Problem in merging of the time component
[u/mrichter/AliRoot.git] / TPC / AliTPCcalibTime.cxx
1 /**************************************************************************
2  * Copyright(c) 1998-1999, ALICE Experiment at CERN, All rights reserved. *
3  *                                                                        *
4  * Author: The ALICE Off-line Project.                                    *
5  * Contributors are mentioned in the code where appropriate.              *
6  *                                                                        *
7  * Permission to use, copy, modify and distribute this software and its   *
8  * documentation strictly for non-commercial purposes is hereby granted   *
9  * without fee, provided that the above copyright notice appears in all   *
10  * copies and that both the copyright notice and this permission notice   *
11  * appear in the supporting documentation. The authors make no claims     *
12  * about the suitability of this software for any purpose. It is          *
13  * provided "as is" without express or implied warranty.                  *
14  **************************************************************************/
15
16 /*
17 Comments to be written here:
18
19 1. What do we calibrate.
20
21   Time dependence of gain and drift velocity in order to account for changes in: temperature, pressure, gas composition.
22
23   AliTPCcalibTime *calibTime = new AliTPCcalibTime("cosmicTime","cosmicTime",0, 1213.9e+06, 1213.96e+06, 0.04e+04, 0.04e+04);
24
25 2. How to interpret results
26
27 3. Simple example
28
29   a) determine the required time range:
30
31   AliXRDPROOFtoolkit tool;
32   TChain * chain = tool.MakeChain("pass2.txt","esdTree",0,6000);
33   chain->Draw("GetTimeStamp()")
34
35   b) analyse calibration object on Proof in calibration train 
36
37   AliTPCcalibTime *calibTime = new AliTPCcalibTime("cosmicTime","cosmicTime", StartTimeStamp, EndTimeStamp, IntegrationTimeVdrift);
38
39   c) plot results
40   .x ~/NimStyle.C
41   gSystem->Load("libANALYSIS");
42   gSystem->Load("libTPCcalib");
43
44   TFile f("CalibObjectsTrain1.root");
45   AliTPCcalibTime *calib = (AliTPCcalibTime *)f->Get("calibTime");
46   calib->GetHistoDrift("all")->Projection(2,0)->Draw()
47   calib->GetFitDrift("all")->Draw("lp")
48
49 4. Analysis using debug streamers.    
50
51   gSystem->AddIncludePath("-I$ALICE_ROOT/TPC/macros");
52   gROOT->LoadMacro("$ALICE_ROOT/TPC/macros/AliXRDPROOFtoolkit.cxx+")
53   AliXRDPROOFtoolkit tool;
54   TChain * chainTime = tool.MakeChainRandom("time.txt","trackInfo",0,10000);
55
56   AliXRDPROOFtoolkit::FilterList("timetpctpc.txt","* tpctpc",1) 
57   AliXRDPROOFtoolkit::FilterList("timetoftpc.txt","* toftpc",1) 
58   AliXRDPROOFtoolkit::FilterList("timeitstpc.txt","* itstpc",1) 
59   AliXRDPROOFtoolkit::FilterList("timelaser.txt","* laserInfo",1)  
60   TChain * chainTPCTPC = tool.MakeChainRandom("timetpctpc.txt.Good","tpctpc",0,10000); 
61   TChain * chainTPCITS = tool.MakeChainRandom("timeitstpc.txt.Good","itstpc",0,10000); 
62   TChain * chainTPCTOF = tool.MakeChainRandom("timetoftpc.txt.Good","toftpc",0,10000); 
63   TChain * chainLaser = tool.MakeChainRandom("timelaser.txt.Good","laserInfo",0,10000);
64   chainTime->Lookup();
65   chainLaser->Lookup();
66 */
67
68 #include "Riostream.h"
69 #include "TDatabasePDG.h"
70 #include "TGraphErrors.h"
71 #include "TH1F.h"
72 #include "THnSparse.h"
73 #include "TList.h"
74 #include "TMath.h"
75 #include "TTimeStamp.h"
76 #include "TTree.h"
77 #include "TVectorD.h"
78 //#include "TChain.h"
79 //#include "TFile.h"
80
81 #include "AliDCSSensor.h"
82 #include "AliDCSSensorArray.h"
83 #include "AliESDEvent.h"
84 #include "AliESDInputHandler.h"
85 #include "AliESDVertex.h"
86 #include "AliESDfriend.h"
87 #include "AliLog.h"
88 #include "AliRelAlignerKalman.h"
89 #include "AliTPCCalROC.h"
90 #include "AliTPCParam.h"
91 #include "AliTPCTracklet.h"
92 #include "AliTPCcalibDB.h"
93 #include "AliTPCcalibLaser.h"
94 #include "AliTPCcalibTime.h"
95 #include "AliTPCclusterMI.h"
96 #include "AliTPCseed.h"
97 #include "AliTrackPointArray.h"
98 #include "AliTracker.h"
99
100 ClassImp(AliTPCcalibTime)
101
102
103 AliTPCcalibTime::AliTPCcalibTime() 
104   :AliTPCcalibBase(), 
105    fLaser(0),       // pointer to laser calibration
106    fDz(0),          // current delta z
107    fCutMaxD(3),        // maximal distance in rfi ditection
108    fCutMaxDz(25),      // maximal distance in rfi ditection
109    fCutTheta(0.03),    // maximal distan theta
110    fCutMinDir(-0.99),  // direction vector products
111    fCutTracks(100),
112    fArrayDz(0),          //NEW! Tmap of V drifts for different triggers
113    fAlignITSTPC(0),      //alignemnt array ITS TPC match
114    fAlignTRDTPC(0),      //alignemnt array TRD TPC match 
115    fAlignTOFTPC(0),      //alignemnt array TOF TPC match
116    fTimeBins(0),
117    fTimeStart(0),
118    fTimeEnd(0),
119    fPtBins(0),
120    fPtStart(0),
121    fPtEnd(0),
122    fVdriftBins(0),
123    fVdriftStart(0),
124    fVdriftEnd(0),
125    fRunBins(0),
126    fRunStart(0),
127    fRunEnd(0)
128 {  
129   //
130   // default constructor
131   //
132   AliInfo("Default Constructor");  
133   for (Int_t i=0;i<3;i++) {
134     fHistVdriftLaserA[i]=0;
135     fHistVdriftLaserC[i]=0;
136   }
137   for (Int_t i=0;i<10;i++) {
138     fCosmiMatchingHisto[i]=0;
139   }
140   //
141   for (Int_t i=0;i<5;i++) {
142     fResHistoTPCITS[i]=0;
143     fResHistoTPCTRD[i]=0;
144     fResHistoTPCTOF[i]=0;
145     fResHistoTPCvertex[i]=0;
146   }
147
148 }
149
150 AliTPCcalibTime::AliTPCcalibTime(const Text_t *name, const Text_t *title, UInt_t StartTime, UInt_t EndTime, Int_t deltaIntegrationTimeVdrift)
151   :AliTPCcalibBase(),
152    fLaser(0),            // pointer to laser calibration
153    fDz(0),               // current delta z
154    fCutMaxD(5*0.5356),   // maximal distance in rfi ditection
155    fCutMaxDz(40),   // maximal distance in rfi ditection
156    fCutTheta(5*0.004644),// maximal distan theta
157    fCutMinDir(-0.99),    // direction vector products
158    fCutTracks(100),
159    fArrayDz(0),            //Tmap of V drifts for different triggers
160    fAlignITSTPC(0),      //alignemnt array ITS TPC match
161    fAlignTRDTPC(0),      //alignemnt array TRD TPC match 
162    fAlignTOFTPC(0),      //alignemnt array TOF TPC match
163    fTimeBins(0),
164    fTimeStart(0),
165    fTimeEnd(0),
166    fPtBins(0),
167    fPtStart(0),
168    fPtEnd(0),
169    fVdriftBins(0),
170    fVdriftStart(0),
171    fVdriftEnd(0),
172    fRunBins(0),
173    fRunStart(0),
174    fRunEnd(0)
175 {
176   //
177   // Non deafaul constructor - to be used in the Calibration setups 
178   //
179
180   SetName(name);
181   SetTitle(title);
182   for (Int_t i=0;i<3;i++) {
183     fHistVdriftLaserA[i]=0;
184     fHistVdriftLaserC[i]=0;
185   }
186
187   for (Int_t i=0;i<5;i++) {
188     fResHistoTPCITS[i]=0;
189     fResHistoTPCTRD[i]=0;
190     fResHistoTPCTOF[i]=0;
191     fResHistoTPCvertex[i]=0;
192   }
193
194
195   AliInfo("Non Default Constructor");
196   fTimeBins   =(EndTime-StartTime)/deltaIntegrationTimeVdrift;
197   fTimeStart  =StartTime; //(((TObjString*)(mapGRP->GetValue("fAliceStartTime")))->GetString()).Atoi();
198   fTimeEnd    =EndTime;   //(((TObjString*)(mapGRP->GetValue("fAliceStopTime")))->GetString()).Atoi();
199   fPtBins     = 400;
200   fPtStart    = -0.04;
201   fPtEnd      =  0.04;
202   fVdriftBins = 500;
203   fVdriftStart= -0.1;
204   fVdriftEnd  =  0.1;
205   fRunBins    = 1000001;
206   fRunStart   = -1.5;
207   fRunEnd     = 999999.5;
208
209   Int_t    binsVdriftLaser[4] = {fTimeBins , fPtBins , fVdriftBins*20, fRunBins };
210   Double_t xminVdriftLaser[4] = {fTimeStart, fPtStart, fVdriftStart  , fRunStart};
211   Double_t xmaxVdriftLaser[4] = {fTimeEnd  , fPtEnd  , fVdriftEnd    , fRunEnd  };
212   TString axisTitle[4]={
213     "T",
214     "#delta_{P/T}",
215     "value",
216     "run"
217   };
218   TString histoName[3]={
219     "Loffset",
220     "Lcorr",
221     "Lgy"
222   };
223
224   
225   for (Int_t i=0;i<3;i++) {
226     fHistVdriftLaserA[i] = new THnSparseF("HistVdriftLaser","HistVdriftLaser;time;p/T ratio;Vdrift;run",4,binsVdriftLaser,xminVdriftLaser,xmaxVdriftLaser);
227     fHistVdriftLaserC[i] = new THnSparseF("HistVdriftLaser","HistVdriftLaser;time;p/T ratio;Vdrift;run",4,binsVdriftLaser,xminVdriftLaser,xmaxVdriftLaser);
228     fHistVdriftLaserA[i]->SetName(histoName[i]);
229     fHistVdriftLaserC[i]->SetName(histoName[i]);
230     for (Int_t iaxis=0; iaxis<4;iaxis++){
231       fHistVdriftLaserA[i]->GetAxis(iaxis)->SetName(axisTitle[iaxis]);
232       fHistVdriftLaserC[i]->GetAxis(iaxis)->SetName(axisTitle[iaxis]);
233     }
234   }
235   fBinsVdrift[0] = fTimeBins;
236   fBinsVdrift[1] = fPtBins;
237   fBinsVdrift[2] = fVdriftBins;
238   fBinsVdrift[3] = fRunBins;
239   fXminVdrift[0] = fTimeStart;
240   fXminVdrift[1] = fPtStart;
241   fXminVdrift[2] = fVdriftStart;
242   fXminVdrift[3] = fRunStart;
243   fXmaxVdrift[0] = fTimeEnd;
244   fXmaxVdrift[1] = fPtEnd;
245   fXmaxVdrift[2] = fVdriftEnd;
246   fXmaxVdrift[3] = fRunEnd;
247
248   fArrayDz=new TObjArray();
249   fAlignITSTPC = new TObjArray;      //alignemnt array ITS TPC match
250   fAlignTRDTPC = new TObjArray;      //alignemnt array ITS TPC match
251   fAlignTOFTPC = new TObjArray;      //alignemnt array ITS TPC match
