restructure the output container for the TPC calib
[u/mrichter/AliRoot.git] / TPC / AliTPCPreprocessorOffline.cxx
1 /**************************************************************************
2  * Copyright(c) 1998-1999, ALICE Experiment at CERN, All rights reserved. *
3  *                                                                        *
4  * Author: The ALICE Off-line Project.                                    *
5  * Contributors are mentioned in the code where appropriate.              *
6  *                                                                        *
7  * Permission to use, copy, modify and distribute this software and its   *
8  * documentation strictly for non-commercial purposes is hereby granted   *
9  * without fee, provided that the above copyright notice appears in all   *
10  * copies and that both the copyright notice and this permission notice   *
11  * appear in the supporting documentation. The authors make no claims     *
12  * about the suitability of this software for any purpose. It is          *
13  * provided "as is" without express or implied warranty.                  *
14  **************************************************************************/
15
16
17
18 /*
19   Responsible: marian.ivanov@cern.ch 
20   Code to analyze the TPC calibration and to produce OCDB entries  
21
22
23    .x ~/rootlogon.C
24    gSystem->Load("libANALYSIS");
25    gSystem->Load("libTPCcalib");
26
27    AliTPCPreprocessorOffline proces;
28    TString ocdbPath="local:////"
29    ocdbPath+=gSystem->GetFromPipe("pwd");
30
31    proces.CalibTimeGain("CalibObjects.root",run0,run1,ocdbPath);
32    proces.CalibTimeVdrift("CalibObjects.root",run0,run1,ocdbPath);
33   // take the raw calibration data from the file CalibObjects.root 
34   // and make a OCDB entry with run  validity run0-run1
35   // results are stored at the ocdbPath - local or alien ...
36   // default storage ""- data stored at current working directory 
37  
38   e.g.
39   gSystem->Load("libANALYSIS");
40   gSystem->Load("libTPCcalib");
41   AliTPCPreprocessorOffline proces;
42   proces.CalibTimeGain("TPCMultObjects.root",114000,140040,0);
43   TFile oo("OCDB/TPC/Calib/TimeGain/Run114000_121040_v0_s0.root")
44   TObjArray * arr = AliCDBEntry->GetObject()
45   arr->At(4)->Draw("alp")
46
47 */
48 #include "Riostream.h"
49 #include <fstream>
50 #include "TMap.h"
51 #include "TGraphErrors.h"
52 #include "AliExternalTrackParam.h"
53 #include "TFile.h"
54 #include "TDirectory.h"
55 #include "TGraph.h"
56 #include "TMultiGraph.h"
57 #include "TCanvas.h"
58 #include "THnSparse.h"
59 #include "TLegend.h"
60 #include "TPad.h"
61 #include "TH2D.h"
62 #include "TH3D.h"
63 #include "AliTPCROC.h"
64 #include "AliTPCCalROC.h"
65 #include "AliESDfriend.h"
66 #include "AliTPCcalibTime.h"
67 #include "AliSplineFit.h"
68 #include "AliCDBMetaData.h"
69 #include "AliCDBId.h"
70 #include "AliCDBManager.h"
71 #include "AliCDBStorage.h"
72 #include "AliTPCcalibBase.h"
73 #include "AliTPCcalibDB.h"
74 #include "AliTPCcalibDButil.h"
75 #include "AliRelAlignerKalman.h"
76 #include "AliTPCParamSR.h"
77 #include "AliTPCcalibTimeGain.h"
78 #include "AliTPCcalibGainMult.h"
79 #include "AliTPCcalibAlign.h"
80 #include "AliSplineFit.h"
81 #include "AliTPCComposedCorrection.h"
82 #include "AliTPCExBTwist.h"
83 #include "AliTPCCalibGlobalMisalignment.h"
84 #include "TStatToolkit.h"
85 #include "TChain.h"
86 #include "TCut.h"
87 #include "AliTrackerBase.h"
88 #include "AliTracker.h"
89 #include "AliTPCPreprocessorOffline.h"
90 #include "AliTPCCorrectionFit.h"
91
92 using std::endl;
93 using std::cout;
94 ClassImp(AliTPCPreprocessorOffline)
95
96 AliTPCPreprocessorOffline::AliTPCPreprocessorOffline():
97   TNamed("TPCPreprocessorOffline","TPCPreprocessorOffline"),
98   fMinEntries(500),                      // minimal number of entries for fit
99   fStartRun(0),                         // start Run - used to make fast selection in THnSparse
100   fEndRun(0),                           // end   Run - used to make fast selection in THnSparse
101   fStartTime(0),                        // fStartTime - used to make fast selection in THnSparse
102   fEndTime(0),                          // fEndTime   - used to make fast selection in THnSparse
103   fOCDBstorage(0),                       // OCDB storage
104   fVdriftArray(new TObjArray),
105   fTimeDrift(0),
106   fGraphMIP(0),                // graph time dependence of MIP
107   fGraphCosmic(0),             // graph time dependence at Plateu
108   fGraphAttachmentMIP(0),
109   fFitMIP(0),                  // fit of dependence - MIP
110   fFitCosmic(0),               // fit of dependence - Plateu
111   fGainArray(new TObjArray),               // array to be stored in the OCDB
112   fGainMIP(0),          // calibration component for MIP
113   fGainCosmic(0),       // calibration component for cosmic
114   fGainMult(0),
115   fAlignTree(0),        // alignment tree
116   fSwitchOnValidation(kFALSE), // flag to switch on validation of OCDB parameters
117   fMinGain(2.0),
118   fMaxGain(3.0),
119   fMaxVdriftCorr(0.03),
120   fNtracksVdrift(0),
121   fMinTracksVdrift(0),
122   fNeventsVdrift(0),
123   fMinEventsVdrift(0),
124   fCalibrationStatus(0)
125 {
126   //
127   // default constructor
128   //
129 }
130
131 AliTPCPreprocessorOffline::~AliTPCPreprocessorOffline() {
132   //
133   // Destructor
134   //
135 }
136
137
138
139
140 void AliTPCPreprocessorOffline::GetRunRange(AliTPCcalibTime * const  timeDrift){
141   //
142   // find the fist and last run
143   //
144   TObjArray *hisArray =timeDrift->GetHistoDrift();
145   {for (Int_t i=0; i<hisArray->GetEntriesFast(); i++){
146     THnSparse* addHist=(THnSparse*)hisArray->UncheckedAt(i);
147     if (!addHist) continue;
148     if (addHist->GetEntries()<fMinEntries) continue;
149     TH1D* histo    =addHist->Projection(3);
150     TH1D* histoTime=addHist->Projection(0);
151     printf("%s\t%f\t%d\t%d\n",histo->GetName(), histo->GetEntries(),histo->FindFirstBinAbove(0),histo->FindLastBinAbove(0));
152
153     if (fStartRun<=0){ 
154       fStartRun=histo->FindFirstBinAbove(0);
155       fEndRun  =histo->FindLastBinAbove(0);
156     }else{
157       fStartRun=TMath::Min(histo->FindFirstBinAbove(0),fStartRun);
158       fEndRun  =TMath::Max(histo->FindLastBinAbove(0),fEndRun);
159     }
160     if (fStartTime==0){ 
161       fStartTime=histoTime->FindFirstBinAbove(0);
162       fEndTime  =histoTime->FindLastBinAbove(0);
163     }else{
164       fStartTime=TMath::Min(histoTime->FindFirstBinAbove(0),fStartTime);
165       fEndTime  =TMath::Max(histoTime->FindLastBinAbove(0),fEndTime);
166     }
167     delete histo;
168     delete histoTime;
169   }}
170   if (fStartRun<0) fStartRun=0;
171   if (fEndRun<0) fEndRun=100000000;
172   printf("Run range  :\t%d-%d\n", fStartRun, fEndRun);
173   printf("Time range :\t%d-%d\n", fStartTime, fEndTime);
174
175 }
176
177
178
179 void AliTPCPreprocessorOffline::CalibTimeVdrift(const Char_t* file, Int_t ustartRun, Int_t uendRun, AliCDBStorage* pocdbStorage){
180   //
181   // make calibration of the drift velocity
182   // Input parameters:
183   //      file                   - the location of input file
184   //      ustartRun, uendrun     - run validity period 
185   //      pocdbStorage           - path to hte OCDB storage
186   //                             - if empty - local storage 'pwd' uesed
187   if (pocdbStorage) fOCDBstorage=pocdbStorage;
188   else {
189     TString localStorage = "local://"+gSystem->GetFromPipe("pwd")+"/OCDB"; 
190     fOCDBstorage=AliCDBManager::Instance()->GetStorage(localStorage.Data());
191   }
192
193   //
194   // 1. Initialization and run range setting
195   TFile fcalib(file);
196   TObject* obj = dynamic_cast<TObject*>(fcalib.Get("TPCCalib"));
197   TObjArray* array = dynamic_cast<TObjArray*>(obj);
198   TDirectory* dir = dynamic_cast<TDirectory*>(obj);
199   if (dir) {
200     fTimeDrift = dynamic_cast<AliTPCcalibTime*>(dir->Get("calibTime"));
201   }
202   else if (array){
203     fTimeDrift = (AliTPCcalibTime *)array->FindObject("calibTime");
204   } else {
205     fTimeDrift = (AliTPCcalibTime*)fcalib.Get("calibTime");
206   }
207   if(!fTimeDrift) return;
208
209   //extract statistics
210   fNtracksVdrift = TMath::Nint(fTimeDrift->GetResHistoTPCITS(0)->GetEntries());
211   //if we have 0 ITS TPC matches it means we have no ITS tracks and we try to use TPC-TOF matching for calibration
212   if (fNtracksVdrift==0) fNtracksVdrift=TMath::Nint(fTimeDrift->GetResHistoTPCTOF(0)->GetEntries());
213   fNeventsVdrift = TMath::Nint(fTimeDrift->GetTPCVertexHisto(0)->GetEntries());
214
215   fStartRun=ustartRun;
216   fEndRun=ustartRun; 
