TPC/AliTPCPreprocessorOffline.cxx

   1 /**************************************************************************
   2  * Copyright(c) 1998-1999, ALICE Experiment at CERN, All rights reserved. *
   3  *                                                                        *
   4  * Author: The ALICE Off-line Project.                                    *
   5  * Contributors are mentioned in the code where appropriate.              *
   6  *                                                                        *
   7  * Permission to use, copy, modify and distribute this software and its   *
   8  * documentation strictly for non-commercial purposes is hereby granted   *
   9  * without fee, provided that the above copyright notice appears in all   *
  10  * copies and that both the copyright notice and this permission notice   *
  11  * appear in the supporting documentation. The authors make no claims     *
  12  * about the suitability of this software for any purpose. It is          *
  13  * provided "as is" without express or implied warranty.                  *
  14  **************************************************************************/
  15
  16
  17
  18 /*
  19   Responsible: marian.ivanov@cern.ch
  20   Code to analyze the TPC calibration and to produce OCDB entries
  21
  22
  23    .x ~/rootlogon.C
  24    gSystem->Load("libANALYSIS");
  25    gSystem->Load("libTPCcalib");
  26
  27    AliTPCPreprocessorOffline proces;
  28    TString ocdbPath="local:////"
  29    ocdbPath+=gSystem->GetFromPipe("pwd");
  30
  31    proces.CalibTimeGain("CalibObjects.root",run0,run1,ocdbPath);
  32    proces.CalibTimeVdrift("CalibObjects.root",run0,run1,ocdbPath);
  33   // take the raw calibration data from the file CalibObjects.root
  34   // and make a OCDB entry with run  validity run0-run1
  35   // results are stored at the ocdbPath - local or alien ...
  36   // default storage ""- data stored at current working directory
  37
  38   e.g.
  39   gSystem->Load("libANALYSIS");
  40   gSystem->Load("libTPCcalib");
  41   AliTPCPreprocessorOffline proces;
  42   proces.CalibTimeGain("TPCMultObjects.root",114000,140040,0);
  43   TFile oo("OCDB/TPC/Calib/TimeGain/Run114000_121040_v0_s0.root")
  44   TObjArray * arr = AliCDBEntry->GetObject()
  45   arr->At(4)->Draw("alp")
  46
  47 */
  48 #include "Riostream.h"
  49 #include <fstream>
  50 #include "TMap.h"
  51 #include "TGraphErrors.h"
  52 #include "AliExternalTrackParam.h"
  53 #include "TFile.h"
  54 #include "TDirectory.h"
  55 #include "TGraph.h"
  56 #include "TMultiGraph.h"
  57 #include "TCanvas.h"
  58 #include "THnSparse.h"
  59 #include "TLegend.h"
  60 #include "TPad.h"
  61 #include "TH2D.h"
  62 #include "TH3D.h"
  63 #include "AliTPCROC.h"
  64 #include "AliTPCCalROC.h"
  65 #include "AliESDfriend.h"
  66 #include "AliTPCcalibTime.h"
  67 #include "AliSplineFit.h"
  68 #include "AliCDBMetaData.h"
  69 #include "AliCDBId.h"
  70 #include "AliCDBManager.h"
  71 #include "AliCDBStorage.h"
  72 #include "AliTPCcalibBase.h"
  73 #include "AliTPCcalibDB.h"
  74 #include "AliTPCcalibDButil.h"
  75 #include "AliRelAlignerKalman.h"
  76 #include "AliTPCParamSR.h"
  77 #include "AliTPCcalibTimeGain.h"
  78 #include "AliTPCcalibGainMult.h"
  79 #include "AliTPCcalibAlign.h"
  80 #include "AliSplineFit.h"
  81 #include "AliTPCComposedCorrection.h"
  82 #include "AliTPCExBTwist.h"
  83 #include "AliTPCCalibGlobalMisalignment.h"
  84 #include "TStatToolkit.h"
  85 #include "TChain.h"
  86 #include "TCut.h"
  87 #include "AliTrackerBase.h"
  88 #include "AliTracker.h"
  89 #include "AliTPCPreprocessorOffline.h"
  90 #include "AliTPCCorrectionFit.h"
  91
  92 using std::endl;
  93 using std::cout;
  94 ClassImp(AliTPCPreprocessorOffline)
  95
  96 AliTPCPreprocessorOffline::AliTPCPreprocessorOffline():
  97   TNamed("TPCPreprocessorOffline","TPCPreprocessorOffline"),
  98   fMinEntries(500),                      // minimal number of entries for fit
  99   fStartRun(0),                         // start Run - used to make fast selection in THnSparse
 100   fEndRun(0),                           // end   Run - used to make fast selection in THnSparse
 101   fStartTime(0),                        // fStartTime - used to make fast selection in THnSparse
 102   fEndTime(0),                          // fEndTime   - used to make fast selection in THnSparse
 103   fOCDBstorage(0),                       // OCDB storage
 104   fVdriftArray(new TObjArray),
 105   fTimeDrift(0),
 106   fGraphMIP(0),                // graph time dependence of MIP
 107   fGraphCosmic(0),             // graph time dependence at Plateu
 108   fGraphAttachmentMIP(0),
 109   fFitMIP(0),                  // fit of dependence - MIP
 110   fFitCosmic(0),               // fit of dependence - Plateu
 111   fGainArray(new TObjArray),               // array to be stored in the OCDB
 112   fGainMIP(0),          // calibration component for MIP
 113   fGainCosmic(0),       // calibration component for cosmic
 114   fGainMult(0),
 115   fAlignTree(0),        // alignment tree
 116   fSwitchOnValidation(kFALSE), // flag to switch on validation of OCDB parameters
 117   fMinGain(2.0),
 118   fMaxGain(3.0),
 119   fMaxVdriftCorr(0.03),
 120   fNtracksVdrift(0),
 121   fMinTracksVdrift(0),
 122   fNeventsVdrift(0),
 123   fMinEventsVdrift(0),
 124   fCalibrationStatus(0)
 125 {
 126   //
 127   // default constructor
 128   //
 129 }
 130
 131 AliTPCPreprocessorOffline::~AliTPCPreprocessorOffline() {
 132   //
 133   // Destructor
 134   //
 135 }
 136
 137
 138
 139
 140 void AliTPCPreprocessorOffline::GetRunRange(AliTPCcalibTime * const  timeDrift){
 141   //
 142   // find the fist and last run
 143   //
 144   TObjArray *hisArray =timeDrift->GetHistoDrift();
 145   {for (Int_t i=0; i<hisArray->GetEntriesFast(); i++){
 146     THnSparse* addHist=(THnSparse*)hisArray->UncheckedAt(i);
 147     if (!addHist) continue;
 148     if (addHist->GetEntries()<fMinEntries) continue;
 149     TH1D* histo    =addHist->Projection(3);
 150     TH1D* histoTime=addHist->Projection(0);
 151     printf("%s\t%f\t%d\t%d\n",histo->GetName(), histo->GetEntries(),histo->FindFirstBinAbove(0),histo->FindLastBinAbove(0));
 152
 153     if (fStartRun<=0){
 154       fStartRun=histo->FindFirstBinAbove(0);
 155       fEndRun  =histo->FindLastBinAbove(0);
 156     }else{
 157       fStartRun=TMath::Min(histo->FindFirstBinAbove(0),fStartRun);
 158       fEndRun  =TMath::Max(histo->FindLastBinAbove(0),fEndRun);
 159     }
 160     if (fStartTime==0){
 161       fStartTime=histoTime->FindFirstBinAbove(0);
 162       fEndTime  =histoTime->FindLastBinAbove(0);
 163     }else{
 164       fStartTime=TMath::Min(histoTime->FindFirstBinAbove(0),fStartTime);
 165       fEndTime  =TMath::Max(histoTime->FindLastBinAbove(0),fEndTime);
 166     }
 167     delete histo;
 168     delete histoTime;
 169   }}
 170   if (fStartRun<0) fStartRun=0;
 171   if (fEndRun<0) fEndRun=100000000;
 172   printf("Run range  :\t%d-%d\n", fStartRun, fEndRun);
 173   printf("Time range :\t%d-%d\n", fStartTime, fEndTime);
 174
 175 }
 176
 177
 178
 179 void AliTPCPreprocessorOffline::CalibTimeVdrift(const Char_t* file, Int_t ustartRun, Int_t uendRun, AliCDBStorage* pocdbStorage){
 180   //
 181   // make calibration of the drift velocity
 182   // Input parameters:
 183   //      file                   - the location of input file
 184   //      ustartRun, uendrun     - run validity period
 185   //      pocdbStorage           - path to hte OCDB storage
 186   //                             - if empty - local storage 'pwd' uesed
 187   if (pocdbStorage) fOCDBstorage=pocdbStorage;
 188   else {
 189     TString localStorage = "local://"+gSystem->GetFromPipe("pwd")+"/OCDB";
 190     fOCDBstorage=AliCDBManager::Instance()->GetStorage(localStorage.Data());
 191   }
 192
 193   //
 194   // 1. Initialization and run range setting
 195   TFile fcalib(file);
 196   TObject* obj = dynamic_cast<TObject*>(fcalib.Get("TPCCalib"));
 197   TObjArray* array = dynamic_cast<TObjArray*>(obj);
 198   TDirectory* dir = dynamic_cast<TDirectory*>(obj);
 199   if (dir) {
 200     fTimeDrift = dynamic_cast<AliTPCcalibTime*>(dir->Get("calibTime"));
 201   }
 202   else if (array){
 203     fTimeDrift = (AliTPCcalibTime *)array->FindObject("calibTime");
 204   } else {
 205     fTimeDrift = (AliTPCcalibTime*)fcalib.Get("calibTime");
 206   }
 207   if(!fTimeDrift) return;
 208
 209   //extract statistics
 210   fNtracksVdrift = TMath::Nint(fTimeDrift->GetResHistoTPCITS(0)->GetEntries());
 211   //if we have 0 ITS TPC matches it means we have no ITS tracks and we try to use TPC-TOF matching for calibration
 212   if (fNtracksVdrift==0) fNtracksVdrift=TMath::Nint(fTimeDrift->GetResHistoTPCTOF(0)->GetEntries());