252   fAlignITSTPC->SetOwner(kTRUE);
253   fAlignTRDTPC->SetOwner(kTRUE);
254   fAlignTOFTPC->SetOwner(kTRUE);
255   
256
257   fCosmiMatchingHisto[0]=new TH1F("Cosmics matching","p0-all"   ,100,-10*0.5356  ,10*0.5356  );
258   fCosmiMatchingHisto[1]=new TH1F("Cosmics matching","p1-all"   ,100,-10*4.541   ,10*4.541   );
259   fCosmiMatchingHisto[2]=new TH1F("Cosmics matching","p2-all"   ,100,-10*0.01134 ,10*0.01134 );
260   fCosmiMatchingHisto[3]=new TH1F("Cosmics matching","p3-all"   ,100,-10*0.004644,10*0.004644);
261   fCosmiMatchingHisto[4]=new TH1F("Cosmics matching","p4-all"   ,100,-10*0.03773 ,10*0.03773 );
262   fCosmiMatchingHisto[5]=new TH1F("Cosmics matching","p0-isPair",100,-10*0.5356  ,10*0.5356  );
263   fCosmiMatchingHisto[6]=new TH1F("Cosmics matching","p1-isPair",100,-10*4.541   ,10*4.541   );
264   fCosmiMatchingHisto[7]=new TH1F("Cosmics matching","p2-isPair",100,-10*0.01134 ,10*0.01134 );
265   fCosmiMatchingHisto[8]=new TH1F("Cosmics matching","p3-isPair",100,-10*0.004644,10*0.004644);
266   fCosmiMatchingHisto[9]=new TH1F("Cosmics matching","p4-isPair",100,-10*0.03773 ,10*0.03773 );
267   BookDistortionMaps();
268 }
269
270 AliTPCcalibTime::~AliTPCcalibTime(){
271   //
272   // Virtual Destructor
273   //
274   for(Int_t i=0;i<3;i++){
275     if(fHistVdriftLaserA[i]){
276       delete fHistVdriftLaserA[i];
277       fHistVdriftLaserA[i]=NULL;
278     }
279     if(fHistVdriftLaserC[i]){
280       delete fHistVdriftLaserC[i];
281       fHistVdriftLaserC[i]=NULL;
282     }
283   }
284   if(fArrayDz){
285     fArrayDz->SetOwner();
286     fArrayDz->Delete();
287     delete fArrayDz;
288     fArrayDz=NULL;
289   }
290   for(Int_t i=0;i<5;i++){
291     if(fCosmiMatchingHisto[i]){
292       delete fCosmiMatchingHisto[i];
293       fCosmiMatchingHisto[i]=NULL;
294     }
295   }
296
297   for (Int_t i=0;i<5;i++) {
298     delete fResHistoTPCITS[i];
299     delete fResHistoTPCTRD[i];
300     delete fResHistoTPCTOF[i];
301     delete fResHistoTPCvertex[i];
302     fResHistoTPCITS[i]=0;
303     fResHistoTPCTRD[i]=0;
304     fResHistoTPCTOF[i]=0;
305     fResHistoTPCvertex[i]=0;
306   }
307
308
309   fAlignITSTPC->SetOwner(kTRUE);
310   fAlignTRDTPC->SetOwner(kTRUE);
311   fAlignTOFTPC->SetOwner(kTRUE);
312
313   fAlignITSTPC->Delete();
314   fAlignTRDTPC->Delete();
315   fAlignTOFTPC->Delete();
316   delete fAlignITSTPC;
317   delete fAlignTRDTPC;
318   delete fAlignTOFTPC;
319 }
320
321 Bool_t AliTPCcalibTime::IsLaser(const AliESDEvent *const /*event*/){
322   //
323   // Indicator is laser event not yet implemented  - to be done using trigger info or event specie
324   //
325   return kTRUE; //More accurate creteria to be added
326 }
327 Bool_t AliTPCcalibTime::IsCosmics(const AliESDEvent *const /*event*/){
328   //
329   // Indicator is cosmic event not yet implemented - to be done using trigger info or event specie
330   //
331
332   return kTRUE; //More accurate creteria to be added
333 }
334 Bool_t AliTPCcalibTime::IsBeam(const AliESDEvent *const /*event*/){
335   //
336   // Indicator is physic event not yet implemented - to be done using trigger info or event specie
337   //
338
339   return kTRUE; //More accurate creteria to be added
340 }
341 void AliTPCcalibTime::ResetCurrent(){
342   fDz=0; //Reset current dz
343 }
344
345
346
347 void AliTPCcalibTime::Process(AliESDEvent *event){
348   //
349   // main function to make calibration
350   //
351   if(!event) return;
352   if (event->GetNumberOfTracks()<2) return;
353   ResetCurrent();
354   if(IsLaser  (event)) ProcessLaser (event);
355   if(IsCosmics(event)) ProcessCosmic(event);
356   if(IsBeam   (event)) ProcessBeam  (event);
357 }
358
359 void AliTPCcalibTime::ProcessLaser(AliESDEvent *event){
360   //
361   // Fit drift velocity using laser 
362   // 
363   // 0. cuts
364   const Int_t    kMinTracks     = 40;    // minimal number of laser tracks
365   const Int_t    kMinTracksSide = 20;    // minimal number of tracks per side
366   const Float_t  kMaxDeltaZ     = 30.;   // maximal trigger delay
367   const Float_t  kMaxDeltaV     = 0.05;  // maximal deltaV 
368   const Float_t  kMaxRMS        = 0.1;   // maximal RMS of tracks
369   //
370   /*
371     TCut cutRMS("sqrt(laserA.fElements[4])<0.1&&sqrt(laserC.fElements[4])<0.1");
372     TCut cutZ("abs(laserA.fElements[0]-laserC.fElements[0])<3");
373     TCut cutV("abs(laserA.fElements[1]-laserC.fElements[1])<0.01");
374     TCut cutY("abs(laserA.fElements[2]-laserC.fElements[2])<2");
375     TCut cutAll = cutRMS+cutZ+cutV+cutY;
376   */
377   if (event->GetNumberOfTracks()<kMinTracks) return;
378   //
379   if(!fLaser) fLaser = new AliTPCcalibLaser("laserTPC","laserTPC",kFALSE);
380   fLaser->Process(event);
381   if (fLaser->GetNtracks()<kMinTracks) return;   // small amount of tracks cut
382   if (fLaser->fFitAside->GetNrows()==0  && fLaser->fFitCside->GetNrows()==0) return;  // no fit neither a or C side
383   //
384   // debug streamer  - activate stream level
385   // Use it for tuning of the cuts
386   //
387   // cuts to be applied
388   //
389   Int_t isReject[2]={0,0};
390   //
391   // not enough tracks 
392   if (TMath::Abs((*fLaser->fFitAside)[3]) < kMinTracksSide) isReject[0]|=1; 
393   if (TMath::Abs((*fLaser->fFitCside)[3]) < kMinTracksSide) isReject[1]|=1; 
394   // unreasonable z offset
395   if (TMath::Abs((*fLaser->fFitAside)[0])>kMaxDeltaZ)  isReject[0]|=2;
396   if (TMath::Abs((*fLaser->fFitCside)[0])>kMaxDeltaZ)  isReject[1]|=2;
397   // unreasonable drift velocity
398   if (TMath::Abs((*fLaser->fFitAside)[1]-1)>kMaxDeltaV)  isReject[0]|=4;
399   if (TMath::Abs((*fLaser->fFitCside)[1]-1)>kMaxDeltaV)  isReject[1]|=4;
400   // big chi2
401   if (TMath::Sqrt(TMath::Abs((*fLaser->fFitAside)[4]))>kMaxRMS ) isReject[0]|=8;
402   if (TMath::Sqrt(TMath::Abs((*fLaser->fFitCside)[4]))>kMaxRMS ) isReject[1]|=8;
403
404
405
406
407   if (fStreamLevel>0){
408     printf("Trigger: %s\n",event->GetFiredTriggerClasses().Data());
409
410     TTreeSRedirector *cstream = GetDebugStreamer();
411     if (cstream){
412       TTimeStamp tstamp(fTime);
413       (*cstream)<<"laserInfo"<<
414         "run="<<fRun<<              //  run number
415         "event="<<fEvent<<          //  event number
416         "time="<<fTime<<            //  time stamp of event
417         "trigger="<<fTrigger<<      //  trigger
418         "mag="<<fMagF<<             //  magnetic field
419         //laser
420         "rejectA="<<isReject[0]<<
421         "rejectC="<<isReject[1]<<
422         "laserA.="<<fLaser->fFitAside<<
423         "laserC.="<<fLaser->fFitCside<<
424         "laserAC.="<<fLaser->fFitACside<<
425         "trigger="<<event->GetFiredTriggerClasses()<<
426         "\n";
427     }
428   }
429   //
430   // fill histos
431   //
432   TVectorD vdriftA(5), vdriftC(5),vdriftAC(5);
433   vdriftA=*(fLaser->fFitAside);
434   vdriftC=*(fLaser->fFitCside);
435   vdriftAC=*(fLaser->fFitACside);
436   Int_t npointsA=0, npointsC=0;
437   Float_t chi2A=0, chi2C=0;
438   npointsA= TMath::Nint(vdriftA[3]);
439   chi2A= vdriftA[4];
440   npointsC= TMath::Nint(vdriftC[3]);
441   chi2C= vdriftC[4];
442
443   TTimeStamp tstamp(fTime);
444   Double_t ptrelative0 = AliTPCcalibDB::GetPTRelative(tstamp,fRun,0);
445   Double_t ptrelative1 = AliTPCcalibDB::GetPTRelative(tstamp,fRun,1);
446   Double_t driftA=0, driftC=0;
447   if (vdriftA[1]>1.-kMaxDeltaV) driftA = 1./vdriftA[1]-1.;
448   if (vdriftC[1]>1.-kMaxDeltaV) driftC = 1./vdriftC[1]-1.;
449   //
450   Double_t vecDriftLaserA[4]={fTime,(ptrelative0+ptrelative1)/2.0,driftA,event->GetRunNumber()};
451   Double_t vecDriftLaserC[4]={fTime,(ptrelative0+ptrelative1)/2.0,driftC,event->GetRunNumber()};
452   //  Double_t vecDrift[4]      ={fTime,(ptrelative0+ptrelative1)/2.0,1./((*(fLaser->fFitACside))[1])-1,event->GetRunNumber()};
453
454   for (Int_t icalib=0;icalib<3;icalib++){
455     if (icalib==0){ //z0 shift
456       vecDriftLaserA[2]=vdriftA[0]/250.;
457       vecDriftLaserC[2]=vdriftC[0]/250.;
458     }
459     if (icalib==1){ //vdrel shift
460       vecDriftLaserA[2]=driftA;
461       vecDriftLaserC[2]=driftC;
462     }
463     if (icalib==2){ //gy shift - full gy - full drift
464       vecDriftLaserA[2]=vdriftA[2]/250.;
465       vecDriftLaserC[2]=vdriftC[2]/250.;
466     }
467     //if (isReject[0]==0) fHistVdriftLaserA[icalib]->Fill(vecDriftLaserA);
468     //if (isReject[1]==0) fHistVdriftLaserC[icalib]->Fill(vecDriftLaserC);
469     fHistVdriftLaserA[icalib]->Fill(vecDriftLaserA);
470     fHistVdriftLaserC[icalib]->Fill(vecDriftLaserC);
471   }
472
473 //   THnSparse* curHist=new THnSparseF("","HistVdrift;time;p/T ratio;Vdrift;run",4,fBinsVdrift,fXminVdrift,fXmaxVdrift);
474 //   TString shortName=curHist->ClassName();
475 //   shortName+="_MEAN_DRIFT_LASER_";
476 //   delete curHist;
477 //   curHist=NULL;
478 //   TString name="";
479
480 //   name=shortName;
481 //   name+=event->GetFiredTriggerClasses();
482 //   name.ToUpper();
483 //   curHist=(THnSparseF*)fArrayDz->FindObject(name);
484 //   if(!curHist){
485 //     curHist=new THnSparseF(name,"HistVdrift;time;p/T ratio;Vdrift;run",4,fBinsVdrift,fXminVdrift,fXmaxVdrift);
486 //     fArrayDz->AddLast(curHist);
487 //   }
488 //   curHist->Fill(vecDrift);
489           
490 //   name=shortName;
491 //   name+="ALL";
492 //   name.ToUpper();
493 //   curHist=(THnSparseF*)fArrayDz->FindObject(name);
494 //   if(!curHist){
