Compatibility with ROOT trunk
[u/mrichter/AliRoot.git] / TPC / AliTPCPreprocessorOffline.cxx
1 /**************************************************************************
2  * Copyright(c) 1998-1999, ALICE Experiment at CERN, All rights reserved. *
3  *                                                                        *
4  * Author: The ALICE Off-line Project.                                    *
5  * Contributors are mentioned in the code where appropriate.              *
6  *                                                                        *
7  * Permission to use, copy, modify and distribute this software and its   *
8  * documentation strictly for non-commercial purposes is hereby granted   *
9  * without fee, provided that the above copyright notice appears in all   *
10  * copies and that both the copyright notice and this permission notice   *
11  * appear in the supporting documentation. The authors make no claims     *
12  * about the suitability of this software for any purpose. It is          *
13  * provided "as is" without express or implied warranty.                  *
14  **************************************************************************/
15
16
17
18 /*
19   Responsible: marian.ivanov@cern.ch 
20   Code to analyze the TPC calibration and to produce OCDB entries  
21
22
23    .x ~/rootlogon.C
24    gSystem->Load("libANALYSIS");
25    gSystem->Load("libTPCcalib");
26
27    AliTPCPreprocessorOffline proces;
28    TString ocdbPath="local:////"
29    ocdbPath+=gSystem->GetFromPipe("pwd");
30
31    proces.CalibTimeGain("CalibObjects.root",run0,run1,ocdbPath);
32    proces.CalibTimeVdrift("CalibObjects.root",run0,run1,ocdbPath);
33   // take the raw calibration data from the file CalibObjects.root 
34   // and make a OCDB entry with run  validity run0-run1
35   // results are stored at the ocdbPath - local or alien ...
36   // default storage ""- data stored at current working directory 
37  
38   e.g.
39   gSystem->Load("libANALYSIS");
40   gSystem->Load("libTPCcalib");
41   AliTPCPreprocessorOffline proces;
42   proces.CalibTimeGain("TPCMultObjects.root",114000,140040,0);
43   TFile oo("OCDB/TPC/Calib/TimeGain/Run114000_121040_v0_s0.root")
44   TObjArray * arr = AliCDBEntry->GetObject()
45   arr->At(4)->Draw("alp")
46
47 */
48 #include "Riostream.h"
49 #include <fstream>
50 #include "TMap.h"
51 #include "TGraphErrors.h"
52 #include "AliExternalTrackParam.h"
53 #include "TFile.h"
54 #include "TGraph.h"
55 #include "TMultiGraph.h"
56 #include "TCanvas.h"
57 #include "THnSparse.h"
58 #include "TLegend.h"
59 #include "TPad.h"
60 #include "TH2D.h"
61 #include "TH3D.h"
62 #include "AliTPCROC.h"
63 #include "AliTPCCalROC.h"
64 #include "AliESDfriend.h"
65 #include "AliTPCcalibTime.h"
66 #include "AliSplineFit.h"
67 #include "AliCDBMetaData.h"
68 #include "AliCDBId.h"
69 #include "AliCDBManager.h"
70 #include "AliCDBStorage.h"
71 #include "AliTPCcalibBase.h"
72 #include "AliTPCcalibDB.h"
73 #include "AliTPCcalibDButil.h"
74 #include "AliRelAlignerKalman.h"
75 #include "AliTPCParamSR.h"
76 #include "AliTPCcalibTimeGain.h"
77 #include "AliTPCcalibGainMult.h"
78 #include "AliTPCcalibAlign.h"
79 #include "AliSplineFit.h"
80 #include "AliTPCComposedCorrection.h"
81 #include "AliTPCExBTwist.h"
82 #include "AliTPCCalibGlobalMisalignment.h"
83 #include "TStatToolkit.h"
84 #include "TChain.h"
85 #include "TCut.h"
86 #include "AliTrackerBase.h"
87 #include "AliTracker.h"
88 #include "AliTPCPreprocessorOffline.h"
89 #include "AliTPCCorrectionFit.h"
90
91 using std::endl;
92 using std::cout;
93 ClassImp(AliTPCPreprocessorOffline)
94
95 AliTPCPreprocessorOffline::AliTPCPreprocessorOffline():
96   TNamed("TPCPreprocessorOffline","TPCPreprocessorOffline"),
97   fMinEntries(500),                      // minimal number of entries for fit
98   startRun(0),                         // start Run - used to make fast selection in THnSparse
99   endRun(0),                           // end   Run - used to make fast selection in THnSparse
100   startTime(0),                        // startTime - used to make fast selection in THnSparse
101   endTime(0),                          // endTime   - used to make fast selection in THnSparse
102   ocdbStorage(""),                   // path to the OCDB storage
103   fVdriftArray(new TObjArray),
104   fTimeDrift(0),
105   fGraphMIP(0),                // graph time dependence of MIP
106   fGraphCosmic(0),             // graph time dependence at Plateu
107   fGraphAttachmentMIP(0),
108   fFitMIP(0),                  // fit of dependence - MIP
109   fFitCosmic(0),               // fit of dependence - Plateu
110   fGainArray(new TObjArray),               // array to be stored in the OCDB
111   fGainMIP(0),          // calibration component for MIP
112   fGainCosmic(0),       // calibration component for cosmic
113   fGainMult(0),
114   fAlignTree(0),        // alignment tree
115   fSwitchOnValidation(kFALSE), // flag to switch on validation of OCDB parameters
116   fMinGain(2.0),
117   fMaxGain(3.0),
118   fMaxVdriftCorr(0.03)
119 {
120   //
121   // default constructor
122   //
123 }
124
125 AliTPCPreprocessorOffline::~AliTPCPreprocessorOffline() {
126   //
127   // Destructor
128   //
129 }
130
131
132
133
134 void AliTPCPreprocessorOffline::GetRunRange(AliTPCcalibTime * const  timeDrift){
135   //
136   // find the fist and last run
137   //
138   TObjArray *hisArray =timeDrift->GetHistoDrift();
139   {for (Int_t i=0; i<hisArray->GetEntriesFast(); i++){
140     THnSparse* addHist=(THnSparse*)hisArray->UncheckedAt(i);
141     if (!addHist) continue;
142     if (addHist->GetEntries()<fMinEntries) continue;
143     TH1D* histo    =addHist->Projection(3);
144     TH1D* histoTime=addHist->Projection(0);
145     printf("%s\t%f\t%d\t%d\n",histo->GetName(), histo->GetEntries(),histo->FindFirstBinAbove(0),histo->FindLastBinAbove(0));
146
147     if (startRun<=0){ 
148       startRun=histo->FindFirstBinAbove(0);
149       endRun  =histo->FindLastBinAbove(0);
150     }else{
151       startRun=TMath::Min(histo->FindFirstBinAbove(0),startRun);
152       endRun  =TMath::Max(histo->FindLastBinAbove(0),endRun);
153     }
154     if (startTime==0){ 
155       startTime=histoTime->FindFirstBinAbove(0);
156       endTime  =histoTime->FindLastBinAbove(0);
157     }else{
158       startTime=TMath::Min(histoTime->FindFirstBinAbove(0),startTime);
159       endTime  =TMath::Max(histoTime->FindLastBinAbove(0),endTime);
160     }
161     delete histo;
162     delete histoTime;
163   }}
164   if (startRun<0) startRun=0;
165   if (endRun<0) endRun=100000000;
166   printf("Run range  :\t%d-%d\n", startRun, endRun);
167   printf("Time range :\t%d-%d\n", startTime, endTime);
168
169 }
170
171
172
173 void AliTPCPreprocessorOffline::CalibTimeVdrift(const Char_t* file, Int_t ustartRun, Int_t uendRun, TString pocdbStorage){
174   //
175   // make calibration of the drift velocity
176   // Input parameters:
177   //      file                   - the location of input file
178   //      ustartRun, uendrun     - run validity period 
179   //      pocdbStorage           - path to hte OCDB storage
180   //                             - if empty - local storage 'pwd' uesed
181   if (pocdbStorage.Length()>0) ocdbStorage=pocdbStorage;
182   else
183   ocdbStorage="local://"+gSystem->GetFromPipe("pwd")+"/OCDB";
184   //
185   // 1. Initialization and run range setting
186   TFile fcalib(file);
187   TObjArray * array = (TObjArray*)fcalib.Get("TPCCalib");
188   if (array){
189     fTimeDrift = (AliTPCcalibTime *)array->FindObject("calibTime");
190   } else {
191     fTimeDrift = (AliTPCcalibTime*)fcalib.Get("calibTime");
192   }
193   if(!fTimeDrift) return;
194
195   startRun=ustartRun;
196   endRun=ustartRun; 
197   TObjArray *hisArray =fTimeDrift->GetHistoDrift();  
198   GetRunRange(fTimeDrift);
199   for (Int_t i=0; i<hisArray->GetEntriesFast(); i++){
200     THnSparse* addHist=(THnSparse*)hisArray->At(i);
201     if (!addHist) continue;
202     if (startTime<endTime) addHist->GetAxis(0)->SetRange(startTime-1,endTime+1);
203     if (startRun<endRun) addHist->GetAxis(3)->SetRange(startRun-1,endRun+1);
204   }
205   //
206   //
207   // 2. extraction of the information
208   //
209   fVdriftArray = new TObjArray();
210   AddAlignmentGraphs(fVdriftArray,fTimeDrift);