 213   fNeventsVdrift = TMath::Nint(fTimeDrift->GetTPCVertexHisto(0)->GetEntries());
 214
 215   fStartRun=ustartRun;
 216   fEndRun=ustartRun;
 217   TObjArray *hisArray =fTimeDrift->GetHistoDrift();
 218   GetRunRange(fTimeDrift);
 219   for (Int_t i=0; i<hisArray->GetEntriesFast(); i++){
 220     THnSparse* addHist=(THnSparse*)hisArray->At(i);
 221     if (!addHist) continue;
 222     if (fStartTime<fEndTime) addHist->GetAxis(0)->SetRange(fStartTime-1,fEndTime+1);
 223     if (fStartRun<fEndRun) addHist->GetAxis(3)->SetRange(fStartRun-1,fEndRun+1);
 224   }
 225   //
 226   //
 227   // 2. extraction of the information
 228   //
 229   fVdriftArray = new TObjArray();
 230   AddAlignmentGraphs(fVdriftArray,fTimeDrift);
 231   AddHistoGraphs(fVdriftArray,fTimeDrift,fMinEntries);
 232   AddLaserGraphs(fVdriftArray,fTimeDrift);
 233
 234   //
 235   // 3. Append QA plots
 236   //
 237   MakeDefaultPlots(fVdriftArray,fVdriftArray);
 238
 239   //
 240   // 4. validate OCDB entries
 241   //
 242   if(fSwitchOnValidation==kTRUE && ValidateTimeDrift()==kFALSE) {
 243     Printf("TPC time drift OCDB parameters out of range!");
 244     return;
 245   }
 246   //
 247   //4.b make alignment
 248   //
 249   MakeFitTime();
 250   TFile * ftime= TFile::Open("fitITSVertex.root");
 251   if (ftime){
 252     TObject * alignmentTime=ftime->Get("FitCorrectionTime");
 253     if (alignmentTime) fVdriftArray->AddLast(alignmentTime);
 254   }
 255   //
 256   //
 257   // 5. update of OCDB
 258   //
 259   //
 260   UpdateOCDBDrift(ustartRun,uendRun,fOCDBstorage);
 261 }
 262
 263 void AliTPCPreprocessorOffline::UpdateOCDBDrift( Int_t ustartRun, Int_t uendRun,  AliCDBStorage* storage ){
 264   //
 265   // Update OCDB
 266   //
 267   AliCDBMetaData *metaData= new AliCDBMetaData();
 268   metaData->SetObjectClassName("TObjArray");
 269   metaData->SetResponsible("Marian Ivanov");
 270   metaData->SetBeamPeriod(1);
 271   metaData->SetAliRootVersion("05-25-01"); //root version
 272   metaData->SetComment("Calibration of the time dependence of the drift velocity");
 273   AliCDBId* id1=NULL;
 274   id1=new AliCDBId("TPC/Calib/TimeDrift", ustartRun, uendRun);
 275   storage->Put(fVdriftArray, (*id1), metaData);
 276 }
 277
 278 Bool_t AliTPCPreprocessorOffline::ValidateTimeGain()
 279 {
 280   //
 281   // Validate time gain corrections
 282   //
 283   Printf("ValidateTimeGain..." );
 284   Float_t minGain = fMinGain;
 285   Float_t maxGain = fMaxGain;
 286
 287   TGraphErrors *gr = (TGraphErrors*)fGainArray->FindObject("TGRAPHERRORS_MEAN_GAIN_BEAM_ALL");
 288   if (!gr) {
 289     gr = (TGraphErrors*)fGainArray->FindObject("TGRAPHERRORS_MEAN_GAIN_COSMIC_ALL");
 290     if (!gr)
 291     {
 292       fCalibrationStatus |= kCalibFailedTimeGain;
 293       return kFALSE;
 294     }
 295     Printf("Assuming given run is a cosmic run. Using gain calibration from Fermi-plateau muons.");
 296   }
 297   if(gr->GetN()<1)
 298   {
 299     fCalibrationStatus |= kCalibFailedTimeGain;
 300     return kFALSE;
 301   }
 302
 303   // check whether gain in the range
 304   for(Int_t iPoint=0; iPoint<gr->GetN(); iPoint++)
 305   {
 306     if(gr->GetY()[iPoint] < minGain || gr->GetY()[iPoint] > maxGain)
 307     {
 308       fCalibrationStatus |= kCalibFailedTimeGain;
 309       return kFALSE;
 310     }
 311   }
 312
 313 return kTRUE;
 314 }
 315
 316
 317 Bool_t AliTPCPreprocessorOffline::ValidateTimeDrift()
 318 {
 319   //
 320   // Validate time drift velocity corrections
 321   //
 322   Printf("ValidateTimeDrift..." );
 323
 324   Float_t maxVDriftCorr = fMaxVdriftCorr;
 325
 326   TGraphErrors* gr = (TGraphErrors*)fVdriftArray->FindObject("ALIGN_ITSB_TPC_DRIFTVD");
 327   Printf("ALIGN_ITSB_TPC_DRIFTVD graph = %p",gr);
 328   if (!gr)
 329   {
 330     gr = (TGraphErrors*)fVdriftArray->FindObject("ALIGN_TOFB_TPC_DRIFTVD");
 331     Printf("ALIGN_TOFB_TPC_DRIFTVD graph = %p",gr);
 332   }
 333
 334   if(!gr)
 335   {
 336     fCalibrationStatus|=kCalibFailedTimeDrift;
 337     return kFALSE;
 338   }
 339
 340   // for now we validate even with low statistics
 341   ////check if we have enough statistics
 342   //if (fNtracksVdrift<fMinTracksVdrift)
 343   //{
 344   //  fCalibrationStatus|=kCalibFailedTimeDrift;
 345   //  return kFALSE;
 346   //}
 347
 348   if(gr->GetN()<1)  {
 349     Printf("ALIGN_ITSB_TPC_DRIFTVD number of points = %d",gr->GetN());
 350     {
 351       fCalibrationStatus|=kCalibFailedTimeDrift;
 352       return kFALSE;
 353     }
 354   }
 355
 356   // check whether drift velocity corrections in the range
 357   for(Int_t iPoint = 0; iPoint<gr->GetN(); iPoint++)
 358   {
 359     //Printf("Y value from the graph: %f",TMath::Abs(gr->GetY()[iPoint]));
 360     if(TMath::Abs(gr->GetY()[iPoint]) > maxVDriftCorr)
 361     {
 362       fCalibrationStatus|=kCalibFailedTimeDrift;
 363       return kFALSE;
 364     }
 365   }
 366
 367 return kTRUE;
 368 }
 369
 370 void AliTPCPreprocessorOffline::UpdateDriftParam(AliTPCParam *param, TObjArray *const arr, Int_t lstartRun){
 371   //
 372   //  update the OCDB entry for the nominal time0
 373   //
 374   //
 375   //  AliTPCParam * param = AliTPCcalibDB::Instance()->GetParameters();
 376   AliTPCParam *paramNew = (AliTPCParam *)param->Clone();
 377   TGraphErrors *grT =  (TGraphErrors *)arr->FindObject("ALIGN_ITSM_TPC_T0");
 378   Double_t deltaTcm = TMath::Median(grT->GetN(),grT->GetY());
 379   Double_t deltaT   = deltaTcm/param->GetDriftV();
 380   paramNew->SetL1Delay(param->GetL1Delay()-deltaT);
 381   paramNew->Update();
 382
 383   AliCDBMetaData *metaData= new AliCDBMetaData();
 384   metaData->SetObjectClassName("TObjArray");
 385   metaData->SetResponsible("Marian Ivanov");
 386   metaData->SetBeamPeriod(1);
 387   metaData->SetAliRootVersion("05-25-02"); //root version
 388   metaData->SetComment("Updated calibration of nominal time 0");
 389   AliCDBId* id1=NULL;
 390   id1=new AliCDBId("TPC/Calib/Parameters", lstartRun, AliCDBRunRange::Infinity());
 391   fOCDBstorage->Put(param, (*id1), metaData);
 392
 393 }
 394
 395
 396 void AliTPCPreprocessorOffline::PrintArray(TObjArray *array){
 397   //
 398   // Print the names of the entries in array
 399   //
 400   Int_t entries = array->GetEntries();
 401   for (Int_t i=0; i<entries; i++){
 402     if (!array->At(i)) continue;
 403     printf("%d\t %s\n", i,  array->At(i)->GetName());
 404   }
 405 }
 406
 407
 408
 409 TGraphErrors* AliTPCPreprocessorOffline::FilterGraphDrift(TGraphErrors * graph, Float_t errSigmaCut, Float_t medianCutAbs){
 410   // 2 filters:
 411   //    1. filter graph - error cut errSigmaCut
 412   //    2. filter graph - medianCutAbs around median
 413   //
 414   // errSigmaCut   - cut on error
 415   // medianCutAbs  - cut on value around median
 416   Double_t dummy=0;               //
 417   //
 418   // 1. filter graph - error cut errSigmaCut
 419   //
 420   TGraphErrors *graphF;
 421   graphF = AliTPCcalibDButil::FilterGraphMedianErr(graph,errSigmaCut,dummy);
 422   delete graph;
 423   if (!graphF) return 0;
 424   graph = AliTPCcalibDButil::FilterGraphMedianErr(graphF,errSigmaCut,dummy);
 425   delete graphF;
 426   if (!graph) return 0;
 427   //
 428   // filter graph - kMedianCutAbs around median
 429   //
 430   graphF=FilterGraphMedianAbs(graph, medianCutAbs,dummy);
 431   delete graph;
 432   if (!graphF) return 0;
 433   graph=FilterGraphMedianAbs(graphF, medianCutAbs,dummy);
 434   delete graphF;
 435   if (!graph) return 0;
 436   return graph;
 437 }
 438
 439
 440
 441 TGraphErrors* AliTPCPreprocessorOffline::FilterGraphMedianAbs(TGraphErrors * graph, Float_t cut,Double_t &medianY){
 442   //
 443   // filter outlyer measurement
 444   // Only points around median +- cut filtered
 445   //
 446   if (!graph) return  0;
 447   Int_t kMinPoints=2;
 448   Int_t npoints0 = graph->GetN();
 449   Int_t npoints=0;
 450   Float_t  rmsY=0;
 451   Double_t *outx=new Double_t[npoints0];
 452   Double_t *outy=new Double_t[npoints0];
 453   Double_t *errx=new Double_t[npoints0];
 454   Double_t *erry=new Double_t[npoints0];
 455   //
 456   //
 457   if (npoints0<kMinPoints) {
 458     delete []outx;
 459     delete []outy;
 460     delete []errx;
 461     delete []erry;
 462     return 0;
 463   }
 464   for (Int_t iter=0; iter<3; iter++){
 465     npoints=0;
 466     for (Int_t ipoint=0; ipoint<npoints0; ipoint++){
 467       if (graph->GetY()[ipoint]==0) continue;
 468       if (iter>0 &&TMath::Abs(graph->GetY()[ipoint]-medianY)>cut) continue;
 469       outx[npoints]  = graph->GetX()[ipoint];
 470       outy[npoints]  = graph->GetY()[ipoint];
 471       errx[npoints]  = graph->GetErrorX(ipoint);
 472       erry[npoints]  = graph->GetErrorY(ipoint);
 473       npoints++;
 474     }
 475     if (npoints<=1) break;