495 //     curHist=new THnSparseF(name,"HistVdrift;time;p/T ratio;Vdrift;run",4,fBinsVdrift,fXminVdrift,fXmaxVdrift);
496 //     fArrayDz->AddLast(curHist);
497 //   }
498 //   curHist->Fill(vecDrift);
499 }
500
501 void AliTPCcalibTime::ProcessCosmic(const AliESDEvent *const event){
502   //
503   // process Cosmic event - track matching A side C side
504   //
505   if (!event) {
506     Printf("ERROR: ESD not available");
507     return;
508   }  
509   if (event->GetTimeStamp() == 0 ) {
510     Printf("no time stamp!");
511     return;
512   }
513   
514   //fd
515   // Find cosmic pairs
516   // 
517   // Track0 is choosen in upper TPC part
518   // Track1 is choosen in lower TPC part
519   //
520   const Int_t kMinClustersCross =30;
521   const Int_t kMinClusters      =80;
522   Int_t ntracks=event->GetNumberOfTracks();
523   if (ntracks==0) return;
524   if (ntracks > fCutTracks) return;
525   
526   if (GetDebugLevel()>20) printf("Hallo world: Im here\n");
527   AliESDfriend *esdFriend=(AliESDfriend*)(((AliESDEvent*)event)->FindListObject("AliESDfriend"));
528   
529   TObjArray  tpcSeeds(ntracks);
530   Double_t vtxx[3]={0,0,0};
531   Double_t svtxx[3]={0.000001,0.000001,100.};
532   AliESDVertex vtx(vtxx,svtxx);
533   //
534   // track loop
535   //
536   TArrayI clusterSideA(ntracks);
537   TArrayI clusterSideC(ntracks);
538   for (Int_t i=0;i<ntracks;++i) {
539     clusterSideA[i]=0;
540     clusterSideC[i]=0;
541     AliESDtrack *track = event->GetTrack(i);
542     
543     const AliExternalTrackParam * trackIn = track->GetInnerParam();
544     const AliExternalTrackParam * trackOut = track->GetOuterParam();
545     if (!trackIn) continue;
546     if (!trackOut) continue;
547     
548     AliESDfriendTrack *friendTrack = esdFriend->GetTrack(i);
549     if (!friendTrack) continue;
550     if (friendTrack) ProcessSame(track,friendTrack,event);
551     if (friendTrack) ProcessAlignITS(track,friendTrack,event,esdFriend);
552     if (friendTrack) ProcessAlignTRD(track,friendTrack);
553     if (friendTrack) ProcessAlignTOF(track,friendTrack);
554     TObject *calibObject;
555     AliTPCseed *seed = 0;
556     for (Int_t l=0;(calibObject=friendTrack->GetCalibObject(l));++l) if ((seed=dynamic_cast<AliTPCseed*>(calibObject))) break;
557     if (seed) {
558       tpcSeeds.AddAt(seed,i);
559       Int_t nA=0, nC=0;
560       for (Int_t irow=159;irow>0;irow--) {
561         AliTPCclusterMI *cl=seed->GetClusterPointer(irow);
562         if (!cl) continue;
563         if ((cl->GetDetector()%36)<18) nA++;
564         if ((cl->GetDetector()%36)>=18) nC++;
565       }
566       clusterSideA[i]=nA;
567       clusterSideC[i]=nC;
568     }
569   }
570   if (ntracks<2) return;
571   //
572   // Find pairs
573   //
574
575   for (Int_t i=0;i<ntracks;++i) {
576     AliESDtrack *track0 = event->GetTrack(i);
577     // track0 - choosen upper part
578     if (!track0) continue;
579     if (!track0->GetOuterParam()) continue;
580     if (track0->GetOuterParam()->GetAlpha()<0) continue;
581     Double_t d1[3];
582     track0->GetDirection(d1);    
583     for (Int_t j=0;j<ntracks;++j) {
584       if (i==j) continue;
585       AliESDtrack *track1 = event->GetTrack(j);   
586       //track 1 lower part
587       if (!track1) continue;
588       if (!track1->GetOuterParam()) continue;
589       if (track0->GetTPCNcls()+ track1->GetTPCNcls()< kMinClusters) continue;
590       Int_t nAC = TMath::Max( TMath::Min(clusterSideA[i], clusterSideC[j]), 
591                               TMath::Min(clusterSideC[i], clusterSideA[j]));
592       if (nAC<kMinClustersCross) continue; 
593       Int_t nA0=clusterSideA[i];
594       Int_t nC0=clusterSideC[i];
595       Int_t nA1=clusterSideA[j];
596       Int_t nC1=clusterSideC[j];
597       //      if (track1->GetOuterParam()->GetAlpha()>0) continue;
598       //
599       Double_t d2[3];
600       track1->GetDirection(d2);
601       
602       AliTPCseed * seed0 = (AliTPCseed*) tpcSeeds.At(i);
603       AliTPCseed * seed1 = (AliTPCseed*) tpcSeeds.At(j);
604       if (! seed0) continue;
605       if (! seed1) continue;
606       Float_t dir = (d1[0]*d2[0] + d1[1]*d2[1] + d1[2]*d2[2]);
607       Float_t dist0  = track0->GetLinearD(0,0);
608       Float_t dist1  = track1->GetLinearD(0,0);
609       //
610       // conservative cuts - convergence to be guarantied
611       // applying before track propagation
612       if (TMath::Abs(TMath::Abs(dist0)-TMath::Abs(dist1))>fCutMaxD) continue;   // distance to the 0,0
613       if (TMath::Abs(dir)<TMath::Abs(fCutMinDir)) continue;               // direction vector product
614       Float_t bz = AliTracker::GetBz();
615       Float_t dvertex0[2];   //distance to 0,0
616       Float_t dvertex1[2];   //distance to 0,0 
617       track0->GetDZ(0,0,0,bz,dvertex0);
618       track1->GetDZ(0,0,0,bz,dvertex1);
619       if (TMath::Abs(dvertex0[1])>250) continue;
620       if (TMath::Abs(dvertex1[1])>250) continue;
621       //
622       //
623       //
624       Float_t dmax = TMath::Max(TMath::Abs(dist0),TMath::Abs(dist1));
625       AliExternalTrackParam param0(*track0);
626       AliExternalTrackParam param1(*track1);
627       //
628       // Propagate using Magnetic field and correct fo material budget
629       //
630       AliTracker::PropagateTrackTo(&param0,dmax+1,TDatabasePDG::Instance()->GetParticle("e-")->Mass(),3,kTRUE);
631       AliTracker::PropagateTrackTo(&param1,dmax+1,TDatabasePDG::Instance()->GetParticle("e-")->Mass(),3,kTRUE);
632       //
633       // Propagate rest to the 0,0 DCA - z should be ignored
634       //
635       //Bool_t b0 = ;
636       param0.PropagateToDCA(&vtx,bz,1000);
637       //Bool_t b1 = 
638       param1.PropagateToDCA(&vtx,bz,1000);
639       param0.GetDZ(0,0,0,bz,dvertex0);
640       param1.GetDZ(0,0,0,bz,dvertex1);
641       Double_t xyz0[3];
642       Double_t xyz1[3];
643       param0.GetXYZ(xyz0);
644       param1.GetXYZ(xyz1);
645       Bool_t isPair = IsPair(&param0,&param1);
646       Bool_t isCross = IsCross(track0, track1);
647       Bool_t isSame = IsSame(track0, track1);
648
649       THnSparse* hist=new THnSparseF("","HistVdrift;time;p/T ratio;Vdrift;run",4,fBinsVdrift,fXminVdrift,fXmaxVdrift);
650       TString shortName=hist->ClassName();
651       shortName+="_MEAN_VDRIFT_COSMICS_";
652       delete hist;
653       hist=NULL;
654
655       if((isSame) || (isCross && isPair)){
656         if (track0->GetTPCNcls()+ track1->GetTPCNcls()> 80) {
657           fDz = param0.GetZ() - param1.GetZ();
658           Double_t sign=(nA0>nA1)? 1:-1; 
659           fDz*=sign;
660           TTimeStamp tstamp(fTime);
661           Double_t ptrelative0 = AliTPCcalibDB::GetPTRelative(tstamp,fRun,0);
662           Double_t ptrelative1 = AliTPCcalibDB::GetPTRelative(tstamp,fRun,1);
663           Double_t vecDrift[4]={fTime,(ptrelative0+ptrelative1)/2.0,fDz/500.0,event->GetRunNumber()};
664           THnSparse* curHist=NULL;
665           TString name="";
666
667           name=shortName;
668           name+=event->GetFiredTriggerClasses();
669           name.ToUpper();
670           curHist=(THnSparseF*)fArrayDz->FindObject(name);
671           if(!curHist){
672             curHist=new THnSparseF(name,"HistVdrift;time;p/T ratio;Vdrift;run",4,fBinsVdrift,fXminVdrift,fXmaxVdrift);
673             fArrayDz->AddLast(curHist);
674           }
675 //        curHist=(THnSparseF*)(fMapDz->GetValue(event->GetFiredTriggerClasses()));
676 //        if(!curHist){
677 //          curHist=new THnSparseF(event->GetFiredTriggerClasses(),"HistVdrift;time;p/T ratio;Vdrift;run",4,fBinsVdrift,fXminVdrift,fXmaxVdrift);
678 //          fMapDz->Add(new TObjString(event->GetFiredTriggerClasses()),curHist);
679 //        }
680           curHist->Fill(vecDrift);
681           
682           name=shortName;
683           name+="ALL";
684           name.ToUpper();
685           curHist=(THnSparseF*)fArrayDz->FindObject(name);
686           if(!curHist){
687             curHist=new THnSparseF(name,"HistVdrift;time;p/T ratio;Vdrift;run",4,fBinsVdrift,fXminVdrift,fXmaxVdrift);
688             fArrayDz->AddLast(curHist);
689           }
690 //        curHist=(THnSparseF*)(fMapDz->GetValue("all"));
691 //        if(!curHist){
692 //          curHist=new THnSparseF("all","HistVdrift;time;p/T ratio;Vdrift;run",4,fBinsVdrift,fXminVdrift,fXmaxVdrift);
693 //          fMapDz->Add(new TObjString("all"),curHist);
694 //        }
695           curHist->Fill(vecDrift);
696         }
697       }
698       TTreeSRedirector *cstream = GetDebugStreamer();
699       if (fStreamLevel>0){
700         if (cstream){
701         (*cstream)<<"trackInfo"<<
702           "tr0.="<<track0<<
703           "tr1.="<<track1<<
704           "p0.="<<&param0<<
705           "p1.="<<&param1<<
706           "nAC="<<nAC<<
707           "nA0="<<nA0<<
708           "nA1="<<nA1<<
709           "nC0="<<nC0<<
710           "nC1="<<nC1<<
711           "isPair="<<isPair<<
712           "isCross="<<isCross<<
713           "isSame="<<isSame<<
714           "fDz="<<fDz<<
715           "fRun="<<fRun<<
716           "fTime="<<fTime<<
717           "\n";
718         }
719       }
720     } // end 2nd order loop        
721   } // end 1st order loop
722   
723   if (fStreamLevel>0){
724     TTreeSRedirector *cstream = GetDebugStreamer();
725     if (cstream){
726       (*cstream)<<"timeInfo"<<
727         "run="<<fRun<<              //  run number