217   TObjArray *hisArray =fTimeDrift->GetHistoDrift();  
218   GetRunRange(fTimeDrift);
219   for (Int_t i=0; i<hisArray->GetEntriesFast(); i++){
220     THnSparse* addHist=(THnSparse*)hisArray->At(i);
221     if (!addHist) continue;
222     if (fStartTime<fEndTime) addHist->GetAxis(0)->SetRange(fStartTime-1,fEndTime+1);
223     if (fStartRun<fEndRun) addHist->GetAxis(3)->SetRange(fStartRun-1,fEndRun+1);
224   }
225   //
226   //
227   // 2. extraction of the information
228   //
229   fVdriftArray = new TObjArray();
230   AddAlignmentGraphs(fVdriftArray,fTimeDrift);
231   AddHistoGraphs(fVdriftArray,fTimeDrift,fMinEntries);
232   AddLaserGraphs(fVdriftArray,fTimeDrift);
233   
234   //
235   // 3. Append QA plots
236   //
237   MakeDefaultPlots(fVdriftArray,fVdriftArray);
238
239   //
240   // 4. validate OCDB entries
241   //
242   if(fSwitchOnValidation==kTRUE && ValidateTimeDrift()==kFALSE) { 
243     Printf("TPC time drift OCDB parameters out of range!");
244     return;
245   }
246   //
247   //4.b make alignment
248   //
249   MakeFitTime();
250   TFile * ftime= TFile::Open("fitITSVertex.root");
251   if (ftime){
252     TObject * alignmentTime=ftime->Get("FitCorrectionTime");
253     if (alignmentTime) fVdriftArray->AddLast(alignmentTime);
254   }
255   //
256   //
257   // 5. update of OCDB
258   //
259   //
260   UpdateOCDBDrift(ustartRun,uendRun,fOCDBstorage);
261 }
262
263 void AliTPCPreprocessorOffline::UpdateOCDBDrift( Int_t ustartRun, Int_t uendRun,  AliCDBStorage* storage ){
264   //
265   // Update OCDB 
266   //
267   AliCDBMetaData *metaData= new AliCDBMetaData();
268   metaData->SetObjectClassName("TObjArray");
269   metaData->SetResponsible("Marian Ivanov");
270   metaData->SetBeamPeriod(1);
271   metaData->SetAliRootVersion("05-25-01"); //root version
272   metaData->SetComment("Calibration of the time dependence of the drift velocity");
273   AliCDBId* id1=NULL;
274   id1=new AliCDBId("TPC/Calib/TimeDrift", ustartRun, uendRun);
275   storage->Put(fVdriftArray, (*id1), metaData);
276 }
277
278 Bool_t AliTPCPreprocessorOffline::ValidateTimeGain()
279 {
280   //
281   // Validate time gain corrections 
282   //
283   Printf("ValidateTimeGain..." );
284   Float_t minGain = fMinGain;
285   Float_t maxGain = fMaxGain;
286
287   TGraphErrors *gr = (TGraphErrors*)fGainArray->FindObject("TGRAPHERRORS_MEAN_GAIN_BEAM_ALL");
288   if (!gr) {
289     gr = (TGraphErrors*)fGainArray->FindObject("TGRAPHERRORS_MEAN_GAIN_COSMIC_ALL");
290     if (!gr) 
291     { 
292       fCalibrationStatus |= kCalibFailedTimeGain;
293       return kFALSE;
294     }
295     Printf("Assuming given run is a cosmic run. Using gain calibration from Fermi-plateau muons.");
296   }
297   if(gr->GetN()<1) 
298   { 
299     fCalibrationStatus |= kCalibFailedTimeGain;
300     return kFALSE;
301   }
302
303   // check whether gain in the range
304   for(Int_t iPoint=0; iPoint<gr->GetN(); iPoint++) 
305   {
306     if(gr->GetY()[iPoint] < minGain || gr->GetY()[iPoint] > maxGain)  
307     { 
308       fCalibrationStatus |= kCalibFailedTimeGain;
309       return kFALSE;
310     }
311   }
312
313 return kTRUE;
314 }
315
316
317 Bool_t AliTPCPreprocessorOffline::ValidateTimeDrift()
318 {
319   //
320   // Validate time drift velocity corrections 
321   //
322   Printf("ValidateTimeDrift..." );
323
324   Float_t maxVDriftCorr = fMaxVdriftCorr;
325
326   TGraphErrors* gr = (TGraphErrors*)fVdriftArray->FindObject("ALIGN_ITSB_TPC_DRIFTVD");
327   Printf("ALIGN_ITSB_TPC_DRIFTVD graph = %p",gr);
328   if (!gr)
329   {
330     gr = (TGraphErrors*)fVdriftArray->FindObject("ALIGN_TOFB_TPC_DRIFTVD");
331     Printf("ALIGN_TOFB_TPC_DRIFTVD graph = %p",gr);
332   }
333
334   if(!gr) 
335   {
336     fCalibrationStatus|=kCalibFailedTimeDrift;
337     return kFALSE;
338   }
339   
340   // for now we validate even with low statistics
341   ////check if we have enough statistics
342   //if (fNtracksVdrift<fMinTracksVdrift) 
343   //{
344   //  fCalibrationStatus|=kCalibFailedTimeDrift;
345   //  return kFALSE;
346   //}
347
348   if(gr->GetN()<1)  { 
349     Printf("ALIGN_ITSB_TPC_DRIFTVD number of points = %d",gr->GetN());
350     {
351       fCalibrationStatus|=kCalibFailedTimeDrift;
352       return kFALSE;
353     }
354   }
355
356   // check whether drift velocity corrections in the range
357   for(Int_t iPoint = 0; iPoint<gr->GetN(); iPoint++) 
358   {
359     //Printf("Y value from the graph: %f",TMath::Abs(gr->GetY()[iPoint]));
360     if(TMath::Abs(gr->GetY()[iPoint]) > maxVDriftCorr)  
361     {
362       fCalibrationStatus|=kCalibFailedTimeDrift;
363       return kFALSE;
364     }
365   }
366
367 return kTRUE;
368 }
369
370 void AliTPCPreprocessorOffline::UpdateDriftParam(AliTPCParam *param, TObjArray *const arr, Int_t lstartRun){
371   //
372   //  update the OCDB entry for the nominal time0
373   //
374   //
375   //  AliTPCParam * param = AliTPCcalibDB::Instance()->GetParameters();
376   AliTPCParam *paramNew = (AliTPCParam *)param->Clone();
377   TGraphErrors *grT =  (TGraphErrors *)arr->FindObject("ALIGN_ITSM_TPC_T0");
378   Double_t deltaTcm = TMath::Median(grT->GetN(),grT->GetY());
379   Double_t deltaT   = deltaTcm/param->GetDriftV();
380   paramNew->SetL1Delay(param->GetL1Delay()-deltaT);
381   paramNew->Update();
382
383   AliCDBMetaData *metaData= new AliCDBMetaData();
384   metaData->SetObjectClassName("TObjArray");
385   metaData->SetResponsible("Marian Ivanov");
386   metaData->SetBeamPeriod(1);
387   metaData->SetAliRootVersion("05-25-02"); //root version
388   metaData->SetComment("Updated calibration of nominal time 0");
389   AliCDBId* id1=NULL;
390   id1=new AliCDBId("TPC/Calib/Parameters", lstartRun, AliCDBRunRange::Infinity());
391   fOCDBstorage->Put(param, (*id1), metaData);
392
393 }
394
395
396 void AliTPCPreprocessorOffline::PrintArray(TObjArray *array){
397   //
398   // Print the names of the entries in array
399   //
400   Int_t entries = array->GetEntries();
401   for (Int_t i=0; i<entries; i++){
402     if (!array->At(i)) continue;
403     printf("%d\t %s\n", i,  array->At(i)->GetName());
404   }
405 }
406
407
408
409 TGraphErrors* AliTPCPreprocessorOffline::FilterGraphDrift(TGraphErrors * graph, Float_t errSigmaCut, Float_t medianCutAbs){
410   // 2 filters:
411   //    1. filter graph - error cut errSigmaCut
412   //    2. filter graph - medianCutAbs around median
413   //
414   // errSigmaCut   - cut on error
415   // medianCutAbs  - cut on value around median
416   Double_t dummy=0;               //   
417   //
418   // 1. filter graph - error cut errSigmaCut
419   //              
420   TGraphErrors *graphF; 
421   graphF = AliTPCcalibDButil::FilterGraphMedianErr(graph,errSigmaCut,dummy);
422   delete graph;
423   if (!graphF) return 0;
424   graph = AliTPCcalibDButil::FilterGraphMedianErr(graphF,errSigmaCut,dummy);
425   delete graphF;
426   if (!graph) return 0;
427   //
428   // filter graph - kMedianCutAbs around median
429   // 
430   graphF=FilterGraphMedianAbs(graph, medianCutAbs,dummy);
431   delete graph;
432   if (!graphF) return 0;
433   graph=FilterGraphMedianAbs(graphF, medianCutAbs,dummy);
434   delete graphF;
435   if (!graph) return 0;
436   return graph;
437 }
438
439
440
441 TGraphErrors* AliTPCPreprocessorOffline::FilterGraphMedianAbs(TGraphErrors * graph, Float_t cut,Double_t &medianY){
442   //
443   // filter outlyer measurement
444   // Only points around median +- cut filtered 
445   //
446   if (!graph) return  0;
447   Int_t kMinPoints=2;
448   Int_t npoints0 = graph->GetN();
449   Int_t npoints=0;
450   Float_t  rmsY=0;
451   Double_t *outx=new Double_t[npoints0];
452   Double_t *outy=new Double_t[npoints0];
453   Double_t *errx=new Double_t[npoints0];
454   Double_t *erry=new Double_t[npoints0];
455   //
456   //
457   if (npoints0<kMinPoints) {
458     delete []outx;
459     delete []outy;
460     delete []errx;
461     delete []erry;
462     return 0;
463   }
464   for (Int_t iter=0; iter<3; iter++){
465     npoints=0;
466     for (Int_t ipoint=0; ipoint<npoints0; ipoint++){
467       if (graph->GetY()[ipoint]==0) continue;
468       if (iter>0 &&TMath::Abs(graph->GetY()[ipoint]-medianY)>cut) continue;  
469       outx[npoints]  = graph->GetX()[ipoint];
470       outy[npoints]  = graph->GetY()[ipoint];
471       errx[npoints]  = graph->GetErrorX(ipoint);
472       erry[npoints]  = graph->GetErrorY(ipoint);
473       npoints++;
474     }
475     if (npoints<=1) break;
476     medianY  =TMath::Median(npoints,outy);
477     rmsY   =TMath::RMS(npoints,outy);
478   }
479   TGraphErrors *graphOut=0;
480   if (npoints>1) graphOut= new TGraphErrors(npoints,outx,outy,errx,erry); 
481   delete []outx;
482   delete []outy;
483   delete []errx;