 476     medianY  =TMath::Median(npoints,outy);
 477     rmsY   =TMath::RMS(npoints,outy);
 478   }
 479   TGraphErrors *graphOut=0;
 480   if (npoints>1) graphOut= new TGraphErrors(npoints,outx,outy,errx,erry);
 481   delete []outx;
 482   delete []outy;
 483   delete []errx;
 484   delete []erry;
 485   return graphOut;
 486 }
 487
 488
 489 void AliTPCPreprocessorOffline::AddHistoGraphs(  TObjArray * vdriftArray, AliTPCcalibTime * const timeDrift, Int_t minEntries){
 490   //
 491   // Add graphs corresponding to the alignment
 492   //
 493   const Double_t kErrSigmaCut=5;      // error sigma cut - for filtering
 494   const Double_t kMedianCutAbs=0.03;  // error sigma cut - for filtering
 495   //
 496   TObjArray * array=timeDrift->GetHistoDrift();
 497   if (array){
 498     THnSparse* hist=NULL;
 499     // 2.a) cosmics with different triggers
 500     for (Int_t i=0; i<array->GetEntriesFast();i++){
 501       hist=(THnSparseF*)array->UncheckedAt(i);
 502       if(!hist) continue;
 503       if (hist->GetEntries()<minEntries) continue;
 504       //hist->Print();
 505       TString name=hist->GetName();
 506       Int_t dim[4]={0,1,2,3};
 507       THnSparse* newHist=hist->Projection(4,dim);
 508       newHist->SetName(name);
 509       TGraphErrors* graph=AliTPCcalibBase::FitSlices(newHist,2,0,400,100,0.05,0.95, kTRUE);
 510       if (!graph) {
 511         printf("Graph =%s filtered out\n", name.Data());
 512         continue;
 513       }
 514       printf("name=%s graph=%i, N=%i\n", name.Data(), graph==0, graph->GetN());
 515       Int_t pos=name.Index("_");
 516       name=name(pos,name.Capacity()-pos);
 517       TString graphName=graph->ClassName();
 518       graphName+=name;
 519       graphName.ToUpper();
 520       //
 521       graph = FilterGraphDrift(graph, kErrSigmaCut, kMedianCutAbs);
 522       //
 523       if (graph){
 524         graph->SetMarkerStyle(i%8+20);
 525         graph->SetMarkerColor(i%7);
 526         graph->GetXaxis()->SetTitle("Time");
 527         graph->GetYaxis()->SetTitle("v_{dcor}");
 528         graph->SetName(graphName);
 529         graph->SetTitle(graphName);
 530         printf("Graph %d\t=\t%s\n", i, graphName.Data());
 531         vdriftArray->Add(graph);
 532       }
 533     }
 534   }
 535 }
 536
 537
 538
 539
 540 void AliTPCPreprocessorOffline::AddAlignmentGraphs(  TObjArray * vdriftArray, AliTPCcalibTime *const timeDrift){
 541   //
 542   // Add graphs corresponding to alignment to the object array
 543   //
 544   TObjArray *arrayITS=0;
 545   TObjArray *arrayTOF=0;
 546   TObjArray *arrayTRD=0;
 547   TMatrixD *mstatITS=0;
 548   TMatrixD *mstatTOF=0;
 549   TMatrixD *mstatTRD=0;
 550   //
 551   arrayITS=timeDrift->GetAlignITSTPC();
 552   arrayTRD=timeDrift->GetAlignTRDTPC();
 553   arrayTOF=timeDrift->GetAlignTOFTPC();
 554
 555   if (arrayITS->GetEntries()>0) mstatITS= AliTPCcalibDButil::MakeStatRelKalman(arrayITS,0.7,50,fMaxVdriftCorr);
 556   if (arrayTOF->GetEntries()>0) mstatTOF= AliTPCcalibDButil::MakeStatRelKalman(arrayTOF,0.7,1000,fMaxVdriftCorr);
 557   if (arrayTRD->GetEntries()>0) mstatTRD= AliTPCcalibDButil::MakeStatRelKalman(arrayTRD,0.7,50,fMaxVdriftCorr);
 558   //
 559   TObjArray * arrayITSP= AliTPCcalibDButil::SmoothRelKalman(arrayITS,*mstatITS, 0, 5.);
 560   TObjArray * arrayITSM= AliTPCcalibDButil::SmoothRelKalman(arrayITS,*mstatITS, 1, 5.);
 561   TObjArray * arrayITSB= AliTPCcalibDButil::SmoothRelKalman(arrayITSP,arrayITSM);
 562   TObjArray * arrayTOFP= AliTPCcalibDButil::SmoothRelKalman(arrayTOF,*mstatTOF, 0, 5.);
 563   TObjArray * arrayTOFM= AliTPCcalibDButil::SmoothRelKalman(arrayTOF,*mstatTOF, 1, 5.);
 564   TObjArray * arrayTOFB= AliTPCcalibDButil::SmoothRelKalman(arrayTOFP,arrayTOFM);
 565
 566   TObjArray * arrayTRDP= 0x0;
 567   TObjArray * arrayTRDM= 0x0;
 568   TObjArray * arrayTRDB= 0x0;
 569   arrayTRDP= AliTPCcalibDButil::SmoothRelKalman(arrayTRD,*mstatTRD, 0, 5.);
 570   arrayTRDM= AliTPCcalibDButil::SmoothRelKalman(arrayTRD,*mstatTRD, 1, 5.);
 571   arrayTRDB= AliTPCcalibDButil::SmoothRelKalman(arrayTRDP,arrayTRDM);
 572   //
 573   //
 574   Int_t entries=TMath::Max(arrayITS->GetEntriesFast(),arrayTOF->GetEntriesFast());
 575   TObjArray *arrays[12]={arrayITS, arrayITSP, arrayITSM, arrayITSB,
 576                          arrayTRD, arrayTRDP, arrayTRDM, arrayTRDB,
 577                          arrayTOF, arrayTOFP, arrayTOFM, arrayTOFB};
 578   TString   grnames[12]={"ALIGN_ITS", "ALIGN_ITSP", "ALIGN_ITSM", "ALIGN_ITSB",
 579                          "ALIGN_TRD", "ALIGN_TRDP", "ALIGN_TRDM","ALIGN_TRDB",
 580                          "ALIGN_TOF", "ALIGN_TOFP", "ALIGN_TOFM","ALIGN_TOFB"};
 581   TString   grpar[9]={"DELTAPSI", "DELTATHETA", "DELTAPHI",
 582                       "DELTAX", "DELTAY", "DELTAZ",
 583                       "DRIFTVD", "T0", "VDGY"};
 584
 585
 586   TVectorD vX(entries);
 587   TVectorD vY(entries);
 588   TVectorD vEx(entries);
 589   TVectorD vEy(entries);
 590   TObjArray *arr=0;
 591   for (Int_t iarray=0; iarray<12; iarray++){
 592     arr = arrays[iarray];
 593     if (arr==0) continue;
 594     for (Int_t ipar=0; ipar<9; ipar++){
 595       Int_t counter=0;
 596       for (Int_t itime=0; itime<arr->GetEntriesFast(); itime++){
 597         AliRelAlignerKalman * kalman = (AliRelAlignerKalman *) arr->UncheckedAt(itime);
 598         if (!kalman) continue;
 599         vX[counter]=kalman->GetTimeStamp();
 600         vY[counter]=(*(kalman->GetState()))[ipar];
 601         if (ipar==6) vY[counter]=1./(*(kalman->GetState()))[ipar]-1;
 602         vEx[counter]=0;
 603         vEy[counter]=TMath::Sqrt((*(kalman->GetStateCov()))(ipar,ipar));
 604         counter++;
 605       }
 606
 607       TGraphErrors * graph=new TGraphErrors(counter, vX.GetMatrixArray(),
 608                                           vY.GetMatrixArray(),
 609                                           vEx.GetMatrixArray(),
 610                                           vEy.GetMatrixArray());
 611       TString grName=grnames[iarray];
 612       grName+="_TPC_";
 613       grName+=grpar[ipar];
 614       graph->SetName(grName.Data());
 615       vdriftArray->AddLast(graph);
 616     }
 617   }
 618 }
 619
 620
 621
 622
 623 void AliTPCPreprocessorOffline::AddLaserGraphs(  TObjArray * vdriftArray, AliTPCcalibTime *timeDrift){
 624   //
 625   // add graphs for laser
 626   //
 627   const Double_t delayL0L1 = 0.071;  //this is hack for 1/2 weeks
 628   //THnSparse *hisN=0;
 629   TGraphErrors *grLaser[6]={0,0,0,0,0,0};
 630   //hisN = timeDrift->GetHistVdriftLaserA(0);
 631   if (timeDrift->GetHistVdriftLaserA(0)){
 632     grLaser[0]=MakeGraphFilter0(timeDrift->GetHistVdriftLaserA(0),0,2,5,delayL0L1);
 633     grLaser[0]->SetName("GRAPH_MEAN_DELAY_LASER_ALL_A");
 634     vdriftArray->AddLast(grLaser[0]);
 635   }
 636   if (timeDrift->GetHistVdriftLaserA(1)){
 637     grLaser[1]=MakeGraphFilter0(timeDrift->GetHistVdriftLaserA(1),0,2,5);
 638     grLaser[1]->SetName("GRAPH_MEAN_DRIFT_LASER_ALL_A");
 639     vdriftArray->AddLast(grLaser[1]);
 640   }
 641   if (timeDrift->GetHistVdriftLaserA(2)){
 642     grLaser[2]=MakeGraphFilter0(timeDrift->GetHistVdriftLaserA(2),0,2,5);
 643     grLaser[2]->SetName("GRAPH_MEAN_GLOBALYGRADIENT_LASER_ALL_A");
 644     vdriftArray->AddLast(grLaser[2]);
 645   }
 646   if (timeDrift->GetHistVdriftLaserC(0)){
 647     grLaser[3]=MakeGraphFilter0(timeDrift->GetHistVdriftLaserC(0),0,2,5,delayL0L1);
 648     grLaser[3]->SetName("GRAPH_MEAN_DELAY_LASER_ALL_C");
 649     vdriftArray->AddLast(grLaser[3]);
 650   }
 651   if (timeDrift->GetHistVdriftLaserC(1)){
 652     grLaser[4]=MakeGraphFilter0(timeDrift->GetHistVdriftLaserC(1),0,2,5);
 653     grLaser[4]->SetName("GRAPH_MEAN_DRIFT_LASER_ALL_C");
 654     vdriftArray->AddLast(grLaser[4]);
 655   }
 656   if (timeDrift->GetHistVdriftLaserC(2)){
 657     grLaser[5]=MakeGraphFilter0(timeDrift->GetHistVdriftLaserC(2),0,2,5);
 658     grLaser[5]->SetName("GRAPH_MEAN_GLOBALYGRADIENT_LASER_ALL_C");
 659     vdriftArray->AddLast(grLaser[5]);
 660   }
 661   for (Int_t i=0; i<6;i++){
 662     if (grLaser[i]) {
 663       SetDefaultGraphDrift(grLaser[i], 1,(i+20));
 664       grLaser[i]->GetYaxis()->SetTitle("Laser Correction");
 665     }
 666   }
 667 }
 668
 669
 670 TGraphErrors * AliTPCPreprocessorOffline::MakeGraphFilter0(THnSparse *hisN, Int_t itime, Int_t ival, Int_t minEntries, Double_t offset){
 671   //
 672   // Make graph with mean values and rms
 673   //
 674   hisN->GetAxis(itime)->SetRange(0,100000000);
 675   hisN->GetAxis(ival)->SetRange(0,100000000);
 676   TH1 * hisT      = hisN->Projection(itime);
 677   TH1 * hisV      = hisN->Projection(ival);
 678   //
 679   Int_t firstBinA = hisT->FindFirstBinAbove(2);
 680   Int_t lastBinA  = hisT->FindLastBinAbove(2);
 681   Int_t firstBinV = hisV->FindFirstBinAbove(0);
