Removing the coding violation
[u/mrichter/AliRoot.git] / TPC / AliTPCcalibDButil.h
1 #ifndef ALITPCCALIBDBUTIL_H
2 #define ALITPCCALIBDBUTIL_H
3
4 /* Copyright(c) 1998-1999, ALICE Experiment at CERN, All rights reserved. *
5  * See cxx source for full Copyright notice                               */
6
7 ///////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
8 //                                                                           //
9 // Class providing the calculation of derived quantities (mean,rms,fits,...) //
10 //       of calibration entries                                              //
11 //                                                                           //
12 ///////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
13
14 #include <TObject.h>
15 #include <TArrayI.h>
16 #include <TVectorD.h>
17 #include <TVectorF.h>
18
19 class TGraph;
20 class TMap;
21 class AliDCSSensorArray;
22 class AliTPCcalibDB;
23 class AliTPCCalPad;
24 class AliTPCCalROC;
25 class AliTPCmapper;
26 class AliTPCCalibRaw;
27 class AliCDBEntry;
28 class AliDCSSensor;
29 class AliDCSSensorArray;
30 class AliTPCSensorTempArray;
31 class AliTPCdataQA;
32 class TGraphErrors;
33 class TTreeSRedirector;
34 class AliTPCCalROC;
35
36
37 class AliTPCcalibDButil : public TObject
38 {
39 public:
40   AliTPCcalibDButil();
41   virtual ~AliTPCcalibDButil();
42
43   void UpdateFromCalibDB();
44   //data processing functions
45   void ProcessCEdata(const char* fitFormula, TVectorD &fitResultsA, TVectorD &fitResultsC,
46                      Int_t &noutliersCE, Double_t & chi2A, Double_t &chi2C, AliTPCCalPad * const outCE=0);
47   void ProcessCEgraphs(TVectorD &vecTEntries, TVectorD &vecTMean, TVectorD &vecTRMS, TVectorD &vecTMedian,
48                        TVectorD &vecQEntries, TVectorD &vecQMean, TVectorD &vecQRMS, TVectorD &vecQMedian,
49                        Float_t &driftTimeA, Float_t &driftTimeC );
50   void ProcessNoiseData(TVectorD &vNoiseMean, TVectorD &vNoiseMeanSenRegions,
51                         TVectorD &vNoiseRMS, TVectorD &vNoiseRMSSenRegions,
52                         Int_t &nonMaskedZero, Int_t &nNaN);
53   void ProcessPulser(TVectorD &vMeanTime);
54   void ProcessALTROConfig(Int_t &nMasked);
55   void ProcessGoofie(TVectorD & vecEntries, TVectorD & vecMedian, TVectorD &vecMean, TVectorD &vecRMS);
56   
57   //processing functions using reference data
58   void ProcessPedestalVariations(TVectorF &pedestalDeviations);
59   void ProcessNoiseVariations(TVectorF &noiseDeviations);
60   void ProcessPulserVariations(TVectorF &pulserQdeviations, Float_t &varQMean, Int_t &npadsOutOneTB, Int_t &npadsOffAdd);
61   
62   //getter preprocess information
63   Int_t GetNPulserOutliers() const {return fNpulserOutliers;}
64   Float_t GetMeanAltro(const AliTPCCalROC *roc, const Int_t row, const Int_t pad, AliTPCCalROC * const rocOut=0x0);
65   AliTPCCalPad *GetPulserOutlierMap() const {return fPulserOutlier;}
66
67   //getters ref data
68   TMap *GetReferenceMap() const {return fRefMap;}
69   const Int_t GetReferenceRun(const char* type) const;
70   const char* GetRefValidity() const {return fRefValidity.Data();}
71   
72   AliTPCCalPad* GetRefPadNoise() const {return fRefPadNoise;}
73   AliTPCCalPad* GetRefPedestals() const {return fRefPedestals;}
74   AliTPCCalPad* GetRefPedestalMasked() const {return fRefPedestalMasked;}
75   AliTPCCalPad* GetRefPulserTmean() const {return fRefPulserTmean;}
76   AliTPCCalPad* GetRefPulserTrms() const {return fRefPulserTrms;}