728         "event="<<fEvent<<          //  event number
729         "time="<<fTime<<            //  time stamp of event
730         "trigger="<<fTrigger<<      //  trigger
731         "mag="<<fMagF<<             //  magnetic field
732         // Environment values
733         //
734         // accumulated values
735         //
736         "fDz="<<fDz<<          //! current delta z
737         "trigger="<<event->GetFiredTriggerClasses()<<
738         "\n";
739     }
740   }
741   if (GetDebugLevel()>20) printf("Trigger: %s\n",event->GetFiredTriggerClasses().Data());
742 }
743
744 void AliTPCcalibTime::ProcessBeam(const AliESDEvent *const /*event*/){
745   //
746   // Not special treatment yet - the same for cosmic and physic event
747   //
748 }
749
750 void AliTPCcalibTime::Analyze(){
751   //
752   // Special macro to analyze result of calibration and extract calibration entries
753   // Not yet ported to the Analyze function yet
754   //
755 }
756
757 THnSparse* AliTPCcalibTime::GetHistoDrift(const char* name) const
758 {
759   //
760   // Get histogram for given trigger mask
761   //
762   TIterator* iterator = fArrayDz->MakeIterator();
763   iterator->Reset();
764   TString newName=name;
765   newName.ToUpper();
766   THnSparse* newHist=new THnSparseF(newName,"HistVdrift;time;p/T ratio;Vdrift;run",4,fBinsVdrift,fXminVdrift,fXmaxVdrift);
767   THnSparse* addHist=NULL;
768   while((addHist=(THnSparseF*)iterator->Next())){
769   if(!addHist) continue;
770     TString histName=addHist->GetName();
771     if(!histName.Contains(newName)) continue;
772     addHist->Print();
773     newHist->Add(addHist);
774   }
775   return newHist;
776 }
777
778 TObjArray* AliTPCcalibTime::GetHistoDrift() const
779 {
780   //
781   // return array of histograms
782   //
783   return fArrayDz;
784 }
785
786 TGraphErrors* AliTPCcalibTime::GetGraphDrift(const char* name){
787   //
788   // Make a drift velocity (delta Z) graph
789   //
790   THnSparse* histoDrift=GetHistoDrift(name);
791   TGraphErrors* graphDrift=NULL;
792   if(histoDrift){
793     graphDrift=FitSlices(histoDrift,2,0,400,100,0.05,0.95, kTRUE);
794     TString end=histoDrift->GetName();
795     Int_t pos=end.Index("_");
796     end=end(pos,end.Capacity()-pos);
797     TString graphName=graphDrift->ClassName();
798     graphName+=end;
799     graphName.ToUpper();
800     graphDrift->SetName(graphName);
801   }
802   return graphDrift;
803 }
804
805 TObjArray* AliTPCcalibTime::GetGraphDrift(){
806   //
807   // make a array of drift graphs
808   //
809   TObjArray* arrayGraphDrift=new TObjArray();
810   TIterator* iterator=fArrayDz->MakeIterator();
811   iterator->Reset();
812   THnSparse* addHist=NULL;
813   while((addHist=(THnSparseF*)iterator->Next())) arrayGraphDrift->AddLast(GetGraphDrift(addHist->GetName()));
814   return arrayGraphDrift;
815 }
816
817 AliSplineFit* AliTPCcalibTime::GetFitDrift(const char* name){
818   //
819   // Make a fit AliSplinefit  of drift velocity
820   //
821   TGraph* graphDrift=GetGraphDrift(name);
822   AliSplineFit* fitDrift=NULL;
823   if(graphDrift && graphDrift->GetN()){
824     fitDrift=new AliSplineFit();
825     fitDrift->SetGraph(graphDrift);
826     fitDrift->SetMinPoints(graphDrift->GetN()+1);
827     fitDrift->InitKnots(graphDrift,2,0,0.001);
828     fitDrift->SplineFit(0);
829     TString end=graphDrift->GetName();
830     Int_t pos=end.Index("_");
831     end=end(pos,end.Capacity()-pos);
832     TString fitName=fitDrift->ClassName();
833     fitName+=end;
834     fitName.ToUpper();
835     //fitDrift->SetName(fitName);
836     delete graphDrift;
837     graphDrift=NULL;
838   }
839   return fitDrift;
840 }
841
842
843 Long64_t AliTPCcalibTime::Merge(TCollection *const li) {
844   //
845   // Object specific merging procedure
846   //
847   TIterator* iter = li->MakeIterator();
848   AliTPCcalibTime* cal = 0;
849
850   while ((cal = (AliTPCcalibTime*)iter->Next())) {
851     if (!cal->InheritsFrom(AliTPCcalibTime::Class())) {
852       Error("Merge","Attempt to add object of class %s to a %s", cal->ClassName(), this->ClassName());
853       return -1;
854     }
855     for (Int_t imeas=0; imeas<3; imeas++){
856       if (cal->GetHistVdriftLaserA(imeas) && cal->GetHistVdriftLaserA(imeas)){
857         fHistVdriftLaserA[imeas]->Add(cal->GetHistVdriftLaserA(imeas));
858         fHistVdriftLaserC[imeas]->Add(cal->GetHistVdriftLaserC(imeas));
859       }
860     }
861     //
862     for (Int_t imeas=0; imeas<5; imeas++){
863       if (cal->GetResHistoTPCITS(imeas) && cal->GetResHistoTPCITS(imeas)){
864         fResHistoTPCITS[imeas]->Add(cal->fResHistoTPCITS[imeas]);
865         fResHistoTPCvertex[imeas]->Add(cal->fResHistoTPCvertex[imeas]);
866       }
867       if (cal->fResHistoTPCTRD[imeas]){
868         if (fResHistoTPCTRD[imeas])
869           fResHistoTPCTRD[imeas]->Add(cal->fResHistoTPCTRD[imeas]);
870         else
871           fResHistoTPCTRD[imeas]=(THnSparse*)cal->fResHistoTPCTRD[imeas]->Clone();
872       }
873       if  (cal->fResHistoTPCTOF[imeas]){
874         if (fResHistoTPCTOF[imeas])
875           fResHistoTPCTOF[imeas]->Add(cal->fResHistoTPCTOF[imeas]);
876         else
877           fResHistoTPCTOF[imeas]=(THnSparse*)cal->fResHistoTPCTOF[imeas]->Clone();      
878       }
879     }
880     TObjArray* addArray=cal->GetHistoDrift();
881     if(!addArray) return 0;
882     TIterator* iterator = addArray->MakeIterator();
883     iterator->Reset();
884     THnSparse* addHist=NULL;
885     while((addHist=(THnSparseF*)iterator->Next())){
886       if(!addHist) continue;
887       addHist->Print();
888       THnSparse* localHist=(THnSparseF*)fArrayDz->FindObject(addHist->GetName());
889       if(!localHist){
890         localHist=new THnSparseF(addHist->GetName(),"HistVdrift;time;p/T ratio;Vdrift;run",4,fBinsVdrift,fXminVdrift,fXmaxVdrift);
891         fArrayDz->AddLast(localHist);
892       }
893       localHist->Add(addHist);
894     }
895
896     for(Int_t i=0;i<10;i++) if (cal->GetCosmiMatchingHisto(i)) fCosmiMatchingHisto[i]->Add(cal->GetCosmiMatchingHisto(i));
897     //
898     // Merge alignment
899     //
900     for (Int_t itype=0; itype<3; itype++){
901       //
902       //
903       TObjArray *arr0= 0;
904       TObjArray *arr1= 0;
905       if (itype==0) {arr0=fAlignITSTPC; arr1=cal->fAlignITSTPC;}
906       if (itype==1) {arr0=fAlignTRDTPC; arr1=cal->fAlignTRDTPC;}
907       if (itype==2) {arr0=fAlignTOFTPC; arr1=cal->fAlignTOFTPC;}
908       if (!arr1) continue;
909       if (!arr0) arr0=new TObjArray(arr1->GetEntriesFast());
910       if (arr1->GetEntriesFast()>arr0->GetEntriesFast()){
911         arr0->Expand(arr1->GetEntriesFast());
912       }
913       for (Int_t i=0;i<arr1->GetEntriesFast(); i++){
914         AliRelAlignerKalman *kalman1 = (AliRelAlignerKalman *)arr1->UncheckedAt(i);
915         AliRelAlignerKalman *kalman0 = (AliRelAlignerKalman *)arr0->UncheckedAt(i);
916         if (!kalman1)  continue;
917         if (!kalman0) {arr0->AddAt(new AliRelAlignerKalman(*kalman1),i); continue;}
918         kalman0->SetRejectOutliers(kFALSE);
919         kalman0->Merge(kalman1);
920       }
921     }
922
923   }
924   return 0;
925 }
926
927 Bool_t  AliTPCcalibTime::IsPair(AliExternalTrackParam *tr0, AliExternalTrackParam *tr1){
928   /*
929   // 0. Same direction - OPOSITE  - cutDir +cutT    
930   TCut cutDir("cutDir","dir<-0.99")
931   // 1. 
932   TCut cutT("cutT","abs(Tr1.fP[3]+Tr0.fP[3])<0.03")
933   //
934   // 2. The same rphi 
935   TCut cutD("cutD","abs(Tr0.fP[0]+Tr1.fP[0])<5")
936   //
937   TCut cutPt("cutPt","abs(Tr1.fP[4]+Tr0.fP[4])<1&&abs(Tr0.fP[4])+abs(Tr1.fP[4])<10");  
938   // 1/Pt diff cut
939   */
940   const Double_t *p0 = tr0->GetParameter();
941   const Double_t *p1 = tr1->GetParameter();
942   fCosmiMatchingHisto[0]->Fill(p0[0]+p1[0]);
943   fCosmiMatchingHisto[1]->Fill(p0[1]-p1[1]);
944   fCosmiMatchingHisto[2]->Fill(tr1->GetAlpha()-tr0->GetAlpha()+TMath::Pi());
945   fCosmiMatchingHisto[3]->Fill(p0[3]+p1[3]);
946   fCosmiMatchingHisto[4]->Fill(p0[4]+p1[4]);
947   
948   if (TMath::Abs(p0[3]+p1[3])>fCutTheta) return kFALSE;
949   if (TMath::Abs(p0[0]+p1[0])>fCutMaxD)  return kFALSE;
950   if (TMath::Abs(p0[1]-p1[1])>fCutMaxDz)  return kFALSE;
951   Double_t d0[3], d1[3];
952   tr0->GetDirection(d0);    
953   tr1->GetDirection(d1);       
954   if (d0[0]*d1[0] + d0[1]*d1[1] + d0[2]*d1[2] >fCutMinDir) return kFALSE;
955
956   fCosmiMatchingHisto[5]->Fill(p0[0]+p1[0]);
957   fCosmiMatchingHisto[6]->Fill(p0[1]-p1[1]);
958   fCosmiMatchingHisto[7]->Fill(tr1->GetAlpha()-tr0->GetAlpha()+TMath::Pi());
959   fCosmiMatchingHisto[8]->Fill(p0[3]+p1[3]);
960   fCosmiMatchingHisto[9]->Fill(p0[4]+p1[4]);
961
962   return kTRUE;  
963 }
964 Bool_t AliTPCcalibTime::IsCross(AliESDtrack *const tr0, AliESDtrack *const tr1){
965   //
966   // check if the cosmic pair of tracks crossed A/C side
967   // 
968   Bool_t result= tr0->GetOuterParam()->GetZ()*tr1->GetOuterParam()->GetZ()<0;
969   if (result==kFALSE) return result;
970   result=kTRUE;
971   return result;
972 }
973
974 Bool_t AliTPCcalibTime::IsSame(AliESDtrack *const tr0, AliESDtrack *const tr1){
975   // 
976   // track crossing the CE
977   // 0. minimal number of clusters 
978   // 1. Same sector +-1
979   // 2. Inner and outer track param on opposite side
980   // 3. Outer and inner track parameter close each to other
981   // 3. 