 682   Int_t lastBinV  = hisV->FindLastBinAbove(0);
 683   hisN->GetAxis(itime)->SetRange(firstBinA,lastBinA);
 684   hisN->GetAxis(ival)->SetRange(firstBinV,lastBinV);
 685   Int_t entries=0;
 686   for (Int_t ibin=firstBinA; ibin<=lastBinA; ibin++){
 687     Double_t cont = hisT->GetBinContent(ibin);
 688     if (cont<minEntries) continue;
 689     entries++;
 690   }
 691   TVectorD vecTime(entries);
 692   TVectorD vecMean0(entries);
 693   TVectorD vecRMS0(entries);
 694   TVectorD vecMean1(entries);
 695   TVectorD vecRMS1(entries);
 696   entries=0;
 697   for (Int_t ibin=firstBinA; ibin<=lastBinA; ibin++){
 698       Double_t cont = hisT->GetBinContent(ibin);
 699       if (cont<minEntries) continue;
 700       //hisN->GetAxis(itime)->SetRange(ibin-1,ibin+1);
 701       Int_t minBin = ibin-1;
 702       Int_t maxBin = ibin+1;
 703       if(minBin <= 0) minBin = 1;
 704       if(maxBin >= hisN->GetAxis(itime)->GetNbins()) maxBin = hisN->GetAxis(itime)->GetNbins()-1;
 705       hisN->GetAxis(itime)->SetRange(minBin,maxBin);
 706
 707       Double_t time = hisT->GetBinCenter(ibin);
 708       TH1 * his = hisN->Projection(ival);
 709       Double_t nentries0= his->GetBinContent(his->FindBin(0));
 710       if (cont-nentries0<minEntries) continue;
 711       //
 712       his->SetBinContent(his->FindBin(0),0);
 713       vecTime[entries]=time;
 714       vecMean0[entries]=his->GetMean()+offset;
 715       vecMean1[entries]=his->GetMeanError();
 716       vecRMS0[entries] =his->GetRMS();
 717       vecRMS1[entries] =his->GetRMSError();
 718       delete his;
 719       entries++;
 720   }
 721   delete hisT;
 722   delete hisV;
 723   TGraphErrors * graph =  new TGraphErrors(entries,vecTime.GetMatrixArray(), vecMean0.GetMatrixArray(),                                    0, vecMean1.GetMatrixArray());
 724   return graph;
 725 }
 726
 727
 728
 729
 730
 731
 732
 733
 734 void AliTPCPreprocessorOffline::SetDefaultGraphDrift(TGraph *graph, Int_t color, Int_t style){
 735   //
 736   // Set default style for QA views
 737   //
 738   graph->GetXaxis()->SetTimeDisplay(kTRUE);
 739   graph->GetXaxis()->SetTimeFormat("#splitline{%d/%m}{%H:%M}");
 740   graph->SetMaximum( 0.025);
 741   graph->SetMinimum(-0.025);
 742   graph->GetXaxis()->SetTitle("Time");
 743   graph->GetYaxis()->SetTitle("v_{dcorr}");
 744   //
 745   graph->GetYaxis()->SetLabelSize(0.03);
 746   graph->GetXaxis()->SetLabelSize(0.03);
 747   //
 748   graph->GetXaxis()->SetNdivisions(10,5,0);
 749   graph->GetYaxis()->SetNdivisions(10,5,0);
 750   //
 751   graph->GetXaxis()->SetLabelOffset(0.02);
 752   graph->GetYaxis()->SetLabelOffset(0.005);
 753   //
 754   graph->GetXaxis()->SetTitleOffset(1.3);
 755   graph->GetYaxis()->SetTitleOffset(1.2);
 756   //
 757   graph->SetMarkerColor(color);
 758   graph->SetLineColor(color);
 759   graph->SetMarkerStyle(style);
 760 }
 761
 762 void AliTPCPreprocessorOffline::SetPadStyle(TPad *pad, Float_t mx0, Float_t mx1, Float_t my0, Float_t my1){
 763   //
 764   // Set default pad style for QA
 765   //
 766   pad->SetTicks(1,1);
 767   pad->SetMargin(mx0,mx1,my0,my1);
 768 }
 769
 770
 771 void AliTPCPreprocessorOffline::MakeDefaultPlots(TObjArray * const arr, TObjArray * /*picArray*/){
 772   //
 773   // 0. make a default QA plots
 774   // 1. Store them in the array
 775   //
 776   //
 777   Float_t mx0=0.12, mx1=0.1, my0=0.15, my1=0.1;
 778   //
 779   TGraphErrors* laserA       =(TGraphErrors*)arr->FindObject("GRAPH_MEAN_DRIFT_LASER_ALL_A");
 780   TGraphErrors* laserC       =(TGraphErrors*)arr->FindObject("GRAPH_MEAN_DRIFT_LASER_ALL_C");
 781   TGraphErrors* cosmic       =(TGraphErrors*)arr->FindObject("TGRAPHERRORS_MEAN_VDRIFT_COSMICS_ALL");
 782   TGraphErrors* cross        =(TGraphErrors*)arr->FindObject("TGRAPHERRORS_VDRIFT_CROSS_ALL");
 783   TGraphErrors* itstpcP       =(TGraphErrors*)arr->FindObject("ALIGN_ITSP_TPC_DRIFTVD");
 784   TGraphErrors* itstpcM       =(TGraphErrors*)arr->FindObject("ALIGN_ITSM_TPC_DRIFTVD");
 785   TGraphErrors* itstpcB       =(TGraphErrors*)arr->FindObject("ALIGN_ITSB_TPC_DRIFTVD");
 786   //
 787   if (laserA)  SetDefaultGraphDrift(laserA,2,25);
 788   if (laserC)  SetDefaultGraphDrift(laserC,4,26);
 789   if (cosmic)  SetDefaultGraphDrift(cosmic,3,27);
 790   if (cross)   SetDefaultGraphDrift(cross,4,28);
 791   if (itstpcP) SetDefaultGraphDrift(itstpcP,2,29);
 792   if (itstpcM) SetDefaultGraphDrift(itstpcM,4,30);
 793   if (itstpcB) SetDefaultGraphDrift(itstpcB,1,31);
 794   //
 795   //
 796   TPad *pad=0;
 797   //
 798   // Laser-Laser
 799   //
 800   if (laserA&&laserC){
 801     pad = new TCanvas("TPCLaserVDrift","TPCLaserVDrift");
 802     laserA->Draw("alp");
 803     SetPadStyle(pad,mx0,mx1,my0,my1);
 804     laserA->Draw("apl");
 805     laserC->Draw("p");
 806     TLegend *legend = new TLegend(mx0+0.01,1-my1-0.2, 0.5, 1-my1-0.01, "Drift velocity correction");
 807     legend->AddEntry(laserA,"Laser A side");
 808     legend->AddEntry(laserC,"Laser C side");
 809     legend->Draw();
 810     //picArray->AddLast(pad);
 811   }
 812
 813   if (itstpcP&&itstpcM&&itstpcB){
 814     pad = new TCanvas("ITSTPC","ITSTPC");
 815     itstpcP->Draw("alp");
 816     SetPadStyle(pad,mx0,mx1,my0,my1);
 817     itstpcP->Draw("alp");
 818     gPad->Clear();
 819     itstpcM->Draw("apl");
 820     itstpcP->Draw("p");
 821     itstpcB->Draw("p");
 822     TLegend *legend = new TLegend(mx0+0.01,1-my1-0.2, 0.5, 1-my1-0.01, "Drift velocity correction");
 823     legend->AddEntry(itstpcP,"ITS-TPC smooth plus");
 824     legend->AddEntry(itstpcM,"ITS-TPC smooth minus");
 825     legend->AddEntry(itstpcB,"ITS-TPC smooth ");
 826     legend->Draw();
 827     //picArray->AddLast(pad);
 828   }
 829
 830   if (itstpcB&&laserA&&itstpcP&&itstpcM){
 831     pad = new TCanvas("ITSTPC_LASER","ITSTPC_LASER");
 832     SetPadStyle(pad,mx0,mx1,my0,my1);
 833     laserA->Draw("alp");
 834     itstpcP->Draw("p");
 835     itstpcM->Draw("p");
 836     itstpcB->Draw("p");
 837     TLegend *legend = new TLegend(mx0+0.01,1-my1-0.2, 0.5, 1-my1-0.01, "Drift velocity correction");
 838     legend->AddEntry(laserA,"TPC laser");
 839     legend->AddEntry(itstpcP,"ITS-TPC smooth plus");
 840     legend->AddEntry(itstpcM,"ITS-TPC smooth minus");
 841     legend->AddEntry(itstpcB,"ITS-TPC smooth ");
 842     legend->Draw();
 843     //picArray->AddLast(pad);
 844   }
 845
 846   if (itstpcP&&cross){
 847     pad = new TCanvas("ITSTPC_CROSS","ITSTPC_CROSS");
 848     SetPadStyle(pad,mx0,mx1,my0,my1);
 849     itstpcP->Draw("alp");
 850     pad->Clear();
 851     cross->Draw("ap");
 852     itstpcP->Draw("p");
 853     //
 854     TLegend *legend = new TLegend(mx0+0.01,1-my1-0.2, 0.5, 1-my1-0.01, "Drift velocity correction");
 855
 856     legend->AddEntry(cross,"TPC cross tracks");
 857     legend->AddEntry(itstpcB,"ITS-TPC smooth");
 858     legend->Draw();
 859     //picArray->AddLast(pad);
 860   }
 861   if (itstpcP&&cosmic){
 862     pad = new TCanvas("ITSTPC_COSMIC","ITSTPC_COSMIC");
 863     SetPadStyle(pad,mx0,mx1,my0,my1);
 864     itstpcP->Draw("alp");
 865     pad->Clear();
 866     cosmic->Draw("ap");
 867     itstpcP->Draw("p");
 868     //
 869     TLegend *legend = new TLegend(mx0+0.01,1-my1-0.2, 0.5, 1-my1-0.01, "Drift velocity correction");
 870
 871     legend->AddEntry(cosmic,"TPC cross tracks0 up-down");
 872     legend->AddEntry(itstpcB,"ITS-TPC smooth");
 873     legend->Draw();
 874     //picArray->AddLast(pad);
 875   }
 876 }
 877
 878
 879
 880
 881 void AliTPCPreprocessorOffline::CalibTimeGain(const Char_t* fileName, Int_t startRunNumber, Int_t endRunNumber,  AliCDBStorage* pocdbStorage){
 882   //
 883   // Update OCDB gain
 884   //
 885   if (pocdbStorage==0) {
 886     TString localStorage = "local://"+gSystem->GetFromPipe("pwd")+"/OCDB";
 887     pocdbStorage = AliCDBManager::Instance()->GetStorage(localStorage.Data());
 888   }
 889
 890   //
 891   // 1. Read gain values
 892   //
 893   ReadGainGlobal(fileName);
 894
 895   //
 896   // 2. Extract calibration values
 897   //
 898   AnalyzeGain(startRunNumber,endRunNumber, 1000,1.43);
 899   AnalyzeAttachment(startRunNumber,endRunNumber);
 900   AnalyzePadRegionGain();
 901   AnalyzeGainMultiplicity();
 902   AnalyzeGainChamberByChamber();
 903   //
 904   // 3. Make control plots
 905   //
 906   MakeQAPlot(1.43);
 907
 908   //
 909   // 4. validate OCDB entries
 910   //
 911   if(fSwitchOnValidation==kTRUE && ValidateTimeGain()==kFALSE) {
 912     Printf("TPC time gain OCDB parameters out of range!");
 913     return;
 914   }
 915
 916   //
 917   // 5. Update OCDB
 918   //
 919   UpdateOCDBGain( startRunNumber, endRunNumber, pocdbStorage);
 920 }
 921
 922 void AliTPCPreprocessorOffline::ReadGainGlobal(const Char_t* fileName){