484   delete []erry;
485   return graphOut;
486 }
487
488
489 void AliTPCPreprocessorOffline::AddHistoGraphs(  TObjArray * vdriftArray, AliTPCcalibTime * const timeDrift, Int_t minEntries){
490   //
491   // Add graphs corresponding to the alignment
492   //
493   const Double_t kErrSigmaCut=5;      // error sigma cut - for filtering
494   const Double_t kMedianCutAbs=0.03;  // error sigma cut - for filtering
495   //
496   TObjArray * array=timeDrift->GetHistoDrift();
497   if (array){
498     THnSparse* hist=NULL;
499     // 2.a) cosmics with different triggers
500     for (Int_t i=0; i<array->GetEntriesFast();i++){
501       hist=(THnSparseF*)array->UncheckedAt(i);
502       if(!hist) continue;
503       if (hist->GetEntries()<minEntries) continue;
504       //hist->Print();
505       TString name=hist->GetName();
506       Int_t dim[4]={0,1,2,3};
507       THnSparse* newHist=hist->Projection(4,dim);
508       newHist->SetName(name);
509       TGraphErrors* graph=AliTPCcalibBase::FitSlices(newHist,2,0,400,100,0.05,0.95, kTRUE);
510       if (!graph) {
511         printf("Graph =%s filtered out\n", name.Data());
512         continue;
513       }
514       printf("name=%s graph=%i, N=%i\n", name.Data(), graph==0, graph->GetN());
515       Int_t pos=name.Index("_");
516       name=name(pos,name.Capacity()-pos);
517       TString graphName=graph->ClassName();
518       graphName+=name;
519       graphName.ToUpper();
520       //
521       graph = FilterGraphDrift(graph, kErrSigmaCut, kMedianCutAbs);
522       //
523       if (graph){
524         graph->SetMarkerStyle(i%8+20);
525         graph->SetMarkerColor(i%7);
526         graph->GetXaxis()->SetTitle("Time");
527         graph->GetYaxis()->SetTitle("v_{dcor}");
528         graph->SetName(graphName);
529         graph->SetTitle(graphName);
530         printf("Graph %d\t=\t%s\n", i, graphName.Data());
531         vdriftArray->Add(graph);
532       }
533     }
534   }
535 }
536
537
538
539
540 void AliTPCPreprocessorOffline::AddAlignmentGraphs(  TObjArray * vdriftArray, AliTPCcalibTime *const timeDrift){
541   //
542   // Add graphs corresponding to alignment to the object array
543   //
544   TObjArray *arrayITS=0;
545   TObjArray *arrayTOF=0;
546   TObjArray *arrayTRD=0;
547   TMatrixD *mstatITS=0;
548   TMatrixD *mstatTOF=0;
549   TMatrixD *mstatTRD=0;
550   //
551   arrayITS=timeDrift->GetAlignITSTPC();
552   arrayTRD=timeDrift->GetAlignTRDTPC();
553   arrayTOF=timeDrift->GetAlignTOFTPC();
554
555   if (arrayITS->GetEntries()>0) mstatITS= AliTPCcalibDButil::MakeStatRelKalman(arrayITS,0.7,50,fMaxVdriftCorr);
556   if (arrayTOF->GetEntries()>0) mstatTOF= AliTPCcalibDButil::MakeStatRelKalman(arrayTOF,0.7,1000,fMaxVdriftCorr);
557   if (arrayTRD->GetEntries()>0) mstatTRD= AliTPCcalibDButil::MakeStatRelKalman(arrayTRD,0.7,50,fMaxVdriftCorr);
558   //
559   TObjArray * arrayITSP= AliTPCcalibDButil::SmoothRelKalman(arrayITS,*mstatITS, 0, 5.);
560   TObjArray * arrayITSM= AliTPCcalibDButil::SmoothRelKalman(arrayITS,*mstatITS, 1, 5.);
561   TObjArray * arrayITSB= AliTPCcalibDButil::SmoothRelKalman(arrayITSP,arrayITSM);
562   TObjArray * arrayTOFP= AliTPCcalibDButil::SmoothRelKalman(arrayTOF,*mstatTOF, 0, 5.);
563   TObjArray * arrayTOFM= AliTPCcalibDButil::SmoothRelKalman(arrayTOF,*mstatTOF, 1, 5.);
564   TObjArray * arrayTOFB= AliTPCcalibDButil::SmoothRelKalman(arrayTOFP,arrayTOFM);
565
566   TObjArray * arrayTRDP= 0x0;
567   TObjArray * arrayTRDM= 0x0;
568   TObjArray * arrayTRDB= 0x0;
569   arrayTRDP= AliTPCcalibDButil::SmoothRelKalman(arrayTRD,*mstatTRD, 0, 5.);
570   arrayTRDM= AliTPCcalibDButil::SmoothRelKalman(arrayTRD,*mstatTRD, 1, 5.);
571   arrayTRDB= AliTPCcalibDButil::SmoothRelKalman(arrayTRDP,arrayTRDM);
572   //
573   //
574   Int_t entries=TMath::Max(arrayITS->GetEntriesFast(),arrayTOF->GetEntriesFast());
575   TObjArray *arrays[12]={arrayITS, arrayITSP, arrayITSM, arrayITSB,
576                          arrayTRD, arrayTRDP, arrayTRDM, arrayTRDB,
577                          arrayTOF, arrayTOFP, arrayTOFM, arrayTOFB};
578   TString   grnames[12]={"ALIGN_ITS", "ALIGN_ITSP", "ALIGN_ITSM", "ALIGN_ITSB",
579                          "ALIGN_TRD", "ALIGN_TRDP", "ALIGN_TRDM","ALIGN_TRDB",
580                          "ALIGN_TOF", "ALIGN_TOFP", "ALIGN_TOFM","ALIGN_TOFB"};
581   TString   grpar[9]={"DELTAPSI", "DELTATHETA", "DELTAPHI",
582                       "DELTAX", "DELTAY", "DELTAZ",
583                       "DRIFTVD", "T0", "VDGY"};
584
585   
586   TVectorD vX(entries);
587   TVectorD vY(entries);
588   TVectorD vEx(entries);
589   TVectorD vEy(entries);
590   TObjArray *arr=0;
591   for (Int_t iarray=0; iarray<12; iarray++){
592     arr = arrays[iarray];
593     if (arr==0) continue;
594     for (Int_t ipar=0; ipar<9; ipar++){      
595       Int_t counter=0;
596       for (Int_t itime=0; itime<arr->GetEntriesFast(); itime++){
597         AliRelAlignerKalman * kalman = (AliRelAlignerKalman *) arr->UncheckedAt(itime);
598         if (!kalman) continue;
599         vX[counter]=kalman->GetTimeStamp();
600         vY[counter]=(*(kalman->GetState()))[ipar];
601         if (ipar==6) vY[counter]=1./(*(kalman->GetState()))[ipar]-1;
602         vEx[counter]=0;
603         vEy[counter]=TMath::Sqrt((*(kalman->GetStateCov()))(ipar,ipar));
604         counter++;
605       }
606     
607       TGraphErrors * graph=new TGraphErrors(counter, vX.GetMatrixArray(),
608                                           vY.GetMatrixArray(),
609                                           vEx.GetMatrixArray(),
610                                           vEy.GetMatrixArray());
611       TString grName=grnames[iarray];
612       grName+="_TPC_";
613       grName+=grpar[ipar];
614       graph->SetName(grName.Data());
615       vdriftArray->AddLast(graph);
616     }
617   }  
618 }
619
620
621
622
623 void AliTPCPreprocessorOffline::AddLaserGraphs(  TObjArray * vdriftArray, AliTPCcalibTime *timeDrift){
624   //
625   // add graphs for laser
626   //
627   const Double_t delayL0L1 = 0.071;  //this is hack for 1/2 weeks
628   //THnSparse *hisN=0;
629   TGraphErrors *grLaser[6]={0,0,0,0,0,0};
630   //hisN = timeDrift->GetHistVdriftLaserA(0);
631   if (timeDrift->GetHistVdriftLaserA(0)){
632     grLaser[0]=MakeGraphFilter0(timeDrift->GetHistVdriftLaserA(0),0,2,5,delayL0L1);
633     grLaser[0]->SetName("GRAPH_MEAN_DELAY_LASER_ALL_A");
634     vdriftArray->AddLast(grLaser[0]);
635   }    
636   if (timeDrift->GetHistVdriftLaserA(1)){
637     grLaser[1]=MakeGraphFilter0(timeDrift->GetHistVdriftLaserA(1),0,2,5);
638     grLaser[1]->SetName("GRAPH_MEAN_DRIFT_LASER_ALL_A");
639     vdriftArray->AddLast(grLaser[1]);
640   }    
641   if (timeDrift->GetHistVdriftLaserA(2)){
642     grLaser[2]=MakeGraphFilter0(timeDrift->GetHistVdriftLaserA(2),0,2,5);
643     grLaser[2]->SetName("GRAPH_MEAN_GLOBALYGRADIENT_LASER_ALL_A");
644     vdriftArray->AddLast(grLaser[2]);
645   }    
646   if (timeDrift->GetHistVdriftLaserC(0)){
647     grLaser[3]=MakeGraphFilter0(timeDrift->GetHistVdriftLaserC(0),0,2,5,delayL0L1);
648     grLaser[3]->SetName("GRAPH_MEAN_DELAY_LASER_ALL_C");
649     vdriftArray->AddLast(grLaser[3]);
650   }    
651   if (timeDrift->GetHistVdriftLaserC(1)){
652     grLaser[4]=MakeGraphFilter0(timeDrift->GetHistVdriftLaserC(1),0,2,5);
653     grLaser[4]->SetName("GRAPH_MEAN_DRIFT_LASER_ALL_C");
654     vdriftArray->AddLast(grLaser[4]);
655   }    
656   if (timeDrift->GetHistVdriftLaserC(2)){
657     grLaser[5]=MakeGraphFilter0(timeDrift->GetHistVdriftLaserC(2),0,2,5);
658     grLaser[5]->SetName("GRAPH_MEAN_GLOBALYGRADIENT_LASER_ALL_C");    
659     vdriftArray->AddLast(grLaser[5]);
660   }    
661   for (Int_t i=0; i<6;i++){
662     if (grLaser[i]) {
663       SetDefaultGraphDrift(grLaser[i], 1,(i+20));
664       grLaser[i]->GetYaxis()->SetTitle("Laser Correction");
665     }
666   }
667 }
668  
669  
670 TGraphErrors * AliTPCPreprocessorOffline::MakeGraphFilter0(THnSparse *hisN, Int_t itime, Int_t ival, Int_t minEntries, Double_t offset){
671   //
672   // Make graph with mean values and rms
673   //
674   hisN->GetAxis(itime)->SetRange(0,100000000);
675   hisN->GetAxis(ival)->SetRange(0,100000000);
676   TH1 * hisT      = hisN->Projection(itime);
677   TH1 * hisV      = hisN->Projection(ival);
678   //
679   Int_t firstBinA = hisT->FindFirstBinAbove(2);
680   Int_t lastBinA  = hisT->FindLastBinAbove(2);    
681   Int_t firstBinV = hisV->FindFirstBinAbove(0);
682   Int_t lastBinV  = hisV->FindLastBinAbove(0);    
683   hisN->GetAxis(itime)->SetRange(firstBinA,lastBinA);
684   hisN->GetAxis(ival)->SetRange(firstBinV,lastBinV);
685   Int_t entries=0;
686   for (Int_t ibin=firstBinA; ibin<=lastBinA; ibin++){
687     Double_t cont = hisT->GetBinContent(ibin);