982   Bool_t result=kTRUE;
983   //
984   // inner and outer on opposite sides in z
985   //
986   const Int_t knclCut0  = 30;
987   const Double_t kalphaCut = 0.4;
988   //
989   // 0. minimal number of clusters
990   //
991   if (tr0->GetTPCNcls()<knclCut0) return kFALSE;
992   if (tr1->GetTPCNcls()<knclCut0) return kFALSE;
993   //
994   // 1. alpha cut - sector+-1
995   //
996   if (TMath::Abs(tr0->GetOuterParam()->GetAlpha()-tr1->GetOuterParam()->GetAlpha())>kalphaCut) return kFALSE;
997   //
998   // 2. Z crossing
999   //
1000   if (tr0->GetOuterParam()->GetZ()*tr0->GetInnerParam()->GetZ()>0) result&=kFALSE;
1001   if (tr1->GetOuterParam()->GetZ()*tr1->GetInnerParam()->GetZ()>0) result&=kFALSE;
1002   if (result==kFALSE){
1003     return result;
1004   }
1005   //
1006   //
1007   const Double_t *p0I = tr0->GetInnerParam()->GetParameter();
1008   const Double_t *p1I = tr1->GetInnerParam()->GetParameter();
1009   const Double_t *p0O = tr0->GetOuterParam()->GetParameter();
1010   const Double_t *p1O = tr1->GetOuterParam()->GetParameter();
1011   //
1012   if (TMath::Abs(p0I[0]-p1I[0])>fCutMaxD)  result&=kFALSE;
1013   if (TMath::Abs(p0I[1]-p1I[1])>fCutMaxDz) result&=kFALSE;
1014   if (TMath::Abs(p0I[2]-p1I[2])>fCutTheta) result&=kFALSE;
1015   if (TMath::Abs(p0I[3]-p1I[3])>fCutTheta) result&=kFALSE;
1016   if (TMath::Abs(p0O[0]-p1O[0])>fCutMaxD)  result&=kFALSE;
1017   if (TMath::Abs(p0O[1]-p1O[1])>fCutMaxDz) result&=kFALSE;
1018   if (TMath::Abs(p0O[2]-p1O[2])>fCutTheta) result&=kFALSE;
1019   if (TMath::Abs(p0O[3]-p1O[3])>fCutTheta) result&=kFALSE;
1020   if (result==kTRUE){
1021     result=kTRUE; // just to put break point here
1022   }
1023   return result;
1024 }
1025
1026
1027 void  AliTPCcalibTime::ProcessSame(AliESDtrack *const track, AliESDfriendTrack *const friendTrack, const AliESDEvent *const event){
1028   //
1029   // Process  TPC tracks crossing CE
1030   //
1031   // 0. Select only track crossing the CE
1032   // 1. Cut on the track length
1033   // 2. Refit the terack on A and C side separatelly
1034   // 3. Fill time histograms
1035   const Int_t kMinNcl=100;
1036   const Int_t kMinNclS=25;  // minimul number of clusters on the sides
1037   if (!friendTrack->GetTPCOut()) return;
1038   //
1039   // 0. Select only track crossing the CE
1040   //
1041   if (track->GetInnerParam()->GetZ()*friendTrack->GetTPCOut()->GetZ()>0) return;
1042   //
1043   // 1. cut on track length
1044   //
1045   if (track->GetTPCNcls()<kMinNcl) return;
1046   //
1047   // 2. Refit track sepparatel on A and C side
1048   //
1049   TObject *calibObject;
1050   AliTPCseed *seed = 0;
1051   for (Int_t l=0;(calibObject=friendTrack->GetCalibObject(l));++l) {
1052     if ((seed=dynamic_cast<AliTPCseed*>(calibObject))) break;
1053   }
1054   if (!seed) return;
1055   //
1056   AliExternalTrackParam trackIn(*track->GetInnerParam());
1057   AliExternalTrackParam trackOut(*track->GetOuterParam());
1058   Double_t cov[3]={0.01,0.,0.01}; //use the same errors
1059   Double_t xyz[3]={0,0.,0.0};  
1060   Double_t bz   =0;
1061   Int_t nclIn=0,nclOut=0;
1062   trackIn.ResetCovariance(30.);
1063   trackOut.ResetCovariance(30.);
1064   //
1065   //2.a Refit inner
1066   // 
1067   for (Int_t irow=0;irow<159;irow++) {
1068     AliTPCclusterMI *cl=seed->GetClusterPointer(irow);
1069     if (!cl) continue;
1070     if (cl->GetX()<80) continue;
1071     if (track->GetInnerParam()->GetZ()<0 &&(cl->GetDetector()%36)<18) break;
1072     if (track->GetInnerParam()->GetZ()>0 &&(cl->GetDetector()%36)>=18) break;
1073     Int_t sector = cl->GetDetector();
1074     Float_t dalpha = TMath::DegToRad()*(sector%18*20.+10.)-trackIn.GetAlpha();
1075     if (TMath::Abs(dalpha)>0.01){
1076       if (!trackIn.Rotate(TMath::DegToRad()*(sector%18*20.+10.))) break;
1077     }
1078     Double_t r[3]={cl->GetX(),cl->GetY(),cl->GetZ()};
1079     trackIn.GetXYZ(xyz);
1080     bz = AliTracker::GetBz(xyz);
1081     if (!trackIn.PropagateTo(r[0],bz)) break;
1082     nclIn++;
1083     trackIn.Update(&r[1],cov);    
1084   }
1085   //
1086   //2.b Refit outer
1087   // 
1088   for (Int_t irow=159;irow>0;irow--) {
1089     AliTPCclusterMI *cl=seed->GetClusterPointer(irow);
1090     if (!cl) continue;
1091     if (cl->GetX()<80) continue;
1092     if (cl->GetZ()*track->GetOuterParam()->GetZ()<0) break;
1093     if (friendTrack->GetTPCOut()->GetZ()<0 &&(cl->GetDetector()%36)<18) break;
1094     if (friendTrack->GetTPCOut()->GetZ()>0 &&(cl->GetDetector()%36)>=18) break;
1095     Int_t sector = cl->GetDetector();
1096     Float_t dalpha = TMath::DegToRad()*(sector%18*20.+10.)-trackOut.GetAlpha();
1097     if (TMath::Abs(dalpha)>0.01){
1098       if (!trackOut.Rotate(TMath::DegToRad()*(sector%18*20.+10.))) break;
1099     }
1100     Double_t r[3]={cl->GetX(),cl->GetY(),cl->GetZ()};
1101     trackOut.GetXYZ(xyz);
1102     bz = AliTracker::GetBz(xyz);
1103     if (!trackOut.PropagateTo(r[0],bz)) break;
1104     nclOut++;
1105     trackOut.Update(&r[1],cov);    
1106   }
1107   trackOut.Rotate(trackIn.GetAlpha());
1108   Double_t meanX = (trackIn.GetX()+trackOut.GetX())*0.5;
1109   trackIn.PropagateTo(meanX,bz); 
1110   trackOut.PropagateTo(meanX,bz); 
1111   TTreeSRedirector *cstream = GetDebugStreamer();
1112   if (cstream){
1113     TVectorD gxyz(3);
1114     trackIn.GetXYZ(gxyz.GetMatrixArray());
1115     TTimeStamp tstamp(fTime);
1116     (*cstream)<<"tpctpc"<<
1117       "run="<<fRun<<              //  run number
1118       "event="<<fEvent<<          //  event number
1119       "time="<<fTime<<            //  time stamp of event
1120       "trigger="<<fTrigger<<      //  trigger
1121       "mag="<<fMagF<<             //  magnetic field
1122       //
1123       "xyz.="<<&gxyz<<             // global position
1124       "tIn.="<<&trackIn<<         // refitterd track in 
1125       "tOut.="<<&trackOut<<       // refitter track out
1126       "nclIn="<<nclIn<<           // 
1127       "nclOut="<<nclOut<<         //
1128       "\n";  
1129   }
1130   //
1131   // 3. Fill time histograms
1132   // Debug stremaer expression
1133   // chainTPCTPC->Draw("(tIn.fP[1]-tOut.fP[1])*sign(-tIn.fP[3]):tIn.fP[3]","min(nclIn,nclOut)>30","")
1134   if (TMath::Min(nclIn,nclOut)>kMinNclS){
1135     fDz = trackOut.GetZ()-trackIn.GetZ();
1136     if (trackOut.GetTgl()<0) fDz*=-1.;
1137     TTimeStamp tstamp(fTime);
1138     Double_t ptrelative0 = AliTPCcalibDB::GetPTRelative(tstamp,fRun,0);
1139     Double_t ptrelative1 = AliTPCcalibDB::GetPTRelative(tstamp,fRun,1);
1140     Double_t vecDrift[4]={fTime,(ptrelative0+ptrelative1)/2.0,fDz/500.0,event->GetRunNumber()};
1141     //
1142     // fill histograms per trigger class and itegrated
1143     //
1144     THnSparse* curHist=NULL;
1145     for (Int_t itype=0; itype<2; itype++){
1146       TString name="MEAN_VDRIFT_CROSS_";  
1147       if (itype==0){
1148         name+=event->GetFiredTriggerClasses();
1149         name.ToUpper();
1150       }else{
1151         name+="ALL";
1152       }
1153       curHist=(THnSparseF*)fArrayDz->FindObject(name);
1154       if(!curHist){
1155         curHist=new THnSparseF(name,"HistVdrift;time;p/T ratio;Vdrift;run",4,fBinsVdrift,fXminVdrift,fXmaxVdrift);
1156         fArrayDz->AddLast(curHist);
1157       }
1158       curHist->Fill(vecDrift);
1159     }
1160   }
1161
1162 }
1163
1164 void  AliTPCcalibTime::ProcessAlignITS(AliESDtrack *const track, AliESDfriendTrack *const friendTrack, const AliESDEvent *const event, AliESDfriend *const esdFriend){
1165   //
1166   // Process track - Update TPC-ITS alignment
1167   // Updates: 
1168   // 0. Apply standartd cuts 
1169   // 1. Recalucluate the current statistic median/RMS
1170   // 2. Apply median+-rms cut
1171   // 3. Update kalman filter
1172   //
1173   const Int_t    kMinTPC  = 80;    // minimal number of TPC cluster
1174   const Int_t    kMinITS  = 3;     // minimal number of ITS cluster
1175   const Double_t kMinZ    = 10;    // maximal dz distance
1176   const Double_t kMaxDy   = 2.;    // maximal dy distance
1177   const Double_t kMaxAngle= 0.015;  // maximal angular distance
1178   const Double_t kSigmaCut= 5;     // maximal sigma distance to median
1179   const Double_t kVdErr   = 0.1;  // initial uncertainty of the vd correction 
1180   const Double_t kVdYErr  = 0.05;  // initial uncertainty of the vd correction 
1181   const Double_t kOutCut  = 1.0;   // outlyer cut in AliRelAlgnmentKalman
1182   const Double_t kMinPt   = 0.3;   // minimal pt
1183   const  Int_t     kN=50;         // deepnes of history
1184   static Int_t     kglast=0;
1185   static Double_t* kgdP[4]={new Double_t[kN], new Double_t[kN], new Double_t[kN], new Double_t[kN]};
1186   /*
1187     0. Standrd cuts:
1188     TCut cut="abs(pTPC.fP[2]-pITS.fP[2])<0.01&&abs(pTPC.fP[3]-pITS.fP[3])<0.01&&abs(pTPC.fP[2]-pITS.fP[2])<1";
1189   */
1190   //
1191   // 0. Apply standard cuts
1192   //
1193   Int_t dummycl[1000];
1194   if (track->GetTPCNcls()<kMinTPC) return;  // minimal amount of clusters cut
1195   if (track->GetITSclusters(dummycl)<kMinITS) return;  // minimal amount of clusters
1196   if (!track->IsOn(AliESDtrack::kTPCrefit)) return;
1197   if (!friendTrack->GetITSOut()) return;  
1198   if (!track->GetInnerParam())   return;
1199   if (!track->GetOuterParam())   return;
1200   if (track->GetInnerParam()->Pt()<kMinPt)  return;
1201   // exclude crossing track