211   AddHistoGraphs(fVdriftArray,fTimeDrift,fMinEntries);
212   AddLaserGraphs(fVdriftArray,fTimeDrift);
213   //
214   // 3. Append QA plots
215   //
216   MakeDefaultPlots(fVdriftArray,fVdriftArray);
217
218   //
219   // 4. validate OCDB entries
220   //
221   if(fSwitchOnValidation==kTRUE && ValidateTimeDrift()==kFALSE) { 
222     Printf("TPC time drift OCDB parameters out of range!");
223     return;
224   }
225   //
226   //4.b make alignment
227   //
228   MakeFitTime();
229   TFile * ftime= TFile::Open("fitITSVertex.root");
230   if (ftime){
231     TObject * alignmentTime=ftime->Get("FitCorrectionTime");
232     if (alignmentTime) fVdriftArray->AddLast(alignmentTime);
233   }
234   //
235   //
236   // 5. update of OCDB
237   //
238   //
239   UpdateOCDBDrift(ustartRun,uendRun,ocdbStorage);
240 }
241
242 void AliTPCPreprocessorOffline::UpdateOCDBDrift( Int_t ustartRun, Int_t uendRun,  const char* storagePath ){
243   //
244   // Update OCDB 
245   //
246   AliCDBMetaData *metaData= new AliCDBMetaData();
247   metaData->SetObjectClassName("TObjArray");
248   metaData->SetResponsible("Marian Ivanov");
249   metaData->SetBeamPeriod(1);
250   metaData->SetAliRootVersion("05-25-01"); //root version
251   metaData->SetComment("Calibration of the time dependence of the drift velocity");
252   AliCDBId* id1=NULL;
253   id1=new AliCDBId("TPC/Calib/TimeDrift", ustartRun, uendRun);
254   AliCDBStorage* gStorage = AliCDBManager::Instance()->GetStorage(storagePath);
255   gStorage->Put(fVdriftArray, (*id1), metaData);
256 }
257
258 Bool_t AliTPCPreprocessorOffline::ValidateTimeGain()
259 {
260   //
261   // Validate time gain corrections 
262   //
263   Printf("ValidateTimeGain..." );
264   Float_t minGain = fMinGain;
265   Float_t maxGain = fMaxGain;
266
267   TGraphErrors *gr = (TGraphErrors*)fGainArray->FindObject("TGRAPHERRORS_MEAN_GAIN_BEAM_ALL");
268   if (!gr) {
269     gr = (TGraphErrors*)fGainArray->FindObject("TGRAPHERRORS_MEAN_GAIN_COSMIC_ALL");
270     if (!gr) return kFALSE;
271     Printf("Assuming given run is a cosmic run. Using gain calibration from Fermi-plateau muons.");
272   }
273   if(gr->GetN()<1) return kFALSE;
274
275   // check whether gain in the range
276   for(Int_t iPoint=0; iPoint<gr->GetN(); iPoint++) 
277   {
278     if(gr->GetY()[iPoint] < minGain || gr->GetY()[iPoint] > maxGain)  
279       return kFALSE;
280   }
281
282 return kTRUE;
283 }
284
285
286 Bool_t AliTPCPreprocessorOffline::ValidateTimeDrift()
287 {
288   //
289   // Validate time drift velocity corrections 
290   //
291   Printf("ValidateTimeDrift..." );
292
293   Float_t maxVDriftCorr = fMaxVdriftCorr;
294
295   TGraphErrors* gr = (TGraphErrors*)fVdriftArray->FindObject("ALIGN_ITSB_TPC_DRIFTVD");
296   Printf("ALIGN_ITSB_TPC_DRIFTVD graph = %p",gr);
297
298   if(!gr) return kFALSE;
299   if(gr->GetN()<1)  { 
300     Printf("ALIGN_ITSB_TPC_DRIFTVD number of points = %d",gr->GetN());
301     return kFALSE;
302   }
303
304   // check whether drift velocity corrections in the range
305   for(Int_t iPoint = 0; iPoint<gr->GetN(); iPoint++) 
306   {
307     Printf("Y value from the graph: %f",TMath::Abs(gr->GetY()[iPoint]));
308     if(TMath::Abs(gr->GetY()[iPoint]) > maxVDriftCorr)  
309       return kFALSE;
310   }
311
312 return kTRUE;
313 }
314
315 void AliTPCPreprocessorOffline::UpdateDriftParam(AliTPCParam *param, TObjArray *const arr, Int_t lstartRun){
316   //
317   //  update the OCDB entry for the nominal time0
318   //
319   //
320   //  AliTPCParam * param = AliTPCcalibDB::Instance()->GetParameters();
321   AliTPCParam *paramNew = (AliTPCParam *)param->Clone();
322   TGraphErrors *grT =  (TGraphErrors *)arr->FindObject("ALIGN_ITSM_TPC_T0");
323   Double_t deltaTcm = TMath::Median(grT->GetN(),grT->GetY());
324   Double_t deltaT   = deltaTcm/param->GetDriftV();
325   paramNew->SetL1Delay(param->GetL1Delay()-deltaT);
326   paramNew->Update();
327
328   AliCDBMetaData *metaData= new AliCDBMetaData();
329   metaData->SetObjectClassName("TObjArray");
330   metaData->SetResponsible("Marian Ivanov");
331   metaData->SetBeamPeriod(1);
332   metaData->SetAliRootVersion("05-25-02"); //root version
333   metaData->SetComment("Updated calibration of nominal time 0");
334   AliCDBId* id1=NULL;
335   id1=new AliCDBId("TPC/Calib/Parameters", lstartRun, AliCDBRunRange::Infinity());
336   AliCDBStorage* gStorage = AliCDBManager::Instance()->GetStorage(ocdbStorage);
337   gStorage->Put(param, (*id1), metaData);
338
339 }
340
341
342 void AliTPCPreprocessorOffline::PrintArray(TObjArray *array){
343   //
344   // Print the names of the entries in array
345   //
346   Int_t entries = array->GetEntries();
347   for (Int_t i=0; i<entries; i++){
348     if (!array->At(i)) continue;
349     printf("%d\t %s\n", i,  array->At(i)->GetName());
350   }
351 }
352
353
354
355 TGraphErrors* AliTPCPreprocessorOffline::FilterGraphDrift(TGraphErrors * graph, Float_t errSigmaCut, Float_t medianCutAbs){
356   // 2 filters:
357   //    1. filter graph - error cut errSigmaCut
358   //    2. filter graph - medianCutAbs around median
359   //
360   // errSigmaCut   - cut on error
361   // medianCutAbs  - cut on value around median
362   Double_t dummy=0;               //   
363   //
364   // 1. filter graph - error cut errSigmaCut
365   //              
366   TGraphErrors *graphF; 
367   graphF = AliTPCcalibDButil::FilterGraphMedianErr(graph,errSigmaCut,dummy);
368   delete graph;
369   if (!graphF) return 0;
370   graph = AliTPCcalibDButil::FilterGraphMedianErr(graphF,errSigmaCut,dummy);
371   delete graphF;
372   if (!graph) return 0;
373   //
374   // filter graph - kMedianCutAbs around median
375   // 
376   graphF=FilterGraphMedianAbs(graph, medianCutAbs,dummy);
377   delete graph;
378   if (!graphF) return 0;
379   graph=FilterGraphMedianAbs(graphF, medianCutAbs,dummy);
380   delete graphF;
381   if (!graph) return 0;
382   return graph;
383 }
384
385
386
387 TGraphErrors* AliTPCPreprocessorOffline::FilterGraphMedianAbs(TGraphErrors * graph, Float_t cut,Double_t &medianY){
388   //
389   // filter outlyer measurement
390   // Only points around median +- cut filtered 
391   //
392   if (!graph) return  0;
393   Int_t kMinPoints=2;
394   Int_t npoints0 = graph->GetN();
395   Int_t npoints=0;
396   Float_t  rmsY=0;
397   Double_t *outx=new Double_t[npoints0];
398   Double_t *outy=new Double_t[npoints0];
399   Double_t *errx=new Double_t[npoints0];
400   Double_t *erry=new Double_t[npoints0];
401   //
402   //
403   if (npoints0<kMinPoints) {
404     delete []outx;
405     delete []outy;
406     delete []errx;
407     delete []erry;
408     return 0;
409   }
410   for (Int_t iter=0; iter<3; iter++){
411     npoints=0;
412     for (Int_t ipoint=0; ipoint<npoints0; ipoint++){
413       if (graph->GetY()[ipoint]==0) continue;
414       if (iter>0 &&TMath::Abs(graph->GetY()[ipoint]-medianY)>cut) continue;  
415       outx[npoints]  = graph->GetX()[ipoint];
416       outy[npoints]  = graph->GetY()[ipoint];
417       errx[npoints]  = graph->GetErrorX(ipoint);
418       erry[npoints]  = graph->GetErrorY(ipoint);
419       npoints++;
420     }
421     if (npoints<=1) break;
422     medianY  =TMath::Median(npoints,outy);
423     rmsY   =TMath::RMS(npoints,outy);
424   }
425   TGraphErrors *graphOut=0;
426   if (npoints>1) graphOut= new TGraphErrors(npoints,outx,outy,errx,erry); 
427   delete []outx;
428   delete []outy;
429   delete []errx;
430   delete []erry;
431   return graphOut;
432 }
433
434
435 void AliTPCPreprocessorOffline::AddHistoGraphs(  TObjArray * vdriftArray, AliTPCcalibTime * const timeDrift, Int_t minEntries){
436   //
437   // Add graphs corresponding to the alignment
438   //
439   const Double_t kErrSigmaCut=5;      // error sigma cut - for filtering
440   const Double_t kMedianCutAbs=0.03;  // error sigma cut - for filtering
441   //
442   TObjArray * array=timeDrift->GetHistoDrift();
443   if (array){
444     THnSparse* hist=NULL;
445     // 2.a) cosmics with different triggers
446     for (Int_t i=0; i<array->GetEntriesFast();i++){
447       hist=(THnSparseF*)array->UncheckedAt(i);
448       if(!hist) continue;
449       if (hist->GetEntries()<minEntries) continue;
450       //hist->Print();
451       TString name=hist->GetName();
452       Int_t dim[4]={0,1,2,3};
453       THnSparse* newHist=hist->Projection(4,dim);