688     if (cont<minEntries) continue;
689     entries++;
690   }
691   TVectorD vecTime(entries);
692   TVectorD vecMean0(entries);
693   TVectorD vecRMS0(entries);
694   TVectorD vecMean1(entries);
695   TVectorD vecRMS1(entries);
696   entries=0;
697   for (Int_t ibin=firstBinA; ibin<=lastBinA; ibin++){
698       Double_t cont = hisT->GetBinContent(ibin);
699       if (cont<minEntries) continue;
700       //hisN->GetAxis(itime)->SetRange(ibin-1,ibin+1);
701       Int_t minBin = ibin-1;
702       Int_t maxBin = ibin+1;
703       if(minBin <= 0) minBin = 1;
704       if(maxBin >= hisN->GetAxis(itime)->GetNbins()) maxBin = hisN->GetAxis(itime)->GetNbins()-1;
705       hisN->GetAxis(itime)->SetRange(minBin,maxBin);
706       
707       Double_t time = hisT->GetBinCenter(ibin);
708       TH1 * his = hisN->Projection(ival);
709       Double_t nentries0= his->GetBinContent(his->FindBin(0));
710       if (cont-nentries0<minEntries) continue;
711       //
712       his->SetBinContent(his->FindBin(0),0);
713       vecTime[entries]=time;
714       vecMean0[entries]=his->GetMean()+offset;
715       vecMean1[entries]=his->GetMeanError();
716       vecRMS0[entries] =his->GetRMS();
717       vecRMS1[entries] =his->GetRMSError();
718       delete his;  
719       entries++;
720   }
721   delete hisT;
722   delete hisV;
723   TGraphErrors * graph =  new TGraphErrors(entries,vecTime.GetMatrixArray(), vecMean0.GetMatrixArray(),                                    0, vecMean1.GetMatrixArray());
724   return graph;
725 }
726
727
728
729
730
731
732
733
734 void AliTPCPreprocessorOffline::SetDefaultGraphDrift(TGraph *graph, Int_t color, Int_t style){
735   //
736   // Set default style for QA views
737   //
738   graph->GetXaxis()->SetTimeDisplay(kTRUE);
739   graph->GetXaxis()->SetTimeFormat("#splitline{%d/%m}{%H:%M}");
740   graph->SetMaximum( 0.025);
741   graph->SetMinimum(-0.025);
742   graph->GetXaxis()->SetTitle("Time");
743   graph->GetYaxis()->SetTitle("v_{dcorr}");
744   //
745   graph->GetYaxis()->SetLabelSize(0.03);
746   graph->GetXaxis()->SetLabelSize(0.03);
747   //
748   graph->GetXaxis()->SetNdivisions(10,5,0);
749   graph->GetYaxis()->SetNdivisions(10,5,0);
750   //
751   graph->GetXaxis()->SetLabelOffset(0.02);
752   graph->GetYaxis()->SetLabelOffset(0.005);
753   //
754   graph->GetXaxis()->SetTitleOffset(1.3);
755   graph->GetYaxis()->SetTitleOffset(1.2);
756   //
757   graph->SetMarkerColor(color);
758   graph->SetLineColor(color);
759   graph->SetMarkerStyle(style);
760 }
761
762 void AliTPCPreprocessorOffline::SetPadStyle(TPad *pad, Float_t mx0, Float_t mx1, Float_t my0, Float_t my1){
763   // 
764   // Set default pad style for QA
765   // 
766   pad->SetTicks(1,1);
767   pad->SetMargin(mx0,mx1,my0,my1);
768 }
769
770
771 void AliTPCPreprocessorOffline::MakeDefaultPlots(TObjArray * const arr, TObjArray * /*picArray*/){
772   //
773   // 0. make a default QA plots
774   // 1. Store them in the array
775   //
776   //
777   Float_t mx0=0.12, mx1=0.1, my0=0.15, my1=0.1;
778   //
779   TGraphErrors* laserA       =(TGraphErrors*)arr->FindObject("GRAPH_MEAN_DRIFT_LASER_ALL_A");
780   TGraphErrors* laserC       =(TGraphErrors*)arr->FindObject("GRAPH_MEAN_DRIFT_LASER_ALL_C");
781   TGraphErrors* cosmic       =(TGraphErrors*)arr->FindObject("TGRAPHERRORS_MEAN_VDRIFT_COSMICS_ALL");
782   TGraphErrors* cross        =(TGraphErrors*)arr->FindObject("TGRAPHERRORS_VDRIFT_CROSS_ALL");
783   TGraphErrors* itstpcP       =(TGraphErrors*)arr->FindObject("ALIGN_ITSP_TPC_DRIFTVD");
784   TGraphErrors* itstpcM       =(TGraphErrors*)arr->FindObject("ALIGN_ITSM_TPC_DRIFTVD");
785   TGraphErrors* itstpcB       =(TGraphErrors*)arr->FindObject("ALIGN_ITSB_TPC_DRIFTVD");
786   //
787   if (laserA)  SetDefaultGraphDrift(laserA,2,25);
788   if (laserC)  SetDefaultGraphDrift(laserC,4,26);
789   if (cosmic)  SetDefaultGraphDrift(cosmic,3,27);
790   if (cross)   SetDefaultGraphDrift(cross,4,28);
791   if (itstpcP) SetDefaultGraphDrift(itstpcP,2,29);
792   if (itstpcM) SetDefaultGraphDrift(itstpcM,4,30);
793   if (itstpcB) SetDefaultGraphDrift(itstpcB,1,31);
794   //
795   //
796   TPad *pad=0;
797   //
798   // Laser-Laser
799   //
800   if (laserA&&laserC){
801     pad = new TCanvas("TPCLaserVDrift","TPCLaserVDrift");
802     laserA->Draw("alp");
803     SetPadStyle(pad,mx0,mx1,my0,my1);
804     laserA->Draw("apl");
805     laserC->Draw("p");
806     TLegend *legend = new TLegend(mx0+0.01,1-my1-0.2, 0.5, 1-my1-0.01, "Drift velocity correction");
807     legend->AddEntry(laserA,"Laser A side");
808     legend->AddEntry(laserC,"Laser C side");
809     legend->Draw();    
810     //picArray->AddLast(pad);
811   }
812
813   if (itstpcP&&itstpcM&&itstpcB){
814     pad = new TCanvas("ITSTPC","ITSTPC");
815     itstpcP->Draw("alp");
816     SetPadStyle(pad,mx0,mx1,my0,my1);    
817     itstpcP->Draw("alp");
818     gPad->Clear();
819     itstpcM->Draw("apl");
820     itstpcP->Draw("p");
821     itstpcB->Draw("p");
822     TLegend *legend = new TLegend(mx0+0.01,1-my1-0.2, 0.5, 1-my1-0.01, "Drift velocity correction");
823     legend->AddEntry(itstpcP,"ITS-TPC smooth plus");
824     legend->AddEntry(itstpcM,"ITS-TPC smooth minus");
825     legend->AddEntry(itstpcB,"ITS-TPC smooth ");
826     legend->Draw();    
827     //picArray->AddLast(pad);
828   }
829
830   if (itstpcB&&laserA&&itstpcP&&itstpcM){
831     pad = new TCanvas("ITSTPC_LASER","ITSTPC_LASER");
832     SetPadStyle(pad,mx0,mx1,my0,my1);    
833     laserA->Draw("alp");
834     itstpcP->Draw("p");
835     itstpcM->Draw("p");
836     itstpcB->Draw("p");
837     TLegend *legend = new TLegend(mx0+0.01,1-my1-0.2, 0.5, 1-my1-0.01, "Drift velocity correction");
838     legend->AddEntry(laserA,"TPC laser");
839     legend->AddEntry(itstpcP,"ITS-TPC smooth plus");   
840     legend->AddEntry(itstpcM,"ITS-TPC smooth minus");   
841     legend->AddEntry(itstpcB,"ITS-TPC smooth ");
842     legend->Draw();
843     //picArray->AddLast(pad);
844   }
845
846   if (itstpcP&&cross){ 
847     pad = new TCanvas("ITSTPC_CROSS","ITSTPC_CROSS");
848     SetPadStyle(pad,mx0,mx1,my0,my1);    
849     itstpcP->Draw("alp");
850     pad->Clear();
851     cross->Draw("ap");
852     itstpcP->Draw("p");
853     //
854     TLegend *legend = new TLegend(mx0+0.01,1-my1-0.2, 0.5, 1-my1-0.01, "Drift velocity correction");
855
856     legend->AddEntry(cross,"TPC cross tracks");
857     legend->AddEntry(itstpcB,"ITS-TPC smooth");
858     legend->Draw();        
859     //picArray->AddLast(pad);
860   }
861   if (itstpcP&&cosmic){ 
862     pad = new TCanvas("ITSTPC_COSMIC","ITSTPC_COSMIC");
863     SetPadStyle(pad,mx0,mx1,my0,my1);    
864     itstpcP->Draw("alp");
865     pad->Clear();
866     cosmic->Draw("ap");
867     itstpcP->Draw("p");
868     //
869     TLegend *legend = new TLegend(mx0+0.01,1-my1-0.2, 0.5, 1-my1-0.01, "Drift velocity correction");
870
871     legend->AddEntry(cosmic,"TPC cross tracks0 up-down");
872     legend->AddEntry(itstpcB,"ITS-TPC smooth");
873     legend->Draw();        
874     //picArray->AddLast(pad);
875   }
876 }
877
878
879
880
881 void AliTPCPreprocessorOffline::CalibTimeGain(const Char_t* fileName, Int_t startRunNumber, Int_t endRunNumber,  AliCDBStorage* pocdbStorage){
882   //
883   // Update OCDB gain
884   //
885   if (pocdbStorage==0) {
886     TString localStorage = "local://"+gSystem->GetFromPipe("pwd")+"/OCDB";
887     pocdbStorage = AliCDBManager::Instance()->GetStorage(localStorage.Data());
888   }
889
890   //
891   // 1. Read gain values
892   //
893   ReadGainGlobal(fileName);
894
895   //
896   // 2. Extract calibration values
897   //
898   AnalyzeGain(startRunNumber,endRunNumber, 1000,1.43);
899   AnalyzeAttachment(startRunNumber,endRunNumber);
900   AnalyzePadRegionGain();
901   AnalyzeGainMultiplicity();
902   AnalyzeGainChamberByChamber();
903   //
904   // 3. Make control plots
905   //
906   MakeQAPlot(1.43);  
907
908   //
909   // 4. validate OCDB entries
910   //
911   if(fSwitchOnValidation==kTRUE && ValidateTimeGain()==kFALSE) { 
912     Printf("TPC time gain OCDB parameters out of range!");
913     return;
914   }
915
916   //
917   // 5. Update OCDB
918   //
919   UpdateOCDBGain( startRunNumber, endRunNumber, pocdbStorage);
920 }
921
922 void AliTPCPreprocessorOffline::ReadGainGlobal(const Char_t* fileName){
923   //
924   // read calibration entries from file
925   // 
926   TFile fcalib(fileName);
927   TObject* obj = dynamic_cast<TObject*>(fcalib.Get("TPCCalib"));
928   TObjArray * array = dynamic_cast<TObjArray*>(obj);
929   TDirectory * dir = dynamic_cast<TDirectory*>(obj);
930   if (dir) {
931     fGainMIP    = dynamic_cast<AliTPCcalibTimeGain *>(dir->Get("calibTimeGain"));