1202   if (track->GetOuterParam()->GetZ()*track->GetInnerParam()->GetZ()<0)   return;
1203   if (TMath::Abs(track->GetInnerParam()->GetZ())<kMinZ)   return;
1204   if (track->GetInnerParam()->GetX()>90)   return;
1205   //
1206   AliExternalTrackParam &pTPC=(AliExternalTrackParam &)(*(track->GetInnerParam()));
1207   AliExternalTrackParam pITS(*(friendTrack->GetITSOut()));   // ITS standalone if possible
1208   AliExternalTrackParam pITS2(*(friendTrack->GetITSOut()));  //TPC-ITS track
1209   pITS2.Rotate(pTPC.GetAlpha());
1210   //  pITS2.PropagateTo(pTPC.GetX(),fMagF);
1211   AliTracker::PropagateTrackToBxByBz(&pITS2,pTPC.GetX(),0.1,0.1,kFALSE);
1212
1213   AliESDfriendTrack *itsfriendTrack=0;
1214   //
1215   // try to find standalone ITS track corresponing to the TPC if possible
1216   //
1217   Bool_t hasAlone=kFALSE;
1218   Int_t ntracks=event->GetNumberOfTracks();
1219   for (Int_t i=0; i<ntracks; i++){
1220     AliESDtrack *trackS = event->GetTrack(i);
1221     if (trackS->GetTPCNcls()>0) continue;   //continue if has TPC info
1222     itsfriendTrack = esdFriend->GetTrack(i);
1223     if (!itsfriendTrack) continue;
1224     if (!itsfriendTrack->GetITSOut()) continue;
1225     if (TMath::Abs(pITS2.GetTgl()-itsfriendTrack->GetITSOut()->GetTgl())> kMaxAngle) continue;
1226     pITS=(*(itsfriendTrack->GetITSOut()));
1227     //
1228     pITS.Rotate(pTPC.GetAlpha());
1229     //pITS.PropagateTo(pTPC.GetX(),fMagF);
1230     AliTracker::PropagateTrackToBxByBz(&pITS,pTPC.GetX(),0.1,0.1,kFALSE);
1231     if (TMath::Abs(pITS2.GetY()-pITS.GetY())> kMaxDy) continue;
1232     hasAlone=kTRUE;
1233   }
1234   if (!hasAlone) pITS=pITS2;
1235   //
1236   if (TMath::Abs(pITS.GetY()-pTPC.GetY())    >kMaxDy)    return;
1237   if (TMath::Abs(pITS.GetSnp()-pTPC.GetSnp())>kMaxAngle) return;
1238   if (TMath::Abs(pITS.GetTgl()-pTPC.GetTgl())>kMaxAngle) return;
1239   //
1240   // 1. Update median and RMS info
1241   //
1242   TVectorD vecDelta(5),vecMedian(5), vecRMS(5);
1243   TVectorD vecDeltaN(5);
1244   Double_t sign=(pITS.GetParameter()[1]>0)? 1.:-1.;
1245   vecDelta[4]=0;
1246   for (Int_t i=0;i<4;i++){
1247     vecDelta[i]=(pITS.GetParameter()[i]-pTPC.GetParameter()[i])*sign;
1248     kgdP[i][kglast%kN]=vecDelta[i];
1249   }
1250   kglast=(kglast+1);
1251   Int_t entries=(kglast<kN)?kglast:kN;
1252   for (Int_t i=0;i<4;i++){
1253     vecMedian[i] = TMath::Median(entries,kgdP[i]);
1254     vecRMS[i]    = TMath::RMS(entries,kgdP[i]);
1255     vecDeltaN[i] = 0;
1256     if (vecRMS[i]>0.){
1257       vecDeltaN[i] = (vecDelta[i]-vecMedian[i])/vecRMS[i];
1258       vecDeltaN[4]+= TMath::Abs(vecDeltaN[i]);  //sum of abs residuals
1259     }
1260   }
1261   //
1262   // 2. Apply median+-rms cut
1263   //
1264   if (kglast<3)  return;   //median and RMS to be defined
1265   if ( vecDeltaN[4]/4.>kSigmaCut) return;
1266   //
1267   // 3. Update alignment
1268   //
1269   Int_t htime = fTime/3600; //time in hours
1270   if (fAlignITSTPC->GetEntriesFast()<htime){
1271     fAlignITSTPC->Expand(htime*2+20);
1272   }
1273   AliRelAlignerKalman* align =  (AliRelAlignerKalman*)fAlignITSTPC->At(htime);
1274   if (!align){
1275     // make Alignment object if doesn't exist
1276     align=new AliRelAlignerKalman(); 
1277     align->SetRunNumber(fRun);
1278     (*align->GetStateCov())(6,6)=kVdErr*kVdErr;
1279     (*align->GetStateCov())(8,8)=kVdYErr*kVdYErr;
1280     align->SetOutRejSigma(kOutCut+kOutCut*kN);
1281     align->SetRejectOutliers(kFALSE);
1282
1283     align->SetTPCvd(AliTPCcalibDB::Instance()->GetParameters()->GetDriftV()/1000000.);
1284     align->SetMagField(fMagF); 
1285     fAlignITSTPC->AddAt(align,htime);
1286   }
1287   align->AddTrackParams(&pITS,&pTPC);
1288   align->SetTimeStamp(fTime);
1289   align->SetRunNumber(fRun );
1290   Float_t dca[2],cov[3];
1291   track->GetImpactParameters(dca,cov);
1292   if (TMath::Abs(dca[0])<kMaxDy){
1293     FillResHistoTPCITS(&pTPC,&pITS);
1294     FillResHistoTPC(track);
1295   }
1296   //
1297   Int_t nupdates=align->GetNUpdates();
1298   align->SetOutRejSigma(kOutCut+kOutCut*kN/Double_t(nupdates));
1299   align->SetRejectOutliers(kFALSE);
1300   TTreeSRedirector *cstream = GetDebugStreamer();  
1301   if (cstream && align->GetState() && align->GetState()->GetNrows()>2 ){
1302     TVectorD gpTPC(3), gdTPC(3);
1303     TVectorD gpITS(3), gdITS(3);
1304     pTPC.GetXYZ(gpTPC.GetMatrixArray());
1305     pTPC.GetDirection(gdTPC.GetMatrixArray());
1306     pITS.GetXYZ(gpITS.GetMatrixArray());
1307     pITS.GetDirection(gdITS.GetMatrixArray());
1308     (*cstream)<<"itstpc"<<
1309       "run="<<fRun<<              //  run number
1310       "event="<<fEvent<<          //  event number
1311       "time="<<fTime<<            //  time stamp of event
1312       "trigger="<<fTrigger<<      //  trigger
1313       "mag="<<fMagF<<             //  magnetic field
1314       //
1315       "hasAlone="<<hasAlone<<    // has ITS standalone ?
1316       "track.="<<track<<  // track info
1317       "nmed="<<kglast<<        // number of entries to define median and RMS
1318       "vMed.="<<&vecMedian<<    // median of deltas
1319       "vRMS.="<<&vecRMS<<       // rms of deltas
1320       "vDelta.="<<&vecDelta<<   // delta in respect to median
1321       "vDeltaN.="<<&vecDeltaN<< // normalized delta in respect to median
1322       "t.="<<track<<            // ful track - find proper cuts
1323       "a.="<<align<<            // current alignment
1324       "pITS.="<<&pITS<<         // track param ITS 
1325       "pITS2.="<<&pITS2<<       // track param ITS+TPC
1326       "pTPC.="<<&pTPC<<         // track param TPC
1327       "gpTPC.="<<&gpTPC<<       // global position  TPC
1328       "gdTPC.="<<&gdTPC<<       // global direction TPC
1329       "gpITS.="<<&gpITS<<       // global position  ITS
1330       "gdITS.="<<&gdITS<<       // global position  ITS
1331       "\n";
1332   }
1333 }
1334
1335
1336
1337
1338 void  AliTPCcalibTime::ProcessAlignTRD(AliESDtrack *const track, AliESDfriendTrack *const friendTrack){
1339   //
1340   // Process track - Update TPC-TRD alignment
1341   // Updates: 
1342   // 0. Apply standartd cuts 
1343   // 1. Recalucluate the current statistic median/RMS
1344   // 2. Apply median+-rms cut
1345   // 3. Update kalman filter
1346   //
1347   const Int_t    kMinTPC  = 80;    // minimal number of TPC cluster
1348   const Int_t    kMinTRD  = 50;    // minimal number of TRD cluster
1349   const Double_t kMinZ    = 20;    // maximal dz distance
1350   const Double_t kMaxDy   = 5.;    // maximal dy distance
1351   const Double_t kMaxAngle= 0.1;  // maximal angular distance
1352   const Double_t kSigmaCut= 10;     // maximal sigma distance to median
1353   const Double_t kVdErr   = 0.1;  // initial uncertainty of the vd correction 
1354   const Double_t kVdYErr  = 0.05;  // initial uncertainty of the vd correction 
1355   const Double_t kOutCut  = 1.0;   // outlyer cut in AliRelAlgnmentKalman
1356   const Double_t kRefX    = 275;   // reference X
1357   const  Int_t     kN=50;         // deepnes of history
1358   static Int_t     kglast=0;
1359   static Double_t* kgdP[4]={new Double_t[kN], new Double_t[kN], new Double_t[kN], new Double_t[kN]};
1360   //
1361   // 0. Apply standard cuts
1362   //
1363   Int_t dummycl[1000];
1364   if (track->GetTRDclusters(dummycl)<kMinTRD) return;  // minimal amount of clusters
1365   if (track->GetTPCNcls()<kMinTPC) return;  // minimal amount of clusters cut
1366   if (!friendTrack->GetTRDIn()) return;  
1367   if (!track->IsOn(AliESDtrack::kTRDrefit)) return;  
1368   if (!track->IsOn(AliESDtrack::kTRDout)) return;  
1369   if (!track->GetInnerParam())   return;
1370   if (!friendTrack->GetTPCOut())   return;
1371   // exclude crossing track
1372   if (friendTrack->GetTPCOut()->GetZ()*track->GetInnerParam()->GetZ()<0)   return;
1373   if (TMath::Abs(track->GetInnerParam()->GetZ())<kMinZ)   return;
1374   //
1375   AliExternalTrackParam &pTPC=(AliExternalTrackParam &)(*(friendTrack->GetTPCOut()));
1376   AliTracker::PropagateTrackToBxByBz(&pTPC,kRefX,0.1,0.1,kFALSE);
1377   AliExternalTrackParam pTRD(*(friendTrack->GetTRDIn()));
1378   pTRD.Rotate(pTPC.GetAlpha());
1379   //  pTRD.PropagateTo(pTPC.GetX(),fMagF);
1380   AliTracker::PropagateTrackToBxByBz(&pTRD,pTPC.GetX(),0.1,0.1,kFALSE);
1381
1382   ((Double_t*)pTRD.GetCovariance())[2]+=3.*3.;   // increas sys errors
1383   ((Double_t*)pTRD.GetCovariance())[9]+=0.1*0.1; // increse sys errors
1384
1385   if (TMath::Abs(pTRD.GetY()-pTPC.GetY())    >kMaxDy)    return;
1386   if (TMath::Abs(pTRD.GetSnp()-pTPC.GetSnp())>kMaxAngle) return;
1387   //  if (TMath::Abs(pTRD.GetTgl()-pTPC.GetTgl())>kMaxAngle) return;
1388   //
1389   // 1. Update median and RMS info
1390   //
1391   TVectorD vecDelta(5),vecMedian(5), vecRMS(5);
1392   TVectorD vecDeltaN(5);
1393   Double_t sign=(pTRD.GetParameter()[1]>0)? 1.:-1.;
1394   vecDelta[4]=0;
1395   for (Int_t i=0;i<4;i++){
1396     vecDelta[i]=(pTRD.GetParameter()[i]-pTPC.GetParameter()[i])*sign;
1397     kgdP[i][kglast%kN]=vecDelta[i];
1398   }
1399   kglast=(kglast+1);
1400   Int_t entries=(kglast<kN)?kglast:kN;
1401   for (Int_t i=0;i<4;i++){
1402     vecMedian[i] = TMath::Median(entries,kgdP[i]);
1403
1404     vecRMS[i]    = TMath::RMS(entries,kgdP[i]);
1405     vecDeltaN[i] = 0;
1406     if (vecRMS[i]>0.){
1407       vecDeltaN[i] = (vecDelta[i]-vecMedian[i])/vecRMS[i];