454       newHist->SetName(name);
455       TGraphErrors* graph=AliTPCcalibBase::FitSlices(newHist,2,0,400,100,0.05,0.95, kTRUE);
456       if (!graph) {
457         printf("Graph =%s filtered out\n", name.Data());
458         continue;
459       }
460       printf("name=%s graph=%i, N=%i\n", name.Data(), graph==0, graph->GetN());
461       Int_t pos=name.Index("_");
462       name=name(pos,name.Capacity()-pos);
463       TString graphName=graph->ClassName();
464       graphName+=name;
465       graphName.ToUpper();
466       //
467       graph = FilterGraphDrift(graph, kErrSigmaCut, kMedianCutAbs);
468       //
469       if (graph){
470         graph->SetMarkerStyle(i%8+20);
471         graph->SetMarkerColor(i%7);
472         graph->GetXaxis()->SetTitle("Time");
473         graph->GetYaxis()->SetTitle("v_{dcor}");
474         graph->SetName(graphName);
475         graph->SetTitle(graphName);
476         printf("Graph %d\t=\t%s\n", i, graphName.Data());
477         vdriftArray->Add(graph);
478       }
479     }
480   }
481 }
482
483
484
485
486 void AliTPCPreprocessorOffline::AddAlignmentGraphs(  TObjArray * vdriftArray, AliTPCcalibTime *const timeDrift){
487   //
488   // Add graphs corresponding to alignment to the object array
489   //
490   TObjArray *arrayITS=0;
491   TObjArray *arrayTOF=0;
492   TObjArray *arrayTRD=0;
493   TMatrixD *mstatITS=0;
494   TMatrixD *mstatTOF=0;
495   TMatrixD *mstatTRD=0;
496   //
497   arrayITS=timeDrift->GetAlignITSTPC();
498   arrayTRD=timeDrift->GetAlignTRDTPC();
499   arrayTOF=timeDrift->GetAlignTOFTPC();
500
501   if (arrayITS->GetEntries()>0) mstatITS= AliTPCcalibDButil::MakeStatRelKalman(arrayITS,0.7,50,fMaxVdriftCorr);
502   if (arrayTOF->GetEntries()>0) mstatTOF= AliTPCcalibDButil::MakeStatRelKalman(arrayTOF,0.7,1000,fMaxVdriftCorr);
503   if (arrayTRD->GetEntries()>0) mstatTRD= AliTPCcalibDButil::MakeStatRelKalman(arrayTRD,0.7,50,fMaxVdriftCorr);
504   //
505   TObjArray * arrayITSP= AliTPCcalibDButil::SmoothRelKalman(arrayITS,*mstatITS, 0, 5.);
506   TObjArray * arrayITSM= AliTPCcalibDButil::SmoothRelKalman(arrayITS,*mstatITS, 1, 5.);
507   TObjArray * arrayITSB= AliTPCcalibDButil::SmoothRelKalman(arrayITSP,arrayITSM);
508   TObjArray * arrayTOFP= AliTPCcalibDButil::SmoothRelKalman(arrayTOF,*mstatTOF, 0, 5.);
509   TObjArray * arrayTOFM= AliTPCcalibDButil::SmoothRelKalman(arrayTOF,*mstatTOF, 1, 5.);
510   TObjArray * arrayTOFB= AliTPCcalibDButil::SmoothRelKalman(arrayTOFP,arrayTOFM);
511
512   TObjArray * arrayTRDP= 0x0;
513   TObjArray * arrayTRDM= 0x0;
514   TObjArray * arrayTRDB= 0x0;
515   arrayTRDP= AliTPCcalibDButil::SmoothRelKalman(arrayTRD,*mstatTRD, 0, 5.);
516   arrayTRDM= AliTPCcalibDButil::SmoothRelKalman(arrayTRD,*mstatTRD, 1, 5.);
517   arrayTRDB= AliTPCcalibDButil::SmoothRelKalman(arrayTRDP,arrayTRDM);
518   //
519   //
520   Int_t entries=TMath::Max(arrayITS->GetEntriesFast(),arrayTOF->GetEntriesFast());
521   TObjArray *arrays[12]={arrayITS, arrayITSP, arrayITSM, arrayITSB,
522                          arrayTRD, arrayTRDP, arrayTRDM, arrayTRDB,
523                          arrayTOF, arrayTOFP, arrayTOFM, arrayTOFB};
524   TString   grnames[12]={"ALIGN_ITS", "ALIGN_ITSP", "ALIGN_ITSM", "ALIGN_ITSB",
525                          "ALIGN_TRD", "ALIGN_TRDP", "ALIGN_TRDM","ALIGN_TRDB",
526                          "ALIGN_TOF", "ALIGN_TOFP", "ALIGN_TOFM","ALIGN_TOFB"};
527   TString   grpar[9]={"DELTAPSI", "DELTATHETA", "DELTAPHI",
528                       "DELTAX", "DELTAY", "DELTAZ",
529                       "DRIFTVD", "T0", "VDGY"};
530
531   
532   TVectorD vX(entries);
533   TVectorD vY(entries);
534   TVectorD vEx(entries);
535   TVectorD vEy(entries);
536   TObjArray *arr=0;
537   for (Int_t iarray=0; iarray<12; iarray++){
538     arr = arrays[iarray];
539     if (arr==0) continue;
540     for (Int_t ipar=0; ipar<9; ipar++){      
541       Int_t counter=0;
542       for (Int_t itime=0; itime<arr->GetEntriesFast(); itime++){
543         AliRelAlignerKalman * kalman = (AliRelAlignerKalman *) arr->UncheckedAt(itime);
544         if (!kalman) continue;
545         vX[counter]=kalman->GetTimeStamp();
546         vY[counter]=(*(kalman->GetState()))[ipar];
547         if (ipar==6) vY[counter]=1./(*(kalman->GetState()))[ipar]-1;
548         vEx[counter]=0;
549         vEy[counter]=TMath::Sqrt((*(kalman->GetStateCov()))(ipar,ipar));
550         counter++;
551       }
552     
553       TGraphErrors * graph=new TGraphErrors(counter, vX.GetMatrixArray(),
554                                           vY.GetMatrixArray(),
555                                           vEx.GetMatrixArray(),
556                                           vEy.GetMatrixArray());
557       TString grName=grnames[iarray];
558       grName+="_TPC_";
559       grName+=grpar[ipar];
560       graph->SetName(grName.Data());
561       vdriftArray->AddLast(graph);
562     }
563   }  
564 }
565
566
567
568
569 void AliTPCPreprocessorOffline::AddLaserGraphs(  TObjArray * vdriftArray, AliTPCcalibTime *timeDrift){
570   //
571   // add graphs for laser
572   //
573   const Double_t delayL0L1 = 0.071;  //this is hack for 1/2 weeks
574   //THnSparse *hisN=0;
575   TGraphErrors *grLaser[6]={0,0,0,0,0,0};
576   //hisN = timeDrift->GetHistVdriftLaserA(0);
577   if (timeDrift->GetHistVdriftLaserA(0)){
578     grLaser[0]=MakeGraphFilter0(timeDrift->GetHistVdriftLaserA(0),0,2,5,delayL0L1);
579     grLaser[0]->SetName("GRAPH_MEAN_DELAY_LASER_ALL_A");
580     vdriftArray->AddLast(grLaser[0]);
581   }    
582   if (timeDrift->GetHistVdriftLaserA(1)){
583     grLaser[1]=MakeGraphFilter0(timeDrift->GetHistVdriftLaserA(1),0,2,5);
584     grLaser[1]->SetName("GRAPH_MEAN_DRIFT_LASER_ALL_A");
585     vdriftArray->AddLast(grLaser[1]);
586   }    
587   if (timeDrift->GetHistVdriftLaserA(2)){
588     grLaser[2]=MakeGraphFilter0(timeDrift->GetHistVdriftLaserA(2),0,2,5);
589     grLaser[2]->SetName("GRAPH_MEAN_GLOBALYGRADIENT_LASER_ALL_A");
590     vdriftArray->AddLast(grLaser[2]);
591   }    
592   if (timeDrift->GetHistVdriftLaserC(0)){
593     grLaser[3]=MakeGraphFilter0(timeDrift->GetHistVdriftLaserC(0),0,2,5,delayL0L1);
594     grLaser[3]->SetName("GRAPH_MEAN_DELAY_LASER_ALL_C");
595     vdriftArray->AddLast(grLaser[3]);
596   }    
597   if (timeDrift->GetHistVdriftLaserC(1)){
598     grLaser[4]=MakeGraphFilter0(timeDrift->GetHistVdriftLaserC(1),0,2,5);
599     grLaser[4]->SetName("GRAPH_MEAN_DRIFT_LASER_ALL_C");
600     vdriftArray->AddLast(grLaser[4]);
601   }    
602   if (timeDrift->GetHistVdriftLaserC(2)){
603     grLaser[5]=MakeGraphFilter0(timeDrift->GetHistVdriftLaserC(2),0,2,5);
604     grLaser[5]->SetName("GRAPH_MEAN_GLOBALYGRADIENT_LASER_ALL_C");    
605     vdriftArray->AddLast(grLaser[5]);
606   }    
607   for (Int_t i=0; i<6;i++){
608     if (grLaser[i]) {
609       SetDefaultGraphDrift(grLaser[i], 1,(i+20));
610       grLaser[i]->GetYaxis()->SetTitle("Laser Correction");
611     }
612   }
613 }
614  
615  
616 TGraphErrors * AliTPCPreprocessorOffline::MakeGraphFilter0(THnSparse *hisN, Int_t itime, Int_t ival, Int_t minEntries, Double_t offset){
617   //
618   // Make graph with mean values and rms
619   //
620   hisN->GetAxis(itime)->SetRange(0,100000000);
621   hisN->GetAxis(ival)->SetRange(0,100000000);
622   TH1 * hisT      = hisN->Projection(itime);
623   TH1 * hisV      = hisN->Projection(ival);
624   //
625   Int_t firstBinA = hisT->FindFirstBinAbove(2);
626   Int_t lastBinA  = hisT->FindLastBinAbove(2);    
627   Int_t firstBinV = hisV->FindFirstBinAbove(0);
628   Int_t lastBinV  = hisV->FindLastBinAbove(0);    
629   hisN->GetAxis(itime)->SetRange(firstBinA,lastBinA);
630   hisN->GetAxis(ival)->SetRange(firstBinV,lastBinV);
631   Int_t entries=0;
632   for (Int_t ibin=firstBinA; ibin<=lastBinA; ibin++){
633     Double_t cont = hisT->GetBinContent(ibin);
634     if (cont<minEntries) continue;
635     entries++;
636   }
637   TVectorD vecTime(entries);
638   TVectorD vecMean0(entries);
639   TVectorD vecRMS0(entries);
640   TVectorD vecMean1(entries);
641   TVectorD vecRMS1(entries);
642   entries=0;
643   for (Int_t ibin=firstBinA; ibin<=lastBinA; ibin++){
644       Double_t cont = hisT->GetBinContent(ibin);
645       if (cont<minEntries) continue;
646       //hisN->GetAxis(itime)->SetRange(ibin-1,ibin+1);
647       Int_t minBin = ibin-1;