932     fGainCosmic = dynamic_cast<AliTPCcalibTimeGain *>(dir->Get("calibTimeGainCosmic"));
933     fGainMult   = dynamic_cast<AliTPCcalibGainMult *>(dir->Get("calibGainMult"));
934   }
935   else if (array){
936     fGainMIP    = ( AliTPCcalibTimeGain *)array->FindObject("calibTimeGain");
937     fGainCosmic = ( AliTPCcalibTimeGain *)array->FindObject("calibTimeGainCosmic");
938     fGainMult   = ( AliTPCcalibGainMult *)array->FindObject("calibGainMult");
939   }else{
940     fGainMIP    = ( AliTPCcalibTimeGain *)fcalib.Get("calibTimeGain");
941     fGainCosmic = ( AliTPCcalibTimeGain *)fcalib.Get("calibTimeGainCosmic");
942     fGainMult   = ( AliTPCcalibGainMult *)fcalib.Get("calibGainMult");
943   }
944   if (!fGainMult){
945     TFile calibMultFile("TPCMultObjects.root");
946     fGainMult   = ( AliTPCcalibGainMult *)calibMultFile.Get("calibGainMult");
947   }
948   TH1 * hisT=0;
949   Int_t firstBinA =0, lastBinA=0;
950
951   if (fGainCosmic){ 
952     hisT= fGainCosmic->GetHistGainTime()->Projection(1);
953     firstBinA = hisT->FindFirstBinAbove(2);
954     lastBinA  = hisT->FindLastBinAbove(2);    
955     fGainCosmic->GetHistGainTime()->GetAxis(1)->SetRange(firstBinA,lastBinA);
956     delete hisT;
957   }
958
959   if (fGainMIP){ 
960     hisT= fGainMIP->GetHistGainTime()->Projection(1);
961     firstBinA = hisT->FindFirstBinAbove(2);
962     lastBinA  = hisT->FindLastBinAbove(2);    
963     fGainMIP->GetHistGainTime()->GetAxis(1)->SetRange(firstBinA,lastBinA);
964     delete hisT;
965   }
966
967 }
968
969 Bool_t AliTPCPreprocessorOffline::AnalyzeGain(Int_t startRunNumber, Int_t endRunNumber, Int_t minEntriesGaussFit,  Float_t FPtoMIPratio){
970   //
971   // Analyze gain - produce the calibration graphs
972   //
973
974   // 1.) try to create MIP spline
975   if (fGainMIP) 
976   {
977     fGainMIP->GetHistGainTime()->GetAxis(5)->SetRangeUser(startRunNumber, endRunNumber);
978     fGainMIP->GetHistGainTime()->GetAxis(2)->SetRangeUser(1.51,2.49); // only beam data
979     fGainMIP->GetHistGainTime()->GetAxis(4)->SetRangeUser(0.39,0.51); // only MIP pions
980     //
981     fGraphMIP = AliTPCcalibBase::FitSlices(fGainMIP->GetHistGainTime(),0,1,minEntriesGaussFit,10,0.1,0.7);
982     if (fGraphMIP->GetN()==0) fGraphMIP = 0x0;
983     if (fGraphMIP) fFitMIP = AliTPCcalibTimeGain::MakeSplineFit(fGraphMIP);
984     if (fGraphMIP) fGraphMIP->SetName("TGRAPHERRORS_MEAN_GAIN_BEAM_ALL");// set proper names according to naming convention
985     fGainArray->AddAt(fFitMIP,0);
986   } 
987
988   // 2.) try to create Cosmic spline
989   if (fGainCosmic)
990   {
991     fGainCosmic->GetHistGainTime()->GetAxis(2)->SetRangeUser(0.51,1.49); // only cosmics
992     fGainCosmic->GetHistGainTime()->GetAxis(4)->SetRangeUser(20,100);    // only Fermi-Plateau muons
993     //
994     fGraphCosmic = AliTPCcalibBase::FitSlices(fGainCosmic->GetHistGainTime(),0,1,minEntriesGaussFit,10);
995     if (fGraphCosmic->GetN()==0) fGraphCosmic = 0x0;
996     //
997     if (fGraphCosmic) {
998       for(Int_t i=0; i < fGraphCosmic->GetN(); i++) {
999         fGraphCosmic->GetY()[i] /= FPtoMIPratio;
1000         fGraphCosmic->GetEY()[i] /= FPtoMIPratio;
1001       }
1002     }
1003     //
1004     if (fGraphCosmic) fFitCosmic = AliTPCcalibTimeGain::MakeSplineFit(fGraphCosmic);
1005     if (fGraphCosmic) fGraphCosmic->SetName("TGRAPHERRORS_MEAN_GAIN_COSMIC_ALL"); // set proper names according to naming convention
1006     fGainArray->AddAt(fFitCosmic,1);
1007   }
1008   // with naming convention and backward compatibility
1009   fGainArray->AddAt(fGraphMIP,2);
1010   fGainArray->AddAt(fGraphCosmic,3);
1011   cout << "fGraphCosmic: " << fGraphCosmic << " fGraphMIP " << fGraphMIP << endl;
1012   return kTRUE;
1013
1014 }
1015
1016 Bool_t AliTPCPreprocessorOffline::AnalyzeAttachment(Int_t startRunNumber, Int_t endRunNumber, Int_t minEntriesFit) {
1017   //
1018   // determine slope as a function of mean driftlength
1019   //
1020   if(!fGainMIP) return kFALSE;
1021
1022   fGainMIP->GetHistGainTime()->GetAxis(5)->SetRangeUser(startRunNumber, endRunNumber);
1023   //
1024   fGainMIP->GetHistGainTime()->GetAxis(2)->SetRangeUser(1.51,2.49); // only beam data
1025   fGainMIP->GetHistGainTime()->GetAxis(4)->SetRangeUser(0.39,0.51); // only MIP pions
1026   //
1027   fGainMIP->GetHistGainTime()->GetAxis(3)->SetRangeUser(125,250);// only full tracking region (driftlength)
1028   fGainMIP->GetHistGainTime()->GetAxis(0)->SetRangeUser(1.5,3.5);// only full tracking region (driftlength)
1029   //
1030   TH3D * hist = fGainMIP->GetHistGainTime()->Projection(1, 0, 3);
1031   //
1032   Double_t *xvec = new Double_t[hist->GetNbinsX()];
1033   Double_t *yvec = new Double_t[hist->GetNbinsX()];
1034   Double_t *xerr = new Double_t[hist->GetNbinsX()];
1035   Double_t *yerr = new Double_t[hist->GetNbinsX()];
1036   Int_t counter  = 0;
1037   //
1038   for(Int_t i=1; i < hist->GetNbinsX(); i++) {
1039     Int_t nsum=0;
1040     Int_t imin   =  i;
1041     Int_t imax   =  i;    
1042     for (Int_t idelta=0; idelta<5; idelta++){
1043       //
1044       imin   =  TMath::Max(i-idelta,1);
1045       imax   =  TMath::Min(i+idelta,hist->GetNbinsX());
1046       nsum = TMath::Nint(hist->Integral(imin,imax,1,hist->GetNbinsY()-1,1,hist->GetNbinsZ()-1));
1047       //if (nsum==0) break;
1048       if (nsum>minEntriesFit) break;
1049     }
1050     if (nsum<minEntriesFit) continue;
1051     //
1052     fGainMIP->GetHistGainTime()->GetAxis(1)->SetRangeUser(hist->GetXaxis()->GetBinCenter(imin-1),hist->GetXaxis()->GetBinCenter(imax+1)); // define time range
1053     TH2D * histZdep = fGainMIP->GetHistGainTime()->Projection(0,3);
1054     TObjArray arr;
1055     histZdep->FitSlicesY(0,0,-1,0,"QNR",&arr);
1056     TH1D * driftDep = (TH1D*)arr.At(1);
1057     delete histZdep;
1058     //TGraphErrors * driftDep = AliTPCcalibBase::FitSlices(fGainMIP->GetHistGainTime(),0,3,100,1,0.,1);
1059     /*if (driftDep->GetN() < 4) {
1060       delete driftDep;
1061       continue;
1062       }*/
1063     //
1064     //TObjArray arr;
1065     //
1066     TF1 pol1("polynom1","pol1",125,240);
1067     //driftDep->Fit(&pol1,"QNRROB=0.8");
1068     driftDep->Fit(&pol1,"QNR");
1069     xvec[counter] = 0.5*(hist->GetXaxis()->GetBinCenter(imin-1)+hist->GetXaxis()->GetBinCenter(imax+1));
1070     yvec[counter] = pol1.GetParameter(1)/pol1.GetParameter(0);
1071     xerr[counter] = hist->GetXaxis()->GetBinCenter(imax+1)-hist->GetXaxis()->GetBinCenter(imin-1);
1072     yerr[counter] = pol1.GetParError(1)/pol1.GetParameter(0);
1073     counter++;
1074     //
1075     //delete driftDep;
1076   }
1077   //
1078   fGraphAttachmentMIP = new TGraphErrors(counter, xvec, yvec, xerr, yerr);
1079   if (fGraphAttachmentMIP) fGraphAttachmentMIP->SetName("TGRAPHERRORS_MEAN_ATTACHMENT_BEAM_ALL");// set proper names according to naming convention
1080   fGainArray->AddLast(fGraphAttachmentMIP);
1081   //
1082   delete [] xvec;
1083   delete [] yvec;
1084   delete [] xerr;
1085   delete [] yerr;
1086   delete hist;
1087   //
1088   if (counter < 1) return kFALSE;
1089   return kTRUE;
1090
1091 }
1092
1093
1094 Bool_t AliTPCPreprocessorOffline::AnalyzePadRegionGain(){
1095   //
1096   // Analyze gain for different pad regions - produce the calibration graphs 0,1,2
1097   //
1098   if (fGainMult) 
1099   {
1100     TH2D * histQmax = (TH2D*) fGainMult->GetHistPadEqual()->Projection(0,2);
1101     TH2D * histQtot = (TH2D*) fGainMult->GetHistPadEqual()->Projection(1,2);
1102     //
1103     TObjArray arr;
1104     histQmax->FitSlicesY(0,0,-1,0,"QNR",&arr);
1105     Double_t xMax[3] = {0,1,2};
1106     Double_t yMax[3]    = {((TH1D*)arr.At(1))->GetBinContent(1),
1107                            ((TH1D*)arr.At(1))->GetBinContent(2),
1108                            ((TH1D*)arr.At(1))->GetBinContent(3)};
1109     Double_t yMaxErr[3] = {((TH1D*)arr.At(1))->GetBinError(1),
1110                            ((TH1D*)arr.At(1))->GetBinError(2),
1111                            ((TH1D*)arr.At(1))->GetBinError(3)};
1112     TGraphErrors * fitPadRegionQmax = new TGraphErrors(3, xMax, yMax, 0, yMaxErr);
1113     //
1114     histQtot->FitSlicesY(0,0,-1,0,"QNR",&arr);
1115     Double_t xTot[3] = {0,1,2};
1116     Double_t yTot[3]    = {((TH1D*)arr.At(1))->GetBinContent(1),
1117                            ((TH1D*)arr.At(1))->GetBinContent(2),
1118                            ((TH1D*)arr.At(1))->GetBinContent(3)};
1119     Double_t yTotErr[3] = {((TH1D*)arr.At(1))->GetBinError(1),
1120                            ((TH1D*)arr.At(1))->GetBinError(2),
1121                            ((TH1D*)arr.At(1))->GetBinError(3)};
1122     TGraphErrors * fitPadRegionQtot = new TGraphErrors(3, xTot, yTot, 0, yTotErr);
1123     //