1408       vecDeltaN[4]+= TMath::Abs(vecDeltaN[i]);  //sum of abs residuals
1409     }
1410   }
1411   //
1412   // 2. Apply median+-rms cut
1413   //
1414   if (kglast<3)  return;   //median and RMS to be defined
1415   if ( vecDeltaN[4]/4.>kSigmaCut) return;
1416   //
1417   // 3. Update alignment
1418   //
1419   Int_t htime = fTime/3600; //time in hours
1420   if (fAlignTRDTPC->GetEntriesFast()<htime){
1421     fAlignTRDTPC->Expand(htime*2+20);
1422   }
1423   AliRelAlignerKalman* align =  (AliRelAlignerKalman*)fAlignTRDTPC->At(htime);
1424   if (!align){
1425     // make Alignment object if doesn't exist
1426     align=new AliRelAlignerKalman(); 
1427     align->SetRunNumber(fRun);
1428     (*align->GetStateCov())(6,6)=kVdErr*kVdErr;
1429     (*align->GetStateCov())(8,8)=kVdYErr*kVdYErr;
1430     align->SetOutRejSigma(kOutCut+kOutCut*kN);
1431     align->SetRejectOutliers(kFALSE);
1432     align->SetTPCvd(AliTPCcalibDB::Instance()->GetParameters()->GetDriftV()/1000000.);
1433     align->SetMagField(fMagF); 
1434     fAlignTRDTPC->AddAt(align,htime);
1435   }
1436   align->AddTrackParams(&pTRD,&pTPC);
1437   align->SetTimeStamp(fTime);
1438   align->SetRunNumber(fRun );
1439   Float_t dca[2],cov[3];
1440   track->GetImpactParameters(dca,cov);
1441   if (TMath::Abs(dca[0])<kMaxDy){
1442     FillResHistoTPCTRD(&pTPC,&pTRD);  //only primaries
1443   }
1444   //
1445   Int_t nupdates=align->GetNUpdates();
1446   align->SetOutRejSigma(kOutCut+kOutCut*kN/Double_t(nupdates));
1447   align->SetRejectOutliers(kFALSE);
1448   TTreeSRedirector *cstream = GetDebugStreamer();  
1449   if (cstream && align->GetState() && align->GetState()->GetNrows()>2 ){
1450     TVectorD gpTPC(3), gdTPC(3);
1451     TVectorD gpTRD(3), gdTRD(3);
1452     pTPC.GetXYZ(gpTPC.GetMatrixArray());
1453     pTPC.GetDirection(gdTPC.GetMatrixArray());
1454     pTRD.GetXYZ(gpTRD.GetMatrixArray());
1455     pTRD.GetDirection(gdTRD.GetMatrixArray());
1456     (*cstream)<<"trdtpc"<<
1457       "run="<<fRun<<              //  run number
1458       "event="<<fEvent<<          //  event number
1459       "time="<<fTime<<            //  time stamp of event
1460       "trigger="<<fTrigger<<      //  trigger
1461       "mag="<<fMagF<<             //  magnetic field
1462       //
1463       "nmed="<<kglast<<        // number of entries to define median and RMS
1464       "vMed.="<<&vecMedian<<    // median of deltas
1465       "vRMS.="<<&vecRMS<<       // rms of deltas
1466       "vDelta.="<<&vecDelta<<   // delta in respect to median
1467       "vDeltaN.="<<&vecDeltaN<< // normalized delta in respect to median
1468       "t.="<<track<<            // ful track - find proper cuts
1469       "a.="<<align<<            // current alignment
1470       "pTRD.="<<&pTRD<<         // track param TRD
1471       "pTPC.="<<&pTPC<<         // track param TPC
1472       "gpTPC.="<<&gpTPC<<       // global position  TPC
1473       "gdTPC.="<<&gdTPC<<       // global direction TPC
1474       "gpTRD.="<<&gpTRD<<       // global position  TRD
1475       "gdTRD.="<<&gdTRD<<       // global position  TRD
1476       "\n";
1477   }
1478 }
1479
1480
1481 void  AliTPCcalibTime::ProcessAlignTOF(AliESDtrack *const track, AliESDfriendTrack *const friendTrack){
1482   //
1483   //
1484   // Process track - Update TPC-TOF alignment
1485   // Updates: 
1486   // -1. Make a TOF "track"
1487   // 0. Apply standartd cuts 
1488   // 1. Recalucluate the current statistic median/RMS
1489   // 2. Apply median+-rms cut
1490   // 3. Update kalman filter
1491   //
1492   const Int_t      kMinTPC  = 80;    // minimal number of TPC cluster
1493   //  const Double_t   kMinZ    = 10;    // maximal dz distance
1494   const Double_t   kMaxDy   = 5.;    // maximal dy distance
1495   const Double_t   kMaxAngle= 0.015;  // maximal angular distance
1496   const Double_t   kSigmaCut= 5;     // maximal sigma distance to median
1497   const Double_t   kVdErr   = 0.1;  // initial uncertainty of the vd correction 
1498   const Double_t   kVdYErr  = 0.05;  // initial uncertainty of the vd correction 
1499
1500   const Double_t   kOutCut  = 1.0;   // outlyer cut in AliRelAlgnmentKalman
1501   const  Int_t     kN=50;         // deepnes of history
1502   static Int_t     kglast=0;
1503   static Double_t* kgdP[4]={new Double_t[kN], new Double_t[kN], new Double_t[kN], new Double_t[kN]};
1504   //
1505   // -1. Make a TOF track-
1506   //     Clusters are not in friends - use alingment points
1507   //
1508   if (track->GetTOFsignal()<=0)  return;
1509   if (!friendTrack->GetTPCOut()) return;
1510   if (!track->GetInnerParam())   return;
1511   if (!friendTrack->GetTPCOut())   return;
1512   const AliTrackPointArray *points=friendTrack->GetTrackPointArray();
1513   if (!points) return;
1514   AliExternalTrackParam pTPC(*(friendTrack->GetTPCOut()));
1515   AliExternalTrackParam pTOF(pTPC);
1516   Double_t mass = TDatabasePDG::Instance()->GetParticle("mu+")->Mass();
1517   Int_t npoints = points->GetNPoints();
1518   AliTrackPoint point;
1519   Int_t naccept=0;
1520   //
1521   for (Int_t ipoint=0;ipoint<npoints;ipoint++){
1522     points->GetPoint(point,ipoint);
1523     Float_t xyz[3];
1524     point.GetXYZ(xyz);
1525     Double_t r=TMath::Sqrt(xyz[0]*xyz[0]+xyz[1]*xyz[1]);
1526     if (r<350)  continue;
1527     if (r>400)  continue;
1528     AliTracker::PropagateTrackToBxByBz(&pTPC,r,mass,2.,kTRUE);
1529     AliTracker::PropagateTrackToBxByBz(&pTPC,r,mass,0.1,kTRUE);    
1530     AliTrackPoint lpoint = point.Rotate(pTPC.GetAlpha());
1531     pTPC.PropagateTo(lpoint.GetX(),fMagF);
1532     pTOF=pTPC;
1533     ((Double_t*)pTOF.GetParameter())[0] =lpoint.GetY();
1534     ((Double_t*)pTOF.GetParameter())[1] =lpoint.GetZ();
1535     ((Double_t*)pTOF.GetCovariance())[0]+=3.*3./12.;
1536     ((Double_t*)pTOF.GetCovariance())[2]+=3.*3./12.;
1537     ((Double_t*)pTOF.GetCovariance())[5]+=0.1*0.1;
1538     ((Double_t*)pTOF.GetCovariance())[9]+=0.1*0.1;
1539     naccept++;
1540   }
1541   if (naccept==0) return;  // no tof match clusters
1542   //
1543   // 0. Apply standard cuts
1544   //
1545   if (track->GetTPCNcls()<kMinTPC) return;  // minimal amount of clusters cut
1546   // exclude crossing track
1547   if (friendTrack->GetTPCOut()->GetZ()*track->GetInnerParam()->GetZ()<0)   return;
1548   //
1549   if (TMath::Abs(pTOF.GetY()-pTPC.GetY())    >kMaxDy)    return;
1550   if (TMath::Abs(pTOF.GetSnp()-pTPC.GetSnp())>kMaxAngle) return;
1551   if (TMath::Abs(pTOF.GetTgl()-pTPC.GetTgl())>kMaxAngle) return;
1552   //
1553   // 1. Update median and RMS info
1554   //
1555   TVectorD vecDelta(5),vecMedian(5), vecRMS(5);
1556   TVectorD vecDeltaN(5);
1557   Double_t sign=(pTOF.GetParameter()[1]>0)? 1.:-1.;
1558   vecDelta[4]=0;
1559   for (Int_t i=0;i<4;i++){
1560     vecDelta[i]=(pTOF.GetParameter()[i]-pTPC.GetParameter()[i])*sign;
1561     kgdP[i][kglast%kN]=vecDelta[i];
1562   }
1563   kglast=(kglast+1);
1564   Int_t entries=(kglast<kN)?kglast:kN;
1565   Bool_t isOK=kTRUE;
1566   for (Int_t i=0;i<4;i++){
1567     vecMedian[i] = TMath::Median(entries,kgdP[i]);
1568     vecRMS[i]    = TMath::RMS(entries,kgdP[i]);
1569     vecDeltaN[i] = 0;
1570     if (vecRMS[i]>0.){
1571       vecDeltaN[i] = (vecDelta[i]-vecMedian[i])/(vecRMS[i]+1.);
1572       vecDeltaN[4]+= TMath::Abs(vecDeltaN[i]);  //sum of abs residuals
1573       if (TMath::Abs(vecDeltaN[i])>kSigmaCut) isOK=kFALSE;
1574     }
1575   }
1576   //
1577   // 2. Apply median+-rms cut
1578   //
1579   if (kglast<10)  return;   //median and RMS to be defined
1580   if (!isOK) return;
1581   //
1582   // 3. Update alignment
1583   //
1584   Int_t htime = fTime/3600; //time in hours
1585   if (fAlignTOFTPC->GetEntriesFast()<htime){
1586     fAlignTOFTPC->Expand(htime*2+20);
1587   }
1588   AliRelAlignerKalman* align =  (AliRelAlignerKalman*)fAlignTOFTPC->At(htime);
1589   if (!align){
1590     // make Alignment object if doesn't exist
1591     align=new AliRelAlignerKalman(); 
1592     align->SetRunNumber(fRun);
1593     (*align->GetStateCov())(6,6)=kVdErr*kVdErr;
1594     (*align->GetStateCov())(8,8)=kVdYErr*kVdYErr;
1595     align->SetOutRejSigma(kOutCut+kOutCut*kN);
1596     align->SetRejectOutliers(kFALSE);
1597     align->SetTPCvd(AliTPCcalibDB::Instance()->GetParameters()->GetDriftV()/1000000.);
1598     align->SetMagField(fMagF); 
1599     fAlignTOFTPC->AddAt(align,htime);
1600   }
1601   align->AddTrackParams(&pTOF,&pTPC);
1602   Float_t dca[2],cov[3];
1603   track->GetImpactParameters(dca,cov);
1604   if (TMath::Abs(dca[0])<kMaxDy){
1605     FillResHistoTPCTOF(&pTPC,&pTOF);
1606   }
1607   align->SetTimeStamp(fTime);
1608   align->SetRunNumber(fRun );
1609   //
1610   Int_t nupdates=align->GetNUpdates();
1611   align->SetOutRejSigma(kOutCut+kOutCut*kN/Double_t(nupdates));
1612   align->SetRejectOutliers(kFALSE);
1613   TTreeSRedirector *cstream = GetDebugStreamer();  
1614   if (cstream && align->GetState() && align->GetState()->GetNrows()>2 ){
1615     TVectorD gpTPC(3), gdTPC(3);
1616     TVectorD gpTOF(3), gdTOF(3);
1617     pTPC.GetXYZ(gpTPC.GetMatrixArray());
1618     pTPC.GetDirection(gdTPC.GetMatrixArray());
1619     pTOF.GetXYZ(gpTOF.GetMatrixArray());
1620     pTOF.GetDirection(gdTOF.GetMatrixArray());
1621     (*cstream)<<"toftpc"<<
1622       "run="<<fRun<<              //  run number
1623       "event="<<fEvent<<          //  event number