648       Int_t maxBin = ibin+1;
649       if(minBin <= 0) minBin = 1;
650       if(maxBin >= hisN->GetAxis(itime)->GetNbins()) maxBin = hisN->GetAxis(itime)->GetNbins()-1;
651       hisN->GetAxis(itime)->SetRange(minBin,maxBin);
652       
653       Double_t time = hisT->GetBinCenter(ibin);
654       TH1 * his = hisN->Projection(ival);
655       Double_t nentries0= his->GetBinContent(his->FindBin(0));
656       if (cont-nentries0<minEntries) continue;
657       //
658       his->SetBinContent(his->FindBin(0),0);
659       vecTime[entries]=time;
660       vecMean0[entries]=his->GetMean()+offset;
661       vecMean1[entries]=his->GetMeanError();
662       vecRMS0[entries] =his->GetRMS();
663       vecRMS1[entries] =his->GetRMSError();
664       delete his;  
665       entries++;
666   }
667   delete hisT;
668   delete hisV;
669   TGraphErrors * graph =  new TGraphErrors(entries,vecTime.GetMatrixArray(), vecMean0.GetMatrixArray(),                                    0, vecMean1.GetMatrixArray());
670   return graph;
671 }
672
673
674
675
676
677
678
679
680 void AliTPCPreprocessorOffline::SetDefaultGraphDrift(TGraph *graph, Int_t color, Int_t style){
681   //
682   // Set default style for QA views
683   //
684   graph->GetXaxis()->SetTimeDisplay(kTRUE);
685   graph->GetXaxis()->SetTimeFormat("#splitline{%d/%m}{%H:%M}");
686   graph->SetMaximum( 0.025);
687   graph->SetMinimum(-0.025);
688   graph->GetXaxis()->SetTitle("Time");
689   graph->GetYaxis()->SetTitle("v_{dcorr}");
690   //
691   graph->GetYaxis()->SetLabelSize(0.03);
692   graph->GetXaxis()->SetLabelSize(0.03);
693   //
694   graph->GetXaxis()->SetNdivisions(10,5,0);
695   graph->GetYaxis()->SetNdivisions(10,5,0);
696   //
697   graph->GetXaxis()->SetLabelOffset(0.02);
698   graph->GetYaxis()->SetLabelOffset(0.005);
699   //
700   graph->GetXaxis()->SetTitleOffset(1.3);
701   graph->GetYaxis()->SetTitleOffset(1.2);
702   //
703   graph->SetMarkerColor(color);
704   graph->SetLineColor(color);
705   graph->SetMarkerStyle(style);
706 }
707
708 void AliTPCPreprocessorOffline::SetPadStyle(TPad *pad, Float_t mx0, Float_t mx1, Float_t my0, Float_t my1){
709   // 
710   // Set default pad style for QA
711   // 
712   pad->SetTicks(1,1);
713   pad->SetMargin(mx0,mx1,my0,my1);
714 }
715
716
717 void AliTPCPreprocessorOffline::MakeDefaultPlots(TObjArray * const arr, TObjArray * /*picArray*/){
718   //
719   // 0. make a default QA plots
720   // 1. Store them in the array
721   //
722   //
723   Float_t mx0=0.12, mx1=0.1, my0=0.15, my1=0.1;
724   //
725   TGraphErrors* laserA       =(TGraphErrors*)arr->FindObject("GRAPH_MEAN_DRIFT_LASER_ALL_A");
726   TGraphErrors* laserC       =(TGraphErrors*)arr->FindObject("GRAPH_MEAN_DRIFT_LASER_ALL_C");
727   TGraphErrors* cosmic       =(TGraphErrors*)arr->FindObject("TGRAPHERRORS_MEAN_VDRIFT_COSMICS_ALL");
728   TGraphErrors* cross        =(TGraphErrors*)arr->FindObject("TGRAPHERRORS_VDRIFT_CROSS_ALL");
729   TGraphErrors* itstpcP       =(TGraphErrors*)arr->FindObject("ALIGN_ITSP_TPC_DRIFTVD");
730   TGraphErrors* itstpcM       =(TGraphErrors*)arr->FindObject("ALIGN_ITSM_TPC_DRIFTVD");
731   TGraphErrors* itstpcB       =(TGraphErrors*)arr->FindObject("ALIGN_ITSB_TPC_DRIFTVD");
732   //
733   if (laserA)  SetDefaultGraphDrift(laserA,2,25);
734   if (laserC)  SetDefaultGraphDrift(laserC,4,26);
735   if (cosmic)  SetDefaultGraphDrift(cosmic,3,27);
736   if (cross)   SetDefaultGraphDrift(cross,4,28);
737   if (itstpcP) SetDefaultGraphDrift(itstpcP,2,29);
738   if (itstpcM) SetDefaultGraphDrift(itstpcM,4,30);
739   if (itstpcB) SetDefaultGraphDrift(itstpcB,1,31);
740   //
741   //
742   TPad *pad=0;
743   //
744   // Laser-Laser
745   //
746   if (laserA&&laserC){
747     pad = new TCanvas("TPCLaserVDrift","TPCLaserVDrift");
748     laserA->Draw("alp");
749     SetPadStyle(pad,mx0,mx1,my0,my1);
750     laserA->Draw("apl");
751     laserC->Draw("p");
752     TLegend *legend = new TLegend(mx0+0.01,1-my1-0.2, 0.5, 1-my1-0.01, "Drift velocity correction");
753     legend->AddEntry(laserA,"Laser A side");
754     legend->AddEntry(laserC,"Laser C side");
755     legend->Draw();    
756     //picArray->AddLast(pad);
757   }
758
759   if (itstpcP&&itstpcM&&itstpcB){
760     pad = new TCanvas("ITSTPC","ITSTPC");
761     itstpcP->Draw("alp");
762     SetPadStyle(pad,mx0,mx1,my0,my1);    
763     itstpcP->Draw("alp");
764     gPad->Clear();
765     itstpcM->Draw("apl");
766     itstpcP->Draw("p");
767     itstpcB->Draw("p");
768     TLegend *legend = new TLegend(mx0+0.01,1-my1-0.2, 0.5, 1-my1-0.01, "Drift velocity correction");
769     legend->AddEntry(itstpcP,"ITS-TPC smooth plus");
770     legend->AddEntry(itstpcM,"ITS-TPC smooth minus");
771     legend->AddEntry(itstpcB,"ITS-TPC smooth ");
772     legend->Draw();    
773     //picArray->AddLast(pad);
774   }
775
776   if (itstpcB&&laserA&&itstpcP&&itstpcM){
777     pad = new TCanvas("ITSTPC_LASER","ITSTPC_LASER");
778     SetPadStyle(pad,mx0,mx1,my0,my1);    
779     laserA->Draw("alp");
780     itstpcP->Draw("p");
781     itstpcM->Draw("p");
782     itstpcB->Draw("p");
783     TLegend *legend = new TLegend(mx0+0.01,1-my1-0.2, 0.5, 1-my1-0.01, "Drift velocity correction");
784     legend->AddEntry(laserA,"TPC laser");
785     legend->AddEntry(itstpcP,"ITS-TPC smooth plus");   
786     legend->AddEntry(itstpcM,"ITS-TPC smooth minus");   
787     legend->AddEntry(itstpcB,"ITS-TPC smooth ");
788     legend->Draw();
789     //picArray->AddLast(pad);
790   }
791
792   if (itstpcP&&cross){ 
793     pad = new TCanvas("ITSTPC_CROSS","ITSTPC_CROSS");
794     SetPadStyle(pad,mx0,mx1,my0,my1);    
795     itstpcP->Draw("alp");
796     pad->Clear();
797     cross->Draw("ap");
798     itstpcP->Draw("p");
799     //
800     TLegend *legend = new TLegend(mx0+0.01,1-my1-0.2, 0.5, 1-my1-0.01, "Drift velocity correction");
801
802     legend->AddEntry(cross,"TPC cross tracks");
803     legend->AddEntry(itstpcB,"ITS-TPC smooth");
804     legend->Draw();        
805     //picArray->AddLast(pad);
806   }
807   if (itstpcP&&cosmic){ 
808     pad = new TCanvas("ITSTPC_COSMIC","ITSTPC_COSMIC");
809     SetPadStyle(pad,mx0,mx1,my0,my1);    
810     itstpcP->Draw("alp");
811     pad->Clear();
812     cosmic->Draw("ap");
813     itstpcP->Draw("p");
814     //
815     TLegend *legend = new TLegend(mx0+0.01,1-my1-0.2, 0.5, 1-my1-0.01, "Drift velocity correction");
816
817     legend->AddEntry(cosmic,"TPC cross tracks0 up-down");
818     legend->AddEntry(itstpcB,"ITS-TPC smooth");
819     legend->Draw();        
820     //picArray->AddLast(pad);
821   }
822 }
823
824
825
826
827 void AliTPCPreprocessorOffline::CalibTimeGain(const Char_t* fileName, Int_t startRunNumber, Int_t endRunNumber,  TString  pocdbStorage){
828   //
829   // Update OCDB gain
830   //
831   if (pocdbStorage.Length()==0) pocdbStorage+="local://"+gSystem->GetFromPipe("pwd")+"/OCDB";
832
833   //
834   // 1. Read gain values
835   //
836   ReadGainGlobal(fileName);
837
838   //
839   // 2. Extract calibration values
840   //
841   AnalyzeGain(startRunNumber,endRunNumber, 1000,1.43);
842   AnalyzeAttachment(startRunNumber,endRunNumber);
843   AnalyzePadRegionGain();
844   AnalyzeGainMultiplicity();
845   AnalyzeGainChamberByChamber();
846   //
847   // 3. Make control plots
848   //
849   MakeQAPlot(1.43);  
850
851   //
852   // 4. validate OCDB entries
853   //
854   if(fSwitchOnValidation==kTRUE && ValidateTimeGain()==kFALSE) { 
855     Printf("TPC time gain OCDB parameters out of range!");
856     return;
857   }
858
859   //
860   // 5. Update OCDB
861   //
862   UpdateOCDBGain( startRunNumber, endRunNumber, pocdbStorage.Data());
863 }
864
865 void AliTPCPreprocessorOffline::ReadGainGlobal(const Char_t* fileName){
866   //
867   // read calibration entries from file
868   // 
869   TFile fcalib(fileName);
870   TObjArray * array = (TObjArray*)fcalib.Get("TPCCalib");
871   if (array){
872     fGainMIP    = ( AliTPCcalibTimeGain *)array->FindObject("calibTimeGain");
873     fGainCosmic = ( AliTPCcalibTimeGain *)array->FindObject("calibTimeGainCosmic");
874     fGainMult   = ( AliTPCcalibGainMult *)array->FindObject("calibGainMult");
875   }else{
876     fGainMIP    = ( AliTPCcalibTimeGain *)fcalib.Get("calibTimeGain");
877     fGainCosmic = ( AliTPCcalibTimeGain *)fcalib.Get("calibTimeGainCosmic");