 923   //
 924   // read calibration entries from file
 925   //
 926   TFile fcalib(fileName);
 927   TObject* obj = dynamic_cast<TObject*>(fcalib.Get("TPCCalib"));
 928   TObjArray * array = dynamic_cast<TObjArray*>(obj);
 929   TDirectory * dir = dynamic_cast<TDirectory*>(obj);
 930   if (dir) {
 931     fGainMIP    = dynamic_cast<AliTPCcalibTimeGain *>(dir->Get("calibTimeGain"));
 932     fGainCosmic = dynamic_cast<AliTPCcalibTimeGain *>(dir->Get("calibTimeGainCosmic"));
 933     fGainMult   = dynamic_cast<AliTPCcalibGainMult *>(dir->Get("calibGainMult"));
 934   }
 935   else if (array){
 936     fGainMIP    = ( AliTPCcalibTimeGain *)array->FindObject("calibTimeGain");
 937     fGainCosmic = ( AliTPCcalibTimeGain *)array->FindObject("calibTimeGainCosmic");
 938     fGainMult   = ( AliTPCcalibGainMult *)array->FindObject("calibGainMult");
 939   }else{
 940     fGainMIP    = ( AliTPCcalibTimeGain *)fcalib.Get("calibTimeGain");
 941     fGainCosmic = ( AliTPCcalibTimeGain *)fcalib.Get("calibTimeGainCosmic");
 942     fGainMult   = ( AliTPCcalibGainMult *)fcalib.Get("calibGainMult");
 943   }
 944   if (!fGainMult){
 945     TFile calibMultFile("TPCMultObjects.root");
 946     fGainMult   = ( AliTPCcalibGainMult *)calibMultFile.Get("calibGainMult");
 947   }
 948   TH1 * hisT=0;
 949   Int_t firstBinA =0, lastBinA=0;
 950
 951   if (fGainCosmic){
 952     hisT= fGainCosmic->GetHistGainTime()->Projection(1);
 953     firstBinA = hisT->FindFirstBinAbove(2);
 954     lastBinA  = hisT->FindLastBinAbove(2);
 955     fGainCosmic->GetHistGainTime()->GetAxis(1)->SetRange(firstBinA,lastBinA);
 956     delete hisT;
 957   }
 958
 959   if (fGainMIP){
 960     hisT= fGainMIP->GetHistGainTime()->Projection(1);
 961     firstBinA = hisT->FindFirstBinAbove(2);
 962     lastBinA  = hisT->FindLastBinAbove(2);
 963     fGainMIP->GetHistGainTime()->GetAxis(1)->SetRange(firstBinA,lastBinA);
 964     delete hisT;
 965   }
 966
 967 }
 968
 969 Bool_t AliTPCPreprocessorOffline::AnalyzeGain(Int_t startRunNumber, Int_t endRunNumber, Int_t minEntriesGaussFit,  Float_t FPtoMIPratio){
 970   //
 971   // Analyze gain - produce the calibration graphs
 972   //
 973
 974   // 1.) try to create MIP spline
 975   if (fGainMIP)
 976   {
 977     fGainMIP->GetHistGainTime()->GetAxis(5)->SetRangeUser(startRunNumber, endRunNumber);
 978     fGainMIP->GetHistGainTime()->GetAxis(2)->SetRangeUser(1.51,2.49); // only beam data
 979     fGainMIP->GetHistGainTime()->GetAxis(4)->SetRangeUser(0.39,0.51); // only MIP pions
 980     //
 981     fGraphMIP = AliTPCcalibBase::FitSlices(fGainMIP->GetHistGainTime(),0,1,minEntriesGaussFit,10,0.1,0.7);
 982     if (fGraphMIP->GetN()==0) fGraphMIP = 0x0;
 983     if (fGraphMIP) fFitMIP = AliTPCcalibTimeGain::MakeSplineFit(fGraphMIP);
 984     if (fGraphMIP) fGraphMIP->SetName("TGRAPHERRORS_MEAN_GAIN_BEAM_ALL");// set proper names according to naming convention
 985     fGainArray->AddAt(fFitMIP,0);
 986   }
 987
 988   // 2.) try to create Cosmic spline
 989   if (fGainCosmic)
 990   {
 991     fGainCosmic->GetHistGainTime()->GetAxis(2)->SetRangeUser(0.51,1.49); // only cosmics
 992     fGainCosmic->GetHistGainTime()->GetAxis(4)->SetRangeUser(20,100);    // only Fermi-Plateau muons
 993     //
 994     fGraphCosmic = AliTPCcalibBase::FitSlices(fGainCosmic->GetHistGainTime(),0,1,minEntriesGaussFit,10);
 995     if (fGraphCosmic->GetN()==0) fGraphCosmic = 0x0;
 996     //
 997     if (fGraphCosmic) {
 998       for(Int_t i=0; i < fGraphCosmic->GetN(); i++) {
 999         fGraphCosmic->GetY()[i] /= FPtoMIPratio;
1000         fGraphCosmic->GetEY()[i] /= FPtoMIPratio;
1001       }
1002     }
1003     //
1004     if (fGraphCosmic) fFitCosmic = AliTPCcalibTimeGain::MakeSplineFit(fGraphCosmic);
1005     if (fGraphCosmic) fGraphCosmic->SetName("TGRAPHERRORS_MEAN_GAIN_COSMIC_ALL"); // set proper names according to naming convention
1006     fGainArray->AddAt(fFitCosmic,1);
1007   }
1008   // with naming convention and backward compatibility
1009   fGainArray->AddAt(fGraphMIP,2);
1010   fGainArray->AddAt(fGraphCosmic,3);
1011   cout << "fGraphCosmic: " << fGraphCosmic << " fGraphMIP " << fGraphMIP << endl;
1012   return kTRUE;
1013
1014 }
1015
1016 Bool_t AliTPCPreprocessorOffline::AnalyzeAttachment(Int_t startRunNumber, Int_t endRunNumber, Int_t minEntriesFit) {
1017   //
1018   // determine slope as a function of mean driftlength
1019   //
1020   if(!fGainMIP) return kFALSE;
1021
1022   fGainMIP->GetHistGainTime()->GetAxis(5)->SetRangeUser(startRunNumber, endRunNumber);
1023   //
1024   fGainMIP->GetHistGainTime()->GetAxis(2)->SetRangeUser(1.51,2.49); // only beam data
1025   fGainMIP->GetHistGainTime()->GetAxis(4)->SetRangeUser(0.39,0.51); // only MIP pions
1026   //
1027   fGainMIP->GetHistGainTime()->GetAxis(3)->SetRangeUser(125,250);// only full tracking region (driftlength)
1028   fGainMIP->GetHistGainTime()->GetAxis(0)->SetRangeUser(1.5,3.5);// only full tracking region (driftlength)
1029   //
1030   TH3D * hist = fGainMIP->GetHistGainTime()->Projection(1, 0, 3);
1031   //
1032   Double_t *xvec = new Double_t[hist->GetNbinsX()];
1033   Double_t *yvec = new Double_t[hist->GetNbinsX()];
1034   Double_t *xerr = new Double_t[hist->GetNbinsX()];
1035   Double_t *yerr = new Double_t[hist->GetNbinsX()];
1036   Int_t counter  = 0;
1037   //
1038   for(Int_t i=1; i < hist->GetNbinsX(); i++) {
1039     Int_t nsum=0;
1040     Int_t imin   =  i;
1041     Int_t imax   =  i;
1042     for (Int_t idelta=0; idelta<5; idelta++){
1043       //
1044       imin   =  TMath::Max(i-idelta,1);
1045       imax   =  TMath::Min(i+idelta,hist->GetNbinsX());
1046       nsum = TMath::Nint(hist->Integral(imin,imax,1,hist->GetNbinsY()-1,1,hist->GetNbinsZ()-1));
1047       //if (nsum==0) break;
1048       if (nsum>minEntriesFit) break;
1049     }
1050     if (nsum<minEntriesFit) continue;
1051     //
1052     fGainMIP->GetHistGainTime()->GetAxis(1)->SetRangeUser(hist->GetXaxis()->GetBinCenter(imin-1),hist->GetXaxis()->GetBinCenter(imax+1)); // define time range
1053     TH2D * histZdep = fGainMIP->GetHistGainTime()->Projection(0,3);
1054     TObjArray arr;
1055     histZdep->FitSlicesY(0,0,-1,0,"QNR",&arr);
1056     TH1D * driftDep = (TH1D*)arr.At(1);
1057     delete histZdep;
1058     //TGraphErrors * driftDep = AliTPCcalibBase::FitSlices(fGainMIP->GetHistGainTime(),0,3,100,1,0.,1);
1059     /*if (driftDep->GetN() < 4) {
1060       delete driftDep;
1061       continue;
1062       }*/
1063     //
1064     //TObjArray arr;
1065     //
1066     TF1 pol1("polynom1","pol1",125,240);
1067     //driftDep->Fit(&pol1,"QNRROB=0.8");
1068     driftDep->Fit(&pol1,"QNR");
1069     xvec[counter] = 0.5*(hist->GetXaxis()->GetBinCenter(imin-1)+hist->GetXaxis()->GetBinCenter(imax+1));
1070     yvec[counter] = pol1.GetParameter(1)/pol1.GetParameter(0);
1071     xerr[counter] = hist->GetXaxis()->GetBinCenter(imax+1)-hist->GetXaxis()->GetBinCenter(imin-1);
1072     yerr[counter] = pol1.GetParError(1)/pol1.GetParameter(0);
1073     counter++;
1074     //
1075     //delete driftDep;
1076   }
1077   //
1078   fGraphAttachmentMIP = new TGraphErrors(counter, xvec, yvec, xerr, yerr);
1079   if (fGraphAttachmentMIP) fGraphAttachmentMIP->SetName("TGRAPHERRORS_MEAN_ATTACHMENT_BEAM_ALL");// set proper names according to naming convention
1080   fGainArray->AddLast(fGraphAttachmentMIP);
1081   //
1082   delete [] xvec;
1083   delete [] yvec;
1084   delete [] xerr;
1085   delete [] yerr;
1086   delete hist;
1087   //
1088   if (counter < 1) return kFALSE;
1089   return kTRUE;
1090
1091 }
1092
1093
1094 Bool_t AliTPCPreprocessorOffline::AnalyzePadRegionGain(){
1095   //
1096   // Analyze gain for different pad regions - produce the calibration graphs 0,1,2
1097   //
1098   if (fGainMult)
1099   {
1100     TH2D * histQmax = (TH2D*) fGainMult->GetHistPadEqual()->Projection(0,2);
1101     TH2D * histQtot = (TH2D*) fGainMult->GetHistPadEqual()->Projection(1,2);
1102     //
1103     TObjArray arr;
1104     histQmax->FitSlicesY(0,0,-1,0,"QNR",&arr);
1105     Double_t xMax[3] = {0,1,2};
1106     Double_t yMax[3]    = {((TH1D*)arr.At(1))->GetBinContent(1),
1107                            ((TH1D*)arr.At(1))->GetBinContent(2),
1108                            ((TH1D*)arr.At(1))->GetBinContent(3)};
1109     Double_t yMaxErr[3] = {((TH1D*)arr.At(1))->GetBinError(1),
1110                            ((TH1D*)arr.At(1))->GetBinError(2),
1111                            ((TH1D*)arr.At(1))->GetBinError(3)};
1112     TGraphErrors * fitPadRegionQmax = new TGraphErrors(3, xMax, yMax, 0, yMaxErr);
1113     //
1114     histQtot->FitSlicesY(0,0,-1,0,"QNR",&arr);
1115     Double_t xTot[3] = {0,1,2};
1116     Double_t yTot[3]    = {((TH1D*)arr.At(1))->GetBinContent(1),
1117                            ((TH1D*)arr.At(1))->GetBinContent(2),