77   AliTPCCalPad* GetRefPulserQmean() const {return fRefPulserQmean;}
78   AliTPCCalPad* GetRefPulserOutlier() const {return fRefPulserOutlier;}
79   AliTPCCalPad* GetRefPulserMasked() const {return fRefPulserMasked;}
80   AliTPCCalPad* GetRefCETmean() const {return fRefCETmean;}
81   AliTPCCalPad* GetRefCETrms() const {return fRefCETrms;}
82   AliTPCCalPad* GetRefCEQmean() const {return fRefCEQmean;}
83   AliTPCCalPad* GetRefCEMasked() const {return fRefCEMasked;}
84   AliTPCCalPad* GetRefALTROFPED() const {return fRefALTROFPED;}
85   AliTPCCalPad* GetRefALTROZsThr() const {return fRefALTROZsThr;}
86   AliTPCCalPad* GetRefALTROAcqStart() const {return fRefALTROAcqStart;}
87   AliTPCCalPad* GetRefALTROAcqStop() const {return fRefALTROAcqStop;}
88   AliTPCCalPad* GetRefALTROMasked() const {return fRefALTROMasked;}
89   
90   
91   //setters for pad by pad information
92   void SetPulserData(AliTPCCalPad * const tmean, AliTPCCalPad * const trms=0x0, AliTPCCalPad * const qmean=0x0)
93                 {fPulserTmean=tmean; fPulserTrms=trms; fPulserQmean=qmean;}
94   void SetCEData(AliTPCCalPad *tmean, AliTPCCalPad *trms=0x0, AliTPCCalPad *qmean=0x0)
95                 {fCETmean=tmean; fCETrms=trms; fCEQmean=qmean;}
96   void SetNoisePedestal(AliTPCCalPad *noise, AliTPCCalPad *pedestal=0x0)
97                 {fPadNoise=noise; fPedestals=pedestal;}
98   void SetALTROData(AliTPCCalPad *masked)
99                 {fALTROMasked=masked;}
100   void SetGoofieArray(AliDCSSensorArray *arr) {fGoofieArray=arr;}
101   
102   //setters for pad by pad information
103   void SetRefFile(const char* filename);
104   void SetReferenceRun(Int_t run=-1);
105   void UpdateRefDataFromOCDB();
106   void SetRefPulserData(AliTPCCalPad *tmean, AliTPCCalPad *trms=0x0, AliTPCCalPad *qmean=0x0)
107                 {fRefPulserTmean=tmean; fRefPulserTrms=trms; fRefPulserQmean=qmean;}
108   void SetRefCEData(AliTPCCalPad *tmean, AliTPCCalPad *trms=0x0, AliTPCCalPad *qmean=0x0)
109                 {fRefCETmean=tmean; fRefCETrms=trms; fRefCEQmean=qmean;}
110   void SetRefNoisePedestal(AliTPCCalPad *noise, AliTPCCalPad *pedestal=0x0)
111                 {fRefPadNoise=noise; fRefPedestals=pedestal;}
112   void SetRefALTROData(AliTPCCalPad *masked)
113                 {fRefALTROMasked=masked;}
114   
115   //creation of derived pad by pad calibration data
116   AliTPCCalPad *CreatePadTime0(Int_t model, Double_t &gyA, Double_t &gyC, Double_t &chi2A, Double_t &chi2C);
117   //
118   // create outlyer maps
119   //
120   AliTPCCalPad *CreateCEOutlyerMap(Int_t &noutliersCE, AliTPCCalPad * const ceOut=0, Float_t minSignal=10, Float_t cutTrmsMin=0.9, Float_t cutTrmsMax=1.2, Float_t cutMaxDistT=0.7);
121   AliTPCCalPad *CreatePulserOutlyerMap(Int_t &noutliersPulser, AliTPCCalPad * const pulserOut=0, Float_t cutTime=3, Float_t cutnRMSQ=5, Float_t cutnRMSrms=5);
122   //
123   AliTPCCalPad *CreatePadTime0CE(TVectorD &fitResultsA, TVectorD&fitResultsC, Int_t &nOut, Double_t &chi2A, Double_t &chi2C, const char *dumpfile=0);
124   //
125
126   void UpdatePulserOutlierMap();
127   void UpdateRefPulserOutlierMap();
128   void PulserOutlierMap(AliTPCCalPad *pulOut, const AliTPCCalPad *pulT, const AliTPCCalPad *pulQ);
129
130   const char* GetGUIRefTreeDefaultName();
131   
132   Bool_t CreateGUIRefTree(const char* filename="");
133   //
134   // graph tools
135   //
136   static Double_t GetLaserTime0(Int_t run, Int_t timeStamp, Int_t deltaT, Int_t side);
137   static TGraph* FilterGraphMedian(TGraph * const graph, Float_t sigmaCut, Double_t &medianY);