878     fGainMult   = ( AliTPCcalibGainMult *)fcalib.Get("calibGainMult");
879   }
880   if (!fGainMult){
881     TFile fcalibMult("TPCMultObjects.root");
882     fGainMult   = ( AliTPCcalibGainMult *)fcalibMult.Get("calibGainMult");
883   }
884   TH1 * hisT=0;
885   Int_t firstBinA =0, lastBinA=0;
886
887   if (fGainCosmic){ 
888     hisT= fGainCosmic->GetHistGainTime()->Projection(1);
889     firstBinA = hisT->FindFirstBinAbove(2);
890     lastBinA  = hisT->FindLastBinAbove(2);    
891     fGainCosmic->GetHistGainTime()->GetAxis(1)->SetRange(firstBinA,lastBinA);
892     delete hisT;
893   }
894
895   if (fGainMIP){ 
896     hisT= fGainMIP->GetHistGainTime()->Projection(1);
897     firstBinA = hisT->FindFirstBinAbove(2);
898     lastBinA  = hisT->FindLastBinAbove(2);    
899     fGainMIP->GetHistGainTime()->GetAxis(1)->SetRange(firstBinA,lastBinA);
900     delete hisT;
901   }
902
903 }
904
905
906
907 Bool_t AliTPCPreprocessorOffline::AnalyzeGain(Int_t startRunNumber, Int_t endRunNumber, Int_t minEntriesGaussFit,  Float_t FPtoMIPratio){
908   //
909   // Analyze gain - produce the calibration graphs
910   //
911
912   // 1.) try to create MIP spline
913   if (fGainMIP) 
914   {
915     fGainMIP->GetHistGainTime()->GetAxis(5)->SetRangeUser(startRunNumber, endRunNumber);
916     fGainMIP->GetHistGainTime()->GetAxis(2)->SetRangeUser(1.51,2.49); // only beam data
917     fGainMIP->GetHistGainTime()->GetAxis(4)->SetRangeUser(0.39,0.51); // only MIP pions
918     //
919     fGraphMIP = AliTPCcalibBase::FitSlices(fGainMIP->GetHistGainTime(),0,1,minEntriesGaussFit,10,0.1,0.7);
920     if (fGraphMIP->GetN()==0) fGraphMIP = 0x0;
921     if (fGraphMIP) fFitMIP = AliTPCcalibTimeGain::MakeSplineFit(fGraphMIP);
922     if (fGraphMIP) fGraphMIP->SetName("TGRAPHERRORS_MEAN_GAIN_BEAM_ALL");// set proper names according to naming convention
923     fGainArray->AddAt(fFitMIP,0);
924   } 
925
926   // 2.) try to create Cosmic spline
927   if (fGainCosmic)
928   {
929     fGainCosmic->GetHistGainTime()->GetAxis(2)->SetRangeUser(0.51,1.49); // only cosmics
930     fGainCosmic->GetHistGainTime()->GetAxis(4)->SetRangeUser(20,100);    // only Fermi-Plateau muons
931     //
932     fGraphCosmic = AliTPCcalibBase::FitSlices(fGainCosmic->GetHistGainTime(),0,1,minEntriesGaussFit,10);
933     if (fGraphCosmic->GetN()==0) fGraphCosmic = 0x0;
934     //
935     if (fGraphCosmic) {
936       for(Int_t i=0; i < fGraphCosmic->GetN(); i++) {
937         fGraphCosmic->GetY()[i] /= FPtoMIPratio;
938         fGraphCosmic->GetEY()[i] /= FPtoMIPratio;
939       }
940     }
941     //
942     if (fGraphCosmic) fFitCosmic = AliTPCcalibTimeGain::MakeSplineFit(fGraphCosmic);
943     if (fGraphCosmic) fGraphCosmic->SetName("TGRAPHERRORS_MEAN_GAIN_COSMIC_ALL"); // set proper names according to naming convention
944     fGainArray->AddAt(fFitCosmic,1);
945   }
946   // with naming convention and backward compatibility
947   fGainArray->AddAt(fGraphMIP,2);
948   fGainArray->AddAt(fGraphCosmic,3);
949   cout << "fGraphCosmic: " << fGraphCosmic << " fGraphMIP " << fGraphMIP << endl;
950   return kTRUE;
951
952 }
953
954 Bool_t AliTPCPreprocessorOffline::AnalyzeAttachment(Int_t startRunNumber, Int_t endRunNumber, Int_t minEntriesFit) {
955   //
956   // determine slope as a function of mean driftlength
957   //
958   if(!fGainMIP) return kFALSE;
959
960   fGainMIP->GetHistGainTime()->GetAxis(5)->SetRangeUser(startRunNumber, endRunNumber);
961   //
962   fGainMIP->GetHistGainTime()->GetAxis(2)->SetRangeUser(1.51,2.49); // only beam data
963   fGainMIP->GetHistGainTime()->GetAxis(4)->SetRangeUser(0.39,0.51); // only MIP pions
964   //
965   fGainMIP->GetHistGainTime()->GetAxis(3)->SetRangeUser(125,250);// only full tracking region (driftlength)
966   fGainMIP->GetHistGainTime()->GetAxis(0)->SetRangeUser(1.5,3.5);// only full tracking region (driftlength)
967   //
968   TH3D * hist = fGainMIP->GetHistGainTime()->Projection(1, 0, 3);
969   //
970   Double_t *xvec = new Double_t[hist->GetNbinsX()];
971   Double_t *yvec = new Double_t[hist->GetNbinsX()];
972   Double_t *xerr = new Double_t[hist->GetNbinsX()];
973   Double_t *yerr = new Double_t[hist->GetNbinsX()];
974   Int_t counter  = 0;
975   //
976   for(Int_t i=1; i < hist->GetNbinsX(); i++) {
977     Int_t nsum=0;
978     Int_t imin   =  i;
979     Int_t imax   =  i;    
980     for (Int_t idelta=0; idelta<5; idelta++){
981       //
982       imin   =  TMath::Max(i-idelta,1);
983       imax   =  TMath::Min(i+idelta,hist->GetNbinsX());
984       nsum = TMath::Nint(hist->Integral(imin,imax,1,hist->GetNbinsY()-1,1,hist->GetNbinsZ()-1));
985       //if (nsum==0) break;
986       if (nsum>minEntriesFit) break;
987     }
988     if (nsum<minEntriesFit) continue;
989     //
990     fGainMIP->GetHistGainTime()->GetAxis(1)->SetRangeUser(hist->GetXaxis()->GetBinCenter(imin-1),hist->GetXaxis()->GetBinCenter(imax+1)); // define time range
991     TH2D * histZdep = fGainMIP->GetHistGainTime()->Projection(0,3);
992     TObjArray arr;
993     histZdep->FitSlicesY(0,0,-1,0,"QNR",&arr);
994     TH1D * driftDep = (TH1D*)arr.At(1);
995     delete histZdep;
996     //TGraphErrors * driftDep = AliTPCcalibBase::FitSlices(fGainMIP->GetHistGainTime(),0,3,100,1,0.,1);
997     /*if (driftDep->GetN() < 4) {
998       delete driftDep;
999       continue;
1000       }*/
1001     //
1002     //TObjArray arr;
1003     //
1004     TF1 pol1("polynom1","pol1",125,240);
1005     //driftDep->Fit(&pol1,"QNRROB=0.8");
1006     driftDep->Fit(&pol1,"QNR");
1007     xvec[counter] = 0.5*(hist->GetXaxis()->GetBinCenter(imin-1)+hist->GetXaxis()->GetBinCenter(imax+1));
1008     yvec[counter] = pol1.GetParameter(1)/pol1.GetParameter(0);
1009     xerr[counter] = hist->GetXaxis()->GetBinCenter(imax+1)-hist->GetXaxis()->GetBinCenter(imin-1);
1010     yerr[counter] = pol1.GetParError(1)/pol1.GetParameter(0);
1011     counter++;
1012     //
1013     //delete driftDep;
1014   }
1015   //
1016   fGraphAttachmentMIP = new TGraphErrors(counter, xvec, yvec, xerr, yerr);
1017   if (fGraphAttachmentMIP) fGraphAttachmentMIP->SetName("TGRAPHERRORS_MEAN_ATTACHMENT_BEAM_ALL");// set proper names according to naming convention
1018   fGainArray->AddLast(fGraphAttachmentMIP);
1019   //
1020   delete [] xvec;
1021   delete [] yvec;
1022   delete [] xerr;
1023   delete [] yerr;
1024   delete hist;
1025   //
1026   if (counter < 1) return kFALSE;
1027   return kTRUE;
1028
1029 }
1030
1031
1032 Bool_t AliTPCPreprocessorOffline::AnalyzePadRegionGain(){
1033   //
1034   // Analyze gain for different pad regions - produce the calibration graphs 0,1,2
1035   //
1036   if (fGainMult) 
1037   {
1038     TH2D * histQmax = (TH2D*) fGainMult->GetHistPadEqual()->Projection(0,2);
1039     TH2D * histQtot = (TH2D*) fGainMult->GetHistPadEqual()->Projection(1,2);
1040     //
1041     TObjArray arr;
1042     histQmax->FitSlicesY(0,0,-1,0,"QNR",&arr);
1043     Double_t xMax[3] = {0,1,2};
1044     Double_t yMax[3]    = {((TH1D*)arr.At(1))->GetBinContent(1),
1045                            ((TH1D*)arr.At(1))->GetBinContent(2),
1046                            ((TH1D*)arr.At(1))->GetBinContent(3)};
1047     Double_t yMaxErr[3] = {((TH1D*)arr.At(1))->GetBinError(1),
1048                            ((TH1D*)arr.At(1))->GetBinError(2),
1049                            ((TH1D*)arr.At(1))->GetBinError(3)};
1050     TGraphErrors * fitPadRegionQmax = new TGraphErrors(3, xMax, yMax, 0, yMaxErr);
1051     //
1052     histQtot->FitSlicesY(0,0,-1,0,"QNR",&arr);
1053     Double_t xTot[3] = {0,1,2};
1054     Double_t yTot[3]    = {((TH1D*)arr.At(1))->GetBinContent(1),
1055                            ((TH1D*)arr.At(1))->GetBinContent(2),
1056                            ((TH1D*)arr.At(1))->GetBinContent(3)};
1057     Double_t yTotErr[3] = {((TH1D*)arr.At(1))->GetBinError(1),
1058                            ((TH1D*)arr.At(1))->GetBinError(2),
1059                            ((TH1D*)arr.At(1))->GetBinError(3)};
1060     TGraphErrors * fitPadRegionQtot = new TGraphErrors(3, xTot, yTot, 0, yTotErr);
1061     //
1062     fitPadRegionQtot->SetName("TGRAPHERRORS_MEANQTOT_PADREGIONGAIN_BEAM_ALL");// set proper names according to naming convention
1063     fitPadRegionQmax->SetName("TGRAPHERRORS_MEANQMAX_PADREGIONGAIN_BEAM_ALL");// set proper names according to naming convention
1064     //
1065     fGainArray->AddLast(fitPadRegionQtot);