1118                            ((TH1D*)arr.At(1))->GetBinContent(3)};
1119     Double_t yTotErr[3] = {((TH1D*)arr.At(1))->GetBinError(1),
1120                            ((TH1D*)arr.At(1))->GetBinError(2),
1121                            ((TH1D*)arr.At(1))->GetBinError(3)};
1122     TGraphErrors * fitPadRegionQtot = new TGraphErrors(3, xTot, yTot, 0, yTotErr);
1123     //
1124     fitPadRegionQtot->SetName("TGRAPHERRORS_MEANQTOT_PADREGIONGAIN_BEAM_ALL");// set proper names according to naming convention
1125     fitPadRegionQmax->SetName("TGRAPHERRORS_MEANQMAX_PADREGIONGAIN_BEAM_ALL");// set proper names according to naming convention
1126     //
1127     fGainArray->AddLast(fitPadRegionQtot);
1128     fGainArray->AddLast(fitPadRegionQmax);
1129     return kTRUE;
1130   }
1131   return kFALSE;
1132
1133 }
1134
1135
1136 Bool_t AliTPCPreprocessorOffline::AnalyzeGainMultiplicity() {
1137   //
1138   // Analyze gain as a function of multiplicity and produce calibration graphs
1139   //
1140   if (!fGainMult) return kFALSE;
1141   fGainMult->GetHistGainMult()->GetAxis(3)->SetRangeUser(3,3);
1142   TH2D * histMultMax = fGainMult->GetHistGainMult()->Projection(0,4);
1143   TH2D * histMultTot = fGainMult->GetHistGainMult()->Projection(1,4);
1144   histMultMax->RebinX(4);
1145   histMultTot->RebinX(4);
1146   //
1147   TObjArray arrMax;
1148   TObjArray arrTot;
1149   histMultMax->FitSlicesY(0,0,-1,0,"QNR",&arrMax);
1150   histMultTot->FitSlicesY(0,0,-1,0,"QNR",&arrTot);
1151   //
1152   TH1D * meanMax = (TH1D*)arrMax.At(1);
1153   TH1D * meanTot = (TH1D*)arrTot.At(1);
1154   Float_t meanMult = histMultMax->GetMean();
1155   if(meanMax->GetBinContent(meanMax->FindBin(meanMult))) {
1156     meanMax->Scale(1./meanMax->GetBinContent(meanMax->FindBin(meanMult)));
1157   }
1158   else {
1159    return kFALSE;
1160   }
1161   if(meanTot->GetBinContent(meanTot->FindBin(meanMult))) {
1162     meanTot->Scale(1./meanTot->GetBinContent(meanTot->FindBin(meanMult)));
1163   }
1164   else {
1165    return kFALSE;
1166   }
1167   Float_t xMultMax[50];
1168   Float_t yMultMax[50];
1169   Float_t yMultErrMax[50];
1170   Float_t xMultTot[50];
1171   Float_t yMultTot[50];
1172   Float_t yMultErrTot[50];
1173   //
1174   Int_t nCountMax = 0;
1175   for(Int_t iBin = 1; iBin < meanMax->GetXaxis()->GetNbins(); iBin++) {
1176     Float_t yValMax = meanMax->GetBinContent(iBin);
1177     if (yValMax < 0.7) continue;
1178     if (yValMax > 1.3) continue;
1179     if (meanMax->GetBinError(iBin)/yValMax > 0.01) continue;
1180     xMultMax[nCountMax] = meanMax->GetXaxis()->GetBinCenter(iBin);
1181     yMultMax[nCountMax] = yValMax;
1182     yMultErrMax[nCountMax] = meanMax->GetBinError(iBin);
1183     nCountMax++;
1184   }
1185   //
1186   if (nCountMax < 10) return kFALSE;
1187   TGraphErrors * fitMultMax = new TGraphErrors(nCountMax, xMultMax, yMultMax, 0, yMultErrMax);
1188   fitMultMax->SetName("TGRAPHERRORS_MEANQMAX_MULTIPLICITYDEPENDENCE_BEAM_ALL");
1189   //
1190   Int_t nCountTot = 0;
1191   for(Int_t iBin = 1; iBin < meanTot->GetXaxis()->GetNbins(); iBin++) {
1192     Float_t yValTot = meanTot->GetBinContent(iBin);
1193     if (yValTot < 0.7) continue;
1194     if (yValTot > 1.3) continue;
1195     if (meanTot->GetBinError(iBin)/yValTot > 0.1) continue;
1196     xMultTot[nCountTot] = meanTot->GetXaxis()->GetBinCenter(iBin);
1197     yMultTot[nCountTot] = yValTot;
1198     yMultErrTot[nCountTot] = meanTot->GetBinError(iBin);
1199     nCountTot++;
1200   }
1201   //
1202   if (nCountTot < 10) return kFALSE;
1203   TGraphErrors *  fitMultTot = new TGraphErrors(nCountTot, xMultTot, yMultTot, 0, yMultErrTot);
1204   fitMultTot->SetName("TGRAPHERRORS_MEANQTOT_MULTIPLICITYDEPENDENCE_BEAM_ALL");
1205   //
1206   fGainArray->AddLast(fitMultMax);
1207   fGainArray->AddLast(fitMultTot);
1208   //
1209   return kTRUE;
1210
1211 }
1212
1213 Bool_t AliTPCPreprocessorOffline::AnalyzeGainChamberByChamber(){
1214   //
1215   // get chamber by chamber gain
1216   //
1217   if (!fGainMult) return kFALSE;
1218   TGraphErrors *grShort  = fGainMult->GetGainPerChamber(0);
1219   TGraphErrors *grMedium = fGainMult->GetGainPerChamber(1);
1220   TGraphErrors *grLong   = fGainMult->GetGainPerChamber(2);
1221   if (grShort==0x0 || grMedium==0x0 || grLong==0x0) {
1222     delete grShort;
1223     delete grMedium;
1224     delete grLong;
1225     return kFALSE;
1226   }
1227
1228   fGainArray->AddLast(grShort);
1229   fGainArray->AddLast(grMedium);
1230   fGainArray->AddLast(grLong);
1231
1232   return kTRUE;
1233 }
1234
1235 void AliTPCPreprocessorOffline::UpdateOCDBGain(Int_t startRunNumber, Int_t endRunNumber, AliCDBStorage *storage){
1236   //
1237   // Update OCDB entry
1238   //
1239   AliCDBMetaData *metaData= new AliCDBMetaData();
1240   metaData->SetObjectClassName("TObjArray");
1241   metaData->SetResponsible("Alexander Kalweit");
1242   metaData->SetBeamPeriod(1);
1243   metaData->SetAliRootVersion("05-24-00"); //root version
1244   metaData->SetComment("Calibration of the time dependence of the gain due to pressure and temperature changes.");
1245   AliCDBId id1("TPC/Calib/TimeGain", startRunNumber, endRunNumber);
1246   storage->Put(fGainArray, id1, metaData);
1247 }
1248
1249 void AliTPCPreprocessorOffline::MakeQAPlot(Float_t  FPtoMIPratio) {
1250   //
1251   // Make QA plot to visualize results
1252   //
1253   //
1254   //
1255   if (fGraphCosmic) {
1256     TCanvas * canvasCosmic = new TCanvas("gain Cosmic", "time dependent gain QA histogram cosmic");
1257     canvasCosmic->cd();
1258     TH2D * gainHistoCosmic = fGainCosmic->GetHistGainTime()->Projection(0,1);
1259     gainHistoCosmic->SetDirectory(0);
1260     gainHistoCosmic->SetName("GainHistoCosmic");
1261     gainHistoCosmic->GetXaxis()->SetTimeDisplay(kTRUE);
1262     gainHistoCosmic->GetXaxis()->SetTimeFormat("#splitline{%d/%m}{%H:%M}");
1263     gainHistoCosmic->Draw("colz");
1264     fGraphCosmic->SetMarkerStyle(25);
1265     fGraphCosmic->Draw("lp");
1266     fGraphCosmic->SetMarkerStyle(25);
1267     TGraph * grfFitCosmic = fFitCosmic->MakeGraph(fGraphCosmic->GetX()[0],fGraphCosmic->GetX()[fGraphCosmic->GetN()-1],50000,0);
1268     if (grfFitCosmic) {
1269       for(Int_t i=0; i < grfFitCosmic->GetN(); i++) {
1270         grfFitCosmic->GetY()[i] *= FPtoMIPratio;
1271       }
1272       for(Int_t i=0; i < fGraphCosmic->GetN(); i++) {
1273         fGraphCosmic->GetY()[i] *= FPtoMIPratio;
1274       }
1275     }
1276     fGraphCosmic->Draw("lp");
1277     if (grfFitCosmic) {
1278       grfFitCosmic->SetLineColor(2);
1279       grfFitCosmic->Draw("lu");
1280     }
1281     fGainArray->AddLast(gainHistoCosmic);
1282     //fGainArray->AddLast(canvasCosmic->Clone());
1283     delete canvasCosmic;
1284   }
1285   if (fFitMIP) {
1286     TCanvas * canvasMIP = new TCanvas("gain MIP", "time dependent gain QA histogram MIP");
1287     canvasMIP->cd();
1288     TH2D * gainHistoMIP    = fGainMIP->GetHistGainTime()->Projection(0,1);
1289     gainHistoMIP->SetName("GainHistoCosmic");
1290     gainHistoMIP->SetDirectory(0);
1291     gainHistoMIP->GetXaxis()->SetTimeDisplay(kTRUE);
1292     gainHistoMIP->GetXaxis()->SetTimeFormat("#splitline{%d/%m}{%H:%M}");
1293     gainHistoMIP->Draw("colz");
1294     fGraphMIP->SetMarkerStyle(25);
1295     fGraphMIP->Draw("lp");
1296     TGraph * grfFitMIP = fFitMIP->MakeGraph(fGraphMIP->GetX()[0],fGraphMIP->GetX()[fGraphMIP->GetN()-1],50000,0);
1297     grfFitMIP->SetLineColor(2);
1298     grfFitMIP->Draw("lu");
1299     fGainArray->AddLast(gainHistoMIP);
1300     //fGainArray->AddLast(canvasMIP->Clone());
1301     delete canvasMIP;
1302   }
1303 }
1304
1305 void AliTPCPreprocessorOffline::MakeFitTime(){
1306   //
1307   // make aligment fit - store results in the file
1308   //
1309   const Int_t kMinEntries=1000;
1310   MakeChainTime();
1311   MakePrimitivesTime();
1312   if (!fAlignTree) return;
1313   if (fAlignTree->GetEntries()<kMinEntries) return;
1314   fAlignTree->SetAlias("ptype","type");
1315   fAlignTree->SetAlias("hasITS","(1+0)");
1316   fAlignTree->SetAlias("dITS","1-2*(refX<40)");
1317   fAlignTree->SetAlias("isITS","refX>10");
1318   fAlignTree->SetAlias("isVertex","refX<10");
1319   //
1320   Int_t  npointsMax=30000000;
1321   TStatToolkit toolkit;
1322   Double_t chi2=0;
1323   Int_t    npoints=0;
1324   TVectorD param;
1325   TMatrixD covar;
1326
1327   TString fstringFast="";
1328   fstringFast+="FExBTwistX++";
1329   fstringFast+="FExBTwistY++";
1330   fstringFast+="FAlignRot0D++";
1331   fstringFast+="FAlignTrans0D++";
1332   fstringFast+="FAlignTrans1D++";
1333   //
1334   fstringFast+="hasITS*FAlignTrans0++";
1335   fstringFast+="hasITS*FAlignTrans1++";
1336   fstringFast+="hasITS*FAlignRot0++";
1337   fstringFast+="hasITS*FAlignRot1++";
1338   fstringFast+="hasITS*FAlignRot2++";
1339   //
