitExBTwistTime");
1523   fitExBTwist->SetTitle("FitExBTwistTime");
1524   AliTPCParam *param= AliTPCcalibDB::Instance()->GetParameters();
1525   Double_t bzField=AliTrackerBase::GetBz();
1526   Double_t vdrift = param->GetDriftV()/1000000.; // [cm/us]   // From dataBase: to be updated: per second (ideally)
1527
1528   Double_t ezField = 400; // [V/cm]   // to be updated: never (hopefully)
1529   Double_t wt = -10.0 * (bzField) * vdrift /  ezField ;
1530   //
1531   fitExBTwist->SetOmegaTauT1T2(wt,1,1);
1532   fitExBTwist->Init();
1533
1534   AliTPCComposedCorrection *corrTime =  new AliTPCComposedCorrection;
1535   TObjArray *arr = new TObjArray;
1536   corrTime->SetCorrections(arr);
1537
1538   corrTime->GetCorrections()->Add(fitExBTwist);
1539   corrTime->GetCorrections()->Add(fitAlignTime);
1540   corrTime->SetName("FitCorrectionTime");
1541   corrTime->SetTitle("FitCorrectionTime");
1542
1543   fitExBTwist->AddVisualCorrection((AliTPCExBTwist*)(fitExBTwist->Clone()),1001);
1544   fitAlignTime->AddVisualCorrection((AliTPCExBTwist*)(fitAlignTime->Clone()),1002);
1545   fitAlignTime->AddVisualCorrection((AliTPCExBTwist*)(corrTime->Clone()),1003);
1546
1547
1548   fAlignTree->SetAlias("ExBTwistTime","AliTPCPreprocessorOffline::EvalAt(phi,refX,theta,1001,ptype)+0");
1549   fAlignTree->SetAlias("AlignTime","AliTPCPreprocessorOffline::EvalAt(phi,refX,theta,1002,ptype)+0");
1550   fAlignTree->SetAlias("FitCorrectionTime","AliTPCPreprocessorOffline::EvalAt(phi,refX,theta,1003,ptype)+0");
1551
1552
1553   TFile *f = new TFile("fitITSVertex.root","update");
1554   corrTime->Write("FitCorrectionTime");
1555   f->Close();
1556 }
1557
1558
1559
1560