138   static TGraph* FilterGraphMedianAbs(TGraph * graph, Float_t cut, Double_t &medianY);
139   static TGraphErrors* FilterGraphMedianErr(TGraphErrors * graph, Float_t sigmaCut,Double_t &medianY);
140   //
141   static void Sort(TGraph *graph);
142   static void SmoothGraph(TGraph *graph, Double_t delta);
143   static Int_t     GetNearest(TGraph *graph, Double_t xref, Double_t &dx, Double_t &y);
144   static Double_t EvalGraphConst(TGraph * const graph, Double_t xref);
145   //
146   // Filter sensors
147   //
148   static Float_t FilterSensor(AliDCSSensor * sensor, Double_t ymin, Double_t ymax, Double_t maxdy, Double_t sigmaCut); 
149   //
150   // Filter AliRelAlignmentKalman - Alignment/Drift velocity
151   //
152   static TMatrixD* MakeStatRelKalman(TObjArray * const array, Float_t minFraction, Int_t minStat, Float_t maxvd);
153   static TObjArray *SmoothRelKalman(TObjArray * const array,const TMatrixD & stat, Bool_t direction, Float_t sigmaCut);
154   static TObjArray *SmoothRelKalman(TObjArray * const arrayP, TObjArray * const arrayM);
155   static void FilterCE(Double_t deltaT=100, Double_t cutAbs=10, Double_t cutSigma=4., TTreeSRedirector * const pcstream=0);
156   static void FilterTracks(Int_t run, Double_t cutSigma=20., TTreeSRedirector * const pcstream=0);
157   static Float_t FilterTemperature(AliTPCSensorTempArray *tempArray, Double_t ymin=15, Double_t ymax=22, Double_t sigmaCut=5); 
158
159   static   void FilterGoofie(AliDCSSensorArray * goofieArray, Double_t deltaT=2, Double_t cutSigma=4.,  Double_t minVdn=8.5, Double_t maxVdn=9.05, TTreeSRedirector * const pcstream=0);
160   static Double_t  GetTriggerOffsetTPC(Int_t run, Int_t timeStamp, Double_t deltaT=86400, Double_t deltaTLaser=3600, Int_t valType=0);
161   static Double_t  GetVDriftTPC(Double_t &dist, Int_t run, Int_t timeStamp, Double_t deltaT=86400, Double_t deltaTLaser=3600, Int_t valType=0);
162   static Double_t  GetVDriftTPCLaserTracks(Double_t &dist,Int_t run, Int_t timeStamp, Double_t deltaT=43200, Int_t side=2);
163   static Double_t  GetVDriftTPCCE(Double_t &dist, Int_t run, Int_t timeStamp, Double_t deltaT=43200, Int_t side=2);
164   static Double_t  GetVDriftTPCITS(Double_t &dist, Int_t run, Int_t timeStamp);
165   static Double_t  GetTime0TPCITS(Double_t &dist, Int_t run, Int_t timeStamp);
166   Int_t MakeRunList(Int_t startRun, Int_t stopRun); // find the list of usable runs
167   Int_t FindRunTPC(Int_t    itime, Bool_t debug=kFALSE);
168 private:
169   AliTPCcalibDB *fCalibDB;            //pointer to calibDB object
170   AliTPCCalPad  *fPadNoise;           //noise information
171   AliTPCCalPad  *fPedestals;          //pedestal information
172   AliTPCCalPad  *fPulserTmean;        //pulser mean time information 
173   AliTPCCalPad  *fPulserTrms;         //pulser rms time information
174   AliTPCCalPad  *fPulserQmean;        //pulser mean q information
175   AliTPCCalPad  *fPulserOutlier;      //pulser outlier map
176   AliTPCCalPad  *fCETmean;            //central electrode mean time information
177   AliTPCCalPad  *fCETrms;             //central electrode rms time information
178   AliTPCCalPad  *fCEQmean;            //central electrode mean q information
179   AliTPCCalPad  *fALTROMasked;        //ALTRO masked channels information
180   //
181   AliTPCCalibRaw *fCalibRaw;          //raw calibration object
182   //
183   AliTPCdataQA   *fDataQA;            //data qa
184   //reference data
185   TMap *fRefMap;                        // latest map to reference information