1124     fitPadRegionQtot->SetName("TGRAPHERRORS_MEANQTOT_PADREGIONGAIN_BEAM_ALL");// set proper names according to naming convention
1125     fitPadRegionQmax->SetName("TGRAPHERRORS_MEANQMAX_PADREGIONGAIN_BEAM_ALL");// set proper names according to naming convention
1126     //
1127     fGainArray->AddLast(fitPadRegionQtot);
1128     fGainArray->AddLast(fitPadRegionQmax);
1129     return kTRUE;
1130   } 
1131   return kFALSE;
1132
1133 }
1134
1135
1136 Bool_t AliTPCPreprocessorOffline::AnalyzeGainMultiplicity() {
1137   //
1138   // Analyze gain as a function of multiplicity and produce calibration graphs
1139   //
1140   if (!fGainMult) return kFALSE;
1141   fGainMult->GetHistGainMult()->GetAxis(3)->SetRangeUser(3,3);
1142   TH2D * histMultMax = fGainMult->GetHistGainMult()->Projection(0,4);
1143   TH2D * histMultTot = fGainMult->GetHistGainMult()->Projection(1,4);
1144   histMultMax->RebinX(4);
1145   histMultTot->RebinX(4);
1146   //
1147   TObjArray arrMax;
1148   TObjArray arrTot;
1149   histMultMax->FitSlicesY(0,0,-1,0,"QNR",&arrMax);
1150   histMultTot->FitSlicesY(0,0,-1,0,"QNR",&arrTot);
1151   //
1152   TH1D * meanMax = (TH1D*)arrMax.At(1);
1153   TH1D * meanTot = (TH1D*)arrTot.At(1);
1154   Float_t meanMult = histMultMax->GetMean();
1155   if(meanMax->GetBinContent(meanMax->FindBin(meanMult))) {
1156     meanMax->Scale(1./meanMax->GetBinContent(meanMax->FindBin(meanMult)));
1157   }
1158   else {
1159    return kFALSE;
1160   }
1161   if(meanTot->GetBinContent(meanTot->FindBin(meanMult))) {
1162     meanTot->Scale(1./meanTot->GetBinContent(meanTot->FindBin(meanMult)));
1163   }
1164   else {
1165    return kFALSE;
1166   }
1167   Float_t xMultMax[50];
1168   Float_t yMultMax[50];
1169   Float_t yMultErrMax[50];
1170   Float_t xMultTot[50];
1171   Float_t yMultTot[50];
1172   Float_t yMultErrTot[50];
1173   //
1174   Int_t nCountMax = 0;
1175   for(Int_t iBin = 1; iBin < meanMax->GetXaxis()->GetNbins(); iBin++) {
1176     Float_t yValMax = meanMax->GetBinContent(iBin);
1177     if (yValMax < 0.7) continue;
1178     if (yValMax > 1.3) continue;
1179     if (meanMax->GetBinError(iBin)/yValMax > 0.01) continue;
1180     xMultMax[nCountMax] = meanMax->GetXaxis()->GetBinCenter(iBin);
1181     yMultMax[nCountMax] = yValMax;
1182     yMultErrMax[nCountMax] = meanMax->GetBinError(iBin);
1183     nCountMax++;
1184   }
1185   //
1186   if (nCountMax < 10) return kFALSE;
1187   TGraphErrors * fitMultMax = new TGraphErrors(nCountMax, xMultMax, yMultMax, 0, yMultErrMax);
1188   fitMultMax->SetName("TGRAPHERRORS_MEANQMAX_MULTIPLICITYDEPENDENCE_BEAM_ALL");
1189   //
1190   Int_t nCountTot = 0;
1191   for(Int_t iBin = 1; iBin < meanTot->GetXaxis()->GetNbins(); iBin++) {
1192     Float_t yValTot = meanTot->GetBinContent(iBin);
1193     if (yValTot < 0.7) continue;
1194     if (yValTot > 1.3) continue;
1195     if (meanTot->GetBinError(iBin)/yValTot > 0.1) continue;
1196     xMultTot[nCountTot] = meanTot->GetXaxis()->GetBinCenter(iBin);
1197     yMultTot[nCountTot] = yValTot;
1198     yMultErrTot[nCountTot] = meanTot->GetBinError(iBin);
1199     nCountTot++;
1200   }
1201   //
1202   if (nCountTot < 10) return kFALSE;
1203   TGraphErrors *  fitMultTot = new TGraphErrors(nCountTot, xMultTot, yMultTot, 0, yMultErrTot);
1204   fitMultTot->SetName("TGRAPHERRORS_MEANQTOT_MULTIPLICITYDEPENDENCE_BEAM_ALL");
1205   //
1206   fGainArray->AddLast(fitMultMax);
1207   fGainArray->AddLast(fitMultTot);
1208   //
1209   return kTRUE;
1210
1211 }
1212
1213 Bool_t AliTPCPreprocessorOffline::AnalyzeGainChamberByChamber(){
1214   //
1215   // get chamber by chamber gain
1216   //
1217   if (!fGainMult) return kFALSE;
1218   TGraphErrors *grShort  = fGainMult->GetGainPerChamber(0);
1219   TGraphErrors *grMedium = fGainMult->GetGainPerChamber(1);
1220   TGraphErrors *grLong   = fGainMult->GetGainPerChamber(2);
1221   if (grShort==0x0 || grMedium==0x0 || grLong==0x0) {
1222     delete grShort;
1223     delete grMedium;
1224     delete grLong;
1225     return kFALSE;
1226   }
1227
1228   fGainArray->AddLast(grShort);
1229   fGainArray->AddLast(grMedium);
1230   fGainArray->AddLast(grLong);
1231
1232   return kTRUE;
1233 }
1234
1235 void AliTPCPreprocessorOffline::UpdateOCDBGain(Int_t startRunNumber, Int_t endRunNumber, AliCDBStorage *storage){
1236   //
1237   // Update OCDB entry
1238   //
1239   AliCDBMetaData *metaData= new AliCDBMetaData();
1240   metaData->SetObjectClassName("TObjArray");
1241   metaData->SetResponsible("Alexander Kalweit");
1242   metaData->SetBeamPeriod(1);
1243   metaData->SetAliRootVersion("05-24-00"); //root version
1244   metaData->SetComment("Calibration of the time dependence of the gain due to pressure and temperature changes.");
1245   AliCDBId id1("TPC/Calib/TimeGain", startRunNumber, endRunNumber);
1246   storage->Put(fGainArray, id1, metaData);    
1247 }
1248
1249 void AliTPCPreprocessorOffline::MakeQAPlot(Float_t  FPtoMIPratio) {
1250   //
1251   // Make QA plot to visualize results
1252   //
1253   //
1254   //
1255   if (fGraphCosmic) {
1256     TCanvas * canvasCosmic = new TCanvas("gain Cosmic", "time dependent gain QA histogram cosmic");
1257     canvasCosmic->cd();
1258     TH2D * gainHistoCosmic = fGainCosmic->GetHistGainTime()->Projection(0,1);
1259     gainHistoCosmic->SetDirectory(0);
1260     gainHistoCosmic->SetName("GainHistoCosmic");
1261     gainHistoCosmic->GetXaxis()->SetTimeDisplay(kTRUE);
1262     gainHistoCosmic->GetXaxis()->SetTimeFormat("#splitline{%d/%m}{%H:%M}");
1263     gainHistoCosmic->Draw("colz");
1264     fGraphCosmic->SetMarkerStyle(25);
1265     fGraphCosmic->Draw("lp");
1266     fGraphCosmic->SetMarkerStyle(25);
1267     TGraph * grfFitCosmic = fFitCosmic->MakeGraph(fGraphCosmic->GetX()[0],fGraphCosmic->GetX()[fGraphCosmic->GetN()-1],50000,0);
1268     if (grfFitCosmic) {
1269       for(Int_t i=0; i < grfFitCosmic->GetN(); i++) {
1270         grfFitCosmic->GetY()[i] *= FPtoMIPratio;        
1271       }
1272       for(Int_t i=0; i < fGraphCosmic->GetN(); i++) {
1273         fGraphCosmic->GetY()[i] *= FPtoMIPratio;        
1274       }
1275     }
1276     fGraphCosmic->Draw("lp"); 
1277     if (grfFitCosmic) {
1278       grfFitCosmic->SetLineColor(2);
1279       grfFitCosmic->Draw("lu");
1280     }
1281     fGainArray->AddLast(gainHistoCosmic);
1282     //fGainArray->AddLast(canvasCosmic->Clone());
1283     delete canvasCosmic;    
1284   }
1285   if (fFitMIP) {
1286     TCanvas * canvasMIP = new TCanvas("gain MIP", "time dependent gain QA histogram MIP");
1287     canvasMIP->cd();
1288     TH2D * gainHistoMIP    = fGainMIP->GetHistGainTime()->Projection(0,1);
1289     gainHistoMIP->SetName("GainHistoCosmic");
1290     gainHistoMIP->SetDirectory(0);
1291     gainHistoMIP->GetXaxis()->SetTimeDisplay(kTRUE);
1292     gainHistoMIP->GetXaxis()->SetTimeFormat("#splitline{%d/%m}{%H:%M}");
1293     gainHistoMIP->Draw("colz");
1294     fGraphMIP->SetMarkerStyle(25);
1295     fGraphMIP->Draw("lp");
1296     TGraph * grfFitMIP = fFitMIP->MakeGraph(fGraphMIP->GetX()[0],fGraphMIP->GetX()[fGraphMIP->GetN()-1],50000,0);
1297     grfFitMIP->SetLineColor(2);
1298     grfFitMIP->Draw("lu");    
1299     fGainArray->AddLast(gainHistoMIP);
1300     //fGainArray->AddLast(canvasMIP->Clone());
1301     delete canvasMIP;    
1302   }  
1303 }
1304
1305 void AliTPCPreprocessorOffline::MakeFitTime(){
1306   //
1307   // make aligment fit - store results in the file
1308   //
1309   const Int_t kMinEntries=1000;
1310   MakeChainTime();
1311   MakePrimitivesTime();
1312   if (!fAlignTree) return;
1313   if (fAlignTree->GetEntries()<kMinEntries) return;
1314   fAlignTree->SetAlias("ptype","type");
1315   fAlignTree->SetAlias("hasITS","(1+0)");
1316   fAlignTree->SetAlias("dITS","1-2*(refX<40)");
1317   fAlignTree->SetAlias("isITS","refX>10");
1318   fAlignTree->SetAlias("isVertex","refX<10");
1319   // 
1320   Int_t  npointsMax=30000000;
1321   TStatToolkit toolkit;
1322   Double_t chi2=0;
1323   Int_t    npoints=0;
1324   TVectorD param;
1325   TMatrixD covar;
1326
1327   TString fstringFast="";
1328   fstringFast+="FExBTwistX++";
1329   fstringFast+="FExBTwistY++";
1330   fstringFast+="FAlignRot0D++";
1331   fstringFast+="FAlignTrans0D++";
1332   fstringFast+="FAlignTrans1D++";
1333   //
1334   fstringFast+="hasITS*FAlignTrans0++";
1335   fstringFast+="hasITS*FAlignTrans1++";
1336   fstringFast+="hasITS*FAlignRot0++";
1337   fstringFast+="hasITS*FAlignRot1++";
1338   fstringFast+="hasITS*FAlignRot2++";
1339   //
1340   fstringFast+="dITS*FAlignTrans0++";
1341   fstringFast+="dITS*FAlignTrans1++";
1342   fstringFast+="dITS*FAlignRot0++";
1343   fstringFast+="dITS*FAlignRot1++";
1344   fstringFast+="dITS*FAlignRot2++";
1345   