1066     fGainArray->AddLast(fitPadRegionQmax);
1067     return kTRUE;
1068   } 
1069   return kFALSE;
1070
1071 }
1072
1073
1074 Bool_t AliTPCPreprocessorOffline::AnalyzeGainMultiplicity() {
1075   //
1076   // Analyze gain as a function of multiplicity and produce calibration graphs
1077   //
1078   if (!fGainMult) return kFALSE;
1079   fGainMult->GetHistGainMult()->GetAxis(3)->SetRangeUser(3,3);
1080   TH2D * histMultMax = fGainMult->GetHistGainMult()->Projection(0,4);
1081   TH2D * histMultTot = fGainMult->GetHistGainMult()->Projection(1,4);
1082   histMultMax->RebinX(4);
1083   histMultTot->RebinX(4);
1084   //
1085   TObjArray arrMax;
1086   TObjArray arrTot;
1087   histMultMax->FitSlicesY(0,0,-1,0,"QNR",&arrMax);
1088   histMultTot->FitSlicesY(0,0,-1,0,"QNR",&arrTot);
1089   //
1090   TH1D * meanMax = (TH1D*)arrMax.At(1);
1091   TH1D * meanTot = (TH1D*)arrTot.At(1);
1092   Float_t meanMult = histMultMax->GetMean();
1093   if(meanMax->GetBinContent(meanMax->FindBin(meanMult))) {
1094     meanMax->Scale(1./meanMax->GetBinContent(meanMax->FindBin(meanMult)));
1095   }
1096   else {
1097    return kFALSE;
1098   }
1099   if(meanTot->GetBinContent(meanTot->FindBin(meanMult))) {
1100     meanTot->Scale(1./meanTot->GetBinContent(meanTot->FindBin(meanMult)));
1101   }
1102   else {
1103    return kFALSE;
1104   }
1105   Float_t xMultMax[50];
1106   Float_t yMultMax[50];
1107   Float_t yMultErrMax[50];
1108   Float_t xMultTot[50];
1109   Float_t yMultTot[50];
1110   Float_t yMultErrTot[50];
1111   //
1112   Int_t nCountMax = 0;
1113   for(Int_t iBin = 1; iBin < meanMax->GetXaxis()->GetNbins(); iBin++) {
1114     Float_t yValMax = meanMax->GetBinContent(iBin);
1115     if (yValMax < 0.7) continue;
1116     if (yValMax > 1.3) continue;
1117     if (meanMax->GetBinError(iBin)/yValMax > 0.01) continue;
1118     xMultMax[nCountMax] = meanMax->GetXaxis()->GetBinCenter(iBin);
1119     yMultMax[nCountMax] = yValMax;
1120     yMultErrMax[nCountMax] = meanMax->GetBinError(iBin);
1121     nCountMax++;
1122   }
1123   //
1124   if (nCountMax < 10) return kFALSE;
1125   TGraphErrors * fitMultMax = new TGraphErrors(nCountMax, xMultMax, yMultMax, 0, yMultErrMax);
1126   fitMultMax->SetName("TGRAPHERRORS_MEANQMAX_MULTIPLICITYDEPENDENCE_BEAM_ALL");
1127   //
1128   Int_t nCountTot = 0;
1129   for(Int_t iBin = 1; iBin < meanTot->GetXaxis()->GetNbins(); iBin++) {
1130     Float_t yValTot = meanTot->GetBinContent(iBin);
1131     if (yValTot < 0.7) continue;
1132     if (yValTot > 1.3) continue;
1133     if (meanTot->GetBinError(iBin)/yValTot > 0.1) continue;
1134     xMultTot[nCountTot] = meanTot->GetXaxis()->GetBinCenter(iBin);
1135     yMultTot[nCountTot] = yValTot;
1136     yMultErrTot[nCountTot] = meanTot->GetBinError(iBin);
1137     nCountTot++;
1138   }
1139   //
1140   if (nCountTot < 10) return kFALSE;
1141   TGraphErrors *  fitMultTot = new TGraphErrors(nCountTot, xMultTot, yMultTot, 0, yMultErrTot);
1142   fitMultTot->SetName("TGRAPHERRORS_MEANQTOT_MULTIPLICITYDEPENDENCE_BEAM_ALL");
1143   //
1144   fGainArray->AddLast(fitMultMax);
1145   fGainArray->AddLast(fitMultTot);
1146   //
1147   return kTRUE;
1148
1149 }
1150
1151 Bool_t AliTPCPreprocessorOffline::AnalyzeGainChamberByChamber(){
1152   //
1153   // get chamber by chamber gain
1154   //
1155   TGraphErrors *grShort  = fGainMult->GetGainPerChamber(0);
1156   TGraphErrors *grMedium = fGainMult->GetGainPerChamber(1);
1157   TGraphErrors *grLong   = fGainMult->GetGainPerChamber(2);
1158   if (grShort==0x0 || grMedium==0x0 || grLong==0x0) {
1159     delete grShort;
1160     delete grMedium;
1161     delete grLong;
1162     return kFALSE;
1163   }
1164
1165   fGainArray->AddLast(grShort);
1166   fGainArray->AddLast(grMedium);
1167   fGainArray->AddLast(grLong);
1168
1169   return kTRUE;
1170 }
1171
1172 void AliTPCPreprocessorOffline::UpdateOCDBGain(Int_t startRunNumber, Int_t endRunNumber, const Char_t *storagePath){
1173   //
1174   // Update OCDB entry
1175   //
1176   AliCDBMetaData *metaData= new AliCDBMetaData();
1177   metaData->SetObjectClassName("TObjArray");
1178   metaData->SetResponsible("Alexander Kalweit");
1179   metaData->SetBeamPeriod(1);
1180   metaData->SetAliRootVersion("05-24-00"); //root version
1181   metaData->SetComment("Calibration of the time dependence of the gain due to pressure and temperature changes.");
1182   AliCDBId id1("TPC/Calib/TimeGain", startRunNumber, endRunNumber);
1183   AliCDBStorage * gStorage = AliCDBManager::Instance()->GetStorage(storagePath);
1184   gStorage->Put(fGainArray, id1, metaData);    
1185 }
1186
1187 void AliTPCPreprocessorOffline::MakeQAPlot(Float_t  FPtoMIPratio) {
1188   //
1189   // Make QA plot to visualize results
1190   //
1191   //
1192   //
1193   if (fGraphCosmic) {
1194     TCanvas * canvasCosmic = new TCanvas("gain Cosmic", "time dependent gain QA histogram cosmic");
1195     canvasCosmic->cd();
1196     TH2D * gainHistoCosmic = fGainCosmic->GetHistGainTime()->Projection(0,1);
1197     gainHistoCosmic->SetDirectory(0);
1198     gainHistoCosmic->SetName("GainHistoCosmic");
1199     gainHistoCosmic->GetXaxis()->SetTimeDisplay(kTRUE);
1200     gainHistoCosmic->GetXaxis()->SetTimeFormat("#splitline{%d/%m}{%H:%M}");
1201     gainHistoCosmic->Draw("colz");
1202     fGraphCosmic->SetMarkerStyle(25);
1203     fGraphCosmic->Draw("lp");
1204     fGraphCosmic->SetMarkerStyle(25);
1205     TGraph * grfFitCosmic = fFitCosmic->MakeGraph(fGraphCosmic->GetX()[0],fGraphCosmic->GetX()[fGraphCosmic->GetN()-1],50000,0);
1206     if (grfFitCosmic) {
1207       for(Int_t i=0; i < grfFitCosmic->GetN(); i++) {
1208         grfFitCosmic->GetY()[i] *= FPtoMIPratio;        
1209       }
1210       for(Int_t i=0; i < fGraphCosmic->GetN(); i++) {
1211         fGraphCosmic->GetY()[i] *= FPtoMIPratio;        
1212       }
1213     }
1214     fGraphCosmic->Draw("lp"); 
1215     if (grfFitCosmic) {
1216       grfFitCosmic->SetLineColor(2);
1217       grfFitCosmic->Draw("lu");
1218     }
1219     fGainArray->AddLast(gainHistoCosmic);
1220     //fGainArray->AddLast(canvasCosmic->Clone());
1221     delete canvasCosmic;    
1222   }
1223   if (fFitMIP) {
1224     TCanvas * canvasMIP = new TCanvas("gain MIP", "time dependent gain QA histogram MIP");
1225     canvasMIP->cd();
1226     TH2D * gainHistoMIP    = fGainMIP->GetHistGainTime()->Projection(0,1);
1227     gainHistoMIP->SetName("GainHistoCosmic");
1228     gainHistoMIP->SetDirectory(0);
1229     gainHistoMIP->GetXaxis()->SetTimeDisplay(kTRUE);
1230     gainHistoMIP->GetXaxis()->SetTimeFormat("#splitline{%d/%m}{%H:%M}");
1231     gainHistoMIP->Draw("colz");
1232     fGraphMIP->SetMarkerStyle(25);
1233     fGraphMIP->Draw("lp");
1234     TGraph * grfFitMIP = fFitMIP->MakeGraph(fGraphMIP->GetX()[0],fGraphMIP->GetX()[fGraphMIP->GetN()-1],50000,0);
1235     grfFitMIP->SetLineColor(2);
1236     grfFitMIP->Draw("lu");    
1237     fGainArray->AddLast(gainHistoMIP);
1238     //fGainArray->AddLast(canvasMIP->Clone());
1239     delete canvasMIP;    
1240   }  
1241 }
1242
1243 void AliTPCPreprocessorOffline::MakeFitTime(){
1244   //
1245   // make aligment fit - store results in the file
1246   //
1247   const Int_t kMinEntries=1000;
1248   MakeChainTime();
1249   MakePrimitivesTime();
1250   if (!fAlignTree) return;
1251   if (fAlignTree->GetEntries()<kMinEntries) return;
1252   fAlignTree->SetAlias("ptype","type");
1253   fAlignTree->SetAlias("hasITS","(1+0)");
1254   fAlignTree->SetAlias("dITS","1-2*(refX<40)");
1255   fAlignTree->SetAlias("isITS","refX>10");
1256   fAlignTree->SetAlias("isVertex","refX<10");
1257   // 
1258   Int_t  npointsMax=30000000;
1259   TStatToolkit toolkit;
1260   Double_t chi2=0;
1261   Int_t    npoints=0;
1262   TVectorD param;
1263   TMatrixD covar;
1264
1265   TString fstringFast="";
1266   fstringFast+="FExBTwistX++";
1267   fstringFast+="FExBTwistY++";
1268   fstringFast+="FAlignRot0D++";
1269   fstringFast+="FAlignTrans0D++";
1270   fstringFast+="FAlignTrans1D++";
1271   //
1272   fstringFast+="hasITS*FAlignTrans0++";
1273   fstringFast+="hasITS*FAlignTrans1++";
1274   fstringFast+="hasITS*FAlignRot0++";
1275   fstringFast+="hasITS*FAlignRot1++";
1276   fstringFast+="hasITS*FAlignRot2++";
1277   //
1278   fstringFast+="dITS*FAlignTrans0++";
1279   fstringFast+="dITS*FAlignTrans1++";