1624       "time="<<fTime<<            //  time stamp of event
1625       "trigger="<<fTrigger<<      //  trigger
1626       "mag="<<fMagF<<             //  magnetic field
1627       //
1628       "nmed="<<kglast<<        // number of entries to define median and RMS
1629       "vMed.="<<&vecMedian<<    // median of deltas
1630       "vRMS.="<<&vecRMS<<       // rms of deltas
1631       "vDelta.="<<&vecDelta<<   // delta in respect to median
1632       "vDeltaN.="<<&vecDeltaN<< // normalized delta in respect to median
1633       "t.="<<track<<            // ful track - find proper cuts
1634       "a.="<<align<<            // current alignment
1635       "pTOF.="<<&pTOF<<         // track param TOF
1636       "pTPC.="<<&pTPC<<         // track param TPC
1637       "gpTPC.="<<&gpTPC<<       // global position  TPC
1638       "gdTPC.="<<&gdTPC<<       // global direction TPC
1639       "gpTOF.="<<&gpTOF<<       // global position  TOF
1640       "gdTOF.="<<&gdTOF<<       // global position  TOF
1641       "\n";
1642   }
1643 }
1644
1645
1646 void  AliTPCcalibTime::BookDistortionMaps(){
1647   //
1648   //   Book ndimensional histograms of distortions/residuals
1649   //   Only primary tracks are selected for analysis
1650   //
1651  
1652   Double_t xminTrack[4], xmaxTrack[4];
1653   Int_t binsTrack[4];
1654   TString axisName[4];
1655   TString axisTitle[4];
1656   //
1657   binsTrack[0]  =50;
1658   axisName[0]   ="#Delta";
1659   axisTitle[0]  ="#Delta";
1660   //
1661   binsTrack[1] =20;
1662   xminTrack[1] =-1.5; xmaxTrack[1]=1.5;
1663   axisName[1]  ="tanTheta";
1664   axisTitle[1]  ="tan(#Theta)";
1665   //
1666   binsTrack[2] =90;
1667   xminTrack[2] =-TMath::Pi(); xmaxTrack[2]=TMath::Pi(); 
1668   axisName[2]  ="phi";
1669   axisTitle[2]  ="#phi";
1670   //
1671   binsTrack[3] =20;
1672   xminTrack[3] =-1.; xmaxTrack[3]=1.;   // 0.33 GeV cut 
1673   axisName[3]  ="snp";
1674   //
1675   // delta y
1676   xminTrack[0] =-1.5; xmaxTrack[0]=1.5;  // 
1677   fResHistoTPCITS[0] = new THnSparseS("TPCITS#Delta_{Y} (cm)","#Delta_{Y} (cm)",    4, binsTrack,xminTrack, xmaxTrack);
1678   fResHistoTPCvertex[0]    = new THnSparseS("TPCVertex#Delta_{Y} (cm)","#Delta_{Y} (cm)", 4, binsTrack,xminTrack, xmaxTrack);
1679   xminTrack[0] =-1.5; xmaxTrack[0]=1.5;  // 
1680   fResHistoTPCTRD[0] = new THnSparseS("TPCTRD#Delta_{Y} (cm)","#Delta_{Y} (cm)", 4, binsTrack,xminTrack, xmaxTrack);
1681   xminTrack[0] =-5; xmaxTrack[0]=5;  // 
1682   fResHistoTPCTOF[0] = new THnSparseS("TPCTOF#Delta_{Y} (cm)","#Delta_{Y} (cm)", 4, binsTrack,xminTrack, xmaxTrack);
1683   //
1684   // delta z
1685   xminTrack[0] =-3.; xmaxTrack[0]=3.;  // 
1686   fResHistoTPCITS[1] = new THnSparseS("TPCITS#Delta_{Z} (cm)","#Delta_{Z} (cm)",    4, binsTrack,xminTrack, xmaxTrack);
1687   fResHistoTPCvertex[1]    = new THnSparseS("TPCVertex#Delta_{Z} (cm)","#Delta_{Z} (cm)", 4, binsTrack,xminTrack, xmaxTrack);
1688   fResHistoTPCTRD[1] = new THnSparseS("TPCTRD#Delta_{Z} (cm)","#Delta_{Z} (cm)", 4, binsTrack,xminTrack, xmaxTrack);
1689   xminTrack[0] =-5.; xmaxTrack[0]=5.;  // 
1690   fResHistoTPCTOF[1] = new THnSparseS("TPCTOF#Delta_{Z} (cm)","#Delta_{Z} (cm)", 4, binsTrack,xminTrack, xmaxTrack);
1691   //
1692   // delta snp-P2
1693   xminTrack[0] =-0.015; xmaxTrack[0]=0.015;  // 
1694   fResHistoTPCITS[2] = new THnSparseS("TPCITS#Delta_{#phi}","#Delta_{#phi}",    4, binsTrack,xminTrack, xmaxTrack);
1695   fResHistoTPCvertex[2] = new THnSparseS("TPCITSv#Delta_{#phi}","#Delta_{#phi}",    4, binsTrack,xminTrack, xmaxTrack);
1696   fResHistoTPCTRD[2] = new THnSparseS("TPCTRD#Delta_{#phi}","#Delta_{#phi}", 4, binsTrack,xminTrack, xmaxTrack);
1697   fResHistoTPCTOF[2] = new THnSparseS("TPCTOF#Delta_{#phi}","#Delta_{#phi}", 4, binsTrack,xminTrack, xmaxTrack);
1698   //
1699   // delta theta-P3
1700   xminTrack[0] =-0.025; xmaxTrack[0]=0.025;  // 
1701   fResHistoTPCITS[3] = new THnSparseS("TPCITS#Delta_{#theta}","#Delta_{#theta}",    4, binsTrack,xminTrack, xmaxTrack);
1702   fResHistoTPCvertex[3] = new THnSparseS("TPCITSv#Delta_{#theta}","#Delta_{#theta}",    4, binsTrack,xminTrack, xmaxTrack);
1703   fResHistoTPCTRD[3] = new THnSparseS("TPCTRD#Delta_{#theta}","#Delta_{#theta}", 4, binsTrack,xminTrack, xmaxTrack);
1704   fResHistoTPCTOF[3] = new THnSparseS("TPCTOF#Delta_{#theta}","#Delta_{#theta}", 4, binsTrack,xminTrack, xmaxTrack);
1705   //
1706   // delta theta-P4
1707   xminTrack[0] =-0.2; xmaxTrack[0]=0.2;  // 
1708   fResHistoTPCITS[4] = new THnSparseS("TPCITS#Delta_{1/pt}","#Delta_{1/pt}",    4, binsTrack,xminTrack, xmaxTrack);
1709   fResHistoTPCvertex[4] = new THnSparseS("TPCITSv#Delta_{1/pt}","#Delta_{1/pt}",    4, binsTrack,xminTrack, xmaxTrack);
1710   fResHistoTPCTRD[4] = new THnSparseS("TPCTRD#Delta_{1/pt}","#Delta_{1/pt}",    4, binsTrack,xminTrack, xmaxTrack);
1711   fResHistoTPCTOF[4] = new THnSparseS("TPCTOF#Delta_{1/pt}","#Delta_{1/pt}",    4, binsTrack,xminTrack, xmaxTrack);
1712   //
1713   for (Int_t ivar=0;ivar<4;ivar++){
1714     for (Int_t ivar2=0;ivar2<4;ivar2++){      
1715       fResHistoTPCITS[ivar]->GetAxis(ivar2)->SetName(axisName[ivar2].Data());
1716       fResHistoTPCITS[ivar]->GetAxis(ivar2)->SetTitle(axisTitle[ivar2].Data());
1717       fResHistoTPCTRD[ivar]->GetAxis(ivar2)->SetName(axisName[ivar2].Data());
1718       fResHistoTPCTRD[ivar]->GetAxis(ivar2)->SetTitle(axisTitle[ivar2].Data());
1719       fResHistoTPCvertex[ivar]->GetAxis(ivar2)->SetName(axisName[ivar2].Data());
1720       fResHistoTPCvertex[ivar]->GetAxis(ivar2)->SetTitle(axisTitle[ivar2].Data());
1721     }
1722   }
1723 }
1724
1725
1726 void        AliTPCcalibTime::FillResHistoTPCITS(const AliExternalTrackParam * pTPCIn, const AliExternalTrackParam * pITSOut ){
1727   //
1728   // fill residual histograms pTPCIn-pITSOut
1729   // Histogram is filled only for primary tracks
1730   //
1731   Double_t histoX[4];
1732   Double_t xyz[3];
1733   pTPCIn->GetXYZ(xyz);
1734   Double_t phi= TMath::ATan2(xyz[1],xyz[0]);
1735   histoX[1]= pTPCIn->GetTgl();
1736   histoX[2]= phi;
1737   histoX[3]= pTPCIn->GetSnp();
1738   AliExternalTrackParam lits(*pITSOut);
1739   lits.Rotate(pTPCIn->GetAlpha());
1740   lits.PropagateTo(pTPCIn->GetX(),fMagF);
1741   //
1742   for (Int_t ihisto=0; ihisto<5; ihisto++){
1743     histoX[0]=pTPCIn->GetParameter()[ihisto]-lits.GetParameter()[ihisto];
1744     fResHistoTPCITS[ihisto]->Fill(histoX);
1745   }
1746 }  
1747
1748      
1749 void        AliTPCcalibTime::FillResHistoTPC(const AliESDtrack * pTrack){
1750   //
1751   // fill residual histograms pTPC - vertex
1752   // Histogram is filled only for primary tracks
1753   //
1754   Double_t histoX[4];
1755   const AliExternalTrackParam * pTPCIn = pTrack->GetInnerParam();
1756   AliExternalTrackParam pTPCvertex(*(pTrack->GetInnerParam()));
1757   //
1758   AliExternalTrackParam lits(*pTrack);
1759   if (TMath::Abs(pTrack->GetY())>3) return;  // beam pipe
1760   pTPCvertex.Rotate(lits.GetAlpha());
1761   //pTPCvertex.PropagateTo(pTPCvertex->GetX(),fMagF);
1762   AliTracker::PropagateTrackToBxByBz(&pTPCvertex,lits.GetX(),0.1,2,kFALSE);
1763   AliTracker::PropagateTrackToBxByBz(&pTPCvertex,lits.GetX(),0.1,0.1,kFALSE);
1764   Double_t xyz[3];
1765   pTPCIn->GetXYZ(xyz);
1766   Double_t phi= TMath::ATan2(xyz[1],xyz[0]);
1767   histoX[1]= pTPCIn->GetTgl();
1768   histoX[2]= phi;
1769   histoX[3]= pTPCIn->GetSnp();
1770   //
1771   Float_t dca[2], cov[3];
1772   pTrack->GetImpactParametersTPC(dca,cov);
1773   for (Int_t ihisto=0; ihisto<5; ihisto++){
1774     histoX[0]=pTPCvertex.GetParameter()[ihisto]-lits.GetParameter()[ihisto];
1775     //    if (ihisto<2) histoX[0]=dca[ihisto];
1776     fResHistoTPCvertex[ihisto]->Fill(histoX);
1777   }
1778 }
1779
1780
1781 void        AliTPCcalibTime::FillResHistoTPCTRD(const AliExternalTrackParam * pTPCOut, const AliExternalTrackParam * pTRDIn ){
1782   //
1783   // fill resuidual histogram TPCout-TRDin
1784   //
1785   Double_t histoX[4];
1786   Double_t xyz[3];
1787   pTPCOut->GetXYZ(xyz);
1788   Double_t phi= TMath::ATan2(xyz[1],xyz[0]);
1789   histoX[1]= pTPCOut->GetTgl();
1790   histoX[2]= phi;
1791   histoX[3]= pTPCOut->GetSnp();
1792   //
1793   AliExternalTrackParam ltrd(*pTRDIn);
1794   ltrd.Rotate(pTPCOut->GetAlpha());
1795   //  ltrd.PropagateTo(pTPCOut->GetX(),fMagF);
1796   AliTracker::PropagateTrackToBxByBz(&ltrd,pTPCOut->GetX(),0.1,0.1,kFALSE);
1797
1798   for (Int_t ihisto=0; ihisto<5; ihisto++){
1799     histoX[0]=pTPCOut->GetParameter()[ihisto]-ltrd.GetParameter()[ihisto];
1800     fResHistoTPCTRD[ihisto]->Fill(histoX);
1801   }
1802
1803 }
1804
1805 void        AliTPCcalibTime::FillResHistoTPCTOF(const AliExternalTrackParam * pTPCOut, const AliExternalTrackParam * pTOFIn ){
1806   //
1807   // fill resuidual histogram TPCout-TOFin
1808   // track propagated to the TOF position
1809   Double_t histoX[4];
1810   Double_t xyz[3];
1811
1812   AliExternalTrackParam ltpc(*pTPCOut);
1813   ltpc.Rotate(pTOFIn->GetAlpha());
1814   AliTracker::PropagateTrackToBxByBz(&ltpc,pTOFIn->GetX(),0.1,0.1,kFALSE);
1815   //
1816   ltpc.GetXYZ(xyz);
1817   Double_t phi= TMath::ATan2(xyz[1],xyz[0]);
1818   histoX[1]= ltpc.GetTgl();
1819   histoX[2]= phi;
1820   histoX[3]= ltpc.GetSnp();
1821   //
1822   for (Int_t ihisto=0; ihisto<2; ihisto++){
1823     histoX[0]=ltpc.GetParameter()[ihisto]-pTOFIn->GetParameter()[ihisto];
1824     fResHistoTPCTOF[ihisto]->Fill(histoX);
1825   }
1826
1827 }