1346   TCut cutFit="entries>10&&abs(mean)>0.00001&&rms>0";
1347   fAlignTree->SetAlias("err","rms");
1348
1349   TString *strDeltaITS = TStatToolkit::FitPlaneConstrain(fAlignTree,"mean:err", fstringFast.Data(),cutFit, chi2,npoints,param,covar,-1,0, npointsMax, 1);
1350   strDeltaITS->Tokenize("++")->Print();
1351   fAlignTree->SetAlias("fitYFast",strDeltaITS->Data());
1352   // 
1353   TVectorD paramC= param;
1354   TMatrixD covarC= covar;
1355   TStatToolkit::Constrain1D(fstringFast,"Trans0D",paramC,covarC,0, 0.1);
1356   TStatToolkit::Constrain1D(fstringFast,"Trans1D",paramC,covarC,0, 0.1);
1357   TStatToolkit::Constrain1D(fstringFast,"TwistX",paramC,covarC,0, 0.1);
1358   TStatToolkit::Constrain1D(fstringFast,"TwistY",paramC,covarC,0, 0.1);
1359   TString strFitConst=TStatToolkit::MakeFitString(fstringFast, paramC,covar);
1360   fAlignTree->SetAlias("fitYFastC",strFitConst.Data());
1361   CreateAlignTime(fstringFast,paramC);
1362
1363
1364 }
1365
1366
1367 void AliTPCPreprocessorOffline::MakeChainTime(){
1368   //
1369   //
1370   //
1371   TFile f("CalibObjects.root");
1372   
1373   //  const char *cdtype[7]={"ITS","TRD","Vertex","TOF","TPC","TPC0","TPC1"};
1374   //const char *cptype[5]={"dy","dz","dsnp","dtheta","d1pt"}; 
1375   const char * hname[5]={"dy","dz","dsnp","dtheta","d1pt"};
1376   Int_t run=0;
1377   AliTPCcalibTime  *calibTime = 0;
1378   TObject* obj = dynamic_cast<TObject*>(f.Get("TPCCalib"));
1379   TObjArray * array = dynamic_cast<TObjArray*>(obj);
1380   TDirectory * dir = dynamic_cast<TDirectory*>(obj);
1381   if (dir) {
1382     calibTime = dynamic_cast<AliTPCcalibTime*>(dir->Get("calibTime"));
1383   }
1384   else if (array){
1385     calibTime = (AliTPCcalibTime *)array->FindObject("calibTime");
1386   } else {
1387     calibTime = (AliTPCcalibTime*)f.Get("calibTime");
1388   }
1389   if (!calibTime) return;
1390   AliTPCCorrectionFit::CreateAlignMaps(AliTracker::GetBz(), run);
1391   TTreeSRedirector *pcstream = new TTreeSRedirector("meanITSVertex.root");
1392   //
1393   Int_t ihis=0;
1394   THnSparse *his = calibTime->GetResHistoTPCITS(ihis);
1395   if (his){
1396     his->GetAxis(1)->SetRangeUser(-1.1,1.1);
1397     his->GetAxis(2)->SetRange(0,1000000);
1398     his->GetAxis(3)->SetRangeUser(-0.35,0.35);
1399     AliTPCCorrection::MakeDistortionMap(his,pcstream, Form("ITS%s",hname[ihis]),run,85.,ihis,3);
1400   }
1401   ihis=1;
1402   his = calibTime->GetResHistoTPCITS(ihis);
1403   if (his){
1404     his->GetAxis(1)->SetRangeUser(-1.1,1.1);
1405     his->GetAxis(2)->SetRange(0,1000000);
1406     his->GetAxis(3)->SetRangeUser(-0.35,0.35);
1407     AliTPCCorrection::MakeDistortionMap(his,pcstream, Form("ITS%s",hname[ihis]),run,85.,ihis,3);
1408   }
1409   ihis=2;
1410   his = calibTime->GetResHistoTPCITS(ihis);
1411   if (his){
1412     his->GetAxis(1)->SetRangeUser(-1.1,1.1);
1413     his->GetAxis(2)->SetRange(0,1000000);
1414     his->GetAxis(3)->SetRangeUser(-0.35,0.35);
1415     AliTPCCorrection::MakeDistortionMap(his,pcstream, Form("ITS%s",hname[ihis]),run,85.,ihis,3);
1416   }
1417   ihis=0;
1418   his = calibTime->GetResHistoTPCvertex(ihis);
1419   if (his){
1420     his->GetAxis(1)->SetRangeUser(-1.1,1.1);
1421     his->GetAxis(2)->SetRange(0,1000000);
1422     his->GetAxis(3)->SetRangeUser(-0.35,0.35);
1423     AliTPCCorrection::MakeDistortionMap(his,pcstream, Form("Vertex%s",hname[ihis]),run,0.,ihis,3);
1424   }
1425   ihis=2;
1426   his = calibTime->GetResHistoTPCvertex(ihis);
1427   if (his){
1428     his->GetAxis(1)->SetRangeUser(-1.1,1.1);
1429     his->GetAxis(2)->SetRange(0,1000000);
1430     his->GetAxis(3)->SetRangeUser(-0.35,0.35);
1431     AliTPCCorrection::MakeDistortionMap(his,pcstream, Form("Vertex%s",hname[ihis]),run,0.,ihis,3);
1432
1433   }
1434   ihis=1;
1435   his = calibTime->GetResHistoTPCvertex(ihis);
1436   if (his){
1437     his->GetAxis(1)->SetRangeUser(-1.1,1.1);
1438     his->GetAxis(2)->SetRange(0,1000000);
1439     his->GetAxis(3)->SetRangeUser(-0.35,0.35);
1440     AliTPCCorrection::MakeDistortionMap(his,pcstream, Form("Vertex%s",hname[ihis]),run,0.,ihis,3);
1441
1442   }
1443   ihis=0;
1444   his = calibTime->GetResHistoTPCTOF(ihis);
1445   if (his){
1446     his->GetAxis(1)->SetRangeUser(-1.1,1.1);
1447     his->GetAxis(2)->SetRange(0,1000000);
1448     his->GetAxis(3)->SetRangeUser(-0.35,0.35);
1449     AliTPCCorrection::MakeDistortionMap(his,pcstream, Form("TOF%s",hname[ihis]),run,0.,ihis,3);
1450
1451   }
1452   ihis=0;
1453   his = calibTime->GetResHistoTPCTRD(ihis);
1454   if (his){
1455     his->GetAxis(1)->SetRangeUser(-1.1,1.1);
1456     his->GetAxis(2)->SetRange(0,1000000);
1457     his->GetAxis(3)->SetRangeUser(-0.35,0.35);
1458     AliTPCCorrection::MakeDistortionMap(his,pcstream, Form("TRD%s",hname[ihis]),run,0.,ihis,3);
1459
1460   }
1461   delete pcstream;
1462 }
1463
1464
1465 Double_t AliTPCPreprocessorOffline::EvalAt(Double_t phi, Double_t refX, Double_t theta, Int_t corr, Int_t ptype){
1466   //
1467   //
1468   //
1469   Double_t sector = 9*phi/TMath::Pi();
1470   if (sector<0) sector+=18;
1471   Double_t y85=AliTPCCorrection::GetCorrSector(sector,85,theta,1,corr);
1472   Double_t y245=AliTPCCorrection::GetCorrSector(sector,245,theta,1,corr);
1473   if (ptype==0) return y85+(y245-y85)*(refX-85.)/(245.-85.);
1474   if (ptype==2) return (y245-y85)/(245.-85.);
1475   return 0;
1476 }
1477
1478
1479 Double_t AliTPCPreprocessorOffline::EvalAtPar(Double_t phi0, Double_t snp, Double_t refX, Double_t theta, Int_t corr, Int_t ptype, Int_t nsteps){
1480   //
1481   // Fit the distortion along the line with the parabolic model
1482   // Parameters:
1483   //  phi0 - phi at the entrance of the TPC
1484   //  snp  - local inclination angle at the entrance of the TPC
1485   //  refX - ref X where the distortion is evanluated
1486   //  theta
1487   //  
1488   static TLinearFitter fitter(3,"pol2"); 
1489   fitter.ClearPoints();
1490   if (nsteps<3) nsteps=3;
1491   Double_t deltaX=(245-85)/(nsteps);
1492   for (Int_t istep=0; istep<(nsteps+1); istep++){
1493     //
1494     Double_t localX =85.+deltaX*istep;
1495     Double_t localPhi=phi0+deltaX*snp*istep;
1496     Double_t sector = 9*localPhi/TMath::Pi();
1497     if (sector<0) sector+=18;
1498     Double_t y=AliTPCCorrection::GetCorrSector(sector,localX,theta,1,corr);
1499     Double_t dlocalX=AliTPCCorrection::GetCorrSector(sector,localX,theta,0,corr);
1500     Double_t x[1]={localX-dlocalX};
1501     fitter.AddPoint(x,y);
1502   }
1503   fitter.Eval();
1504   Double_t par[3];
1505   par[0]=fitter.GetParameter(0);
1506   par[1]=fitter.GetParameter(1);
1507   par[2]=fitter.GetParameter(2);
1508
1509   if (ptype==0) return par[0]+par[1]*refX+par[2]*refX*refX;
1510   if (ptype==2) return par[1]+2*par[2]*refX;
1511   if (ptype==4) return par[2];
1512   return 0;
1513 }
1514
1515
1516
1517
1518
1519
1520 void AliTPCPreprocessorOffline::MakePrimitivesTime(){
1521   //
1522   // Create primitive transformation to fit
1523   //
1524   fAlignTree=new TChain("fit","fit");
1525   fAlignTree->AddFile("meanITSVertex.root",10000000,"ITSdy");
1526   fAlignTree->AddFile("meanITSVertex.root",10000000,"ITSdsnp");
1527   fAlignTree->AddFile("meanITSVertex.root",10000000,"Vertexdy");
1528   fAlignTree->AddFile("meanITSVertex.root",10000000,"Vertexdsnp");
1529   // 
1530   AliTPCParam *param= AliTPCcalibDB::Instance()->GetParameters();
1531   Double_t bzField=AliTrackerBase::GetBz(); 
1532   Double_t vdrift = param->GetDriftV()/1000000.; // [cm/us]   // From dataBase: to be updated: per second (ideally)
1533   Double_t ezField = 400; // [V/cm]   // to be updated: never (hopefully)
1534   Double_t wtP = -10.0 * (bzField) * vdrift /  ezField ; 
1535   AliTPCExBTwist *fitExBTwistX= new  AliTPCExBTwist;
1536   AliTPCExBTwist *fitExBTwistY= new  AliTPCExBTwist;
1537   AliTPCCalibGlobalMisalignment *trans0   =new  AliTPCCalibGlobalMisalignment;
1538   AliTPCCalibGlobalMisalignment *trans1   =new  AliTPCCalibGlobalMisalignment;
1539   AliTPCCalibGlobalMisalignment *trans0D  =new  AliTPCCalibGlobalMisalignment;
1540   AliTPCCalibGlobalMisalignment *trans1D  =new  AliTPCCalibGlobalMisalignment;
1541   AliTPCCalibGlobalMisalignment *rot0     =new  AliTPCCalibGlobalMisalignment;
1542   AliTPCCalibGlobalMisalignment *rot1     =new  AliTPCCalibGlobalMisalignment;
1543   AliTPCCalibGlobalMisalignment *rot2     =new  AliTPCCalibGlobalMisalignment;
1544   AliTPCCalibGlobalMisalignment *rot3     =new  AliTPCCalibGlobalMisalignment;
1545   //
1546   //
1547   fitExBTwistX->SetXTwist(0.001);
1548   fitExBTwistX->SetOmegaTauT1T2(wtP,1,1);  
1549   //
1550   fitExBTwistY->SetYTwist(0.001);
1551   fitExBTwistY->SetOmegaTauT1T2(wtP,1,1);  
1552   //
1553   TGeoHMatrix *matrixRot = new TGeoHMatrix; 