1280   fstringFast+="dITS*FAlignRot0++";
1281   fstringFast+="dITS*FAlignRot1++";
1282   fstringFast+="dITS*FAlignRot2++";
1283   
1284   TCut cutFit="entries>10&&abs(mean)>0.00001&&rms>0";
1285   fAlignTree->SetAlias("err","rms");
1286
1287   TString *strDeltaITS = TStatToolkit::FitPlaneConstrain(fAlignTree,"mean:err", fstringFast.Data(),cutFit, chi2,npoints,param,covar,-1,0, npointsMax, 1);
1288   strDeltaITS->Tokenize("++")->Print();
1289   fAlignTree->SetAlias("fitYFast",strDeltaITS->Data());
1290   // 
1291   TVectorD paramC= param;
1292   TMatrixD covarC= covar;
1293   TStatToolkit::Constrain1D(fstringFast,"Trans0D",paramC,covarC,0, 0.1);
1294   TStatToolkit::Constrain1D(fstringFast,"Trans1D",paramC,covarC,0, 0.1);
1295   TStatToolkit::Constrain1D(fstringFast,"TwistX",paramC,covarC,0, 0.1);
1296   TStatToolkit::Constrain1D(fstringFast,"TwistY",paramC,covarC,0, 0.1);
1297   TString strFitConst=TStatToolkit::MakeFitString(fstringFast, paramC,covar);
1298   fAlignTree->SetAlias("fitYFastC",strFitConst.Data());
1299   CreateAlignTime(fstringFast,paramC);
1300
1301
1302 }
1303
1304
1305 void AliTPCPreprocessorOffline::MakeChainTime(){
1306   //
1307   //
1308   //
1309   TFile f("CalibObjects.root");
1310   
1311   //  const char *cdtype[7]={"ITS","TRD","Vertex","TOF","TPC","TPC0","TPC1"};
1312   //const char *cptype[5]={"dy","dz","dsnp","dtheta","d1pt"}; 
1313   const char * hname[5]={"dy","dz","dsnp","dtheta","d1pt"};
1314   Int_t run=0;
1315   AliTPCcalibTime  *calibTime = 0;
1316   TObjArray * array = (TObjArray*)f.Get("TPCCalib");
1317   if (array){
1318     calibTime = (AliTPCcalibTime *)array->FindObject("calibTime");
1319   } else {
1320     calibTime = (AliTPCcalibTime*)f.Get("calibTime");
1321   }
1322   if (!calibTime) return;
1323   AliTPCCorrectionFit::CreateAlignMaps(AliTracker::GetBz(), run);
1324   TTreeSRedirector *pcstream = new TTreeSRedirector("meanITSVertex.root");
1325   //
1326   Int_t ihis=0;
1327   THnSparse *his = calibTime->GetResHistoTPCITS(ihis);
1328   if (his){
1329     his->GetAxis(1)->SetRangeUser(-1.1,1.1);
1330     his->GetAxis(2)->SetRange(0,1000000);
1331     his->GetAxis(3)->SetRangeUser(-0.35,0.35);
1332     AliTPCCorrection::MakeDistortionMap(his,pcstream, Form("ITS%s",hname[ihis]),run,85.,ihis,3);
1333   }
1334   ihis=1;
1335   his = calibTime->GetResHistoTPCITS(ihis);
1336   if (his){
1337     his->GetAxis(1)->SetRangeUser(-1.1,1.1);
1338     his->GetAxis(2)->SetRange(0,1000000);
1339     his->GetAxis(3)->SetRangeUser(-0.35,0.35);
1340     AliTPCCorrection::MakeDistortionMap(his,pcstream, Form("ITS%s",hname[ihis]),run,85.,ihis,3);
1341   }
1342   ihis=2;
1343   his = calibTime->GetResHistoTPCITS(ihis);
1344   if (his){
1345     his->GetAxis(1)->SetRangeUser(-1.1,1.1);
1346     his->GetAxis(2)->SetRange(0,1000000);
1347     his->GetAxis(3)->SetRangeUser(-0.35,0.35);
1348     AliTPCCorrection::MakeDistortionMap(his,pcstream, Form("ITS%s",hname[ihis]),run,85.,ihis,3);
1349   }
1350   ihis=0;
1351   his = calibTime->GetResHistoTPCvertex(ihis);
1352   if (his){
1353     his->GetAxis(1)->SetRangeUser(-1.1,1.1);
1354     his->GetAxis(2)->SetRange(0,1000000);
1355     his->GetAxis(3)->SetRangeUser(-0.35,0.35);
1356     AliTPCCorrection::MakeDistortionMap(his,pcstream, Form("Vertex%s",hname[ihis]),run,0.,ihis,3);
1357   }
1358   ihis=2;
1359   his = calibTime->GetResHistoTPCvertex(ihis);
1360   if (his){
1361     his->GetAxis(1)->SetRangeUser(-1.1,1.1);
1362     his->GetAxis(2)->SetRange(0,1000000);
1363     his->GetAxis(3)->SetRangeUser(-0.35,0.35);
1364     AliTPCCorrection::MakeDistortionMap(his,pcstream, Form("Vertex%s",hname[ihis]),run,0.,ihis,3);
1365
1366   }
1367   ihis=1;
1368   his = calibTime->GetResHistoTPCvertex(ihis);
1369   if (his){
1370     his->GetAxis(1)->SetRangeUser(-1.1,1.1);
1371     his->GetAxis(2)->SetRange(0,1000000);
1372     his->GetAxis(3)->SetRangeUser(-0.35,0.35);
1373     AliTPCCorrection::MakeDistortionMap(his,pcstream, Form("Vertex%s",hname[ihis]),run,0.,ihis,3);
1374
1375   }
1376   ihis=0;
1377   his = calibTime->GetResHistoTPCTOF(ihis);
1378   if (his){
1379     his->GetAxis(1)->SetRangeUser(-1.1,1.1);
1380     his->GetAxis(2)->SetRange(0,1000000);
1381     his->GetAxis(3)->SetRangeUser(-0.35,0.35);
1382     AliTPCCorrection::MakeDistortionMap(his,pcstream, Form("TOF%s",hname[ihis]),run,0.,ihis,3);
1383
1384   }
1385   ihis=0;
1386   his = calibTime->GetResHistoTPCTRD(ihis);
1387   if (his){
1388     his->GetAxis(1)->SetRangeUser(-1.1,1.1);
1389     his->GetAxis(2)->SetRange(0,1000000);
1390     his->GetAxis(3)->SetRangeUser(-0.35,0.35);
1391     AliTPCCorrection::MakeDistortionMap(his,pcstream, Form("TRD%s",hname[ihis]),run,0.,ihis,3);
1392
1393   }
1394   delete pcstream;
1395 }
1396
1397
1398 Double_t AliTPCPreprocessorOffline::EvalAt(Double_t phi, Double_t refX, Double_t theta, Int_t corr, Int_t ptype){
1399   //
1400   //
1401   //
1402   Double_t sector = 9*phi/TMath::Pi();
1403   if (sector<0) sector+=18;
1404   Double_t y85=AliTPCCorrection::GetCorrSector(sector,85,theta,1,corr);
1405   Double_t y245=AliTPCCorrection::GetCorrSector(sector,245,theta,1,corr);
1406   if (ptype==0) return y85+(y245-y85)*(refX-85.)/(245.-85.);
1407   if (ptype==2) return (y245-y85)/(245.-85.);
1408   return 0;
1409 }
1410
1411
1412 Double_t AliTPCPreprocessorOffline::EvalAtPar(Double_t phi0, Double_t snp, Double_t refX, Double_t theta, Int_t corr, Int_t ptype, Int_t nsteps){
1413   //
1414   // Fit the distortion along the line with the parabolic model
1415   // Parameters:
1416   //  phi0 - phi at the entrance of the TPC
1417   //  snp  - local inclination angle at the entrance of the TPC
1418   //  refX - ref X where the distortion is evanluated
1419   //  theta
1420   //  
1421   static TLinearFitter fitter(3,"pol2"); 
1422   fitter.ClearPoints();
1423   if (nsteps<3) nsteps=3;
1424   Double_t deltaX=(245-85)/(nsteps);
1425   for (Int_t istep=0; istep<(nsteps+1); istep++){
1426     //
1427     Double_t localX =85.+deltaX*istep;
1428     Double_t localPhi=phi0+deltaX*snp*istep;
1429     Double_t sector = 9*localPhi/TMath::Pi();
1430     if (sector<0) sector+=18;
1431     Double_t y=AliTPCCorrection::GetCorrSector(sector,localX,theta,1,corr);
1432     Double_t dlocalX=AliTPCCorrection::GetCorrSector(sector,localX,theta,0,corr);
1433     Double_t x[1]={localX-dlocalX};
1434     fitter.AddPoint(x,y);
1435   }
1436   fitter.Eval();
1437   Double_t par[3];
1438   par[0]=fitter.GetParameter(0);
1439   par[1]=fitter.GetParameter(1);
1440   par[2]=fitter.GetParameter(2);
1441
1442   if (ptype==0) return par[0]+par[1]*refX+par[2]*refX*refX;
1443   if (ptype==2) return par[1]+2*par[2]*refX;
1444   if (ptype==4) return par[2];
1445   return 0;
1446 }
1447
1448
1449
1450
1451
1452
1453 void AliTPCPreprocessorOffline::MakePrimitivesTime(){
1454   //
1455   // Create primitive transformation to fit
1456   //
1457   fAlignTree=new TChain("fit","fit");
1458   fAlignTree->AddFile("meanITSVertex.root",10000000,"ITSdy");
1459   fAlignTree->AddFile("meanITSVertex.root",10000000,"ITSdsnp");
1460   fAlignTree->AddFile("meanITSVertex.root",10000000,"Vertexdy");
1461   fAlignTree->AddFile("meanITSVertex.root",10000000,"Vertexdsnp");
1462   // 
1463   AliTPCParam *param= AliTPCcalibDB::Instance()->GetParameters();
1464   Double_t bzField=AliTrackerBase::GetBz(); 
1465   Double_t vdrift = param->GetDriftV()/1000000.; // [cm/us]   // From dataBase: to be updated: per second (ideally)
1466   Double_t ezField = 400; // [V/cm]   // to be updated: never (hopefully)
1467   Double_t wtP = -10.0 * (bzField) * vdrift /  ezField ; 
1468   AliTPCExBTwist *fitExBTwistX= new  AliTPCExBTwist;
1469   AliTPCExBTwist *fitExBTwistY= new  AliTPCExBTwist;
1470   AliTPCCalibGlobalMisalignment *trans0   =new  AliTPCCalibGlobalMisalignment;
1471   AliTPCCalibGlobalMisalignment *trans1   =new  AliTPCCalibGlobalMisalignment;
1472   AliTPCCalibGlobalMisalignment *trans0D  =new  AliTPCCalibGlobalMisalignment;
1473   AliTPCCalibGlobalMisalignment *trans1D  =new  AliTPCCalibGlobalMisalignment;
1474   AliTPCCalibGlobalMisalignment *rot0     =new  AliTPCCalibGlobalMisalignment;
1475   AliTPCCalibGlobalMisalignment *rot1     =new  AliTPCCalibGlobalMisalignment;
1476   AliTPCCalibGlobalMisalignment *rot2     =new  AliTPCCalibGlobalMisalignment;
1477   AliTPCCalibGlobalMisalignment *rot3     =new  AliTPCCalibGlobalMisalignment;