1340   fstringFast+="dITS*FAlignTrans0++";
1341   fstringFast+="dITS*FAlignTrans1++";
1342   fstringFast+="dITS*FAlignRot0++";
1343   fstringFast+="dITS*FAlignRot1++";
1344   fstringFast+="dITS*FAlignRot2++";
1345
1346   TCut cutFit="entries>10&&abs(mean)>0.00001&&rms>0";
1347   fAlignTree->SetAlias("err","rms");
1348
1349   TString *strDeltaITS = TStatToolkit::FitPlaneConstrain(fAlignTree,"mean:err", fstringFast.Data(),cutFit, chi2,npoints,param,covar,-1,0, npointsMax, 1);
1350   strDeltaITS->Tokenize("++")->Print();
1351   fAlignTree->SetAlias("fitYFast",strDeltaITS->Data());
1352   //
1353   TVectorD paramC= param;
1354   TMatrixD covarC= covar;
1355   TStatToolkit::Constrain1D(fstringFast,"Trans0D",paramC,covarC,0, 0.1);
1356   TStatToolkit::Constrain1D(fstringFast,"Trans1D",paramC,covarC,0, 0.1);
1357   TStatToolkit::Constrain1D(fstringFast,"TwistX",paramC,covarC,0, 0.1);
1358   TStatToolkit::Constrain1D(fstringFast,"TwistY",paramC,covarC,0, 0.1);
1359   TString strFitConst=TStatToolkit::MakeFitString(fstringFast, paramC,covar);
1360   fAlignTree->SetAlias("fitYFastC",strFitConst.Data());
1361   CreateAlignTime(fstringFast,paramC);
1362
1363
1364 }
1365
1366
1367 void AliTPCPreprocessorOffline::MakeChainTime(){
1368   //
1369   //
1370   //
1371   TFile f("CalibObjects.root");
1372
1373   //  const char *cdtype[7]={"ITS","TRD","Vertex","TOF","TPC","TPC0","TPC1"};
1374   //const char *cptype[5]={"dy","dz","dsnp","dtheta","d1pt"};
1375   const char * hname[5]={"dy","dz","dsnp","dtheta","d1pt"};
1376   Int_t run=0;
1377   AliTPCcalibTime  *calibTime = 0;
1378   TObject* obj = dynamic_cast<TObject*>(f.Get("TPCCalib"));
1379   TObjArray * array = dynamic_cast<TObjArray*>(obj);
1380   TDirectory * dir = dynamic_cast<TDirectory*>(obj);
1381   if (dir) {
1382     calibTime = dynamic_cast<AliTPCcalibTime*>(dir->Get("calibTime"));
1383   }
1384   else if (array){
1385     calibTime = (AliTPCcalibTime *)array->FindObject("calibTime");
1386   } else {
1387     calibTime = (AliTPCcalibTime*)f.Get("calibTime");
1388   }
1389   if (!calibTime) return;
1390   AliTPCCorrectionFit::CreateAlignMaps(AliTracker::GetBz(), run);
1391   TTreeSRedirector *pcstream = new TTreeSRedirector("meanITSVertex.root");
1392   //
1393   Int_t ihis=0;
1394   THnSparse *his = calibTime->GetResHistoTPCITS(ihis);
1395   if (his){
1396     his->GetAxis(1)->SetRangeUser(-1.1,1.1);
1397     his->GetAxis(2)->SetRange(0,1000000);
1398     his->GetAxis(3)->SetRangeUser(-0.35,0.35);
1399     AliTPCCorrection::MakeDistortionMap(his,pcstream, Form("ITS%s",hname[ihis]),run,85.,ihis,3);
1400   }
1401   ihis=1;
1402   his = calibTime->GetResHistoTPCITS(ihis);
1403   if (his){
1404     his->GetAxis(1)->SetRangeUser(-1.1,1.1);
1405     his->GetAxis(2)->SetRange(0,1000000);
1406     his->GetAxis(3)->SetRangeUser(-0.35,0.35);
1407     AliTPCCorrection::MakeDistortionMap(his,pcstream, Form("ITS%s",hname[ihis]),run,85.,ihis,3);
1408   }
1409   ihis=2;
1410   his = calibTime->GetResHistoTPCITS(ihis);
1411   if (his){
1412     his->GetAxis(1)->SetRangeUser(-1.1,1.1);
1413     his->GetAxis(2)->SetRange(0,1000000);
1414     his->GetAxis(3)->SetRangeUser(-0.35,0.35);
1415     AliTPCCorrection::MakeDistortionMap(his,pcstream, Form("ITS%s",hname[ihis]),run,85.,ihis,3);
1416   }
1417   ihis=0;
1418   his = calibTime->GetResHistoTPCvertex(ihis);
1419   if (his){
1420     his->GetAxis(1)->SetRangeUser(-1.1,1.1);
1421     his->GetAxis(2)->SetRange(0,1000000);
1422     his->GetAxis(3)->SetRangeUser(-0.35,0.35);
1423     AliTPCCorrection::MakeDistortionMap(his,pcstream, Form("Vertex%s",hname[ihis]),run,0.,ihis,3);
1424   }
1425   ihis=2;
1426   his = calibTime->GetResHistoTPCvertex(ihis);
1427   if (his){
1428     his->GetAxis(1)->SetRangeUser(-1.1,1.1);
1429     his->GetAxis(2)->SetRange(0,1000000);
1430     his->GetAxis(3)->SetRangeUser(-0.35,0.35);
1431     AliTPCCorrection::MakeDistortionMap(his,pcstream, Form("Vertex%s",hname[ihis]),run,0.,ihis,3);
1432
1433   }
1434   ihis=1;
1435   his = calibTime->GetResHistoTPCvertex(ihis);
1436   if (his){
1437     his->GetAxis(1)->SetRangeUser(-1.1,1.1);
1438     his->GetAxis(2)->SetRange(0,1000000);
1439     his->GetAxis(3)->SetRangeUser(-0.35,0.35);
1440     AliTPCCorrection::MakeDistortionMap(his,pcstream, Form("Vertex%s",hname[ihis]),run,0.,ihis,3);
1441
1442   }
1443   ihis=0;
1444   his = calibTime->GetResHistoTPCTOF(ihis);
1445   if (his){
1446     his->GetAxis(1)->SetRangeUser(-1.1,1.1);
1447     his->GetAxis(2)->SetRange(0,1000000);
1448     his->GetAxis(3)->SetRangeUser(-0.35,0.35);
1449     AliTPCCorrection::MakeDistortionMap(his,pcstream, Form("TOF%s",hname[ihis]),run,0.,ihis,3);
1450
1451   }
1452   ihis=0;
1453   his = calibTime->GetResHistoTPCTRD(ihis);
1454   if (his){
1455     his->GetAxis(1)->SetRangeUser(-1.1,1.1);
1456     his->GetAxis(2)->SetRange(0,1000000);
1457     his->GetAxis(3)->SetRangeUser(-0.35,0.35);
1458     AliTPCCorrection::MakeDistortionMap(his,pcstream, Form("TRD%s",hname[ihis]),run,0.,ihis,3);
1459
1460   }
1461   delete pcstream;
1462 }
1463
1464
1465 Double_t AliTPCPreprocessorOffline::EvalAt(Double_t phi, Double_t refX, Double_t theta, Int_t corr, Int_t ptype){
1466   //
1467   //
1468   //
1469   Double_t sector = 9*phi/TMath::Pi();
1470   if (sector<0) sector+=18;
1471   Double_t y85=AliTPCCorrection::GetCorrSector(sector,85,theta,1,corr);
1472   Double_t y245=AliTPCCorrection::GetCorrSector(sector,245,theta,1,corr);
1473   if (ptype==0) return y85+(y245-y85)*(refX-85.)/(245.-85.);
1474   if (ptype==2) return (y245-y85)/(245.-85.);
1475   return 0;
1476 }
1477
1478
1479 Double_t AliTPCPreprocessorOffline::EvalAtPar(Double_t phi0, Double_t snp, Double_t refX, Double_t theta, Int_t corr, Int_t ptype, Int_t nsteps){
1480   //
1481   // Fit the distortion along the line with the parabolic model
1482   // Parameters:
1483   //  phi0 - phi at the entrance of the TPC
1484   //  snp  - local inclination angle at the entrance of the TPC
1485   //  refX - ref X where the distortion is evanluated
1486   //  theta
1487   //
1488   static TLinearFitter fitter(3,"pol2");
1489   fitter.ClearPoints();
1490   if (nsteps<3) nsteps=3;
1491   Double_t deltaX=(245-85)/(nsteps);
1492   for (Int_t istep=0; istep<(nsteps+1); istep++){
1493     //
1494     Double_t localX =85.+deltaX*istep;
1495     Double_t localPhi=phi0+deltaX*snp*istep;
1496     Double_t sector = 9*localPhi/TMath::Pi();
1497     if (sector<0) sector+=18;
1498     Double_t y=AliTPCCorrection::GetCorrSector(sector,localX,theta,1,corr);
1499     Double_t dlocalX=AliTPCCorrection::GetCorrSector(sector,localX,theta,0,corr);
1500     Double_t x[1]={localX-dlocalX};
1501     fitter.AddPoint(x,y);
1502   }
1503   fitter.Eval();
1504   Double_t par[3];
1505   par[0]=fitter.GetParameter(0);
1506   par[1]=fitter.GetParameter(1);
1507   par[2]=fitter.GetParameter(2);
1508
1509   if (ptype==0) return par[0]+par[1]*refX+par[2]*refX*refX;
1510   if (ptype==2) return par[1]+2*par[2]*refX;
1511   if (ptype==4) return par[2];
1512   return 0;
1513 }
1514
1515
1516
1517
1518
1519
1520 void AliTPCPreprocessorOffline::MakePrimitivesTime(){
1521   //
1522   // Create primitive transformation to fit
1523   //
1524   fAlignTree=new TChain("fit","fit");
1525   fAlignTree->AddFile("meanITSVertex.root",10000000,"ITSdy");
1526   fAlignTree->AddFile("meanITSVertex.root",10000000,"ITSdsnp");
1527   fAlignTree->AddFile("meanITSVertex.root",10000000,"Vertexdy");
1528   fAlignTree->AddFile("meanITSVertex.root",10000000,"Vertexdsnp");
1529   //
1530   AliTPCParam *param= AliTPCcalibDB::Instance()->GetParameters();
1531   Double_t bzField=AliTrackerBase::GetBz();
1532   Double_t vdrift = param->GetDriftV()/1000000.; // [cm/us]   // From dataBase: to be updated: per second (ideally)
1533   Double_t ezField = 400; // [V/cm]   // to be updated: never (hopefully)
1534   Double_t wtP = -10.0 * (bzField) * vdrift /  ezField ;
1535   AliTPCExBTwist *fitExBTwistX= new  AliTPCExBTwist;
1536   AliTPCExBTwist *fitExBTwistY= new  AliTPCExBTwist;
1537   AliTPCCalibGlobalMisalignment *trans0   =new  AliTPCCalibGlobalMisalignment;
1538   AliTPCCalibGlobalMisalignment *trans1   =new  AliTPCCalibGlobalMisalignment;
1539   AliTPCCalibGlobalMisalignment *trans0D  =new  AliTPCCalibGlobalMisalignment;
1540   AliTPCCalibGlobalMisalignment *trans1D  =new  AliTPCCalibGlobalMisalignment;
1541   AliTPCCalibGlobalMisalignment *rot0     =new  AliTPCCalibGlobalMisalignment;
1542   AliTPCCalibGlobalMisalignment *rot1     =new  AliTPCCalibGlobalMisalignment;
1543   AliTPCCalibGlobalMisalignment *rot2     =new  AliTPCCalibGlobalMisalignment;
1544   AliTPCCalibGlobalMisalignment *rot3     =new  AliTPCCalibGlobalMisalignment;
1545   //
1546   //
1547   fitExBTwistX->SetXTwist(0.001);
1548   fitExBTwistX->SetOmegaTauT1T2(wtP,1,1);
1549   //
1550   fitExBTwistY->SetYTwist(0.001);