1554   TGeoHMatrix *matrixX = new TGeoHMatrix; 
1555   TGeoHMatrix *matrixY = new TGeoHMatrix; 
1556   matrixX->SetDx(0.1);
1557   matrixY->SetDy(0.1);
1558   Double_t rotAngles0[9]={0};
1559   Double_t rotAngles1[9]={0};
1560   Double_t rotAngles2[9]={0};
1561   //
1562   Double_t rotAngles3[9]={0};
1563
1564   rotAngles0[0]=1; rotAngles0[4]=1; rotAngles0[8]=1;
1565   rotAngles1[0]=1; rotAngles1[4]=1; rotAngles1[8]=1;
1566   rotAngles2[0]=1; rotAngles2[4]=1; rotAngles2[8]=1;
1567   rotAngles3[0]=1; rotAngles3[4]=1; rotAngles3[8]=1;
1568
1569   rotAngles0[1]=-0.001;rotAngles0[3]=0.001;
1570   rotAngles1[5]=-0.001;rotAngles1[7]=0.001;
1571   rotAngles2[2]=0.001;rotAngles2[6]=-0.001;
1572   rotAngles3[1]=0.001;rotAngles3[3]=-0.001;
1573   matrixRot->SetRotation(rotAngles0);
1574   rot0->SetAlignGlobal(matrixRot);
1575   matrixRot->SetRotation(rotAngles1);
1576   rot1->SetAlignGlobal(matrixRot);
1577   matrixRot->SetRotation(rotAngles2);
1578   rot2->SetAlignGlobal(matrixRot); 
1579   matrixRot->SetRotation(rotAngles3);
1580   rot3->SetAlignGlobalDelta(matrixRot); 
1581   //
1582   trans0->SetAlignGlobal(matrixX);
1583   trans1->SetAlignGlobal(matrixY);
1584   trans0D->SetAlignGlobalDelta(matrixX);
1585   trans1D->SetAlignGlobalDelta(matrixY);
1586   fitExBTwistX->Init();
1587   fitExBTwistY->Init();
1588   //
1589   fitExBTwistX->AddVisualCorrection((AliTPCExBTwist*)(fitExBTwistX->Clone()),100);
1590   fitExBTwistY->AddVisualCorrection((AliTPCExBTwist*)(fitExBTwistY->Clone()),101);
1591   //
1592   fitExBTwistX->AddVisualCorrection((AliTPCExBTwist*)(rot0->Clone()),102);
1593   fitExBTwistY->AddVisualCorrection((AliTPCExBTwist*)(rot1->Clone()),103);
1594   fitExBTwistX->AddVisualCorrection((AliTPCExBTwist*)(rot2->Clone()),104);
1595   fitExBTwistX->AddVisualCorrection((AliTPCExBTwist*)(rot3->Clone()),105);
1596
1597   fitExBTwistX->AddVisualCorrection((AliTPCExBTwist*)(trans0->Clone()),106);
1598   fitExBTwistX->AddVisualCorrection((AliTPCExBTwist*)(trans1->Clone()),107);
1599   fitExBTwistX->AddVisualCorrection((AliTPCExBTwist*)(trans0D->Clone()),108);
1600   fitExBTwistX->AddVisualCorrection((AliTPCExBTwist*)(trans1D->Clone()),109);
1601   //
1602   fAlignTree->SetAlias("FExBTwistX", "AliTPCPreprocessorOffline::EvalAt(phi,refX,theta,100,ptype)+0");
1603   fAlignTree->SetAlias("FExBTwistY","AliTPCPreprocessorOffline::EvalAt(phi,refX,theta,101,ptype)+0");
1604   fAlignTree->SetAlias("FAlignRot0","AliTPCPreprocessorOffline::EvalAt(phi,refX,theta,102,ptype)+0");
1605   fAlignTree->SetAlias("FAlignRot0D","AliTPCPreprocessorOffline::EvalAt(phi,refX,theta,105,ptype)+0");
1606   fAlignTree->SetAlias("FAlignRot1","AliTPCPreprocessorOffline::EvalAt(phi,refX,theta,103,ptype)+0");
1607   fAlignTree->SetAlias("FAlignRot2","AliTPCPreprocessorOffline::EvalAt(phi,refX,theta,104,ptype)+0");
1608   fAlignTree->SetAlias("FAlignTrans0","AliTPCPreprocessorOffline::EvalAt(phi,refX,theta,106,ptype)+0");
1609   fAlignTree->SetAlias("FAlignTrans1","AliTPCPreprocessorOffline::EvalAt(phi,refX,theta,107,ptype)+0");
1610   fAlignTree->SetAlias("FAlignTrans0D","AliTPCPreprocessorOffline::EvalAt(phi,refX,theta,108,ptype)+0");
1611   fAlignTree->SetAlias("FAlignTrans1D","AliTPCPreprocessorOffline::EvalAt(phi,refX,theta,109,ptype)+0");
1612   //
1613   // test fast function
1614   //
1615 //   fAlignTree->Draw("FExBTwistX:ExBTwistX","isITS&&ptype==0&&abs(snp)<0.05","");
1616 //   fAlignTree->Draw("FExBTwistY:ExBTwistY","isITS&&ptype==0&&abs(snp)<0.05","");
1617 //   fAlignTree->Draw("FAlignRot0:alignRot0","isITS&&ptype==0&&abs(snp)<0.05","");
1618 //   fAlignTree->Draw("FAlignRot1:alignRot1","isITS&&ptype==0&&abs(snp)<0.05","");
1619 //   fAlignTree->Draw("FAlignRot2:alignRot2","isITS&&ptype==0&&abs(snp)<0.05","");
1620 //   //
1621 //   fAlignTree->Draw("FAlignTrans0:alignTrans0","isITS&&ptype==0&&abs(snp)<0.05","");
1622 //   fAlignTree->Draw("FAlignTrans1:alignTrans1","isITS&&ptype==0&&abs(snp)<0.05","");
1623
1624
1625
1626
1627 void AliTPCPreprocessorOffline::CreateAlignTime(TString fstring, TVectorD paramC){
1628   //
1629   //
1630   //
1631   //
1632   TGeoHMatrix *matrixDelta     = new TGeoHMatrix; 
1633   TGeoHMatrix *matrixGlobal    = new TGeoHMatrix; 
1634   Double_t rAngles[9];
1635   Int_t index=0;
1636   //
1637   index=TStatToolkit::GetFitIndex(fstring,"FAlignTrans0D");
1638   if (index>=0) matrixDelta->SetDx(paramC[index+1]*0.1);
1639   index=TStatToolkit::GetFitIndex(fstring,"FAlignTrans1D");
1640   if (index>=0) matrixDelta->SetDy(paramC[index+1]*0.1);
1641   rAngles[0]=1; rAngles[4]=1; rAngles[8]=1;
1642   index=TStatToolkit::GetFitIndex(fstring,"FAlignRot0D");
1643   rAngles[1]=-paramC[index+1]*0.001; rAngles[3]=paramC[index+1]*0.001;
1644   rAngles[5]=0; rAngles[7] =0;
1645   rAngles[2]=0; rAngles[6] =0;
1646   matrixDelta->SetRotation(rAngles);
1647   //
1648   //
1649   //
1650   index=TStatToolkit::GetFitIndex(fstring,"hasITS*FAlignTrans0");
1651   if (index>=0) matrixGlobal->SetDx(paramC[index+1]*0.1);
1652   index=TStatToolkit::GetFitIndex(fstring,"hasITS*FAlignTrans1");
1653   if (index>=0) matrixGlobal->SetDy(paramC[index+1]*0.1);
1654   rAngles[0]=1; rAngles[4]=1; rAngles[8]=1;
1655   index=TStatToolkit::GetFitIndex(fstring,"hasITS*FAlignRot0");
1656   rAngles[1]=-paramC[index+1]*0.001; rAngles[3]=paramC[index+1]*0.001;
1657   index=TStatToolkit::GetFitIndex(fstring,"hasITS*FAlignRot1");  
1658   rAngles[5]=-paramC[index+1]*0.001; rAngles[7]=paramC[index+1]*0.001;
1659   index=TStatToolkit::GetFitIndex(fstring,"hasITS*FAlignRot2");  
1660   rAngles[2]=paramC[index+1]*0.001; rAngles[6] =-paramC[index+1]*0.001;
1661   matrixGlobal->SetRotation(rAngles);
1662   //
1663   AliTPCCalibGlobalMisalignment *fitAlignTime  =0;
1664   fitAlignTime  =new  AliTPCCalibGlobalMisalignment;
1665   fitAlignTime->SetName("FitAlignTime");
1666   fitAlignTime->SetTitle("FitAlignTime");
1667   fitAlignTime->SetAlignGlobalDelta(matrixDelta);
1668   fitAlignTime->SetAlignGlobal(matrixGlobal);
1669   //
1670   AliTPCExBTwist * fitExBTwist= new  AliTPCExBTwist;
1671   Int_t indexX=TStatToolkit::GetFitIndex(fstring,"ExBTwistX");
1672   Int_t indexY=TStatToolkit::GetFitIndex(fstring,"ExBTwistY");  
1673   fitExBTwist->SetXTwist(0.001*paramC[indexX+1]);  // 1 mrad twist in x
1674   fitExBTwist->SetYTwist(0.001*paramC[indexY+1]);  // 1 mrad twist in x
1675   fitExBTwist->SetName("FitExBTwistTime");
1676   fitExBTwist->SetTitle("FitExBTwistTime"); 
1677   AliTPCParam *param= AliTPCcalibDB::Instance()->GetParameters();
1678   Double_t bzField=AliTrackerBase::GetBz();
1679   Double_t vdrift = param->GetDriftV()/1000000.; // [cm/us]   // From dataBase: to be updated: per second (ideally)
1680
1681   Double_t ezField = 400; // [V/cm]   // to be updated: never (hopefully)
1682   Double_t wt = -10.0 * (bzField) * vdrift /  ezField ; 
1683   //
1684   fitExBTwist->SetOmegaTauT1T2(wt,1,1);  
1685   fitExBTwist->Init();  
1686
1687   AliTPCComposedCorrection *corrTime =  new AliTPCComposedCorrection;
1688   TObjArray *arr = new TObjArray;
1689   corrTime->SetCorrections(arr);
1690   
1691   corrTime->GetCorrections()->Add(fitExBTwist);
1692   corrTime->GetCorrections()->Add(fitAlignTime);
1693   corrTime->SetName("FitCorrectionTime");
1694   corrTime->SetTitle("FitCorrectionTime");
1695
1696   fitExBTwist->AddVisualCorrection((AliTPCExBTwist*)(fitExBTwist->Clone()),1001);
1697   fitAlignTime->AddVisualCorrection((AliTPCExBTwist*)(fitAlignTime->Clone()),1002);
1698   fitAlignTime->AddVisualCorrection((AliTPCExBTwist*)(corrTime->Clone()),1003);
1699   
1700   
1701   fAlignTree->SetAlias("ExBTwistTime","AliTPCPreprocessorOffline::EvalAt(phi,refX,theta,1001,ptype)+0");
1702   fAlignTree->SetAlias("AlignTime","AliTPCPreprocessorOffline::EvalAt(phi,refX,theta,1002,ptype)+0");
1703   fAlignTree->SetAlias("FitCorrectionTime","AliTPCPreprocessorOffline::EvalAt(phi,refX,theta,1003,ptype)+0");
1704
1705
1706   TFile *f = new TFile("fitITSVertex.root","update");
1707   corrTime->Write("FitCorrectionTime");
1708   f->Close();
1709 }
1710
1711 //_____________________________________________________________________________
1712 Int_t AliTPCPreprocessorOffline::GetStatus()
1713 {
1714   //get the calibration status
1715   // 0 means OK
1716   // positive numbers invalidate for unknown reasons.
1717   // negative numbers invalidate with a known reason (e.g. low statistics).
1718   // the returned integer has one bit set for every component that failed.
1719
1720   Bool_t enoughStatistics = (fNtracksVdrift>fMinTracksVdrift && fNeventsVdrift>fMinEventsVdrift);
1721   
1722   if (!enoughStatistics) 
1723   {
1724     fCalibrationStatus=-TMath::Abs(fCalibrationStatus);
1725   }
1726
1727   return fCalibrationStatus;
1728 }