1478   //
1479   //
1480   fitExBTwistX->SetXTwist(0.001);
1481   fitExBTwistX->SetOmegaTauT1T2(wtP,1,1);  
1482   //
1483   fitExBTwistY->SetYTwist(0.001);
1484   fitExBTwistY->SetOmegaTauT1T2(wtP,1,1);  
1485   //
1486   TGeoHMatrix *matrixRot = new TGeoHMatrix; 
1487   TGeoHMatrix *matrixX = new TGeoHMatrix; 
1488   TGeoHMatrix *matrixY = new TGeoHMatrix; 
1489   matrixX->SetDx(0.1);
1490   matrixY->SetDy(0.1);
1491   Double_t rotAngles0[9]={0};
1492   Double_t rotAngles1[9]={0};
1493   Double_t rotAngles2[9]={0};
1494   //
1495   Double_t rotAngles3[9]={0};
1496
1497   rotAngles0[0]=1; rotAngles0[4]=1; rotAngles0[8]=1;
1498   rotAngles1[0]=1; rotAngles1[4]=1; rotAngles1[8]=1;
1499   rotAngles2[0]=1; rotAngles2[4]=1; rotAngles2[8]=1;
1500   rotAngles3[0]=1; rotAngles3[4]=1; rotAngles3[8]=1;
1501
1502   rotAngles0[1]=-0.001;rotAngles0[3]=0.001;
1503   rotAngles1[5]=-0.001;rotAngles1[7]=0.001;
1504   rotAngles2[2]=0.001;rotAngles2[6]=-0.001;
1505   rotAngles3[1]=0.001;rotAngles3[3]=-0.001;
1506   matrixRot->SetRotation(rotAngles0);
1507   rot0->SetAlignGlobal(matrixRot);
1508   matrixRot->SetRotation(rotAngles1);
1509   rot1->SetAlignGlobal(matrixRot);
1510   matrixRot->SetRotation(rotAngles2);
1511   rot2->SetAlignGlobal(matrixRot); 
1512   matrixRot->SetRotation(rotAngles3);
1513   rot3->SetAlignGlobalDelta(matrixRot); 
1514   //
1515   trans0->SetAlignGlobal(matrixX);
1516   trans1->SetAlignGlobal(matrixY);
1517   trans0D->SetAlignGlobalDelta(matrixX);
1518   trans1D->SetAlignGlobalDelta(matrixY);
1519   fitExBTwistX->Init();
1520   fitExBTwistY->Init();
1521   //
1522   fitExBTwistX->AddVisualCorrection((AliTPCExBTwist*)(fitExBTwistX->Clone()),100);
1523   fitExBTwistY->AddVisualCorrection((AliTPCExBTwist*)(fitExBTwistY->Clone()),101);
1524   //
1525   fitExBTwistX->AddVisualCorrection((AliTPCExBTwist*)(rot0->Clone()),102);
1526   fitExBTwistY->AddVisualCorrection((AliTPCExBTwist*)(rot1->Clone()),103);
1527   fitExBTwistX->AddVisualCorrection((AliTPCExBTwist*)(rot2->Clone()),104);
1528   fitExBTwistX->AddVisualCorrection((AliTPCExBTwist*)(rot3->Clone()),105);
1529
1530   fitExBTwistX->AddVisualCorrection((AliTPCExBTwist*)(trans0->Clone()),106);
1531   fitExBTwistX->AddVisualCorrection((AliTPCExBTwist*)(trans1->Clone()),107);
1532   fitExBTwistX->AddVisualCorrection((AliTPCExBTwist*)(trans0D->Clone()),108);
1533   fitExBTwistX->AddVisualCorrection((AliTPCExBTwist*)(trans1D->Clone()),109);
1534   //
1535   fAlignTree->SetAlias("FExBTwistX", "AliTPCPreprocessorOffline::EvalAt(phi,refX,theta,100,ptype)+0");
1536   fAlignTree->SetAlias("FExBTwistY","AliTPCPreprocessorOffline::EvalAt(phi,refX,theta,101,ptype)+0");
1537   fAlignTree->SetAlias("FAlignRot0","AliTPCPreprocessorOffline::EvalAt(phi,refX,theta,102,ptype)+0");
1538   fAlignTree->SetAlias("FAlignRot0D","AliTPCPreprocessorOffline::EvalAt(phi,refX,theta,105,ptype)+0");
1539   fAlignTree->SetAlias("FAlignRot1","AliTPCPreprocessorOffline::EvalAt(phi,refX,theta,103,ptype)+0");
1540   fAlignTree->SetAlias("FAlignRot2","AliTPCPreprocessorOffline::EvalAt(phi,refX,theta,104,ptype)+0");
1541   fAlignTree->SetAlias("FAlignTrans0","AliTPCPreprocessorOffline::EvalAt(phi,refX,theta,106,ptype)+0");
1542   fAlignTree->SetAlias("FAlignTrans1","AliTPCPreprocessorOffline::EvalAt(phi,refX,theta,107,ptype)+0");
1543   fAlignTree->SetAlias("FAlignTrans0D","AliTPCPreprocessorOffline::EvalAt(phi,refX,theta,108,ptype)+0");
1544   fAlignTree->SetAlias("FAlignTrans1D","AliTPCPreprocessorOffline::EvalAt(phi,refX,theta,109,ptype)+0");
1545   //
1546   // test fast function
1547   //
1548 //   fAlignTree->Draw("FExBTwistX:ExBTwistX","isITS&&ptype==0&&abs(snp)<0.05","");
1549 //   fAlignTree->Draw("FExBTwistY:ExBTwistY","isITS&&ptype==0&&abs(snp)<0.05","");
1550 //   fAlignTree->Draw("FAlignRot0:alignRot0","isITS&&ptype==0&&abs(snp)<0.05","");
1551 //   fAlignTree->Draw("FAlignRot1:alignRot1","isITS&&ptype==0&&abs(snp)<0.05","");
1552 //   fAlignTree->Draw("FAlignRot2:alignRot2","isITS&&ptype==0&&abs(snp)<0.05","");
1553 //   //
1554 //   fAlignTree->Draw("FAlignTrans0:alignTrans0","isITS&&ptype==0&&abs(snp)<0.05","");
1555 //   fAlignTree->Draw("FAlignTrans1:alignTrans1","isITS&&ptype==0&&abs(snp)<0.05","");
1556
1557
1558
1559
1560 void AliTPCPreprocessorOffline::CreateAlignTime(TString fstring, TVectorD paramC){
1561   //
1562   //
1563   //
1564   //
1565   TGeoHMatrix *matrixDelta     = new TGeoHMatrix; 
1566   TGeoHMatrix *matrixGlobal    = new TGeoHMatrix; 
1567   Double_t rAngles[9];
1568   Int_t index=0;
1569   //
1570   index=TStatToolkit::GetFitIndex(fstring,"FAlignTrans0D");
1571   if (index>=0) matrixDelta->SetDx(paramC[index+1]*0.1);
1572   index=TStatToolkit::GetFitIndex(fstring,"FAlignTrans1D");
1573   if (index>=0) matrixDelta->SetDy(paramC[index+1]*0.1);
1574   rAngles[0]=1; rAngles[4]=1; rAngles[8]=1;
1575   index=TStatToolkit::GetFitIndex(fstring,"FAlignRot0D");
1576   rAngles[1]=-paramC[index+1]*0.001; rAngles[3]=paramC[index+1]*0.001;
1577   rAngles[5]=0; rAngles[7] =0;
1578   rAngles[2]=0; rAngles[6] =0;
1579   matrixDelta->SetRotation(rAngles);
1580   //
1581   //
1582   //
1583   index=TStatToolkit::GetFitIndex(fstring,"hasITS*FAlignTrans0");
1584   if (index>=0) matrixGlobal->SetDx(paramC[index+1]*0.1);
1585   index=TStatToolkit::GetFitIndex(fstring,"hasITS*FAlignTrans1");
1586   if (index>=0) matrixGlobal->SetDy(paramC[index+1]*0.1);
1587   rAngles[0]=1; rAngles[4]=1; rAngles[8]=1;
1588   index=TStatToolkit::GetFitIndex(fstring,"hasITS*FAlignRot0");
1589   rAngles[1]=-paramC[index+1]*0.001; rAngles[3]=paramC[index+1]*0.001;
1590   index=TStatToolkit::GetFitIndex(fstring,"hasITS*FAlignRot1");  
1591   rAngles[5]=-paramC[index+1]*0.001; rAngles[7]=paramC[index+1]*0.001;
1592   index=TStatToolkit::GetFitIndex(fstring,"hasITS*FAlignRot2");  
1593   rAngles[2]=paramC[index+1]*0.001; rAngles[6] =-paramC[index+1]*0.001;
1594   matrixGlobal->SetRotation(rAngles);
1595   //
1596   AliTPCCalibGlobalMisalignment *fitAlignTime  =0;
1597   fitAlignTime  =new  AliTPCCalibGlobalMisalignment;
1598   fitAlignTime->SetName("FitAlignTime");
1599   fitAlignTime->SetTitle("FitAlignTime");
1600   fitAlignTime->SetAlignGlobalDelta(matrixDelta);
1601   fitAlignTime->SetAlignGlobal(matrixGlobal);
1602   //
1603   AliTPCExBTwist * fitExBTwist= new  AliTPCExBTwist;
1604   Int_t indexX=TStatToolkit::GetFitIndex(fstring,"ExBTwistX");
1605   Int_t indexY=TStatToolkit::GetFitIndex(fstring,"ExBTwistY");  
1606   fitExBTwist->SetXTwist(0.001*paramC[indexX+1]);  // 1 mrad twist in x
1607   fitExBTwist->SetYTwist(0.001*paramC[indexY+1]);  // 1 mrad twist in x
1608   fitExBTwist->SetName("FitExBTwistTime");
1609   fitExBTwist->SetTitle("FitExBTwistTime"); 
1610   AliTPCParam *param= AliTPCcalibDB::Instance()->GetParameters();
1611   Double_t bzField=AliTrackerBase::GetBz();
1612   Double_t vdrift = param->GetDriftV()/1000000.; // [cm/us]   // From dataBase: to be updated: per second (ideally)
1613
1614   Double_t ezField = 400; // [V/cm]   // to be updated: never (hopefully)
1615   Double_t wt = -10.0 * (bzField) * vdrift /  ezField ; 
1616   //
1617   fitExBTwist->SetOmegaTauT1T2(wt,1,1);  
1618   fitExBTwist->Init();  
1619
1620   AliTPCComposedCorrection *corrTime =  new AliTPCComposedCorrection;
1621   TObjArray *arr = new TObjArray;
1622   corrTime->SetCorrections(arr);
1623   
1624   corrTime->GetCorrections()->Add(fitExBTwist);
1625   corrTime->GetCorrections()->Add(fitAlignTime);
1626   corrTime->SetName("FitCorrectionTime");
1627   corrTime->SetTitle("FitCorrectionTime");
1628
1629   fitExBTwist->AddVisualCorrection((AliTPCExBTwist*)(fitExBTwist->Clone()),1001);
1630   fitAlignTime->AddVisualCorrection((AliTPCExBTwist*)(fitAlignTime->Clone()),1002);
1631   fitAlignTime->AddVisualCorrection((AliTPCExBTwist*)(corrTime->Clone()),1003);
1632   
1633   
1634   fAlignTree->SetAlias("ExBTwistTime","AliTPCPreprocessorOffline::EvalAt(phi,refX,theta,1001,ptype)+0");
1635   fAlignTree->SetAlias("AlignTime","AliTPCPreprocessorOffline::EvalAt(phi,refX,theta,1002,ptype)+0");
1636   fAlignTree->SetAlias("FitCorrectionTime","AliTPCPreprocessorOffline::EvalAt(phi,refX,theta,1003,ptype)+0");
1637
1638
1639   TFile *f = new TFile("fitITSVertex.root","update");
1640   corrTime->Write("FitCorrectionTime");
1641   f->Close();
1642 }
1643