1551   fitExBTwistY->SetOmegaTauT1T2(wtP,1,1);
1552   //
1553   TGeoHMatrix *matrixRot = new TGeoHMatrix;
1554   TGeoHMatrix *matrixX = new TGeoHMatrix;
1555   TGeoHMatrix *matrixY = new TGeoHMatrix;
1556   matrixX->SetDx(0.1);
1557   matrixY->SetDy(0.1);
1558   Double_t rotAngles0[9]={0};
1559   Double_t rotAngles1[9]={0};
1560   Double_t rotAngles2[9]={0};
1561   //
1562   Double_t rotAngles3[9]={0};
1563
1564   rotAngles0[0]=1; rotAngles0[4]=1; rotAngles0[8]=1;
1565   rotAngles1[0]=1; rotAngles1[4]=1; rotAngles1[8]=1;
1566   rotAngles2[0]=1; rotAngles2[4]=1; rotAngles2[8]=1;
1567   rotAngles3[0]=1; rotAngles3[4]=1; rotAngles3[8]=1;
1568
1569   rotAngles0[1]=-0.001;rotAngles0[3]=0.001;
1570   rotAngles1[5]=-0.001;rotAngles1[7]=0.001;
1571   rotAngles2[2]=0.001;rotAngles2[6]=-0.001;
1572   rotAngles3[1]=0.001;rotAngles3[3]=-0.001;
1573   matrixRot->SetRotation(rotAngles0);
1574   rot0->SetAlignGlobal(matrixRot);
1575   matrixRot->SetRotation(rotAngles1);
1576   rot1->SetAlignGlobal(matrixRot);
1577   matrixRot->SetRotation(rotAngles2);
1578   rot2->SetAlignGlobal(matrixRot);
1579   matrixRot->SetRotation(rotAngles3);
1580   rot3->SetAlignGlobalDelta(matrixRot);
1581   //
1582   trans0->SetAlignGlobal(matrixX);
1583   trans1->SetAlignGlobal(matrixY);
1584   trans0D->SetAlignGlobalDelta(matrixX);
1585   trans1D->SetAlignGlobalDelta(matrixY);
1586   fitExBTwistX->Init();
1587   fitExBTwistY->Init();
1588   //
1589   fitExBTwistX->AddVisualCorrection((AliTPCExBTwist*)(fitExBTwistX->Clone()),100);
1590   fitExBTwistY->AddVisualCorrection((AliTPCExBTwist*)(fitExBTwistY->Clone()),101);
1591   //
1592   fitExBTwistX->AddVisualCorrection((AliTPCExBTwist*)(rot0->Clone()),102);
1593   fitExBTwistY->AddVisualCorrection((AliTPCExBTwist*)(rot1->Clone()),103);
1594   fitExBTwistX->AddVisualCorrection((AliTPCExBTwist*)(rot2->Clone()),104);
1595   fitExBTwistX->AddVisualCorrection((AliTPCExBTwist*)(rot3->Clone()),105);
1596
1597   fitExBTwistX->AddVisualCorrection((AliTPCExBTwist*)(trans0->Clone()),106);
1598   fitExBTwistX->AddVisualCorrection((AliTPCExBTwist*)(trans1->Clone()),107);
1599   fitExBTwistX->AddVisualCorrection((AliTPCExBTwist*)(trans0D->Clone()),108);
1600   fitExBTwistX->AddVisualCorrection((AliTPCExBTwist*)(trans1D->Clone()),109);
1601   //
1602   fAlignTree->SetAlias("FExBTwistX", "AliTPCPreprocessorOffline::EvalAt(phi,refX,theta,100,ptype)+0");
1603   fAlignTree->SetAlias("FExBTwistY","AliTPCPreprocessorOffline::EvalAt(phi,refX,theta,101,ptype)+0");
1604   fAlignTree->SetAlias("FAlignRot0","AliTPCPreprocessorOffline::EvalAt(phi,refX,theta,102,ptype)+0");
1605   fAlignTree->SetAlias("FAlignRot0D","AliTPCPreprocessorOffline::EvalAt(phi,refX,theta,105,ptype)+0");
1606   fAlignTree->SetAlias("FAlignRot1","AliTPCPreprocessorOffline::EvalAt(phi,refX,theta,103,ptype)+0");
1607   fAlignTree->SetAlias("FAlignRot2","AliTPCPreprocessorOffline::EvalAt(phi,refX,theta,104,ptype)+0");
1608   fAlignTree->SetAlias("FAlignTrans0","AliTPCPreprocessorOffline::EvalAt(phi,refX,theta,106,ptype)+0");
1609   fAlignTree->SetAlias("FAlignTrans1","AliTPCPreprocessorOffline::EvalAt(phi,refX,theta,107,ptype)+0");
1610   fAlignTree->SetAlias("FAlignTrans0D","AliTPCPreprocessorOffline::EvalAt(phi,refX,theta,108,ptype)+0");
1611   fAlignTree->SetAlias("FAlignTrans1D","AliTPCPreprocessorOffline::EvalAt(phi,refX,theta,109,ptype)+0");
1612   //
1613   // test fast function
1614   //
1615 //   fAlignTree->Draw("FExBTwistX:ExBTwistX","isITS&&ptype==0&&abs(snp)<0.05","");
1616 //   fAlignTree->Draw("FExBTwistY:ExBTwistY","isITS&&ptype==0&&abs(snp)<0.05","");
1617 //   fAlignTree->Draw("FAlignRot0:alignRot0","isITS&&ptype==0&&abs(snp)<0.05","");
1618 //   fAlignTree->Draw("FAlignRot1:alignRot1","isITS&&ptype==0&&abs(snp)<0.05","");
1619 //   fAlignTree->Draw("FAlignRot2:alignRot2","isITS&&ptype==0&&abs(snp)<0.05","");
1620 //   //
1621 //   fAlignTree->Draw("FAlignTrans0:alignTrans0","isITS&&ptype==0&&abs(snp)<0.05","");
1622 //   fAlignTree->Draw("FAlignTrans1:alignTrans1","isITS&&ptype==0&&abs(snp)<0.05","");
1623
1624 }
1625
1626
1627 void AliTPCPreprocessorOffline::CreateAlignTime(TString fstring, TVectorD paramC){
1628   //
1629   //
1630   //
1631   //
1632   TGeoHMatrix *matrixDelta     = new TGeoHMatrix;
1633   TGeoHMatrix *matrixGlobal    = new TGeoHMatrix;
1634   Double_t rAngles[9];
1635   Int_t index=0;
1636   //
1637   index=TStatToolkit::GetFitIndex(fstring,"FAlignTrans0D");
1638   if (index>=0) matrixDelta->SetDx(paramC[index+1]*0.1);
1639   index=TStatToolkit::GetFitIndex(fstring,"FAlignTrans1D");
1640   if (index>=0) matrixDelta->SetDy(paramC[index+1]*0.1);
1641   rAngles[0]=1; rAngles[4]=1; rAngles[8]=1;
1642   index=TStatToolkit::GetFitIndex(fstring,"FAlignRot0D");
1643   rAngles[1]=-paramC[index+1]*0.001; rAngles[3]=paramC[index+1]*0.001;
1644   rAngles[5]=0; rAngles[7] =0;
1645   rAngles[2]=0; rAngles[6] =0;
1646   matrixDelta->SetRotation(rAngles);
1647   //
1648   //
1649   //
1650   index=TStatToolkit::GetFitIndex(fstring,"hasITS*FAlignTrans0");
1651   if (index>=0) matrixGlobal->SetDx(paramC[index+1]*0.1);
1652   index=TStatToolkit::GetFitIndex(fstring,"hasITS*FAlignTrans1");
1653   if (index>=0) matrixGlobal->SetDy(paramC[index+1]*0.1);
1654   rAngles[0]=1; rAngles[4]=1; rAngles[8]=1;
1655   index=TStatToolkit::GetFitIndex(fstring,"hasITS*FAlignRot0");
1656   rAngles[1]=-paramC[index+1]*0.001; rAngles[3]=paramC[index+1]*0.001;
1657   index=TStatToolkit::GetFitIndex(fstring,"hasITS*FAlignRot1");
1658   rAngles[5]=-paramC[index+1]*0.001; rAngles[7]=paramC[index+1]*0.001;
1659   index=TStatToolkit::GetFitIndex(fstring,"hasITS*FAlignRot2");
1660   rAngles[2]=paramC[index+1]*0.001; rAngles[6] =-paramC[index+1]*0.001;
1661   matrixGlobal->SetRotation(rAngles);
1662   //
1663   AliTPCCalibGlobalMisalignment *fitAlignTime  =0;
1664   fitAlignTime  =new  AliTPCCalibGlobalMisalignment;
1665   fitAlignTime->SetName("FitAlignTime");
1666   fitAlignTime->SetTitle("FitAlignTime");
1667   fitAlignTime->SetAlignGlobalDelta(matrixDelta);
1668   fitAlignTime->SetAlignGlobal(matrixGlobal);
1669   //
1670   AliTPCExBTwist * fitExBTwist= new  AliTPCExBTwist;
1671   Int_t indexX=TStatToolkit::GetFitIndex(fstring,"ExBTwistX");
1672   Int_t indexY=TStatToolkit::GetFitIndex(fstring,"ExBTwistY");
1673   fitExBTwist->SetXTwist(0.001*paramC[indexX+1]);  // 1 mrad twist in x
1674   fitExBTwist->SetYTwist(0.001*paramC[indexY+1]);  // 1 mrad twist in x
1675   fitExBTwist->SetName("FitExBTwistTime");
1676   fitExBTwist->SetTitle("FitExBTwistTime");
1677   AliTPCParam *param= AliTPCcalibDB::Instance()->GetParameters();
1678   Double_t bzField=AliTrackerBase::GetBz();
1679   Double_t vdrift = param->GetDriftV()/1000000.; // [cm/us]   // From dataBase: to be updated: per second (ideally)
1680
1681   Double_t ezField = 400; // [V/cm]   // to be updated: never (hopefully)
1682   Double_t wt = -10.0 * (bzField) * vdrift /  ezField ;
1683   //
1684   fitExBTwist->SetOmegaTauT1T2(wt,1,1);
1685   fitExBTwist->Init();
1686
1687   AliTPCComposedCorrection *corrTime =  new AliTPCComposedCorrection;
1688   TObjArray *arr = new TObjArray;
1689   corrTime->SetCorrections(arr);
1690
1691   corrTime->GetCorrections()->Add(fitExBTwist);
1692   corrTime->GetCorrections()->Add(fitAlignTime);
1693   corrTime->SetName("FitCorrectionTime");
1694   corrTime->SetTitle("FitCorrectionTime");
1695
1696   fitExBTwist->AddVisualCorrection((AliTPCExBTwist*)(fitExBTwist->Clone()),1001);
1697   fitAlignTime->AddVisualCorrection((AliTPCExBTwist*)(fitAlignTime->Clone()),1002);
1698   fitAlignTime->AddVisualCorrection((AliTPCExBTwist*)(corrTime->Clone()),1003);
1699
1700
1701   fAlignTree->SetAlias("ExBTwistTime","AliTPCPreprocessorOffline::EvalAt(phi,refX,theta,1001,ptype)+0");
1702   fAlignTree->SetAlias("AlignTime","AliTPCPreprocessorOffline::EvalAt(phi,refX,theta,1002,ptype)+0");
1703   fAlignTree->SetAlias("FitCorrectionTime","AliTPCPreprocessorOffline::EvalAt(phi,refX,theta,1003,ptype)+0");
1704
1705
1706   TFile *f = new TFile("fitITSVertex.root","update");
1707   corrTime->Write("FitCorrectionTime");
1708   f->Close();
1709 }
1710
1711 //_____________________________________________________________________________
1712 Int_t AliTPCPreprocessorOffline::GetStatus()
1713 {
1714   //get the calibration status
1715   // 0 means OK
1716   // positive numbers invalidate for unknown reasons.
1717   // negative numbers invalidate with a known reason (e.g. low statistics).
1718   // the returned integer has one bit set for every component that failed.
1719
1720   Bool_t enoughStatistics = (fNtracksVdrift>fMinTracksVdrift && fNeventsVdrift>fMinEventsVdrift);
1721
1722   if (!enoughStatistics)
1723   {
1724     fCalibrationStatus=-TMath::Abs(fCalibrationStatus);
1725   }
1726
1727   return fCalibrationStatus;
1728 }