186   TMap *fCurrentRefMap;                 // reference data map of entries currently loaded
187   TString fRefValidity;                 // validity range of reference data
188   //  
189   AliTPCCalPad  *fRefPadNoise;           //Reference noise information
190   AliTPCCalPad  *fRefPedestals;          //Reference pedestal information
191   AliTPCCalPad  *fRefPedestalMasked;     //Reference masked channels in pedestal run
192   AliTPCCalPad  *fRefPulserTmean;        //Reference pulser mean time information
193   AliTPCCalPad  *fRefPulserTrms;         //Reference pulser rms time information
194   AliTPCCalPad  *fRefPulserQmean;        //Reference pulser mean q information
195   AliTPCCalPad  *fRefPulserOutlier;      //Reference pulser outlier map
196   AliTPCCalPad  *fRefPulserMasked;       //Reference masked channels in pulser run
197   AliTPCCalPad  *fRefCETmean;            //Reference central electrode mean time information
198   AliTPCCalPad  *fRefCETrms;             //Reference central electrode rms time information
199   AliTPCCalPad  *fRefCEQmean;            //Reference central electrode mean q information
200   AliTPCCalPad  *fRefCEMasked;           //Reference masked channels in laser run
201   AliTPCCalPad  *fRefALTROFPED;          //Reference fixed pedestal value
202   AliTPCCalPad  *fRefALTROZsThr;         //Reference zero suppression threshol
203   AliTPCCalPad  *fRefALTROAcqStart;      //Reference accquistion start time bin
204   AliTPCCalPad  *fRefALTROAcqStop;       //Reference accquistion stop time bin
205   AliTPCCalPad  *fRefALTROMasked;        //Reference ALTRO masked channels information
206   //
207   AliTPCCalibRaw *fRefCalibRaw;          //Reference raw calibration object
208   //
209   AliTPCdataQA   *fRefDataQA;            //Reference data QA
210   //
211   AliDCSSensorArray* fGoofieArray;    //Goofie Data
212   //
213   AliTPCmapper  *fMapper;             //TPC mapping handler
214   Int_t fNpulserOutliers;             //number of outliers from Pulser calibration
215   
216   Float_t fIrocTimeOffset;               //timing offset between IROC and OROC in timebins
217   Float_t fCETmaxLimitAbs;               //maximum variation in CE data before pads will be treated as outliers
218   Float_t fPulTmaxLimitAbs;              //maximum variation of Pulser Signals (time) before pads will be treated as outliers
219   Float_t fPulQmaxLimitAbs;              //maximum variation of Pulser Signals (charge) before pads will be treated as outliers
220   Float_t fPulQminLimit;                 //minimum charge value for Pulser Signals before pads will be treated as outliers
221
222   //
223   // helpers to get the run number for given time stamps
224   //
225   // filters  
226   
227   TArrayI fRuns;                         // run list with OCDB info
228   TArrayI fRunsStart;                    // start time for given run
229   TArrayI fRunsStop;                     // stop time for given run
230   
231   AliTPCcalibDButil (const AliTPCcalibDButil& );
232   AliTPCcalibDButil& operator= (const AliTPCcalibDButil& );
233
234   AliTPCCalPad* GetRefCalPad(AliCDBEntry *entry, const char* objName);
235   AliTPCCalPad* GetRefCalPad(AliCDBEntry *entry);
236   AliTPCCalPad* GetAltroMasked(const char* cdbPath, const char* name);
237   Bool_t HasRefChanged(const char *cdbPath);
238   const Int_t GetCurrentReferenceRun(const char* type);
239   AliCDBEntry* GetRefEntry(const char* cdbPath);
240   
241   ClassDef(AliTPCcalibDButil,0)
242 };
243
244
245 #endif